src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import jalview.jbgui.GDasSourceBrowser;
  21 import jalview.util.TableSorter;
  22 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;
  23 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  24
  25 import java.awt.BorderLayout;
  26 import java.awt.event.ActionEvent;
  27 import java.awt.event.MouseAdapter;
  28 import java.awt.event.MouseEvent;
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.List;
  31 import java.util.Properties;
  32 import java.util.StringTokenizer;
  33 import java.util.Vector;
  34
  35 import javax.swing.JCheckBox;
  36 import javax.swing.JLabel;
  37 import javax.swing.JOptionPane;
  38 import javax.swing.JPanel;
  39 import javax.swing.JTextField;
  40 import javax.swing.ListSelectionModel;
  41 import javax.swing.SwingUtilities;
  42 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  43 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  44 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  45
  46 import org.biodas.jdas.schema.sources.CAPABILITY;
  47 import org.biodas.jdas.schema.sources.COORDINATES;
  48 import org.biodas.jdas.schema.sources.PROP;
  49 import org.biodas.jdas.schema.sources.VERSION;
  50
  51 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser implements
  52         Runnable, ListSelectionListener
  53 {
  54   DasSourceRegistryI sourceRegistry = null;
  55
  56   Vector<String> selectedSources;
  57
  58   public DasSourceBrowser(FeatureSettings featureSettings)
  59   {
  60     fs = featureSettings;
  61     // TODO DasSourceRegistryProvider API
  62     sourceRegistry = jalview.bin.Cache.getDasSourceRegistry();
  63     String registry = sourceRegistry.getDasRegistryURL();
  64
  65     registryURL.setText(registry);
  66
  67     setSelectedFromProperties();
  68
  69     displayFullDetails(null);
  70     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
  71
  72     filter1.addListSelectionListener(this);
  73     filter2.addListSelectionListener(this);
  74     filter3.addListSelectionListener(this);
  75
  76     // Ask to be notified of selection changes.
  77     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();
  78     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
  79     {
  80       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
  81       {
  82         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();
  83         if (!lsm.isSelectionEmpty())
  84         {
  85           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();
  86           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());
  87         }
  88       }
  89     });
  90
  91     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
  92     {
  93       public void mouseClicked(MouseEvent evt)
  94       {
  95         if (evt.getClickCount() == 2
  96                 || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
  97         {
  98           editRemoveLocalSource(evt);
  99         }
 100       }
 101     });
 102
 103     if (sourceRegistry.getSources() != null)
 104     {
 105       init();
 106     }
 107   }
 108
 109   FeatureSettings fs = null;
 110
 111   private boolean loadingDasSources;
 112
 113   public DasSourceBrowser()
 114   {
 115     this(null);
 116   }
 117
 118   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)
 119   {
 120     if (sourceRegistry == null)
 121     {
 122       Thread worker = new Thread(this);
 123       worker.start();
 124     }
 125   }
 126
 127   void init()
 128   {
 129     List<jalviewSourceI> sources = sourceRegistry.getSources();
 130     int dSize = sources.size();
 131     Object[][] data = new Object[dSize][2];
 132     for (int i = 0; i < dSize; i++)
 133     {
 134       data[i][0] = sources.get(i).getTitle(); // what's equivalent of nickname
 135       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(sources.get(i)
 136               .getTitle()));
 137     }
 138
 139     refreshTableData(data);
 140     setCapabilities(sourceRegistry);
 141
 142     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 143     {
 144       public void run()
 145       {
 146         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();
 147         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);
 148         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);
 149       }
 150     });
 151
 152     progressBar.setIndeterminate(false);
 153     progressBar.setVisible(false);
 154     addLocal.setVisible(true);
 155     refresh.setVisible(true);
 156   }
 157
 158   public void refreshTableData(Object[][] data)
 159   {
 160     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));
 161     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());
 162     table.setModel(sorter);
 163   }
 164
 165   void displayFullDetails(String nickName)
 166   {
 167
 168     StringBuffer text = new StringBuffer(
