src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.bin.Jalview;
  27 import jalview.io.FileLoader;
  28 import jalview.io.FormatAdapter;
  29 import jalview.io.IdentifyFile;
  30 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  31 import jalview.io.JalviewFileView;
  32 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  33 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  34 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  35 import jalview.util.ImageMaker;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37 import jalview.util.Platform;
  38 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  39 import jalview.ws.params.ParamManager;
  40
  41 import java.awt.BorderLayout;
  42 import java.awt.Color;
  43 import java.awt.Dimension;
  44 import java.awt.FontMetrics;
  45 import java.awt.Graphics;
  46 import java.awt.GridLayout;
  47 import java.awt.Point;
  48 import java.awt.Rectangle;
  49 import java.awt.Toolkit;
  50 import java.awt.Window;
  51 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  52 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  53 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  54 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  55 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  56 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  57 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  58 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  59 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  60 import java.awt.event.ActionEvent;
  61 import java.awt.event.ActionListener;
  62 import java.awt.event.FocusEvent;
  63 import java.awt.event.FocusListener;
  64 import java.awt.event.KeyEvent;
  65 import java.awt.event.MouseAdapter;
  66 import java.awt.event.MouseEvent;
  67 import java.awt.event.MouseListener;
  68 import java.awt.event.WindowAdapter;
  69 import java.awt.event.WindowEvent;
  70 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  71 import java.beans.PropertyChangeListener;
  72 import java.beans.PropertyVetoException;
  73 import java.io.BufferedInputStream;
  74 import java.io.File;
  75 import java.io.FileOutputStream;
  76 import java.net.URL;
  77 import java.util.ArrayList;
  78 import java.util.Hashtable;
  79 import java.util.List;
  80 import java.util.StringTokenizer;
  81 import java.util.Vector;
  82 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  83 import java.util.concurrent.Executors;
  84 import java.util.concurrent.Semaphore;
  85
  86 import javax.swing.AbstractAction;
  87 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
  88 import javax.swing.DesktopManager;
  89 import javax.swing.JButton;
  90 import javax.swing.JComboBox;
  91 import javax.swing.JComponent;
  92 import javax.swing.JDesktopPane;
  93 import javax.swing.JFrame;
  94 import javax.swing.JInternalFrame;
  95 import javax.swing.JLabel;
  96 import javax.swing.JMenuItem;
  97 import javax.swing.JOptionPane;
  98 import javax.swing.JPanel;
  99 import javax.swing.JPopupMenu;
 100 import javax.swing.JProgressBar;
 101 import javax.swing.KeyStroke;
 102 import javax.swing.SwingUtilities;
 103 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
 104 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
 105 import javax.swing.event.MenuEvent;
 106 import javax.swing.event.MenuListener;
 107
 108 /**
 109  * Jalview Desktop
 110  *
 111  *
 112  * @author $author$
 113  * @version $Revision: 1.155 $
 114  */
 115 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop implements
 116         DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 117         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 118 {
 119
 120   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 121
 122   /**
 123    * news reader - null if it was never started.
 124    */
 125   private BlogReader jvnews = null;
 126
 127   private File projectFile;
 128
 129   /**
 130    * @param listener
 131    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 132    */
 133   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 134           PropertyChangeListener listener)
 135   {
 136     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 137   }
 138
 139   /**
 140    * @param propertyName
 141    * @param listener
 142    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 143    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 144    */
 145   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 146           PropertyChangeListener listener)
 147   {
 148     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 149   }
 150
 151   /**
 152    * @param propertyName
 153    * @param listener
 154    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 155    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 156    */
 157   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 158           PropertyChangeListener listener)
 159   {
 160     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 161             listener);
 162   }
 163
 164   /** Singleton Desktop instance */
 165   public static Desktop instance;
 166
 167   public static MyDesktopPane desktop;
 168
 169   static int openFrameCount = 0;
 170
 171   static final int xOffset = 30;
 172
 173   static final int yOffset = 30;
 174
 175   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 176
 177   public static Object[] jalviewClipboard;
 178
 179   public static boolean internalCopy = false;
 180
 181   static int fileLoadingCount = 0;
 182
 183   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 184   {
 185
 186     private DesktopManager delegate;
 187
 188     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 189     {
 190       this.delegate = delegate;
 191     }
 192
 193     @Override
 194     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 195     {
 196       try
 197       {
 198         delegate.activateFrame(f);
 199       } catch (NullPointerException npe)
 200       {
 201         Point p = getMousePosition();
 202         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 203       }
 204     }
 205
 206     @Override
 207     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 208     {
 209       delegate.beginDraggingFrame(f);
 210     }
 211
 212     @Override
 213     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 214     {
 215       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 216     }
 217
 218     @Override
 219     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 220     {
 221       delegate.closeFrame(f);
 222     }
 223
 224     @Override
 225     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 226     {
 227       delegate.deactivateFrame(f);
 228     }
 229
 230     @Override
 231     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 232     {
 233       delegate.deiconifyFrame(f);
 234     }
 235
 236     @Override
 237     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 238     {
 239       if (newY < 0)
 240       {
 241         newY = 0;
 242       }
 243       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 244     }
 245
 246     @Override
 247     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 248     {
 249       delegate.endDraggingFrame(f);
 250     }
 251
 252     @Override
 253     public void endResizingFrame(JComponent f)
 254     {
 255       delegate.endResizingFrame(f);
 256     }
 257
 258     @Override
 259     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 260     {
 261       delegate.iconifyFrame(f);
 262     }
 263
 264     @Override
 265     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 266     {
 267       delegate.maximizeFrame(f);
 268     }
 269
 270     @Override
 271     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 272     {
 273       delegate.minimizeFrame(f);
 274     }
 275
 276     @Override
 277     public void openFrame(JInternalFrame f)
 278     {
 279       delegate.openFrame(f);
 280     }
 281
 282     @Override
 283     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 284             int newHeight)
 285     {
 286       if (newY < 0)
 287       {
 288         newY = 0;
 289       }
 290       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 291     }
 292
 293     @Override
 294     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 295             int newWidth, int newHeight)
 296     {
 297       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 298     }
 299
 300     // All other methods, simply delegate
 301
 302   }
 303
 304   /**
 305    * Creates a new Desktop object.
 306    */
 307   public Desktop()
 308   {
 309     /**
 310      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 311      * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 312      * constructor.
 313      */
 314     instance = this;
 315     doVamsasClientCheck();
 316
 317     groovyShell = new JMenuItem();
 318     groovyShell.setText(MessageManager.getString("label.groovy_console"));
 319     groovyShell.addActionListener(new ActionListener()
 320     {
 321       @Override
 322       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 323       {
 324         groovyShell_actionPerformed();
 325       }
 326     });
 327     toolsMenu.add(groovyShell);
 328     groovyShell.setVisible(true);
 329
 330     doConfigureStructurePrefs();
 331     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
 332     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 333     boolean selmemusage = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE",
 334             false);
 335     boolean showjconsole = jalview.bin.Cache.getDefault(
 336             "SHOW_JAVA_CONSOLE", false);
 337     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 338     if (Platform.isAMac())
 339     {
 340       desktop.setDoubleBuffered(false);
 341     }
 342     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 343     desktop.setBackground(Color.white);
 344     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 345     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 346     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 347     // sp.getViewport().setView(desktop);
 348     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 349     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 350     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 351
 352     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 353     // if previous window was maximised
 354     desktop.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
 355             new DefaultDesktopManager()));
 356
 357     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 358     if (dims != null)
 359     {
 360       setBounds(dims);
 361     }
 362     else
 363     {
 364       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 365       setBounds((screenSize.width - 900) / 2,
 366               (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 367     }
 368     jconsole = new Console(this, showjconsole);
 369     // add essential build information
 370     jconsole.setHeader("Jalview Version: "
 371             + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "\n"
 372             + "Jalview Installation: "
 373             + jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown")
 374             + "\n" + "Build Date: "
 375             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown") + "\n"
 376             + "Java version: " + System.getProperty("java.version") + "\n"
 377             + System.getProperty("os.arch") + " "
 378             + System.getProperty("os.name") + " "
 379             + System.getProperty("os.version"));
 380
 381     showConsole(showjconsole);
 382
 383     showNews.setVisible(false);
 384
 385     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 386     {
 387       @Override
 388       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 389       {
 390         quit();
 391       }
 392     });
 393
 394     MouseAdapter ma;
 395     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 396     {
 397       @Override
 398       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 399       {
 400         if (evt.isPopupTrigger())
 401         {
 402           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 403         }
 404       }
 405     });
 406     desktop.addMouseListener(ma);
 407
 408     this.addFocusListener(new FocusListener()
 409     {
 410
 411       @Override
 412       public void focusLost(FocusEvent e)
 413       {
 414         // TODO Auto-generated method stub
 415
 416       }
 417
 418       @Override
 419       public void focusGained(FocusEvent e)
 420       {
 421         Cache.log.debug("Relaying windows after focus gain");
 422         // make sure that we sort windows properly after we gain focus
 423         instance.relayerWindows();
 424       }
 425     });
 426     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 427     // Spawn a thread that shows the splashscreen
 428     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 429     {
 430       @Override
 431       public void run()
 432       {
 433         new SplashScreen();
 434       }
 435     });
 436
 437     // displayed.
 438     // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time it
 439     // takes to open it later on.
