src/jalview/gui/Console.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Dimension;
  26 import java.awt.GraphicsEnvironment;
  27 import java.awt.GridBagConstraints;
  28 import java.awt.GridBagLayout;
  29 import java.awt.Rectangle;
  30 import java.awt.Toolkit;
  31 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  32 import java.awt.datatransfer.StringSelection;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.awt.event.ActionListener;
  35 import java.awt.event.MouseAdapter;
  36 import java.awt.event.MouseEvent;
  37 import java.awt.event.WindowAdapter;
  38 import java.awt.event.WindowEvent;
  39 import java.awt.event.WindowListener;
  40 import java.io.IOException;
  41 import java.io.PipedInputStream;
  42 import java.io.PipedOutputStream;
  43 import java.io.PrintStream;
  44
  45 import javax.swing.BorderFactory;
  46 import javax.swing.JButton;
  47 import javax.swing.JComboBox;
  48 import javax.swing.JFrame;
  49 import javax.swing.JLabel;
  50 import javax.swing.JPanel;
  51 import javax.swing.JScrollPane;
  52 import javax.swing.JTextArea;
  53 import javax.swing.border.Border;
  54 import javax.swing.text.DefaultCaret;
  55
  56 import jalview.bin.Cache;
  57 import jalview.log.JLoggerI.LogLevel;
  58 import jalview.log.JLoggerLog4j;
  59 import jalview.log.JalviewAppender;
  60 import jalview.util.ChannelProperties;
  61 import jalview.util.MessageManager;
  62 import jalview.util.Platform;
  63
  64 /**
  65  * Simple Jalview Java Console. Version 1 - allows viewing of console output
  66  * after desktop is created. Acquired with thanks from RJHM's site
  67  * http://www.comweb.nl/java/Console/Console.html A simple Java Console for your
  68  * application (Swing version) Requires Java 1.1.5 or higher Disclaimer the use
  69  * of this source is at your own risk. Permision to use and distribute into your
  70  * own applications RJHM van den Bergh , rvdb@comweb.nl
  71  */
  72
  73 public class Console extends WindowAdapter
  74         implements WindowListener, ActionListener, Runnable
  75 {
  76   private JFrame frame;
  77
  78   private JTextArea textArea;
  79
  80   /*
  81    * unused - tally and limit for lines in console window int lines = 0;
  82    *
  83    * int lim = 1000;
  84    */
  85   int byteslim = 102400, bytescut = 76800; // 100k and 75k cut point.
  86
  87   private Thread reader, reader2, textAppender;
  88
  89   private boolean quit;
  90
  91   private final PrintStream stdout = System.out, stderr = System.err;
  92
  93   private PipedInputStream pin = new PipedInputStream();
  94
  95   private PipedInputStream pin2 = new PipedInputStream();
  96
  97   private StringBuffer displayPipe = new StringBuffer();
  98
  99   Thread errorThrower; // just for testing (Throws an Exception at this Console
 100
 101   // are we attached to some parent Desktop
 102   Desktop parent = null;
 103
 104   private int MIN_WIDTH = 300;
 105
 106   private int MIN_HEIGHT = 250;
 107
 108   private JComboBox<LogLevel> logLevelCombo = new JComboBox<LogLevel>();
 109
 110   protected LogLevel startingLogLevel = null;
 111
 112   public Console()
 113   {
 114     // create all components and add them
 115     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 116     frame = initFrame("Java Console", screenSize.width / 2,
 117             screenSize.height / 2, -1, -1);
 118     frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.DISPOSE_ON_CLOSE);
 119     initConsole(true);
 120   }
 121
 122   private void initConsole(boolean visible)
 123   {
 124     initConsole(visible, true);
 125   }
 126
 127   /**
 128    *
 129    * @param visible
 130    *          - open the window
 131    * @param redirect
 132    *          - redirect std*
 133    */
 134   private void initConsole(boolean visible, boolean redirect)
 135   {
 136     // CutAndPasteTransfer cpt = new CutAndPasteTransfer();
 137     // textArea = cpt.getTextArea();
