src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.io.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.datatransfer.*;\r
  25 import java.awt.dnd.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * DOCUMENT ME!\r
  33  *\r
  34  * @author $author$\r
  35  * @version $Revision$\r
  36  */\r
  37 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop\r
  38     implements DropTargetListener, ClipboardOwner\r
  39 {\r
  40     /** DOCUMENT ME!! */\r
  41     public static Desktop instance;\r
  42     public static JDesktopPane desktop;\r
  43     static int openFrameCount = 0;\r
  44     static final int xOffset = 30;\r
  45     static final int yOffset = 30;\r
  46     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;\r
  47 \r
  48     public static Object [] jalviewClipboard;\r
  49 \r
  50 \r
  51     /**\r
  52      * Creates a new Desktop object.\r
  53      */\r
  54     public Desktop()\r
  55     {\r
  56         instance = this;\r
  57 \r
  58         Image image = null;\r
  59 \r
  60         try\r
  61         {\r
  62             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");\r
  63 \r
  64             if (url != null)\r
  65             {\r
  66                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);\r
  67 \r
  68                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);\r
  69                 mt.addImage(image, 0);\r
  70                 mt.waitForID(0);\r
  71                 setIconImage(image);\r
  72             }\r
  73         }\r
  74         catch (Exception ex)\r
  75         {\r
  76         }\r
  77 \r
  78         setTitle("Jalview "+jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));\r
  79         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);\r
  80         desktop = new JDesktopPane();\r
  81         desktop.setBackground(Color.white);\r
  82         setContentPane(desktop);\r
  83         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);\r
  84 \r
  85         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum\r
  86         // if previous window was maximised\r
  87         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());\r
  88 \r
  89         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();\r
  90         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");\r
  91         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");\r
  92         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");\r
  93         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");\r
  94 \r
  95         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))\r
  96         {\r
  97             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),\r
  98                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));\r
  99         }\r
 100         else\r
 101         {\r
 102             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,\r
 103                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);\r
 104         }\r
 105 \r
 106         this.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 107             {\r
 108                 public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
 109                 {\r
 110                     quit();\r
 111                 }\r
 112             });\r
 113 \r
 114         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));\r
 115 \r
 116         /////////Add a splashscreen on startup\r
 117         /////////Add a splashscreen on startup\r
 118         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
 119 \r
 120         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);\r
 121         frame.setContentPane(splash);\r
 122         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 123         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),\r
 124             (int) ((getHeight() - 160) / 2));\r
 125 \r
 126         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);\r
 127 \r
 128         discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.\r
 129 \r
 130     }\r
 131 \r
 132     /**\r
 133      * DOCUMENT ME!\r
 134      *\r
 135      * @param frame DOCUMENT ME!\r
 136      * @param title DOCUMENT ME!\r
 137      * @param w DOCUMENT ME!\r
 138      * @param h DOCUMENT ME!\r
 139      */\r
 140     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,\r
 141         String title, int w, int h)\r
 142     {\r
 143         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);\r
 144     }\r
 145 \r
 146     /**\r
 147      * DOCUMENT ME!\r
 148      *\r
 149      * @param frame DOCUMENT ME!\r
 150      * @param title DOCUMENT ME!\r
 151      * @param w DOCUMENT ME!\r
 152      * @param h DOCUMENT ME!\r
 153      * @param resizable DOCUMENT ME!\r
 154      */\r
 155     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,\r
 156         String title, int w, int h, boolean resizable)\r
 157     {\r
 158 \r
 159       frame.setTitle(title);\r
 160       if(frame.getWidth()<1 || frame.getHeight()<1)\r
 161       {\r
 162         frame.setSize(w, h);\r
 163       }\r
 164       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN\r
 165       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN\r
 166       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS\r
 167       /////////////////////////////////////////////////\r
 168       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 169           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
 170       {\r
 171         return;\r
 172       }\r
 173 \r
 174 \r
 175         openFrameCount++;\r
 176 \r
 177         frame.setVisible(true);\r
 178         frame.setClosable(true);\r
 179         frame.setResizable(resizable);\r
 180         frame.setMaximizable(resizable);\r
 181         frame.setIconifiable(resizable);\r
 182         frame.setFrameIcon(null);\r
 183 \r
 184         if (frame.getX()<1 && frame.getY()<1)\r
 185        {\r
 186          frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * ((openFrameCount-1)%10)+yOffset);\r
 187        }\r
 188 \r
 189         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);\r
 190         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
 191             {\r
 192               public void internalFrameActivated(javax.swing.event.\r
 193                                                  InternalFrameEvent evt)\r
 194               {\r
 195                 JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();\r
 196                 if (itf != null)\r
 197                   itf.requestFocus();\r
 198 \r
 199               }\r
 200 \r
 201                 public void internalFrameClosed(\r
 202                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
 203                 {\r
 204                     openFrameCount--;\r
 205                     windowMenu.remove(menuItem);\r
 206                     JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();\r
 207                        if (itf != null)\r
 208                         itf.requestFocus();\r
 209                 }\r
 210                 ;\r
 211             });\r
 212 \r
 213         menuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 214             {\r
 215                 public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 216                 {\r
 217                     try\r
