src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.jbgui.GDasSourceBrowser;
  24 import jalview.util.MessageManager;
  25 import jalview.util.TableSorter;
  26 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;
  27 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  28
  29 import java.awt.BorderLayout;
  30 import java.awt.event.ActionEvent;
  31 import java.awt.event.MouseAdapter;
  32 import java.awt.event.MouseEvent;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.Properties;
  36 import java.util.StringTokenizer;
  37 import java.util.Vector;
  38
  39 import javax.swing.JCheckBox;
  40 import javax.swing.JLabel;
  41 import javax.swing.JOptionPane;
  42 import javax.swing.JPanel;
  43 import javax.swing.JTextField;
  44 import javax.swing.ListSelectionModel;
  45 import javax.swing.SwingUtilities;
  46 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  47 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  48 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  49
  50 import org.biodas.jdas.schema.sources.CAPABILITY;
  51 import org.biodas.jdas.schema.sources.COORDINATES;
  52 import org.biodas.jdas.schema.sources.PROP;
  53 import org.biodas.jdas.schema.sources.VERSION;
  54
  55 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser implements
  56         Runnable, ListSelectionListener
  57 {
  58   DasSourceRegistryI sourceRegistry = null;
  59
  60   Vector<String> selectedSources;
  61
  62   public DasSourceBrowser(FeatureSettings featureSettings)
  63   {
  64     fs = featureSettings;
  65     // TODO DasSourceRegistryProvider API
  66     sourceRegistry = jalview.bin.Cache.getDasSourceRegistry();
  67     String registry = sourceRegistry.getDasRegistryURL();
  68
  69     registryURL.setText(registry);
  70
  71     setSelectedFromProperties();
  72
  73     displayFullDetails(null);
  74     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
  75
  76     filter1.addListSelectionListener(this);
  77     filter2.addListSelectionListener(this);
  78     filter3.addListSelectionListener(this);
  79
  80     // Ask to be notified of selection changes.
  81     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();
  82     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
  83     {
  84       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
  85       {
  86         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();
  87         if (!lsm.isSelectionEmpty())
  88         {
  89           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();
  90           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());
  91         }
  92       }
  93     });
  94
  95     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
  96     {
  97       public void mouseClicked(MouseEvent evt)
  98       {
  99         if (evt.getClickCount() == 2
 100                 || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 101         {
 102           editRemoveLocalSource(evt);
 103         }
 104       }
 105     });
 106
 107     if (sourceRegistry.getSources() != null)
 108     {
 109       init();
 110     }
 111   }
 112
 113   FeatureSettings fs = null;
 114
 115   private boolean loadingDasSources;
 116
 117   public DasSourceBrowser()
 118   {
 119     this(null);
 120   }
 121
 122   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)
 123   {
 124     if (sourceRegistry == null)
 125     {
 126       Thread worker = new Thread(this);
 127       worker.start();
 128     }
 129   }
 130
 131   void init()
 132   {
 133     List<jalviewSourceI> sources = sourceRegistry.getSources();
 134     int dSize = sources.size();
 135     Object[][] data = new Object[dSize][2];
 136     for (int i = 0; i < dSize; i++)
 137     {
 138       data[i][0] = sources.get(i).getTitle(); // what's equivalent of nickname
 139       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(sources.get(i)
 140               .getTitle()));
 141     }
 142
 143     refreshTableData(data);
 144     setCapabilities(sourceRegistry);
 145
 146     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 147     {
 148       public void run()
 149       {
 150         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();
 151         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);
 152         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);
 153       }
 154     });
 155
 156     progressBar.setIndeterminate(false);
 157     progressBar.setVisible(false);
 158     addLocal.setVisible(true);
 159     refresh.setVisible(true);
 160   }
 161
 162   public void refreshTableData(Object[][] data)
 163   {
 164     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));
 165     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());
 166     table.setModel(sorter);
 167   }
 168
 169   void displayFullDetails(String nickName)
 170   {
 171
 172     StringBuffer text = new StringBuffer(
