src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.io.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.datatransfer.*;\r
  25 import java.awt.dnd.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * DOCUMENT ME!\r
  33  *\r
  34  * @author $author$\r
  35  * @version $Revision$\r
  36  */\r
  37 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop\r
  38     implements DropTargetListener\r
  39 {\r
  40     /** DOCUMENT ME!! */\r
  41     public static JDesktopPane desktop;\r
  42     static int openFrameCount = 0;\r
  43     static final int xOffset = 30;\r
  44     static final int yOffset = 30;\r
  45     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;\r
  46 \r
  47     public static Object [] jalviewClipboard;\r
  48 \r
  49 \r
  50     /**\r
  51      * Creates a new Desktop object.\r
  52      */\r
  53     public Desktop()\r
  54     {\r
  55         Image image = null;\r
  56 \r
  57 \r
  58         try\r
  59         {\r
  60             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");\r
  61 \r
  62             if (url != null)\r
  63             {\r
  64                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);\r
  65 \r
  66                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);\r
  67                 mt.addImage(image, 0);\r
  68                 mt.waitForID(0);\r
  69                 setIconImage(image);\r
  70             }\r
  71         }\r
  72         catch (Exception ex)\r
  73         {\r
  74         }\r
  75 \r
  76         setTitle("Jalview "+jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));\r
  77         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);\r
  78         desktop = new JDesktopPane();\r
  79         desktop.setBackground(Color.white);\r
  80         setContentPane(desktop);\r
  81         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);\r
  82 \r
  83         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum\r
  84         // if previous window was maximised\r
  85         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());\r
  86 \r
  87         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();\r
  88         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");\r
  89         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");\r
  90         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");\r
  91         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");\r
  92 \r
  93         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))\r
  94         {\r
  95             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),\r
  96                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));\r
  97         }\r
  98         else\r
  99         {\r
 100             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,\r
 101                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);\r
 102         }\r
 103 \r
 104         this.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 105             {\r
 106                 public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
 107                 {\r
 108                     quit();\r
 109                 }\r
 110             });\r
 111 \r
 112         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));\r
 113 \r
 114         /////////Add a splashscreen on startup\r
 115         /////////Add a splashscreen on startup\r
 116         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
 117 \r
 118         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);\r
 119         frame.setContentPane(splash);\r
 120         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 121         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),\r
 122             (int) ((getHeight() - 160) / 2));\r
 123 \r
 124         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);\r
 125 \r
 126         discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.\r
 127 \r
 128     }\r
 129 \r
 130     /**\r
 131      * DOCUMENT ME!\r
 132      *\r
 133      * @param frame DOCUMENT ME!\r
 134      * @param title DOCUMENT ME!\r
 135      * @param w DOCUMENT ME!\r
 136      * @param h DOCUMENT ME!\r
 137      */\r
 138     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,\r
 139         String title, int w, int h)\r
 140     {\r
 141         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);\r
 142     }\r
 143 \r
 144     /**\r
 145      * DOCUMENT ME!\r
 146      *\r
 147      * @param frame DOCUMENT ME!\r
 148      * @param title DOCUMENT ME!\r
 149      * @param w DOCUMENT ME!\r
 150      * @param h DOCUMENT ME!\r
 151      * @param resizable DOCUMENT ME!\r
 152      */\r
 153     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,\r
 154         String title, int w, int h, boolean resizable)\r
 155     {\r
 156 \r
 157       frame.setTitle(title);\r
 158       if(frame.getWidth()<1 || frame.getHeight()<1)\r
 159       {\r
 160         frame.setSize(w, h);\r
 161       }\r
 162       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN\r
 163       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN\r
 164       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS\r
 165       /////////////////////////////////////////////////\r
 166       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 167           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
 168       {\r
 169         return;\r
 170       }\r
 171 \r
 172 \r
 173         openFrameCount++;\r
 174 \r
 175         frame.setVisible(true);\r
 176         frame.setClosable(true);\r
 177         frame.setResizable(resizable);\r
 178         frame.setMaximizable(resizable);\r
 179         frame.setIconifiable(resizable);\r
 180         frame.setFrameIcon(null);\r
 181 \r
 182         if (frame.getX()<1 && frame.getY()<1)\r
 183        {\r
 184          frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * ((openFrameCount-1)%10)+yOffset);\r
 185        }\r
 186 \r
 187         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);\r
 188         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
 189             {\r
 190               public void internalFrameActivated(javax.swing.event.\r
 191                                                  InternalFrameEvent evt)\r
 192               {\r
 193                 JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();\r
 194                 if (itf != null)\r
 195                   itf.requestFocus();\r
 196 \r
 197               }\r
 198 \r
 199                 public void internalFrameClosed(\r
 200                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
 201                 {\r
 202                     openFrameCount--;\r
 203                     windowMenu.remove(menuItem);\r
 204                     JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();\r
 205                        if (itf != null)\r
 206                         itf.requestFocus();\r
 207                 }\r
 208                 ;\r
 209             });\r
 210 \r
 211         menuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 212             {\r
 213                 public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 214                 {\r
 215                     try\r
