src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.gui;\r
  19 \r
  20 import jalview.jbgui.GDasSourceBrowser;\r
  21 import jalview.util.TableSorter;\r
  22 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;\r
  23 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;\r
  24 \r
  25 import java.awt.BorderLayout;\r
  26 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  27 import java.awt.event.MouseAdapter;\r
  28 import java.awt.event.MouseEvent;\r
  29 import java.util.ArrayList;\r
  30 import java.util.List;\r
  31 import java.util.Properties;\r
  32 import java.util.StringTokenizer;\r
  33 import java.util.Vector;\r
  34 \r
  35 import javax.swing.JCheckBox;\r
  36 import javax.swing.JLabel;\r
  37 import javax.swing.JOptionPane;\r
  38 import javax.swing.JPanel;\r
  39 import javax.swing.JTextField;\r
  40 import javax.swing.ListSelectionModel;\r
  41 import javax.swing.SwingUtilities;\r
  42 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;\r
  43 import javax.swing.event.ListSelectionListener;\r
  44 import javax.swing.table.AbstractTableModel;\r
  45 \r
  46 import org.biodas.jdas.schema.sources.CAPABILITY;\r
  47 import org.biodas.jdas.schema.sources.COORDINATES;\r
  48 import org.biodas.jdas.schema.sources.PROP;\r
  49 import org.biodas.jdas.schema.sources.VERSION;\r
  50 \r
  51 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser implements\r
  52         Runnable, ListSelectionListener\r
  53 {\r
  54   DasSourceRegistryI sourceRegistry = null;\r
  55 \r
  56   Vector<String> selectedSources;\r
  57 \r
  58   public DasSourceBrowser(FeatureSettings featureSettings)\r
  59   {\r
  60     fs = featureSettings;\r
  61     // TODO DasSourceRegistryProvider API\r
  62     sourceRegistry = jalview.bin.Cache.getDasSourceRegistry();\r
  63     String registry = sourceRegistry.getDasRegistryURL();\r
  64 \r
  65     registryURL.setText(registry);\r
  66 \r
  67     setSelectedFromProperties();\r
  68 \r
  69     displayFullDetails(null);\r
  70     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  71 \r
  72     filter1.addListSelectionListener(this);\r
  73     filter2.addListSelectionListener(this);\r
  74     filter3.addListSelectionListener(this);\r
  75 \r
  76     // Ask to be notified of selection changes.\r
  77     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();\r
  78     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()\r
  79     {\r
  80       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)\r
  81       {\r
  82         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();\r
  83         if (!lsm.isSelectionEmpty())\r
  84         {\r
  85           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();\r
  86           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());\r
  87         }\r
  88       }\r
  89     });\r
  90 \r
  91     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  92     {\r
  93       public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
  94       {\r
  95         if (evt.getClickCount() == 2\r
  96                 || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  97         {\r
  98           editRemoveLocalSource(evt);\r
  99         }\r
 100       }\r
 101     });\r
 102 \r
 103     if (sourceRegistry.getSources() != null)\r
 104     {\r
 105       init();\r
 106     }\r
 107   }\r
 108 \r
 109   FeatureSettings fs = null;\r
 110 \r
 111   private boolean loadingDasSources;\r
 112 \r
 113   public DasSourceBrowser()\r
 114   {\r
 115     this(null);\r
 116   }\r
 117 \r
 118   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)\r
 119   {\r
 120     if (sourceRegistry == null)\r
 121     {\r
 122       Thread worker = new Thread(this);\r
 123       worker.start();\r
 124     }\r
 125   }\r
 126 \r
 127   void init()\r
 128   {\r
 129     List<jalviewSourceI> sources = sourceRegistry.getSources();\r
 130     int dSize = sources.size();\r
 131     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 132     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 133     {\r
 134       data[i][0] = sources.get(i).getTitle(); // what's equivalent of nickname\r
 135       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(sources.get(i)\r
 136               .getTitle()));\r
 137     }\r
 138 \r
 139     refreshTableData(data);\r
 140     setCapabilities(sourceRegistry);\r
 141 \r
 142     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 143     {\r
 144       public void run()\r
 145       {\r
 146         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();\r
 147         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);\r
