src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.bin.Jalview;
  27 import jalview.io.FileLoader;
  28 import jalview.io.FormatAdapter;
  29 import jalview.io.IdentifyFile;
  30 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  31 import jalview.io.JalviewFileView;
  32 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  33 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  34 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  35 import jalview.util.ImageMaker;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37 import jalview.util.Platform;
  38 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  39 import jalview.ws.params.ParamManager;
  40
  41 import java.awt.BorderLayout;
  42 import java.awt.Color;
  43 import java.awt.Dimension;
  44 import java.awt.FontMetrics;
  45 import java.awt.Graphics;
  46 import java.awt.GridLayout;
  47 import java.awt.Point;
  48 import java.awt.Rectangle;
  49 import java.awt.Toolkit;
  50 import java.awt.Window;
  51 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  52 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  53 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  54 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  55 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  56 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  57 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  58 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  59 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  60 import java.awt.event.ActionEvent;
  61 import java.awt.event.ActionListener;
  62 import java.awt.event.FocusEvent;
  63 import java.awt.event.FocusListener;
  64 import java.awt.event.MouseAdapter;
  65 import java.awt.event.MouseEvent;
  66 import java.awt.event.MouseListener;
  67 import java.awt.event.WindowAdapter;
  68 import java.awt.event.WindowEvent;
  69 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  70 import java.beans.PropertyChangeListener;
  71 import java.beans.PropertyVetoException;
  72 import java.io.BufferedInputStream;
  73 import java.io.File;
  74 import java.io.FileOutputStream;
  75 import java.net.URL;
  76 import java.util.ArrayList;
  77 import java.util.Hashtable;
  78 import java.util.List;
  79 import java.util.StringTokenizer;
  80 import java.util.Vector;
  81 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  82 import java.util.concurrent.Executors;
  83 import java.util.concurrent.Semaphore;
  84
  85 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
  86 import javax.swing.DesktopManager;
  87 import javax.swing.JButton;
  88 import javax.swing.JComboBox;
  89 import javax.swing.JComponent;
  90 import javax.swing.JDesktopPane;
  91 import javax.swing.JFrame;
  92 import javax.swing.JInternalFrame;
  93 import javax.swing.JLabel;
  94 import javax.swing.JMenuItem;
  95 import javax.swing.JOptionPane;
  96 import javax.swing.JPanel;
  97 import javax.swing.JPopupMenu;
  98 import javax.swing.JProgressBar;
  99 import javax.swing.SwingUtilities;
 100 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
 101 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
 102 import javax.swing.event.MenuEvent;
 103 import javax.swing.event.MenuListener;
 104
 105 /**
 106  * Jalview Desktop
 107  *
 108  *
 109  * @author $author$
 110  * @version $Revision: 1.155 $
 111  */
 112 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop implements
 113         DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 114         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 115 {
 116
 117   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 118
 119   /**
 120    * news reader - null if it was never started.
 121    */
 122   private BlogReader jvnews = null;
 123
 124   private File projectFile;
 125
 126   /**
 127    * @param listener
 128    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 129    */
 130   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 131           PropertyChangeListener listener)
 132   {
 133     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 134   }
 135
 136   /**
 137    * @param propertyName
 138    * @param listener
 139    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 140    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 141    */
 142   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 143           PropertyChangeListener listener)
 144   {
 145     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 146   }
 147
 148   /**
 149    * @param propertyName
 150    * @param listener
 151    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 152    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 153    */
 154   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 155           PropertyChangeListener listener)
 156   {
 157     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 158             listener);
 159   }
 160
 161   /** Singleton Desktop instance */
 162   public static Desktop instance;
 163
 164   public static MyDesktopPane desktop;
 165
 166   static int openFrameCount = 0;
 167
 168   static final int xOffset = 30;
 169
 170   static final int yOffset = 30;
 171
 172   private static AlignFrame currentAlignFrame;
 173
 174   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 175
 176   public static Object[] jalviewClipboard;
 177
 178   public static boolean internalCopy = false;
 179
 180   static int fileLoadingCount = 0;
 181
 182   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 183   {
 184
 185     private DesktopManager delegate;
 186
 187     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 188     {
 189       this.delegate = delegate;
 190     }
 191
 192     @Override
 193     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 194     {
 195       try
 196       {
 197         delegate.activateFrame(f);
 198       } catch (NullPointerException npe)
 199       {
 200         Point p = getMousePosition();
 201         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 202       }
 203     }
 204
 205     @Override
 206     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 207     {
 208       delegate.beginDraggingFrame(f);
 209     }
 210
 211     @Override
 212     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 213     {
 214       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 215     }
 216
 217     @Override
 218     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 219     {
 220       delegate.closeFrame(f);
 221     }
 222
 223     @Override
 224     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 225     {
 226       delegate.deactivateFrame(f);
 227     }
 228
 229     @Override
 230     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 231     {
 232       delegate.deiconifyFrame(f);
 233     }
 234
 235     @Override
 236     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 237     {
 238       if (newY < 0)
 239       {
 240         newY = 0;
 241       }
 242       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 243     }
 244
 245     @Override
 246     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 247     {
 248       delegate.endDraggingFrame(f);
 249     }
 250
 251     @Override
 252     public void endResizingFrame(JComponent f)
 253     {
 254       delegate.endResizingFrame(f);
 255     }
 256
 257     @Override
 258     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 259     {
 260       delegate.iconifyFrame(f);
 261     }
 262
 263     @Override
 264     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 265     {
 266       delegate.maximizeFrame(f);
 267     }
 268
 269     @Override
 270     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 271     {
 272       delegate.minimizeFrame(f);
 273     }
 274
 275     @Override
 276     public void openFrame(JInternalFrame f)
 277     {
 278       delegate.openFrame(f);
 279     }
 280
 281     @Override
 282     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 283             int newHeight)
 284     {
 285       if (newY < 0)
 286       {
 287         newY = 0;
 288       }
 289       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 290     }
 291
 292     @Override
 293     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 294             int newWidth, int newHeight)
 295     {
 296       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 297     }
 298
 299     // All other methods, simply delegate
 300
 301   }
 302
 303   /**
 304    * Creates a new Desktop object.
 305    */
 306   public Desktop()
 307   {
 308     /**
 309      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 310      * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 311      * constructor.
 312      */
 313     instance = this;
 314     doVamsasClientCheck();
 315
 316     groovyShell = new JMenuItem();
 317     groovyShell.setText(MessageManager.getString("label.groovy_console"));
 318     groovyShell.addActionListener(new ActionListener()
 319     {
 320       @Override
 321       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 322       {
 323         groovyShell_actionPerformed();
 324       }
 325     });
 326     toolsMenu.add(groovyShell);
 327     groovyShell.setVisible(true);
 328
 329     doConfigureStructurePrefs();
 330     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
 331     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 332     boolean selmemusage = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE",
 333             false);
 334     boolean showjconsole = jalview.bin.Cache.getDefault(
 335             "SHOW_JAVA_CONSOLE", false);
 336     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 337     if (Platform.isAMac())
 338     {
 339       desktop.setDoubleBuffered(false);
 340     }
 341     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 342     desktop.setBackground(Color.white);
 343     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 344     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 345     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 346     // sp.getViewport().setView(desktop);
 347     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 348     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 349     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 350
 351     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 352     // if previous window was maximised
 353     desktop.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
 354             new DefaultDesktopManager()));
 355
 356     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 357     if (dims != null)
 358     {
 359       setBounds(dims);
 360     }
 361     else
 362     {
 363       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 364       setBounds((screenSize.width - 900) / 2,
 365               (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 366     }
 367     jconsole = new Console(this, showjconsole);
 368     // add essential build information
 369     jconsole.setHeader("Jalview Version: "
 370             + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "\n"
 371             + "Jalview Installation: "
 372             + jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown")
 373             + "\n" + "Build Date: "
 374             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown") + "\n"
 375             + "Java version: " + System.getProperty("java.version") + "\n"
 376             + System.getProperty("os.arch") + " "
 377             + System.getProperty("os.name") + " "
 378             + System.getProperty("os.version"));
 379
 380     showConsole(showjconsole);
 381
 382     showNews.setVisible(false);
 383
 384     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 385     {
 386       @Override
 387       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 388       {
 389         quit();
 390       }
 391     });
 392
 393     MouseAdapter ma;
 394     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 395     {
 396       @Override
 397       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 398       {
 399         if (evt.isPopupTrigger())
 400         {
 401           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 402         }
 403       }
 404     });
 405     desktop.addMouseListener(ma);
 406
 407     this.addFocusListener(new FocusListener()
 408     {
 409
 410       @Override
 411       public void focusLost(FocusEvent e)
 412       {
 413         // TODO Auto-generated method stub
 414
 415       }
 416
 417       @Override
 418       public void focusGained(FocusEvent e)
 419       {
 420         Cache.log.debug("Relaying windows after focus gain");
 421         // make sure that we sort windows properly after we gain focus
 422         instance.relayerWindows();
 423       }
 424     });
 425     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 426     // Spawn a thread that shows the splashscreen
 427     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 428     {
 429       @Override
 430       public void run()
 431       {
 432         new SplashScreen();
 433       }
 434     });
 435
 436     // displayed.
 437     // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time it
 438     // takes to open it later on.