 138     textArea = new JTextArea();
 139     textArea.setEditable(false);
 140     // autoscroll
 141     DefaultCaret caret = (DefaultCaret) textArea.getCaret();
 142     caret.setUpdatePolicy(DefaultCaret.ALWAYS_UPDATE);
 143     // toggle autoscroll by clicking on the text area
 144     Border pausedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 2, 2, 2,
 145             textArea.getForeground());
 146     Border noBorder = BorderFactory.createEmptyBorder(2, 2, 2, 2);
 147     JScrollPane scrollPane = new JScrollPane(textArea);
 148     scrollPane.setBorder(noBorder);
 149     textArea.addMouseListener(new MouseAdapter()
 150     {
 151       @Override
 152       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 153       {
 154         if (e.getButton() == MouseEvent.BUTTON1)
 155         {
 156           if (caret.getUpdatePolicy() == DefaultCaret.ALWAYS_UPDATE)
 157           {
 158             caret.setUpdatePolicy(DefaultCaret.NEVER_UPDATE);
 159             scrollPane.setBorder(pausedBorder);
 160           }
 161           else
 162           {
 163             caret.setUpdatePolicy(DefaultCaret.ALWAYS_UPDATE);
 164             textArea.setCaretPosition(textArea.getDocument().getLength());
 165             scrollPane.setBorder(noBorder);
 166           }
 167         }
 168       }
 169     });
 170
 171     JButton clearButton = new JButton(
 172             MessageManager.getString("action.clear"));
 173     JButton copyToClipboardButton = new JButton(
 174             MessageManager.getString("label.copy_to_clipboard"));
 175     copyToClipboardButton.addActionListener(new ActionListener()
 176     {
 177       @Override
 178       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 179       {
 180         copyConsoleTextToClipboard();
 181       }
 182     });
 183     copyToClipboardButton.addMouseListener(new MouseAdapter()
 184     {
 185       private Color bg = textArea.getBackground();
 186
 187       private Color fg = textArea.getForeground();
 188
 189       @Override
 190       public void mousePressed(MouseEvent e)
 191       {
 192         textArea.setBackground(textArea.getSelectionColor());
 193         textArea.setForeground(textArea.getSelectedTextColor());
 194       }
 195
 196       @Override
 197       public void mouseReleased(MouseEvent e)
 198       {
 199         textArea.setBackground(bg);
 200         textArea.setForeground(fg);
 201       }
 202
 203     });
 204     copyToClipboardButton.setToolTipText(
 205             MessageManager.getString("label.copy_to_clipboard_tooltip"));
 206
 207     JLabel logLevelLabel = new JLabel(
 208             MessageManager.getString("label.log_level") + ":");
 209
 210     // logLevelCombo.addItem(LogLevel.ALL);
 211     logLevelCombo.addItem(LogLevel.TRACE);
 212     logLevelCombo.addItem(LogLevel.DEBUG);
 213     logLevelCombo.addItem(LogLevel.INFO);
 214     logLevelCombo.addItem(LogLevel.WARN);
 215     // logLevelCombo.addItem(LogLevel.ERROR);
 216     // logLevelCombo.addItem(LogLevel.FATAL);
 217     // logLevelCombo.addItem(LogLevel.ERROR);
 218     // logLevelCombo.addItem(LogLevel.OFF);
 219     // set startingLogLevel
 220     if (jalview.bin.Console.log == null)
 221     {
 222       try
 223       {
 224         startingLogLevel = LogLevel
 225                 .valueOf(Cache.getDefault(Cache.JALVIEWLOGLEVEL, null));
 226       } catch (IllegalArgumentException e1)
 227       {
 228         jalview.bin.Console.debug(
 229                 "Invalid value for preference " + Cache.JALVIEWLOGLEVEL);
 230       } catch (NullPointerException e2)
 231       {
 232         // no value in preferences
 233       } finally
 234       {
 235         if (startingLogLevel == null)
 236         {
 237           startingLogLevel = LogLevel.INFO;
 238         }
 239       }
 240     }
 241     else
 242     {
 243       startingLogLevel = jalview.bin.Console.log.getLevel();
 244     }