 218                     {\r
 219                         frame.setSelected(true);\r
 220                         frame.setIcon(false);\r
 221                     }\r
 222                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)\r
 223                     {\r
 224 \r
 225                     }\r
 226                 }\r
 227             });\r
 228 \r
 229         windowMenu.add(menuItem);\r
 230 \r
 231         desktop.add(frame);\r
 232         frame.toFront();\r
 233         try{\r
 234           frame.setSelected(true);\r
 235           frame.requestFocus();\r
 236         }catch(java.beans.PropertyVetoException ve)\r
 237         {}\r
 238     }\r
 239 \r
 240     public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)\r
 241     {\r
 242       Desktop.jalviewClipboard = null;\r
 243     }\r
 244 \r
 245     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)\r
 246     {}\r
 247 \r
 248     public void dragExit(DropTargetEvent evt)\r
 249     {}\r
 250 \r
 251     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)\r
 252     {}\r
 253 \r
 254     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)\r
 255     {}\r
 256 \r
 257     /**\r
 258      * DOCUMENT ME!\r
 259      *\r
 260      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 261      */\r
 262     public void drop(DropTargetDropEvent evt)\r
 263     {\r
 264         Transferable t = evt.getTransferable();\r
 265         java.util.List files = null;\r
 266 \r
 267         try\r
 268         {\r
 269           DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor("text/uri-list;class=java.lang.String");\r
 270           if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))\r
 271           {\r
 272             //Works on Windows and MacOSX\r
 273             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);\r
 274             files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);\r
 275           }\r
 276           else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))\r
 277           {\r
 278             // This is used by Unix drag system\r
 279             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);\r
 280             String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);\r
 281             files = new java.util.ArrayList(1);\r
 282             for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(\r
 283                 data,\r
 284                 "\r\n");\r
 285                  st.hasMoreTokens(); )\r
 286             {\r
 287               String s = st.nextToken();\r
 288               if (s.startsWith("#"))\r
 289               {\r
 290                 // the line is a comment (as per the RFC 2483)\r
 291                 continue;\r
 292               }\r
 293 \r
 294               java.net.URI uri = new java.net.URI(s);\r
 295               java.io.File file = new java.io.File(uri);\r
 296               files.add(file);\r
 297             }\r
 298           }\r
 299         }\r
 300         catch (Exception e)\r
 301         {\r
 302           e.printStackTrace();\r
 303         }\r
 304 \r
 305         if (files != null)\r
 306         {\r
 307           try\r
 308           {\r
 309             for (int i = 0; i < files.size(); i++)\r
 310             {\r
 311               String file = files.get(i).toString();\r
 312               String protocol = FormatAdapter.FILE;\r
 313               String format = null;\r
 314 \r
 315               if (file.endsWith(".jar"))\r
 316               {\r
 317                 format = "Jalview";\r
 318 \r
 319               }\r
 320               else\r
 321               {\r
 322                 format = new IdentifyFile().Identify(file,\r
 323                                                           protocol);\r
 324               }\r
 325               LoadFile(file, protocol, format);\r
 326             }\r
 327           }\r
 328           catch (Exception ex)\r
 329           {\r
 330             ex.printStackTrace();\r
 331           }\r
 332         }\r
 333     }\r
 334 \r
 335     /**\r
 336      * DOCUMENT ME!\r
 337      *\r
 338      * @param e DOCUMENT ME!\r
 339      */\r
 340     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 341     {\r
 342         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 343                     "LAST_DIRECTORY"),\r
 344                 new String[]\r
 345                 {\r
 346                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",\r
 347                     "jar"\r
 348                 },\r
 349                 new String[]\r
 350                 {\r
 351                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"\r
 352                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));\r
 353 \r
 354         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 355         chooser.setDialogTitle("Open local file");\r
 356         chooser.setToolTipText("Open");\r
 357 \r
 358         int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 359 \r
 360         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 361         {\r
 362             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 363             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 364                 chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 365 \r
 366             String format = null;\r
 367             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))\r
 368             {\r
 369               format = "Jalview";\r
 370             }\r
 371             else\r
 372             {\r
 373                 format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);\r
 374             }\r
 375 \r
 376             jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);\r
 377             LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);\r
 378         }\r
 379     }\r
 380 \r
 381     /**\r
 382      * DOCUMENT ME!\r
 383      *\r
 384      * @param file DOCUMENT ME!\r
 385      * @param protocol DOCUMENT ME!\r
 386      * @param format DOCUMENT ME!\r
 387      */\r
 388     public void LoadFile(String file, String protocol, String format)\r
 389     {\r
 390       FileLoader fileLoader = new FileLoader();\r
 391       fileLoader.LoadFile(file, protocol, format);\r
 392     }\r
 393 \r
 394     /**\r
 395      * DOCUMENT ME!\r
 396      *\r
 397      * @param e DOCUMENT ME!\r
 398      */\r
 399     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 400     {\r
 401       // This construct allows us to have a wider textfield\r
 402       // for viewing\r
 403       JLabel label = new JLabel("Enter URL of Input File");\r
 404       JTextField textinput = new JTextField("http://www.", 40);\r
 405       JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 406       panel.add(label, BorderLayout.NORTH);\r
 407       panel.add(textinput, BorderLayout.SOUTH);\r
 408 \r
 409 \r
 410        int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop,\r
 411           panel, "Input Alignment From URL",\r
 412           JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION );\r
 413 \r
 414 \r
 415         if (reply != JOptionPane.OK_OPTION )\r
 416         {\r
 417             return;\r
 418         }\r
 419 \r
 420         String url = textinput.getText();\r
 421 \r
 422         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))\r
