src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.jbgui.GDasSourceBrowser;
  24 import jalview.util.MessageManager;
  25 import jalview.util.TableSorter;
  26 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;
  27 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  28
  29 import java.awt.BorderLayout;
  30 import java.awt.event.ActionEvent;
  31 import java.awt.event.MouseAdapter;
  32 import java.awt.event.MouseEvent;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.Properties;
  36 import java.util.StringTokenizer;
  37 import java.util.Vector;
  38
  39 import javax.swing.JCheckBox;
  40 import javax.swing.JLabel;
  41 import javax.swing.JOptionPane;
  42 import javax.swing.JPanel;
  43 import javax.swing.JTextField;
  44 import javax.swing.ListSelectionModel;
  45 import javax.swing.SwingUtilities;
  46 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  47 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  48 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  49
  50 import org.biodas.jdas.schema.sources.CAPABILITY;
  51 import org.biodas.jdas.schema.sources.COORDINATES;
  52 import org.biodas.jdas.schema.sources.PROP;
  53 import org.biodas.jdas.schema.sources.VERSION;
  54
  55 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser
  56         implements Runnable, ListSelectionListener
  57 {
  58   DasSourceRegistryI sourceRegistry = null;
  59
  60   Vector<String> selectedSources;
  61
  62   public DasSourceBrowser(FeatureSettings featureSettings)
  63   {
  64     fs = featureSettings;
  65     // TODO DasSourceRegistryProvider API
  66     sourceRegistry = jalview.bin.Cache.getDasSourceRegistry();
  67     String registry = sourceRegistry.getDasRegistryURL();
  68
  69     registryURL.setText(registry);
  70
  71     setSelectedFromProperties();
  72
  73     displayFullDetails(null);
  74     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
  75
  76     filter1.addListSelectionListener(this);
  77     filter2.addListSelectionListener(this);
  78     filter3.addListSelectionListener(this);
  79
  80     // Ask to be notified of selection changes.
  81     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();
  82     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
  83     {
  84       @Override
  85       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
  86       {
  87         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();
  88         if (!lsm.isSelectionEmpty())
  89         {
  90           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();
  91           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());
  92         }
  93       }
  94     });
  95
  96     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
  97     {
  98       @Override
  99       public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 100       {
 101         if (evt.getClickCount() == 2 || evt.isPopupTrigger())
 102         {
 103           editRemoveLocalSource(evt);
 104         }
 105       }
 106     });
 107
 108     if (sourceRegistry.getSources() != null)
 109     {
 110       init();
 111     }
 112   }
 113
 114   FeatureSettings fs = null;
 115
 116   private boolean loadingDasSources;
 117
 118   public DasSourceBrowser()
 119   {
 120     this(null);
 121   }
 122
 123   @Override
 124   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)
 125   {
 126     if (sourceRegistry == null)
 127     {
 128       Thread worker = new Thread(this);
 129       worker.start();
 130     }
 131   }
 132
 133   void init()
 134   {
 135     List<jalviewSourceI> sources = sourceRegistry.getSources();
 136     int dSize = sources.size();
 137     Object[][] data = new Object[dSize][2];
 138     for (int i = 0; i < dSize; i++)
 139     {
 140       data[i][0] = sources.get(i).getTitle(); // what's equivalent of nickname
 141       data[i][1] = new Boolean(
 142               selectedSources.contains(sources.get(i).getTitle()));
 143     }
 144
 145     refreshTableData(data);
 146     setCapabilities(sourceRegistry);
 147
 148     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 149     {
 150       @Override
 151       public void run()
 152       {
 153         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();
 154         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);
 155         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);
 156       }
 157     });
 158
 159     progressBar.setIndeterminate(false);
 160     progressBar.setVisible(false);
 161     addLocal.setVisible(true);
 162     refresh.setVisible(true);
 163   }
 164
 165   public void refreshTableData(Object[][] data)
 166   {
 167     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));
 168     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());
 169     table.setModel(sorter);
 170   }
 171
 172   void displayFullDetails(String nickName)
 173   {
 174
 175     StringBuffer text = new StringBuffer(
 176             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");
