src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.bin.Jalview;
  27 import jalview.io.FileLoader;
  28 import jalview.io.FormatAdapter;
  29 import jalview.io.IdentifyFile;
  30 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  31 import jalview.io.JalviewFileView;
  32 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  33 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  34 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  35 import jalview.util.ImageMaker;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37 import jalview.util.Platform;
  38 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  39 import jalview.ws.params.ParamManager;
  40
  41 import java.awt.BorderLayout;
  42 import java.awt.Color;
  43 import java.awt.Dimension;
  44 import java.awt.FontMetrics;
  45 import java.awt.Graphics;
  46 import java.awt.GridLayout;
  47 import java.awt.Point;
  48 import java.awt.Rectangle;
  49 import java.awt.Toolkit;
  50 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  51 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  52 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  53 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  54 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  55 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  56 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  57 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  58 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  59 import java.awt.event.ActionEvent;
  60 import java.awt.event.ActionListener;
  61 import java.awt.event.FocusEvent;
  62 import java.awt.event.FocusListener;
  63 import java.awt.event.MouseAdapter;
  64 import java.awt.event.MouseEvent;
  65 import java.awt.event.MouseListener;
  66 import java.awt.event.WindowAdapter;
  67 import java.awt.event.WindowEvent;
  68 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  69 import java.beans.PropertyChangeListener;
  70 import java.beans.PropertyVetoException;
  71 import java.io.BufferedInputStream;
  72 import java.io.File;
  73 import java.io.FileOutputStream;
  74 import java.lang.reflect.Constructor;
  75 import java.net.URL;
  76 import java.util.ArrayList;
  77 import java.util.Hashtable;
  78 import java.util.List;
  79 import java.util.StringTokenizer;
  80 import java.util.Vector;
  81 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  82 import java.util.concurrent.Executors;
  83 import java.util.concurrent.Semaphore;
  84
  85 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
  86 import javax.swing.DesktopManager;
  87 import javax.swing.JButton;
  88 import javax.swing.JComboBox;
  89 import javax.swing.JComponent;
  90 import javax.swing.JDesktopPane;
  91 import javax.swing.JFrame;
  92 import javax.swing.JInternalFrame;
  93 import javax.swing.JLabel;
  94 import javax.swing.JMenuItem;
  95 import javax.swing.JOptionPane;
  96 import javax.swing.JPanel;
  97 import javax.swing.JPopupMenu;
  98 import javax.swing.JProgressBar;
  99 import javax.swing.SwingUtilities;
 100 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
 101 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
 102 import javax.swing.event.MenuEvent;
 103 import javax.swing.event.MenuListener;
 104
 105 /**
 106  * Jalview Desktop
 107  *
 108  *
 109  * @author $author$
 110  * @version $Revision: 1.155 $
 111  */
 112 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop implements
 113         DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 114         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 115 {
 116
 117   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 118
 119   /**
 120    * news reader - null if it was never started.
 121    */
 122   private BlogReader jvnews = null;
 123
 124   private File projectFile;
 125
 126   /**
 127    * @param listener
 128    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 129    */
 130   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 131           PropertyChangeListener listener)
 132   {
 133     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 134   }
 135
 136   /**
 137    * @param propertyName
 138    * @param listener
 139    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 140    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 141    */
 142   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 143           PropertyChangeListener listener)
 144   {
 145     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 146   }
 147
 148   /**
 149    * @param propertyName
 150    * @param listener
 151    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 152    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 153    */
 154   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 155           PropertyChangeListener listener)
 156   {
 157     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 158             listener);
 159   }
 160
 161   /** Singleton Desktop instance */
 162   public static Desktop instance;
 163
 164   public static MyDesktopPane desktop;
 165
 166   static int openFrameCount = 0;
 167
 168   static final int xOffset = 30;
 169
 170   static final int yOffset = 30;
 171
 172   private static AlignFrame currentAlignFrame;
 173
 174   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 175
 176   public static Object[] jalviewClipboard;
 177
 178   public static boolean internalCopy = false;
 179
 180   static int fileLoadingCount = 0;
 181
 182   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 183   {
 184
 185     private DesktopManager delegate;
 186
 187     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 188     {
 189       this.delegate = delegate;
 190     }
 191
 192     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 193     {
 194       try
 195       {
 196         delegate.activateFrame(f);
 197       } catch (NullPointerException npe)
 198       {
 199         Point p = getMousePosition();
 200         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 201       }
 202     }
 203
 204     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 205     {
 206       delegate.beginDraggingFrame(f);
 207     }
 208
 209     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 210     {
 211       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 212     }
 213
 214     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 215     {
 216       delegate.closeFrame(f);
 217     }
 218
 219     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 220     {
 221       delegate.deactivateFrame(f);
 222     }
 223
 224     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 225     {
 226       delegate.deiconifyFrame(f);
 227     }
 228
 229     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 230     {
 231       if (newY < 0)
 232       {
 233         newY = 0;
 234       }
 235       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 236     }
 237
 238     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 239     {
 240       delegate.endDraggingFrame(f);
 241     }
 242
 243     public void endResizingFrame(JComponent f)
 244     {
 245       delegate.endResizingFrame(f);
 246     }
 247
 248     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 249     {
 250       delegate.iconifyFrame(f);
 251     }
 252
 253     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 254     {
 255       delegate.maximizeFrame(f);
 256     }
 257
 258     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 259     {
 260       delegate.minimizeFrame(f);
 261     }
 262
 263     public void openFrame(JInternalFrame f)
 264     {
 265       delegate.openFrame(f);
 266     }
 267
 268     @Override
 269     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 270             int newHeight)
 271     {
 272       if (newY < 0)
 273       {
 274         newY = 0;
 275       }
 276       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 277     }
 278
 279     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 280             int newWidth, int newHeight)
 281     {
 282       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 283     }
 284
 285     // All other methods, simply delegate
 286
 287   }
 288
 289   /**
 290    * Creates a new Desktop object.
 291    */
 292   public Desktop()
 293   {
 294     /**
 295      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 296      * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 297      * constructor.
 298      */
 299     instance = this;
 300     doVamsasClientCheck();
 301     doGroovyCheck();
 302     doConfigureStructurePrefs();
 303     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
 304     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 305     boolean selmemusage = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE",
 306             false);
 307     boolean showjconsole = jalview.bin.Cache.getDefault(
 308             "SHOW_JAVA_CONSOLE", false);
 309     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 310     if (Platform.isAMac())
 311     {
 312       desktop.setDoubleBuffered(false);
 313     }
 314     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 315     desktop.setBackground(Color.white);
 316     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 317     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 318     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 319     // sp.getViewport().setView(desktop);
 320     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 321     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 322     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 323
 324     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 325     // if previous window was maximised
 326     desktop.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
 327             new DefaultDesktopManager()));
 328
 329     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 330     if (dims != null)
 331     {
 332       setBounds(dims);
 333     }
 334     else
 335     {
 336       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 337       setBounds((screenSize.width - 900) / 2,
 338               (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 339     }
 340     jconsole = new Console(this, showjconsole);
 341     // add essential build information
 342     jconsole.setHeader("Jalview Version: "
 343             + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "\n"
 344             + "Jalview Installation: "
 345             + jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown")
 346             + "\n" + "Build Date: "
 347             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown") + "\n"
 348             + "Java version: " + System.getProperty("java.version") + "\n"
 349             + System.getProperty("os.arch") + " "
 350             + System.getProperty("os.name") + " "
 351             + System.getProperty("os.version"));
 352
 353     showConsole(showjconsole);
 354
 355     showNews.setVisible(false);
 356
 357     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 358     {
 359       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 360       {
 361         quit();
 362       }
 363     });
 364
 365     MouseAdapter ma;
 366     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 367     {
 368       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 369       {
 370         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 371         {
 372           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 373         }
 374       }
 375     });
 376     desktop.addMouseListener(ma);
 377
 378     this.addFocusListener(new FocusListener()
 379     {
 380
 381       @Override
 382       public void focusLost(FocusEvent e)
 383       {
 384         // TODO Auto-generated method stub
 385
 386       }
 387
 388       @Override
 389       public void focusGained(FocusEvent e)
 390       {
 391         Cache.log.debug("Relaying windows after focus gain");
 392         // make sure that we sort windows properly after we gain focus
 393         instance.relayerWindows();
 394       }
 395     });
 396     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 397     // Spawn a thread that shows the splashscreen
 398     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 399     {
 400       public void run()
 401       {
 402         new SplashScreen();
 403       }
 404     });
 405
 406     // displayed.
 407     // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time it
 408     // takes to open it later on.
