src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_ID;
  24
  25 import jalview.api.AlignViewportI;
  26 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.bin.Jalview;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.FileFormat;
  31 import jalview.io.FileFormatException;
  32 import jalview.io.FileFormatI;
  33 import jalview.io.FileFormats;
  34 import jalview.io.FileLoader;
  35 import jalview.io.FormatAdapter;
  36 import jalview.io.IdentifyFile;
  37 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  38 import jalview.io.JalviewFileView;
  39 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  40 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  41 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  42 import jalview.urls.IdOrgSettings;
  43 import jalview.util.ImageMaker;
  44 import jalview.util.MessageManager;
  45 import jalview.util.Platform;
  46 import jalview.util.UrlConstants;
  47 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  48 import jalview.ws.params.ParamManager;
  49 import jalview.ws.utils.UrlDownloadClient;
  50
  51 import java.awt.BorderLayout;
  52 import java.awt.Color;
  53 import java.awt.Dimension;
  54 import java.awt.FontMetrics;
  55 import java.awt.Graphics;
  56 import java.awt.GridLayout;
  57 import java.awt.Point;
  58 import java.awt.Rectangle;
  59 import java.awt.Toolkit;
  60 import java.awt.Window;
  61 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  62 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  63 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  64 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  65 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  66 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  67 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  68 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  69 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  70 import java.awt.event.ActionEvent;
  71 import java.awt.event.ActionListener;
  72 import java.awt.event.KeyEvent;
  73 import java.awt.event.MouseAdapter;
  74 import java.awt.event.MouseEvent;
  75 import java.awt.event.WindowAdapter;
  76 import java.awt.event.WindowEvent;
  77 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  78 import java.beans.PropertyChangeListener;
  79 import java.io.BufferedInputStream;
  80 import java.io.File;
  81 import java.io.FileOutputStream;
  82 import java.io.IOException;
  83 import java.net.URL;
  84 import java.util.ArrayList;
  85 import java.util.Hashtable;
  86 import java.util.List;
  87 import java.util.ListIterator;
  88 import java.util.StringTokenizer;
  89 import java.util.Vector;
  90 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  91 import java.util.concurrent.Executors;
  92 import java.util.concurrent.Semaphore;
  93
  94 import javax.swing.AbstractAction;
  95 import javax.swing.Box;
  96 import javax.swing.BoxLayout;
  97 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
  98 import javax.swing.DesktopManager;
  99 import javax.swing.JButton;
 100 import javax.swing.JCheckBox;
 101 import javax.swing.JComboBox;
 102 import javax.swing.JComponent;
 103 import javax.swing.JDesktopPane;
 104 import javax.swing.JFrame;
 105 import javax.swing.JInternalFrame;
 106 import javax.swing.JLabel;
 107 import javax.swing.JMenuItem;
 108 import javax.swing.JPanel;
 109 import javax.swing.JPopupMenu;
 110 import javax.swing.JProgressBar;
 111 import javax.swing.KeyStroke;
 112 import javax.swing.SwingUtilities;
 113 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
 114 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
 115 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
 116 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
 117 import javax.swing.event.MenuEvent;
 118 import javax.swing.event.MenuListener;
 119
 120 import org.stackoverflowusers.file.WindowsShortcut;
 121
 122 /**
 123  * Jalview Desktop
 124  *
 125  *
 126  * @author $author$
 127  * @version $Revision: 1.155 $
 128  */
 129 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
 130         implements DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 131         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 132 {
 133   private static int DEFAULT_MIN_WIDTH = 300;
 134
 135   private static int DEFAULT_MIN_HEIGHT = 250;
 136
 137   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH = 600;
 138
 139   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT = 70;
 140
 141   private static final String EXPERIMENTAL_FEATURES = "EXPERIMENTAL_FEATURES";
 142
 143   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 144
 145   /**
 146    * news reader - null if it was never started.
 147    */
 148   private BlogReader jvnews = null;
 149
 150   private File projectFile;
 151
 152   /**
 153    * @param listener
 154    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 155    */
 156   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 157           PropertyChangeListener listener)
 158   {
 159     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 160   }
 161
 162   /**
 163    * @param propertyName
 164    * @param listener
 165    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 166    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 167    */
 168   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 169           PropertyChangeListener listener)
 170   {
 171     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 172   }
 173
 174   /**
 175    * @param propertyName
 176    * @param listener
 177    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 178    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 179    */
 180   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 181           PropertyChangeListener listener)
 182   {
 183     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 184             listener);
 185   }
 186
 187   /** Singleton Desktop instance */
 188   public static Desktop instance;
 189
 190   public static MyDesktopPane desktop;
 191
 192   static int openFrameCount = 0;
 193
 194   static final int xOffset = 30;
 195
 196   static final int yOffset = 30;
 197
 198   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 199
 200   public static Object[] jalviewClipboard;
 201
 202   public static boolean internalCopy = false;
 203
 204   static int fileLoadingCount = 0;
 205
 206   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 207   {
 208
 209     private DesktopManager delegate;
 210
 211     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 212     {
 213       this.delegate = delegate;
 214     }
 215
 216     @Override
 217     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 218     {
 219       try
 220       {
 221         delegate.activateFrame(f);
 222       } catch (NullPointerException npe)
 223       {
 224         Point p = getMousePosition();
 225         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 226       }
 227     }
 228
 229     @Override
 230     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 231     {
 232       delegate.beginDraggingFrame(f);
 233     }
 234
 235     @Override
 236     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 237     {
 238       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 239     }
 240
 241     @Override
 242     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 243     {
 244       delegate.closeFrame(f);
 245     }
 246
 247     @Override
 248     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 249     {
 250       delegate.deactivateFrame(f);
 251     }
 252
 253     @Override
 254     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 255     {
 256       delegate.deiconifyFrame(f);
 257     }
 258
 259     @Override
 260     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 261     {
 262       if (newY < 0)
 263       {
 264         newY = 0;
 265       }
 266       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 267     }
 268
 269     @Override
 270     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 271     {
 272       delegate.endDraggingFrame(f);
 273       desktop.repaint();
 274     }
 275
 276     @Override
 277     public void endResizingFrame(JComponent f)
 278     {
 279       delegate.endResizingFrame(f);
 280       desktop.repaint();
 281     }
 282
 283     @Override
 284     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 285     {
 286       delegate.iconifyFrame(f);
 287     }
 288
 289     @Override
 290     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 291     {
 292       delegate.maximizeFrame(f);
 293     }
 294
 295     @Override
 296     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 297     {
 298       delegate.minimizeFrame(f);
 299     }
 300
 301     @Override
 302     public void openFrame(JInternalFrame f)
 303     {
 304       delegate.openFrame(f);
 305     }
 306
 307     @Override
 308     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 309             int newHeight)
 310     {
 311       if (newY < 0)
 312       {
 313         newY = 0;
 314       }
 315       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 316     }
 317
 318     @Override
 319     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 320             int newWidth, int newHeight)
 321     {
 322       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 323     }
 324
 325     // All other methods, simply delegate
 326
 327   }
 328
 329   /**
 330    * Creates a new Desktop object.
 331    */
 332   public Desktop()
 333   {
 334     /**
 335      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 336      * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 337      * constructor.
 338      */
 339     instance = this;
 340     doVamsasClientCheck();
 341
 342     doConfigureStructurePrefs();
 343     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
 344     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 345     boolean selmemusage = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE",
 346             false);
 347     boolean showjconsole = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_JAVA_CONSOLE",
 348             false);
 349     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 350     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 351     desktop.setBackground(Color.white);
 352     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 353     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 354     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 355     // sp.getViewport().setView(desktop);
 356     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 357     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 358     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 359
 360     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 361     // if previous window was maximised
 362     desktop.setDesktopManager(
 363             new MyDesktopManager(
 364                     (Platform.isWindows() ? new DefaultDesktopManager()
 365                             : Platform.isAMac()
 366                                     ? new AquaInternalFrameManager(
 367                                             desktop.getDesktopManager())
 368                                     : desktop.getDesktopManager())));
 369
 370     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 371     if (dims != null)
 372     {
 373       setBounds(dims);
 374     }
 375     else
 376     {
 377       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 378       setBounds((screenSize.width - 900) / 2, (screenSize.height - 650) / 2,
 379               900, 650);
 380     }
 381     jconsole = new Console(this, showjconsole);
 382     // add essential build information
 383     jconsole.setHeader(
 384             "Jalview Version: " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 385                     + "\n" + "Jalview Installation: "
 386                     + jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION",
 387                             "unknown")
 388                     + "\n" + "Build Date: "
 389                     + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
 390                     + "\n" + "Java version: "
 391                     + System.getProperty("java.version") + "\n"
 392                     + System.getProperty("os.arch") + " "
 393                     + System.getProperty("os.name") + " "
 394                     + System.getProperty("os.version"));
 395
 396     showConsole(showjconsole);
 397
 398     showNews.setVisible(false);
 399
 400     experimentalFeatures.setSelected(showExperimental());
 401
 402     getIdentifiersOrgData();
 403
 404     checkURLLinks();
 405
 406     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 407     {
 408       @Override
 409       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 410       {
 411         quit();
 412       }
 413     });
 414
 415     MouseAdapter ma;
 416     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 417     {
 418       @Override
 419       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 420       {
 421         if (evt.isPopupTrigger()) // Mac
 422         {
 423           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 424         }
 425       }
 426
 427       @Override
 428       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 429       {
 430         if (evt.isPopupTrigger()) // Windows
 431         {
 432           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 433         }
 434       }
 435     });
 436     desktop.addMouseListener(ma);
 437
 438     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 439     // Spawn a thread that shows the splashscreen
 440     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 441     {
 442       @Override
 443       public void run()
 444       {
 445         new SplashScreen();
 446       }
 447     });
 448
 449     // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time it
 450     // takes to open it later on.