 439     new Thread(new Runnable()
 440     {
 441       @Override
 442       public void run()
 443       {
 444         Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 445         new JalviewFileChooser(
 446                 jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 447                 jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
 448                 jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
 449                 jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 450         Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 451       }
 452     }).start();
 453     // Add the service change listener
 454     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 455             new PropertyChangeListener()
 456             {
 457
 458               @Override
 459               public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 460               {
 461                 Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 462                         + evt.getNewValue());
 463                 JalviewServicesChanged(evt);
 464               }
 465
 466             });
 467   }
 468
 469   public void doConfigureStructurePrefs()
 470   {
 471     // configure services
 472     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 473             .getStructureSelectionManager(this);
 474     if (jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 475     {
 476       ssm.setAddTempFacAnnot(jalview.bin.Cache.getDefault(
 477               Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 478       ssm.setProcessSecondaryStructure(jalview.bin.Cache.getDefault(
 479               Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 480       ssm.setSecStructServices(jalview.bin.Cache.getDefault(
 481               Preferences.USE_RNAVIEW, true));
 482     }
 483     else
 484     {
 485       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 486       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 487       ssm.setSecStructServices(false);
 488     }
 489   }
 490
 491   public void checkForNews()
 492   {
 493     final Desktop me = this;
 494     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 495     addDialogThread(new Runnable()
 496     {
 497       @Override
 498       public void run()
 499       {
 500         Cache.log.debug("Starting news thread.");
 501
 502         jvnews = new BlogReader(me);
 503         showNews.setVisible(true);
 504         Cache.log.debug("Completed news thread.");
 505       }
 506     });
 507   }
 508
 509   @Override
 510   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 511   {
 512     showNews(showNews.isSelected());
 513   }
 514
 515   void showNews(boolean visible)
 516   {
 517     {
 518       Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 519       showNews.setSelected(visible);
 520       if (visible && !jvnews.isVisible())
 521       {
 522         new Thread(new Runnable()
 523         {
 524           @Override
 525           public void run()
 526           {
 527             long now = System.currentTimeMillis();
 528             Desktop.instance.setProgressBar(
 529                     MessageManager.getString("status.refreshing_news"), now);
 530             jvnews.refreshNews();
 531             Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
 532             jvnews.showNews();
 533           }
 534         }).start();
 535       }
 536     }
 537   }
 538
 539   /**
 540    * recover the last known dimensions for a jalview window
 541    *
 542    * @param windowName
 543    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 544    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 545    *         window geom was known)
 546    */
 547   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 548   {
 549     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 550     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 551     String x = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 552     String y = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 553     String width = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 554             + "SCREEN_WIDTH");
 555     String height = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 556             + "SCREEN_HEIGHT");
 557     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 558     {
 559       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y), iw = Integer
 560               .parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 561       if (jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 562       {
 563         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 564         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 565         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 566         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer
 567                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 568                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 569         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer
 570                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 571                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 572         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 573         ix = (int) (ix * sw);
 574         iw = (int) (iw * sw);
 575         iy = (int) (iy * sh);
 576         ih = (int) (ih * sh);
 577         while (ix >= screenSize.width)
 578         {
 579           jalview.bin.Cache.log
 580                   .debug("Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 581           ix -= screenSize.width;
 582         }
 583         while (iy >= screenSize.height)
 584         {
 585           jalview.bin.Cache.log
 586                   .debug("Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 587           iy -= screenSize.height;
 588         }
 589         jalview.bin.Cache.log.debug("Got last known dimensions for "
 590                 + windowName + ": x:" + ix + " y:" + iy + " width:" + iw
 591                 + " height:" + ih);
 592       }
 593       // return dimensions for new instance
 594       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 595     }
 596     return null;
 597   }
 598
 599   private void doVamsasClientCheck()
 600   {
 601     if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 602     {
 603       setupVamsasDisconnectedGui();
 604       VamsasMenu.setVisible(true);
 605       final Desktop us = this;
 606       VamsasMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 607       {
 608         // this listener remembers when the menu was first selected, and
 609         // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 610         // reselected again.
 611         boolean refresh = true;
 612
 613         @Override
 614         public void menuCanceled(MenuEvent e)
 615         {
 616           refresh = true;
 617         }
 618
 619         @Override
 620         public void menuDeselected(MenuEvent e)
 621         {
 622           refresh = true;
 623         }
 624
 625         @Override
 626         public void menuSelected(MenuEvent e)
 627         {
 628           if (refresh)
 629           {
 630             us.buildVamsasStMenu();
 631             refresh = false;
 632           }
 633         }
 634       });
 635       vamsasStart.setVisible(true);
 636     }
 637   }
 638
 639   void showPasteMenu(int x, int y)
 640   {
 641     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 642     JMenuItem item = new JMenuItem(
 643             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 644     item.addActionListener(new ActionListener()
 645     {
 646       @Override
 647       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 648       {
 649         paste();
 650       }
 651     });
 652
 653     popup.add(item);
 654     popup.show(this, x, y);
 655   }
 656
 657   public void paste()
 658   {
 659     try
 660     {
 661       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 662       Transferable contents = c.getContents(this);
 663
 664       if (contents != null)
 665       {
 666         String file = (String) contents
 667                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 668
 669         String format = new IdentifyFile().identify(file,
 670                 FormatAdapter.PASTE);
 671
 672         new FileLoader().LoadFile(file, FormatAdapter.PASTE, format);
 673
 674       }
 675     } catch (Exception ex)
 676     {
 677       System.out
 678               .println("Unable to paste alignment from system clipboard:\n"
 679                       + ex);
 680     }
 681   }
 682
 683   /**
 684    * Adds and opens the given frame to the desktop
 685    *
 686    * @param frame
 687    *          Frame to show
 688    * @param title
 689    *          Visible Title
 690    * @param w
 691    *          width
 692    * @param h
 693    *          height
 694    */
 695   public static synchronized void addInternalFrame(
 696           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 697   {
 698     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, true);
 699   }
 700
 701   /**
 702    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 703    *
 704    * @param frame
 705    *          Frame to show
 706    * @param title
 707    *          Visible Title
 708    * @param makeVisible
 709    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 710    *          setVisible themselves.
 711    * @param w
 712    *          width
 713    * @param h
 714    *          height
 715    */
 716   public static synchronized void addInternalFrame(
 717           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 718           int w, int h)
 719   {
 720     addInternalFrame(frame, title, makeVisible, w, h, true);
 721   }
 722
 723   /**
 724    * Add an internal frame to the Jalview desktop and make it visible
 725    *
 726    * @param frame
 727    *          Frame to show
 728    * @param title
 729    *          Visible Title
 730    * @param w
 731    *          width
 732    * @param h
 733    *          height
 734    * @param resizable
 735    *          Allow resize
 736    */
 737   public static synchronized void addInternalFrame(
 738           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 739           boolean resizable)
 740   {
 741     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, resizable);
 742   }
 743
 744   /**
 745    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 746    *
 747    * @param frame
 748    *          Frame to show
 749    * @param title
 750    *          Visible Title
 751    * @param makeVisible
 752    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 753    *          setVisible themselves.
 754    * @param w
 755    *          width
 756    * @param h
 757    *          height
 758    * @param resizable
 759    *          Allow resize
 760    */
 761   public static synchronized void addInternalFrame(
 762           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 763           int w, int h, boolean resizable)
 764   {
 765
 766     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 767     // bounds object).
 768     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 769     // the current window title
 770
 771     frame.setTitle(title);
 772     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 773     {
 774       frame.setSize(w, h);
 775     }
 776     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 777     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 778     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 779     // ///////////////////////////////////////////////
 780     if (instance == null
 781             || (System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 782                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 783     {
 784       return;
 785     }
 786
 787     openFrameCount++;
 788
 789     frame.setVisible(makeVisible);
 790     frame.setClosable(true);
 791     frame.setResizable(resizable);
 792     frame.setMaximizable(resizable);
 793     frame.setIconifiable(resizable);
 794     if (Platform.isAMac())
 795     {
 796       frame.setIconifiable(false);
 797       frame.setFrameIcon(null);
 798       // frame.setDesktopIcon(null);
 799       frame.setDoubleBuffered(false);
 800     }
 801     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 802     {
 803       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset
 804               * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 805     }
 806
 807     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 808     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 809     {
 810       @Override
 811       public void internalFrameActivated(
 812               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 813       {
 814         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 815         if (itf != null)
 816         {
 817           itf.requestFocus();
 818         }
 819
 820       }
 821
 822       @Override
 823       public void internalFrameClosed(
 824               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 825       {
 826         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 827         openFrameCount--;
 828         windowMenu.remove(menuItem);
 829         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 830         if (itf != null)
 831         {
 832           itf.requestFocus();
 833         }
 834         System.gc();
 835       };
 836     });
 837
 838     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 839     {
 840       @Override
 841       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 842       {
 843         try
 844         {
 845           frame.setSelected(true);
 846           frame.setIcon(false);
 847         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 848         {
 849
 850         }
 851       }
 852     });
 853     menuItem.addMouseListener(new MouseListener()
 854     {
 855
 856       @Override
 857       public void mouseReleased(MouseEvent e)
 858       {
 859       }
 860
 861       @Override
 862       public void mousePressed(MouseEvent e)
 863       {
 864       }
 865
 866       @Override
 867       public void mouseExited(MouseEvent e)
 868       {
 869         try
 870         {
 871           frame.setSelected(false);
 872         } catch (PropertyVetoException e1)
 873         {
 874         }
 875       }
 876
 877       @Override
 878       public void mouseEntered(MouseEvent e)
 879       {
 880         try
 881         {
 882           frame.setSelected(true);
 883         } catch (PropertyVetoException e1)
 884         {
 885         }
 886       }
 887
 888       @Override
 889       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 890       {
 891
 892       }
 893     });
 894
 895     windowMenu.add(menuItem);
 896
 897     desktop.add(frame);
 898     frame.toFront();
 899     try
 900     {
 901       frame.setSelected(true);
 902       frame.requestFocus();
 903     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 904     {
 905     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
 906     {
 907       Cache.log
 908               .warn("Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
 909                       cex);
 910     }
 911   }
 912
 913   @Override
 914   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 915   {
 916     if (!internalCopy)
 917     {
 918       Desktop.jalviewClipboard = null;
 919     }
 920
 921     internalCopy = false;
 922   }
 923
 924   @Override
 925   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 926   {
 927   }
 928
 929   @Override
 930   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 931   {
 932   }
 933
 934   @Override
 935   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 936   {
 937   }
 938
 939   @Override
 940   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 941   {
 942   }
 943
 944   /**
 945    * DOCUMENT ME!
