src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.gui;\r
  19 \r
  20 import java.util.*;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import javax.swing.*;\r
  25 import javax.swing.event.*;\r
  26 import javax.swing.table.*;\r
  27 \r
  28 import org.biojava.dasobert.dasregistry.*;\r
  29 import jalview.jbgui.*;\r
  30 import jalview.util.*;\r
  31 \r
  32 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser implements\r
  33         Runnable, ListSelectionListener\r
  34 {\r
  35   static DasSource[] dasSources = null;\r
  36 \r
  37   Hashtable localSources = null;\r
  38 \r
  39   Vector selectedSources;\r
  40 \r
  41   public static String DEFAULT_REGISTRY = "http://www.dasregistry.org/das1/sources/";\r
  42 \r
  43   /**\r
  44    * true if thread is running and we are talking to DAS registry service\r
  45    */\r
  46   public boolean loadingDasSources = false;\r
  47 \r
  48   protected static String getDasRegistryURL()\r
  49   {\r
  50     String registry = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
  51             DEFAULT_REGISTRY);\r
  52 \r
  53     if (registry.indexOf("/registry/das1/sources/") > -1)\r
  54     {\r
  55       jalview.bin.Cache.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,\r
  56               DEFAULT_REGISTRY);\r
  57       registry = DEFAULT_REGISTRY;\r
  58     }\r
  59     return registry;\r
  60   }\r
  61 \r
  62   public DasSourceBrowser()\r
  63   {\r
  64     String registry = getDasRegistryURL();\r
  65 \r
  66     registryURL.setText(registry);\r
  67 \r
  68     setSelectedFromProperties();\r
  69 \r
  70     displayFullDetails(null);\r
  71     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  72 \r
  73     filter1.addListSelectionListener(this);\r
  74     filter2.addListSelectionListener(this);\r
  75     filter3.addListSelectionListener(this);\r
  76 \r
  77     // Ask to be notified of selection changes.\r
  78     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();\r
  79     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()\r
  80     {\r
  81       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)\r
  82       {\r
  83         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();\r
  84         if (!lsm.isSelectionEmpty())\r
  85         {\r
  86           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();\r
  87           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());\r
  88         }\r
  89       }\r
  90     });\r
  91 \r
  92     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  93     {\r
  94       public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
  95       {\r
  96         if (evt.getClickCount() == 2\r
  97                 || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  98         {\r
  99           editRemoveLocalSource(evt);\r
 100         }\r
 101       }\r
 102     });\r
 103 \r
 104     if (dasSources != null)\r
 105     {\r
 106       init();\r
 107     }\r
 108   }\r
 109 \r
 110   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)\r
 111   {\r
 112     if (dasSources == null && !loadingDasSources)\r
 113     {\r
 114       Thread worker = new Thread(this);\r
 115       worker.start();\r
 116     }\r
 117   }\r
 118 \r
 119   void init()\r
 120   {\r
 121     int dSize = dasSources.length;\r
 122     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 123     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 124     {\r
 125       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 126       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 127               .getNickname()));\r
 128     }\r
 129 \r
 130     refreshTableData(data);\r
 131     setCapabilities(dasSources);\r
 132 \r
 133     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 134     {\r
 135       public void run()\r
 136       {\r
 137         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();\r
 138         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);\r
 139         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);\r
 140       }\r
 141     });\r
 142 \r
 143     progressBar.setIndeterminate(false);\r
 144     progressBar.setVisible(false);\r
 145     addLocal.setVisible(true);\r
 146     refresh.setVisible(true);\r
 147   }\r
 148 \r
 149   public void refreshTableData(Object[][] data)\r
 150   {\r
 151     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));\r
 152     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());\r
 153     table.setModel(sorter);\r
 154   }\r
 155 \r
 156   void displayFullDetails(String nickName)\r
 157   {\r
 158 \r
 159     StringBuffer text = new StringBuffer(\r
 160             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");\r
 161 \r
 162     if (nickName == null)\r
 163     {\r
 164       fullDetails.setText(text + "Select a DAS service from the table"\r
 165               + " to read a full description here.</font></html>");\r
 166       return;\r
 167     }\r
 168 \r
 169     int dSize = dasSources.length;\r
