src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 import javax.swing.event.*;\r
  27 import javax.swing.table.*;\r
  28 \r
  29 import org.biojava.dasobert.dasregistry.*;\r
  30 import jalview.jbgui.*;\r
  31 import jalview.util.*;\r
  32 \r
  33 public class DasSourceBrowser\r
  34     extends GDasSourceBrowser implements Runnable, ListSelectionListener\r
  35 {\r
  36   static DasSource[] dasSources = null;\r
  37 \r
  38   Hashtable localSources = null;\r
  39 \r
  40   Vector selectedSources;\r
  41 \r
  42   public static String DEFAULT_REGISTRY =\r
  43       "http://www.dasregistry.org/das1/sources/";\r
  44 \r
  45   boolean loadingDasSources = false;\r
  46 \r
  47   public DasSourceBrowser()\r
  48   {\r
  49     String registry = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
  50         DEFAULT_REGISTRY);\r
  51 \r
  52     if (registry.indexOf("/registry/das1/sources/") > -1)\r
  53     {\r
  54       jalview.bin.Cache.setProperty("DAS_REGISTRY_URL", DEFAULT_REGISTRY);\r
  55       registry = DEFAULT_REGISTRY;\r
  56     }\r
  57 \r
  58     registryURL.setText(registry);\r
  59 \r
  60     setSelectedFromProperties();\r
  61 \r
  62     displayFullDetails(null);\r
  63     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  64 \r
  65     filter1.addListSelectionListener(this);\r
  66     filter2.addListSelectionListener(this);\r
  67     filter3.addListSelectionListener(this);\r
  68 \r
  69     //Ask to be notified of selection changes.\r
  70     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();\r
  71     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()\r
  72     {\r
  73       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)\r
  74       {\r
  75         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();\r
  76         if (!lsm.isSelectionEmpty())\r
  77         {\r
  78           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();\r
  79           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());\r
  80         }\r
  81       }\r
  82     });\r
  83 \r
  84     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  85     {\r
  86       public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
  87       {\r
  88         if (evt.getClickCount() == 2\r
  89             || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  90         {\r
  91           editRemoveLocalSource(evt);\r
  92         }\r
  93       }\r
  94     });\r
  95 \r
  96     if (dasSources != null)\r
  97     {\r
  98       init();\r
  99     }\r
 100   }\r
 101 \r
 102   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)\r
 103   {\r
 104     if (dasSources == null && !loadingDasSources)\r
 105     {\r
 106       Thread worker = new Thread(this);\r
 107       worker.start();\r
 108     }\r
 109   }\r
 110 \r
 111   void init()\r
 112   {\r
 113     int dSize = dasSources.length;\r
 114     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 115     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 116     {\r
 117       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 118       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 119           getNickname()));\r
 120     }\r
 121 \r
 122     refreshTableData(data);\r
 123     setCapabilities(dasSources);\r
 124 \r
 125     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 126     {\r
 127       public void run()\r
 128       {\r
 129         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();\r
 130         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);\r
 131         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);\r
 132       }\r
 133     });\r
 134 \r
 135     progressBar.setIndeterminate(false);\r
 136     progressBar.setVisible(false);\r
 137     addLocal.setVisible(true);\r
 138     refresh.setVisible(true);\r
 139   }\r
 140 \r
 141   public void refreshTableData(Object[][] data)\r
 142   {\r
 143     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));\r
 144     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());\r
 145     table.setModel(sorter);\r
 146   }\r
 147 \r
 148   void displayFullDetails(String nickName)\r
 149   {\r
 150 \r
 151     StringBuffer text = new StringBuffer(\r
 152         "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");\r
 153 \r
 154     if (nickName == null)\r
 155     {\r
 156       fullDetails.setText(text +\r
 157                           "Select a DAS service from the table"\r
 158                           + " to read a full description here.</font></html>");\r
 159       return;\r
 160     }\r
 161 \r
 162     int dSize = dasSources.length;\r
