src/jalview/gui/ConservationThread.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.gui;
   5
   6 import jalview.analysis.Conservation;
   7 import jalview.datamodel.Annotation;
   8
   9 import java.awt.Color;
  10
  11 class ConservationThread extends Thread
  12 {
  13   /**
  14    *
  15    */
  16   private AlignViewport alignViewport;
  17   AlignmentPanel ap;
  18
  19   public ConservationThread(AlignViewport alignViewport, AlignmentPanel ap)
  20   {
  21     this.alignViewport = alignViewport;
  22     this.ap = ap;
  23   }
  24
  25   public void run()
  26   {
  27     try
  28     {
  29       this.alignViewport.updatingConservation = true;
  30
  31       while (AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION)
  32       {
  33         try
  34         {
  35           if (ap != null)
  36           {
  37             ap.paintAlignment(false);
  38           }
  39           Thread.sleep(200);
  40         } catch (Exception ex)
  41         {
  42           ex.printStackTrace();
  43         }
  44       }
  45
  46       AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = true;
  47
  48       int alWidth = this.alignViewport.alignment.getWidth();
  49       if (alWidth < 0)
  50       {
  51         return;
  52       }
  53
  54       Conservation cons = new jalview.analysis.Conservation("All",
  55               jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3, this.alignViewport.alignment
  56                       .getSequences(), 0, alWidth - 1);
  57
  58       cons.calculate();
  59       cons.verdict(false, this.alignViewport.ConsPercGaps);
  60
  61       if (this.alignViewport.quality != null)
  62       {
  63         cons.findQuality();
  64       }
  65       cons.completeAnnotations(alignViewport.conservation,alignViewport.quality, 0, alWidth);
  66     } catch (OutOfMemoryError error)
  67     {
  68       new OOMWarning("calculating conservation", error);
  69
  70       this.alignViewport.conservation = null;
  71       this.alignViewport.quality = null;
  72
  73     }
  74
  75     AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = false;
  76     this.alignViewport.updatingConservation = false;
  77
  78     if (ap != null)
  79     {
  80       ap.paintAlignment(true);
  81     }
  82
  83   }
  84 }