src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.api.StructureSelectionManagerProvider;
  26 import jalview.bin.ApplicationSingletonProvider;
  27 import jalview.bin.ApplicationSingletonProvider.ApplicationSingletonI;
  28 import jalview.bin.Cache;
  29 import jalview.bin.Jalview;
  30 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
  31 import jalview.io.BackupFiles;
  32 import jalview.io.DataSourceType;
  33 import jalview.io.FileFormat;
  34 import jalview.io.FileFormatException;
  35 import jalview.io.FileFormatI;
  36 import jalview.io.FileFormats;
  37 import jalview.io.FileLoader;
  38 import jalview.io.FormatAdapter;
  39 import jalview.io.IdentifyFile;
  40 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  41 import jalview.io.JalviewFileView;
  42 import jalview.jbgui.GDesktop;
  43 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  44 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  45 import jalview.project.Jalview2XML;
  46 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  47 import jalview.urls.IdOrgSettings;
  48 import jalview.util.BrowserLauncher;
  49 import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
  50 import jalview.util.MessageManager;
  51 import jalview.util.Platform;
  52 import jalview.util.UrlConstants;
  53 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  54 import jalview.ws.jws1.Discoverer;
  55 import jalview.ws.params.ParamManager;
  56 import jalview.ws.utils.UrlDownloadClient;
  57
  58 import java.awt.BorderLayout;
  59 import java.awt.Color;
  60 import java.awt.Dimension;
  61 import java.awt.FontMetrics;
  62 import java.awt.Graphics;
  63 import java.awt.GridLayout;
  64 import java.awt.Point;
  65 import java.awt.Rectangle;
  66 import java.awt.Toolkit;
  67 import java.awt.Window;
  68 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  69 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  70 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  71 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  72 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  73 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  74 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  75 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  76 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  77 import java.awt.event.ActionEvent;
  78 import java.awt.event.ActionListener;
  79 import java.awt.event.InputEvent;
  80 import java.awt.event.KeyEvent;
  81 import java.awt.event.MouseAdapter;
  82 import java.awt.event.MouseEvent;
  83 import java.awt.event.WindowAdapter;
  84 import java.awt.event.WindowEvent;
  85 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  86 import java.beans.PropertyChangeListener;
  87 import java.io.BufferedInputStream;
  88 import java.io.File;
  89 import java.io.FileOutputStream;
  90 import java.io.IOException;
  91 import java.net.URL;
  92 import java.util.ArrayList;
  93 import java.util.Hashtable;
  94 import java.util.List;
  95 import java.util.ListIterator;
  96 import java.util.Vector;
  97 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  98 import java.util.concurrent.Executors;
  99 import java.util.concurrent.Semaphore;
 100
 101 import javax.swing.AbstractAction;
 102 import javax.swing.Action;
 103 import javax.swing.ActionMap;
 104 import javax.swing.Box;
 105 import javax.swing.BoxLayout;
 106 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
 107 import javax.swing.DesktopManager;
 108 import javax.swing.InputMap;
 109 import javax.swing.JButton;
 110 import javax.swing.JCheckBox;
 111 import javax.swing.JComboBox;
 112 import javax.swing.JComponent;
 113 import javax.swing.JDesktopPane;
 114 import javax.swing.JFrame;
 115 import javax.swing.JInternalFrame;
 116 import javax.swing.JLabel;
 117 import javax.swing.JMenuItem;
 118 import javax.swing.JPanel;
 119 import javax.swing.JPopupMenu;
 120 import javax.swing.JProgressBar;
 121 import javax.swing.JTextField;
 122 import javax.swing.KeyStroke;
 123 import javax.swing.SwingUtilities;
 124 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
 125 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
 126 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
 127 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
 128 import javax.swing.event.MenuEvent;
 129 import javax.swing.event.MenuListener;
 130
 131 import org.stackoverflowusers.file.WindowsShortcut;
 132
 133 /**
 134  * Jalview Desktop
 135  *
 136  *
 137  * @author $author$
 138  * @version $Revision: 1.155 $
 139  */
 140 @SuppressWarnings("serial")
 141 public class Desktop extends GDesktop
 142         implements DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 143         StructureSelectionManagerProvider, ApplicationSingletonI
 144 {
 145
 146   private final static int DEFAULT_MIN_WIDTH = 300;
 147
 148   private final static int DEFAULT_MIN_HEIGHT = 250;
 149
 150   private final static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH = 600;
 151
 152   private final static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT = 70;
 153
 154   private final static String EXPERIMENTAL_FEATURES = "EXPERIMENTAL_FEATURES";
 155
 156   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 157
 158   /**
 159    * news reader - null if it was never started.
 160    */
 161   BlogReader jvnews = null;
 162
 163   private File projectFile;
 164
 165   /**
 166    * @param listener
 167    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 168    */
 169   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 170           PropertyChangeListener listener)
 171   {
 172     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 173   }
 174
 175   /**
 176    * @param propertyName
 177    * @param listener
 178    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 179    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 180    */
 181   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 182           PropertyChangeListener listener)
 183   {
 184     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 185   }
 186
 187   /**
 188    * @param propertyName
 189    * @param listener
 190    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 191    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 192    */
 193   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 194           PropertyChangeListener listener)
 195   {
 196     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 197             listener);
 198   }
 199
 200   public static MyDesktopPane getDesktopPane()
 201   {
 202     Desktop desktop = getInstance();
 203     return desktop == null ? null : desktop.desktopPane;
 204   }
 205
 206   public static StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
 207   {
 208     return StructureSelectionManager
 209             .getStructureSelectionManager(getInstance());
 210   }
 211
 212   static int openFrameCount = 0;
 213
 214   static final int xOffset = 30;
 215
 216   static final int yOffset = 30;
 217
 218   public Discoverer discoverer;
 219
 220   public Object[] jalviewClipboard;
 221
 222   public boolean internalCopy = false;
 223
 224   private static int fileLoadingCount = 0;
 225
 226   public JInternalFrame conservationSlider;
 227
 228   public JInternalFrame PIDSlider;
 229
 230   /**
 231    * just an instance (for testng, probably); no actual frames
 232    */
 233   private boolean instanceOnly;
 234
 235   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 236   {
 237
 238     private DesktopManager delegate;
 239
 240     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 241     {
 242       this.delegate = delegate;
 243     }
 244
 245     @Override
 246     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 247     {
 248       try
 249       {
 250         delegate.activateFrame(f);
 251       } catch (NullPointerException npe)
 252       {
 253         Point p = getMousePosition();
 254         showPasteMenu(p.x, p.y);
 255       }
 256     }
 257
 258     @Override
 259     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 260     {
 261       delegate.beginDraggingFrame(f);
 262     }
 263
 264     @Override
 265     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 266     {
 267       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 268     }
 269
 270     @Override
 271     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 272     {
 273       delegate.closeFrame(f);
 274     }
 275
 276     @Override
 277     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 278     {
 279       delegate.deactivateFrame(f);
 280     }
 281
 282     @Override
 283     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 284     {
 285       delegate.deiconifyFrame(f);
 286     }
 287
 288     @Override
 289     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 290     {
 291       if (newY < 0)
 292       {
 293         newY = 0;
 294       }
 295       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 296     }
 297
 298     @Override
 299     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 300     {
 301       delegate.endDraggingFrame(f);
 302       desktopPane.repaint();
 303     }
 304
 305     @Override
 306     public void endResizingFrame(JComponent f)
 307     {
 308       delegate.endResizingFrame(f);
 309       desktopPane.repaint();
 310     }
 311
 312     @Override
 313     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 314     {
 315       delegate.iconifyFrame(f);
 316     }
 317
 318     @Override
 319     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 320     {
 321       delegate.maximizeFrame(f);
 322     }
 323
 324     @Override
 325     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 326     {
 327       delegate.minimizeFrame(f);
 328     }
 329
 330     @Override
 331     public void openFrame(JInternalFrame f)
 332     {
 333       delegate.openFrame(f);
 334     }
 335
 336     @Override
 337     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 338             int newHeight)
 339     {
 340       if (newY < 0)
 341       {
 342         newY = 0;
 343       }
 344       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 345     }
 346
 347     @Override
 348     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 349             int newWidth, int newHeight)
 350     {
 351       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 352     }
 353
 354     // All other methods, simply delegate
 355
 356   }
 357
 358   public MyDesktopPane desktopPane;
 359
 360   /**
 361    * Answers an 'application scope' singleton instance of this class. Separate
 362    * SwingJS 'applets' running in the same browser page will each have a
 363    * distinct instance of Desktop.
 364    *
 365    * @return
 366    */
 367   public static Desktop getInstance()
 368   {
 369     return Jalview.isHeadlessMode() ? null
 370             : (Desktop) ApplicationSingletonProvider
 371                     .getInstance(Desktop.class);
 372   }
 373
 374   /**
 375    * For testing.
 376    *
 377    * @param forInstance
 378    */
 379   public Desktop(boolean forInstance)
 380   {
 381
 382     Cache.initLogger();
 383     instanceOnly = true;
 384   }
 385
 386   /**
 387    * Private constructor enforces singleton pattern. It is called by reflection
 388    * from ApplicationSingletonProvider.getInstance().
 389    */
 390   @SuppressWarnings("unused")
 391   private Desktop()
 392   {
 393     Cache.initLogger();
 394     try
 395     {
 396     /**
 397      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 398      * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 399      * constructor.
 400      */
 401     if (!Platform.isJS())
 402     {
 403       doVamsasClientCheck();
 404     }
 405
 406     doConfigureStructurePrefs();
 407     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
 408     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 409     boolean selmemusage = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE",
 410             false);
 411     boolean showjconsole = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_JAVA_CONSOLE",
 412             false);
 413     desktopPane = new MyDesktopPane(selmemusage);
 414
 415     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 416     desktopPane.setBackground(Color.white);
 417     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 418     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 419     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 420     // sp.getViewport().setView(desktop);
 421     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 422
 423     // BH 2018 - just an experiment to try unclipped JInternalFrames.
 424     if (Platform.isJS())
 425     {
 426       getRootPane().putClientProperty("swingjs.overflow.hidden", "false");
 427     }
 428
 429     getContentPane().add(desktopPane, BorderLayout.CENTER);
 430     desktopPane.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 431
 432     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 433     // if previous window was maximised
 434     desktopPane.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
 435             (Platform.isWindowsAndNotJS() ? new DefaultDesktopManager()
 436                     : Platform.isAMacAndNotJS()
 437                             ? new AquaInternalFrameManager(
 438                                     desktopPane.getDesktopManager())
 439                             : desktopPane.getDesktopManager())));
 440
 441     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 442     if (dims != null)
 443     {
 444       setBounds(dims);
 445     }
 446     else
 447     {
 448       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 449       int xPos = Math.max(5, (screenSize.width - 900) / 2);
 450       int yPos = Math.max(5, (screenSize.height - 650) / 2);
 451       setBounds(xPos, yPos, 900, 650);
 452     }
 453
 454     if (!Platform.isJS())
 455     /**
 456      * Java only
 457      *
 458      * @j2sIgnore
 459      */
 460     {
 461
 462       jconsole = new Console(this, showjconsole);
 463       // add essential build information
 464       jconsole.setHeader("Jalview Version: "
 465               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "\n"
 466               + "Jalview Installation: "
 467               + jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown")
 468               + "\n" + "Build Date: "
 469               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown") + "\n"
 470               + "Java version: " + System.getProperty("java.version") + "\n"
 471               + System.getProperty("os.arch") + " "
 472               + System.getProperty("os.name") + " "
 473               + System.getProperty("os.version"));
 474
 475       showConsole(showjconsole);
 476
 477       showNews.setVisible(false);
 478
 479       experimentalFeatures.setSelected(showExperimental());
 480
 481       getIdentifiersOrgData();
 482
 483       checkURLLinks();
 484
 485       // Spawn a thread that shows the splashscreen
 486
 487       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 488       {
 489         @Override
 490         public void run()
 491         {
 492           new SplashScreen();
 493         }
 494       });
 495
 496       // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time
 497       // it
 498       // takes to open it later on.
