src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_ID;
  24
  25 import jalview.api.AlignViewportI;
  26 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.bin.Jalview;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.FileFormat;
  31 import jalview.io.FileFormatException;
  32 import jalview.io.FileFormatI;
  33 import jalview.io.FileFormats;
  34 import jalview.io.FileLoader;
  35 import jalview.io.FormatAdapter;
  36 import jalview.io.IdentifyFile;
  37 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  38 import jalview.io.JalviewFileView;
  39 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  40 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  41 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  42 import jalview.urls.IdOrgSettings;
  43 import jalview.util.ImageMaker;
  44 import jalview.util.MessageManager;
  45 import jalview.util.Platform;
  46 import jalview.util.UrlConstants;
  47 import jalview.util.dialogrunner.RunResponse;
  48 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  49 import jalview.ws.params.ParamManager;
  50 import jalview.ws.utils.UrlDownloadClient;
  51
  52 import java.awt.BorderLayout;
  53 import java.awt.Color;
  54 import java.awt.Dimension;
  55 import java.awt.FontMetrics;
  56 import java.awt.Graphics;
  57 import java.awt.GridLayout;
  58 import java.awt.Point;
  59 import java.awt.Rectangle;
  60 import java.awt.Toolkit;
  61 import java.awt.Window;
  62 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  63 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  64 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  65 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  66 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  67 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  68 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  69 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  70 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  71 import java.awt.event.ActionEvent;
  72 import java.awt.event.ActionListener;
  73 import java.awt.event.InputEvent;
  74 import java.awt.event.KeyEvent;
  75 import java.awt.event.MouseAdapter;
  76 import java.awt.event.MouseEvent;
  77 import java.awt.event.WindowAdapter;
  78 import java.awt.event.WindowEvent;
  79 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  80 import java.beans.PropertyChangeListener;
  81 import java.io.BufferedInputStream;
  82 import java.io.File;
  83 import java.io.FileOutputStream;
  84 import java.io.IOException;
  85 import java.net.URL;
  86 import java.util.ArrayList;
  87 import java.util.Hashtable;
  88 import java.util.List;
  89 import java.util.ListIterator;
  90 import java.util.StringTokenizer;
  91 import java.util.Vector;
  92 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  93 import java.util.concurrent.Executors;
  94 import java.util.concurrent.Semaphore;
  95
  96 import javax.swing.AbstractAction;
  97 import javax.swing.Action;
  98 import javax.swing.ActionMap;
  99 import javax.swing.Box;
 100 import javax.swing.BoxLayout;
 101 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
 102 import javax.swing.DesktopManager;
 103 import javax.swing.InputMap;
 104 import javax.swing.JButton;
 105 import javax.swing.JCheckBox;
 106 import javax.swing.JComboBox;
 107 import javax.swing.JComponent;
 108 import javax.swing.JDesktopPane;
 109 import javax.swing.JFrame;
 110 import javax.swing.JInternalFrame;
 111 import javax.swing.JLabel;
 112 import javax.swing.JMenuItem;
 113 import javax.swing.JPanel;
 114 import javax.swing.JPopupMenu;
 115 import javax.swing.JProgressBar;
 116 import javax.swing.KeyStroke;
 117 import javax.swing.SwingUtilities;
 118 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
 119 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
 120 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
 121 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
 122 import javax.swing.event.MenuEvent;
 123 import javax.swing.event.MenuListener;
 124
 125 import org.stackoverflowusers.file.WindowsShortcut;
 126
 127 /**
 128  * Jalview Desktop
 129  *
 130  *
 131  * @author $author$
 132  * @version $Revision: 1.155 $
 133  */
 134 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
 135         implements DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 136         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 137 {
 138   private static int DEFAULT_MIN_WIDTH = 300;
 139
 140   private static int DEFAULT_MIN_HEIGHT = 250;
 141
 142   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH = 600;
 143
 144   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT = 70;
 145
 146   private static final String EXPERIMENTAL_FEATURES = "EXPERIMENTAL_FEATURES";
 147
 148   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 149
 150   /**
 151    * news reader - null if it was never started.
 152    */
 153   private BlogReader jvnews = null;
 154
 155   private File projectFile;
 156
 157   /**
 158    * @param listener
 159    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 160    */
 161   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 162           PropertyChangeListener listener)
 163   {
 164     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 165   }
 166
 167   /**
 168    * @param propertyName
 169    * @param listener
 170    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 171    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 172    */
 173   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 174           PropertyChangeListener listener)
 175   {
 176     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 177   }
 178
 179   /**
 180    * @param propertyName
 181    * @param listener
 182    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 183    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 184    */
 185   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 186           PropertyChangeListener listener)
 187   {
 188     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 189             listener);
 190   }
 191
 192   /** Singleton Desktop instance */
 193   public static Desktop instance;
 194
 195   public static MyDesktopPane desktop;
 196
 197   public static MyDesktopPane getDesktop()
 198   {
 199     // BH 2018 could use currentThread() here as a reference to a
 200     // Hashtable<Thread, MyDesktopPane> in JavaScript
 201     return desktop;
 202   }
 203
 204   static int openFrameCount = 0;
 205
 206   static final int xOffset = 30;
 207
 208   static final int yOffset = 30;
 209
 210   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 211
 212   public static Object[] jalviewClipboard;
 213
 214   public static boolean internalCopy = false;
 215
 216   static int fileLoadingCount = 0;
 217
 218   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 219   {
 220
 221     private DesktopManager delegate;
 222
 223     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 224     {
 225       this.delegate = delegate;
 226     }
 227
 228     @Override
 229     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 230     {
 231       try
 232       {
 233         delegate.activateFrame(f);
 234       } catch (NullPointerException npe)
 235       {
 236         Point p = getMousePosition();
 237         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 238       }
 239     }
 240
 241     @Override
 242     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 243     {
 244       delegate.beginDraggingFrame(f);
 245     }
 246
 247     @Override
 248     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 249     {
 250       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 251     }
 252
 253     @Override
 254     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 255     {
 256       delegate.closeFrame(f);
 257     }
 258
 259     @Override
 260     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 261     {
 262       delegate.deactivateFrame(f);
 263     }
 264
 265     @Override
 266     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 267     {
 268       delegate.deiconifyFrame(f);
 269     }
 270
 271     @Override
 272     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 273     {
 274       if (newY < 0)
 275       {
 276         newY = 0;
 277       }
 278       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 279     }
 280
 281     @Override
 282     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 283     {
 284       delegate.endDraggingFrame(f);
 285       desktop.repaint();
 286     }
 287
 288     @Override
 289     public void endResizingFrame(JComponent f)
 290     {
 291       delegate.endResizingFrame(f);
 292       desktop.repaint();
 293     }
 294
 295     @Override
 296     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 297     {
 298       delegate.iconifyFrame(f);
 299     }
 300
 301     @Override
 302     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 303     {
 304       delegate.maximizeFrame(f);
 305     }
 306
 307     @Override
 308     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 309     {
 310       delegate.minimizeFrame(f);
 311     }
 312
 313     @Override
 314     public void openFrame(JInternalFrame f)
 315     {
 316       delegate.openFrame(f);
 317     }
 318
 319     @Override
 320     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 321             int newHeight)
 322     {
 323       if (newY < 0)
 324       {
 325         newY = 0;
 326       }
 327       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 328     }
 329
 330     @Override
 331     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 332             int newWidth, int newHeight)
 333     {
 334       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 335     }
 336
 337     // All other methods, simply delegate
 338
 339   }
 340
 341   /**
 342    * Creates a new Desktop object.
 343    */
 344   public Desktop()
 345   {
 346     /**
 347      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might block
 348      * are spawned off as threads rather than waited for during this constructor.
 349      */
 350     instance = this;
 351     doVamsasClientCheck();
 352
 353     doConfigureStructurePrefs();
 354     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
 355     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 356     boolean selmemusage = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE",
 357             false);
 358     boolean showjconsole = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_JAVA_CONSOLE",
 359             false);
 360     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 361     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 362     desktop.setBackground(Color.white);
 363     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 364     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 365     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 366     // sp.getViewport().setView(desktop);
 367     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 368     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 369     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 370
 371     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 372     // if previous window was maximised
 373     desktop.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
 374             (Platform.isWindows() ? new DefaultDesktopManager()
 375                     : Platform.isAMac()
 376                             ? new AquaInternalFrameManager(
 377                                     desktop.getDesktopManager())
 378                             : desktop.getDesktopManager())));
 379
 380     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 381     if (dims != null)
 382     {
 383       setBounds(dims);
 384     }
 385     else
 386     {
 387       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 388       int xPos = Math.max(5, (screenSize.width - 900) / 2);
 389       int yPos = Math.max(5, (screenSize.height - 650) / 2);
 390       setBounds(xPos, yPos, 900, 650);
 391     }
 392     /**
 393      * BH 2018
 394      *
 395      * @j2sNative
 396      */
 397     {
 398
 399       jconsole = new Console(this, showjconsole);
 400       // add essential build information
 401       jconsole.setHeader("Jalview Version: "
 402               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "\n"
 403               + "Jalview Installation: "
 404               + jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown")
 405               + "\n" + "Build Date: "
 406               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown") + "\n"
 407               + "Java version: " + System.getProperty("java.version") + "\n"
 408               + System.getProperty("os.arch") + " "
 409               + System.getProperty("os.name") + " "
 410               + System.getProperty("os.version"));
 411
 412       showConsole(showjconsole);
 413
 414       showNews.setVisible(false);
 415
 416       experimentalFeatures.setSelected(showExperimental());
 417
 418       getIdentifiersOrgData();
 419
 420       checkURLLinks();
 421
 422       // Spawn a thread that shows the splashscreen
 423
 424       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 425       {
 426         @Override
 427         public void run()
 428         {
 429           new SplashScreen();
 430         }
 431       });
 432
 433       // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time it
 434       // takes to open it later on.
