src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  26 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  27 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  28 import jalview.api.FeaturesSourceI;
  29 import jalview.bin.Jalview;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  31 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  34 import jalview.io.FileParse;
  35 import jalview.io.FormatAdapter;
  36 import jalview.io.IdentifyFile;
  37 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  38 import jalview.io.JalviewFileView;
  39 import jalview.jbgui.GCutAndPasteTransfer;
  40 import jalview.json.binding.biojson.v1.ColourSchemeMapper;
  41 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  42 import jalview.util.MessageManager;
  43
  44 import java.awt.Toolkit;
  45 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  46 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  47 import java.awt.datatransfer.StringSelection;
  48 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  49 import java.awt.event.ActionEvent;
  50 import java.awt.event.ActionListener;
  51 import java.awt.event.MouseEvent;
  52
  53 import javax.swing.JMenuItem;
  54 import javax.swing.JPopupMenu;
  55 import javax.swing.SwingUtilities;
  56
  57 /**
  58  * Cut'n'paste files into the desktop See JAL-1105
  59  *
  60  * @author $author$
  61  * @version $Revision$
  62  */
  63 public class CutAndPasteTransfer extends GCutAndPasteTransfer
  64 {
  65
  66   AlignmentViewPanel alignpanel;
  67
  68   AlignViewportI viewport;
  69
  70   FileParse source = null;
  71
  72   public CutAndPasteTransfer()
  73   {
  74     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  75     {
  76       @Override
  77       public void run()
  78       {
  79         textarea.requestFocus();
  80       }
  81     });
  82
  83   }
  84
  85   /**
  86    * DOCUMENT ME!
  87    */
  88   public void setForInput(AlignmentViewPanel viewpanel)
  89   {
  90     this.alignpanel = viewpanel;
  91     if (alignpanel != null)
  92     {
  93       this.viewport = alignpanel.getAlignViewport();
  94     }
  95     if (viewport != null)
  96     {
  97       ok.setText(MessageManager.getString("action.add"));
  98     }
  99
 100     getContentPane().add(inputButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 101   }
 102
 103   /**
 104    * DOCUMENT ME!
 105    *
 106    * @return DOCUMENT ME!
 107    */
 108   public String getText()
 109   {
 110     return textarea.getText();
 111   }
 112
 113   /**
 114    * DOCUMENT ME!
 115    *
 116    * @param text
 117    *          DOCUMENT ME!
 118    */
 119   public void setText(String text)
 120   {
 121     textarea.setText(text);
 122   }
 123
 124   public void appendText(String text)
 125   {
 126     textarea.append(text);
 127   }
 128
 129   @Override
 130   public void save_actionPerformed(ActionEvent e)
 131   {
 132     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 133             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 134
 135     chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);
 136     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 137     chooser.setDialogTitle(MessageManager
 138             .getString("label.save_text_to_file"));
 139     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 140
 141     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 142
 143     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 144     {
 145       try
 146       {
 147         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 148                 new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));
 149
 150         out.print(getText());
 151         out.close();
 152       } catch (Exception ex)
 153       {
 154         ex.printStackTrace();
 155       }
 156
 157     }
 158   }
 159
 160   /**
 161    * DOCUMENT ME!
 162    *
 163    * @param e
 164    *          DOCUMENT ME!
 165    */
 166   @Override
 167   public void copyItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 168   {
 169     textarea.getSelectedText();
 170     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 171     c.setContents(new StringSelection(textarea.getSelectedText()), null);
 172   }
 173
 174   /**
 175    * DOCUMENT ME!
 176    *
 177    * @param e
 178    *          DOCUMENT ME!
 179    */
 180   @Override
 181   public void pasteMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 182   {
 183     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 184     Transferable contents = c.getContents(this);
 185
 186     if (contents == null)
 187     {
 188       return;
 189     }
 190
 191     try
 192     {
 193       textarea.append((String) contents
 194               .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor));
 195     } catch (Exception ex)
 196     {
 197     }
 198   }
 199
 200   /**
 201    * DOCUMENT ME!
 202    *
 203    * @param e
 204    *          DOCUMENT ME!
 205    */
 206   @Override
 207   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 208   {
 209     String text = getText();
 210     if (text.trim().length() < 1)
 211     {
 212       return;
 213     }
 214
 215     String format = new IdentifyFile().identify(text, "Paste");
 216     if (format == null || format.equalsIgnoreCase("EMPTY DATA FILE"))
 217     {
 218       System.err.println(MessageManager
 219               .getString("label.couldnt_read_data"));
 220       if (!Jalview.isHeadlessMode())
 221       {
 222         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 223                 AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS,
 224                 MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 225                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 226       }
 227       return;
 228     }
 229
 230     // TODO: identify feature, annotation or tree file and parse appropriately.
