src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_ID;
  24
  25 import jalview.api.AlignViewportI;
  26 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.bin.Jalview;
  29 import jalview.io.FileLoader;
  30 import jalview.io.FormatAdapter;
  31 import jalview.io.IdentifyFile;
  32 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  33 import jalview.io.JalviewFileView;
  34 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  35 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  36 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  37 import jalview.util.ImageMaker;
  38 import jalview.util.MessageManager;
  39 import jalview.util.Platform;
  40 import jalview.util.UrlConstants;
  41 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  42 import jalview.ws.params.ParamManager;
  43
  44 import java.awt.BorderLayout;
  45 import java.awt.Color;
  46 import java.awt.Dimension;
  47 import java.awt.FontMetrics;
  48 import java.awt.Graphics;
  49 import java.awt.GridLayout;
  50 import java.awt.Point;
  51 import java.awt.Rectangle;
  52 import java.awt.Toolkit;
  53 import java.awt.Window;
  54 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  55 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  56 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  57 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  58 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  59 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  60 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  61 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  62 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  63 import java.awt.event.ActionEvent;
  64 import java.awt.event.ActionListener;
  65 import java.awt.event.FocusEvent;
  66 import java.awt.event.FocusListener;
  67 import java.awt.event.KeyEvent;
  68 import java.awt.event.MouseAdapter;
  69 import java.awt.event.MouseEvent;
  70 import java.awt.event.WindowAdapter;
  71 import java.awt.event.WindowEvent;
  72 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  73 import java.beans.PropertyChangeListener;
  74 import java.io.BufferedInputStream;
  75 import java.io.File;
  76 import java.io.FileOutputStream;
  77 import java.net.URL;
  78 import java.util.ArrayList;
  79 import java.util.Hashtable;
  80 import java.util.List;
  81 import java.util.ListIterator;
  82 import java.util.StringTokenizer;
  83 import java.util.Vector;
  84 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  85 import java.util.concurrent.Executors;
  86 import java.util.concurrent.Semaphore;
  87
  88 import javax.swing.AbstractAction;
  89 import javax.swing.Box;
  90 import javax.swing.BoxLayout;
  91 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
  92 import javax.swing.DesktopManager;
  93 import javax.swing.JButton;
  94 import javax.swing.JCheckBox;
  95 import javax.swing.JComboBox;
  96 import javax.swing.JComponent;
  97 import javax.swing.JDesktopPane;
  98 import javax.swing.JFrame;
  99 import javax.swing.JInternalFrame;
 100 import javax.swing.JLabel;
 101 import javax.swing.JMenuItem;
 102 import javax.swing.JOptionPane;
 103 import javax.swing.JPanel;
 104 import javax.swing.JPopupMenu;
 105 import javax.swing.JProgressBar;
 106 import javax.swing.KeyStroke;
 107 import javax.swing.SwingUtilities;
 108 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
 109 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
 110 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
 111 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
 112 import javax.swing.event.MenuEvent;
 113 import javax.swing.event.MenuListener;
 114
 115 /**
 116  * Jalview Desktop
 117  *
 118  *
 119  * @author $author$
 120  * @version $Revision: 1.155 $
 121  */
 122 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop implements
 123         DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 124         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 125 {
 126
 127   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 128
 129   /**
 130    * news reader - null if it was never started.
 131    */
 132   private BlogReader jvnews = null;
 133
 134   private File projectFile;
 135
 136   /**
 137    * @param listener
 138    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 139    */
 140   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 141           PropertyChangeListener listener)
 142   {
 143     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 144   }
 145
 146   /**
 147    * @param propertyName
 148    * @param listener
 149    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 150    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 151    */
 152   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 153           PropertyChangeListener listener)
 154   {
 155     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 156   }
 157
 158   /**
 159    * @param propertyName
 160    * @param listener
 161    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 162    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 163    */
 164   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 165           PropertyChangeListener listener)
 166   {
 167     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 168             listener);
 169   }
 170
 171   /** Singleton Desktop instance */
 172   public static Desktop instance;
 173
 174   public static MyDesktopPane desktop;
 175
 176   static int openFrameCount = 0;
 177
 178   static final int xOffset = 30;
 179
 180   static final int yOffset = 30;
 181
 182   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 183
 184   public static Object[] jalviewClipboard;
 185
 186   public static boolean internalCopy = false;
 187
 188   static int fileLoadingCount = 0;
 189
 190   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 191   {
 192
 193     private DesktopManager delegate;
 194
 195     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 196     {
 197       this.delegate = delegate;
 198     }
 199
 200     @Override
 201     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 202     {
 203       try
 204       {
 205         delegate.activateFrame(f);
 206       } catch (NullPointerException npe)
 207       {
 208         Point p = getMousePosition();
 209         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 210       }
 211     }
 212
 213     @Override
 214     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 215     {
 216       delegate.beginDraggingFrame(f);
 217     }
 218
 219     @Override
 220     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 221     {
 222       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 223     }
 224
 225     @Override
 226     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 227     {
 228       delegate.closeFrame(f);
 229     }
 230
 231     @Override
 232     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 233     {
 234       delegate.deactivateFrame(f);
 235     }
 236
 237     @Override
 238     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 239     {
 240       delegate.deiconifyFrame(f);
 241     }
 242
 243     @Override
 244     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 245     {
 246       if (newY < 0)
 247       {
 248         newY = 0;
 249       }
 250       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 251     }
 252
 253     @Override
 254     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 255     {
 256       delegate.endDraggingFrame(f);
 257     }
 258
 259     @Override
 260     public void endResizingFrame(JComponent f)
 261     {
 262       delegate.endResizingFrame(f);
 263     }
 264
 265     @Override
 266     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 267     {
 268       delegate.iconifyFrame(f);
 269     }
 270
 271     @Override
 272     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 273     {
 274       delegate.maximizeFrame(f);
 275     }
 276
 277     @Override
 278     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 279     {
 280       delegate.minimizeFrame(f);
 281     }
 282
 283     @Override
 284     public void openFrame(JInternalFrame f)
 285     {
 286       delegate.openFrame(f);
 287     }
 288
 289     @Override
 290     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 291             int newHeight)
 292     {
 293       if (newY < 0)
 294       {
 295         newY = 0;
 296       }
 297       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 298     }
 299
 300     @Override
 301     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 302             int newWidth, int newHeight)
 303     {
 304       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 305     }
 306
 307     // All other methods, simply delegate
 308
 309   }
 310
 311   /**
 312    * Creates a new Desktop object.
 313    */
 314   public Desktop()
 315   {
 316     /**
 317      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 318      * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 319      * constructor.
 320      */
 321     instance = this;
 322     doVamsasClientCheck();
 323
 324     groovyShell = new JMenuItem();
 325     groovyShell.setText(MessageManager.getString("label.groovy_console"));
 326     groovyShell.addActionListener(new ActionListener()
 327     {
 328       @Override
 329       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 330       {
 331         groovyShell_actionPerformed();
 332       }
 333     });
 334     toolsMenu.add(groovyShell);
 335     groovyShell.setVisible(true);
 336
 337     doConfigureStructurePrefs();
 338     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
 339     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 340     boolean selmemusage = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE",
 341             false);
 342     boolean showjconsole = jalview.bin.Cache.getDefault(
 343             "SHOW_JAVA_CONSOLE", false);
 344     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 345     if (Platform.isAMac())
 346     {
 347       desktop.setDoubleBuffered(false);
 348     }
 349     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 350     desktop.setBackground(Color.white);
 351     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 352     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 353     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 354     // sp.getViewport().setView(desktop);
 355     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 356     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 357     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 358
 359     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 360     // if previous window was maximised
 361     desktop.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
 362             new DefaultDesktopManager()));
 363
 364     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 365     if (dims != null)
 366     {
 367       setBounds(dims);
 368     }
 369     else
 370     {
 371       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 372       setBounds((screenSize.width - 900) / 2,
 373               (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 374     }
 375     jconsole = new Console(this, showjconsole);
 376     // add essential build information
 377     jconsole.setHeader("Jalview Version: "
 378             + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "\n"
 379             + "Jalview Installation: "
 380             + jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown")
 381             + "\n" + "Build Date: "
 382             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown") + "\n"
 383             + "Java version: " + System.getProperty("java.version") + "\n"
 384             + System.getProperty("os.arch") + " "
 385             + System.getProperty("os.name") + " "
 386             + System.getProperty("os.version"));
 387
 388     showConsole(showjconsole);
 389
 390     showNews.setVisible(false);
 391
 392     checkURLLinks();
 393
 394     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 395     {
 396       @Override
 397       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 398       {
 399         quit();
 400       }
 401     });
 402
 403     MouseAdapter ma;
 404     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 405     {
 406       @Override
 407       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 408       {
 409         if (evt.isPopupTrigger()) // Mac
 410         {
 411           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 412         }
 413       }
 414
 415       @Override
 416       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 417       {
 418         if (evt.isPopupTrigger()) // Windows
 419         {
 420           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 421         }
 422       }
 423     });
 424     desktop.addMouseListener(ma);
 425
 426     this.addFocusListener(new FocusListener()
 427     {
 428
 429       @Override
 430       public void focusLost(FocusEvent e)
 431       {
 432         // TODO Auto-generated method stub
 433
 434       }
 435
 436       @Override
 437       public void focusGained(FocusEvent e)
 438       {
 439         Cache.log.debug("Relaying windows after focus gain");
 440         // make sure that we sort windows properly after we gain focus
 441         instance.relayerWindows();
 442       }
 443     });
 444     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 445     // Spawn a thread that shows the splashscreen
 446     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 447     {
 448       @Override
 449       public void run()
 450       {
 451         new SplashScreen();
 452       }
 453     });
 454
 455     // displayed.
 456     // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time it
 457     // takes to open it later on.
