src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.bin.Jalview;
  27 import jalview.io.BackupFiles;
  28 import jalview.io.DataSourceType;
  29 import jalview.io.FileFormat;
  30 import jalview.io.FileFormatException;
  31 import jalview.io.FileFormatI;
  32 import jalview.io.FileFormats;
  33 import jalview.io.FileLoader;
  34 import jalview.io.FormatAdapter;
  35 import jalview.io.IdentifyFile;
  36 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  37 import jalview.io.JalviewFileView;
  38 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  39 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  40 import jalview.project.Jalview2XML;
  41 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  42 import jalview.urls.IdOrgSettings;
  43 import jalview.util.ImageMaker;
  44 import jalview.util.MessageManager;
  45 import jalview.util.Platform;
  46 import jalview.util.UrlConstants;
  47 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  48 import jalview.ws.params.ParamManager;
  49 import jalview.ws.utils.UrlDownloadClient;
  50
  51 import java.awt.BorderLayout;
  52 import java.awt.Color;
  53 import java.awt.Dimension;
  54 import java.awt.FontMetrics;
  55 import java.awt.Graphics;
  56 import java.awt.GridLayout;
  57 import java.awt.Point;
  58 import java.awt.Rectangle;
  59 import java.awt.Toolkit;
  60 import java.awt.Window;
  61 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  62 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  63 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  64 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  65 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  66 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  67 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  68 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  69 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  70 import java.awt.event.ActionEvent;
  71 import java.awt.event.ActionListener;
  72 import java.awt.event.InputEvent;
  73 import java.awt.event.KeyEvent;
  74 import java.awt.event.MouseAdapter;
  75 import java.awt.event.MouseEvent;
  76 import java.awt.event.WindowAdapter;
  77 import java.awt.event.WindowEvent;
  78 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  79 import java.beans.PropertyChangeListener;
  80 import java.io.BufferedInputStream;
  81 import java.io.File;
  82 import java.io.FileOutputStream;
  83 import java.io.FileWriter;
  84 import java.io.IOException;
  85 import java.net.URL;
  86 import java.util.ArrayList;
  87 import java.util.HashMap;
  88 import java.util.Hashtable;
  89 import java.util.List;
  90 import java.util.ListIterator;
  91 import java.util.StringTokenizer;
  92 import java.util.Vector;
  93 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  94 import java.util.concurrent.Executors;
  95 import java.util.concurrent.Semaphore;
  96
  97 import javax.swing.AbstractAction;
  98 import javax.swing.Action;
  99 import javax.swing.ActionMap;
 100 import javax.swing.Box;
 101 import javax.swing.BoxLayout;
 102 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
 103 import javax.swing.DesktopManager;
 104 import javax.swing.InputMap;
 105 import javax.swing.JButton;
 106 import javax.swing.JCheckBox;
 107 import javax.swing.JComboBox;
 108 import javax.swing.JComponent;
 109 import javax.swing.JDesktopPane;
 110 import javax.swing.JInternalFrame;
 111 import javax.swing.JLabel;
 112 import javax.swing.JMenuItem;
 113 import javax.swing.JPanel;
 114 import javax.swing.JPopupMenu;
 115 import javax.swing.JProgressBar;
 116 import javax.swing.KeyStroke;
 117 import javax.swing.SwingUtilities;
 118 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
 119 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
 120 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
 121 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
 122 import javax.swing.event.MenuEvent;
 123 import javax.swing.event.MenuListener;
 124
 125 import org.stackoverflowusers.file.WindowsShortcut;
 126
 127 /**
 128  * Jalview Desktop
 129  *
 130  *
 131  * @author $author$
 132  * @version $Revision: 1.155 $
 133  */
 134 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
 135         implements DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 136         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 137 {
 138   private static int DEFAULT_MIN_WIDTH = 300;
 139
 140   private static int DEFAULT_MIN_HEIGHT = 250;
 141
 142   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH = 600;
 143
 144   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT = 70;
 145
 146   private static final String EXPERIMENTAL_FEATURES = "EXPERIMENTAL_FEATURES";
 147
 148   protected static final String CONFIRM_KEYBOARD_QUIT = "CONFIRM_KEYBOARD_QUIT";
 149
 150   public static HashMap<String, FileWriter> savingFiles = new HashMap<>();
 151
 152   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 153
 154   /**
 155    * news reader - null if it was never started.
 156    */
 157   private BlogReader jvnews = null;
 158
 159   private File projectFile;
 160
 161   /**
 162    * @param listener
 163    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 164    */
 165   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 166           PropertyChangeListener listener)
 167   {
 168     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 169   }
 170
 171   /**
 172    * @param propertyName
 173    * @param listener
 174    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 175    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 176    */
 177   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 178           PropertyChangeListener listener)
 179   {
 180     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 181   }
 182
 183   /**
 184    * @param propertyName
 185    * @param listener
 186    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 187    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 188    */
 189   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 190           PropertyChangeListener listener)
 191   {
 192     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 193             listener);
 194   }
 195
 196   /** Singleton Desktop instance */
 197   public static Desktop instance;
 198
 199   public static MyDesktopPane desktop;
 200
 201   static int openFrameCount = 0;
 202
 203   static final int xOffset = 30;
 204
 205   static final int yOffset = 30;
 206
 207   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 208
 209   public static Object[] jalviewClipboard;
 210
 211   public static boolean internalCopy = false;
 212
 213   static int fileLoadingCount = 0;
 214
 215   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 216   {
 217
 218     private DesktopManager delegate;
 219
 220     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 221     {
 222       this.delegate = delegate;
 223     }
 224
 225     @Override
 226     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 227     {
 228       try
 229       {
 230         delegate.activateFrame(f);
 231       } catch (NullPointerException npe)
 232       {
 233         Point p = getMousePosition();
 234         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 235       }
 236     }
 237
 238     @Override
 239     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 240     {
 241       delegate.beginDraggingFrame(f);
 242     }
 243
 244     @Override
 245     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 246     {
 247       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 248     }
 249
 250     @Override
 251     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 252     {
 253       delegate.closeFrame(f);
 254     }
 255
 256     @Override
 257     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 258     {
 259       delegate.deactivateFrame(f);
 260     }
 261
 262     @Override
 263     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 264     {
 265       delegate.deiconifyFrame(f);
 266     }
 267
 268     @Override
 269     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 270     {
 271       if (newY < 0)
 272       {
 273         newY = 0;
 274       }
 275       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 276     }
 277
 278     @Override
 279     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 280     {
 281       delegate.endDraggingFrame(f);
 282       desktop.repaint();
 283     }
 284
 285     @Override
 286     public void endResizingFrame(JComponent f)
 287     {
 288       delegate.endResizingFrame(f);
 289       desktop.repaint();
 290     }
 291
 292     @Override
 293     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 294     {
 295       delegate.iconifyFrame(f);
 296     }
 297
 298     @Override
 299     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 300     {
 301       delegate.maximizeFrame(f);
 302     }
 303
 304     @Override
 305     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 306     {
 307       delegate.minimizeFrame(f);
 308     }
 309
 310     @Override
 311     public void openFrame(JInternalFrame f)
 312     {
 313       delegate.openFrame(f);
 314     }
 315
 316     @Override
 317     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 318             int newHeight)
 319     {
 320       if (newY < 0)
 321       {
 322         newY = 0;
 323       }
 324       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 325     }
 326
 327     @Override
 328     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 329             int newWidth, int newHeight)
 330     {
 331       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 332     }
 333
 334     // All other methods, simply delegate
 335
 336   }
 337
 338   /**
 339    * Creates a new Desktop object.
 340    */
 341   public Desktop()
 342   {
 343     /**
 344      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 345      * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 346      * constructor.
 347      */
 348     instance = this;
 349     doVamsasClientCheck();
 350
 351     doConfigureStructurePrefs();
 352     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
 353     /*
 354     if (!Platform.isAMac())
 355     {
 356       // this.setDefaultCloseOperation(WindowConstants.EXIT_ON_CLOSE);
 357     }
 358     else
 359     {
 360      this.setDefaultCloseOperation(WindowConstants.DO_NOTHING_ON_CLOSE);
 361     }
 362     */
 363
 364     try
 365     {
 366       APQHandlers.setAPQHandlers(this);
 367     } catch (Exception e)
 368     {
 369       System.out.println("Exception when trying to set APQHandlers");
 370       e.printStackTrace();
 371     } catch (Throwable t)
 372     {
 373       System.out.println("Throwable when trying to set APQHandlers");
 374       t.printStackTrace();
 375     }
 376
 377
 378     addWindowListener(new WindowAdapter()
 379     {
 380
 381       @Override
 382       public void windowClosing(WindowEvent ev)
 383       {
 384         quit();
 385       }
 386     });
 387
 388     boolean selmemusage = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE",
 389             false);
 390
 391     boolean showjconsole = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_JAVA_CONSOLE",
 392             false);
 393     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 394     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 395     desktop.setBackground(Color.white);
 396
 397     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 398     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 399     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 400     // sp.getViewport().setView(desktop);
 401     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 402     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 403     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 404
 405     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 406     // if previous window was maximised
 407     desktop.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
 408             (Platform.isWindows() ? new DefaultDesktopManager()
 409                     : Platform.isAMac()
 410                             ? new AquaInternalFrameManager(
 411                                     desktop.getDesktopManager())
 412                             : desktop.getDesktopManager())));
 413
 414     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 415     if (dims != null)
 416     {
 417       setBounds(dims);
 418     }
 419     else
 420     {
 421       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 422       setBounds((screenSize.width - 900) / 2, (screenSize.height - 650) / 2,
 423               900, 650);
 424     }
 425     jconsole = new Console(this, showjconsole);
 426     // add essential build information
 427     jconsole.setHeader(
 428             "Jalview Version: " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 429                     + "\n" + "Jalview Installation: "
 430                     + jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION",
 431                             "unknown")
 432                     + "\n" + "Build Date: "
 433                     + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
 434                     + "\n" + "Java version: "
 435                     + System.getProperty("java.version") + "\n"
 436                     + System.getProperty("os.arch") + " "
 437                     + System.getProperty("os.name") + " "
 438                     + System.getProperty("os.version")
 439                     + (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").equals("DEVELOPMENT")
 440                                     ? "\nJava path:"
 441                                             + System.getProperty(
 442                                                     "java.home")
 443                                             + File.separator + "bin"
 444                                             + File.separator + "java"
 445                                     : "")
 446             );
 447
 448     showConsole(showjconsole);
 449
 450     showNews.setVisible(false);
 451
 452     experimentalFeatures.setSelected(showExperimental());
 453
 454     getIdentifiersOrgData();
 455
 456     checkURLLinks();
 457
 458     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 459     {
 460       @Override
 461       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 462       {
 463         quit();
 464       }
 465     });
 466
 467     MouseAdapter ma;
 468     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 469     {
 470       @Override
 471       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 472       {
 473         if (evt.isPopupTrigger()) // Mac
 474         {
 475           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 476         }
 477       }
 478
 479       @Override
 480       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 481       {
 482         if (evt.isPopupTrigger()) // Windows
 483         {
 484           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 485         }
 486       }
 487     });
 488     desktop.addMouseListener(ma);
 489
 490     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 491     // Spawn a thread that shows the splashscreen
 492     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 493     {
 494       @Override
 495       public void run()
 496       {
 497         new SplashScreen();
 498       }
 499     });
 500
 501     // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time it
 502     // takes to open it later on.
