src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.io.FileLoader;
  25 import jalview.io.FormatAdapter;
  26 import jalview.io.IdentifyFile;
  27 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  28 import jalview.io.JalviewFileView;
  29 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  30 import jalview.util.ImageMaker;
  31 import jalview.util.MessageManager;
  32 import jalview.ws.params.ParamManager;
  33
  34 import java.awt.BorderLayout;
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.Dimension;
  37 import java.awt.FontMetrics;
  38 import java.awt.Graphics;
  39 import java.awt.GridLayout;
  40 import java.awt.Point;
  41 import java.awt.Rectangle;
  42 import java.awt.Toolkit;
  43 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  44 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  45 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  46 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  47 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  48 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  49 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  50 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  51 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  52 import java.awt.event.ActionEvent;
  53 import java.awt.event.ActionListener;
  54 import java.awt.event.FocusEvent;
  55 import java.awt.event.FocusListener;
  56 import java.awt.event.MouseAdapter;
  57 import java.awt.event.MouseEvent;
  58 import java.awt.event.MouseListener;
  59 import java.awt.event.WindowAdapter;
  60 import java.awt.event.WindowEvent;
  61 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  62 import java.beans.PropertyChangeListener;
  63 import java.beans.PropertyVetoException;
  64 import java.io.BufferedInputStream;
  65 import java.io.File;
  66 import java.io.FileOutputStream;
  67 import java.lang.reflect.Constructor;
  68 import java.net.URL;
  69 import java.util.ArrayList;
  70 import java.util.Hashtable;
  71 import java.util.StringTokenizer;
  72 import java.util.Vector;
  73 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  74 import java.util.concurrent.Executors;
  75 import java.util.concurrent.Semaphore;
  76
  77 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
  78 import javax.swing.DesktopManager;
  79 import javax.swing.JButton;
  80 import javax.swing.JComboBox;
  81 import javax.swing.JComponent;
  82 import javax.swing.JDesktopPane;
  83 import javax.swing.JFrame;
  84 import javax.swing.JInternalFrame;
  85 import javax.swing.JLabel;
  86 import javax.swing.JMenuItem;
  87 import javax.swing.JOptionPane;
  88 import javax.swing.JPanel;
  89 import javax.swing.JPopupMenu;
  90 import javax.swing.JProgressBar;
  91 import javax.swing.SwingUtilities;
  92 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
  93 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
  94 import javax.swing.event.MenuEvent;
  95 import javax.swing.event.MenuListener;
  96
  97 /**
  98  * Jalview Desktop
  99  *
 100  *
 101  * @author $author$
 102  * @version $Revision: 1.155 $
 103  */
 104 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop implements
 105         DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 106         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 107 {
 108
 109   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 110
 111   /**
 112    * news reader - null if it was never started.
 113    */
 114   private BlogReader jvnews = null;
 115
 116   /**
 117    * @param listener
 118    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 119    */
 120   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 121           PropertyChangeListener listener)
 122   {
 123     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 124   }
 125
 126   /**
 127    * @param propertyName
 128    * @param listener
 129    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 130    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 131    */
 132   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 133           PropertyChangeListener listener)
 134   {
 135     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 136   }
 137
 138   /**
 139    * @param propertyName
 140    * @param listener
 141    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 142    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 143    */
 144   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 145           PropertyChangeListener listener)
 146   {
 147     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 148             listener);
 149   }
 150
 151   /** Singleton Desktop instance */
 152   public static Desktop instance;
 153
 154   public static MyDesktopPane desktop;
 155
 156   static int openFrameCount = 0;
 157
 158   static final int xOffset = 30;
 159
 160   static final int yOffset = 30;
 161
 162   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 163
 164   public static Object[] jalviewClipboard;
 165
 166   public static boolean internalCopy = false;
 167
 168   static int fileLoadingCount = 0;
 169
 170   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 171   {
 172
 173     private DesktopManager delegate;
 174
 175     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 176     {
 177       this.delegate = delegate;
 178     }
 179
 180     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 181     {
 182       try
 183       {
 184         delegate.activateFrame(f);
 185       } catch (NullPointerException npe)
 186       {
 187         Point p = getMousePosition();
 188         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 189       }
 190     }
 191
 192     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 193     {
 194       delegate.beginDraggingFrame(f);
 195     }
 196
 197     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 198     {
 199       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 200     }
 201
 202     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 203     {
 204       delegate.closeFrame(f);
 205     }
 206
 207     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 208     {
 209       delegate.deactivateFrame(f);
 210     }
 211
 212     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 213     {
 214       delegate.deiconifyFrame(f);
 215     }
 216
 217     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 218     {
 219       if (newY < 0)
 220       {
 221         newY = 0;
 222       }
 223       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 224     }
 225
 226     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 227     {
 228       delegate.endDraggingFrame(f);
 229     }
 230
 231     public void endResizingFrame(JComponent f)
 232     {
 233       delegate.endResizingFrame(f);
 234     }
 235
 236     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 237     {
 238       delegate.iconifyFrame(f);
 239     }
 240
 241     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 242     {
 243       delegate.maximizeFrame(f);
 244     }
 245
 246     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 247     {
 248       delegate.minimizeFrame(f);
 249     }
 250
 251     public void openFrame(JInternalFrame f)
 252     {
 253       delegate.openFrame(f);
 254     }
 255
 256     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 257             int newHeight)
 258     {
 259       Rectangle b = desktop.getBounds();
 260       if (newY < 0)
 261       {
 262         newY = 0;
 263       }
 264       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 265     }
 266
 267     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 268             int newWidth, int newHeight)
 269     {
 270       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 271     }
 272
 273     // All other methods, simply delegate
 274
 275   }
 276
 277   /**
 278    * Creates a new Desktop object.
 279    */
 280   public Desktop()
 281   {
 282     /**
 283      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 284      * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 285      * constructor.
 286      */
 287     instance = this;
 288     doVamsasClientCheck();
 289     doGroovyCheck();
 290     doConfigureStructurePrefs();
 291     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
 292     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 293     boolean selmemusage = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE",
 294             false);
 295     boolean showjconsole = jalview.bin.Cache.getDefault(
 296             "SHOW_JAVA_CONSOLE", false);
 297     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 298     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 299     desktop.setBackground(Color.white);
 300     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 301     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 302     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 303     // sp.getViewport().setView(desktop);
 304     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 305     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 306     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 307
 308     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 309     // if previous window was maximised
 310     desktop.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
 311             new DefaultDesktopManager()));
 312
 313     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 314     if (dims != null)
 315     {
 316       setBounds(dims);
 317     }
 318     else
 319     {
 320       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 321       setBounds((screenSize.width - 900) / 2,
 322               (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 323     }
 324     jconsole = new Console(this, showjconsole);
 325     // add essential build information
 326     jconsole.setHeader("Jalview Version: "
 327             + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "\n"
 328             + "Jalview Installation: "
 329             + jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown")
 330             + "\n"
 331             + "Build Date: "
 332             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown") + "\n"
 333             + "Java version: " + System.getProperty("java.version") + "\n"
 334             + System.getProperty("os.arch") + " "
 335             + System.getProperty("os.name") + " "
 336             + System.getProperty("os.version"));
 337
 338     showConsole(showjconsole);
 339
 340     showNews.setVisible(false);
 341
 342     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 343     {
 344       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 345       {
 346         quit();
 347       }
 348     });
 349
 350     MouseAdapter ma;
 351     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 352     {
 353       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 354       {
 355         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 356         {
 357           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 358         }
 359       }
 360     });
 361     desktop.addMouseListener(ma);
 362
 363     this.addFocusListener(new FocusListener()
 364     {
 365
 366       @Override
 367       public void focusLost(FocusEvent e)
 368       {
 369         // TODO Auto-generated method stub
 370
 371       }
 372
 373       @Override
 374       public void focusGained(FocusEvent e)
 375       {
 376         Cache.log.debug("Relaying windows after focus gain");
 377         // make sure that we sort windows properly after we gain focus
 378         instance.relayerWindows();
 379       }
 380     });
 381     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 382     // Spawn a thread that shows the splashscreen
 383     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 384     {
 385       public void run()
 386       {
 387         new SplashScreen();
 388       }
 389     });
 390
 391     // displayed.