 170     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 171     {\r
 172       if (!dasSources[i].getNickname().equals(nickName))\r
 173       {\r
 174         continue;\r
 175       }\r
 176 \r
 177       DasSource ds = dasSources[i];\r
 178 \r
 179       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> "\r
 180               + dasSources[i].getId() + "<br>");\r
 181       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "\r
 182               + dasSources[i].getNickname() + "<br>");\r
 183       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> "\r
 184               + dasSources[i].getUrl() + "<br>");\r
 185 \r
 186       text\r
 187               .append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"\r
 188                       + dasSources[i].getAdminemail()\r
 189                       + "\">"\r
 190                       + dasSources[i].getAdminemail() + "</a>" + "<br>");\r
 191 \r
 192       text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "\r
 193               + dasSources[i].getRegisterDate() + "<br>");\r
 194 \r
 195       text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "\r
 196               + dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");\r
 197 \r
 198       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");\r
 199       for (int s = 0; s < dasSources[i].getLabels().length; s++)\r
 200       {\r
 201         text.append(dasSources[i].getLabels()[s]);\r
 202         if (s < dasSources[i].getLabels().length - 1)\r
 203         {\r
 204           text.append(",");\r
 205         }\r
 206         text.append(" ");\r
 207       }\r
 208       text.append("<br>");\r
 209 \r
 210       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");\r
 211       String[] scap = dasSources[i].getCapabilities();\r
 212       for (int j = 0; j < scap.length; j++)\r
 213       {\r
 214         text.append(scap[j]);\r
 215         if (j < scap.length - 1)\r
 216         {\r
 217           text.append(", ");\r
 218         }\r
 219       }\r
 220       text.append("<br>");\r
 221 \r
 222       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font> ");\r
 223       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 224       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 225       {\r
 226         text.append("(" + dcs[j].getUniqueId() + ") "\r
 227                 + dcs[j].getCategory() + ", " + dcs[j].getName());\r
 228         if (dcs[j].getNCBITaxId() != 0)\r
 229         {\r
 230           text.append(", " + dcs[j].getNCBITaxId());\r
 231         }\r
 232         if (dcs[j].getOrganismName().length() > 0)\r
 233         {\r
 234           text.append(", " + dcs[j].getOrganismName());\r
 235         }\r
 236 \r
 237         text.append("<br>");\r
 238       }\r
 239 \r
 240       text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "\r
 241               + dasSources[i].getDescription() + "<br>");\r
 242 \r
 243       if (dasSources[i].getHelperurl() != null\r
 244               && dasSources[i].getHelperurl().length() > 0)\r
 245       {\r
 246         text.append("<font color=\"#0000FF\"><a href=\""\r
 247                 + dasSources[i].getHelperurl()\r
 248                 + "\">Go to site</a></font<br>");\r
 249       }\r
 250 \r
 251       text.append("</font></html>");\r
 252 \r
 253       break;\r
 254     }\r
 255 \r
 256     fullDetails.setText(text.toString());\r
 257     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 258     {\r
 259       public void run()\r
 260       {\r
 261         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);\r
 262       }\r
 263     });\r
 264   }\r
 265 \r
 266   public void run()\r
 267   {\r
 268     loadingDasSources = true;\r
 269 \r
 270     addLocal.setVisible(false);\r
 271     refresh.setVisible(false);\r
 272     progressBar.setVisible(true);\r
 273     progressBar.setIndeterminate(true);\r
 274     // Refresh the source list.\r
 275     dasSources = null;\r
 276     getDASSource();\r
 277 \r
 278     init();\r
 279 \r
 280     loadingDasSources = false;\r
 281 \r
 282   }\r
 283 \r
 284   public Vector getSelectedSources()\r
 285   {\r
 286     // wait around if we're still loading.\r
 287     while (dasSources == null)\r
 288     {\r
 289       if (!loadingDasSources)\r
 290       {\r
 291         new Thread(this).start();\r
 292         try\r
 293         {\r
 294           Thread.sleep(5);\r
 295         } catch (Exception e)\r
 296         {\r
 297         }\r
 298         ;\r
 299         while (loadingDasSources)\r
 300         {\r
 301           try\r
 302           {\r
 303             Thread.sleep(5);\r
 304           } catch (Exception e)\r
 305           {\r
 306           }\r
 307           ;\r
 308         }\r
 309         ;\r
 310       }\r
 311     }\r
 312 \r
 313     Vector selected = new Vector();\r
 314     for (int r = 0; r < selectedSources.size(); r++)\r
 315     {\r
 316       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 317       {\r
 318         if (dasSources[i].getNickname()\r