 503     new Thread(new Runnable()
 504     {
 505       @Override
 506       public void run()
 507       {
 508         Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 509         String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
 510         JalviewFileChooser.forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 511                 fileFormat);
 512         Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 513       }
 514     }).start();
 515     // Add the service change listener
 516     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 517             new PropertyChangeListener()
 518             {
 519
 520               @Override
 521               public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 522               {
 523                 Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 524                         + evt.getNewValue());
 525                 JalviewServicesChanged(evt);
 526               }
 527
 528             });
 529   }
 530
 531   /**
 532    * Answers true if user preferences to enable experimental features is True
 533    * (on), else false
 534    *
 535    * @return
 536    */
 537   public boolean showExperimental()
 538   {
 539     String experimental = Cache.getDefault(EXPERIMENTAL_FEATURES,
 540             Boolean.FALSE.toString());
 541     return Boolean.valueOf(experimental).booleanValue();
 542   }
 543
 544   public void doConfigureStructurePrefs()
 545   {
 546     // configure services
 547     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 548             .getStructureSelectionManager(this);
 549     if (jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 550     {
 551       ssm.setAddTempFacAnnot(jalview.bin.Cache
 552               .getDefault(Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 553       ssm.setProcessSecondaryStructure(jalview.bin.Cache
 554               .getDefault(Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 555       ssm.setSecStructServices(
 556               jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.USE_RNAVIEW, true));
 557     }
 558     else
 559     {
 560       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 561       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 562       ssm.setSecStructServices(false);
 563     }
 564   }
 565
 566   public void checkForNews()
 567   {
 568     final Desktop me = this;
 569     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 570     new Thread(new Runnable()
 571     {
 572       @Override
 573       public void run()
 574       {
 575         Cache.log.debug("Starting news thread.");
 576
 577         jvnews = new BlogReader(me);
 578         showNews.setVisible(true);
 579         Cache.log.debug("Completed news thread.");
 580       }
 581     }).start();
 582   }
 583
 584   public void getIdentifiersOrgData()
 585   {
 586     // Thread off the identifiers fetcher
 587     new Thread(new Runnable()
 588     {
 589       @Override
 590       public void run()
 591       {
 592         Cache.log.debug("Downloading data from identifiers.org");
 593         UrlDownloadClient client = new UrlDownloadClient();
 594         try
 595         {
 596           client.download(IdOrgSettings.getUrl(),
 597                   IdOrgSettings.getDownloadLocation());
 598         } catch (IOException e)
 599         {
 600           Cache.log.debug("Exception downloading identifiers.org data"
 601                   + e.getMessage());
 602         }
 603       }
 604     }).start();
 605     ;
 606   }
 607
 608   @Override
 609   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 610   {
 611     showNews(showNews.isSelected());
 612   }
 613
 614   void showNews(boolean visible)
 615   {
 616     {
 617       Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 618       showNews.setSelected(visible);
 619       if (visible && !jvnews.isVisible())
 620       {
 621         new Thread(new Runnable()
 622         {
 623           @Override
 624           public void run()
 625           {
 626             long now = System.currentTimeMillis();
 627             Desktop.instance.setProgressBar(
 628                     MessageManager.getString("status.refreshing_news"),
 629                     now);
 630             jvnews.refreshNews();
 631             Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
 632             jvnews.showNews();
 633           }
 634         }).start();
 635       }
 636     }
 637   }
 638
 639   /**
 640    * recover the last known dimensions for a jalview window
 641    *
 642    * @param windowName
 643    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 644    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 645    *         window geom was known)
 646    */
 647   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 648   {
 649     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 650     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 651     String x = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 652     String y = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 653     String width = jalview.bin.Cache
 654             .getProperty(windowName + "SCREEN_WIDTH");
 655     String height = jalview.bin.Cache
 656             .getProperty(windowName + "SCREEN_HEIGHT");
 657     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 658     {
 659       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y),
 660               iw = Integer.parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 661       if (jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 662       {
 663         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 664         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 665         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 666         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer.parseInt(
 667                 jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 668         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer.parseInt(
 669                 jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 670         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 671         ix = (int) (ix * sw);
 672         iw = (int) (iw * sw);
 673         iy = (int) (iy * sh);
 674         ih = (int) (ih * sh);
 675         while (ix >= screenSize.width)
 676         {
 677           jalview.bin.Cache.log.debug(
 678                   "Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 679           ix -= screenSize.width;
 680         }
 681         while (iy >= screenSize.height)
 682         {
 683           jalview.bin.Cache.log.debug(
 684                   "Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 685           iy -= screenSize.height;
 686         }
 687         jalview.bin.Cache.log.debug(
 688                 "Got last known dimensions for " + windowName + ": x:" + ix
 689                         + " y:" + iy + " width:" + iw + " height:" + ih);
 690       }
 691       // return dimensions for new instance
 692       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 693     }
 694     return null;
 695   }
 696
 697   private void doVamsasClientCheck()
 698   {
 699     if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 700     {
 701       setupVamsasDisconnectedGui();
 702       VamsasMenu.setVisible(true);
 703       final Desktop us = this;
 704       VamsasMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 705       {
 706         // this listener remembers when the menu was first selected, and
 707         // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 708         // reselected again.
 709         boolean refresh = true;
 710
 711         @Override
 712         public void menuCanceled(MenuEvent e)
 713         {
 714           refresh = true;
 715         }
 716
 717         @Override
 718         public void menuDeselected(MenuEvent e)
 719         {
 720           refresh = true;
 721         }
 722
 723         @Override
 724         public void menuSelected(MenuEvent e)
 725         {
 726           if (refresh)
 727           {
 728             us.buildVamsasStMenu();
 729             refresh = false;
 730           }
 731         }
 732       });
 733       vamsasStart.setVisible(true);
 734     }
 735   }
 736
 737   void showPasteMenu(int x, int y)
 738   {
 739     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 740     JMenuItem item = new JMenuItem(
 741             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 742     item.addActionListener(new ActionListener()
 743     {
 744       @Override
 745       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 746       {
 747         paste();
 748       }
 749     });
 750
 751     popup.add(item);
 752     popup.show(this, x, y);
 753   }
 754
 755   public void paste()
 756   {
 757     try
 758     {
 759       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 760       Transferable contents = c.getContents(this);
 761
 762       if (contents != null)
 763       {
 764         String file = (String) contents
 765                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 766
 767         FileFormatI format = new IdentifyFile().identify(file,
 768                 DataSourceType.PASTE);
 769
 770         new FileLoader().LoadFile(file, DataSourceType.PASTE, format);
 771
 772       }
 773     } catch (Exception ex)
 774     {
 775       System.out.println(
 776               "Unable to paste alignment from system clipboard:\n" + ex);
 777     }
 778   }
 779
 780   /**
 781    * Adds and opens the given frame to the desktop
 782    *
 783    * @param frame
 784    *          Frame to show
 785    * @param title
 786    *          Visible Title
 787    * @param w
 788    *          width
 789    * @param h
 790    *          height
 791    */
 792   public static synchronized void addInternalFrame(
 793           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 794   {
 795     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, true, false);
 796   }
 797
 798   /**
 799    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 800    *
 801    * @param frame
 802    *          Frame to show
 803    * @param title
 804    *          Visible Title
 805    * @param makeVisible
 806    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 807    *          setVisible themselves.
 808    * @param w
 809    *          width
 810    * @param h
 811    *          height
 812    */
 813   public static synchronized void addInternalFrame(
 814           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 815           int w, int h)
 816   {
 817     addInternalFrame(frame, title, makeVisible, w, h, true, false);
 818   }
 819
 820   /**
 821    * Add an internal frame to the Jalview desktop and make it visible
 822    *
 823    * @param frame
 824    *          Frame to show
 825    * @param title
 826    *          Visible Title
 827    * @param w
 828    *          width
 829    * @param h
 830    *          height
 831    * @param resizable
 832    *          Allow resize
 833    */
 834   public static synchronized void addInternalFrame(
 835           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 836           boolean resizable)
 837   {
 838     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, resizable, false);
 839   }
 840
 841   /**
 842    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 843    *
 844    * @param frame
 845    *          Frame to show
 846    * @param title
 847    *          Visible Title
 848    * @param makeVisible
 849    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 850    *          setVisible themselves.
 851    * @param w
 852    *          width
 853    * @param h
 854    *          height
 855    * @param resizable
 856    *          Allow resize
 857    * @param ignoreMinSize
 858    *          Do not set the default minimum size for frame
 859    */
 860   public static synchronized void addInternalFrame(
 861           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 862           int w, int h, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 863   {
 864
 865     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 866     // bounds object).
 867     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 868     // the current window title
 869
 870     frame.setTitle(title);
 871     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 872     {
 873       frame.setSize(w, h);
 874     }
 875     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 876     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 877     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 878     // ///////////////////////////////////////////////
 879     if (instance == null || (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 880             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 881     {
 882       return;
 883     }
 884
 885     openFrameCount++;
 886
 887     if (!ignoreMinSize)
 888     {
 889       frame.setMinimumSize(
 890               new Dimension(DEFAULT_MIN_WIDTH, DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 891
 892       // Set default dimension for Alignment Frame window.
 893       // The Alignment Frame window could be added from a number of places,
 894       // hence,
 895       // I did this here in order not to miss out on any Alignment frame.