 169             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");
 170
 171     if (nickName == null)
 172     {
 173       fullDetails.setText(text + "Select a DAS service from the table"
 174               + " to read a full description here.</font></html>");
 175       return;
 176     }
 177
 178     int dSize = sourceRegistry.getSources().size();
 179     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry.getSources())
 180     {
 181       if (!ds.getTitle().equals(nickName))
 182       {
 183         continue;
 184       }
 185
 186       VERSION latest = ds.getVersion();
 187       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> " + ds.getUri()
 188               + "<br>");
 189       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "
 190               + ds.getTitle() + "<br>");
 191
 192       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> <a href=\""
 193               + ds.getSourceURL() + "\">" + ds.getSourceURL() + "</a>"
 194               + "<br>");
 195       if (!ds.isLocal())
 196       {
 197         if (ds.getDocHref() != null && ds.getDocHref().length() > 0)
 198         {
 199           text.append("<font color=\"#0000FF\">Site:</font> <a href=\""
 200                   + ds.getDocHref() + "\">" + ds.getDocHref() + "</a>"
 201                   + "<br>");
 202         }
 203
 204         text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "
 205                 + ds.getDescription() + "<br>");
 206
 207         text.append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"
 208                 + ds.getEmail() + "\">" + ds.getEmail() + "</a>" + "<br>");
 209
 210         text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "
 211                 + latest.getCreated() + "<br>");
 212
 213         // TODO: Identify last successful test date
 214         // text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "
 215         // + latest.dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");
 216       }
 217       else
 218       {
 219         text.append("Source was added manually.<br/>");
 220       }
 221       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");
 222       boolean b = false;
 223       for (PROP labl : latest.getPROP())
 224       {
 225         if (labl.getName().equalsIgnoreCase("LABEL"))
 226         {
 227           if (b)
 228           {
 229             text.append(",");
 230           }
 231           text.append(" ");
 232
 233           text.append(labl.getValue());
 234           b = true;
 235         }
 236         ;
 237       }
 238       text.append("<br>");
 239
 240       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");
 241       CAPABILITY[] scap = latest.getCAPABILITY().toArray(new CAPABILITY[0]);
 242       for (int j = 0; j < scap.length; j++)
 243       {
 244         text.append(scap[j].getType());
 245         if (j < scap.length - 1)
 246         {
 247           text.append(", ");
 248         }
 249       }
 250       text.append("<br>");
 251
 252       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font>");
 253       int i = 1;
 254       for (COORDINATES dcs : latest.getCOORDINATES())
 255       {
 256         text.append("<br/>" + i++ + ". ");
 257         text.append(dcs.getAuthority() + " : " + dcs.getSource());
 258         if (dcs.getTaxid() != null && dcs.getTaxid().trim().length() > 0)
 259         {
 260           text.append(" [TaxId:" + dcs.getTaxid() + "]");
 261         }
 262         if (dcs.getVersion() != null
 263                 && dcs.getVersion().trim().length() > 0)
 264         {
 265           {
 266             text.append(" {v. " + dcs.getVersion() + "}");
 267           }
 268         }
 269         text.append(" (<a href=\"" + dcs.getUri() + "\">" + dcs.getUri()
 270                 + "</a>)");
 271       }
 272       text.append("</font></html>");
 273
 274       break;
 275     }
 276
 277     fullDetails.setText(text.toString());
 278     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 279     {
 280       public void run()
 281       {
 282         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);
 283       }
 284     });
 285   }
 286
 287   public void run()
 288   {
 289     loadingDasSources = true;
 290
 291     addLocal.setVisible(false);
 292     refresh.setVisible(false);
 293     progressBar.setVisible(true);
 294     progressBar.setIndeterminate(true);
 295     setParentGuiEnabled(false);
 296     // Refresh the source list.
 297     sourceRegistry.refreshSources();
 298
 299     init();
 300
 301     setParentGuiEnabled(true);
 302     loadingDasSources = false;
 303
 304   }
 305
 306   private void setParentGuiEnabled(boolean b)
 307   {
 308     if (fs != null)
 309     {
 310       fs.fetchDAS.setEnabled(b);
 311       fs.saveDAS.setEnabled(b);
 312     }
 313   }
 314
 315   public Vector<jalviewSourceI> getSelectedSources()
 316   {
 317     // wait around if we're still loading.