 163     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 164     {\r
 165       if (!dasSources[i].getNickname().equals(nickName))\r
 166       {\r
 167         continue;\r
 168       }\r
 169 \r
 170       DasSource ds = dasSources[i];\r
 171 \r
 172       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> " + dasSources[i].getId() +\r
 173                   "<br>");\r
 174       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> " +\r
 175                   dasSources[i].getNickname() + "<br>");\r
 176       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> " + dasSources[i].getUrl() +\r
 177                   "<br>");\r
 178 \r
 179       text.append(\r
 180           "<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"\r
 181           + dasSources[i].getAdminemail()\r
 182           + "\">" + dasSources[i].getAdminemail() + "</a>" +\r
 183           "<br>");\r
 184 \r
 185       text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> " +\r
 186                   dasSources[i].getRegisterDate() +\r
 187                   "<br>");\r
 188 \r
 189       text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> " +\r
 190                   dasSources[i].getLeaseDate() +\r
 191                   "<br>");\r
 192 \r
 193       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");\r
 194       for (int s = 0; s < dasSources[i].getLabels().length; s++)\r
 195       {\r
 196         text.append(dasSources[i].getLabels()[s]);\r
 197         if (s < dasSources[i].getLabels().length - 1)\r
 198         {\r
 199           text.append(",");\r
 200         }\r
 201         text.append(" ");\r
 202       }\r
 203       text.append("<br>");\r
 204 \r
 205       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");\r
 206       String[] scap = dasSources[i].getCapabilities();\r
 207       for (int j = 0; j < scap.length; j++)\r
 208       {\r
 209         text.append(scap[j]);\r
 210         if (j < scap.length - 1)\r
 211         {\r
 212           text.append(", ");\r
 213         }\r
 214       }\r
 215       text.append("<br>");\r
 216 \r
 217       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font> ");\r
 218       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 219       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 220       {\r
 221         text.append("(" + dcs[j].getUniqueId() + ") "\r
 222                     + dcs[j].getCategory() + ", " + dcs[j].getName());\r
 223         if (dcs[j].getNCBITaxId() != 0)\r
 224         {\r
 225           text.append(", " + dcs[j].getNCBITaxId());\r
 226         }\r
 227         if (dcs[j].getOrganismName().length() > 0)\r
 228         {\r
 229           text.append(", " + dcs[j].getOrganismName());\r
 230         }\r
 231 \r
 232         text.append("<br>");\r
 233       }\r
 234 \r
 235       text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> " +\r
 236                   dasSources[i].getDescription() + "<br>");\r
 237 \r
 238       if (dasSources[i].getHelperurl() != null\r
 239           && dasSources[i].getHelperurl().length() > 0)\r
 240       {\r
 241         text.append("<font color=\"#0000FF\"><a href=\"" +\r
 242                     dasSources[i].getHelperurl()\r
 243                     + "\">Go to site</a></font<br>");\r
 244       }\r
 245 \r
 246       text.append("</font></html>");\r
 247 \r
 248       break;\r
 249     }\r
 250 \r
 251     fullDetails.setText(text.toString());\r
 252     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 253     {\r
 254       public void run()\r
 255       {\r
 256         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);\r
 257       }\r
 258     });\r
 259   }\r
 260 \r
 261   public void run()\r
 262   {\r
 263     loadingDasSources = true;\r
 264 \r
 265     addLocal.setVisible(false);\r
 266     refresh.setVisible(false);\r
 267     progressBar.setVisible(true);\r
 268     progressBar.setIndeterminate(true);\r
 269 \r
 270     dasSources = jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 271 \r
 272     appendLocalSources();\r
 273 \r
 274     init();\r
 275 \r
 276     loadingDasSources = false;\r
 277 \r
 278   }\r
 279 \r
 280   public Vector getSelectedSources()\r
 281   {\r
 282     Vector selected = new Vector();\r
 283     for (int r = 0; r < selectedSources.size(); r++)\r
 284     {\r
 285       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 286       {\r
 287         if (dasSources[i].getNickname().equals(\r
 288             selectedSources.elementAt(r)))\r
 289         {\r
 290           selected.addElement(dasSources[i]);\r