 458     new Thread(new Runnable()
 459     {
 460       @Override
 461       public void run()
 462       {
 463         Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 464         new JalviewFileChooser(
 465                 jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 466                 jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
 467                 jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
 468                 jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 469         Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 470       }
 471     }).start();
 472     // Add the service change listener
 473     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 474             new PropertyChangeListener()
 475             {
 476
 477               @Override
 478               public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 479               {
 480                 Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 481                         + evt.getNewValue());
 482                 JalviewServicesChanged(evt);
 483               }
 484
 485             });
 486   }
 487
 488   public void doConfigureStructurePrefs()
 489   {
 490     // configure services
 491     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 492             .getStructureSelectionManager(this);
 493     if (jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 494     {
 495       ssm.setAddTempFacAnnot(jalview.bin.Cache.getDefault(
 496               Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 497       ssm.setProcessSecondaryStructure(jalview.bin.Cache.getDefault(
 498               Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 499       ssm.setSecStructServices(jalview.bin.Cache.getDefault(
 500               Preferences.USE_RNAVIEW, true));
 501     }
 502     else
 503     {
 504       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 505       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 506       ssm.setSecStructServices(false);
 507     }
 508   }
 509
 510   public void checkForNews()
 511   {
 512     final Desktop me = this;
 513     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 514     addDialogThread(new Runnable()
 515     {
 516       @Override
 517       public void run()
 518       {
 519         Cache.log.debug("Starting news thread.");
 520
 521         jvnews = new BlogReader(me);
 522         showNews.setVisible(true);
 523         Cache.log.debug("Completed news thread.");
 524       }
 525     });
 526   }
 527
 528   @Override
 529   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 530   {
 531     showNews(showNews.isSelected());
 532   }
 533
 534   void showNews(boolean visible)
 535   {
 536     {
 537       Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 538       showNews.setSelected(visible);
 539       if (visible && !jvnews.isVisible())
 540       {
 541         new Thread(new Runnable()
 542         {
 543           @Override
 544           public void run()
 545           {
 546             long now = System.currentTimeMillis();
 547             Desktop.instance.setProgressBar(
 548                     MessageManager.getString("status.refreshing_news"), now);
 549             jvnews.refreshNews();
 550             Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
 551             jvnews.showNews();
 552           }
 553         }).start();
 554       }
 555     }
 556   }
 557
 558   /**
 559    * recover the last known dimensions for a jalview window
 560    *
 561    * @param windowName
 562    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 563    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 564    *         window geom was known)
 565    */
 566   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 567   {
 568     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 569     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 570     String x = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 571     String y = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 572     String width = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 573             + "SCREEN_WIDTH");
 574     String height = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 575             + "SCREEN_HEIGHT");
 576     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 577     {
 578       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y), iw = Integer
 579               .parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 580       if (jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 581       {
 582         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 583         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 584         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 585         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer
 586                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 587                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 588         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer
 589                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 590                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 591         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 592         ix = (int) (ix * sw);
 593         iw = (int) (iw * sw);
 594         iy = (int) (iy * sh);
 595         ih = (int) (ih * sh);
 596         while (ix >= screenSize.width)
 597         {
 598           jalview.bin.Cache.log
 599                   .debug("Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 600           ix -= screenSize.width;
 601         }
 602         while (iy >= screenSize.height)
 603         {
 604           jalview.bin.Cache.log
 605                   .debug("Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 606           iy -= screenSize.height;
 607         }
 608         jalview.bin.Cache.log.debug("Got last known dimensions for "
 609                 + windowName + ": x:" + ix + " y:" + iy + " width:" + iw
 610                 + " height:" + ih);
 611       }
 612       // return dimensions for new instance
 613       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 614     }
 615     return null;
 616   }
 617
 618   private void doVamsasClientCheck()
 619   {
 620     if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 621     {
 622       setupVamsasDisconnectedGui();
 623       VamsasMenu.setVisible(true);
 624       final Desktop us = this;
 625       VamsasMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 626       {
 627         // this listener remembers when the menu was first selected, and
 628         // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 629         // reselected again.
 630         boolean refresh = true;
 631
 632         @Override
 633         public void menuCanceled(MenuEvent e)
 634         {
 635           refresh = true;
 636         }
 637
 638         @Override
 639         public void menuDeselected(MenuEvent e)
 640         {
 641           refresh = true;
 642         }
 643
 644         @Override
 645         public void menuSelected(MenuEvent e)
 646         {
 647           if (refresh)
 648           {
 649             us.buildVamsasStMenu();
 650             refresh = false;
 651           }
 652         }
 653       });
 654       vamsasStart.setVisible(true);
 655     }
 656   }
 657
 658   void showPasteMenu(int x, int y)
 659   {
 660     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 661     JMenuItem item = new JMenuItem(
 662             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 663     item.addActionListener(new ActionListener()
 664     {
 665       @Override
 666       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 667       {
 668         paste();
 669       }
 670     });
 671
 672     popup.add(item);
 673     popup.show(this, x, y);
 674   }
 675
 676   public void paste()
 677   {
 678     try
 679     {
 680       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 681       Transferable contents = c.getContents(this);
 682
 683       if (contents != null)
 684       {
 685         String file = (String) contents
 686                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 687
 688         String format = new IdentifyFile().identify(file,
 689                 FormatAdapter.PASTE);
 690
 691         new FileLoader().LoadFile(file, FormatAdapter.PASTE, format);
 692
 693       }
 694     } catch (Exception ex)
 695     {
 696       System.out
 697               .println("Unable to paste alignment from system clipboard:\n"
 698                       + ex);
 699     }
 700   }
 701
 702   /**
 703    * Adds and opens the given frame to the desktop
 704    *
 705    * @param frame
 706    *          Frame to show
 707    * @param title
 708    *          Visible Title
 709    * @param w
 710    *          width
 711    * @param h
 712    *          height
 713    */
 714   public static synchronized void addInternalFrame(
 715           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 716   {
 717     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, true);
 718   }
 719
 720   /**
 721    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 722    *
 723    * @param frame
 724    *          Frame to show
 725    * @param title
 726    *          Visible Title
 727    * @param makeVisible
 728    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 729    *          setVisible themselves.
 730    * @param w
 731    *          width
 732    * @param h
 733    *          height
 734    */
 735   public static synchronized void addInternalFrame(
 736           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 737           int w, int h)
 738   {
 739     addInternalFrame(frame, title, makeVisible, w, h, true);
 740   }
 741
 742   /**
 743    * Add an internal frame to the Jalview desktop and make it visible
 744    *
 745    * @param frame
 746    *          Frame to show
 747    * @param title
 748    *          Visible Title
 749    * @param w
 750    *          width
 751    * @param h
 752    *          height
 753    * @param resizable
 754    *          Allow resize
 755    */
 756   public static synchronized void addInternalFrame(
 757           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 758           boolean resizable)
 759   {
 760     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, resizable);
 761   }
 762
 763   /**
 764    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 765    *
 766    * @param frame
 767    *          Frame to show
 768    * @param title
 769    *          Visible Title
 770    * @param makeVisible
 771    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 772    *          setVisible themselves.
 773    * @param w
 774    *          width
 775    * @param h
 776    *          height
 777    * @param resizable
 778    *          Allow resize
 779    */
 780   public static synchronized void addInternalFrame(
 781           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 782           int w, int h, boolean resizable)
 783   {
 784
 785     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 786     // bounds object).
 787     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 788     // the current window title
 789
 790     frame.setTitle(title);
 791     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 792     {
 793       frame.setSize(w, h);
 794     }
 795     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 796     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 797     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 798     // ///////////////////////////////////////////////
 799     if (instance == null
 800             || (System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 801                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 802     {
 803       return;
 804     }
 805
 806     openFrameCount++;
 807
 808     frame.setVisible(makeVisible);
 809     frame.setClosable(true);
 810     frame.setResizable(resizable);
 811     frame.setMaximizable(resizable);
 812     frame.setIconifiable(resizable);
 813     if (Platform.isAMac())
 814     {
 815       frame.setIconifiable(false);
 816       frame.setFrameIcon(null);
 817       // frame.setDesktopIcon(null);
 818       frame.setDoubleBuffered(false);
 819     }
 820     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 821     {
 822       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset
 823               * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 824     }
 825
 826     /*
 827      * add an entry for the new frame in the Window menu
 828      * (and remove it when the frame is closed)
 829      */
 830     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 831     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 832     {
 833       @Override
 834       public void internalFrameActivated(InternalFrameEvent evt)
 835       {
 836         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 837         if (itf != null)
 838         {
 839           itf.requestFocus();
 840         }
 841       }
 842
 843       @Override
 844       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 845       {
 846         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 847
 848         /*
 849          * defensive check to prevent frames being
 850          * added half off the window
 851          */
 852         if (openFrameCount > 0)
 853         {
 854           openFrameCount--;
 855         }
 856
 857         /*
 858          * ensure no reference to alignFrame retained by menu item listener
 859          */
 860         if (menuItem.getActionListeners().length > 0)
 861         {
 862           menuItem.removeActionListener(menuItem.getActionListeners()[0]);
 863         }
 864         windowMenu.remove(menuItem);
 865         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 866         if (itf != null)
 867         {
 868           itf.requestFocus();
 869           if (itf instanceof AlignFrame)
 870           {
 871             Jalview.setCurrentAlignFrame((AlignFrame) itf);
 872           }
 873         }
 874         System.gc();
 875       };
 876     });
 877
 878     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 879     {
 880       @Override
 881       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 882       {
 883         try
 884         {
 885           frame.setSelected(true);
 886           frame.setIcon(false);
 887         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 888         {
 889
 890         }
 891       }
 892     });
 893
 894     windowMenu.add(menuItem);
 895
 896     desktop.add(frame);
 897     frame.toFront();
 898     try
 899     {
 900       frame.setSelected(true);
 901       frame.requestFocus();
 902     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 903     {
 904     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
 905     {
 906       Cache.log
 907               .warn("Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
 908                       cex);
 909     }
 910   }
 911
 912   @Override
 913   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 914   {
 915     if (!internalCopy)
 916     {
 917       Desktop.jalviewClipboard = null;
 918     }
 919
 920     internalCopy = false;
 921   }
 922
 923   @Override
 924   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 925   {
 926   }
 927
 928   @Override
 929   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 930   {
 931   }
 932
 933   @Override
 934   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 935   {
 936   }
 937
 938   @Override
 939   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 940   {
 941   }
 942
 943   /**
 944    * DOCUMENT ME!