 946    *
 947    * @param evt
 948    *          DOCUMENT ME!
 949    */
 950   @Override
 951   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 952   {
 953     boolean success = true;
 954     Transferable t = evt.getTransferable();
 955     java.util.List<String> files = new ArrayList<String>();
 956     java.util.List<String> protocols = new ArrayList<String>();
 957
 958     try
 959     {
 960       Desktop.transferFromDropTarget(files, protocols, evt, t);
 961     } catch (Exception e)
 962     {
 963       e.printStackTrace();
 964       success = false;
 965     }
 966
 967     if (files != null)
 968     {
 969       try
 970       {
 971         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 972         {
 973           String file = files.get(i).toString();
 974           String protocol = (protocols == null) ? FormatAdapter.FILE
 975                   : (String) protocols.get(i);
 976           String format = null;
 977
 978           if (file.endsWith(".jar"))
 979           {
 980             format = "Jalview";
 981
 982           }
 983           else
 984           {
 985             format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 986           }
 987
 988           new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 989
 990         }
 991       } catch (Exception ex)
 992       {
 993         success = false;
 994       }
 995     }
 996     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
 997                                // transfered to any new windows created
 998   }
 999
1000   /**
1001    * DOCUMENT ME!
1002    *
1003    * @param e
1004    *          DOCUMENT ME!
1005    */
1006   @Override
1007   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1008   {
1009     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1010             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
1011             jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
1012             jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
1013             jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
1014
1015     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1016     chooser.setDialogTitle(MessageManager
1017             .getString("label.open_local_file"));
1018     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
1019
1020     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1021
1022     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1023     {
1024       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
1025       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
1026               .getSelectedFile().getParent());
1027
1028       String format = null;
1029       if (chooser.getSelectedFormat() != null
1030               && chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
1031       {
1032         format = "Jalview";
1033       }
1034       else
1035       {
1036         format = new IdentifyFile().identify(choice, FormatAdapter.FILE);
1037       }
1038
1039       if (viewport != null)
1040       {
1041         new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE,
1042                 format);
1043       }
1044       else
1045       {
1046         new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);
1047       }
1048     }
1049   }
1050
1051   /**
1052    * DOCUMENT ME!
1053    *
1054    * @param e
1055    *          DOCUMENT ME!
1056    */
1057   @Override
1058   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1059   {
1060     // This construct allows us to have a wider textfield
1061     // for viewing
1062     JLabel label = new JLabel(
1063             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
1064     final JComboBox history = new JComboBox();
1065
1066     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
1067     panel.add(label);
1068     panel.add(history);
1069     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
1070     history.setEditable(true);
1071     history.addItem("http://www.");
1072
1073     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
1074
1075     StringTokenizer st;
1076
1077     if (historyItems != null)
1078     {
1079       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
1080
1081       while (st.hasMoreTokens())
1082       {
1083         history.addItem(st.nextElement());
1084       }
1085     }
1086
1087     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
1088             MessageManager.getString("label.input_alignment_from_url"),
1089             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
1090
1091     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
1092     {
1093       return;
1094     }
1095
1096     String url = history.getSelectedItem().toString();
1097
1098     if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
1099     {
1100       if (viewport != null)
1101       {
1102         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL,
1103                 "Jalview");
1104       }
1105       else
1106       {
1107         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
1108       }
1109     }
1110     else
1111     {
1112       String format = new IdentifyFile().identify(url, FormatAdapter.URL);
1113
1114       if (format.equals("URL NOT FOUND"))
1115       {
1116         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1117                 MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate",
1118                         new Object[] { url }), MessageManager
1119                         .getString("label.url_not_found"),
1120                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1121
1122         return;
1123       }
1124
1125       if (viewport != null)
1126       {
1127         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);
1128       }
1129       else
1130       {
1131         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);
1132       }
1133     }
1134   }
1135
1136   /**
1137    * Opens the CutAndPaste window for the user to paste an alignment in to
1138    *
1139    * @param viewPanel
1140    *          - if not null, the pasted alignment is added to the current
1141    *          alignment; if null, to a new alignment window
1142    */
1143   @Override
1144   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
1145           AlignmentViewPanel viewPanel)
1146   {
1147     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1148     cap.setForInput(viewPanel);
1149     Desktop.addInternalFrame(cap,
1150             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"),
1151             true, 600, 500);
1152   }
1153
1154   /*
1155    * Exit the program
1156    */
1157   @Override
1158   public void quit()
1159   {
1160     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1161     jalview.bin.Cache
1162             .setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH", screen.width + "");
1163     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT", screen.height
1164             + "");
1165     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x,
1166             getBounds().y, getWidth(), getHeight()));
1167
1168     if (jconsole != null)
1169     {
1170       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1171       jconsole.stopConsole();
1172     }
1173     if (jvnews != null)
1174     {
1175       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1176
1177     }
1178     if (dialogExecutor != null)
1179     {
1180       dialogExecutor.shutdownNow();
1181     }
1182     closeAll_actionPerformed(null);
1183     System.exit(0);
1184   }
1185
1186   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1187   {
1188     jalview.bin.Cache.log.debug("Storing last known dimensions for "
1189             + string + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1190             + " height:" + jc.height);
1191
1192     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1193     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1194     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1195     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1196   }
1197
1198   /**
1199    * DOCUMENT ME!
1200    *
1201    * @param e
1202    *          DOCUMENT ME!
1203    */
1204   @Override
1205   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1206   {
1207     // StringBuffer message = getAboutMessage(false);
1208     // JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1209     //
1210     // message.toString(), "About Jalview", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1211     new Thread(new Runnable()
1212     {
1213       @Override
1214       public void run()
1215       {
1216         new SplashScreen(true);
1217       }
1218     }).start();
1219   }
1220
1221   public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
1222   {
1223     StringBuffer message = new StringBuffer();
1224     message.append("<html>");
1225     if (shortv)
1226     {
1227       message.append("<h1><strong>Version: "
1228               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "</strong></h1>");
1229       message.append("<strong>Last Updated: <em>"
1230               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
1231               + "</em></strong>");
1232
1233     }
1234     else
1235     {
1236
1237       message.append("<strong>Version "
1238               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1239               + "; last updated: "
1240               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1241     }
1242
1243     if (jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking").equals(
1244             "Checking"))
1245     {
1246       message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1247     }
1248     else if (!jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1249             .equals(jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
1250     {
1251       boolean red = false;
1252       if (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1253               .indexOf("automated build") == -1)
1254       {
1255         red = true;
1256         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1257         // version is not a development build
1258         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1259       }
1260
1261       message.append("<br>!! Version "
1262               + jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
1263                       "..Checking..")
1264               + " is available for download from "
1265               + jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
1266                       "http://www.jalview.org") + " !!");
1267       if (red)
1268       {
1269         message.append("</div>");
1270       }
1271     }
1272     message.append("<br>Authors:  "
1273             + jalview.bin.Cache
1274                     .getDefault("AUTHORFNAMES",
1275                             "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)")
1276             + "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
1277             + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
1278             + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
1279             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
1280             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
1281             + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
1282             + "</html>");
1283     return message;
1284   }
1285
1286   /**
1287    * DOCUMENT ME!
1288    *
1289    * @param e
1290    *          DOCUMENT ME!