 245     setChosenLogLevelCombo();
 246     logLevelCombo.addActionListener(new ActionListener()
 247     {
 248       @Override
 249       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 250       {
 251         if (jalview.bin.Console.log != null)
 252         {
 253           jalview.bin.Console.log
 254                   .setLevel((LogLevel) logLevelCombo.getSelectedItem());
 255         }
 256       }
 257
 258     });
 259
 260     // frame = cpt;
 261     frame.getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 262     frame.getContentPane().add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
 263     JPanel southPanel = new JPanel();
 264     southPanel.setLayout(new GridBagLayout());
 265
 266     JPanel logLevelPanel = new JPanel();
 267     logLevelPanel.setAlignmentX(JPanel.LEFT_ALIGNMENT);
 268     logLevelPanel.add(logLevelLabel);
 269     logLevelPanel.add(logLevelCombo);
 270     String logLevelTooltip = MessageManager.formatMessage(
 271             "label.log_level_tooltip", startingLogLevel.toString());
 272     logLevelLabel.setToolTipText(logLevelTooltip);
 273     logLevelCombo.setToolTipText(logLevelTooltip);
 274
 275     GridBagConstraints gbc = new GridBagConstraints();
 276     gbc.gridx = 0;
 277     gbc.gridy = 0;
 278     gbc.gridwidth = 1;
 279     gbc.gridheight = 1;
 280     gbc.weightx = 0.1;
 281     southPanel.add(logLevelPanel, gbc);
 282
 283     gbc.gridx++;
 284     gbc.weightx = 0.8;
 285     gbc.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
 286     southPanel.add(clearButton, gbc);
 287
 288     gbc.gridx++;
 289     gbc.weightx = 0.1;
 290     gbc.fill = GridBagConstraints.NONE;
 291     southPanel.add(copyToClipboardButton, gbc);
 292
 293     southPanel.setVisible(true);
 294     frame.getContentPane().add(southPanel, BorderLayout.SOUTH);
 295     frame.setVisible(visible);
 296     updateConsole = visible;
 297     frame.addWindowListener(this);
 298     clearButton.addActionListener(this);
 299
 300     if (redirect)
 301     {
 302       redirectStreams();
 303     }
 304     else
 305     {
 306       unredirectStreams();
 307     }
 308     quit = false; // signals the Threads that they should exit
 309
 310     // Starting two seperate threads to read from the PipedInputStreams
 311     //
 312     reader = new Thread(this);
 313     reader.setDaemon(true);
 314     reader.start();
 315     //
 316     reader2 = new Thread(this);
 317     reader2.setDaemon(true);
 318     reader2.start();
 319     // and a thread to append text to the textarea
 320     textAppender = new Thread(this);
 321     textAppender.setDaemon(true);
 322     textAppender.start();
 323
 324     // set icons
 325     frame.setIconImages(ChannelProperties.getIconList());
 326   }
 327
 328   private void setChosenLogLevelCombo()
 329   {
 330     setChosenLogLevelCombo(startingLogLevel);
 331   }
 332
 333   private void setChosenLogLevelCombo(LogLevel setLogLevel)
 334   {
 335     logLevelCombo.setSelectedItem(setLogLevel);
 336     if (!logLevelCombo.getSelectedItem().equals(setLogLevel))
 337     {
 338       // setLogLevel not (yet) in list
 339       if (setLogLevel != null && setLogLevel instanceof LogLevel)
 340       {
 341         // add new item to list (might be set via .jalview_properties)
 342         boolean added = false;
 343         for (int i = 0; i < logLevelCombo.getItemCount(); i++)
 344         {
 345           LogLevel l = logLevelCombo.getItemAt(i);
 346           if (l.compareTo(setLogLevel) >= 0)
 347           {
 348             logLevelCombo.insertItemAt(setLogLevel, i);
 349             added = true;
 350             break;
 351           }
 352         }
 353         if (!added) // lower priority than others or some confusion -- add to
 354                     // end of list
 355         {
 356           logLevelCombo.addItem(setLogLevel);
 357         }
 358         logLevelCombo.setSelectedItem(setLogLevel);
 359       }