 392     // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time it
 393     // takes to open it later on.
 394     new Thread(new Runnable()
 395     {
 396       public void run()
 397       {
 398         Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 399         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 400                 jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 401                 jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
 402                 jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
 403                 jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 404         Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 405       }
 406     }).start();
 407     // Add the service change listener
 408     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 409             new PropertyChangeListener()
 410             {
 411
 412               @Override
 413               public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 414               {
 415                 Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 416                         + evt.getNewValue());
 417                 JalviewServicesChanged(evt);
 418               }
 419
 420             });
 421   }
 422
 423   public void doConfigureStructurePrefs()
 424   {
 425     // configure services
 426     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 427             .getStructureSelectionManager(this);
 428     if (jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 429     {
 430       ssm.setAddTempFacAnnot(jalview.bin.Cache.getDefault(
 431               Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 432     ssm.setProcessSecondaryStructure(jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 433     ssm.setSecStructServices(jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.USE_RNAVIEW,
 434             true));
 435     }
 436     else
 437     {
 438       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 439       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 440       ssm.setSecStructServices(false);
 441     }
 442   }
 443
 444   public void checkForNews()
 445   {
 446     final Desktop me = this;
 447     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 448     addDialogThread(new Runnable()
 449     {
 450       @Override
 451       public void run()
 452       {
 453         Cache.log.debug("Starting news thread.");
 454
 455         jvnews = new BlogReader(me);
 456         showNews.setVisible(true);
 457         Cache.log.debug("Completed news thread.");
 458       }
 459     });
 460   }
 461
 462   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 463   {
 464     showNews(showNews.isSelected());
 465   }
 466
 467   void showNews(boolean visible)
 468   {
 469     {
 470       Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 471       showNews.setSelected(visible);
 472       if (visible && !jvnews.isVisible())
 473       {
 474         new Thread(new Runnable()
 475         {
 476           @Override
 477           public void run()
 478           {
 479             long instance = System.currentTimeMillis();
 480             Desktop.instance.setProgressBar(MessageManager.getString("status.refreshing_news"), instance);
 481             jvnews.refreshNews();
 482             Desktop.instance.setProgressBar(null, instance);
 483             jvnews.showNews();
 484           }
 485         }).start();
 486       }
 487     }
 488   }
 489
 490   /**
 491    * recover the last known dimensions for a jalview window
 492    *
 493    * @param windowName
 494    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 495    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 496    *         window geom was known)
 497    */
 498   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 499   {
 500     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 501     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 502     String x = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 503     String y = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 504     String width = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 505             + "SCREEN_WIDTH");
 506     String height = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 507             + "SCREEN_HEIGHT");
 508     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 509     {
 510       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y), iw = Integer
 511               .parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 512       if (jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 513       {
 514         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 515         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 516         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 517         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer
 518                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 519                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 520         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer
 521                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 522                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 523         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 524         ix = (int) (ix * sw);
 525         iw = (int) (iw * sw);
 526         iy = (int) (iy * sh);
 527         ih = (int) (ih * sh);
 528         while (ix >= screenSize.width)
 529         {
 530           jalview.bin.Cache.log
 531                   .debug("Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 532           ix -= screenSize.width;
 533         }
 534         while (iy >= screenSize.height)
 535         {
 536           jalview.bin.Cache.log
 537                   .debug("Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 538           iy -= screenSize.height;
 539         }
 540         jalview.bin.Cache.log.debug("Got last known dimensions for "
 541                 + windowName + ": x:" + ix + " y:" + iy + " width:" + iw
 542                 + " height:" + ih);
 543       }
 544       // return dimensions for new instance
 545       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 546     }
 547     return null;
 548   }
 549
 550   private void doVamsasClientCheck()
 551   {
 552     if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 553     {
 554       setupVamsasDisconnectedGui();
 555       VamsasMenu.setVisible(true);
 556       final Desktop us = this;
 557       VamsasMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 558       {
 559         // this listener remembers when the menu was first selected, and
 560         // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 561         // reselected again.
 562         boolean refresh = true;
 563
 564         public void menuCanceled(MenuEvent e)
 565         {
 566           refresh = true;
 567         }
 568
 569         public void menuDeselected(MenuEvent e)
 570         {
 571           refresh = true;
 572         }
 573
 574         public void menuSelected(MenuEvent e)
 575         {
 576           if (refresh)
 577           {
 578             us.buildVamsasStMenu();
 579             refresh = false;
 580           }
 581         }
 582       });
 583       vamsasStart.setVisible(true);
 584     }
 585   }
 586
 587   void showPasteMenu(int x, int y)
 588   {
 589     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 590     JMenuItem item = new JMenuItem(
 591             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 592     item.addActionListener(new ActionListener()
 593     {
 594       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 595       {
 596         paste();
 597       }
 598     });
 599
 600     popup.add(item);
 601     popup.show(this, x, y);
 602   }
 603
 604   public void paste()
 605   {
 606     try
 607     {
 608       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 609       Transferable contents = c.getContents(this);
 610
 611       if (contents != null)
 612       {
 613         String file = (String) contents
 614                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 615
 616         String format = new IdentifyFile().Identify(file,
 617                 FormatAdapter.PASTE);
 618
 619         new FileLoader().LoadFile(file, FormatAdapter.PASTE, format);
 620
 621       }
 622     } catch (Exception ex)
 623     {
 624       System.out
 625               .println("Unable to paste alignment from system clipboard:\n"
 626                       + ex);
 627     }
 628   }
 629
 630   /**
 631    * Adds and opens the given frame to the desktop
 632    *
 633    * @param frame
 634    *          DOCUMENT ME!
 635    * @param title
 636    *          DOCUMENT ME!
 637    * @param w
 638    *          DOCUMENT ME!
 639    * @param h
 640    *          DOCUMENT ME!
 641    */
 642   public static synchronized void addInternalFrame(
 643           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 644   {
 645     addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 646   }
 647
 648   /**
 649    * DOCUMENT ME!
 650    *
 651    * @param frame
 652    *          DOCUMENT ME!
 653    * @param title
 654    *          DOCUMENT ME!
 655    * @param w
 656    *          DOCUMENT ME!
 657    * @param h
 658    *          DOCUMENT ME!
 659    * @param resizable
 660    *          DOCUMENT ME!
 661    */
 662   public static synchronized void addInternalFrame(
 663           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 664           boolean resizable)
 665   {
 666
 667     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 668     // bounds object).
