src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.gui;\r
  19 \r
  20 import java.util.*;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import javax.swing.*;\r
  25 import javax.swing.event.*;\r
  26 import javax.swing.table.*;\r
  27 \r
  28 import org.biojava.dasobert.dasregistry.*;\r
  29 import jalview.jbgui.*;\r
  30 import jalview.util.*;\r
  31 \r
  32 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser implements\r
  33         Runnable, ListSelectionListener\r
  34 {\r
  35   static DasSource[] dasSources = null;\r
  36 \r
  37   Hashtable localSources = null;\r
  38 \r
  39   Vector selectedSources;\r
  40 \r
  41   public static String DEFAULT_REGISTRY = "http://www.dasregistry.org/das1/sources/";\r
  42 \r
  43   /**\r
  44    * true if thread is running and we are talking to DAS registry service\r
  45    */\r
  46   public boolean loadingDasSources = false;\r
  47 \r
  48   protected static String getDasRegistryURL()\r
  49   {\r
  50     String registry = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
  51             DEFAULT_REGISTRY);\r
  52 \r
  53     if (registry.indexOf("/registry/das1/sources/") > -1)\r
  54     {\r
  55       jalview.bin.Cache.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,\r
  56               DEFAULT_REGISTRY);\r
  57       registry = DEFAULT_REGISTRY;\r
  58     }\r
  59     return registry;\r
  60   }\r
  61 \r
  62   public DasSourceBrowser(FeatureSettings featureSettings)\r
  63   {\r
  64     fs = featureSettings;\r
  65     String registry = getDasRegistryURL();\r
  66 \r
  67     registryURL.setText(registry);\r
  68 \r
  69     setSelectedFromProperties();\r
  70 \r
  71     displayFullDetails(null);\r
  72     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  73 \r
  74     filter1.addListSelectionListener(this);\r
  75     filter2.addListSelectionListener(this);\r
  76     filter3.addListSelectionListener(this);\r
  77 \r
  78     // Ask to be notified of selection changes.\r
  79     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();\r
  80     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()\r
  81     {\r
  82       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)\r
  83       {\r
  84         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();\r
  85         if (!lsm.isSelectionEmpty())\r
  86         {\r
  87           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();\r
  88           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());\r
  89         }\r
  90       }\r
  91     });\r
  92 \r
  93     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  94     {\r
  95       public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
  96       {\r
  97         if (evt.getClickCount() == 2\r
  98                 || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  99         {\r
 100           editRemoveLocalSource(evt);\r
 101         }\r
 102       }\r
 103     });\r
 104 \r
 105     if (dasSources != null)\r
 106     {\r
 107       init();\r
 108     }\r
 109   }\r
 110   FeatureSettings fs = null;\r
 111   public DasSourceBrowser()\r
 112   {\r
 113     this(null);\r
 114   }\r
 115 \r
 116   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)\r
 117   {\r
 118     if (dasSources == null && !loadingDasSources)\r
 119     {\r
 120       Thread worker = new Thread(this);\r
 121       worker.start();\r
 122     }\r
 123   }\r
 124 \r
 125   void init()\r
 126   {\r
 127     int dSize = dasSources.length;\r
 128     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 129     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 130     {\r
 131       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 132       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 133               .getNickname()));\r
 134     }\r
 135 \r
 136     refreshTableData(data);\r
 137     setCapabilities(dasSources);\r
 138 \r
 139     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 140     {\r
 141       public void run()\r
 142       {\r
 143         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();\r
 144         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);\r
 145         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);\r
 146       }\r
 147     });\r
 148 \r
 149     progressBar.setIndeterminate(false);\r
 150     progressBar.setVisible(false);\r
 151     addLocal.setVisible(true);\r