 440     new Thread(new Runnable()
 441     {
 442       @Override
 443       public void run()
 444       {
 445         Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 446         new JalviewFileChooser(
 447                 jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 448                 jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
 449                 jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
 450                 jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 451         Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 452       }
 453     }).start();
 454     // Add the service change listener
 455     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 456             new PropertyChangeListener()
 457             {
 458
 459               @Override
 460               public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 461               {
 462                 Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 463                         + evt.getNewValue());
 464                 JalviewServicesChanged(evt);
 465               }
 466
 467             });
 468   }
 469
 470   public void doConfigureStructurePrefs()
 471   {
 472     // configure services
 473     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 474             .getStructureSelectionManager(this);
 475     if (jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 476     {
 477       ssm.setAddTempFacAnnot(jalview.bin.Cache.getDefault(
 478               Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 479       ssm.setProcessSecondaryStructure(jalview.bin.Cache.getDefault(
 480               Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 481       ssm.setSecStructServices(jalview.bin.Cache.getDefault(
 482               Preferences.USE_RNAVIEW, true));
 483     }
 484     else
 485     {
 486       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 487       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 488       ssm.setSecStructServices(false);
 489     }
 490   }
 491
 492   public void checkForNews()
 493   {
 494     final Desktop me = this;
 495     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 496     addDialogThread(new Runnable()
 497     {
 498       @Override
 499       public void run()
 500       {
 501         Cache.log.debug("Starting news thread.");
 502
 503         jvnews = new BlogReader(me);
 504         showNews.setVisible(true);
 505         Cache.log.debug("Completed news thread.");
 506       }
 507     });
 508   }
 509
 510   @Override
 511   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 512   {
 513     showNews(showNews.isSelected());
 514   }
 515
 516   void showNews(boolean visible)
 517   {
 518     {
 519       Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 520       showNews.setSelected(visible);
 521       if (visible && !jvnews.isVisible())
 522       {
 523         new Thread(new Runnable()
 524         {
 525           @Override
 526           public void run()
 527           {
 528             long now = System.currentTimeMillis();
 529             Desktop.instance.setProgressBar(
 530                     MessageManager.getString("status.refreshing_news"), now);
 531             jvnews.refreshNews();
 532             Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
 533             jvnews.showNews();
 534           }
 535         }).start();
 536       }
 537     }
 538   }
 539
 540   /**
 541    * recover the last known dimensions for a jalview window
 542    *
 543    * @param windowName
 544    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 545    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 546    *         window geom was known)
 547    */
 548   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 549   {
 550     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 551     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 552     String x = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 553     String y = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 554     String width = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 555             + "SCREEN_WIDTH");
 556     String height = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 557             + "SCREEN_HEIGHT");
 558     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 559     {
 560       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y), iw = Integer
 561               .parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 562       if (jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 563       {
 564         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 565         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 566         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 567         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer
 568                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 569                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 570         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer
 571                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 572                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 573         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 574         ix = (int) (ix * sw);
 575         iw = (int) (iw * sw);
 576         iy = (int) (iy * sh);
 577         ih = (int) (ih * sh);
 578         while (ix >= screenSize.width)
 579         {
 580           jalview.bin.Cache.log
 581                   .debug("Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 582           ix -= screenSize.width;
 583         }
 584         while (iy >= screenSize.height)
 585         {
 586           jalview.bin.Cache.log
 587                   .debug("Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 588           iy -= screenSize.height;
 589         }
 590         jalview.bin.Cache.log.debug("Got last known dimensions for "
 591                 + windowName + ": x:" + ix + " y:" + iy + " width:" + iw
 592                 + " height:" + ih);
 593       }
 594       // return dimensions for new instance
 595       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 596     }
 597     return null;
 598   }
 599
 600   private void doVamsasClientCheck()
 601   {
 602     if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 603     {
 604       setupVamsasDisconnectedGui();
 605       VamsasMenu.setVisible(true);
 606       final Desktop us = this;
 607       VamsasMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 608       {
 609         // this listener remembers when the menu was first selected, and
 610         // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 611         // reselected again.
 612         boolean refresh = true;
 613
 614         @Override
 615         public void menuCanceled(MenuEvent e)
 616         {
 617           refresh = true;
 618         }
 619
 620         @Override
 621         public void menuDeselected(MenuEvent e)
 622         {
 623           refresh = true;
 624         }
 625
 626         @Override
 627         public void menuSelected(MenuEvent e)
 628         {
 629           if (refresh)
 630           {
 631             us.buildVamsasStMenu();
 632             refresh = false;
 633           }
 634         }
 635       });
 636       vamsasStart.setVisible(true);
 637     }
 638   }
 639
 640   void showPasteMenu(int x, int y)
 641   {
 642     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 643     JMenuItem item = new JMenuItem(
 644             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 645     item.addActionListener(new ActionListener()
 646     {
 647       @Override
 648       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 649       {
 650         paste();
 651       }
 652     });
 653
 654     popup.add(item);
 655     popup.show(this, x, y);
 656   }
 657
 658   public void paste()
 659   {
 660     try
 661     {
 662       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 663       Transferable contents = c.getContents(this);
 664
 665       if (contents != null)
 666       {
 667         String file = (String) contents
 668                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 669
 670         String format = new IdentifyFile().identify(file,
 671                 FormatAdapter.PASTE);
 672
 673         new FileLoader().LoadFile(file, FormatAdapter.PASTE, format);
 674
 675       }
 676     } catch (Exception ex)
 677     {
 678       System.out
 679               .println("Unable to paste alignment from system clipboard:\n"
 680                       + ex);
 681     }
 682   }
 683
 684   /**
 685    * Adds and opens the given frame to the desktop
 686    *
 687    * @param frame
 688    *          Frame to show
 689    * @param title
 690    *          Visible Title
 691    * @param w
 692    *          width
 693    * @param h
 694    *          height
 695    */
 696   public static synchronized void addInternalFrame(
 697           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 698   {
 699     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, true);
 700   }
 701
 702   /**
 703    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 704    *
 705    * @param frame
 706    *          Frame to show
 707    * @param title
 708    *          Visible Title
 709    * @param makeVisible
 710    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 711    *          setVisible themselves.
 712    * @param w
 713    *          width
 714    * @param h
 715    *          height
 716    */
 717   public static synchronized void addInternalFrame(
 718           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 719           int w, int h)
 720   {
 721     addInternalFrame(frame, title, makeVisible, w, h, true);
 722   }
 723
 724   /**
 725    * Add an internal frame to the Jalview desktop and make it visible
 726    *
 727    * @param frame
 728    *          Frame to show
 729    * @param title
 730    *          Visible Title
 731    * @param w
 732    *          width
 733    * @param h
 734    *          height
 735    * @param resizable
 736    *          Allow resize
 737    */
 738   public static synchronized void addInternalFrame(
 739           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 740           boolean resizable)
 741   {
 742     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, resizable);
 743   }
 744
 745   /**
 746    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 747    *
 748    * @param frame
 749    *          Frame to show
 750    * @param title
 751    *          Visible Title
 752    * @param makeVisible
 753    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 754    *          setVisible themselves.
 755    * @param w
 756    *          width
 757    * @param h
 758    *          height
 759    * @param resizable
 760    *          Allow resize
 761    */
 762   public static synchronized void addInternalFrame(
 763           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 764           int w, int h, boolean resizable)
 765   {
 766
 767     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 768     // bounds object).
 769     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 770     // the current window title
 771
 772     frame.setTitle(title);
 773     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 774     {
 775       frame.setSize(w, h);
 776     }
 777     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 778     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 779     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 780     // ///////////////////////////////////////////////
 781     if (instance == null
 782             || (System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 783                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 784     {
 785       return;
 786     }
 787
 788     openFrameCount++;
 789
 790     frame.setVisible(makeVisible);
 791     frame.setClosable(true);
 792     frame.setResizable(resizable);
 793     frame.setMaximizable(resizable);
 794     frame.setIconifiable(resizable);
 795     if (Platform.isAMac())
 796     {
 797       frame.setIconifiable(false);
 798       frame.setFrameIcon(null);
 799       // frame.setDesktopIcon(null);
 800       frame.setDoubleBuffered(false);
 801     }
 802     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 803     {
 804       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset
 805               * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 806     }
 807
 808     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 809     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 810     {
 811       @Override
 812       public void internalFrameActivated(
 813               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 814       {
 815         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 816         if (itf != null)
 817         {
 818           itf.requestFocus();
 819         }
 820
 821       }
 822
 823       @Override
 824       public void internalFrameClosed(
 825               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 826       {
 827         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 828         openFrameCount--;
 829         windowMenu.remove(menuItem);
 830         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 831         if (itf != null)
 832         {
 833           itf.requestFocus();
 834         }
 835         System.gc();
 836       };
 837     });
 838
 839     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 840     {
 841       @Override
 842       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 843       {
 844         try
 845         {
 846           frame.setSelected(true);
 847           frame.setIcon(false);
 848         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 849         {
 850
 851         }
 852       }
 853     });
 854     menuItem.addMouseListener(new MouseListener()
 855     {
 856
 857       @Override
 858       public void mouseReleased(MouseEvent e)
 859       {
 860       }
 861
 862       @Override
 863       public void mousePressed(MouseEvent e)
 864       {
 865       }
 866
 867       @Override
 868       public void mouseExited(MouseEvent e)
 869       {
 870         try
 871         {
 872           frame.setSelected(false);
 873         } catch (PropertyVetoException e1)
 874         {
 875         }
 876       }
 877
 878       @Override
 879       public void mouseEntered(MouseEvent e)
 880       {
 881         try
 882         {
 883           frame.setSelected(true);
 884         } catch (PropertyVetoException e1)
 885         {
 886         }
 887       }
 888
 889       @Override
 890       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 891       {
 892
 893       }
 894     });
 895
 896     windowMenu.add(menuItem);
 897
 898     desktop.add(frame);
 899     frame.toFront();
 900     try
 901     {
 902       frame.setSelected(true);
 903       frame.requestFocus();
 904     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 905     {
 906     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
 907     {
 908       Cache.log
 909               .warn("Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
 910                       cex);
 911     }
 912   }
 913
 914   @Override
 915   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 916   {
 917     if (!internalCopy)
 918     {
 919       Desktop.jalviewClipboard = null;
 920     }
 921
 922     internalCopy = false;
 923   }
 924
 925   @Override
 926   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 927   {
 928   }
 929
 930   @Override
 931   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 932   {
 933   }
 934
 935   @Override
 936   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 937   {
 938   }
 939
 940   @Override
 941   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 942   {
 943   }
 944
 945   /**
 946    * DOCUMENT ME!