 360       else
 361       {
 362         logLevelCombo.setSelectedItem(LogLevel.INFO);
 363       }
 364     }
 365   }
 366
 367   private void copyConsoleTextToClipboard()
 368   {
 369     String consoleText = textArea.getText();
 370     StringSelection consoleTextSelection = new StringSelection(consoleText);
 371     Clipboard cb = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 372     cb.setContents(consoleTextSelection, null);
 373   }
 374
 375   PipedOutputStream pout = null, perr = null;
 376
 377   public void redirectStreams()
 378   {
 379     if (pout == null)
 380     {
 381       try
 382       {
 383         pout = new PipedOutputStream(this.pin);
 384         System.setOut(new PrintStream(pout, true));
 385       } catch (java.io.IOException io)
 386       {
 387         textArea.append("Couldn't redirect STDOUT to this console\n"
 388                 + io.getMessage());
 389         io.printStackTrace(stderr);
 390       } catch (SecurityException se)
 391       {
 392         textArea.append("Couldn't redirect STDOUT to this console\n"
 393                 + se.getMessage());
 394         se.printStackTrace(stderr);
 395       }
 396
 397       try
 398       {
 399         perr = new PipedOutputStream(this.pin2);
 400         System.setErr(new PrintStream(perr, true));
 401       } catch (java.io.IOException io)
 402       {
 403         textArea.append("Couldn't redirect STDERR to this console\n"
 404                 + io.getMessage());
 405         io.printStackTrace(stderr);
 406       } catch (SecurityException se)
 407       {
 408         textArea.append("Couldn't redirect STDERR to this console\n"
 409                 + se.getMessage());
 410         se.printStackTrace(stderr);
 411       }
 412     }
 413   }
 414
 415   public void unredirectStreams()
 416   {
 417     if (pout != null)
 418     {
 419       try
 420       {
 421         System.setOut(stdout);
 422         pout.flush();
 423         pout.close();
 424         pin = new PipedInputStream();
 425         pout = null;
 426       } catch (java.io.IOException io)
 427       {
 428         textArea.append("Couldn't unredirect STDOUT to this console\n"
 429                 + io.getMessage());
 430         io.printStackTrace(stderr);
 431       } catch (SecurityException se)
 432       {
 433         textArea.append("Couldn't unredirect STDOUT to this console\n"
 434                 + se.getMessage());
 435         se.printStackTrace(stderr);
 436       }
 437
 438       try
 439       {
 440         System.setErr(stderr);
 441         perr.flush();
 442         perr.close();
 443         pin2 = new PipedInputStream();
 444         perr = null;
 445       } catch (java.io.IOException io)
 446       {
 447         textArea.append("Couldn't unredirect STDERR to this console\n"
 448                 + io.getMessage());
 449         io.printStackTrace(stderr);
 450       } catch (SecurityException se)
 451       {
 452         textArea.append("Couldn't unredirect STDERR to this console\n"
 453                 + se.getMessage());
 454         se.printStackTrace(stderr);
 455       }
 456     }
 457   }
 458
 459   public void test()
 460   {
 461     // testing part
 462     // you may omit this part for your application
 463     //
 464
 465     jalview.bin.Console.outPrintln("Hello World 2");
 466     jalview.bin.Console.outPrintln("All fonts available to Graphic2D:\n");
 467     GraphicsEnvironment ge = GraphicsEnvironment
 468             .getLocalGraphicsEnvironment();
 469     String[] fontNames = ge.getAvailableFontFamilyNames();
 470     for (int n = 0; n < fontNames.length; n++)
 471     {
 472       jalview.bin.Console.outPrintln(fontNames[n]);
 473     }
 474     // Testing part: simple an error thrown anywhere in this JVM will be printed
 475     // on the Console
 476     // We do it with a seperate Thread becasue we don't wan't to break a Thread
 477     // used by the Console.
