src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.gui;\r
  19 \r
  20 import java.util.*;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import javax.swing.*;\r
  25 import javax.swing.event.*;\r
  26 import javax.swing.table.*;\r
  27 \r
  28 import org.biojava.dasobert.dasregistry.*;\r
  29 import jalview.jbgui.*;\r
  30 import jalview.util.*;\r
  31 \r
  32 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser implements\r
  33         Runnable, ListSelectionListener\r
  34 {\r
  35   static DasSource[] dasSources = null;\r
  36 \r
  37   Hashtable localSources = null;\r
  38 \r
  39   Vector selectedSources;\r
  40 \r
  41   public static String DEFAULT_REGISTRY = "http://www.dasregistry.org/das1/sources/";\r
  42 \r
  43   /**\r
  44    * true if thread is running and we are talking to DAS registry service\r
  45    */\r
  46   public boolean loadingDasSources = false;\r
  47 \r
  48   protected static String getDasRegistryURL()\r
  49   {\r
  50     String registry = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
  51             DEFAULT_REGISTRY);\r
  52 \r
  53     if (registry.indexOf("/registry/das1/sources/") > -1)\r
  54     {\r
  55       jalview.bin.Cache.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,\r
  56               DEFAULT_REGISTRY);\r
  57       registry = DEFAULT_REGISTRY;\r
  58     }\r
  59     return registry;\r
  60   }\r
  61 \r
  62   public DasSourceBrowser(FeatureSettings featureSettings)\r
  63   {\r
  64     fs = featureSettings;\r
  65     String registry = getDasRegistryURL();\r
  66 \r
  67     registryURL.setText(registry);\r
  68 \r
  69     setSelectedFromProperties();\r
  70 \r
  71     displayFullDetails(null);\r
  72     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  73 \r
  74     filter1.addListSelectionListener(this);\r
  75     filter2.addListSelectionListener(this);\r
  76     filter3.addListSelectionListener(this);\r
  77 \r
  78     // Ask to be notified of selection changes.\r
  79     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();\r
  80     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()\r
  81     {\r
  82       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)\r
  83       {\r
  84         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();\r
  85         if (!lsm.isSelectionEmpty())\r
  86         {\r
  87           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();\r
  88           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());\r
  89         }\r
  90       }\r
  91     });\r
  92 \r
  93     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  94     {\r
  95       public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
  96       {\r
  97         if (evt.getClickCount() == 2\r
  98                 || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  99         {\r
 100           editRemoveLocalSource(evt);\r
 101         }\r
 102       }\r
 103     });\r
 104 \r
 105     if (dasSources != null)\r
 106     {\r
 107       init();\r
 108     }\r
 109   }\r
 110 \r
 111   FeatureSettings fs = null;\r
 112 \r
 113   public DasSourceBrowser()\r
 114   {\r
 115     this(null);\r
 116   }\r
 117 \r
 118   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)\r
 119   {\r
 120     if (dasSources == null && !loadingDasSources)\r
 121     {\r
 122       Thread worker = new Thread(this);\r
 123       worker.start();\r
 124     }\r
 125   }\r
 126 \r
 127   void init()\r
 128   {\r
 129     int dSize = dasSources.length;\r
 130     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 131     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 132     {\r
 133       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 134       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 135               .getNickname()));\r
 136     }\r
 137 \r
 138     refreshTableData(data);\r
 139     setCapabilities(dasSources);\r
 140 \r
 141     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 142     {\r
 143       public void run()\r
 144       {\r
 145         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();\r
 146         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);\r
 147         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);\r
 148       }\r
 149     });\r
 150 \r
 151     progressBar.setIndeterminate(false);\r
 152     progressBar.setVisible(false);\r
 153     addLocal.setVisible(true);\r