 423         {\r
 424                jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", "Jalview");\r
 425                new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(url);\r
 426         }\r
 427         else\r
 428         {\r
 429 \r
 430           String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);\r
 431 \r
 432           if (format.equals("URL NOT FOUND"))\r
 433           {\r
 434             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 435                                                   "Couldn't locate " + url,\r
 436                                                   "URL not found",\r
 437                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 438 \r
 439             return;\r
 440           }\r
 441 \r
 442           LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);\r
 443         }\r
 444     }\r
 445 \r
 446     /**\r
 447      * DOCUMENT ME!\r
 448      *\r
 449      * @param e DOCUMENT ME!\r
 450      */\r
 451     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 452     {\r
 453         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 454         cap.setForInput();\r
 455         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);\r
 456     }\r
 457 \r
 458     /*\r
 459      * Exit the program\r
 460      */\r
 461     public void quit()\r
 462     {\r
 463         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");\r
 464         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");\r
 465         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");\r
 466         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");\r
 467         System.exit(0);\r
 468     }\r
 469 \r
 470     /**\r
 471      * DOCUMENT ME!\r
 472      *\r
 473      * @param e DOCUMENT ME!\r
 474      */\r
 475     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 476     {\r
 477       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView version " +\r
 478                                               jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 479           "VERSION") +\r
 480                                               "; last updated: " +\r
 481                                               jalview.bin.\r
 482                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));\r
 483 \r
 484       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(\r
 485           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))\r
 486       {\r
 487         message.append("\n\n!! Jalview version "\r
 488                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")\r
 489                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");\r
 490 \r
 491       }\r
 492 \r
 493       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +\r
 494             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +\r
 495             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +\r
 496             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +\r
 497             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +\r
 498             "\nBioinformatics,  2004 12;426-7.");\r
 499 \r
 500         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 501 \r
 502            message.toString(), "About Jalview",\r
 503             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 504     }\r
 505 \r
 506     /**\r
 507      * DOCUMENT ME!\r
 508      *\r
 509      * @param e DOCUMENT ME!\r
 510      */\r
 511     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 512     {\r
 513         try\r
 514         {\r
 515             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();\r
 516             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");\r
 517             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);\r
 518 \r
 519             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();\r
 520             hb.setCurrentID("home");\r
 521             hb.setDisplayed(true);\r
 522         }\r
 523         catch (Exception ex)\r
 524         {\r
 525             ex.printStackTrace();\r
 526         }\r
 527     }\r
 528 \r
 529     /**\r
 530      * DOCUMENT ME!\r
 531      *\r
 532      * @param e DOCUMENT ME!\r
 533      */\r
 534     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 535     {\r
 536         new Preferences();\r
 537     }\r
 538 \r
 539     /**\r
 540      * DOCUMENT ME!\r
 541      *\r
 542      * @param e DOCUMENT ME!\r
 543      */\r
 544     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 545     {\r
 546         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 547                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },\r
 548                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");\r
 549 \r
 550         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 551         chooser.setDialogTitle("Save State");\r
 552 \r
 553         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 554 \r
 555         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 556         {\r
 557             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();\r
 558             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());\r
 559             new Jalview2XML().SaveState(choice);\r
 560         }\r
 561     }\r
 562 \r
 563     /**\r
 564      * DOCUMENT ME!\r
 565      *\r
 566      * @param e DOCUMENT ME!\r
 567      */\r
 568     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 569     {\r
 570         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 571                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },\r
 572                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");\r
 573         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 574         chooser.setDialogTitle("Restore state");\r
 575 \r
 576         int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 577 \r
 578         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 579         {\r
 580             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();\r
 581             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 582                 chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 583             new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(choice);\r
 584         }\r
 585     }\r
 586 \r
 587   /*  public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 588     {\r
 589       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 590           getProperty("LAST_DIRECTORY"));\r
 591 \r
 592       chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 593       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");\r
 594       chooser.setToolTipText("Import");\r
 595 \r
 596       int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 597 \r
 598       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 599       {\r
 600         jalview.io.VamsasDatastore vs = new jalview.io.VamsasDatastore(null);\r
 601         vs.load(\r
 602             chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath()\r
 603             );\r
 604       }\r
 605 \r
 606     }*/\r
 607 \r
 608 \r
 609     public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 610     {\r
 611       SequenceFetcher sf = new SequenceFetcher(null);\r
 612     }\r
 613 }\r
 614 \r