 947    *
 948    * @param evt
 949    *          DOCUMENT ME!
 950    */
 951   @Override
 952   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 953   {
 954     boolean success = true;
 955     Transferable t = evt.getTransferable();
 956     java.util.List<String> files = new ArrayList<String>();
 957     java.util.List<String> protocols = new ArrayList<String>();
 958
 959     try
 960     {
 961       Desktop.transferFromDropTarget(files, protocols, evt, t);
 962     } catch (Exception e)
 963     {
 964       e.printStackTrace();
 965       success = false;
 966     }
 967
 968     if (files != null)
 969     {
 970       try
 971       {
 972         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 973         {
 974           String file = files.get(i).toString();
 975           String protocol = (protocols == null) ? FormatAdapter.FILE
 976                   : (String) protocols.get(i);
 977           String format = null;
 978
 979           if (file.endsWith(".jar"))
 980           {
 981             format = "Jalview";
 982
 983           }
 984           else
 985           {
 986             format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 987           }
 988
 989           new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 990
 991         }
 992       } catch (Exception ex)
 993       {
 994         success = false;
 995       }
 996     }
 997     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
 998                                // transfered to any new windows created
 999   }
1000
1001   /**
1002    * DOCUMENT ME!
1003    *
1004    * @param e
1005    *          DOCUMENT ME!
1006    */
1007   @Override
1008   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1009   {
1010     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1011             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
1012             jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
1013             jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
1014             jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
1015
1016     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1017     chooser.setDialogTitle(MessageManager
1018             .getString("label.open_local_file"));
1019     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
1020
1021     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1022
1023     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1024     {
1025       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
1026       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
1027               .getSelectedFile().getParent());
1028
1029       String format = null;
1030       if (chooser.getSelectedFormat() != null
1031               && chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
1032       {
1033         format = "Jalview";
1034       }
1035       else
1036       {
1037         format = new IdentifyFile().identify(choice, FormatAdapter.FILE);
1038       }
1039
1040       if (viewport != null)
1041       {
1042         new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE,
1043                 format);
1044       }
1045       else
1046       {
1047         new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);
1048       }
1049     }
1050   }
1051
1052   /**
1053    * DOCUMENT ME!
1054    *
1055    * @param e
1056    *          DOCUMENT ME!
1057    */
1058   @Override
1059   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1060   {
1061     // This construct allows us to have a wider textfield
1062     // for viewing
1063     JLabel label = new JLabel(
1064             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
1065     final JComboBox history = new JComboBox();
1066
1067     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
1068     panel.add(label);
1069     panel.add(history);
1070     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
1071     history.setEditable(true);
1072     history.addItem("http://www.");
1073
1074     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
1075
1076     StringTokenizer st;
1077
1078     if (historyItems != null)
1079     {
1080       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
1081
1082       while (st.hasMoreTokens())
1083       {
1084         history.addItem(st.nextElement());
1085       }
1086     }
1087
1088     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
1089             MessageManager.getString("label.input_alignment_from_url"),
1090             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
1091
1092     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
1093     {
1094       return;
1095     }
1096
1097     String url = history.getSelectedItem().toString();
1098
1099     if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
1100     {
1101       if (viewport != null)
1102       {
1103         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL,
1104                 "Jalview");
1105       }
1106       else
1107       {
1108         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
1109       }
1110     }
1111     else
1112     {
1113       String format = new IdentifyFile().identify(url, FormatAdapter.URL);
1114
1115       if (format.equals("URL NOT FOUND"))
1116       {
1117         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1118                 MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate",
1119                         new Object[] { url }), MessageManager
1120                         .getString("label.url_not_found"),
1121                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1122
1123         return;
1124       }
1125
1126       if (viewport != null)
1127       {
1128         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);
1129       }
1130       else
1131       {
1132         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);
1133       }
1134     }
1135   }
1136
1137   /**
1138    * Opens the CutAndPaste window for the user to paste an alignment in to
1139    *
1140    * @param viewPanel
1141    *          - if not null, the pasted alignment is added to the current
1142    *          alignment; if null, to a new alignment window
1143    */
1144   @Override
1145   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
1146           AlignmentViewPanel viewPanel)
1147   {
1148     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1149     cap.setForInput(viewPanel);
1150     Desktop.addInternalFrame(cap,
1151             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"),
1152             true, 600, 500);
1153   }
1154
1155   /*
1156    * Exit the program
1157    */
1158   @Override
1159   public void quit()
1160   {
1161     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1162     jalview.bin.Cache
1163             .setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH", screen.width + "");
1164     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT", screen.height
1165             + "");
1166     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x,
1167             getBounds().y, getWidth(), getHeight()));
1168
1169     if (jconsole != null)
1170     {
1171       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1172       jconsole.stopConsole();
1173     }
1174     if (jvnews != null)
1175     {
1176       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1177
1178     }
1179     if (dialogExecutor != null)
1180     {
1181       dialogExecutor.shutdownNow();
1182     }
1183     closeAll_actionPerformed(null);
1184
1185     if (groovyConsole != null)
1186     {
1187       // suppress a possible repeat prompt to save script
1188       groovyConsole.setDirty(false);
1189       groovyConsole.exit();
1190     }
1191     System.exit(0);
1192   }
1193
1194   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1195   {
1196     jalview.bin.Cache.log.debug("Storing last known dimensions for "
1197             + string + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1198             + " height:" + jc.height);
1199
1200     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1201     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1202     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1203     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1204   }
1205
1206   /**
1207    * DOCUMENT ME!
1208    *
1209    * @param e
1210    *          DOCUMENT ME!
1211    */
1212   @Override
1213   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1214   {
1215     // StringBuffer message = getAboutMessage(false);
1216     // JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1217     //
1218     // message.toString(), "About Jalview", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1219     new Thread(new Runnable()
1220     {
1221       @Override
1222       public void run()
1223       {
1224         new SplashScreen(true);
1225       }
1226     }).start();
1227   }
1228
1229   public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
1230   {
1231     StringBuffer message = new StringBuffer();
1232     message.append("<html>");
1233     if (shortv)
1234     {
1235       message.append("<h1><strong>Version: "
1236               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "</strong></h1>");
1237       message.append("<strong>Last Updated: <em>"
1238               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
1239               + "</em></strong>");
1240
1241     }
1242     else
1243     {
1244
1245       message.append("<strong>Version "
1246               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1247               + "; last updated: "
1248               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1249     }
1250
1251     if (jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking").equals(
1252             "Checking"))
1253     {
1254       message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1255     }
1256     else if (!jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1257             .equals(jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
1258     {
1259       boolean red = false;
1260       if (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1261               .indexOf("automated build") == -1)
1262       {
1263         red = true;
1264         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1265         // version is not a development build
1266         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1267       }
1268
1269       message.append("<br>!! Version "
1270               + jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
1271                       "..Checking..")
1272               + " is available for download from "
1273               + jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
1274                       "http://www.jalview.org") + " !!");
1275       if (red)
1276       {
1277         message.append("</div>");
1278       }
1279     }
1280     message.append("<br>Authors:  "
1281             + jalview.bin.Cache
1282                     .getDefault("AUTHORFNAMES",
1283                             "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)")
1284             + "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
1285             + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
1286             + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
1287             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
1288             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
1289             + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
1290             + "</html>");
1291     return message;
1292   }
1293
1294   /**
1295    * DOCUMENT ME!
1296    *
1297    * @param e
1298    *          DOCUMENT ME!