 154     refresh.setVisible(true);\r
 155   }\r
 156 \r
 157   public void refreshTableData(Object[][] data)\r
 158   {\r
 159     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));\r
 160     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());\r
 161     table.setModel(sorter);\r
 162   }\r
 163 \r
 164   void displayFullDetails(String nickName)\r
 165   {\r
 166 \r
 167     StringBuffer text = new StringBuffer(\r
 168             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");\r
 169 \r
 170     if (nickName == null)\r
 171     {\r
 172       fullDetails.setText(text + "Select a DAS service from the table"\r
 173               + " to read a full description here.</font></html>");\r
 174       return;\r
 175     }\r
 176 \r
 177     int dSize = dasSources.length;\r
 178     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 179     {\r
 180       if (!dasSources[i].getNickname().equals(nickName))\r
 181       {\r
 182         continue;\r
 183       }\r
 184 \r
 185       DasSource ds = dasSources[i];\r
 186 \r
 187       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> "\r
 188               + dasSources[i].getId() + "<br>");\r
 189       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "\r
 190               + dasSources[i].getNickname() + "<br>");\r
 191       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> "\r
 192               + dasSources[i].getUrl() + "<br>");\r
 193 \r
 194       text.append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"\r
 195               + dasSources[i].getAdminemail()\r
 196               + "\">"\r
 197               + dasSources[i].getAdminemail() + "</a>" + "<br>");\r
 198 \r
 199       text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "\r
 200               + dasSources[i].getRegisterDate() + "<br>");\r
 201 \r
 202       text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "\r
 203               + dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");\r
 204 \r
 205       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");\r
 206       for (int s = 0; s < dasSources[i].getLabels().length; s++)\r
 207       {\r
 208         text.append(dasSources[i].getLabels()[s]);\r
 209         if (s < dasSources[i].getLabels().length - 1)\r
 210         {\r
 211           text.append(",");\r
 212         }\r
 213         text.append(" ");\r
 214       }\r
 215       text.append("<br>");\r
 216 \r
 217       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");\r
 218       String[] scap = dasSources[i].getCapabilities();\r
 219       for (int j = 0; j < scap.length; j++)\r
 220       {\r
 221         text.append(scap[j]);\r
 222         if (j < scap.length - 1)\r
 223         {\r
 224           text.append(", ");\r
 225         }\r
 226       }\r
 227       text.append("<br>");\r
 228 \r
 229       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font> ");\r
 230       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 231       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 232       {\r
 233         text.append("(" + dcs[j].getUniqueId() + ") "\r
 234                 + dcs[j].getCategory() + ", " + dcs[j].getName());\r
 235         if (dcs[j].getNCBITaxId() != 0)\r
 236         {\r
 237           text.append(", " + dcs[j].getNCBITaxId());\r
 238         }\r
 239         if (dcs[j].getOrganismName().length() > 0)\r
 240         {\r
 241           text.append(", " + dcs[j].getOrganismName());\r
 242         }\r
 243 \r
 244         text.append("<br>");\r
 245       }\r
 246 \r
 247       text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "\r
 248               + dasSources[i].getDescription() + "<br>");\r
 249 \r
 250       if (dasSources[i].getHelperurl() != null\r
 251               && dasSources[i].getHelperurl().length() > 0)\r
 252       {\r
 253         text.append("<font color=\"#0000FF\"><a href=\""\r
 254                 + dasSources[i].getHelperurl()\r
 255                 + "\">Go to site</a></font<br>");\r
 256       }\r
 257 \r
 258       text.append("</font></html>");\r
 259 \r
 260       break;\r
 261     }\r
 262 \r
 263     fullDetails.setText(text.toString());\r
 264     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 265     {\r
 266       public void run()\r
 267       {\r
 268         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);\r
 269       }\r
 270     });\r
 271   }\r
 272 \r
 273   public void run()\r