 173             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");
 174
 175     if (nickName == null)
 176     {
 177       fullDetails.setText(text
 178               + MessageManager
 179                       .getString("label.select_das_service_from_table"));
 180       return;
 181     }
 182
 183     int dSize = sourceRegistry.getSources().size();
 184     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry.getSources())
 185     {
 186       if (!ds.getTitle().equals(nickName))
 187       {
 188         continue;
 189       }
 190
 191       VERSION latest = ds.getVersion();
 192       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> " + ds.getUri()
 193               + "<br>");
 194       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "
 195               + ds.getTitle() + "<br>");
 196
 197       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> <a href=\""
 198               + ds.getSourceURL() + "\">" + ds.getSourceURL() + "</a>"
 199               + "<br>");
 200       if (!ds.isLocal())
 201       {
 202         if (ds.getDocHref() != null && ds.getDocHref().length() > 0)
 203         {
 204           text.append("<font color=\"#0000FF\">Site:</font> <a href=\""
 205                   + ds.getDocHref() + "\">" + ds.getDocHref() + "</a>"
 206                   + "<br>");
 207         }
 208
 209         text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "
 210                 + ds.getDescription() + "<br>");
 211
 212         text.append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"
 213                 + ds.getEmail() + "\">" + ds.getEmail() + "</a>" + "<br>");
 214
 215         text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "
 216                 + latest.getCreated() + "<br>");
 217
 218         // TODO: Identify last successful test date
 219         // text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "
 220         // + latest.dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");
 221       }
 222       else
 223       {
 224         text.append("Source was added manually.<br/>");
 225       }
 226       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");
 227       boolean b = false;
 228       for (PROP labl : latest.getPROP())
 229       {
 230         if (labl.getName().equalsIgnoreCase("LABEL"))
 231         {
 232           if (b)
 233           {
 234             text.append(",");
 235           }
 236           text.append(" ");
 237
 238           text.append(labl.getValue());
 239           b = true;
 240         }
 241         ;
 242       }
 243       text.append("<br>");
 244
 245       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");
 246       CAPABILITY[] scap = latest.getCAPABILITY().toArray(new CAPABILITY[0]);
 247       for (int j = 0; j < scap.length; j++)
 248       {
 249         text.append(scap[j].getType());
 250         if (j < scap.length - 1)
 251         {
 252           text.append(", ");
 253         }
 254       }
 255       text.append("<br>");
 256
 257       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font>");
 258       int i = 1;
 259       for (COORDINATES dcs : latest.getCOORDINATES())
 260       {
 261         text.append("<br/>" + i++ + ". ");
 262         text.append(dcs.getAuthority() + " : " + dcs.getSource());
 263         if (dcs.getTaxid() != null && dcs.getTaxid().trim().length() > 0)
 264         {
 265           text.append(" [TaxId:" + dcs.getTaxid() + "]");
 266         }
 267         if (dcs.getVersion() != null
 268                 && dcs.getVersion().trim().length() > 0)
 269         {
 270           {
 271             text.append(" {v. " + dcs.getVersion() + "}");
 272           }
 273         }
 274         text.append(" (<a href=\"" + dcs.getUri() + "\">" + dcs.getUri()
 275                 + "</a>)");
 276       }
 277       text.append("</font></html>");
 278
 279       break;
 280     }
 281
 282     fullDetails.setText(text.toString());
 283     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 284     {
 285       public void run()
 286       {
 287         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);
 288       }
 289     });
 290   }
 291
 292   public void run()
 293   {
 294     loadingDasSources = true;
 295
 296     addLocal.setVisible(false);
 297     refresh.setVisible(false);
 298     progressBar.setVisible(true);
 299     progressBar.setIndeterminate(true);
 300     setParentGuiEnabled(false);
 301     // Refresh the source list.
 302     sourceRegistry.refreshSources();
 303
 304     init();
 305
 306     setParentGuiEnabled(true);
 307     loadingDasSources = false;
 308
 309   }
 310
 311   private void setParentGuiEnabled(boolean b)
 312   {
 313     if (fs != null)
 314     {
 315       fs.fetchDAS.setEnabled(b);
 316       fs.saveDAS.setEnabled(b);
 317     }
 318   }
 319
 320   public Vector<jalviewSourceI> getSelectedSources()
 321   {
 322     // wait around if we're still loading.
