src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.datatransfer.*;
  25 import java.awt.dnd.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import javax.swing.*;
  29
  30
  31 /**
  32  * DOCUMENT ME!
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
  38     implements DropTargetListener
  39 {
  40     /** DOCUMENT ME!! */
  41     public static JDesktopPane desktop;
  42     static int openFrameCount = 0;
  43     static final int xOffset = 30;
  44     static final int yOffset = 30;
  45     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  46     /**
  47      * Creates a new Desktop object.
  48      */
  49     public Desktop()
  50     {
  51         Image image = null;
  52
  53         try
  54         {
  55             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");
  56
  57             if (url != null)
  58             {
  59                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  60
  61                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
  62                 mt.addImage(image, 0);
  63                 mt.waitForID(0);
  64                 setIconImage(image);
  65             }
  66         }
  67         catch (Exception ex)
  68         {
  69         }
  70
  71         setTitle("Jalview 2005");
  72         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  73         desktop = new JDesktopPane();
  74         desktop.setBackground(Color.white);
  75         setContentPane(desktop);
  76         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  77
  78         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
  79         // if previous window was maximised
  80         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
  81
  82         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
  83         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
  84         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
  85         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
  86         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
  87
  88         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
  89         {
  90             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
  91                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
  92         }
  93         else
  94         {
  95             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,
  96                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
  97         }
  98
  99         this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 100             {
 101                 public void windowClosing(WindowEvent evt)
 102                 {
 103                     quit();
 104                 }
 105             });
 106
 107         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 108
 109         /////////Add a splashscreen on startup
 110         /////////Add a splashscreen on startup
 111         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
 112
 113         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);
 114         frame.setContentPane(splash);
 115         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 116         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),
 117             (int) ((getHeight() - 160) / 2));
 118
 119         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);
 120
 121         discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 122
 123     }
 124
 125     /**
 126      * DOCUMENT ME!
 127      *
 128      * @param frame DOCUMENT ME!
 129      * @param title DOCUMENT ME!
 130      * @param w DOCUMENT ME!
 131      * @param h DOCUMENT ME!
 132      */
 133     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 134         String title, int w, int h)
 135     {
 136         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 137     }
 138
 139     /**
 140      * DOCUMENT ME!
 141      *
 142      * @param frame DOCUMENT ME!
 143      * @param title DOCUMENT ME!
 144      * @param w DOCUMENT ME!
 145      * @param h DOCUMENT ME!
 146      * @param resizable DOCUMENT ME!
 147      */
 148     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 149         String title, int w, int h, boolean resizable)
 150     {
 151
 152       frame.setTitle(title);
 153       if(frame.getWidth()<1 || frame.getHeight()<1)
 154       {
 155         frame.setSize(w, h);
 156       }
 157       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 158       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 159       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 160       /////////////////////////////////////////////////
 161       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 162           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 163       {
 164         return;
 165       }
 166
 167
 168         openFrameCount++;
 169
 170         frame.setVisible(true);
 171         frame.setClosable(true);
 172         frame.setResizable(resizable);
 173         frame.setMaximizable(resizable);
 174         frame.setIconifiable(resizable);
 175         frame.setFrameIcon(null);
 176
 177         if (frame.getX()<1 && frame.getY()<1)
 178        {
 179          frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * ((openFrameCount-1)%10)+yOffset);
 180        }
 181
 182         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 183         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 184             {
 185                 public void internalFrameClosed(
 186                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 187                 {
 188                     openFrameCount--;
 189                     windowMenu.remove(menuItem);
 190                 }
 191                 ;
 192             });
 193
 194         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 195             {
 196                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 197                 {
 198                     try
 199                     {
 200                         frame.setSelected(true);
 201                         frame.setIcon(false);
 202                     }
 203                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 204                     {
 205
 206                     }
 207                 }
 208             });
 209
 210         windowMenu.add(menuItem);
 211
 212         desktop.add(frame);
 213         frame.toFront();
 214         try{
 215           frame.setSelected(true);
 216         }catch(java.beans.PropertyVetoException ve)
 217         {}
 218     }
 219
 220     /**
 221      * DOCUMENT ME!
 222      *
 223      * @param evt DOCUMENT ME!
 224      */
 225     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 226     {
 227     }
 228
 229     /**
 230      * DOCUMENT ME!
 231      *
 232      * @param evt DOCUMENT ME!
 233      */
 234     public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 235     {
 236     }
 237
 238     /**
 239      * DOCUMENT ME!
 240      *
 241      * @param evt DOCUMENT ME!
 242      */
 243     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 244     {
 245     }
 246
 247     /**
 248      * DOCUMENT ME!
 249      *
 250      * @param evt DOCUMENT ME!
 251      */
 252     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 253     {
 254     }
 255
 256     /**
 257      * DOCUMENT ME!
 258      *
 259      * @param evt DOCUMENT ME!