 148         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);\r
 149       }\r
 150     });\r
 151 \r
 152     progressBar.setIndeterminate(false);\r
 153     progressBar.setVisible(false);\r
 154     addLocal.setVisible(true);\r
 155     refresh.setVisible(true);\r
 156   }\r
 157 \r
 158   public void refreshTableData(Object[][] data)\r
 159   {\r
 160     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));\r
 161     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());\r
 162     table.setModel(sorter);\r
 163   }\r
 164 \r
 165   void displayFullDetails(String nickName)\r
 166   {\r
 167 \r
 168     StringBuffer text = new StringBuffer(\r
 169             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");\r
 170 \r
 171     if (nickName == null)\r
 172     {\r
 173       fullDetails.setText(text + "Select a DAS service from the table"\r
 174               + " to read a full description here.</font></html>");\r
 175       return;\r
 176     }\r
 177 \r
 178     int dSize = sourceRegistry.getSources().size();\r
 179     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry.getSources())\r
 180     {\r
 181       if (!ds.getTitle().equals(nickName))\r
 182       {\r
 183         continue;\r
 184       }\r
 185 \r
 186       VERSION latest = ds.getVersion();\r
 187       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> " + ds.getUri()\r
 188               + "<br>");\r
 189       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "\r
 190               + ds.getTitle() + "<br>");\r
 191 \r
 192       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> <a href=\""\r
 193               + ds.getSourceURL() + "\">" + ds.getSourceURL() + "</a>"\r
 194               + "<br>");\r
 195       if (!ds.isLocal())\r
 196       {\r
 197         if (ds.getDocHref() != null && ds.getDocHref().length() > 0)\r
 198         {\r
 199           text.append("<font color=\"#0000FF\">Site:</font> <a href=\""\r
 200                   + ds.getDocHref() + "\">" + ds.getDocHref() + "</a>"\r
 201                   + "<br>");\r
 202         }\r
 203 \r
 204         text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "\r
 205                 + ds.getDescription() + "<br>");\r
 206 \r
 207         text.append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"\r
 208                 + ds.getEmail() + "\">" + ds.getEmail() + "</a>" + "<br>");\r
 209 \r
 210         text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "\r
 211                 + latest.getCreated() + "<br>");\r
 212 \r
 213         // TODO: Identify last successful test date\r
 214         // text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "\r
 215         // + latest.dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");\r
 216       }\r
 217       else\r
 218       {\r
 219         text.append("Source was added manually.<br/>");\r
 220       }\r
 221       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");\r
 222       boolean b = false;\r
 223       for (PROP labl : latest.getPROP())\r
 224       {\r
 225         if (labl.getName().equalsIgnoreCase("LABEL"))\r
 226         {\r
 227           if (b)\r
 228           {\r
 229             text.append(",");\r
 230           }\r
 231           text.append(" ");\r
 232 \r
 233           text.append(labl.getValue());\r
 234           b = true;\r
 235         }\r
 236         ;\r
 237       }\r
 238       text.append("<br>");\r
 239 \r
 240       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");\r
 241       CAPABILITY[] scap = latest.getCAPABILITY().toArray(new CAPABILITY[0]);\r
 242       for (int j = 0; j < scap.length; j++)\r
 243       {\r
 244         text.append(scap[j].getType());\r
 245         if (j < scap.length - 1)\r
 246         {\r
 247           text.append(", ");\r
 248         }\r
 249       }\r
 250       text.append("<br>");\r
 251 \r
 252       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font>");\r
 253       int i=1;\r
 254       for (COORDINATES dcs : latest.getCOORDINATES())\r
 255       {\r
 256         text.append("<br/>"+i+++". ");\r
 257         text.append(dcs.getAuthority()+" : "+dcs.getSource());\r
 258         if (dcs.getTaxid() != null && dcs.getTaxid().trim().length() > 0)\r
 259         {\r
 260           text.append(" [TaxId:" + dcs.getTaxid()+"]");\r
 261         }\r
 262         if (dcs.getVersion() != null\r
 263                 && dcs.getVersion().trim().length() > 0)\r
 264         {\r
 265           {\r
 266             text.append(" {v. " + dcs.getVersion()+"}");\r
 267           }\r
 268         }\r