 499       new Thread(new Runnable()
 500       {
 501         @Override
 502         public void run()
 503         {
 504           Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 505           String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
 506           JalviewFileChooser.forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 507                   fileFormat);
 508           Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 509         }
 510       }).start();
 511       // Add the service change listener
 512       changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 513               new PropertyChangeListener()
 514               {
 515
 516                 @Override
 517                 public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 518                 {
 519                   Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 520                           + evt.getNewValue());
 521                   JalviewServicesChanged(evt);
 522                 }
 523
 524               });
 525
 526     }
 527
 528     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktopPane, this));
 529
 530     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 531     {
 532       @Override
 533       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 534       {
 535         quit();
 536       }
 537     });
 538
 539     MouseAdapter ma;
 540     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 541     {
 542       @Override
 543       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 544       {
 545         if (evt.isPopupTrigger()) // Mac
 546         {
 547           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 548         }
 549       }
 550
 551       @Override
 552       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 553       {
 554         if (evt.isPopupTrigger()) // Windows
 555         {
 556           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 557         }
 558       }
 559     });
 560     desktopPane.addMouseListener(ma);
 561     } catch (Throwable t)
 562     {
 563       t.printStackTrace();
 564     }
 565   }
 566
 567   /**
 568    * Answers true if user preferences to enable experimental features is True
 569    * (on), else false
 570    *
 571    * @return
 572    */
 573   public boolean showExperimental()
 574   {
 575     String experimental = Cache.getDefault(EXPERIMENTAL_FEATURES,
 576             Boolean.FALSE.toString());
 577     return Boolean.valueOf(experimental).booleanValue();
 578   }
 579
 580   public void doConfigureStructurePrefs()
 581   {
 582     // configure services
 583     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 584             .getStructureSelectionManager(this);
 585     if (jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 586     {
 587       ssm.setAddTempFacAnnot(jalview.bin.Cache
 588               .getDefault(Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 589       ssm.setProcessSecondaryStructure(jalview.bin.Cache
 590               .getDefault(Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 591       ssm.setSecStructServices(
 592               jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.USE_RNAVIEW, true));
 593     }
 594     else
 595     {
 596       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 597       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 598       ssm.setSecStructServices(false);
 599     }
 600   }
 601
 602   public void checkForNews()
 603   {
 604     final Desktop me = this;
 605     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 606     new Thread(new Runnable()
 607     {
 608       @Override
 609       public void run()
 610       {
 611         Cache.log.debug("Starting news thread.");
 612         jvnews = new BlogReader(me);
 613         showNews.setVisible(true);
 614         Cache.log.debug("Completed news thread.");
 615       }
 616     }).start();
 617   }
 618
 619   public void getIdentifiersOrgData()
 620   {
 621     // Thread off the identifiers fetcher
 622     new Thread(new Runnable()
 623     {
 624       @Override
 625       public void run()
 626       {
 627         Cache.log.debug("Downloading data from identifiers.org");
 628         // UrlDownloadClient client = new UrlDownloadClient();
 629         try
 630         {
 631           UrlDownloadClient.download(IdOrgSettings.getUrl(),
 632                   IdOrgSettings.getDownloadLocation());
 633         } catch (IOException e)
 634         {
 635           Cache.log.debug("Exception downloading identifiers.org data"
 636                   + e.getMessage());
 637         }
 638       }
 639     }).start();
 640
 641   }
 642
 643   @Override
 644   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 645   {
 646     showNews(showNews.isSelected());
 647   }
 648
 649   protected void showNews(boolean visible)
 650   {
 651     Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 652     showNews.setSelected(visible);
 653     if (visible && !jvnews.isVisible())
 654     {
 655       new Thread(new Runnable()
 656       {
 657         @Override
 658         public void run()
 659         {
 660           long now = System.currentTimeMillis();
 661           setProgressBar(
 662                   MessageManager.getString("status.refreshing_news"), now);
 663           jvnews.refreshNews();
 664           setProgressBar(null, now);
 665           jvnews.showNews();
 666         }
 667       }).start();
 668     }
 669   }
 670
 671   /**
 672    * recover the last known dimensions for a jalview window
 673    *
 674    * @param windowName
 675    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 676    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 677    *         window geom was known)
 678    */
 679   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 680   {
 681     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 682     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 683     String x = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 684     String y = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 685     String width = jalview.bin.Cache
 686             .getProperty(windowName + "SCREEN_WIDTH");
 687     String height = jalview.bin.Cache
 688             .getProperty(windowName + "SCREEN_HEIGHT");
 689     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 690     {
 691       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y),
 692               iw = Integer.parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 693       if (jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 694       {
 695         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 696         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 697         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 698         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer.parseInt(
 699                 jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 700         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer.parseInt(
 701                 jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 702         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 703         ix = (int) (ix * sw);
 704         iw = (int) (iw * sw);
 705         iy = (int) (iy * sh);
 706         ih = (int) (ih * sh);
 707         while (ix >= screenSize.width)
 708         {
 709           jalview.bin.Cache.log.debug(
 710                   "Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 711           ix -= screenSize.width;
 712         }
 713         while (iy >= screenSize.height)
 714         {
 715           jalview.bin.Cache.log.debug(
 716                   "Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 717           iy -= screenSize.height;
 718         }
 719         jalview.bin.Cache.log.debug(
 720                 "Got last known dimensions for " + windowName + ": x:" + ix
 721                         + " y:" + iy + " width:" + iw + " height:" + ih);
 722       }
 723       // return dimensions for new instance
 724       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 725     }
 726     return null;
 727   }
 728
 729   private void doVamsasClientCheck()
 730   {
 731     if (Cache.vamsasJarsPresent())
 732     {
 733       setupVamsasDisconnectedGui();
 734       VamsasMenu.setVisible(true);
 735       final Desktop us = this;
 736       VamsasMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 737       {
 738         // this listener remembers when the menu was first selected, and
 739         // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 740         // reselected again.
 741         boolean refresh = true;
 742
 743         @Override
 744         public void menuCanceled(MenuEvent e)
 745         {
 746           refresh = true;
 747         }
 748
 749         @Override
 750         public void menuDeselected(MenuEvent e)
 751         {
 752           refresh = true;
 753         }
 754
 755         @Override
 756         public void menuSelected(MenuEvent e)
 757         {
 758           if (refresh)
 759           {
 760             us.buildVamsasStMenu();
 761             refresh = false;
 762           }
 763         }
 764       });
 765       vamsasStart.setVisible(true);
 766     }
 767   }
 768
 769   protected void showPasteMenu(int x, int y)
 770   {
 771     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 772     JMenuItem item = new JMenuItem(
 773             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 774     item.addActionListener(new ActionListener()
 775     {
 776       @Override
 777       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 778       {
 779         paste();
 780       }
 781     });
 782
 783     popup.add(item);
 784     popup.show(this, x, y);
 785   }
 786
 787   public void paste()
 788   {
 789     try
 790     {
 791       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 792       Transferable contents = c.getContents(this);
 793
 794       if (contents != null)
 795       {
 796         String file = (String) contents
 797                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 798
 799         FileFormatI format = new IdentifyFile().identify(file,
 800                 DataSourceType.PASTE);
 801
 802         new FileLoader(true).loadFile(file, DataSourceType.PASTE, format);
 803
 804       }
 805     } catch (Exception ex)
 806     {
 807       System.out.println(
 808               "Unable to paste alignment from system clipboard:\n" + ex);
 809     }
 810   }
 811
 812   /**
 813    * Adds and opens the given frame to the desktop
 814    *
 815    * @param frame
 816    *          Frame to show
 817    * @param title
 818    *          Visible Title
 819    * @param w
 820    *          width
 821    * @param h
 822    *          height
 823    */
 824   public static synchronized void addInternalFrame(
 825           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 826   {
 827     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, true, false);
 828   }
 829
 830   /**
 831    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 832    *
 833    * @param frame
 834    *          Frame to show
 835    * @param title
 836    *          Visible Title
 837    * @param makeVisible
 838    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 839    *          setVisible themselves.
 840    * @param w
 841    *          width
 842    * @param h
 843    *          height
 844    */
 845   public static synchronized void addInternalFrame(
 846           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 847           int w, int h)
 848   {
 849     addInternalFrame(frame, title, makeVisible, w, h, true, false);
 850   }
 851
 852   /**
 853    * Add an internal frame to the Jalview desktop and make it visible
 854    *
 855    * @param frame
 856    *          Frame to show
 857    * @param title
 858    *          Visible Title
 859    * @param w
 860    *          width
 861    * @param h
 862    *          height
 863    * @param resizable
 864    *          Allow resize
 865    */
 866   public static synchronized void addInternalFrame(
 867           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 868           boolean resizable)
 869   {
 870     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, resizable, false);
 871   }
 872
 873   /**
 874    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 875    *
 876    * @param frame
 877    *          Frame to show
 878    * @param title
 879    *          Visible Title
 880    * @param makeVisible
 881    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 882    *          setVisible themselves.
 883    * @param w
 884    *          width
 885    * @param h
 886    *          height
 887    * @param resizable
 888    *          Allow resize
 889    * @param ignoreMinSize
 890    *          Do not set the default minimum size for frame
 891    */
 892   public static synchronized void addInternalFrame(
 893           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 894           int w, int h, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 895   {
 896
 897
 898     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 899     // bounds object).
 900     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 901     // the current window title
 902
 903     frame.setTitle(title);
 904     if (w > 0 && (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1))
 905     {
 906       frame.setSize(w, h);
 907     }
 908     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 909     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 910     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 911     // ///////////////////////////////////////////////
 912     if (Jalview.isHeadlessMode() || getInstance().instanceOnly)
 913     {
 914       return;
 915     }
 916
 917     openFrameCount++;
 918
 919     if (!ignoreMinSize)
 920     {
 921       frame.setMinimumSize(
 922               new Dimension(DEFAULT_MIN_WIDTH, DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 923
 924       // Set default dimension for Alignment Frame window.
 925       // The Alignment Frame window could be added from a number of places,
 926       // hence,
 927       // I did this here in order not to miss out on any Alignment frame.