 152     refresh.setVisible(true);\r
 153   }\r
 154 \r
 155   public void refreshTableData(Object[][] data)\r
 156   {\r
 157     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));\r
 158     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());\r
 159     table.setModel(sorter);\r
 160   }\r
 161 \r
 162   void displayFullDetails(String nickName)\r
 163   {\r
 164 \r
 165     StringBuffer text = new StringBuffer(\r
 166             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");\r
 167 \r
 168     if (nickName == null)\r
 169     {\r
 170       fullDetails.setText(text + "Select a DAS service from the table"\r
 171               + " to read a full description here.</font></html>");\r
 172       return;\r
 173     }\r
 174 \r
 175     int dSize = dasSources.length;\r
 176     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 177     {\r
 178       if (!dasSources[i].getNickname().equals(nickName))\r
 179       {\r
 180         continue;\r
 181       }\r
 182 \r
 183       DasSource ds = dasSources[i];\r
 184 \r
 185       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> "\r
 186               + dasSources[i].getId() + "<br>");\r
 187       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "\r
 188               + dasSources[i].getNickname() + "<br>");\r
 189       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> "\r
 190               + dasSources[i].getUrl() + "<br>");\r
 191 \r
 192       text\r
 193               .append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"\r
 194                       + dasSources[i].getAdminemail()\r
 195                       + "\">"\r
 196                       + dasSources[i].getAdminemail() + "</a>" + "<br>");\r
 197 \r
 198       text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "\r
 199               + dasSources[i].getRegisterDate() + "<br>");\r
 200 \r
 201       text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "\r
 202               + dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");\r
 203 \r
 204       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");\r
 205       for (int s = 0; s < dasSources[i].getLabels().length; s++)\r
 206       {\r
 207         text.append(dasSources[i].getLabels()[s]);\r
 208         if (s < dasSources[i].getLabels().length - 1)\r
 209         {\r
 210           text.append(",");\r
 211         }\r
 212         text.append(" ");\r
 213       }\r
 214       text.append("<br>");\r
 215 \r
 216       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");\r
 217       String[] scap = dasSources[i].getCapabilities();\r
 218       for (int j = 0; j < scap.length; j++)\r
 219       {\r
 220         text.append(scap[j]);\r
 221         if (j < scap.length - 1)\r
 222         {\r
 223           text.append(", ");\r
 224         }\r
 225       }\r
 226       text.append("<br>");\r
 227 \r
 228       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font> ");\r
 229       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 230       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 231       {\r
 232         text.append("(" + dcs[j].getUniqueId() + ") "\r
 233                 + dcs[j].getCategory() + ", " + dcs[j].getName());\r
 234         if (dcs[j].getNCBITaxId() != 0)\r
 235         {\r
 236           text.append(", " + dcs[j].getNCBITaxId());\r
 237         }\r
 238         if (dcs[j].getOrganismName().length() > 0)\r
 239         {\r
 240           text.append(", " + dcs[j].getOrganismName());\r
 241         }\r
 242 \r
 243         text.append("<br>");\r
 244       }\r
 245 \r
 246       text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "\r
 247               + dasSources[i].getDescription() + "<br>");\r
 248 \r
 249       if (dasSources[i].getHelperurl() != null\r
 250               && dasSources[i].getHelperurl().length() > 0)\r
 251       {\r
 252         text.append("<font color=\"#0000FF\"><a href=\""\r
 253                 + dasSources[i].getHelperurl()\r
 254                 + "\">Go to site</a></font<br>");\r
 255       }\r
 256 \r
 257       text.append("</font></html>");\r
 258 \r
 259       break;\r
 260     }\r
 261 \r
 262     fullDetails.setText(text.toString());\r
 263     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 264     {\r
 265       public void run()\r
 266       {\r
 267         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);\r
 268       }\r
 269     });\r
 270   }\r
 271 \r