1291    */
1292   @Override
1293   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1294   {
1295     try
1296     {
1297       Help.showHelpWindow();
1298     } catch (Exception ex)
1299     {
1300     }
1301   }
1302
1303   @Override
1304   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1305   {
1306     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1307     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1308     {
1309       try
1310       {
1311         frames[i].setClosed(true);
1312       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1313       {
1314       }
1315     }
1316     System.out.println("ALL CLOSED");
1317     if (v_client != null)
1318     {
1319       // TODO clear binding to vamsas document objects on close_all
1320     }
1321
1322     /*
1323      * reset state of singleton objects as appropriate (clear down session state
1324      * when all windows are closed)
1325      */
1326     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
1327             .getStructureSelectionManager(this);
1328     if (ssm != null)
1329     {
1330       ssm.resetAll();
1331     }
1332   }
1333
1334   @Override
1335   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1336   {
1337     reorderAssociatedWindows(false, false);
1338   }
1339
1340   @Override
1341   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1342   {
1343     reorderAssociatedWindows(true, false);
1344   }
1345
1346   void closeAssociatedWindows()
1347   {
1348     reorderAssociatedWindows(false, true);
1349   }
1350
1351   /*
1352    * (non-Javadoc)
1353    *
1354    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1355    * ActionEvent)
1356    */
1357   @Override
1358   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1359   {
1360     // We simply collect the garbage
1361     jalview.bin.Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1362     System.gc();
1363     jalview.bin.Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1364   }
1365
1366   /*
1367    * (non-Javadoc)
1368    *
1369    * @see
1370    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1371    * )
1372    */
1373   @Override
1374   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1375   {
1376     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1377   }
1378
1379   /*
1380    * (non-Javadoc)
1381    *
1382    * @see
1383    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1384    * )
1385    */
1386   @Override
1387   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1388   {
1389     showConsole(showConsole.isSelected());
1390   }
1391
1392   Console jconsole = null;
1393
1394   /**
1395    * control whether the java console is visible or not
1396    *
1397    * @param selected
1398    */
1399   void showConsole(boolean selected)
1400   {
1401     showConsole.setSelected(selected);
1402     // TODO: decide if we should update properties file
1403     Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE", Boolean.valueOf(selected)
1404             .toString());
1405     jconsole.setVisible(selected);
1406   }
1407
1408   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1409   {
1410     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1411     if (frames == null || frames.length < 1)
1412     {
1413       return;
1414     }
1415
1416     AlignmentViewport source = null, target = null;
1417     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1418     {
1419       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1420     }
1421     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1422     {
1423       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1424     }
1425     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1426     {
1427       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1428     }
1429     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1430     {
1431       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1432     }
1433
1434     if (source != null)
1435     {
1436       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1437       {
1438         target = null;
1439         if (frames[i] == null)
1440         {
1441           continue;
1442         }
1443         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1444         {
1445           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1446         }
1447         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1448         {
1449           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1450         }
1451         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1452         {
1453           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1454         }
1455         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1456         {
1457           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1458         }
1459
1460         if (source == target)
1461         {
1462           try
1463           {
1464             if (close)
1465             {
1466               frames[i].setClosed(true);
1467             }
1468             else
1469             {
1470               frames[i].setIcon(minimize);
1471               if (!minimize)
1472               {
1473                 frames[i].toFront();
1474               }
1475             }
1476
1477           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1478           {
1479           }
1480         }
1481       }
1482     }
1483   }
1484
1485   /**
1486    * DOCUMENT ME!
1487    *
1488    * @param e
1489    *          DOCUMENT ME!
1490    */
1491   @Override
1492   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1493   {
1494     new Preferences();
1495   }
1496
1497   /**
1498    * DOCUMENT ME!
1499    *
1500    * @param e
1501    *          DOCUMENT ME!
1502    */
1503   @Override
1504   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
1505   {
1506     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1507             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
1508             new String[] { "jvp" }, new String[] { "Jalview Project" },
1509             "Jalview Project");
1510
1511     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1512     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1513
1514     int value = chooser.showSaveDialog(this);
1515
1516     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1517     {
1518       final Desktop me = this;
1519       final java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
1520       setProjectFile(choice);
1521
1522       new Thread(new Runnable()
1523       {
1524         @Override
1525         public void run()
1526         {
1527           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
1528           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1529                   "label.saving_jalview_project",
1530                   new Object[] { choice.getName() }), choice.hashCode());
1531           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1532                   choice.getParent());
1533           // TODO catch and handle errors for savestate
1534           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1535           try
1536           {
1537             new Jalview2XML().saveState(choice);
1538           } catch (OutOfMemoryError oom)
1539           {
1540             new OOMWarning("Whilst saving current state to "
1541                     + choice.getName(), oom);
1542           } catch (Exception ex)
1543           {
1544             Cache.log.error(
1545                     "Problems whilst trying to save to " + choice.getName(),
1546                     ex);
1547             JOptionPane.showMessageDialog(me, MessageManager.formatMessage(
1548                     "label.error_whilst_saving_current_state_to",
1549                     new Object[] { choice.getName() }), MessageManager
1550                     .getString("label.couldnt_save_project"),
1551                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1552           }
1553           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1554         }
1555       }).start();
1556     }
1557   }
1558
1559   private void setProjectFile(File choice)
1560   {
1561     this.projectFile = choice;
1562   }
1563
1564   public File getProjectFile()
1565   {
1566     return this.projectFile;
1567   }
1568
1569   /**
1570    * DOCUMENT ME!
1571    *
1572    * @param e
1573    *          DOCUMENT ME!
1574    */
1575   @Override
1576   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
1577   {
1578     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1579             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[] {
1580                 "jvp", "jar" }, new String[] { "Jalview Project",
1581                 "Jalview Project (old)" }, "Jalview Project");
1582     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1583     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1584
1585     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1586
1587     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1588     {
1589       final File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1590       setProjectFile(selectedFile);
1591       final String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
1592       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1593               selectedFile.getParent());
1594       new Thread(new Runnable()
1595       {
1596         @Override
1597         public void run()
1598         {
1599           setProgressBar(
1600                   MessageManager.formatMessage(
1601                           "label.loading_jalview_project",
1602                           new Object[] { choice }), choice.hashCode());
1603           try
1604           {
1605             new Jalview2XML().loadJalviewAlign(choice);
1606           } catch (OutOfMemoryError oom)
1607           {
1608             new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1609           } catch (Exception ex)
1610           {
1611             Cache.log.error("Problems whilst loading project from "
1612                     + choice, ex);
1613             JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
1614                     .formatMessage(
1615                             "label.error_whilst_loading_project_from",
1616                             new Object[] { choice }), MessageManager
1617                     .getString("label.couldnt_load_project"),
1618                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1619           }
1620           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1621         }
1622       }).start();
1623     }
1624   }
1625
1626   @Override
1627   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1628   {
1629     new SequenceFetcher(this);
1630   }
1631
1632   JPanel progressPanel;
1633
1634   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<JPanel>();
1635
1636   public void startLoading(final String fileName)
1637   {
1638     if (fileLoadingCount == 0)
1639     {
1640       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager.formatMessage(
1641               "label.loading_file", new Object[] { fileName })));
1642     }
1643     fileLoadingCount++;
1644   }
1645
1646   private JPanel addProgressPanel(String string)
1647   {
1648     if (progressPanel == null)
1649     {
1650       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1651       totalProgressCount = 0;
1652       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1653     }
1654     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1655     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1656     progressBar.setIndeterminate(true);
1657
1658     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1659
1660     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1661     progressPanel.add(thisprogress);
1662     ((GridLayout) progressPanel.getLayout())
1663             .setRows(((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1664     ++totalProgressCount;
1665     instance.validate();
1666     return thisprogress;
1667   }
1668
1669   int totalProgressCount = 0;
1670
1671   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1672   {
1673     if (progressPanel != null)
1674     {
1675       synchronized (progressPanel)
1676       {
1677         progressPanel.remove(progbar);
1678         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1679         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1680         if (--totalProgressCount < 1)
1681         {
1682           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1683           progressPanel = null;
1684         }
1685       }
1686     }
1687     validate();
1688   }
1689
1690   public void stopLoading()
1691   {
1692     fileLoadingCount--;
1693     if (fileLoadingCount < 1)
1694     {
1695       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1696       {
1697         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1698       }
1699       fileLoadingPanels.clear();
1700       fileLoadingCount = 0;
1701     }
1702     validate();
1703   }
1704
1705   public static int getViewCount(String alignmentId)
1706   {
1707     AlignmentViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1708     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1709   }
1710
1711   /**
1712    *
1713    * @param alignmentId
1714    *          - if null, all sets are returned
1715    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1716    */
1717   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1718   {
1719     if (Desktop.desktop == null)
1720     {
1721       // no frames created and in headless mode
1722       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1723       return null;
1724     }
1725     List<AlignmentPanel> aps = new ArrayList<AlignmentPanel>();
1726     AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
1727     if (frames == null)
1728     {
1729       return null;
1730     }
1731     for (AlignFrame af : frames)
1732     {
1733       for (AlignmentPanel ap : af.alignPanels)
1734       {
1735         if (alignmentId == null
1736                 || alignmentId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1737         {
1738           aps.add(ap);
1739         }
1740       }
1741     }
1742     if (aps.size() == 0)
1743     {
1744       return null;
1745     }
1746     AlignmentPanel[] vap = aps.toArray(new AlignmentPanel[aps.size()]);
1747     return vap;
1748   }
1749
1750   /**
1751    * get all the viewports on an alignment.
1752    *
1753    * @param sequenceSetId
1754    *          unique alignment id (may be null - all viewports returned in that
1755    *          case)
1756    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1757    */
1758   public static AlignmentViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1759   {
1760     List<AlignmentViewport> viewp = new ArrayList<AlignmentViewport>();
1761     if (desktop != null)
1762     {
1763       AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1764
1765       for (AlignFrame afr : frames)
1766       {
1767         if (sequenceSetId == null
1768                 || afr.getViewport().getSequenceSetId()
1769                         .equals(sequenceSetId))
1770         {
1771           if (afr.alignPanels != null)
1772           {
1773             for (AlignmentPanel ap : afr.alignPanels)
1774             {
1775               if (sequenceSetId == null
1776                       || sequenceSetId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1777               {
1778                 viewp.add(ap.av);
1779               }
1780             }
1781           }
1782           else
1783           {
1784             viewp.add(afr.getViewport());
1785           }
1786         }
1787       }
1788       if (viewp.size() > 0)
1789       {
1790         return viewp.toArray(new AlignmentViewport[viewp.size()]);
1791       }
1792     }
1793     return null;
1794   }
1795
1796   /**
1797    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame
1798    *
1799    * @param af
1800    */
1801   public void explodeViews(AlignFrame af)
1802   {
1803     int size = af.alignPanels.size();
1804     if (size < 2)
1805     {
1806       return;
1807     }
1808
1809     for (int i = 0; i < size; i++)
1810     {
1811       AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(i);
1812       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
1813
1814       /*
1815        * Restore the view's last exploded frame geometry if known. Multiple
1816        * views from one exploded frame share and restore the same (frame)
1817        * position and size.
