pass viewport to fileloader, as we need to firepropertychange once sequences are...
[jalview.git] / src / jalview / gui / Desktop.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.gui;\r
20 \r
21 import jalview.io.*;\r
22 \r
23 import java.awt.*;\r
24 import java.awt.datatransfer.*;\r
25 import java.awt.dnd.*;\r
26 import java.awt.event.*;\r
27 import java.util.*;\r
28 \r
29 import javax.swing.*;\r
30 \r
31 \r
32 /**\r
33  * DOCUMENT ME!\r
34  *\r
35  * @author $author$\r
36  * @version $Revision$\r
37  */\r
38 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop\r
39     implements DropTargetListener, ClipboardOwner\r
40 {\r
41     /** DOCUMENT ME!! */\r
42     public static Desktop instance;\r
43     public static JDesktopPane desktop;\r
44     static int openFrameCount = 0;\r
45     static final int xOffset = 30;\r
46     static final int yOffset = 30;\r
47     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;\r
48 \r
49     public static Object [] jalviewClipboard;\r
50 \r
51 \r
52     /**\r
53      * Creates a new Desktop object.\r
54      */\r
55     public Desktop()\r
56     {\r
57         instance = this;\r
58 \r
59         Image image = null;\r
60 \r
61         try\r
62         {\r
63             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");\r
64 \r
65             if (url != null)\r
66             {\r
67                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);\r
68 \r
69                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);\r
70                 mt.addImage(image, 0);\r
71                 mt.waitForID(0);\r
72                 setIconImage(image);\r
73             }\r
74         }\r
75         catch (Exception ex)\r
76         {\r
77         }\r
78 \r
79         setTitle("Jalview "+jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));\r
80         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);\r
81         desktop = new JDesktopPane();\r
82         desktop.setBackground(Color.white);\r
83         setContentPane(desktop);\r
84         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);\r
85 \r
86         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum\r
87         // if previous window was maximised\r
88         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());\r
89 \r
90         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();\r
91         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");\r
92         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");\r
93         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");\r
94         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");\r
95 \r
96         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))\r
97         {\r
98             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),\r
99                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));\r
100         }\r
101         else\r
102         {\r
103             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,\r
104                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);\r
105         }\r
106 \r
107         this.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
108             {\r
109                 public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
110                 {\r
111                     quit();\r
112                 }\r
113             });\r
114 \r
115         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));\r
116 \r
117         /////////Add a splashscreen on startup\r
118         /////////Add a splashscreen on startup\r
119         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
120 \r
121         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);\r
122         frame.setContentPane(splash);\r
123         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
124         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),\r
125             (int) ((getHeight() - 160) / 2));\r
126 \r
127         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);\r
128 \r
129         discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.\r
130 \r
131     }\r
132 \r
133     /**\r
134      * DOCUMENT ME!\r
135      *\r
136      * @param frame DOCUMENT ME!\r
137      * @param title DOCUMENT ME!\r
138      * @param w DOCUMENT ME!\r
139      * @param h DOCUMENT ME!\r
140      */\r
141     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,\r
142         String title, int w, int h)\r
143     {\r
144         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);\r
145     }\r
146 \r
147     /**\r
148      * DOCUMENT ME!\r
149      *\r
150      * @param frame DOCUMENT ME!\r
151      * @param title DOCUMENT ME!\r
152      * @param w DOCUMENT ME!\r
153      * @param h DOCUMENT ME!\r
154      * @param resizable DOCUMENT ME!\r
155      */\r
156     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,\r
157         String title, int w, int h, boolean resizable)\r
158     {\r
159 \r
160       frame.setTitle(title);\r
161       if(frame.getWidth()<1 || frame.getHeight()<1)\r
162       {\r
163         frame.setSize(w, h);\r
164       }\r
165       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN\r
166       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN\r
167       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS\r
168       /////////////////////////////////////////////////\r
169       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
170           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
171       {\r
172         return;\r
173       }\r
174 \r
175 \r
176         openFrameCount++;\r
177 \r
178         frame.setVisible(true);\r
179         frame.setClosable(true);\r
180         frame.setResizable(resizable);\r
181         frame.setMaximizable(resizable);\r
182         frame.setIconifiable(resizable);\r
183         frame.setFrameIcon(null);\r
184 \r
185         if (frame.getX()<1 && frame.getY()<1)\r
186        {\r
187          frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * ((openFrameCount-1)%10)+yOffset);\r
188        }\r
189 \r
190         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);\r
191         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
192             {\r
193               public void internalFrameActivated(javax.swing.event.\r
194                                                  InternalFrameEvent evt)\r
195               {\r
196                 JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();\r
197                 if (itf != null)\r
198                   itf.requestFocus();\r
199 \r
200               }\r
201 \r
202                 public void internalFrameClosed(\r
203                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
204                 {\r
205                     openFrameCount--;\r
206                     windowMenu.remove(menuItem);\r
207                     JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();\r
208                        if (itf != null)\r
209                         itf.requestFocus();\r
210                 }\r
211                 ;\r
212             });\r
213 \r
214         menuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
215             {\r
216                 public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
217                 {\r
218                     try\r
219                     {\r
