src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_ID;
  24
  25 import jalview.api.AlignViewportI;
  26 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.bin.Jalview;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.FileFormat;
  31 import jalview.io.FileFormatException;
  32 import jalview.io.FileFormatI;
  33 import jalview.io.FileFormats;
  34 import jalview.io.FileLoader;
  35 import jalview.io.FormatAdapter;
  36 import jalview.io.IdentifyFile;
  37 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  38 import jalview.io.JalviewFileView;
  39 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  40 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  41 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  42 import jalview.urls.IdOrgSettings;
  43 import jalview.util.ImageMaker;
  44 import jalview.util.MessageManager;
  45 import jalview.util.Platform;
  46 import jalview.util.UrlConstants;
  47 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  48 import jalview.ws.params.ParamManager;
  49 import jalview.ws.utils.UrlDownloadClient;
  50
  51 import java.awt.BorderLayout;
  52 import java.awt.Color;
  53 import java.awt.Dimension;
  54 import java.awt.FontMetrics;
  55 import java.awt.Graphics;
  56 import java.awt.GridLayout;
  57 import java.awt.Point;
  58 import java.awt.Rectangle;
  59 import java.awt.Toolkit;
  60 import java.awt.Window;
  61 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  62 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  63 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  64 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  65 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  66 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  67 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  68 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  69 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  70 import java.awt.event.ActionEvent;
  71 import java.awt.event.ActionListener;
  72 import java.awt.event.InputEvent;
  73 import java.awt.event.KeyEvent;
  74 import java.awt.event.MouseAdapter;
  75 import java.awt.event.MouseEvent;
  76 import java.awt.event.WindowAdapter;
  77 import java.awt.event.WindowEvent;
  78 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  79 import java.beans.PropertyChangeListener;
  80 import java.io.BufferedInputStream;
  81 import java.io.File;
  82 import java.io.FileOutputStream;
  83 import java.io.IOException;
  84 import java.net.URL;
  85 import java.util.ArrayList;
  86 import java.util.Hashtable;
  87 import java.util.List;
  88 import java.util.ListIterator;
  89 import java.util.StringTokenizer;
  90 import java.util.Vector;
  91 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  92 import java.util.concurrent.Executors;
  93 import java.util.concurrent.Semaphore;
  94
  95 import javax.swing.AbstractAction;
  96 import javax.swing.Action;
  97 import javax.swing.ActionMap;
  98 import javax.swing.Box;
  99 import javax.swing.BoxLayout;
 100 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
 101 import javax.swing.DesktopManager;
 102 import javax.swing.InputMap;
 103 import javax.swing.JButton;
 104 import javax.swing.JCheckBox;
 105 import javax.swing.JComboBox;
 106 import javax.swing.JComponent;
 107 import javax.swing.JDesktopPane;
 108 import javax.swing.JFrame;
 109 import javax.swing.JInternalFrame;
 110 import javax.swing.JLabel;
 111 import javax.swing.JMenuItem;
 112 import javax.swing.JPanel;
 113 import javax.swing.JPopupMenu;
 114 import javax.swing.JProgressBar;
 115 import javax.swing.KeyStroke;
 116 import javax.swing.SwingUtilities;
 117 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
 118 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
 119 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
 120 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
 121 import javax.swing.event.MenuEvent;
 122 import javax.swing.event.MenuListener;
 123
 124 import org.stackoverflowusers.file.WindowsShortcut;
 125
 126 /**
 127  * Jalview Desktop
 128  *
 129  *
 130  * @author $author$
 131  * @version $Revision: 1.155 $
 132  */
 133 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
 134         implements DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 135         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 136 {
 137   private static int DEFAULT_MIN_WIDTH = 300;
 138
 139   private static int DEFAULT_MIN_HEIGHT = 250;
 140
 141   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH = 600;
 142
 143   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT = 70;
 144
 145   private static final String EXPERIMENTAL_FEATURES = "EXPERIMENTAL_FEATURES";
 146
 147   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 148
 149   /**
 150    * news reader - null if it was never started.