 669     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 670     // the current window title
 671
 672     frame.setTitle(title);
 673     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 674     {
 675       frame.setSize(w, h);
 676     }
 677     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 678     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 679     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 680     // ///////////////////////////////////////////////
 681     if (instance == null
 682             || (System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 683                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 684     {
 685       return;
 686     }
 687
 688     openFrameCount++;
 689
 690     frame.setVisible(true);
 691     frame.setClosable(true);
 692     frame.setResizable(resizable);
 693     frame.setMaximizable(resizable);
 694     frame.setIconifiable(resizable);
 695     frame.setFrameIcon(null);
 696
 697     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 698     {
 699       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset
 700               * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 701     }
 702
 703     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 704     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 705     {
 706       public void internalFrameActivated(
 707               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 708       {
 709         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 710         if (itf != null)
 711         {
 712           itf.requestFocus();
 713         }
 714
 715       }
 716
 717       public void internalFrameClosed(
 718               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 719       {
 720         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 721         openFrameCount--;
 722         windowMenu.remove(menuItem);
 723         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 724         if (itf != null)
 725         {
 726           itf.requestFocus();
 727         }
 728         System.gc();
 729       };
 730     });
 731
 732     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 733     {
 734       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 735       {
 736         try
 737         {
 738           frame.setSelected(true);
 739           frame.setIcon(false);
 740         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 741         {
 742
 743         }
 744       }
 745     });
 746     menuItem.addMouseListener(new MouseListener()
 747     {
 748
 749       @Override
 750       public void mouseReleased(MouseEvent e)
 751       {
 752       }
 753
 754       @Override
 755       public void mousePressed(MouseEvent e)
 756       {
 757       }
 758
 759       @Override
 760       public void mouseExited(MouseEvent e)
 761       {
 762         try
 763         {
 764           frame.setSelected(false);
 765         } catch (PropertyVetoException e1)
 766         {
 767         }
 768       }
 769
 770       @Override
 771       public void mouseEntered(MouseEvent e)
 772       {
 773         try
 774         {
 775           frame.setSelected(true);
 776         } catch (PropertyVetoException e1)
 777         {
 778         }
 779       }
 780
 781       @Override
 782       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 783       {
 784
 785       }
 786     });
 787
 788     windowMenu.add(menuItem);
 789
 790     desktop.add(frame);
 791     frame.toFront();
 792     try
 793     {
 794       frame.setSelected(true);
 795       frame.requestFocus();
 796     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 797     {
 798     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
 799     {
 800       Cache.log
 801               .warn("Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
 802                       cex);
 803     }
 804   }
 805
 806   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 807   {
 808     if (!internalCopy)
 809     {
 810       Desktop.jalviewClipboard = null;
 811     }
 812
 813     internalCopy = false;
 814   }
 815
 816   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 817   {
 818   }
 819
 820   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 821   {
 822   }
 823
 824   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 825   {
 826   }
 827
 828   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 829   {
 830   }
 831
 832   /**
 833    * DOCUMENT ME!
 834    *
 835    * @param evt
 836    *          DOCUMENT ME!
 837    */
 838   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 839   {
 840     boolean success = true;
 841     Transferable t = evt.getTransferable();
 842     java.util.List files = null;
 843     java.util.List protocols = null;
 844
 845     try
 846     {
 847       DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
 848               "text/uri-list;class=java.lang.String");
 849       if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 850       {
 851         // Works on Windows and MacOSX
 852         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 853         files = (java.util.List) t
 854                 .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 855       }
 856       else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
 857       {
 858         // This is used by Unix drag system
 859         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 860         String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
 861         files = new java.util.ArrayList(1);
 862         protocols = new java.util.ArrayList(1);
 863         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
 864                 data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
 865         {
 866           String s = st.nextToken();
 867           if (s.startsWith("#"))
 868           {
 869             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
 870             continue;
 871           }
 872           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
 873           if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
 874           {
 875             protocols.add(FormatAdapter.URL);
 876             files.add(uri.toString());
 877           }
 878           else
 879           {
 880             // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
 881             java.io.File file = new java.io.File(uri);
 882             protocols.add(FormatAdapter.FILE);
 883             files.add(file.toString());
 884           }
 885         }
 886       }
 887     } catch (Exception e)
 888     {
 889       success = false;
 890     }
 891
 892     if (files != null)
 893     {
 894       try
 895       {
 896         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 897         {
 898           String file = files.get(i).toString();
 899           String protocol = (protocols == null) ? FormatAdapter.FILE
 900                   : (String) protocols.get(i);
 901           String format = null;
 902
 903           if (file.endsWith(".jar"))
 904           {
 905             format = "Jalview";
 906
 907           }
 908           else
 909           {
 910             format = new IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 911           }
 912
 913           new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 914
 915         }
 916       } catch (Exception ex)
 917       {
 918         success = false;
 919       }
 920     }
 921     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
 922                                // transfered to any new windows created
 923   }
 924
 925   /**
 926    * DOCUMENT ME!
 927    *
 928    * @param e
 929    *          DOCUMENT ME!
 930    */
 931   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 932   {
 933     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 934             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 935             jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
 936             jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
 937             jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 938
 939     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 940     chooser.setDialogTitle(MessageManager
 941             .getString("label.open_local_file"));
 942     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
 943
 944     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 945
 946     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 947     {
 948       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 949       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 950               .getSelectedFile().getParent());
 951
 952       String format = null;
 953       if (chooser.getSelectedFormat() != null
 954               && chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 955       {
 956         format = "Jalview";
 957       }
 958       else
 959       {
 960         format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);
 961       }
 962
 963       if (viewport != null)
 964       {
 965         new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE,
 966                 format);
 967       }
 968       else
 969       {
 970         new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);
 971       }
 972     }
 973   }
 974
 975   /**
 976    * DOCUMENT ME!
 977    *
 978    * @param e
 979    *          DOCUMENT ME!
 980    */
 981   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 982   {
 983     // This construct allows us to have a wider textfield
 984     // for viewing
 985     JLabel label = new JLabel(
 986             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
 987     final JComboBox history = new JComboBox();
 988
 989     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
 990     panel.add(label);
 991     panel.add(history);
 992     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
 993     history.setEditable(true);
 994     history.addItem("http://www.");
 995
 996     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
 997
 998     StringTokenizer st;
 999
1000     if (historyItems != null)
1001     {
1002       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
1003
1004       while (st.hasMoreTokens())
1005       {
1006         history.addItem(st.nextElement());
1007       }
1008     }
1009
1010     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
1011             MessageManager.getString("label.input_alignment_from_url"),
1012             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
1013
1014     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
1015     {
1016       return;
1017     }
1018
1019     String url = history.getSelectedItem().toString();
1020
1021     if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
1022     {
1023       if (viewport != null)
1024       {
1025         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL,
1026                 "Jalview");
1027       }
1028       else
1029       {
1030         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
1031       }
1032     }
1033     else
1034     {
1035       String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);
1036
1037       if (format.equals("URL NOT FOUND"))
1038       {
1039         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1040                 MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate", new String[]{url}), MessageManager.getString("label.url_not_found"),
1041                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1042
1043         return;
1044       }
1045
1046       if (viewport != null)
1047       {
1048         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);
1049       }
1050       else
1051       {
1052         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);
1053       }
1054     }
1055   }
1056
1057   /**
1058    * DOCUMENT ME!
1059    *
1060    * @param e
1061    *          DOCUMENT ME!
1062    */
1063   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1064   {
1065     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1066     cap.setForInput(viewport);
1067     Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"), 600, 500);
1068   }
1069
1070   /*
1071    * Exit the program
1072    */
1073   public void quit()
1074   {
1075     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1076     jalview.bin.Cache
1077             .setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH", screen.width + "");
1078     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT", screen.height
1079             + "");
1080     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x,
1081             getBounds().y, getWidth(), getHeight()));
1082
1083     if (jconsole != null)
1084     {
1085       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1086       jconsole.stopConsole();
1087     }
1088     if (jvnews != null)
1089     {
1090       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1091
1092     }
1093     if (dialogExecutor != null)
1094     {
1095       dialogExecutor.shutdownNow();
1096     }
1097
1098     System.exit(0);
1099   }
1100
1101   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1102   {
1103     jalview.bin.Cache.log.debug("Storing last known dimensions for "
1104             + string + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1105             + " height:" + jc.height);
1106
1107     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1108     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1109     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1110     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1111   }
1112
1113   /**
1114    * DOCUMENT ME!
1115    *
1116    * @param e
1117    *          DOCUMENT ME!