 928       if (frame instanceof AlignFrame.IFrame)
 929       {
 930         frame.setMinimumSize(new Dimension(ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH,
 931                 ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 932       }
 933     }
 934
 935     frame.setVisible(makeVisible);
 936     frame.setClosable(true);
 937     frame.setResizable(resizable);
 938     frame.setMaximizable(resizable);
 939     frame.setIconifiable(resizable);
 940     frame.setOpaque(Platform.isJS());
 941
 942     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 943     {
 944       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount,
 945               yOffset * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 946     }
 947
 948     /*
 949      * add an entry for the new frame in the Window menu
 950      * (and remove it when the frame is closed)
 951      */
 952     JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 953     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 954     {
 955       @Override
 956       public void internalFrameActivated(InternalFrameEvent evt)
 957       {
 958         JInternalFrame itf = getDesktopPane().getSelectedFrame();
 959         if (itf != null)
 960         {
 961           if (itf.getContentPane() instanceof AlignFrame)
 962           {
 963             Jalview.setCurrentAlignFrame((AlignFrame) itf.getContentPane());
 964           }
 965           itf.requestFocus();
 966         }
 967       }
 968
 969       @Override
 970       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 971       {
 972         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 973
 974         /*
 975          * defensive check to prevent frames being
 976          * added half off the window
 977          */
 978         if (openFrameCount > 0)
 979         {
 980           openFrameCount--;
 981         }
 982
 983         /*
 984          * ensure no reference to alignFrame retained by menu item listener
 985          */
 986         if (menuItem.getActionListeners().length > 0)
 987         {
 988           menuItem.removeActionListener(menuItem.getActionListeners()[0]);
 989         }
 990         getInstance().windowMenu.remove(menuItem);
 991       }
 992     });
 993
 994     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 995     {
 996       @Override
 997       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 998       {
 999         try
1000         {
1001           frame.setSelected(true);
1002           frame.setIcon(false);
1003         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1004         {
1005           // System.err.println(ex.toString());
1006         }
1007       }
1008     });
1009
1010     setKeyBindings(frame);
1011
1012     getDesktopPane().add(frame);
1013
1014     getInstance().windowMenu.add(menuItem);
1015
1016     frame.toFront();
1017     try
1018     {
1019       frame.setSelected(true);
1020       frame.requestFocus();
1021     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
1022     {
1023     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
1024     {
1025       Cache.log.warn(
1026               "Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
1027               cex);
1028     }
1029   }
1030
1031   /**
1032    * Add key bindings to a JInternalFrame so that Ctrl-W and Cmd-W will close the
1033    * window
1034    *
1035    * @param frame
1036    */
1037   private static void setKeyBindings(JInternalFrame frame)
1038   {
1039     final Action closeAction = new AbstractAction()
1040     {
1041       @Override
1042       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1043       {
1044         frame.dispose();
1045       }
1046     };
1047
1048     /*
1049      * set up key bindings for Ctrl-W and Cmd-W, with the same (Close) action
1050      */
1051     KeyStroke ctrlWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
1052             InputEvent.CTRL_DOWN_MASK);
1053     KeyStroke cmdWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
1054             Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask());
1055
1056     InputMap inputMap = frame
1057             .getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW);
1058     String ctrlW = ctrlWKey.toString();
1059     inputMap.put(ctrlWKey, ctrlW);
1060     inputMap.put(cmdWKey, ctrlW);
1061
1062     ActionMap actionMap = frame.getActionMap();
1063     actionMap.put(ctrlW, closeAction);
1064   }
1065
1066   @Override
1067   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
1068   {
1069     if (!internalCopy)
1070     {
1071       getInstance().jalviewClipboard = null;
1072     }
1073
1074     internalCopy = false;
1075   }
1076
1077   @Override
1078   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
1079   {
1080   }
1081
1082   @Override
1083   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
1084   {
1085   }
1086
1087   @Override
1088   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
1089   {
1090   }
1091
1092   @Override
1093   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
1094   {
1095   }
1096
1097   /**
1098    * DOCUMENT ME!
1099    *
1100    * @param evt
1101    *          DOCUMENT ME!
1102    */
1103   @Override
1104   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
1105   {
1106     boolean success = true;
1107     // JAL-1552 - acceptDrop required before getTransferable call for
1108     // Java's Transferable for native dnd
1109     evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
1110     Transferable t = evt.getTransferable();
1111     List<Object> files = new ArrayList<>();
1112     List<DataSourceType> protocols = new ArrayList<>();
1113
1114     try
1115     {
1116       Desktop.transferFromDropTarget(files, protocols, evt, t);
1117     } catch (Exception e)
1118     {
1119       e.printStackTrace();
1120       success = false;
1121     }
1122
1123     if (files != null)
1124     {
1125       try
1126       {
1127         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
1128         {
1129           // BH 2018 File or String
1130           Object file = files.get(i);
1131           String fileName = file.toString();
1132           DataSourceType protocol = (protocols == null)
1133                   ? DataSourceType.FILE
1134                   : protocols.get(i);
1135           FileFormatI format = null;
1136
1137           if (fileName.endsWith(".jar"))
1138           {
1139             format = FileFormat.Jalview;
1140
1141           }
1142           else
1143           {
1144             format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
1145           }
1146           if (file instanceof File)
1147           {
1148             Platform.cacheFileData((File) file);
1149           }
1150           new FileLoader().loadFile(null, file, protocol, format);
1151
1152         }
1153       } catch (Exception ex)
1154       {
1155         success = false;
1156       }
1157     }
1158     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
1159                                // transfered to any new windows created
1160   }
1161
1162   /**
1163    * DOCUMENT ME!
1164    *
1165    * @param e
1166    *          DOCUMENT ME!
1167    */
1168   @Override
1169   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1170   {
1171     String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
1172     JalviewFileChooser chooser = JalviewFileChooser
1173             .forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), fileFormat, true);
1174
1175     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1176     chooser.setDialogTitle(
1177             MessageManager.getString("label.open_local_file"));
1178     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
1179
1180     chooser.setResponseHandler(0, new Runnable()
1181     {
1182       @Override
1183       public void run()
1184       {
1185         File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1186         Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
1187
1188         FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
1189
1190         /*
1191          * Call IdentifyFile to verify the file contains what its extension implies.
1192          * Skip this step for dynamically added file formats, because
1193          * IdentifyFile does not know how to recognise them.
1194          */
1195         if (FileFormats.getInstance().isIdentifiable(format))
1196         {
1197           try
1198           {
1199             format = new IdentifyFile().identify(selectedFile,
1200                     DataSourceType.FILE);
1201           } catch (FileFormatException e)
1202           {
1203             // format = null; //??
1204           }
1205         }
1206
1207         new FileLoader().loadFile(viewport, selectedFile,
1208                 DataSourceType.FILE, format);
1209       }
1210     });
1211     chooser.showOpenDialog(this);
1212   }
1213
1214   /**
1215    * Shows a dialog for input of a URL at which to retrieve alignment data
1216    *
1217    * @param viewport
1218    */
1219   @Override
1220   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1221   {
1222     // This construct allows us to have a wider textfield
1223     // for viewing
1224     JLabel label = new JLabel(
1225             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
1226
1227     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
1228     panel.add(label);
1229
1230     /*
1231      * the URL to fetch is
1232      * Java: an editable combobox with history
1233      * JS: (pending JAL-3038) a plain text field
1234      */
1235     JComponent history;
1236     String urlBase = "http://www.";
1237     if (Platform.isJS())
1238     {
1239       history = new JTextField(urlBase, 35);
1240     }
1241     else
1242     /**
1243      * Java only
1244      *
1245      * @j2sIgnore
1246      */
1247     {
1248       JComboBox<String> asCombo = new JComboBox<>();
1249       asCombo.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
1250       asCombo.setEditable(true);
1251       asCombo.addItem(urlBase);
1252       String historyItems = Cache.getProperty("RECENT_URL");
1253       if (historyItems != null)
1254       {
1255         for (String token : historyItems.split("\\t"))
1256         {
1257           asCombo.addItem(token);
1258         }
1259       }
1260       history = asCombo;
1261     }
1262     panel.add(history);
1263
1264     Object[] options = new Object[] { MessageManager.getString("action.ok"),
1265         MessageManager.getString("action.cancel") };
1266     Runnable action = new Runnable()
1267     {
1268       @Override
1269       public void run()
1270       {
1271         @SuppressWarnings("unchecked")
1272         String url = (history instanceof JTextField
1273                 ? ((JTextField) history).getText()
1274                 : ((JComboBox<String>) history).getSelectedItem()
1275                         .toString());
1276
1277         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
1278         {
1279           if (viewport != null)
1280           {
1281             new FileLoader().loadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1282                     FileFormat.Jalview);
1283           }
1284           else
1285           {
1286             new FileLoader().loadFile(url, DataSourceType.URL,
1287                     FileFormat.Jalview);
1288           }
1289         }
1290         else
1291         {
1292           FileFormatI format = null;
1293           try
1294           {
1295             format = new IdentifyFile().identify(url, DataSourceType.URL);
1296           } catch (FileFormatException e)
1297           {
1298             // TODO revise error handling, distinguish between
1299             // URL not found and response not valid
1300           }
1301
1302           if (format == null)
1303           {
1304             String msg = MessageManager
1305                     .formatMessage("label.couldnt_locate", url);
1306             JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1307                     msg,
1308                     MessageManager.getString("label.url_not_found"),
1309                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1310
1311             return;
1312           }
1313
1314           if (viewport != null)
1315           {
1316             new FileLoader().loadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1317                     format);
1318           }
1319           else
1320           {
1321             new FileLoader().loadFile(url, DataSourceType.URL, format);
1322           }
1323         }
1324       }
1325     };
1326     String dialogOption = MessageManager
1327             .getString("label.input_alignment_from_url");
1328     JvOptionPane.newOptionDialog(getDesktopPane())
1329             .setResponseHandler(0, action)
1330             .showInternalDialog(panel, dialogOption,
1331                     JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION,
1332                     JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null, options,
1333                     MessageManager.getString("action.ok"));
1334   }
1335
1336   /**
1337    * Opens the CutAndPaste window for the user to paste an alignment in to
1338    *
1339    * @param viewPanel
1340    *          - if not null, the pasted alignment is added to the current
1341    *          alignment; if null, to a new alignment window
1342    */
1343   @Override
1344   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
1345           AlignmentViewPanel viewPanel)
1346   {
1347     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1348     cap.setForInput(viewPanel);
1349     Desktop.addInternalFrame(cap,
1350             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"), true,
1351             600, 500);
1352   }
1353
1354   /*
1355    * Exit the program
1356    */
1357   @Override
1358   public void quit()
1359   {
1360     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1361     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH",
1362             screen.width + "");
1363     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT",
1364             screen.height + "");
1365     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x, getBounds().y,
1366             getWidth(), getHeight()));
1367
1368     if (jconsole != null)
1369     {
1370       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1371       jconsole.stopConsole();
1372     }
1373     if (jvnews != null)
1374     {
1375       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1376
1377     }
1378     if (dialogExecutor != null)
1379     {
1380       dialogExecutor.shutdownNow();
1381     }
1382     closeAll_actionPerformed(null);
1383
1384     if (groovyConsole != null)
1385     {
1386       // suppress a possible repeat prompt to save script
1387       groovyConsole.setDirty(false);
1388       groovyConsole.exit();
1389     }
1390     System.exit(0);
1391   }
1392
1393   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1394   {
1395     jalview.bin.Cache.log.debug("Storing last known dimensions for "
1396             + string + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1397             + " height:" + jc.height);
1398
1399     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1400     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1401     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1402     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1403   }
1404
1405   /**
1406    * DOCUMENT ME!
1407    *
1408    * @param e
1409    *          DOCUMENT ME!
1410    */
1411   @Override
1412   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1413   {
1414     // StringBuffer message = getAboutMessage(false);
1415     // JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktop(),
1416     //
1417     // message.toString(), "About Jalview", JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1418     new Thread(new Runnable()
1419     {
1420       @Override
1421       public void run()
1422       {
1423         new SplashScreen(true);
1424       }
1425     }).start();
1426   }
1427
1428   public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
1429   {
1430     StringBuffer message = new StringBuffer();
1431     message.append("<html>");
1432     if (shortv)
1433     {
1434       message.append("<h1><strong>Version: "
1435               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1436               + "</strong></h1>");
1437       message.append("<strong>Last Updated: <em>"
1438               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
1439               + "</em></strong>");
1440
1441     }
1442     else
1443     {
1444
1445       message.append("<strong>Version "
1446               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1447               + "; last updated: "
1448               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1449     }
1450
1451     if (jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1452             .equals("Checking"))
1453     {
1454       message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1455     }
1456     else if (!jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1457             .equals(jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
1458     {
1459       boolean red = false;
1460       if (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1461               .indexOf("automated build") == -1)
1462       {
1463         red = true;
1464         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1465         // version is not a development build
1466         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1467       }
1468
1469       message.append("<br>!! Version "
1470               + jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
1471                       "..Checking..")
1472               + " is available for download from "
1473               + jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
1474                       "http://www.jalview.org")
1475               + " !!");
1476       if (red)
1477       {
1478         message.append("</div>");
1479       }
1480     }
1481     message.append("<br>Authors:  " + jalview.bin.Cache.getDefault(
1482             "AUTHORFNAMES",
1483             "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)")
1484             + "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
1485             + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
1486             + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
1487             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
1488             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
1489             + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
1490             + "</html>");
1491     return message;
1492   }
1493
1494   /**
1495    * Action on requesting Help documentation
1496    */
1497   @Override
1498   public void documentationMenuItem_actionPerformed()
1499   {
1500     try
1501     {
1502       if (Platform.isJS())
1503       {
1504         BrowserLauncher.openURL("http://www.jalview.org/help.html");
1505       }
1506       else
1507       /**
1508        * Java only
1509        *
1510        * @j2sIgnore
1511        */
1512       {
1513         Help.showHelpWindow();
1514       }
1515     } catch (Exception ex)
1516     {
1517       System.err.println("Error opening help: " + ex.getMessage());
1518     }
1519   }
1520
1521   @Override
1522   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1523   {
1524     if (desktopPane == null)
1525     {
1526       return;
1527     }
1528     // TODO show a progress bar while closing?