 896       if (frame instanceof AlignFrame)
 897       {
 898         frame.setMinimumSize(new Dimension(ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH,
 899                 ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 900       }
 901     }
 902
 903     frame.setVisible(makeVisible);
 904     frame.setClosable(true);
 905     frame.setResizable(resizable);
 906     frame.setMaximizable(resizable);
 907     frame.setIconifiable(resizable);
 908     frame.setOpaque(false);
 909
 910     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 911     {
 912       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount,
 913               yOffset * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 914     }
 915
 916     /*
 917      * add an entry for the new frame in the Window menu
 918      * (and remove it when the frame is closed)
 919      */
 920     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 921     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 922     {
 923       @Override
 924       public void internalFrameActivated(InternalFrameEvent evt)
 925       {
 926         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 927         if (itf != null)
 928         {
 929           if (itf instanceof AlignFrame)
 930           {
 931             Jalview.setCurrentAlignFrame((AlignFrame) itf);
 932           }
 933           itf.requestFocus();
 934         }
 935       }
 936
 937       @Override
 938       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 939       {
 940         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 941
 942         /*
 943          * defensive check to prevent frames being
 944          * added half off the window
 945          */
 946         if (openFrameCount > 0)
 947         {
 948           openFrameCount--;
 949         }
 950
 951         /*
 952          * ensure no reference to alignFrame retained by menu item listener
 953          */
 954         if (menuItem.getActionListeners().length > 0)
 955         {
 956           menuItem.removeActionListener(menuItem.getActionListeners()[0]);
 957         }
 958         windowMenu.remove(menuItem);
 959       };
 960     });
 961
 962     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 963     {
 964       @Override
 965       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 966       {
 967         try
 968         {
 969           frame.setSelected(true);
 970           frame.setIcon(false);
 971         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 972         {
 973
 974         }
 975       }
 976     });
 977
 978     setKeyBindings(frame);
 979
 980     desktop.add(frame);
 981
 982     windowMenu.add(menuItem);
 983
 984     frame.toFront();
 985     try
 986     {
 987       frame.setSelected(true);
 988       frame.requestFocus();
 989     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 990     {
 991     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
 992     {
 993       Cache.log.warn(
 994               "Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
 995               cex);
 996     }
 997   }
 998
 999   /**
1000    * Add key bindings to a JInternalFrame so that Ctrl-W and Cmd-W will close
1001    * the window
1002    *
1003    * @param frame
1004    */
1005   private static void setKeyBindings(JInternalFrame frame)
1006   {
1007     @SuppressWarnings("serial")
1008     final Action closeAction = new AbstractAction()
1009     {
1010       @Override
1011       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1012       {
1013         frame.dispose();
1014       }
1015     };
1016
1017     /*
1018      * set up key bindings for Ctrl-W and Cmd-W, with the same (Close) action
1019      */
1020     KeyStroke ctrlWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
1021             InputEvent.CTRL_DOWN_MASK);
1022     KeyStroke cmdWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
1023             jalview.util.ShortcutKeyMaskExWrapper.getMenuShortcutKeyMaskEx());
1024
1025     InputMap inputMap = frame
1026             .getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW);
1027     String ctrlW = ctrlWKey.toString();
1028     inputMap.put(ctrlWKey, ctrlW);
1029     inputMap.put(cmdWKey, ctrlW);
1030
1031     ActionMap actionMap = frame.getActionMap();
1032     actionMap.put(ctrlW, closeAction);
1033   }
1034
1035   @Override
1036   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
1037   {
1038     if (!internalCopy)
1039     {
1040       Desktop.jalviewClipboard = null;
1041     }
1042
1043     internalCopy = false;
1044   }
1045
1046   @Override
1047   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
1048   {
1049   }
1050
1051   @Override
1052   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
1053   {
1054   }
1055
1056   @Override
1057   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
1058   {
1059   }
1060
1061   @Override
1062   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
1063   {
1064   }
1065
1066   /**
1067    * DOCUMENT ME!
1068    *
1069    * @param evt
1070    *          DOCUMENT ME!
1071    */
1072   @Override
1073   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
1074   {
1075     boolean success = true;
1076     // JAL-1552 - acceptDrop required before getTransferable call for
1077     // Java's Transferable for native dnd
1078     evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
1079     Transferable t = evt.getTransferable();
1080     List<String> files = new ArrayList<>();
1081     List<DataSourceType> protocols = new ArrayList<>();
1082
1083     try
1084     {
1085       Desktop.transferFromDropTarget(files, protocols, evt, t);
1086     } catch (Exception e)
1087     {
1088       e.printStackTrace();
1089       success = false;
1090     }
1091
1092     if (files != null)
1093     {
1094       try
1095       {
1096         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
1097         {
1098           String file = files.get(i).toString();
1099           DataSourceType protocol = (protocols == null)
1100                   ? DataSourceType.FILE
1101                   : protocols.get(i);
1102           FileFormatI format = null;
1103
1104           if (file.endsWith(".jar"))
1105           {
1106             format = FileFormat.Jalview;
1107
1108           }
1109           else
1110           {
1111             format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
1112           }
1113
1114           new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
1115
1116         }
1117       } catch (Exception ex)
1118       {
1119         success = false;
1120       }
1121     }
1122     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
1123                                // transfered to any new windows created
1124   }
1125
1126   /**
1127    * DOCUMENT ME!
1128    *
1129    * @param e
1130    *          DOCUMENT ME!
1131    */
1132   @Override
1133   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1134   {
1135     String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
1136     JalviewFileChooser chooser = JalviewFileChooser
1137             .forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), fileFormat, BackupFiles.getEnabled());
1138
1139     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1140     chooser.setDialogTitle(
1141             MessageManager.getString("label.open_local_file"));
1142     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
1143
1144     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1145
1146     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1147     {
1148       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
1149       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1150               chooser.getSelectedFile().getParent());
1151
1152       FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
1153
1154       /*
1155        * Call IdentifyFile to verify the file contains what its extension implies.
1156        * Skip this step for dynamically added file formats, because
1157        * IdentifyFile does not know how to recognise them.
1158        */
1159       if (FileFormats.getInstance().isIdentifiable(format))
1160       {
1161         try
1162         {
1163           format = new IdentifyFile().identify(choice, DataSourceType.FILE);
1164         } catch (FileFormatException e)
1165         {
1166           // format = null; //??
1167         }
1168       }
1169
1170       if (viewport != null)
1171       {
1172         new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, DataSourceType.FILE,
1173                 format);
1174       }
1175       else
1176       {
1177         new FileLoader().LoadFile(choice, DataSourceType.FILE, format);
1178       }
1179     }
1180   }
1181
1182   /**
1183    * DOCUMENT ME!
1184    *
1185    * @param e
1186    *          DOCUMENT ME!
1187    */
1188   @Override
1189   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1190   {
1191     // This construct allows us to have a wider textfield
1192     // for viewing
1193     JLabel label = new JLabel(
1194             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
1195     final JComboBox history = new JComboBox();
1196
1197     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
1198     panel.add(label);
1199     panel.add(history);
1200     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
1201     history.setEditable(true);
1202     history.addItem("http://www.");
1203
1204     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
1205
1206     StringTokenizer st;
1207
1208     if (historyItems != null)
1209     {
1210       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
1211
1212       while (st.hasMoreTokens())
1213       {
1214         history.addItem(st.nextElement());
1215       }
1216     }
1217
1218     int reply = JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
1219             MessageManager.getString("label.input_alignment_from_url"),
1220             JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
1221
1222     if (reply != JvOptionPane.OK_OPTION)
1223     {
1224       return;
1225     }
1226
1227     String url = history.getSelectedItem().toString();
1228
1229     if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
1230     {
1231       if (viewport != null)
1232       {
1233         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1234                 FileFormat.Jalview);
1235       }
1236       else
1237       {
1238         new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL,
1239                 FileFormat.Jalview);
1240       }
1241     }
1242     else
1243     {
1244       FileFormatI format = null;
1245       try
1246       {
1247         format = new IdentifyFile().identify(url, DataSourceType.URL);
1248       } catch (FileFormatException e)
1249       {
1250         // TODO revise error handling, distinguish between
1251         // URL not found and response not valid
1252       }
1253
1254       if (format == null)
1255       {
1256         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1257                 MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate",
1258                         new Object[]
1259                         { url }),
1260                 MessageManager.getString("label.url_not_found"),
1261                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1262
1263         return;
1264       }
1265
1266       if (viewport != null)
1267       {
1268         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1269                 format);
1270       }
1271       else
1272       {
1273         new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL, format);
1274       }
1275     }
1276   }
1277
1278   /**
1279    * Opens the CutAndPaste window for the user to paste an alignment in to
1280    *
1281    * @param viewPanel
1282    *          - if not null, the pasted alignment is added to the current
1283    *          alignment; if null, to a new alignment window
1284    */
1285   @Override
1286   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
1287           AlignmentViewPanel viewPanel)
1288   {
1289     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1290     cap.setForInput(viewPanel);
1291     Desktop.addInternalFrame(cap,
1292             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"), true,
1293             600, 500);
1294   }
1295
1296   /*
1297    * Exit the program
1298    */
1299   @Override
1300   public void quit()
1301   {
1302     //System.out.println("********** Desktop.quit()");
1303     //System.out.println(savingFiles.toString());
1304     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1305     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH",
1306             screen.width + "");
1307     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT",
1308             screen.height + "");
1309     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x, getBounds().y,
1310             getWidth(), getHeight()));
1311
1312     if (jconsole != null)
1313     {
1314       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1315       jconsole.stopConsole();
1316     }
1317     if (jvnews != null)
1318     {
1319       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1320
1321     }
1322     if (dialogExecutor != null)
1323     {
1324       dialogExecutor.shutdownNow();
1325     }
1326     closeAll_actionPerformed(null);
1327
1328     if (groovyConsole != null)
1329     {
1330       // suppress a possible repeat prompt to save script
1331       groovyConsole.setDirty(false);
1332       groovyConsole.exit();
1333     }
1334     System.exit(0);
1335   }
1336
1337   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1338   {
1339     jalview.bin.Cache.log.debug("Storing last known dimensions for "
1340             + string + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1341             + " height:" + jc.height);
1342
1343     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1344     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1345     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1346     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1347   }
1348
1349   /**
1350    * DOCUMENT ME!
1351    *
1352    * @param e
1353    *          DOCUMENT ME!
1354    */
1355   @Override
1356   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1357   {
1358     // StringBuffer message = getAboutMessage(false);
1359     // JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1360     //
1361     // message.toString(), "About Jalview", JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1362     new Thread(new Runnable()
1363     {
1364       @Override
1365       public void run()
1366       {
1367         new SplashScreen(true);
1368       }
1369     }).start();
1370   }
1371
1372   public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
1373   {
1374     StringBuffer message = new StringBuffer();
1375     message.append("<html>");
1376     if (shortv)
1377     {
1378       message.append("<h1><strong>Version: "
1379               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1380               + "</strong></h1>");
1381       message.append("<strong>Last Updated: <em>"
1382               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
1383               + "</em></strong>");
1384
1385     }
1386     else
1387     {
1388
1389       message.append("<strong>Version "
1390               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1391               + "; last updated: "
1392               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1393     }
1394
1395     if (jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1396             .equals("Checking"))
1397     {
1398       message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1399     }
1400     else if (!jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1401             .equals(jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
1402     {
1403       boolean red = false;
1404       if (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1405               .indexOf("automated build") == -1)
1406       {
1407         red = true;
1408         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1409         // version is not a development build
1410         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1411       }
1412
1413       message.append("<br>!! Version "
1414               + jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
1415                       "..Checking..")
1416               + " is available for download from "
1417               + jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
1418                       "http://www.jalview.org")
1419               + " !!");
1420       if (red)
1421       {
1422         message.append("</div>");
1423       }
1424     }
1425     message.append("<br>Authors:  " + jalview.bin.Cache.getDefault(
1426             "AUTHORFNAMES",
1427             "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)")
1428             + "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
1429             + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
1430             + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
1431             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
1432             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
1433             + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
1434             + "</html>");
1435     return message;
1436   }
1437
1438   /**
1439    * DOCUMENT ME!
1440    *
1441    * @param e
1442    *          DOCUMENT ME!
1443    */
1444   @Override
1445   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1446   {
1447     try
1448     {
1449       Help.showHelpWindow();
1450     } catch (Exception ex)
1451     {
1452     }
1453   }
1454
1455   @Override
1456   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1457   {
1458     // TODO show a progress bar while closing?