 177
 178     if (nickName == null)
 179     {
 180       fullDetails.setText(text + MessageManager
 181               .getString("label.select_das_service_from_table"));
 182       return;
 183     }
 184
 185     int dSize = sourceRegistry.getSources().size();
 186     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry.getSources())
 187     {
 188       if (!ds.getTitle().equals(nickName))
 189       {
 190         continue;
 191       }
 192
 193       VERSION latest = ds.getVersion();
 194       text.append(
 195               "<font color=\"#0000FF\">Id:</font> " + ds.getUri() + "<br>");
 196       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "
 197               + ds.getTitle() + "<br>");
 198
 199       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> <a href=\""
 200               + ds.getSourceURL() + "\">" + ds.getSourceURL() + "</a>"
 201               + "<br>");
 202       if (!ds.isLocal())
 203       {
 204         if (ds.getDocHref() != null && ds.getDocHref().length() > 0)
 205         {
 206           text.append("<font color=\"#0000FF\">Site:</font> <a href=\""
 207                   + ds.getDocHref() + "\">" + ds.getDocHref() + "</a>"
 208                   + "<br>");
 209         }
 210
 211         text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "
 212                 + ds.getDescription() + "<br>");
 213
 214         text.append(
 215                 "<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"
 216                         + ds.getEmail() + "\">" + ds.getEmail() + "</a>"
 217                         + "<br>");
 218
 219         text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "
 220                 + latest.getCreated() + "<br>");
 221
 222         // TODO: Identify last successful test date
 223         // text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "
 224         // + latest.dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");
 225       }
 226       else
 227       {
 228         text.append("Source was added manually.<br/>");
 229       }
 230       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");
 231       boolean b = false;
 232       for (PROP labl : latest.getPROP())
 233       {
 234         if (labl.getName().equalsIgnoreCase("LABEL"))
 235         {
 236           if (b)
 237           {
 238             text.append(",");
 239           }
 240           text.append(" ");
 241
 242           text.append(labl.getValue());
 243           b = true;
 244         }
 245         ;
 246       }
 247       text.append("<br>");
 248
 249       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");
 250       CAPABILITY[] scap = latest.getCAPABILITY().toArray(new CAPABILITY[0]);
 251       for (int j = 0; j < scap.length; j++)
 252       {
 253         text.append(scap[j].getType());
 254         if (j < scap.length - 1)
 255         {
 256           text.append(", ");
 257         }
 258       }
 259       text.append("<br>");
 260
 261       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font>");
 262       int i = 1;
 263       for (COORDINATES dcs : latest.getCOORDINATES())
 264       {
 265         text.append("<br/>" + i++ + ". ");
 266         text.append(dcs.getAuthority() + " : " + dcs.getSource());
 267         if (dcs.getTaxid() != null && dcs.getTaxid().trim().length() > 0)
 268         {
 269           text.append(" [TaxId:" + dcs.getTaxid() + "]");
 270         }
 271         if (dcs.getVersion() != null
 272                 && dcs.getVersion().trim().length() > 0)
 273         {
 274           {
 275             text.append(" {v. " + dcs.getVersion() + "}");
 276           }
 277         }
 278         text.append(" (<a href=\"" + dcs.getUri() + "\">" + dcs.getUri()
 279                 + "</a>)");
 280       }
 281       text.append("</font></html>");
 282
 283       break;
 284     }
 285
 286     fullDetails.setText(text.toString());
 287     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 288     {
 289       @Override
 290       public void run()
 291       {
 292         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);
 293       }
 294     });
 295   }
 296
 297   @Override
 298   public void run()
 299   {
 300     loadingDasSources = true;
 301
 302     addLocal.setVisible(false);
 303     refresh.setVisible(false);
 304     progressBar.setVisible(true);
 305     progressBar.setIndeterminate(true);
 306     setParentGuiEnabled(false);
 307     // Refresh the source list.
 308     sourceRegistry.refreshSources();
 309
 310     init();
 311
 312     setParentGuiEnabled(true);
 313     loadingDasSources = false;
 314
 315   }
 316
 317   private void setParentGuiEnabled(boolean b)
 318   {
 319     if (fs != null)
 320     {
 321       fs.fetchDAS.setEnabled(b);
 322       fs.saveDAS.setEnabled(b);
 323     }
 324   }
 325
 326   public Vector<jalviewSourceI> getSelectedSources()
 327   {
 328     // wait around if we're still loading.