1118    */
1119   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1120   {
1121     // StringBuffer message = getAboutMessage(false);
1122     // JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1123     //
1124     // message.toString(), "About Jalview", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1125     new Thread(new Runnable()
1126     {
1127       public void run()
1128       {
1129         new SplashScreen(true);
1130       }
1131     }).start();
1132   }
1133
1134   public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
1135   {
1136     StringBuffer message = new StringBuffer();
1137     message.append("<html>");
1138     if (shortv)
1139     {
1140       message.append("<h1><strong>Version: "
1141               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1142               + "</strong></h1>");
1143       message.append("<strong>Last Updated: <em>"
1144               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
1145               + "</em></strong>");
1146
1147     }
1148     else
1149     {
1150
1151       message.append("<strong>Version "
1152               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1153               + "; last updated: "
1154               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1155     }
1156
1157     if (jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking").equals(
1158             "Checking"))
1159     {
1160       message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1161     }
1162     else if (!jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1163             .equals(jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
1164     {
1165       boolean red = false;
1166       if (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1167               .indexOf("automated build") == -1)
1168       {
1169         red = true;
1170         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1171         // version is not a development build
1172         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1173       }
1174
1175       message.append("<br>!! Version "
1176               + jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
1177                       "..Checking..")
1178               + " is available for download from "
1179               + jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
1180                       "http://www.jalview.org") + " !!");
1181       if (red)
1182       {
1183         message.append("</div>");
1184       }
1185     }
1186     message.append("<br>Authors:  "
1187             + jalview.bin.Cache
1188                     .getDefault(
1189                             "AUTHORFNAMES",
1190                             "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)")
1191             + "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
1192             + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
1193             + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
1194             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
1195             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
1196             + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
1197             + "</html>");
1198     return message;
1199   }
1200
1201   /**
1202    * DOCUMENT ME!
1203    *
1204    * @param e
1205    *          DOCUMENT ME!
1206    */
1207   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1208   {
1209     try
1210     {
1211       Help.showHelpWindow();
1212     } catch (Exception ex)
1213     {
1214     }
1215   }
1216
1217   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1218   {
1219     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1220     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1221     {
1222       try
1223       {
1224         frames[i].setClosed(true);
1225       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1226       {
1227       }
1228     }
1229     System.out.println("ALL CLOSED");
1230     if (v_client != null)
1231     {
1232       // TODO clear binding to vamsas document objects on close_all
1233
1234     }
1235   }
1236
1237   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1238   {
1239     reorderAssociatedWindows(false, false);
1240   }
1241
1242   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1243   {
1244     reorderAssociatedWindows(true, false);
1245   }
1246
1247   void closeAssociatedWindows()
1248   {
1249     reorderAssociatedWindows(false, true);
1250   }
1251
1252   /*
1253    * (non-Javadoc)
1254    *
1255    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1256    * ActionEvent)
1257    */
1258   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1259   {
1260     // We simply collect the garbage
1261     jalview.bin.Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1262     System.gc();
1263     jalview.bin.Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1264   }
1265
1266   /*
1267    * (non-Javadoc)
1268    *
1269    * @see
1270    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1271    * )
1272    */
1273   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1274   {
1275     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1276   }
1277
1278   /*
1279    * (non-Javadoc)
1280    *
1281    * @see
1282    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1283    * )
1284    */
1285   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1286   {
1287     showConsole(showConsole.isSelected());
1288   }
1289
1290   Console jconsole = null;
1291
1292   /**
1293    * control whether the java console is visible or not
1294    *
1295    * @param selected
1296    */
1297   void showConsole(boolean selected)
1298   {
1299     showConsole.setSelected(selected);
1300     // TODO: decide if we should update properties file
1301     Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE", Boolean.valueOf(selected)
1302             .toString());
1303     jconsole.setVisible(selected);
1304   }
1305
1306   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1307   {
1308     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1309     if (frames == null || frames.length < 1)
1310     {
1311       return;
1312     }
1313
1314     AlignViewport source = null, target = null;
1315     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1316     {
1317       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1318     }
1319     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1320     {
1321       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1322     }
1323     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1324     {
1325       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1326     }
1327     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1328     {
1329       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1330     }
1331
1332     if (source != null)
1333     {
1334       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1335       {
1336         target = null;
1337         if (frames[i] == null)
1338         {
1339           continue;
1340         }
1341         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1342         {
1343           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1344         }
1345         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1346         {
1347           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1348         }
1349         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1350         {
1351           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1352         }
1353         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1354         {
1355           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1356         }
1357
1358         if (source == target)
1359         {
1360           try
1361           {
1362             if (close)
1363             {
1364               frames[i].setClosed(true);
1365             }
1366             else
1367             {
1368               frames[i].setIcon(minimize);
1369               if (!minimize)
1370               {
1371                 frames[i].toFront();
1372               }
1373             }
1374
1375           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1376           {
1377           }
1378         }
1379       }
1380     }
1381   }
1382
1383   /**
1384    * DOCUMENT ME!
1385    *
1386    * @param e
1387    *          DOCUMENT ME!
1388    */
1389   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1390   {
1391     new Preferences();
1392   }
1393
1394   /**
1395    * DOCUMENT ME!
1396    *
1397    * @param e
1398    *          DOCUMENT ME!
1399    */
1400   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
1401   {
1402     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1403             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
1404             { "jvp" }, new String[]
1405             { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
1406
1407     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1408     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1409
1410     int value = chooser.showSaveDialog(this);
1411
1412     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1413     {
1414       final Desktop me = this;
1415       final java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
1416       new Thread(new Runnable()
1417       {
1418         public void run()
1419         {
1420
1421           setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.saving_jalview_project", new String[]{choice.getName()}),
1422                   choice.hashCode());
1423           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1424                   choice.getParent());
1425           // TODO catch and handle errors for savestate
1426           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1427           try
1428           {
1429             new Jalview2XML().SaveState(choice);
1430           } catch (OutOfMemoryError oom)
1431           {
1432             new OOMWarning("Whilst saving current state to "
1433                     + choice.getName(), oom);
1434           } catch (Exception ex)
1435           {
1436             Cache.log.error(
1437                     "Problems whilst trying to save to " + choice.getName(),
1438                     ex);
1439             JOptionPane.showMessageDialog(
1440                     me,
1441                     MessageManager.formatMessage("label.error_whilst_saving_current_state_to", new String[]{ choice.getName()}),
1442                     MessageManager.getString("label.couldnt_save_project"),
1443                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1444           }
1445           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1446         }
1447       }).start();
1448     }
1449   }
1450
1451   /**
1452    * DOCUMENT ME!
1453    *
1454    * @param e
1455    *          DOCUMENT ME!
