src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.datatransfer.*;
  25 import java.awt.dnd.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import javax.swing.*;
  29
  30
  31 /**
  32  * DOCUMENT ME!
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
  38     implements DropTargetListener
  39 {
  40     /** DOCUMENT ME!! */
  41     public static JDesktopPane desktop;
  42     static int openFrameCount = 0;
  43     static final int xOffset = 30;
  44     static final int yOffset = 30;
  45     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  46     /**
  47      * Creates a new Desktop object.
  48      */
  49     public Desktop()
  50     {
  51         Image image = null;
  52
  53         try
  54         {
  55             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");
  56
  57             if (url != null)
  58             {
  59                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  60
  61                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
  62                 mt.addImage(image, 0);
  63                 mt.waitForID(0);
  64                 setIconImage(image);
  65             }
  66         }
  67         catch (Exception ex)
  68         {
  69         }
  70
  71         setTitle("Jalview 2005");
  72         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  73         desktop = new JDesktopPane();
  74         desktop.setBackground(Color.white);
  75         setContentPane(desktop);
  76         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  77
  78         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
  79         // if previous window was maximised
  80         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
  81
  82         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
  83         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
  84         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
  85         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
  86         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
  87
  88         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
  89         {
  90             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
  91                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
  92         }
  93         else
  94         {
  95             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,
  96                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
  97         }
  98
  99         this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 100             {
 101                 public void windowClosing(WindowEvent evt)
 102                 {
 103                     quit();
 104                 }
 105             });
 106
 107         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 108
 109         /////////Add a splashscreen on startup
 110         /////////Add a splashscreen on startup
 111         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
 112
 113         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);
 114         frame.setContentPane(splash);
 115         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 116         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),
 117             (int) ((getHeight() - 160) / 2));
 118
 119         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);
 120
 121         discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 122
 123         this.addKeyListener(new KeyAdapter()
 124             {
 125               public void keyPressed(KeyEvent k)
 126               {
 127                 System.out.println(k);
 128               }
 129             });
 130     }
 131
 132     /**
 133      * DOCUMENT ME!
 134      *
 135      * @param frame DOCUMENT ME!
 136      * @param title DOCUMENT ME!
 137      * @param w DOCUMENT ME!
 138      * @param h DOCUMENT ME!
 139      */
 140     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 141         String title, int w, int h)
 142     {
 143         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 144     }
 145
 146     /**
 147      * DOCUMENT ME!
 148      *
 149      * @param frame DOCUMENT ME!
 150      * @param title DOCUMENT ME!
 151      * @param w DOCUMENT ME!
 152      * @param h DOCUMENT ME!
 153      * @param resizable DOCUMENT ME!
 154      */
 155     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 156         String title, int w, int h, boolean resizable)
 157     {
 158
 159       frame.setTitle(title);
 160       if(frame.getWidth()<1 || frame.getHeight()<1)
 161       {
 162         frame.setSize(w, h);
 163       }
 164       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 165       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 166       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 167       /////////////////////////////////////////////////
 168       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 169           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 170       {
 171         return;
 172       }
 173
 174
 175         openFrameCount++;
 176
 177         frame.setVisible(true);
 178         frame.setClosable(true);
 179         frame.setResizable(resizable);
 180         frame.setMaximizable(resizable);
 181         frame.setIconifiable(resizable);
 182         frame.setFrameIcon(null);
 183
 184         if (frame.getX()<1 && frame.getY()<1)
 185        {
 186          frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * ((openFrameCount-1)%10)+yOffset);
 187        }
 188
 189         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 190         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 191             {
 192                 public void internalFrameClosed(
 193                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 194                 {
 195                     openFrameCount--;
 196                     windowMenu.remove(menuItem);
 197                 }
 198                 ;
 199             });
 200
 201         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 202             {
 203                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 204                 {
 205                     try
 206                     {
 207                         frame.setSelected(true);
 208                         frame.setIcon(false);
 209                     }
 210                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 211                     {
 212
 213                     }
 214                 }
 215             });
 216
 217         windowMenu.add(menuItem);
 218
 219         desktop.add(frame);
 220         frame.toFront();
 221         try{
 222           frame.setSelected(true);
 223         }catch(java.beans.PropertyVetoException ve)
 224         {}
 225     }
 226
 227     /**
 228      * DOCUMENT ME!
 229      *
 230      * @param evt DOCUMENT ME!
 231      */
 232     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 233     {
 234     }
 235
 236     /**
 237      * DOCUMENT ME!
 238      *
 239      * @param evt DOCUMENT ME!
 240      */
 241     public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 242     {
 243     }
 244
 245     /**
 246      * DOCUMENT ME!
 247      *
 248      * @param evt DOCUMENT ME!
 249      */
 250     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 251     {
 252     }
 253
 254     /**
 255      * DOCUMENT ME!
 256      *
 257      * @param evt DOCUMENT ME!
 258      */
 259     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 260     {
 261     }
 262
 263     /**
 264      * DOCUMENT ME!
 265      *
 266      * @param evt DOCUMENT ME!