 409     new Thread(new Runnable()
 410     {
 411       public void run()
 412       {
 413         Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 414         new JalviewFileChooser(
 415                 jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 416                 jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
 417                 jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
 418                 jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 419         Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 420       }
 421     }).start();
 422     // Add the service change listener
 423     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 424             new PropertyChangeListener()
 425             {
 426
 427               @Override
 428               public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 429               {
 430                 Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 431                         + evt.getNewValue());
 432                 JalviewServicesChanged(evt);
 433               }
 434
 435             });
 436   }
 437
 438   public void doConfigureStructurePrefs()
 439   {
 440     // configure services
 441     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 442             .getStructureSelectionManager(this);
 443     if (jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 444     {
 445       ssm.setAddTempFacAnnot(jalview.bin.Cache.getDefault(
 446               Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 447       ssm.setProcessSecondaryStructure(jalview.bin.Cache.getDefault(
 448               Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 449       ssm.setSecStructServices(jalview.bin.Cache.getDefault(
 450               Preferences.USE_RNAVIEW, true));
 451     }
 452     else
 453     {
 454       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 455       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 456       ssm.setSecStructServices(false);
 457     }
 458   }
 459
 460   public void checkForNews()
 461   {
 462     final Desktop me = this;
 463     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 464     addDialogThread(new Runnable()
 465     {
 466       @Override
 467       public void run()
 468       {
 469         Cache.log.debug("Starting news thread.");
 470
 471         jvnews = new BlogReader(me);
 472         showNews.setVisible(true);
 473         Cache.log.debug("Completed news thread.");
 474       }
 475     });
 476   }
 477
 478   @Override
 479   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 480   {
 481     showNews(showNews.isSelected());
 482   }
 483
 484   void showNews(boolean visible)
 485   {
 486     {
 487       Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 488       showNews.setSelected(visible);
 489       if (visible && !jvnews.isVisible())
 490       {
 491         new Thread(new Runnable()
 492         {
 493           @Override
 494           public void run()
 495           {
 496             long now = System.currentTimeMillis();
 497             Desktop.instance.setProgressBar(
 498                     MessageManager.getString("status.refreshing_news"), now);
 499             jvnews.refreshNews();
 500             Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
 501             jvnews.showNews();
 502           }
 503         }).start();
 504       }
 505     }
 506   }
 507
 508   /**
 509    * recover the last known dimensions for a jalview window
 510    *
 511    * @param windowName
 512    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 513    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 514    *         window geom was known)
 515    */
 516   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 517   {
 518     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 519     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 520     String x = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 521     String y = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 522     String width = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 523             + "SCREEN_WIDTH");
 524     String height = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 525             + "SCREEN_HEIGHT");
 526     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 527     {
 528       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y), iw = Integer
 529               .parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 530       if (jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 531       {
 532         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 533         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 534         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 535         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer
 536                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 537                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 538         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer
 539                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 540                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 541         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 542         ix = (int) (ix * sw);
 543         iw = (int) (iw * sw);
 544         iy = (int) (iy * sh);
 545         ih = (int) (ih * sh);
 546         while (ix >= screenSize.width)
 547         {
 548           jalview.bin.Cache.log
 549                   .debug("Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 550           ix -= screenSize.width;
 551         }
 552         while (iy >= screenSize.height)
 553         {
 554           jalview.bin.Cache.log
 555                   .debug("Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 556           iy -= screenSize.height;
 557         }
 558         jalview.bin.Cache.log.debug("Got last known dimensions for "
 559                 + windowName + ": x:" + ix + " y:" + iy + " width:" + iw
 560                 + " height:" + ih);
 561       }
 562       // return dimensions for new instance
 563       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 564     }
 565     return null;
 566   }
 567
 568   private void doVamsasClientCheck()
 569   {
 570     if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 571     {
 572       setupVamsasDisconnectedGui();
 573       VamsasMenu.setVisible(true);
 574       final Desktop us = this;
 575       VamsasMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 576       {
 577         // this listener remembers when the menu was first selected, and
 578         // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 579         // reselected again.
 580         boolean refresh = true;
 581
 582         public void menuCanceled(MenuEvent e)
 583         {
 584           refresh = true;
 585         }
 586
 587         public void menuDeselected(MenuEvent e)
 588         {
 589           refresh = true;
 590         }
 591
 592         public void menuSelected(MenuEvent e)
 593         {
 594           if (refresh)
 595           {
 596             us.buildVamsasStMenu();
 597             refresh = false;
 598           }
 599         }
 600       });
 601       vamsasStart.setVisible(true);
 602     }
 603   }
 604
 605   void showPasteMenu(int x, int y)
 606   {
 607     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 608     JMenuItem item = new JMenuItem(
 609             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 610     item.addActionListener(new ActionListener()
 611     {
 612       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 613       {
 614         paste();
 615       }
 616     });
 617
 618     popup.add(item);
 619     popup.show(this, x, y);
 620   }
 621
 622   public void paste()
 623   {
 624     try
 625     {
 626       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 627       Transferable contents = c.getContents(this);
 628
 629       if (contents != null)
 630       {
 631         String file = (String) contents
 632                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 633
 634         String format = new IdentifyFile().Identify(file,
 635                 FormatAdapter.PASTE);
 636
 637         new FileLoader().LoadFile(file, FormatAdapter.PASTE, format);
 638
 639       }
 640     } catch (Exception ex)
 641     {
 642       System.out
 643               .println("Unable to paste alignment from system clipboard:\n"
 644                       + ex);
 645     }
 646   }
 647
 648   /**
 649    * Adds and opens the given frame to the desktop
 650    *
 651    * @param frame
 652    *          Frame to show
 653    * @param title
 654    *          Visible Title
 655    * @param w
 656    *          width
 657    * @param h
 658    *          height
 659    */
 660   public static synchronized void addInternalFrame(
 661           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 662   {
 663     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, true);
 664   }
 665
 666   /**
 667    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 668    *
 669    * @param frame
 670    *          Frame to show
 671    * @param title
 672    *          Visible Title
 673    * @param makeVisible
 674    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 675    *          setVisible themselves.
 676    * @param w
 677    *          width
 678    * @param h
 679    *          height
 680    */
 681   public static synchronized void addInternalFrame(
 682           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 683           int w, int h)
 684   {
 685     addInternalFrame(frame, title, makeVisible, w, h, true);
 686   }
 687
 688   /**
 689    * Add an internal frame to the Jalview desktop and make it visible
 690    *
 691    * @param frame
 692    *          Frame to show
 693    * @param title
 694    *          Visible Title
 695    * @param w
 696    *          width
 697    * @param h
 698    *          height
 699    * @param resizable
 700    *          Allow resize
 701    */
 702   public static synchronized void addInternalFrame(
 703           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 704           boolean resizable)
 705   {
 706     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, resizable);
 707   }
 708
 709   /**
 710    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 711    *
 712    * @param frame
 713    *          Frame to show
 714    * @param title
 715    *          Visible Title
 716    * @param makeVisible
 717    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 718    *          setVisible themselves.
 719    * @param w
 720    *          width
 721    * @param h
 722    *          height
 723    * @param resizable
 724    *          Allow resize
 725    */
 726   public static synchronized void addInternalFrame(
 727           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 728           int w, int h, boolean resizable)
 729   {
 730
 731     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 732     // bounds object).
 733     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 734     // the current window title
 735
 736     frame.setTitle(title);
 737     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 738     {
 739       frame.setSize(w, h);
 740     }
 741     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 742     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 743     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 744     // ///////////////////////////////////////////////
 745     if (instance == null
 746             || (System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 747                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 748     {
 749       return;
 750     }
 751
 752     openFrameCount++;
 753
 754     frame.setVisible(makeVisible);
 755     frame.setClosable(true);
 756     frame.setResizable(resizable);
 757     frame.setMaximizable(resizable);
 758     frame.setIconifiable(resizable);
 759     if (Platform.isAMac())
 760     {
 761       frame.setIconifiable(false);
 762       frame.setFrameIcon(null);
 763       // frame.setDesktopIcon(null);
 764       frame.setDoubleBuffered(false);
 765     }
 766     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 767     {
 768       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset
 769               * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 770     }
 771
 772     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 773     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 774     {
 775       public void internalFrameActivated(
 776               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 777       {
 778         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 779         if (itf != null)
 780         {
 781           itf.requestFocus();
 782         }
 783
 784       }
 785
 786       public void internalFrameClosed(
 787               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 788       {
 789         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 790         openFrameCount--;
 791         windowMenu.remove(menuItem);
 792         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 793         if (itf != null)
 794         {
 795           itf.requestFocus();
 796         }
 797         System.gc();
 798       };
 799     });
 800
 801     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 802     {
 803       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 804       {
 805         try
 806         {
 807           frame.setSelected(true);
 808           frame.setIcon(false);
 809         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 810         {
 811
 812         }
 813       }
 814     });
 815     menuItem.addMouseListener(new MouseListener()
 816     {
 817
 818       @Override
 819       public void mouseReleased(MouseEvent e)
 820       {
 821       }
 822
 823       @Override
 824       public void mousePressed(MouseEvent e)
 825       {
 826       }
 827
 828       @Override
 829       public void mouseExited(MouseEvent e)
 830       {
 831         try
 832         {
 833           frame.setSelected(false);
 834         } catch (PropertyVetoException e1)
 835         {
 836         }
 837       }
 838
 839       @Override
 840       public void mouseEntered(MouseEvent e)
 841       {
 842         try
 843         {
 844           frame.setSelected(true);
 845         } catch (PropertyVetoException e1)
 846         {
 847         }
 848       }
 849
 850       @Override
 851       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 852       {
 853
 854       }
 855     });
 856
 857     windowMenu.add(menuItem);
 858
 859     desktop.add(frame);
 860     frame.toFront();
 861     try
 862     {
 863       frame.setSelected(true);
 864       frame.requestFocus();
 865     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 866     {
 867     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
 868     {
 869       Cache.log
 870               .warn("Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
 871                       cex);
 872     }
 873   }
 874
 875   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 876   {
 877     if (!internalCopy)
 878     {
 879       Desktop.jalviewClipboard = null;
 880     }
 881
 882     internalCopy = false;
 883   }
 884
 885   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 886   {
 887   }
 888
 889   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 890   {
 891   }
 892
 893   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 894   {
 895   }
 896
 897   @Override
 898   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 899   {
 900   }
 901
 902   /**
 903    * DOCUMENT ME!