1456    */
1457   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
1458   {
1459     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1460             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
1461             { "jvp", "jar" }, new String[]
1462             { "Jalview Project", "Jalview Project (old)" },
1463             "Jalview Project");
1464     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1465     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1466
1467     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1468
1469     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1470     {
1471       final String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
1472       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
1473               .getSelectedFile().getParent());
1474       new Thread(new Runnable()
1475       {
1476         public void run()
1477         {
1478           setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.loading_jalview_project", new String[]{choice}),
1479                   choice.hashCode());
1480           try
1481           {
1482             new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(choice);
1483           } catch (OutOfMemoryError oom)
1484           {
1485             new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1486           } catch (Exception ex)
1487           {
1488             Cache.log.error("Problems whilst loading project from "
1489                     + choice, ex);
1490             JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
1491                         MessageManager.formatMessage("label.error_whilst_loading_project_from", new String[]{choice}),
1492                     MessageManager.getString("label.couldnt_load_project"), JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1493           }
1494           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1495         }
1496       }).start();
1497     }
1498   }
1499
1500   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1501   {
1502     new SequenceFetcher(this);
1503   }
1504
1505   JPanel progressPanel;
1506
1507   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<JPanel>();
1508
1509   public void startLoading(final String fileName)
1510   {
1511     if (fileLoadingCount == 0)
1512     {
1513       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager.formatMessage("label.loading_file", new String[]{fileName})));
1514     }
1515     fileLoadingCount++;
1516   }
1517
1518   private JPanel addProgressPanel(String string)
1519   {
1520     if (progressPanel == null)
1521     {
1522       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1523       totalProgressCount = 0;
1524       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1525     }
1526     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1527     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1528     progressBar.setIndeterminate(true);
1529
1530     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1531
1532     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1533     progressPanel.add(thisprogress);
1534     ((GridLayout) progressPanel.getLayout())
1535             .setRows(((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1536     ++totalProgressCount;
1537     instance.validate();
1538     return thisprogress;
1539   }
1540
1541   int totalProgressCount = 0;
1542
1543   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1544   {
1545     if (progressPanel != null)
1546     {
1547       synchronized (progressPanel)
1548       {
1549         progressPanel.remove(progbar);
1550         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1551         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1552         if (--totalProgressCount < 1)
1553         {
1554           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1555           progressPanel = null;
1556         }
1557       }
1558     }
1559     validate();
1560   }
1561
1562   public void stopLoading()
1563   {
1564     fileLoadingCount--;
1565     if (fileLoadingCount < 1)
1566     {
1567       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1568       {
1569         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1570       }
1571       fileLoadingPanels.clear();
1572       fileLoadingCount = 0;
1573     }
1574     validate();
1575   }
1576
1577   public static int getViewCount(String alignmentId)
1578   {
1579     AlignViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1580     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1581   }
1582
1583   /**
1584    *
1585    * @param alignmentId
1586    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1587    */
1588   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1589   {
1590     int count = 0;
1591     if (Desktop.desktop == null)
1592     {
1593       // no frames created and in headless mode
1594       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1595       return null;
1596     }
1597     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
1598     ArrayList aps = new ArrayList();
1599     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1600     {
1601       if (frames[t] instanceof AlignFrame)
1602       {
1603         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
1604         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
1605         {
1606           if (alignmentId.equals(((AlignmentPanel) af.alignPanels
1607                   .elementAt(a)).av.getSequenceSetId()))
1608           {
1609             aps.add(af.alignPanels.elementAt(a));
1610           }
1611         }
1612       }
1613     }
1614     if (aps.size() == 0)
1615     {
1616       return null;
1617     }
1618     AlignmentPanel[] vap = new AlignmentPanel[aps.size()];
1619     for (int t = 0; t < vap.length; t++)
1620     {
1621       vap[t] = (AlignmentPanel) aps.get(t);
1622     }
1623     return vap;
1624   }
1625
1626   /**
1627    * get all the viewports on an alignment.
1628    *
1629    * @param sequenceSetId
1630    *          unique alignment id
1631    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1632    */
1633   public static AlignViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1634   {
1635     Vector viewp = new Vector();
1636     if (desktop != null)
1637     {
1638       javax.swing.JInternalFrame[] frames = instance.getAllFrames();
1639
1640       for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1641       {
1642         if (frames[t] instanceof AlignFrame)
1643         {
1644           AlignFrame afr = ((AlignFrame) frames[t]);
1645           if (afr.getViewport().getSequenceSetId().equals(sequenceSetId))
1646           {
1647             if (afr.alignPanels != null)
1648             {
1649               for (int a = 0; a < afr.alignPanels.size(); a++)
1650               {
1651                 if (sequenceSetId.equals(((AlignmentPanel) afr.alignPanels
1652                         .elementAt(a)).av.getSequenceSetId()))
1653                 {
1654                   viewp.addElement(((AlignmentPanel) afr.alignPanels
1655                           .elementAt(a)).av);
1656                 }
1657               }
1658             }
1659             else
1660             {
1661               viewp.addElement(((AlignFrame) frames[t]).getViewport());
1662             }
1663           }
1664         }
1665       }
1666       if (viewp.size() > 0)
1667       {
1668         AlignViewport[] vp = new AlignViewport[viewp.size()];
1669         viewp.copyInto(vp);
1670         return vp;
1671       }
1672     }
1673     return null;
1674   }
1675
1676   public void explodeViews(AlignFrame af)
1677   {
1678     int size = af.alignPanels.size();
1679     if (size < 2)
1680     {
1681       return;
1682     }
1683
1684     for (int i = 0; i < size; i++)
1685     {
1686       AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(i);
1687       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
1688       if (ap.av.explodedPosition != null
1689               && !ap.av.explodedPosition.equals(af.getBounds()))
1690       {
1691         newaf.setBounds(ap.av.explodedPosition);
1692       }
1693
1694       ap.av.gatherViewsHere = false;
1695
1696       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
1697               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
1698     }
1699
1700     af.alignPanels.clear();
1701     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1702
1703   }
1704
1705   public void gatherViews(AlignFrame source)
1706   {
1707     source.viewport.gatherViewsHere = true;
1708     source.viewport.explodedPosition = source.getBounds();
1709     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1710     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
1711
1712     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1713     {
1714       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
1715       {
1716         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
1717         boolean gatherThis = false;
1718         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
1719         {
1720           AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(a);
1721           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1722           {
1723             gatherThis = true;
1724             ap.av.gatherViewsHere = false;
1725             ap.av.explodedPosition = af.getBounds();
1726             source.addAlignmentPanel(ap, false);
1727           }
1728         }
1729
1730         if (gatherThis)
1731         {
1732           af.alignPanels.clear();
1733           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1734         }
1735       }
1736     }
1737
1738   }
1739
1740   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
1741
1742   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
1743   {
1744     if (v_client == null)
1745     {
1746       // Load and try to start a session.
1747       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1748               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1749
1750       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1751       chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.open_saved_vamsas_session"));
1752       chooser.setToolTipText(MessageManager
1753               .getString("label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session"));
1754
1755       int value = chooser.showOpenDialog(this);
1756
1757       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1758       {
1759         String fle = chooser.getSelectedFile().toString();
1760         if (!vamsasImport(chooser.getSelectedFile()))
1761         {
1762           JOptionPane
1763                   .showInternalMessageDialog(
1764                           Desktop.desktop,
1765                           MessageManager.formatMessage(
1766                                   "label.couldnt_import_as_vamsas_session",
1767                                   new String[]
1768                                   { fle }),
1769                           MessageManager
1770                                   .getString("label.vamsas_document_import_failed"),
1771                           JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1772         }
1773       }
1774     }
1775     else
1776     {
1777       jalview.bin.Cache.log
1778               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1779     }
1780   }
1781
1782   /**
1783    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1784    *
1785    * @param file
1786    * @return true if import was a success and a session was started.
1787    */
1788   public boolean vamsasImport(URL url)
1789   {
1790     // TODO: create progress bar
1791     if (v_client != null)
1792     {
1793
1794       jalview.bin.Cache.log
1795               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1796       return false;
1797     }
1798
1799     try
1800     {
1801       // copy the URL content to a temporary local file
1802       // TODO: be a bit cleverer here with nio (?!)
1803       File file = File.createTempFile("vdocfromurl", ".vdj");
1804       FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file);
1805       BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(url.openStream());
1806       byte[] buffer = new byte[2048];
1807       int ln;
1808       while ((ln = bis.read(buffer)) > -1)
1809       {
1810         fos.write(buffer, 0, ln);
1811       }
1812       bis.close();
1813       fos.close();
1814       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file,
1815               url.toExternalForm());
1816     } catch (Exception ex)
1817     {
1818       jalview.bin.Cache.log.error(
1819               "Failed to create new vamsas session from contents of URL "
1820                       + url, ex);
1821       return false;
1822     }
1823     setupVamsasConnectedGui();
1824     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
1825     return v_client.inSession();
1826   }
1827
1828   /**
1829    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1830    *
1831    * @param file
1832    * @return true if import was a success and a session was started.