 945    *
 946    * @param evt
 947    *          DOCUMENT ME!
 948    */
 949   @Override
 950   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 951   {
 952     boolean success = true;
 953     // JAL-1552 - acceptDrop required before getTransferable call for
 954     // Java's Transferable for native dnd
 955     evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 956     Transferable t = evt.getTransferable();
 957     java.util.List<String> files = new ArrayList<String>();
 958     java.util.List<String> protocols = new ArrayList<String>();
 959
 960     try
 961     {
 962       Desktop.transferFromDropTarget(files, protocols, evt, t);
 963     } catch (Exception e)
 964     {
 965       e.printStackTrace();
 966       success = false;
 967     }
 968
 969     if (files != null)
 970     {
 971       try
 972       {
 973         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 974         {
 975           String file = files.get(i).toString();
 976           String protocol = (protocols == null) ? FormatAdapter.FILE
 977                   : (String) protocols.get(i);
 978           String format = null;
 979
 980           if (file.endsWith(".jar"))
 981           {
 982             format = "Jalview";
 983
 984           }
 985           else
 986           {
 987             format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 988           }
 989
 990           new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 991
 992         }
 993       } catch (Exception ex)
 994       {
 995         success = false;
 996       }
 997     }
 998     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
 999                                // transfered to any new windows created
1000   }
1001
1002   /**
1003    * DOCUMENT ME!
1004    *
1005    * @param e
1006    *          DOCUMENT ME!
1007    */
1008   @Override
1009   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1010   {
1011     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1012             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
1013             jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
1014             jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
1015             jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
1016
1017     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1018     chooser.setDialogTitle(MessageManager
1019             .getString("label.open_local_file"));
1020     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
1021
1022     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1023
1024     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1025     {
1026       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
1027       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
1028               .getSelectedFile().getParent());
1029
1030       String format = null;
1031       if (chooser.getSelectedFormat() != null
1032               && chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
1033       {
1034         format = "Jalview";
1035       }
1036       else
1037       {
1038         format = new IdentifyFile().identify(choice, FormatAdapter.FILE);
1039       }
1040
1041       if (viewport != null)
1042       {
1043         new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE,
1044                 format);
1045       }
1046       else
1047       {
1048         new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);
1049       }
1050     }
1051   }
1052
1053   /**
1054    * DOCUMENT ME!
1055    *
1056    * @param e
1057    *          DOCUMENT ME!
1058    */
1059   @Override
1060   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1061   {
1062     // This construct allows us to have a wider textfield
1063     // for viewing
1064     JLabel label = new JLabel(
1065             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
1066     final JComboBox history = new JComboBox();
1067
1068     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
1069     panel.add(label);
1070     panel.add(history);
1071     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
1072     history.setEditable(true);
1073     history.addItem("http://www.");
1074
1075     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
1076
1077     StringTokenizer st;
1078
1079     if (historyItems != null)
1080     {
1081       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
1082
1083       while (st.hasMoreTokens())
1084       {
1085         history.addItem(st.nextElement());
1086       }
1087     }
1088
1089     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
1090             MessageManager.getString("label.input_alignment_from_url"),
1091             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
1092
1093     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
1094     {
1095       return;
1096     }
1097
1098     String url = history.getSelectedItem().toString();
1099
1100     if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
1101     {
1102       if (viewport != null)
1103       {
1104         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL,
1105                 "Jalview");
1106       }
1107       else
1108       {
1109         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
1110       }
1111     }
1112     else
1113     {
1114       String format = new IdentifyFile().identify(url, FormatAdapter.URL);
1115
1116       if (format.equals("URL NOT FOUND"))
1117       {
1118         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1119                 MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate",
1120                         new Object[] { url }), MessageManager
1121                         .getString("label.url_not_found"),
1122                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1123
1124         return;
1125       }
1126
1127       if (viewport != null)
1128       {
1129         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);
1130       }
1131       else
1132       {
1133         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);
1134       }
1135     }
1136   }
1137
1138   /**
1139    * Opens the CutAndPaste window for the user to paste an alignment in to
1140    *
1141    * @param viewPanel
1142    *          - if not null, the pasted alignment is added to the current
1143    *          alignment; if null, to a new alignment window
1144    */
1145   @Override
1146   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
1147           AlignmentViewPanel viewPanel)
1148   {
1149     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1150     cap.setForInput(viewPanel);
1151     Desktop.addInternalFrame(cap,
1152             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"),
1153             true, 600, 500);
1154   }
1155
1156   /*
1157    * Exit the program
1158    */
1159   @Override
1160   public void quit()
1161   {
1162     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1163     jalview.bin.Cache
1164             .setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH", screen.width + "");
1165     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT", screen.height
1166             + "");
1167     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x,
1168             getBounds().y, getWidth(), getHeight()));
1169
1170     if (jconsole != null)
1171     {
1172       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1173       jconsole.stopConsole();
1174     }
1175     if (jvnews != null)
1176     {
1177       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1178
1179     }
1180     if (dialogExecutor != null)
1181     {
1182       dialogExecutor.shutdownNow();
1183     }
1184     closeAll_actionPerformed(null);
1185
1186     if (groovyConsole != null)
1187     {
1188       // suppress a possible repeat prompt to save script
1189       groovyConsole.setDirty(false);
1190       groovyConsole.exit();
1191     }
1192     System.exit(0);
1193   }
1194
1195   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1196   {
1197     jalview.bin.Cache.log.debug("Storing last known dimensions for "
1198             + string + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1199             + " height:" + jc.height);
1200
1201     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1202     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1203     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1204     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1205   }
1206
1207   /**
1208    * DOCUMENT ME!
1209    *
1210    * @param e
1211    *          DOCUMENT ME!
1212    */
1213   @Override
1214   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1215   {
1216     // StringBuffer message = getAboutMessage(false);
1217     // JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1218     //
1219     // message.toString(), "About Jalview", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1220     new Thread(new Runnable()
1221     {
1222       @Override
1223       public void run()
1224       {
1225         new SplashScreen(true);
1226       }
1227     }).start();
1228   }
1229
1230   public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
1231   {
1232     StringBuffer message = new StringBuffer();
1233     message.append("<html>");
1234     if (shortv)
1235     {
1236       message.append("<h1><strong>Version: "
1237               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "</strong></h1>");
1238       message.append("<strong>Last Updated: <em>"
1239               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
1240               + "</em></strong>");
1241
1242     }
1243     else
1244     {
1245
1246       message.append("<strong>Version "
1247               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1248               + "; last updated: "
1249               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1250     }
1251
1252     if (jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking").equals(
1253             "Checking"))
1254     {
1255       message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1256     }
1257     else if (!jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1258             .equals(jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
1259     {
1260       boolean red = false;
1261       if (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1262               .indexOf("automated build") == -1)
1263       {
1264         red = true;
1265         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1266         // version is not a development build
1267         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1268       }
1269
1270       message.append("<br>!! Version "
1271               + jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
1272                       "..Checking..")
1273               + " is available for download from "
1274               + jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
1275                       "http://www.jalview.org") + " !!");
1276       if (red)
1277       {
1278         message.append("</div>");
1279       }
1280     }
1281     message.append("<br>Authors:  "
1282             + jalview.bin.Cache
1283                     .getDefault("AUTHORFNAMES",
1284                             "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)")
1285             + "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
1286             + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
1287             + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
1288             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
1289             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
1290             + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
1291             + "</html>");
1292     return message;
1293   }
1294
1295   /**
1296    * DOCUMENT ME!
1297    *
1298    * @param e
1299    *          DOCUMENT ME!
1300    */
1301   @Override
1302   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1303   {
1304     try
1305     {
1306       Help.showHelpWindow();
1307     } catch (Exception ex)
1308     {
1309     }
1310   }
1311
1312   @Override
1313   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1314   {
1315     // TODO show a progress bar while closing?
1316     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1317     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1318     {
1319       try
1320       {
1321         frames[i].setClosed(true);
1322       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1323       {
1324       }
1325     }
1326     Jalview.setCurrentAlignFrame(null);
1327     System.out.println("ALL CLOSED");
1328     if (v_client != null)
1329     {
1330       // TODO clear binding to vamsas document objects on close_all
1331     }
1332
1333     /*
1334      * reset state of singleton objects as appropriate (clear down session state
1335      * when all windows are closed)
1336      */
1337     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
1338             .getStructureSelectionManager(this);
1339     if (ssm != null)
1340     {
1341       ssm.resetAll();
1342     }
1343     System.gc();
1344   }
1345
1346   @Override
1347   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1348   {
1349     reorderAssociatedWindows(false, false);
1350   }
1351
1352   @Override
1353   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1354   {
1355     reorderAssociatedWindows(true, false);
1356   }
1357
1358   void closeAssociatedWindows()
1359   {
1360     reorderAssociatedWindows(false, true);
1361   }
1362
1363   /*
1364    * (non-Javadoc)
1365    *
1366    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1367    * ActionEvent)
1368    */
1369   @Override
1370   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1371   {
1372     // We simply collect the garbage
1373     jalview.bin.Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1374     System.gc();
1375     jalview.bin.Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1376   }
1377
1378   /*
1379    * (non-Javadoc)
1380    *
1381    * @see
1382    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1383    * )
1384    */
1385   @Override
1386   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1387   {
1388     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1389   }
1390
1391   /*
1392    * (non-Javadoc)
1393    *
1394    * @see
1395    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1396    * )
1397    */
1398   @Override
1399   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1400   {
1401     showConsole(showConsole.isSelected());
1402   }
1403
1404   Console jconsole = null;
1405
1406   /**
1407    * control whether the java console is visible or not
1408    *
1409    * @param selected
1410    */
1411   void showConsole(boolean selected)
1412   {
1413     showConsole.setSelected(selected);
1414     // TODO: decide if we should update properties file
1415     Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE", Boolean.valueOf(selected)
1416             .toString());
1417     jconsole.setVisible(selected);
1418   }
1419
1420   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1421   {
1422     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1423     if (frames == null || frames.length < 1)
1424     {
1425       return;
1426     }
1427
1428     AlignmentViewport source = null, target = null;
1429     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1430     {
1431       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1432     }
1433     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1434     {
1435       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1436     }
1437     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1438     {
1439       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1440     }
1441     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1442     {
1443       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1444     }
1445
1446     if (source != null)
1447     {
1448       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1449       {
1450         target = null;
1451         if (frames[i] == null)
1452         {
1453           continue;
1454         }
1455         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1456         {
1457           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1458         }
1459         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1460         {
1461           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1462         }
1463         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1464         {
1465           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1466         }
1467         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1468         {
1469           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1470         }
1471
1472         if (source == target)
1473         {
1474           try
1475           {
1476             if (close)
1477             {
1478               frames[i].setClosed(true);
1479             }
1480             else
1481             {
1482               frames[i].setIcon(minimize);
1483               if (!minimize)
1484               {
1485                 frames[i].toFront();
1486               }
1487             }
1488
1489           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1490           {
1491           }
1492         }
1493       }
1494     }
1495   }
1496
1497   /**
1498    * DOCUMENT ME!