 291           break;\r
 292         }\r
 293       }\r
 294     }\r
 295 \r
 296     return selected;\r
 297   }\r
 298 \r
 299   public DasSource[] getDASSource()\r
 300   {\r
 301     if (dasSources == null)\r
 302     {\r
 303       dasSources = jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 304       appendLocalSources();\r
 305     }\r
 306 \r
 307     return dasSources;\r
 308   }\r
 309 \r
 310   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 311   {\r
 312     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 313 \r
 314     Thread worker = new Thread(this);\r
 315     worker.start();\r
 316   }\r
 317 \r
 318   private void setCapabilities(DasSource[] sources)\r
 319   {\r
 320     Vector authority = new Vector();\r
 321     Vector type = new Vector();\r
 322     Vector label = new Vector();\r
 323 \r
 324     authority.addElement("Any");\r
 325     type.addElement("Any");\r
 326     label.addElement("Any");\r
 327 \r
 328     for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 329     {\r
 330       DasSource ds = sources[i];\r
 331 \r
 332       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 333 \r
 334       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 335       {\r
 336         if (!type.contains(dcs[j].getCategory()))\r
 337         {\r
 338           type.addElement(dcs[j].getCategory());\r
 339         }\r
 340 \r
 341         if (!authority.contains(dcs[j].getName()))\r
 342         {\r
 343           authority.addElement(dcs[j].getName());\r
 344         }\r
 345       }\r
 346 \r
 347       String[] slabels = ds.getLabels();\r
 348       for (int s = 0; s < slabels.length; s++)\r
 349       {\r
 350         if (!label.contains(slabels[s]))\r
 351         {\r
 352           label.addElement(slabels[s]);\r
 353         }\r
 354       }\r
 355 \r
 356     }\r
 357 \r
 358     filter1.setListData(authority);\r
 359     filter2.setListData(type);\r
 360     filter3.setListData(label);\r
 361 \r
 362     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 363     {\r
 364       public void run()\r
 365       {\r
 366         filter1.setSelectedIndex(0);\r
 367         filter2.setSelectedIndex(0);\r
 368         filter3.setSelectedIndex(0);\r
 369       }\r
 370     });\r
 371   }\r
 372 \r
 373   public void amendLocal(boolean newSource)\r
 374   {\r
 375     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";\r
 376 \r
 377     if (!newSource)\r
 378     {\r
 379       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 380       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 381       url = ( (DasSource) localSources.get(nickname)).getUrl();\r
 382     }\r
 383 \r
 384     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);\r
 385     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);\r
 386 \r
 387     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 388     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 389     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);\r
 390     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);\r
 391     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);\r
 392     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 393     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.CENTER);\r
 394     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);\r
 395     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);\r
 396 \r
 397     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 398         panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",\r
 399         JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);\r
 400 \r
 401     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)\r
 402     {\r
 403       return;\r
 404     }\r
 405 \r
 406     if (!urltf.getText().endsWith("/"))\r
 407     {\r
 408       urltf.setText(urltf.getText() + "/");\r
 409     }\r
 410 \r
 411     Das1Source local = new Das1Source();\r
 412 \r
 413     local.setUrl(urltf.getText());\r
 414     local.setNickname(nametf.getText());\r
 415 \r
 416     if (localSources == null)\r
 417     {\r
 418       localSources = new Hashtable();\r
 419     }\r
 420 \r
 421     localSources.put(local.getNickname(), local);\r
 422 \r
 423     if (!newSource && !nickname.equals(nametf.getText()))\r
 424     {\r
 425       localSources.remove(nickname);\r
 426     }\r
 427 \r
 428     int size = dasSources.length;\r
 429     int adjust = newSource ? 1 : 0;\r
 430 \r
 431     Object[][] data = new Object[size + adjust][2];\r
 432     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 433     {\r