1459     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1460     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1461     {
1462       try
1463       {
1464         frames[i].setClosed(true);
1465       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1466       {
1467       }
1468     }
1469     Jalview.setCurrentAlignFrame(null);
1470     System.out.println("ALL CLOSED");
1471     if (v_client != null)
1472     {
1473       // TODO clear binding to vamsas document objects on close_all
1474     }
1475
1476     /*
1477      * reset state of singleton objects as appropriate (clear down session state
1478      * when all windows are closed)
1479      */
1480     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
1481             .getStructureSelectionManager(this);
1482     if (ssm != null)
1483     {
1484       ssm.resetAll();
1485     }
1486   }
1487
1488   @Override
1489   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1490   {
1491     reorderAssociatedWindows(false, false);
1492   }
1493
1494   @Override
1495   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1496   {
1497     reorderAssociatedWindows(true, false);
1498   }
1499
1500   void closeAssociatedWindows()
1501   {
1502     reorderAssociatedWindows(false, true);
1503   }
1504
1505   /*
1506    * (non-Javadoc)
1507    *
1508    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1509    * ActionEvent)
1510    */
1511   @Override
1512   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1513   {
1514     // We simply collect the garbage
1515     jalview.bin.Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1516     System.gc();
1517     jalview.bin.Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1518   }
1519
1520   /*
1521    * (non-Javadoc)
1522    *
1523    * @see
1524    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1525    * )
1526    */
1527   @Override
1528   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1529   {
1530     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1531   }
1532
1533   /*
1534    * (non-Javadoc)
1535    *
1536    * @see
1537    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1538    * )
1539    */
1540   @Override
1541   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1542   {
1543     showConsole(showConsole.isSelected());
1544   }
1545
1546   Console jconsole = null;
1547
1548   /**
1549    * control whether the java console is visible or not
1550    *
1551    * @param selected
1552    */
1553   void showConsole(boolean selected)
1554   {
1555     showConsole.setSelected(selected);
1556     // TODO: decide if we should update properties file
1557     Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE",
1558             Boolean.valueOf(selected).toString());
1559     jconsole.setVisible(selected);
1560   }
1561
1562   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1563   {
1564     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1565     if (frames == null || frames.length < 1)
1566     {
1567       return;
1568     }
1569
1570     AlignmentViewport source = null, target = null;
1571     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1572     {
1573       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1574     }
1575     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1576     {
1577       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1578     }
1579     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1580     {
1581       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1582     }
1583     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1584     {
1585       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1586     }
1587
1588     if (source != null)
1589     {
1590       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1591       {
1592         target = null;
1593         if (frames[i] == null)
1594         {
1595           continue;
1596         }
1597         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1598         {
1599           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1600         }
1601         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1602         {
1603           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1604         }
1605         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1606         {
1607           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1608         }
1609         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1610         {
1611           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1612         }
1613
1614         if (source == target)
1615         {
1616           try
1617           {
1618             if (close)
1619             {
1620               frames[i].setClosed(true);
1621             }
1622             else
1623             {
1624               frames[i].setIcon(minimize);
1625               if (!minimize)
1626               {
1627                 frames[i].toFront();
1628               }
1629             }
1630
1631           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1632           {
1633           }
1634         }
1635       }
1636     }
1637   }
1638
1639   /**
1640    * DOCUMENT ME!
1641    *
1642    * @param e
1643    *          DOCUMENT ME!
1644    */
1645   @Override
1646   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1647   {
1648     new Preferences();
1649   }
1650
1651   /**
1652    * Shows a file chooser dialog and writes out the current session as a Jalview
1653    * project file
1654    */
1655   @Override
1656   public void saveState_actionPerformed()
1657   {
1658     saveState_actionPerformed(false);
1659   }
1660
1661   public void saveState_actionPerformed(boolean saveAs)
1662   {
1663     java.io.File projectFile = getProjectFile();
1664     // autoSave indicates we already have a file and don't need to ask
1665     boolean autoSave = projectFile != null && !saveAs
1666             && BackupFiles.getEnabled();
1667
1668     // System.out.println("autoSave="+autoSave+", projectFile='"+projectFile+"',
1669     // saveAs="+saveAs+", Backups
1670     // "+(BackupFiles.getEnabled()?"enabled":"disabled"));
1671
1672     boolean approveSave = false;
1673     if (!autoSave)
1674     {
1675       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("jvp",
1676               "Jalview Project");
1677
1678       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1679       chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1680
1681       int value = chooser.showSaveDialog(this);
1682
1683       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1684       {
1685         projectFile = chooser.getSelectedFile();
1686         setProjectFile(projectFile);
1687         approveSave = true;
1688       }
1689     }
1690
1691     if (approveSave || autoSave)
1692     {
1693       final Desktop me = this;
1694       final java.io.File chosenFile = projectFile;
1695       new Thread(new Runnable()
1696       {
1697         @Override
1698         public void run()
1699         {
1700           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
1701           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1702                   "label.saving_jalview_project", new Object[]
1703                   { chosenFile.getName() }), chosenFile.hashCode());
1704           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1705                   chosenFile.getParent());
1706           // TODO catch and handle errors for savestate
1707           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1708           try
1709           {
1710             BackupFiles backupfiles = new BackupFiles(chosenFile);
1711
1712             new Jalview2XML().saveState(backupfiles.getTempFile());
1713
1714             backupfiles.setWriteSuccess(true);
1715             backupfiles.rollBackupsAndRenameTempFile();
1716           } catch (OutOfMemoryError oom)
1717           {
1718             new OOMWarning("Whilst saving current state to "
1719                     + chosenFile.getName(), oom);
1720           } catch (Exception ex)
1721           {
1722             Cache.log.error("Problems whilst trying to save to "
1723                     + chosenFile.getName(), ex);
1724             JvOptionPane.showMessageDialog(me,
1725                     MessageManager.formatMessage(
1726                             "label.error_whilst_saving_current_state_to",
1727                             new Object[]
1728                             { chosenFile.getName() }),
1729                     MessageManager.getString("label.couldnt_save_project"),
1730                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1731           }
1732           setProgressBar(null, chosenFile.hashCode());
1733         }
1734       }).start();
1735     }
1736   }
1737
1738   @Override
1739   public void saveAsState_actionPerformed(ActionEvent e)
1740   {
1741     saveState_actionPerformed(true);
1742   }
1743
1744   private void setProjectFile(File choice)
1745   {
1746     this.projectFile = choice;
1747   }
1748
1749   public File getProjectFile()
1750   {
1751     return this.projectFile;
1752   }
1753
1754   /**
1755    * Shows a file chooser dialog and tries to read in the selected file as a
1756    * Jalview project
1757    */
1758   @Override
1759   public void loadState_actionPerformed()
1760   {
1761     final String[] suffix = new String[] { "jvp", "jar" };
1762     final String[] desc = new String[] { "Jalview Project",
1763         "Jalview Project (old)" };
1764     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1765             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), suffix, desc,
1766             "Jalview Project", true, BackupFiles.getEnabled()); // last two booleans: allFiles,
1767                                             // allowBackupFiles
1768     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1769     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1770
1771     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1772
1773     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1774     {
1775       final File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1776       setProjectFile(selectedFile);
1777       final String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
1778       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
1779       new Thread(new Runnable()
1780       {
1781         @Override
1782         public void run()
1783         {
1784           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1785                   "label.loading_jalview_project", new Object[]
1786                   { choice }), choice.hashCode());
1787           try
1788           {
1789             new Jalview2XML().loadJalviewAlign(choice);
1790           } catch (OutOfMemoryError oom)
1791           {
1792             new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1793           } catch (Exception ex)
1794           {
1795             Cache.log.error(
1796                     "Problems whilst loading project from " + choice, ex);
1797             JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
1798                     MessageManager.formatMessage(
1799                             "label.error_whilst_loading_project_from",
1800                             new Object[]
1801                             { choice }),
1802                     MessageManager.getString("label.couldnt_load_project"),
1803                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1804           }
1805           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1806         }
1807       }).start();
1808     }
1809   }
1810
1811   @Override
1812   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1813   {
1814     new SequenceFetcher(this);
1815   }
1816
1817   JPanel progressPanel;
1818
1819   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<>();
1820
1821   public void startLoading(final String fileName)
1822   {
1823     if (fileLoadingCount == 0)
1824     {
1825       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager
1826               .formatMessage("label.loading_file", new Object[]
1827               { fileName })));
1828     }
1829     fileLoadingCount++;
1830   }
1831
1832   private JPanel addProgressPanel(String string)
1833   {
1834     if (progressPanel == null)
1835     {
1836       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1837       totalProgressCount = 0;
1838       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1839     }
1840     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1841     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1842     progressBar.setIndeterminate(true);
1843
1844     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1845
1846     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1847     progressPanel.add(thisprogress);
1848     ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).setRows(
1849             ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1850     ++totalProgressCount;
1851     instance.validate();
1852     return thisprogress;
1853   }
1854
1855   int totalProgressCount = 0;
1856
1857   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1858   {
1859     if (progressPanel != null)
1860     {
1861       synchronized (progressPanel)
1862       {
1863         progressPanel.remove(progbar);
1864         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1865         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1866         if (--totalProgressCount < 1)
1867         {
1868           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1869           progressPanel = null;
1870         }
1871       }
1872     }
1873     validate();
1874   }
1875
1876   public void stopLoading()
1877   {
1878     fileLoadingCount--;
1879     if (fileLoadingCount < 1)
1880     {
1881       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1882       {
1883         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1884       }
1885       fileLoadingPanels.clear();
1886       fileLoadingCount = 0;
1887     }
1888     validate();
1889   }
1890
1891   public static int getViewCount(String alignmentId)
1892   {
1893     AlignmentViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1894     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1895   }
1896
1897   /**
1898    *
1899    * @param alignmentId
1900    *          - if null, all sets are returned
1901    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1902    */
1903   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1904   {
1905     if (Desktop.desktop == null)
1906     {
1907       // no frames created and in headless mode
1908       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1909       return null;
1910     }
1911     List<AlignmentPanel> aps = new ArrayList<>();
1912     AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
1913     if (frames == null)
1914     {
1915       return null;
1916     }
1917     for (AlignFrame af : frames)
1918     {
1919       for (AlignmentPanel ap : af.alignPanels)
1920       {
1921         if (alignmentId == null
1922                 || alignmentId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1923         {
1924           aps.add(ap);
1925         }
1926       }
1927     }
1928     if (aps.size() == 0)
1929     {
1930       return null;
1931     }
1932     AlignmentPanel[] vap = aps.toArray(new AlignmentPanel[aps.size()]);
1933     return vap;
1934   }
1935
1936   /**
1937    * get all the viewports on an alignment.
1938    *
1939    * @param sequenceSetId
1940    *          unique alignment id (may be null - all viewports returned in that
1941    *          case)
1942    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1943    */
1944   public static AlignmentViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1945   {
1946     List<AlignmentViewport> viewp = new ArrayList<>();
1947     if (desktop != null)
1948     {
1949       AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1950
1951       for (AlignFrame afr : frames)
1952       {
1953         if (sequenceSetId == null || afr.getViewport().getSequenceSetId()
1954                 .equals(sequenceSetId))
1955         {
1956           if (afr.alignPanels != null)
1957           {
1958             for (AlignmentPanel ap : afr.alignPanels)
1959             {
1960               if (sequenceSetId == null
1961                       || sequenceSetId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1962               {
1963                 viewp.add(ap.av);
1964               }
1965             }
1966           }
1967           else
1968           {
1969             viewp.add(afr.getViewport());
1970           }
1971         }
1972       }
1973       if (viewp.size() > 0)
1974       {
1975         return viewp.toArray(new AlignmentViewport[viewp.size()]);
1976       }
1977     }
1978     return null;
1979   }
1980
1981   /**
1982    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame
1983    *
1984    * @param af
1985    */
1986   public static void explodeViews(AlignFrame af)
1987   {
1988     int size = af.alignPanels.size();
1989     if (size < 2)
1990     {
1991       return;
1992     }
1993
1994     for (int i = 0; i < size; i++)
1995     {
1996       AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(i);
1997       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
1998
1999       /*
2000        * Restore the view's last exploded frame geometry if known. Multiple
2001        * views from one exploded frame share and restore the same (frame)
2002        * position and size.
