src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.gui;\r
  21 \r
  22 import jalview.gui.*;\r
  23 import jalview.io.*;\r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 import java.awt.dnd.*;\r
  29 import javax.swing.*;\r
  30 import java.awt.datatransfer.*;\r
  31 import jalview.bin.Cache;\r
  32 \r
  33 \r
  34 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop implements DropTargetListener\r
  35 {\r
  36   public static JDesktopPane desktop;\r
  37   static int openFrameCount = 0;\r
  38   static final int xOffset = 30, yOffset = 30;\r
  39 \r
  40   public Desktop()\r
  41   {\r
  42     Image image =null;\r
  43     try{\r
  44       java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");\r
  45       if(url!=null)\r
  46       {\r
  47         image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);\r
  48         MediaTracker mt = new MediaTracker(this);\r
  49         mt.addImage(image, 0);\r
  50         mt.waitForID(0);\r
  51         setIconImage(image);\r
  52       }\r
  53 \r
  54     }catch(Exception ex){}\r
  55 \r
  56     setTitle("Jalview 2005");\r
  57     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);\r
  58     desktop = new JDesktopPane();\r
  59     desktop.setBackground(Color.white);\r
  60     setContentPane(desktop);\r
  61     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);\r
  62 \r
  63 \r
  64     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum\r
  65     // if previous window was maximised\r
  66     desktop.setDesktopManager( new DefaultDesktopManager() );\r
  67 \r
  68 \r
  69     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();\r
  70     String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");\r
  71     String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");\r
  72     String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");\r
  73     String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");\r
  74 \r
  75     if(x!=null && y!=null && width!=null && height!=null)\r
  76     {\r
  77       setBounds( Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),\r
  78                  Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));\r
  79     }\r
  80     else\r
  81       setBounds( (int)(screenSize.width-900)/2,\r
  82            (int)(screenSize.height-650)/2,\r
  83           900 ,\r
  84           650);\r
  85 \r
  86 this.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  87 {\r
  88 public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
  89 {\r
  90  jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X",\r
  91                                getBounds().x + "");\r
  92  jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y",\r
  93                                getBounds().y + "");\r
  94  jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");\r
  95  jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");\r
  96 }\r
  97 });\r
  98 setVisible(true);\r
  99 \r
 100 this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));\r
 101 \r
 102 /////////Add a splashscreen on startup\r
 103    /////////Add a splashscreen on startup\r
 104     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
 105 \r
 106     SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);\r
 107     frame.setContentPane(splash);\r
 108     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 109     addInternalFrame(frame, "", 750,160, false);\r
 110     frame.setLocation( (int)((getWidth()-750) /2), (int)((getHeight()-160) /2));\r
 111   }\r
 112   public static void addInternalFrame(final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)\r
 113   {\r
 114     addInternalFrame(frame, title, w, h, true);\r
 115   }\r
 116 \r
 117   public static void addInternalFrame(final JInternalFrame frame, String title,\r
 118                                       int w,\r
 119                                       int h,\r
 120                                       boolean resizable )\r
 121   {\r
 122    desktop.add(frame);\r
 123    openFrameCount++;\r
 124    try {\r
 125        frame.setSelected(true);\r
 126    } catch (java.beans.PropertyVetoException e) {}\r
 127    frame.setTitle(title);\r
 128    frame.setSize(w,h);\r
 129    frame.setClosable(true);\r
 130    frame.setResizable(resizable);\r
 131    frame.setMaximizable(resizable);\r
 132    frame.setIconifiable(resizable);\r
 133    frame.setFrameIcon(null);\r
 134    frame.setLocation(xOffset*openFrameCount, yOffset*openFrameCount);\r
 135    frame.toFront();\r
 136    final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);\r
 137    frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
 138    {\r
 139      public void internalFrameClosed(javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
 140      {\r
 141        openFrameCount--;\r
 142        windowMenu.remove(menuItem);\r
 143      };\r
 144    });\r
 145 \r
 146    menuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 147     {\r
 148       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 149       {\r
 150         try{  frame.setSelected(true);   frame.setIcon(false); }\r
 151         catch(java.beans.PropertyVetoException ex){};\r
 152       }\r
 153     });\r
 154 \r
 155    frame.setVisible(true);\r
 156    windowMenu.add(menuItem);\r
 157  }\r
 158 \r
 159  public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt){}\r
 160  public void dragExit(DropTargetEvent evt){}\r
 161  public void dragOver(DropTargetDragEvent evt){}\r
 162  public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt){}\r
 163  public void drop(DropTargetDropEvent evt)\r
 164 {\r
 165    Transferable t = evt.getTransferable();\r
 166    if(!t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))\r
 167      return;\r
 168 \r
 169    evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);\r
 170    try{\r
 171      java.util.List files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);\r
 172 \r
 173      for (int i = 0; i < files.size(); i++)\r
 174      {\r
 175        String file = files.get(i).toString();\r
 176        String protocol = "File";\r
 177        if(file.endsWith(".jar"))\r
 178                 Jalview2XML.LoadJalviewAlign(file);\r
 179       else\r
 180       {\r
 181         String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 182         LoadFile(file, protocol, format);\r
 183       }\r
 184      }\r
 185 \r
 186    }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
 187   }\r
 188 \r
 189 \r
 190  public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 191  {\r
 192    JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),\r
 193        new String[]{"fa, fasta, fastq", "aln",  "pfam", "msf", "pir","blc","jar"},\r
 194        new String[]{"Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"}\r
 195        ,jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));\r
 196 \r
 197    chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 198    chooser.setDialogTitle("Open local file");\r
 199    chooser.setToolTipText("Open");\r
 200    int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 201    if(value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 202    {\r
 203      String choice =  chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 204      jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 205      if(chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))\r