 323     while (sourceRegistry == null)
 324     {
 325       if (!loadingDasSources)
 326       {
 327         new Thread(this).start();
 328         try
 329         {
 330           Thread.sleep(5);
 331         } catch (Exception e)
 332         {
 333         }
 334         ;
 335         while (loadingDasSources)
 336         {
 337           try
 338           {
 339             Thread.sleep(5);
 340           } catch (Exception e)
 341           {
 342           }
 343           ;
 344         }
 345         ;
 346       }
 347     }
 348
 349     Vector<jalviewSourceI> selected = new Vector<jalviewSourceI>();
 350     for (String source : selectedSources)
 351     {
 352       jalviewSourceI srce = sourceRegistry.getSource(source);
 353       if (srce != null)
 354       {
 355         selected.addElement(srce);
 356       }
 357     }
 358     return selected;
 359   }
 360
 361   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)
 362   {
 363     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);
 364
 365     Thread worker = new Thread(this);
 366     worker.start();
 367   }
 368
 369   private void setCapabilities(DasSourceRegistryI sourceRegistry2)
 370   {
 371     Vector<String> authority = new Vector<String>();
 372     Vector<String> type = new Vector<String>();
 373     Vector<String> label = new Vector<String>();
 374     Vector<String> taxIds = new Vector<String>();
 375     authority.add("Any");
 376     type.add("Any");
 377     label.add("Any");
 378
 379     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry2.getSources())
 380     {
 381       VERSION latest = ds.getVersion();
 382
 383       for (COORDINATES cs : latest.getCOORDINATES())
 384       {
 385         if (!type.contains(cs.getSource()))
 386         {
 387           type.add(cs.getSource()); // source==category
 388         }
 389
 390         if (!authority.contains(cs.getAuthority()))
 391         {
 392           authority.add(cs.getAuthority());
 393         }
 394       }
 395
 396       for (PROP slabel : latest.getPROP())
 397       {
 398         if (slabel.getName().equalsIgnoreCase("LABEL")
 399                 && !label.contains(slabel.getValue()))
 400         {
 401           label.add(slabel.getValue());
 402         }
 403       }
 404
 405     }
 406
 407     filter1.setListData(authority);
 408     filter2.setListData(type);
 409     filter3.setListData(label);
 410     // filter4 taxIds
 411
 412     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 413     {
 414       public void run()
 415       {
 416         filter1.setSelectedIndex(0);
 417         filter2.setSelectedIndex(0);
 418         filter3.setSelectedIndex(0);
 419       }
 420     });
 421   }
 422
 423   public void amendLocal(boolean newSource)
 424   {
 425     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";
 426     boolean seqsrc = false;
 427     if (!newSource)
 428     {
 429       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();
 430       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();
 431       jalviewSourceI source = sourceRegistry.getSource(nickname);
 432       url = source.getUri();
 433       seqsrc = source.isSequenceSource();
 434     }
 435
 436     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);
 437     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);
 438     JCheckBox seqs = new JCheckBox(
 439             MessageManager.getString("label.sequence_source"));
 440     seqs.setSelected(seqsrc);
 441     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 442     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 443     pane12.add(
 444             new JLabel(MessageManager.getString("label.structure_manager")),
 445             BorderLayout.CENTER);
 446     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);
 447     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);
 448     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 449     pane12.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.url")),
 450             BorderLayout.NORTH);
 451     pane12.add(seqs, BorderLayout.SOUTH);
 452     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);
 453     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);
 454
 455     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 456             panel,
 457             MessageManager.getString("label.enter_local_das_source"),
 458             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
 459
 460     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
 461     {
 462       return;
 463     }
 464
 465     if (!urltf.getText().endsWith("/"))
 466     {
 467       urltf.setText(urltf.getText() + "/");
 468     }
 469
 470     jalviewSourceI local = sourceRegistry.createLocalSource(
 471             urltf.getText(), nametf.getText(), seqs.isSelected(), true);
 472     List sources = sourceRegistry.getSources();
 473     int osize = sources.size();
 474     int size = osize + (newSource ? 1 : 0);
 475
 476     Object[][] data = new Object[size][2];
 477     DASTableModel dtm = (table != null) ? (DASTableModel) ((TableSorter) table
 478             .getModel()).getTableModel() : null;
 479     for (int i = 0; i < osize; i++)
 480     {
 481       String osrc = (dtm == null || i >= osize) ? null : (String) dtm
 482               .getValueAt(i, 0);
 483       if (!newSource && osrc != null
 484               && dtm.getValueAt(i, 0).equals(nickname))
 485       {
 486         data[i][0] = local.getTitle();
 487         data[i][1] = new Boolean(true);
 488       }
 489       else
 490       {
 491         data[i][0] = osrc;
 492         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(osrc));
 493       }
 494     }
 495     // Always add a new source at the end
 496     if (newSource)
 497     {
 498       data[osize][0] = local.getTitle();
 499       data[osize][1] = new Boolean(true);
 500       selectedSources.add(local.getTitle());
 501     }
 502
 503     refreshTableData(data);
 504
 505     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 506     {
 507       public void run()
 508       {
 509         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(
 510                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());
 511       }
 512     });
 513