 329     while (sourceRegistry == null)
 330     {
 331       if (!loadingDasSources)
 332       {
 333         new Thread(this).start();
 334         try
 335         {
 336           Thread.sleep(5);
 337         } catch (Exception e)
 338         {
 339         }
 340         ;
 341         while (loadingDasSources)
 342         {
 343           try
 344           {
 345             Thread.sleep(5);
 346           } catch (Exception e)
 347           {
 348           }
 349           ;
 350         }
 351         ;
 352       }
 353     }
 354
 355     Vector<jalviewSourceI> selected = new Vector<jalviewSourceI>();
 356     for (String source : selectedSources)
 357     {
 358       jalviewSourceI srce = sourceRegistry.getSource(source);
 359       if (srce != null)
 360       {
 361         selected.addElement(srce);
 362       }
 363     }
 364     return selected;
 365   }
 366
 367   @Override
 368   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)
 369   {
 370     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);
 371
 372     Thread worker = new Thread(this);
 373     worker.start();
 374   }
 375
 376   private void setCapabilities(DasSourceRegistryI sourceRegistry2)
 377   {
 378     Vector<String> authority = new Vector<String>();
 379     Vector<String> type = new Vector<String>();
 380     Vector<String> label = new Vector<String>();
 381     Vector<String> taxIds = new Vector<String>();
 382     authority.add("Any");
 383     type.add("Any");
 384     label.add("Any");
 385
 386     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry2.getSources())
 387     {
 388       VERSION latest = ds.getVersion();
 389
 390       for (COORDINATES cs : latest.getCOORDINATES())
 391       {
 392         if (!type.contains(cs.getSource()))
 393         {
 394           type.add(cs.getSource()); // source==category
 395         }
 396
 397         if (!authority.contains(cs.getAuthority()))
 398         {
 399           authority.add(cs.getAuthority());
 400         }
 401       }
 402
 403       for (PROP slabel : latest.getPROP())
 404       {
 405         if (slabel.getName().equalsIgnoreCase("LABEL")
 406                 && !label.contains(slabel.getValue()))
 407         {
 408           label.add(slabel.getValue());
 409         }
 410       }
 411
 412     }
 413
 414     filter1.setListData(authority);
 415     filter2.setListData(type);
 416     filter3.setListData(label);
 417     // filter4 taxIds
 418
 419     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 420     {
 421       @Override
 422       public void run()
 423       {
 424         filter1.setSelectedIndex(0);
 425         filter2.setSelectedIndex(0);
 426         filter3.setSelectedIndex(0);
 427       }
 428     });
 429   }
 430
 431   @Override
 432   public void amendLocal(boolean newSource)
 433   {
 434     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";
 435     boolean seqsrc = false;
 436     if (!newSource)
 437     {
 438       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();
 439       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();
 440       jalviewSourceI source = sourceRegistry.getSource(nickname);
 441       url = source.getUri();
 442       seqsrc = source.isSequenceSource();
 443     }
 444
 445     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);
 446     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);
 447     JCheckBox seqs = new JCheckBox(
 448             MessageManager.getString("label.sequence_source"));
 449     seqs.setSelected(seqsrc);
 450     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 451     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 452     pane12.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.name:")),
 453             BorderLayout.CENTER);
 454     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);
 455     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);
 456     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 457     pane12.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.url:")),
 458             BorderLayout.NORTH);
 459     pane12.add(seqs, BorderLayout.SOUTH);
 460     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);
 461     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);
 462
 463     int reply = JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 464             panel, MessageManager.getString("label.enter_local_das_source"),
 465             JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
 466
 467     if (reply != JvOptionPane.OK_OPTION)
 468     {
 469       return;
 470     }
 471
 472     if (!urltf.getText().endsWith("/"))
 473     {
 474       urltf.setText(urltf.getText() + "/");
 475     }
 476
 477     jalviewSourceI local = sourceRegistry.createLocalSource(urltf.getText(),
 478             nametf.getText(), seqs.isSelected(), true);
 479     List sources = sourceRegistry.getSources();
 480     int osize = sources.size();
 481     int size = osize + (newSource ? 1 : 0);
 482
 483     Object[][] data = new Object[size][2];
 484     DASTableModel dtm = (table != null)
 485             ? (DASTableModel) ((TableSorter) table.getModel())
 486                     .getTableModel()
 487             : null;
 488     for (int i = 0; i < osize; i++)
 489     {
 490       String osrc = (dtm == null || i >= osize) ? null
 491               : (String) dtm.getValueAt(i, 0);
 492       if (!newSource && osrc != null
 493               && dtm.getValueAt(i, 0).equals(nickname))
 494       {
 495         data[i][0] = local.getTitle();
 496         data[i][1] = new Boolean(true);
 497       }
 498       else
 499       {
 500         data[i][0] = osrc;
 501         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(osrc));
 502       }
 503     }
 504     // Always add a new source at the end
 505     if (newSource)
 506     {
 507       data[osize][0] = local.getTitle();
 508       data[osize][1] = new Boolean(true);
 509       selectedSources.add(local.getTitle());
 510     }
 511
 512     refreshTableData(data);
 513
 514     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 515     {
 516       @Override
 517       public void run()
 518       {
 519         scrollPane.getVerticalScrollBar()
 520                 .setValue(scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());