 206      {\r
 207        jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", "Jalivew");\r
 208        Jalview2XML.LoadJalviewAlign(choice);\r
 209      }\r
 210      else\r
 211      {\r
 212        String format = IdentifyFile.Identify(choice, "File");\r
 213        jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);\r
 214        LoadFile(choice, "File", format);\r
 215      }\r
 216    }\r
 217  }\r
 218 \r
 219  public void LoadFile(String file, String protocol,  String format)\r
 220  {\r
 221    LoadingThread loader = new LoadingThread(file, protocol, format);\r
 222    loader.start();\r
 223  }\r
 224 \r
 225  class LoadingThread extends Thread\r
 226  {\r
 227    String file, protocol, format;\r
 228 \r
 229    public LoadingThread(String file, String protocol,  String format)\r
 230    {\r
 231      this.file = file;\r
 232      this.protocol = protocol;\r
 233      this.format = format;\r
 234    }\r
 235    public void run()\r
 236    {\r
 237      SequenceI [] sequences = null;\r
 238 \r
 239      if (FormatAdapter.formats.contains(format))\r
 240          sequences = FormatAdapter.readFile(file, protocol, format);\r
 241 \r
 242      if (sequences != null && sequences.length>0)\r
 243      {\r
 244        AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences));\r
 245        addInternalFrame(af, file, AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH, AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 246        af.currentFileFormat = format;\r
 247        af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
 248        try{\r
 249            af.setMaximum(Preferences.showFullscreen);\r
 250        }catch(Exception ex){}\r
 251 \r
 252      }\r
 253      else\r
 254        JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,  "Couldn't open file.\n"\r
 255                             + "Formats currently supported are\n"\r
 256                             + "Fasta, MSF, Clustal, BLC, PIR, MSP, and PFAM" // JBPNote - message should be generated through FormatAdapter!\r
 257                             ,"Error loading file",\r
 258                                      JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 259 \r
 260    }\r
 261  }\r
 262 \r
 263 \r
 264  public void inputURLMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 265  {\r
 266    String url = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,"Enter url of input file",\r
 267                                             "Input alignment from URL",\r
 268                                             JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 269                                             null, null,\r
 270                                             "http://www.").toString();\r
 271    if (url == null)\r
 272      return;\r
 273 \r
 274    String format = IdentifyFile.Identify(url, "URL");\r
 275 \r
 276    if (format.equals("URL NOT FOUND"))\r
 277    {\r
 278      JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,"Couldn't locate " + url,\r
 279                                    "URL not found",\r
 280                                    JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 281      return;\r
 282    }\r
 283 \r
 284     LoadFile(url, "URL", format);\r
 285  }\r
 286 \r
 287  public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 288  {\r
 289    CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 290    cap.setForInput();\r
 291    Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);\r
 292  }\r
 293 \r
 294 /*\r
 295 * Exit the program\r
 296 */\r
 297  public void quit_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 298  {\r
 299    if(jalview.bin.Jalview.applet!=null)\r
 300      jalview.bin.Jalview.applet.destroy();\r
 301     else\r
 302       System.exit(0);\r
 303  }\r
 304 \r
 305 \r
 306 \r
 307  public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 308  {\r
 309    JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 310                                          "JalView 2005 version " + jalview.bin.Cache.VERSION+"; last updated: "+jalview.bin.Cache.BUILD_DATE\r
 311                                        +"\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton."\r
 312                                        +"\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee."\r
 313                                        +"\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org"\r
 314                                        +"\n\nIf  you use JalView, please cite:"\r
 315                                        +"\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\""\r
 316                                        +"\nBioinformatics,  2004 12;426-7.",\r
 317                                          "About Jalview",\r
 318                                          JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 319  }\r
 320 \r
 321  public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 322  {\r
 323    try\r
 324    {\r
 325       ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();\r
 326       java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl,"help/help");\r
 327       javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl,url);\r
 328 \r
 329       javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();\r
 330       hb.setLocation(new Point(200, 50));\r
 331       hb.setSize(new Dimension(800,700));\r
 332       hb.setCurrentID("home");\r
 333       hb.setDisplayed(true);\r
 334    }\r
 335    catch (Exception ex)\r
 336    {\r
 337      ex.printStackTrace();\r
 338    }\r
 339  }\r
 340 \r
 341  protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 342  {\r
 343    Preferences pref = new Preferences();\r
 344  }\r
 345 \r
 346  public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 347  {\r
 348    JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 349        getProperty("LAST_DIRECTORY"),\r
 350        new String[]\r
 351        {"jar"}, new String[]{"Jalview Project"}, "Jalview Project");\r
 352 \r
 353    chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 354    chooser.setDialogTitle("Save State");\r
 355    int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 356    if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 357    {\r
 358      java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();\r
 359      jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());\r
 360      Jalview2XML.SaveState(choice);\r
 361    }\r
 362 \r
 363  }\r
 364 \r
 365 \r
 366  public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 367  {\r
 368    JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),\r
 369        new String[]{"jar"}, new String[]{"Jalview Project"}, "Jalview Project");\r
 370    chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 371    chooser.setDialogTitle("Restore state");\r
 372    int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 373    if(value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 374    {\r
 375      String choice =  chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();\r
 376      jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 377      Jalview2XML.LoadJalviewAlign(choice);\r
 378    }\r
 379  }\r
 380 }\r
 381 \r
 382 \r