 514     displayFullDetails(local.getTitle());
 515   }
 516
 517   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)
 518   {
 519     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();
 520     if (selectedRow == -1)
 521     {
 522       return;
 523     }
 524
 525     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();
 526
 527     if (!sourceRegistry.getSource(nickname).isLocal())
 528     {
 529       JOptionPane
 530               .showInternalMessageDialog(
 531                       Desktop.desktop,
 532                       MessageManager
 533                               .getString("label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources"),
 534                       MessageManager.getString("label.public_das_source"),
 535                       JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 536       return;
 537     }
 538
 539     Object[] options =
 540     { "Edit", "Remove", "Cancel" };
 541     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,
 542             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",
 543             "Edit / Remove Local DAS Source",
 544             JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION, JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 545             null, options, options[2]);
 546
 547     switch (choice)
 548     {
 549     case 0:
 550       amendLocal(false);
 551       break;
 552     case 1:
 553       sourceRegistry.removeLocalSource(sourceRegistry.getSource(nickname));
 554       selectedSources.remove(nickname);
 555       Object[][] data = new Object[sourceRegistry.getSources().size()][2];
 556       int index = 0,
 557       l = table.getRowCount();
 558
 559       for (int i = 0; i < l; i++)
 560       {
 561         String nm;
 562         if ((nm = (String) table.getValueAt(i, 0)).equals(nickname))
 563         {
 564           continue;
 565         }
 566         else
 567         {
 568           data[index][0] = nm;
 569           data[index][1] = new Boolean(selectedSources.contains(nm));
 570           index++;
 571         }
 572       }
 573       refreshTableData(data);
 574       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 575       {
 576         public void run()
 577         {
 578           scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(
 579                   scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());
 580         }
 581       });
 582
 583       break;
 584     }
 585   }
 586
 587   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)
 588   {
 589     // Called when the MainTable selection changes
 590     if (evt.getValueIsAdjusting())
 591     {
 592       return;
 593     }
 594
 595     displayFullDetails(null);
 596
 597     // Filter the displayed data sources
 598
 599     ArrayList names = new ArrayList();
 600     ArrayList selected = new ArrayList();
 601
 602     // The features filter is not visible, but we must still
 603     // filter the das source list here.
 604     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features
 605     Object[] dummyFeatureList = new Object[]
 606     { "features" };
 607     List<jalviewSourceI> srcs = sourceRegistry.getSources();
 608     for (jalviewSourceI ds : srcs)
 609     {
 610
 611       VERSION v = ds.getVersion();
 612       List<COORDINATES> coords = v.getCOORDINATES();
 613       if (ds.isLocal()
 614               || ((coords == null || coords.size() == 0)
 615                       && filter1.getSelectedIndex() == 0
 616                       && filter2.getSelectedIndex() == 0 && filter3
 617                       .getSelectedIndex() == 0))
 618       {
 619         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT
 620         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT
 621         // IS ADDED FROM THE REGISTRY
 622         names.add(ds.getTitle());
 623         selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));
 624         continue;
 625       }
 626
 627       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilityList(v))
 628               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),
 629                       ds.getLabelsFor(v)))
 630       {
 631         continue;
 632       }
 633
 634       for (int j = 0; j < coords.size(); j++)
 635       {
 636         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(), new String[]
 637         { coords.get(j).getAuthority() })
 638                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]
 639                 { coords.get(j).getSource() }))
 640         {
 641           names.add(ds.getTitle());
 642           selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));
 643           break;
 644         }
 645       }
 646     }
 647
 648     int dSize = names.size();
 649     Object[][] data = new Object[dSize][2];
 650     for (int d = 0; d < dSize; d++)
 651     {
 652       data[d][0] = names.get(d);
 653       data[d][1] = selected.get(d);
 654     }
 655
 656     refreshTableData(data);
 657   }
 658
 659   private boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)
 660   {
 661     for (int i = 0; i < selection.length; i++)
 662     {
 663       if (selection[i].equals("Any"))
 664       {
 665         return true;
 666       }
 667       if (items == null || items.length == 0)
 668       {
 669         return false;
 670       }
 671       String sel = (items[0].startsWith("das1:") ? "das1:" : "")
 672               + selection[i];
 673       for (int j = 0; j < items.length; j++)
 674       {
 675         if (sel.equals(items[j]))
 676         {
 677           return true;
 678         }
 679       }
 680     }
 681
 682     return false;
 683   }
 684
 685   void setSelectedFromProperties()
 686   {
 687     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",
 688             "uniprot");
 689     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");
 690     selectedSources = new Vector();
 691     while (st.hasMoreTokens())
 692     {
 693       selectedSources.addElement(st.nextToken());
 694     }
 695   }
 696
 697   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)
 698   {
 699     registryURL.setText(sourceRegistry.getDasRegistryURL());
 700   }
 701
 702   /**
 703    * set the DAS source settings in the given jalview properties.