 451     new Thread(new Runnable()
 452     {
 453       @Override
 454       public void run()
 455       {
 456         Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 457         String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
 458         JalviewFileChooser.forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 459                 fileFormat);
 460         Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 461       }
 462     }).start();
 463     // Add the service change listener
 464     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 465             new PropertyChangeListener()
 466             {
 467
 468               @Override
 469               public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 470               {
 471                 Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 472                         + evt.getNewValue());
 473                 JalviewServicesChanged(evt);
 474               }
 475
 476             });
 477   }
 478
 479   /**
 480    * Answers true if user preferences to enable experimental features is True
 481    * (on), else false
 482    *
 483    * @return
 484    */
 485   public boolean showExperimental()
 486   {
 487     String experimental = Cache.getDefault(EXPERIMENTAL_FEATURES,
 488             Boolean.FALSE.toString());
 489     return Boolean.valueOf(experimental).booleanValue();
 490   }
 491
 492   public void doConfigureStructurePrefs()
 493   {
 494     // configure services
 495     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 496             .getStructureSelectionManager(this);
 497     if (jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 498     {
 499       ssm.setAddTempFacAnnot(jalview.bin.Cache
 500               .getDefault(Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 501       ssm.setProcessSecondaryStructure(jalview.bin.Cache
 502               .getDefault(Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 503       ssm.setSecStructServices(
 504               jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.USE_RNAVIEW, true));
 505     }
 506     else
 507     {
 508       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 509       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 510       ssm.setSecStructServices(false);
 511     }
 512   }
 513
 514   public void checkForNews()
 515   {
 516     final Desktop me = this;
 517     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 518     new Thread(new Runnable()
 519     {
 520       @Override
 521       public void run()
 522       {
 523         Cache.log.debug("Starting news thread.");
 524
 525         jvnews = new BlogReader(me);
 526         showNews.setVisible(true);
 527         Cache.log.debug("Completed news thread.");
 528       }
 529     }).start();
 530   }
 531
 532   public void getIdentifiersOrgData()
 533   {
 534     // Thread off the identifiers fetcher
 535     new Thread(new Runnable()
 536     {
 537       @Override
 538       public void run()
 539       {
 540         Cache.log.debug("Downloading data from identifiers.org");
 541         UrlDownloadClient client = new UrlDownloadClient();
 542         try
 543         {
 544           client.download(IdOrgSettings.getUrl(),
 545                   IdOrgSettings.getDownloadLocation());
 546         } catch (IOException e)
 547         {
 548           Cache.log.debug("Exception downloading identifiers.org data"
 549                   + e.getMessage());
 550         }
 551       }
 552     }).start();
 553     ;
 554   }
 555
 556   @Override
 557   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 558   {
 559     showNews(showNews.isSelected());
 560   }
 561
 562   void showNews(boolean visible)
 563   {
 564     {
 565       Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 566       showNews.setSelected(visible);
 567       if (visible && !jvnews.isVisible())
 568       {
 569         new Thread(new Runnable()
 570         {
 571           @Override
 572           public void run()
 573           {
 574             long now = System.currentTimeMillis();
 575             Desktop.instance.setProgressBar(
 576                     MessageManager.getString("status.refreshing_news"),
 577                     now);
 578             jvnews.refreshNews();
 579             Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
 580             jvnews.showNews();
 581           }
 582         }).start();
 583       }
 584     }
 585   }
 586
 587   /**
 588    * recover the last known dimensions for a jalview window
 589    *
 590    * @param windowName
 591    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 592    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 593    *         window geom was known)
 594    */
 595   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 596   {
 597     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 598     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 599     String x = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 600     String y = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 601     String width = jalview.bin.Cache
 602             .getProperty(windowName + "SCREEN_WIDTH");
 603     String height = jalview.bin.Cache
 604             .getProperty(windowName + "SCREEN_HEIGHT");
 605     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 606     {
 607       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y),
 608               iw = Integer.parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 609       if (jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 610       {
 611         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 612         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 613         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 614         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer.parseInt(
 615                 jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 616         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer.parseInt(
 617                 jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 618         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 619         ix = (int) (ix * sw);
 620         iw = (int) (iw * sw);
 621         iy = (int) (iy * sh);
 622         ih = (int) (ih * sh);
 623         while (ix >= screenSize.width)
 624         {
 625           jalview.bin.Cache.log.debug(
 626                   "Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 627           ix -= screenSize.width;
 628         }
 629         while (iy >= screenSize.height)
 630         {
 631           jalview.bin.Cache.log.debug(
 632                   "Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 633           iy -= screenSize.height;
 634         }
 635         jalview.bin.Cache.log.debug(
 636                 "Got last known dimensions for " + windowName + ": x:" + ix
 637                         + " y:" + iy + " width:" + iw + " height:" + ih);
 638       }
 639       // return dimensions for new instance
 640       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 641     }
 642     return null;
 643   }
 644
 645   private void doVamsasClientCheck()
 646   {
 647     if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 648     {
 649       setupVamsasDisconnectedGui();
 650       VamsasMenu.setVisible(true);
 651       final Desktop us = this;
 652       VamsasMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 653       {
 654         // this listener remembers when the menu was first selected, and
 655         // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 656         // reselected again.
 657         boolean refresh = true;
 658
 659         @Override
 660         public void menuCanceled(MenuEvent e)
 661         {
 662           refresh = true;
 663         }
 664
 665         @Override
 666         public void menuDeselected(MenuEvent e)
 667         {
 668           refresh = true;
 669         }
 670
 671         @Override
 672         public void menuSelected(MenuEvent e)
 673         {
 674           if (refresh)
 675           {
 676             us.buildVamsasStMenu();
 677             refresh = false;
 678           }
 679         }
 680       });
 681       vamsasStart.setVisible(true);
 682     }
 683   }
 684
 685   void showPasteMenu(int x, int y)
 686   {
 687     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 688     JMenuItem item = new JMenuItem(
 689             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 690     item.addActionListener(new ActionListener()
 691     {
 692       @Override
 693       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 694       {
 695         paste();
 696       }
 697     });
 698
 699     popup.add(item);
 700     popup.show(this, x, y);
 701   }
 702
 703   public void paste()
 704   {
 705     try
 706     {
 707       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 708       Transferable contents = c.getContents(this);
 709
 710       if (contents != null)
 711       {
 712         String file = (String) contents
 713                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 714
 715         FileFormatI format = new IdentifyFile().identify(file,
 716                 DataSourceType.PASTE);
 717
 718         new FileLoader().LoadFile(file, DataSourceType.PASTE, format);
 719
 720       }
 721     } catch (Exception ex)
 722     {
 723       System.out.println(
 724               "Unable to paste alignment from system clipboard:\n" + ex);
 725     }
 726   }
 727
 728   /**
 729    * Adds and opens the given frame to the desktop
 730    *
 731    * @param frame
 732    *          Frame to show
 733    * @param title
 734    *          Visible Title
 735    * @param w
 736    *          width
 737    * @param h
 738    *          height
 739    */
 740   public static synchronized void addInternalFrame(
 741           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 742   {
 743     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, true, false);
 744   }
 745
 746   /**
 747    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 748    *
 749    * @param frame
 750    *          Frame to show
 751    * @param title
 752    *          Visible Title
 753    * @param makeVisible
 754    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 755    *          setVisible themselves.
 756    * @param w
 757    *          width
 758    * @param h
 759    *          height
 760    */
 761   public static synchronized void addInternalFrame(
 762           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 763           int w, int h)
 764   {
 765     addInternalFrame(frame, title, makeVisible, w, h, true, false);
 766   }
 767
 768   /**
 769    * Add an internal frame to the Jalview desktop and make it visible
 770    *
 771    * @param frame
 772    *          Frame to show
 773    * @param title
 774    *          Visible Title
 775    * @param w
 776    *          width
 777    * @param h
 778    *          height
 779    * @param resizable
 780    *          Allow resize
 781    */
 782   public static synchronized void addInternalFrame(
 783           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 784           boolean resizable)
 785   {
 786     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, resizable, false);
 787   }
 788
 789   /**
 790    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 791    *
 792    * @param frame
 793    *          Frame to show
 794    * @param title
 795    *          Visible Title
 796    * @param makeVisible
 797    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 798    *          setVisible themselves.
 799    * @param w
 800    *          width
 801    * @param h
 802    *          height
 803    * @param resizable
 804    *          Allow resize
 805    * @param ignoreMinSize
 806    *          Do not set the default minimum size for frame
 807    */
 808   public static synchronized void addInternalFrame(
 809           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 810           int w, int h, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 811   {
 812
 813     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 814     // bounds object).
 815     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 816     // the current window title
 817
 818     frame.setTitle(title);
 819     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 820     {
 821       frame.setSize(w, h);
 822     }
 823     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 824     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 825     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 826     // ///////////////////////////////////////////////
 827     if (instance == null || (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 828             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 829     {
 830       return;
 831     }
 832
 833     openFrameCount++;
 834
 835     if (!ignoreMinSize)
 836     {
 837       frame.setMinimumSize(
 838               new Dimension(DEFAULT_MIN_WIDTH, DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 839
 840       // Set default dimension for Alignment Frame window.
 841       // The Alignment Frame window could be added from a number of places,
 842       // hence,
 843       // I did this here in order not to miss out on any Alignment frame.
 844       if (frame instanceof AlignFrame)
 845       {
 846         frame.setMinimumSize(new Dimension(ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH,
 847                 ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 848       }
 849     }
 850
 851     frame.setVisible(makeVisible);
 852     frame.setClosable(true);
 853     frame.setResizable(resizable);
 854     frame.setMaximizable(resizable);
 855     frame.setIconifiable(resizable);
 856     frame.setOpaque(false);
 857
 858     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 859     {
 860       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount,
 861               yOffset * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 862     }
 863
 864     /*
 865      * add an entry for the new frame in the Window menu
 866      * (and remove it when the frame is closed)
 867      */
 868     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 869     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 870     {
 871       @Override
 872       public void internalFrameActivated(InternalFrameEvent evt)
 873       {
 874         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 875         if (itf != null)
 876         {
 877           if (itf instanceof AlignFrame)
 878           {
 879             Jalview.setCurrentAlignFrame((AlignFrame) itf);
 880           }
 881           itf.requestFocus();
 882         }
 883       }
 884
 885       @Override
 886       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 887       {
 888         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 889
 890         /*
 891          * defensive check to prevent frames being
 892          * added half off the window
 893          */
 894         if (openFrameCount > 0)
 895         {
 896           openFrameCount--;
 897         }
 898
 899         /*
 900          * ensure no reference to alignFrame retained by menu item listener
 901          */
 902         if (menuItem.getActionListeners().length > 0)
 903         {
 904           menuItem.removeActionListener(menuItem.getActionListeners()[0]);
 905         }
 906         windowMenu.remove(menuItem);
 907
 908         System.gc();
 909       };
 910     });
 911
 912     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 913     {
 914       @Override
 915       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 916       {
 917         try
 918         {
 919           frame.setSelected(true);
 920           frame.setIcon(false);
 921         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 922         {
 923
 924         }
 925       }
 926     });
 927
 928     desktop.add(frame);
 929
 930     windowMenu.add(menuItem);
 931
 932     frame.toFront();
 933     try
 934     {
 935       frame.setSelected(true);
 936       frame.requestFocus();
 937     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 938     {
 939     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
 940     {
 941       Cache.log.warn(
 942               "Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
 943               cex);
 944     }
 945   }
 946
 947   @Override
 948   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 949   {
 950     if (!internalCopy)
 951     {
 952       Desktop.jalviewClipboard = null;
 953     }
 954
 955     internalCopy = false;
 956   }
 957
 958   @Override
 959   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 960   {
 961   }
 962
 963   @Override
 964   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 965   {
 966   }
 967
 968   @Override
 969   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 970   {
 971   }
 972
 973   @Override
 974   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 975   {
 976   }
 977
 978   /**
 979    * DOCUMENT ME!