2003        */
2004       Rectangle geometry = ap.av.getExplodedGeometry();
2005       if (geometry != null)
2006       {
2007         newaf.setBounds(geometry);
2008       }
2009
2010       ap.av.setGatherViewsHere(false);
2011
2012       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
2013               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
2014     }
2015
2016     af.alignPanels.clear();
2017     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
2018
2019   }
2020
2021   /**
2022    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
2023    * identifier back in to this frame as additional views, and close the
2024    * expanded views. Note the expanded frames may themselves have multiple
2025    * views. We take the lot.
2026    *
2027    * @param source
2028    */
2029   public void gatherViews(AlignFrame source)
2030   {
2031     source.viewport.setGatherViewsHere(true);
2032     source.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
2033     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
2034     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
2035
2036     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
2037     {
2038       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
2039       {
2040         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
2041         boolean gatherThis = false;
2042         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
2043         {
2044           AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(a);
2045           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
2046           {
2047             gatherThis = true;
2048             ap.av.setGatherViewsHere(false);
2049             ap.av.setExplodedGeometry(af.getBounds());
2050             source.addAlignmentPanel(ap, false);
2051           }
2052         }
2053
2054         if (gatherThis)
2055         {
2056           af.alignPanels.clear();
2057           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
2058         }
2059       }
2060     }
2061
2062   }
2063
2064   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
2065
2066   @Override
2067   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
2068   {
2069     if (v_client == null)
2070     {
2071       // Load and try to start a session.
2072       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
2073               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2074
2075       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2076       chooser.setDialogTitle(
2077               MessageManager.getString("label.open_saved_vamsas_session"));
2078       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString(
2079               "label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session"));
2080
2081       int value = chooser.showOpenDialog(this);
2082
2083       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2084       {
2085         String fle = chooser.getSelectedFile().toString();
2086         if (!vamsasImport(chooser.getSelectedFile()))
2087         {
2088           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2089                   MessageManager.formatMessage(
2090                           "label.couldnt_import_as_vamsas_session",
2091                           new Object[]
2092                           { fle }),
2093                   MessageManager
2094                           .getString("label.vamsas_document_import_failed"),
2095                   JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2096         }
2097       }
2098     }
2099     else
2100     {
2101       jalview.bin.Cache.log.error(
2102               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2103     }
2104   }
2105
2106   /**
2107    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
2108    *
2109    * @param file
2110    * @return true if import was a success and a session was started.
2111    */
2112   public boolean vamsasImport(URL url)
2113   {
2114     // TODO: create progress bar
2115     if (v_client != null)
2116     {
2117
2118       jalview.bin.Cache.log.error(
2119               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2120       return false;
2121     }
2122
2123     try
2124     {
2125       // copy the URL content to a temporary local file
2126       // TODO: be a bit cleverer here with nio (?!)
2127       File file = File.createTempFile("vdocfromurl", ".vdj");
2128       FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file);
2129       BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(url.openStream());
2130       byte[] buffer = new byte[2048];
2131       int ln;
2132       while ((ln = bis.read(buffer)) > -1)
2133       {
2134         fos.write(buffer, 0, ln);
2135       }
2136       bis.close();
2137       fos.close();
2138       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file,
2139               url.toExternalForm());
2140     } catch (Exception ex)
2141     {
2142       jalview.bin.Cache.log.error(
2143               "Failed to create new vamsas session from contents of URL "
2144                       + url,
2145               ex);
2146       return false;
2147     }
2148     setupVamsasConnectedGui();
2149     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2150     return v_client.inSession();
2151   }
2152
2153   /**
2154    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
2155    *
2156    * @param file
2157    * @return true if import was a success and a session was started.
2158    */
2159   public boolean vamsasImport(File file)
2160   {
2161     if (v_client != null)
2162     {
2163
2164       jalview.bin.Cache.log.error(
2165               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2166       return false;
2167     }
2168
2169     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2170             "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2171             { file.getName() }), file.hashCode());
2172     try
2173     {
2174       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file, null);
2175     } catch (Exception ex)
2176     {
2177       setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2178               "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2179               { file.getName() }), file.hashCode());
2180       jalview.bin.Cache.log.error(
2181               "New vamsas session from existing session file failed:", ex);
2182       return false;
2183     }
2184     setupVamsasConnectedGui();
2185     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2186     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2187             "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2188             { file.getName() }), file.hashCode());
2189     return v_client.inSession();
2190   }
2191
2192   public boolean joinVamsasSession(String mysesid)
2193   {
2194     if (v_client != null)
2195     {
2196       throw new Error(MessageManager
2197               .getString("error.try_join_vamsas_session_another"));
2198     }
2199     if (mysesid == null)
2200     {
2201       throw new Error(
2202               MessageManager.getString("error.invalid_vamsas_session_id"));
2203     }
2204     v_client = new VamsasApplication(this, mysesid);
2205     setupVamsasConnectedGui();
2206     v_client.initial_update();
2207     return (v_client.inSession());
2208   }
2209
2210   @Override
2211   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
2212   {
2213     if (v_client == null)
2214     {
2215       // Start a session.
2216       // we just start a default session for moment.
2217       /*
2218        * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
2219        * getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2220        *
2221        * chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2222        * chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
2223        * chooser.setToolTipText("Import");
2224        *
2225        * int value = chooser.showOpenDialog(this);
2226        *
2227        * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { v_client = new
2228        * jalview.gui.VamsasApplication(this, chooser.getSelectedFile());
2229        */
2230       v_client = new VamsasApplication(this);
2231       setupVamsasConnectedGui();
2232       v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2233     }
2234     else
2235     {
2236       // store current data in session.
2237       v_client.push_update(); // TODO: thread
2238     }
2239   }
2240
2241   protected void setupVamsasConnectedGui()
2242   {
2243     vamsasStart.setText(MessageManager.getString("label.session_update"));
2244     vamsasSave.setVisible(true);
2245     vamsasStop.setVisible(true);
2246     vamsasImport.setVisible(false); // Document import to existing session is
2247     // not possible for vamsas-client-1.0.
2248   }
2249
2250   protected void setupVamsasDisconnectedGui()
2251   {
2252     vamsasSave.setVisible(false);
2253     vamsasStop.setVisible(false);
2254     vamsasImport.setVisible(true);
2255     vamsasStart
2256             .setText(MessageManager.getString("label.new_vamsas_session"));
2257   }
2258
2259   @Override
2260   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
2261   {
2262     if (v_client != null)
2263     {
2264       v_client.end_session();
2265       v_client = null;
2266       setupVamsasDisconnectedGui();
2267     }
2268   }
2269
2270   protected void buildVamsasStMenu()
2271   {
2272     if (v_client == null)
2273     {
2274       String[] sess = null;
2275       try
2276       {
2277         sess = VamsasApplication.getSessionList();
2278       } catch (Exception e)
2279       {
2280         jalview.bin.Cache.log.warn("Problem getting current sessions list.",
2281                 e);
2282         sess = null;
2283       }
2284       if (sess != null)
2285       {
2286         jalview.bin.Cache.log.debug(
2287                 "Got current sessions list: " + sess.length + " entries.");
2288         VamsasStMenu.removeAll();
2289         for (int i = 0; i < sess.length; i++)
2290         {
2291           JMenuItem sessit = new JMenuItem();
2292           sessit.setText(sess[i]);
2293           sessit.setToolTipText(MessageManager
2294                   .formatMessage("label.connect_to_session", new Object[]
2295                   { sess[i] }));
2296           final Desktop dsktp = this;
2297           final String mysesid = sess[i];
2298           sessit.addActionListener(new ActionListener()
2299           {
2300
2301             @Override
2302             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2303             {
2304               if (dsktp.v_client == null)
2305               {
2306                 Thread rthr = new Thread(new Runnable()
2307                 {
2308
2309                   @Override
2310                   public void run()
2311                   {
2312                     dsktp.v_client = new VamsasApplication(dsktp, mysesid);
2313                     dsktp.setupVamsasConnectedGui();
2314                     dsktp.v_client.initial_update();
2315                   }
2316
2317                 });
2318                 rthr.start();
2319               }
2320             };
2321           });
2322           VamsasStMenu.add(sessit);
2323         }
2324         // don't show an empty menu.
2325         VamsasStMenu.setVisible(sess.length > 0);
2326
2327       }
2328       else
2329       {
2330         jalview.bin.Cache.log.debug("No current vamsas sessions.");
2331         VamsasStMenu.removeAll();
2332         VamsasStMenu.setVisible(false);
2333       }
2334     }
2335     else
2336     {
2337       // Not interested in the content. Just hide ourselves.
2338       VamsasStMenu.setVisible(false);
2339     }
2340   }
2341
2342   @Override
2343   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
2344   {
2345     if (v_client != null)
2346     {
2347       // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
2348       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("vdj",
2349               "Vamsas Document");
2350
2351       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2352       chooser.setDialogTitle(MessageManager
2353               .getString("label.save_vamsas_document_archive"));
2354
2355       int value = chooser.showSaveDialog(this);
2356
2357       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2358       {
2359         java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
2360         JPanel progpanel = addProgressPanel(MessageManager
2361                 .formatMessage("label.saving_vamsas_doc", new Object[]
2362                 { choice.getName() }));
2363         Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
2364         String warnmsg = null;
2365         String warnttl = null;
2366         try
2367         {
2368           v_client.vclient.storeDocument(choice);
2369         } catch (Error ex)
2370         {
2371           warnttl = "Serious Problem saving Vamsas Document";
2372           warnmsg = ex.toString();
2373           jalview.bin.Cache.log
2374                   .error("Error Whilst saving document to " + choice, ex);
2375
2376         } catch (Exception ex)
2377         {
2378           warnttl = "Problem saving Vamsas Document.";
2379           warnmsg = ex.toString();
2380           jalview.bin.Cache.log.warn(
2381                   "Exception Whilst saving document to " + choice, ex);
2382
2383         }
2384         removeProgressPanel(progpanel);
2385         if (warnmsg != null)
2386         {
2387           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2388
2389                   warnmsg, warnttl, JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2390         }
2391       }
2392     }
2393   }
2394
2395   JPanel vamUpdate = null;
2396
2397   /**
2398    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
2399    *
2400    * @param b
2401    *          true to hide gui, false to reveal gui
2402    */
2403   public void setVamsasUpdate(boolean b)
2404   {
2405     Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "
2406             + (b ? "in progress" : "finished"));
2407
2408     if (vamUpdate != null)
2409     {
2410       this.removeProgressPanel(vamUpdate);
2411     }
2412     if (b)
2413     {
2414       vamUpdate = this.addProgressPanel(
2415               MessageManager.getString("label.updating_vamsas_session"));
2416     }
2417     vamsasStart.setVisible(!b);
2418     vamsasStop.setVisible(!b);
2419     vamsasSave.setVisible(!b);
2420   }
2421
2422   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2423   {
2424     return desktop.getAllFrames();
2425   }
2426
2427   /**
2428    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2429    * should be informed of a new questionnaire.