 318     while (sourceRegistry == null)
 319     {
 320       if (!loadingDasSources)
 321       {
 322         new Thread(this).start();
 323         try
 324         {
 325           Thread.sleep(5);
 326         } catch (Exception e)
 327         {
 328         }
 329         ;
 330         while (loadingDasSources)
 331         {
 332           try
 333           {
 334             Thread.sleep(5);
 335           } catch (Exception e)
 336           {
 337           }
 338           ;
 339         }
 340         ;
 341       }
 342     }
 343
 344     Vector<jalviewSourceI> selected = new Vector<jalviewSourceI>();
 345     for (String source : selectedSources)
 346     {
 347       jalviewSourceI srce = sourceRegistry.getSource(source);
 348       if (srce != null)
 349       {
 350         selected.addElement(srce);
 351       }
 352     }
 353     return selected;
 354   }
 355
 356   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)
 357   {
 358     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);
 359
 360     Thread worker = new Thread(this);
 361     worker.start();
 362   }
 363
 364   private void setCapabilities(DasSourceRegistryI sourceRegistry2)
 365   {
 366     Vector<String> authority = new Vector<String>();
 367     Vector<String> type = new Vector<String>();
 368     Vector<String> label = new Vector<String>();
 369     Vector<String> taxIds = new Vector<String>();
 370     authority.add("Any");
 371     type.add("Any");
 372     label.add("Any");
 373
 374     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry2.getSources())
 375     {
 376       VERSION latest = ds.getVersion();
 377
 378       for (COORDINATES cs : latest.getCOORDINATES())
 379       {
 380         if (!type.contains(cs.getSource()))
 381         {
 382           type.add(cs.getSource()); // source==category
 383         }
 384
 385         if (!authority.contains(cs.getAuthority()))
 386         {
 387           authority.add(cs.getAuthority());
 388         }
 389       }
 390
 391       for (PROP slabel : latest.getPROP())
 392       {
 393         if (slabel.getName().equalsIgnoreCase("LABEL")
 394                 && !label.contains(slabel.getValue()))
 395         {
 396           label.add(slabel.getValue());
 397         }
 398       }
 399
 400     }
 401
 402     filter1.setListData(authority);
 403     filter2.setListData(type);
 404     filter3.setListData(label);
 405     // filter4 taxIds
 406
 407     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 408     {
 409       public void run()
 410       {
 411         filter1.setSelectedIndex(0);
 412         filter2.setSelectedIndex(0);
 413         filter3.setSelectedIndex(0);
 414       }
 415     });
 416   }
 417
 418   public void amendLocal(boolean newSource)
 419   {
 420     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";
 421     boolean seqsrc = false;
 422     if (!newSource)
 423     {
 424       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();
 425       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();
 426       jalviewSourceI source = sourceRegistry.getSource(nickname);
 427       url = source.getUri();
 428       seqsrc = source.isSequenceSource();
 429     }
 430
 431     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);
 432     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);
 433     JCheckBox seqs = new JCheckBox("Sequence Source");
 434     seqs.setSelected(seqsrc);
 435     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 436     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 437     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);
 438     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);
 439     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);
 440     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 441     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.NORTH);
 442     pane12.add(seqs, BorderLayout.SOUTH);
 443     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);
 444     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);
 445
 446     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 447             panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",
 448             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
 449
 450     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
 451     {
 452       return;
 453     }
 454
 455     if (!urltf.getText().endsWith("/"))
 456     {
 457       urltf.setText(urltf.getText() + "/");
 458     }
 459
 460     jalviewSourceI local = sourceRegistry.createLocalSource(
 461             urltf.getText(), nametf.getText(), seqs.isSelected(), true);
 462     List sources = sourceRegistry.getSources();
 463     int osize = sources.size();
 464     int size = osize + (newSource ? 1 : 0);
 465
 466     Object[][] data = new Object[size][2];
 467     DASTableModel dtm = (table != null) ? (DASTableModel) ((TableSorter) table
 468             .getModel()).getTableModel() : null;
 469     for (int i = 0; i < osize; i++)
 470     {
 471       String osrc = (dtm == null || i >= osize) ? null : (String) dtm
 472               .getValueAt(i, 0);
 473       if (!newSource && osrc != null
 474               && dtm.getValueAt(i, 0).equals(nickname))
 475       {
 476         data[i][0] = local.getTitle();
 477         data[i][1] = new Boolean(true);
 478       }
 479       else
 480       {
 481         data[i][0] = osrc;
 482         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(osrc));
 483       }
 484     }
 485     // Always add a new source at the end
 486     if (newSource)
 487     {
 488       data[osize][0] = local.getTitle();
 489       data[osize][1] = new Boolean(true);
 490       selectedSources.add(local.getTitle());
 491     }
 492
 493     refreshTableData(data);
 494
 495     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 496     {
 497       public void run()
 498       {
 499         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(
 500                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());
 501       }
 502     });
 503