 151    */
 152   private BlogReader jvnews = null;
 153
 154   private File projectFile;
 155
 156   /**
 157    * @param listener
 158    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 159    */
 160   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 161           PropertyChangeListener listener)
 162   {
 163     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 164   }
 165
 166   /**
 167    * @param propertyName
 168    * @param listener
 169    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 170    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 171    */
 172   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 173           PropertyChangeListener listener)
 174   {
 175     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 176   }
 177
 178   /**
 179    * @param propertyName
 180    * @param listener
 181    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 182    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 183    */
 184   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 185           PropertyChangeListener listener)
 186   {
 187     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 188             listener);
 189   }
 190
 191   /** Singleton Desktop instance */
 192   public static Desktop instance;
 193
 194   public static MyDesktopPane desktop;
 195
 196   static int openFrameCount = 0;
 197
 198   static final int xOffset = 30;
 199
 200   static final int yOffset = 30;
 201
 202   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 203
 204   public static Object[] jalviewClipboard;
 205
 206   public static boolean internalCopy = false;
 207
 208   static int fileLoadingCount = 0;
 209
 210   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 211   {
 212
 213     private DesktopManager delegate;
 214
 215     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 216     {
 217       this.delegate = delegate;
 218     }
 219
 220     @Override
 221     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 222     {
 223       try
 224       {
 225         delegate.activateFrame(f);
 226       } catch (NullPointerException npe)
 227       {
 228         Point p = getMousePosition();
 229         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 230       }
 231     }
 232
 233     @Override
 234     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 235     {
 236       delegate.beginDraggingFrame(f);
 237     }
 238
 239     @Override
 240     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 241     {
 242       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 243     }
 244
 245     @Override
 246     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 247     {
 248       delegate.closeFrame(f);
 249     }
 250
 251     @Override
 252     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 253     {
 254       delegate.deactivateFrame(f);
 255     }
 256
 257     @Override
 258     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 259     {
 260       delegate.deiconifyFrame(f);
 261     }
 262
 263     @Override
 264     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 265     {
 266       if (newY < 0)
 267       {
 268         newY = 0;
 269       }
 270       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 271     }
 272
 273     @Override
 274     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 275     {
 276       delegate.endDraggingFrame(f);
 277       desktop.repaint();
 278     }
 279
 280     @Override
 281     public void endResizingFrame(JComponent f)
 282     {
 283       delegate.endResizingFrame(f);
 284       desktop.repaint();
 285     }
 286
 287     @Override
 288     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 289     {
 290       delegate.iconifyFrame(f);
 291     }
 292
 293     @Override
 294     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 295     {
 296       delegate.maximizeFrame(f);
 297     }
 298
 299     @Override
 300     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 301     {
 302       delegate.minimizeFrame(f);
 303     }
 304
 305     @Override
 306     public void openFrame(JInternalFrame f)
 307     {
 308       delegate.openFrame(f);
 309     }
 310
 311     @Override
 312     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 313             int newHeight)
 314     {
 315       if (newY < 0)
 316       {
 317         newY = 0;
 318       }
 319       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 320     }
 321
 322     @Override
 323     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 324             int newWidth, int newHeight)
 325     {
 326       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 327     }
 328
 329     // All other methods, simply delegate
 330
 331   }
 332
 333   /**
 334    * Creates a new Desktop object.
 335    */
 336   public Desktop()
 337   {
 338     /**
 339      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 340      * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 341      * constructor.