 272   public void run()\r
 273   {\r
 274     loadingDasSources = true;\r
 275 \r
 276     addLocal.setVisible(false);\r
 277     refresh.setVisible(false);\r
 278     progressBar.setVisible(true);\r
 279     progressBar.setIndeterminate(true);\r
 280     setParentGuiEnabled(false);\r
 281     // Refresh the source list.\r
 282     dasSources = null;\r
 283     getDASSource();\r
 284 \r
 285     init();\r
 286 \r
 287     setParentGuiEnabled(true);\r
 288     loadingDasSources = false;\r
 289 \r
 290   }\r
 291 \r
 292   private void setParentGuiEnabled(boolean b)\r
 293   {\r
 294     if (fs!=null)\r
 295     {\r
 296       fs.fetchDAS.setEnabled(b);\r
 297       fs.saveDAS.setEnabled(b);\r
 298     }\r
 299   }\r
 300 \r
 301   public Vector getSelectedSources()\r
 302   {\r
 303     // wait around if we're still loading.\r
 304     while (dasSources == null)\r
 305     {\r
 306       if (!loadingDasSources)\r
 307       {\r
 308         new Thread(this).start();\r
 309         try\r
 310         {\r
 311           Thread.sleep(5);\r
 312         } catch (Exception e)\r
 313         {\r
 314         }\r
 315         ;\r
 316         while (loadingDasSources)\r
 317         {\r
 318           try\r
 319           {\r
 320             Thread.sleep(5);\r
 321           } catch (Exception e)\r
 322           {\r
 323           }\r
 324           ;\r
 325         }\r
 326         ;\r
 327       }\r
 328     }\r
 329 \r
 330     Vector selected = new Vector();\r
 331     for (int r = 0; r < selectedSources.size(); r++)\r
 332     {\r
 333       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 334       {\r
 335         if (dasSources[i].getNickname()\r
 336                 .equals(selectedSources.elementAt(r)))\r
 337         {\r
 338           selected.addElement(dasSources[i]);\r
 339           break;\r
 340         }\r
 341       }\r
 342     }\r
 343 \r
 344     return selected;\r
 345   }\r
 346 \r
 347   /**\r
 348    * retrieve das sources from registry and add local source list\r
 349    * \r
 350    * @return\r
 351    */\r
 352   public DasSource[] getDASSource()\r
 353   {\r
 354     if (dasSources == null)\r
 355     {\r
 356       dasSources = jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 357       appendLocalSources();\r
 358     }\r
 359 \r
 360     return dasSources;\r
 361   }\r
 362 \r
 363   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 364   {\r
 365     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 366 \r
 367     Thread worker = new Thread(this);\r
 368     worker.start();\r
 369   }\r
 370 \r
 371   private void setCapabilities(DasSource[] sources)\r
 372   {\r
 373     Vector authority = new Vector();\r
 374     Vector type = new Vector();\r
 375     Vector label = new Vector();\r
 376 \r
 377     authority.addElement("Any");\r
 378     type.addElement("Any");\r
 379     label.addElement("Any");\r
 380 \r
 381     for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 382     {\r
 383       DasSource ds = sources[i];\r
 384 \r
 385       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 386 \r
 387       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 388       {\r
 389         if (!type.contains(dcs[j].getCategory()))\r
 390         {\r
 391           type.addElement(dcs[j].getCategory());\r
 392         }\r
 393 \r
 394         if (!authority.contains(dcs[j].getName()))\r
 395         {\r
 396           authority.addElement(dcs[j].getName());\r
 397         }\r
 398       }\r
 399 \r
 400       String[] slabels = ds.getLabels();\r
 401       for (int s = 0; s < slabels.length; s++)\r
 402       {\r
 403         if (!label.contains(slabels[s]))\r
 404         {\r
 405           label.addElement(slabels[s]);\r
 406         }\r
 407       }\r
 408 \r
 409     }\r
 410 \r
 411     filter1.setListData(authority);\r
 412     filter2.setListData(type);\r
 413     filter3.setListData(label);\r
 414 \r
 415     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 416     {\r
 417       public void run()\r
 418       {\r
 419         filter1.setSelectedIndex(0);\r
 420         filter2.setSelectedIndex(0);\r
 421         filter3.setSelectedIndex(0);\r
 422       }\r
 423     });\r
 424   }\r
 425 \r
 426   public void amendLocal(boolean newSource)\r
 427   {\r
 428     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";\r
 429     boolean seqsrc = false;\r
 430     if (!newSource)\r