 521       }
 522     });
 523
 524     displayFullDetails(local.getTitle());
 525   }
 526
 527   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)
 528   {
 529     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();
 530     if (selectedRow == -1)
 531     {
 532       return;
 533     }
 534
 535     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();
 536
 537     if (!sourceRegistry.getSource(nickname).isLocal())
 538     {
 539       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 540               MessageManager.getString(
 541                       "label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources"),
 542               MessageManager.getString("label.public_das_source"),
 543               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 544       return;
 545     }
 546
 547     Object[] options = { "Edit", "Remove", "Cancel" };
 548     int choice = JvOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,
 549             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",
 550             "Edit / Remove Local DAS Source",
 551             JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION,
 552             JvOptionPane.QUESTION_MESSAGE, null, options, options[2]);
 553
 554     switch (choice)
 555     {
 556     case 0:
 557       amendLocal(false);
 558       break;
 559     case 1:
 560       sourceRegistry.removeLocalSource(sourceRegistry.getSource(nickname));
 561       selectedSources.remove(nickname);
 562       Object[][] data = new Object[sourceRegistry.getSources().size()][2];
 563       int index = 0, l = table.getRowCount();
 564
 565       for (int i = 0; i < l; i++)
 566       {
 567         String nm;
 568         if ((nm = (String) table.getValueAt(i, 0)).equals(nickname))
 569         {
 570           continue;
 571         }
 572         else
 573         {
 574           data[index][0] = nm;
 575           data[index][1] = new Boolean(selectedSources.contains(nm));
 576           index++;
 577         }
 578       }
 579       refreshTableData(data);
 580       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 581       {
 582         @Override
 583         public void run()
 584         {
 585           scrollPane.getVerticalScrollBar()
 586                   .setValue(scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());
 587         }
 588       });
 589
 590       break;
 591     }
 592   }
 593
 594   @Override
 595   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)
 596   {
 597     // Called when the MainTable selection changes
 598     if (evt.getValueIsAdjusting())
 599     {
 600       return;
 601     }
 602
 603     displayFullDetails(null);
 604
 605     // Filter the displayed data sources
 606
 607     ArrayList names = new ArrayList();
 608     ArrayList selected = new ArrayList();
 609
 610     // The features filter is not visible, but we must still
 611     // filter the das source list here.
 612     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features
 613     Object[] dummyFeatureList = new Object[] { "features" };
 614     List<jalviewSourceI> srcs = sourceRegistry.getSources();
 615     for (jalviewSourceI ds : srcs)
 616     {
 617
 618       VERSION v = ds.getVersion();
 619       List<COORDINATES> coords = v.getCOORDINATES();
 620       if (ds.isLocal() || ((coords == null || coords.size() == 0)
 621               && filter1.getSelectedIndex() == 0
 622               && filter2.getSelectedIndex() == 0
 623               && filter3.getSelectedIndex() == 0))
 624       {
 625         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT
 626         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT
 627         // IS ADDED FROM THE REGISTRY
 628         names.add(ds.getTitle());
 629         selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));
 630         continue;
 631       }
 632
 633       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilityList(v))
 634               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),
 635                       ds.getLabelsFor(v)))
 636       {
 637         continue;
 638       }
 639
 640       for (int j = 0; j < coords.size(); j++)
 641       {
 642         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(),
 643                 new String[]
 644                 { coords.get(j).getAuthority() })
 645                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]
 646                 { coords.get(j).getSource() }))
 647         {
 648           names.add(ds.getTitle());
 649           selected.add(
 650                   new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));
 651           break;
 652         }
 653       }
 654     }
 655
 656     int dSize = names.size();
 657     Object[][] data = new Object[dSize][2];
 658     for (int d = 0; d < dSize; d++)
 659     {
 660       data[d][0] = names.get(d);
 661       data[d][1] = selected.get(d);
 662     }
 663
 664     refreshTableData(data);
 665   }
 666
 667   private boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)
 668   {
 669     for (int i = 0; i < selection.length; i++)
 670     {
 671       if (selection[i].equals("Any"))
 672       {
 673         return true;
 674       }
 675       if (items == null || items.length == 0)
 676       {
 677         return false;
 678       }
 679       String sel = (items[0].startsWith("das1:") ? "das1:" : "")
 680               + selection[i];
 681       for (int j = 0; j < items.length; j++)
 682       {
 683         if (sel.equals(items[j]))
 684         {
 685           return true;
 686         }
 687       }
 688     }
 689
 690     return false;
 691   }
 692
 693   void setSelectedFromProperties()
 694   {
 695     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",
 696             "uniprot");
 697     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");
 698     selectedSources = new Vector();
 699     while (st.hasMoreTokens())
 700     {
 701       selectedSources.addElement(st.nextToken());
 702     }
 703   }
 704
 705   @Override
 706   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)
 707   {
 708     registryURL.setText(sourceRegistry.getDasRegistryURL());
 709   }
 710
 711   /**
 712    * set the DAS source settings in the given jalview properties.