 504     displayFullDetails(local.getTitle());
 505   }
 506
 507   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)
 508   {
 509     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();
 510     if (selectedRow == -1)
 511     {
 512       return;
 513     }
 514
 515     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();
 516
 517     if (!sourceRegistry.getSource(nickname).isLocal())
 518     {
 519       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 520               "You can only edit or remove local DAS Sources!",
 521               "Public DAS source - not editable",
 522               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 523       return;
 524     }
 525
 526     Object[] options =
 527     { "Edit", "Remove", "Cancel" };
 528     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,
 529             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",
 530             "Edit / Remove Local DAS Source",
 531             JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION, JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 532             null, options, options[2]);
 533
 534     switch (choice)
 535     {
 536     case 0:
 537       amendLocal(false);
 538       break;
 539     case 1:
 540       sourceRegistry.removeLocalSource(sourceRegistry.getSource(nickname));
 541       selectedSources.remove(nickname);
 542       Object[][] data = new Object[sourceRegistry.getSources().size()][2];
 543       int index = 0,
 544       l = table.getRowCount();
 545
 546       for (int i = 0; i < l; i++)
 547       {
 548         String nm;
 549         if ((nm = (String) table.getValueAt(i, 0)).equals(nickname))
 550         {
 551           continue;
 552         }
 553         else
 554         {
 555           data[index][0] = nm;
 556           data[index][1] = new Boolean(selectedSources.contains(nm));
 557           index++;
 558         }
 559       }
 560       refreshTableData(data);
 561       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 562       {
 563         public void run()
 564         {
 565           scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(
 566                   scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());
 567         }
 568       });
 569
 570       break;
 571     }
 572   }
 573
 574   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)
 575   {
 576     // Called when the MainTable selection changes
 577     if (evt.getValueIsAdjusting())
 578     {
 579       return;
 580     }
 581
 582     displayFullDetails(null);
 583
 584     // Filter the displayed data sources
 585
 586     ArrayList names = new ArrayList();
 587     ArrayList selected = new ArrayList();
 588
 589     // The features filter is not visible, but we must still
 590     // filter the das source list here.
 591     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features
 592     Object[] dummyFeatureList = new Object[]
 593     { "features" };
 594     List<jalviewSourceI> srcs = sourceRegistry.getSources();
 595     for (jalviewSourceI ds : srcs)
 596     {
 597
 598       VERSION v = ds.getVersion();
 599       List<COORDINATES> coords = v.getCOORDINATES();
 600       if (ds.isLocal()
 601               || ((coords == null || coords.size() == 0)
 602                       && filter1.getSelectedIndex() == 0
 603                       && filter2.getSelectedIndex() == 0 && filter3
 604                       .getSelectedIndex() == 0))
 605       {
 606         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT
 607         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT
 608         // IS ADDED FROM THE REGISTRY
 609         names.add(ds.getTitle());
 610         selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));
 611         continue;
 612       }
 613
 614       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilityList(v))
 615               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),
 616                       ds.getLabelsFor(v)))
 617       {
 618         continue;
 619       }
 620
 621       for (int j = 0; j < coords.size(); j++)
 622       {
 623         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(), new String[]
 624         { coords.get(j).getAuthority() })
 625                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]
 626                 { coords.get(j).getSource() }))
 627         {
 628           names.add(ds.getTitle());
 629           selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));
 630           break;
 631         }
 632       }
 633     }
 634
 635     int dSize = names.size();
 636     Object[][] data = new Object[dSize][2];
 637     for (int d = 0; d < dSize; d++)
 638     {
 639       data[d][0] = names.get(d);
 640       data[d][1] = selected.get(d);
 641     }
 642
 643     refreshTableData(data);
 644   }
 645
 646   private boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)
 647   {
 648     for (int i = 0; i < selection.length; i++)
 649     {
 650       if (selection[i].equals("Any"))
 651       {
 652         return true;
 653       }
 654       if (items == null || items.length == 0)
 655       {
 656         return false;
 657       }
 658       String sel = (items[0].startsWith("das1:") ? "das1:" : "")
 659               + selection[i];
 660       for (int j = 0; j < items.length; j++)
 661       {
 662         if (sel.equals(items[j]))
 663         {
 664           return true;
 665         }
 666       }
 667     }
 668
 669     return false;
 670   }
 671
 672   void setSelectedFromProperties()
 673   {
 674     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",
 675             "uniprot");
 676     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");
 677     selectedSources = new Vector();
 678     while (st.hasMoreTokens())
 679     {
 680       selectedSources.addElement(st.nextToken());
 681     }
 682   }
 683
 684   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)
 685   {
 686     registryURL.setText(sourceRegistry.getDasRegistryURL());
 687   }
 688
 689   /**
 690    * set the DAS source settings in the given jalview properties.