 431     {\r
 432       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 433       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 434       url = ((DasSource) localSources.get(nickname)).getUrl();\r
 435       seqsrc = ((DasSource) localSources.get(nickname))\r
 436               .hasCapability("sequence");\r
 437     }\r
 438 \r
 439     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);\r
 440     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);\r
 441     JCheckBox seqs = new JCheckBox("Sequence Source");\r
 442     seqs.setSelected(seqsrc);\r
 443     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 444     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 445     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);\r
 446     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);\r
 447     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);\r
 448     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 449     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.NORTH);\r
 450     pane12.add(seqs, BorderLayout.SOUTH);\r
 451     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);\r
 452     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);\r
 453 \r
 454     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 455             panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",\r
 456             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);\r
 457 \r
 458     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)\r
 459     {\r
 460       return;\r
 461     }\r
 462 \r
 463     if (!urltf.getText().endsWith("/"))\r
 464     {\r
 465       urltf.setText(urltf.getText() + "/");\r
 466     }\r
 467 \r
 468     Das1Source local = new Das1Source();\r
 469 \r
 470     local.setUrl(urltf.getText());\r
 471     local.setNickname(nametf.getText());\r
 472     if (seqs.isSelected())\r
 473     {\r
 474       local.setCapabilities(new String[]\r
 475       { "features", "sequence" });\r
 476     }\r
 477     if (localSources == null)\r
 478     {\r
 479       localSources = new Hashtable();\r
 480     }\r
 481 \r
 482     localSources.put(local.getNickname(), local);\r
 483 \r
 484     if (!newSource && !nickname.equals(nametf.getText()))\r
 485     {\r
 486       localSources.remove(nickname);\r
 487     }\r
 488 \r
 489     int size = dasSources.length;\r
 490     int adjust = newSource ? 1 : 0;\r
 491 \r
 492     Object[][] data = new Object[size + adjust][2];\r
 493     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 494     {\r
 495       if (!newSource && dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 496       {\r
 497         ((DasSource) dasSources[i]).setNickname(local.getNickname());\r
 498         ((DasSource) dasSources[i]).setUrl(local.getUrl());\r
 499         data[i][0] = local.getNickname();\r
 500         data[i][1] = new Boolean(true);\r
 501       }\r
 502       else\r
 503       {\r
 504         data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 505         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 506                 .getNickname()));\r
 507       }\r
 508     }\r
 509 \r
 510     if (newSource)\r
 511     {\r
 512       data[size][0] = local.getNickname();\r
 513       data[size][1] = new Boolean(true);\r
 514       selectedSources.add(local.getNickname());\r
 515     }\r
 516 \r
 517     DasSource[] tmp = new DasSource[size + adjust];\r
 518 \r
 519     System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 520 \r
 521     if (newSource)\r
 522     {\r
 523       tmp[size] = local;\r
 524     }\r
 525 \r
 526     dasSources = tmp;\r
 527 \r
 528     refreshTableData(data);\r
 529 \r
 530     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 531     {\r
 532       public void run()\r
 533       {\r
 534         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 535                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 536       }\r
 537     });\r
 538 \r
 539     displayFullDetails(local.getNickname());\r
 540   }\r
 541 \r
 542   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)\r
 543   {\r
 544     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 545     if (selectedRow == -1)\r
 546     {\r
 547       return;\r
 548     }\r
 549 \r
 550     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 551 \r
 552     if (!localSources.containsKey(nickname))\r
 553     {\r