 478     jalview.bin.Console.outPrintln("\nLets throw an error on this console");
 479     errorThrower = new Thread(this);
 480     errorThrower.setDaemon(true);
 481     errorThrower.start();
 482   }
 483
 484   private JFrame initFrame(String string, int i, int j, int x, int y)
 485   {
 486     JFrame frame = new JFrame(string);
 487     frame.setName(string);
 488     if (x == -1)
 489     {
 490       x = i / 2;
 491     }
 492     if (y == -1)
 493     {
 494       y = j / 2;
 495     }
 496     frame.setBounds(x, y, i, j);
 497     return frame;
 498   }
 499
 500   /**
 501    * attach a console to the desktop - the desktop will open it if requested.
 502    *
 503    * @param desktop
 504    */
 505   public Console(Desktop desktop)
 506   {
 507     parent = desktop;
 508     // window name - get x,y,width, height possibly scaled
 509     Rectangle bounds = parent == null ? null
 510             : parent.getLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_");
 511     if (bounds != null)
 512     {
 513       frame = initFrame(
 514               ChannelProperties.getProperty("app_name") + " Java Console",
 515               bounds.width, bounds.height, bounds.x, bounds.y);
 516     }
 517     else if (parent != null && parent.getWidth() > 0
 518             && parent.getHeight() > 0)
 519     {
 520       frame = initFrame(
 521               ChannelProperties.getProperty("app_name") + " Java Console",
 522               parent.getWidth() / 2, parent.getHeight() / 4, parent.getX(),
 523               parent.getY());
 524     }
 525     else
 526     {
 527       frame = initFrame(
 528               ChannelProperties.getProperty("app_name") + " Java Console",
 529               MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT, 10, 10);
 530     }
 531     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 532     // parent.add(frame);
 533     initConsole(false);
 534     LogLevel level = (LogLevel) logLevelCombo.getSelectedItem();
 535     if (!Platform.isJS())
 536     {
 537       JalviewAppender jappender = new JalviewAppender(level);
 538       JalviewAppender.setTextArea(textArea);
 539       jappender.start();
 540       if (jalview.bin.Console.log != null
 541               && jalview.bin.Console.log instanceof JLoggerLog4j)
 542       {
 543         JLoggerLog4j.addAppender(jalview.bin.Console.log, jappender);
 544       }
 545     }
 546   }
 547
 548   public synchronized void stopConsole()
 549   {
 550     quit = true;
 551     this.notifyAll();
 552     /*
 553      * reader.notify(); reader2.notify(); if (errorThrower!=null)
 554      * errorThrower.notify(); // stop all threads if (textAppender!=null)
 555      * textAppender.notify();
 556      */
 557     if (pout != null)
 558     {
 559       try
 560       {
 561         reader.join(10);
 562         pin.close();
 563       } catch (Exception e)
 564       {
 565         jalview.bin.Console.debug("pin.close() error", e);
 566       }
 567       try
 568       {
 569         reader2.join(10);
 570         pin2.close();
 571       } catch (Exception e)
 572       {
 573         jalview.bin.Console.debug("pin2.close() error", e);
 574       }
 575       try
 576       {
 577         textAppender.join(10);
 578       } catch (Exception e)
 579       {
 580         jalview.bin.Console.debug("textAppender.join(10) error", e);
 581       }
 582     }
 583     /*
 584     if (!frame.isVisible())
 585     {
 586       frame.dispose();
 587     }
 588     */
 589     // System.exit(0);
 590   }
 591
 592   @Override
 593   public synchronized void windowClosed(WindowEvent evt)
 594   {
 595     frame.setVisible(false);
 596     closeConsoleGui();
 597   }
 598
 599   private void closeConsoleGui()
 600   {
 601     updateConsole = false;
 602     if (parent == null)
 603     {
 604
 605       stopConsole();
 606     }
 607     else
 608     {
 609       parent.showConsole(false);
 610     }
 611   }
 612
 613   @Override
 614   public synchronized void windowClosing(WindowEvent evt)
 615   {
 616     frame.setVisible(false); // default behaviour of JFrame
 617     closeConsoleGui();
 618
 619     // frame.dispose();
 620   }
 621
 622   @Override
 623   public synchronized void actionPerformed(ActionEvent evt)