2430    *
2431    * @param url
2432    */
2433   public void checkForQuestionnaire(String url)
2434   {
2435     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2436     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2437     new Thread(jvq).start();
2438   }
2439
2440   public void checkURLLinks()
2441   {
2442     // Thread off the URL link checker
2443     addDialogThread(new Runnable()
2444     {
2445       @Override
2446       public void run()
2447       {
2448         if (Cache.getDefault("CHECKURLLINKS", true))
2449         {
2450           // check what the actual links are - if it's just the default don't
2451           // bother with the warning
2452           List<String> links = Preferences.sequenceUrlLinks
2453                   .getLinksForMenu();
2454
2455           // only need to check links if there is one with a
2456           // SEQUENCE_ID which is not the default EMBL_EBI link
2457           ListIterator<String> li = links.listIterator();
2458           boolean check = false;
2459           List<JLabel> urls = new ArrayList<>();
2460           while (li.hasNext())
2461           {
2462             String link = li.next();
2463             if (link.contains(jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_ID)
2464                     && !UrlConstants.isDefaultString(link))
2465             {
2466               check = true;
2467               int barPos = link.indexOf("|");
2468               String urlMsg = barPos == -1 ? link
2469                       : link.substring(0, barPos) + ": "
2470                               + link.substring(barPos + 1);
2471               urls.add(new JLabel(urlMsg));
2472             }
2473           }
2474           if (!check)
2475           {
2476             return;
2477           }
2478
2479           // ask user to check in case URL links use old style tokens
2480           // ($SEQUENCE_ID$ for sequence id _or_ accession id)
2481           JPanel msgPanel = new JPanel();
2482           msgPanel.setLayout(new BoxLayout(msgPanel, BoxLayout.PAGE_AXIS));
2483           msgPanel.add(Box.createVerticalGlue());
2484           JLabel msg = new JLabel(MessageManager
2485                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1"));
2486           JLabel msg2 = new JLabel(MessageManager
2487                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2"));
2488           msgPanel.add(msg);
2489           for (JLabel url : urls)
2490           {
2491             msgPanel.add(url);
2492           }
2493           msgPanel.add(msg2);
2494
2495           final JCheckBox jcb = new JCheckBox(
2496                   MessageManager.getString("label.do_not_display_again"));
2497           jcb.addActionListener(new ActionListener()
2498           {
2499             @Override
2500             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2501             {
2502               // update Cache settings for "don't show this again"
2503               boolean showWarningAgain = !jcb.isSelected();
2504               Cache.setProperty("CHECKURLLINKS",
2505                       Boolean.valueOf(showWarningAgain).toString());
2506             }
2507           });
2508           msgPanel.add(jcb);
2509
2510           JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, msgPanel,
2511                   MessageManager
2512                           .getString("label.SEQUENCE_ID_no_longer_used"),
2513                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2514         }
2515       }
2516     });
2517   }
2518
2519   /**
2520    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2521    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs
2522    * low.
2523    *
2524    * @author AMW
2525    */
2526   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
2527   {
2528
2529     private static final float ONE_MB = 1048576f;
2530
2531     boolean showMemoryUsage = false;
2532
2533     Runtime runtime;
2534
2535     java.text.NumberFormat df;
2536
2537     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2538             percentUsage;
2539
2540     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2541     {
2542       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2543     }
2544
2545     public void showMemoryUsage(boolean showMemory)
2546     {
2547       this.showMemoryUsage = showMemory;
2548       if (showMemory)
2549       {
2550         Thread worker = new Thread(this);
2551         worker.start();
2552       }
2553       repaint();
2554     }
2555
2556     public boolean isShowMemoryUsage()
2557     {
2558       return showMemoryUsage;
2559     }
2560
2561     @Override
2562     public void run()
2563     {
2564       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2565       df.setMaximumFractionDigits(2);
2566       runtime = Runtime.getRuntime();
2567
2568       while (showMemoryUsage)
2569       {
2570         try
2571         {
2572           maxMemory = runtime.maxMemory() / ONE_MB;
2573           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / ONE_MB;
2574           freeMemory = runtime.freeMemory() / ONE_MB;
2575           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2576
2577           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2578
2579           // if (percentUsage < 20)
2580           {
2581             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2582             // Color.red);
2583             // instance.set.setBorder(border1);
2584           }
2585           repaint();
2586           // sleep after showing usage
2587           Thread.sleep(3000);
2588         } catch (Exception ex)
2589         {
2590           ex.printStackTrace();
2591         }
2592       }
2593     }
2594
2595     @Override
2596     public void paintComponent(Graphics g)
2597     {
2598       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2599       {
2600         if (percentUsage < 20)
2601         {
2602           g.setColor(Color.red);
2603         }
2604         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2605         if (fm != null)
2606         {
2607           g.drawString(MessageManager.formatMessage("label.memory_stats",
2608                   new Object[]
2609                   { df.format(totalFreeMemory), df.format(maxMemory),
2610                       df.format(percentUsage) }),
2611                   10, getHeight() - fm.getHeight());
2612         }
2613       }
2614     }
2615   }
2616
2617   /**
2618    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2619    *
2620    * @return an array of AlignFrame, or null if none found
2621    */
2622   public static AlignFrame[] getAlignFrames()
2623   {
2624     if (Jalview.isHeadlessMode())
2625     {
2626       // Desktop.desktop is null in headless mode
2627       return new AlignFrame[] { Jalview.currentAlignFrame };
2628     }
2629
2630     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2631
2632     if (frames == null)
2633     {
2634       return null;
2635     }
2636     List<AlignFrame> avp = new ArrayList<>();
2637     // REVERSE ORDER
2638     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2639     {
2640       if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2641       {
2642         avp.add((AlignFrame) frames[i]);
2643       }
2644       else if (frames[i] instanceof SplitFrame)
2645       {
2646         /*
2647          * Also check for a split frame containing an AlignFrame
2648          */
2649         GSplitFrame sf = (GSplitFrame) frames[i];
2650         if (sf.getTopFrame() instanceof AlignFrame)
2651         {
2652           avp.add((AlignFrame) sf.getTopFrame());
2653         }
2654         if (sf.getBottomFrame() instanceof AlignFrame)
2655         {
2656           avp.add((AlignFrame) sf.getBottomFrame());
2657         }
2658       }
2659     }
2660     if (avp.size() == 0)
2661     {
2662       return null;
2663     }
2664     AlignFrame afs[] = avp.toArray(new AlignFrame[avp.size()]);
2665     return afs;
2666   }
2667
2668   /**
2669    * Returns an array of any AppJmol frames in the Desktop (or null if none).
2670    *
2671    * @return
2672    */
2673   public GStructureViewer[] getJmols()
2674   {
2675     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2676
2677     if (frames == null)
2678     {
2679       return null;
2680     }
2681     List<GStructureViewer> avp = new ArrayList<>();
2682     // REVERSE ORDER
2683     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2684     {
2685       if (frames[i] instanceof AppJmol)
2686       {
2687         GStructureViewer af = (GStructureViewer) frames[i];
2688         avp.add(af);
2689       }
2690     }
2691     if (avp.size() == 0)
2692     {
2693       return null;
2694     }
2695     GStructureViewer afs[] = avp.toArray(new GStructureViewer[avp.size()]);
2696     return afs;
2697   }
2698
2699   /**
2700    * Add Groovy Support to Jalview
2701    */
2702   @Override
2703   public void groovyShell_actionPerformed()
2704   {
2705     try
2706     {
2707       openGroovyConsole();
2708     } catch (Exception ex)
2709     {
2710       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2711       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2712
2713               MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2714               MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2715               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2716     }
2717   }
2718
2719   /**
2720    * Open the Groovy console
2721    */
2722   void openGroovyConsole()
2723   {
2724     if (groovyConsole == null)
2725     {
2726       groovyConsole = new groovy.ui.Console();
2727       groovyConsole.setVariable("Jalview", this);
2728       groovyConsole.run();
2729
2730       /*
2731        * We allow only one console at a time, so that AlignFrame menu option
2732        * 'Calculate | Run Groovy script' is unambiguous.
2733        * Disable 'Groovy Console', and enable 'Run script', when the console is
2734        * opened, and the reverse when it is closed
2735        */
2736       Window window = (Window) groovyConsole.getFrame();
2737       window.addWindowListener(new WindowAdapter()
2738       {
2739         @Override
2740         public void windowClosed(WindowEvent e)
2741         {
2742           /*
2743            * rebind CMD-Q from Groovy Console to Jalview Quit
2744            */
2745           addQuitHandler();
2746           enableExecuteGroovy(false);
2747         }
2748       });
2749     }
2750
2751     /*
2752      * show Groovy console window (after close and reopen)
2753      */
2754     ((Window) groovyConsole.getFrame()).setVisible(true);
2755
2756     /*
2757      * if we got this far, enable 'Run Groovy' in AlignFrame menus
2758      * and disable opening a second console
2759      */
2760     enableExecuteGroovy(true);
2761   }
2762
2763   /**
2764    * Bind Ctrl/Cmd-Q to Quit - for reset as Groovy Console takes over this
2765    * binding when opened
2766    */
2767   protected void addQuitHandler()
2768   {
2769     getRootPane().getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW)
2770             .put(KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_Q,
2771                     jalview.util.ShortcutKeyMaskExWrapper.getMenuShortcutKeyMaskEx()),
2772                     "Quit");
2773     getRootPane().getActionMap().put("Quit", new AbstractAction()
2774     {
2775       @Override
2776       public void actionPerformed(ActionEvent e)
2777       {
2778         quit();
2779       }
2780     });
2781   }
2782
2783   /**
2784    * Enable or disable 'Run Groovy script' in AlignFrame calculate menus
2785    *
2786    * @param enabled
2787    *          true if Groovy console is open
2788    */
2789   public void enableExecuteGroovy(boolean enabled)
2790   {
2791     /*
2792      * disable opening a second Groovy console
2793      * (or re-enable when the console is closed)
2794      */
2795     groovyShell.setEnabled(!enabled);
2796
2797     AlignFrame[] alignFrames = getAlignFrames();
2798     if (alignFrames != null)
2799     {
2800       for (AlignFrame af : alignFrames)
2801       {
2802         af.setGroovyEnabled(enabled);
2803       }
2804     }
2805   }
2806
2807   /**
2808    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2809    */
2810   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2811
2812   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2813
2814   /*
2815    * (non-Javadoc)
2816    *
2817    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2818    */
2819   @Override
2820   public void setProgressBar(String message, long id)
2821   {
2822     if (progressBars == null)
2823     {
2824       progressBars = new Hashtable<>();
2825       progressBarHandlers = new Hashtable<>();
2826     }
2827
2828     if (progressBars.get(Long.valueOf(id)) != null)
2829     {
2830       JPanel panel = progressBars.remove(Long.valueOf(id));
2831       if (progressBarHandlers.contains(Long.valueOf(id)))
2832       {
2833         progressBarHandlers.remove(Long.valueOf(id));
2834       }
2835       removeProgressPanel(panel);
2836     }
2837     else
2838     {
2839       progressBars.put(Long.valueOf(id), addProgressPanel(message));
2840     }
2841   }
2842
2843   /*
2844    * (non-Javadoc)
2845    *
2846    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2847    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2848    */
2849   @Override
2850   public void registerHandler(final long id,
2851           final IProgressIndicatorHandler handler)
2852   {
2853     if (progressBarHandlers == null
2854             || !progressBars.containsKey(Long.valueOf(id)))
2855     {
2856       throw new Error(MessageManager.getString(
2857               "error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2858     }
2859     progressBarHandlers.put(Long.valueOf(id), handler);
2860     final JPanel progressPanel = progressBars.get(Long.valueOf(id));
2861     if (handler.canCancel())
2862     {
2863       JButton cancel = new JButton(
2864               MessageManager.getString("action.cancel"));
2865       final IProgressIndicator us = this;
2866       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2867       {
2868
2869         @Override
2870         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2871         {
2872           handler.cancelActivity(id);
2873           us.setProgressBar(MessageManager
2874                   .formatMessage("label.cancelled_params", new Object[]
2875                   { ((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText() }),
2876                   id);
2877         }
2878       });
2879       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2880     }
2881   }
2882
2883   /**
2884    *
2885    * @return true if any progress bars are still active
2886    */
2887   @Override
2888   public boolean operationInProgress()
2889   {
2890     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2891     {
2892       return true;
2893     }
2894     return false;
2895   }
2896
2897   /**
2898    * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance.
