src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.jbgui.GDasSourceBrowser;
  24 import jalview.util.MessageManager;
  25 import jalview.util.TableSorter;
  26 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;
  27 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  28
  29 import java.awt.BorderLayout;
  30 import java.awt.event.ActionEvent;
  31 import java.awt.event.MouseAdapter;
  32 import java.awt.event.MouseEvent;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.Properties;
  36 import java.util.StringTokenizer;
  37 import java.util.Vector;
  38
  39 import javax.swing.JCheckBox;
  40 import javax.swing.JLabel;
  41 import javax.swing.JOptionPane;
  42 import javax.swing.JPanel;
  43 import javax.swing.JTextField;
  44 import javax.swing.ListSelectionModel;
  45 import javax.swing.SwingUtilities;
  46 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  47 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  48 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  49
  50 import org.biodas.jdas.schema.sources.CAPABILITY;
  51 import org.biodas.jdas.schema.sources.COORDINATES;
  52 import org.biodas.jdas.schema.sources.PROP;
  53 import org.biodas.jdas.schema.sources.VERSION;
  54
  55 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser implements
  56         Runnable, ListSelectionListener
  57 {
  58   DasSourceRegistryI sourceRegistry = null;
  59
  60   Vector<String> selectedSources;
  61
  62   public DasSourceBrowser(FeatureSettings featureSettings)
  63   {
  64     fs = featureSettings;
  65     // TODO DasSourceRegistryProvider API
  66     sourceRegistry = jalview.bin.Cache.getDasSourceRegistry();
  67     String registry = sourceRegistry.getDasRegistryURL();
  68
  69     registryURL.setText(registry);
  70
  71     setSelectedFromProperties();
  72
  73     displayFullDetails(null);
  74     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
  75
  76     filter1.addListSelectionListener(this);
  77     filter2.addListSelectionListener(this);
  78     filter3.addListSelectionListener(this);
  79
  80     // Ask to be notified of selection changes.
  81     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();
  82     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
  83     {
  84       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
  85       {
  86         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();
  87         if (!lsm.isSelectionEmpty())
  88         {
  89           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();
  90           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());
  91         }
  92       }
  93     });
  94
  95     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
  96     {
  97       public void mouseClicked(MouseEvent evt)
  98       {
  99         if (evt.getClickCount() == 2 || evt.isPopupTrigger())
 100         {
 101           editRemoveLocalSource(evt);
 102         }
 103       }
 104     });
 105
 106     if (sourceRegistry.getSources() != null)
 107     {
 108       init();
 109     }
 110   }
 111
 112   FeatureSettings fs = null;
 113
 114   private boolean loadingDasSources;
 115
 116   public DasSourceBrowser()
 117   {
 118     this(null);
 119   }
 120
 121   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)
 122   {
 123     if (sourceRegistry == null)
 124     {
 125       Thread worker = new Thread(this);
 126       worker.start();
 127     }
 128   }
 129
 130   void init()
 131   {
 132     List<jalviewSourceI> sources = sourceRegistry.getSources();
 133     int dSize = sources.size();
 134     Object[][] data = new Object[dSize][2];
 135     for (int i = 0; i < dSize; i++)
 136     {
 137       data[i][0] = sources.get(i).getTitle(); // what's equivalent of nickname
 138       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(sources.get(i)
 139               .getTitle()));
 140     }
 141
 142     refreshTableData(data);
 143     setCapabilities(sourceRegistry);
 144
 145     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 146     {
 147       public void run()
 148       {
 149         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();
 150         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);
 151         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);
 152       }
 153     });
 154
 155     progressBar.setIndeterminate(false);
 156     progressBar.setVisible(false);
 157     addLocal.setVisible(true);
 158     refresh.setVisible(true);
 159   }
 160
 161   public void refreshTableData(Object[][] data)
 162   {
 163     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));
 164     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());
 165     table.setModel(sorter);
 166   }
 167
 168   void displayFullDetails(String nickName)
 169   {
 170
 171     StringBuffer text = new StringBuffer(
 172             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");