1818        */
1819       Rectangle geometry = ap.av.getExplodedGeometry();
1820       if (geometry != null)
1821       {
1822         newaf.setBounds(geometry);
1823       }
1824
1825       ap.av.setGatherViewsHere(false);
1826
1827       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
1828               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
1829     }
1830
1831     af.alignPanels.clear();
1832     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1833
1834   }
1835
1836   /**
1837    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
1838    * identifier back in to this frame as additional views, and close the
1839    * expanded views. Note the expanded frames may themselves have multiple
1840    * views. We take the lot.
1841    *
1842    * @param source
1843    */
1844   public void gatherViews(AlignFrame source)
1845   {
1846     source.viewport.setGatherViewsHere(true);
1847     source.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
1848     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1849     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
1850
1851     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1852     {
1853       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
1854       {
1855         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
1856         boolean gatherThis = false;
1857         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
1858         {
1859           AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(a);
1860           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1861           {
1862             gatherThis = true;
1863             ap.av.setGatherViewsHere(false);
1864             ap.av.setExplodedGeometry(af.getBounds());
1865             source.addAlignmentPanel(ap, false);
1866           }
1867         }
1868
1869         if (gatherThis)
1870         {
1871           af.alignPanels.clear();
1872           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1873         }
1874       }
1875     }
1876
1877   }
1878
1879   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
1880
1881   @Override
1882   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
1883   {
1884     if (v_client == null)
1885     {
1886       // Load and try to start a session.
1887       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1888               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1889
1890       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1891       chooser.setDialogTitle(MessageManager
1892               .getString("label.open_saved_vamsas_session"));
1893       chooser.setToolTipText(MessageManager
1894               .getString("label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session"));
1895
1896       int value = chooser.showOpenDialog(this);
1897
1898       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1899       {
1900         String fle = chooser.getSelectedFile().toString();
1901         if (!vamsasImport(chooser.getSelectedFile()))
1902         {
1903           JOptionPane
1904                   .showInternalMessageDialog(
1905                           Desktop.desktop,
1906                           MessageManager.formatMessage(
1907                                   "label.couldnt_import_as_vamsas_session",
1908                                   new Object[] { fle }),
1909                           MessageManager
1910                                   .getString("label.vamsas_document_import_failed"),
1911                           JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1912         }
1913       }
1914     }
1915     else
1916     {
1917       jalview.bin.Cache.log
1918               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1919     }
1920   }
1921
1922   /**
1923    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1924    *
1925    * @param file
1926    * @return true if import was a success and a session was started.
1927    */
1928   public boolean vamsasImport(URL url)
1929   {
1930     // TODO: create progress bar
1931     if (v_client != null)
1932     {
1933
1934       jalview.bin.Cache.log
1935               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1936       return false;
1937     }
1938
1939     try
1940     {
1941       // copy the URL content to a temporary local file
1942       // TODO: be a bit cleverer here with nio (?!)
1943       File file = File.createTempFile("vdocfromurl", ".vdj");
1944       FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file);
1945       BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(url.openStream());
1946       byte[] buffer = new byte[2048];
1947       int ln;
1948       while ((ln = bis.read(buffer)) > -1)
1949       {
1950         fos.write(buffer, 0, ln);
1951       }
1952       bis.close();
1953       fos.close();
1954       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file,
1955               url.toExternalForm());
1956     } catch (Exception ex)
1957     {
1958       jalview.bin.Cache.log.error(
1959               "Failed to create new vamsas session from contents of URL "
1960                       + url, ex);
1961       return false;
1962     }
1963     setupVamsasConnectedGui();
1964     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
1965     return v_client.inSession();
1966   }
1967
1968   /**
1969    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1970    *
1971    * @param file
1972    * @return true if import was a success and a session was started.
1973    */
1974   public boolean vamsasImport(File file)
1975   {
1976     if (v_client != null)
1977     {
1978
1979       jalview.bin.Cache.log
1980               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1981       return false;
1982     }
1983
1984     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1985             "status.importing_vamsas_session_from",
1986             new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
1987     try
1988     {
1989       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file, null);
1990     } catch (Exception ex)
1991     {
1992       setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1993               "status.importing_vamsas_session_from",
1994               new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
1995       jalview.bin.Cache.log.error(
1996               "New vamsas session from existing session file failed:", ex);
1997       return false;
1998     }
1999     setupVamsasConnectedGui();
2000     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2001     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2002             "status.importing_vamsas_session_from",
2003             new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
2004     return v_client.inSession();
2005   }
2006
2007   public boolean joinVamsasSession(String mysesid)
2008   {
2009     if (v_client != null)
2010     {
2011       throw new Error(
2012               MessageManager
2013                       .getString("error.try_join_vamsas_session_another"));
2014     }
2015     if (mysesid == null)
2016     {
2017       throw new Error(
2018               MessageManager.getString("error.invalid_vamsas_session_id"));
2019     }
2020     v_client = new VamsasApplication(this, mysesid);
2021     setupVamsasConnectedGui();
2022     v_client.initial_update();
2023     return (v_client.inSession());
2024   }
2025
2026   @Override
2027   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
2028   {
2029     if (v_client == null)
2030     {
2031       // Start a session.
2032       // we just start a default session for moment.
2033       /*
2034        * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
2035        * getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2036        *
2037        * chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2038        * chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
2039        * chooser.setToolTipText("Import");
2040        *
2041        * int value = chooser.showOpenDialog(this);
2042        *
2043        * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { v_client = new
2044        * jalview.gui.VamsasApplication(this, chooser.getSelectedFile());
2045        */
2046       v_client = new VamsasApplication(this);
2047       setupVamsasConnectedGui();
2048       v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2049     }
2050     else
2051     {
2052       // store current data in session.
2053       v_client.push_update(); // TODO: thread
2054     }
2055   }
2056
2057   protected void setupVamsasConnectedGui()
2058   {
2059     vamsasStart.setText(MessageManager.getString("label.session_update"));
2060     vamsasSave.setVisible(true);
2061     vamsasStop.setVisible(true);
2062     vamsasImport.setVisible(false); // Document import to existing session is
2063     // not possible for vamsas-client-1.0.
2064   }
2065
2066   protected void setupVamsasDisconnectedGui()
2067   {
2068     vamsasSave.setVisible(false);
2069     vamsasStop.setVisible(false);
2070     vamsasImport.setVisible(true);
2071     vamsasStart.setText(MessageManager
2072             .getString("label.new_vamsas_session"));
2073   }
2074
2075   @Override
2076   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
2077   {
2078     if (v_client != null)
2079     {
2080       v_client.end_session();
2081       v_client = null;
2082       setupVamsasDisconnectedGui();
2083     }
2084   }
2085
2086   protected void buildVamsasStMenu()
2087   {
2088     if (v_client == null)
2089     {
2090       String[] sess = null;
2091       try
2092       {
2093         sess = VamsasApplication.getSessionList();
2094       } catch (Exception e)
2095       {
2096         jalview.bin.Cache.log.warn(
2097                 "Problem getting current sessions list.", e);
2098         sess = null;
2099       }
2100       if (sess != null)
2101       {
2102         jalview.bin.Cache.log.debug("Got current sessions list: "
2103                 + sess.length + " entries.");
2104         VamsasStMenu.removeAll();
2105         for (int i = 0; i < sess.length; i++)
2106         {
2107           JMenuItem sessit = new JMenuItem();
2108           sessit.setText(sess[i]);
2109           sessit.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
2110                   "label.connect_to_session", new Object[] { sess[i] }));
2111           final Desktop dsktp = this;
2112           final String mysesid = sess[i];
2113           sessit.addActionListener(new ActionListener()
2114           {
2115
2116             @Override
2117             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2118             {
2119               if (dsktp.v_client == null)
2120               {
2121                 Thread rthr = new Thread(new Runnable()
2122                 {
2123
2124                   @Override
2125                   public void run()
2126                   {
2127                     dsktp.v_client = new VamsasApplication(dsktp, mysesid);
2128                     dsktp.setupVamsasConnectedGui();
2129                     dsktp.v_client.initial_update();
2130                   }
2131
2132                 });
2133                 rthr.start();
2134               }
2135             };
2136           });
2137           VamsasStMenu.add(sessit);
2138         }
2139         // don't show an empty menu.
2140         VamsasStMenu.setVisible(sess.length > 0);
2141
2142       }
2143       else
2144       {
2145         jalview.bin.Cache.log.debug("No current vamsas sessions.");
2146         VamsasStMenu.removeAll();
2147         VamsasStMenu.setVisible(false);
2148       }
2149     }
2150     else
2151     {
2152       // Not interested in the content. Just hide ourselves.