 980    *
 981    * @param evt
 982    *          DOCUMENT ME!
 983    */
 984   @Override
 985   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 986   {
 987     boolean success = true;
 988     // JAL-1552 - acceptDrop required before getTransferable call for
 989     // Java's Transferable for native dnd
 990     evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 991     Transferable t = evt.getTransferable();
 992     List<String> files = new ArrayList<>();
 993     List<DataSourceType> protocols = new ArrayList<>();
 994
 995     try
 996     {
 997       Desktop.transferFromDropTarget(files, protocols, evt, t);
 998     } catch (Exception e)
 999     {
1000       e.printStackTrace();
1001       success = false;
1002     }
1003
1004     if (files != null)
1005     {
1006       try
1007       {
1008         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
1009         {
1010           String file = files.get(i).toString();
1011           DataSourceType protocol = (protocols == null)
1012                   ? DataSourceType.FILE
1013                   : protocols.get(i);
1014           FileFormatI format = null;
1015
1016           if (file.endsWith(".jar"))
1017           {
1018             format = FileFormat.Jalview;
1019
1020           }
1021           else
1022           {
1023             format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
1024           }
1025
1026           new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
1027
1028         }
1029       } catch (Exception ex)
1030       {
1031         success = false;
1032       }
1033     }
1034     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
1035                                // transfered to any new windows created
1036   }
1037
1038   /**
1039    * DOCUMENT ME!
1040    *
1041    * @param e
1042    *          DOCUMENT ME!
1043    */
1044   @Override
1045   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1046   {
1047     String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
1048     JalviewFileChooser chooser = JalviewFileChooser
1049             .forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), fileFormat);
1050
1051     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1052     chooser.setDialogTitle(
1053             MessageManager.getString("label.open_local_file"));
1054     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
1055
1056     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1057
1058     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1059     {
1060       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
1061       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1062               chooser.getSelectedFile().getParent());
1063
1064       FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
1065
1066       /*
1067        * Call IdentifyFile to verify the file contains what its extension implies.
1068        * Skip this step for dynamically added file formats, because
1069        * IdentifyFile does not know how to recognise them.
1070        */
1071       if (FileFormats.getInstance().isIdentifiable(format))
1072       {
1073         try
1074         {
1075           format = new IdentifyFile().identify(choice, DataSourceType.FILE);
1076         } catch (FileFormatException e)
1077         {
1078           // format = null; //??
1079         }
1080       }
1081
1082       if (viewport != null)
1083       {
1084         new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, DataSourceType.FILE,
1085                 format);
1086       }
1087       else
1088       {
1089         new FileLoader().LoadFile(choice, DataSourceType.FILE, format);
1090       }
1091     }
1092   }
1093
1094   /**
1095    * DOCUMENT ME!
1096    *
1097    * @param e
1098    *          DOCUMENT ME!
1099    */
1100   @Override
1101   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1102   {
1103     // This construct allows us to have a wider textfield
1104     // for viewing
1105     JLabel label = new JLabel(
1106             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
1107     final JComboBox history = new JComboBox();
1108
1109     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
1110     panel.add(label);
1111     panel.add(history);
1112     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
1113     history.setEditable(true);
1114     history.addItem("http://www.");
1115
1116     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
1117
1118     StringTokenizer st;
1119
1120     if (historyItems != null)
1121     {
1122       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
1123
1124       while (st.hasMoreTokens())
1125       {
1126         history.addItem(st.nextElement());
1127       }
1128     }
1129
1130     int reply = JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
1131             MessageManager.getString("label.input_alignment_from_url"),
1132             JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
1133
1134     if (reply != JvOptionPane.OK_OPTION)
1135     {
1136       return;
1137     }
1138
1139     String url = history.getSelectedItem().toString();
1140
1141     if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
1142     {
1143       if (viewport != null)
1144       {
1145         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1146                 FileFormat.Jalview);
1147       }
1148       else
1149       {
1150         new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL,
1151                 FileFormat.Jalview);
1152       }
1153     }
1154     else
1155     {
1156       FileFormatI format = null;
1157       try
1158       {
1159         format = new IdentifyFile().identify(url, DataSourceType.URL);
1160       } catch (FileFormatException e)
1161       {
1162         // TODO revise error handling, distinguish between
1163         // URL not found and response not valid
1164       }
1165
1166       if (format == null)
1167       {
1168         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1169                 MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate",
1170                         new Object[]
1171                         { url }),
1172                 MessageManager.getString("label.url_not_found"),
1173                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1174
1175         return;
1176       }
1177
1178       if (viewport != null)
1179       {
1180         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1181                 format);
1182       }
1183       else
1184       {
1185         new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL, format);
1186       }
1187     }
1188   }
1189
1190   /**
1191    * Opens the CutAndPaste window for the user to paste an alignment in to
1192    *
1193    * @param viewPanel
1194    *          - if not null, the pasted alignment is added to the current
1195    *          alignment; if null, to a new alignment window
1196    */
1197   @Override
1198   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
1199           AlignmentViewPanel viewPanel)
1200   {
1201     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1202     cap.setForInput(viewPanel);
1203     Desktop.addInternalFrame(cap,
1204             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"), true,
1205             600, 500);
1206   }
1207
1208   /*
1209    * Exit the program
1210    */
1211   @Override
1212   public void quit()
1213   {
1214     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1215     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH",
1216             screen.width + "");
1217     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT",
1218             screen.height + "");
1219     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x, getBounds().y,
1220             getWidth(), getHeight()));
1221
1222     if (jconsole != null)
1223     {
1224       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1225       jconsole.stopConsole();
1226     }
1227     if (jvnews != null)
1228     {
1229       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1230
1231     }
1232     if (dialogExecutor != null)
1233     {
1234       dialogExecutor.shutdownNow();
1235     }
1236     closeAll_actionPerformed(null);
1237
1238     if (groovyConsole != null)
1239     {
1240       // suppress a possible repeat prompt to save script
1241       groovyConsole.setDirty(false);
1242       groovyConsole.exit();
1243     }
1244     System.exit(0);
1245   }
1246
1247   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1248   {
1249     jalview.bin.Cache.log.debug("Storing last known dimensions for "
1250             + string + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1251             + " height:" + jc.height);
1252
1253     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1254     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1255     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1256     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1257   }
1258
1259   /**
1260    * DOCUMENT ME!
1261    *
1262    * @param e
1263    *          DOCUMENT ME!
1264    */
1265   @Override
1266   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1267   {
1268     // StringBuffer message = getAboutMessage(false);
1269     // JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1270     //
1271     // message.toString(), "About Jalview", JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1272     new Thread(new Runnable()
1273     {
1274       @Override
1275       public void run()
1276       {
1277         new SplashScreen(true);
1278       }
1279     }).start();
1280   }
1281
1282   public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
1283   {
1284     StringBuffer message = new StringBuffer();
1285     message.append("<html>");
1286     if (shortv)
1287     {
1288       message.append("<h1><strong>Version: "
1289               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1290               + "</strong></h1>");
1291       message.append("<strong>Last Updated: <em>"
1292               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
1293               + "</em></strong>");
1294
1295     }
1296     else
1297     {
1298
1299       message.append("<strong>Version "
1300               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1301               + "; last updated: "
1302               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1303     }
1304
1305     if (jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1306             .equals("Checking"))
1307     {
1308       message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1309     }
1310     else if (!jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1311             .equals(jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
1312     {
1313       boolean red = false;
1314       if (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1315               .indexOf("automated build") == -1)
1316       {
1317         red = true;
1318         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1319         // version is not a development build
1320         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1321       }
1322
1323       message.append("<br>!! Version "
1324               + jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
1325                       "..Checking..")
1326               + " is available for download from "
1327               + jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
1328                       "http://www.jalview.org")
1329               + " !!");
1330       if (red)
1331       {
1332         message.append("</div>");
1333       }
1334     }
1335     message.append("<br>Authors:  " + jalview.bin.Cache.getDefault(
1336             "AUTHORFNAMES",
1337             "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)")
1338             + "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
1339             + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
1340             + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
1341             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
1342             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
1343             + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
1344             + "</html>");
1345     return message;
1346   }
1347
1348   /**
1349    * DOCUMENT ME!
1350    *
1351    * @param e
1352    *          DOCUMENT ME!
1353    */
1354   @Override
1355   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1356   {
1357     try
1358     {
1359       Help.showHelpWindow();
1360     } catch (Exception ex)
1361     {
1362     }
1363   }
1364
1365   @Override
1366   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1367   {
1368     // TODO show a progress bar while closing?
1369     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1370     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1371     {
1372       try
1373       {
1374         frames[i].setClosed(true);
1375       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1376       {
1377       }
1378     }
1379     Jalview.setCurrentAlignFrame(null);
1380     System.out.println("ALL CLOSED");
1381     if (v_client != null)
1382     {
1383       // TODO clear binding to vamsas document objects on close_all
1384     }
1385
1386     /*
1387      * reset state of singleton objects as appropriate (clear down session state
1388      * when all windows are closed)
1389      */
1390     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
1391             .getStructureSelectionManager(this);
1392     if (ssm != null)
1393     {
1394       ssm.resetAll();
1395     }
1396     System.gc();
1397   }
1398
1399   @Override
1400   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1401   {
1402     reorderAssociatedWindows(false, false);
1403   }
1404
1405   @Override
1406   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1407   {
1408     reorderAssociatedWindows(true, false);
1409   }
1410
1411   void closeAssociatedWindows()
1412   {
1413     reorderAssociatedWindows(false, true);
1414   }
1415
1416   /*
1417    * (non-Javadoc)
1418    *
1419    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1420    * ActionEvent)
1421    */
1422   @Override
1423   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1424   {
1425     // We simply collect the garbage
1426     jalview.bin.Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1427     System.gc();
1428     jalview.bin.Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1429   }
1430
1431   /*
1432    * (non-Javadoc)
1433    *
1434    * @see
1435    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1436    * )
1437    */
1438   @Override
1439   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1440   {
1441     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1442   }
1443
1444   /*
1445    * (non-Javadoc)
1446    *
1447    * @see
1448    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1449    * )
1450    */
1451   @Override
1452   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1453   {
1454     showConsole(showConsole.isSelected());
1455   }
1456
1457   Console jconsole = null;
1458
1459   /**
1460    * control whether the java console is visible or not
1461    *
1462    * @param selected
1463    */
1464   void showConsole(boolean selected)
1465   {
1466     showConsole.setSelected(selected);
1467     // TODO: decide if we should update properties file
1468     Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE",
1469             Boolean.valueOf(selected).toString());
1470     jconsole.setVisible(selected);
1471   }
1472
1473   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1474   {
1475     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1476     if (frames == null || frames.length < 1)
1477     {
1478       return;
1479     }
1480
1481     AlignmentViewport source = null, target = null;
1482     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1483     {
1484       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1485     }
1486     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1487     {
1488       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1489     }
1490     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1491     {
1492       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1493     }
1494     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1495     {
1496       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1497     }
1498
1499     if (source != null)
1500     {
1501       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1502       {
1503         target = null;
1504         if (frames[i] == null)
1505         {
1506           continue;
1507         }
1508         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1509         {
1510           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1511         }
1512         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1513         {
1514           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1515         }
1516         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1517         {
1518           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1519         }
1520         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1521         {
1522           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1523         }
1524
1525         if (source == target)
1526         {
1527           try
1528           {
1529             if (close)
1530             {
1531               frames[i].setClosed(true);
1532             }
1533             else
1534             {
1535               frames[i].setIcon(minimize);
1536               if (!minimize)
1537               {
1538                 frames[i].toFront();
1539               }
1540             }
1541
1542           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1543           {
1544           }
1545         }
1546       }
1547     }
1548   }
1549
1550   /**
1551    * DOCUMENT ME!