1499    *
1500    * @param e
1501    *          DOCUMENT ME!
1502    */
1503   @Override
1504   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1505   {
1506     new Preferences();
1507   }
1508
1509   /**
1510    * DOCUMENT ME!
1511    *
1512    * @param e
1513    *          DOCUMENT ME!
1514    */
1515   @Override
1516   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
1517   {
1518     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1519             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
1520             new String[] { "jvp" }, new String[] { "Jalview Project" },
1521             "Jalview Project");
1522
1523     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1524     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1525
1526     int value = chooser.showSaveDialog(this);
1527
1528     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1529     {
1530       final Desktop me = this;
1531       final java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
1532       setProjectFile(choice);
1533
1534       new Thread(new Runnable()
1535       {
1536         @Override
1537         public void run()
1538         {
1539           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
1540           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1541                   "label.saving_jalview_project",
1542                   new Object[] { choice.getName() }), choice.hashCode());
1543           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1544                   choice.getParent());
1545           // TODO catch and handle errors for savestate
1546           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1547           try
1548           {
1549             new Jalview2XML().saveState(choice);
1550           } catch (OutOfMemoryError oom)
1551           {
1552             new OOMWarning("Whilst saving current state to "
1553                     + choice.getName(), oom);
1554           } catch (Exception ex)
1555           {
1556             Cache.log.error(
1557                     "Problems whilst trying to save to " + choice.getName(),
1558                     ex);
1559             JOptionPane.showMessageDialog(me, MessageManager.formatMessage(
1560                     "label.error_whilst_saving_current_state_to",
1561                     new Object[] { choice.getName() }), MessageManager
1562                     .getString("label.couldnt_save_project"),
1563                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1564           }
1565           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1566         }
1567       }).start();
1568     }
1569   }
1570
1571   private void setProjectFile(File choice)
1572   {
1573     this.projectFile = choice;
1574   }
1575
1576   public File getProjectFile()
1577   {
1578     return this.projectFile;
1579   }
1580
1581   /**
1582    * DOCUMENT ME!
1583    *
1584    * @param e
1585    *          DOCUMENT ME!
1586    */
1587   @Override
1588   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
1589   {
1590     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1591             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[] {
1592                 "jvp", "jar" }, new String[] { "Jalview Project",
1593                 "Jalview Project (old)" }, "Jalview Project");
1594     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1595     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1596
1597     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1598
1599     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1600     {
1601       final File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1602       setProjectFile(selectedFile);
1603       final String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
1604       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1605               selectedFile.getParent());
1606       new Thread(new Runnable()
1607       {
1608         @Override
1609         public void run()
1610         {
1611           setProgressBar(
1612                   MessageManager.formatMessage(
1613                           "label.loading_jalview_project",
1614                           new Object[] { choice }), choice.hashCode());
1615           try
1616           {
1617             new Jalview2XML().loadJalviewAlign(choice);
1618           } catch (OutOfMemoryError oom)
1619           {
1620             new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1621           } catch (Exception ex)
1622           {
1623             Cache.log.error("Problems whilst loading project from "
1624                     + choice, ex);
1625             JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
1626                     .formatMessage(
1627                             "label.error_whilst_loading_project_from",
1628                             new Object[] { choice }), MessageManager
1629                     .getString("label.couldnt_load_project"),
1630                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1631           }
1632           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1633         }
1634       }).start();
1635     }
1636   }
1637
1638   @Override
1639   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1640   {
1641     new SequenceFetcher(this);
1642   }
1643
1644   JPanel progressPanel;
1645
1646   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<JPanel>();
1647
1648   public void startLoading(final String fileName)
1649   {
1650     if (fileLoadingCount == 0)
1651     {
1652       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager.formatMessage(
1653               "label.loading_file", new Object[] { fileName })));
1654     }
1655     fileLoadingCount++;
1656   }
1657
1658   private JPanel addProgressPanel(String string)
1659   {
1660     if (progressPanel == null)
1661     {
1662       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1663       totalProgressCount = 0;
1664       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1665     }
1666     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1667     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1668     progressBar.setIndeterminate(true);
1669
1670     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1671
1672     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1673     progressPanel.add(thisprogress);
1674     ((GridLayout) progressPanel.getLayout())
1675             .setRows(((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1676     ++totalProgressCount;
1677     instance.validate();
1678     return thisprogress;
1679   }
1680
1681   int totalProgressCount = 0;
1682
1683   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1684   {
1685     if (progressPanel != null)
1686     {
1687       synchronized (progressPanel)
1688       {
1689         progressPanel.remove(progbar);
1690         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1691         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1692         if (--totalProgressCount < 1)
1693         {
1694           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1695           progressPanel = null;
1696         }
1697       }
1698     }
1699     validate();
1700   }
1701
1702   public void stopLoading()
1703   {
1704     fileLoadingCount--;
1705     if (fileLoadingCount < 1)
1706     {
1707       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1708       {
1709         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1710       }
1711       fileLoadingPanels.clear();
1712       fileLoadingCount = 0;
1713     }
1714     validate();
1715   }
1716
1717   public static int getViewCount(String alignmentId)
1718   {
1719     AlignmentViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1720     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1721   }
1722
1723   /**
1724    *
1725    * @param alignmentId
1726    *          - if null, all sets are returned
1727    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1728    */
1729   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1730   {
1731     if (Desktop.desktop == null)
1732     {
1733       // no frames created and in headless mode
1734       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1735       return null;
1736     }
1737     List<AlignmentPanel> aps = new ArrayList<AlignmentPanel>();
1738     AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
1739     if (frames == null)
1740     {
1741       return null;
1742     }
1743     for (AlignFrame af : frames)
1744     {
1745       for (AlignmentPanel ap : af.alignPanels)
1746       {
1747         if (alignmentId == null
1748                 || alignmentId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1749         {
1750           aps.add(ap);
1751         }
1752       }
1753     }
1754     if (aps.size() == 0)
1755     {
1756       return null;
1757     }
1758     AlignmentPanel[] vap = aps.toArray(new AlignmentPanel[aps.size()]);
1759     return vap;
1760   }
1761
1762   /**
1763    * get all the viewports on an alignment.
1764    *
1765    * @param sequenceSetId
1766    *          unique alignment id (may be null - all viewports returned in that
1767    *          case)
1768    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1769    */
1770   public static AlignmentViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1771   {
1772     List<AlignmentViewport> viewp = new ArrayList<AlignmentViewport>();
1773     if (desktop != null)
1774     {
1775       AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1776
1777       for (AlignFrame afr : frames)
1778       {
1779         if (sequenceSetId == null
1780                 || afr.getViewport().getSequenceSetId()
1781                         .equals(sequenceSetId))
1782         {
1783           if (afr.alignPanels != null)
1784           {
1785             for (AlignmentPanel ap : afr.alignPanels)
1786             {
1787               if (sequenceSetId == null
1788                       || sequenceSetId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1789               {
1790                 viewp.add(ap.av);
1791               }
1792             }
1793           }
1794           else
1795           {
1796             viewp.add(afr.getViewport());
1797           }
1798         }
1799       }
1800       if (viewp.size() > 0)
1801       {
1802         return viewp.toArray(new AlignmentViewport[viewp.size()]);
1803       }
1804     }
1805     return null;
1806   }
1807
1808   /**
1809    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame
1810    *
1811    * @param af
1812    */
1813   public static void explodeViews(AlignFrame af)
1814   {
1815     int size = af.alignPanels.size();
1816     if (size < 2)
1817     {
1818       return;
1819     }
1820
1821     for (int i = 0; i < size; i++)
1822     {
1823       AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(i);
1824       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
1825
1826       /*
1827        * Restore the view's last exploded frame geometry if known. Multiple
1828        * views from one exploded frame share and restore the same (frame)
1829        * position and size.
1830        */
1831       Rectangle geometry = ap.av.getExplodedGeometry();
1832       if (geometry != null)
1833       {
1834         newaf.setBounds(geometry);
1835       }
1836
1837       ap.av.setGatherViewsHere(false);
1838
1839       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
1840               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
1841     }
1842
1843     af.alignPanels.clear();
1844     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1845
1846   }
1847
1848   /**
1849    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
1850    * identifier back in to this frame as additional views, and close the
1851    * expanded views. Note the expanded frames may themselves have multiple
1852    * views. We take the lot.