 274   {\r
 275     loadingDasSources = true;\r
 276 \r
 277     addLocal.setVisible(false);\r
 278     refresh.setVisible(false);\r
 279     progressBar.setVisible(true);\r
 280     progressBar.setIndeterminate(true);\r
 281     setParentGuiEnabled(false);\r
 282     // Refresh the source list.\r
 283     dasSources = null;\r
 284     getDASSource();\r
 285 \r
 286     init();\r
 287 \r
 288     setParentGuiEnabled(true);\r
 289     loadingDasSources = false;\r
 290 \r
 291   }\r
 292 \r
 293   private void setParentGuiEnabled(boolean b)\r
 294   {\r
 295     if (fs != null)\r
 296     {\r
 297       fs.fetchDAS.setEnabled(b);\r
 298       fs.saveDAS.setEnabled(b);\r
 299     }\r
 300   }\r
 301 \r
 302   public Vector getSelectedSources()\r
 303   {\r
 304     // wait around if we're still loading.\r
 305     while (dasSources == null)\r
 306     {\r
 307       if (!loadingDasSources)\r
 308       {\r
 309         new Thread(this).start();\r
 310         try\r
 311         {\r
 312           Thread.sleep(5);\r
 313         } catch (Exception e)\r
 314         {\r
 315         }\r
 316         ;\r
 317         while (loadingDasSources)\r
 318         {\r
 319           try\r
 320           {\r
 321             Thread.sleep(5);\r
 322           } catch (Exception e)\r
 323           {\r
 324           }\r
 325           ;\r
 326         }\r
 327         ;\r
 328       }\r
 329     }\r
 330 \r
 331     Vector selected = new Vector();\r
 332     for (int r = 0; r < selectedSources.size(); r++)\r
 333     {\r
 334       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 335       {\r
 336         if (dasSources[i].getNickname()\r
 337                 .equals(selectedSources.elementAt(r)))\r
 338         {\r
 339           selected.addElement(dasSources[i]);\r
 340           break;\r
 341         }\r
 342       }\r
 343     }\r
 344 \r
 345     return selected;\r
 346   }\r
 347 \r
 348   /**\r
 349    * retrieve das sources from registry and add local source list\r
 350    * \r
 351    * @return\r
 352    */\r
 353   public DasSource[] getDASSource()\r
 354   {\r
 355     if (dasSources == null)\r
 356     {\r
 357       dasSources = jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 358       appendLocalSources();\r
 359     }\r
 360 \r
 361     return dasSources;\r
 362   }\r
 363 \r
 364   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 365   {\r
 366     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 367 \r
 368     Thread worker = new Thread(this);\r
 369     worker.start();\r
 370   }\r
 371 \r
 372   private void setCapabilities(DasSource[] sources)\r
 373   {\r
 374     Vector authority = new Vector();\r
 375     Vector type = new Vector();\r
 376     Vector label = new Vector();\r
 377 \r
 378     authority.addElement("Any");\r
 379     type.addElement("Any");\r
 380     label.addElement("Any");\r
 381 \r
 382     for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 383     {\r
 384       DasSource ds = sources[i];\r
 385 \r
 386       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 387 \r
 388       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 389       {\r
 390         if (!type.contains(dcs[j].getCategory()))\r
 391         {\r
 392           type.addElement(dcs[j].getCategory());\r
 393         }\r
 394 \r
 395         if (!authority.contains(dcs[j].getName()))\r
 396         {\r
 397           authority.addElement(dcs[j].getName());\r
 398         }\r
 399       }\r
 400 \r
 401       String[] slabels = ds.getLabels();\r
 402       for (int s = 0; s < slabels.length; s++)\r
 403       {\r
 404         if (!label.contains(slabels[s]))\r
 405         {\r
 406           label.addElement(slabels[s]);\r
 407         }\r
 408       }\r
 409 \r
 410     }\r
 411 \r
 412     filter1.setListData(authority);\r
 413     filter2.setListData(type);\r
 414     filter3.setListData(label);\r
 415 \r
 416     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 417     {\r
 418       public void run()\r
 419       {\r
 420         filter1.setSelectedIndex(0);\r
 421         filter2.setSelectedIndex(0);\r
 422         filter3.setSelectedIndex(0);\r
 423       }\r
 424     });\r
 425   }\r
 426 \r
 427   public void amendLocal(boolean newSource)\r
 428   {\r
 429     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";\r
 430     boolean seqsrc = false;\r
 431     if (!newSource)\r
 432     {\r