 342      */
 343     instance = this;
 344     doVamsasClientCheck();
 345
 346     doConfigureStructurePrefs();
 347     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
 348     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 349     boolean selmemusage = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE",
 350             false);
 351     boolean showjconsole = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_JAVA_CONSOLE",
 352             false);
 353     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 354     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 355     desktop.setBackground(Color.white);
 356     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 357     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 358     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 359     // sp.getViewport().setView(desktop);
 360     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 361     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 362     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 363
 364     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 365     // if previous window was maximised
 366     desktop.setDesktopManager(
 367             new MyDesktopManager(
 368                     (Platform.isWindows() ? new DefaultDesktopManager()
 369                             : Platform.isAMac()
 370                                     ? new AquaInternalFrameManager(
 371                                             desktop.getDesktopManager())
 372                                     : desktop.getDesktopManager())));
 373
 374     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 375     if (dims != null)
 376     {
 377       setBounds(dims);
 378     }
 379     else
 380     {
 381       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 382       setBounds((screenSize.width - 900) / 2, (screenSize.height - 650) / 2,
 383               900, 650);
 384     }
 385     jconsole = new Console(this, showjconsole);
 386     // add essential build information
 387     jconsole.setHeader(
 388             "Jalview Version: " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 389                     + "\n" + "Jalview Installation: "
 390                     + jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION",
 391                             "unknown")
 392                     + "\n" + "Build Date: "
 393                     + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
 394                     + "\n" + "Java version: "
 395                     + System.getProperty("java.version") + "\n"
 396                     + System.getProperty("os.arch") + " "
 397                     + System.getProperty("os.name") + " "
 398                     + System.getProperty("os.version"));
 399
 400     showConsole(showjconsole);
 401
 402     showNews.setVisible(false);
 403
 404     experimentalFeatures.setSelected(showExperimental());
 405
 406     getIdentifiersOrgData();
 407
 408     checkURLLinks();
 409
 410     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 411     {
 412       @Override
 413       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 414       {
 415         quit();
 416       }
 417     });
 418
 419     MouseAdapter ma;
 420     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 421     {
 422       @Override
 423       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 424       {
 425         if (evt.isPopupTrigger()) // Mac
 426         {
 427           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 428         }
 429       }
 430
 431       @Override
 432       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 433       {
 434         if (evt.isPopupTrigger()) // Windows
 435         {
 436           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 437         }
 438       }
 439     });
 440     desktop.addMouseListener(ma);
 441
 442     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 443     // Spawn a thread that shows the splashscreen
 444     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 445     {
 446       @Override
 447       public void run()
 448       {
 449         new SplashScreen();
 450       }
 451     });
 452
 453     // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time it
 454     // takes to open it later on.
 455     new Thread(new Runnable()
 456     {
 457       @Override
 458       public void run()
 459       {
 460         Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 461         String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
 462         JalviewFileChooser.forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 463                 fileFormat);
 464         Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 465       }
 466     }).start();
 467     // Add the service change listener
 468     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 469             new PropertyChangeListener()
 470             {
 471
 472               @Override
 473               public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 474               {
 475                 Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 476                         + evt.getNewValue());
 477                 JalviewServicesChanged(evt);
 478               }
 479
 480             });
 481   }
 482
 483   /**
 484    * Answers true if user preferences to enable experimental features is True
 485    * (on), else false
 486    *
 487    * @return
 488    */
 489   public boolean showExperimental()
 490   {
 491     String experimental = Cache.getDefault(EXPERIMENTAL_FEATURES,
 492             Boolean.FALSE.toString());
 493     return Boolean.valueOf(experimental).booleanValue();
 494   }
 495
 496   public void doConfigureStructurePrefs()
 497   {
 498     // configure services
 499     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 500             .getStructureSelectionManager(this);
 501     if (jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 502     {
 503       ssm.setAddTempFacAnnot(jalview.bin.Cache
 504               .getDefault(Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 505       ssm.setProcessSecondaryStructure(jalview.bin.Cache
 506               .getDefault(Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 507       ssm.setSecStructServices(
 508               jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.USE_RNAVIEW, true));
 509     }
 510     else
 511     {
 512       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 513       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 514       ssm.setSecStructServices(false);
 515     }
 516   }
 517
 518   public void checkForNews()
 519   {
 520     final Desktop me = this;
 521     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 522     new Thread(new Runnable()
 523     {
 524       @Override
 525       public void run()
 526       {
 527         Cache.log.debug("Starting news thread.");
 528
 529         jvnews = new BlogReader(me);
 530         showNews.setVisible(true);
 531         Cache.log.debug("Completed news thread.");
 532       }
 533     }).start();
 534   }
 535
 536   public void getIdentifiersOrgData()
 537   {
 538     // Thread off the identifiers fetcher
 539     new Thread(new Runnable()
 540     {
 541       @Override
 542       public void run()
 543       {