1853    *
1854    * @param source
1855    */
1856   public void gatherViews(AlignFrame source)
1857   {
1858     source.viewport.setGatherViewsHere(true);
1859     source.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
1860     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1861     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
1862
1863     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1864     {
1865       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
1866       {
1867         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
1868         boolean gatherThis = false;
1869         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
1870         {
1871           AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(a);
1872           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1873           {
1874             gatherThis = true;
1875             ap.av.setGatherViewsHere(false);
1876             ap.av.setExplodedGeometry(af.getBounds());
1877             source.addAlignmentPanel(ap, false);
1878           }
1879         }
1880
1881         if (gatherThis)
1882         {
1883           af.alignPanels.clear();
1884           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1885         }
1886       }
1887     }
1888
1889   }
1890
1891   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
1892
1893   @Override
1894   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
1895   {
1896     if (v_client == null)
1897     {
1898       // Load and try to start a session.
1899       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1900               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1901
1902       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1903       chooser.setDialogTitle(MessageManager
1904               .getString("label.open_saved_vamsas_session"));
1905       chooser.setToolTipText(MessageManager
1906               .getString("label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session"));
1907
1908       int value = chooser.showOpenDialog(this);
1909
1910       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1911       {
1912         String fle = chooser.getSelectedFile().toString();
1913         if (!vamsasImport(chooser.getSelectedFile()))
1914         {
1915           JOptionPane
1916                   .showInternalMessageDialog(
1917                           Desktop.desktop,
1918                           MessageManager.formatMessage(
1919                                   "label.couldnt_import_as_vamsas_session",
1920                                   new Object[] { fle }),
1921                           MessageManager
1922                                   .getString("label.vamsas_document_import_failed"),
1923                           JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1924         }
1925       }
1926     }
1927     else
1928     {
1929       jalview.bin.Cache.log
1930               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1931     }
1932   }
1933
1934   /**
1935    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1936    *
1937    * @param file
1938    * @return true if import was a success and a session was started.
1939    */
1940   public boolean vamsasImport(URL url)
1941   {
1942     // TODO: create progress bar
1943     if (v_client != null)
1944     {
1945
1946       jalview.bin.Cache.log
1947               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1948       return false;
1949     }
1950
1951     try
1952     {
1953       // copy the URL content to a temporary local file
1954       // TODO: be a bit cleverer here with nio (?!)
1955       File file = File.createTempFile("vdocfromurl", ".vdj");
1956       FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file);
1957       BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(url.openStream());
1958       byte[] buffer = new byte[2048];
1959       int ln;
1960       while ((ln = bis.read(buffer)) > -1)
1961       {
1962         fos.write(buffer, 0, ln);
1963       }
1964       bis.close();
1965       fos.close();
1966       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file,
1967               url.toExternalForm());
1968     } catch (Exception ex)
1969     {
1970       jalview.bin.Cache.log.error(
1971               "Failed to create new vamsas session from contents of URL "
1972                       + url, ex);
1973       return false;
1974     }
1975     setupVamsasConnectedGui();
1976     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
1977     return v_client.inSession();
1978   }
1979
1980   /**
1981    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1982    *
1983    * @param file
1984    * @return true if import was a success and a session was started.
1985    */
1986   public boolean vamsasImport(File file)
1987   {
1988     if (v_client != null)
1989     {
1990
1991       jalview.bin.Cache.log
1992               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1993       return false;
1994     }
1995
1996     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1997             "status.importing_vamsas_session_from",
1998             new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
1999     try
2000     {
2001       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file, null);
2002     } catch (Exception ex)
2003     {
2004       setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2005               "status.importing_vamsas_session_from",
2006               new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
2007       jalview.bin.Cache.log.error(
2008               "New vamsas session from existing session file failed:", ex);
2009       return false;
2010     }
2011     setupVamsasConnectedGui();
2012     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2013     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2014             "status.importing_vamsas_session_from",
2015             new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
2016     return v_client.inSession();
2017   }
2018
2019   public boolean joinVamsasSession(String mysesid)
2020   {
2021     if (v_client != null)
2022     {
2023       throw new Error(
2024               MessageManager
2025                       .getString("error.try_join_vamsas_session_another"));
2026     }
2027     if (mysesid == null)
2028     {
2029       throw new Error(
2030               MessageManager.getString("error.invalid_vamsas_session_id"));
2031     }
2032     v_client = new VamsasApplication(this, mysesid);
2033     setupVamsasConnectedGui();
2034     v_client.initial_update();
2035     return (v_client.inSession());
2036   }
2037
2038   @Override
2039   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
2040   {
2041     if (v_client == null)
2042     {
2043       // Start a session.
2044       // we just start a default session for moment.
2045       /*
2046        * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
2047        * getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2048        *
2049        * chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2050        * chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
2051        * chooser.setToolTipText("Import");
2052        *
2053        * int value = chooser.showOpenDialog(this);
2054        *
2055        * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { v_client = new
2056        * jalview.gui.VamsasApplication(this, chooser.getSelectedFile());
2057        */
2058       v_client = new VamsasApplication(this);
2059       setupVamsasConnectedGui();
2060       v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2061     }
2062     else
2063     {
2064       // store current data in session.
2065       v_client.push_update(); // TODO: thread
2066     }
2067   }
2068
2069   protected void setupVamsasConnectedGui()
2070   {
2071     vamsasStart.setText(MessageManager.getString("label.session_update"));
2072     vamsasSave.setVisible(true);
2073     vamsasStop.setVisible(true);
2074     vamsasImport.setVisible(false); // Document import to existing session is
2075     // not possible for vamsas-client-1.0.
2076   }
2077
2078   protected void setupVamsasDisconnectedGui()
2079   {
2080     vamsasSave.setVisible(false);
2081     vamsasStop.setVisible(false);
2082     vamsasImport.setVisible(true);
2083     vamsasStart.setText(MessageManager
2084             .getString("label.new_vamsas_session"));
2085   }
2086
2087   @Override
2088   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
2089   {
2090     if (v_client != null)
2091     {
2092       v_client.end_session();
2093       v_client = null;
2094       setupVamsasDisconnectedGui();
2095     }
2096   }
2097
2098   protected void buildVamsasStMenu()
2099   {
2100     if (v_client == null)
2101     {
2102       String[] sess = null;
2103       try
2104       {
2105         sess = VamsasApplication.getSessionList();
2106       } catch (Exception e)
2107       {
2108         jalview.bin.Cache.log.warn(
2109                 "Problem getting current sessions list.", e);
2110         sess = null;
2111       }
2112       if (sess != null)
2113       {
2114         jalview.bin.Cache.log.debug("Got current sessions list: "
2115                 + sess.length + " entries.");
2116         VamsasStMenu.removeAll();
2117         for (int i = 0; i < sess.length; i++)
2118         {
2119           JMenuItem sessit = new JMenuItem();
2120           sessit.setText(sess[i]);
2121           sessit.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
2122                   "label.connect_to_session", new Object[] { sess[i] }));
2123           final Desktop dsktp = this;
2124           final String mysesid = sess[i];
2125           sessit.addActionListener(new ActionListener()
2126           {
2127
2128             @Override
2129             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2130             {
2131               if (dsktp.v_client == null)
2132               {
2133                 Thread rthr = new Thread(new Runnable()
2134                 {
2135
2136                   @Override
2137                   public void run()
2138                   {
2139                     dsktp.v_client = new VamsasApplication(dsktp, mysesid);
2140                     dsktp.setupVamsasConnectedGui();
2141                     dsktp.v_client.initial_update();
2142                   }
2143
2144                 });
2145                 rthr.start();
2146               }
2147             };
2148           });
2149           VamsasStMenu.add(sessit);
2150         }
2151         // don't show an empty menu.
2152         VamsasStMenu.setVisible(sess.length > 0);
2153
2154       }
2155       else
2156       {
2157         jalview.bin.Cache.log.debug("No current vamsas sessions.");
2158         VamsasStMenu.removeAll();
2159         VamsasStMenu.setVisible(false);
2160       }
2161     }
2162     else
2163     {
2164       // Not interested in the content. Just hide ourselves.
2165       VamsasStMenu.setVisible(false);
2166     }
2167   }
2168
2169   @Override
2170   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
2171   {
2172     if (v_client != null)
2173     {
2174       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
2175               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
2176               { "vdj" }, // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
2177               new String[] { "Vamsas Document" }, "Vamsas Document");
2178
2179       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2180       chooser.setDialogTitle(MessageManager
2181               .getString("label.save_vamsas_document_archive"));
2182
2183       int value = chooser.showSaveDialog(this);
2184
2185       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2186       {
2187         java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
2188         JPanel progpanel = addProgressPanel(MessageManager.formatMessage(
2189                 "label.saving_vamsas_doc",
2190                 new Object[] { choice.getName() }));
2191         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
2192         String warnmsg = null;
2193         String warnttl = null;
2194         try
2195         {
2196           v_client.vclient.storeDocument(choice);
2197         } catch (Error ex)
2198         {
2199           warnttl = "Serious Problem saving Vamsas Document";
2200           warnmsg = ex.toString();
2201           jalview.bin.Cache.log.error("Error Whilst saving document to "
2202                   + choice, ex);
2203
2204         } catch (Exception ex)
2205         {
2206           warnttl = "Problem saving Vamsas Document.";
2207           warnmsg = ex.toString();
2208           jalview.bin.Cache.log.warn("Exception Whilst saving document to "
2209                   + choice, ex);
2210
2211         }
2212         removeProgressPanel(progpanel);
2213         if (warnmsg != null)
2214         {
2215           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2216
2217           warnmsg, warnttl, JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2218         }
2219       }
2220     }
2221   }
2222
2223   JPanel vamUpdate = null;
2224
2225   /**
2226    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
2227    *
2228    * @param b
2229    *          true to hide gui, false to reveal gui
2230    */
2231   public void setVamsasUpdate(boolean b)
2232   {
2233     jalview.bin.Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "
2234             + (b ? "in progress" : "finished"));
2235
2236     if (vamUpdate != null)
2237     {
2238       this.removeProgressPanel(vamUpdate);
2239     }
2240     if (b)
2241     {
2242       vamUpdate = this.addProgressPanel(MessageManager
2243               .getString("label.updating_vamsas_session"));
2244     }
2245     vamsasStart.setVisible(!b);
2246     vamsasStop.setVisible(!b);
2247     vamsasSave.setVisible(!b);
2248   }
2249
2250   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2251   {
2252     return desktop.getAllFrames();
2253   }
2254
2255   /**
2256    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2257    * should be informed of a new questionnaire.