1299    */
1300   @Override
1301   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1302   {
1303     try
1304     {
1305       Help.showHelpWindow();
1306     } catch (Exception ex)
1307     {
1308     }
1309   }
1310
1311   @Override
1312   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1313   {
1314     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1315     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1316     {
1317       try
1318       {
1319         frames[i].setClosed(true);
1320       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1321       {
1322       }
1323     }
1324     System.out.println("ALL CLOSED");
1325     if (v_client != null)
1326     {
1327       // TODO clear binding to vamsas document objects on close_all
1328     }
1329
1330     /*
1331      * reset state of singleton objects as appropriate (clear down session state
1332      * when all windows are closed)
1333      */
1334     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
1335             .getStructureSelectionManager(this);
1336     if (ssm != null)
1337     {
1338       ssm.resetAll();
1339     }
1340   }
1341
1342   @Override
1343   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1344   {
1345     reorderAssociatedWindows(false, false);
1346   }
1347
1348   @Override
1349   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1350   {
1351     reorderAssociatedWindows(true, false);
1352   }
1353
1354   void closeAssociatedWindows()
1355   {
1356     reorderAssociatedWindows(false, true);
1357   }
1358
1359   /*
1360    * (non-Javadoc)
1361    *
1362    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1363    * ActionEvent)
1364    */
1365   @Override
1366   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1367   {
1368     // We simply collect the garbage
1369     jalview.bin.Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1370     System.gc();
1371     jalview.bin.Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1372   }
1373
1374   /*
1375    * (non-Javadoc)
1376    *
1377    * @see
1378    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1379    * )
1380    */
1381   @Override
1382   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1383   {
1384     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1385   }
1386
1387   /*
1388    * (non-Javadoc)
1389    *
1390    * @see
1391    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1392    * )
1393    */
1394   @Override
1395   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1396   {
1397     showConsole(showConsole.isSelected());
1398   }
1399
1400   Console jconsole = null;
1401
1402   /**
1403    * control whether the java console is visible or not
1404    *
1405    * @param selected
1406    */
1407   void showConsole(boolean selected)
1408   {
1409     showConsole.setSelected(selected);
1410     // TODO: decide if we should update properties file
1411     Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE", Boolean.valueOf(selected)
1412             .toString());
1413     jconsole.setVisible(selected);
1414   }
1415
1416   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1417   {
1418     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1419     if (frames == null || frames.length < 1)
1420     {
1421       return;
1422     }
1423
1424     AlignmentViewport source = null, target = null;
1425     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1426     {
1427       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1428     }
1429     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1430     {
1431       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1432     }
1433     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1434     {
1435       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1436     }
1437     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1438     {
1439       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1440     }
1441
1442     if (source != null)
1443     {
1444       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1445       {
1446         target = null;
1447         if (frames[i] == null)
1448         {
1449           continue;
1450         }
1451         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1452         {
1453           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1454         }
1455         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1456         {
1457           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1458         }
1459         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1460         {
1461           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1462         }
1463         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1464         {
1465           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1466         }
1467
1468         if (source == target)
1469         {
1470           try
1471           {
1472             if (close)
1473             {
1474               frames[i].setClosed(true);
1475             }
1476             else
1477             {
1478               frames[i].setIcon(minimize);
1479               if (!minimize)
1480               {
1481                 frames[i].toFront();
1482               }
1483             }
1484
1485           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1486           {
1487           }
1488         }
1489       }
1490     }
1491   }
1492
1493   /**
1494    * DOCUMENT ME!
1495    *
1496    * @param e
1497    *          DOCUMENT ME!
1498    */
1499   @Override
1500   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1501   {
1502     new Preferences();
1503   }
1504
1505   /**
1506    * DOCUMENT ME!
1507    *
1508    * @param e
1509    *          DOCUMENT ME!
1510    */
1511   @Override
1512   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
1513   {
1514     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1515             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
1516             new String[] { "jvp" }, new String[] { "Jalview Project" },
1517             "Jalview Project");
1518
1519     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1520     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1521
1522     int value = chooser.showSaveDialog(this);
1523
1524     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1525     {
1526       final Desktop me = this;
1527       final java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
1528       setProjectFile(choice);
1529
1530       new Thread(new Runnable()
1531       {
1532         @Override
1533         public void run()
1534         {
1535           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
1536           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1537                   "label.saving_jalview_project",
1538                   new Object[] { choice.getName() }), choice.hashCode());
1539           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1540                   choice.getParent());
1541           // TODO catch and handle errors for savestate
1542           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1543           try
1544           {
1545             new Jalview2XML().saveState(choice);
1546           } catch (OutOfMemoryError oom)
1547           {
1548             new OOMWarning("Whilst saving current state to "
1549                     + choice.getName(), oom);
1550           } catch (Exception ex)
1551           {
1552             Cache.log.error(
1553                     "Problems whilst trying to save to " + choice.getName(),
1554                     ex);
1555             JOptionPane.showMessageDialog(me, MessageManager.formatMessage(
1556                     "label.error_whilst_saving_current_state_to",
1557                     new Object[] { choice.getName() }), MessageManager
1558                     .getString("label.couldnt_save_project"),
1559                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1560           }
1561           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1562         }
1563       }).start();
1564     }
1565   }
1566
1567   private void setProjectFile(File choice)
1568   {
1569     this.projectFile = choice;
1570   }
1571
1572   public File getProjectFile()
1573   {
1574     return this.projectFile;
1575   }
1576
1577   /**
1578    * DOCUMENT ME!
1579    *
1580    * @param e
1581    *          DOCUMENT ME!
1582    */
1583   @Override
1584   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
1585   {
1586     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1587             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[] {
1588                 "jvp", "jar" }, new String[] { "Jalview Project",
1589                 "Jalview Project (old)" }, "Jalview Project");
1590     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1591     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1592
1593     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1594
1595     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1596     {
1597       final File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1598       setProjectFile(selectedFile);
1599       final String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
1600       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1601               selectedFile.getParent());
1602       new Thread(new Runnable()
1603       {
1604         @Override
1605         public void run()
1606         {
1607           setProgressBar(
1608                   MessageManager.formatMessage(
1609                           "label.loading_jalview_project",
1610                           new Object[] { choice }), choice.hashCode());
1611           try
1612           {
1613             new Jalview2XML().loadJalviewAlign(choice);
1614           } catch (OutOfMemoryError oom)
1615           {
1616             new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1617           } catch (Exception ex)
1618           {
1619             Cache.log.error("Problems whilst loading project from "
1620                     + choice, ex);
1621             JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
1622                     .formatMessage(
1623                             "label.error_whilst_loading_project_from",
1624                             new Object[] { choice }), MessageManager
1625                     .getString("label.couldnt_load_project"),
1626                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1627           }
1628           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1629         }
1630       }).start();
1631     }
1632   }
1633
1634   @Override
1635   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1636   {
1637     new SequenceFetcher(this);
1638   }
1639
1640   JPanel progressPanel;
1641
1642   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<JPanel>();
1643
1644   public void startLoading(final String fileName)
1645   {
1646     if (fileLoadingCount == 0)
1647     {
1648       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager.formatMessage(
1649               "label.loading_file", new Object[] { fileName })));
1650     }
1651     fileLoadingCount++;
1652   }
1653
1654   private JPanel addProgressPanel(String string)
1655   {
1656     if (progressPanel == null)
1657     {
1658       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1659       totalProgressCount = 0;
1660       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1661     }
1662     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1663     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1664     progressBar.setIndeterminate(true);
1665
1666     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1667
1668     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1669     progressPanel.add(thisprogress);
1670     ((GridLayout) progressPanel.getLayout())
1671             .setRows(((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1672     ++totalProgressCount;
1673     instance.validate();
1674     return thisprogress;
1675   }
1676
1677   int totalProgressCount = 0;
1678
1679   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1680   {
1681     if (progressPanel != null)
1682     {
1683       synchronized (progressPanel)
1684       {
1685         progressPanel.remove(progbar);
1686         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1687         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1688         if (--totalProgressCount < 1)
1689         {
1690           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1691           progressPanel = null;
1692         }
1693       }
1694     }
1695     validate();
1696   }
1697
1698   public void stopLoading()
1699   {
1700     fileLoadingCount--;
1701     if (fileLoadingCount < 1)
1702     {
1703       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1704       {
1705         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1706       }
1707       fileLoadingPanels.clear();
1708       fileLoadingCount = 0;
1709     }
1710     validate();
1711   }
1712
1713   public static int getViewCount(String alignmentId)
1714   {
1715     AlignmentViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1716     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1717   }
1718
1719   /**
1720    *
1721    * @param alignmentId
1722    *          - if null, all sets are returned
1723    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1724    */
1725   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1726   {
1727     if (Desktop.desktop == null)
1728     {
1729       // no frames created and in headless mode
1730       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1731       return null;
1732     }
1733     List<AlignmentPanel> aps = new ArrayList<AlignmentPanel>();
1734     AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
1735     if (frames == null)
1736     {
1737       return null;
1738     }
1739     for (AlignFrame af : frames)
1740     {
1741       for (AlignmentPanel ap : af.alignPanels)
1742       {
1743         if (alignmentId == null
1744                 || alignmentId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1745         {
1746           aps.add(ap);
1747         }
1748       }
1749     }
1750     if (aps.size() == 0)
1751     {
1752       return null;
1753     }
1754     AlignmentPanel[] vap = aps.toArray(new AlignmentPanel[aps.size()]);
1755     return vap;
1756   }
1757
1758   /**
1759    * get all the viewports on an alignment.
1760    *
1761    * @param sequenceSetId
1762    *          unique alignment id (may be null - all viewports returned in that
1763    *          case)
1764    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1765    */
1766   public static AlignmentViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1767   {
1768     List<AlignmentViewport> viewp = new ArrayList<AlignmentViewport>();
1769     if (desktop != null)
1770     {
1771       AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1772
1773       for (AlignFrame afr : frames)
1774       {
1775         if (sequenceSetId == null
1776                 || afr.getViewport().getSequenceSetId()
1777                         .equals(sequenceSetId))
1778         {
1779           if (afr.alignPanels != null)
1780           {
1781             for (AlignmentPanel ap : afr.alignPanels)
1782             {
1783               if (sequenceSetId == null
1784                       || sequenceSetId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1785               {
1786                 viewp.add(ap.av);
1787               }
1788             }
1789           }
1790           else
1791           {
1792             viewp.add(afr.getViewport());
1793           }
1794         }
1795       }
1796       if (viewp.size() > 0)
1797       {
1798         return viewp.toArray(new AlignmentViewport[viewp.size()]);
1799       }
1800     }
1801     return null;
1802   }
1803
1804   /**
1805    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame
1806    *
1807    * @param af
1808    */
1809   public static void explodeViews(AlignFrame af)
1810   {
1811     int size = af.alignPanels.size();
1812     if (size < 2)
1813     {
1814       return;
1815     }
1816
1817     for (int i = 0; i < size; i++)
1818     {
1819       AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(i);
1820       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
1821
1822       /*
1823        * Restore the view's last exploded frame geometry if known. Multiple
1824        * views from one exploded frame share and restore the same (frame)
1825        * position and size.