1529     JInternalFrame[] frames = desktopPane.getAllFrames();
1530     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1531     {
1532       try
1533       {
1534         frames[i].setClosed(true);
1535       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1536       {
1537       }
1538     }
1539     Jalview.setCurrentAlignFrame(null);
1540     System.out.println("ALL CLOSED");
1541     if (v_client != null)
1542     {
1543       // TODO clear binding to vamsas document objects on close_all
1544     }
1545
1546     /*
1547      * reset state of singleton objects as appropriate (clear down session state
1548      * when all windows are closed)
1549      */
1550     getStructureSelectionManager().resetAll();
1551   }
1552
1553   @Override
1554   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1555   {
1556     reorderAssociatedWindows(false, false);
1557   }
1558
1559   @Override
1560   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1561   {
1562     reorderAssociatedWindows(true, false);
1563   }
1564
1565   void closeAssociatedWindows()
1566   {
1567     reorderAssociatedWindows(false, true);
1568   }
1569
1570   /*
1571    * (non-Javadoc)
1572    *
1573    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1574    * ActionEvent)
1575    */
1576   @Override
1577   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1578   {
1579     // We simply collect the garbage
1580     jalview.bin.Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1581     System.gc();
1582     jalview.bin.Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1583   }
1584
1585   /*
1586    * (non-Javadoc)
1587    *
1588    * @see
1589    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1590    * )
1591    */
1592   @Override
1593   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1594   {
1595     getDesktopPane().showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1596   }
1597
1598   /*
1599    * (non-Javadoc)
1600    *
1601    * @see
1602    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1603    * )
1604    */
1605   @Override
1606   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1607   {
1608     showConsole(showConsole.isSelected());
1609   }
1610
1611   Console jconsole = null;
1612
1613   /**
1614    * control whether the java console is visible or not
1615    *
1616    * @param selected
1617    */
1618   void showConsole(boolean selected)
1619   {
1620     // TODO: decide if we should update properties file
1621     if (jconsole != null) // BH 2018
1622     {
1623       showConsole.setSelected(selected);
1624       Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE",
1625               Boolean.valueOf(selected).toString());
1626       jconsole.setVisible(selected);
1627     }
1628   }
1629
1630   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1631   {
1632     JInternalFrame[] frames = getDesktopPane().getAllFrames();
1633     if (frames == null || frames.length < 1)
1634     {
1635       return;
1636     }
1637
1638     AlignmentViewport source = null, target = null;
1639     if (frames[0] instanceof AlignFrame.IFrame)
1640     {
1641       source = ((AlignFrame.IFrame) frames[0]).alignframe.getCurrentView();
1642     }
1643     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1644     {
1645       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1646     }
1647     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1648     {
1649       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1650     }
1651     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1652     {
1653       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1654     }
1655
1656     if (source != null)
1657     {
1658       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1659       {
1660         target = null;
1661         if (frames[i] == null)
1662         {
1663           continue;
1664         }
1665         if (frames[i] instanceof AlignFrame.IFrame)
1666         {
1667           target = ((AlignFrame.IFrame) frames[i]).alignframe
1668                   .getCurrentView();
1669         }
1670         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1671         {
1672           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1673         }
1674         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1675         {
1676           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1677         }
1678         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1679         {
1680           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1681         }
1682
1683         if (source == target)
1684         {
1685           try
1686           {
1687             if (close)
1688             {
1689               frames[i].setClosed(true);
1690             }
1691             else
1692             {
1693               frames[i].setIcon(minimize);
1694               if (!minimize)
1695               {
1696                 frames[i].toFront();
1697               }
1698             }
1699
1700           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1701           {
1702           }
1703         }
1704       }
1705     }
1706   }
1707
1708   /**
1709    * DOCUMENT ME!
1710    *
1711    * @param e
1712    *          DOCUMENT ME!
1713    */
1714   @Override
1715   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1716   {
1717     new Preferences();
1718   }
1719
1720   /**
1721    * Prompts the user to choose a file and then saves the Jalview state as a
1722    * Jalview project file
1723    */
1724   @Override
1725   public void saveState_actionPerformed()
1726   {
1727     saveState_actionPerformed(false);
1728   }
1729
1730   public void saveState_actionPerformed(boolean saveAs)
1731   {
1732     java.io.File projectFile = getProjectFile();
1733     // autoSave indicates we already have a file and don't need to ask
1734     boolean autoSave = projectFile != null && !saveAs
1735             && BackupFiles.getEnabled();
1736
1737     // System.out.println("autoSave="+autoSave+", projectFile='"+projectFile+"',
1738     // saveAs="+saveAs+", Backups
1739     // "+(BackupFiles.getEnabled()?"enabled":"disabled"));
1740
1741     boolean approveSave = false;
1742     if (!autoSave)
1743     {
1744       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("jvp",
1745               "Jalview Project");
1746
1747       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1748       chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1749
1750       int value = chooser.showSaveDialog(this);
1751
1752       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1753       {
1754         projectFile = chooser.getSelectedFile();
1755         setProjectFile(projectFile);
1756         approveSave = true;
1757       }
1758     }
1759
1760     if (approveSave || autoSave)
1761     {
1762       final Desktop me = this;
1763       final java.io.File chosenFile = projectFile;
1764       new Thread(new Runnable()
1765       {
1766         @Override
1767         public void run()
1768         {
1769           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
1770           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1771                   "label.saving_jalview_project", new Object[]
1772                   { chosenFile.getName() }), chosenFile.hashCode());
1773           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1774                   chosenFile.getParent());
1775           // TODO catch and handle errors for savestate
1776           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1777           try
1778           {
1779                 boolean doBackup = BackupFiles.getEnabled();
1780             BackupFiles backupfiles = doBackup ? new BackupFiles(chosenFile) : null;
1781
1782             new Jalview2XML().saveState(doBackup ? backupfiles.getTempFile() : chosenFile);
1783
1784             if (doBackup)
1785             {
1786               backupfiles.setWriteSuccess(true);
1787               backupfiles.rollBackupsAndRenameTempFile();
1788             }
1789           } catch (OutOfMemoryError oom)
1790           {
1791             new OOMWarning("Whilst saving current state to "
1792                     + chosenFile.getName(), oom);
1793           } catch (Exception ex)
1794           {
1795             Cache.log.error("Problems whilst trying to save to "
1796                     + chosenFile.getName(), ex);
1797             JvOptionPane.showMessageDialog(me,
1798                     MessageManager.formatMessage(
1799                             "label.error_whilst_saving_current_state_to",
1800                             new Object[]
1801                             { chosenFile.getName() }),
1802                     MessageManager.getString("label.couldnt_save_project"),
1803                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1804           }
1805           setProgressBar(null, chosenFile.hashCode());
1806         }
1807       }).start();
1808       }
1809   }
1810
1811   @Override
1812   public void saveAsState_actionPerformed(ActionEvent e)
1813   {
1814     saveState_actionPerformed(true);
1815   }
1816
1817   protected void setProjectFile(File choice)
1818   {
1819     this.projectFile = choice;
1820   }
1821
1822   public File getProjectFile()
1823   {
1824     return this.projectFile;
1825   }
1826
1827   /**
1828    * Shows a file chooser dialog and tries to read in the selected file as a
1829    * Jalview project
1830    */
1831   @Override
1832   public void loadState_actionPerformed()
1833   {
1834     final String[] suffix = new String[] { "jvp", "jar" };
1835     final String[] desc = new String[] { "Jalview Project",
1836         "Jalview Project (old)" };
1837     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1838             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), suffix, desc,
1839             "Jalview Project", true, true); // last two booleans: allFiles,
1840                                             // allowBackupFiles
1841     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1842     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1843     chooser.setResponseHandler(0, new Runnable()
1844     {
1845       @Override
1846       public void run()
1847       {
1848         File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1849         setProjectFile(selectedFile);
1850         String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
1851         Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
1852         new Thread(new Runnable()
1853         {
1854           @Override
1855           public void run()
1856           {
1857                 try
1858             {
1859               new Jalview2XML().loadJalviewAlign(choice);
1860             } catch (OutOfMemoryError oom)
1861                 {
1862                   new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1863                 } catch (Exception ex)
1864                 {
1865                   Cache.log.error(
1866                           "Problems whilst loading project from " + choice, ex);
1867               JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1868                           MessageManager.formatMessage(
1869                                   "label.error_whilst_loading_project_from",
1870                                 new Object[]
1871                                     { choice }),
1872                           MessageManager.getString("label.couldnt_load_project"),
1873                           JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1874                 }
1875           }
1876         }).start();
1877       }
1878     });
1879
1880     chooser.showOpenDialog(this);
1881   }
1882
1883   @Override
1884   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1885   {
1886     new SequenceFetcher(this);
1887   }
1888
1889   JPanel progressPanel;
1890
1891   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<>();
1892
1893   public void startLoading(final Object fileName)
1894   {
1895     if (fileLoadingCount == 0)
1896     {
1897       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager
1898               .formatMessage("label.loading_file", new Object[]
1899               { fileName })));
1900     }
1901     fileLoadingCount++;
1902   }
1903
1904   private JPanel addProgressPanel(String string)
1905   {
1906     if (progressPanel == null)
1907     {
1908       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1909       totalProgressCount = 0;
1910       getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1911     }
1912     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1913     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1914     progressBar.setIndeterminate(true);
1915
1916     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1917
1918     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1919     progressPanel.add(thisprogress);
1920     ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).setRows(
1921             ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1922     ++totalProgressCount;
1923     validate();
1924     return thisprogress;
1925   }
1926
1927   int totalProgressCount = 0;
1928
1929   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1930   {
1931     if (progressPanel != null)
1932     {
1933       synchronized (progressPanel)
1934       {
1935         progressPanel.remove(progbar);
1936         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1937         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1938         if (--totalProgressCount < 1)
1939         {
1940           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1941           progressPanel = null;
1942         }
1943       }
1944     }
1945     validate();
1946   }
1947
1948   public void stopLoading()
1949   {
1950     fileLoadingCount--;
1951     if (fileLoadingCount < 1)
1952     {
1953       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1954       {
1955         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1956       }
1957       fileLoadingPanels.clear();
1958       fileLoadingCount = 0;
1959     }
1960     validate();
1961   }
1962
1963   public static int getViewCount(String alignmentId)
1964   {
1965     AlignmentViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1966     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1967   }
1968
1969   /**
1970    *
1971    * @param alignmentId
1972    *          - if null, all sets are returned
1973    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1974    */
1975   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1976   {
1977     if (Desktop.getDesktopPane() == null)
1978     {
1979       // no frames created and in headless mode
1980       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1981       return null;
1982     }
1983     List<AlignmentPanel> aps = new ArrayList<>();
1984     AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
1985     if (frames == null)
1986     {
1987       return null;
1988     }
1989     for (AlignFrame af : frames)
1990     {
1991       for (AlignmentPanel ap : af.alignPanels)
1992       {
1993         if (alignmentId == null
1994                 || alignmentId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1995         {
1996           aps.add(ap);
1997         }
1998       }
1999     }
2000     if (aps.size() == 0)
2001     {
2002       return null;
2003     }
2004     AlignmentPanel[] vap = aps.toArray(new AlignmentPanel[aps.size()]);
2005     return vap;
2006   }
2007
2008   /**
2009    * get all the viewports on an alignment.