 269         text.append(" (<a href=\""+dcs.getUri() +"\">"+dcs.getUri() + "</a>)");\r
 270       }\r
 271       text.append("</font></html>");\r
 272 \r
 273       break;\r
 274     }\r
 275 \r
 276     fullDetails.setText(text.toString());\r
 277     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 278     {\r
 279       public void run()\r
 280       {\r
 281         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);\r
 282       }\r
 283     });\r
 284   }\r
 285 \r
 286   public void run()\r
 287   {\r
 288     loadingDasSources = true;\r
 289 \r
 290     addLocal.setVisible(false);\r
 291     refresh.setVisible(false);\r
 292     progressBar.setVisible(true);\r
 293     progressBar.setIndeterminate(true);\r
 294     setParentGuiEnabled(false);\r
 295     // Refresh the source list.\r
 296     sourceRegistry.refreshSources();\r
 297 \r
 298     init();\r
 299 \r
 300     setParentGuiEnabled(true);\r
 301     loadingDasSources = false;\r
 302 \r
 303   }\r
 304 \r
 305   private void setParentGuiEnabled(boolean b)\r
 306   {\r
 307     if (fs != null)\r
 308     {\r
 309       fs.fetchDAS.setEnabled(b);\r
 310       fs.saveDAS.setEnabled(b);\r
 311     }\r
 312   }\r
 313 \r
 314   public Vector<jalviewSourceI> getSelectedSources()\r
 315   {\r
 316     // wait around if we're still loading.\r
 317     while (sourceRegistry == null)\r
 318     {\r
 319       if (!loadingDasSources)\r
 320       {\r
 321         new Thread(this).start();\r
 322         try\r
 323         {\r
 324           Thread.sleep(5);\r
 325         } catch (Exception e)\r
 326         {\r
 327         }\r
 328         ;\r
 329         while (loadingDasSources)\r
 330         {\r
 331           try\r
 332           {\r
 333             Thread.sleep(5);\r
 334           } catch (Exception e)\r
 335           {\r
 336           }\r
 337           ;\r
 338         }\r
 339         ;\r
 340       }\r
 341     }\r
 342 \r
 343     Vector<jalviewSourceI> selected = new Vector<jalviewSourceI>();\r
 344     for (String source : selectedSources)\r
 345     {\r
 346       jalviewSourceI srce = sourceRegistry.getSource(source);\r
 347       if (srce != null)\r
 348       {\r
 349         selected.addElement(srce);\r
 350       }\r
 351     }\r
 352     return selected;\r
 353   }\r
 354 \r
 355   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 356   {\r
 357     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 358 \r
 359     Thread worker = new Thread(this);\r
 360     worker.start();\r
 361   }\r
 362 \r
 363   private void setCapabilities(DasSourceRegistryI sourceRegistry2)\r
 364   {\r
 365     Vector<String> authority = new Vector<String>();\r
 366     Vector<String> type = new Vector<String>();\r
 367     Vector<String> label = new Vector<String>();\r
 368     Vector<String> taxIds = new Vector<String>();\r
 369     authority.add("Any");\r
 370     type.add("Any");\r
 371     label.add("Any");\r
 372 \r
 373     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry2.getSources())\r
 374     {\r
 375       VERSION latest = ds.getVersion();\r
 376 \r
 377       for (COORDINATES cs : latest.getCOORDINATES())\r
 378       {\r
 379         if (!type.contains(cs.getSource()))\r
 380         {\r
 381           type.add(cs.getSource()); // source==category\r
 382         }\r
 383 \r
 384         if (!authority.contains(cs.getAuthority()))\r
 385         {\r
 386           authority.add(cs.getAuthority());\r
 387         }\r
 388       }\r
 389 \r
 390       for (PROP slabel : latest.getPROP())\r
 391       {\r
 392         if (slabel.getName().equalsIgnoreCase("LABEL")\r
 393                 && !label.contains(slabel.getValue()))\r
 394         {\r
 395           label.add(slabel.getValue());\r
 396         }\r
 397       }\r
 398 \r
 399     }\r
 400 \r
 401     filter1.setListData(authority);\r
 402     filter2.setListData(type);\r
 403     filter3.setListData(label);\r
 404     // filter4 taxIds\r
 405 \r
 406     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 407     {\r
 408       public void run()\r
 409       {\r
 410         filter1.setSelectedIndex(0);\r
 411         filter2.setSelectedIndex(0);\r
 412         filter3.setSelectedIndex(0);\r
 413       }\r
 414     });\r
 415   }\r
 416 \r
 417   public void amendLocal(boolean newSource)\r
 418   {\r
 419     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";\r
 420     boolean seqsrc = false;\r
 421     if (!newSource)\r
 422     {\r
 423       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 424       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 425       jalviewSourceI source = sourceRegistry.getSource(nickname);\r