 319                 .equals(selectedSources.elementAt(r)))\r
 320         {\r
 321           selected.addElement(dasSources[i]);\r
 322           break;\r
 323         }\r
 324       }\r
 325     }\r
 326 \r
 327     return selected;\r
 328   }\r
 329 \r
 330   /**\r
 331    * retrieve das sources from registry and add local source list\r
 332    * \r
 333    * @return\r
 334    */\r
 335   public DasSource[] getDASSource()\r
 336   {\r
 337     if (dasSources == null)\r
 338     {\r
 339       dasSources = jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 340       appendLocalSources();\r
 341     }\r
 342 \r
 343     return dasSources;\r
 344   }\r
 345 \r
 346   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 347   {\r
 348     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 349 \r
 350     Thread worker = new Thread(this);\r
 351     worker.start();\r
 352   }\r
 353 \r
 354   private void setCapabilities(DasSource[] sources)\r
 355   {\r
 356     Vector authority = new Vector();\r
 357     Vector type = new Vector();\r
 358     Vector label = new Vector();\r
 359 \r
 360     authority.addElement("Any");\r
 361     type.addElement("Any");\r
 362     label.addElement("Any");\r
 363 \r
 364     for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 365     {\r
 366       DasSource ds = sources[i];\r
 367 \r
 368       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 369 \r
 370       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 371       {\r
 372         if (!type.contains(dcs[j].getCategory()))\r
 373         {\r
 374           type.addElement(dcs[j].getCategory());\r
 375         }\r
 376 \r
 377         if (!authority.contains(dcs[j].getName()))\r
 378         {\r
 379           authority.addElement(dcs[j].getName());\r
 380         }\r
 381       }\r
 382 \r
 383       String[] slabels = ds.getLabels();\r
 384       for (int s = 0; s < slabels.length; s++)\r
 385       {\r
 386         if (!label.contains(slabels[s]))\r
 387         {\r
 388           label.addElement(slabels[s]);\r
 389         }\r
 390       }\r
 391 \r
 392     }\r
 393 \r
 394     filter1.setListData(authority);\r
 395     filter2.setListData(type);\r
 396     filter3.setListData(label);\r
 397 \r
 398     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 399     {\r
 400       public void run()\r
 401       {\r
 402         filter1.setSelectedIndex(0);\r
 403         filter2.setSelectedIndex(0);\r
 404         filter3.setSelectedIndex(0);\r
 405       }\r
 406     });\r
 407   }\r
 408 \r
 409   public void amendLocal(boolean newSource)\r
 410   {\r
 411     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";\r
 412     boolean seqsrc = false;\r
 413     if (!newSource)\r
 414     {\r
 415       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 416       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 417       url = ((DasSource) localSources.get(nickname)).getUrl();\r
 418       seqsrc = ((DasSource) localSources.get(nickname))\r
 419               .hasCapability("sequence");\r
 420     }\r
 421 \r
 422     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);\r
 423     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);\r
 424     JCheckBox seqs = new JCheckBox("Sequence Source");\r
 425     seqs.setSelected(seqsrc);\r
 426     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 427     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 428     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);\r
 429     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);\r
 430     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);\r
 431     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 432     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.NORTH);\r
 433     pane12.add(seqs, BorderLayout.SOUTH);\r
 434     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);\r
 435     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);\r
 436 \r
 437     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 438             panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",\r
 439             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);\r
 440 \r
 441     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)\r
 442     {\r
 443       return;\r
 444     }\r
 445 \r
 446     if (!urltf.getText().endsWith("/"))\r
 447     {\r
 448       urltf.setText(urltf.getText() + "/");\r
 449     }\r
 450 \r
 451     Das1Source local = new Das1Source();\r
 452 \r
 453     local.setUrl(urltf.getText());\r
 454     local.setNickname(nametf.getText());\r
 455     if (seqs.isSelected())\r
 456     {\r
 457       local.setCapabilities(new String[]\r
 458       { "features", "sequence" });\r
 459     }\r
 460     if (localSources == null)\r
 461     {\r
 462       localSources = new Hashtable();\r
 463     }\r
 464 \r
 465     localSources.put(local.getNickname(), local);\r
 466 \r
 467     if (!newSource && !nickname.equals(nametf.getText()))\r
 468     {\r
 469       localSources.remove(nickname);\r
 470     }\r
 471 \r