 904    *
 905    * @param evt
 906    *          DOCUMENT ME!
 907    */
 908   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 909   {
 910     boolean success = true;
 911     Transferable t = evt.getTransferable();
 912     java.util.List files = null;
 913     java.util.List protocols = null;
 914
 915     try
 916     {
 917       DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
 918               "text/uri-list;class=java.lang.String");
 919       if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 920       {
 921         // Works on Windows and MacOSX
 922         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 923         files = (java.util.List) t
 924                 .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 925       }
 926       else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
 927       {
 928         // This is used by Unix drag system
 929         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 930         String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
 931         files = new java.util.ArrayList(1);
 932         protocols = new java.util.ArrayList(1);
 933         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
 934                 data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
 935         {
 936           String s = st.nextToken();
 937           if (s.startsWith("#"))
 938           {
 939             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
 940             continue;
 941           }
 942           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
 943           if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
 944           {
 945             protocols.add(FormatAdapter.URL);
 946             files.add(uri.toString());
 947           }
 948           else
 949           {
 950             // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
 951             java.io.File file = new java.io.File(uri);
 952             protocols.add(FormatAdapter.FILE);
 953             files.add(file.toString());
 954           }
 955         }
 956       }
 957     } catch (Exception e)
 958     {
 959       success = false;
 960     }
 961
 962     if (files != null)
 963     {
 964       try
 965       {
 966         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 967         {
 968           String file = files.get(i).toString();
 969           String protocol = (protocols == null) ? FormatAdapter.FILE
 970                   : (String) protocols.get(i);
 971           String format = null;
 972
 973           if (file.endsWith(".jar"))
 974           {
 975             format = "Jalview";
 976
 977           }
 978           else
 979           {
 980             format = new IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 981           }
 982
 983           new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 984
 985         }
 986       } catch (Exception ex)
 987       {
 988         success = false;
 989       }
 990     }
 991     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
 992                                // transfered to any new windows created
 993   }
 994
 995   /**
 996    * DOCUMENT ME!
 997    *
 998    * @param e
 999    *          DOCUMENT ME!
1000    */
1001   @Override
1002   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1003   {
1004     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1005             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
1006             jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
1007             jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
1008             jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
1009
1010     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1011     chooser.setDialogTitle(MessageManager
1012             .getString("label.open_local_file"));
1013     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
1014
1015     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1016
1017     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1018     {
1019       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
1020       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
1021               .getSelectedFile().getParent());
1022
1023       String format = null;
1024       if (chooser.getSelectedFormat() != null
1025               && chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
1026       {
1027         format = "Jalview";
1028       }
1029       else
1030       {
1031         format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);
1032       }
1033
1034       if (viewport != null)
1035       {
1036         new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE,
1037                 format);
1038         // viewport.setShowSequenceFeatures(JSONFile.isSeqFeaturesEnabled());
1039         // AlignFrame af = viewport.getAlignPanel().alignFrame;
1040         // if (af != null)
1041         // {
1042         // af.changeColour(JSONFile.getColourScheme());
1043         // af.setMenusForViewport();
1044         // }
1045       }
1046       else
1047       {
1048         new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);
1049       }
1050     }
1051   }
1052
1053   /**
1054    * DOCUMENT ME!
1055    *
1056    * @param e
1057    *          DOCUMENT ME!
1058    */
1059   @Override
1060   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1061   {
1062     // This construct allows us to have a wider textfield
1063     // for viewing
1064     JLabel label = new JLabel(
1065             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
1066     final JComboBox history = new JComboBox();
1067
1068     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
1069     panel.add(label);
1070     panel.add(history);
1071     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
1072     history.setEditable(true);
1073     history.addItem("http://www.");
1074
1075     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
1076
1077     StringTokenizer st;
1078
1079     if (historyItems != null)
1080     {
1081       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
1082
1083       while (st.hasMoreTokens())
1084       {
1085         history.addItem(st.nextElement());
1086       }
1087     }
1088
1089     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
1090             MessageManager.getString("label.input_alignment_from_url"),
1091             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
1092
1093     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
1094     {
1095       return;
1096     }
1097
1098     String url = history.getSelectedItem().toString();
1099
1100     if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
1101     {
1102       if (viewport != null)
1103       {
1104         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL,
1105                 "Jalview");
1106       }
1107       else
1108       {
1109         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
1110       }
1111     }
1112     else
1113     {
1114       String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);
1115
1116       if (format.equals("URL NOT FOUND"))
1117       {
1118         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1119                 MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate",
1120                         new Object[] { url }), MessageManager
1121                         .getString("label.url_not_found"),
1122                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1123
1124         return;
1125       }
1126
1127       if (viewport != null)
1128       {
1129         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);
1130       }
1131       else
1132       {
1133         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);
1134       }
1135     }
1136   }
1137
1138   /**
1139    * Opens the CutAndPaste window for the user to paste an alignment in to
1140    *
1141    * @param viewPanel
1142    *          - if not null, the pasted alignment is added to the current
1143    *          alignment; if null, to a new alignment window
1144    */
1145   @Override
1146   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
1147           AlignmentViewPanel viewPanel)
1148   {
1149     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1150     cap.setForInput(viewPanel);
1151     Desktop.addInternalFrame(cap,
1152             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"),
1153             true, 600, 500);
1154   }
1155
1156   /*
1157    * Exit the program
1158    */
1159   @Override
1160   public void quit()
1161   {
1162     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1163     jalview.bin.Cache
1164             .setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH", screen.width + "");
1165     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT", screen.height
1166             + "");
1167     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x,
1168             getBounds().y, getWidth(), getHeight()));
1169
1170     if (jconsole != null)
1171     {
1172       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1173       jconsole.stopConsole();
1174     }
1175     if (jvnews != null)
1176     {
1177       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1178
1179     }
1180     if (dialogExecutor != null)
1181     {
1182       dialogExecutor.shutdownNow();
1183     }
1184     closeAll_actionPerformed(null);
1185     System.exit(0);
1186   }
1187
1188   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1189   {
1190     jalview.bin.Cache.log.debug("Storing last known dimensions for "
1191             + string + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1192             + " height:" + jc.height);
1193
1194     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1195     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1196     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1197     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1198   }
1199
1200   /**
1201    * DOCUMENT ME!
1202    *
1203    * @param e
1204    *          DOCUMENT ME!
1205    */
1206   @Override
1207   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1208   {
1209     // StringBuffer message = getAboutMessage(false);
1210     // JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1211     //
1212     // message.toString(), "About Jalview", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1213     new Thread(new Runnable()
1214     {
1215       public void run()
1216       {
1217         new SplashScreen(true);
1218       }
1219     }).start();
1220   }
1221
1222   public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
1223   {
1224     StringBuffer message = new StringBuffer();
1225     message.append("<html>");
1226     if (shortv)
1227     {
1228       message.append("<h1><strong>Version: "
1229               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "</strong></h1>");
1230       message.append("<strong>Last Updated: <em>"
1231               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
1232               + "</em></strong>");
1233
1234     }
1235     else
1236     {
1237
1238       message.append("<strong>Version "
1239               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1240               + "; last updated: "
1241               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1242     }
1243
1244     if (jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking").equals(
1245             "Checking"))
1246     {
1247       message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1248     }
1249     else if (!jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1250             .equals(jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
1251     {
1252       boolean red = false;
1253       if (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1254               .indexOf("automated build") == -1)
1255       {
1256         red = true;
1257         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1258         // version is not a development build
1259         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1260       }
1261
1262       message.append("<br>!! Version "
1263               + jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
1264                       "..Checking..")
1265               + " is available for download from "
1266               + jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
1267                       "http://www.jalview.org") + " !!");
1268       if (red)
1269       {
1270         message.append("</div>");
1271       }
1272     }
1273     message.append("<br>Authors:  "
1274             + jalview.bin.Cache
1275                     .getDefault("AUTHORFNAMES",
1276                             "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)")
1277             + "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
1278             + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
1279             + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
1280             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
1281             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
1282             + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
1283             + "</html>");
1284     return message;
1285   }
1286
1287   /**
1288    * DOCUMENT ME!