 433       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 434       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 435       url = ((DasSource) localSources.get(nickname)).getUrl();\r
 436       seqsrc = ((DasSource) localSources.get(nickname))\r
 437               .hasCapability("sequence");\r
 438     }\r
 439 \r
 440     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);\r
 441     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);\r
 442     JCheckBox seqs = new JCheckBox("Sequence Source");\r
 443     seqs.setSelected(seqsrc);\r
 444     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 445     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 446     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);\r
 447     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);\r
 448     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);\r
 449     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 450     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.NORTH);\r
 451     pane12.add(seqs, BorderLayout.SOUTH);\r
 452     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);\r
 453     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);\r
 454 \r
 455     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 456             panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",\r
 457             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);\r
 458 \r
 459     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)\r
 460     {\r
 461       return;\r
 462     }\r
 463 \r
 464     if (!urltf.getText().endsWith("/"))\r
 465     {\r
 466       urltf.setText(urltf.getText() + "/");\r
 467     }\r
 468 \r
 469     Das1Source local = new Das1Source();\r
 470 \r
 471     local.setUrl(urltf.getText());\r
 472     local.setNickname(nametf.getText());\r
 473     if (seqs.isSelected())\r
 474     {\r
 475       local.setCapabilities(new String[]\r
 476       { "features", "sequence" });\r
 477     }\r
 478     if (localSources == null)\r
 479     {\r
 480       localSources = new Hashtable();\r
 481     }\r
 482 \r
 483     localSources.put(local.getNickname(), local);\r
 484 \r
 485     if (!newSource && !nickname.equals(nametf.getText()))\r
 486     {\r
 487       localSources.remove(nickname);\r
 488     }\r
 489 \r
 490     int size = dasSources.length;\r
 491     int adjust = newSource ? 1 : 0;\r
 492 \r
 493     Object[][] data = new Object[size + adjust][2];\r
 494     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 495     {\r
 496       if (!newSource && dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 497       {\r
 498         ((DasSource) dasSources[i]).setNickname(local.getNickname());\r
 499         ((DasSource) dasSources[i]).setUrl(local.getUrl());\r
 500         data[i][0] = local.getNickname();\r
 501         data[i][1] = new Boolean(true);\r
 502       }\r
 503       else\r
 504       {\r
 505         data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 506         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 507                 .getNickname()));\r
 508       }\r
 509     }\r
 510 \r
 511     if (newSource)\r
 512     {\r
 513       data[size][0] = local.getNickname();\r
 514       data[size][1] = new Boolean(true);\r
 515       selectedSources.add(local.getNickname());\r
 516     }\r
 517 \r
 518     DasSource[] tmp = new DasSource[size + adjust];\r
 519 \r
 520     System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 521 \r
 522     if (newSource)\r
 523     {\r
 524       tmp[size] = local;\r
 525     }\r
 526 \r
 527     dasSources = tmp;\r
 528 \r
 529     refreshTableData(data);\r
 530 \r
 531     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 532     {\r
 533       public void run()\r
 534       {\r
 535         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 536                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 537       }\r
 538     });\r
 539 \r
 540     displayFullDetails(local.getNickname());\r
 541   }\r
 542 \r
 543   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)\r
 544   {\r
 545     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 546     if (selectedRow == -1)\r
 547     {\r
 548       return;\r
 549     }\r
 550 \r
 551     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 552 \r
 553     if (!localSources.containsKey(nickname))\r
 554     {\r
