src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  26 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  27 import jalview.bin.Jalview;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32 import jalview.io.FileParse;
  33 import jalview.io.FormatAdapter;
  34 import jalview.io.IdentifyFile;
  35 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  36 import jalview.io.JalviewFileView;
  37 import jalview.jbgui.GCutAndPasteTransfer;
  38 import jalview.json.binding.biojson.v1.ColourSchemeMapper;
  39 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  40 import jalview.util.MessageManager;
  41
  42 import java.awt.Toolkit;
  43 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  44 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  45 import java.awt.datatransfer.StringSelection;
  46 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  47 import java.awt.event.ActionEvent;
  48 import java.awt.event.ActionListener;
  49 import java.awt.event.MouseEvent;
  50
  51 import javax.swing.JMenuItem;
  52 import javax.swing.JOptionPane;
  53 import javax.swing.JPopupMenu;
  54 import javax.swing.SwingUtilities;
  55
  56 /**
  57  * Cut'n'paste files into the desktop See JAL-1105
  58  *
  59  * @author $author$
  60  * @version $Revision$
  61  */
  62 public class CutAndPasteTransfer extends GCutAndPasteTransfer
  63 {
  64
  65   AlignmentViewPanel alignpanel;
  66
  67   AlignViewportI viewport;
  68
  69   FileParse source = null;
  70
  71   public CutAndPasteTransfer()
  72   {
  73     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  74     {
  75       public void run()
  76       {
  77         textarea.requestFocus();
  78       }
  79     });
  80
  81   }
  82
  83   /**
  84    * DOCUMENT ME!
  85    */
  86   public void setForInput(AlignmentViewPanel viewpanel)
  87   {
  88     this.alignpanel = viewpanel;
  89     if (alignpanel != null)
  90     {
  91       this.viewport = alignpanel.getAlignViewport();
  92     }
  93     if (viewport != null)
  94     {
  95       ok.setText(MessageManager.getString("action.add"));
  96     }
  97
  98     getContentPane().add(inputButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
  99   }
 100
 101   /**
 102    * DOCUMENT ME!
 103    *
 104    * @return DOCUMENT ME!
 105    */
 106   public String getText()
 107   {
 108     return textarea.getText();
 109   }
 110
 111   /**
 112    * DOCUMENT ME!
 113    *
 114    * @param text
 115    *          DOCUMENT ME!
 116    */
 117   public void setText(String text)
 118   {
 119     textarea.setText(text);
 120   }
 121
 122   public void appendText(String text)
 123   {
 124     textarea.append(text);
 125   }
 126
 127   public void save_actionPerformed(ActionEvent e)
 128   {
 129     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 130             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 131
 132     chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);
 133     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 134     chooser.setDialogTitle(MessageManager
 135             .getString("label.save_text_to_file"));
 136     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 137
 138     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 139
 140     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 141     {
 142       try
 143       {
 144         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 145                 new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));
 146
 147         out.print(getText());
 148         out.close();
 149       } catch (Exception ex)
 150       {
 151         ex.printStackTrace();
 152       }
 153
 154     }
 155   }
 156
 157   /**
 158    * DOCUMENT ME!
 159    *
 160    * @param e
 161    *          DOCUMENT ME!
 162    */
 163   public void copyItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 164   {
 165     textarea.getSelectedText();
 166     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 167     c.setContents(new StringSelection(textarea.getSelectedText()), null);
 168   }
 169
 170   /**
 171    * DOCUMENT ME!
 172    *
 173    * @param e
 174    *          DOCUMENT ME!
 175    */
 176   public void pasteMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 177   {
 178     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 179     Transferable contents = c.getContents(this);
 180
 181     if (contents == null)
 182     {
 183       return;
 184     }
 185
 186     try
 187     {
 188       textarea.append((String) contents
 189               .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor));
 190     } catch (Exception ex)
 191     {
 192     }
 193   }
 194
 195   /**
 196    * DOCUMENT ME!
 197    *
 198    * @param e
 199    *          DOCUMENT ME!