2010    *
2011    * @param sequenceSetId
2012    *          unique alignment id (may be null - all viewports returned in that
2013    *          case)
2014    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
2015    */
2016   public static AlignmentViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
2017   {
2018     List<AlignmentViewport> viewp = new ArrayList<>();
2019     if (getDesktopPane() != null)
2020     {
2021       AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
2022
2023       for (AlignFrame afr : frames)
2024       {
2025         if (sequenceSetId == null || afr.getViewport().getSequenceSetId()
2026                 .equals(sequenceSetId))
2027         {
2028           if (afr.alignPanels != null)
2029           {
2030             for (AlignmentPanel ap : afr.alignPanels)
2031             {
2032               if (sequenceSetId == null
2033                       || sequenceSetId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
2034               {
2035                 viewp.add(ap.av);
2036               }
2037             }
2038           }
2039           else
2040           {
2041             viewp.add(afr.getViewport());
2042           }
2043         }
2044       }
2045       if (viewp.size() > 0)
2046       {
2047         return viewp.toArray(new AlignmentViewport[viewp.size()]);
2048       }
2049     }
2050     return null;
2051   }
2052
2053   /**
2054    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame
2055    *
2056    * @param af
2057    */
2058   public static void explodeViews(AlignFrame af)
2059   {
2060     int size = af.alignPanels.size();
2061     if (size < 2)
2062     {
2063       return;
2064     }
2065
2066     for (int i = 0; i < size; i++)
2067     {
2068       AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(i);
2069       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
2070
2071       /*
2072        * Restore the view's last exploded frame geometry if known. Multiple
2073        * views from one exploded frame share and restore the same (frame)
2074        * position and size.
2075        */
2076       Rectangle geometry = ap.av.getExplodedGeometry();
2077       if (geometry != null)
2078       {
2079         newaf.setBounds(geometry);
2080       }
2081
2082       ap.av.setGatherViewsHere(false);
2083
2084       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(),
2085               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
2086               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
2087     }
2088
2089     af.alignPanels.clear();
2090     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
2091
2092   }
2093
2094   /**
2095    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
2096    * identifier back in to this frame as additional views, and close the expanded
2097    * views. Note the expanded frames may themselves have multiple views. We take
2098    * the lot.
2099    *
2100    * @param source
2101    */
2102   public void gatherViews(AlignFrame source)
2103   {
2104     source.viewport.setGatherViewsHere(true);
2105     source.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
2106     JInternalFrame[] frames = getAllFrames();
2107     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
2108
2109     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
2110     {
2111       if (frames[t] instanceof AlignFrame.IFrame
2112               && ((AlignFrame.IFrame) frames[t]).alignframe != source)
2113       {
2114         AlignFrame af = ((AlignFrame.IFrame) frames[t]).alignframe;
2115         boolean gatherThis = false;
2116         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
2117         {
2118           AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(a);
2119           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
2120           {
2121             gatherThis = true;
2122             ap.av.setGatherViewsHere(false);
2123             ap.av.setExplodedGeometry(af.getBounds());
2124             source.addAlignmentPanel(ap, false);
2125           }
2126         }
2127
2128         if (gatherThis)
2129         {
2130           af.alignPanels.clear();
2131           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
2132         }
2133       }
2134     }
2135
2136   }
2137
2138   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
2139
2140   @Override
2141   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
2142   {
2143     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
2144
2145     if (v_client == null)
2146     {
2147       // Load and try to start a session.
2148       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
2149               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2150
2151       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2152       chooser.setDialogTitle(
2153               MessageManager.getString("label.open_saved_vamsas_session"));
2154       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString(
2155               "label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session"));
2156
2157       int value = chooser.showOpenDialog(this);
2158
2159       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2160       {
2161         String fle = chooser.getSelectedFile().toString();
2162         if (!vamsasImport(chooser.getSelectedFile()))
2163         {
2164           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
2165                   MessageManager.formatMessage(
2166                           "label.couldnt_import_as_vamsas_session",
2167                           new Object[]
2168                           { fle }),
2169                   MessageManager
2170                           .getString("label.vamsas_document_import_failed"),
2171                   JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2172         }
2173       }
2174     }
2175     else
2176     {
2177       jalview.bin.Cache.log.error(
2178               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2179     }
2180   }
2181
2182   /**
2183    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
2184    *
2185    * @param file
2186    * @return true if import was a success and a session was started.
2187    */
2188   public boolean vamsasImport(URL url)
2189   {
2190     // TODO: create progress bar
2191     if (v_client != null)
2192     {
2193
2194       jalview.bin.Cache.log.error(
2195               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2196       return false;
2197     }
2198
2199     try
2200     {
2201       // copy the URL content to a temporary local file
2202       // TODO: be a bit cleverer here with nio (?!)
2203       File file = File.createTempFile("vdocfromurl", ".vdj");
2204       FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file);
2205       BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(url.openStream());
2206       byte[] buffer = new byte[2048];
2207       int ln;
2208       while ((ln = bis.read(buffer)) > -1)
2209       {
2210         fos.write(buffer, 0, ln);
2211       }
2212       bis.close();
2213       fos.close();
2214       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file,
2215               url.toExternalForm());
2216     } catch (Exception ex)
2217     {
2218       jalview.bin.Cache.log.error(
2219               "Failed to create new vamsas session from contents of URL "
2220                       + url,
2221               ex);
2222       return false;
2223     }
2224     setupVamsasConnectedGui();
2225     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2226     return v_client.inSession();
2227   }
2228
2229   /**
2230    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
2231    *
2232    * @param file
2233    * @return true if import was a success and a session was started.
2234    */
2235   public boolean vamsasImport(File file)
2236   {
2237     if (v_client != null)
2238     {
2239
2240       jalview.bin.Cache.log.error(
2241               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2242       return false;
2243     }
2244
2245     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2246             "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2247             { file.getName() }), file.hashCode());
2248     try
2249     {
2250       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file, null);
2251     } catch (Exception ex)
2252     {
2253       setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2254               "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2255               { file.getName() }), file.hashCode());
2256       jalview.bin.Cache.log.error(
2257               "New vamsas session from existing session file failed:", ex);
2258       return false;
2259     }
2260     setupVamsasConnectedGui();
2261     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2262     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2263             "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2264             { file.getName() }), file.hashCode());
2265     return v_client.inSession();
2266   }
2267
2268   public boolean joinVamsasSession(String mysesid)
2269   {
2270     if (v_client != null)
2271     {
2272       throw new Error(MessageManager
2273               .getString("error.try_join_vamsas_session_another"));
2274     }
2275     if (mysesid == null)
2276     {
2277       throw new Error(
2278               MessageManager.getString("error.invalid_vamsas_session_id"));
2279     }
2280     v_client = new VamsasApplication(this, mysesid);
2281     setupVamsasConnectedGui();
2282     v_client.initial_update();
2283     return (v_client.inSession());
2284   }
2285
2286   @Override
2287   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
2288   {
2289     if (v_client == null)
2290     {
2291       // Start a session.
2292       // we just start a default session for moment.
2293       /*
2294        * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
2295        * getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2296        *
2297        * chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2298        * chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
2299        * chooser.setToolTipText("Import");
2300        *
2301        * int value = chooser.showOpenDialog(this);
2302        *
2303        * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { v_client = new
2304        * jalview.gui.VamsasApplication(this, chooser.getSelectedFile());
2305        */
2306       v_client = new VamsasApplication(this);
2307       setupVamsasConnectedGui();
2308       v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2309     }
2310     else
2311     {
2312       // store current data in session.
2313       v_client.push_update(); // TODO: thread
2314     }
2315   }
2316
2317   protected void setupVamsasConnectedGui()
2318   {
2319     vamsasStart.setText(MessageManager.getString("label.session_update"));
2320     vamsasSave.setVisible(true);
2321     vamsasStop.setVisible(true);
2322     vamsasImport.setVisible(false); // Document import to existing session is
2323     // not possible for vamsas-client-1.0.
2324   }
2325
2326   protected void setupVamsasDisconnectedGui()
2327   {
2328     vamsasSave.setVisible(false);
2329     vamsasStop.setVisible(false);
2330     vamsasImport.setVisible(true);
2331     vamsasStart
2332             .setText(MessageManager.getString("label.new_vamsas_session"));
2333   }
2334
2335   @Override
2336   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
2337   {
2338     if (v_client != null)
2339     {
2340       v_client.end_session();
2341       v_client = null;
2342       setupVamsasDisconnectedGui();
2343     }
2344   }
2345
2346   protected void buildVamsasStMenu()
2347   {
2348     if (v_client == null)
2349     {
2350       String[] sess = null;
2351       try
2352       {
2353         sess = VamsasApplication.getSessionList();
2354       } catch (Exception e)
2355       {
2356         jalview.bin.Cache.log.warn("Problem getting current sessions list.",
2357                 e);
2358         sess = null;
2359       }
2360       if (sess != null)
2361       {
2362         jalview.bin.Cache.log.debug(
2363                 "Got current sessions list: " + sess.length + " entries.");
2364         VamsasStMenu.removeAll();
2365         for (int i = 0; i < sess.length; i++)
2366         {
2367           JMenuItem sessit = new JMenuItem();
2368           sessit.setText(sess[i]);
2369           sessit.setToolTipText(MessageManager
2370                   .formatMessage("label.connect_to_session", new Object[]
2371                   { sess[i] }));
2372           final Desktop dsktp = this;
2373           final String mysesid = sess[i];
2374           sessit.addActionListener(new ActionListener()
2375           {
2376
2377             @Override
2378             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2379             {
2380               if (dsktp.v_client == null)
2381               {
2382                 Thread rthr = new Thread(new Runnable()
2383                 {
2384
2385                   @Override
2386                   public void run()
2387                   {
2388                     dsktp.v_client = new VamsasApplication(dsktp, mysesid);
2389                     dsktp.setupVamsasConnectedGui();
2390                     dsktp.v_client.initial_update();
2391                   }
2392
2393                 });
2394                 rthr.start();
2395               }
2396             }
2397           });
2398           VamsasStMenu.add(sessit);
2399         }
2400         // don't show an empty menu.
2401         VamsasStMenu.setVisible(sess.length > 0);
2402
2403       }
2404       else
2405       {
2406         jalview.bin.Cache.log.debug("No current vamsas sessions.");
2407         VamsasStMenu.removeAll();
2408         VamsasStMenu.setVisible(false);
2409       }
2410     }
2411     else
2412     {
2413       // Not interested in the content. Just hide ourselves.
2414       VamsasStMenu.setVisible(false);
2415     }
2416   }
2417
2418   @Override
2419   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
2420   {
2421     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
2422
2423     if (v_client != null)
2424     {
2425       // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
2426       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("vdj",
2427               "Vamsas Document");
2428
2429       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2430       chooser.setDialogTitle(MessageManager
2431               .getString("label.save_vamsas_document_archive"));
2432
2433       int value = chooser.showSaveDialog(this);
2434
2435       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2436       {
2437         java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
2438         JPanel progpanel = addProgressPanel(MessageManager
2439                 .formatMessage("label.saving_vamsas_doc", new Object[]
2440                 { choice.getName() }));
2441         Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
2442         String warnmsg = null;
2443         String warnttl = null;
2444         try
2445         {
2446           v_client.vclient.storeDocument(choice);
2447         } catch (Error ex)
2448         {
2449           warnttl = "Serious Problem saving Vamsas Document";
2450           warnmsg = ex.toString();
2451           jalview.bin.Cache.log
2452                   .error("Error Whilst saving document to " + choice, ex);
2453
2454         } catch (Exception ex)
2455         {
2456           warnttl = "Problem saving Vamsas Document.";
2457           warnmsg = ex.toString();
2458           jalview.bin.Cache.log.warn(
2459                   "Exception Whilst saving document to " + choice, ex);
2460
2461         }
2462         removeProgressPanel(progpanel);
2463         if (warnmsg != null)
2464         {
2465           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
2466
2467                   warnmsg, warnttl, JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2468         }
2469       }
2470     }
2471   }
2472
2473   JPanel vamUpdate = null;
2474
2475   /**
2476    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
2477    *
2478    * @param b
2479    *          true to hide gui, false to reveal gui
2480    */
2481   public void setVamsasUpdate(boolean b)
2482   {
2483     Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "
2484             + (b ? "in progress" : "finished"));
2485
2486     if (vamUpdate != null)
2487     {
2488       this.removeProgressPanel(vamUpdate);
2489     }
2490     if (b)
2491     {
2492       vamUpdate = this.addProgressPanel(
2493               MessageManager.getString("label.updating_vamsas_session"));
2494     }
2495     vamsasStart.setVisible(!b);
2496     vamsasStop.setVisible(!b);
2497     vamsasSave.setVisible(!b);
2498   }
2499
2500   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2501   {
2502     return desktopPane.getAllFrames();
2503   }
2504
2505   /**
2506    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2507    * should be informed of a new questionnaire.