1826        */
1827       Rectangle geometry = ap.av.getExplodedGeometry();
1828       if (geometry != null)
1829       {
1830         newaf.setBounds(geometry);
1831       }
1832
1833       ap.av.setGatherViewsHere(false);
1834
1835       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
1836               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
1837     }
1838
1839     af.alignPanels.clear();
1840     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1841
1842   }
1843
1844   /**
1845    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
1846    * identifier back in to this frame as additional views, and close the
1847    * expanded views. Note the expanded frames may themselves have multiple
1848    * views. We take the lot.
1849    *
1850    * @param source
1851    */
1852   public void gatherViews(AlignFrame source)
1853   {
1854     source.viewport.setGatherViewsHere(true);
1855     source.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
1856     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1857     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
1858
1859     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1860     {
1861       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
1862       {
1863         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
1864         boolean gatherThis = false;
1865         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
1866         {
1867           AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(a);
1868           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1869           {
1870             gatherThis = true;
1871             ap.av.setGatherViewsHere(false);
1872             ap.av.setExplodedGeometry(af.getBounds());
1873             source.addAlignmentPanel(ap, false);
1874           }
1875         }
1876
1877         if (gatherThis)
1878         {
1879           af.alignPanels.clear();
1880           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1881         }
1882       }
1883     }
1884
1885   }
1886
1887   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
1888
1889   @Override
1890   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
1891   {
1892     if (v_client == null)
1893     {
1894       // Load and try to start a session.
1895       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1896               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1897
1898       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1899       chooser.setDialogTitle(MessageManager
1900               .getString("label.open_saved_vamsas_session"));
1901       chooser.setToolTipText(MessageManager
1902               .getString("label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session"));
1903
1904       int value = chooser.showOpenDialog(this);
1905
1906       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1907       {
1908         String fle = chooser.getSelectedFile().toString();
1909         if (!vamsasImport(chooser.getSelectedFile()))
1910         {
1911           JOptionPane
1912                   .showInternalMessageDialog(
1913                           Desktop.desktop,
1914                           MessageManager.formatMessage(
1915                                   "label.couldnt_import_as_vamsas_session",
1916                                   new Object[] { fle }),
1917                           MessageManager
1918                                   .getString("label.vamsas_document_import_failed"),
1919                           JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1920         }
1921       }
1922     }
1923     else
1924     {
1925       jalview.bin.Cache.log
1926               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1927     }
1928   }
1929
1930   /**
1931    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1932    *
1933    * @param file
1934    * @return true if import was a success and a session was started.
1935    */
1936   public boolean vamsasImport(URL url)
1937   {
1938     // TODO: create progress bar
1939     if (v_client != null)
1940     {
1941
1942       jalview.bin.Cache.log
1943               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1944       return false;
1945     }
1946
1947     try
1948     {
1949       // copy the URL content to a temporary local file
1950       // TODO: be a bit cleverer here with nio (?!)
1951       File file = File.createTempFile("vdocfromurl", ".vdj");
1952       FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file);
1953       BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(url.openStream());
1954       byte[] buffer = new byte[2048];
1955       int ln;
1956       while ((ln = bis.read(buffer)) > -1)
1957       {
1958         fos.write(buffer, 0, ln);
1959       }
1960       bis.close();
1961       fos.close();
1962       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file,
1963               url.toExternalForm());
1964     } catch (Exception ex)
1965     {
1966       jalview.bin.Cache.log.error(
1967               "Failed to create new vamsas session from contents of URL "
1968                       + url, ex);
1969       return false;
1970     }
1971     setupVamsasConnectedGui();
1972     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
1973     return v_client.inSession();
1974   }
1975
1976   /**
1977    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1978    *
1979    * @param file
1980    * @return true if import was a success and a session was started.
1981    */
1982   public boolean vamsasImport(File file)
1983   {
1984     if (v_client != null)
1985     {
1986
1987       jalview.bin.Cache.log
1988               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1989       return false;
1990     }
1991
1992     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1993             "status.importing_vamsas_session_from",
1994             new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
1995     try
1996     {
1997       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file, null);
1998     } catch (Exception ex)
1999     {
2000       setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2001               "status.importing_vamsas_session_from",
2002               new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
2003       jalview.bin.Cache.log.error(
2004               "New vamsas session from existing session file failed:", ex);
2005       return false;
2006     }
2007     setupVamsasConnectedGui();
2008     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2009     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2010             "status.importing_vamsas_session_from",
2011             new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
2012     return v_client.inSession();
2013   }
2014
2015   public boolean joinVamsasSession(String mysesid)
2016   {
2017     if (v_client != null)
2018     {
2019       throw new Error(
2020               MessageManager
2021                       .getString("error.try_join_vamsas_session_another"));
2022     }
2023     if (mysesid == null)
2024     {
2025       throw new Error(
2026               MessageManager.getString("error.invalid_vamsas_session_id"));
2027     }
2028     v_client = new VamsasApplication(this, mysesid);
2029     setupVamsasConnectedGui();
2030     v_client.initial_update();
2031     return (v_client.inSession());
2032   }
2033
2034   @Override
2035   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
2036   {
2037     if (v_client == null)
2038     {
2039       // Start a session.
2040       // we just start a default session for moment.
2041       /*
2042        * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
2043        * getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2044        *
2045        * chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2046        * chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
2047        * chooser.setToolTipText("Import");
2048        *
2049        * int value = chooser.showOpenDialog(this);
2050        *
2051        * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { v_client = new
2052        * jalview.gui.VamsasApplication(this, chooser.getSelectedFile());
2053        */
2054       v_client = new VamsasApplication(this);
2055       setupVamsasConnectedGui();
2056       v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2057     }
2058     else
2059     {
2060       // store current data in session.
2061       v_client.push_update(); // TODO: thread
2062     }
2063   }
2064
2065   protected void setupVamsasConnectedGui()
2066   {
2067     vamsasStart.setText(MessageManager.getString("label.session_update"));
2068     vamsasSave.setVisible(true);
2069     vamsasStop.setVisible(true);
2070     vamsasImport.setVisible(false); // Document import to existing session is
2071     // not possible for vamsas-client-1.0.
2072   }
2073
2074   protected void setupVamsasDisconnectedGui()
2075   {
2076     vamsasSave.setVisible(false);
2077     vamsasStop.setVisible(false);
2078     vamsasImport.setVisible(true);
2079     vamsasStart.setText(MessageManager
2080             .getString("label.new_vamsas_session"));
2081   }
2082
2083   @Override
2084   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
2085   {
2086     if (v_client != null)
2087     {
2088       v_client.end_session();
2089       v_client = null;
2090       setupVamsasDisconnectedGui();
2091     }
2092   }
2093
2094   protected void buildVamsasStMenu()
2095   {
2096     if (v_client == null)
2097     {
2098       String[] sess = null;
2099       try
2100       {
2101         sess = VamsasApplication.getSessionList();
2102       } catch (Exception e)
2103       {
2104         jalview.bin.Cache.log.warn(
2105                 "Problem getting current sessions list.", e);
2106         sess = null;
2107       }
2108       if (sess != null)
2109       {
2110         jalview.bin.Cache.log.debug("Got current sessions list: "
2111                 + sess.length + " entries.");
2112         VamsasStMenu.removeAll();
2113         for (int i = 0; i < sess.length; i++)
2114         {
2115           JMenuItem sessit = new JMenuItem();
2116           sessit.setText(sess[i]);
2117           sessit.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
2118                   "label.connect_to_session", new Object[] { sess[i] }));
2119           final Desktop dsktp = this;
2120           final String mysesid = sess[i];
2121           sessit.addActionListener(new ActionListener()
2122           {
2123
2124             @Override
2125             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2126             {
2127               if (dsktp.v_client == null)
2128               {
2129                 Thread rthr = new Thread(new Runnable()
2130                 {
2131
2132                   @Override
2133                   public void run()
2134                   {
2135                     dsktp.v_client = new VamsasApplication(dsktp, mysesid);
2136                     dsktp.setupVamsasConnectedGui();
2137                     dsktp.v_client.initial_update();
2138                   }
2139
2140                 });
2141                 rthr.start();
2142               }
2143             };
2144           });
2145           VamsasStMenu.add(sessit);
2146         }
2147         // don't show an empty menu.
2148         VamsasStMenu.setVisible(sess.length > 0);
2149
2150       }
2151       else
2152       {
2153         jalview.bin.Cache.log.debug("No current vamsas sessions.");
2154         VamsasStMenu.removeAll();
2155         VamsasStMenu.setVisible(false);
2156       }
2157     }
2158     else
2159     {
2160       // Not interested in the content. Just hide ourselves.