 173
 174     if (nickName == null)
 175     {
 176       fullDetails.setText(text
 177               + MessageManager
 178                       .getString("label.select_das_service_from_table"));
 179       return;
 180     }
 181
 182     int dSize = sourceRegistry.getSources().size();
 183     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry.getSources())
 184     {
 185       if (!ds.getTitle().equals(nickName))
 186       {
 187         continue;
 188       }
 189
 190       VERSION latest = ds.getVersion();
 191       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> " + ds.getUri()
 192               + "<br>");
 193       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "
 194               + ds.getTitle() + "<br>");
 195
 196       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> <a href=\""
 197               + ds.getSourceURL() + "\">" + ds.getSourceURL() + "</a>"
 198               + "<br>");
 199       if (!ds.isLocal())
 200       {
 201         if (ds.getDocHref() != null && ds.getDocHref().length() > 0)
 202         {
 203           text.append("<font color=\"#0000FF\">Site:</font> <a href=\""
 204                   + ds.getDocHref() + "\">" + ds.getDocHref() + "</a>"
 205                   + "<br>");
 206         }
 207
 208         text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "
 209                 + ds.getDescription() + "<br>");
 210
 211         text.append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"
 212                 + ds.getEmail() + "\">" + ds.getEmail() + "</a>" + "<br>");
 213
 214         text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "
 215                 + latest.getCreated() + "<br>");
 216
 217         // TODO: Identify last successful test date
 218         // text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "
 219         // + latest.dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");
 220       }
 221       else
 222       {
 223         text.append("Source was added manually.<br/>");
 224       }
 225       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");
 226       boolean b = false;
 227       for (PROP labl : latest.getPROP())
 228       {
 229         if (labl.getName().equalsIgnoreCase("LABEL"))
 230         {
 231           if (b)
 232           {
 233             text.append(",");
 234           }
 235           text.append(" ");
 236
 237           text.append(labl.getValue());
 238           b = true;
 239         }
 240         ;
 241       }
 242       text.append("<br>");
 243
 244       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");
 245       CAPABILITY[] scap = latest.getCAPABILITY().toArray(new CAPABILITY[0]);
 246       for (int j = 0; j < scap.length; j++)
 247       {
 248         text.append(scap[j].getType());
 249         if (j < scap.length - 1)
 250         {
 251           text.append(", ");
 252         }
 253       }
 254       text.append("<br>");
 255
 256       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font>");
 257       int i = 1;
 258       for (COORDINATES dcs : latest.getCOORDINATES())
 259       {
 260         text.append("<br/>" + i++ + ". ");
 261         text.append(dcs.getAuthority() + " : " + dcs.getSource());
 262         if (dcs.getTaxid() != null && dcs.getTaxid().trim().length() > 0)
 263         {
 264           text.append(" [TaxId:" + dcs.getTaxid() + "]");
 265         }
 266         if (dcs.getVersion() != null
 267                 && dcs.getVersion().trim().length() > 0)
 268         {
 269           {
 270             text.append(" {v. " + dcs.getVersion() + "}");
 271           }
 272         }
 273         text.append(" (<a href=\"" + dcs.getUri() + "\">" + dcs.getUri()
 274                 + "</a>)");
 275       }
 276       text.append("</font></html>");
 277
 278       break;
 279     }
 280
 281     fullDetails.setText(text.toString());
 282     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 283     {
 284       public void run()
 285       {
 286         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);
 287       }
 288     });
 289   }
 290
 291   public void run()
 292   {
 293     loadingDasSources = true;
 294
 295     addLocal.setVisible(false);
 296     refresh.setVisible(false);
 297     progressBar.setVisible(true);
 298     progressBar.setIndeterminate(true);
 299     setParentGuiEnabled(false);
 300     // Refresh the source list.
 301     sourceRegistry.refreshSources();
 302
 303     init();
 304
 305     setParentGuiEnabled(true);
 306     loadingDasSources = false;
 307
 308   }
 309
 310   private void setParentGuiEnabled(boolean b)
 311   {
 312     if (fs != null)
 313     {
 314       fs.fetchDAS.setEnabled(b);
 315       fs.saveDAS.setEnabled(b);
 316     }
 317   }
 318
 319   public Vector<jalviewSourceI> getSelectedSources()
 320   {
 321     // wait around if we're still loading.