2508    *
2509    * @param url
2510    */
2511   public void checkForQuestionnaire(String url)
2512   {
2513     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2514     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2515     new Thread(jvq).start();
2516   }
2517
2518   public void checkURLLinks()
2519   {
2520     // Thread off the URL link checker
2521     addDialogThread(new Runnable()
2522     {
2523       @Override
2524       public void run()
2525       {
2526         if (Cache.getDefault("CHECKURLLINKS", true))
2527         {
2528           // check what the actual links are - if it's just the default don't
2529           // bother with the warning
2530           List<String> links = Preferences.sequenceUrlLinks
2531                   .getLinksForMenu();
2532
2533           // only need to check links if there is one with a
2534           // SEQUENCE_ID which is not the default EMBL_EBI link
2535           ListIterator<String> li = links.listIterator();
2536           boolean check = false;
2537           List<JLabel> urls = new ArrayList<>();
2538           while (li.hasNext())
2539           {
2540             String link = li.next();
2541             if (link.contains(UrlConstants.SEQUENCE_ID)
2542                     && !UrlConstants.isDefaultString(link))
2543             {
2544               check = true;
2545               int barPos = link.indexOf("|");
2546               String urlMsg = barPos == -1 ? link
2547                       : link.substring(0, barPos) + ": "
2548                               + link.substring(barPos + 1);
2549               urls.add(new JLabel(urlMsg));
2550             }
2551           }
2552           if (!check)
2553           {
2554             return;
2555           }
2556
2557           // ask user to check in case URL links use old style tokens
2558           // ($SEQUENCE_ID$ for sequence id _or_ accession id)
2559           JPanel msgPanel = new JPanel();
2560           msgPanel.setLayout(new BoxLayout(msgPanel, BoxLayout.PAGE_AXIS));
2561           msgPanel.add(Box.createVerticalGlue());
2562           JLabel msg = new JLabel(MessageManager
2563                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1"));
2564           JLabel msg2 = new JLabel(MessageManager
2565                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2"));
2566           msgPanel.add(msg);
2567           for (JLabel url : urls)
2568           {
2569             msgPanel.add(url);
2570           }
2571           msgPanel.add(msg2);
2572
2573           final JCheckBox jcb = new JCheckBox(
2574                   MessageManager.getString("label.do_not_display_again"));
2575           jcb.addActionListener(new ActionListener()
2576           {
2577             @Override
2578             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2579             {
2580               // update Cache settings for "don't show this again"
2581               boolean showWarningAgain = !jcb.isSelected();
2582               Cache.setProperty("CHECKURLLINKS",
2583                       Boolean.valueOf(showWarningAgain).toString());
2584             }
2585           });
2586           msgPanel.add(jcb);
2587
2588           JvOptionPane.showMessageDialog(desktopPane, msgPanel,
2589                   MessageManager
2590                           .getString("label.SEQUENCE_ID_no_longer_used"),
2591                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2592         }
2593       }
2594     });
2595   }
2596
2597   /**
2598    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2599    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs low.
2600    *
2601    * @author AMW
2602    */
2603   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane
2604           implements Runnable
2605   {
2606     private static final float ONE_MB = 1048576f;
2607
2608     boolean showMemoryUsage = false;
2609
2610     Runtime runtime;
2611
2612     java.text.NumberFormat df;
2613
2614     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2615             percentUsage;
2616
2617     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2618     {
2619       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2620     }
2621
2622     public void showMemoryUsage(boolean showMemory)
2623     {
2624       this.showMemoryUsage = showMemory;
2625       if (showMemory)
2626       {
2627         Thread worker = new Thread(this);
2628         worker.start();
2629       }
2630       repaint();
2631     }
2632
2633     public boolean isShowMemoryUsage()
2634     {
2635       return showMemoryUsage;
2636     }
2637
2638     @Override
2639     public void run()
2640     {
2641       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2642       df.setMaximumFractionDigits(2);
2643       runtime = Runtime.getRuntime();
2644
2645       while (showMemoryUsage)
2646       {
2647         try
2648         {
2649           maxMemory = runtime.maxMemory() / ONE_MB;
2650           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / ONE_MB;
2651           freeMemory = runtime.freeMemory() / ONE_MB;
2652           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2653
2654           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2655
2656           // if (percentUsage < 20)
2657           {
2658             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2659             // Color.red);
2660             // instance.set.setBorder(border1);
2661           }
2662           repaint();
2663           // sleep after showing usage
2664           Thread.sleep(3000);
2665         } catch (Exception ex)
2666         {
2667           ex.printStackTrace();
2668         }
2669       }
2670     }
2671
2672     @Override
2673     public void paintComponent(Graphics g)
2674     {
2675       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2676       {
2677         if (percentUsage < 20)
2678         {
2679           g.setColor(Color.red);
2680         }
2681         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2682         if (fm != null)
2683         {
2684           g.drawString(MessageManager.formatMessage("label.memory_stats",
2685                   new Object[]
2686                   { df.format(totalFreeMemory), df.format(maxMemory),
2687                       df.format(percentUsage) }),
2688                   10, getHeight() - fm.getHeight());
2689         }
2690       }
2691     }
2692
2693   }
2694
2695   /**
2696    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2697    *
2698    * @return an array of AlignFrame, or null if none found
2699    */
2700   public static AlignFrame[] getAlignFrames()
2701   {
2702     if (Jalview.isHeadlessMode())
2703     {
2704       // Desktop.getDesktop() is null in headless mode
2705       return new AlignFrame[] { Jalview.getCurrentAlignFrame() };
2706     }
2707
2708     JInternalFrame[] frames = Desktop.getDesktopPane().getAllFrames();
2709
2710     if (frames == null)
2711     {
2712       return null;
2713     }
2714     List<AlignFrame> avp = new ArrayList<>();
2715     // REVERSE ORDER
2716     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2717     {
2718       if (frames[i].getContentPane() instanceof AlignFrame)
2719       {
2720         avp.add((AlignFrame) frames[i].getContentPane());
2721       }
2722       else if (frames[i] instanceof SplitFrame)
2723       {
2724         /*
2725          * Also check for a split frame containing an AlignFrame
2726          */
2727         GSplitFrame sf = (GSplitFrame) frames[i];
2728         if (sf.getTopFrame() instanceof AlignFrame)
2729         {
2730           avp.add((AlignFrame) sf.getTopFrame());
2731         }
2732         if (sf.getBottomFrame() instanceof AlignFrame)
2733         {
2734           avp.add((AlignFrame) sf.getBottomFrame());
2735         }
2736       }
2737     }
2738     if (avp.size() == 0)
2739     {
2740       return null;
2741     }
2742     AlignFrame afs[] = avp.toArray(new AlignFrame[avp.size()]);
2743     return afs;
2744   }
2745
2746   /**
2747    * Returns an array of any AppJmol frames in the Desktop (or null if none).
2748    *
2749    * @return
2750    */
2751   public GStructureViewer[] getJmols()
2752   {
2753     JInternalFrame[] frames = Desktop.getDesktopPane().getAllFrames();
2754
2755     if (frames == null)
2756     {
2757       return null;
2758     }
2759     List<GStructureViewer> avp = new ArrayList<>();
2760     // REVERSE ORDER
2761     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2762     {
2763       if (frames[i] instanceof AppJmol)
2764       {
2765         GStructureViewer af = (GStructureViewer) frames[i];
2766         avp.add(af);
2767       }
2768     }
2769     if (avp.size() == 0)
2770     {
2771       return null;
2772     }
2773     GStructureViewer afs[] = avp.toArray(new GStructureViewer[avp.size()]);
2774     return afs;
2775   }
2776
2777   /**
2778    * Add Groovy Support to Jalview
2779    */
2780   @Override
2781   public void groovyShell_actionPerformed()
2782   {
2783     try
2784     {
2785       openGroovyConsole();
2786     } catch (Exception ex)
2787     {
2788       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2789       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(desktopPane,
2790
2791               MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2792               MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2793               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2794     }
2795   }
2796
2797   /**
2798    * Open the Groovy console
2799    */
2800   private void openGroovyConsole()
2801   {
2802     if (groovyConsole == null)
2803     {
2804       groovyConsole = new groovy.ui.Console();
2805       groovyConsole.setVariable("Jalview", this);
2806       groovyConsole.run();
2807
2808       /*
2809        * We allow only one console at a time, so that AlignFrame menu option
2810        * 'Calculate | Run Groovy script' is unambiguous.
2811        * Disable 'Groovy Console', and enable 'Run script', when the console is
2812        * opened, and the reverse when it is closed
2813        */
2814       Window window = (Window) groovyConsole.getFrame();
2815       window.addWindowListener(new WindowAdapter()
2816       {
2817         @Override
2818         public void windowClosed(WindowEvent e)
2819         {
2820           /*
2821            * rebind CMD-Q from Groovy Console to Jalview Quit
2822            */
2823           addQuitHandler();
2824           enableExecuteGroovy(false);
2825         }
2826       });
2827     }
2828
2829     /*
2830      * show Groovy console window (after close and reopen)
2831      */
2832     ((Window) groovyConsole.getFrame()).setVisible(true);
2833
2834     /*
2835      * if we got this far, enable 'Run Groovy' in AlignFrame menus
2836      * and disable opening a second console
2837      */
2838     enableExecuteGroovy(true);
2839   }
2840
2841   /**
2842    * Bind Ctrl/Cmd-Q to Quit - for reset as Groovy Console takes over this binding
2843    * when opened
2844    */
2845   protected void addQuitHandler()
2846   {
2847     getRootPane().getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW)
2848             .put(KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_Q,
2849                     Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask()),
2850                     "Quit");
2851     getRootPane().getActionMap().put("Quit", new AbstractAction()
2852     {
2853       @Override
2854       public void actionPerformed(ActionEvent e)
2855       {
2856         quit();
2857       }
2858     });
2859   }
2860
2861   /**
2862    * Enable or disable 'Run Groovy script' in AlignFrame calculate menus
2863    *
2864    * @param enabled
2865    *          true if Groovy console is open
2866    */
2867   public void enableExecuteGroovy(boolean enabled)
2868   {
2869     /*
2870      * disable opening a second Groovy console
2871      * (or re-enable when the console is closed)
2872      */
2873     groovyShell.setEnabled(!enabled);
2874
2875     AlignFrame[] alignFrames = getAlignFrames();
2876     if (alignFrames != null)
2877     {
2878       for (AlignFrame af : alignFrames)
2879       {
2880         af.setGroovyEnabled(enabled);
2881       }
2882     }
2883   }
2884
2885   /**
2886    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2887    */
2888   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2889
2890   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2891
2892   /*
2893    * (non-Javadoc)
2894    *
2895    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2896    */
2897   @Override
2898   public void setProgressBar(String message, long id)
2899   {
2900             Platform.timeCheck("Desktop " + message, Platform.TIME_MARK);
2901
2902     if (progressBars == null)
2903     {
2904       progressBars = new Hashtable<>();
2905       progressBarHandlers = new Hashtable<>();
2906     }
2907
2908     if (progressBars.get(new Long(id)) != null)
2909     {
2910       JPanel panel = progressBars.remove(new Long(id));
2911       if (progressBarHandlers.contains(new Long(id)))
2912       {
2913         progressBarHandlers.remove(new Long(id));
2914       }
2915       removeProgressPanel(panel);
2916     }
2917     else
2918     {
2919       progressBars.put(new Long(id), addProgressPanel(message));
2920     }
2921   }
2922
2923   /*
2924    * (non-Javadoc)
2925    *
2926    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2927    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2928    */
2929   @Override
2930   public void registerHandler(final long id,
2931           final IProgressIndicatorHandler handler)
2932   {
2933     if (progressBarHandlers == null
2934             || !progressBars.containsKey(new Long(id)))
2935     {
2936       throw new Error(MessageManager.getString(
2937               "error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2938     }
2939     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
2940     final JPanel progressPanel = progressBars.get(new Long(id));
2941     if (handler.canCancel())
2942     {
2943       JButton cancel = new JButton(
2944               MessageManager.getString("action.cancel"));
2945       final IProgressIndicator us = this;
2946       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2947       {
2948
2949         @Override
2950         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2951         {
2952           handler.cancelActivity(id);
2953           us.setProgressBar(MessageManager
2954                   .formatMessage("label.cancelled_params", new Object[]
2955                   { ((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText() }),
2956                   id);
2957         }
2958       });
2959       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2960     }
2961   }
2962
2963   /**
2964    *
2965    * @return true if any progress bars are still active
2966    */
2967   @Override
2968   public boolean operationInProgress()
2969   {
2970     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2971     {
2972       return true;
2973     }
2974     return false;
2975   }
2976
2977   /**
2978    * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance. It
2979    * will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular av.