2161       VamsasStMenu.setVisible(false);
2162     }
2163   }
2164
2165   @Override
2166   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
2167   {
2168     if (v_client != null)
2169     {
2170       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
2171               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
2172               { "vdj" }, // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
2173               new String[] { "Vamsas Document" }, "Vamsas Document");
2174
2175       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2176       chooser.setDialogTitle(MessageManager
2177               .getString("label.save_vamsas_document_archive"));
2178
2179       int value = chooser.showSaveDialog(this);
2180
2181       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2182       {
2183         java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
2184         JPanel progpanel = addProgressPanel(MessageManager.formatMessage(
2185                 "label.saving_vamsas_doc",
2186                 new Object[] { choice.getName() }));
2187         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
2188         String warnmsg = null;
2189         String warnttl = null;
2190         try
2191         {
2192           v_client.vclient.storeDocument(choice);
2193         } catch (Error ex)
2194         {
2195           warnttl = "Serious Problem saving Vamsas Document";
2196           warnmsg = ex.toString();
2197           jalview.bin.Cache.log.error("Error Whilst saving document to "
2198                   + choice, ex);
2199
2200         } catch (Exception ex)
2201         {
2202           warnttl = "Problem saving Vamsas Document.";
2203           warnmsg = ex.toString();
2204           jalview.bin.Cache.log.warn("Exception Whilst saving document to "
2205                   + choice, ex);
2206
2207         }
2208         removeProgressPanel(progpanel);
2209         if (warnmsg != null)
2210         {
2211           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2212
2213           warnmsg, warnttl, JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2214         }
2215       }
2216     }
2217   }
2218
2219   JPanel vamUpdate = null;
2220
2221   /**
2222    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
2223    *
2224    * @param b
2225    *          true to hide gui, false to reveal gui
2226    */
2227   public void setVamsasUpdate(boolean b)
2228   {
2229     jalview.bin.Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "
2230             + (b ? "in progress" : "finished"));
2231
2232     if (vamUpdate != null)
2233     {
2234       this.removeProgressPanel(vamUpdate);
2235     }
2236     if (b)
2237     {
2238       vamUpdate = this.addProgressPanel(MessageManager
2239               .getString("label.updating_vamsas_session"));
2240     }
2241     vamsasStart.setVisible(!b);
2242     vamsasStop.setVisible(!b);
2243     vamsasSave.setVisible(!b);
2244   }
2245
2246   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2247   {
2248     return desktop.getAllFrames();
2249   }
2250
2251   /**
2252    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2253    * should be informed of a new questionnaire.
2254    *
2255    * @param url
2256    */
2257   public void checkForQuestionnaire(String url)
2258   {
2259     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2260     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2261     new Thread(jvq).start();
2262   }
2263
2264   /**
2265    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2266    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs
2267    * low.
2268    *
2269    * @author AMW
2270    */
2271   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
2272   {
2273
2274     private static final float ONE_MB = 1048576f;
2275
2276     boolean showMemoryUsage = false;
2277
2278     Runtime runtime;
2279
2280     java.text.NumberFormat df;
2281
2282     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2283             percentUsage;
2284
2285     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2286     {
2287       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2288     }
2289
2290     public void showMemoryUsage(boolean showMemory)
2291     {
2292       this.showMemoryUsage = showMemory;
2293       if (showMemory)
2294       {
2295         Thread worker = new Thread(this);
2296         worker.start();
2297       }
2298     }
2299
2300     public boolean isShowMemoryUsage()
2301     {
2302       return showMemoryUsage;
2303     }
2304
2305     @Override
2306     public void run()
2307     {
2308       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2309       df.setMaximumFractionDigits(2);
2310       runtime = Runtime.getRuntime();
2311
2312       while (showMemoryUsage)
2313       {
2314         try
2315         {
2316           maxMemory = runtime.maxMemory() / ONE_MB;
2317           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / ONE_MB;
2318           freeMemory = runtime.freeMemory() / ONE_MB;
2319           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2320
2321           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2322
2323           // if (percentUsage < 20)
2324           {
2325             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2326             // Color.red);
2327             // instance.set.setBorder(border1);
2328           }
2329           repaint();
2330           // sleep after showing usage
2331           Thread.sleep(3000);
2332         } catch (Exception ex)
2333         {
2334           ex.printStackTrace();
2335         }
2336       }
2337     }
2338
2339     @Override
2340     public void paintComponent(Graphics g)
2341     {
2342       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2343       {
2344         if (percentUsage < 20)
2345         {
2346           g.setColor(Color.red);
2347         }
2348         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2349         if (fm != null)
2350         {
2351           g.drawString(MessageManager.formatMessage(
2352                   "label.memory_stats",
2353                   new Object[] { df.format(totalFreeMemory),
2354                       df.format(maxMemory), df.format(percentUsage) }), 10,
2355                   getHeight() - fm.getHeight());
2356         }
2357       }
2358     }
2359   }
2360
2361   /**
2362    * fixes stacking order after a modal dialog to ensure windows that should be
2363    * on top actually are
2364    */
2365   public void relayerWindows()
2366   {
2367
2368   }
2369
2370   protected JMenuItem groovyShell;
2371
2372   /**
2373    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2374    *
2375    * @return an array of AlignFrame, or null if none found
2376    */
2377   public static AlignFrame[] getAlignFrames()
2378   {
2379     if (Jalview.isHeadlessMode())
2380     {
2381       // Desktop.desktop is null in headless mode
2382       return new AlignFrame[] { Jalview.currentAlignFrame };
2383     }
2384
2385     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2386
2387     if (frames == null)
2388     {
2389       return null;
2390     }
2391     List<AlignFrame> avp = new ArrayList<AlignFrame>();
2392     // REVERSE ORDER
2393     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2394     {
2395       if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2396       {
2397         avp.add((AlignFrame) frames[i]);
2398       }
2399       else if (frames[i] instanceof SplitFrame)
2400       {
2401         /*
2402          * Also check for a split frame containing an AlignFrame
2403          */
2404         GSplitFrame sf = (GSplitFrame) frames[i];
2405         if (sf.getTopFrame() instanceof AlignFrame)
2406         {
2407           avp.add((AlignFrame) sf.getTopFrame());
2408         }
2409         if (sf.getBottomFrame() instanceof AlignFrame)
2410         {
2411           avp.add((AlignFrame) sf.getBottomFrame());
2412         }
2413       }
2414     }
2415     if (avp.size() == 0)
2416     {
2417       return null;
2418     }
2419     AlignFrame afs[] = avp.toArray(new AlignFrame[avp.size()]);
2420     return afs;
2421   }
2422
2423   /**
2424    * Returns an array of any AppJmol frames in the Desktop (or null if none).
2425    *
2426    * @return
2427    */
2428   public GStructureViewer[] getJmols()
2429   {
2430     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2431
2432     if (frames == null)
2433     {
2434       return null;
2435     }
2436     List<GStructureViewer> avp = new ArrayList<GStructureViewer>();
2437     // REVERSE ORDER
2438     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2439     {
2440       if (frames[i] instanceof AppJmol)
2441       {
2442         GStructureViewer af = (GStructureViewer) frames[i];
2443         avp.add(af);
2444       }
2445     }
2446     if (avp.size() == 0)
2447     {
2448       return null;
2449     }
2450     GStructureViewer afs[] = avp.toArray(new GStructureViewer[avp.size()]);
2451     return afs;
2452   }
2453
2454   /**
2455    * Add Groovy Support to Jalview
2456    */
2457   public void groovyShell_actionPerformed()
2458   {
2459     try
2460     {
2461       openGroovyConsole();
2462     } catch (Exception ex)
2463     {
2464       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2465       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2466
2467       MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2468               MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2469               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2470     }
2471   }
2472
2473   /**
2474    * Open the Groovy console
2475    */
2476   void openGroovyConsole()
2477   {
2478     if (groovyConsole == null)
2479     {
2480       groovyConsole = new groovy.ui.Console();
2481       groovyConsole.setVariable("Jalview", this);
2482       groovyConsole.run();
2483
2484       /*
2485        * We allow only one console at a time, so that AlignFrame menu option
2486        * 'Calculate | Run Groovy script' is unambiguous.