 435       new Thread(new Runnable()
 436       {
 437         @Override
 438         public void run()
 439         {
 440           Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 441           String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
 442           JalviewFileChooser.forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 443                   fileFormat);
 444           Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 445         }
 446       }).start();
 447       // Add the service change listener
 448       changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 449               new PropertyChangeListener()
 450               {
 451
 452                 @Override
 453                 public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 454                 {
 455                   Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 456                           + evt.getNewValue());
 457                   JalviewServicesChanged(evt);
 458                 }
 459
 460               });
 461
 462     } // end BH 2018 ignore
 463
 464     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 465
 466     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 467     {
 468       @Override
 469       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 470       {
 471         quit();
 472       }
 473     });
 474
 475     MouseAdapter ma;
 476     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 477     {
 478       @Override
 479       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 480       {
 481         if (evt.isPopupTrigger()) // Mac
 482         {
 483           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 484         }
 485       }
 486
 487       @Override
 488       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 489       {
 490         if (evt.isPopupTrigger()) // Windows
 491         {
 492           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 493         }
 494       }
 495     });
 496     desktop.addMouseListener(ma);
 497
 498   }
 499
 500   /**
 501    * Answers true if user preferences to enable experimental features is True
 502    * (on), else false
 503    *
 504    * @return
 505    */
 506   public boolean showExperimental()
 507   {
 508     String experimental = Cache.getDefault(EXPERIMENTAL_FEATURES,
 509             Boolean.FALSE.toString());
 510     return Boolean.valueOf(experimental).booleanValue();
 511   }
 512
 513   public void doConfigureStructurePrefs()
 514   {
 515     // configure services
 516     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 517             .getStructureSelectionManager(this);
 518     if (jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 519     {
 520       ssm.setAddTempFacAnnot(jalview.bin.Cache
 521               .getDefault(Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 522       ssm.setProcessSecondaryStructure(jalview.bin.Cache
 523               .getDefault(Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 524       ssm.setSecStructServices(
 525               jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.USE_RNAVIEW, true));
 526     }
 527     else
 528     {
 529       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 530       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 531       ssm.setSecStructServices(false);
 532     }
 533   }
 534
 535   public void checkForNews()
 536   {
 537
 538     /**
 539      * BH 2018
 540      *
 541      * @j2sNative
 542      */
 543     {
 544       final Desktop me = this;
 545       // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 546       addDialogThread(new Runnable()
 547       {
 548         @Override
 549         public void run()
 550         {
 551           Cache.log.debug("Starting news thread.");
 552
 553           jvnews = new BlogReader(me);
 554           showNews.setVisible(true);
 555           Cache.log.debug("Completed news thread.");
 556         }
 557       });
 558     }
 559   }
 560
 561   public void getIdentifiersOrgData()
 562   {
 563     // Thread off the identifiers fetcher
 564     addDialogThread(new Runnable()
 565     {
 566       @Override
 567       public void run()
 568       {
 569         Cache.log.debug("Downloading data from identifiers.org");
 570         UrlDownloadClient client = new UrlDownloadClient();
 571         try
 572         {
 573           client.download(IdOrgSettings.getUrl(),
 574                   IdOrgSettings.getDownloadLocation());
 575         } catch (IOException e)
 576         {
 577           Cache.log.debug("Exception downloading identifiers.org data"
 578                   + e.getMessage());
 579         }
 580       }
 581     });
 582   }
 583
 584   @Override
 585   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 586   {
 587     showNews(showNews.isSelected());
 588   }
 589
 590   void showNews(boolean visible)
 591   {
 592     /**
 593      * BH 2018
 594      *
 595      * @j2sNative
 596      *
 597      */
 598     {
 599       Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 600       showNews.setSelected(visible);
 601       if (visible && !jvnews.isVisible())
 602       {
 603         new Thread(new Runnable()
 604         {
 605           @Override
 606           public void run()
 607           {
 608             long now = System.currentTimeMillis();
 609             Desktop.instance.setProgressBar(
 610                     MessageManager.getString("status.refreshing_news"),
 611                     now);
 612             jvnews.refreshNews();
 613             Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
 614             jvnews.showNews();
 615           }
 616         }).start();
 617       }
 618     }
 619   }
 620
 621   /**
 622    * recover the last known dimensions for a jalview window
 623    *
 624    * @param windowName
 625    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 626    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 627    *         window geom was known)
 628    */
 629   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 630   {
 631     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 632     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 633     String x = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 634     String y = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 635     String width = jalview.bin.Cache
 636             .getProperty(windowName + "SCREEN_WIDTH");
 637     String height = jalview.bin.Cache
 638             .getProperty(windowName + "SCREEN_HEIGHT");
 639     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 640     {
 641       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y),
 642               iw = Integer.parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 643       if (jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 644       {
 645         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 646         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 647         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 648         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer.parseInt(
 649                 jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 650         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer.parseInt(
 651                 jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 652         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 653         ix = (int) (ix * sw);
 654         iw = (int) (iw * sw);
 655         iy = (int) (iy * sh);
 656         ih = (int) (ih * sh);
 657         while (ix >= screenSize.width)
 658         {
 659           jalview.bin.Cache.log.debug(
 660                   "Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 661           ix -= screenSize.width;
 662         }
 663         while (iy >= screenSize.height)
 664         {
 665           jalview.bin.Cache.log.debug(
 666                   "Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 667           iy -= screenSize.height;
 668         }
 669         jalview.bin.Cache.log.debug(
 670                 "Got last known dimensions for " + windowName + ": x:" + ix
 671                         + " y:" + iy + " width:" + iw + " height:" + ih);
 672       }
 673       // return dimensions for new instance
 674       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 675     }
 676     return null;
 677   }
 678
 679   private void doVamsasClientCheck()
 680   {
 681     if (/** @j2sNative false && */ // BH 2018
 682     jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 683     {
 684       setupVamsasDisconnectedGui();
 685       VamsasMenu.setVisible(true);
 686       final Desktop us = this;
 687       VamsasMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 688       {
 689         // this listener remembers when the menu was first selected, and
 690         // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 691         // reselected again.
 692         boolean refresh = true;
 693
 694         @Override
 695         public void menuCanceled(MenuEvent e)
 696         {
 697           refresh = true;
 698         }
 699
 700         @Override
 701         public void menuDeselected(MenuEvent e)
 702         {
 703           refresh = true;
 704         }
 705
 706         @Override
 707         public void menuSelected(MenuEvent e)
 708         {
 709           if (refresh)
 710           {
 711             us.buildVamsasStMenu();
 712             refresh = false;
 713           }
 714         }
 715       });
 716       vamsasStart.setVisible(true);
 717     }
 718   }
 719
 720   void showPasteMenu(int x, int y)
 721   {
 722     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 723     JMenuItem item = new JMenuItem(
 724             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 725     item.addActionListener(new ActionListener()
 726     {
 727       @Override
 728       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 729       {
 730         paste();
 731       }
 732     });
 733
 734     popup.add(item);
 735     popup.show(this, x, y);
 736   }
 737
 738   public void paste()
 739   {
 740     try
 741     {
 742       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 743       Transferable contents = c.getContents(this);
 744
 745       if (contents != null)
 746       {
 747         String file = (String) contents
 748                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 749
 750         FileFormatI format = new IdentifyFile().identify(file,
 751                 DataSourceType.PASTE);
 752
 753         new FileLoader().LoadFile(file, DataSourceType.PASTE, format);
 754
 755       }
 756     } catch (Exception ex)
 757     {
 758       System.out.println(
 759               "Unable to paste alignment from system clipboard:\n" + ex);
 760     }
 761   }
 762
 763   /**
 764    * Adds and opens the given frame to the desktop
 765    *
 766    * @param frame
 767    *          Frame to show
 768    * @param title
 769    *          Visible Title
 770    * @param w
 771    *          width
 772    * @param h
 773    *          height
 774    */
 775   public static synchronized void addInternalFrame(
 776           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 777   {
 778     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, true, false);
 779   }
 780
 781   /**
 782    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 783    *
 784    * @param frame
 785    *          Frame to show
 786    * @param title
 787    *          Visible Title
 788    * @param makeVisible
 789    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 790    *          setVisible themselves.
 791    * @param w
 792    *          width
 793    * @param h
 794    *          height
 795    */
 796   public static synchronized void addInternalFrame(
 797           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 798           int w, int h)
 799   {
 800     addInternalFrame(frame, title, makeVisible, w, h, true, false);
 801   }
 802
 803   /**
 804    * Add an internal frame to the Jalview desktop and make it visible
 805    *
 806    * @param frame
 807    *          Frame to show
 808    * @param title
 809    *          Visible Title
 810    * @param w
 811    *          width
 812    * @param h
 813    *          height
 814    * @param resizable
 815    *          Allow resize
 816    */
 817   public static synchronized void addInternalFrame(
 818           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 819           boolean resizable)
 820   {
 821     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, resizable, false);
 822   }
 823
 824   /**
 825    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 826    *
 827    * @param frame
 828    *          Frame to show
 829    * @param title
 830    *          Visible Title
 831    * @param makeVisible
 832    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 833    *          setVisible themselves.
 834    * @param w
 835    *          width
 836    * @param h
 837    *          height
 838    * @param resizable
 839    *          Allow resize
 840    * @param ignoreMinSize
 841    *          Do not set the default minimum size for frame
 842    */
 843   public static synchronized void addInternalFrame(
 844           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 845           int w, int h, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 846   {
 847
 848     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 849     // bounds object).
 850     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 851     // the current window title
 852
 853     frame.setTitle(title);
 854     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 855     {
 856       frame.setSize(w, h);
 857     }
 858     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 859     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 860     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 861     // ///////////////////////////////////////////////
 862     if (instance == null || (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 863             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 864     {
 865       return;
 866     }
 867
 868     openFrameCount++;
 869
 870     if (!ignoreMinSize)
 871     {
 872       frame.setMinimumSize(
 873               new Dimension(DEFAULT_MIN_WIDTH, DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 874
 875       // Set default dimension for Alignment Frame window.
 876       // The Alignment Frame window could be added from a number of places,
 877       // hence,
 878       // I did this here in order not to miss out on any Alignment frame.
 879       if (frame instanceof AlignFrame)
 880       {
 881         frame.setMinimumSize(new Dimension(ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH,
 882                 ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 883       }
 884     }
 885
 886     frame.setVisible(makeVisible);
 887     frame.setClosable(true);
 888     frame.setResizable(resizable);
 889     frame.setMaximizable(resizable);
 890     frame.setIconifiable(resizable);
 891     frame.setOpaque(/** @j2sNative true || */
 892             false);
 893
 894     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 895     {
 896       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount,
 897               yOffset * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 898     }
 899
 900     /*
 901      * add an entry for the new frame in the Window menu
 902      * (and remove it when the frame is closed)
 903      */
 904     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 905     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 906     {
 907       @Override
 908       public void internalFrameActivated(InternalFrameEvent evt)
 909       {
 910         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 911         if (itf != null)
 912         {
 913           if (itf instanceof AlignFrame)
 914           {
 915             Jalview.setCurrentAlignFrame((AlignFrame) itf);
 916           }
 917           itf.requestFocus();
 918         }
 919       }
 920
 921       @Override
 922       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 923       {
 924         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 925
 926         /*
 927          * defensive check to prevent frames being
 928          * added half off the window
 929          */
 930         if (openFrameCount > 0)
 931         {
 932           openFrameCount--;
 933         }
 934
 935         /*
 936          * ensure no reference to alignFrame retained by menu item listener
 937          */
 938         if (menuItem.getActionListeners().length > 0)
 939         {
 940           menuItem.removeActionListener(menuItem.getActionListeners()[0]);
 941         }
 942         windowMenu.remove(menuItem);
 943       };
 944     });
 945
 946     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 947     {
 948       @Override
 949       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 950       {
 951         try
 952         {
 953           frame.setSelected(true);
 954           frame.setIcon(false);
 955         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 956         {
 957
 958         }
 959       }
 960     });
 961
 962     setKeyBindings(frame);
 963
 964     desktop.add(frame);
 965
 966     windowMenu.add(menuItem);
 967
 968     frame.toFront();
 969     try
 970     {
 971       frame.setSelected(true);
 972       frame.requestFocus();
 973     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 974     {
 975     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
 976     {
 977       Cache.log.warn(
 978               "Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
 979               cex);
 980     }
 981   }
 982
 983   /**
 984    * Add key bindings to a JInternalFrame so that Ctrl-W and Cmd-W will close the
 985    * window
 986    *
 987    * @param frame
 988    */
 989   private static void setKeyBindings(JInternalFrame frame)
 990   {
 991     @SuppressWarnings("serial")
 992     final Action closeAction = new AbstractAction()
 993     {
 994       @Override
 995       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 996       {
 997         frame.dispose();
 998       }
 999     };
1000
1001     /*
1002      * set up key bindings for Ctrl-W and Cmd-W, with the same (Close) action
1003      */
1004     KeyStroke ctrlWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
1005             InputEvent.CTRL_DOWN_MASK);
1006     KeyStroke cmdWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
1007             Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask());
1008
1009     InputMap inputMap = frame
1010             .getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW);
1011     String ctrlW = ctrlWKey.toString();
1012     inputMap.put(ctrlWKey, ctrlW);
1013     inputMap.put(cmdWKey, ctrlW);
1014
1015     ActionMap actionMap = frame.getActionMap();
1016     actionMap.put(ctrlW, closeAction);
1017   }
1018
1019   @Override
1020   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
1021   {
1022     if (!internalCopy)
1023     {
1024       Desktop.jalviewClipboard = null;
1025     }
1026
1027     internalCopy = false;
1028   }
1029
1030   @Override
1031   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
1032   {
1033   }
1034
1035   @Override
1036   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
1037   {
1038   }
1039
1040   @Override
1041   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
1042   {
1043   }
1044
1045   @Override
1046   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
1047   {
1048   }
1049
1050   /**
1051    * DOCUMENT ME!