 554       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 555               "You can only edit or remove local DAS Sources!",\r
 556               "Public DAS source - not editable",\r
 557               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 558       return;\r
 559     }\r
 560 \r
 561     Object[] options =\r
 562     { "Edit", "Remove", "Cancel" };\r
 563     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,\r
 564             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",\r
 565             "Edit / Remove Local DAS Source",\r
 566             JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION, JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 567             null, options, options[2]);\r
 568 \r
 569     switch (choice)\r
 570     {\r
 571     case 0:\r
 572       amendLocal(false);\r
 573       break;\r
 574     case 1:\r
 575       localSources.remove(nickname);\r
 576       selectedSources.remove(nickname);\r
 577       Object[][] data = new Object[dasSources.length - 1][2];\r
 578       DasSource[] tmp = new DasSource[dasSources.length - 1];\r
 579       int index = 0;\r
 580       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 581       {\r
 582         if (dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 583         {\r
 584           continue;\r
 585         }\r
 586         else\r
 587         {\r
 588           tmp[index] = dasSources[i];\r
 589           data[index][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 590           data[index][1] = new Boolean(selectedSources\r
 591                   .contains(dasSources[i].getNickname()));\r
 592           index++;\r
 593         }\r
 594       }\r
 595       dasSources = tmp;\r
 596       refreshTableData(data);\r
 597       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 598       {\r
 599         public void run()\r
 600         {\r
 601           scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 602                   scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 603         }\r
 604       });\r
 605 \r
 606       break;\r
 607     }\r
 608   }\r
 609 \r
 610   void appendLocalSources()\r
 611   {\r
 612     if (localSources == null)\r
 613     {\r
 614       return;\r
 615     }\r
 616     // note - we add all das sources to list so they can be filtered for the\r
 617     // standard fetchDbRefs function\r
 618     int size = dasSources != null ? dasSources.length : 0;\r
 619     int lsize = localSources.size();\r
 620 \r
 621     Object[][] data = new Object[size + lsize][2];\r
 622     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 623     {\r
 624       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 625       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 626               .getNickname()));\r
 627     }\r
 628 \r
 629     DasSource[] tmp = new DasSource[size + lsize];\r
 630     if (dasSources != null)\r
 631     {\r
 632       System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 633     }\r
 634 \r
 635     Enumeration en = localSources.keys();\r
 636     int index = size;\r
 637     while (en.hasMoreElements())\r
 638     {\r
 639       String key = en.nextElement().toString();\r
 640       data[index][0] = key;\r
 641       data[index][1] = new Boolean(false);\r
 642       tmp[index] = new Das1Source();\r
 643       tmp[index].setNickname(key);\r
 644       tmp[index].setUrl(((DasSource) localSources.get(key)).getUrl());\r
 645 \r
 646       index++;\r
 647     }\r
 648 \r
 649     dasSources = tmp;\r
 650 \r
 651     refreshTableData(data);\r
 652   }\r
 653 \r
 654   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)\r
 655   {\r
 656     // Called when the MainTable selection changes\r
 657     if (evt.getValueIsAdjusting())\r
 658     {\r
 659       return;\r
 660     }\r
 661 \r
 662     displayFullDetails(null);\r
 663 \r
 664     // Filter the displayed data sources\r
 665     int dSize = dasSources.length;\r
 666 \r
 667     ArrayList names = new ArrayList();\r
 668     ArrayList selected = new ArrayList();\r
 669     DasSource ds;\r
 670 \r
 671     // The features filter is not visible, but we must still\r
 672     // filter the das source list here.\r
 673     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features\r
 674     Object[] dummyFeatureList = new Object[]\r
 675     { "features" };\r
 676 \r
 677     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 678     {\r