2487        * Disable 'Groovy Console', and enable 'Run script', when the console is
2488        * opened, and the reverse when it is closed
2489        */
2490       Window window = (Window) groovyConsole.getFrame();
2491       window.addWindowListener(new WindowAdapter()
2492       {
2493         @Override
2494         public void windowClosed(WindowEvent e)
2495         {
2496           /*
2497            * rebind CMD-Q from Groovy Console to Jalview Quit
2498            */
2499           addQuitHandler();
2500           enableExecuteGroovy(false);
2501         }
2502       });
2503     }
2504
2505     /*
2506      * show Groovy console window (after close and reopen)
2507      */
2508     ((Window) groovyConsole.getFrame()).setVisible(true);
2509
2510     /*
2511      * if we got this far, enable 'Run Groovy' in AlignFrame menus
2512      * and disable opening a second console
2513      */
2514     enableExecuteGroovy(true);
2515   }
2516
2517   /**
2518    * Bind Ctrl/Cmd-Q to Quit - for reset as Groovy Console takes over this
2519    * binding when opened
2520    */
2521   protected void addQuitHandler()
2522   {
2523     getRootPane().getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW).put(
2524             KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_Q, Toolkit
2525                     .getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask()),
2526             "Quit");
2527     getRootPane().getActionMap().put("Quit", new AbstractAction()
2528     {
2529       @Override
2530       public void actionPerformed(ActionEvent e)
2531       {
2532         quit();
2533       }
2534     });
2535   }
2536
2537   /**
2538    * Enable or disable 'Run Groovy script' in AlignFrame calculate menus
2539    *
2540    * @param enabled
2541    *          true if Groovy console is open
2542    */
2543   public void enableExecuteGroovy(boolean enabled)
2544   {
2545     /*
2546      * disable opening a second Groovy console
2547      * (or re-enable when the console is closed)
2548      */
2549     groovyShell.setEnabled(!enabled);
2550
2551     AlignFrame[] alignFrames = getAlignFrames();
2552     if (alignFrames != null)
2553     {
2554       for (AlignFrame af : alignFrames)
2555       {
2556         af.setGroovyEnabled(enabled);
2557       }
2558     }
2559   }
2560
2561   /**
2562    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2563    */
2564   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2565
2566   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2567
2568   /*
2569    * (non-Javadoc)
2570    *
2571    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2572    */
2573   @Override
2574   public void setProgressBar(String message, long id)
2575   {
2576     if (progressBars == null)
2577     {
2578       progressBars = new Hashtable<Long, JPanel>();
2579       progressBarHandlers = new Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler>();
2580     }
2581
2582     if (progressBars.get(new Long(id)) != null)
2583     {
2584       JPanel panel = progressBars.remove(new Long(id));
2585       if (progressBarHandlers.contains(new Long(id)))
2586       {
2587         progressBarHandlers.remove(new Long(id));
2588       }
2589       removeProgressPanel(panel);
2590     }
2591     else
2592     {
2593       progressBars.put(new Long(id), addProgressPanel(message));
2594     }
2595   }
2596
2597   /*
2598    * (non-Javadoc)
2599    *
2600    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2601    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2602    */
2603   @Override
2604   public void registerHandler(final long id,
2605           final IProgressIndicatorHandler handler)
2606   {
2607     if (progressBarHandlers == null
2608             || !progressBars.containsKey(new Long(id)))
2609     {
2610       throw new Error(
2611               MessageManager
2612                       .getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2613     }
2614     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
2615     final JPanel progressPanel = progressBars.get(new Long(id));
2616     if (handler.canCancel())
2617     {
2618       JButton cancel = new JButton(
2619               MessageManager.getString("action.cancel"));
2620       final IProgressIndicator us = this;
2621       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2622       {
2623
2624         @Override
2625         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2626         {
2627           handler.cancelActivity(id);
2628           us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2629                   "label.cancelled_params",
2630                   new Object[] { ((JLabel) progressPanel.getComponent(0))
2631                           .getText() }), id);
2632         }
2633       });
2634       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2635     }
2636   }
2637
2638   /**
2639    *
2640    * @return true if any progress bars are still active
2641    */
2642   @Override
2643   public boolean operationInProgress()
2644   {
2645     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2646     {
2647       return true;
2648     }
2649     return false;
2650   }
2651
2652   /**
2653    * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance.
2654    * It will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular
2655    * av.
2656    *
2657    * @param viewport
2658    * @return alignFrame for viewport
2659    */
2660   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewportI viewport)
2661   {
2662     if (desktop != null)
2663     {
2664       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(viewport.getSequenceSetId());
2665       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2666       {
2667         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == viewport)
2668         {
2669           return aps[panel].alignFrame;
2670         }
2671       }
2672     }
2673     return null;
2674   }
2675
2676   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2677   {
2678     return v_client;
2679
2680   }
2681
2682   /**
2683    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
2684    */
2685   private boolean inBatchMode = false;
2686
2687   /**
2688    * check if jalview GUI is being operated programmatically
2689    *
2690    * @return inBatchMode
2691    */
2692   public boolean isInBatchMode()
2693   {
2694     return inBatchMode;
2695   }
2696
2697   /**
2698    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
2699    *
2700    * @param inBatchMode
2701    */
2702   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
2703   {
2704     this.inBatchMode = inBatchMode;
2705   }
2706
2707   public void startServiceDiscovery()
2708   {
2709     startServiceDiscovery(false);
2710   }
2711
2712   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
2713   {
2714     boolean alive = true;
2715     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
2716     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
2717     if (true)
2718     {
2719       // todo: changesupport handlers need to be transferred
2720       if (discoverer == null)
2721       {
2722         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
2723         // register PCS handler for desktop.
2724         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
2725       }
2726       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
2727       // until we phase out completely
2728       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
2729     }
2730
2731     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
2732     {
2733       if (jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().isRunning())
2734       {
2735         jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().setAborted(true);
2736       }
2737       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().startDiscoverer(
2738               changeSupport);
2739
2740     }
2741     Thread t3 = null;
2742     {
2743       // TODO: do rest service discovery
2744     }
2745     if (blocking)
2746     {
2747       while (alive)
2748       {
2749         try
2750         {
2751           Thread.sleep(15);
2752         } catch (Exception e)
2753         {
2754         }
2755         alive = (t1 != null && t1.isAlive())
2756                 || (t2 != null && t2.isAlive())
2757                 || (t3 != null && t3.isAlive())
2758                 || (t0 != null && t0.isAlive());
2759       }
2760     }
2761   }
2762
2763   /**
2764    * called to check if the service discovery process completed successfully.
2765    *
2766    * @param evt
2767    */
2768   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
2769   {
2770     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
2771     {
2772       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2773               .getErrorMessages();
2774       if (ermsg != null)
2775       {
2776         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
2777         {
2778           if (serviceChangedDialog == null)
2779           {
2780             // only run if we aren't already displaying one of these.
2781             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
2782             {
2783               @Override
2784               public void run()
2785               {
2786
2787                 /*
2788                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
2789                  *
2790                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
2791                  * Auto-generated method stub
2792                  *
2793                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
2794                  * Auto-generated method stub
2795                  *
2796                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
2797                  * Auto-generated method stub
2798                  *
2799                  * } }; jd.initDialogFrame(new
2800                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
2801                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
2802                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
2803                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
2804                  * +
2805                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
2806                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
2807                  * 400);
2808                  *
2809                  * jd.waitForInput();
2810                  */
2811                 JOptionPane
2812                         .showConfirmDialog(
2813                                 Desktop.desktop,
2814                                 new JLabel(
2815                                         "<html><table width=\"450\"><tr><td>"
2816                                                 + ermsg
2817                                                 + "</td></tr></table>"
2818                                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
2819                                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
2820                                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
2821                                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
2822                                 "Web Service Configuration Problem",
2823                                 JOptionPane.DEFAULT_OPTION,
2824                                 JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2825                 serviceChangedDialog = null;
2826
2827               }
2828             });
2829           }
2830         }
2831         else
2832         {
2833           Cache.log
2834                   .error("Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
2835                           + ermsg);
2836         }
2837       }
2838     }
2839   }
2840
2841   private Runnable serviceChangedDialog = null;
2842
2843   /**
2844    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
2845    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
2846    * to open the URL.
2847    *
2848    * @param url
2849    */
2850   public static void showUrl(final String url)
2851   {
2852     showUrl(url, Desktop.instance);
2853   }
2854
2855   /**
2856    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
2857    *
2858    * @param url
2859    * @param progress
2860    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
2861    */
2862   public static void showUrl(final String url,
2863           final IProgressIndicator progress)
2864   {
2865     new Thread(new Runnable()
2866     {
2867       @Override
2868       public void run()
2869       {
2870         try
2871         {
2872           if (progress != null)
2873           {
2874             progress.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2875                     "status.opening_params", new Object[] { url }), this
2876                     .hashCode());
2877           }
2878           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
2879         } catch (Exception ex)
2880         {
2881           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2882                   MessageManager
2883                           .getString("label.web_browser_not_found_unix"),
2884                   MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
2885                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2886
2887           ex.printStackTrace();
2888         }
2889         if (progress != null)
2890         {
2891           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
2892         }
2893       }
2894     }).start();
2895   }
2896
2897   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
2898
2899   public static ParamManager getUserParameterStore()
2900   {
2901     if (wsparamManager == null)
2902     {
2903       wsparamManager = new WsParamSetManager();
2904     }
2905     return wsparamManager;
2906   }
2907
2908   /**
2909    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
2910    *
2911    * @param e
2912    */
2913   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
2914   {
2915     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
2916     {
2917       String url = null;
2918       try
2919       {
2920         url = e.getURL().toString();
2921         Desktop.showUrl(url);
2922       } catch (Exception x)
2923       {
2924         if (url != null)
2925         {
2926           if (Cache.log != null)
2927           {
2928             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
2929           }
2930           else
2931           {
2932             System.err.println("Couldn't handle string " + url
2933                     + " as a URL.");
2934           }
2935         }
2936         // ignore any exceptions due to dud links.
2937       }
2938
2939     }
2940   }
2941
2942   /**
2943    * single thread that handles display of dialogs to user.
2944    */
2945   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
2946
2947   /**
2948    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
2949    */
2950   private volatile boolean dialogPause = true;
2951
2952   /**
2953    * pause the queue
2954    */
2955   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
2956
2957   private static groovy.ui.Console groovyConsole;
2958
2959   /**
2960    * add another dialog thread to the queue
2961    *
2962    * @param prompter
2963    */
2964   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
2965   {
2966     dialogExecutor.submit(new Runnable()
2967     {
2968       @Override
2969       public void run()
2970       {
2971         if (dialogPause)
2972         {
2973           try
2974           {
2975             block.acquire();
2976           } catch (InterruptedException x)
2977           {
2978           }
2979           ;
2980         }
2981         if (instance == null)
2982         {
2983           return;
2984         }
2985         try
2986         {
2987           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
2988         } catch (Exception q)
2989         {
2990           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
2991         }
2992       }
2993     });
2994   }
2995
2996   public void startDialogQueue()
2997   {
2998     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
2999     // the current task to begin
3000     dialogPause = false;
3001     block.release();
3002   }
3003
3004   @Override
3005   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
3006   {
3007     invalidate();
3008     File of;
3009     ImageMaker im = new jalview.util.ImageMaker(this, ImageMaker.TYPE.EPS,
3010             "View of Desktop", getWidth(), getHeight(), of = new File(
3011                     "Jalview_snapshot" + System.currentTimeMillis()
3012                             + ".eps"), "View of desktop", null, 0, false);
3013     try
3014     {
3015       paintAll(im.getGraphics());
3016       im.writeImage();
3017     } catch (Exception q)
3018     {
3019       Cache.log.error("Couldn't write snapshot to " + of.getAbsolutePath(),
3020               q);
3021       return;
3022     }
3023     Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
3024             + of.getAbsolutePath());
3025   }
3026
3027   /**
3028    * Explode the views in the given SplitFrame into separate SplitFrame windows.