1052    *
1053    * @param evt
1054    *          DOCUMENT ME!
1055    */
1056   @Override
1057   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
1058   {
1059     boolean success = true;
1060     // JAL-1552 - acceptDrop required before getTransferable call for
1061     // Java's Transferable for native dnd
1062     evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
1063     Transferable t = evt.getTransferable();
1064     List<Object> files = new ArrayList<>();
1065     List<DataSourceType> protocols = new ArrayList<>();
1066
1067     try
1068     {
1069       Desktop.transferFromDropTarget(files, protocols, evt, t);
1070     } catch (Exception e)
1071     {
1072       e.printStackTrace();
1073       success = false;
1074     }
1075
1076     if (files != null)
1077     {
1078       try
1079       {
1080         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
1081         {
1082           // BH 2018 File or String
1083           Object file = files.get(i);
1084           String fileName = file.toString();
1085           DataSourceType protocol = (protocols == null)
1086                   ? DataSourceType.FILE
1087                   : protocols.get(i);
1088           FileFormatI format = null;
1089
1090           if (fileName.endsWith(".jar"))
1091           {
1092             format = FileFormat.Jalview;
1093
1094           }
1095           else
1096           {
1097             format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
1098           }
1099
1100           new FileLoader().LoadFile(null, file, protocol, format);
1101
1102         }
1103       } catch (Exception ex)
1104       {
1105         success = false;
1106       }
1107     }
1108     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
1109                                // transfered to any new windows created
1110   }
1111
1112   /**
1113    * DOCUMENT ME!
1114    *
1115    * @param e
1116    *          DOCUMENT ME!
1117    */
1118   @Override
1119   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1120   {
1121     String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
1122     JalviewFileChooser chooser = JalviewFileChooser
1123             .forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), fileFormat);
1124
1125     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1126     chooser.setDialogTitle(
1127             MessageManager.getString("label.open_local_file"));
1128     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
1129
1130     chooser.response(new RunResponse(JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1131     {
1132
1133       @Override
1134       public void run()
1135       {
1136         File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1137         Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
1138
1139         FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
1140
1141         /*
1142          * Call IdentifyFile to verify the file contains what its extension implies.
1143          * Skip this step for dynamically added file formats, because
1144          * IdentifyFile does not know how to recognise them.
1145          */
1146         if (FileFormats.getInstance().isIdentifiable(format))
1147         {
1148           try
1149           {
1150             format = new IdentifyFile().identify(selectedFile,
1151                     DataSourceType.FILE);
1152           } catch (FileFormatException e)
1153           {
1154             // format = null; //??
1155           }
1156         }
1157
1158         new FileLoader().LoadFile(viewport, selectedFile,
1159                 DataSourceType.FILE, format);
1160       }
1161     }).openDialog(this);
1162   }
1163
1164   /**
1165    * DOCUMENT ME!
1166    *
1167    * @param e
1168    *          DOCUMENT ME!
1169    */
1170   @Override
1171   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1172   {
1173     // This construct allows us to have a wider textfield
1174     // for viewing
1175     JLabel label = new JLabel(
1176             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
1177
1178     JComboBox history = new JComboBox();
1179     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
1180     panel.add(label);
1181     panel.add(history);
1182     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
1183     history.setEditable(true);
1184     history.addItem("http://www.");
1185
1186     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
1187
1188     StringTokenizer st;
1189
1190     if (historyItems != null)
1191     {
1192       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
1193
1194       while (st.hasMoreTokens())
1195       {
1196         history.addItem(st.nextElement());
1197       }
1198     }
1199
1200     // BH 2018 -- providing a callback for SwingJS
1201     // dialogOption is just a simple way to provide
1202     // context for the modal-like response.
1203     // The only requirement is that desktop implement
1204     // PropertyChangeListener, which is used already in Java
1205     // for changes in input value and such within the dialogs.
1206
1207     String dialogOption = "label.input_alignment_from_url";
1208     desktop.dialogData = new Object[] { dialogOption, viewport, history };
1209     desktop.onDialogReturn(JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop,
1210             panel, MessageManager.getString(dialogOption),
1211             JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION));
1212
1213     // no code may follow this, as SwingJS will not block
1214     // callback in JavaScript comes via a property change event,
1215     // thus going into desktop.onDialogReturn(int) just the same as
1216     // in Java.
1217
1218   }
1219
1220   /**
1221    * Opens the CutAndPaste window for the user to paste an alignment in to
1222    *
1223    * @param viewPanel
1224    *          - if not null, the pasted alignment is added to the current
1225    *          alignment; if null, to a new alignment window
1226    */
1227   @Override
1228   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
1229           AlignmentViewPanel viewPanel)
1230   {
1231     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1232     cap.setForInput(viewPanel);
1233     Desktop.addInternalFrame(cap,
1234             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"), true,
1235             600, 500);
1236   }
1237
1238   /*
1239    * Exit the program
1240    */
1241   @Override
1242   public void quit()
1243   {
1244     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1245     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH",
1246             screen.width + "");
1247     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT",
1248             screen.height + "");
1249     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x, getBounds().y,
1250             getWidth(), getHeight()));
1251
1252     if (jconsole != null)
1253     {
1254       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1255       jconsole.stopConsole();
1256     }
1257     if (jvnews != null)
1258     {
1259       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1260
1261     }
1262     if (dialogExecutor != null)
1263     {
1264       dialogExecutor.shutdownNow();
1265     }
1266     closeAll_actionPerformed(null);
1267
1268     if (groovyConsole != null)
1269     {
1270       // suppress a possible repeat prompt to save script
1271       groovyConsole.setDirty(false);
1272       groovyConsole.exit();
1273     }
1274     System.exit(0);
1275   }
1276
1277   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1278   {
1279     jalview.bin.Cache.log.debug("Storing last known dimensions for "
1280             + string + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1281             + " height:" + jc.height);
1282
1283     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1284     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1285     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1286     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1287   }
1288
1289   /**
1290    * DOCUMENT ME!
1291    *
1292    * @param e
1293    *          DOCUMENT ME!
1294    */
1295   @Override
1296   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1297   {
1298     // StringBuffer message = getAboutMessage(false);
1299     // JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1300     //
1301     // message.toString(), "About Jalview", JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1302     new Thread(new Runnable()
1303     {
1304       @Override
1305       public void run()
1306       {
1307         new SplashScreen(true);
1308       }
1309     }).start();
1310   }
1311
1312   public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
1313   {
1314     StringBuffer message = new StringBuffer();
1315     message.append("<html>");
1316     if (shortv)
1317     {
1318       message.append("<h1><strong>Version: "
1319               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1320               + "</strong></h1>");
1321       message.append("<strong>Last Updated: <em>"
1322               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
1323               + "</em></strong>");
1324
1325     }
1326     else
1327     {
1328
1329       message.append("<strong>Version "
1330               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1331               + "; last updated: "
1332               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1333     }
1334
1335     if (jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1336             .equals("Checking"))
1337     {
1338       message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1339     }
1340     else if (!jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1341             .equals(jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
1342     {
1343       boolean red = false;
1344       if (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1345               .indexOf("automated build") == -1)
1346       {
1347         red = true;
1348         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1349         // version is not a development build
1350         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1351       }
1352
1353       message.append("<br>!! Version "
1354               + jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
1355                       "..Checking..")
1356               + " is available for download from "
1357               + jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
1358                       "http://www.jalview.org")
1359               + " !!");
1360       if (red)
1361       {
1362         message.append("</div>");
1363       }
1364     }
1365     message.append("<br>Authors:  " + jalview.bin.Cache.getDefault(
1366             "AUTHORFNAMES",
1367             "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)")
1368             + "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
1369             + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
1370             + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
1371             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
1372             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
1373             + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
1374             + "</html>");
1375     return message;
1376   }
1377
1378   /**
1379    * DOCUMENT ME!
1380    *
1381    * @param e
1382    *          DOCUMENT ME!
1383    */
1384   @Override
1385   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1386   {
1387     try
1388     {
1389       Help.showHelpWindow();
1390     } catch (Exception ex)
1391     {
1392     }
1393   }
1394
1395   @Override
1396   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1397   {
1398     // TODO show a progress bar while closing?
1399     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1400     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1401     {
1402       try
1403       {
1404         frames[i].setClosed(true);
1405       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1406       {
1407       }
1408     }
1409     Jalview.setCurrentAlignFrame(null);
1410     System.out.println("ALL CLOSED");
1411     if (v_client != null)
1412     {
1413       // TODO clear binding to vamsas document objects on close_all
1414     }
1415
1416     /*
1417      * reset state of singleton objects as appropriate (clear down session state
1418      * when all windows are closed)
1419      */
1420     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
1421             .getStructureSelectionManager(this);
1422     if (ssm != null)
1423     {
1424       ssm.resetAll();
1425     }
1426   }
1427
1428   @Override
1429   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1430   {
1431     reorderAssociatedWindows(false, false);
1432   }
1433
1434   @Override
1435   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1436   {
1437     reorderAssociatedWindows(true, false);
1438   }
1439
1440   void closeAssociatedWindows()
1441   {
1442     reorderAssociatedWindows(false, true);
1443   }
1444
1445   /*
1446    * (non-Javadoc)
1447    *
1448    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1449    * ActionEvent)
1450    */
1451   @Override
1452   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1453   {
1454     // We simply collect the garbage
1455     jalview.bin.Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1456     System.gc();
1457     jalview.bin.Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1458   }
1459
1460   /*
1461    * (non-Javadoc)
1462    *
1463    * @see
1464    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1465    * )
1466    */
1467   @Override
1468   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1469   {
1470     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1471   }
1472
1473   /*
1474    * (non-Javadoc)
1475    *
1476    * @see
1477    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1478    * )
1479    */
1480   @Override
1481   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1482   {
1483     showConsole(showConsole.isSelected());
1484   }
1485
1486   Console jconsole = null;
1487
1488   /**
1489    * control whether the java console is visible or not
1490    *
1491    * @param selected
1492    */
1493   void showConsole(boolean selected)
1494   {
1495     // TODO: decide if we should update properties file
1496     if (jconsole != null) // BH 2018
1497     {
1498       showConsole.setSelected(selected);
1499       Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE",
1500               Boolean.valueOf(selected).toString());
1501       jconsole.setVisible(selected);
1502     }
1503   }
1504
1505   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1506   {
1507     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1508     if (frames == null || frames.length < 1)
1509     {
1510       return;
1511     }
1512
1513     AlignmentViewport source = null, target = null;
1514     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1515     {
1516       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1517     }
1518     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1519     {
1520       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1521     }
1522     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1523     {
1524       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1525     }
1526     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1527     {
1528       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1529     }
1530
1531     if (source != null)
1532     {
1533       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1534       {
1535         target = null;
1536         if (frames[i] == null)
1537         {
1538           continue;
1539         }
1540         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1541         {
1542           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1543         }
1544         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1545         {
1546           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1547         }
1548         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1549         {
1550           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1551         }
1552         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1553         {
1554           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1555         }
1556
1557         if (source == target)
1558         {
1559           try
1560           {
1561             if (close)
1562             {
1563               frames[i].setClosed(true);
1564             }
1565             else
1566             {
1567               frames[i].setIcon(minimize);
1568               if (!minimize)
1569               {
1570                 frames[i].toFront();
1571               }
1572             }
1573
1574           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1575           {
1576           }
1577         }
1578       }
1579     }
1580   }
1581
1582   /**
1583    * DOCUMENT ME!