1552    *
1553    * @param e
1554    *          DOCUMENT ME!
1555    */
1556   @Override
1557   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1558   {
1559     new Preferences();
1560   }
1561
1562   /**
1563    * DOCUMENT ME!
1564    *
1565    * @param e
1566    *          DOCUMENT ME!
1567    */
1568   @Override
1569   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
1570   {
1571     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("jvp",
1572             "Jalview Project");
1573
1574     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1575     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1576
1577     int value = chooser.showSaveDialog(this);
1578
1579     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1580     {
1581       final Desktop me = this;
1582       final java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
1583       setProjectFile(choice);
1584
1585       new Thread(new Runnable()
1586       {
1587         @Override
1588         public void run()
1589         {
1590           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
1591           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1592                   "label.saving_jalview_project", new Object[]
1593                   { choice.getName() }), choice.hashCode());
1594           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1595                   choice.getParent());
1596           // TODO catch and handle errors for savestate
1597           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1598           try
1599           {
1600             new Jalview2XML().saveState(choice);
1601           } catch (OutOfMemoryError oom)
1602           {
1603             new OOMWarning(
1604                     "Whilst saving current state to " + choice.getName(),
1605                     oom);
1606           } catch (Exception ex)
1607           {
1608             Cache.log.error(
1609                     "Problems whilst trying to save to " + choice.getName(),
1610                     ex);
1611             JvOptionPane.showMessageDialog(me,
1612                     MessageManager.formatMessage(
1613                             "label.error_whilst_saving_current_state_to",
1614                             new Object[]
1615                             { choice.getName() }),
1616                     MessageManager.getString("label.couldnt_save_project"),
1617                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1618           }
1619           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1620         }
1621       }).start();
1622     }
1623   }
1624
1625   private void setProjectFile(File choice)
1626   {
1627     this.projectFile = choice;
1628   }
1629
1630   public File getProjectFile()
1631   {
1632     return this.projectFile;
1633   }
1634
1635   /**
1636    * DOCUMENT ME!
1637    *
1638    * @param e
1639    *          DOCUMENT ME!
1640    */
1641   @Override
1642   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
1643   {
1644     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1645             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
1646             { "jvp", "jar" },
1647             new String[]
1648             { "Jalview Project", "Jalview Project (old)" },
1649             "Jalview Project");
1650     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1651     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1652
1653     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1654
1655     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1656     {
1657       final File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1658       setProjectFile(selectedFile);
1659       final String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
1660       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
1661       new Thread(new Runnable()
1662       {
1663         @Override
1664         public void run()
1665         {
1666           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1667                   "label.loading_jalview_project", new Object[]
1668                   { choice }), choice.hashCode());
1669           try
1670           {
1671             new Jalview2XML().loadJalviewAlign(choice);
1672           } catch (OutOfMemoryError oom)
1673           {
1674             new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1675           } catch (Exception ex)
1676           {
1677             Cache.log.error(
1678                     "Problems whilst loading project from " + choice, ex);
1679             JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
1680                     MessageManager.formatMessage(
1681                             "label.error_whilst_loading_project_from",
1682                             new Object[]
1683                             { choice }),
1684                     MessageManager.getString("label.couldnt_load_project"),
1685                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1686           }
1687           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1688         }
1689       }).start();
1690     }
1691   }
1692
1693   @Override
1694   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1695   {
1696     new SequenceFetcher(this);
1697   }
1698
1699   JPanel progressPanel;
1700
1701   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<>();
1702
1703   public void startLoading(final String fileName)
1704   {
1705     if (fileLoadingCount == 0)
1706     {
1707       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager
1708               .formatMessage("label.loading_file", new Object[]
1709               { fileName })));
1710     }
1711     fileLoadingCount++;
1712   }
1713
1714   private JPanel addProgressPanel(String string)
1715   {
1716     if (progressPanel == null)
1717     {
1718       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1719       totalProgressCount = 0;
1720       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1721     }
1722     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1723     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1724     progressBar.setIndeterminate(true);
1725
1726     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1727
1728     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1729     progressPanel.add(thisprogress);
1730     ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).setRows(
1731             ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1732     ++totalProgressCount;
1733     instance.validate();
1734     return thisprogress;
1735   }
1736
1737   int totalProgressCount = 0;
1738
1739   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1740   {
1741     if (progressPanel != null)
1742     {
1743       synchronized (progressPanel)
1744       {
1745         progressPanel.remove(progbar);
1746         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1747         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1748         if (--totalProgressCount < 1)
1749         {
1750           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1751           progressPanel = null;
1752         }
1753       }
1754     }
1755     validate();
1756   }
1757
1758   public void stopLoading()
1759   {
1760     fileLoadingCount--;
1761     if (fileLoadingCount < 1)
1762     {
1763       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1764       {
1765         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1766       }
1767       fileLoadingPanels.clear();
1768       fileLoadingCount = 0;
1769     }
1770     validate();
1771   }
1772
1773   public static int getViewCount(String alignmentId)
1774   {
1775     AlignmentViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1776     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1777   }
1778
1779   /**
1780    *
1781    * @param alignmentId
1782    *          - if null, all sets are returned
1783    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1784    */
1785   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1786   {
1787     if (Desktop.desktop == null)
1788     {
1789       // no frames created and in headless mode
1790       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1791       return null;
1792     }
1793     List<AlignmentPanel> aps = new ArrayList<>();
1794     AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
1795     if (frames == null)
1796     {
1797       return null;
1798     }
1799     for (AlignFrame af : frames)
1800     {
1801       for (AlignmentPanel ap : af.alignPanels)
1802       {
1803         if (alignmentId == null
1804                 || alignmentId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1805         {
1806           aps.add(ap);
1807         }
1808       }
1809     }
1810     if (aps.size() == 0)
1811     {
1812       return null;
1813     }
1814     AlignmentPanel[] vap = aps.toArray(new AlignmentPanel[aps.size()]);
1815     return vap;
1816   }
1817
1818   /**
1819    * get all the viewports on an alignment.
1820    *
1821    * @param sequenceSetId
1822    *          unique alignment id (may be null - all viewports returned in that
1823    *          case)
1824    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1825    */
1826   public static AlignmentViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1827   {
1828     List<AlignmentViewport> viewp = new ArrayList<>();
1829     if (desktop != null)
1830     {
1831       AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1832
1833       for (AlignFrame afr : frames)
1834       {
1835         if (sequenceSetId == null || afr.getViewport().getSequenceSetId()
1836                 .equals(sequenceSetId))
1837         {
1838           if (afr.alignPanels != null)
1839           {
1840             for (AlignmentPanel ap : afr.alignPanels)
1841             {
1842               if (sequenceSetId == null
1843                       || sequenceSetId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1844               {
1845                 viewp.add(ap.av);
1846               }
1847             }
1848           }
1849           else
1850           {
1851             viewp.add(afr.getViewport());
1852           }
1853         }
1854       }
1855       if (viewp.size() > 0)
1856       {
1857         return viewp.toArray(new AlignmentViewport[viewp.size()]);
1858       }
1859     }
1860     return null;
1861   }
1862
1863   /**
1864    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame
1865    *
1866    * @param af
1867    */
1868   public static void explodeViews(AlignFrame af)
1869   {
1870     int size = af.alignPanels.size();
1871     if (size < 2)
1872     {
1873       return;
1874     }
1875
1876     for (int i = 0; i < size; i++)
1877     {
1878       AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(i);
1879       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
1880
1881       /*
1882        * Restore the view's last exploded frame geometry if known. Multiple
1883        * views from one exploded frame share and restore the same (frame)
1884        * position and size.
1885        */
1886       Rectangle geometry = ap.av.getExplodedGeometry();
1887       if (geometry != null)
1888       {
1889         newaf.setBounds(geometry);
1890       }
1891
1892       ap.av.setGatherViewsHere(false);
1893
1894       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
1895               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
1896     }
1897
1898     af.alignPanels.clear();
1899     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1900
1901   }
1902
1903   /**
1904    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
1905    * identifier back in to this frame as additional views, and close the
1906    * expanded views. Note the expanded frames may themselves have multiple
1907    * views. We take the lot.
1908    *
1909    * @param source
1910    */
1911   public void gatherViews(AlignFrame source)
1912   {
1913     source.viewport.setGatherViewsHere(true);
1914     source.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
1915     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1916     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
1917
1918     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1919     {
1920       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
1921       {
1922         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
1923         boolean gatherThis = false;
1924         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
1925         {
1926           AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(a);
1927           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1928           {
1929             gatherThis = true;
1930             ap.av.setGatherViewsHere(false);
1931             ap.av.setExplodedGeometry(af.getBounds());
1932             source.addAlignmentPanel(ap, false);
1933           }
1934         }
1935
1936         if (gatherThis)
1937         {
1938           af.alignPanels.clear();
1939           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1940         }
1941       }
1942     }
1943
1944   }
1945
1946   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
1947
1948   @Override
1949   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
1950   {
1951     if (v_client == null)
1952     {
1953       // Load and try to start a session.