 691    *
 692    * @param properties
 693    */
 694   public void saveProperties(Properties properties)
 695   {
 696     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)
 697     {
 698       properties.remove(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL);
 699     }
 700     else
 701     {
 702       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,
 703               registryURL.getText());
 704     }
 705
 706     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 707     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)
 708     {
 709       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())
 710       {
 711         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");
 712       }
 713     }
 714
 715     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_ACTIVE_SOURCE,
 716             sb.toString());
 717
 718     String sourceprop = sourceRegistry.getLocalSourceString();
 719     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, sourceprop);
 720   }
 721
 722   class DASTableModel extends AbstractTableModel
 723   {
 724
 725     public DASTableModel(Object[][] data)
 726     {
 727       this.data = data;
 728     }
 729
 730     private String[] columnNames = new String[]
 731     { "Nickname", "Use Source" };
 732
 733     private Object[][] data;
 734
 735     public int getColumnCount()
 736     {
 737       return columnNames.length;
 738     }
 739
 740     public int getRowCount()
 741     {
 742       return data.length;
 743     }
 744
 745     public String getColumnName(int col)
 746     {
 747       return columnNames[col];
 748     }
 749
 750     public Object getValueAt(int row, int col)
 751     {
 752       return data[row][col];
 753     }
 754
 755     /*
 756      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for
 757      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would
 758      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.
 759      */
 760     public Class getColumnClass(int c)
 761     {
 762       return getValueAt(0, c).getClass();
 763     }
 764
 765     /*
 766      * Don't need to implement this method unless your table's editable.
 767      */
 768     public boolean isCellEditable(int row, int col)
 769     {
 770       // Note that the data/cell address is constant,
 771       // no matter where the cell appears onscreen.
 772       return col == 1;
 773
 774     }
 775
 776     /*
 777      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.
 778      */
 779     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
 780     {
 781       data[row][col] = value;
 782       fireTableCellUpdated(row, col);
 783
 784       String name = getValueAt(row, 0).toString();
 785       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();
 786
 787       if (selectedSources.contains(name) && !selected)
 788       {
 789         selectedSources.remove(name);
 790       }
 791
 792       if (!selectedSources.contains(name) && selected)
 793       {
 794         selectedSources.add(name);
 795       }
 796     }
 797   }
 798
 799   public void initDasSources()
 800   {
 801
 802     Thread thr = new Thread(new Runnable()
 803     {
 804       public void run()
 805       {
 806         // this actually initialises the das source list
 807         paintComponent(null); // yuk
 808       }
 809     });
 810     thr.start();
 811     while (loadingDasSources || sourceRegistry == null)
 812     {
 813       try
 814       {
 815         Thread.sleep(10);
 816       } catch (Exception e)
 817       {
 818       }
 819       ;
 820     }
 821   }
 822
 823   /**
 824    * disable or enable the buttons on the source browser
 825    *
 826    * @param b
 827    */
 828   public void setGuiEnabled(boolean b)
 829   {
 830     refresh.setEnabled(b);
 831     addLocal.setEnabled(b);
 832   }
 833 }