2980    *
2981    * @param viewport
2982    * @return alignFrame for viewport
2983    */
2984   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewportI viewport)
2985   {
2986     if (getDesktopPane() != null)
2987     {
2988       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(
2989               viewport.getSequenceSetId());
2990       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2991       {
2992         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == viewport)
2993         {
2994           return aps[panel].alignFrame;
2995         }
2996       }
2997     }
2998     return null;
2999   }
3000
3001   public VamsasApplication getVamsasApplication()
3002   {
3003     return v_client;
3004
3005   }
3006
3007   /**
3008    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
3009    */
3010   private boolean inBatchMode = false;
3011
3012   /**
3013    * check if jalview GUI is being operated programmatically
3014    *
3015    * @return inBatchMode
3016    */
3017   public boolean isInBatchMode()
3018   {
3019     return inBatchMode;
3020   }
3021
3022   /**
3023    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
3024    *
3025    * @param inBatchMode
3026    */
3027   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
3028   {
3029     this.inBatchMode = inBatchMode;
3030   }
3031
3032   public void startServiceDiscovery()
3033   {
3034     startServiceDiscovery(false);
3035   }
3036
3037   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
3038   {
3039     boolean alive = true;
3040     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
3041     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
3042     if (true)
3043     {
3044       // todo: changesupport handlers need to be transferred
3045       if (discoverer == null)
3046       {
3047         discoverer = Discoverer.getInstance();
3048         // register PCS handler for getDesktop().
3049         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
3050       }
3051       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
3052       // until we phase out completely
3053       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
3054     }
3055
3056     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
3057     {
3058       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getInstance()
3059               .startDiscoverer(changeSupport);
3060     }
3061     Thread t3 = null;
3062     {
3063       // TODO: do rest service discovery
3064     }
3065     if (blocking)
3066     {
3067       while (alive)
3068       {
3069         try
3070         {
3071           Thread.sleep(15);
3072         } catch (Exception e)
3073         {
3074         }
3075         alive = (t1 != null && t1.isAlive()) || (t2 != null && t2.isAlive())
3076                 || (t3 != null && t3.isAlive())
3077                 || (t0 != null && t0.isAlive());
3078       }
3079     }
3080   }
3081
3082   /**
3083    * called to check if the service discovery process completed successfully.
3084    *
3085    * @param evt
3086    */
3087   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
3088   {
3089     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
3090     {
3091       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getInstance()
3092               .getErrorMessages();
3093       if (ermsg != null)
3094       {
3095         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
3096         {
3097           if (serviceChangedDialog == null)
3098           {
3099             // only run if we aren't already displaying one of these.
3100             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
3101             {
3102               @Override
3103               public void run()
3104               {
3105
3106                 /*
3107                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
3108                  *
3109                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
3110                  * Auto-generated method stub
3111                  *
3112                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
3113                  * Auto-generated method stub
3114                  *
3115                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
3116                  * Auto-generated method stub
3117                  *
3118                  * } }; jd.initDialogFrame(new
3119                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
3120                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
3121                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
3122                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
3123                  * +
3124                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
3125                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
3126                  * 400);
3127                  *
3128                  * jd.waitForInput();
3129                  */
3130                 JvOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.getDesktopPane(),
3131                         new JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>"
3132                                 + ermsg + "</td></tr></table>"
3133                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
3134                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
3135                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
3136                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
3137                         "Web Service Configuration Problem",
3138                         JvOptionPane.DEFAULT_OPTION,
3139                         JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
3140                 serviceChangedDialog = null;
3141
3142               }
3143             });
3144           }
3145         }
3146         else
3147         {
3148           Cache.log.error(
3149                   "Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
3150                           + ermsg);
3151         }
3152       }
3153     }
3154   }
3155
3156   Runnable serviceChangedDialog = null;
3157
3158   /**
3159    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
3160    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
3161    * to open the URL.
3162    *
3163    * @param url
3164    */
3165   public static void showUrl(final String url)
3166   {
3167     showUrl(url, getInstance());
3168   }
3169
3170   /**
3171    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
3172    *
3173    * @param url
3174    * @param progress
3175    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
3176    */
3177   public static void showUrl(final String url,
3178           final IProgressIndicator progress)
3179   {
3180     new Thread(new Runnable()
3181     {
3182       @Override
3183       public void run()
3184       {
3185         try
3186         {
3187           if (progress != null)
3188           {
3189             progress.setProgressBar(MessageManager
3190                     .formatMessage("status.opening_params", new Object[]
3191                     { url }), this.hashCode());
3192           }
3193           BrowserLauncher.openURL(url);
3194         } catch (Exception ex)
3195         {
3196           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
3197                   MessageManager
3198                           .getString("label.web_browser_not_found_unix"),
3199                   MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
3200                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
3201
3202           ex.printStackTrace();
3203         }
3204         if (progress != null)
3205         {
3206           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
3207         }
3208       }
3209     }).start();
3210   }
3211
3212   private WsParamSetManager wsparamManager = null;
3213
3214   public static ParamManager getUserParameterStore()
3215   {
3216     Desktop d = getInstance();
3217     if (d.wsparamManager == null)
3218     {
3219       d.wsparamManager = new WsParamSetManager();
3220     }
3221     return d.wsparamManager;
3222   }
3223
3224   /**
3225    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
3226    *
3227    * @param e
3228    */
3229   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
3230   {
3231     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
3232     {
3233       String url = null;
3234       try
3235       {
3236         url = e.getURL().toString();
3237         Desktop.showUrl(url);
3238       } catch (Exception x)
3239       {
3240         if (url != null)
3241         {
3242           if (Cache.log != null)
3243           {
3244             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
3245           }
3246           else
3247           {
3248             System.err.println(
3249                     "Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
3250           }
3251         }
3252         // ignore any exceptions due to dud links.
3253       }
3254
3255     }
3256   }
3257
3258   /**
3259    * single thread that handles display of dialogs to user.
3260    */
3261   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
3262
3263   /**
3264    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
3265    */
3266   volatile boolean dialogPause = true;
3267
3268   /**
3269    * pause the queue
3270    */
3271   java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
3272
3273   private groovy.ui.Console groovyConsole;
3274
3275   public StructureViewer lastTargetedView;
3276
3277   /**
3278    * add another dialog thread to the queue
3279    *
3280    * @param prompter
3281    */
3282   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
3283   {
3284     dialogExecutor.submit(new Runnable()
3285     {
3286       @Override
3287       public void run()
3288       {
3289         if (dialogPause)
3290         {
3291           try
3292           {
3293             block.acquire();
3294           } catch (InterruptedException x)
3295           {
3296           }
3297         }
3298         if (instanceOnly)
3299         {
3300           return;
3301         }
3302         try
3303         {
3304           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
3305         } catch (Exception q)
3306         {
3307           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
3308         }
3309       }
3310     });
3311   }
3312
3313   public void startDialogQueue()
3314   {
3315     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
3316     // the current task to begin
3317     dialogPause = false;
3318     block.release();
3319   }
3320
3321   /**
3322    * Outputs an image of the desktop to file in EPS format, after prompting the
3323    * user for choice of Text or Lineart character rendering (unless a preference
3324    * has been set). The file name is generated as
3325    *
3326    * <pre>
3327    * Jalview_snapshot_nnnnn.eps where nnnnn is the current timestamp in milliseconds
3328    * </pre>
3329    */
3330   @Override
3331   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
3332   {
3333     // currently the menu option to do this is not shown
3334     invalidate();
3335
3336     int width = getWidth();
3337     int height = getHeight();
3338     File of = new File(
3339             "Jalview_snapshot_" + System.currentTimeMillis() + ".eps");
3340     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
3341     {
3342       @Override
3343       public void exportImage(Graphics g) throws Exception
3344       {
3345         paintAll(g);
3346         Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
3347                 + of.getAbsolutePath());
3348       }
3349     };
3350     String title = "View of desktop";
3351     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, null, TYPE.EPS,
3352             title);
3353     exporter.doExport(of, this, width, height, title);
3354   }
3355
3356   /**
3357    * Explode the views in the given SplitFrame into separate SplitFrame windows.
3358    * This respects (remembers) any previous 'exploded geometry' i.e. the size and
3359    * location last time the view was expanded (if any). However it does not
3360    * remember the split pane divider location - this is set to match the
3361    * 'exploding' frame.
3362    *
3363    * @param sf
3364    */
3365   public void explodeViews(SplitFrame sf)
3366   {
3367     AlignFrame oldTopFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3368     AlignFrame oldBottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3369     List<? extends AlignmentViewPanel> topPanels = oldTopFrame
3370             .getAlignPanels();
3371     List<? extends AlignmentViewPanel> bottomPanels = oldBottomFrame
3372             .getAlignPanels();
3373     int viewCount = topPanels.size();
3374     if (viewCount < 2)
3375     {
3376       return;
3377     }
3378
3379     /*
3380      * Processing in reverse order works, forwards order leaves the first panels
3381      * not visible. I don't know why!
3382      */
3383     for (int i = viewCount - 1; i >= 0; i--)
3384     {
3385       /*
3386        * Make new top and bottom frames. These take over the respective
3387        * AlignmentPanel objects, including their AlignmentViewports, so the
3388        * cdna/protein relationships between the viewports is carried over to the
3389        * new split frames.
3390        *
3391        * explodedGeometry holds the (x, y) position of the previously exploded
3392        * SplitFrame, and the (width, height) of the AlignFrame component
3393        */
3394       AlignmentPanel topPanel = (AlignmentPanel) topPanels.get(i);
3395       AlignFrame newTopFrame = new AlignFrame(topPanel);
3396       newTopFrame.setSize(oldTopFrame.getSize());
3397       newTopFrame.setVisible(true);
3398       Rectangle geometry = ((AlignViewport) topPanel.getAlignViewport())
3399               .getExplodedGeometry();
3400       if (geometry != null)
3401       {
3402         newTopFrame.setSize(geometry.getSize());
3403       }
3404
3405       AlignmentPanel bottomPanel = (AlignmentPanel) bottomPanels.get(i);
3406       AlignFrame newBottomFrame = new AlignFrame(bottomPanel);
3407       newBottomFrame.setSize(oldBottomFrame.getSize());
3408       newBottomFrame.setVisible(true);
3409       geometry = ((AlignViewport) bottomPanel.getAlignViewport())
3410               .getExplodedGeometry();
3411       if (geometry != null)
3412       {
3413         newBottomFrame.setSize(geometry.getSize());
3414       }
3415
3416       topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3417       bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3418       JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(newTopFrame,
3419               newBottomFrame);
3420       if (geometry != null)
3421       {
3422         splitFrame.setLocation(geometry.getLocation());
3423       }
3424       Desktop.addInternalFrame(splitFrame, sf.getTitle(), -1, -1);
3425     }
3426
3427     /*
3428      * Clear references to the panels (now relocated in the new SplitFrames)
3429      * before closing the old SplitFrame.