1289    *
1290    * @param e
1291    *          DOCUMENT ME!
1292    */
1293   @Override
1294   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1295   {
1296     try
1297     {
1298       Help.showHelpWindow();
1299     } catch (Exception ex)
1300     {
1301     }
1302   }
1303
1304   @Override
1305   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1306   {
1307     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1308     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1309     {
1310       try
1311       {
1312         frames[i].setClosed(true);
1313       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1314       {
1315       }
1316     }
1317     System.out.println("ALL CLOSED");
1318     if (v_client != null)
1319     {
1320       // TODO clear binding to vamsas document objects on close_all
1321     }
1322
1323     /*
1324      * reset state of singleton objects as appropriate (clear down session state
1325      * when all windows are closed)
1326      */
1327     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
1328             .getStructureSelectionManager(this);
1329     if (ssm != null)
1330     {
1331       ssm.resetAll();
1332     }
1333   }
1334
1335   @Override
1336   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1337   {
1338     reorderAssociatedWindows(false, false);
1339   }
1340
1341   @Override
1342   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1343   {
1344     reorderAssociatedWindows(true, false);
1345   }
1346
1347   void closeAssociatedWindows()
1348   {
1349     reorderAssociatedWindows(false, true);
1350   }
1351
1352   /*
1353    * (non-Javadoc)
1354    *
1355    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1356    * ActionEvent)
1357    */
1358   @Override
1359   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1360   {
1361     // We simply collect the garbage
1362     jalview.bin.Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1363     System.gc();
1364     jalview.bin.Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1365   }
1366
1367   /*
1368    * (non-Javadoc)
1369    *
1370    * @see
1371    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1372    * )
1373    */
1374   @Override
1375   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1376   {
1377     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1378   }
1379
1380   /*
1381    * (non-Javadoc)
1382    *
1383    * @see
1384    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1385    * )
1386    */
1387   @Override
1388   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1389   {
1390     showConsole(showConsole.isSelected());
1391   }
1392
1393   Console jconsole = null;
1394
1395   /**
1396    * control whether the java console is visible or not
1397    *
1398    * @param selected
1399    */
1400   void showConsole(boolean selected)
1401   {
1402     showConsole.setSelected(selected);
1403     // TODO: decide if we should update properties file
1404     Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE", Boolean.valueOf(selected)
1405             .toString());
1406     jconsole.setVisible(selected);
1407   }
1408
1409   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1410   {
1411     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1412     if (frames == null || frames.length < 1)
1413     {
1414       return;
1415     }
1416
1417     AlignmentViewport source = null, target = null;
1418     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1419     {
1420       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1421     }
1422     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1423     {
1424       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1425     }
1426     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1427     {
1428       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1429     }
1430     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1431     {
1432       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1433     }
1434
1435     if (source != null)
1436     {
1437       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1438       {
1439         target = null;
1440         if (frames[i] == null)
1441         {
1442           continue;
1443         }
1444         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1445         {
1446           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1447         }
1448         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1449         {
1450           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1451         }
1452         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1453         {
1454           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1455         }
1456         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1457         {
1458           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1459         }
1460
1461         if (source == target)
1462         {
1463           try
1464           {
1465             if (close)
1466             {
1467               frames[i].setClosed(true);
1468             }
1469             else
1470             {
1471               frames[i].setIcon(minimize);
1472               if (!minimize)
1473               {
1474                 frames[i].toFront();
1475               }
1476             }
1477
1478           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1479           {
1480           }
1481         }
1482       }
1483     }
1484   }
1485
1486   /**
1487    * DOCUMENT ME!
1488    *
1489    * @param e
1490    *          DOCUMENT ME!
1491    */
1492   @Override
1493   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1494   {
1495     new Preferences();
1496   }
1497
1498   /**
1499    * DOCUMENT ME!
1500    *
1501    * @param e
1502    *          DOCUMENT ME!
1503    */
1504   @Override
1505   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
1506   {
1507     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1508             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
1509             new String[] { "jvp" }, new String[] { "Jalview Project" },
1510             "Jalview Project");
1511
1512     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1513     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1514
1515     int value = chooser.showSaveDialog(this);
1516
1517     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1518     {
1519       final Desktop me = this;
1520       final java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
1521       setProjectFile(choice);
1522
1523       new Thread(new Runnable()
1524       {
1525         public void run()
1526         {
1527           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
1528           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1529                   "label.saving_jalview_project",
1530                   new Object[] { choice.getName() }), choice.hashCode());
1531           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1532                   choice.getParent());
1533           // TODO catch and handle errors for savestate
1534           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1535           try
1536           {
1537             new Jalview2XML().saveState(choice);
1538           } catch (OutOfMemoryError oom)
1539           {
1540             new OOMWarning("Whilst saving current state to "
1541                     + choice.getName(), oom);
1542           } catch (Exception ex)
1543           {
1544             Cache.log.error(
1545                     "Problems whilst trying to save to " + choice.getName(),
1546                     ex);
1547             JOptionPane.showMessageDialog(me, MessageManager.formatMessage(
1548                     "label.error_whilst_saving_current_state_to",
1549                     new Object[] { choice.getName() }), MessageManager
1550                     .getString("label.couldnt_save_project"),
1551                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1552           }
1553           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1554         }
1555       }).start();
1556     }
1557   }
1558
1559   private void setProjectFile(File choice)
1560   {
1561     this.projectFile = choice;
1562   }
1563
1564   public File getProjectFile()
1565   {
1566     return this.projectFile;
1567   }
1568
1569   /**
1570    * DOCUMENT ME!
1571    *
1572    * @param e
1573    *          DOCUMENT ME!
1574    */
1575   @Override
1576   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
1577   {
1578     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1579             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[] {
1580                 "jvp", "jar" }, new String[] { "Jalview Project",
1581                 "Jalview Project (old)" }, "Jalview Project");
1582     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1583     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1584
1585     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1586
1587     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1588     {
1589       final File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1590       setProjectFile(selectedFile);
1591       final String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
1592       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1593               selectedFile.getParent());
1594       new Thread(new Runnable()
1595       {
1596         public void run()
1597         {
1598           setProgressBar(
1599                   MessageManager.formatMessage(
1600                           "label.loading_jalview_project",
1601                           new Object[] { choice }), choice.hashCode());
1602           try
1603           {
1604             new Jalview2XML().loadJalviewAlign(choice);
1605           } catch (OutOfMemoryError oom)
1606           {
1607             new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1608           } catch (Exception ex)
1609           {
1610             Cache.log.error("Problems whilst loading project from "
1611                     + choice, ex);
1612             JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
1613                     .formatMessage(
1614                             "label.error_whilst_loading_project_from",
1615                             new Object[] { choice }), MessageManager
1616                     .getString("label.couldnt_load_project"),
1617                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1618           }
1619           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1620         }
1621       }).start();
1622     }
1623   }
1624
1625   @Override
1626   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1627   {
1628     new SequenceFetcher(this);
1629   }
1630
1631   JPanel progressPanel;
1632
1633   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<JPanel>();
1634
1635   public void startLoading(final String fileName)
1636   {
1637     if (fileLoadingCount == 0)
1638     {
1639       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager.formatMessage(
1640               "label.loading_file", new Object[] { fileName })));
1641     }
1642     fileLoadingCount++;
1643   }
1644
1645   private JPanel addProgressPanel(String string)
1646   {
1647     if (progressPanel == null)
1648     {
1649       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1650       totalProgressCount = 0;
1651       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1652     }
1653     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1654     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1655     progressBar.setIndeterminate(true);
1656
1657     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1658
1659     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1660     progressPanel.add(thisprogress);
1661     ((GridLayout) progressPanel.getLayout())
1662             .setRows(((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1663     ++totalProgressCount;
1664     instance.validate();
1665     return thisprogress;
1666   }
1667
1668   int totalProgressCount = 0;
1669
1670   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1671   {
1672     if (progressPanel != null)
1673     {
1674       synchronized (progressPanel)
1675       {
1676         progressPanel.remove(progbar);
1677         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1678         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1679         if (--totalProgressCount < 1)
1680         {
1681           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1682           progressPanel = null;
1683         }
1684       }
1685     }
1686     validate();
1687   }
1688
1689   public void stopLoading()
1690   {
1691     fileLoadingCount--;
1692     if (fileLoadingCount < 1)
1693     {
1694       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1695       {
1696         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1697       }
1698       fileLoadingPanels.clear();
1699       fileLoadingCount = 0;
1700     }
1701     validate();
1702   }
1703
1704   public static int getViewCount(String alignmentId)
1705   {
1706     AlignmentViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1707     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1708   }
1709
1710   /**
1711    *
1712    * @param alignmentId
1713    *          - if null, all sets are returned
1714    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1715    */
1716   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1717   {
1718     if (Desktop.desktop == null)
1719     {
1720       // no frames created and in headless mode
1721       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1722       return null;
1723     }
1724     List<AlignmentPanel> aps = new ArrayList<AlignmentPanel>();
1725     AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
1726     if (frames == null)
1727     {
1728       return null;
1729     }
1730     for (AlignFrame af : frames)
1731     {
1732       for (AlignmentPanel ap : af.alignPanels)
1733       {
1734         if (alignmentId == null
1735                 || alignmentId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1736         {
1737           aps.add(ap);
1738         }
1739       }
1740     }
1741     if (aps.size() == 0)
1742     {
1743       return null;
1744     }
1745     AlignmentPanel[] vap = aps.toArray(new AlignmentPanel[aps.size()]);
1746     return vap;
1747   }
1748
1749   /**
1750    * get all the viewports on an alignment.