2899    * It will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular
2900    * av.
2901    *
2902    * @param viewport
2903    * @return alignFrame for viewport
2904    */
2905   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewportI viewport)
2906   {
2907     if (desktop != null)
2908     {
2909       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(
2910               viewport.getSequenceSetId());
2911       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2912       {
2913         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == viewport)
2914         {
2915           return aps[panel].alignFrame;
2916         }
2917       }
2918     }
2919     return null;
2920   }
2921
2922   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2923   {
2924     return v_client;
2925
2926   }
2927
2928   /**
2929    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
2930    */
2931   private boolean inBatchMode = false;
2932
2933   /**
2934    * check if jalview GUI is being operated programmatically
2935    *
2936    * @return inBatchMode
2937    */
2938   public boolean isInBatchMode()
2939   {
2940     return inBatchMode;
2941   }
2942
2943   /**
2944    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
2945    *
2946    * @param inBatchMode
2947    */
2948   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
2949   {
2950     this.inBatchMode = inBatchMode;
2951   }
2952
2953   public void startServiceDiscovery()
2954   {
2955     startServiceDiscovery(false);
2956   }
2957
2958   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
2959   {
2960     boolean alive = true;
2961     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
2962     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
2963     if (true)
2964     {
2965       // todo: changesupport handlers need to be transferred
2966       if (discoverer == null)
2967       {
2968         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
2969         // register PCS handler for desktop.
2970         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
2971       }
2972       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
2973       // until we phase out completely
2974       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
2975     }
2976
2977     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
2978     {
2979       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2980               .startDiscoverer(changeSupport);
2981     }
2982     Thread t3 = null;
2983     {
2984       // TODO: do rest service discovery
2985     }
2986     if (blocking)
2987     {
2988       while (alive)
2989       {
2990         try
2991         {
2992           Thread.sleep(15);
2993         } catch (Exception e)
2994         {
2995         }
2996         alive = (t1 != null && t1.isAlive()) || (t2 != null && t2.isAlive())
2997                 || (t3 != null && t3.isAlive())
2998                 || (t0 != null && t0.isAlive());
2999       }
3000     }
3001   }
3002
3003   /**
3004    * called to check if the service discovery process completed successfully.
3005    *
3006    * @param evt
3007    */
3008   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
3009   {
3010     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
3011     {
3012       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
3013               .getErrorMessages();
3014       if (ermsg != null)
3015       {
3016         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
3017         {
3018           if (serviceChangedDialog == null)
3019           {
3020             // only run if we aren't already displaying one of these.
3021             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
3022             {
3023               @Override
3024               public void run()
3025               {
3026
3027                 /*
3028                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
3029                  *
3030                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
3031                  * Auto-generated method stub
3032                  *
3033                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
3034                  * Auto-generated method stub
3035                  *
3036                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
3037                  * Auto-generated method stub
3038                  *
3039                  * } }; jd.initDialogFrame(new
3040                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
3041                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
3042                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
3043                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
3044                  * +
3045                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
3046                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
3047                  * 400);
3048                  *
3049                  * jd.waitForInput();
3050                  */
3051                 JvOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.desktop,
3052                         new JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>"
3053                                 + ermsg + "</td></tr></table>"
3054                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
3055                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
3056                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
3057                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
3058                         "Web Service Configuration Problem",
3059                         JvOptionPane.DEFAULT_OPTION,
3060                         JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
3061                 serviceChangedDialog = null;
3062
3063               }
3064             });
3065           }
3066         }
3067         else
3068         {
3069           Cache.log.error(
3070                   "Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
3071                           + ermsg);
3072         }
3073       }
3074     }
3075   }
3076
3077   private Runnable serviceChangedDialog = null;
3078
3079   /**
3080    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
3081    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
3082    * to open the URL.
3083    *
3084    * @param url
3085    */
3086   public static void showUrl(final String url)
3087   {
3088     showUrl(url, Desktop.instance);
3089   }
3090
3091   /**
3092    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
3093    *
3094    * @param url
3095    * @param progress
3096    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
3097    */
3098   public static void showUrl(final String url,
3099           final IProgressIndicator progress)
3100   {
3101     new Thread(new Runnable()
3102     {
3103       @Override
3104       public void run()
3105       {
3106         try
3107         {
3108           if (progress != null)
3109           {
3110             progress.setProgressBar(MessageManager
3111                     .formatMessage("status.opening_params", new Object[]
3112                     { url }), this.hashCode());
3113           }
3114           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
3115         } catch (Exception ex)
3116         {
3117           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
3118                   MessageManager
3119                           .getString("label.web_browser_not_found_unix"),
3120                   MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
3121                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
3122
3123           ex.printStackTrace();
3124         }
3125         if (progress != null)
3126         {
3127           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
3128         }
3129       }
3130     }).start();
3131   }
3132
3133   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
3134
3135   public static ParamManager getUserParameterStore()
3136   {
3137     if (wsparamManager == null)
3138     {
3139       wsparamManager = new WsParamSetManager();
3140     }
3141     return wsparamManager;
3142   }
3143
3144   /**
3145    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
3146    *
3147    * @param e
3148    */
3149   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
3150   {
3151     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
3152     {
3153       String url = null;
3154       try
3155       {
3156         url = e.getURL().toString();
3157         Desktop.showUrl(url);
3158       } catch (Exception x)
3159       {
3160         if (url != null)
3161         {
3162           if (Cache.log != null)
3163           {
3164             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
3165           }
3166           else
3167           {
3168             System.err.println(
3169                     "Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
3170           }
3171         }
3172         // ignore any exceptions due to dud links.
3173       }
3174
3175     }
3176   }
3177
3178   /**
3179    * single thread that handles display of dialogs to user.
3180    */
3181   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
3182
3183   /**
3184    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
3185    */
3186   private volatile boolean dialogPause = true;
3187
3188   /**
3189    * pause the queue
3190    */
3191   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
3192
3193   private static groovy.ui.Console groovyConsole;
3194
3195   /**
3196    * add another dialog thread to the queue
3197    *
3198    * @param prompter
3199    */
3200   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
3201   {
3202     dialogExecutor.submit(new Runnable()
3203     {
3204       @Override
3205       public void run()
3206       {
3207         if (dialogPause)
3208         {
3209           try
3210           {
3211             block.acquire();
3212           } catch (InterruptedException x)
3213           {
3214           }
3215           ;
3216         }
3217         if (instance == null)
3218         {
3219           return;
3220         }
3221         try
3222         {
3223           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
3224         } catch (Exception q)
3225         {
3226           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
3227         }
3228       }
3229     });
3230   }
3231
3232   public void startDialogQueue()
3233   {
3234     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
3235     // the current task to begin
3236     dialogPause = false;
3237     block.release();
3238   }
3239
3240   @Override
3241   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
3242   {
3243     invalidate();
3244     File of;
3245     ImageMaker im = new jalview.util.ImageMaker(
3246             this, ImageMaker.TYPE.EPS, "View of Desktop", getWidth(),
3247             getHeight(), of = new File("Jalview_snapshot"
3248                     + System.currentTimeMillis() + ".eps"),
3249             "View of desktop", null, 0, false);
3250     try
3251     {
3252       paintAll(im.getGraphics());
3253       im.writeImage();
3254     } catch (Exception q)
3255     {
3256       Cache.log.error("Couldn't write snapshot to " + of.getAbsolutePath(),
3257               q);
3258       return;
3259     }
3260     Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
3261             + of.getAbsolutePath());
3262   }
3263
3264   /**
3265    * Explode the views in the given SplitFrame into separate SplitFrame windows.
3266    * This respects (remembers) any previous 'exploded geometry' i.e. the size
3267    * and location last time the view was expanded (if any). However it does not
3268    * remember the split pane divider location - this is set to match the
3269    * 'exploding' frame.
3270    *
3271    * @param sf
3272    */
3273   public void explodeViews(SplitFrame sf)
3274   {
3275     AlignFrame oldTopFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3276     AlignFrame oldBottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3277     List<? extends AlignmentViewPanel> topPanels = oldTopFrame
3278             .getAlignPanels();
3279     List<? extends AlignmentViewPanel> bottomPanels = oldBottomFrame
3280             .getAlignPanels();
3281     int viewCount = topPanels.size();
3282     if (viewCount < 2)
3283     {
3284       return;
3285     }
3286
3287     /*
3288      * Processing in reverse order works, forwards order leaves the first panels
3289      * not visible. I don't know why!
3290      */
3291     for (int i = viewCount - 1; i >= 0; i--)
3292     {
3293       /*
3294        * Make new top and bottom frames. These take over the respective
3295        * AlignmentPanel objects, including their AlignmentViewports, so the
3296        * cdna/protein relationships between the viewports is carried over to the
3297        * new split frames.
3298        *
3299        * explodedGeometry holds the (x, y) position of the previously exploded
3300        * SplitFrame, and the (width, height) of the AlignFrame component
3301        */
3302       AlignmentPanel topPanel = (AlignmentPanel) topPanels.get(i);
3303       AlignFrame newTopFrame = new AlignFrame(topPanel);
3304       newTopFrame.setSize(oldTopFrame.getSize());
3305       newTopFrame.setVisible(true);
3306       Rectangle geometry = ((AlignViewport) topPanel.getAlignViewport())
3307               .getExplodedGeometry();
3308       if (geometry != null)
3309       {
3310         newTopFrame.setSize(geometry.getSize());
3311       }
3312
3313       AlignmentPanel bottomPanel = (AlignmentPanel) bottomPanels.get(i);
3314       AlignFrame newBottomFrame = new AlignFrame(bottomPanel);
3315       newBottomFrame.setSize(oldBottomFrame.getSize());
3316       newBottomFrame.setVisible(true);
3317       geometry = ((AlignViewport) bottomPanel.getAlignViewport())
3318               .getExplodedGeometry();
3319       if (geometry != null)
3320       {
3321         newBottomFrame.setSize(geometry.getSize());
3322       }
3323
3324       topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3325       bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3326       JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(newTopFrame,
3327               newBottomFrame);
3328       if (geometry != null)
3329       {
3330         splitFrame.setLocation(geometry.getLocation());
3331       }
3332       Desktop.addInternalFrame(splitFrame, sf.getTitle(), -1, -1);
3333     }
3334
3335     /*
3336      * Clear references to the panels (now relocated in the new SplitFrames)
3337      * before closing the old SplitFrame.