 426       url = source.getUri();\r
 427       seqsrc = source.isSequenceSource();\r
 428     }\r
 429 \r
 430     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);\r
 431     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);\r
 432     JCheckBox seqs = new JCheckBox("Sequence Source");\r
 433     seqs.setSelected(seqsrc);\r
 434     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 435     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 436     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);\r
 437     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);\r
 438     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);\r
 439     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 440     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.NORTH);\r
 441     pane12.add(seqs, BorderLayout.SOUTH);\r
 442     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);\r
 443     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);\r
 444 \r
 445     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 446             panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",\r
 447             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);\r
 448 \r
 449     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)\r
 450     {\r
 451       return;\r
 452     }\r
 453 \r
 454     if (!urltf.getText().endsWith("/"))\r
 455     {\r
 456       urltf.setText(urltf.getText() + "/");\r
 457     }\r
 458 \r
 459     jalviewSourceI local = sourceRegistry.createLocalSource(\r
 460             urltf.getText(), nametf.getText(), seqs.isSelected(), true);\r
 461     List sources = sourceRegistry.getSources();\r
 462     int osize = sources.size();\r
 463     int size = osize + (newSource ? 1 : 0);\r
 464 \r
 465     Object[][] data = new Object[size][2];\r
 466     DASTableModel dtm = (table != null) ? (DASTableModel) ((TableSorter) table\r
 467             .getModel()).getTableModel() : null;\r
 468     for (int i = 0; i < osize; i++)\r
 469     {\r
 470       String osrc = (dtm == null || i >= osize) ? null : (String) dtm\r
 471               .getValueAt(i, 0);\r
 472       if (!newSource && osrc != null\r
 473               && dtm.getValueAt(i, 0).equals(nickname))\r
 474       {\r
 475         data[i][0] = local.getTitle();\r
 476         data[i][1] = new Boolean(true);\r
 477       }\r
 478       else\r
 479       {\r
 480         data[i][0] = osrc;\r
 481         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(osrc));\r
 482       }\r
 483     }\r
 484     // Always add a new source at the end\r
 485     if (newSource)\r
 486     {\r
 487       data[osize][0] = local.getTitle();\r
 488       data[osize][1] = new Boolean(true);\r
 489       selectedSources.add(local.getTitle());\r
 490     }\r
 491 \r
 492     refreshTableData(data);\r
 493 \r
 494     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 495     {\r
 496       public void run()\r
 497       {\r
 498         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 499                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 500       }\r
 501     });\r
 502 \r
 503     displayFullDetails(local.getTitle());\r
 504   }\r
 505 \r
 506   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)\r
 507   {\r
 508     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 509     if (selectedRow == -1)\r
 510     {\r
 511       return;\r
 512     }\r
 513 \r
 514     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 515 \r
 516     if (!sourceRegistry.getSource(nickname).isLocal())\r
 517     {\r
 518       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 519               "You can only edit or remove local DAS Sources!",\r
 520               "Public DAS source - not editable",\r
 521               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 522       return;\r
 523     }\r
 524 \r
 525     Object[] options =\r
 526     { "Edit", "Remove", "Cancel" };\r
 527     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,\r
 528             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",\r
 529             "Edit / Remove Local DAS Source",\r
 530             JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION, JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 531             null, options, options[2]);\r
 532 \r
 533     switch (choice)\r
 534     {\r
 535     case 0:\r
 536       amendLocal(false);\r
 537       break;\r
 538     case 1:\r
 539       sourceRegistry.removeLocalSource(sourceRegistry.getSource(nickname));\r
 540       selectedSources.remove(nickname);\r