1751    *
1752    * @param sequenceSetId
1753    *          unique alignment id (may be null - all viewports returned in that
1754    *          case)
1755    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1756    */
1757   public static AlignmentViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1758   {
1759     List<AlignmentViewport> viewp = new ArrayList<AlignmentViewport>();
1760     if (desktop != null)
1761     {
1762       AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1763
1764       for (AlignFrame afr : frames)
1765       {
1766         if (sequenceSetId == null
1767                 || afr.getViewport().getSequenceSetId()
1768                         .equals(sequenceSetId))
1769         {
1770           if (afr.alignPanels != null)
1771           {
1772             for (AlignmentPanel ap : afr.alignPanels)
1773             {
1774               if (sequenceSetId == null
1775                       || sequenceSetId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1776               {
1777                 viewp.add(ap.av);
1778               }
1779             }
1780           }
1781           else
1782           {
1783             viewp.add(afr.getViewport());
1784           }
1785         }
1786       }
1787       if (viewp.size() > 0)
1788       {
1789         return viewp.toArray(new AlignmentViewport[viewp.size()]);
1790       }
1791     }
1792     return null;
1793   }
1794
1795   /**
1796    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame
1797    *
1798    * @param af
1799    */
1800   public void explodeViews(AlignFrame af)
1801   {
1802     int size = af.alignPanels.size();
1803     if (size < 2)
1804     {
1805       return;
1806     }
1807
1808     for (int i = 0; i < size; i++)
1809     {
1810       AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(i);
1811       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
1812
1813       /*
1814        * Restore the view's last exploded frame geometry if known. Multiple
1815        * views from one exploded frame share and restore the same (frame)
1816        * position and size.
1817        */
1818       Rectangle geometry = ap.av.getExplodedGeometry();
1819       if (geometry != null)
1820       {
1821         newaf.setBounds(geometry);
1822       }
1823
1824       ap.av.setGatherViewsHere(false);
1825
1826       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
1827               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
1828     }
1829
1830     af.alignPanels.clear();
1831     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1832
1833   }
1834
1835   /**
1836    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
1837    * identifier back in to this frame as additional views, and close the
1838    * expanded views. Note the expanded frames may themselves have multiple
1839    * views. We take the lot.
1840    *
1841    * @param source
1842    */
1843   public void gatherViews(AlignFrame source)
1844   {
1845     source.viewport.setGatherViewsHere(true);
1846     source.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
1847     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1848     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
1849
1850     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1851     {
1852       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
1853       {
1854         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
1855         boolean gatherThis = false;
1856         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
1857         {
1858           AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(a);
1859           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1860           {
1861             gatherThis = true;
1862             ap.av.setGatherViewsHere(false);
1863             ap.av.setExplodedGeometry(af.getBounds());
1864             source.addAlignmentPanel(ap, false);
1865           }
1866         }
1867
1868         if (gatherThis)
1869         {
1870           af.alignPanels.clear();
1871           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1872         }
1873       }
1874     }
1875
1876   }
1877
1878   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
1879
1880   @Override
1881   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
1882   {
1883     if (v_client == null)
1884     {
1885       // Load and try to start a session.
1886       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1887               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1888
1889       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1890       chooser.setDialogTitle(MessageManager
1891               .getString("label.open_saved_vamsas_session"));
1892       chooser.setToolTipText(MessageManager
1893               .getString("label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session"));
1894
1895       int value = chooser.showOpenDialog(this);
1896
1897       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1898       {
1899         String fle = chooser.getSelectedFile().toString();
1900         if (!vamsasImport(chooser.getSelectedFile()))
1901         {
1902           JOptionPane
1903                   .showInternalMessageDialog(
1904                           Desktop.desktop,
1905                           MessageManager.formatMessage(
1906                                   "label.couldnt_import_as_vamsas_session",
1907                                   new Object[] { fle }),
1908                           MessageManager
1909                                   .getString("label.vamsas_document_import_failed"),
1910                           JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1911         }
1912       }
1913     }
1914     else
1915     {
1916       jalview.bin.Cache.log
1917               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1918     }
1919   }
1920
1921   /**
1922    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1923    *
1924    * @param file
1925    * @return true if import was a success and a session was started.
1926    */
1927   public boolean vamsasImport(URL url)
1928   {
1929     // TODO: create progress bar
1930     if (v_client != null)
1931     {
1932
1933       jalview.bin.Cache.log
1934               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1935       return false;
1936     }
1937
1938     try
1939     {
1940       // copy the URL content to a temporary local file
1941       // TODO: be a bit cleverer here with nio (?!)
1942       File file = File.createTempFile("vdocfromurl", ".vdj");
1943       FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file);
1944       BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(url.openStream());
1945       byte[] buffer = new byte[2048];
1946       int ln;
1947       while ((ln = bis.read(buffer)) > -1)
1948       {
1949         fos.write(buffer, 0, ln);
1950       }
1951       bis.close();
1952       fos.close();
1953       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file,
1954               url.toExternalForm());
1955     } catch (Exception ex)
1956     {
1957       jalview.bin.Cache.log.error(
1958               "Failed to create new vamsas session from contents of URL "
1959                       + url, ex);
1960       return false;
1961     }
1962     setupVamsasConnectedGui();
1963     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
1964     return v_client.inSession();
1965   }
1966
1967   /**
1968    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1969    *
1970    * @param file
1971    * @return true if import was a success and a session was started.
1972    */
1973   public boolean vamsasImport(File file)
1974   {
1975     if (v_client != null)
1976     {
1977
1978       jalview.bin.Cache.log
1979               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1980       return false;
1981     }
1982
1983     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1984             "status.importing_vamsas_session_from",
1985             new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
1986     try
1987     {
1988       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file, null);
1989     } catch (Exception ex)
1990     {
1991       setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1992               "status.importing_vamsas_session_from",
1993               new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
1994       jalview.bin.Cache.log.error(
1995               "New vamsas session from existing session file failed:", ex);
1996       return false;
1997     }
1998     setupVamsasConnectedGui();
1999     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2000     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2001             "status.importing_vamsas_session_from",
2002             new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
2003     return v_client.inSession();
2004   }
2005
2006   public boolean joinVamsasSession(String mysesid)
2007   {
2008     if (v_client != null)
2009     {
2010       throw new Error(
2011               MessageManager
2012                       .getString("error.try_join_vamsas_session_another"));
2013     }
2014     if (mysesid == null)
2015     {
2016       throw new Error(
2017               MessageManager.getString("error.invalid_vamsas_session_id"));
2018     }
2019     v_client = new VamsasApplication(this, mysesid);
2020     setupVamsasConnectedGui();
2021     v_client.initial_update();
2022     return (v_client.inSession());
2023   }
2024
2025   @Override
2026   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
2027   {
2028     if (v_client == null)
2029     {
2030       // Start a session.
2031       // we just start a default session for moment.
2032       /*
2033        * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
2034        * getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2035        *
2036        * chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2037        * chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
2038        * chooser.setToolTipText("Import");
2039        *
2040        * int value = chooser.showOpenDialog(this);
2041        *
2042        * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { v_client = new
2043        * jalview.gui.VamsasApplication(this, chooser.getSelectedFile());
2044        */
2045       v_client = new VamsasApplication(this);
2046       setupVamsasConnectedGui();
2047       v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2048     }
2049     else
2050     {
2051       // store current data in session.
2052       v_client.push_update(); // TODO: thread
2053     }
2054   }
2055
2056   protected void setupVamsasConnectedGui()
2057   {
2058     vamsasStart.setText(MessageManager.getString("label.session_update"));
2059     vamsasSave.setVisible(true);
2060     vamsasStop.setVisible(true);
2061     vamsasImport.setVisible(false); // Document import to existing session is
2062     // not possible for vamsas-client-1.0.