 555       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 556               "You can only edit or remove local DAS Sources!",\r
 557               "Public DAS source - not editable",\r
 558               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 559       return;\r
 560     }\r
 561 \r
 562     Object[] options =\r
 563     { "Edit", "Remove", "Cancel" };\r
 564     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,\r
 565             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",\r
 566             "Edit / Remove Local DAS Source",\r
 567             JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION, JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 568             null, options, options[2]);\r
 569 \r
 570     switch (choice)\r
 571     {\r
 572     case 0:\r
 573       amendLocal(false);\r
 574       break;\r
 575     case 1:\r
 576       localSources.remove(nickname);\r
 577       selectedSources.remove(nickname);\r
 578       Object[][] data = new Object[dasSources.length - 1][2];\r
 579       DasSource[] tmp = new DasSource[dasSources.length - 1];\r
 580       int index = 0;\r
 581       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 582       {\r
 583         if (dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 584         {\r
 585           continue;\r
 586         }\r
 587         else\r
 588         {\r
 589           tmp[index] = dasSources[i];\r
 590           data[index][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 591           data[index][1] = new Boolean(\r
 592                   selectedSources.contains(dasSources[i].getNickname()));\r
 593           index++;\r
 594         }\r
 595       }\r
 596       dasSources = tmp;\r
 597       refreshTableData(data);\r
 598       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 599       {\r
 600         public void run()\r
 601         {\r
 602           scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 603                   scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 604         }\r
 605       });\r
 606 \r
 607       break;\r
 608     }\r
 609   }\r
 610 \r
 611   void appendLocalSources()\r
 612   {\r
 613     if (localSources == null)\r
 614     {\r
 615       return;\r
 616     }\r
 617     // note - we add all das sources to list so they can be filtered for the\r
 618     // standard fetchDbRefs function\r
 619     int size = dasSources != null ? dasSources.length : 0;\r
 620     int lsize = localSources.size();\r
 621 \r
 622     Object[][] data = new Object[size + lsize][2];\r
 623     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 624     {\r
 625       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 626       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 627               .getNickname()));\r
 628     }\r
 629 \r
 630     DasSource[] tmp = new DasSource[size + lsize];\r
 631     if (dasSources != null)\r
 632     {\r
 633       System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 634     }\r
 635 \r
 636     Enumeration en = localSources.keys();\r
 637     int index = size;\r
 638     while (en.hasMoreElements())\r
 639     {\r
 640       String key = en.nextElement().toString();\r
 641       data[index][0] = key;\r
 642       data[index][1] = new Boolean(false);\r
 643       tmp[index] = new Das1Source();\r
 644       tmp[index].setNickname(key);\r
 645       tmp[index].setUrl(((DasSource) localSources.get(key)).getUrl());\r
 646 \r
 647       index++;\r
 648     }\r
 649 \r
 650     dasSources = tmp;\r
 651 \r
 652     refreshTableData(data);\r
 653   }\r
 654 \r
 655   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)\r
 656   {\r
 657     // Called when the MainTable selection changes\r
 658     if (evt.getValueIsAdjusting())\r
 659     {\r
 660       return;\r
 661     }\r
 662 \r
 663     displayFullDetails(null);\r
 664 \r
 665     // Filter the displayed data sources\r
 666     int dSize = dasSources.length;\r
 667 \r
 668     ArrayList names = new ArrayList();\r
 669     ArrayList selected = new ArrayList();\r
 670     DasSource ds;\r
 671 \r
 672     // The features filter is not visible, but we must still\r
 673     // filter the das source list here.\r
 674     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features\r
 675     Object[] dummyFeatureList = new Object[]\r
 676     { "features" };\r
 677 \r
 678     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 679     {\r