 541       Object[][] data = new Object[sourceRegistry.getSources().size()][2];\r
 542       int index = 0,\r
 543       l = table.getRowCount();\r
 544 \r
 545       for (int i = 0; i < l; i++)\r
 546       {\r
 547         String nm;\r
 548         if ((nm = (String) table.getValueAt(i, 0)).equals(nickname))\r
 549         {\r
 550           continue;\r
 551         }\r
 552         else\r
 553         {\r
 554           data[index][0] = nm;\r
 555           data[index][1] = new Boolean(selectedSources.contains(nm));\r
 556           index++;\r
 557         }\r
 558       }\r
 559       refreshTableData(data);\r
 560       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 561       {\r
 562         public void run()\r
 563         {\r
 564           scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 565                   scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 566         }\r
 567       });\r
 568 \r
 569       break;\r
 570     }\r
 571   }\r
 572 \r
 573   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)\r
 574   {\r
 575     // Called when the MainTable selection changes\r
 576     if (evt.getValueIsAdjusting())\r
 577     {\r
 578       return;\r
 579     }\r
 580 \r
 581     displayFullDetails(null);\r
 582 \r
 583     // Filter the displayed data sources\r
 584 \r
 585     ArrayList names = new ArrayList();\r
 586     ArrayList selected = new ArrayList();\r
 587 \r
 588     // The features filter is not visible, but we must still\r
 589     // filter the das source list here.\r
 590     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features\r
 591     Object[] dummyFeatureList = new Object[]\r
 592     { "features" };\r
 593     List<jalviewSourceI> srcs = sourceRegistry.getSources();\r
 594     for (jalviewSourceI ds : srcs)\r
 595     {\r
 596 \r
 597       VERSION v = ds.getVersion();\r
 598       List<COORDINATES> coords = v.getCOORDINATES();\r
 599       if (ds.isLocal()\r
 600               || ((coords == null || coords.size() == 0)\r
 601                       && filter1.getSelectedIndex() == 0\r
 602                       && filter2.getSelectedIndex() == 0 && filter3\r
 603                       .getSelectedIndex() == 0))\r
 604       {\r
 605         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT\r
 606         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT\r
 607         // IS ADDED FROM THE REGISTRY\r
 608         names.add(ds.getTitle());\r
 609         selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));\r
 610         continue;\r
 611       }\r
 612 \r
 613       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilityList(v))\r
 614               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),\r
 615                       ds.getLabelsFor(v)))\r
 616       {\r
 617         continue;\r
 618       }\r
 619 \r
 620       for (int j = 0; j < coords.size(); j++)\r
 621       {\r
 622         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(), new String[]\r
 623         { coords.get(j).getAuthority() })\r
 624                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]\r
 625                 { coords.get(j).getSource() }))\r
 626         {\r
 627           names.add(ds.getTitle());\r
 628           selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));\r
 629           break;\r
 630         }\r
 631       }\r
 632     }\r
 633 \r
 634     int dSize = names.size();\r
 635     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 636     for (int d = 0; d < dSize; d++)\r
 637     {\r
 638       data[d][0] = names.get(d);\r
 639       data[d][1] = selected.get(d);\r
 640     }\r
 641 \r
 642     refreshTableData(data);\r
 643   }\r
 644 \r
 645   private boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)\r
 646   {\r
 647     for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 648     {\r
 649       if (selection[i].equals("Any"))\r
 650       {\r
 651         return true;\r
 652       }\r
 653       if (items == null || items.length == 0)\r
 654       {\r
 655         return false;\r
 656       }\r
 657       String sel = (items[0].startsWith("das1:") ? "das1:" : "")\r
 658               + selection[i];\r
 659       for (int j = 0; j < items.length; j++)\r
 660       {\r
 661         if (sel.equals(items[j]))\r
 662         {\r
 663           return true;\r
 664         }\r
 665       }\r
 666     }\r
 667 \r
 668     return false;\r
 669   }\r
 670 \r
 671   void setSelectedFromProperties()\r
 672   {\r
 673     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",\r
 674             "uniprot");\r