2063   }
2064
2065   protected void setupVamsasDisconnectedGui()
2066   {
2067     vamsasSave.setVisible(false);
2068     vamsasStop.setVisible(false);
2069     vamsasImport.setVisible(true);
2070     vamsasStart.setText(MessageManager
2071             .getString("label.new_vamsas_session"));
2072   }
2073
2074   @Override
2075   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
2076   {
2077     if (v_client != null)
2078     {
2079       v_client.end_session();
2080       v_client = null;
2081       setupVamsasDisconnectedGui();
2082     }
2083   }
2084
2085   protected void buildVamsasStMenu()
2086   {
2087     if (v_client == null)
2088     {
2089       String[] sess = null;
2090       try
2091       {
2092         sess = VamsasApplication.getSessionList();
2093       } catch (Exception e)
2094       {
2095         jalview.bin.Cache.log.warn(
2096                 "Problem getting current sessions list.", e);
2097         sess = null;
2098       }
2099       if (sess != null)
2100       {
2101         jalview.bin.Cache.log.debug("Got current sessions list: "
2102                 + sess.length + " entries.");
2103         VamsasStMenu.removeAll();
2104         for (int i = 0; i < sess.length; i++)
2105         {
2106           JMenuItem sessit = new JMenuItem();
2107           sessit.setText(sess[i]);
2108           sessit.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
2109                   "label.connect_to_session", new Object[] { sess[i] }));
2110           final Desktop dsktp = this;
2111           final String mysesid = sess[i];
2112           sessit.addActionListener(new ActionListener()
2113           {
2114
2115             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2116             {
2117               if (dsktp.v_client == null)
2118               {
2119                 Thread rthr = new Thread(new Runnable()
2120                 {
2121
2122                   public void run()
2123                   {
2124                     dsktp.v_client = new VamsasApplication(dsktp, mysesid);
2125                     dsktp.setupVamsasConnectedGui();
2126                     dsktp.v_client.initial_update();
2127                   }
2128
2129                 });
2130                 rthr.start();
2131               }
2132             };
2133           });
2134           VamsasStMenu.add(sessit);
2135         }
2136         // don't show an empty menu.
2137         VamsasStMenu.setVisible(sess.length > 0);
2138
2139       }
2140       else
2141       {
2142         jalview.bin.Cache.log.debug("No current vamsas sessions.");
2143         VamsasStMenu.removeAll();
2144         VamsasStMenu.setVisible(false);
2145       }
2146     }
2147     else
2148     {
2149       // Not interested in the content. Just hide ourselves.
2150       VamsasStMenu.setVisible(false);
2151     }
2152   }
2153
2154   @Override
2155   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
2156   {
2157     if (v_client != null)
2158     {
2159       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
2160               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
2161               { "vdj" }, // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
2162               new String[] { "Vamsas Document" }, "Vamsas Document");
2163
2164       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2165       chooser.setDialogTitle(MessageManager
2166               .getString("label.save_vamsas_document_archive"));
2167
2168       int value = chooser.showSaveDialog(this);
2169
2170       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2171       {
2172         java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
2173         JPanel progpanel = addProgressPanel(MessageManager.formatMessage(
2174                 "label.saving_vamsas_doc",
2175                 new Object[] { choice.getName() }));
2176         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
2177         String warnmsg = null;
2178         String warnttl = null;
2179         try
2180         {
2181           v_client.vclient.storeDocument(choice);
2182         } catch (Error ex)
2183         {
2184           warnttl = "Serious Problem saving Vamsas Document";
2185           warnmsg = ex.toString();
2186           jalview.bin.Cache.log.error("Error Whilst saving document to "
2187                   + choice, ex);
2188
2189         } catch (Exception ex)
2190         {
2191           warnttl = "Problem saving Vamsas Document.";
2192           warnmsg = ex.toString();
2193           jalview.bin.Cache.log.warn("Exception Whilst saving document to "
2194                   + choice, ex);
2195
2196         }
2197         removeProgressPanel(progpanel);
2198         if (warnmsg != null)
2199         {
2200           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2201
2202           warnmsg, warnttl, JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2203         }
2204       }
2205     }
2206   }
2207
2208   JPanel vamUpdate = null;
2209
2210   /**
2211    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
2212    *
2213    * @param b
2214    *          true to hide gui, false to reveal gui
2215    */
2216   public void setVamsasUpdate(boolean b)
2217   {
2218     jalview.bin.Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "
2219             + (b ? "in progress" : "finished"));
2220
2221     if (vamUpdate != null)
2222     {
2223       this.removeProgressPanel(vamUpdate);
2224     }
2225     if (b)
2226     {
2227       vamUpdate = this.addProgressPanel(MessageManager
2228               .getString("label.updating_vamsas_session"));
2229     }
2230     vamsasStart.setVisible(!b);
2231     vamsasStop.setVisible(!b);
2232     vamsasSave.setVisible(!b);
2233   }
2234
2235   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2236   {
2237     return desktop.getAllFrames();
2238   }
2239
2240   /**
2241    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2242    * should be informed of a new questionnaire.
2243    *
2244    * @param url
2245    */
2246   public void checkForQuestionnaire(String url)
2247   {
2248     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2249     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2250     new Thread(jvq).start();
2251   }
2252
2253   /**
2254    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2255    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs
2256    * low.
2257    *
2258    * @author AMW
2259    */
2260   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
2261   {
2262
2263     private static final float ONE_MB = 1048576f;
2264
2265     boolean showMemoryUsage = false;
2266
2267     Runtime runtime;
2268
2269     java.text.NumberFormat df;
2270
2271     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2272             percentUsage;
2273
2274     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2275     {
2276       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2277     }
2278
2279     public void showMemoryUsage(boolean showMemory)
2280     {
2281       this.showMemoryUsage = showMemory;
2282       if (showMemory)
2283       {
2284         Thread worker = new Thread(this);
2285         worker.start();
2286       }
2287     }
2288
2289     public boolean isShowMemoryUsage()
2290     {
2291       return showMemoryUsage;
2292     }
2293
2294     public void run()
2295     {
2296       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2297       df.setMaximumFractionDigits(2);
2298       runtime = Runtime.getRuntime();
2299
2300       while (showMemoryUsage)
2301       {
2302         try
2303         {
2304           maxMemory = runtime.maxMemory() / ONE_MB;
2305           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / ONE_MB;
2306           freeMemory = runtime.freeMemory() / ONE_MB;
2307           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2308
2309           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2310
2311           // if (percentUsage < 20)
2312           {
2313             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2314             // Color.red);
2315             // instance.set.setBorder(border1);
2316           }
2317           repaint();
2318           // sleep after showing usage
2319           Thread.sleep(3000);
2320         } catch (Exception ex)
2321         {
2322           ex.printStackTrace();
2323         }
2324       }
2325     }
2326
2327     @Override
2328     public void paintComponent(Graphics g)
2329     {
2330       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2331       {
2332         if (percentUsage < 20)
2333         {
2334           g.setColor(Color.red);
2335         }
2336         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2337         if (fm != null)
2338         {
2339           g.drawString(MessageManager.formatMessage(
2340                   "label.memory_stats",
2341                   new Object[] { df.format(totalFreeMemory),
2342                       df.format(maxMemory), df.format(percentUsage) }), 10,
2343                   getHeight() - fm.getHeight());
2344         }
2345       }
2346     }
2347   }
2348
2349   /**
2350    * fixes stacking order after a modal dialog to ensure windows that should be
2351    * on top actually are
2352    */
2353   public void relayerWindows()
2354   {
2355
2356   }
2357
2358   protected JMenuItem groovyShell;
2359
2360   public void doGroovyCheck()
2361   {
2362     if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
2363     {
2364       groovyShell = new JMenuItem();
2365       groovyShell.setText(MessageManager.getString("label.groovy_console"));
2366       groovyShell.addActionListener(new ActionListener()
2367       {
2368         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2369         {
2370           groovyShell_actionPerformed();
2371         }
2372       });
2373       toolsMenu.add(groovyShell);
2374       groovyShell.setVisible(true);
2375     }
2376   }
2377
2378   /**
2379    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2380    *
2381    * @return an array of AlignFrame, or null if none found
2382    */
2383   public static AlignFrame[] getAlignFrames()
2384   {
2385     if (Jalview.isHeadlessMode())
2386     {
2387       // Desktop.desktop is null in headless mode
2388       return new AlignFrame[] { currentAlignFrame };
2389     }
2390
2391     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2392
2393     if (frames == null)
2394     {
2395       return null;
2396     }
2397     List<AlignFrame> avp = new ArrayList<AlignFrame>();
2398     // REVERSE ORDER
2399     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2400     {
2401       if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2402       {
2403         avp.add((AlignFrame) frames[i]);
2404       }
2405       else if (frames[i] instanceof SplitFrame)
2406       {
2407         /*
2408          * Also check for a split frame containing an AlignFrame
2409          */
2410         GSplitFrame sf = (GSplitFrame) frames[i];
2411         if (sf.getTopFrame() instanceof AlignFrame)
2412         {
2413           avp.add((AlignFrame) sf.getTopFrame());
2414         }
2415         if (sf.getBottomFrame() instanceof AlignFrame)
2416         {
2417           avp.add((AlignFrame) sf.getBottomFrame());
2418         }
2419       }
2420     }
2421     if (avp.size() == 0)
2422     {
2423       return null;
2424     }
2425     AlignFrame afs[] = avp.toArray(new AlignFrame[avp.size()]);
2426     return afs;
2427   }
2428
2429   /**
2430    * Returns an array of any AppJmol frames in the Desktop (or null if none).
