Recently loaded files, urls, append sequences to Alignment
[jalview.git] / src / jalview / gui / CutAndPasteTransfer.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.gui;\r
20 \r
21 import jalview.datamodel.*;\r
22 \r
23 import jalview.io.*;\r
24 \r
25 import jalview.jbgui.*;\r
26 \r
27 import java.awt.*;\r
28 import java.awt.datatransfer.*;\r
29 import java.awt.event.*;\r
30 \r
31 import javax.swing.*;\r
32 \r
33 \r
34 /**\r
35  * DOCUMENT ME!\r
36  *\r
37  * @author $author$\r
38  * @version $Revision$\r
39  */\r
40 public class CutAndPasteTransfer extends GCutAndPasteTransfer\r
41 {\r
42 \r
43   AlignmentI addToThisAlignment;\r
44 \r
45   public CutAndPasteTransfer()\r
46   {\r
47     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
48     {\r
49       public void run()\r
50       {\r
51         textarea.requestFocus();\r
52       }\r
53     });\r
54 \r
55   }\r
56 \r
57     /**\r
58      * DOCUMENT ME!\r
59      */\r
60     public void setForInput(AlignmentI alignment)\r
61     {\r
62       addToThisAlignment = alignment;\r
63       getContentPane().add(inputButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
64     }\r
65 \r
66     /**\r
67      * DOCUMENT ME!\r
68      *\r
69      * @return DOCUMENT ME!\r
70      */\r
71     public String getText()\r
72     {\r
73         return textarea.getText();\r
74     }\r
75 \r
76     /**\r
77      * DOCUMENT ME!\r
78      *\r
79      * @param text DOCUMENT ME!\r
80      */\r
81     public void setText(String text)\r
82     {\r
83         textarea.setText(text);\r
84     }\r
85 \r
86     public void appendText(String text)\r
87     {\r
88       textarea.append(text);\r
89     }\r
90 \r
91     /**\r
92      * DOCUMENT ME!\r
93      *\r
94      * @param e DOCUMENT ME!\r
95      */\r
96     public void copyItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
97     {\r
98         textarea.getSelectedText();\r
99         Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
100         c.setContents(new StringSelection(textarea.getSelectedText()), null);\r
101     }\r
102 \r
103     /**\r
104      * DOCUMENT ME!\r
105      *\r
106      * @param e DOCUMENT ME!\r
107      */\r
108     public void pasteMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
109     {\r
110         Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
111         Transferable contents = c.getContents(this);\r
112 \r
113         if (contents == null)\r
114         {\r
115             return;\r
116         }\r
117 \r
118         try\r
119         {\r
120             textarea.append((String) contents.getTransferData(\r
121                     DataFlavor.stringFlavor));\r
122         }\r
123         catch (Exception ex)\r
124         {\r
125         }\r
126     }\r
127 \r
128     /**\r
129      * DOCUMENT ME!\r
130      *\r
131      * @param e DOCUMENT ME!\r
132      */\r
133     public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)\r
134     {\r
135         String format = new IdentifyFile().Identify(getText(), "Paste");\r
136         SequenceI[] sequences = null;\r
137 \r
138         if (FormatAdapter.formats.contains(format))\r
139         {\r
140           try{\r
141             sequences = new FormatAdapter().readFile(getText(), "Paste", format);\r
142           }catch(java.io.IOException ex)\r
143           {\r
144             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
145                                                   "Couldn't read the pasted text.\n" +ex.toString(),\r
146                                                   "Error parsing text",\r
147                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
148           }\r
149         }\r
150 \r
151         if (sequences != null)\r
152         {\r
153           if(addToThisAlignment!=null)\r
154           {\r
155             for(int i=0; i<sequences.length; i++)\r
156               addToThisAlignment.addSequence(sequences[i]);\r
157           }\r
158           else\r
159           {\r
160             AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences));\r
161             af.currentFileFormat = format;\r
162             Desktop.addInternalFrame(af, "Cut & Paste input - " + format,\r
163                                      AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
164                                      AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
165             af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");\r
166 \r
167             try\r
168             {\r
169               af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));\r
170             }\r
171             catch (Exception ex)\r
172             {\r
173             }\r
174 \r
175           }\r
176             try\r
177             {\r
178                 this.setClosed(true);\r
179             }\r
180             catch (Exception ex)\r
181             {\r
182             }\r
183         }\r
184     }\r
185 \r
186     /**\r
187      * DOCUMENT ME!\r
188      *\r
189      * @param e DOCUMENT ME!\r
190      */\r
191     public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
192     {\r
193         try\r
194         {\r
195             this.setClosed(true);\r
196         }\r
197         catch (Exception ex)\r
198         {\r
199         }\r
200     }\r
201 \r
202     public void textarea_mousePressed(MouseEvent e)\r
203     {\r
204       if(SwingUtilities.isRightMouseButton(e))\r
205       {\r
206         JPopupMenu popup = new JPopupMenu("Edit");\r
207         JMenuItem item = new JMenuItem("Copy");\r
208         item.addActionListener(new ActionListener()\r
209             {public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
210                   {\r
211                     copyItem_actionPerformed(e);\r
212                   }\r
213             });\r
214         popup.add(item);\r
215         item = new JMenuItem("Paste");\r
216         item.addActionListener(new ActionListener()\r
217             {public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
218                   {\r
219                     pasteMenu_actionPerformed(e);\r
220                   }\r
221             });\r
222         popup.add(item);\r
223         popup.show(this, e.getX()+10, e.getY()+textarea.getY()+40);\r
224 \r
225       }\r
226     }\r
227 \r
228 }\r