 624   {
 625     trimBuffer(true);
 626     // textArea.setText("");
 627   }
 628
 629   @Override
 630   public synchronized void run()
 631   {
 632     try
 633     {
 634       while (Thread.currentThread() == reader)
 635       {
 636         if (pin == null || pin.available() == 0)
 637         {
 638           try
 639           {
 640             this.wait(100); // ##### implicated BLOCKED
 641             if (pin.available() == 0)
 642             {
 643               trimBuffer(false);
 644             }
 645           } catch (InterruptedException ie)
 646           {
 647             jalview.bin.Console.debug("pin.available() error", ie);
 648           }
 649         }
 650
 651         while (pin.available() != 0)
 652         {
 653           String input = this.readLine(pin);
 654           stdout.print(input);
 655           long time = System.nanoTime();
 656           appendToTextArea(input);
 657           // stderr.println("Time taken to stdout append:\t"
 658           // + (System.nanoTime() - time) + " ns");
 659           // lines++;
 660         }
 661         if (quit)
 662         {
 663           return;
 664         }
 665       }
 666
 667       while (Thread.currentThread() == reader2)
 668       {
 669         if (pin2.available() == 0)
 670         {
 671           try
 672           {
 673             this.wait(100); // ##### implicated BLOCKED
 674             if (pin2.available() == 0)
 675             {
 676               trimBuffer(false);
 677             }
 678           } catch (InterruptedException ie)
 679           {
 680             jalview.bin.Console.debug("pin.available() error", ie);
 681           }
 682         }
 683         while (pin2.available() != 0)
 684         {
 685           String input = this.readLine(pin2);
 686           stderr.print(input);
 687           long time = System.nanoTime();
 688           appendToTextArea(input);
 689           // stderr.println("Time taken to stderr append:\t"
 690           // + (System.nanoTime() - time) + " ns");
 691           // lines++;
 692         }
 693         if (quit)
 694         {
 695           return;
 696         }
 697       }
 698       while (Thread.currentThread() == textAppender)
 699       {
 700         if (updateConsole)
 701         {
 702           // check string buffer - if greater than console, clear console and
 703           // replace with last segment of content, otherwise, append all to
 704           // content.
 705           long count;
 706           while (displayPipe.length() > 0)
 707           {
 708             count = 0;
 709             StringBuffer tmp = new StringBuffer(), replace;
 710             synchronized (displayPipe)
 711             {
 712               replace = displayPipe;
 713               displayPipe = tmp;
 714             }
 715             // simply append whole buffer
 716             textArea.append(replace.toString()); // ##### implicated BLOCKED
 717             count += replace.length();
 718             if (count > byteslim)
 719             {
 720               trimBuffer(false);
 721             }
 722           }
 723           if (displayPipe.length() == 0)
 724           {
 725             try
 726             {
 727               this.wait(100);
 728               if (displayPipe.length() == 0)
 729               {
 730                 trimBuffer(false);
 731               }
 732             } catch (InterruptedException e)
 733             {
 734               jalview.bin.Console.debug("displayPipe.length() error", e);
 735             }
 736           }
 737         }
 738         else
 739         {
 740           try
 741           {
 742             this.wait(100);
 743           } catch (InterruptedException e)
 744           {
 745             jalview.bin.Console.debug("this.wait(100) error", e);
 746           }
 747         }
 748         if (quit)
 749         {
 750           return;
 751         }
 752
 753       }
 754     } catch (Exception e)
 755     {
 756       textArea.append("\nConsole reports an Internal error.");
 757       textArea.append("The error is: " + e.getMessage());
 758       // Need to uncomment this to ensure that line tally is synched.