2431    *
2432    * @return
2433    */
2434   public GStructureViewer[] getJmols()
2435   {
2436     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2437
2438     if (frames == null)
2439     {
2440       return null;
2441     }
2442     List<GStructureViewer> avp = new ArrayList<GStructureViewer>();
2443     // REVERSE ORDER
2444     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2445     {
2446       if (frames[i] instanceof AppJmol)
2447       {
2448         GStructureViewer af = (GStructureViewer) frames[i];
2449         avp.add(af);
2450       }
2451     }
2452     if (avp.size() == 0)
2453     {
2454       return null;
2455     }
2456     GStructureViewer afs[] = avp.toArray(new GStructureViewer[avp.size()]);
2457     return afs;
2458   }
2459
2460   /**
2461    * Add Groovy Support to Jalview
2462    */
2463   public void groovyShell_actionPerformed()
2464   {
2465     // use reflection to avoid creating compilation dependency.
2466     if (!jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
2467     {
2468       throw new Error(
2469               MessageManager
2470                       .getString("error.implementation_error_cannot_create_groovyshell"));
2471     }
2472     try
2473     {
2474       Class<?> gcClass = Desktop.class.getClassLoader().loadClass(
2475               "groovy.ui.Console");
2476       Constructor<?> gccons = gcClass.getConstructor();
2477       java.lang.reflect.Method setvar = gcClass.getMethod("setVariable",
2478               new Class[] { String.class, Object.class });
2479       java.lang.reflect.Method run = gcClass.getMethod("run");
2480       Object gc = gccons.newInstance();
2481       setvar.invoke(gc, new Object[] { "Jalview", this });
2482       run.invoke(gc);
2483     } catch (Exception ex)
2484     {
2485       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2486       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2487
2488       MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2489               MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2490               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2491     }
2492   }
2493
2494   /**
2495    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2496    */
2497   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2498
2499   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2500
2501   /*
2502    * (non-Javadoc)
2503    *
2504    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2505    */
2506   public void setProgressBar(String message, long id)
2507   {
2508     if (progressBars == null)
2509     {
2510       progressBars = new Hashtable<Long, JPanel>();
2511       progressBarHandlers = new Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler>();
2512     }
2513
2514     if (progressBars.get(new Long(id)) != null)
2515     {
2516       JPanel panel = progressBars.remove(new Long(id));
2517       if (progressBarHandlers.contains(new Long(id)))
2518       {
2519         progressBarHandlers.remove(new Long(id));
2520       }
2521       removeProgressPanel(panel);
2522     }
2523     else
2524     {
2525       progressBars.put(new Long(id), addProgressPanel(message));
2526     }
2527   }
2528
2529   /*
2530    * (non-Javadoc)
2531    *
2532    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2533    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2534    */
2535   public void registerHandler(final long id,
2536           final IProgressIndicatorHandler handler)
2537   {
2538     if (progressBarHandlers == null
2539             || !progressBars.containsKey(new Long(id)))
2540     {
2541       throw new Error(
2542               MessageManager
2543                       .getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2544     }
2545     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
2546     final JPanel progressPanel = progressBars.get(new Long(id));
2547     if (handler.canCancel())
2548     {
2549       JButton cancel = new JButton(
2550               MessageManager.getString("action.cancel"));
2551       final IProgressIndicator us = this;
2552       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2553       {
2554
2555         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2556         {
2557           handler.cancelActivity(id);
2558           us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2559                   "label.cancelled_params",
2560                   new Object[] { ((JLabel) progressPanel.getComponent(0))
2561                           .getText() }), id);
2562         }
2563       });
2564       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2565     }
2566   }
2567
2568   /**
2569    *
2570    * @return true if any progress bars are still active
2571    */
2572   @Override
2573   public boolean operationInProgress()
2574   {
2575     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2576     {
2577       return true;
2578     }
2579     return false;
2580   }
2581
2582   /**
2583    * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance.
2584    * It will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular
2585    * av.
2586    *
2587    * @param viewport
2588    * @return alignFrame for viewport
2589    */
2590   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewportI viewport)
2591   {
2592     if (desktop != null)
2593     {
2594       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(viewport.getSequenceSetId());
2595       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2596       {
2597         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == viewport)
2598         {
2599           return aps[panel].alignFrame;
2600         }
2601       }
2602     }
2603     return null;
2604   }
2605
2606   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2607   {
2608     return v_client;
2609
2610   }
2611
2612   /**
2613    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
2614    */
2615   private boolean inBatchMode = false;
2616
2617   /**
2618    * check if jalview GUI is being operated programmatically
2619    *
2620    * @return inBatchMode
2621    */
2622   public boolean isInBatchMode()
2623   {
2624     return inBatchMode;
2625   }
2626
2627   /**
2628    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
2629    *
2630    * @param inBatchMode
2631    */
2632   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
2633   {
2634     this.inBatchMode = inBatchMode;
2635   }
2636
2637   public void startServiceDiscovery()
2638   {
2639     startServiceDiscovery(false);
2640   }
2641
2642   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
2643   {
2644     boolean alive = true;
2645     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
2646     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
2647     if (true)
2648     {
2649       // todo: changesupport handlers need to be transferred
2650       if (discoverer == null)
2651       {
2652         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
2653         // register PCS handler for desktop.
2654         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
2655       }
2656       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
2657       // until we phase out completely
2658       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
2659     }
2660
2661     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
2662     {
2663       if (jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().isRunning())
2664       {
2665         jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().setAborted(true);
2666       }
2667       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().startDiscoverer(
2668               changeSupport);
2669
2670     }
2671     Thread t3 = null;
2672     {
2673       // TODO: do rest service discovery
2674     }
2675     if (blocking)
2676     {
2677       while (alive)
2678       {
2679         try
2680         {
2681           Thread.sleep(15);
2682         } catch (Exception e)
2683         {
2684         }
2685         alive = (t1 != null && t1.isAlive())
2686                 || (t2 != null && t2.isAlive())
2687                 || (t3 != null && t3.isAlive())
2688                 || (t0 != null && t0.isAlive());
2689       }
2690     }
2691   }
2692
2693   /**
2694    * called to check if the service discovery process completed successfully.
2695    *
2696    * @param evt
2697    */
2698   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
2699   {
2700     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
2701     {
2702       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2703               .getErrorMessages();
2704       if (ermsg != null)
2705       {
2706         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
2707         {
2708           if (serviceChangedDialog == null)
2709           {
2710             // only run if we aren't already displaying one of these.
2711             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
2712             {
2713               public void run()
2714               {
2715
2716                 /*
2717                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
2718                  *
2719                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
2720                  * Auto-generated method stub
2721                  *
2722                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
2723                  * Auto-generated method stub
2724                  *
2725                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
2726                  * Auto-generated method stub
2727                  *
2728                  * } }; jd.initDialogFrame(new
2729                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
2730                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
2731                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
2732                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
2733                  * +
2734                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
2735                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
2736                  * 400);
2737                  *
2738                  * jd.waitForInput();
2739                  */
2740                 JOptionPane
2741                         .showConfirmDialog(
2742                                 Desktop.desktop,
2743                                 new JLabel(
2744                                         "<html><table width=\"450\"><tr><td>"
2745                                                 + ermsg
2746                                                 + "</td></tr></table>"
2747                                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
2748                                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
2749                                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
2750                                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
2751                                 "Web Service Configuration Problem",
2752                                 JOptionPane.DEFAULT_OPTION,
2753                                 JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2754                 serviceChangedDialog = null;
2755
2756               }
2757             });
2758           }
2759         }
2760         else
2761         {
2762           Cache.log
2763                   .error("Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
2764                           + ermsg);
2765         }
2766       }
2767     }
2768   }
2769
2770   private Runnable serviceChangedDialog = null;
2771
2772   /**
2773    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
2774    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
2775    * to open the URL.