1954       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1955               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1956
1957       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1958       chooser.setDialogTitle(
1959               MessageManager.getString("label.open_saved_vamsas_session"));
1960       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString(
1961               "label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session"));
1962
1963       int value = chooser.showOpenDialog(this);
1964
1965       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1966       {
1967         String fle = chooser.getSelectedFile().toString();
1968         if (!vamsasImport(chooser.getSelectedFile()))
1969         {
1970           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1971                   MessageManager.formatMessage(
1972                           "label.couldnt_import_as_vamsas_session",
1973                           new Object[]
1974                           { fle }),
1975                   MessageManager
1976                           .getString("label.vamsas_document_import_failed"),
1977                   JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1978         }
1979       }
1980     }
1981     else
1982     {
1983       jalview.bin.Cache.log.error(
1984               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1985     }
1986   }
1987
1988   /**
1989    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1990    *
1991    * @param file
1992    * @return true if import was a success and a session was started.
1993    */
1994   public boolean vamsasImport(URL url)
1995   {
1996     // TODO: create progress bar
1997     if (v_client != null)
1998     {
1999
2000       jalview.bin.Cache.log.error(
2001               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2002       return false;
2003     }
2004
2005     try
2006     {
2007       // copy the URL content to a temporary local file
2008       // TODO: be a bit cleverer here with nio (?!)
2009       File file = File.createTempFile("vdocfromurl", ".vdj");
2010       FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file);
2011       BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(url.openStream());
2012       byte[] buffer = new byte[2048];
2013       int ln;
2014       while ((ln = bis.read(buffer)) > -1)
2015       {
2016         fos.write(buffer, 0, ln);
2017       }
2018       bis.close();
2019       fos.close();
2020       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file,
2021               url.toExternalForm());
2022     } catch (Exception ex)
2023     {
2024       jalview.bin.Cache.log.error(
2025               "Failed to create new vamsas session from contents of URL "
2026                       + url,
2027               ex);
2028       return false;
2029     }
2030     setupVamsasConnectedGui();
2031     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2032     return v_client.inSession();
2033   }
2034
2035   /**
2036    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
2037    *
2038    * @param file
2039    * @return true if import was a success and a session was started.
2040    */
2041   public boolean vamsasImport(File file)
2042   {
2043     if (v_client != null)
2044     {
2045
2046       jalview.bin.Cache.log.error(
2047               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2048       return false;
2049     }
2050
2051     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2052             "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2053             { file.getName() }), file.hashCode());
2054     try
2055     {
2056       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file, null);
2057     } catch (Exception ex)
2058     {
2059       setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2060               "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2061               { file.getName() }), file.hashCode());
2062       jalview.bin.Cache.log.error(
2063               "New vamsas session from existing session file failed:", ex);
2064       return false;
2065     }
2066     setupVamsasConnectedGui();
2067     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2068     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2069             "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2070             { file.getName() }), file.hashCode());
2071     return v_client.inSession();
2072   }
2073
2074   public boolean joinVamsasSession(String mysesid)
2075   {
2076     if (v_client != null)
2077     {
2078       throw new Error(MessageManager
2079               .getString("error.try_join_vamsas_session_another"));
2080     }
2081     if (mysesid == null)
2082     {
2083       throw new Error(
2084               MessageManager.getString("error.invalid_vamsas_session_id"));
2085     }
2086     v_client = new VamsasApplication(this, mysesid);
2087     setupVamsasConnectedGui();
2088     v_client.initial_update();
2089     return (v_client.inSession());
2090   }
2091
2092   @Override
2093   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
2094   {
2095     if (v_client == null)
2096     {
2097       // Start a session.
2098       // we just start a default session for moment.
2099       /*
2100        * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
2101        * getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2102        *
2103        * chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2104        * chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
2105        * chooser.setToolTipText("Import");
2106        *
2107        * int value = chooser.showOpenDialog(this);
2108        *
2109        * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { v_client = new
2110        * jalview.gui.VamsasApplication(this, chooser.getSelectedFile());
2111        */
2112       v_client = new VamsasApplication(this);
2113       setupVamsasConnectedGui();
2114       v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2115     }
2116     else
2117     {
2118       // store current data in session.
2119       v_client.push_update(); // TODO: thread
2120     }
2121   }
2122
2123   protected void setupVamsasConnectedGui()
2124   {
2125     vamsasStart.setText(MessageManager.getString("label.session_update"));
2126     vamsasSave.setVisible(true);
2127     vamsasStop.setVisible(true);
2128     vamsasImport.setVisible(false); // Document import to existing session is
2129     // not possible for vamsas-client-1.0.
2130   }
2131
2132   protected void setupVamsasDisconnectedGui()
2133   {
2134     vamsasSave.setVisible(false);
2135     vamsasStop.setVisible(false);
2136     vamsasImport.setVisible(true);
2137     vamsasStart
2138             .setText(MessageManager.getString("label.new_vamsas_session"));
2139   }
2140
2141   @Override
2142   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
2143   {
2144     if (v_client != null)
2145     {
2146       v_client.end_session();
2147       v_client = null;
2148       setupVamsasDisconnectedGui();
2149     }
2150   }
2151
2152   protected void buildVamsasStMenu()
2153   {
2154     if (v_client == null)
2155     {
2156       String[] sess = null;
2157       try
2158       {
2159         sess = VamsasApplication.getSessionList();
2160       } catch (Exception e)
2161       {
2162         jalview.bin.Cache.log.warn("Problem getting current sessions list.",
2163                 e);
2164         sess = null;
2165       }
2166       if (sess != null)
2167       {
2168         jalview.bin.Cache.log.debug(
2169                 "Got current sessions list: " + sess.length + " entries.");
2170         VamsasStMenu.removeAll();
2171         for (int i = 0; i < sess.length; i++)
2172         {
2173           JMenuItem sessit = new JMenuItem();
2174           sessit.setText(sess[i]);
2175           sessit.setToolTipText(MessageManager
2176                   .formatMessage("label.connect_to_session", new Object[]
2177                   { sess[i] }));
2178           final Desktop dsktp = this;
2179           final String mysesid = sess[i];
2180           sessit.addActionListener(new ActionListener()
2181           {
2182
2183             @Override
2184             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2185             {
2186               if (dsktp.v_client == null)
2187               {
2188                 Thread rthr = new Thread(new Runnable()
2189                 {
2190
2191                   @Override
2192                   public void run()
2193                   {
2194                     dsktp.v_client = new VamsasApplication(dsktp, mysesid);
2195                     dsktp.setupVamsasConnectedGui();
2196                     dsktp.v_client.initial_update();
2197                   }
2198
2199                 });
2200                 rthr.start();
2201               }
2202             };
2203           });
2204           VamsasStMenu.add(sessit);
2205         }
2206         // don't show an empty menu.
2207         VamsasStMenu.setVisible(sess.length > 0);
2208
2209       }
2210       else
2211       {
2212         jalview.bin.Cache.log.debug("No current vamsas sessions.");
2213         VamsasStMenu.removeAll();
2214         VamsasStMenu.setVisible(false);
2215       }
2216     }
2217     else
2218     {
2219       // Not interested in the content. Just hide ourselves.
2220       VamsasStMenu.setVisible(false);
2221     }
2222   }
2223
2224   @Override
2225   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
2226   {
2227     if (v_client != null)
2228     {
2229       // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
2230       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("vdj",
2231               "Vamsas Document");
2232
2233       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2234       chooser.setDialogTitle(MessageManager
2235               .getString("label.save_vamsas_document_archive"));
2236
2237       int value = chooser.showSaveDialog(this);
2238
2239       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2240       {
2241         java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
2242         JPanel progpanel = addProgressPanel(MessageManager
2243                 .formatMessage("label.saving_vamsas_doc", new Object[]
2244                 { choice.getName() }));
2245         Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
2246         String warnmsg = null;
2247         String warnttl = null;
2248         try
2249         {
2250           v_client.vclient.storeDocument(choice);
2251         } catch (Error ex)
2252         {
2253           warnttl = "Serious Problem saving Vamsas Document";
2254           warnmsg = ex.toString();
2255           jalview.bin.Cache.log
2256                   .error("Error Whilst saving document to " + choice, ex);
2257
2258         } catch (Exception ex)
2259         {
2260           warnttl = "Problem saving Vamsas Document.";
2261           warnmsg = ex.toString();
2262           jalview.bin.Cache.log.warn(
2263                   "Exception Whilst saving document to " + choice, ex);
2264
2265         }
2266         removeProgressPanel(progpanel);
2267         if (warnmsg != null)
2268         {
2269           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2270
2271                   warnmsg, warnttl, JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2272         }
2273       }
2274     }
2275   }
2276
2277   JPanel vamUpdate = null;
2278
2279   /**
2280    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
2281    *
2282    * @param b
2283    *          true to hide gui, false to reveal gui
2284    */
2285   public void setVamsasUpdate(boolean b)
2286   {
2287     Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "
2288             + (b ? "in progress" : "finished"));
2289
2290     if (vamUpdate != null)
2291     {
2292       this.removeProgressPanel(vamUpdate);
2293     }
2294     if (b)
2295     {
2296       vamUpdate = this.addProgressPanel(
2297               MessageManager.getString("label.updating_vamsas_session"));
2298     }
2299     vamsasStart.setVisible(!b);
2300     vamsasStop.setVisible(!b);
2301     vamsasSave.setVisible(!b);
2302   }
2303
2304   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2305   {
2306     return desktop.getAllFrames();
2307   }
2308
2309   /**
2310    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2311    * should be informed of a new questionnaire.
