src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  26 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  27 import jalview.bin.Jalview;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32 import jalview.io.FileParse;
  33 import jalview.io.FormatAdapter;
  34 import jalview.io.IdentifyFile;
  35 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  36 import jalview.io.JalviewFileView;
  37 import jalview.jbgui.GCutAndPasteTransfer;
  38 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  39 import jalview.util.MessageManager;
  40
  41 import java.awt.Toolkit;
  42 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  43 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  44 import java.awt.datatransfer.StringSelection;
  45 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  46 import java.awt.event.ActionEvent;
  47 import java.awt.event.ActionListener;
  48 import java.awt.event.MouseEvent;
  49
  50 import javax.swing.JMenuItem;
  51 import javax.swing.JOptionPane;
  52 import javax.swing.JPopupMenu;
  53 import javax.swing.SwingUtilities;
  54
  55 /**
  56  * Cut'n'paste files into the desktop See JAL-1105
  57  *
  58  * @author $author$
  59  * @version $Revision$
  60  */
  61 public class CutAndPasteTransfer extends GCutAndPasteTransfer
  62 {
  63
  64   AlignmentViewPanel alignpanel;
  65
  66   AlignViewportI viewport;
  67
  68   FileParse source = null;
  69
  70   public CutAndPasteTransfer()
  71   {
  72     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  73     {
  74       public void run()
  75       {
  76         textarea.requestFocus();
  77       }
  78     });
  79
  80   }
  81
  82   /**
  83    * DOCUMENT ME!
  84    */
  85   public void setForInput(AlignmentViewPanel viewpanel)
  86   {
  87     this.alignpanel = viewpanel;
  88     if (alignpanel != null)
  89     {
  90       this.viewport = alignpanel.getAlignViewport();
  91     }
  92     if (viewport != null)
  93     {
  94       ok.setText(MessageManager.getString("action.add"));
  95     }
  96
  97     getContentPane().add(inputButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
  98   }
  99
 100   /**
 101    * DOCUMENT ME!
 102    *
 103    * @return DOCUMENT ME!
 104    */
 105   public String getText()
 106   {
 107     return textarea.getText();
 108   }
 109
 110   /**
 111    * DOCUMENT ME!
 112    *
 113    * @param text
 114    *          DOCUMENT ME!
 115    */
 116   public void setText(String text)
 117   {
 118     textarea.setText(text);
 119   }
 120
 121   public void appendText(String text)
 122   {
 123     textarea.append(text);
 124   }
 125
 126   public void save_actionPerformed(ActionEvent e)
 127   {
 128     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 129             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 130
 131     chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);
 132     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 133     chooser.setDialogTitle(MessageManager
 134             .getString("label.save_text_to_file"));
 135     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 136
 137     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 138
 139     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 140     {
 141       try
 142       {
 143         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 144                 new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));
 145
 146         out.print(getText());
 147         out.close();
 148       } catch (Exception ex)
 149       {
 150         ex.printStackTrace();
 151       }
 152
 153     }
 154   }
 155
 156   /**
 157    * DOCUMENT ME!
 158    *
 159    * @param e
 160    *          DOCUMENT ME!
 161    */
 162   public void copyItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 163   {
 164     textarea.getSelectedText();
 165     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 166     c.setContents(new StringSelection(textarea.getSelectedText()), null);
 167   }
 168
 169   /**
 170    * DOCUMENT ME!
 171    *
 172    * @param e
 173    *          DOCUMENT ME!
 174    */
 175   public void pasteMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 176   {
 177     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 178     Transferable contents = c.getContents(this);
 179
 180     if (contents == null)
 181     {
 182       return;
 183     }
 184
 185     try
 186     {
 187       textarea.append((String) contents
 188               .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor));
 189     } catch (Exception ex)
 190     {
 191     }
 192   }
 193
 194   /**
 195    * DOCUMENT ME!
 196    *
 197    * @param e
 198    *          DOCUMENT ME!