 216                     {\r
 217                         frame.setSelected(true);\r
 218                         frame.setIcon(false);\r
 219                     }\r
 220                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)\r
 221                     {\r
 222 \r
 223                     }\r
 224                 }\r
 225             });\r
 226 \r
 227         windowMenu.add(menuItem);\r
 228 \r
 229         desktop.add(frame);\r
 230         frame.toFront();\r
 231         try{\r
 232           frame.setSelected(true);\r
 233           frame.requestFocus();\r
 234         }catch(java.beans.PropertyVetoException ve)\r
 235         {}\r
 236     }\r
 237 \r
 238     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)\r
 239     {}\r
 240 \r
 241     public void dragExit(DropTargetEvent evt)\r
 242     {}\r
 243 \r
 244     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)\r
 245     {}\r
 246 \r
 247     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)\r
 248     {}\r
 249 \r
 250     /**\r
 251      * DOCUMENT ME!\r
 252      *\r
 253      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 254      */\r
 255     public void drop(DropTargetDropEvent evt)\r
 256     {\r
 257         Transferable t = evt.getTransferable();\r
 258         java.util.List files = null;\r
 259 \r
 260         try\r
 261         {\r
 262           DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor("text/uri-list;class=java.lang.String");\r
 263           if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))\r
 264           {\r
 265             //Works on Windows and MacOSX\r
 266             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);\r
 267             files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);\r
 268           }\r
 269           else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))\r
 270           {\r
 271             // This is used by Unix drag system\r
 272             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);\r
 273             String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);\r
 274             files = new java.util.ArrayList(1);\r
 275             for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(\r
 276                 data,\r
 277                 "\r\n");\r
 278                  st.hasMoreTokens(); )\r
 279             {\r
 280               String s = st.nextToken();\r
 281               if (s.startsWith("#"))\r
 282               {\r
 283                 // the line is a comment (as per the RFC 2483)\r
 284                 continue;\r
 285               }\r
 286 \r
 287               java.net.URI uri = new java.net.URI(s);\r
 288               java.io.File file = new java.io.File(uri);\r
 289               files.add(file);\r
 290             }\r
 291           }\r
 292         }\r
 293         catch (Exception e)\r
 294         {\r
 295           e.printStackTrace();\r
 296         }\r
 297 \r
 298         if (files != null)\r
 299         {\r
 300           try\r
 301           {\r
 302             for (int i = 0; i < files.size(); i++)\r
 303             {\r
 304               String file = files.get(i).toString();\r
 305               String protocol = FormatAdapter.FILE;\r
 306               String format = null;\r
 307 \r
 308               if (file.endsWith(".jar"))\r
 309               {\r
 310                 format = "Jalview";\r
 311 \r
 312               }\r
 313               else\r
 314               {\r
 315                 format = new IdentifyFile().Identify(file,\r
 316                                                           protocol);\r
 317               }\r
 318               LoadFile(file, protocol, format);\r
 319             }\r
 320           }\r
 321           catch (Exception ex)\r
 322           {\r
 323             ex.printStackTrace();\r
 324           }\r
 325         }\r
 326     }\r
 327 \r
 328     /**\r
 329      * DOCUMENT ME!\r
 330      *\r
 331      * @param e DOCUMENT ME!\r
 332      */\r
 333     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 334     {\r
 335         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 336                     "LAST_DIRECTORY"),\r
 337                 new String[]\r
 338                 {\r
 339                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",\r
 340                     "jar"\r
 341                 },\r
 342                 new String[]\r
 343                 {\r
 344                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"\r
 345                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));\r
 346 \r
 347         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 348         chooser.setDialogTitle("Open local file");\r
 349         chooser.setToolTipText("Open");\r
 350 \r
 351         int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 352 \r
 353         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 354         {\r
 355             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 356             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 357                 chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 358 \r
 359             String format = null;\r
 360             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))\r
 361             {\r
 362               format = "Jalview";\r
 363             }\r
 364             else\r
 365             {\r
 366                 format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);\r
 367             }\r
 368 \r
 369             jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);\r
 370             LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);\r
 371         }\r
 372     }\r
 373 \r
 374     /**\r
 375      * DOCUMENT ME!\r
 376      *\r
 377      * @param file DOCUMENT ME!\r
 378      * @param protocol DOCUMENT ME!\r
 379      * @param format DOCUMENT ME!\r
 380      */\r
 381     public void LoadFile(String file, String protocol, String format)\r
 382     {\r
 383       FileLoader fileLoader = new FileLoader();\r
 384       fileLoader.LoadFile(file, protocol, format);\r
 385     }\r
 386 \r
 387     /**\r
 388      * DOCUMENT ME!\r
 389      *\r
 390      * @param e DOCUMENT ME!\r
 391      */\r
 392     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 393     {\r
 394       // This construct allows us to have a wider textfield\r
 395       // for viewing\r
 396       JLabel label = new JLabel("Enter URL of Input File");\r
 397       JTextField textinput = new JTextField("http://www.", 40);\r
 398       JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 399       panel.add(label, BorderLayout.NORTH);\r
 400       panel.add(textinput, BorderLayout.SOUTH);\r
 401 \r
 402 \r
 403        int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop,\r
 404           panel, "Input Alignment From URL",\r
 405           JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION );\r
 406 \r
 407 \r
 408         if (reply != JOptionPane.OK_OPTION )\r
 409         {\r
 410             return;\r
 411         }\r
 412 \r
 413         String url = textinput.getText();\r
 414 \r
 415         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))\r
 416         {\r