 472     int size = dasSources.length;\r
 473     int adjust = newSource ? 1 : 0;\r
 474 \r
 475     Object[][] data = new Object[size + adjust][2];\r
 476     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 477     {\r
 478       if (!newSource && dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 479       {\r
 480         ((DasSource) dasSources[i]).setNickname(local.getNickname());\r
 481         ((DasSource) dasSources[i]).setUrl(local.getUrl());\r
 482         data[i][0] = local.getNickname();\r
 483         data[i][1] = new Boolean(true);\r
 484       }\r
 485       else\r
 486       {\r
 487         data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 488         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 489                 .getNickname()));\r
 490       }\r
 491     }\r
 492 \r
 493     if (newSource)\r
 494     {\r
 495       data[size][0] = local.getNickname();\r
 496       data[size][1] = new Boolean(true);\r
 497       selectedSources.add(local.getNickname());\r
 498     }\r
 499 \r
 500     DasSource[] tmp = new DasSource[size + adjust];\r
 501 \r
 502     System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 503 \r
 504     if (newSource)\r
 505     {\r
 506       tmp[size] = local;\r
 507     }\r
 508 \r
 509     dasSources = tmp;\r
 510 \r
 511     refreshTableData(data);\r
 512 \r
 513     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 514     {\r
 515       public void run()\r
 516       {\r
 517         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 518                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 519       }\r
 520     });\r
 521 \r
 522     displayFullDetails(local.getNickname());\r
 523   }\r
 524 \r
 525   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)\r
 526   {\r
 527     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 528     if (selectedRow == -1)\r
 529     {\r
 530       return;\r
 531     }\r
 532 \r
 533     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 534 \r
 535     if (!localSources.containsKey(nickname))\r
 536     {\r
 537       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 538               "You can only edit or remove local DAS Sources!",\r
 539               "Public DAS source - not editable",\r
 540               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 541       return;\r
 542     }\r
 543 \r
 544     Object[] options =\r
 545     { "Edit", "Remove", "Cancel" };\r
 546     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,\r
 547             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",\r
 548             "Edit / Remove Local DAS Source",\r
 549             JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION, JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 550             null, options, options[2]);\r
 551 \r
 552     switch (choice)\r
 553     {\r
 554     case 0:\r
 555       amendLocal(false);\r
 556       break;\r
 557     case 1:\r
 558       localSources.remove(nickname);\r
 559       selectedSources.remove(nickname);\r
 560       Object[][] data = new Object[dasSources.length - 1][2];\r
 561       DasSource[] tmp = new DasSource[dasSources.length - 1];\r
 562       int index = 0;\r
 563       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 564       {\r
 565         if (dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 566         {\r
 567           continue;\r
 568         }\r
 569         else\r
 570         {\r
 571           tmp[index] = dasSources[i];\r
 572           data[index][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 573           data[index][1] = new Boolean(selectedSources\r
 574                   .contains(dasSources[i].getNickname()));\r
 575           index++;\r
 576         }\r
 577       }\r
 578       dasSources = tmp;\r
 579       refreshTableData(data);\r
 580       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 581       {\r
 582         public void run()\r
 583         {\r
 584           scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 585                   scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 586         }\r
 587       });\r
 588 \r
 589       break;\r
 590     }\r
 591   }\r
 592 \r
 593   void appendLocalSources()\r
 594   {\r
 595     if (localSources == null)\r
 596     {\r
 597       return;\r
 598     }\r
 599     // note - we add all das sources to list so they can be filtered for the\r
 600     // standard fetchDbRefs function\r
 601     int size = dasSources != null ? dasSources.length : 0;\r
 602     int lsize = localSources.size();\r
 603 \r
 604     Object[][] data = new Object[size + lsize][2];\r
 605     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 606     {\r
 607       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 608       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 609               .getNickname()));\r
 610     }\r
 611 \r
 612     DasSource[] tmp = new DasSource[size + lsize];\r
 613     if (dasSources != null)\r
 614     {\r