1833    */
1834   public boolean vamsasImport(File file)
1835   {
1836     if (v_client != null)
1837     {
1838
1839       jalview.bin.Cache.log
1840               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1841       return false;
1842     }
1843
1844     setProgressBar(MessageManager.formatMessage("status.importing_vamsas_session_from", new String[]{file.getName()}),
1845             file.hashCode());
1846     try
1847     {
1848       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file, null);
1849     } catch (Exception ex)
1850     {
1851         setProgressBar(MessageManager.formatMessage("status.importing_vamsas_session_from", new String[]{file.getName()}),
1852                 file.hashCode());
1853       jalview.bin.Cache.log.error(
1854               "New vamsas session from existing session file failed:", ex);
1855       return false;
1856     }
1857     setupVamsasConnectedGui();
1858     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
1859     setProgressBar(MessageManager.formatMessage("status.importing_vamsas_session_from", new String[]{file.getName()}),
1860             file.hashCode());
1861     return v_client.inSession();
1862   }
1863
1864   public boolean joinVamsasSession(String mysesid)
1865   {
1866     if (v_client != null)
1867     {
1868       throw new Error(MessageManager.getString("error.try_join_vamsas_session_another"));
1869     }
1870     if (mysesid == null)
1871     {
1872       throw new Error(MessageManager.getString("error.invalid_vamsas_session_id"));
1873     }
1874     v_client = new VamsasApplication(this, mysesid);
1875     setupVamsasConnectedGui();
1876     v_client.initial_update();
1877     return (v_client.inSession());
1878   }
1879
1880   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
1881   {
1882     if (v_client == null)
1883     {
1884       // Start a session.
1885       // we just start a default session for moment.
1886       /*
1887        * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
1888        * getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1889        *
1890        * chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1891        * chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
1892        * chooser.setToolTipText("Import");
1893        *
1894        * int value = chooser.showOpenDialog(this);
1895        *
1896        * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { v_client = new
1897        * jalview.gui.VamsasApplication(this, chooser.getSelectedFile());
1898        */
1899       v_client = new VamsasApplication(this);
1900       setupVamsasConnectedGui();
1901       v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
1902     }
1903     else
1904     {
1905       // store current data in session.
1906       v_client.push_update(); // TODO: thread
1907     }
1908   }
1909
1910   protected void setupVamsasConnectedGui()
1911   {
1912     vamsasStart.setText(MessageManager.getString("label.session_update"));
1913     vamsasSave.setVisible(true);
1914     vamsasStop.setVisible(true);
1915     vamsasImport.setVisible(false); // Document import to existing session is
1916     // not possible for vamsas-client-1.0.
1917   }
1918
1919   protected void setupVamsasDisconnectedGui()
1920   {
1921     vamsasSave.setVisible(false);
1922     vamsasStop.setVisible(false);
1923     vamsasImport.setVisible(true);
1924     vamsasStart.setText(MessageManager
1925             .getString("label.new_vamsas_session"));
1926   }
1927
1928   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
1929   {
1930     if (v_client != null)
1931     {
1932       v_client.end_session();
1933       v_client = null;
1934       setupVamsasDisconnectedGui();
1935     }
1936   }
1937
1938   protected void buildVamsasStMenu()
1939   {
1940     if (v_client == null)
1941     {
1942       String[] sess = null;
1943       try
1944       {
1945         sess = VamsasApplication.getSessionList();
1946       } catch (Exception e)
1947       {
1948         jalview.bin.Cache.log.warn(
1949                 "Problem getting current sessions list.", e);
1950         sess = null;
1951       }
1952       if (sess != null)
1953       {
1954         jalview.bin.Cache.log.debug("Got current sessions list: "
1955                 + sess.length + " entries.");
1956         VamsasStMenu.removeAll();
1957         for (int i = 0; i < sess.length; i++)
1958         {
1959           JMenuItem sessit = new JMenuItem();
1960           sessit.setText(sess[i]);
1961           sessit.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
1962                   "label.connect_to_session", new String[]
1963                   { sess[i] }));
1964           final Desktop dsktp = this;
1965           final String mysesid = sess[i];
1966           sessit.addActionListener(new ActionListener()
1967           {
1968
1969             public void actionPerformed(ActionEvent e)
1970             {
1971               if (dsktp.v_client == null)
1972               {
1973                 Thread rthr = new Thread(new Runnable()
1974                 {
1975
1976                   public void run()
1977                   {
1978                     dsktp.v_client = new VamsasApplication(dsktp, mysesid);
1979                     dsktp.setupVamsasConnectedGui();
1980                     dsktp.v_client.initial_update();
1981                   }
1982
1983                 });
1984                 rthr.start();
1985               }
1986             };
1987           });
1988           VamsasStMenu.add(sessit);
1989         }
1990         // don't show an empty menu.
1991         VamsasStMenu.setVisible(sess.length > 0);
1992
1993       }
1994       else
1995       {
1996         jalview.bin.Cache.log.debug("No current vamsas sessions.");
1997         VamsasStMenu.removeAll();
1998         VamsasStMenu.setVisible(false);
1999       }
2000     }
2001     else
2002     {
2003       // Not interested in the content. Just hide ourselves.
2004       VamsasStMenu.setVisible(false);
2005     }
2006   }
2007
2008   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
2009   {
2010     if (v_client != null)
2011     {
2012       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
2013               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
2014               { "vdj" }, // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
2015               new String[]
2016               { "Vamsas Document" }, "Vamsas Document");
2017
2018       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2019       chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_vamsas_document_archive"));
2020
2021       int value = chooser.showSaveDialog(this);
2022
2023       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2024       {
2025         java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
2026         JPanel progpanel = addProgressPanel(MessageManager.formatMessage("label.saving_vamsas_doc", new String[]{choice.getName()}));
2027         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
2028         String warnmsg = null;
2029         String warnttl = null;
2030         try
2031         {
2032           v_client.vclient.storeDocument(choice);
2033         } catch (Error ex)
2034         {
2035           warnttl = "Serious Problem saving Vamsas Document";
2036           warnmsg = ex.toString();
2037           jalview.bin.Cache.log.error("Error Whilst saving document to "
2038                   + choice, ex);
2039
2040         } catch (Exception ex)
2041         {
2042           warnttl = "Problem saving Vamsas Document.";
2043           warnmsg = ex.toString();
2044           jalview.bin.Cache.log.warn("Exception Whilst saving document to "
2045                   + choice, ex);
2046
2047         }
2048         removeProgressPanel(progpanel);
2049         if (warnmsg != null)
2050         {
2051           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2052
2053           warnmsg, warnttl, JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2054         }
2055       }
2056     }
2057   }
2058
2059   JPanel vamUpdate = null;
2060
2061   /**
2062    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
2063    *
2064    * @param b
2065    *          true to hide gui, false to reveal gui
2066    */
2067   public void setVamsasUpdate(boolean b)
2068   {
2069     jalview.bin.Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "
2070             + (b ? "in progress" : "finished"));
2071
2072     if (vamUpdate != null)
2073     {
2074       this.removeProgressPanel(vamUpdate);
2075     }
2076     if (b)
2077     {
2078       vamUpdate = this.addProgressPanel(MessageManager.getString("label.updating_vamsas_session"));
2079     }
2080     vamsasStart.setVisible(!b);
2081     vamsasStop.setVisible(!b);
2082     vamsasSave.setVisible(!b);
2083   }
2084
2085   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2086   {
2087     return desktop.getAllFrames();
2088   }
2089
2090   /**
2091    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2092    * should be informed of a new questionnaire.
2093    *
2094    * @param url
2095    */
2096   public void checkForQuestionnaire(String url)
2097   {
2098     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2099     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2100     new Thread(jvq).start();
2101   }
2102
2103   /**
2104    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2105    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs
2106    * low.