3430      */
3431     topPanels.clear();
3432     bottomPanels.clear();
3433     sf.close();
3434   }
3435
3436   /**
3437    * Gather expanded split frames, sharing the same pairs of sequence set ids,
3438    * back into the given SplitFrame as additional views. Note that the gathered
3439    * frames may themselves have multiple views.
3440    *
3441    * @param source
3442    */
3443   public void gatherViews(GSplitFrame source)
3444   {
3445     /*
3446      * special handling of explodedGeometry for a view within a SplitFrame: - it
3447      * holds the (x, y) position of the enclosing SplitFrame, and the (width,
3448      * height) of the AlignFrame component
3449      */
3450     AlignFrame myTopFrame = (AlignFrame) source.getTopFrame();
3451     AlignFrame myBottomFrame = (AlignFrame) source.getBottomFrame();
3452     myTopFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3453             source.getY(), myTopFrame.getWidth(), myTopFrame.getHeight()));
3454     myBottomFrame.viewport
3455             .setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(), source.getY(),
3456                     myBottomFrame.getWidth(), myBottomFrame.getHeight()));
3457     myTopFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3458     myBottomFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3459     String topViewId = myTopFrame.viewport.getSequenceSetId();
3460     String bottomViewId = myBottomFrame.viewport.getSequenceSetId();
3461
3462     JInternalFrame[] frames = desktopPane.getAllFrames();
3463     for (JInternalFrame frame : frames)
3464     {
3465       if (frame instanceof SplitFrame && frame != source)
3466       {
3467         SplitFrame sf = (SplitFrame) frame;
3468         AlignFrame topFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3469         AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3470         boolean gatherThis = false;
3471         for (int a = 0; a < topFrame.alignPanels.size(); a++)
3472         {
3473           AlignmentPanel topPanel = topFrame.alignPanels.get(a);
3474           AlignmentPanel bottomPanel = bottomFrame.alignPanels.get(a);
3475           if (topViewId.equals(topPanel.av.getSequenceSetId())
3476                   && bottomViewId.equals(bottomPanel.av.getSequenceSetId()))
3477           {
3478             gatherThis = true;
3479             topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3480             bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3481             topPanel.av.setExplodedGeometry(
3482                     new Rectangle(sf.getLocation(), topFrame.getSize()));
3483             bottomPanel.av.setExplodedGeometry(
3484                     new Rectangle(sf.getLocation(), bottomFrame.getSize()));
3485             myTopFrame.addAlignmentPanel(topPanel, false);
3486             myBottomFrame.addAlignmentPanel(bottomPanel, false);
3487           }
3488         }
3489
3490         if (gatherThis)
3491         {
3492           topFrame.getAlignPanels().clear();
3493           bottomFrame.getAlignPanels().clear();
3494           sf.close();
3495         }
3496       }
3497     }
3498
3499     /*
3500      * The dust settles...give focus to the tab we did this from.
3501      */
3502     myTopFrame.setDisplayedView(myTopFrame.alignPanel);
3503   }
3504
3505   public static groovy.ui.Console getGroovyConsole()
3506   {
3507     Desktop desktop = getInstance();
3508     return desktop == null ? null : desktop.groovyConsole;
3509   }
3510
3511   /**
3512    * handles the payload of a drag and drop event.
3513    *
3514    * TODO refactor to desktop utilities class
3515    *
3516    * @param files
3517    *          - Data source strings extracted from the drop event
3518    * @param protocols
3519    *          - protocol for each data source extracted from the drop event
3520    * @param evt
3521    *          - the drop event
3522    * @param t
3523    *          - the payload from the drop event
3524    * @throws Exception
3525    */
3526   @SuppressWarnings("unchecked")
3527   public static void transferFromDropTarget(List<Object> files,
3528           List<DataSourceType> protocols, DropTargetDropEvent evt,
3529           Transferable t) throws Exception
3530   {
3531
3532     // BH 2018 changed List<String> to List<Object> to allow for File from SwingJS
3533
3534     // DataFlavor[] flavors = t.getTransferDataFlavors();
3535     // for (int i = 0; i < flavors.length; i++) {
3536     // if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType()) {
3537     // evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
3538     // List<File> list = (List<File>) t.getTransferData(flavors[i]);
3539     // for (int j = 0; j < list.size(); j++) {
3540     // File file = (File) list.get(j);
3541     // byte[] data = getDroppedFileBytes(file);
3542     // fileName.setText(file.getName() + " - " + data.length + " " +
3543     // evt.getLocation());
3544     // JTextArea target = (JTextArea) ((DropTarget) evt.getSource()).getComponent();
3545     // target.setText(new String(data));
3546     // }
3547     // dtde.dropComplete(true);
3548     // return;
3549     // }
3550     //
3551
3552     DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
3553             "text/uri-list;class=java.lang.String"), urlFlavour = null;
3554     try
3555     {
3556       urlFlavour = new DataFlavor(
3557               "application/x-java-url; class=java.net.URL");
3558     } catch (ClassNotFoundException cfe)
3559     {
3560       Cache.log.debug("Couldn't instantiate the URL dataflavor.", cfe);
3561     }
3562
3563     if (urlFlavour != null && t.isDataFlavorSupported(urlFlavour))
3564     {
3565
3566       try
3567       {
3568         java.net.URL url = (URL) t.getTransferData(urlFlavour);
3569         // nb: java 8 osx bug https://bugs.openjdk.java.net/browse/JDK-8156099
3570         // means url may be null.
3571         if (url != null)
3572         {
3573           protocols.add(DataSourceType.URL);
3574           files.add(url.toString());
3575           Cache.log.debug("Drop handled as URL dataflavor "
3576                   + files.get(files.size() - 1));
3577           return;
3578         }
3579         else
3580         {
3581           if (Platform.isAMacAndNotJS())
3582           {
3583             System.err.println(
3584                     "Please ignore plist error - occurs due to problem with java 8 on OSX");
3585           }
3586         }
3587       } catch (Throwable ex)
3588       {
3589         Cache.log.debug("URL drop handler failed.", ex);
3590       }
3591     }
3592     if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3593     {
3594       // Works on Windows and MacOSX
3595       Cache.log.debug("Drop handled as javaFileListFlavor");
3596       for (Object file : (List<Object>) t
3597               .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3598       {
3599         files.add(file);
3600         protocols.add(DataSourceType.FILE);
3601       }
3602     }
3603     else
3604     {
3605       // Unix like behaviour
3606       boolean added = false;
3607       String data = null;
3608       if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
3609       {
3610         Cache.log.debug("Drop handled as uriListFlavor");
3611         // This is used by Unix drag system
3612         data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
3613       }
3614       if (data == null)
3615       {
3616         // fallback to text: workaround - on OSX where there's a JVM bug
3617         Cache.log.debug("standard URIListFlavor failed. Trying text");
3618         // try text fallback
3619         DataFlavor textDf = new DataFlavor(
3620                 "text/plain;class=java.lang.String");
3621         if (t.isDataFlavorSupported(textDf))
3622         {
3623           data = (String) t.getTransferData(textDf);
3624         }
3625
3626         Cache.log.debug("Plain text drop content returned "
3627                 + (data == null ? "Null - failed" : data));
3628
3629       }
3630       if (data != null)
3631       {
3632         while (protocols.size() < files.size())
3633         {
3634           Cache.log.debug("Adding missing FILE protocol for "
3635                   + files.get(protocols.size()));
3636           protocols.add(DataSourceType.FILE);
3637         }
3638         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
3639                 data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
3640         {
3641           added = true;
3642           String s = st.nextToken();
3643           if (s.startsWith("#"))
3644           {
3645             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
3646             continue;
3647           }
3648           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
3649           if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
3650           {
3651             protocols.add(DataSourceType.URL);
3652             files.add(uri.toString());
3653           }
3654           else
3655           {
3656             // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
3657             java.io.File file = new java.io.File(uri);
3658             protocols.add(DataSourceType.FILE);
3659             files.add(file.toString());
3660           }
3661         }
3662       }
3663
3664       if (Cache.log.isDebugEnabled())
3665       {
3666         if (data == null || !added)
3667         {
3668
3669           if (t.getTransferDataFlavors() != null
3670                   && t.getTransferDataFlavors().length > 0)
3671           {
3672             Cache.log.debug(
3673                     "Couldn't resolve drop data. Here are the supported flavors:");
3674             for (DataFlavor fl : t.getTransferDataFlavors())
3675             {
3676               Cache.log.debug(
3677                       "Supported transfer dataflavor: " + fl.toString());
3678               Object df = t.getTransferData(fl);
3679               if (df != null)
3680               {
3681                 Cache.log.debug("Retrieves: " + df);
3682               }
3683               else
3684               {
3685                 Cache.log.debug("Retrieved nothing");
3686               }
3687             }
3688           }
3689           else
3690           {
3691             Cache.log.debug("Couldn't resolve dataflavor for drop: "
3692                     + t.toString());
3693           }
3694         }
3695       }
3696     }
3697     if (Platform.isWindowsAndNotJS())
3698     {
3699       Cache.log.debug("Scanning dropped content for Windows Link Files");
3700
3701       // resolve any .lnk files in the file drop
3702       for (int f = 0; f < files.size(); f++)
3703       {
3704         String source = files.get(f).toString().toLowerCase();
3705         if (protocols.get(f).equals(DataSourceType.FILE)
3706                 && (source.endsWith(".lnk") || source.endsWith(".url")
3707                         || source.endsWith(".site")))
3708         {
3709           try
3710           {
3711             Object obj = files.get(f);
3712             File lf = (obj instanceof File ? (File) obj
3713                     : new File((String) obj));
3714             // process link file to get a URL
3715             Cache.log.debug("Found potential link file: " + lf);
3716             WindowsShortcut wscfile = new WindowsShortcut(lf);
3717             String fullname = wscfile.getRealFilename();
3718             protocols.set(f, FormatAdapter.checkProtocol(fullname));
3719             files.set(f, fullname);
3720             Cache.log.debug("Parsed real filename " + fullname
3721                     + " to extract protocol: " + protocols.get(f));
3722           } catch (Exception ex)
3723           {
3724             Cache.log.error(
3725                     "Couldn't parse " + files.get(f) + " as a link file.",
3726                     ex);
3727           }
3728         }
3729       }
3730     }
3731   }
3732
3733   /**
3734    * Sets the Preferences property for experimental features to True or False
3735    * depending on the state of the controlling menu item
3736    */
3737   @Override
3738   protected void showExperimental_actionPerformed(boolean selected)
3739   {
3740     Cache.setProperty(EXPERIMENTAL_FEATURES, Boolean.toString(selected));
3741   }
3742
3743   /**
3744    * Answers a (possibly empty) list of any structure viewer frames (currently for
3745    * either Jmol or Chimera) which are currently open. This may optionally be
3746    * restricted to viewers of a specified class, or viewers linked to a specified
3747    * alignment panel.
3748    *
3749    * @param apanel
3750    *          if not null, only return viewers linked to this panel
3751    * @param structureViewerClass
3752    *          if not null, only return viewers of this class
3753    * @return
3754    */
3755   public List<StructureViewerBase> getStructureViewers(
3756           AlignmentPanel apanel,
3757           Class<? extends StructureViewerBase> structureViewerClass)
3758   {
3759     List<StructureViewerBase> result = new ArrayList<>();
3760     JInternalFrame[] frames = getAllFrames();
3761
3762     for (JInternalFrame frame : frames)
3763     {
3764       if (frame instanceof StructureViewerBase)
3765       {
3766         if (structureViewerClass == null
3767                 || structureViewerClass.isInstance(frame))
3768         {
3769           if (apanel == null
3770                   || ((StructureViewerBase) frame).isLinkedWith(apanel))
3771           {
3772             result.add((StructureViewerBase) frame);
3773           }
3774         }
3775       }
3776     }
3777     return result;
3778   }
3779
3780   public static void addInternalFrame(AlignFrame af, String title,
3781           int width, int height)
3782   {
3783     addInternalFrame(af.getIFrame(), title, width, height);
3784   }
3785
3786 }