src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.io.FileParse;
  30 import jalview.io.FormatAdapter;
  31 import jalview.io.IdentifyFile;
  32 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  33 import jalview.io.JalviewFileView;
  34 import jalview.jbgui.GCutAndPasteTransfer;
  35 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37
  38 import java.awt.Toolkit;
  39 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  40 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  41 import java.awt.datatransfer.StringSelection;
  42 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  43 import java.awt.event.ActionEvent;
  44 import java.awt.event.ActionListener;
  45 import java.awt.event.MouseEvent;
  46
  47 import javax.swing.JMenuItem;
  48 import javax.swing.JOptionPane;
  49 import javax.swing.JPopupMenu;
  50 import javax.swing.SwingUtilities;
  51
  52 /**
  53  * Cut'n'paste files into the desktop See JAL-1105
  54  *
  55  * @author $author$
  56  * @version $Revision$
  57  */
  58 public class CutAndPasteTransfer extends GCutAndPasteTransfer
  59 {
  60
  61   AlignmentViewPanel alignpanel;
  62
  63   AlignViewportI viewport;
  64
  65   FileParse source = null;
  66   public CutAndPasteTransfer()
  67   {
  68     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  69     {
  70       public void run()
  71       {
  72         textarea.requestFocus();
  73       }
  74     });
  75
  76   }
  77
  78   /**
  79    * DOCUMENT ME!
  80    */
  81   public void setForInput(AlignmentViewPanel viewpanel)
  82   {
  83     this.alignpanel = viewpanel;
  84     if (alignpanel != null)
  85     {
  86       this.viewport = alignpanel.getAlignViewport();
  87     }
  88     if (viewport != null)
  89     {
  90       ok.setText(MessageManager.getString("action.add"));
  91     }
  92
  93     getContentPane().add(inputButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
  94   }
  95
  96   /**
  97    * DOCUMENT ME!
  98    *
  99    * @return DOCUMENT ME!
 100    */
 101   public String getText()
 102   {
 103     return textarea.getText();
 104   }
 105
 106   /**
 107    * DOCUMENT ME!
 108    *
 109    * @param text
 110    *          DOCUMENT ME!
 111    */
 112   public void setText(String text)
 113   {
 114     textarea.setText(text);
 115   }
 116
 117   public void appendText(String text)
 118   {
 119     textarea.append(text);
 120   }
 121
 122   public void save_actionPerformed(ActionEvent e)
 123   {
 124     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 125             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 126
 127     chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);
 128     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 129     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_text_to_file"));
 130     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 131
 132     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 133
 134     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 135     {
 136       try
 137       {
 138         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 139                 new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));
 140
 141         out.print(getText());
 142         out.close();
 143       } catch (Exception ex)
 144       {
 145         ex.printStackTrace();
 146       }
 147
 148     }
 149   }
 150
 151   /**
 152    * DOCUMENT ME!
 153    *
 154    * @param e
 155    *          DOCUMENT ME!
 156    */
 157   public void copyItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 158   {
 159     textarea.getSelectedText();
 160     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 161     c.setContents(new StringSelection(textarea.getSelectedText()), null);
 162   }
 163
 164   /**
 165    * DOCUMENT ME!
 166    *
 167    * @param e
 168    *          DOCUMENT ME!
 169    */
 170   public void pasteMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 171   {
 172     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 173     Transferable contents = c.getContents(this);
 174
 175     if (contents == null)
 176     {
 177       return;
 178     }
 179
 180     try
 181     {
 182       textarea.append((String) contents
 183               .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor));
 184     } catch (Exception ex)
 185     {
 186     }
 187   }
 188
 189   /**
 190    * DOCUMENT ME!
 191    *
 192    * @param e
 193    *          DOCUMENT ME!
 194    */
 195   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 196   {
 197     String format = new IdentifyFile().Identify(getText(), "Paste");
 198     // TODO: identify feature, annotation or tree file and parse appropriately.
 199     AlignmentI al = null;
 200
 201     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 202     {
 203       try
 204       {
 205         FormatAdapter fa = new FormatAdapter(alignpanel);
 206         al = fa.readFile(getText(), "Paste", format);
 207         source = fa.getAlignFile();
 208
 209       } catch (java.io.IOException ex)
 210       {
 211         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 212                 MessageManager.formatMessage(
 213                         "label.couldnt_read_pasted_text", new String[]
 214                         { ex.toString() }), MessageManager
 215                         .getString("label.error_parsing_text"),
 216                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 217       }
 218     }
 219
 220     if (al != null)
 221     {
 222       String title = MessageManager.formatMessage(
 223               "label.input_cut_paste_params", new String[]
 224               { format });
 225       if (viewport != null)
 226       {
 227         ((AlignViewport) viewport).addAlignment(al, title);
 228       }
 229       else
 230       {
 231
 232         AlignFrame af;
 233         if (source instanceof ComplexAlignFile)
 234         {
 235           ColumnSelection colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 236                   .getColumnSelection();
 237           SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 238                   .getHiddenSequences();
 239           boolean showSeqFeatures = ((ComplexAlignFile) source)
 240                   .isShowSeqFeatures();
 241           ColourSchemeI cs = ((ComplexAlignFile) source).getColourScheme();
 242           af = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 243                   AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 244                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 245
 246           af.getViewport().setShowSequenceFeatures(showSeqFeatures);
 247           af.changeColour(cs);
 248         }
 249         else
 250         {
 251           af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 252                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 253         }
 254
 255         af.currentFileFormat = format;
 256         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 257                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 258         af.statusBar.setText(MessageManager
 259                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 260
 261         try
 262         {
 263           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 264                   false));
 265         } catch (Exception ex)
 266         {
 267         }
 268       }
 269     }
 270   }
 271
 272
 273   /**
 274    * DOCUMENT ME!
 275    *
 276    * @param e
 277    *          DOCUMENT ME!
 278    */
 279   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 280   {
 281     try
 282     {
 283       this.setClosed(true);
 284     } catch (Exception ex)
 285     {
 286     }
 287   }
 288
 289   public void textarea_mousePressed(MouseEvent e)
 290   {
 291     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 292     {
 293       JPopupMenu popup = new JPopupMenu(
 294               MessageManager.getString("action.edit"));
 295       JMenuItem item = new JMenuItem(
 296               MessageManager.getString("action.copy"));
 297       item.addActionListener(new ActionListener()
 298       {
 299         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 300         {
 301           copyItem_actionPerformed(e);
 302         }
 303       });
 304       popup.add(item);
 305       item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.paste"));
 306       item.addActionListener(new ActionListener()
 307       {
 308         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 309         {
 310           pasteMenu_actionPerformed(e);
 311         }
 312       });
 313       popup.add(item);
 314       popup.show(this, e.getX() + 10, e.getY() + textarea.getY() + 40);
 315
 316     }
 317   }
 318
 319 }