2258    *
2259    * @param url
2260    */
2261   public void checkForQuestionnaire(String url)
2262   {
2263     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2264     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2265     new Thread(jvq).start();
2266   }
2267
2268   public void checkURLLinks()
2269   {
2270     // Thread off the URL link checker
2271     addDialogThread(new Runnable()
2272     {
2273       @Override
2274       public void run()
2275       {
2276         if (Cache.getDefault("CHECKURLLINKS", true))
2277         {
2278           // check what the actual links are - if it's just the default don't
2279           // bother with the warning
2280           Vector<String> links = Preferences.sequenceUrlLinks
2281                   .getLinksForMenu();
2282
2283           // only need to check links if there is one with a
2284           // SEQUENCE_ID which is not the default EMBL_EBI link
2285           ListIterator<String> li = links.listIterator();
2286           boolean check = false;
2287           List<JLabel> urls = new ArrayList<JLabel>();
2288           while (li.hasNext())
2289           {
2290             String link = li.next();
2291             if (link.contains(SEQUENCE_ID)
2292                     && !link.equals(UrlConstants.DEFAULT_STRING))
2293             {
2294               check = true;
2295               int barPos = link.indexOf("|");
2296               String urlMsg = barPos == -1 ? link : link.substring(0,
2297                       barPos) + ": " + link.substring(barPos + 1);
2298               urls.add(new JLabel(urlMsg));
2299             }
2300           }
2301           if (!check)
2302           {
2303             return;
2304           }
2305
2306           // ask user to check in case URL links use old style tokens
2307           // ($SEQUENCE_ID$ for sequence id _or_ accession id)
2308           JPanel msgPanel = new JPanel();
2309           msgPanel.setLayout(new BoxLayout(msgPanel, BoxLayout.PAGE_AXIS));
2310           msgPanel.add(Box.createVerticalGlue());
2311           JLabel msg = new JLabel(
2312                   MessageManager
2313                           .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1"));
2314           JLabel msg2 = new JLabel(
2315                   MessageManager
2316                           .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2"));
2317           msgPanel.add(msg);
2318           for (JLabel url : urls)
2319           {
2320             msgPanel.add(url);
2321           }
2322           msgPanel.add(msg2);
2323
2324           final JCheckBox jcb = new JCheckBox(
2325                   MessageManager.getString("label.do_not_display_again"));
2326           jcb.addActionListener(new ActionListener()
2327           {
2328             @Override
2329             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2330             {
2331               // update Cache settings for "don't show this again"
2332               boolean showWarningAgain = !jcb.isSelected();
2333               Cache.setProperty("CHECKURLLINKS",
2334                       Boolean.valueOf(showWarningAgain).toString());
2335             }
2336           });
2337           msgPanel.add(jcb);
2338
2339           JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, msgPanel,
2340                   MessageManager
2341                           .getString("label.SEQUENCE_ID_no_longer_used"),
2342                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2343         }
2344       }
2345     });
2346     }
2347
2348   /**
2349    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2350    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs
2351    * low.
2352    *
2353    * @author AMW
2354    */
2355   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
2356   {
2357
2358     private static final float ONE_MB = 1048576f;
2359
2360     boolean showMemoryUsage = false;
2361
2362     Runtime runtime;
2363
2364     java.text.NumberFormat df;
2365
2366     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2367             percentUsage;
2368
2369     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2370     {
2371       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2372     }
2373
2374     public void showMemoryUsage(boolean showMemory)
2375     {
2376       this.showMemoryUsage = showMemory;
2377       if (showMemory)
2378       {
2379         Thread worker = new Thread(this);
2380         worker.start();
2381       }
2382     }
2383
2384     public boolean isShowMemoryUsage()
2385     {
2386       return showMemoryUsage;
2387     }
2388
2389     @Override
2390     public void run()
2391     {
2392       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2393       df.setMaximumFractionDigits(2);
2394       runtime = Runtime.getRuntime();
2395
2396       while (showMemoryUsage)
2397       {
2398         try
2399         {
2400           maxMemory = runtime.maxMemory() / ONE_MB;
2401           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / ONE_MB;
2402           freeMemory = runtime.freeMemory() / ONE_MB;
2403           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2404
2405           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2406
2407           // if (percentUsage < 20)
2408           {
2409             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2410             // Color.red);
2411             // instance.set.setBorder(border1);
2412           }
2413           repaint();
2414           // sleep after showing usage
2415           Thread.sleep(3000);
2416         } catch (Exception ex)
2417         {
2418           ex.printStackTrace();
2419         }
2420       }
2421     }
2422
2423     @Override
2424     public void paintComponent(Graphics g)
2425     {
2426       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2427       {
2428         if (percentUsage < 20)
2429         {
2430           g.setColor(Color.red);
2431         }
2432         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2433         if (fm != null)
2434         {
2435           g.drawString(MessageManager.formatMessage(
2436                   "label.memory_stats",
2437                   new Object[] { df.format(totalFreeMemory),
2438                       df.format(maxMemory), df.format(percentUsage) }), 10,
2439                   getHeight() - fm.getHeight());
2440         }
2441       }
2442     }
2443   }
2444
2445   /**
2446    * fixes stacking order after a modal dialog to ensure windows that should be
2447    * on top actually are
2448    */
2449   public void relayerWindows()
2450   {
2451
2452   }
2453
2454   protected JMenuItem groovyShell;
2455
2456   /**
2457    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2458    *
2459    * @return an array of AlignFrame, or null if none found
2460    */
2461   public static AlignFrame[] getAlignFrames()
2462   {
2463     if (Jalview.isHeadlessMode())
2464     {
2465       // Desktop.desktop is null in headless mode
2466       return new AlignFrame[] { Jalview.currentAlignFrame };
2467     }
2468
2469     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2470
2471     if (frames == null)
2472     {
2473       return null;
2474     }
2475     List<AlignFrame> avp = new ArrayList<AlignFrame>();
2476     // REVERSE ORDER
2477     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2478     {
2479       if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2480       {
2481         avp.add((AlignFrame) frames[i]);
2482       }
2483       else if (frames[i] instanceof SplitFrame)
2484       {
2485         /*
2486          * Also check for a split frame containing an AlignFrame
2487          */
2488         GSplitFrame sf = (GSplitFrame) frames[i];
2489         if (sf.getTopFrame() instanceof AlignFrame)
2490         {
2491           avp.add((AlignFrame) sf.getTopFrame());
2492         }
2493         if (sf.getBottomFrame() instanceof AlignFrame)
2494         {
2495           avp.add((AlignFrame) sf.getBottomFrame());
2496         }
2497       }
2498     }
2499     if (avp.size() == 0)
2500     {
2501       return null;
2502     }
2503     AlignFrame afs[] = avp.toArray(new AlignFrame[avp.size()]);
2504     return afs;
2505   }
2506
2507   /**
2508    * Returns an array of any AppJmol frames in the Desktop (or null if none).
2509    *
2510    * @return
2511    */
2512   public GStructureViewer[] getJmols()
2513   {
2514     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2515
2516     if (frames == null)
2517     {
2518       return null;
2519     }
2520     List<GStructureViewer> avp = new ArrayList<GStructureViewer>();
2521     // REVERSE ORDER
2522     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2523     {
2524       if (frames[i] instanceof AppJmol)
2525       {
2526         GStructureViewer af = (GStructureViewer) frames[i];
2527         avp.add(af);
2528       }
2529     }
2530     if (avp.size() == 0)
2531     {
2532       return null;
2533     }
2534     GStructureViewer afs[] = avp.toArray(new GStructureViewer[avp.size()]);
2535     return afs;
2536   }
2537
2538   /**
2539    * Add Groovy Support to Jalview
2540    */
2541   public void groovyShell_actionPerformed()
2542   {
2543     try
2544     {
2545       openGroovyConsole();
2546     } catch (Exception ex)
2547     {
2548       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2549       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2550
2551       MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2552               MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2553               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2554     }
2555   }
2556
2557   /**
2558    * Open the Groovy console
2559    */
2560   void openGroovyConsole()
2561   {
2562     if (groovyConsole == null)
2563     {
2564       groovyConsole = new groovy.ui.Console();
2565       groovyConsole.setVariable("Jalview", this);
2566       groovyConsole.run();
2567
2568       /*
2569        * We allow only one console at a time, so that AlignFrame menu option
2570        * 'Calculate | Run Groovy script' is unambiguous.