 680       ds = dasSources[i];\r
 681       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 682 \r
 683       if (dcs.length == 0 && ds.getCapabilities().length == 0\r
 684               && filter1.getSelectedIndex() == 0\r
 685               && filter2.getSelectedIndex() == 0\r
 686               && filter3.getSelectedIndex() == 0)\r
 687       {\r
 688         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT\r
 689         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT\r
 690         // IS ADDED FROM THE REGISTRY\r
 691         names.add(ds.getNickname());\r
 692         selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 693         continue;\r
 694       }\r
 695 \r
 696       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilities())\r
 697               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),\r
 698                       ds.getLabels()))\r
 699       {\r
 700         continue;\r
 701       }\r
 702 \r
 703       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 704       {\r
 705         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(), new String[]\r
 706         { dcs[j].getName() })\r
 707                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]\r
 708                 { dcs[j].getCategory() }))\r
 709         {\r
 710           names.add(ds.getNickname());\r
 711           selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds\r
 712                   .getNickname())));\r
 713           break;\r
 714         }\r
 715       }\r
 716     }\r
 717 \r
 718     dSize = names.size();\r
 719     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 720     for (int d = 0; d < dSize; d++)\r
 721     {\r
 722       data[d][0] = names.get(d);\r
 723       data[d][1] = selected.get(d);\r
 724     }\r
 725 \r
 726     refreshTableData(data);\r
 727   }\r
 728 \r
 729   boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)\r
 730   {\r
 731     for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 732     {\r
 733       if (selection[i].equals("Any"))\r
 734       {\r
 735         return true;\r
 736       }\r
 737 \r
 738       for (int j = 0; j < items.length; j++)\r
 739       {\r
 740         if (selection[i].equals(items[j]))\r
 741         {\r
 742           return true;\r
 743         }\r
 744       }\r
 745     }\r
 746 \r
 747     return false;\r
 748   }\r
 749 \r
 750   void setSelectedFromProperties()\r
 751   {\r
 752     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",\r
 753             "uniprot");\r
 754     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 755     selectedSources = new Vector();\r
 756     while (st.hasMoreTokens())\r
 757     {\r
 758       selectedSources.addElement(st.nextToken());\r
 759     }\r
 760 \r
 761     Vector _localSources = jalview.bin.Cache.getLocalDasSources();\r
 762     if (_localSources != null)\r
 763     {\r
 764       if (localSources == null)\r
 765       {\r
 766         localSources = new Hashtable();\r
 767       }\r
 768       Enumeration sources = _localSources.elements();\r
 769       while (sources.hasMoreElements())\r
 770       {\r
 771         Das1Source source = (Das1Source) sources.nextElement();\r
 772         localSources.put(source.getNickname(), source);\r
 773       }\r
 774     }\r
 775   }\r
 776 \r
 777   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 778   {\r
 779     registryURL.setText(DEFAULT_REGISTRY);\r
 780   }\r
 781 \r
 782   /**\r
 783    * set the DAS source settings in the given jalview properties.\r
 784    * \r
 785    * @param properties\r
 786    */\r
 787   public void saveProperties(Properties properties)\r
 788   {\r
 789     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)\r
 790     {\r
 791       properties.remove(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL);\r
 792     }\r
 793     else\r
 794     {\r
 795       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,\r
 796               registryURL.getText());\r
 797     }\r
 798 \r
 799     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 800     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)\r
 801     {\r
 802       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())\r
 803       {\r
 804         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");\r
 805       }\r
 806     }\r
 807 \r
 808     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_ACTIVE_SOURCE,\r