 199    */
 200   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 201   {
 202     String text = getText();
 203     if (text.trim().length() < 1)
 204     {
 205       return;
 206     }
 207
 208     String format = new IdentifyFile().Identify(text, "Paste");
 209     if (format == null || format.equalsIgnoreCase("EMPTY DATA FILE"))
 210     {
 211       System.err.println(MessageManager
 212               .getString("label.couldnt_read_data"));
 213       if (!Jalview.isHeadlessMode())
 214       {
 215         javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 216                 AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS,
 217                 MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 218                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 219       }
 220       return;
 221     }
 222
 223     // TODO: identify feature, annotation or tree file and parse appropriately.
 224     AlignmentI al = null;
 225
 226     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 227     {
 228       try
 229       {
 230         FormatAdapter fa = new FormatAdapter(alignpanel);
 231         al = fa.readFile(getText(), "Paste", format);
 232         source = fa.getAlignFile();
 233
 234       } catch (java.io.IOException ex)
 235       {
 236         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 237                 MessageManager.formatMessage(
 238                         "label.couldnt_read_pasted_text",
 239                         new String[] { ex.toString() }), MessageManager
 240                         .getString("label.error_parsing_text"),
 241                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 242       }
 243     }
 244
 245     if (al != null && al.hasValidSequence())
 246     {
 247       String title = MessageManager.formatMessage(
 248               "label.input_cut_paste_params", new String[] { format });
 249       if (viewport != null)
 250       {
 251         ((AlignViewport) viewport).addAlignment(al, title);
 252       }
 253       else
 254       {
 255
 256         AlignFrame af;
 257         if (source instanceof ComplexAlignFile)
 258         {
 259           ColumnSelection colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 260                   .getColumnSelection();
 261           SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 262                   .getHiddenSequences();
 263           boolean showSeqFeatures = ((ComplexAlignFile) source)
 264                   .isShowSeqFeatures();
 265           ColourSchemeI cs = ((ComplexAlignFile) source).getColourScheme();
 266           FeaturesDisplayedI fd = ((ComplexAlignFile) source)
 267                   .getDisplayedFeatures();
 268           af = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 269                   AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 270           af.getViewport().setShowSequenceFeatures(showSeqFeatures);
 271           af.getViewport().setFeaturesDisplayed(fd);
 272           af.changeColour(cs);
 273         }
 274         else
 275         {
 276           af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 277                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 278         }
 279
 280         af.currentFileFormat = format;
 281         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 282                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 283         af.statusBar.setText(MessageManager
 284                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 285
 286         try
 287         {
 288           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 289                   false));
 290         } catch (Exception ex)
 291         {
 292         }
 293       }
 294     }
 295     else
 296     {
 297       System.err.println(MessageManager
 298               .getString("label.couldnt_read_data"));
 299       if (!Jalview.isHeadlessMode())
 300       {
 301         javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 302                 AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS,
 303                 MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 304                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 305       }
 306     }
 307   }
 308
 309   /**
 310    * DOCUMENT ME!
 311    *
 312    * @param e
 313    *          DOCUMENT ME!
 314    */
 315   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 316   {
 317     try
 318     {
 319       this.setClosed(true);
 320     } catch (Exception ex)
 321     {
 322     }
 323   }
 324
 325   public void textarea_mousePressed(MouseEvent e)
 326   {
 327     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 328     {
 329       JPopupMenu popup = new JPopupMenu(
 330               MessageManager.getString("action.edit"));
 331       JMenuItem item = new JMenuItem(
 332               MessageManager.getString("action.copy"));
 333       item.addActionListener(new ActionListener()
 334       {
 335         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 336         {
 337           copyItem_actionPerformed(e);
 338         }
 339       });
 340       popup.add(item);
 341       item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.paste"));
 342       item.addActionListener(new ActionListener()
 343       {
 344         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 345         {
 346           pasteMenu_actionPerformed(e);
 347         }
 348       });
 349       popup.add(item);
 350       popup.show(this, e.getX() + 10, e.getY() + textarea.getY() + 40);
 351
 352     }
 353   }
 354
 355 }