1584    *
1585    * @param e
1586    *          DOCUMENT ME!
1587    */
1588   @Override
1589   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1590   {
1591     new Preferences();
1592   }
1593
1594   /**
1595    * DOCUMENT ME!
1596    *
1597    * @param e
1598    *          DOCUMENT ME!
1599    */
1600   @Override
1601   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
1602   {
1603     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
1604
1605     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("jvp",
1606             "Jalview Project");
1607
1608     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1609     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1610
1611     int value = chooser.showSaveDialog(this);
1612
1613     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1614     {
1615       final Desktop me = this;
1616       final java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
1617       setProjectFile(choice);
1618
1619       new Thread(new Runnable()
1620       {
1621         @Override
1622         public void run()
1623         {
1624           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
1625           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1626                   "label.saving_jalview_project", new Object[]
1627                   { choice.getName() }), choice.hashCode());
1628           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1629                   choice.getParent());
1630           // TODO catch and handle errors for savestate
1631           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1632           try
1633           {
1634             new Jalview2XML().saveState(choice);
1635           } catch (OutOfMemoryError oom)
1636           {
1637             new OOMWarning(
1638                     "Whilst saving current state to " + choice.getName(),
1639                     oom);
1640           } catch (Exception ex)
1641           {
1642             Cache.log.error(
1643                     "Problems whilst trying to save to " + choice.getName(),
1644                     ex);
1645             JvOptionPane.showMessageDialog(me,
1646                     MessageManager.formatMessage(
1647                             "label.error_whilst_saving_current_state_to",
1648                             new Object[]
1649                             { choice.getName() }),
1650                     MessageManager.getString("label.couldnt_save_project"),
1651                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1652           }
1653           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1654         }
1655       }).start();
1656     }
1657   }
1658
1659   private void setProjectFile(File choice)
1660   {
1661     this.projectFile = choice;
1662   }
1663
1664   public File getProjectFile()
1665   {
1666     return this.projectFile;
1667   }
1668
1669   /**
1670    * DOCUMENT ME!
1671    *
1672    * @param e
1673    *          DOCUMENT ME!
1674    */
1675   @Override
1676   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
1677   {
1678     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
1679
1680     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1681             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
1682             { "jvp", "jar" },
1683             new String[]
1684             { "Jalview Project", "Jalview Project (old)" },
1685             "Jalview Project");
1686     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1687     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1688
1689     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1690
1691     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1692     {
1693       final File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1694       setProjectFile(selectedFile);
1695       final String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
1696       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
1697       new Thread(new Runnable()
1698       {
1699         @Override
1700         public void run()
1701         {
1702           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1703                   "label.loading_jalview_project", new Object[]
1704                   { choice }), choice.hashCode());
1705           try
1706           {
1707             new Jalview2XML().loadJalviewAlign(choice);
1708           } catch (OutOfMemoryError oom)
1709           {
1710             new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1711           } catch (Exception ex)
1712           {
1713             Cache.log.error(
1714                     "Problems whilst loading project from " + choice, ex);
1715             JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
1716                     MessageManager.formatMessage(
1717                             "label.error_whilst_loading_project_from",
1718                             new Object[]
1719                             { choice }),
1720                     MessageManager.getString("label.couldnt_load_project"),
1721                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1722           }
1723           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1724         }
1725       }).start();
1726     }
1727   }
1728
1729   @Override
1730   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1731   {
1732     new SequenceFetcher(this);
1733   }
1734
1735   JPanel progressPanel;
1736
1737   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<>();
1738
1739   public void startLoading(final Object fileName)
1740   {
1741     if (fileLoadingCount == 0)
1742     {
1743       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager
1744               .formatMessage("label.loading_file", new Object[]
1745               { fileName })));
1746     }
1747     fileLoadingCount++;
1748   }
1749
1750   private JPanel addProgressPanel(String string)
1751   {
1752     if (progressPanel == null)
1753     {
1754       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1755       totalProgressCount = 0;
1756       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1757     }
1758     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1759     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1760     progressBar.setIndeterminate(true);
1761
1762     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1763
1764     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1765     progressPanel.add(thisprogress);
1766     ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).setRows(
1767             ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1768     ++totalProgressCount;
1769     instance.validate();
1770     return thisprogress;
1771   }
1772
1773   int totalProgressCount = 0;
1774
1775   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1776   {
1777     if (progressPanel != null)
1778     {
1779       synchronized (progressPanel)
1780       {
1781         progressPanel.remove(progbar);
1782         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1783         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1784         if (--totalProgressCount < 1)
1785         {
1786           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1787           progressPanel = null;
1788         }
1789       }
1790     }
1791     validate();
1792   }
1793
1794   public void stopLoading()
1795   {
1796     fileLoadingCount--;
1797     if (fileLoadingCount < 1)
1798     {
1799       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1800       {
1801         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1802       }
1803       fileLoadingPanels.clear();
1804       fileLoadingCount = 0;
1805     }
1806     validate();
1807   }
1808
1809   public static int getViewCount(String alignmentId)
1810   {
1811     AlignmentViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1812     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1813   }
1814
1815   /**
1816    *
1817    * @param alignmentId
1818    *          - if null, all sets are returned
1819    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1820    */
1821   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1822   {
1823     if (Desktop.desktop == null)
1824     {
1825       // no frames created and in headless mode
1826       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1827       return null;
1828     }
1829     List<AlignmentPanel> aps = new ArrayList<>();
1830     AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
1831     if (frames == null)
1832     {
1833       return null;
1834     }
1835     for (AlignFrame af : frames)
1836     {
1837       for (AlignmentPanel ap : af.alignPanels)
1838       {
1839         if (alignmentId == null
1840                 || alignmentId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1841         {
1842           aps.add(ap);
1843         }
1844       }
1845     }
1846     if (aps.size() == 0)
1847     {
1848       return null;
1849     }
1850     AlignmentPanel[] vap = aps.toArray(new AlignmentPanel[aps.size()]);
1851     return vap;
1852   }
1853
1854   /**
1855    * get all the viewports on an alignment.
1856    *
1857    * @param sequenceSetId
1858    *          unique alignment id (may be null - all viewports returned in that
1859    *          case)
1860    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1861    */
1862   public static AlignmentViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1863   {
1864     List<AlignmentViewport> viewp = new ArrayList<>();
1865     if (desktop != null)
1866     {
1867       AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1868
1869       for (AlignFrame afr : frames)
1870       {
1871         if (sequenceSetId == null || afr.getViewport().getSequenceSetId()
1872                 .equals(sequenceSetId))
1873         {
1874           if (afr.alignPanels != null)
1875           {
1876             for (AlignmentPanel ap : afr.alignPanels)
1877             {
1878               if (sequenceSetId == null
1879                       || sequenceSetId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1880               {
1881                 viewp.add(ap.av);
1882               }
1883             }
1884           }
1885           else
1886           {
1887             viewp.add(afr.getViewport());
1888           }
1889         }
1890       }
1891       if (viewp.size() > 0)
1892       {
1893         return viewp.toArray(new AlignmentViewport[viewp.size()]);
1894       }
1895     }
1896     return null;
1897   }
1898
1899   /**
1900    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame
1901    *
1902    * @param af
1903    */
1904   public static void explodeViews(AlignFrame af)
1905   {
1906     int size = af.alignPanels.size();
1907     if (size < 2)
1908     {
1909       return;
1910     }
1911
1912     for (int i = 0; i < size; i++)
1913     {
1914       AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(i);
1915       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
1916
1917       /*
1918        * Restore the view's last exploded frame geometry if known. Multiple
1919        * views from one exploded frame share and restore the same (frame)
1920        * position and size.
1921        */
1922       Rectangle geometry = ap.av.getExplodedGeometry();
1923       if (geometry != null)
1924       {
1925         newaf.setBounds(geometry);
1926       }
1927
1928       ap.av.setGatherViewsHere(false);
1929
1930       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
1931               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
1932     }
1933
1934     af.alignPanels.clear();
1935     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1936
1937   }
1938
1939   /**
1940    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
1941    * identifier back in to this frame as additional views, and close the expanded
1942    * views. Note the expanded frames may themselves have multiple views. We take
1943    * the lot.
1944    *
1945    * @param source
1946    */
1947   public void gatherViews(AlignFrame source)
1948   {
1949     source.viewport.setGatherViewsHere(true);
1950     source.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
1951     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1952     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
1953
1954     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1955     {
1956       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
1957       {
1958         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
1959         boolean gatherThis = false;
1960         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
1961         {
1962           AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(a);
1963           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1964           {
1965             gatherThis = true;
1966             ap.av.setGatherViewsHere(false);
1967             ap.av.setExplodedGeometry(af.getBounds());
1968             source.addAlignmentPanel(ap, false);
1969           }
1970         }
1971
1972         if (gatherThis)
1973         {
1974           af.alignPanels.clear();
1975           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1976         }
1977       }
1978     }
1979
1980   }
1981
1982   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
1983
1984   @Override
1985   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
1986   {
1987     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
1988
1989     if (v_client == null)
1990     {
1991       // Load and try to start a session.
1992       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1993               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1994
1995       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1996       chooser.setDialogTitle(
1997               MessageManager.getString("label.open_saved_vamsas_session"));
1998       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString(
1999               "label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session"));
2000
2001       int value = chooser.showOpenDialog(this);
2002
2003       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2004       {
2005         String fle = chooser.getSelectedFile().toString();
2006         if (!vamsasImport(chooser.getSelectedFile()))
2007         {
2008           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2009                   MessageManager.formatMessage(
2010                           "label.couldnt_import_as_vamsas_session",
2011                           new Object[]
2012                           { fle }),
2013                   MessageManager
2014                           .getString("label.vamsas_document_import_failed"),
2015                   JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2016         }
2017       }
2018     }
2019     else
2020     {
2021       jalview.bin.Cache.log.error(
2022               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2023     }
2024   }
2025
2026   /**
2027    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
2028    *
2029    * @param file
2030    * @return true if import was a success and a session was started.
2031    */
2032   public boolean vamsasImport(URL url)
2033   {
2034     // TODO: create progress bar
2035     if (v_client != null)
2036     {
2037
2038       jalview.bin.Cache.log.error(
2039               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2040       return false;
2041     }
2042
2043     try
2044     {
2045       // copy the URL content to a temporary local file
2046       // TODO: be a bit cleverer here with nio (?!)