2107    *
2108    * @author AMW
2109    */
2110   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
2111   {
2112
2113     boolean showMemoryUsage = false;
2114
2115     Runtime runtime;
2116
2117     java.text.NumberFormat df;
2118
2119     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2120             percentUsage;
2121
2122     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2123     {
2124       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2125     }
2126
2127     public void showMemoryUsage(boolean showMemoryUsage)
2128     {
2129       this.showMemoryUsage = showMemoryUsage;
2130       if (showMemoryUsage)
2131       {
2132         Thread worker = new Thread(this);
2133         worker.start();
2134       }
2135     }
2136
2137     public boolean isShowMemoryUsage()
2138     {
2139       return showMemoryUsage;
2140     }
2141
2142     public void run()
2143     {
2144       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2145       df.setMaximumFractionDigits(2);
2146       runtime = Runtime.getRuntime();
2147
2148       while (showMemoryUsage)
2149       {
2150         try
2151         {
2152           maxMemory = runtime.maxMemory() / 1048576f;
2153           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / 1048576f;
2154           freeMemory = runtime.freeMemory() / 1048576f;
2155           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2156
2157           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2158
2159           // if (percentUsage < 20)
2160           {
2161             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2162             // Color.red);
2163             // instance.set.setBorder(border1);
2164           }
2165           repaint();
2166           // sleep after showing usage
2167           Thread.sleep(3000);
2168         } catch (Exception ex)
2169         {
2170           ex.printStackTrace();
2171         }
2172       }
2173     }
2174
2175     public void paintComponent(Graphics g)
2176     {
2177       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2178       {
2179         if (percentUsage < 20)
2180         {
2181           g.setColor(Color.red);
2182         }
2183         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2184         if (fm != null)
2185         {
2186           g.drawString(MessageManager.formatMessage(
2187                   "label.memory_stats",
2188                   new String[]
2189                   { df.format(totalFreeMemory), df.format(maxMemory),
2190                       df.format(percentUsage) }), 10,
2191                   getHeight() - fm.getHeight());
2192         }
2193       }
2194     }
2195   }
2196
2197   /**
2198    * fixes stacking order after a modal dialog to ensure windows that should be
2199    * on top actually are
2200    */
2201   public void relayerWindows()
2202   {
2203
2204   }
2205
2206   protected JMenuItem groovyShell;
2207
2208   public void doGroovyCheck()
2209   {
2210     if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
2211     {
2212       groovyShell = new JMenuItem();
2213       groovyShell.setText(MessageManager.getString("label.groovy_console"));
2214       groovyShell.addActionListener(new ActionListener()
2215       {
2216         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2217         {
2218           groovyShell_actionPerformed(e);
2219         }
2220       });
2221       toolsMenu.add(groovyShell);
2222       groovyShell.setVisible(true);
2223     }
2224   }
2225
2226   /**
2227    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2228    */
2229   public static AlignFrame[] getAlignframes()
2230   {
2231     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2232
2233     if (frames == null)
2234     {
2235       return null;
2236     }
2237     Vector avp = new Vector();
2238     try
2239     {
2240       // REVERSE ORDER
2241       for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2242       {
2243         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2244         {
2245           AlignFrame af = (AlignFrame) frames[i];
2246           avp.addElement(af);
2247         }
2248       }
2249     } catch (Exception ex)
2250     {
2251       ex.printStackTrace();
2252     }
2253     if (avp.size() == 0)
2254     {
2255       return null;
2256     }
2257     AlignFrame afs[] = new AlignFrame[avp.size()];
2258     for (int i = 0, j = avp.size(); i < j; i++)
2259     {
2260       afs[i] = (AlignFrame) avp.elementAt(i);
2261     }
2262     avp.clear();
2263     return afs;
2264   }
2265
2266   public AppJmol[] getJmols()
2267   {
2268     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2269
2270     if (frames == null)
2271     {
2272       return null;
2273     }
2274     Vector avp = new Vector();
2275     try
2276     {
2277       // REVERSE ORDER
2278       for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2279       {
2280         if (frames[i] instanceof AppJmol)
2281         {
2282           AppJmol af = (AppJmol) frames[i];
2283           avp.addElement(af);
2284         }
2285       }
2286     } catch (Exception ex)
2287     {
2288       ex.printStackTrace();
2289     }
2290     if (avp.size() == 0)
2291     {
2292       return null;
2293     }
2294     AppJmol afs[] = new AppJmol[avp.size()];
2295     for (int i = 0, j = avp.size(); i < j; i++)
2296     {
2297       afs[i] = (AppJmol) avp.elementAt(i);
2298     }
2299     avp.clear();
2300     return afs;
2301   }
2302
2303   /**
2304    * Add Groovy Support to Jalview
2305    */
2306   public void groovyShell_actionPerformed(ActionEvent e)
2307   {
2308     // use reflection to avoid creating compilation dependency.
2309     if (!jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
2310     {
2311       throw new Error(MessageManager.getString("error.implementation_error_cannot_create_groovyshell"));
2312     }
2313     try
2314     {
2315       Class gcClass = Desktop.class.getClassLoader().loadClass(
2316               "groovy.ui.Console");
2317       Constructor gccons = gcClass.getConstructor(null);
2318       java.lang.reflect.Method setvar = gcClass.getMethod("setVariable",
2319               new Class[]
2320               { String.class, Object.class });
2321       java.lang.reflect.Method run = gcClass.getMethod("run", null);
2322       Object gc = gccons.newInstance(null);
2323       setvar.invoke(gc, new Object[]
2324       { "Jalview", this });
2325       run.invoke(gc, null);
2326     } catch (Exception ex)
2327     {
2328       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2329       JOptionPane
2330               .showInternalMessageDialog(
2331                       Desktop.desktop,
2332
2333                       MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2334                       MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2335                       JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2336     }
2337   }
2338
2339   /**
2340    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2341    */
2342   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2343
2344   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2345
2346   /*
2347    * (non-Javadoc)
2348    *
2349    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2350    */
2351   public void setProgressBar(String message, long id)
2352   {
2353     if (progressBars == null)
2354     {
2355       progressBars = new Hashtable<Long, JPanel>();
2356       progressBarHandlers = new Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler>();
2357     }
2358
2359     if (progressBars.get(new Long(id)) != null)
2360     {
2361       JPanel progressPanel = progressBars.remove(new Long(id));
2362       if (progressBarHandlers.contains(new Long(id)))
2363       {
2364         progressBarHandlers.remove(new Long(id));
2365       }
2366       removeProgressPanel(progressPanel);
2367     }
2368     else
2369     {
2370       progressBars.put(new Long(id), addProgressPanel(message));
2371     }
2372   }
2373
2374   /*
2375    * (non-Javadoc)
2376    *
2377    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2378    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2379    */
2380   public void registerHandler(final long id,
2381           final IProgressIndicatorHandler handler)
2382   {
2383     if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(new Long(id)))
2384     {
2385       throw new Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2386     }
2387     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
2388     final JPanel progressPanel = progressBars.get(new Long(id));
2389     if (handler.canCancel())
2390     {
2391       JButton cancel = new JButton(
2392               MessageManager.getString("action.cancel"));
2393       final IProgressIndicator us = this;
2394       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2395       {
2396
2397         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2398         {
2399           handler.cancelActivity(id);
2400           us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params", new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
2401         }
2402       });
2403       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2404     }
2405   }
2406
2407   /**
2408    *
2409    * @return true if any progress bars are still active
2410    */
2411   @Override
2412   public boolean operationInProgress()
2413   {
2414     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2415     {
2416       return true;
2417     }
2418     return false;
2419   }
2420
2421   /**
2422    * This will return the first AlignFrame viewing AlignViewport av. It will
2423    * break if there are more than one AlignFrames viewing a particular av. This
2424    *
2425    * @param av
2426    * @return alignFrame for av
2427    */
2428   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewport av)
2429   {
2430     if (desktop != null)
2431     {
2432       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(av.getSequenceSetId());
2433       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2434       {
2435         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == av)
2436         {
2437           return aps[panel].alignFrame;
2438         }
2439       }
2440     }
2441     return null;
2442   }
2443
2444   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2445   {
2446     return v_client;
2447
2448   }
2449
2450   /**
2451    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
2452    */
2453   private boolean inBatchMode = false;
2454
2455   /**
2456    * check if jalview GUI is being operated programmatically
2457    *
2458    * @return inBatchMode
2459    */
2460   public boolean isInBatchMode()
2461   {
2462     return inBatchMode;
2463   }
2464
2465   /**
2466    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
2467    *
2468    * @param inBatchMode
2469    */
2470   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
2471   {
2472     this.inBatchMode = inBatchMode;
2473   }
2474
2475   public void startServiceDiscovery()
2476   {
2477     startServiceDiscovery(false);
2478   }
2479
2480   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
2481   {
2482     boolean alive = true;
2483     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
2484     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
2485     if (true)
2486     {
2487       // todo: changesupport handlers need to be transferred
2488       if (discoverer == null)
2489       {
2490         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
2491         // register PCS handler for desktop.