 759       // lines += 2;
 760       stderr.println(
 761               "Console reports an Internal error.\nThe error is: " + e);
 762     }
 763
 764     // just for testing (Throw a Nullpointer after 1 second)
 765     if (Thread.currentThread() == errorThrower)
 766     {
 767       try
 768       {
 769         this.wait(1000);
 770       } catch (InterruptedException ie)
 771       {
 772         jalview.bin.Console.debug("this.wait(1000) error", ie);
 773       }
 774       throw new NullPointerException(
 775               MessageManager.getString("exception.application_test_npe"));
 776     }
 777   }
 778
 779   private void appendToTextArea(final String input)
 780   {
 781     if (updateConsole == false)
 782     {
 783       // do nothing;
 784       return;
 785     }
 786     long time = System.nanoTime();
 787     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 788     {
 789       @Override
 790       public void run()
 791       {
 792         displayPipe.append(input); // change to stringBuffer
 793         // displayPipe.flush();
 794
 795       }
 796     });
 797     // stderr.println("Time taken to Spawnappend:\t" + (System.nanoTime() -
 798     // time)
 799     // + " ns");
 800   }
 801
 802   private String header = null;
 803
 804   private boolean updateConsole = false;
 805
 806   private synchronized void trimBuffer(boolean clear)
 807   {
 808     if (header == null && textArea.getLineCount() > 5)
 809     {
 810       try
 811       {
 812         header = textArea.getText(0, textArea.getLineStartOffset(5))
 813                 + "\nTruncated...\n";
 814       } catch (Exception e)
 815       {
 816         jalview.bin.Console.warn("textArea Exception", e);
 817       }
 818     }
 819     // trim the buffer
 820     int tlength = textArea.getDocument().getLength();
 821     if (header != null)
 822     {
 823       if (clear || (tlength > byteslim))
 824       {
 825         try
 826         {
 827           if (!clear)
 828           {
 829             long time = System.nanoTime();
 830             textArea.replaceRange(header, 0, tlength - bytescut);
 831             // stderr.println("Time taken to cut:\t"
 832             // + (System.nanoTime() - time) + " ns");
 833           }
 834           else
 835           {
 836             textArea.setText(header);
 837           }
 838         } catch (Exception e)
 839         {
 840           jalview.bin.Console.warn("textArea Exception", e);
 841         }
 842         // lines = textArea.getLineCount();
 843       }
 844     }
 845
 846   }
 847
 848   public synchronized String readLine(PipedInputStream in)
 849           throws IOException
 850   {
 851     String input = "";
 852     int lp = -1;
 853     do
 854     {
 855       int available = in.available();
 856       if (available == 0)
 857       {
 858         break;
 859       }
 860       byte b[] = new byte[available];
 861       in.read(b);
 862       input = input + new String(b, 0, b.length);
 863       // counts lines - we don't do this for speed.
 864       // while ((lp = input.indexOf("\n", lp + 1)) > -1)
 865       // {
 866       // lines++;
 867       // }
 868     } while (!input.endsWith("\n") && !input.endsWith("\r\n") && !quit);
 869     return input;
 870   }
 871
 872   /**
 873    * @j2sIgnore
 874    * @param arg
 875    */
 876   public static void main(String[] arg)
 877   {
 878     new Console().test(); // create console with not reference
 879
 880   }
 881
 882   public void setVisible(boolean selected)
 883   {
 884     frame.setVisible(selected);
 885     if (selected == true)
 886     {
 887       setChosenLogLevelCombo();
 888       redirectStreams();
 889       updateConsole = true;
 890       frame.toFront();
 891     }
 892     else
 893     {
 894       // reset log level to what it was before
 895       if (jalview.bin.Console.log != null)
 896       {
 897         jalview.bin.Console.log.setLevel(startingLogLevel);
 898       }
 899
 900       unredirectStreams();
 901       updateConsole = false;
 902     }
 903   }
 904
 905   public Rectangle getBounds()
 906   {
 907     if (frame != null)
 908     {
 909       return frame.getBounds();
 910     }
 911     return null;
 912   }
 913
 914   /**
 915    * set the banner that appears at the top of the console output
 916    *
 917    * @param string
 918    */
 919   public void setHeader(String string)
 920   {
 921     header = string;
 922     if (header.charAt(header.length() - 1) != '\n')
 923     {
 924       header += "\n";
 925     }
 926     textArea.insert(header, 0);
 927   }
 928
 929   /**
 930    * get the banner
 931    *
 932    * @return
 933    */
 934   public String getHeader()
 935   {
 936     return header;
 937   }
 938 }