3029    * This respects (remembers) any previous 'exploded geometry' i.e. the size
3030    * and location last time the view was expanded (if any). However it does not
3031    * remember the split pane divider location - this is set to match the
3032    * 'exploding' frame.
3033    *
3034    * @param sf
3035    */
3036   public void explodeViews(SplitFrame sf)
3037   {
3038     AlignFrame oldTopFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3039     AlignFrame oldBottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3040     List<? extends AlignmentViewPanel> topPanels = oldTopFrame
3041             .getAlignPanels();
3042     List<? extends AlignmentViewPanel> bottomPanels = oldBottomFrame
3043             .getAlignPanels();
3044     int viewCount = topPanels.size();
3045     if (viewCount < 2)
3046     {
3047       return;
3048     }
3049
3050     /*
3051      * Processing in reverse order works, forwards order leaves the first panels
3052      * not visible. I don't know why!
3053      */
3054     for (int i = viewCount - 1; i >= 0; i--)
3055     {
3056       /*
3057        * Make new top and bottom frames. These take over the respective
3058        * AlignmentPanel objects, including their AlignmentViewports, so the
3059        * cdna/protein relationships between the viewports is carried over to the
3060        * new split frames.
3061        *
3062        * explodedGeometry holds the (x, y) position of the previously exploded
3063        * SplitFrame, and the (width, height) of the AlignFrame component
3064        */
3065       AlignmentPanel topPanel = (AlignmentPanel) topPanels.get(i);
3066       AlignFrame newTopFrame = new AlignFrame(topPanel);
3067       newTopFrame.setSize(oldTopFrame.getSize());
3068       newTopFrame.setVisible(true);
3069       Rectangle geometry = ((AlignViewport) topPanel.getAlignViewport())
3070               .getExplodedGeometry();
3071       if (geometry != null)
3072       {
3073         newTopFrame.setSize(geometry.getSize());
3074       }
3075
3076       AlignmentPanel bottomPanel = (AlignmentPanel) bottomPanels.get(i);
3077       AlignFrame newBottomFrame = new AlignFrame(bottomPanel);
3078       newBottomFrame.setSize(oldBottomFrame.getSize());
3079       newBottomFrame.setVisible(true);
3080       geometry = ((AlignViewport) bottomPanel.getAlignViewport())
3081               .getExplodedGeometry();
3082       if (geometry != null)
3083       {
3084         newBottomFrame.setSize(geometry.getSize());
3085       }
3086
3087       topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3088       bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3089       JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(newTopFrame,
3090               newBottomFrame);
3091       if (geometry != null)
3092       {
3093         splitFrame.setLocation(geometry.getLocation());
3094       }
3095       Desktop.addInternalFrame(splitFrame, sf.getTitle(), -1, -1);
3096     }
3097
3098     /*
3099      * Clear references to the panels (now relocated in the new SplitFrames)
3100      * before closing the old SplitFrame.
3101      */
3102     topPanels.clear();
3103     bottomPanels.clear();
3104     sf.close();
3105   }
3106
3107   /**
3108    * Gather expanded split frames, sharing the same pairs of sequence set ids,
3109    * back into the given SplitFrame as additional views. Note that the gathered
3110    * frames may themselves have multiple views.
3111    *
3112    * @param source
3113    */
3114   public void gatherViews(GSplitFrame source)
3115   {
3116     /*
3117      * special handling of explodedGeometry for a view within a SplitFrame: - it
3118      * holds the (x, y) position of the enclosing SplitFrame, and the (width,
3119      * height) of the AlignFrame component
3120      */
3121     AlignFrame myTopFrame = (AlignFrame) source.getTopFrame();
3122     AlignFrame myBottomFrame = (AlignFrame) source.getBottomFrame();
3123     myTopFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3124             source.getY(), myTopFrame.getWidth(), myTopFrame.getHeight()));
3125     myBottomFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3126             source.getY(), myBottomFrame.getWidth(), myBottomFrame
3127                     .getHeight()));
3128     myTopFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3129     myBottomFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3130     String topViewId = myTopFrame.viewport.getSequenceSetId();
3131     String bottomViewId = myBottomFrame.viewport.getSequenceSetId();
3132
3133     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
3134     for (JInternalFrame frame : frames)
3135     {
3136       if (frame instanceof SplitFrame && frame != source)
3137       {
3138         SplitFrame sf = (SplitFrame) frame;
3139         AlignFrame topFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3140         AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3141         boolean gatherThis = false;
3142         for (int a = 0; a < topFrame.alignPanels.size(); a++)
3143         {
3144           AlignmentPanel topPanel = topFrame.alignPanels.get(a);
3145           AlignmentPanel bottomPanel = bottomFrame.alignPanels.get(a);
3146           if (topViewId.equals(topPanel.av.getSequenceSetId())
3147                   && bottomViewId.equals(bottomPanel.av.getSequenceSetId()))
3148           {
3149             gatherThis = true;
3150             topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3151             bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3152             topPanel.av.setExplodedGeometry(new Rectangle(sf.getLocation(),
3153                     topFrame.getSize()));
3154             bottomPanel.av.setExplodedGeometry(new Rectangle(sf
3155                     .getLocation(), bottomFrame.getSize()));
3156             myTopFrame.addAlignmentPanel(topPanel, false);
3157             myBottomFrame.addAlignmentPanel(bottomPanel, false);
3158           }
3159         }
3160
3161         if (gatherThis)
3162         {
3163           topFrame.getAlignPanels().clear();
3164           bottomFrame.getAlignPanels().clear();
3165           sf.close();
3166         }
3167       }
3168     }
3169
3170     /*
3171      * The dust settles...give focus to the tab we did this from.
3172      */
3173     myTopFrame.setDisplayedView(myTopFrame.alignPanel);
3174   }
3175
3176   public static groovy.ui.Console getGroovyConsole()
3177   {
3178     return groovyConsole;
3179   }
3180
3181   public static void transferFromDropTarget(List<String> files,
3182           List<String> protocols, DropTargetDropEvent evt, Transferable t)
3183           throws Exception
3184   {
3185
3186     DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
3187             "text/uri-list;class=java.lang.String");
3188     if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3189     {
3190       // Works on Windows and MacOSX
3191       Cache.log.debug("Drop handled as javaFileListFlavor");
3192       evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
3193       for (Object file : (List) t
3194               .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3195       {
3196         files.add(((File)file).toString());
3197         protocols.add(FormatAdapter.FILE);
3198       }
3199     }
3200     else
3201     {
3202       // Unix like behaviour
3203       boolean added = false;
3204       String data = null;
3205       if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
3206       {
3207         Cache.log.debug("Drop handled as uriListFlavor");
3208         // This is used by Unix drag system
3209         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
3210         data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
3211       }
3212       if (data == null)
3213       {
3214         // fallback to text: workaround - on OSX where there's a JVM bug
3215         Cache.log.debug("standard URIListFlavor failed. Trying text");
3216         // try text fallback
3217         data = (String) t.getTransferData(new DataFlavor(
3218                 "text/plain;class=java.lang.String"));
3219         if (Cache.log.isDebugEnabled())
3220         {
3221           Cache.log.debug("fallback returned " + data);
3222         }
3223       }
3224       while (protocols.size() < files.size())
3225       {
3226         Cache.log.debug("Adding missing FILE protocol for "
3227                 + files.get(protocols.size()));
3228         protocols.add(FormatAdapter.FILE);
3229       }
3230       for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
3231               data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
3232       {
3233         added = true;
3234         String s = st.nextToken();
3235         if (s.startsWith("#"))
3236         {
3237           // the line is a comment (as per the RFC 2483)
3238           continue;
3239         }
3240         java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
3241         if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
3242         {
3243           protocols.add(FormatAdapter.URL);
3244           files.add(uri.toString());
3245         }
3246         else
3247         {
3248           // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
3249           java.io.File file = new java.io.File(uri);
3250           protocols.add(FormatAdapter.FILE);
3251           files.add(file.toString());
3252         }
3253       }
3254       if (Cache.log.isDebugEnabled())
3255       {
3256         if (data == null || !added)
3257         {
3258           Cache.log
3259                   .debug("Couldn't resolve drop data. Here are the supported flavors:");
3260           for (DataFlavor fl : t.getTransferDataFlavors())
3261           {
3262             Cache.log.debug("Supported transfer dataflavor: "
3263                     + fl.toString());
3264             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
3265             Object df = t.getTransferData(fl);
3266             if (df != null)
3267             {
3268               Cache.log.debug("Retrieves: " + df);
3269             }
3270             else
3271             {
3272               Cache.log.debug("Retrieved nothing");
3273             }
3274           }
3275         }
3276       }
3277     }
3278   }
3279 }