2153       VamsasStMenu.setVisible(false);
2154     }
2155   }
2156
2157   @Override
2158   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
2159   {
2160     if (v_client != null)
2161     {
2162       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
2163               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
2164               { "vdj" }, // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
2165               new String[] { "Vamsas Document" }, "Vamsas Document");
2166
2167       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2168       chooser.setDialogTitle(MessageManager
2169               .getString("label.save_vamsas_document_archive"));
2170
2171       int value = chooser.showSaveDialog(this);
2172
2173       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2174       {
2175         java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
2176         JPanel progpanel = addProgressPanel(MessageManager.formatMessage(
2177                 "label.saving_vamsas_doc",
2178                 new Object[] { choice.getName() }));
2179         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
2180         String warnmsg = null;
2181         String warnttl = null;
2182         try
2183         {
2184           v_client.vclient.storeDocument(choice);
2185         } catch (Error ex)
2186         {
2187           warnttl = "Serious Problem saving Vamsas Document";
2188           warnmsg = ex.toString();
2189           jalview.bin.Cache.log.error("Error Whilst saving document to "
2190                   + choice, ex);
2191
2192         } catch (Exception ex)
2193         {
2194           warnttl = "Problem saving Vamsas Document.";
2195           warnmsg = ex.toString();
2196           jalview.bin.Cache.log.warn("Exception Whilst saving document to "
2197                   + choice, ex);
2198
2199         }
2200         removeProgressPanel(progpanel);
2201         if (warnmsg != null)
2202         {
2203           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2204
2205           warnmsg, warnttl, JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2206         }
2207       }
2208     }
2209   }
2210
2211   JPanel vamUpdate = null;
2212
2213   /**
2214    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
2215    *
2216    * @param b
2217    *          true to hide gui, false to reveal gui
2218    */
2219   public void setVamsasUpdate(boolean b)
2220   {
2221     jalview.bin.Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "
2222             + (b ? "in progress" : "finished"));
2223
2224     if (vamUpdate != null)
2225     {
2226       this.removeProgressPanel(vamUpdate);
2227     }
2228     if (b)
2229     {
2230       vamUpdate = this.addProgressPanel(MessageManager
2231               .getString("label.updating_vamsas_session"));
2232     }
2233     vamsasStart.setVisible(!b);
2234     vamsasStop.setVisible(!b);
2235     vamsasSave.setVisible(!b);
2236   }
2237
2238   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2239   {
2240     return desktop.getAllFrames();
2241   }
2242
2243   /**
2244    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2245    * should be informed of a new questionnaire.
2246    *
2247    * @param url
2248    */
2249   public void checkForQuestionnaire(String url)
2250   {
2251     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2252     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2253     new Thread(jvq).start();
2254   }
2255
2256   /**
2257    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2258    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs
2259    * low.
2260    *
2261    * @author AMW
2262    */
2263   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
2264   {
2265
2266     private static final float ONE_MB = 1048576f;
2267
2268     boolean showMemoryUsage = false;
2269
2270     Runtime runtime;
2271
2272     java.text.NumberFormat df;
2273
2274     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2275             percentUsage;
2276
2277     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2278     {
2279       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2280     }
2281
2282     public void showMemoryUsage(boolean showMemory)
2283     {
2284       this.showMemoryUsage = showMemory;
2285       if (showMemory)
2286       {
2287         Thread worker = new Thread(this);
2288         worker.start();
2289       }
2290     }
2291
2292     public boolean isShowMemoryUsage()
2293     {
2294       return showMemoryUsage;
2295     }
2296
2297     @Override
2298     public void run()
2299     {
2300       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2301       df.setMaximumFractionDigits(2);
2302       runtime = Runtime.getRuntime();
2303
2304       while (showMemoryUsage)
2305       {
2306         try
2307         {
2308           maxMemory = runtime.maxMemory() / ONE_MB;
2309           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / ONE_MB;
2310           freeMemory = runtime.freeMemory() / ONE_MB;
2311           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2312
2313           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2314
2315           // if (percentUsage < 20)
2316           {
2317             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2318             // Color.red);
2319             // instance.set.setBorder(border1);
2320           }
2321           repaint();
2322           // sleep after showing usage
2323           Thread.sleep(3000);
2324         } catch (Exception ex)
2325         {
2326           ex.printStackTrace();
2327         }
2328       }
2329     }
2330
2331     @Override
2332     public void paintComponent(Graphics g)
2333     {
2334       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2335       {
2336         if (percentUsage < 20)
2337         {
2338           g.setColor(Color.red);
2339         }
2340         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2341         if (fm != null)
2342         {
2343           g.drawString(MessageManager.formatMessage(
2344                   "label.memory_stats",
2345                   new Object[] { df.format(totalFreeMemory),
2346                       df.format(maxMemory), df.format(percentUsage) }), 10,
2347                   getHeight() - fm.getHeight());
2348         }
2349       }
2350     }
2351   }
2352
2353   /**
2354    * fixes stacking order after a modal dialog to ensure windows that should be
2355    * on top actually are
2356    */
2357   public void relayerWindows()
2358   {
2359
2360   }
2361
2362   protected JMenuItem groovyShell;
2363
2364   /**
2365    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2366    *
2367    * @return an array of AlignFrame, or null if none found
2368    */
2369   public static AlignFrame[] getAlignFrames()
2370   {
2371     if (Jalview.isHeadlessMode())
2372     {
2373       // Desktop.desktop is null in headless mode
2374       return new AlignFrame[] { currentAlignFrame };
2375     }
2376
2377     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2378
2379     if (frames == null)
2380     {
2381       return null;
2382     }
2383     List<AlignFrame> avp = new ArrayList<AlignFrame>();
2384     // REVERSE ORDER
2385     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2386     {
2387       if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2388       {
2389         avp.add((AlignFrame) frames[i]);
2390       }
2391       else if (frames[i] instanceof SplitFrame)
2392       {
2393         /*
2394          * Also check for a split frame containing an AlignFrame
2395          */
2396         GSplitFrame sf = (GSplitFrame) frames[i];
2397         if (sf.getTopFrame() instanceof AlignFrame)
2398         {
2399           avp.add((AlignFrame) sf.getTopFrame());
2400         }
2401         if (sf.getBottomFrame() instanceof AlignFrame)
2402         {
2403           avp.add((AlignFrame) sf.getBottomFrame());
2404         }
2405       }
2406     }
2407     if (avp.size() == 0)
2408     {
2409       return null;
2410     }
2411     AlignFrame afs[] = avp.toArray(new AlignFrame[avp.size()]);
2412     return afs;
2413   }
2414
2415   /**
2416    * Returns an array of any AppJmol frames in the Desktop (or null if none).
2417    *
2418    * @return
2419    */
2420   public GStructureViewer[] getJmols()
2421   {
2422     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2423
2424     if (frames == null)
2425     {
2426       return null;
2427     }
2428     List<GStructureViewer> avp = new ArrayList<GStructureViewer>();
2429     // REVERSE ORDER
2430     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2431     {
2432       if (frames[i] instanceof AppJmol)
2433       {
2434         GStructureViewer af = (GStructureViewer) frames[i];
2435         avp.add(af);
2436       }
2437     }
2438     if (avp.size() == 0)
2439     {
2440       return null;
2441     }
2442     GStructureViewer afs[] = avp.toArray(new GStructureViewer[avp.size()]);
2443     return afs;
2444   }
2445
2446   /**
2447    * Add Groovy Support to Jalview
2448    */
2449   public void groovyShell_actionPerformed()
2450   {
2451     try
2452     {
2453       openGroovyConsole();
2454     } catch (Exception ex)
2455     {
2456       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2457       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2458
2459       MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2460               MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2461               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2462     }
2463   }
2464
2465   /**
2466    * Open the Groovy console
2467    */
2468   void openGroovyConsole()
2469   {
2470     groovyConsole = new groovy.ui.Console();
2471
2472     /*
2473      * bind groovy variable 'Jalview' to the Desktop object
2474      */
2475     groovyConsole.setVariable("Jalview", this);
2476
2477     /*
2478      * start the console
2479      */
2480     groovyConsole.run();
2481
2482     /*
2483      * Allow only one console at a time, so that the AlignFrame menu option
2484      * 'Calculate | Run Groovy script' is unambiguous.