3338      */
3339     topPanels.clear();
3340     bottomPanels.clear();
3341     sf.close();
3342   }
3343
3344   /**
3345    * Gather expanded split frames, sharing the same pairs of sequence set ids,
3346    * back into the given SplitFrame as additional views. Note that the gathered
3347    * frames may themselves have multiple views.
3348    *
3349    * @param source
3350    */
3351   public void gatherViews(GSplitFrame source)
3352   {
3353     /*
3354      * special handling of explodedGeometry for a view within a SplitFrame: - it
3355      * holds the (x, y) position of the enclosing SplitFrame, and the (width,
3356      * height) of the AlignFrame component
3357      */
3358     AlignFrame myTopFrame = (AlignFrame) source.getTopFrame();
3359     AlignFrame myBottomFrame = (AlignFrame) source.getBottomFrame();
3360     myTopFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3361             source.getY(), myTopFrame.getWidth(), myTopFrame.getHeight()));
3362     myBottomFrame.viewport
3363             .setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(), source.getY(),
3364                     myBottomFrame.getWidth(), myBottomFrame.getHeight()));
3365     myTopFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3366     myBottomFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3367     String topViewId = myTopFrame.viewport.getSequenceSetId();
3368     String bottomViewId = myBottomFrame.viewport.getSequenceSetId();
3369
3370     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
3371     for (JInternalFrame frame : frames)
3372     {
3373       if (frame instanceof SplitFrame && frame != source)
3374       {
3375         SplitFrame sf = (SplitFrame) frame;
3376         AlignFrame topFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3377         AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3378         boolean gatherThis = false;
3379         for (int a = 0; a < topFrame.alignPanels.size(); a++)
3380         {
3381           AlignmentPanel topPanel = topFrame.alignPanels.get(a);
3382           AlignmentPanel bottomPanel = bottomFrame.alignPanels.get(a);
3383           if (topViewId.equals(topPanel.av.getSequenceSetId())
3384                   && bottomViewId.equals(bottomPanel.av.getSequenceSetId()))
3385           {
3386             gatherThis = true;
3387             topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3388             bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3389             topPanel.av.setExplodedGeometry(
3390                     new Rectangle(sf.getLocation(), topFrame.getSize()));
3391             bottomPanel.av.setExplodedGeometry(
3392                     new Rectangle(sf.getLocation(), bottomFrame.getSize()));
3393             myTopFrame.addAlignmentPanel(topPanel, false);
3394             myBottomFrame.addAlignmentPanel(bottomPanel, false);
3395           }
3396         }
3397
3398         if (gatherThis)
3399         {
3400           topFrame.getAlignPanels().clear();
3401           bottomFrame.getAlignPanels().clear();
3402           sf.close();
3403         }
3404       }
3405     }
3406
3407     /*
3408      * The dust settles...give focus to the tab we did this from.
3409      */
3410     myTopFrame.setDisplayedView(myTopFrame.alignPanel);
3411   }
3412
3413   public static groovy.ui.Console getGroovyConsole()
3414   {
3415     return groovyConsole;
3416   }
3417
3418   /**
3419    * handles the payload of a drag and drop event.
3420    *
3421    * TODO refactor to desktop utilities class
3422    *
3423    * @param files
3424    *          - Data source strings extracted from the drop event
3425    * @param protocols
3426    *          - protocol for each data source extracted from the drop event
3427    * @param evt
3428    *          - the drop event
3429    * @param t
3430    *          - the payload from the drop event
3431    * @throws Exception
3432    */
3433   public static void transferFromDropTarget(List<String> files,
3434           List<DataSourceType> protocols, DropTargetDropEvent evt,
3435           Transferable t) throws Exception
3436   {
3437
3438     DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
3439             "text/uri-list;class=java.lang.String"), urlFlavour = null;
3440     try
3441     {
3442       urlFlavour = new DataFlavor(
3443               "application/x-java-url; class=java.net.URL");
3444     } catch (ClassNotFoundException cfe)
3445     {
3446       Cache.log.debug("Couldn't instantiate the URL dataflavor.", cfe);
3447     }
3448
3449     if (urlFlavour != null && t.isDataFlavorSupported(urlFlavour))
3450     {
3451
3452       try
3453       {
3454         java.net.URL url = (URL) t.getTransferData(urlFlavour);
3455         // nb: java 8 osx bug https://bugs.openjdk.java.net/browse/JDK-8156099
3456         // means url may be null.
3457         if (url != null)
3458         {
3459           protocols.add(DataSourceType.URL);
3460           files.add(url.toString());
3461           Cache.log.debug("Drop handled as URL dataflavor "
3462                   + files.get(files.size() - 1));
3463           return;
3464         }
3465         else
3466         {
3467           if (Platform.isAMac())
3468           {
3469             System.err.println(
3470                     "Please ignore plist error - occurs due to problem with java 8 on OSX");
3471           }
3472           ;
3473         }
3474       } catch (Throwable ex)
3475       {
3476         Cache.log.debug("URL drop handler failed.", ex);
3477       }
3478     }
3479     if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3480     {
3481       // Works on Windows and MacOSX
3482       Cache.log.debug("Drop handled as javaFileListFlavor");
3483       for (Object file : (List) t
3484               .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3485       {
3486         files.add(((File) file).toString());
3487         protocols.add(DataSourceType.FILE);
3488       }
3489     }
3490     else
3491     {
3492       // Unix like behaviour
3493       boolean added = false;
3494       String data = null;
3495       if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
3496       {
3497         Cache.log.debug("Drop handled as uriListFlavor");
3498         // This is used by Unix drag system
3499         data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
3500       }
3501       if (data == null)
3502       {
3503         // fallback to text: workaround - on OSX where there's a JVM bug
3504         Cache.log.debug("standard URIListFlavor failed. Trying text");
3505         // try text fallback
3506         DataFlavor textDf = new DataFlavor(
3507                 "text/plain;class=java.lang.String");
3508         if (t.isDataFlavorSupported(textDf))
3509         {
3510           data = (String) t.getTransferData(textDf);
3511         }
3512
3513         Cache.log.debug("Plain text drop content returned "
3514                 + (data == null ? "Null - failed" : data));
3515
3516       }
3517       if (data != null)
3518       {
3519         while (protocols.size() < files.size())
3520         {
3521           Cache.log.debug("Adding missing FILE protocol for "
3522                   + files.get(protocols.size()));
3523           protocols.add(DataSourceType.FILE);
3524         }
3525         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
3526                 data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
3527         {
3528           added = true;
3529           String s = st.nextToken();
3530           if (s.startsWith("#"))
3531           {
3532             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
3533             continue;
3534           }
3535           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
3536           if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
3537           {
3538             protocols.add(DataSourceType.URL);
3539             files.add(uri.toString());
3540           }
3541           else
3542           {
3543             // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
3544             java.io.File file = new java.io.File(uri);
3545             protocols.add(DataSourceType.FILE);
3546             files.add(file.toString());
3547           }
3548         }
3549       }
3550
3551       if (Cache.log.isDebugEnabled())
3552       {
3553         if (data == null || !added)
3554         {
3555
3556           if (t.getTransferDataFlavors() != null
3557                   && t.getTransferDataFlavors().length > 0)
3558           {
3559             Cache.log.debug(
3560                     "Couldn't resolve drop data. Here are the supported flavors:");
3561             for (DataFlavor fl : t.getTransferDataFlavors())
3562             {
3563               Cache.log.debug(
3564                       "Supported transfer dataflavor: " + fl.toString());
3565               Object df = t.getTransferData(fl);
3566               if (df != null)
3567               {
3568                 Cache.log.debug("Retrieves: " + df);
3569               }
3570               else
3571               {
3572                 Cache.log.debug("Retrieved nothing");
3573               }
3574             }
3575           }
3576           else
3577           {
3578             Cache.log.debug("Couldn't resolve dataflavor for drop: "
3579                     + t.toString());
3580           }
3581         }
3582       }
3583     }
3584     if (Platform.isWindows())
3585
3586     {
3587       Cache.log.debug("Scanning dropped content for Windows Link Files");
3588
3589       // resolve any .lnk files in the file drop
3590       for (int f = 0; f < files.size(); f++)
3591       {
3592         String source = files.get(f).toLowerCase();
3593         if (protocols.get(f).equals(DataSourceType.FILE)
3594                 && (source.endsWith(".lnk") || source.endsWith(".url")
3595                         || source.endsWith(".site")))
3596         {
3597           try
3598           {
3599             File lf = new File(files.get(f));
3600             // process link file to get a URL
3601             Cache.log.debug("Found potential link file: " + lf);
3602             WindowsShortcut wscfile = new WindowsShortcut(lf);
3603             String fullname = wscfile.getRealFilename();
3604             protocols.set(f, FormatAdapter.checkProtocol(fullname));
3605             files.set(f, fullname);
3606             Cache.log.debug("Parsed real filename " + fullname
3607                     + " to extract protocol: " + protocols.get(f));
3608           } catch (Exception ex)
3609           {
3610             Cache.log.error(
3611                     "Couldn't parse " + files.get(f) + " as a link file.",
3612                     ex);
3613           }
3614         }
3615       }
3616     }
3617   }
3618
3619   /**
3620    * Sets the Preferences property for experimental features to True or False
3621    * depending on the state of the controlling menu item
3622    */
3623   @Override
3624   protected void showExperimental_actionPerformed(boolean selected)
3625   {
3626     Cache.setProperty(EXPERIMENTAL_FEATURES, Boolean.toString(selected));
3627   }
3628
3629   /**
3630    * Answers a (possibly empty) list of any structure viewer frames (currently
3631    * for either Jmol or Chimera) which are currently open. This may optionally
3632    * be restricted to viewers of a specified class, or viewers linked to a
3633    * specified alignment panel.
3634    *
3635    * @param apanel
3636    *          if not null, only return viewers linked to this panel
3637    * @param structureViewerClass
3638    *          if not null, only return viewers of this class
3639    * @return
3640    */
3641   public List<StructureViewerBase> getStructureViewers(
3642           AlignmentPanel apanel,
3643           Class<? extends StructureViewerBase> structureViewerClass)
3644   {
3645     List<StructureViewerBase> result = new ArrayList<>();
3646     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
3647
3648     for (JInternalFrame frame : frames)
3649     {
3650       if (frame instanceof StructureViewerBase)
3651       {
3652         if (structureViewerClass == null
3653                 || structureViewerClass.isInstance(frame))
3654         {
3655           if (apanel == null
3656                   || ((StructureViewerBase) frame).isLinkedWith(apanel))
3657           {
3658             result.add((StructureViewerBase) frame);
3659           }
3660         }
3661       }
3662     }
3663     return result;
3664   }
3665 }