 434       if (!newSource && dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 435       {\r
 436         ( (DasSource) dasSources[i]).setNickname(local.getNickname());\r
 437         ( (DasSource) dasSources[i]).setUrl(local.getUrl());\r
 438         data[i][0] = local.getNickname();\r
 439         data[i][1] = new Boolean(true);\r
 440       }\r
 441       else\r
 442       {\r
 443         data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 444         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 445             getNickname()));\r
 446       }\r
 447     }\r
 448 \r
 449     if (newSource)\r
 450     {\r
 451       data[size][0] = local.getNickname();\r
 452       data[size][1] = new Boolean(true);\r
 453       selectedSources.add(local.getNickname());\r
 454     }\r
 455 \r
 456     DasSource[] tmp = new DasSource[size + adjust];\r
 457 \r
 458     System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 459 \r
 460     if (newSource)\r
 461     {\r
 462       tmp[size] = local;\r
 463     }\r
 464 \r
 465     dasSources = tmp;\r
 466 \r
 467     refreshTableData(data);\r
 468 \r
 469     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 470     {\r
 471       public void run()\r
 472       {\r
 473         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 474             scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum()\r
 475             );\r
 476       }\r
 477     });\r
 478 \r
 479     displayFullDetails(local.getNickname());\r
 480   }\r
 481 \r
 482   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)\r
 483   {\r
 484     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 485     if (selectedRow == -1)\r
 486     {\r
 487       return;\r
 488     }\r
 489 \r
 490     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 491 \r
 492     if (!localSources.containsKey(nickname))\r
 493     {\r
 494       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 495                                             "You can only edit or remove local DAS Sources!",\r
 496                                             "Public DAS source - not editable",\r
 497                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 498       return;\r
 499     }\r
 500 \r
 501     Object[] options =\r
 502         {\r
 503         "Edit", "Remove", "Cancel"};\r
 504     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,\r
 505         "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",\r
 506         "Edit / Remove Local DAS Source",\r
 507         JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION,\r
 508         JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 509         null,\r
 510         options,\r
 511         options[2]);\r
 512 \r
 513     switch (choice)\r
 514     {\r
 515       case 0:\r
 516         amendLocal(false);\r
 517         break;\r
 518       case 1:\r
 519         localSources.remove(nickname);\r
 520         selectedSources.remove(nickname);\r
 521         Object[][] data = new Object[dasSources.length - 1][2];\r
 522         DasSource[] tmp = new DasSource[dasSources.length - 1];\r
 523         int index = 0;\r
 524         for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 525         {\r
 526           if (dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 527           {\r
 528             continue;\r
 529           }\r
 530           else\r
 531           {\r
 532             tmp[index] = dasSources[i];\r
 533             data[index][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 534             data[index][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 535                 getNickname()));\r
 536             index++;\r
 537           }\r
 538         }\r
 539         dasSources = tmp;\r
 540         refreshTableData(data);\r
 541         SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 542         {\r
 543           public void run()\r
 544           {\r
 545             scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 546                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum()\r
 547                 );\r
 548           }\r
 549         });\r
 550 \r
 551         break;\r
 552     }\r
 553   }\r
 554 \r
 555   void appendLocalSources()\r
 556   {\r
 557     if (localSources == null)\r
 558     {\r
 559       return;\r
 560     }\r
 561 \r
 562     int size = dasSources != null ? dasSources.length : 0;\r
 563     int lsize = localSources.size();\r
 564 \r
 565     Object[][] data = new Object[size + lsize][2];\r
 566     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 567     {\r