2485      * Disable 'new console', and enable 'Run script', when the console is
2486      * opened, and the reverse when it is closed
2487      */
2488     Window window = (Window) groovyConsole.getFrame();
2489     window.addWindowListener(new WindowAdapter()
2490     {
2491       @Override
2492       public void windowClosed(WindowEvent e)
2493       {
2494         groovyShell.setEnabled(true);
2495         enableExecuteGroovy(false);
2496       }
2497     });
2498
2499     /*
2500      * if we got this far, enable 'Run Groovy' in AlignFrame menus
2501      * and disable opening a second console
2502      */
2503     groovyShell.setEnabled(false);
2504     enableExecuteGroovy(true);
2505   }
2506
2507   /**
2508    * Enable or disable 'Run Groovy script' in AlignFrame calculate menus
2509    *
2510    * @param enabled
2511    */
2512   public void enableExecuteGroovy(boolean enabled)
2513   {
2514     AlignFrame[] alignFrames = getAlignFrames();
2515     if (alignFrames != null)
2516     {
2517       for (AlignFrame af : alignFrames)
2518       {
2519         af.setGroovyEnabled(enabled);
2520       }
2521     }
2522   }
2523
2524   /**
2525    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2526    */
2527   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2528
2529   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2530
2531   /*
2532    * (non-Javadoc)
2533    *
2534    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2535    */
2536   @Override
2537   public void setProgressBar(String message, long id)
2538   {
2539     if (progressBars == null)
2540     {
2541       progressBars = new Hashtable<Long, JPanel>();
2542       progressBarHandlers = new Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler>();
2543     }
2544
2545     if (progressBars.get(new Long(id)) != null)
2546     {
2547       JPanel panel = progressBars.remove(new Long(id));
2548       if (progressBarHandlers.contains(new Long(id)))
2549       {
2550         progressBarHandlers.remove(new Long(id));
2551       }
2552       removeProgressPanel(panel);
2553     }
2554     else
2555     {
2556       progressBars.put(new Long(id), addProgressPanel(message));
2557     }
2558   }
2559
2560   /*
2561    * (non-Javadoc)
2562    *
2563    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2564    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2565    */
2566   @Override
2567   public void registerHandler(final long id,
2568           final IProgressIndicatorHandler handler)
2569   {
2570     if (progressBarHandlers == null
2571             || !progressBars.containsKey(new Long(id)))
2572     {
2573       throw new Error(
2574               MessageManager
2575                       .getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2576     }
2577     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
2578     final JPanel progressPanel = progressBars.get(new Long(id));
2579     if (handler.canCancel())
2580     {
2581       JButton cancel = new JButton(
2582               MessageManager.getString("action.cancel"));
2583       final IProgressIndicator us = this;
2584       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2585       {
2586
2587         @Override
2588         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2589         {
2590           handler.cancelActivity(id);
2591           us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2592                   "label.cancelled_params",
2593                   new Object[] { ((JLabel) progressPanel.getComponent(0))
2594                           .getText() }), id);
2595         }
2596       });
2597       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2598     }
2599   }
2600
2601   /**
2602    *
2603    * @return true if any progress bars are still active
2604    */
2605   @Override
2606   public boolean operationInProgress()
2607   {
2608     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2609     {
2610       return true;
2611     }
2612     return false;
2613   }
2614
2615   /**
2616    * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance.
2617    * It will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular
2618    * av.
2619    *
2620    * @param viewport
2621    * @return alignFrame for viewport
2622    */
2623   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewportI viewport)
2624   {
2625     if (desktop != null)
2626     {
2627       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(viewport.getSequenceSetId());
2628       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2629       {
2630         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == viewport)
2631         {
2632           return aps[panel].alignFrame;
2633         }
2634       }
2635     }
2636     return null;
2637   }
2638
2639   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2640   {
2641     return v_client;
2642
2643   }
2644
2645   /**
2646    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
2647    */
2648   private boolean inBatchMode = false;
2649
2650   /**
2651    * check if jalview GUI is being operated programmatically
2652    *
2653    * @return inBatchMode
2654    */
2655   public boolean isInBatchMode()
2656   {
2657     return inBatchMode;
2658   }
2659
2660   /**
2661    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
2662    *
2663    * @param inBatchMode
2664    */
2665   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
2666   {
2667     this.inBatchMode = inBatchMode;
2668   }
2669
2670   public void startServiceDiscovery()
2671   {
2672     startServiceDiscovery(false);
2673   }
2674
2675   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
2676   {
2677     boolean alive = true;
2678     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
2679     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
2680     if (true)
2681     {
2682       // todo: changesupport handlers need to be transferred
2683       if (discoverer == null)
2684       {
2685         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
2686         // register PCS handler for desktop.
2687         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
2688       }
2689       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
2690       // until we phase out completely
2691       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
2692     }
2693
2694     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
2695     {
2696       if (jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().isRunning())
2697       {
2698         jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().setAborted(true);
2699       }
2700       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().startDiscoverer(
2701               changeSupport);
2702
2703     }
2704     Thread t3 = null;
2705     {
2706       // TODO: do rest service discovery
2707     }
2708     if (blocking)
2709     {
2710       while (alive)
2711       {
2712         try
2713         {
2714           Thread.sleep(15);
2715         } catch (Exception e)
2716         {
2717         }
2718         alive = (t1 != null && t1.isAlive())
2719                 || (t2 != null && t2.isAlive())
2720                 || (t3 != null && t3.isAlive())
2721                 || (t0 != null && t0.isAlive());
2722       }
2723     }
2724   }
2725
2726   /**
2727    * called to check if the service discovery process completed successfully.
2728    *
2729    * @param evt
2730    */
2731   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
2732   {
2733     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
2734     {
2735       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2736               .getErrorMessages();
2737       if (ermsg != null)
2738       {
2739         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
2740         {
2741           if (serviceChangedDialog == null)
2742           {
2743             // only run if we aren't already displaying one of these.
2744             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
2745             {
2746               @Override
2747               public void run()
2748               {
2749
2750                 /*
2751                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
2752                  *
2753                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
2754                  * Auto-generated method stub
2755                  *
2756                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
2757                  * Auto-generated method stub
2758                  *
2759                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
2760                  * Auto-generated method stub
2761                  *
2762                  * } }; jd.initDialogFrame(new
2763                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
2764                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
2765                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
2766                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
2767                  * +
2768                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
2769                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
2770                  * 400);
2771                  *
2772                  * jd.waitForInput();
2773                  */
2774                 JOptionPane
2775                         .showConfirmDialog(
2776                                 Desktop.desktop,
2777                                 new JLabel(
2778                                         "<html><table width=\"450\"><tr><td>"
2779                                                 + ermsg
2780                                                 + "</td></tr></table>"
2781                                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
2782                                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
2783                                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
2784                                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
2785                                 "Web Service Configuration Problem",
2786                                 JOptionPane.DEFAULT_OPTION,
2787                                 JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2788                 serviceChangedDialog = null;
2789
2790               }
2791             });
2792           }
2793         }
2794         else
2795         {
2796           Cache.log
2797                   .error("Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
2798                           + ermsg);
2799         }
2800       }
2801     }
2802   }
2803
2804   private Runnable serviceChangedDialog = null;
2805
2806   /**
2807    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
2808    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
2809    * to open the URL.
2810    *
2811    * @param url
2812    */
2813   public static void showUrl(final String url)
2814   {
2815     showUrl(url, Desktop.instance);
2816   }
2817
2818   /**
2819    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
2820    *
2821    * @param url
2822    * @param progress
2823    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
2824    */
2825   public static void showUrl(final String url,
2826           final IProgressIndicator progress)
2827   {
2828     new Thread(new Runnable()
2829     {
2830       @Override
2831       public void run()
2832       {
2833         try
2834         {
2835           if (progress != null)
2836           {
2837             progress.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2838                     "status.opening_params", new Object[] { url }), this
2839                     .hashCode());
2840           }
2841           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
2842         } catch (Exception ex)
2843         {
2844           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2845                   MessageManager
2846                           .getString("label.web_browser_not_found_unix"),
2847                   MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
2848                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2849
2850           ex.printStackTrace();
2851         }
2852         if (progress != null)
2853         {
2854           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
2855         }
2856       }
2857     }).start();
2858   }
2859
2860   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
2861
2862   public static ParamManager getUserParameterStore()
2863   {
2864     if (wsparamManager == null)
2865     {
2866       wsparamManager = new WsParamSetManager();
2867     }
2868     return wsparamManager;
2869   }
2870
2871   /**
2872    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
2873    *
2874    * @param e
2875    */
2876   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
2877   {
2878     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
2879     {
2880       String url = null;
2881       try
2882       {
2883         url = e.getURL().toString();
2884         Desktop.showUrl(url);
2885       } catch (Exception x)
2886       {
2887         if (url != null)
2888         {
2889           if (Cache.log != null)
2890           {
2891             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
2892           }
2893           else
2894           {
2895             System.err.println("Couldn't handle string " + url
2896                     + " as a URL.");
2897           }
2898         }
2899         // ignore any exceptions due to dud links.
2900       }
2901
2902     }
2903   }
2904
2905   /**
2906    * single thread that handles display of dialogs to user.
2907    */
2908   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
2909
2910   /**
2911    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
2912    */
2913   private volatile boolean dialogPause = true;
2914
2915   /**
2916    * pause the queue
2917    */
2918   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
2919
2920   private static groovy.ui.Console groovyConsole;
2921
2922   /**
2923    * add another dialog thread to the queue
2924    *
2925    * @param prompter
2926    */
2927   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
2928   {
2929     dialogExecutor.submit(new Runnable()
2930     {
2931       @Override
2932       public void run()
2933       {
2934         if (dialogPause)
2935         {
2936           try
2937           {
2938             block.acquire();
2939           } catch (InterruptedException x)
2940           {
2941           }
2942           ;
2943         }
2944         if (instance == null)
2945         {
2946           return;
2947         }
2948         try
2949         {
2950           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
2951         } catch (Exception q)
2952         {
2953           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
2954         }
2955       }
2956     });
2957   }
2958
2959   public void startDialogQueue()
2960   {
2961     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
2962     // the current task to begin
2963     dialogPause = false;
2964     block.release();
2965   }
2966
2967   @Override
2968   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
2969   {
2970     invalidate();
2971     File of;
2972     ImageMaker im = new jalview.util.ImageMaker(this, ImageMaker.TYPE.EPS,
2973             "View of Desktop", getWidth(), getHeight(), of = new File(
2974                     "Jalview_snapshot" + System.currentTimeMillis()
2975                             + ".eps"), "View of desktop", null, 0, false);
2976     try
2977     {
2978       paintAll(im.getGraphics());
2979       im.writeImage();
2980     } catch (Exception q)
2981     {
2982       Cache.log.error("Couldn't write snapshot to " + of.getAbsolutePath(),
2983               q);
2984       return;
2985     }
2986     Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
2987             + of.getAbsolutePath());
2988   }
2989
2990   /**
2991    * Explode the views in the given SplitFrame into separate SplitFrame windows.