2047       File file = File.createTempFile("vdocfromurl", ".vdj");
2048       FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file);
2049       BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(url.openStream());
2050       byte[] buffer = new byte[2048];
2051       int ln;
2052       while ((ln = bis.read(buffer)) > -1)
2053       {
2054         fos.write(buffer, 0, ln);
2055       }
2056       bis.close();
2057       fos.close();
2058       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file,
2059               url.toExternalForm());
2060     } catch (Exception ex)
2061     {
2062       jalview.bin.Cache.log.error(
2063               "Failed to create new vamsas session from contents of URL "
2064                       + url,
2065               ex);
2066       return false;
2067     }
2068     setupVamsasConnectedGui();
2069     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2070     return v_client.inSession();
2071   }
2072
2073   /**
2074    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
2075    *
2076    * @param file
2077    * @return true if import was a success and a session was started.
2078    */
2079   public boolean vamsasImport(File file)
2080   {
2081     if (v_client != null)
2082     {
2083
2084       jalview.bin.Cache.log.error(
2085               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2086       return false;
2087     }
2088
2089     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2090             "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2091             { file.getName() }), file.hashCode());
2092     try
2093     {
2094       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file, null);
2095     } catch (Exception ex)
2096     {
2097       setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2098               "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2099               { file.getName() }), file.hashCode());
2100       jalview.bin.Cache.log.error(
2101               "New vamsas session from existing session file failed:", ex);
2102       return false;
2103     }
2104     setupVamsasConnectedGui();
2105     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2106     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2107             "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2108             { file.getName() }), file.hashCode());
2109     return v_client.inSession();
2110   }
2111
2112   public boolean joinVamsasSession(String mysesid)
2113   {
2114     if (v_client != null)
2115     {
2116       throw new Error(MessageManager
2117               .getString("error.try_join_vamsas_session_another"));
2118     }
2119     if (mysesid == null)
2120     {
2121       throw new Error(
2122               MessageManager.getString("error.invalid_vamsas_session_id"));
2123     }
2124     v_client = new VamsasApplication(this, mysesid);
2125     setupVamsasConnectedGui();
2126     v_client.initial_update();
2127     return (v_client.inSession());
2128   }
2129
2130   @Override
2131   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
2132   {
2133     if (v_client == null)
2134     {
2135       // Start a session.
2136       // we just start a default session for moment.
2137       /*
2138        * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
2139        * getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2140        *
2141        * chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2142        * chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
2143        * chooser.setToolTipText("Import");
2144        *
2145        * int value = chooser.showOpenDialog(this);
2146        *
2147        * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { v_client = new
2148        * jalview.gui.VamsasApplication(this, chooser.getSelectedFile());
2149        */
2150       v_client = new VamsasApplication(this);
2151       setupVamsasConnectedGui();
2152       v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2153     }
2154     else
2155     {
2156       // store current data in session.
2157       v_client.push_update(); // TODO: thread
2158     }
2159   }
2160
2161   protected void setupVamsasConnectedGui()
2162   {
2163     vamsasStart.setText(MessageManager.getString("label.session_update"));
2164     vamsasSave.setVisible(true);
2165     vamsasStop.setVisible(true);
2166     vamsasImport.setVisible(false); // Document import to existing session is
2167     // not possible for vamsas-client-1.0.
2168   }
2169
2170   protected void setupVamsasDisconnectedGui()
2171   {
2172     vamsasSave.setVisible(false);
2173     vamsasStop.setVisible(false);
2174     vamsasImport.setVisible(true);
2175     vamsasStart
2176             .setText(MessageManager.getString("label.new_vamsas_session"));
2177   }
2178
2179   @Override
2180   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
2181   {
2182     if (v_client != null)
2183     {
2184       v_client.end_session();
2185       v_client = null;
2186       setupVamsasDisconnectedGui();
2187     }
2188   }
2189
2190   protected void buildVamsasStMenu()
2191   {
2192     if (v_client == null)
2193     {
2194       String[] sess = null;
2195       try
2196       {
2197         sess = VamsasApplication.getSessionList();
2198       } catch (Exception e)
2199       {
2200         jalview.bin.Cache.log.warn("Problem getting current sessions list.",
2201                 e);
2202         sess = null;
2203       }
2204       if (sess != null)
2205       {
2206         jalview.bin.Cache.log.debug(
2207                 "Got current sessions list: " + sess.length + " entries.");
2208         VamsasStMenu.removeAll();
2209         for (int i = 0; i < sess.length; i++)
2210         {
2211           JMenuItem sessit = new JMenuItem();
2212           sessit.setText(sess[i]);
2213           sessit.setToolTipText(MessageManager
2214                   .formatMessage("label.connect_to_session", new Object[]
2215                   { sess[i] }));
2216           final Desktop dsktp = this;
2217           final String mysesid = sess[i];
2218           sessit.addActionListener(new ActionListener()
2219           {
2220
2221             @Override
2222             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2223             {
2224               if (dsktp.v_client == null)
2225               {
2226                 Thread rthr = new Thread(new Runnable()
2227                 {
2228
2229                   @Override
2230                   public void run()
2231                   {
2232                     dsktp.v_client = new VamsasApplication(dsktp, mysesid);
2233                     dsktp.setupVamsasConnectedGui();
2234                     dsktp.v_client.initial_update();
2235                   }
2236
2237                 });
2238                 rthr.start();
2239               }
2240             };
2241           });
2242           VamsasStMenu.add(sessit);
2243         }
2244         // don't show an empty menu.
2245         VamsasStMenu.setVisible(sess.length > 0);
2246
2247       }
2248       else
2249       {
2250         jalview.bin.Cache.log.debug("No current vamsas sessions.");
2251         VamsasStMenu.removeAll();
2252         VamsasStMenu.setVisible(false);
2253       }
2254     }
2255     else
2256     {
2257       // Not interested in the content. Just hide ourselves.
2258       VamsasStMenu.setVisible(false);
2259     }
2260   }
2261
2262   @Override
2263   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
2264   {
2265     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
2266
2267     if (v_client != null)
2268     {
2269       // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
2270       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("vdj",
2271               "Vamsas Document");
2272
2273       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2274       chooser.setDialogTitle(MessageManager
2275               .getString("label.save_vamsas_document_archive"));
2276
2277       int value = chooser.showSaveDialog(this);
2278
2279       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2280       {
2281         java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
2282         JPanel progpanel = addProgressPanel(MessageManager
2283                 .formatMessage("label.saving_vamsas_doc", new Object[]
2284                 { choice.getName() }));
2285         Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
2286         String warnmsg = null;
2287         String warnttl = null;
2288         try
2289         {
2290           v_client.vclient.storeDocument(choice);
2291         } catch (Error ex)
2292         {
2293           warnttl = "Serious Problem saving Vamsas Document";
2294           warnmsg = ex.toString();
2295           jalview.bin.Cache.log
2296                   .error("Error Whilst saving document to " + choice, ex);
2297
2298         } catch (Exception ex)
2299         {
2300           warnttl = "Problem saving Vamsas Document.";
2301           warnmsg = ex.toString();
2302           jalview.bin.Cache.log.warn(
2303                   "Exception Whilst saving document to " + choice, ex);
2304
2305         }
2306         removeProgressPanel(progpanel);
2307         if (warnmsg != null)
2308         {
2309           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2310
2311                   warnmsg, warnttl, JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2312         }
2313       }
2314     }
2315   }
2316
2317   JPanel vamUpdate = null;
2318
2319   /**
2320    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
2321    *
2322    * @param b
2323    *          true to hide gui, false to reveal gui
2324    */
2325   public void setVamsasUpdate(boolean b)
2326   {
2327     Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "
2328             + (b ? "in progress" : "finished"));
2329
2330     if (vamUpdate != null)
2331     {
2332       this.removeProgressPanel(vamUpdate);
2333     }
2334     if (b)
2335     {
2336       vamUpdate = this.addProgressPanel(
2337               MessageManager.getString("label.updating_vamsas_session"));
2338     }
2339     vamsasStart.setVisible(!b);
2340     vamsasStop.setVisible(!b);
2341     vamsasSave.setVisible(!b);
2342   }
2343
2344   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2345   {
2346     return desktop.getAllFrames();
2347   }
2348
2349   /**
2350    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2351    * should be informed of a new questionnaire.
2352    *
2353    * @param url
2354    */
2355   public void checkForQuestionnaire(String url)
2356   {
2357     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2358     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2359     new Thread(jvq).start();
2360   }
2361
2362   public void checkURLLinks()
2363   {
2364     // Thread off the URL link checker
2365     addDialogThread(new Runnable()
2366     {
2367       @Override
2368       public void run()
2369       {
2370         if (/** @j2sNative false && */ // BH 2018
2371         Cache.getDefault("CHECKURLLINKS", true))
2372         {
2373           // check what the actual links are - if it's just the default don't
2374           // bother with the warning
2375           List<String> links = Preferences.sequenceUrlLinks
2376                   .getLinksForMenu();
2377
2378           // only need to check links if there is one with a
2379           // SEQUENCE_ID which is not the default EMBL_EBI link
2380           ListIterator<String> li = links.listIterator();
2381           boolean check = false;
2382           List<JLabel> urls = new ArrayList<>();
2383           while (li.hasNext())
2384           {
2385             String link = li.next();
2386             if (link.contains(SEQUENCE_ID)
2387                     && !UrlConstants.isDefaultString(link))
2388             {
2389               check = true;
2390               int barPos = link.indexOf("|");
2391               String urlMsg = barPos == -1 ? link
2392                       : link.substring(0, barPos) + ": "
2393                               + link.substring(barPos + 1);
2394               urls.add(new JLabel(urlMsg));
2395             }
2396           }
2397           if (!check)
2398           {
2399             return;
2400           }
2401
2402           // ask user to check in case URL links use old style tokens
2403           // ($SEQUENCE_ID$ for sequence id _or_ accession id)
2404           JPanel msgPanel = new JPanel();
2405           msgPanel.setLayout(new BoxLayout(msgPanel, BoxLayout.PAGE_AXIS));
2406           msgPanel.add(Box.createVerticalGlue());
2407           JLabel msg = new JLabel(MessageManager
2408                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1"));
2409           JLabel msg2 = new JLabel(MessageManager
2410                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2"));
2411           msgPanel.add(msg);
2412           for (JLabel url : urls)
2413           {
2414             msgPanel.add(url);
2415           }
2416           msgPanel.add(msg2);
2417
2418           final JCheckBox jcb = new JCheckBox(
2419                   MessageManager.getString("label.do_not_display_again"));
2420           jcb.addActionListener(new ActionListener()
2421           {
2422             @Override
2423             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2424             {
2425               // update Cache settings for "don't show this again"
2426               boolean showWarningAgain = !jcb.isSelected();
2427               Cache.setProperty("CHECKURLLINKS",
2428                       Boolean.valueOf(showWarningAgain).toString());
2429             }
2430           });
2431           msgPanel.add(jcb);
2432
2433           JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, msgPanel,
2434                   MessageManager
2435                           .getString("label.SEQUENCE_ID_no_longer_used"),
2436                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2437         }
2438       }
2439     });
2440   }
2441
2442   /**
2443    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2444    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs low.