 231     AlignmentI al = null;
 232
 233     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 234     {
 235       try
 236       {
 237         FormatAdapter fa = new FormatAdapter(alignpanel);
 238         al = fa.readFile(getText(), "Paste", format);
 239         source = fa.getAlignFile();
 240
 241       } catch (java.io.IOException ex)
 242       {
 243         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 244                 MessageManager.formatMessage(
 245                         "label.couldnt_read_pasted_text",
 246                         new String[] { ex.toString() }), MessageManager
 247                         .getString("label.error_parsing_text"),
 248                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 249       }
 250     }
 251
 252     if (al != null && al.hasValidSequence())
 253     {
 254       String title = MessageManager.formatMessage(
 255               "label.input_cut_paste_params", new String[] { format });
 256       FeatureSettingsModelI proxyColourScheme = source
 257               .getFeatureColourScheme();
 258
 259       /*
 260        * if the view panel was closed its alignment is nulled
 261        * and this is an orphaned cut and paste window
 262        */
 263       if (viewport != null && viewport.getAlignment() != null)
 264       {
 265         if (proxyColourScheme != null)
 266         {
 267           viewport.applyFeaturesStyle(proxyColourScheme);
 268         }
 269         ((AlignViewport) viewport).addAlignment(al, title);
 270       }
 271       else
 272       {
 273
 274         AlignFrame af;
 275         if (source instanceof ComplexAlignFile)
 276         {
 277           ColumnSelection colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 278                   .getColumnSelection();
 279           SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 280                   .getHiddenSequences();
 281           boolean showSeqFeatures = ((ComplexAlignFile) source)
 282                   .isShowSeqFeatures();
 283           String colourSchemeName = ((ComplexAlignFile) source)
 284                   .getGlobalColourScheme();
 285           FeaturesDisplayedI fd = ((ComplexAlignFile) source)
 286                   .getDisplayedFeatures();
 287           af = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 288                   AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 289           af.getViewport().setShowSequenceFeatures(showSeqFeatures);
 290           af.getViewport().setFeaturesDisplayed(fd);
 291           ColourSchemeI cs = ColourSchemeMapper.getJalviewColourScheme(
 292                   colourSchemeName, al);
 293           if (cs != null)
 294           {
 295             af.changeColour(cs);
 296           }
 297         }
 298         else
 299         {
 300           af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 301                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 302           if (source instanceof FeaturesSourceI)
 303           {
 304             af.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);
 305           }
 306         }
 307         if (proxyColourScheme != null)
 308         {
 309           af.getViewport().applyFeaturesStyle(proxyColourScheme);
 310         }
 311         af.currentFileFormat = format;
 312         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 313                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 314         af.statusBar.setText(MessageManager
 315                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 316
 317         try
 318         {
 319           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 320                   false));
 321         } catch (Exception ex)
 322         {
 323         }
 324       }
 325     }
 326     else
 327     {
 328       System.err.println(MessageManager
 329               .getString("label.couldnt_read_data"));
 330       if (!Jalview.isHeadlessMode())
 331       {
 332         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 333                 AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS,
 334                 MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 335                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 336       }
 337     }
 338   }
 339
 340   /**
 341    * DOCUMENT ME!
 342    *
 343    * @param e
 344    *          DOCUMENT ME!
 345    */
 346   @Override
 347   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 348   {
 349     try
 350     {
 351       this.setClosed(true);
 352     } catch (Exception ex)
 353     {
 354     }
 355   }
 356
 357   @Override
 358   public void textarea_mousePressed(MouseEvent e)
 359   {
 360     /*
 361      * isPopupTrigger is checked in mousePressed on Mac,
 362      * in mouseReleased on Windows
 363      */
 364     if (e.isPopupTrigger())
 365     {
 366       JPopupMenu popup = new JPopupMenu(
 367               MessageManager.getString("action.edit"));
 368       JMenuItem item = new JMenuItem(
 369               MessageManager.getString("action.copy"));
 370       item.addActionListener(new ActionListener()
 371       {
 372         @Override
 373         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 374         {
 375           copyItem_actionPerformed(e);
 376         }
 377       });
 378       popup.add(item);
 379       item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.paste"));
 380       item.addActionListener(new ActionListener()
 381       {
 382         @Override
 383         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 384         {
 385           pasteMenu_actionPerformed(e);
 386         }
 387       });
 388       popup.add(item);
 389       popup.show(this, e.getX() + 10, e.getY() + textarea.getY() + 40);
 390
 391     }
 392   }
 393
 394 }