 417                jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", "Jalview");\r
 418                Jalview2XML.LoadJalviewAlign(url);\r
 419         }\r
 420         else\r
 421         {\r
 422 \r
 423           String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);\r
 424 \r
 425           if (format.equals("URL NOT FOUND"))\r
 426           {\r
 427             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 428                                                   "Couldn't locate " + url,\r
 429                                                   "URL not found",\r
 430                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 431 \r
 432             return;\r
 433           }\r
 434 \r
 435           LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);\r
 436         }\r
 437     }\r
 438 \r
 439     /**\r
 440      * DOCUMENT ME!\r
 441      *\r
 442      * @param e DOCUMENT ME!\r
 443      */\r
 444     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 445     {\r
 446         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 447         cap.setForInput();\r
 448         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);\r
 449     }\r
 450 \r
 451     /*\r
 452      * Exit the program\r
 453      */\r
 454     public void quit()\r
 455     {\r
 456         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");\r
 457         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");\r
 458         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");\r
 459         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");\r
 460         System.exit(0);\r
 461     }\r
 462 \r
 463     /**\r
 464      * DOCUMENT ME!\r
 465      *\r
 466      * @param e DOCUMENT ME!\r
 467      */\r
 468     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 469     {\r
 470       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView version " +\r
 471                                               jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 472           "VERSION") +\r
 473                                               "; last updated: " +\r
 474                                               jalview.bin.\r
 475                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));\r
 476 \r
 477       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(\r
 478           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))\r
 479       {\r
 480         message.append("\n\n!! Jalview version "\r
 481                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")\r
 482                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");\r
 483 \r
 484       }\r
 485 \r
 486       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +\r
 487             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +\r
 488             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +\r
 489             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +\r
 490             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +\r
 491             "\nBioinformatics,  2004 12;426-7.");\r
 492 \r
 493         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 494 \r
 495            message.toString(), "About Jalview",\r
 496             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 497     }\r
 498 \r
 499     /**\r
 500      * DOCUMENT ME!\r
 501      *\r
 502      * @param e DOCUMENT ME!\r
 503      */\r
 504     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 505     {\r
 506         try\r
 507         {\r
 508             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();\r
 509             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");\r
 510             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);\r
 511 \r
 512             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();\r
 513             hb.setCurrentID("home");\r
 514             hb.setDisplayed(true);\r
 515         }\r
 516         catch (Exception ex)\r
 517         {\r
 518             ex.printStackTrace();\r
 519         }\r
 520     }\r
 521 \r
 522     /**\r
 523      * DOCUMENT ME!\r
 524      *\r
 525      * @param e DOCUMENT ME!\r
 526      */\r
 527     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 528     {\r
 529         new Preferences();\r
 530     }\r
 531 \r
 532     /**\r
 533      * DOCUMENT ME!\r
 534      *\r
 535      * @param e DOCUMENT ME!\r
 536      */\r
 537     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 538     {\r
 539         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 540                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },\r
 541                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");\r
 542 \r
 543         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 544         chooser.setDialogTitle("Save State");\r
 545 \r
 546         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 547 \r
 548         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 549         {\r
 550             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();\r
 551             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());\r
 552             Jalview2XML.SaveState(choice);\r
 553         }\r
 554     }\r
 555 \r
 556     /**\r
 557      * DOCUMENT ME!\r
 558      *\r
 559      * @param e DOCUMENT ME!\r
 560      */\r
 561     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 562     {\r
 563         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 564                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },\r
 565                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");\r
 566         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 567         chooser.setDialogTitle("Restore state");\r
 568 \r
 569         int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 570 \r
 571         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 572         {\r
 573             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();\r
 574             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 575                 chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 576             Jalview2XML.LoadJalviewAlign(choice);\r
 577         }\r
 578     }\r
 579 \r
 580   /*  public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 581     {\r
 582       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 583           getProperty("LAST_DIRECTORY"));\r
 584 \r
 585       chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 586       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");\r
 587       chooser.setToolTipText("Import");\r
 588 \r
 589       int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 590 \r
 591       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 592       {\r
 593         jalview.io.VamsasDatastore vs = new jalview.io.VamsasDatastore(null);\r
 594         vs.load(\r
 595             chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath()\r
 596             );\r
 597       }\r
 598 \r
 599     }*/\r
 600 \r
 601 \r
 602     public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 603     {\r
 604       SequenceFetcher sf = new SequenceFetcher(null);\r
 605     }\r
 606 }\r
 607 \r