2312    *
2313    * @param url
2314    */
2315   public void checkForQuestionnaire(String url)
2316   {
2317     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2318     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2319     new Thread(jvq).start();
2320   }
2321
2322   public void checkURLLinks()
2323   {
2324     // Thread off the URL link checker
2325     addDialogThread(new Runnable()
2326     {
2327       @Override
2328       public void run()
2329       {
2330         if (Cache.getDefault("CHECKURLLINKS", true))
2331         {
2332           // check what the actual links are - if it's just the default don't
2333           // bother with the warning
2334           List<String> links = Preferences.sequenceUrlLinks
2335                   .getLinksForMenu();
2336
2337           // only need to check links if there is one with a
2338           // SEQUENCE_ID which is not the default EMBL_EBI link
2339           ListIterator<String> li = links.listIterator();
2340           boolean check = false;
2341           List<JLabel> urls = new ArrayList<>();
2342           while (li.hasNext())
2343           {
2344             String link = li.next();
2345             if (link.contains(SEQUENCE_ID)
2346                     && !UrlConstants.isDefaultString(link))
2347             {
2348               check = true;
2349               int barPos = link.indexOf("|");
2350               String urlMsg = barPos == -1 ? link
2351                       : link.substring(0, barPos) + ": "
2352                               + link.substring(barPos + 1);
2353               urls.add(new JLabel(urlMsg));
2354             }
2355           }
2356           if (!check)
2357           {
2358             return;
2359           }
2360
2361           // ask user to check in case URL links use old style tokens
2362           // ($SEQUENCE_ID$ for sequence id _or_ accession id)
2363           JPanel msgPanel = new JPanel();
2364           msgPanel.setLayout(new BoxLayout(msgPanel, BoxLayout.PAGE_AXIS));
2365           msgPanel.add(Box.createVerticalGlue());
2366           JLabel msg = new JLabel(MessageManager
2367                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1"));
2368           JLabel msg2 = new JLabel(MessageManager
2369                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2"));
2370           msgPanel.add(msg);
2371           for (JLabel url : urls)
2372           {
2373             msgPanel.add(url);
2374           }
2375           msgPanel.add(msg2);
2376
2377           final JCheckBox jcb = new JCheckBox(
2378                   MessageManager.getString("label.do_not_display_again"));
2379           jcb.addActionListener(new ActionListener()
2380           {
2381             @Override
2382             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2383             {
2384               // update Cache settings for "don't show this again"
2385               boolean showWarningAgain = !jcb.isSelected();
2386               Cache.setProperty("CHECKURLLINKS",
2387                       Boolean.valueOf(showWarningAgain).toString());
2388             }
2389           });
2390           msgPanel.add(jcb);
2391
2392           JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, msgPanel,
2393                   MessageManager
2394                           .getString("label.SEQUENCE_ID_no_longer_used"),
2395                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2396         }
2397       }
2398     });
2399   }
2400
2401   /**
2402    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2403    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs
2404    * low.
2405    *
2406    * @author AMW
2407    */
2408   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
2409   {
2410
2411     private static final float ONE_MB = 1048576f;
2412
2413     boolean showMemoryUsage = false;
2414
2415     Runtime runtime;
2416
2417     java.text.NumberFormat df;
2418
2419     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2420             percentUsage;
2421
2422     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2423     {
2424       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2425     }
2426
2427     public void showMemoryUsage(boolean showMemory)
2428     {
2429       this.showMemoryUsage = showMemory;
2430       if (showMemory)
2431       {
2432         Thread worker = new Thread(this);
2433         worker.start();
2434       }
2435       repaint();
2436     }
2437
2438     public boolean isShowMemoryUsage()
2439     {
2440       return showMemoryUsage;
2441     }
2442
2443     @Override
2444     public void run()
2445     {
2446       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2447       df.setMaximumFractionDigits(2);
2448       runtime = Runtime.getRuntime();
2449
2450       while (showMemoryUsage)
2451       {
2452         try
2453         {
2454           maxMemory = runtime.maxMemory() / ONE_MB;
2455           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / ONE_MB;
2456           freeMemory = runtime.freeMemory() / ONE_MB;
2457           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2458
2459           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2460
2461           // if (percentUsage < 20)
2462           {
2463             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2464             // Color.red);
2465             // instance.set.setBorder(border1);
2466           }
2467           repaint();
2468           // sleep after showing usage
2469           Thread.sleep(3000);
2470         } catch (Exception ex)
2471         {
2472           ex.printStackTrace();
2473         }
2474       }
2475     }
2476
2477     @Override
2478     public void paintComponent(Graphics g)
2479     {
2480       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2481       {
2482         if (percentUsage < 20)
2483         {
2484           g.setColor(Color.red);
2485         }
2486         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2487         if (fm != null)
2488         {
2489           g.drawString(MessageManager.formatMessage("label.memory_stats",
2490                   new Object[]
2491                   { df.format(totalFreeMemory), df.format(maxMemory),
2492                       df.format(percentUsage) }),
2493                   10, getHeight() - fm.getHeight());
2494         }
2495       }
2496     }
2497   }
2498
2499
2500   /**
2501    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2502    *
2503    * @return an array of AlignFrame, or null if none found
2504    */
2505   public static AlignFrame[] getAlignFrames()
2506   {
2507     if (Jalview.isHeadlessMode())
2508     {
2509       // Desktop.desktop is null in headless mode
2510       return new AlignFrame[] { Jalview.currentAlignFrame };
2511     }
2512
2513     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2514
2515     if (frames == null)
2516     {
2517       return null;
2518     }
2519     List<AlignFrame> avp = new ArrayList<>();
2520     // REVERSE ORDER
2521     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2522     {
2523       if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2524       {
2525         avp.add((AlignFrame) frames[i]);
2526       }
2527       else if (frames[i] instanceof SplitFrame)
2528       {
2529         /*
2530          * Also check for a split frame containing an AlignFrame
2531          */
2532         GSplitFrame sf = (GSplitFrame) frames[i];
2533         if (sf.getTopFrame() instanceof AlignFrame)
2534         {
2535           avp.add((AlignFrame) sf.getTopFrame());
2536         }
2537         if (sf.getBottomFrame() instanceof AlignFrame)
2538         {
2539           avp.add((AlignFrame) sf.getBottomFrame());
2540         }
2541       }
2542     }
2543     if (avp.size() == 0)
2544     {
2545       return null;
2546     }
2547     AlignFrame afs[] = avp.toArray(new AlignFrame[avp.size()]);
2548     return afs;
2549   }
2550
2551   /**
2552    * Returns an array of any AppJmol frames in the Desktop (or null if none).
2553    *
2554    * @return
2555    */
2556   public GStructureViewer[] getJmols()
2557   {
2558     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2559
2560     if (frames == null)
2561     {
2562       return null;
2563     }
2564     List<GStructureViewer> avp = new ArrayList<>();
2565     // REVERSE ORDER
2566     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2567     {
2568       if (frames[i] instanceof AppJmol)
2569       {
2570         GStructureViewer af = (GStructureViewer) frames[i];
2571         avp.add(af);
2572       }
2573     }
2574     if (avp.size() == 0)
2575     {
2576       return null;
2577     }
2578     GStructureViewer afs[] = avp.toArray(new GStructureViewer[avp.size()]);
2579     return afs;
2580   }
2581
2582   /**
2583    * Add Groovy Support to Jalview
2584    */
2585   @Override
2586   public void groovyShell_actionPerformed()
2587   {
2588     try
2589     {
2590       openGroovyConsole();
2591     } catch (Exception ex)
2592     {
2593       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2594       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2595
2596               MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2597               MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2598               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2599     }
2600   }
2601
2602   /**
2603    * Open the Groovy console
2604    */
2605   void openGroovyConsole()
2606   {
2607     if (groovyConsole == null)
2608     {
2609       groovyConsole = new groovy.ui.Console();
2610       groovyConsole.setVariable("Jalview", this);
2611       groovyConsole.run();
2612
2613       /*
2614        * We allow only one console at a time, so that AlignFrame menu option
2615        * 'Calculate | Run Groovy script' is unambiguous.
2616        * Disable 'Groovy Console', and enable 'Run script', when the console is
2617        * opened, and the reverse when it is closed
2618        */
2619       Window window = (Window) groovyConsole.getFrame();
2620       window.addWindowListener(new WindowAdapter()
2621       {
2622         @Override
2623         public void windowClosed(WindowEvent e)
2624         {
2625           /*
2626            * rebind CMD-Q from Groovy Console to Jalview Quit
2627            */
2628           addQuitHandler();
2629           enableExecuteGroovy(false);
2630         }
2631       });
2632     }
2633
2634     /*
2635      * show Groovy console window (after close and reopen)
2636      */
2637     ((Window) groovyConsole.getFrame()).setVisible(true);
2638
2639     /*
2640      * if we got this far, enable 'Run Groovy' in AlignFrame menus
2641      * and disable opening a second console
2642      */
2643     enableExecuteGroovy(true);
2644   }
2645
2646   /**
2647    * Bind Ctrl/Cmd-Q to Quit - for reset as Groovy Console takes over this
2648    * binding when opened
2649    */
2650   protected void addQuitHandler()
2651   {
2652     getRootPane().getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW)
2653             .put(KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_Q,
2654                     Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask()),
2655                     "Quit");
2656     getRootPane().getActionMap().put("Quit", new AbstractAction()
2657     {
2658       @Override
2659       public void actionPerformed(ActionEvent e)
2660       {
2661         quit();
2662       }
2663     });
2664   }
2665
2666   /**
2667    * Enable or disable 'Run Groovy script' in AlignFrame calculate menus
2668    *
2669    * @param enabled
2670    *          true if Groovy console is open
2671    */
2672   public void enableExecuteGroovy(boolean enabled)
2673   {
2674     /*
2675      * disable opening a second Groovy console
2676      * (or re-enable when the console is closed)
2677      */
2678     groovyShell.setEnabled(!enabled);
2679
2680     AlignFrame[] alignFrames = getAlignFrames();
2681     if (alignFrames != null)
2682     {
2683       for (AlignFrame af : alignFrames)
2684       {
2685         af.setGroovyEnabled(enabled);
2686       }
2687     }
2688   }
2689
2690   /**
2691    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2692    */
2693   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2694
2695   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2696
2697   /*
2698    * (non-Javadoc)
2699    *
2700    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2701    */
2702   @Override
2703   public void setProgressBar(String message, long id)
2704   {
2705     if (progressBars == null)
2706     {
2707       progressBars = new Hashtable<>();
2708       progressBarHandlers = new Hashtable<>();
2709     }
2710
2711     if (progressBars.get(new Long(id)) != null)
2712     {
2713       JPanel panel = progressBars.remove(new Long(id));
2714       if (progressBarHandlers.contains(new Long(id)))
2715       {
2716         progressBarHandlers.remove(new Long(id));
2717       }
2718       removeProgressPanel(panel);
2719     }
2720     else
2721     {
2722       progressBars.put(new Long(id), addProgressPanel(message));
2723     }
2724   }
2725
2726   /*
2727    * (non-Javadoc)
2728    *
2729    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2730    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2731    */
2732   @Override
2733   public void registerHandler(final long id,
2734           final IProgressIndicatorHandler handler)
2735   {
2736     if (progressBarHandlers == null
2737             || !progressBars.containsKey(new Long(id)))
2738     {
2739       throw new Error(MessageManager.getString(
2740               "error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2741     }
2742     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
2743     final JPanel progressPanel = progressBars.get(new Long(id));
2744     if (handler.canCancel())
2745     {
2746       JButton cancel = new JButton(
2747               MessageManager.getString("action.cancel"));
2748       final IProgressIndicator us = this;
2749       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2750       {
2751
2752         @Override
2753         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2754         {
2755           handler.cancelActivity(id);
2756           us.setProgressBar(MessageManager
2757                   .formatMessage("label.cancelled_params", new Object[]
2758                   { ((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText() }),
2759                   id);
2760         }
2761       });
2762       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2763     }
2764   }
2765
2766   /**
2767    *
2768    * @return true if any progress bars are still active
2769    */
2770   @Override
2771   public boolean operationInProgress()
2772   {
2773     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2774     {
2775       return true;
2776     }
2777     return false;
2778   }
2779
2780   /**
2781    * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance.