2445    *
2446    * @author AMW
2447    */
2448   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane
2449           implements Runnable, PropertyChangeListener
2450   {
2451
2452     public Object[] dialogData;
2453
2454     // @Override
2455     @Override
2456     public void propertyChange(PropertyChangeEvent event)
2457     {
2458       Object val = event.getNewValue();
2459       String name = event.getPropertyName();
2460       System.out.println(name);
2461       switch (event.getSource().getClass().getName())
2462       {
2463       case "javax.swing.JOptionPane":
2464         switch (name)
2465         {
2466         case "inputValue":
2467           onDialogReturn(val);
2468           return;
2469         case "value":
2470           if (val instanceof Integer)
2471           {
2472             onDialogReturn(((Integer) val).intValue());
2473           }
2474           else
2475           {
2476             onDialogReturn(val);
2477           }
2478           return;
2479         }
2480         break;
2481       case "javax.swing.ColorChooserDialog":
2482         switch (name)
2483         {
2484         case "SelectedColor":
2485           onDialogReturn(val);
2486           return;
2487         }
2488         break;
2489       case "javax.swing.JFileChooser":
2490         switch (name)
2491         {
2492         case "SelectedFile":
2493           // in JavaScript, this File object will have a _bytes property,
2494           // because the file data has already been loaded
2495           onDialogReturn(new Object[] { (File) val });
2496           return;
2497         }
2498         break;
2499       }
2500       System.out.println(event.getSource().getClass().getName() + " "
2501               + event.getPropertyName() + ": " + event.getNewValue());
2502     }
2503
2504     // JSCOmponent.DialogCaller interface
2505     void onDialogReturn(Object value)
2506     {
2507       switch ((String) dialogData[0])
2508       {
2509       case "SelectedFile":
2510       case "runnable":
2511         dialogData[0] = value;
2512         ((Runnable) dialogData[1]).run();
2513         break;
2514       case "label.select_feature_colour":
2515         ((FeatureRenderer) dialogData[1]).processColorDialog((Color) value);
2516         break;
2517       }
2518     }
2519
2520     // JSCOmponent.DialogCaller interface
2521     void onDialogReturn(int value)
2522     {
2523       if (value != Math.floor(value))
2524       {
2525         // in JavaScript, this will be NaN, oddly enough
2526         return;
2527       }
2528
2529       switch ((String) dialogData[0])
2530       {
2531       case "runnable":
2532         dialogData[0] = Integer.valueOf(value);
2533         ((Runnable) dialogData[1]).run();
2534         break;
2535       case "label.input_alignment_from_url":
2536         // reconstruct the parameter data
2537         int reply = value;
2538         AlignViewport viewport = (AlignViewport) dialogData[1];
2539         JComboBox history = (JComboBox) dialogData[2];
2540         // the rest of this is unchangaed
2541         if (reply != JvOptionPane.OK_OPTION)
2542         {
2543           return;
2544         }
2545
2546         String url = history.getSelectedItem().toString();
2547
2548         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
2549         {
2550           if (viewport != null)
2551           {
2552             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
2553                     FileFormat.Jalview);
2554           }
2555           else
2556           {
2557             new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL,
2558                     FileFormat.Jalview);
2559           }
2560         }
2561         else
2562         {
2563           FileFormatI format = null;
2564           try
2565           {
2566             format = new IdentifyFile().identify(url, DataSourceType.URL);
2567           } catch (FileFormatException e)
2568           {
2569             // TODO revise error handling, distinguish between
2570             // URL not found and response not valid
2571           }
2572
2573           if (format == null)
2574           {
2575             JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2576                     MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate",
2577                             new Object[]
2578                             { url }),
2579                     MessageManager.getString("label.url_not_found"),
2580                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2581
2582             return;
2583           }
2584
2585           if (viewport != null)
2586           {
2587             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
2588                     format);
2589           }
2590           else
2591           {
2592             new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL, format);
2593           }
2594         }
2595
2596         break;
2597       }
2598
2599     }
2600
2601     private static final float ONE_MB = 1048576f;
2602
2603     boolean showMemoryUsage = false;
2604
2605     Runtime runtime;
2606
2607     java.text.NumberFormat df;
2608
2609     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2610             percentUsage;
2611
2612     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2613     {
2614       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2615     }
2616
2617     public void showMemoryUsage(boolean showMemory)
2618     {
2619       this.showMemoryUsage = showMemory;
2620       if (showMemory)
2621       {
2622         Thread worker = new Thread(this);
2623         worker.start();
2624       }
2625       repaint();
2626     }
2627
2628     public boolean isShowMemoryUsage()
2629     {
2630       return showMemoryUsage;
2631     }
2632
2633     @Override
2634     public void run()
2635     {
2636       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2637       df.setMaximumFractionDigits(2);
2638       runtime = Runtime.getRuntime();
2639
2640       while (showMemoryUsage)
2641       {
2642         try
2643         {
2644           maxMemory = runtime.maxMemory() / ONE_MB;
2645           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / ONE_MB;
2646           freeMemory = runtime.freeMemory() / ONE_MB;
2647           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2648
2649           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2650
2651           // if (percentUsage < 20)
2652           {
2653             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2654             // Color.red);
2655             // instance.set.setBorder(border1);
2656           }
2657           repaint();
2658           // sleep after showing usage
2659           Thread.sleep(3000);
2660         } catch (Exception ex)
2661         {
2662           ex.printStackTrace();
2663         }
2664       }
2665     }
2666
2667     @Override
2668     public void paintComponent(Graphics g)
2669     {
2670       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2671       {
2672         if (percentUsage < 20)
2673         {
2674           g.setColor(Color.red);
2675         }
2676         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2677         if (fm != null)
2678         {
2679           g.drawString(MessageManager.formatMessage("label.memory_stats",
2680                   new Object[]
2681                   { df.format(totalFreeMemory), df.format(maxMemory),
2682                       df.format(percentUsage) }),
2683                   10, getHeight() - fm.getHeight());
2684         }
2685       }
2686     }
2687   }
2688
2689   /**
2690    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2691    *
2692    * @return an array of AlignFrame, or null if none found
2693    */
2694   public static AlignFrame[] getAlignFrames()
2695   {
2696     if (Jalview.isHeadlessMode())
2697     {
2698       // Desktop.desktop is null in headless mode
2699       return new AlignFrame[] { Jalview.currentAlignFrame };
2700     }
2701
2702     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2703
2704     if (frames == null)
2705     {
2706       return null;
2707     }
2708     List<AlignFrame> avp = new ArrayList<>();
2709     // REVERSE ORDER
2710     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2711     {
2712       if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2713       {
2714         avp.add((AlignFrame) frames[i]);
2715       }
2716       else if (frames[i] instanceof SplitFrame)
2717       {
2718         /*
2719          * Also check for a split frame containing an AlignFrame
2720          */
2721         GSplitFrame sf = (GSplitFrame) frames[i];
2722         if (sf.getTopFrame() instanceof AlignFrame)
2723         {
2724           avp.add((AlignFrame) sf.getTopFrame());
2725         }
2726         if (sf.getBottomFrame() instanceof AlignFrame)
2727         {
2728           avp.add((AlignFrame) sf.getBottomFrame());
2729         }
2730       }
2731     }
2732     if (avp.size() == 0)
2733     {
2734       return null;
2735     }
2736     AlignFrame afs[] = avp.toArray(new AlignFrame[avp.size()]);
2737     return afs;
2738   }
2739
2740   /**
2741    * Returns an array of any AppJmol frames in the Desktop (or null if none).
2742    *
2743    * @return
2744    */
2745   public GStructureViewer[] getJmols()
2746   {
2747     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2748
2749     if (frames == null)
2750     {
2751       return null;
2752     }
2753     List<GStructureViewer> avp = new ArrayList<>();
2754     // REVERSE ORDER
2755     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2756     {
2757       if (frames[i] instanceof AppJmol)
2758       {
2759         GStructureViewer af = (GStructureViewer) frames[i];
2760         avp.add(af);
2761       }
2762     }
2763     if (avp.size() == 0)
2764     {
2765       return null;
2766     }
2767     GStructureViewer afs[] = avp.toArray(new GStructureViewer[avp.size()]);
2768     return afs;
2769   }
2770
2771   /**
2772    * Add Groovy Support to Jalview
2773    */
2774   @Override
2775   public void groovyShell_actionPerformed()
2776   {
2777     try
2778     {
2779       openGroovyConsole();
2780     } catch (Exception ex)
2781     {
2782       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2783       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2784
2785               MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2786               MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2787               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2788     }
2789   }
2790
2791   /**
2792    * Open the Groovy console
2793    */
2794   void openGroovyConsole()
2795   {
2796     if (groovyConsole == null)
2797     {
2798       groovyConsole = new groovy.ui.Console();
2799       groovyConsole.setVariable("Jalview", this);
2800       groovyConsole.run();
2801
2802       /*
2803        * We allow only one console at a time, so that AlignFrame menu option
2804        * 'Calculate | Run Groovy script' is unambiguous.
2805        * Disable 'Groovy Console', and enable 'Run script', when the console is
2806        * opened, and the reverse when it is closed
2807        */
2808       Window window = (Window) groovyConsole.getFrame();
2809       window.addWindowListener(new WindowAdapter()
2810       {
2811         @Override
2812         public void windowClosed(WindowEvent e)
2813         {
2814           /*
2815            * rebind CMD-Q from Groovy Console to Jalview Quit
2816            */
2817           addQuitHandler();
2818           enableExecuteGroovy(false);
2819         }
2820       });
2821     }
2822
2823     /*
2824      * show Groovy console window (after close and reopen)
2825      */
2826     ((Window) groovyConsole.getFrame()).setVisible(true);
2827
2828     /*
2829      * if we got this far, enable 'Run Groovy' in AlignFrame menus
2830      * and disable opening a second console
2831      */
2832     enableExecuteGroovy(true);
2833   }
2834
2835   /**
2836    * Bind Ctrl/Cmd-Q to Quit - for reset as Groovy Console takes over this binding
2837    * when opened
2838    */
2839   protected void addQuitHandler()
2840   {
2841     getRootPane().getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW)
2842             .put(KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_Q,
2843                     Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask()),
2844                     "Quit");
2845     getRootPane().getActionMap().put("Quit", new AbstractAction()
2846     {
2847       @Override
2848       public void actionPerformed(ActionEvent e)
2849       {
2850         quit();
2851       }
2852     });
2853   }
2854
2855   /**
2856    * Enable or disable 'Run Groovy script' in AlignFrame calculate menus
2857    *
2858    * @param enabled
2859    *          true if Groovy console is open
2860    */
2861   public void enableExecuteGroovy(boolean enabled)
2862   {
2863     /*
2864      * disable opening a second Groovy console
2865      * (or re-enable when the console is closed)
2866      */
2867     groovyShell.setEnabled(!enabled);
2868
2869     AlignFrame[] alignFrames = getAlignFrames();
2870     if (alignFrames != null)
2871     {
2872       for (AlignFrame af : alignFrames)
2873       {
2874         af.setGroovyEnabled(enabled);
2875       }
2876     }
2877   }
2878
2879   /**
2880    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2881    */
2882   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2883
2884   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2885
2886   /*
2887    * (non-Javadoc)
2888    *
2889    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2890    */
2891   @Override
2892   public void setProgressBar(String message, long id)
2893   {
2894     if (progressBars == null)
2895     {
2896       progressBars = new Hashtable<>();
2897       progressBarHandlers = new Hashtable<>();
2898     }
2899
2900     if (progressBars.get(new Long(id)) != null)
2901     {
2902       JPanel panel = progressBars.remove(new Long(id));
2903       if (progressBarHandlers.contains(new Long(id)))
2904       {
2905         progressBarHandlers.remove(new Long(id));
2906       }
2907       removeProgressPanel(panel);
2908     }
2909     else
2910     {
2911       progressBars.put(new Long(id), addProgressPanel(message));
2912     }
2913   }
2914
2915   /*
2916    * (non-Javadoc)
2917    *
2918    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2919    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2920    */
2921   @Override
2922   public void registerHandler(final long id,
2923           final IProgressIndicatorHandler handler)
2924   {
2925     if (progressBarHandlers == null
2926             || !progressBars.containsKey(new Long(id)))
2927     {
2928       throw new Error(MessageManager.getString(
2929               "error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2930     }
2931     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
2932     final JPanel progressPanel = progressBars.get(new Long(id));
2933     if (handler.canCancel())
2934     {
2935       JButton cancel = new JButton(
2936               MessageManager.getString("action.cancel"));
2937       final IProgressIndicator us = this;
2938       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2939       {
2940
2941         @Override
2942         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2943         {
2944           handler.cancelActivity(id);
2945           us.setProgressBar(MessageManager
2946                   .formatMessage("label.cancelled_params", new Object[]
2947                   { ((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText() }),
2948                   id);
2949         }
2950       });
2951       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2952     }
2953   }
2954
2955   /**
2956    *
2957    * @return true if any progress bars are still active
2958    */
2959   @Override
2960   public boolean operationInProgress()
2961   {
2962     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2963     {
2964       return true;
2965     }
2966     return false;
2967   }
2968
2969   /**
2970    * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance. It
2971    * will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular av.