 322     while (sourceRegistry == null)
 323     {
 324       if (!loadingDasSources)
 325       {
 326         new Thread(this).start();
 327         try
 328         {
 329           Thread.sleep(5);
 330         } catch (Exception e)
 331         {
 332         }
 333         ;
 334         while (loadingDasSources)
 335         {
 336           try
 337           {
 338             Thread.sleep(5);
 339           } catch (Exception e)
 340           {
 341           }
 342           ;
 343         }
 344         ;
 345       }
 346     }
 347
 348     Vector<jalviewSourceI> selected = new Vector<jalviewSourceI>();
 349     for (String source : selectedSources)
 350     {
 351       jalviewSourceI srce = sourceRegistry.getSource(source);
 352       if (srce != null)
 353       {
 354         selected.addElement(srce);
 355       }
 356     }
 357     return selected;
 358   }
 359
 360   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)
 361   {
 362     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);
 363
 364     Thread worker = new Thread(this);
 365     worker.start();
 366   }
 367
 368   private void setCapabilities(DasSourceRegistryI sourceRegistry2)
 369   {
 370     Vector<String> authority = new Vector<String>();
 371     Vector<String> type = new Vector<String>();
 372     Vector<String> label = new Vector<String>();
 373     Vector<String> taxIds = new Vector<String>();
 374     authority.add("Any");
 375     type.add("Any");
 376     label.add("Any");
 377
 378     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry2.getSources())
 379     {
 380       VERSION latest = ds.getVersion();
 381
 382       for (COORDINATES cs : latest.getCOORDINATES())
 383       {
 384         if (!type.contains(cs.getSource()))
 385         {
 386           type.add(cs.getSource()); // source==category
 387         }
 388
 389         if (!authority.contains(cs.getAuthority()))
 390         {
 391           authority.add(cs.getAuthority());
 392         }
 393       }
 394
 395       for (PROP slabel : latest.getPROP())
 396       {
 397         if (slabel.getName().equalsIgnoreCase("LABEL")
 398                 && !label.contains(slabel.getValue()))
 399         {
 400           label.add(slabel.getValue());
 401         }
 402       }
 403
 404     }
 405
 406     filter1.setListData(authority);
 407     filter2.setListData(type);
 408     filter3.setListData(label);
 409     // filter4 taxIds
 410
 411     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 412     {
 413       public void run()
 414       {
 415         filter1.setSelectedIndex(0);
 416         filter2.setSelectedIndex(0);
 417         filter3.setSelectedIndex(0);
 418       }
 419     });
 420   }
 421
 422   public void amendLocal(boolean newSource)
 423   {
 424     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";
 425     boolean seqsrc = false;
 426     if (!newSource)
 427     {
 428       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();
 429       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();
 430       jalviewSourceI source = sourceRegistry.getSource(nickname);
 431       url = source.getUri();
 432       seqsrc = source.isSequenceSource();
 433     }
 434
 435     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);
 436     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);
 437     JCheckBox seqs = new JCheckBox(
 438             MessageManager.getString("label.sequence_source"));
 439     seqs.setSelected(seqsrc);
 440     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 441     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 442     pane12.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.name")),
 443             BorderLayout.CENTER);
 444     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);
 445     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);
 446     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 447     pane12.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.url")),
 448             BorderLayout.NORTH);
 449     pane12.add(seqs, BorderLayout.SOUTH);
 450     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);
 451     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);
 452
 453     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 454             panel,
 455             MessageManager.getString("label.enter_local_das_source"),
 456             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
 457
 458     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
 459     {
 460       return;
 461     }
 462
 463     if (!urltf.getText().endsWith("/"))
 464     {
 465       urltf.setText(urltf.getText() + "/");
 466     }
 467
 468     jalviewSourceI local = sourceRegistry.createLocalSource(
 469             urltf.getText(), nametf.getText(), seqs.isSelected(), true);
 470     List sources = sourceRegistry.getSources();
 471     int osize = sources.size();
 472     int size = osize + (newSource ? 1 : 0);
 473
 474     Object[][] data = new Object[size][2];
 475     DASTableModel dtm = (table != null) ? (DASTableModel) ((TableSorter) table
 476             .getModel()).getTableModel() : null;
 477     for (int i = 0; i < osize; i++)
 478     {
 479       String osrc = (dtm == null || i >= osize) ? null : (String) dtm
 480               .getValueAt(i, 0);
 481       if (!newSource && osrc != null
 482               && dtm.getValueAt(i, 0).equals(nickname))
 483       {
 484         data[i][0] = local.getTitle();
 485         data[i][1] = new Boolean(true);
 486       }
 487       else
 488       {
 489         data[i][0] = osrc;
 490         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(osrc));
 491       }
 492     }
 493     // Always add a new source at the end
 494     if (newSource)
 495     {
 496       data[osize][0] = local.getTitle();
 497       data[osize][1] = new Boolean(true);
 498       selectedSources.add(local.getTitle());
 499     }
 500
 501     refreshTableData(data);
 502
 503     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 504     {
 505       public void run()
 506       {
 507         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(
 508                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());
 509       }
 510     });
 511