2571        * Disable 'Groovy Console', and enable 'Run script', when the console is
2572        * opened, and the reverse when it is closed
2573        */
2574       Window window = (Window) groovyConsole.getFrame();
2575       window.addWindowListener(new WindowAdapter()
2576       {
2577         @Override
2578         public void windowClosed(WindowEvent e)
2579         {
2580           /*
2581            * rebind CMD-Q from Groovy Console to Jalview Quit
2582            */
2583           addQuitHandler();
2584           enableExecuteGroovy(false);
2585         }
2586       });
2587     }
2588
2589     /*
2590      * show Groovy console window (after close and reopen)
2591      */
2592     ((Window) groovyConsole.getFrame()).setVisible(true);
2593
2594     /*
2595      * if we got this far, enable 'Run Groovy' in AlignFrame menus
2596      * and disable opening a second console
2597      */
2598     enableExecuteGroovy(true);
2599   }
2600
2601   /**
2602    * Bind Ctrl/Cmd-Q to Quit - for reset as Groovy Console takes over this
2603    * binding when opened
2604    */
2605   protected void addQuitHandler()
2606   {
2607     getRootPane().getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW).put(
2608             KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_Q, Toolkit
2609                     .getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask()), "Quit");
2610     getRootPane().getActionMap().put("Quit", new AbstractAction()
2611     {
2612       @Override
2613       public void actionPerformed(ActionEvent e)
2614       {
2615         quit();
2616       }
2617     });
2618   }
2619
2620   /**
2621    * Enable or disable 'Run Groovy script' in AlignFrame calculate menus
2622    *
2623    * @param enabled
2624    *          true if Groovy console is open
2625    */
2626   public void enableExecuteGroovy(boolean enabled)
2627   {
2628     /*
2629      * disable opening a second Groovy console
2630      * (or re-enable when the console is closed)
2631      */
2632     groovyShell.setEnabled(!enabled);
2633
2634     AlignFrame[] alignFrames = getAlignFrames();
2635     if (alignFrames != null)
2636     {
2637       for (AlignFrame af : alignFrames)
2638       {
2639         af.setGroovyEnabled(enabled);
2640       }
2641     }
2642   }
2643
2644   /**
2645    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2646    */
2647   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2648
2649   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2650
2651   /*
2652    * (non-Javadoc)
2653    *
2654    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2655    */
2656   @Override
2657   public void setProgressBar(String message, long id)
2658   {
2659     if (progressBars == null)
2660     {
2661       progressBars = new Hashtable<Long, JPanel>();
2662       progressBarHandlers = new Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler>();
2663     }
2664
2665     if (progressBars.get(new Long(id)) != null)
2666     {
2667       JPanel panel = progressBars.remove(new Long(id));
2668       if (progressBarHandlers.contains(new Long(id)))
2669       {
2670         progressBarHandlers.remove(new Long(id));
2671       }
2672       removeProgressPanel(panel);
2673     }
2674     else
2675     {
2676       progressBars.put(new Long(id), addProgressPanel(message));
2677     }
2678   }
2679
2680   /*
2681    * (non-Javadoc)
2682    *
2683    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2684    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2685    */
2686   @Override
2687   public void registerHandler(final long id,
2688           final IProgressIndicatorHandler handler)
2689   {
2690     if (progressBarHandlers == null
2691             || !progressBars.containsKey(new Long(id)))
2692     {
2693       throw new Error(
2694               MessageManager
2695                       .getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2696     }
2697     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
2698     final JPanel progressPanel = progressBars.get(new Long(id));
2699     if (handler.canCancel())
2700     {
2701       JButton cancel = new JButton(
2702               MessageManager.getString("action.cancel"));
2703       final IProgressIndicator us = this;
2704       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2705       {
2706
2707         @Override
2708         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2709         {
2710           handler.cancelActivity(id);
2711           us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2712                   "label.cancelled_params",
2713                   new Object[] { ((JLabel) progressPanel.getComponent(0))
2714                           .getText() }), id);
2715         }
2716       });
2717       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2718     }
2719   }
2720
2721   /**
2722    *
2723    * @return true if any progress bars are still active
2724    */
2725   @Override
2726   public boolean operationInProgress()
2727   {
2728     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2729     {
2730       return true;
2731     }
2732     return false;
2733   }
2734
2735   /**
2736    * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance.
2737    * It will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular
2738    * av.
2739    *
2740    * @param viewport
2741    * @return alignFrame for viewport
2742    */
2743   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewportI viewport)
2744   {
2745     if (desktop != null)
2746     {
2747       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(viewport.getSequenceSetId());
2748       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2749       {
2750         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == viewport)
2751         {
2752           return aps[panel].alignFrame;
2753         }
2754       }
2755     }
2756     return null;
2757   }
2758
2759   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2760   {
2761     return v_client;
2762
2763   }
2764
2765   /**
2766    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
2767    */
2768   private boolean inBatchMode = false;
2769
2770   /**
2771    * check if jalview GUI is being operated programmatically
2772    *
2773    * @return inBatchMode
2774    */
2775   public boolean isInBatchMode()
2776   {
2777     return inBatchMode;
2778   }
2779
2780   /**
2781    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
2782    *
2783    * @param inBatchMode
2784    */
2785   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
2786   {
2787     this.inBatchMode = inBatchMode;
2788   }
2789
2790   public void startServiceDiscovery()
2791   {
2792     startServiceDiscovery(false);
2793   }
2794
2795   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
2796   {
2797     boolean alive = true;
2798     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
2799     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
2800     if (true)
2801     {
2802       // todo: changesupport handlers need to be transferred
2803       if (discoverer == null)
2804       {
2805         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
2806         // register PCS handler for desktop.
2807         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
2808       }
2809       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
2810       // until we phase out completely
2811       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
2812     }
2813
2814     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
2815     {
2816       if (jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().isRunning())
2817       {
2818         jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().setAborted(true);
2819       }
2820       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().startDiscoverer(
2821               changeSupport);
2822
2823     }
2824     Thread t3 = null;
2825     {
2826       // TODO: do rest service discovery
2827     }
2828     if (blocking)
2829     {
2830       while (alive)
2831       {
2832         try
2833         {
2834           Thread.sleep(15);
2835         } catch (Exception e)
2836         {
2837         }
2838         alive = (t1 != null && t1.isAlive())
2839                 || (t2 != null && t2.isAlive())
2840                 || (t3 != null && t3.isAlive())
2841                 || (t0 != null && t0.isAlive());
2842       }
2843     }
2844   }
2845
2846   /**
2847    * called to check if the service discovery process completed successfully.
2848    *
2849    * @param evt
2850    */
2851   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
2852   {
2853     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
2854     {
2855       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2856               .getErrorMessages();
2857       if (ermsg != null)
2858       {
2859         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
2860         {
2861           if (serviceChangedDialog == null)
2862           {
2863             // only run if we aren't already displaying one of these.
2864             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
2865             {
2866               @Override
2867               public void run()
2868               {
2869
2870                 /*
2871                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
2872                  *
2873                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
2874                  * Auto-generated method stub
2875                  *
2876                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
2877                  * Auto-generated method stub
2878                  *
2879                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
2880                  * Auto-generated method stub
2881                  *
2882                  * } }; jd.initDialogFrame(new
2883                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
2884                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
2885                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
2886                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
2887                  * +
2888                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
2889                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
2890                  * 400);
2891                  *
2892                  * jd.waitForInput();
2893                  */
2894                 JOptionPane
2895                         .showConfirmDialog(
2896                                 Desktop.desktop,
2897                                 new JLabel(
2898                                         "<html><table width=\"450\"><tr><td>"
2899                                                 + ermsg
2900                                                 + "</td></tr></table>"
2901                                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
2902                                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
2903                                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
2904                                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
2905                                 "Web Service Configuration Problem",
2906                                 JOptionPane.DEFAULT_OPTION,
2907                                 JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2908                 serviceChangedDialog = null;
2909
2910               }
2911             });
2912           }
2913         }
2914         else
2915         {
2916           Cache.log
2917                   .error("Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
2918                           + ermsg);
2919         }
2920       }
2921     }
2922   }
2923
2924   private Runnable serviceChangedDialog = null;
2925
2926   /**
2927    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
2928    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
2929    * to open the URL.
2930    *
2931    * @param url
2932    */
2933   public static void showUrl(final String url)
2934   {
2935     showUrl(url, Desktop.instance);
2936   }
2937
2938   /**
2939    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
2940    *
2941    * @param url
2942    * @param progress
2943    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
2944    */
2945   public static void showUrl(final String url,
2946           final IProgressIndicator progress)
2947   {
2948     new Thread(new Runnable()
2949     {
2950       @Override
2951       public void run()
2952       {
2953         try
2954         {
2955           if (progress != null)
2956           {
2957             progress.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2958                     "status.opening_params", new Object[] { url }), this
2959                     .hashCode());
2960           }
2961           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
2962         } catch (Exception ex)
2963         {
2964           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2965                   MessageManager
2966                           .getString("label.web_browser_not_found_unix"),
2967                   MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
2968                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2969
2970           ex.printStackTrace();
2971         }
2972         if (progress != null)
2973         {
2974           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
2975         }
2976       }
2977     }).start();
2978   }
2979
2980   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
2981
2982   public static ParamManager getUserParameterStore()
2983   {
2984     if (wsparamManager == null)
2985     {
2986       wsparamManager = new WsParamSetManager();
2987     }
2988     return wsparamManager;
2989   }
2990
2991   /**
2992    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
2993    *
2994    * @param e
2995    */
2996   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
2997   {
2998     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
2999     {
3000       String url = null;
3001       try
3002       {
3003         url = e.getURL().toString();
3004         Desktop.showUrl(url);
3005       } catch (Exception x)
3006       {
3007         if (url != null)
3008         {
3009           if (Cache.log != null)
3010           {
3011             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
3012           }
3013           else
3014           {
3015             System.err.println("Couldn't handle string " + url
3016                     + " as a URL.");
3017           }
3018         }
3019         // ignore any exceptions due to dud links.
3020       }
3021
3022     }
3023   }
3024
3025   /**
3026    * single thread that handles display of dialogs to user.