2972    *
2973    * @param viewport
2974    * @return alignFrame for viewport
2975    */
2976   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewportI viewport)
2977   {
2978     if (desktop != null)
2979     {
2980       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(
2981               viewport.getSequenceSetId());
2982       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2983       {
2984         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == viewport)
2985         {
2986           return aps[panel].alignFrame;
2987         }
2988       }
2989     }
2990     return null;
2991   }
2992
2993   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2994   {
2995     return v_client;
2996
2997   }
2998
2999   /**
3000    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
3001    */
3002   private boolean inBatchMode = false;
3003
3004   /**
3005    * check if jalview GUI is being operated programmatically
3006    *
3007    * @return inBatchMode
3008    */
3009   public boolean isInBatchMode()
3010   {
3011     return inBatchMode;
3012   }
3013
3014   /**
3015    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
3016    *
3017    * @param inBatchMode
3018    */
3019   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
3020   {
3021     this.inBatchMode = inBatchMode;
3022   }
3023
3024   public void startServiceDiscovery()
3025   {
3026     startServiceDiscovery(false);
3027   }
3028
3029   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
3030   {
3031     boolean alive = true;
3032     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
3033     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
3034     if (true)
3035     {
3036       // todo: changesupport handlers need to be transferred
3037       if (discoverer == null)
3038       {
3039         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
3040         // register PCS handler for desktop.
3041         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
3042       }
3043       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
3044       // until we phase out completely
3045       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
3046     }
3047
3048     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
3049     {
3050       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
3051               .startDiscoverer(changeSupport);
3052     }
3053     Thread t3 = null;
3054     {
3055       // TODO: do rest service discovery
3056     }
3057     if (blocking)
3058     {
3059       while (alive)
3060       {
3061         try
3062         {
3063           Thread.sleep(15);
3064         } catch (Exception e)
3065         {
3066         }
3067         alive = (t1 != null && t1.isAlive()) || (t2 != null && t2.isAlive())
3068                 || (t3 != null && t3.isAlive())
3069                 || (t0 != null && t0.isAlive());
3070       }
3071     }
3072   }
3073
3074   /**
3075    * called to check if the service discovery process completed successfully.
3076    *
3077    * @param evt
3078    */
3079   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
3080   {
3081     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
3082     {
3083       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
3084               .getErrorMessages();
3085       if (ermsg != null)
3086       {
3087         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
3088         {
3089           if (serviceChangedDialog == null)
3090           {
3091             // only run if we aren't already displaying one of these.
3092             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
3093             {
3094               @Override
3095               public void run()
3096               {
3097
3098                 /*
3099                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
3100                  *
3101                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
3102                  * Auto-generated method stub
3103                  *
3104                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
3105                  * Auto-generated method stub
3106                  *
3107                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
3108                  * Auto-generated method stub
3109                  *
3110                  * } }; jd.initDialogFrame(new
3111                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
3112                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
3113                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
3114                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
3115                  * +
3116                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
3117                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
3118                  * 400);
3119                  *
3120                  * jd.waitForInput();
3121                  */
3122                 JvOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.desktop,
3123                         new JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>"
3124                                 + ermsg + "</td></tr></table>"
3125                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
3126                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
3127                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
3128                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
3129                         "Web Service Configuration Problem",
3130                         JvOptionPane.DEFAULT_OPTION,
3131                         JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
3132                 serviceChangedDialog = null;
3133
3134               }
3135             });
3136           }
3137         }
3138         else
3139         {
3140           Cache.log.error(
3141                   "Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
3142                           + ermsg);
3143         }
3144       }
3145     }
3146   }
3147
3148   private Runnable serviceChangedDialog = null;
3149
3150   /**
3151    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
3152    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
3153    * to open the URL.
3154    *
3155    * @param url
3156    */
3157   public static void showUrl(final String url)
3158   {
3159     showUrl(url, Desktop.instance);
3160   }
3161
3162   /**
3163    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
3164    *
3165    * @param url
3166    * @param progress
3167    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
3168    */
3169   public static void showUrl(final String url,
3170           final IProgressIndicator progress)
3171   {
3172     new Thread(new Runnable()
3173     {
3174       @Override
3175       public void run()
3176       {
3177         try
3178         {
3179           if (progress != null)
3180           {
3181             progress.setProgressBar(MessageManager
3182                     .formatMessage("status.opening_params", new Object[]
3183                     { url }), this.hashCode());
3184           }
3185           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
3186         } catch (Exception ex)
3187         {
3188           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
3189                   MessageManager
3190                           .getString("label.web_browser_not_found_unix"),
3191                   MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
3192                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
3193
3194           ex.printStackTrace();
3195         }
3196         if (progress != null)
3197         {
3198           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
3199         }
3200       }
3201     }).start();
3202   }
3203
3204   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
3205
3206   public static ParamManager getUserParameterStore()
3207   {
3208     if (wsparamManager == null)
3209     {
3210       wsparamManager = new WsParamSetManager();
3211     }
3212     return wsparamManager;
3213   }
3214
3215   /**
3216    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
3217    *
3218    * @param e
3219    */
3220   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
3221   {
3222     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
3223     {
3224       String url = null;
3225       try
3226       {
3227         url = e.getURL().toString();
3228         Desktop.showUrl(url);
3229       } catch (Exception x)
3230       {
3231         if (url != null)
3232         {
3233           if (Cache.log != null)
3234           {
3235             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
3236           }
3237           else
3238           {
3239             System.err.println(
3240                     "Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
3241           }
3242         }
3243         // ignore any exceptions due to dud links.
3244       }
3245
3246     }
3247   }
3248
3249   /**
3250    * single thread that handles display of dialogs to user.
3251    */
3252   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
3253
3254   /**
3255    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
3256    */
3257   private volatile boolean dialogPause = true;
3258
3259   /**
3260    * pause the queue
3261    */
3262   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
3263
3264   private static groovy.ui.Console groovyConsole;
3265
3266   /**
3267    * add another dialog thread to the queue
3268    *
3269    * @param prompter
3270    */
3271   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
3272   {
3273     dialogExecutor.submit(new Runnable()
3274     {
3275       @Override
3276       public void run()
3277       {
3278         if (dialogPause)
3279         {
3280           try
3281           {
3282             block.acquire();
3283           } catch (InterruptedException x)
3284           {
3285           }
3286           ;
3287         }
3288         if (instance == null)
3289         {
3290           return;
3291         }
3292         try
3293         {
3294           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
3295         } catch (Exception q)
3296         {
3297           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
3298         }
3299       }
3300     });
3301   }
3302
3303   public void startDialogQueue()
3304   {
3305     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
3306     // the current task to begin
3307     dialogPause = false;
3308     block.release();
3309   }
3310
3311   @Override
3312   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
3313   {
3314     invalidate();
3315     File of;
3316     ImageMaker im = new jalview.util.ImageMaker(
3317             this, ImageMaker.TYPE.EPS, "View of Desktop", getWidth(),
3318             getHeight(), of = new File("Jalview_snapshot"
3319                     + System.currentTimeMillis() + ".eps"),
3320             "View of desktop", null, 0, false);
3321     try
3322     {
3323       paintAll(im.getGraphics());
3324       im.writeImage();
3325     } catch (Exception q)
3326     {
3327       Cache.log.error("Couldn't write snapshot to " + of.getAbsolutePath(),
3328               q);
3329       return;
3330     }
3331     Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
3332             + of.getAbsolutePath());
3333   }
3334
3335   /**
3336    * Explode the views in the given SplitFrame into separate SplitFrame windows.
3337    * This respects (remembers) any previous 'exploded geometry' i.e. the size and
3338    * location last time the view was expanded (if any). However it does not
3339    * remember the split pane divider location - this is set to match the
3340    * 'exploding' frame.
3341    *
3342    * @param sf
3343    */
3344   public void explodeViews(SplitFrame sf)
3345   {
3346     AlignFrame oldTopFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3347     AlignFrame oldBottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3348     List<? extends AlignmentViewPanel> topPanels = oldTopFrame
3349             .getAlignPanels();
3350     List<? extends AlignmentViewPanel> bottomPanels = oldBottomFrame
3351             .getAlignPanels();
3352     int viewCount = topPanels.size();
3353     if (viewCount < 2)
3354     {
3355       return;
3356     }
3357
3358     /*
3359      * Processing in reverse order works, forwards order leaves the first panels
3360      * not visible. I don't know why!
3361      */
3362     for (int i = viewCount - 1; i >= 0; i--)
3363     {
3364       /*
3365        * Make new top and bottom frames. These take over the respective
3366        * AlignmentPanel objects, including their AlignmentViewports, so the
3367        * cdna/protein relationships between the viewports is carried over to the
3368        * new split frames.
3369        *
3370        * explodedGeometry holds the (x, y) position of the previously exploded
3371        * SplitFrame, and the (width, height) of the AlignFrame component
3372        */
3373       AlignmentPanel topPanel = (AlignmentPanel) topPanels.get(i);
3374       AlignFrame newTopFrame = new AlignFrame(topPanel);
3375       newTopFrame.setSize(oldTopFrame.getSize());
3376       newTopFrame.setVisible(true);
3377       Rectangle geometry = ((AlignViewport) topPanel.getAlignViewport())
3378               .getExplodedGeometry();
3379       if (geometry != null)
3380       {
3381         newTopFrame.setSize(geometry.getSize());
3382       }
3383
3384       AlignmentPanel bottomPanel = (AlignmentPanel) bottomPanels.get(i);
3385       AlignFrame newBottomFrame = new AlignFrame(bottomPanel);
3386       newBottomFrame.setSize(oldBottomFrame.getSize());
3387       newBottomFrame.setVisible(true);
3388       geometry = ((AlignViewport) bottomPanel.getAlignViewport())
3389               .getExplodedGeometry();
3390       if (geometry != null)
3391       {
3392         newBottomFrame.setSize(geometry.getSize());
3393       }
3394
3395       topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3396       bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3397       JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(newTopFrame,
3398               newBottomFrame);
3399       if (geometry != null)
3400       {
3401         splitFrame.setLocation(geometry.getLocation());
3402       }
3403       Desktop.addInternalFrame(splitFrame, sf.getTitle(), -1, -1);
3404     }
3405
3406     /*
3407      * Clear references to the panels (now relocated in the new SplitFrames)
3408      * before closing the old SplitFrame.