 713    *
 714    * @param properties
 715    */
 716   public void saveProperties(Properties properties)
 717   {
 718     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)
 719     {
 720       properties.remove(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL);
 721     }
 722     else
 723     {
 724       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,
 725               registryURL.getText());
 726     }
 727
 728     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 729     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)
 730     {
 731       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())
 732       {
 733         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");
 734       }
 735     }
 736
 737     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_ACTIVE_SOURCE,
 738             sb.toString());
 739
 740     String sourceprop = sourceRegistry.getLocalSourceString();
 741     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, sourceprop);
 742   }
 743
 744   class DASTableModel extends AbstractTableModel
 745   {
 746
 747     public DASTableModel(Object[][] data)
 748     {
 749       this.data = data;
 750     }
 751
 752     private String[] columnNames = new String[] {
 753         MessageManager.getString("label.nickname"),
 754         MessageManager.getString("label.use_source") };
 755
 756     private Object[][] data;
 757
 758     @Override
 759     public int getColumnCount()
 760     {
 761       return columnNames.length;
 762     }
 763
 764     @Override
 765     public int getRowCount()
 766     {
 767       return data.length;
 768     }
 769
 770     @Override
 771     public String getColumnName(int col)
 772     {
 773       return columnNames[col];
 774     }
 775
 776     @Override
 777     public Object getValueAt(int row, int col)
 778     {
 779       return data[row][col];
 780     }
 781
 782     /*
 783      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for
 784      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would
 785      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.
 786      */
 787     @Override
 788     public Class getColumnClass(int c)
 789     {
 790       return getValueAt(0, c).getClass();
 791     }
 792
 793     /*
 794      * Don't need to implement this method unless your table's editable.
 795      */
 796     @Override
 797     public boolean isCellEditable(int row, int col)
 798     {
 799       // Note that the data/cell address is constant,
 800       // no matter where the cell appears onscreen.
 801       return col == 1;
 802
 803     }
 804
 805     /*
 806      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.
 807      */
 808     @Override
 809     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
 810     {
 811       data[row][col] = value;
 812       fireTableCellUpdated(row, col);
 813
 814       String name = getValueAt(row, 0).toString();
 815       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();
 816
 817       if (selectedSources.contains(name) && !selected)
 818       {
 819         selectedSources.remove(name);
 820       }
 821
 822       if (!selectedSources.contains(name) && selected)
 823       {
 824         selectedSources.add(name);
 825       }
 826     }
 827   }
 828
 829   public void initDasSources()
 830   {
 831
 832     Thread thr = new Thread(new Runnable()
 833     {
 834       @Override
 835       public void run()
 836       {
 837         // this actually initialises the das source list
 838         paintComponent(null); // yuk
 839       }
 840     });
 841     thr.start();
 842     while (loadingDasSources || sourceRegistry == null)
 843     {
 844       try
 845       {
 846         Thread.sleep(10);
 847       } catch (Exception e)
 848       {
 849       }
 850       ;
 851     }
 852   }
 853
 854   /**
 855    * disable or enable the buttons on the source browser
 856    *
 857    * @param b
 858    */
 859   public void setGuiEnabled(boolean b)
 860   {
 861     refresh.setEnabled(b);
 862     addLocal.setEnabled(b);
 863   }
 864 }