 544         Cache.log.debug("Downloading data from identifiers.org");
 545         UrlDownloadClient client = new UrlDownloadClient();
 546         try
 547         {
 548           client.download(IdOrgSettings.getUrl(),
 549                   IdOrgSettings.getDownloadLocation());
 550         } catch (IOException e)
 551         {
 552           Cache.log.debug("Exception downloading identifiers.org data"
 553                   + e.getMessage());
 554         }
 555       }
 556     }).start();
 557     ;
 558   }
 559
 560   @Override
 561   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 562   {
 563     showNews(showNews.isSelected());
 564   }
 565
 566   void showNews(boolean visible)
 567   {
 568     {
 569       Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 570       showNews.setSelected(visible);
 571       if (visible && !jvnews.isVisible())
 572       {
 573         new Thread(new Runnable()
 574         {
 575           @Override
 576           public void run()
 577           {
 578             long now = System.currentTimeMillis();
 579             Desktop.instance.setProgressBar(
 580                     MessageManager.getString("status.refreshing_news"),
 581                     now);
 582             jvnews.refreshNews();
 583             Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
 584             jvnews.showNews();
 585           }
 586         }).start();
 587       }
 588     }
 589   }
 590
 591   /**
 592    * recover the last known dimensions for a jalview window
 593    *
 594    * @param windowName
 595    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 596    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 597    *         window geom was known)
 598    */
 599   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 600   {
 601     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 602     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 603     String x = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 604     String y = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 605     String width = jalview.bin.Cache
 606             .getProperty(windowName + "SCREEN_WIDTH");
 607     String height = jalview.bin.Cache
 608             .getProperty(windowName + "SCREEN_HEIGHT");
 609     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 610     {
 611       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y),
 612               iw = Integer.parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 613       if (jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 614       {
 615         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 616         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 617         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 618         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer.parseInt(
 619                 jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 620         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer.parseInt(
 621                 jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 622         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 623         ix = (int) (ix * sw);
 624         iw = (int) (iw * sw);
 625         iy = (int) (iy * sh);
 626         ih = (int) (ih * sh);
 627         while (ix >= screenSize.width)
 628         {
 629           jalview.bin.Cache.log.debug(
 630                   "Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 631           ix -= screenSize.width;
 632         }
 633         while (iy >= screenSize.height)
 634         {
 635           jalview.bin.Cache.log.debug(
 636                   "Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 637           iy -= screenSize.height;
 638         }
 639         jalview.bin.Cache.log.debug(
 640                 "Got last known dimensions for " + windowName + ": x:" + ix
 641                         + " y:" + iy + " width:" + iw + " height:" + ih);
 642       }
 643       // return dimensions for new instance
 644       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 645     }
 646     return null;
 647   }
 648
 649   private void doVamsasClientCheck()
 650   {
 651     if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 652     {
 653       setupVamsasDisconnectedGui();
 654       VamsasMenu.setVisible(true);
 655       final Desktop us = this;
 656       VamsasMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 657       {
 658         // this listener remembers when the menu was first selected, and
 659         // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 660         // reselected again.
 661         boolean refresh = true;
 662
 663         @Override
 664         public void menuCanceled(MenuEvent e)
 665         {
 666           refresh = true;
 667         }
 668
 669         @Override
 670         public void menuDeselected(MenuEvent e)
 671         {
 672           refresh = true;
 673         }
 674
 675         @Override
 676         public void menuSelected(MenuEvent e)
 677         {
 678           if (refresh)
 679           {
 680             us.buildVamsasStMenu();
 681             refresh = false;
 682           }
 683         }
 684       });
 685       vamsasStart.setVisible(true);
 686     }
 687   }
 688
 689   void showPasteMenu(int x, int y)
 690   {
 691     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 692     JMenuItem item = new JMenuItem(
 693             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 694     item.addActionListener(new ActionListener()
 695     {
 696       @Override
 697       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 698       {
 699         paste();
 700       }
 701     });
 702
 703     popup.add(item);
 704     popup.show(this, x, y);
 705   }
 706
 707   public void paste()
 708   {
 709     try
 710     {
 711       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 712       Transferable contents = c.getContents(this);
 713
 714       if (contents != null)
 715       {
 716         String file = (String) contents
 717                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 718
 719         FileFormatI format = new IdentifyFile().identify(file,
 720                 DataSourceType.PASTE);
 721
 722         new FileLoader().LoadFile(file, DataSourceType.PASTE, format);
 723
 724       }
 725     } catch (Exception ex)
 726     {
 727       System.out.println(
 728               "Unable to paste alignment from system clipboard:\n" + ex);
 729     }
 730   }
 731
 732   /**
 733    * Adds and opens the given frame to the desktop
 734    *
 735    * @param frame
 736    *          Frame to show
 737    * @param title
 738    *          Visible Title
 739    * @param w
 740    *          width
 741    * @param h
 742    *          height
 743    */
 744   public static synchronized void addInternalFrame(
 745           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 746   {
 747     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, true, false);
 748   }
 749
 750   /**
 751    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 752    *
 753    * @param frame
 754    *          Frame to show
 755    * @param title
 756    *          Visible Title
 757    * @param makeVisible
 758    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 759    *          setVisible themselves.