2492         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
2493       }
2494       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
2495       // until we phase out completely
2496       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
2497     }
2498
2499     // ENFIN services are EOLed as of Jalview 2.8.1 release
2500     if (false)
2501     {
2502       try
2503       {
2504         if (Cache.getDefault("SHOW_ENFIN_SERVICES", true))
2505         {
2506           // EnfinEnvision web service menu entries are rebuild every time the
2507           // menu is shown, so no changeSupport events are needed.
2508           jalview.ws.EnfinEnvision2OneWay.getInstance();
2509           (t1 = new Thread(jalview.ws.EnfinEnvision2OneWay.getInstance()))
2510                   .start();
2511         }
2512       } catch (Exception e)
2513       {
2514         Cache.log
2515                 .info("Exception when trying to launch Envision2 workflow discovery.",
2516                         e);
2517         Cache.log.info(e.getStackTrace());
2518       }
2519     }
2520
2521     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
2522     {
2523       if (jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().isRunning())
2524       {
2525         jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().setAborted(true);
2526       }
2527       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().startDiscoverer(
2528               changeSupport);
2529
2530     }
2531     Thread t3 = null;
2532     {
2533       // TODO: do rest service discovery
2534     }
2535     if (blocking)
2536     {
2537       while (alive)
2538       {
2539         try
2540         {
2541           Thread.sleep(15);
2542         } catch (Exception e)
2543         {
2544         }
2545         alive = (t1 != null && t1.isAlive())
2546                 || (t2 != null && t2.isAlive())
2547                 || (t3 != null && t3.isAlive())
2548                 || (t0 != null && t0.isAlive());
2549       }
2550     }
2551   }
2552
2553   /**
2554    * called to check if the service discovery process completed successfully.
2555    *
2556    * @param evt
2557    */
2558   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
2559   {
2560     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
2561     {
2562       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2563               .getErrorMessages();
2564       if (ermsg != null)
2565       {
2566         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
2567         {
2568           if (serviceChangedDialog == null)
2569           {
2570             // only run if we aren't already displaying one of these.
2571             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
2572             {
2573               public void run()
2574               {
2575
2576                 /*
2577                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
2578                  *
2579                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
2580                  * Auto-generated method stub
2581                  *
2582                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
2583                  * Auto-generated method stub
2584                  *
2585                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
2586                  * Auto-generated method stub
2587                  *
2588                  * } }; jd.initDialogFrame(new
2589                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
2590                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
2591                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
2592                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
2593                  * +
2594                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
2595                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
2596                  * 400);
2597                  *
2598                  * jd.waitForInput();
2599                  */
2600                 JOptionPane
2601                         .showConfirmDialog(
2602                                 Desktop.desktop,
2603                                 new JLabel(
2604                                         "<html><table width=\"450\"><tr><td>"
2605                                                 + ermsg
2606                                                 + "</td></tr></table>"
2607                                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
2608                                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
2609                                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
2610                                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
2611                                 "Web Service Configuration Problem",
2612                                 JOptionPane.DEFAULT_OPTION,
2613                                 JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2614                 serviceChangedDialog = null;
2615
2616               }
2617             });
2618           }
2619         }
2620         else
2621         {
2622           Cache.log
2623                   .error("Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
2624                           + ermsg);
2625         }
2626       }
2627     }
2628   }
2629
2630   private Runnable serviceChangedDialog = null;
2631
2632   /**
2633    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
2634    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
2635    * to open the URL.
2636    *
2637    * @param url
2638    */
2639   public static void showUrl(final String url)
2640   {
2641     showUrl(url, Desktop.instance);
2642   }
2643
2644   /**
2645    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
2646    *
2647    * @param url
2648    * @param progress
2649    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
2650    */
2651   public static void showUrl(final String url,
2652           final IProgressIndicator progress)
2653   {
2654     new Thread(new Runnable()
2655     {
2656       public void run()
2657       {
2658         try
2659         {
2660           if (progress != null)
2661           {
2662             progress.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("status.opening_params", new String[]{url}), this.hashCode());
2663           }
2664           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
2665         } catch (Exception ex)
2666         {
2667           JOptionPane
2668                   .showInternalMessageDialog(
2669                           Desktop.desktop,
2670                           MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),
2671                           MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
2672                           JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2673
2674           ex.printStackTrace();
2675         }
2676         if (progress != null)
2677         {
2678           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
2679         }
2680       }
2681     }).start();
2682   }
2683
2684   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
2685
2686   public static ParamManager getUserParameterStore()
2687   {
2688     if (wsparamManager == null)
2689     {
2690       wsparamManager = new WsParamSetManager();
2691     }
2692     return wsparamManager;
2693   }
2694
2695   /**
2696    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
2697    *
2698    * @param e
2699    */
2700   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
2701   {
2702     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
2703     {
2704       String url = null;
2705       try
2706       {
2707         url = e.getURL().toString();
2708         Desktop.showUrl(url);
2709       } catch (Exception x)
2710       {
2711         if (url != null)
2712         {
2713           if (Cache.log != null)
2714           {
2715             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
2716           }
2717           else
2718           {
2719             System.err.println("Couldn't handle string " + url
2720                     + " as a URL.");
2721           }
2722         }
2723         // ignore any exceptions due to dud links.
2724       }
2725
2726     }
2727   }
2728
2729   /**
2730    * single thread that handles display of dialogs to user.
2731    */
2732   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
2733
2734   /**
2735    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
2736    */
2737   private volatile boolean dialogPause = true;
2738
2739   /**
2740    * pause the queue
2741    */
2742   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
2743
2744   /**
2745    * add another dialog thread to the queue
2746    *
2747    * @param prompter
2748    */
2749   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
2750   {
2751     dialogExecutor.submit(new Runnable()
2752     {
2753       public void run()
2754       {
2755         if (dialogPause)
2756         {
2757           try
2758           {
2759             block.acquire();
2760           } catch (InterruptedException x)
2761           {
2762           }
2763           ;
2764         }
2765         if (instance == null)
2766         {
2767           return;
2768         }
2769         try
2770         {
2771           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
2772         } catch (Exception q)
2773         {
2774           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
2775         }
2776       }
2777     });
2778   }
2779
2780   public void startDialogQueue()
2781   {
2782     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
2783     // the current task to begin
2784     dialogPause = false;
2785     block.release();
2786   }
2787   @Override
2788   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
2789   {
2790     invalidate();
2791     File of;
2792     ImageMaker im = new jalview.util.ImageMaker(this, ImageMaker.TYPE.EPS,
2793             "View of Desktop", getWidth(), getHeight(), of = new File(
2794                     "Jalview_snapshot" + System.currentTimeMillis()
2795                             + ".eps"), "View of desktop");
2796     try {
2797       paintAll(im.getGraphics());
2798       im.writeImage();
2799     } catch (Exception q)
2800     {
2801       Cache.log.error("Couldn't write snapshot to "+of.getAbsolutePath(),q);
2802       return;
2803     }
2804     Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "+of.getAbsolutePath());
2805   }
2806 }