 679       ds = dasSources[i];\r
 680       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 681 \r
 682       if (dcs.length == 0 && ds.getCapabilities().length == 0\r
 683               && filter1.getSelectedIndex() == 0\r
 684               && filter2.getSelectedIndex() == 0\r
 685               && filter3.getSelectedIndex() == 0)\r
 686       {\r
 687         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT\r
 688         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT\r
 689         // IS ADDED FROM THE REGISTRY\r
 690         names.add(ds.getNickname());\r
 691         selected\r
 692                 .add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 693         continue;\r
 694       }\r
 695 \r
 696       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilities())\r
 697               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(), ds\r
 698                       .getLabels()))\r
 699       {\r
 700         continue;\r
 701       }\r
 702 \r
 703       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 704       {\r
 705         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(), new String[]\r
 706         { dcs[j].getName() })\r
 707                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]\r
 708                 { dcs[j].getCategory() }))\r
 709         {\r
 710           names.add(ds.getNickname());\r
 711           selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds\r
 712                   .getNickname())));\r
 713           break;\r
 714         }\r
 715       }\r
 716     }\r
 717 \r
 718     dSize = names.size();\r
 719     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 720     for (int d = 0; d < dSize; d++)\r
 721     {\r
 722       data[d][0] = names.get(d);\r
 723       data[d][1] = selected.get(d);\r
 724     }\r
 725 \r
 726     refreshTableData(data);\r
 727   }\r
 728 \r
 729   boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)\r
 730   {\r
 731     for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 732     {\r
 733       if (selection[i].equals("Any"))\r
 734       {\r
 735         return true;\r
 736       }\r
 737 \r
 738       for (int j = 0; j < items.length; j++)\r
 739       {\r
 740         if (selection[i].equals(items[j]))\r
 741         {\r
 742           return true;\r
 743         }\r
 744       }\r
 745     }\r
 746 \r
 747     return false;\r
 748   }\r
 749 \r
 750   void setSelectedFromProperties()\r
 751   {\r
 752     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",\r
 753             "uniprot");\r
 754     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 755     selectedSources = new Vector();\r
 756     while (st.hasMoreTokens())\r
 757     {\r
 758       selectedSources.addElement(st.nextToken());\r
 759     }\r
 760 \r
 761     Vector _localSources = jalview.bin.Cache.getLocalDasSources();\r
 762     if (_localSources != null)\r
 763     {\r
 764       if (localSources == null)\r
 765       {\r
 766         localSources = new Hashtable();\r
 767       }\r
 768       Enumeration sources = _localSources.elements();\r
 769       while (sources.hasMoreElements())\r
 770       {\r
 771         Das1Source source = (Das1Source) sources.nextElement();\r
 772         localSources.put(source.getNickname(), source);\r
 773       }\r
 774     }\r
 775   }\r
 776 \r
 777   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 778   {\r
 779     registryURL.setText(DEFAULT_REGISTRY);\r
 780   }\r
 781 \r
 782   /**\r
 783    * set the DAS source settings in the given jalview properties.\r
 784    * \r
 785    * @param properties\r
 786    */\r
 787   public void saveProperties(Properties properties)\r
 788   {\r
 789     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)\r
 790     {\r
 791       properties.remove(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL);\r
 792     }\r
 793     else\r
 794     {\r
 795       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,\r
 796               registryURL.getText());\r
 797     }\r
 798 \r
 799     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 800     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)\r
 801     {\r
 802       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())\r
 803       {\r
 804         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");\r
 805       }\r
 806     }\r
 807 \r
 808     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_ACTIVE_SOURCE, sb\r