 809             sb.toString());\r
 810 \r
 811     if (localSources != null)\r
 812     {\r
 813       sb = new StringBuffer();\r
 814       Enumeration en = localSources.keys();\r
 815       while (en.hasMoreElements())\r
 816       {\r
 817         String token = en.nextElement().toString();\r
 818         sb.append(token\r
 819                 + "|"\r
 820                 + (((DasSource) localSources.get(token))\r
 821                         .hasCapability("sequence") ? "sequence:" : "")\r
 822                 + ((DasSource) localSources.get(token)).getUrl() + "\t");\r
 823       }\r
 824 \r
 825       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_LOCAL_SOURCE,\r
 826               sb.toString());\r
 827     }\r
 828 \r
 829   }\r
 830 \r
 831   class DASTableModel extends AbstractTableModel\r
 832   {\r
 833 \r
 834     public DASTableModel(Object[][] data)\r
 835     {\r
 836       this.data = data;\r
 837     }\r
 838 \r
 839     private String[] columnNames = new String[]\r
 840     { "Nickname", "Use Source" };\r
 841 \r
 842     private Object[][] data;\r
 843 \r
 844     public int getColumnCount()\r
 845     {\r
 846       return columnNames.length;\r
 847     }\r
 848 \r
 849     public int getRowCount()\r
 850     {\r
 851       return data.length;\r
 852     }\r
 853 \r
 854     public String getColumnName(int col)\r
 855     {\r
 856       return columnNames[col];\r
 857     }\r
 858 \r
 859     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 860     {\r
 861       return data[row][col];\r
 862     }\r
 863 \r
 864     /*\r
 865      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for\r
 866      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would\r
 867      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.\r
 868      */\r
 869     public Class getColumnClass(int c)\r
 870     {\r
 871       return getValueAt(0, c).getClass();\r
 872     }\r
 873 \r
 874     /*\r
 875      * Don't need to implement this method unless your table's editable.\r
 876      */\r
 877     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
 878     {\r
 879       // Note that the data/cell address is constant,\r
 880       // no matter where the cell appears onscreen.\r
 881       return col == 1;\r
 882 \r
 883     }\r
 884 \r
 885     /*\r
 886      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.\r
 887      */\r
 888     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
 889     {\r
 890       data[row][col] = value;\r
 891       fireTableCellUpdated(row, col);\r
 892 \r
 893       String name = getValueAt(row, 0).toString();\r
 894       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();\r
 895 \r
 896       if (selectedSources.contains(name) && !selected)\r
 897       {\r
 898         selectedSources.remove(name);\r
 899       }\r
 900 \r
 901       if (!selectedSources.contains(name) && selected)\r
 902       {\r
 903         selectedSources.add(name);\r
 904       }\r
 905     }\r
 906   }\r
 907 \r
 908   public void initDasSources()\r
 909   {\r
 910 \r
 911     Thread thr = new Thread(new Runnable()\r
 912     {\r
 913       public void run()\r
 914       {\r
 915         // this actually initialises the das source list\r
 916         paintComponent(null); // yuk\r
 917       }\r
 918     });\r
 919     thr.start();\r
 920     while (loadingDasSources || dasSources == null)\r
 921     {\r
 922       try\r
 923       {\r
 924         Thread.sleep(10);\r
 925       } catch (Exception e)\r
 926       {\r
 927       }\r
 928       ;\r
 929     }\r
 930   }\r
 931 \r
 932   public Vector resolveSourceNicknames(Vector sources)\r
 933   {\r
 934 \r
 935     Vector resolved = new Vector();\r
 936     if (sources != null)\r
 937     {\r
 938       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 939       {\r
 940         if (sources.contains(dasSources[i].getNickname()))\r
 941         {\r
 942           if (!resolved.contains(dasSources[i]))\r
 943           {\r
 944             resolved.addElement(dasSources[i]);\r
 945           }\r
 946         }\r
 947       }\r
 948     }\r
 949     return resolved;\r
 950   }\r
 951 \r
 952   /**\r
 953    * disable or enable the buttons on the source browser\r
 954    * \r
 955    * @param b\r
 956    */\r
 957   public void setGuiEnabled(boolean b)\r
 958   {\r
 959     refresh.setEnabled(b);\r
 960     addLocal.setEnabled(b);\r
 961   }\r
 962 }\r