2782    * It will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular
2783    * av.
2784    *
2785    * @param viewport
2786    * @return alignFrame for viewport
2787    */
2788   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewportI viewport)
2789   {
2790     if (desktop != null)
2791     {
2792       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(
2793               viewport.getSequenceSetId());
2794       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2795       {
2796         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == viewport)
2797         {
2798           return aps[panel].alignFrame;
2799         }
2800       }
2801     }
2802     return null;
2803   }
2804
2805   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2806   {
2807     return v_client;
2808
2809   }
2810
2811   /**
2812    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
2813    */
2814   private boolean inBatchMode = false;
2815
2816   /**
2817    * check if jalview GUI is being operated programmatically
2818    *
2819    * @return inBatchMode
2820    */
2821   public boolean isInBatchMode()
2822   {
2823     return inBatchMode;
2824   }
2825
2826   /**
2827    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
2828    *
2829    * @param inBatchMode
2830    */
2831   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
2832   {
2833     this.inBatchMode = inBatchMode;
2834   }
2835
2836   public void startServiceDiscovery()
2837   {
2838     startServiceDiscovery(false);
2839   }
2840
2841   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
2842   {
2843     boolean alive = true;
2844     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
2845     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
2846     if (true)
2847     {
2848       // todo: changesupport handlers need to be transferred
2849       if (discoverer == null)
2850       {
2851         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
2852         // register PCS handler for desktop.
2853         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
2854       }
2855       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
2856       // until we phase out completely
2857       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
2858     }
2859
2860     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
2861     {
2862       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2863               .startDiscoverer(changeSupport);
2864     }
2865     Thread t3 = null;
2866     {
2867       // TODO: do rest service discovery
2868     }
2869     if (blocking)
2870     {
2871       while (alive)
2872       {
2873         try
2874         {
2875           Thread.sleep(15);
2876         } catch (Exception e)
2877         {
2878         }
2879         alive = (t1 != null && t1.isAlive()) || (t2 != null && t2.isAlive())
2880                 || (t3 != null && t3.isAlive())
2881                 || (t0 != null && t0.isAlive());
2882       }
2883     }
2884   }
2885
2886   /**
2887    * called to check if the service discovery process completed successfully.
2888    *
2889    * @param evt
2890    */
2891   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
2892   {
2893     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
2894     {
2895       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2896               .getErrorMessages();
2897       if (ermsg != null)
2898       {
2899         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
2900         {
2901           if (serviceChangedDialog == null)
2902           {
2903             // only run if we aren't already displaying one of these.
2904             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
2905             {
2906               @Override
2907               public void run()
2908               {
2909
2910                 /*
2911                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
2912                  *
2913                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
2914                  * Auto-generated method stub
2915                  *
2916                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
2917                  * Auto-generated method stub
2918                  *
2919                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
2920                  * Auto-generated method stub
2921                  *
2922                  * } }; jd.initDialogFrame(new
2923                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
2924                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
2925                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
2926                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
2927                  * +
2928                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
2929                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
2930                  * 400);
2931                  *
2932                  * jd.waitForInput();
2933                  */
2934                 JvOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.desktop,
2935                         new JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>"
2936                                 + ermsg + "</td></tr></table>"
2937                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
2938                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
2939                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
2940                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
2941                         "Web Service Configuration Problem",
2942                         JvOptionPane.DEFAULT_OPTION,
2943                         JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2944                 serviceChangedDialog = null;
2945
2946               }
2947             });
2948           }
2949         }
2950         else
2951         {
2952           Cache.log.error(
2953                   "Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
2954                           + ermsg);
2955         }
2956       }
2957     }
2958   }
2959
2960   private Runnable serviceChangedDialog = null;
2961
2962   /**
2963    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
2964    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
2965    * to open the URL.
2966    *
2967    * @param url
2968    */
2969   public static void showUrl(final String url)
2970   {
2971     showUrl(url, Desktop.instance);
2972   }
2973
2974   /**
2975    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
2976    *
2977    * @param url
2978    * @param progress
2979    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
2980    */
2981   public static void showUrl(final String url,
2982           final IProgressIndicator progress)
2983   {
2984     new Thread(new Runnable()
2985     {
2986       @Override
2987       public void run()
2988       {
2989         try
2990         {
2991           if (progress != null)
2992           {
2993             progress.setProgressBar(MessageManager
2994                     .formatMessage("status.opening_params", new Object[]
2995                     { url }), this.hashCode());
2996           }
2997           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
2998         } catch (Exception ex)
2999         {
3000           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
3001                   MessageManager
3002                           .getString("label.web_browser_not_found_unix"),
3003                   MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
3004                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
3005
3006           ex.printStackTrace();
3007         }
3008         if (progress != null)
3009         {
3010           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
3011         }
3012       }
3013     }).start();
3014   }
3015
3016   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
3017
3018   public static ParamManager getUserParameterStore()
3019   {
3020     if (wsparamManager == null)
3021     {
3022       wsparamManager = new WsParamSetManager();
3023     }
3024     return wsparamManager;
3025   }
3026
3027   /**
3028    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
3029    *
3030    * @param e
3031    */
3032   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
3033   {
3034     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
3035     {
3036       String url = null;
3037       try
3038       {
3039         url = e.getURL().toString();
3040         Desktop.showUrl(url);
3041       } catch (Exception x)
3042       {
3043         if (url != null)
3044         {
3045           if (Cache.log != null)
3046           {
3047             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
3048           }
3049           else
3050           {
3051             System.err.println(
3052                     "Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
3053           }
3054         }
3055         // ignore any exceptions due to dud links.
3056       }
3057
3058     }
3059   }
3060
3061   /**
3062    * single thread that handles display of dialogs to user.
3063    */
3064   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
3065
3066   /**
3067    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
3068    */
3069   private volatile boolean dialogPause = true;
3070
3071   /**
3072    * pause the queue
3073    */
3074   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
3075
3076   private static groovy.ui.Console groovyConsole;
3077
3078   /**
3079    * add another dialog thread to the queue
3080    *
3081    * @param prompter
3082    */
3083   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
3084   {
3085     dialogExecutor.submit(new Runnable()
3086     {
3087       @Override
3088       public void run()
3089       {
3090         if (dialogPause)
3091         {
3092           try
3093           {
3094             block.acquire();
3095           } catch (InterruptedException x)
3096           {
3097           }
3098           ;
3099         }
3100         if (instance == null)
3101         {
3102           return;
3103         }
3104         try
3105         {
3106           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
3107         } catch (Exception q)
3108         {
3109           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
3110         }
3111       }
3112     });
3113   }
3114
3115   public void startDialogQueue()
3116   {
3117     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
3118     // the current task to begin
3119     dialogPause = false;
3120     block.release();
3121   }
3122
3123   @Override
3124   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
3125   {
3126     invalidate();
3127     File of;
3128     ImageMaker im = new jalview.util.ImageMaker(
3129             this, ImageMaker.TYPE.EPS, "View of Desktop", getWidth(),
3130             getHeight(), of = new File("Jalview_snapshot"
3131                     + System.currentTimeMillis() + ".eps"),
3132             "View of desktop", null, 0, false);
3133     try
3134     {
3135       paintAll(im.getGraphics());
3136       im.writeImage();
3137     } catch (Exception q)
3138     {
3139       Cache.log.error("Couldn't write snapshot to " + of.getAbsolutePath(),
3140               q);
3141       return;
3142     }
3143     Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
3144             + of.getAbsolutePath());
3145   }
3146
3147   /**
3148    * Explode the views in the given SplitFrame into separate SplitFrame windows.
3149    * This respects (remembers) any previous 'exploded geometry' i.e. the size
3150    * and location last time the view was expanded (if any). However it does not
3151    * remember the split pane divider location - this is set to match the
3152    * 'exploding' frame.
3153    *
3154    * @param sf
3155    */
3156   public void explodeViews(SplitFrame sf)
3157   {
3158     AlignFrame oldTopFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3159     AlignFrame oldBottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3160     List<? extends AlignmentViewPanel> topPanels = oldTopFrame
3161             .getAlignPanels();
3162     List<? extends AlignmentViewPanel> bottomPanels = oldBottomFrame
3163             .getAlignPanels();
3164     int viewCount = topPanels.size();
3165     if (viewCount < 2)
3166     {
3167       return;
3168     }
3169
3170     /*
3171      * Processing in reverse order works, forwards order leaves the first panels
3172      * not visible. I don't know why!
3173      */
3174     for (int i = viewCount - 1; i >= 0; i--)
3175     {
3176       /*
3177        * Make new top and bottom frames. These take over the respective
3178        * AlignmentPanel objects, including their AlignmentViewports, so the
3179        * cdna/protein relationships between the viewports is carried over to the
3180        * new split frames.
3181        *
3182        * explodedGeometry holds the (x, y) position of the previously exploded
3183        * SplitFrame, and the (width, height) of the AlignFrame component
3184        */
3185       AlignmentPanel topPanel = (AlignmentPanel) topPanels.get(i);
3186       AlignFrame newTopFrame = new AlignFrame(topPanel);
3187       newTopFrame.setSize(oldTopFrame.getSize());
3188       newTopFrame.setVisible(true);
3189       Rectangle geometry = ((AlignViewport) topPanel.getAlignViewport())
3190               .getExplodedGeometry();
3191       if (geometry != null)
3192       {
3193         newTopFrame.setSize(geometry.getSize());
3194       }
3195
3196       AlignmentPanel bottomPanel = (AlignmentPanel) bottomPanels.get(i);
3197       AlignFrame newBottomFrame = new AlignFrame(bottomPanel);
3198       newBottomFrame.setSize(oldBottomFrame.getSize());
3199       newBottomFrame.setVisible(true);
3200       geometry = ((AlignViewport) bottomPanel.getAlignViewport())
3201               .getExplodedGeometry();
3202       if (geometry != null)
3203       {
3204         newBottomFrame.setSize(geometry.getSize());
3205       }
3206
3207       topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3208       bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3209       JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(newTopFrame,
3210               newBottomFrame);
3211       if (geometry != null)
3212       {
3213         splitFrame.setLocation(geometry.getLocation());
3214       }
3215       Desktop.addInternalFrame(splitFrame, sf.getTitle(), -1, -1);
3216     }
3217
3218     /*
3219      * Clear references to the panels (now relocated in the new SplitFrames)
3220      * before closing the old SplitFrame.