 704    *
 705    * @param properties
 706    */
 707   public void saveProperties(Properties properties)
 708   {
 709     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)
 710     {
 711       properties.remove(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL);
 712     }
 713     else
 714     {
 715       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,
 716               registryURL.getText());
 717     }
 718
 719     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 720     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)
 721     {
 722       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())
 723       {
 724         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");
 725       }
 726     }
 727
 728     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_ACTIVE_SOURCE,
 729             sb.toString());
 730
 731     String sourceprop = sourceRegistry.getLocalSourceString();
 732     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, sourceprop);
 733   }
 734
 735   class DASTableModel extends AbstractTableModel
 736   {
 737
 738     public DASTableModel(Object[][] data)
 739     {
 740       this.data = data;
 741     }
 742
 743     private String[] columnNames = new String[]
 744     { MessageManager.getString("label.nickname"), MessageManager.getString("label.use_source") };
 745
 746     private Object[][] data;
 747
 748     public int getColumnCount()
 749     {
 750       return columnNames.length;
 751     }
 752
 753     public int getRowCount()
 754     {
 755       return data.length;
 756     }
 757
 758     public String getColumnName(int col)
 759     {
 760       return columnNames[col];
 761     }
 762
 763     public Object getValueAt(int row, int col)
 764     {
 765       return data[row][col];
 766     }
 767
 768     /*
 769      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for
 770      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would
 771      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.
 772      */
 773     public Class getColumnClass(int c)
 774     {
 775       return getValueAt(0, c).getClass();
 776     }
 777
 778     /*
 779      * Don't need to implement this method unless your table's editable.
 780      */
 781     public boolean isCellEditable(int row, int col)
 782     {
 783       // Note that the data/cell address is constant,
 784       // no matter where the cell appears onscreen.
 785       return col == 1;
 786
 787     }
 788
 789     /*
 790      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.
 791      */
 792     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
 793     {
 794       data[row][col] = value;
 795       fireTableCellUpdated(row, col);
 796
 797       String name = getValueAt(row, 0).toString();
 798       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();
 799
 800       if (selectedSources.contains(name) && !selected)
 801       {
 802         selectedSources.remove(name);
 803       }
 804
 805       if (!selectedSources.contains(name) && selected)
 806       {
 807         selectedSources.add(name);
 808       }
 809     }
 810   }
 811
 812   public void initDasSources()
 813   {
 814
 815     Thread thr = new Thread(new Runnable()
 816     {
 817       public void run()
 818       {
 819         // this actually initialises the das source list
 820         paintComponent(null); // yuk
 821       }
 822     });
 823     thr.start();
 824     while (loadingDasSources || sourceRegistry == null)
 825     {
 826       try
 827       {
 828         Thread.sleep(10);
 829       } catch (Exception e)
 830       {
 831       }
 832       ;
 833     }
 834   }
 835
 836   /**
 837    * disable or enable the buttons on the source browser
 838    *
 839    * @param b
 840    */
 841   public void setGuiEnabled(boolean b)
 842   {
 843     refresh.setEnabled(b);
 844     addLocal.setEnabled(b);
 845   }
 846 }