 615       System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 616     }\r
 617 \r
 618     Enumeration en = localSources.keys();\r
 619     int index = size;\r
 620     while (en.hasMoreElements())\r
 621     {\r
 622       String key = en.nextElement().toString();\r
 623       data[index][0] = key;\r
 624       data[index][1] = new Boolean(false);\r
 625       tmp[index] = new Das1Source();\r
 626       tmp[index].setNickname(key);\r
 627       tmp[index].setUrl(((DasSource) localSources.get(key)).getUrl());\r
 628 \r
 629       index++;\r
 630     }\r
 631 \r
 632     dasSources = tmp;\r
 633 \r
 634     refreshTableData(data);\r
 635   }\r
 636 \r
 637   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)\r
 638   {\r
 639     // Called when the MainTable selection changes\r
 640     if (evt.getValueIsAdjusting())\r
 641     {\r
 642       return;\r
 643     }\r
 644 \r
 645     displayFullDetails(null);\r
 646 \r
 647     // Filter the displayed data sources\r
 648     int dSize = dasSources.length;\r
 649 \r
 650     ArrayList names = new ArrayList();\r
 651     ArrayList selected = new ArrayList();\r
 652     DasSource ds;\r
 653 \r
 654     // The features filter is not visible, but we must still\r
 655     // filter the das source list here.\r
 656     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features\r
 657     Object[] dummyFeatureList = new Object[]\r
 658     { "features" };\r
 659 \r
 660     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 661     {\r
 662       ds = dasSources[i];\r
 663       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 664 \r
 665       if (dcs.length == 0 && ds.getCapabilities().length == 0\r
 666               && filter1.getSelectedIndex() == 0\r
 667               && filter2.getSelectedIndex() == 0\r
 668               && filter3.getSelectedIndex() == 0)\r
 669       {\r
 670         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT\r
 671         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT\r
 672         // IS ADDED FROM THE REGISTRY\r
 673         names.add(ds.getNickname());\r
 674         selected\r
 675                 .add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 676         continue;\r
 677       }\r
 678 \r
 679       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilities())\r
 680               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(), ds\r
 681                       .getLabels()))\r
 682       {\r
 683         continue;\r
 684       }\r
 685 \r
 686       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 687       {\r
 688         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(), new String[]\r
 689         { dcs[j].getName() })\r
 690                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]\r
 691                 { dcs[j].getCategory() }))\r
 692         {\r
 693           names.add(ds.getNickname());\r
 694           selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds\r
 695                   .getNickname())));\r
 696           break;\r
 697         }\r
 698       }\r
 699     }\r
 700 \r
 701     dSize = names.size();\r
 702     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 703     for (int d = 0; d < dSize; d++)\r
 704     {\r
 705       data[d][0] = names.get(d);\r
 706       data[d][1] = selected.get(d);\r
 707     }\r
 708 \r
 709     refreshTableData(data);\r
 710   }\r
 711 \r
 712   boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)\r
 713   {\r
 714     for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 715     {\r
 716       if (selection[i].equals("Any"))\r
 717       {\r
 718         return true;\r
 719       }\r
 720 \r
 721       for (int j = 0; j < items.length; j++)\r
 722       {\r
 723         if (selection[i].equals(items[j]))\r
 724         {\r
 725           return true;\r
 726         }\r
 727       }\r
 728     }\r
 729 \r
 730     return false;\r
 731   }\r
 732 \r
 733   void setSelectedFromProperties()\r
 734   {\r
 735     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",\r
 736             "uniprot");\r
 737     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 738     selectedSources = new Vector();\r
 739     while (st.hasMoreTokens())\r
 740     {\r
 741       selectedSources.addElement(st.nextToken());\r
 742     }\r
 743 \r
 744     Vector _localSources = jalview.bin.Cache.getLocalDasSources();\r
 745     if (_localSources != null)\r
 746     {\r
 747       if (localSources == null)\r
 748       {\r
 749         localSources = new Hashtable();\r
 750       }\r
 751       Enumeration sources = _localSources.elements();\r
 752       while (sources.hasMoreElements())\r
 753       {\r
 754         Das1Source source = (Das1Source) sources.nextElement();\r
 755         localSources.put(source.getNickname(), source);\r
 756       }\r
 757     }\r
 758   }\r
 759 \r
 760   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 761   {\r
 762     registryURL.setText(DEFAULT_REGISTRY);\r
 763   }\r
 764 \r
 765   /**\r
 766    * set the DAS source settings in the given jalview properties.\r