220                         frame.setSelected(true);\r
221                         frame.setIcon(false);\r
222                     }\r
223                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)\r
224                     {\r
225 \r
226                     }\r
227                 }\r
228             });\r
229 \r
230         windowMenu.add(menuItem);\r
231 \r
232         desktop.add(frame);\r
233         frame.toFront();\r
234         try{\r
235           frame.setSelected(true);\r
236           frame.requestFocus();\r
237         }catch(java.beans.PropertyVetoException ve)\r
238         {}\r
239     }\r
240 \r
241     public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)\r
242     {\r
243       Desktop.jalviewClipboard = null;\r
244     }\r
245 \r
246     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)\r
247     {}\r
248 \r
249     public void dragExit(DropTargetEvent evt)\r
250     {}\r
251 \r
252     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)\r
253     {}\r
254 \r
255     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)\r
256     {}\r
257 \r
258     /**\r
259      * DOCUMENT ME!\r
260      *\r
261      * @param evt DOCUMENT ME!\r
262      */\r
263     public void drop(DropTargetDropEvent evt)\r
264     {\r
265         Transferable t = evt.getTransferable();\r
266         java.util.List files = null;\r
267 \r
268         try\r
269         {\r
270           DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor("text/uri-list;class=java.lang.String");\r
271           if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))\r
272           {\r
273             //Works on Windows and MacOSX\r
274             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);\r
275             files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);\r
276           }\r
277           else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))\r
278           {\r
279             // This is used by Unix drag system\r
280             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);\r
281             String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);\r
282             files = new java.util.ArrayList(1);\r
283             for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(\r
284                 data,\r
285                 "\r\n");\r
286                  st.hasMoreTokens(); )\r
287             {\r
288               String s = st.nextToken();\r
289               if (s.startsWith("#"))\r
290               {\r
291                 // the line is a comment (as per the RFC 2483)\r
292                 continue;\r
293               }\r
294 \r
295               java.net.URI uri = new java.net.URI(s);\r
296               java.io.File file = new java.io.File(uri);\r
297               files.add(file);\r
298             }\r
299           }\r
300         }\r
301         catch (Exception e)\r
302         {\r
303           e.printStackTrace();\r
304         }\r
305 \r
306         if (files != null)\r
307         {\r
308           try\r
309           {\r
310             for (int i = 0; i < files.size(); i++)\r
311             {\r
312               String file = files.get(i).toString();\r
313               String protocol = FormatAdapter.FILE;\r
314               String format = null;\r
315 \r
316               if (file.endsWith(".jar"))\r
317               {\r
318                 format = "Jalview";\r
319 \r
320               }\r
321               else\r
322               {\r
323                 format = new IdentifyFile().Identify(file,\r
324                                                           protocol);\r
325               }\r
326 \r
327 \r
328               new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);\r
329 \r
330             }\r
331           }\r
332           catch (Exception ex)\r
333           {\r
334             ex.printStackTrace();\r
335           }\r
336         }\r
337     }\r
338 \r
339     /**\r
340      * DOCUMENT ME!\r
341      *\r
342      * @param e DOCUMENT ME!\r
343      */\r
344     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)\r
345     {\r
346         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
347                     "LAST_DIRECTORY"),\r
348                 new String[]\r
349                 {\r
350                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",\r
351                     "jar"\r
352                 },\r
353                 new String[]\r
354                 {\r
355                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"\r
356                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));\r
357 \r
358         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
359         chooser.setDialogTitle("Open local file");\r
360         chooser.setToolTipText("Open");\r
361 \r
362         int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
363 \r
364         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
365         {\r
366             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
367             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
368                 chooser.getSelectedFile().getParent());\r
369 \r
370             String format = null;\r
371             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))\r
372             {\r
373                 format = "Jalview";\r
374             }\r
375             else\r
376             {\r
377                 format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);\r
378             }\r
379 \r
380             if (viewport != null)\r
381               new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE, format);\r
382             else\r
383               new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);\r
384         }\r
385     }\r
386 \r
387 \r
388 \r
389     /**\r
390      * DOCUMENT ME!\r
391      *\r
392      * @param e DOCUMENT ME!\r
393      */\r
394     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)\r
395     {\r
396       // This construct allows us to have a wider textfield\r
397       // for viewing\r
398       JLabel label = new JLabel("Enter URL of Input File");\r
399       final JComboBox history = new JComboBox();\r
400 \r
401       JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2,1));\r
402       panel.add(label);\r
403       panel.add(history);\r
404       history.setPreferredSize(new Dimension(400,20));\r
405       history.setEditable(true);\r
406       history.addItem("http://www.");\r
407 \r
408       String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");\r
409 \r
410       StringTokenizer st;\r
411 \r
412       if (historyItems != null)\r
413       {\r
414         st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");\r
415 \r
416         while (st.hasMoreTokens())\r
417         {\r
418           history.addItem(st.nextElement());\r
419         }\r
420       }\r
421 \r
422        int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop,\r
423           panel, "Input Alignment From URL",\r
424           JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION );\r
425 \r
426 \r
427         if (reply != JOptionPane.OK_OPTION )\r
428         {\r
429             return;\r
430         }\r
431 \r
432         String url = history.getSelectedItem().toString();\r
433 \r
434         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))\r