 200    */
 201   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 202   {
 203     String text = getText();
 204     if (text.trim().length() < 1)
 205     {
 206       return;
 207     }
 208
 209     String format = new IdentifyFile().Identify(text, "Paste");
 210     if (format == null || format.equalsIgnoreCase("EMPTY DATA FILE"))
 211     {
 212       System.err.println(MessageManager
 213               .getString("label.couldnt_read_data"));
 214       if (!Jalview.isHeadlessMode())
 215       {
 216         javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 217                 AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS,
 218                 MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 219                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 220       }
 221       return;
 222     }
 223
 224     // TODO: identify feature, annotation or tree file and parse appropriately.
 225     AlignmentI al = null;
 226
 227     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 228     {
 229       try
 230       {
 231         FormatAdapter fa = new FormatAdapter(alignpanel);
 232         al = fa.readFile(getText(), "Paste", format);
 233         source = fa.getAlignFile();
 234
 235       } catch (java.io.IOException ex)
 236       {
 237         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 238                 MessageManager.formatMessage(
 239                         "label.couldnt_read_pasted_text",
 240                         new String[] { ex.toString() }), MessageManager
 241                         .getString("label.error_parsing_text"),
 242                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 243       }
 244     }
 245
 246     if (al != null && al.hasValidSequence())
 247     {
 248       String title = MessageManager.formatMessage(
 249               "label.input_cut_paste_params", new String[] { format });
 250       if (viewport != null)
 251       {
 252         ((AlignViewport) viewport).addAlignment(al, title);
 253       }
 254       else
 255       {
 256
 257         AlignFrame af;
 258         if (source instanceof ComplexAlignFile)
 259         {
 260           ColumnSelection colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 261                   .getColumnSelection();
 262           SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 263                   .getHiddenSequences();
 264           boolean showSeqFeatures = ((ComplexAlignFile) source)
 265                   .isShowSeqFeatures();
 266           String colourSchemeName = ((ComplexAlignFile) source)
 267                   .getGlobalColourScheme();
 268           FeaturesDisplayedI fd = ((ComplexAlignFile) source)
 269                   .getDisplayedFeatures();
 270           af = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 271                   AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 272           af.getViewport().setShowSequenceFeatures(showSeqFeatures);
 273           af.getViewport().setFeaturesDisplayed(fd);
 274           ColourSchemeI cs = ColourSchemeMapper.getJalviewColourScheme(
 275                   colourSchemeName, al);
 276           if (cs != null)
 277           {
 278             af.changeColour(cs);
 279           }
 280         }
 281         else
 282         {
 283           af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 284                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 285         }
 286
 287         af.currentFileFormat = format;
 288         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 289                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 290         af.statusBar.setText(MessageManager
 291                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 292
 293         try
 294         {
 295           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 296                   false));
 297         } catch (Exception ex)
 298         {
 299         }
 300       }
 301     }
 302     else
 303     {
 304       System.err.println(MessageManager
 305               .getString("label.couldnt_read_data"));
 306       if (!Jalview.isHeadlessMode())
 307       {
 308         javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 309                 AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS,
 310                 MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 311                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 312       }
 313     }
 314   }
 315
 316   /**
 317    * DOCUMENT ME!
 318    *
 319    * @param e
 320    *          DOCUMENT ME!
 321    */
 322   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 323   {
 324     try
 325     {
 326       this.setClosed(true);
 327     } catch (Exception ex)
 328     {
 329     }
 330   }
 331
 332   public void textarea_mousePressed(MouseEvent e)
 333   {
 334     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 335     {
 336       JPopupMenu popup = new JPopupMenu(
 337               MessageManager.getString("action.edit"));
 338       JMenuItem item = new JMenuItem(
 339               MessageManager.getString("action.copy"));
 340       item.addActionListener(new ActionListener()
 341       {
 342         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 343         {
 344           copyItem_actionPerformed(e);
 345         }
 346       });
 347       popup.add(item);
 348       item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.paste"));
 349       item.addActionListener(new ActionListener()
 350       {
 351         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 352         {
 353           pasteMenu_actionPerformed(e);
 354         }
 355       });
 356       popup.add(item);
 357       popup.show(this, e.getX() + 10, e.getY() + textarea.getY() + 40);
 358
 359     }
 360   }
 361
 362 }