2776    *
2777    * @param url
2778    */
2779   public static void showUrl(final String url)
2780   {
2781     showUrl(url, Desktop.instance);
2782   }
2783
2784   /**
2785    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
2786    *
2787    * @param url
2788    * @param progress
2789    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
2790    */
2791   public static void showUrl(final String url,
2792           final IProgressIndicator progress)
2793   {
2794     new Thread(new Runnable()
2795     {
2796       public void run()
2797       {
2798         try
2799         {
2800           if (progress != null)
2801           {
2802             progress.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2803                     "status.opening_params", new Object[] { url }), this
2804                     .hashCode());
2805           }
2806           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
2807         } catch (Exception ex)
2808         {
2809           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2810                   MessageManager
2811                           .getString("label.web_browser_not_found_unix"),
2812                   MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
2813                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2814
2815           ex.printStackTrace();
2816         }
2817         if (progress != null)
2818         {
2819           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
2820         }
2821       }
2822     }).start();
2823   }
2824
2825   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
2826
2827   public static ParamManager getUserParameterStore()
2828   {
2829     if (wsparamManager == null)
2830     {
2831       wsparamManager = new WsParamSetManager();
2832     }
2833     return wsparamManager;
2834   }
2835
2836   /**
2837    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
2838    *
2839    * @param e
2840    */
2841   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
2842   {
2843     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
2844     {
2845       String url = null;
2846       try
2847       {
2848         url = e.getURL().toString();
2849         Desktop.showUrl(url);
2850       } catch (Exception x)
2851       {
2852         if (url != null)
2853         {
2854           if (Cache.log != null)
2855           {
2856             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
2857           }
2858           else
2859           {
2860             System.err.println("Couldn't handle string " + url
2861                     + " as a URL.");
2862           }
2863         }
2864         // ignore any exceptions due to dud links.
2865       }
2866
2867     }
2868   }
2869
2870   /**
2871    * single thread that handles display of dialogs to user.
2872    */
2873   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
2874
2875   /**
2876    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
2877    */
2878   private volatile boolean dialogPause = true;
2879
2880   /**
2881    * pause the queue
2882    */
2883   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
2884
2885   /**
2886    * add another dialog thread to the queue
2887    *
2888    * @param prompter
2889    */
2890   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
2891   {
2892     dialogExecutor.submit(new Runnable()
2893     {
2894       public void run()
2895       {
2896         if (dialogPause)
2897         {
2898           try
2899           {
2900             block.acquire();
2901           } catch (InterruptedException x)
2902           {
2903           }
2904           ;
2905         }
2906         if (instance == null)
2907         {
2908           return;
2909         }
2910         try
2911         {
2912           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
2913         } catch (Exception q)
2914         {
2915           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
2916         }
2917       }
2918     });
2919   }
2920
2921   public void startDialogQueue()
2922   {
2923     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
2924     // the current task to begin
2925     dialogPause = false;
2926     block.release();
2927   }
2928
2929   @Override
2930   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
2931   {
2932     invalidate();
2933     File of;
2934     ImageMaker im = new jalview.util.ImageMaker(this, ImageMaker.TYPE.EPS,
2935             "View of Desktop", getWidth(), getHeight(), of = new File(
2936                     "Jalview_snapshot" + System.currentTimeMillis()
2937                             + ".eps"), "View of desktop");
2938     try
2939     {
2940       paintAll(im.getGraphics());
2941       im.writeImage();
2942     } catch (Exception q)
2943     {
2944       Cache.log.error("Couldn't write snapshot to " + of.getAbsolutePath(),
2945               q);
2946       return;
2947     }
2948     Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
2949             + of.getAbsolutePath());
2950   }
2951
2952   /**
2953    * Explode the views in the given SplitFrame into separate SplitFrame windows.
2954    * This respects (remembers) any previous 'exploded geometry' i.e. the size
2955    * and location last time the view was expanded (if any). However it does not
2956    * remember the split pane divider location - this is set to match the
2957    * 'exploding' frame.
2958    *
2959    * @param sf
2960    */
2961   public void explodeViews(SplitFrame sf)
2962   {
2963     AlignFrame oldTopFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
2964     AlignFrame oldBottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
2965     List<? extends AlignmentViewPanel> topPanels = oldTopFrame
2966             .getAlignPanels();
2967     List<? extends AlignmentViewPanel> bottomPanels = oldBottomFrame
2968             .getAlignPanels();
2969     int viewCount = topPanels.size();
2970     if (viewCount < 2)
2971     {
2972       return;
2973     }
2974
2975     /*
2976      * Processing in reverse order works, forwards order leaves the first panels
2977      * not visible. I don't know why!
2978      */
2979     for (int i = viewCount - 1; i >= 0; i--)
2980     {
2981       /*
2982        * Make new top and bottom frames. These take over the respective
2983        * AlignmentPanel objects, including their AlignmentViewports, so the
2984        * cdna/protein relationships between the viewports is carried over to the
2985        * new split frames.
2986        *
2987        * explodedGeometry holds the (x, y) position of the previously exploded
2988        * SplitFrame, and the (width, height) of the AlignFrame component
2989        */
2990       AlignmentPanel topPanel = (AlignmentPanel) topPanels.get(i);
2991       AlignFrame newTopFrame = new AlignFrame(topPanel);
2992       newTopFrame.setSize(oldTopFrame.getSize());
2993       newTopFrame.setVisible(true);
2994       Rectangle geometry = ((AlignViewport) topPanel.getAlignViewport())
2995               .getExplodedGeometry();
2996       if (geometry != null)
2997       {
2998         newTopFrame.setSize(geometry.getSize());
2999       }
3000
3001       AlignmentPanel bottomPanel = (AlignmentPanel) bottomPanels.get(i);
3002       AlignFrame newBottomFrame = new AlignFrame(bottomPanel);
3003       newBottomFrame.setSize(oldBottomFrame.getSize());
3004       newBottomFrame.setVisible(true);
3005       geometry = ((AlignViewport) bottomPanel.getAlignViewport())
3006               .getExplodedGeometry();
3007       if (geometry != null)
3008       {
3009         newBottomFrame.setSize(geometry.getSize());
3010       }
3011
3012       topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3013       bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3014       JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(newTopFrame,
3015               newBottomFrame);
3016       if (geometry != null)
3017       {
3018         splitFrame.setLocation(geometry.getLocation());
3019       }
3020       Desktop.addInternalFrame(splitFrame, sf.getTitle(), -1, -1);
3021     }
3022
3023     /*
3024      * Clear references to the panels (now relocated in the new SplitFrames)
3025      * before closing the old SplitFrame.
3026      */
3027     topPanels.clear();
3028     bottomPanels.clear();
3029     sf.close();
3030   }
3031
3032   /**
3033    * Gather expanded split frames, sharing the same pairs of sequence set ids,
3034    * back into the given SplitFrame as additional views. Note that the gathered
3035    * frames may themselves have multiple views.
3036    *
3037    * @param source
3038    */
3039   public void gatherViews(GSplitFrame source)
3040   {
3041     /*
3042      * special handling of explodedGeometry for a view within a SplitFrame: - it
3043      * holds the (x, y) position of the enclosing SplitFrame, and the (width,
3044      * height) of the AlignFrame component
3045      */
3046     AlignFrame myTopFrame = (AlignFrame) source.getTopFrame();
3047     AlignFrame myBottomFrame = (AlignFrame) source.getBottomFrame();
3048     myTopFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3049             source.getY(), myTopFrame.getWidth(), myTopFrame.getHeight()));
3050     myBottomFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3051             source.getY(), myBottomFrame.getWidth(), myBottomFrame
3052                     .getHeight()));
3053     myTopFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3054     myBottomFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3055     String topViewId = myTopFrame.viewport.getSequenceSetId();
3056     String bottomViewId = myBottomFrame.viewport.getSequenceSetId();
3057
3058     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
3059     for (JInternalFrame frame : frames)
3060     {
3061       if (frame instanceof SplitFrame && frame != source)
3062       {
3063         SplitFrame sf = (SplitFrame) frame;
3064         AlignFrame topFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3065         AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3066         boolean gatherThis = false;
3067         for (int a = 0; a < topFrame.alignPanels.size(); a++)
3068         {
3069           AlignmentPanel topPanel = topFrame.alignPanels.get(a);
3070           AlignmentPanel bottomPanel = bottomFrame.alignPanels.get(a);
3071           if (topViewId.equals(topPanel.av.getSequenceSetId())
3072                   && bottomViewId.equals(bottomPanel.av.getSequenceSetId()))
3073           {
3074             gatherThis = true;
3075             topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3076             bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3077             topPanel.av.setExplodedGeometry(new Rectangle(sf.getLocation(),
3078                     topFrame.getSize()));
3079             bottomPanel.av.setExplodedGeometry(new Rectangle(sf
3080                     .getLocation(), bottomFrame.getSize()));
3081             myTopFrame.addAlignmentPanel(topPanel, false);
3082             myBottomFrame.addAlignmentPanel(bottomPanel, false);
3083           }
3084         }
3085
3086         if (gatherThis)
3087         {
3088           topFrame.getAlignPanels().clear();
3089           bottomFrame.getAlignPanels().clear();
3090           sf.close();
3091         }
3092       }
3093     }
3094
3095     /*
3096      * The dust settles...give focus to the tab we did this from.
3097      */
3098     myTopFrame.setDisplayedView(myTopFrame.alignPanel);
3099
3100   }
3101
3102   public static AlignFrame getCurrentAlignFrame()
3103   {
3104     return currentAlignFrame;
3105   }
3106
3107   public static void setCurrentAlignFrame(AlignFrame currentAlignFrame)
3108   {
3109     Desktop.currentAlignFrame = currentAlignFrame;
3110   }
3111
3112 }