 760    * @param w
 761    *          width
 762    * @param h
 763    *          height
 764    */
 765   public static synchronized void addInternalFrame(
 766           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 767           int w, int h)
 768   {
 769     addInternalFrame(frame, title, makeVisible, w, h, true, false);
 770   }
 771
 772   /**
 773    * Add an internal frame to the Jalview desktop and make it visible
 774    *
 775    * @param frame
 776    *          Frame to show
 777    * @param title
 778    *          Visible Title
 779    * @param w
 780    *          width
 781    * @param h
 782    *          height
 783    * @param resizable
 784    *          Allow resize
 785    */
 786   public static synchronized void addInternalFrame(
 787           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 788           boolean resizable)
 789   {
 790     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, resizable, false);
 791   }
 792
 793   /**
 794    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 795    *
 796    * @param frame
 797    *          Frame to show
 798    * @param title
 799    *          Visible Title
 800    * @param makeVisible
 801    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 802    *          setVisible themselves.
 803    * @param w
 804    *          width
 805    * @param h
 806    *          height
 807    * @param resizable
 808    *          Allow resize
 809    * @param ignoreMinSize
 810    *          Do not set the default minimum size for frame
 811    */
 812   public static synchronized void addInternalFrame(
 813           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 814           int w, int h, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 815   {
 816
 817     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 818     // bounds object).
 819     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 820     // the current window title
 821
 822     frame.setTitle(title);
 823     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 824     {
 825       frame.setSize(w, h);
 826     }
 827     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 828     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 829     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 830     // ///////////////////////////////////////////////
 831     if (instance == null || (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 832             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 833     {
 834       return;
 835     }
 836
 837     openFrameCount++;
 838
 839     if (!ignoreMinSize)
 840     {
 841       frame.setMinimumSize(
 842               new Dimension(DEFAULT_MIN_WIDTH, DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 843
 844       // Set default dimension for Alignment Frame window.
 845       // The Alignment Frame window could be added from a number of places,
 846       // hence,
 847       // I did this here in order not to miss out on any Alignment frame.
 848       if (frame instanceof AlignFrame)
 849       {
 850         frame.setMinimumSize(new Dimension(ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH,
 851                 ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 852       }
 853     }
 854
 855     frame.setVisible(makeVisible);
 856     frame.setClosable(true);
 857     frame.setResizable(resizable);
 858     frame.setMaximizable(resizable);
 859     frame.setIconifiable(resizable);
 860     frame.setOpaque(false);
 861
 862     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 863     {
 864       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount,
 865               yOffset * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 866     }
 867
 868     /*
 869      * add an entry for the new frame in the Window menu
 870      * (and remove it when the frame is closed)
 871      */
 872     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 873     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 874     {
 875       @Override
 876       public void internalFrameActivated(InternalFrameEvent evt)
 877       {
 878         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 879         if (itf != null)
 880         {
 881           if (itf instanceof AlignFrame)
 882           {
 883             Jalview.setCurrentAlignFrame((AlignFrame) itf);
 884           }
 885           itf.requestFocus();
 886         }
 887       }
 888
 889       @Override
 890       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 891       {
 892         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 893
 894         /*
 895          * defensive check to prevent frames being
 896          * added half off the window
 897          */
 898         if (openFrameCount > 0)
 899         {
 900           openFrameCount--;
 901         }
 902
 903         /*
 904          * ensure no reference to alignFrame retained by menu item listener
 905          */
 906         if (menuItem.getActionListeners().length > 0)
 907         {
 908           menuItem.removeActionListener(menuItem.getActionListeners()[0]);
 909         }
 910         windowMenu.remove(menuItem);
 911       };
 912     });
 913
 914     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 915     {
 916       @Override
 917       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 918       {
 919         try
 920         {
 921           frame.setSelected(true);