 809             .toString());\r
 810 \r
 811     if (localSources != null)\r
 812     {\r
 813       sb = new StringBuffer();\r
 814       Enumeration en = localSources.keys();\r
 815       while (en.hasMoreElements())\r
 816       {\r
 817         String token = en.nextElement().toString();\r
 818         sb.append(token\r
 819                 + "|"\r
 820                 + (((DasSource) localSources.get(token))\r
 821                         .hasCapability("sequence") ? "sequence:" : "")\r
 822                 + ((DasSource) localSources.get(token)).getUrl() + "\t");\r
 823       }\r
 824 \r
 825       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, sb\r
 826               .toString());\r
 827     }\r
 828 \r
 829   }\r
 830 \r
 831   class DASTableModel extends AbstractTableModel\r
 832   {\r
 833 \r
 834     public DASTableModel(Object[][] data)\r
 835     {\r
 836       this.data = data;\r
 837     }\r
 838 \r
 839     private String[] columnNames = new String[]\r
 840     { "Nickname", "Use Source" };\r
 841 \r
 842     private Object[][] data;\r
 843 \r
 844     public int getColumnCount()\r
 845     {\r
 846       return columnNames.length;\r
 847     }\r
 848 \r
 849     public int getRowCount()\r
 850     {\r
 851       return data.length;\r
 852     }\r
 853 \r
 854     public String getColumnName(int col)\r
 855     {\r
 856       return columnNames[col];\r
 857     }\r
 858 \r
 859     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 860     {\r
 861       return data[row][col];\r
 862     }\r
 863 \r
 864     /*\r
 865      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for\r
 866      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would\r
 867      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.\r
 868      */\r
 869     public Class getColumnClass(int c)\r
 870     {\r
 871       return getValueAt(0, c).getClass();\r
 872     }\r
 873 \r
 874     /*\r
 875      * Don't need to implement this method unless your table's editable.\r
 876      */\r
 877     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
 878     {\r
 879       // Note that the data/cell address is constant,\r
 880       // no matter where the cell appears onscreen.\r
 881       return col == 1;\r
 882 \r
 883     }\r
 884 \r
 885     /*\r
 886      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.\r
 887      */\r
 888     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
 889     {\r
 890       data[row][col] = value;\r
 891       fireTableCellUpdated(row, col);\r
 892 \r
 893       String name = getValueAt(row, 0).toString();\r
 894       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();\r
 895 \r
 896       if (selectedSources.contains(name) && !selected)\r
 897       {\r
 898         selectedSources.remove(name);\r
 899       }\r
 900 \r
 901       if (!selectedSources.contains(name) && selected)\r
 902       {\r
 903         selectedSources.add(name);\r
 904       }\r
 905     }\r
 906   }\r
 907 \r
 908   public void initDasSources()\r
 909   {\r
 910 \r
 911     Thread thr = new Thread(new Runnable()\r
 912     {\r
 913       public void run()\r
 914       {\r
 915         // this actually initialises the das source list\r
 916         paintComponent(null); // yuk\r
 917       }\r
 918     });\r
 919     thr.start();\r
 920     while (loadingDasSources || dasSources == null)\r
 921     {\r
 922       try\r
 923       {\r
 924         Thread.sleep(10);\r
 925       } catch (Exception e)\r
 926       {\r
 927       }\r
 928       ;\r
 929     }\r
 930   }\r
 931 \r
 932   public Vector resolveSourceNicknames(Vector sources)\r
 933   {\r
 934 \r
 935     Vector resolved = new Vector();\r
 936     if (sources != null)\r
 937     {\r
 938       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 939       {\r
 940         if (sources.contains(dasSources[i].getNickname()))\r
 941         {\r
 942           if (!resolved.contains(dasSources[i]))\r
 943           {\r
 944             resolved.addElement(dasSources[i]);\r
 945           }\r
 946         }\r
 947       }\r
 948     }\r
 949     return resolved;\r
 950   }\r
 951 \r
 952   /**\r
 953    * disable or enable the buttons on the source browser\r
 954    * @param b\r
 955    */\r
 956   public void setGuiEnabled(boolean b)\r
 957   {\r
 958     refresh.setEnabled(b);\r
 959     addLocal.setEnabled(b);\r
 960   }\r
 961 }\r