3027    */
3028   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
3029
3030   /**
3031    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
3032    */
3033   private volatile boolean dialogPause = true;
3034
3035   /**
3036    * pause the queue
3037    */
3038   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
3039
3040   private static groovy.ui.Console groovyConsole;
3041
3042   /**
3043    * add another dialog thread to the queue
3044    *
3045    * @param prompter
3046    */
3047   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
3048   {
3049     dialogExecutor.submit(new Runnable()
3050     {
3051       @Override
3052       public void run()
3053       {
3054         if (dialogPause)
3055         {
3056           try
3057           {
3058             block.acquire();
3059           } catch (InterruptedException x)
3060           {
3061           }
3062           ;
3063         }
3064         if (instance == null)
3065         {
3066           return;
3067         }
3068         try
3069         {
3070           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
3071         } catch (Exception q)
3072         {
3073           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
3074         }
3075       }
3076     });
3077   }
3078
3079   public void startDialogQueue()
3080   {
3081     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
3082     // the current task to begin
3083     dialogPause = false;
3084     block.release();
3085   }
3086
3087   @Override
3088   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
3089   {
3090     invalidate();
3091     File of;
3092     ImageMaker im = new jalview.util.ImageMaker(this, ImageMaker.TYPE.EPS,
3093             "View of Desktop", getWidth(), getHeight(), of = new File(
3094                     "Jalview_snapshot" + System.currentTimeMillis()
3095                             + ".eps"), "View of desktop", null, 0, false);
3096     try
3097     {
3098       paintAll(im.getGraphics());
3099       im.writeImage();
3100     } catch (Exception q)
3101     {
3102       Cache.log.error("Couldn't write snapshot to " + of.getAbsolutePath(),
3103               q);
3104       return;
3105     }
3106     Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
3107             + of.getAbsolutePath());
3108   }
3109
3110   /**
3111    * Explode the views in the given SplitFrame into separate SplitFrame windows.
3112    * This respects (remembers) any previous 'exploded geometry' i.e. the size
3113    * and location last time the view was expanded (if any). However it does not
3114    * remember the split pane divider location - this is set to match the
3115    * 'exploding' frame.
3116    *
3117    * @param sf
3118    */
3119   public void explodeViews(SplitFrame sf)
3120   {
3121     AlignFrame oldTopFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3122     AlignFrame oldBottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3123     List<? extends AlignmentViewPanel> topPanels = oldTopFrame
3124             .getAlignPanels();
3125     List<? extends AlignmentViewPanel> bottomPanels = oldBottomFrame
3126             .getAlignPanels();
3127     int viewCount = topPanels.size();
3128     if (viewCount < 2)
3129     {
3130       return;
3131     }
3132
3133     /*
3134      * Processing in reverse order works, forwards order leaves the first panels
3135      * not visible. I don't know why!
3136      */
3137     for (int i = viewCount - 1; i >= 0; i--)
3138     {
3139       /*
3140        * Make new top and bottom frames. These take over the respective
3141        * AlignmentPanel objects, including their AlignmentViewports, so the
3142        * cdna/protein relationships between the viewports is carried over to the
3143        * new split frames.
3144        *
3145        * explodedGeometry holds the (x, y) position of the previously exploded
3146        * SplitFrame, and the (width, height) of the AlignFrame component
3147        */
3148       AlignmentPanel topPanel = (AlignmentPanel) topPanels.get(i);
3149       AlignFrame newTopFrame = new AlignFrame(topPanel);
3150       newTopFrame.setSize(oldTopFrame.getSize());
3151       newTopFrame.setVisible(true);
3152       Rectangle geometry = ((AlignViewport) topPanel.getAlignViewport())
3153               .getExplodedGeometry();
3154       if (geometry != null)
3155       {
3156         newTopFrame.setSize(geometry.getSize());
3157       }
3158
3159       AlignmentPanel bottomPanel = (AlignmentPanel) bottomPanels.get(i);
3160       AlignFrame newBottomFrame = new AlignFrame(bottomPanel);
3161       newBottomFrame.setSize(oldBottomFrame.getSize());
3162       newBottomFrame.setVisible(true);
3163       geometry = ((AlignViewport) bottomPanel.getAlignViewport())
3164               .getExplodedGeometry();
3165       if (geometry != null)
3166       {
3167         newBottomFrame.setSize(geometry.getSize());
3168       }
3169
3170       topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3171       bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3172       JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(newTopFrame,
3173               newBottomFrame);
3174       if (geometry != null)
3175       {
3176         splitFrame.setLocation(geometry.getLocation());
3177       }
3178       Desktop.addInternalFrame(splitFrame, sf.getTitle(), -1, -1);
3179     }
3180
3181     /*
3182      * Clear references to the panels (now relocated in the new SplitFrames)
3183      * before closing the old SplitFrame.
3184      */
3185     topPanels.clear();
3186     bottomPanels.clear();
3187     sf.close();
3188   }
3189
3190   /**
3191    * Gather expanded split frames, sharing the same pairs of sequence set ids,
3192    * back into the given SplitFrame as additional views. Note that the gathered
3193    * frames may themselves have multiple views.
3194    *
3195    * @param source
3196    */
3197   public void gatherViews(GSplitFrame source)
3198   {
3199     /*
3200      * special handling of explodedGeometry for a view within a SplitFrame: - it
3201      * holds the (x, y) position of the enclosing SplitFrame, and the (width,
3202      * height) of the AlignFrame component
3203      */
3204     AlignFrame myTopFrame = (AlignFrame) source.getTopFrame();
3205     AlignFrame myBottomFrame = (AlignFrame) source.getBottomFrame();
3206     myTopFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3207             source.getY(), myTopFrame.getWidth(), myTopFrame.getHeight()));
3208     myBottomFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3209             source.getY(), myBottomFrame.getWidth(), myBottomFrame
3210                     .getHeight()));
3211     myTopFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3212     myBottomFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3213     String topViewId = myTopFrame.viewport.getSequenceSetId();
3214     String bottomViewId = myBottomFrame.viewport.getSequenceSetId();
3215
3216     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
3217     for (JInternalFrame frame : frames)
3218     {
3219       if (frame instanceof SplitFrame && frame != source)
3220       {
3221         SplitFrame sf = (SplitFrame) frame;
3222         AlignFrame topFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3223         AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3224         boolean gatherThis = false;
3225         for (int a = 0; a < topFrame.alignPanels.size(); a++)
3226         {
3227           AlignmentPanel topPanel = topFrame.alignPanels.get(a);
3228           AlignmentPanel bottomPanel = bottomFrame.alignPanels.get(a);
3229           if (topViewId.equals(topPanel.av.getSequenceSetId())
3230                   && bottomViewId.equals(bottomPanel.av.getSequenceSetId()))
3231           {
3232             gatherThis = true;
3233             topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3234             bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3235             topPanel.av.setExplodedGeometry(new Rectangle(sf.getLocation(),
3236                     topFrame.getSize()));
3237             bottomPanel.av.setExplodedGeometry(new Rectangle(sf
3238                     .getLocation(), bottomFrame.getSize()));
3239             myTopFrame.addAlignmentPanel(topPanel, false);
3240             myBottomFrame.addAlignmentPanel(bottomPanel, false);
3241           }
3242         }
3243
3244         if (gatherThis)
3245         {
3246           topFrame.getAlignPanels().clear();
3247           bottomFrame.getAlignPanels().clear();
3248           sf.close();
3249         }
3250       }
3251     }
3252
3253     /*
3254      * The dust settles...give focus to the tab we did this from.
3255      */
3256     myTopFrame.setDisplayedView(myTopFrame.alignPanel);
3257   }
3258
3259   public static groovy.ui.Console getGroovyConsole()
3260   {
3261     return groovyConsole;
3262   }
3263
3264   public static void transferFromDropTarget(List<String> files,
3265           List<String> protocols, DropTargetDropEvent evt, Transferable t)
3266           throws Exception
3267   {
3268
3269     DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
3270             "text/uri-list;class=java.lang.String");
3271     if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3272     {
3273       // Works on Windows and MacOSX
3274       Cache.log.debug("Drop handled as javaFileListFlavor");
3275       for (Object file : (List) t
3276               .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3277       {
3278         files.add(((File) file).toString());
3279         protocols.add(FormatAdapter.FILE);
3280       }
3281     }
3282     else
3283     {
3284       // Unix like behaviour
3285       boolean added = false;
3286       String data = null;
3287       if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
3288       {
3289         Cache.log.debug("Drop handled as uriListFlavor");
3290         // This is used by Unix drag system
3291         data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
3292       }
3293       if (data == null)
3294       {
3295         // fallback to text: workaround - on OSX where there's a JVM bug
3296         Cache.log.debug("standard URIListFlavor failed. Trying text");
3297         // try text fallback
3298         data = (String) t.getTransferData(new DataFlavor(
3299                 "text/plain;class=java.lang.String"));
3300         if (Cache.log.isDebugEnabled())
3301         {
3302           Cache.log.debug("fallback returned " + data);
3303         }
3304       }
3305       while (protocols.size() < files.size())
3306       {
3307         Cache.log.debug("Adding missing FILE protocol for "
3308                 + files.get(protocols.size()));
3309         protocols.add(FormatAdapter.FILE);
3310       }
3311       for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
3312               data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
3313       {
3314         added = true;
3315         String s = st.nextToken();
3316         if (s.startsWith("#"))
3317         {
3318           // the line is a comment (as per the RFC 2483)
3319           continue;
3320         }
3321         java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
3322         if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
3323         {
3324           protocols.add(FormatAdapter.URL);
3325           files.add(uri.toString());
3326         }
3327         else
3328         {
3329           // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
3330           java.io.File file = new java.io.File(uri);
3331           protocols.add(FormatAdapter.FILE);
3332           files.add(file.toString());
3333         }
3334       }
3335       if (Cache.log.isDebugEnabled())
3336       {
3337         if (data == null || !added)
3338         {
3339           Cache.log
3340                   .debug("Couldn't resolve drop data. Here are the supported flavors:");
3341           for (DataFlavor fl : t.getTransferDataFlavors())
3342           {
3343             Cache.log.debug("Supported transfer dataflavor: "
3344                     + fl.toString());
3345             Object df = t.getTransferData(fl);
3346             if (df != null)
3347             {
3348               Cache.log.debug("Retrieves: " + df);
3349             }
3350             else
3351             {
3352               Cache.log.debug("Retrieved nothing");
3353             }
3354           }
3355         }
3356       }
3357     }
3358   }
3359 }