435         {\r
436           if (viewport != null)\r
437             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, "Jalview");\r
438           else\r
439             new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");\r
440         }\r
441         else\r
442         {\r
443           String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);\r
444 \r
445           if (format.equals("URL NOT FOUND"))\r
446           {\r
447             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
448                                                   "Couldn't locate " + url,\r
449                                                   "URL not found",\r
450                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
451 \r
452             return;\r
453           }\r
454 \r
455           if (viewport != null)\r
456             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);\r
457           else\r
458             new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);\r
459         }\r
460     }\r
461 \r
462     /**\r
463      * DOCUMENT ME!\r
464      *\r
465      * @param e DOCUMENT ME!\r
466      */\r
467     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)\r
468     {\r
469         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
470         cap.setForInput(viewport);\r
471         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);\r
472     }\r
473 \r
474     /*\r
475      * Exit the program\r
476      */\r
477     public void quit()\r
478     {\r
479         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");\r
480         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");\r
481         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");\r
482         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");\r
483         System.exit(0);\r
484     }\r
485 \r
486     /**\r
487      * DOCUMENT ME!\r
488      *\r
489      * @param e DOCUMENT ME!\r
490      */\r
491     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
492     {\r
493       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView version " +\r
494                                               jalview.bin.Cache.getProperty(\r
495           "VERSION") +\r
496                                               "; last updated: " +\r
497                                               jalview.bin.\r
498                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));\r
499 \r
500       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(\r
501           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))\r
502       {\r
503         message.append("\n\n!! Jalview version "\r
504                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")\r
505                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");\r
506 \r
507       }\r
508 \r
509       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +\r
510             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +\r
511             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +\r
512             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +\r
513             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +\r
514             "\nBioinformatics,  2004 12;426-7.");\r
515 \r
516         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
517 \r
518            message.toString(), "About Jalview",\r
519             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
520     }\r
521 \r
522     /**\r
523      * DOCUMENT ME!\r
524      *\r
525      * @param e DOCUMENT ME!\r
526      */\r
527     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
528     {\r
529         try\r
530         {\r
531             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();\r
532             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");\r
533             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);\r
534 \r
535             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();\r
536             hb.setCurrentID("home");\r
537             hb.setDisplayed(true);\r
538         }\r
539         catch (Exception ex)\r
540         {\r
541             ex.printStackTrace();\r
542         }\r
543     }\r
544 \r
545     /**\r
546      * DOCUMENT ME!\r
547      *\r
548      * @param e DOCUMENT ME!\r
549      */\r
550     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)\r
551     {\r
552         new Preferences();\r
553     }\r
554 \r
555     /**\r
556      * DOCUMENT ME!\r
557      *\r
558      * @param e DOCUMENT ME!\r
559      */\r
560     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)\r
561     {\r
562         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
563                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },\r
564                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");\r
565 \r
566         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
567         chooser.setDialogTitle("Save State");\r
568 \r
569         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
570 \r
571         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
572         {\r
573             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();\r
574             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());\r
575             new Jalview2XML().SaveState(choice);\r
576         }\r
577     }\r
578 \r
579     /**\r
580      * DOCUMENT ME!\r
581      *\r
582      * @param e DOCUMENT ME!\r
583      */\r
584     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)\r
585     {\r
586         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
587                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },\r
588                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");\r
589         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
590         chooser.setDialogTitle("Restore state");\r
591 \r
592         int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
593 \r
594         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
595         {\r
596             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();\r
597             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
598                 chooser.getSelectedFile().getParent());\r
599             new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(choice);\r
600         }\r
601     }\r
602 \r
603   /*  public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)\r
604     {\r
605       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
606           getProperty("LAST_DIRECTORY"));\r
607 \r
608       chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
609       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");\r
610       chooser.setToolTipText("Import");\r
611 \r
612       int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
613 \r
614       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
615       {\r
616         jalview.io.VamsasDatastore vs = new jalview.io.VamsasDatastore(null);\r
617         vs.load(\r
618             chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath()\r
619             );\r
620       }\r
621 \r
622     }*/\r
623 \r
624 \r
625     public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)\r
626     {\r
627       SequenceFetcher sf = new SequenceFetcher(null);\r
628     }\r
629 }\r
630 \r