3409      */
3410     topPanels.clear();
3411     bottomPanels.clear();
3412     sf.close();
3413   }
3414
3415   /**
3416    * Gather expanded split frames, sharing the same pairs of sequence set ids,
3417    * back into the given SplitFrame as additional views. Note that the gathered
3418    * frames may themselves have multiple views.
3419    *
3420    * @param source
3421    */
3422   public void gatherViews(GSplitFrame source)
3423   {
3424     /*
3425      * special handling of explodedGeometry for a view within a SplitFrame: - it
3426      * holds the (x, y) position of the enclosing SplitFrame, and the (width,
3427      * height) of the AlignFrame component
3428      */
3429     AlignFrame myTopFrame = (AlignFrame) source.getTopFrame();
3430     AlignFrame myBottomFrame = (AlignFrame) source.getBottomFrame();
3431     myTopFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3432             source.getY(), myTopFrame.getWidth(), myTopFrame.getHeight()));
3433     myBottomFrame.viewport
3434             .setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(), source.getY(),
3435                     myBottomFrame.getWidth(), myBottomFrame.getHeight()));
3436     myTopFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3437     myBottomFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3438     String topViewId = myTopFrame.viewport.getSequenceSetId();
3439     String bottomViewId = myBottomFrame.viewport.getSequenceSetId();
3440
3441     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
3442     for (JInternalFrame frame : frames)
3443     {
3444       if (frame instanceof SplitFrame && frame != source)
3445       {
3446         SplitFrame sf = (SplitFrame) frame;
3447         AlignFrame topFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3448         AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3449         boolean gatherThis = false;
3450         for (int a = 0; a < topFrame.alignPanels.size(); a++)
3451         {
3452           AlignmentPanel topPanel = topFrame.alignPanels.get(a);
3453           AlignmentPanel bottomPanel = bottomFrame.alignPanels.get(a);
3454           if (topViewId.equals(topPanel.av.getSequenceSetId())
3455                   && bottomViewId.equals(bottomPanel.av.getSequenceSetId()))
3456           {
3457             gatherThis = true;
3458             topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3459             bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3460             topPanel.av.setExplodedGeometry(
3461                     new Rectangle(sf.getLocation(), topFrame.getSize()));
3462             bottomPanel.av.setExplodedGeometry(
3463                     new Rectangle(sf.getLocation(), bottomFrame.getSize()));
3464             myTopFrame.addAlignmentPanel(topPanel, false);
3465             myBottomFrame.addAlignmentPanel(bottomPanel, false);
3466           }
3467         }
3468
3469         if (gatherThis)
3470         {
3471           topFrame.getAlignPanels().clear();
3472           bottomFrame.getAlignPanels().clear();
3473           sf.close();
3474         }
3475       }
3476     }
3477
3478     /*
3479      * The dust settles...give focus to the tab we did this from.
3480      */
3481     myTopFrame.setDisplayedView(myTopFrame.alignPanel);
3482   }
3483
3484   public static groovy.ui.Console getGroovyConsole()
3485   {
3486     return groovyConsole;
3487   }
3488
3489   /**
3490    * handles the payload of a drag and drop event.
3491    *
3492    * TODO refactor to desktop utilities class
3493    *
3494    * @param files
3495    *          - Data source strings extracted from the drop event
3496    * @param protocols
3497    *          - protocol for each data source extracted from the drop event
3498    * @param evt
3499    *          - the drop event
3500    * @param t
3501    *          - the payload from the drop event
3502    * @throws Exception
3503    */
3504   public static void transferFromDropTarget(List<Object> files,
3505           List<DataSourceType> protocols, DropTargetDropEvent evt,
3506           Transferable t) throws Exception
3507   {
3508
3509     // BH 2018 changed List<String> to List<Object> to allow for File from SwingJS
3510
3511     // DataFlavor[] flavors = t.getTransferDataFlavors();
3512     // for (int i = 0; i < flavors.length; i++) {
3513     // if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType()) {
3514     // evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
3515     // List<File> list = (List<File>) t.getTransferData(flavors[i]);
3516     // for (int j = 0; j < list.size(); j++) {
3517     // File file = (File) list.get(j);
3518     // byte[] data = getDroppedFileBytes(file);
3519     // fileName.setText(file.getName() + " - " + data.length + " " +
3520     // evt.getLocation());
3521     // JTextArea target = (JTextArea) ((DropTarget) evt.getSource()).getComponent();
3522     // target.setText(new String(data));
3523     // }
3524     // dtde.dropComplete(true);
3525     // return;
3526     // }
3527     //
3528
3529     DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
3530             "text/uri-list;class=java.lang.String"), urlFlavour = null;
3531     try
3532     {
3533       urlFlavour = new DataFlavor(
3534               "application/x-java-url; class=java.net.URL");
3535     } catch (ClassNotFoundException cfe)
3536     {
3537       Cache.log.debug("Couldn't instantiate the URL dataflavor.", cfe);
3538     }
3539
3540     if (urlFlavour != null && t.isDataFlavorSupported(urlFlavour))
3541     {
3542
3543       try
3544       {
3545         java.net.URL url = (URL) t.getTransferData(urlFlavour);
3546         // nb: java 8 osx bug https://bugs.openjdk.java.net/browse/JDK-8156099
3547         // means url may be null.
3548         if (url != null)
3549         {
3550           protocols.add(DataSourceType.URL);
3551           files.add(url.toString());
3552           Cache.log.debug("Drop handled as URL dataflavor "
3553                   + files.get(files.size() - 1));
3554           return;
3555         }
3556         else
3557         {
3558           if (Platform.isAMac())
3559           {
3560             System.err.println(
3561                     "Please ignore plist error - occurs due to problem with java 8 on OSX");
3562           }
3563           ;
3564         }
3565       } catch (Throwable ex)
3566       {
3567         Cache.log.debug("URL drop handler failed.", ex);
3568       }
3569     }
3570     if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3571     {
3572       // Works on Windows and MacOSX
3573       Cache.log.debug("Drop handled as javaFileListFlavor");
3574       for (Object file : (List) t
3575               .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3576       {
3577         files.add(file);
3578         protocols.add(DataSourceType.FILE);
3579       }
3580     }
3581     else
3582     {
3583       // Unix like behaviour
3584       boolean added = false;
3585       String data = null;
3586       if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
3587       {
3588         Cache.log.debug("Drop handled as uriListFlavor");
3589         // This is used by Unix drag system
3590         data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
3591       }
3592       if (data == null)
3593       {
3594         // fallback to text: workaround - on OSX where there's a JVM bug
3595         Cache.log.debug("standard URIListFlavor failed. Trying text");
3596         // try text fallback
3597         DataFlavor textDf = new DataFlavor(
3598                 "text/plain;class=java.lang.String");
3599         if (t.isDataFlavorSupported(textDf))
3600         {
3601           data = (String) t.getTransferData(textDf);
3602         }
3603
3604         Cache.log.debug("Plain text drop content returned "
3605                 + (data == null ? "Null - failed" : data));
3606
3607       }
3608       if (data != null)
3609       {
3610         while (protocols.size() < files.size())
3611         {
3612           Cache.log.debug("Adding missing FILE protocol for "
3613                   + files.get(protocols.size()));
3614           protocols.add(DataSourceType.FILE);
3615         }
3616         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
3617                 data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
3618         {
3619           added = true;
3620           String s = st.nextToken();
3621           if (s.startsWith("#"))
3622           {
3623             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
3624             continue;
3625           }
3626           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
3627           if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
3628           {
3629             protocols.add(DataSourceType.URL);
3630             files.add(uri.toString());
3631           }
3632           else
3633           {
3634             // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
3635             java.io.File file = new java.io.File(uri);
3636             protocols.add(DataSourceType.FILE);
3637             files.add(file.toString());
3638           }
3639         }
3640       }
3641
3642       if (Cache.log.isDebugEnabled())
3643       {
3644         if (data == null || !added)
3645         {
3646
3647           if (t.getTransferDataFlavors() != null
3648                   && t.getTransferDataFlavors().length > 0)
3649           {
3650             Cache.log.debug(
3651                     "Couldn't resolve drop data. Here are the supported flavors:");
3652             for (DataFlavor fl : t.getTransferDataFlavors())
3653             {
3654               Cache.log.debug(
3655                       "Supported transfer dataflavor: " + fl.toString());
3656               Object df = t.getTransferData(fl);
3657               if (df != null)
3658               {
3659                 Cache.log.debug("Retrieves: " + df);
3660               }
3661               else
3662               {
3663                 Cache.log.debug("Retrieved nothing");
3664               }
3665             }
3666           }
3667           else
3668           {
3669             Cache.log.debug("Couldn't resolve dataflavor for drop: "
3670                     + t.toString());
3671           }
3672         }
3673       }
3674     }
3675     if (Platform.isWindows())
3676
3677     {
3678       Cache.log.debug("Scanning dropped content for Windows Link Files");
3679
3680       // resolve any .lnk files in the file drop
3681       for (int f = 0; f < files.size(); f++)
3682       {
3683         String source = files.get(f).toString().toLowerCase();
3684         if (protocols.get(f).equals(DataSourceType.FILE)
3685                 && (source.endsWith(".lnk") || source.endsWith(".url")
3686                         || source.endsWith(".site")))
3687         {
3688           try
3689           {
3690             Object obj = files.get(f);
3691             File lf = (obj instanceof File ? (File) obj
3692                     : new File((String) obj));
3693             // process link file to get a URL
3694             Cache.log.debug("Found potential link file: " + lf);
3695             WindowsShortcut wscfile = new WindowsShortcut(lf);
3696             String fullname = wscfile.getRealFilename();
3697             protocols.set(f, FormatAdapter.checkProtocol(fullname));
3698             files.set(f, fullname);
3699             Cache.log.debug("Parsed real filename " + fullname
3700                     + " to extract protocol: " + protocols.get(f));
3701           } catch (Exception ex)
3702           {
3703             Cache.log.error(
3704                     "Couldn't parse " + files.get(f) + " as a link file.",
3705                     ex);
3706           }
3707         }
3708       }
3709     }
3710   }
3711
3712   /**
3713    * Sets the Preferences property for experimental features to True or False
3714    * depending on the state of the controlling menu item
3715    */
3716   @Override
3717   protected void showExperimental_actionPerformed(boolean selected)
3718   {
3719     Cache.setProperty(EXPERIMENTAL_FEATURES, Boolean.toString(selected));
3720   }
3721
3722   /**
3723    * Answers a (possibly empty) list of any structure viewer frames (currently for
3724    * either Jmol or Chimera) which are currently open. This may optionally be
3725    * restricted to viewers of a specified class, or viewers linked to a specified
3726    * alignment panel.
3727    *
3728    * @param apanel
3729    *          if not null, only return viewers linked to this panel
3730    * @param structureViewerClass
3731    *          if not null, only return viewers of this class
3732    * @return
3733    */
3734   public List<StructureViewerBase> getStructureViewers(
3735           AlignmentPanel apanel,
3736           Class<? extends StructureViewerBase> structureViewerClass)
3737   {
3738     List<StructureViewerBase> result = new ArrayList<>();
3739     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
3740
3741     for (JInternalFrame frame : frames)
3742     {
3743       if (frame instanceof StructureViewerBase)
3744       {
3745         if (structureViewerClass == null
3746                 || structureViewerClass.isInstance(frame))
3747         {
3748           if (apanel == null
3749                   || ((StructureViewerBase) frame).isLinkedWith(apanel))
3750           {
3751             result.add((StructureViewerBase) frame);
3752           }
3753         }
3754       }
3755     }
3756     return result;
3757   }
3758 }