 568       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 569       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 570           getNickname()));\r
 571     }\r
 572 \r
 573     DasSource[] tmp = new DasSource[size + lsize];\r
 574     if (dasSources != null)\r
 575     {\r
 576       System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 577     }\r
 578 \r
 579     Enumeration en = localSources.keys();\r
 580     int index = size;\r
 581     while (en.hasMoreElements())\r
 582     {\r
 583       String key = en.nextElement().toString();\r
 584       data[index][0] = key;\r
 585       data[index][1] = new Boolean(false);\r
 586       tmp[index] = new Das1Source();\r
 587       tmp[index].setNickname(key);\r
 588       tmp[index].setUrl( ( (DasSource) localSources.get(key)).getUrl());\r
 589 \r
 590       index++;\r
 591     }\r
 592 \r
 593     dasSources = tmp;\r
 594 \r
 595     refreshTableData(data);\r
 596   }\r
 597 \r
 598   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)\r
 599   {\r
 600     //Called when the MainTable selection changes\r
 601     if (evt.getValueIsAdjusting())\r
 602     {\r
 603       return;\r
 604     }\r
 605 \r
 606     displayFullDetails(null);\r
 607 \r
 608     // Filter the displayed data sources\r
 609     int dSize = dasSources.length;\r
 610 \r
 611     ArrayList names = new ArrayList();\r
 612     ArrayList selected = new ArrayList();\r
 613     DasSource ds;\r
 614 \r
 615     //The features filter is not visible, but we must still\r
 616     //filter the das source list here.\r
 617     //July 2006 - only 6 sources fo not serve features\r
 618     Object[] dummyFeatureList = new Object[]\r
 619         {\r
 620         "features"};\r
 621 \r
 622     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 623     {\r
 624       ds = dasSources[i];\r
 625       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 626 \r
 627       if (dcs.length == 0 && ds.getCapabilities().length == 0\r
 628           && filter1.getSelectedIndex() == 0\r
 629           && filter2.getSelectedIndex() == 0\r
 630           && filter3.getSelectedIndex() == 0)\r
 631       {\r
 632         //THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT\r
 633         //HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT\r
 634         //IS ADDED FROM THE REGISTRY\r
 635         names.add(ds.getNickname());\r
 636         selected.add(new Boolean(\r
 637             selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 638         continue;\r
 639       }\r
 640 \r
 641       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilities())\r
 642           || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),\r
 643                              ds.getLabels()))\r
 644       {\r
 645         continue;\r
 646       }\r
 647 \r
 648       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 649       {\r
 650         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(),\r
 651                            new String[]\r
 652                            {dcs[j].getName()})\r
 653             && selectedInList(filter2.getSelectedValues(),\r
 654                               new String[]\r
 655                               {dcs[j].getCategory()}))\r
 656         {\r
 657           names.add(ds.getNickname());\r
 658           selected.add(new Boolean(\r
 659               selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 660           break;\r
 661         }\r
 662       }\r
 663     }\r
 664 \r
 665     dSize = names.size();\r
 666     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 667     for (int d = 0; d < dSize; d++)\r
 668     {\r
 669       data[d][0] = names.get(d);\r
 670       data[d][1] = selected.get(d);\r
 671     }\r
 672 \r
 673     refreshTableData(data);\r
 674   }\r
 675 \r
 676   boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)\r
 677   {\r
 678     for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 679     {\r
 680       if (selection[i].equals("Any"))\r
 681       {\r
 682         return true;\r
 683       }\r
 684 \r
 685       for (int j = 0; j < items.length; j++)\r
 686       {\r
 687         if (selection[i].equals(items[j]))\r
 688         {\r
 689           return true;\r
 690         }\r
 691       }\r
 692     }\r
 693 \r
 694     return false;\r
 695   }\r
 696 \r
 697   void setSelectedFromProperties()\r
 698   {\r
 699     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE", "uniprot");\r
 700     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 701     selectedSources = new Vector();\r
 702     while (st.hasMoreTokens())\r
 703     {\r