 267      */
 268     public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 269     {
 270         Transferable t = evt.getTransferable();
 271
 272         if (!t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 273         {
 274             return;
 275         }
 276
 277         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 278
 279         try
 280         {
 281             java.util.List files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 282
 283             for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 284             {
 285                 String file = files.get(i).toString();
 286                 String protocol = "File";
 287                 String format = null;
 288
 289                 if (file.endsWith(".jar"))
 290                 {
 291                   format = "Jalview";
 292
 293                 }
 294                 else
 295                 {
 296                     format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,
 297                             protocol);
 298                 }
 299                 LoadFile(file, protocol, format);
 300             }
 301         }
 302         catch (Exception ex)
 303         {
 304             ex.printStackTrace();
 305         }
 306     }
 307
 308     /**
 309      * DOCUMENT ME!
 310      *
 311      * @param e DOCUMENT ME!
 312      */
 313     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 314     {
 315         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 316                     "LAST_DIRECTORY"),
 317                 new String[]
 318                 {
 319                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 320                     "jar"
 321                 },
 322                 new String[]
 323                 {
 324                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 325                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 326
 327         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 328         chooser.setDialogTitle("Open local file");
 329         chooser.setToolTipText("Open");
 330
 331         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 332
 333         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 334         {
 335             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 336             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 337                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 338
 339             String format = null;
 340             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 341             {
 342               format = "Jalview";
 343             }
 344             else
 345             {
 346                 format = IdentifyFile.Identify(choice, "File");
 347             }
 348
 349             jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);
 350             LoadFile(choice, "File", format);
 351         }
 352     }
 353
 354     /**
 355      * DOCUMENT ME!
 356      *
 357      * @param file DOCUMENT ME!
 358      * @param protocol DOCUMENT ME!
 359      * @param format DOCUMENT ME!
 360      */
 361     public void LoadFile(String file, String protocol, String format)
 362     {
 363       FileLoader fileLoader = new FileLoader();
 364       fileLoader.LoadFile(file, protocol, format);
 365     }
 366
 367     /**
 368      * DOCUMENT ME!
 369      *
 370      * @param e DOCUMENT ME!
 371      */
 372     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 373     {
 374         String url = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,
 375                 "Enter url of input file", "Input alignment from URL",
 376                 JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, null, null, "http://www.")
 377                                 .toString();
 378
 379         if (url == null)
 380         {
 381             return;
 382         }
 383
 384         if (url.trim().toLowerCase().endsWith(".jar"))
 385         {
 386                jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", "Jalview");
 387                Jalview2XML.LoadJalviewAlign(url);
 388         }
 389         else
 390         {
 391
 392           String format = IdentifyFile.Identify(url, "URL");
 393
 394           if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 395           {
 396             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 397                                                   "Couldn't locate " + url,
 398                                                   "URL not found",
 399                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 400
 401             return;
 402           }
 403
 404           LoadFile(url, "URL", format);
 405         }
 406     }
 407
 408     /**
 409      * DOCUMENT ME!
 410      *
 411      * @param e DOCUMENT ME!
 412      */
 413     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 414     {
 415         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 416         cap.setForInput();
 417         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 418     }
 419
 420     /*
 421      * Exit the program
 422      */
 423     public void quit()
 424     {
 425         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 426         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 427         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 428         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 429         System.exit(0);
 430     }
 431
 432     /**
 433      * DOCUMENT ME!
 434      *
 435      * @param e DOCUMENT ME!
 436      */
 437     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 438     {
 439       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView 2005 version " +
 440                                               jalview.bin.Cache.getProperty(
 441           "VERSION") +
 442                                               "; last updated: " +
 443                                               jalview.bin.
 444                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
 445
 446       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 447           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 448       {
 449         message.append("\n\n!! Jalview version "
 450                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 451                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 452
 453       }
 454
 455       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 456             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 457             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 458             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 459             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 460             "\nBioinformatics,  2004 12;426-7.");
 461
 462         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 463
 464            message.toString(), "About Jalview",
 465             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 466     }
 467
 468     /**
 469      * DOCUMENT ME!
 470      *
 471      * @param e DOCUMENT ME!
 472      */
 473     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 474     {
 475         try
 476         {
 477             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 478             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 479             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 480
 481             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 482             hb.setLocation(new Point(200, 50));
 483             hb.setSize(new Dimension(800, 700));
 484             hb.setCurrentID("home");
 485             hb.setDisplayed(true);
 486         }
 487         catch (Exception ex)
 488         {
 489             ex.printStackTrace();
 490         }
 491     }
 492
 493     /**
 494      * DOCUMENT ME!
 495      *
 496      * @param e DOCUMENT ME!
 497      */
 498     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 499     {
 500         new Preferences();
 501     }
 502
 503     /**
 504      * DOCUMENT ME!
 505      *
 506      * @param e DOCUMENT ME!
 507      */
 508     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 509     {
 510         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 511                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 512                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 513
 514         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 515         chooser.setDialogTitle("Save State");
 516
 517         int value = chooser.showSaveDialog(this);
 518
 519         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 520         {
 521             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 522             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 523             Jalview2XML.SaveState(choice);
 524         }
 525     }
 526
 527     /**
 528      * DOCUMENT ME!
 529      *
 530      * @param e DOCUMENT ME!
 531      */
 532     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 533     {
 534         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 535                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 536                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 537         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 538         chooser.setDialogTitle("Restore state");
 539
 540         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 541
 542         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 543         {
 544             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 545             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 546                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 547             Jalview2XML.LoadJalviewAlign(choice);
 548         }
 549     }
 550
 551 }
 552