 922           frame.setIcon(false);
 923         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 924         {
 925
 926         }
 927       }
 928     });
 929
 930     setKeyBindings(frame);
 931
 932     desktop.add(frame);
 933
 934     windowMenu.add(menuItem);
 935
 936     frame.toFront();
 937     try
 938     {
 939       frame.setSelected(true);
 940       frame.requestFocus();
 941     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 942     {
 943     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
 944     {
 945       Cache.log.warn(
 946               "Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
 947               cex);
 948     }
 949   }
 950
 951   /**
 952    * Add key bindings to a JInternalFrame so that Ctrl-W and Cmd-W will close
 953    * the window
 954    *
 955    * @param frame
 956    */
 957   private static void setKeyBindings(JInternalFrame frame)
 958   {
 959     @SuppressWarnings("serial")
 960     final Action closeAction = new AbstractAction()
 961     {
 962       @Override
 963       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 964       {
 965         frame.dispose();
 966       }
 967     };
 968
 969     /*
 970      * set up key bindings for Ctrl-W and Cmd-W, with the same (Close) action
 971      */
 972     KeyStroke ctrlWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
 973             InputEvent.CTRL_DOWN_MASK);
 974     KeyStroke cmdWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
 975             Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask());
 976
 977     InputMap inputMap = frame
 978             .getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW);
 979     String ctrlW = ctrlWKey.toString();
 980     inputMap.put(ctrlWKey, ctrlW);
 981     inputMap.put(cmdWKey, ctrlW);
 982
 983     ActionMap actionMap = frame.getActionMap();
 984     actionMap.put(ctrlW, closeAction);
 985   }
 986
 987   @Override
 988   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 989   {
 990     if (!internalCopy)
 991     {
 992       Desktop.jalviewClipboard = null;
 993     }
 994
 995     internalCopy = false;
 996   }
 997
 998   @Override
 999   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
1000   {
1001   }
1002
1003   @Override
1004   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
1005   {
1006   }
1007
1008   @Override
1009   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
1010   {
1011   }
1012
1013   @Override
1014   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
1015   {
1016   }
1017
1018   /**
1019    * DOCUMENT ME!
1020    *
1021    * @param evt
1022    *          DOCUMENT ME!
1023    */
1024   @Override
1025   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
1026   {
1027     boolean success = true;
1028     // JAL-1552 - acceptDrop required before getTransferable call for
1029     // Java's Transferable for native dnd
1030     evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
1031     Transferable t = evt.getTransferable();
1032     List<String> files = new ArrayList<>();
1033     List<DataSourceType> protocols = new ArrayList<>();
1034
1035     try
1036     {
1037       Desktop.transferFromDropTarget(files, protocols, evt, t);
1038     } catch (Exception e)
1039     {
1040       e.printStackTrace();
1041       success = false;
1042     }
1043
1044     if (files != null)
1045     {
1046       try
1047       {
1048         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
1049         {
1050           String file = files.get(i).toString();
1051           DataSourceType protocol = (protocols == null)
1052                   ? DataSourceType.FILE
1053                   : protocols.get(i);
1054           FileFormatI format = null;
1055
1056           if (file.endsWith(".jar"))
1057           {
1058             format = FileFormat.Jalview;
1059
1060           }
1061           else
1062           {
1063             format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
1064           }
1065
1066           new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
1067
1068         }
1069       } catch (Exception ex)
1070       {
1071         success = false;
1072       }
1073     }
1074     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
1075                                // transfered to any new windows created
1076   }
1077
1078   /**
1079    * DOCUMENT ME!
1080    *
1081    * @param e
1082    *          DOCUMENT ME!
1083    */
1084   @Override
1085   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1086   {
1087     String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
1088     JalviewFileChooser chooser = JalviewFileChooser
1089             .forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), fileFormat);
1090
1091     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1092     chooser.setDialogTitle(
1093             MessageManager.getString("label.open_local_file"));
1094     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
1095
1096     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1097
1098     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1099     {
1100       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
1101       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1102               chooser.getSelectedFile().getParent());
1103
1104       FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
1105
1106       /*
1107        * Call IdentifyFile to verify the file contains what its extension implies.
