src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.io.FileParse;
  30 import jalview.io.FormatAdapter;
  31 import jalview.io.IdentifyFile;
  32 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  33 import jalview.io.JalviewFileView;
  34 import jalview.jbgui.GCutAndPasteTransfer;
  35 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37
  38 import java.awt.Toolkit;
  39 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  40 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  41 import java.awt.datatransfer.StringSelection;
  42 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  43 import java.awt.event.ActionEvent;
  44 import java.awt.event.ActionListener;
  45 import java.awt.event.MouseEvent;
  46
  47 import javax.swing.JMenuItem;
  48 import javax.swing.JOptionPane;
  49 import javax.swing.JPopupMenu;
  50 import javax.swing.SwingUtilities;
  51
  52 /**
  53  * Cut'n'paste files into the desktop See JAL-1105
  54  *
  55  * @author $author$
  56  * @version $Revision$
  57  */
  58 public class CutAndPasteTransfer extends GCutAndPasteTransfer
  59 {
  60
  61   AlignViewport viewport;
  62
  63   FileParse source = null;
  64   public CutAndPasteTransfer()
  65   {
  66     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  67     {
  68       public void run()
  69       {
  70         textarea.requestFocus();
  71       }
  72     });
  73
  74   }
  75
  76   /**
  77    * DOCUMENT ME!
  78    */
  79   public void setForInput(AlignViewport viewport)
  80   {
  81     this.viewport = viewport;
  82     if (viewport != null)
  83     {
  84       ok.setText(MessageManager.getString("action.add"));
  85     }
  86
  87     getContentPane().add(inputButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
  88   }
  89
  90   /**
  91    * DOCUMENT ME!
  92    *
  93    * @return DOCUMENT ME!
  94    */
  95   public String getText()
  96   {
  97     return textarea.getText();
  98   }
  99
 100   /**
 101    * DOCUMENT ME!
 102    *
 103    * @param text
 104    *          DOCUMENT ME!
 105    */
 106   public void setText(String text)
 107   {
 108     textarea.setText(text);
 109   }
 110
 111   public void appendText(String text)
 112   {
 113     textarea.append(text);
 114   }
 115
 116   public void save_actionPerformed(ActionEvent e)
 117   {
 118     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 119             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 120
 121     chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);
 122     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 123     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_text_to_file"));
 124     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 125
 126     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 127
 128     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 129     {
 130       try
 131       {
 132         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 133                 new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));
 134
 135         out.print(getText());
 136         out.close();
 137       } catch (Exception ex)
 138       {
 139         ex.printStackTrace();
 140       }
 141
 142     }
 143   }
 144
 145   /**
 146    * DOCUMENT ME!
 147    *
 148    * @param e
 149    *          DOCUMENT ME!
 150    */
 151   public void copyItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 152   {
 153     textarea.getSelectedText();
 154     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 155     c.setContents(new StringSelection(textarea.getSelectedText()), null);
 156   }
 157
 158   /**
 159    * DOCUMENT ME!
 160    *
 161    * @param e
 162    *          DOCUMENT ME!
 163    */
 164   public void pasteMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 165   {
 166     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 167     Transferable contents = c.getContents(this);
 168
 169     if (contents == null)
 170     {
 171       return;
 172     }
 173
 174     try
 175     {
 176       textarea.append((String) contents
 177               .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor));
 178     } catch (Exception ex)
 179     {
 180     }
 181   }
 182
 183   /**
 184    * DOCUMENT ME!
 185    *
 186    * @param e
 187    *          DOCUMENT ME!
 188    */
 189   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 190   {
 191     String format = new IdentifyFile().Identify(getText(), "Paste");
 192     // TODO: identify feature, annotation or tree file and parse appropriately.
 193     Alignment al = null;
 194
 195     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 196     {
 197       try
 198       {
 199         FormatAdapter fa = new FormatAdapter(viewport);
 200         al = fa.readFile(getText(), "Paste", format);
 201         source = fa.getAlignFile();
 202
 203       } catch (java.io.IOException ex)
 204       {
 205         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 206                 MessageManager.formatMessage(
 207                         "label.couldnt_read_pasted_text", new String[]
 208                         { ex.toString() }), MessageManager
 209                         .getString("label.error_parsing_text"),
 210                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 211       }
 212     }
 213
 214     if (al != null)
 215     {
 216       String title = MessageManager.formatMessage(
 217               "label.input_cut_paste_params", new String[]
 218               { format });
 219       if (viewport != null)
 220       {
 221         viewport.addAlignment(al, title);
 222       }
 223       else
 224       {
 225
 226         AlignFrame af;
 227         if (source instanceof ComplexAlignFile)
 228         {
 229           ColumnSelection colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 230                   .getColumnSelection();
 231           SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 232                   .getHiddenSequences();
 233           boolean showSeqFeatures = ((ComplexAlignFile) source)
 234                   .isShowSeqFeatures();
 235           ColourSchemeI cs = ((ComplexAlignFile) source).getColourScheme();
 236           af = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 237                   AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 238                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 239
 240           af.getViewport().setShowSequenceFeatures(showSeqFeatures);
 241           af.changeColour(cs);
 242         }
 243         else
 244         {
 245           af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 246                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 247         }
 248
 249         af.currentFileFormat = format;
 250         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 251                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 252         af.statusBar.setText(MessageManager
 253                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 254
 255         try
 256         {
 257           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 258                   false));
 259         } catch (Exception ex)
 260         {
 261         }
 262       }
 263     }
 264   }
 265
 266
 267   /**
 268    * DOCUMENT ME!
 269    *
 270    * @param e
 271    *          DOCUMENT ME!
 272    */
 273   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 274   {
 275     try
 276     {
 277       this.setClosed(true);
 278     } catch (Exception ex)
 279     {
 280     }
 281   }
 282
 283   public void textarea_mousePressed(MouseEvent e)
 284   {
 285     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 286     {
 287       JPopupMenu popup = new JPopupMenu(
 288               MessageManager.getString("action.edit"));
 289       JMenuItem item = new JMenuItem(
 290               MessageManager.getString("action.copy"));
 291       item.addActionListener(new ActionListener()
 292       {
 293         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 294         {
 295           copyItem_actionPerformed(e);
 296         }
 297       });
 298       popup.add(item);
 299       item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.paste"));
 300       item.addActionListener(new ActionListener()
 301       {
 302         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 303         {
 304           pasteMenu_actionPerformed(e);
 305         }
 306       });
 307       popup.add(item);
 308       popup.show(this, e.getX() + 10, e.getY() + textarea.getY() + 40);
 309
 310     }
 311   }
 312
 313 }