 675     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 676     selectedSources = new Vector();\r
 677     while (st.hasMoreTokens())\r
 678     {\r
 679       selectedSources.addElement(st.nextToken());\r
 680     }\r
 681   }\r
 682 \r
 683   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 684   {\r
 685     registryURL.setText(sourceRegistry.getDasRegistryURL());\r
 686   }\r
 687 \r
 688   /**\r
 689    * set the DAS source settings in the given jalview properties.\r
 690    * \r
 691    * @param properties\r
 692    */\r
 693   public void saveProperties(Properties properties)\r
 694   {\r
 695     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)\r
 696     {\r
 697       properties.remove(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL);\r
 698     }\r
 699     else\r
 700     {\r
 701       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,\r
 702               registryURL.getText());\r
 703     }\r
 704 \r
 705     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 706     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)\r
 707     {\r
 708       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())\r
 709       {\r
 710         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");\r
 711       }\r
 712     }\r
 713 \r
 714     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_ACTIVE_SOURCE,\r
 715             sb.toString());\r
 716 \r
 717     String sourceprop = sourceRegistry.getLocalSourceString();\r
 718     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, sourceprop);\r
 719   }\r
 720 \r
 721   class DASTableModel extends AbstractTableModel\r
 722   {\r
 723 \r
 724     public DASTableModel(Object[][] data)\r
 725     {\r
 726       this.data = data;\r
 727     }\r
 728 \r
 729     private String[] columnNames = new String[]\r
 730     { "Nickname", "Use Source" };\r
 731 \r
 732     private Object[][] data;\r
 733 \r
 734     public int getColumnCount()\r
 735     {\r
 736       return columnNames.length;\r
 737     }\r
 738 \r
 739     public int getRowCount()\r
 740     {\r
 741       return data.length;\r
 742     }\r
 743 \r
 744     public String getColumnName(int col)\r
 745     {\r
 746       return columnNames[col];\r
 747     }\r
 748 \r
 749     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 750     {\r
 751       return data[row][col];\r
 752     }\r
 753 \r
 754     /*\r
 755      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for\r
 756      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would\r
 757      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.\r
 758      */\r
 759     public Class getColumnClass(int c)\r
 760     {\r
 761       return getValueAt(0, c).getClass();\r
 762     }\r
 763 \r
 764     /*\r
 765      * Don't need to implement this method unless your table's editable.\r
 766      */\r
 767     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
 768     {\r
 769       // Note that the data/cell address is constant,\r
 770       // no matter where the cell appears onscreen.\r
 771       return col == 1;\r
 772 \r
 773     }\r
 774 \r
 775     /*\r
 776      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.\r
 777      */\r
 778     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
 779     {\r
 780       data[row][col] = value;\r
 781       fireTableCellUpdated(row, col);\r
 782 \r
 783       String name = getValueAt(row, 0).toString();\r
 784       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();\r
 785 \r
 786       if (selectedSources.contains(name) && !selected)\r
 787       {\r
 788         selectedSources.remove(name);\r
 789       }\r
 790 \r
 791       if (!selectedSources.contains(name) && selected)\r
 792       {\r
 793         selectedSources.add(name);\r
 794       }\r
 795     }\r
 796   }\r
 797 \r
 798   public void initDasSources()\r
 799   {\r
 800 \r
 801     Thread thr = new Thread(new Runnable()\r
 802     {\r
 803       public void run()\r
 804       {\r
 805         // this actually initialises the das source list\r
 806         paintComponent(null); // yuk\r
 807       }\r
 808     });\r
 809     thr.start();\r
 810     while (loadingDasSources || sourceRegistry == null)\r
 811     {\r
 812       try\r
 813       {\r
 814         Thread.sleep(10);\r
 815       } catch (Exception e)\r
 816       {\r
 817       }\r
 818       ;\r
 819     }\r
 820   }\r
 821 \r
 822   /**\r
 823    * disable or enable the buttons on the source browser\r
 824    * \r
 825    * @param b\r
 826    */\r
 827   public void setGuiEnabled(boolean b)\r
 828   {\r
 829     refresh.setEnabled(b);\r
 830     addLocal.setEnabled(b);\r
 831   }\r
 832 }\r