 704       selectedSources.addElement(st.nextToken());\r
 705     }\r
 706 \r
 707     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");\r
 708     if (local != null)\r
 709     {\r
 710       if (localSources == null)\r
 711       {\r
 712         localSources = new Hashtable();\r
 713       }\r
 714 \r
 715       st = new StringTokenizer(local, "\t");\r
 716       while (st.hasMoreTokens())\r
 717       {\r
 718         String token = st.nextToken();\r
 719         int bar = token.indexOf("|");\r
 720         Das1Source source = new Das1Source();\r
 721 \r
 722         source.setUrl(token.substring(bar + 1));\r
 723         source.setNickname(token.substring(0, bar));\r
 724 \r
 725         localSources.put(source.getNickname(), source);\r
 726       }\r
 727     }\r
 728   }\r
 729 \r
 730   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 731   {\r
 732     registryURL.setText(DEFAULT_REGISTRY);\r
 733   }\r
 734 \r
 735   public void saveProperties(Properties properties)\r
 736   {\r
 737     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)\r
 738     {\r
 739       properties.remove("DAS_REGISTRY_URL");\r
 740     }\r
 741     else\r
 742     {\r
 743       properties.setProperty("DAS_REGISTRY_URL", registryURL.getText());\r
 744     }\r
 745 \r
 746     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 747     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)\r
 748     {\r
 749       if ( ( (Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())\r
 750       {\r
 751         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");\r
 752       }\r
 753     }\r
 754 \r
 755     properties.setProperty("DAS_ACTIVE_SOURCE", sb.toString());\r
 756 \r
 757     if (localSources != null)\r
 758     {\r
 759       sb = new StringBuffer();\r
 760       Enumeration en = localSources.keys();\r
 761       while (en.hasMoreElements())\r
 762       {\r
 763         String token = en.nextElement().toString();\r
 764         sb.append(token + "|"\r
 765                   + ( (DasSource) localSources.get(token)).getUrl()\r
 766                   + "\t");\r
 767       }\r
 768 \r
 769       properties.setProperty("DAS_LOCAL_SOURCE", sb.toString());\r
 770     }\r
 771 \r
 772   }\r
 773 \r
 774   class DASTableModel\r
 775       extends AbstractTableModel\r
 776   {\r
 777 \r
 778     public DASTableModel(Object[][] data)\r
 779     {\r
 780       this.data = data;\r
 781     }\r
 782 \r
 783     private String[] columnNames = new String[]\r
 784         {\r
 785         "Nickname", "Use Source"};\r
 786 \r
 787     private Object[][] data;\r
 788 \r
 789     public int getColumnCount()\r
 790     {\r
 791       return columnNames.length;\r
 792     }\r
 793 \r
 794     public int getRowCount()\r
 795     {\r
 796       return data.length;\r
 797     }\r
 798 \r
 799     public String getColumnName(int col)\r
 800     {\r
 801       return columnNames[col];\r
 802     }\r
 803 \r
 804     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 805     {\r
 806       return data[row][col];\r
 807     }\r
 808 \r
 809     /*\r
 810      * JTable uses this method to determine the default renderer/\r
 811      * editor for each cell.  If we didn't implement this method,\r
 812      * then the last column would contain text ("true"/"false"),\r
 813      * rather than a check box.\r
 814      */\r
 815     public Class getColumnClass(int c)\r
 816     {\r
 817       return getValueAt(0, c).getClass();\r
 818     }\r
 819 \r
 820     /*\r
 821      * Don't need to implement this method unless your table's\r
 822      * editable.\r
 823      */\r
 824     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
 825     {\r
 826       //Note that the data/cell address is constant,\r
 827       //no matter where the cell appears onscreen.\r
 828       return col == 1;\r
 829 \r
 830     }\r
 831 \r
 832     /*\r
 833      * Don't need to implement this method unless your table's\r
 834      * data can change.\r
 835      */\r
 836     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
 837     {\r
 838       data[row][col] = value;\r
 839       fireTableCellUpdated(row, col);\r
 840 \r
 841       String name = getValueAt(row, 0).toString();\r
 842       boolean selected = ( (Boolean) value).booleanValue();\r
 843 \r
 844       if (selectedSources.contains(name) && !selected)\r
 845       {\r
 846         selectedSources.remove(name);\r
 847       }\r
 848 \r
 849       if (!selectedSources.contains(name) && selected)\r
 850       {\r
 851         selectedSources.add(name);\r
 852       }\r
 853     }\r
 854   }\r
 855 }\r