 512     displayFullDetails(local.getTitle());
 513   }
 514
 515   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)
 516   {
 517     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();
 518     if (selectedRow == -1)
 519     {
 520       return;
 521     }
 522
 523     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();
 524
 525     if (!sourceRegistry.getSource(nickname).isLocal())
 526     {
 527       JOptionPane
 528               .showInternalMessageDialog(
 529                       Desktop.desktop,
 530                       MessageManager
 531                               .getString("label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources"),
 532                       MessageManager.getString("label.public_das_source"),
 533                       JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 534       return;
 535     }
 536
 537     Object[] options = { "Edit", "Remove", "Cancel" };
 538     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,
 539             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",
 540             "Edit / Remove Local DAS Source",
 541             JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION, JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 542             null, options, options[2]);
 543
 544     switch (choice)
 545     {
 546     case 0:
 547       amendLocal(false);
 548       break;
 549     case 1:
 550       sourceRegistry.removeLocalSource(sourceRegistry.getSource(nickname));
 551       selectedSources.remove(nickname);
 552       Object[][] data = new Object[sourceRegistry.getSources().size()][2];
 553       int index = 0,
 554       l = table.getRowCount();
 555
 556       for (int i = 0; i < l; i++)
 557       {
 558         String nm;
 559         if ((nm = (String) table.getValueAt(i, 0)).equals(nickname))
 560         {
 561           continue;
 562         }
 563         else
 564         {
 565           data[index][0] = nm;
 566           data[index][1] = new Boolean(selectedSources.contains(nm));
 567           index++;
 568         }
 569       }
 570       refreshTableData(data);
 571       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 572       {
 573         public void run()
 574         {
 575           scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(
 576                   scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());
 577         }
 578       });
 579
 580       break;
 581     }
 582   }
 583
 584   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)
 585   {
 586     // Called when the MainTable selection changes
 587     if (evt.getValueIsAdjusting())
 588     {
 589       return;
 590     }
 591
 592     displayFullDetails(null);
 593
 594     // Filter the displayed data sources
 595
 596     ArrayList names = new ArrayList();
 597     ArrayList selected = new ArrayList();
 598
 599     // The features filter is not visible, but we must still
 600     // filter the das source list here.
 601     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features
 602     Object[] dummyFeatureList = new Object[] { "features" };
 603     List<jalviewSourceI> srcs = sourceRegistry.getSources();
 604     for (jalviewSourceI ds : srcs)
 605     {
 606
 607       VERSION v = ds.getVersion();
 608       List<COORDINATES> coords = v.getCOORDINATES();
 609       if (ds.isLocal()
 610               || ((coords == null || coords.size() == 0)
 611                       && filter1.getSelectedIndex() == 0
 612                       && filter2.getSelectedIndex() == 0 && filter3
 613                       .getSelectedIndex() == 0))
 614       {
 615         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT
 616         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT
 617         // IS ADDED FROM THE REGISTRY
 618         names.add(ds.getTitle());
 619         selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));
 620         continue;
 621       }
 622
 623       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilityList(v))
 624               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),
 625                       ds.getLabelsFor(v)))
 626       {
 627         continue;
 628       }
 629
 630       for (int j = 0; j < coords.size(); j++)
 631       {
 632         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(),
 633                 new String[] { coords.get(j).getAuthority() })
 634                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]
 635                 { coords.get(j).getSource() }))
 636         {
 637           names.add(ds.getTitle());
 638           selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));
 639           break;
 640         }
 641       }
 642     }
 643
 644     int dSize = names.size();
 645     Object[][] data = new Object[dSize][2];
 646     for (int d = 0; d < dSize; d++)
 647     {
 648       data[d][0] = names.get(d);
 649       data[d][1] = selected.get(d);
 650     }
 651
 652     refreshTableData(data);
 653   }
 654
 655   private boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)
 656   {
 657     for (int i = 0; i < selection.length; i++)
 658     {
 659       if (selection[i].equals("Any"))
 660       {
 661         return true;
 662       }
 663       if (items == null || items.length == 0)
 664       {
 665         return false;
 666       }
 667       String sel = (items[0].startsWith("das1:") ? "das1:" : "")
 668               + selection[i];
 669       for (int j = 0; j < items.length; j++)
 670       {
 671         if (sel.equals(items[j]))
 672         {
 673           return true;
 674         }
 675       }
 676     }
 677
 678     return false;
 679   }
 680
 681   void setSelectedFromProperties()
 682   {
 683     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",
 684             "uniprot");
 685     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");
 686     selectedSources = new Vector();
 687     while (st.hasMoreTokens())
 688     {
 689       selectedSources.addElement(st.nextToken());
 690     }
 691   }
 692
 693   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)
 694   {
 695     registryURL.setText(sourceRegistry.getDasRegistryURL());
 696   }
 697
 698   /**
 699    * set the DAS source settings in the given jalview properties.