 260      */
 261     public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 262     {
 263         Transferable t = evt.getTransferable();
 264
 265         if (!t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 266         {
 267             return;
 268         }
 269
 270         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 271
 272         try
 273         {
 274             java.util.List files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 275
 276             for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 277             {
 278                 String file = files.get(i).toString();
 279                 String protocol = "File";
 280                 String format = null;
 281
 282                 if (file.endsWith(".jar"))
 283                 {
 284                   format = "Jalview";
 285
 286                 }
 287                 else
 288                 {
 289                     format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,
 290                             protocol);
 291                 }
 292                 LoadFile(file, protocol, format);
 293             }
 294         }
 295         catch (Exception ex)
 296         {
 297             ex.printStackTrace();
 298         }
 299     }
 300
 301     /**
 302      * DOCUMENT ME!
 303      *
 304      * @param e DOCUMENT ME!
 305      */
 306     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 307     {
 308         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 309                     "LAST_DIRECTORY"),
 310                 new String[]
 311                 {
 312                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 313                     "jar"
 314                 },
 315                 new String[]
 316                 {
 317                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 318                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 319
 320         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 321         chooser.setDialogTitle("Open local file");
 322         chooser.setToolTipText("Open");
 323
 324         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 325
 326         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 327         {
 328             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 329             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 330                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 331
 332             String format = null;
 333             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 334             {
 335               format = "Jalview";
 336             }
 337             else
 338             {
 339                 format = IdentifyFile.Identify(choice, "File");
 340             }
 341
 342             jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);
 343             LoadFile(choice, "File", format);
 344         }
 345     }
 346
 347     /**
 348      * DOCUMENT ME!
 349      *
 350      * @param file DOCUMENT ME!
 351      * @param protocol DOCUMENT ME!
 352      * @param format DOCUMENT ME!
 353      */
 354     public void LoadFile(String file, String protocol, String format)
 355     {
 356       FileLoader fileLoader = new FileLoader();
 357       fileLoader.LoadFile(file, protocol, format);
 358     }
 359
 360     /**
 361      * DOCUMENT ME!
 362      *
 363      * @param e DOCUMENT ME!
 364      */
 365     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 366     {
 367         String url = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,
 368                 "Enter url of input file", "Input alignment from URL",
 369                 JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, null, null, "http://www.")
 370                                 .toString();
 371
 372         if (url == null)
 373         {
 374             return;
 375         }
 376
 377         if (url.trim().toLowerCase().endsWith(".jar"))
 378         {
 379                jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", "Jalview");
 380                Jalview2XML.LoadJalviewAlign(url);
 381         }
 382         else
 383         {
 384
 385           String format = IdentifyFile.Identify(url, "URL");
 386
 387           if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 388           {
 389             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 390                                                   "Couldn't locate " + url,
 391                                                   "URL not found",
 392                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 393
 394             return;
 395           }
 396
 397           LoadFile(url, "URL", format);
 398         }
 399     }
 400
 401     /**
 402      * DOCUMENT ME!
 403      *
 404      * @param e DOCUMENT ME!
 405      */
 406     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 407     {
 408         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 409         cap.setForInput();
 410         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 411     }
 412
 413     /*
 414      * Exit the program
 415      */
 416     public void quit()
 417     {
 418         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 419         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 420         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 421         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 422         System.exit(0);
 423     }
 424
 425     /**
 426      * DOCUMENT ME!
 427      *
 428      * @param e DOCUMENT ME!
 429      */
 430     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 431     {
 432       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView 2005 version " +
 433                                               jalview.bin.Cache.getProperty(
 434           "VERSION") +
 435                                               "; last updated: " +
 436                                               jalview.bin.
 437                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
 438
 439       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 440           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 441       {
 442         message.append("\n\n!! Jalview version "
 443                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 444                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 445
 446       }
 447
 448       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 449             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 450             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 451             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 452             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 453             "\nBioinformatics,  2004 12;426-7.");
 454
 455         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 456
 457            message.toString(), "About Jalview",
 458             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 459     }
 460
 461     /**
 462      * DOCUMENT ME!
 463      *
 464      * @param e DOCUMENT ME!
 465      */
 466     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 467     {
 468         try
 469         {
 470             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 471             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 472             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 473
 474             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 475             hb.setCurrentID("home");
 476             hb.setDisplayed(true);
 477         }
 478         catch (Exception ex)
 479         {
 480             ex.printStackTrace();
 481         }
 482     }
 483
 484     /**
 485      * DOCUMENT ME!
 486      *
 487      * @param e DOCUMENT ME!
 488      */
 489     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 490     {
 491         new Preferences();
 492     }
 493
 494     /**
 495      * DOCUMENT ME!
 496      *
 497      * @param e DOCUMENT ME!
 498      */
 499     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 500     {
 501         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 502                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 503                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 504
 505         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 506         chooser.setDialogTitle("Save State");
 507
 508         int value = chooser.showSaveDialog(this);
 509
 510         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 511         {
 512             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 513             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 514             Jalview2XML.SaveState(choice);
 515         }
 516     }
 517
 518     /**
 519      * DOCUMENT ME!
 520      *
 521      * @param e DOCUMENT ME!
 522      */
 523     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 524     {
 525         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 526                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 527                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 528         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 529         chooser.setDialogTitle("Restore state");
 530
 531         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 532
 533         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 534         {
 535             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 536             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 537                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 538             Jalview2XML.LoadJalviewAlign(choice);
 539         }
 540     }
 541
 542 }
 543