 767    * \r
 768    * @param properties\r
 769    */\r
 770   public void saveProperties(Properties properties)\r
 771   {\r
 772     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)\r
 773     {\r
 774       properties.remove(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL);\r
 775     }\r
 776     else\r
 777     {\r
 778       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,\r
 779               registryURL.getText());\r
 780     }\r
 781 \r
 782     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 783     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)\r
 784     {\r
 785       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())\r
 786       {\r
 787         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");\r
 788       }\r
 789     }\r
 790 \r
 791     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_ACTIVE_SOURCE, sb\r
 792             .toString());\r
 793 \r
 794     if (localSources != null)\r
 795     {\r
 796       sb = new StringBuffer();\r
 797       Enumeration en = localSources.keys();\r
 798       while (en.hasMoreElements())\r
 799       {\r
 800         String token = en.nextElement().toString();\r
 801         sb.append(token\r
 802                 + "|"\r
 803                 + (((DasSource) localSources.get(token))\r
 804                         .hasCapability("sequence") ? "sequence:" : "")\r
 805                 + ((DasSource) localSources.get(token)).getUrl() + "\t");\r
 806       }\r
 807 \r
 808       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, sb\r
 809               .toString());\r
 810     }\r
 811 \r
 812   }\r
 813 \r
 814   class DASTableModel extends AbstractTableModel\r
 815   {\r
 816 \r
 817     public DASTableModel(Object[][] data)\r
 818     {\r
 819       this.data = data;\r
 820     }\r
 821 \r
 822     private String[] columnNames = new String[]\r
 823     { "Nickname", "Use Source" };\r
 824 \r
 825     private Object[][] data;\r
 826 \r
 827     public int getColumnCount()\r
 828     {\r
 829       return columnNames.length;\r
 830     }\r
 831 \r
 832     public int getRowCount()\r
 833     {\r
 834       return data.length;\r
 835     }\r
 836 \r
 837     public String getColumnName(int col)\r
 838     {\r
 839       return columnNames[col];\r
 840     }\r
 841 \r
 842     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 843     {\r
 844       return data[row][col];\r
 845     }\r
 846 \r
 847     /*\r
 848      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for\r
 849      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would\r
 850      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.\r
 851      */\r
 852     public Class getColumnClass(int c)\r
 853     {\r
 854       return getValueAt(0, c).getClass();\r
 855     }\r
 856 \r
 857     /*\r
 858      * Don't need to implement this method unless your table's editable.\r
 859      */\r
 860     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
 861     {\r
 862       // Note that the data/cell address is constant,\r
 863       // no matter where the cell appears onscreen.\r
 864       return col == 1;\r
 865 \r
 866     }\r
 867 \r
 868     /*\r
 869      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.\r
 870      */\r
 871     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
 872     {\r
 873       data[row][col] = value;\r
 874       fireTableCellUpdated(row, col);\r
 875 \r
 876       String name = getValueAt(row, 0).toString();\r
 877       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();\r
 878 \r
 879       if (selectedSources.contains(name) && !selected)\r
 880       {\r
 881         selectedSources.remove(name);\r
 882       }\r
 883 \r
 884       if (!selectedSources.contains(name) && selected)\r
 885       {\r
 886         selectedSources.add(name);\r
 887       }\r
 888     }\r
 889   }\r
 890 \r
 891   public void initDasSources()\r
 892   {\r
 893 \r
 894     Thread thr = new Thread(new Runnable()\r
 895     {\r
 896       public void run()\r
 897       {\r
 898         // this actually initialises the das source list\r
 899         paintComponent(null); // yuk\r
 900       }\r
 901     });\r
 902     thr.start();\r
 903     while (loadingDasSources || dasSources == null)\r
 904     {\r
 905       try\r
 906       {\r
 907         Thread.sleep(10);\r
 908       } catch (Exception e)\r
 909       {\r
 910       }\r
 911       ;\r
 912     }\r
 913   }\r
 914 \r
 915   public Vector resolveSourceNicknames(Vector sources)\r
 916   {\r
 917 \r
 918     Vector resolved = new Vector();\r
 919     if (sources != null)\r
 920     {\r
 921       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 922       {\r
 923         if (sources.contains(dasSources[i].getNickname()))\r
 924         {\r
 925           if (!resolved.contains(dasSources[i]))\r
 926           {\r
 927             resolved.addElement(dasSources[i]);\r
 928           }\r
 929         }\r
 930       }\r
 931     }\r
 932     return resolved;\r
 933   }\r
 934 }\r