3221      */
3222     topPanels.clear();
3223     bottomPanels.clear();
3224     sf.close();
3225   }
3226
3227   /**
3228    * Gather expanded split frames, sharing the same pairs of sequence set ids,
3229    * back into the given SplitFrame as additional views. Note that the gathered
3230    * frames may themselves have multiple views.
3231    *
3232    * @param source
3233    */
3234   public void gatherViews(GSplitFrame source)
3235   {
3236     /*
3237      * special handling of explodedGeometry for a view within a SplitFrame: - it
3238      * holds the (x, y) position of the enclosing SplitFrame, and the (width,
3239      * height) of the AlignFrame component
3240      */
3241     AlignFrame myTopFrame = (AlignFrame) source.getTopFrame();
3242     AlignFrame myBottomFrame = (AlignFrame) source.getBottomFrame();
3243     myTopFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3244             source.getY(), myTopFrame.getWidth(), myTopFrame.getHeight()));
3245     myBottomFrame.viewport
3246             .setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(), source.getY(),
3247                     myBottomFrame.getWidth(), myBottomFrame.getHeight()));
3248     myTopFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3249     myBottomFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3250     String topViewId = myTopFrame.viewport.getSequenceSetId();
3251     String bottomViewId = myBottomFrame.viewport.getSequenceSetId();
3252
3253     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
3254     for (JInternalFrame frame : frames)
3255     {
3256       if (frame instanceof SplitFrame && frame != source)
3257       {
3258         SplitFrame sf = (SplitFrame) frame;
3259         AlignFrame topFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3260         AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3261         boolean gatherThis = false;
3262         for (int a = 0; a < topFrame.alignPanels.size(); a++)
3263         {
3264           AlignmentPanel topPanel = topFrame.alignPanels.get(a);
3265           AlignmentPanel bottomPanel = bottomFrame.alignPanels.get(a);
3266           if (topViewId.equals(topPanel.av.getSequenceSetId())
3267                   && bottomViewId.equals(bottomPanel.av.getSequenceSetId()))
3268           {
3269             gatherThis = true;
3270             topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3271             bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3272             topPanel.av.setExplodedGeometry(
3273                     new Rectangle(sf.getLocation(), topFrame.getSize()));
3274             bottomPanel.av.setExplodedGeometry(
3275                     new Rectangle(sf.getLocation(), bottomFrame.getSize()));
3276             myTopFrame.addAlignmentPanel(topPanel, false);
3277             myBottomFrame.addAlignmentPanel(bottomPanel, false);
3278           }
3279         }
3280
3281         if (gatherThis)
3282         {
3283           topFrame.getAlignPanels().clear();
3284           bottomFrame.getAlignPanels().clear();
3285           sf.close();
3286         }
3287       }
3288     }
3289
3290     /*
3291      * The dust settles...give focus to the tab we did this from.
3292      */
3293     myTopFrame.setDisplayedView(myTopFrame.alignPanel);
3294   }
3295
3296   public static groovy.ui.Console getGroovyConsole()
3297   {
3298     return groovyConsole;
3299   }
3300
3301   /**
3302    * handles the payload of a drag and drop event.
3303    *
3304    * TODO refactor to desktop utilities class
3305    *
3306    * @param files
3307    *          - Data source strings extracted from the drop event
3308    * @param protocols
3309    *          - protocol for each data source extracted from the drop event
3310    * @param evt
3311    *          - the drop event
3312    * @param t
3313    *          - the payload from the drop event
3314    * @throws Exception
3315    */
3316   public static void transferFromDropTarget(List<String> files,
3317           List<DataSourceType> protocols, DropTargetDropEvent evt,
3318           Transferable t) throws Exception
3319   {
3320
3321     DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
3322             "text/uri-list;class=java.lang.String"), urlFlavour = null;
3323     try
3324     {
3325       urlFlavour = new DataFlavor(
3326               "application/x-java-url; class=java.net.URL");
3327     } catch (ClassNotFoundException cfe)
3328     {
3329       Cache.log.debug("Couldn't instantiate the URL dataflavor.", cfe);
3330     }
3331
3332     if (urlFlavour != null && t.isDataFlavorSupported(urlFlavour))
3333     {
3334
3335       try
3336       {
3337       java.net.URL url = (URL) t.getTransferData(urlFlavour);
3338         // nb: java 8 osx bug https://bugs.openjdk.java.net/browse/JDK-8156099
3339         // means url may be null.
3340       if (url != null)
3341       {
3342         protocols.add(DataSourceType.URL);
3343         files.add(url.toString());
3344         Cache.log.debug("Drop handled as URL dataflavor "
3345                 + files.get(files.size() - 1));
3346           return;
3347         }
3348         else
3349         {
3350           if (Platform.isAMac())
3351           {
3352             System.err.println(
3353                     "Please ignore plist error - occurs due to problem with java 8 on OSX");
3354           }
3355           ;
3356       }
3357       } catch (Throwable ex)
3358       {
3359         Cache.log.debug("URL drop handler failed.", ex);
3360       }
3361     }
3362     if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3363     {
3364       // Works on Windows and MacOSX
3365       Cache.log.debug("Drop handled as javaFileListFlavor");
3366       for (Object file : (List) t
3367               .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3368       {
3369         files.add(((File) file).toString());
3370         protocols.add(DataSourceType.FILE);
3371       }
3372     }
3373     else
3374     {
3375       // Unix like behaviour
3376       boolean added = false;
3377       String data = null;
3378       if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
3379       {
3380         Cache.log.debug("Drop handled as uriListFlavor");
3381         // This is used by Unix drag system
3382         data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
3383       }
3384       if (data == null)
3385       {
3386         // fallback to text: workaround - on OSX where there's a JVM bug
3387         Cache.log.debug("standard URIListFlavor failed. Trying text");
3388         // try text fallback
3389         DataFlavor textDf = new DataFlavor(
3390                 "text/plain;class=java.lang.String");
3391         if (t.isDataFlavorSupported(textDf))
3392         {
3393           data = (String) t.getTransferData(textDf);
3394         }
3395
3396         Cache.log.debug("Plain text drop content returned "
3397                 + (data == null ? "Null - failed" : data));
3398
3399       }
3400       if (data != null)
3401       {
3402         while (protocols.size() < files.size())
3403         {
3404           Cache.log.debug("Adding missing FILE protocol for "
3405                   + files.get(protocols.size()));
3406           protocols.add(DataSourceType.FILE);
3407         }
3408         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
3409                 data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
3410         {
3411           added = true;
3412           String s = st.nextToken();
3413           if (s.startsWith("#"))
3414           {
3415             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
3416             continue;
3417           }
3418           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
3419           if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
3420           {
3421             protocols.add(DataSourceType.URL);
3422             files.add(uri.toString());
3423           }
3424           else
3425           {
3426             // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
3427             java.io.File file = new java.io.File(uri);
3428             protocols.add(DataSourceType.FILE);
3429             files.add(file.toString());
3430           }
3431         }
3432       }
3433
3434       if (Cache.log.isDebugEnabled())
3435       {
3436         if (data == null || !added)
3437         {
3438
3439           if (t.getTransferDataFlavors() != null
3440                   && t.getTransferDataFlavors().length > 0)
3441           {
3442             Cache.log.debug(
3443                     "Couldn't resolve drop data. Here are the supported flavors:");
3444             for (DataFlavor fl : t.getTransferDataFlavors())
3445             {
3446               Cache.log.debug(
3447                       "Supported transfer dataflavor: " + fl.toString());
3448               Object df = t.getTransferData(fl);
3449               if (df != null)
3450               {
3451                 Cache.log.debug("Retrieves: " + df);
3452               }
3453               else
3454               {
3455                 Cache.log.debug("Retrieved nothing");
3456               }
3457             }
3458           }
3459           else
3460           {
3461             Cache.log.debug("Couldn't resolve dataflavor for drop: "
3462                     + t.toString());
3463           }
3464         }
3465       }
3466     }
3467     if (Platform.isWindows())
3468
3469     {
3470       Cache.log.debug("Scanning dropped content for Windows Link Files");
3471
3472       // resolve any .lnk files in the file drop
3473       for (int f = 0; f < files.size(); f++)
3474       {
3475         String source = files.get(f).toLowerCase();
3476         if (protocols.get(f).equals(DataSourceType.FILE)
3477                 && (source.endsWith(".lnk") || source.endsWith(".url")
3478                         || source.endsWith(".site")))
3479         {
3480           try {
3481             File lf = new File(files.get(f));
3482             // process link file to get a URL
3483             Cache.log.debug("Found potential link file: " + lf);
3484             WindowsShortcut wscfile = new WindowsShortcut(lf);
3485             String fullname = wscfile.getRealFilename();
3486             protocols.set(f, FormatAdapter.checkProtocol(fullname));
3487             files.set(f, fullname);
3488             Cache.log.debug("Parsed real filename " + fullname
3489                     + " to extract protocol: " + protocols.get(f));
3490           }
3491           catch (Exception ex)
3492           {
3493             Cache.log.error("Couldn't parse "+files.get(f)+" as a link file.",ex);
3494           }
3495         }
3496       }
3497     }
3498   }
3499
3500   /**
3501    * Sets the Preferences property for experimental features to True or False
3502    * depending on the state of the controlling menu item
3503    */
3504   @Override
3505   protected void showExperimental_actionPerformed(boolean selected)
3506   {
3507     Cache.setProperty(EXPERIMENTAL_FEATURES, Boolean.toString(selected));
3508   }
3509
3510   /**
3511    * Answers a (possibly empty) list of any structure viewer frames (currently
3512    * for either Jmol or Chimera) which are currently open. This may optionally
3513    * be restricted to viewers of a specified class, or viewers linked to a
3514    * specified alignment panel.
3515    *
3516    * @param apanel
3517    *          if not null, only return viewers linked to this panel
3518    * @param structureViewerClass
3519    *          if not null, only return viewers of this class
3520    * @return
3521    */
3522   public List<StructureViewerBase> getStructureViewers(
3523           AlignmentPanel apanel,
3524           Class<? extends StructureViewerBase> structureViewerClass)
3525   {
3526     List<StructureViewerBase> result = new ArrayList<>();
3527     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
3528
3529     for (JInternalFrame frame : frames)
3530     {
3531       if (frame instanceof StructureViewerBase)
3532       {
3533         if (structureViewerClass == null
3534                 || structureViewerClass.isInstance(frame))
3535         {
3536           if (apanel == null
3537                   || ((StructureViewerBase) frame).isLinkedWith(apanel))
3538           {
3539             result.add((StructureViewerBase) frame);
3540           }
3541         }
3542       }
3543     }
3544     return result;
3545   }
3546 }