2992    * This respects (remembers) any previous 'exploded geometry' i.e. the size
2993    * and location last time the view was expanded (if any). However it does not
2994    * remember the split pane divider location - this is set to match the
2995    * 'exploding' frame.
2996    *
2997    * @param sf
2998    */
2999   public void explodeViews(SplitFrame sf)
3000   {
3001     AlignFrame oldTopFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3002     AlignFrame oldBottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3003     List<? extends AlignmentViewPanel> topPanels = oldTopFrame
3004             .getAlignPanels();
3005     List<? extends AlignmentViewPanel> bottomPanels = oldBottomFrame
3006             .getAlignPanels();
3007     int viewCount = topPanels.size();
3008     if (viewCount < 2)
3009     {
3010       return;
3011     }
3012
3013     /*
3014      * Processing in reverse order works, forwards order leaves the first panels
3015      * not visible. I don't know why!
3016      */
3017     for (int i = viewCount - 1; i >= 0; i--)
3018     {
3019       /*
3020        * Make new top and bottom frames. These take over the respective
3021        * AlignmentPanel objects, including their AlignmentViewports, so the
3022        * cdna/protein relationships between the viewports is carried over to the
3023        * new split frames.
3024        *
3025        * explodedGeometry holds the (x, y) position of the previously exploded
3026        * SplitFrame, and the (width, height) of the AlignFrame component
3027        */
3028       AlignmentPanel topPanel = (AlignmentPanel) topPanels.get(i);
3029       AlignFrame newTopFrame = new AlignFrame(topPanel);
3030       newTopFrame.setSize(oldTopFrame.getSize());
3031       newTopFrame.setVisible(true);
3032       Rectangle geometry = ((AlignViewport) topPanel.getAlignViewport())
3033               .getExplodedGeometry();
3034       if (geometry != null)
3035       {
3036         newTopFrame.setSize(geometry.getSize());
3037       }
3038
3039       AlignmentPanel bottomPanel = (AlignmentPanel) bottomPanels.get(i);
3040       AlignFrame newBottomFrame = new AlignFrame(bottomPanel);
3041       newBottomFrame.setSize(oldBottomFrame.getSize());
3042       newBottomFrame.setVisible(true);
3043       geometry = ((AlignViewport) bottomPanel.getAlignViewport())
3044               .getExplodedGeometry();
3045       if (geometry != null)
3046       {
3047         newBottomFrame.setSize(geometry.getSize());
3048       }
3049
3050       topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3051       bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3052       JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(newTopFrame,
3053               newBottomFrame);
3054       if (geometry != null)
3055       {
3056         splitFrame.setLocation(geometry.getLocation());
3057       }
3058       Desktop.addInternalFrame(splitFrame, sf.getTitle(), -1, -1);
3059     }
3060
3061     /*
3062      * Clear references to the panels (now relocated in the new SplitFrames)
3063      * before closing the old SplitFrame.
3064      */
3065     topPanels.clear();
3066     bottomPanels.clear();
3067     sf.close();
3068   }
3069
3070   /**
3071    * Gather expanded split frames, sharing the same pairs of sequence set ids,
3072    * back into the given SplitFrame as additional views. Note that the gathered
3073    * frames may themselves have multiple views.
3074    *
3075    * @param source
3076    */
3077   public void gatherViews(GSplitFrame source)
3078   {
3079     /*
3080      * special handling of explodedGeometry for a view within a SplitFrame: - it
3081      * holds the (x, y) position of the enclosing SplitFrame, and the (width,
3082      * height) of the AlignFrame component
3083      */
3084     AlignFrame myTopFrame = (AlignFrame) source.getTopFrame();
3085     AlignFrame myBottomFrame = (AlignFrame) source.getBottomFrame();
3086     myTopFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3087             source.getY(), myTopFrame.getWidth(), myTopFrame.getHeight()));
3088     myBottomFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3089             source.getY(), myBottomFrame.getWidth(), myBottomFrame
3090                     .getHeight()));
3091     myTopFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3092     myBottomFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3093     String topViewId = myTopFrame.viewport.getSequenceSetId();
3094     String bottomViewId = myBottomFrame.viewport.getSequenceSetId();
3095
3096     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
3097     for (JInternalFrame frame : frames)
3098     {
3099       if (frame instanceof SplitFrame && frame != source)
3100       {
3101         SplitFrame sf = (SplitFrame) frame;
3102         AlignFrame topFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3103         AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3104         boolean gatherThis = false;
3105         for (int a = 0; a < topFrame.alignPanels.size(); a++)
3106         {
3107           AlignmentPanel topPanel = topFrame.alignPanels.get(a);
3108           AlignmentPanel bottomPanel = bottomFrame.alignPanels.get(a);
3109           if (topViewId.equals(topPanel.av.getSequenceSetId())
3110                   && bottomViewId.equals(bottomPanel.av.getSequenceSetId()))
3111           {
3112             gatherThis = true;
3113             topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3114             bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3115             topPanel.av.setExplodedGeometry(new Rectangle(sf.getLocation(),
3116                     topFrame.getSize()));
3117             bottomPanel.av.setExplodedGeometry(new Rectangle(sf
3118                     .getLocation(), bottomFrame.getSize()));
3119             myTopFrame.addAlignmentPanel(topPanel, false);
3120             myBottomFrame.addAlignmentPanel(bottomPanel, false);
3121           }
3122         }
3123
3124         if (gatherThis)
3125         {
3126           topFrame.getAlignPanels().clear();
3127           bottomFrame.getAlignPanels().clear();
3128           sf.close();
3129         }
3130       }
3131     }
3132
3133     /*
3134      * The dust settles...give focus to the tab we did this from.
3135      */
3136     myTopFrame.setDisplayedView(myTopFrame.alignPanel);
3137
3138   }
3139
3140   public static AlignFrame getCurrentAlignFrame()
3141   {
3142     return currentAlignFrame;
3143   }
3144
3145   public static void setCurrentAlignFrame(AlignFrame currentAlignFrame)
3146   {
3147     Desktop.currentAlignFrame = currentAlignFrame;
3148   }
3149
3150   public static groovy.ui.Console getGroovyConsole()
3151   {
3152     return groovyConsole;
3153   }
3154
3155   public static void transferFromDropTarget(List<String> files,
3156           List<String> protocols, DropTargetDropEvent evt, Transferable t)
3157           throws Exception
3158   {
3159
3160     DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
3161             "text/uri-list;class=java.lang.String");
3162     if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3163     {
3164       // Works on Windows and MacOSX
3165       Cache.log.debug("Drop handled as javaFileListFlavor");
3166       evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
3167       files.addAll((java.util.List<String>) t
3168               .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor));
3169     }
3170     else
3171     {
3172       // Unix like behaviour
3173       boolean added = false;
3174       String data = null;
3175       if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
3176       {
3177         Cache.log.debug("Drop handled as uriListFlavor");
3178         // This is used by Unix drag system
3179         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
3180         data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
3181       }
3182       if (data == null)
3183       {
3184         // fallback to text: workaround - on OSX where there's a JVM bug
3185         Cache.log.debug("standard URIListFlavor failed. Trying text");
3186         // try text fallback
3187         data = (String) t.getTransferData(new DataFlavor(
3188                 "text/plain;class=java.lang.String"));
3189         if (Cache.log.isDebugEnabled())
3190         {
3191           Cache.log.debug("fallback returned " + data);
3192         }
3193       }
3194       while (protocols.size() < files.size())
3195       {
3196         Cache.log.debug("Adding missing FILE protocol for "
3197                 + files.get(protocols.size()));
3198         protocols.add(FormatAdapter.FILE);
3199       }
3200       for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
3201               data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
3202       {
3203         added = true;
3204         String s = st.nextToken();
3205         if (s.startsWith("#"))
3206         {
3207           // the line is a comment (as per the RFC 2483)
3208           continue;
3209         }
3210         java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
3211         if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
3212         {
3213           protocols.add(FormatAdapter.URL);
3214           files.add(uri.toString());
3215         }
3216         else
3217         {
3218           // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
3219           java.io.File file = new java.io.File(uri);
3220           protocols.add(FormatAdapter.FILE);
3221           files.add(file.toString());
3222         }
3223       }
3224       if (Cache.log.isDebugEnabled())
3225       {
3226         if (data == null || !added)
3227         {
3228           Cache.log
3229                   .debug("Couldn't resolve drop data. Here are the supported flavors:");
3230           for (DataFlavor fl : t.getTransferDataFlavors())
3231           {
3232             Cache.log.debug("Supported transfer dataflavor: "
3233                     + fl.toString());
3234             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
3235             Object df = t.getTransferData(fl);
3236             if (df != null)
3237             {
3238               Cache.log.debug("Retrieves: " + df);
3239             }
3240             else
3241             {
3242               Cache.log.debug("Retrieved nothing");
3243             }
3244           }
3245         }
3246       }
3247     }
3248   }
3249 }