 700    *
 701    * @param properties
 702    */
 703   public void saveProperties(Properties properties)
 704   {
 705     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)
 706     {
 707       properties.remove(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL);
 708     }
 709     else
 710     {
 711       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,
 712               registryURL.getText());
 713     }
 714
 715     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 716     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)
 717     {
 718       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())
 719       {
 720         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");
 721       }
 722     }
 723
 724     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_ACTIVE_SOURCE,
 725             sb.toString());
 726
 727     String sourceprop = sourceRegistry.getLocalSourceString();
 728     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, sourceprop);
 729   }
 730
 731   class DASTableModel extends AbstractTableModel
 732   {
 733
 734     public DASTableModel(Object[][] data)
 735     {
 736       this.data = data;
 737     }
 738
 739     private String[] columnNames = new String[] {
 740         MessageManager.getString("label.nickname"),
 741         MessageManager.getString("label.use_source") };
 742
 743     private Object[][] data;
 744
 745     public int getColumnCount()
 746     {
 747       return columnNames.length;
 748     }
 749
 750     public int getRowCount()
 751     {
 752       return data.length;
 753     }
 754
 755     public String getColumnName(int col)
 756     {
 757       return columnNames[col];
 758     }
 759
 760     public Object getValueAt(int row, int col)
 761     {
 762       return data[row][col];
 763     }
 764
 765     /*
 766      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for
 767      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would
 768      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.
 769      */
 770     public Class getColumnClass(int c)
 771     {
 772       return getValueAt(0, c).getClass();
 773     }
 774
 775     /*
 776      * Don't need to implement this method unless your table's editable.
 777      */
 778     public boolean isCellEditable(int row, int col)
 779     {
 780       // Note that the data/cell address is constant,
 781       // no matter where the cell appears onscreen.
 782       return col == 1;
 783
 784     }
 785
 786     /*
 787      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.
 788      */
 789     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
 790     {
 791       data[row][col] = value;
 792       fireTableCellUpdated(row, col);
 793
 794       String name = getValueAt(row, 0).toString();
 795       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();
 796
 797       if (selectedSources.contains(name) && !selected)
 798       {
 799         selectedSources.remove(name);
 800       }
 801
 802       if (!selectedSources.contains(name) && selected)
 803       {
 804         selectedSources.add(name);
 805       }
 806     }
 807   }
 808
 809   public void initDasSources()
 810   {
 811
 812     Thread thr = new Thread(new Runnable()
 813     {
 814       public void run()
 815       {
 816         // this actually initialises the das source list
 817         paintComponent(null); // yuk
 818       }
 819     });
 820     thr.start();
 821     while (loadingDasSources || sourceRegistry == null)
 822     {
 823       try
 824       {
 825         Thread.sleep(10);
 826       } catch (Exception e)
 827       {
 828       }
 829       ;
 830     }
 831   }
 832
 833   /**
 834    * disable or enable the buttons on the source browser
 835    *
 836    * @param b
 837    */
 838   public void setGuiEnabled(boolean b)
 839   {
 840     refresh.setEnabled(b);
 841     addLocal.setEnabled(b);
 842   }
 843 }