1108        * Skip this step for dynamically added file formats, because
1109        * IdentifyFile does not know how to recognise them.
1110        */
1111       if (FileFormats.getInstance().isIdentifiable(format))
1112       {
1113         try
1114         {
1115           format = new IdentifyFile().identify(choice, DataSourceType.FILE);
1116         } catch (FileFormatException e)
1117         {
1118           // format = null; //??
1119         }
1120       }
1121
1122       if (viewport != null)
1123       {
1124         new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, DataSourceType.FILE,
1125                 format);
1126       }
1127       else
1128       {
1129         new FileLoader().LoadFile(choice, DataSourceType.FILE, format);
1130       }
1131     }
1132   }
1133
1134   /**
1135    * DOCUMENT ME!
1136    *
1137    * @param e
1138    *          DOCUMENT ME!
1139    */
1140   @Override
1141   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1142   {
1143     // This construct allows us to have a wider textfield
1144     // for viewing
1145     JLabel label = new JLabel(
1146             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
1147     final JComboBox history = new JComboBox();
1148
1149     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
1150     panel.add(label);
1151     panel.add(history);
1152     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
1153     history.setEditable(true);
1154     history.addItem("http://www.");
1155
1156     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
1157
1158     StringTokenizer st;
1159
1160     if (historyItems != null)
1161     {
1162       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
1163
1164       while (st.hasMoreTokens())
1165       {
1166         history.addItem(st.nextElement());
1167       }
1168     }
1169
1170     int reply = JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
1171             MessageManager.getString("label.input_alignment_from_url"),
1172             JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
1173
1174     if (reply != JvOptionPane.OK_OPTION)
1175     {
1176       return;
1177     }
1178
1179     String url = history.getSelectedItem().toString();
1180
1181     if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
1182     {
1183       if (viewport != null)
1184       {
1185         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1186                 FileFormat.Jalview);
1187       }
1188       else
1189       {
1190         new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL,
1191                 FileFormat.Jalview);
1192       }
1193     }
1194     else
1195     {
1196       FileFormatI format = null;
1197       try
1198       {
1199         format = new IdentifyFile().identify(url, DataSourceType.URL);
1200       } catch (FileFormatException e)
1201       {
1202         // TODO revise error handling, distinguish between
1203         // URL not found and response not valid
1204       }
1205
1206       if (format == null)
1207       {
1208         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1209                 MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate",
1210                         new Object[]
1211                         { url }),
1212                 MessageManager.getString("label.url_not_found"),
1213                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1214
1215         return;
1216       }
1217
1218       if (viewport != null)
1219       {
1220         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1221                 format);
1222       }
1223       else
1224       {
1225         new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL, format);
1226       }
1227     }
1228   }
1229
1230   /**
1231    * Opens the CutAndPaste window for the user to paste an alignment in to
1232    *
1233    * @param viewPanel
1234    *          - if not null, the pasted alignment is added to the current
1235    *          alignment; if null, to a new alignment window
1236    */
1237   @Override
1238   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
1239           AlignmentViewPanel viewPanel)
1240   {
1241     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1242     cap.setForInput(viewPanel);
1243     Desktop.addInternalFrame(cap,
1244             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"), true,
1245             600, 500);
1246   }
1247
1248   /*
1249    * Exit the program
1250    */
1251   @Override
1252   public void quit()
1253   {
1254     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1255     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH",
1256             screen.width + "");
1257     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT",
1258             screen.height + "");
1259     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x, getBounds().y,
1260             getWidth(), getHeight()));
1261
1262     if (jconsole != null)
1263     {
1264       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1265       jconsole.stopConsole();
1266     }
1267     if (jvnews != null)
1268     {
1269       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1270
1271     }
1272     if (dialogExecutor != null)
1273     {
1274       dialogExecutor.shutdownNow();
1275     }
1276     closeAll_actionPerformed(null);
1277
1278     if (groovyConsole != null)
1279     {
1280       // suppress a possible repeat prompt to save script
1281       groovyConsole.setDirty(false);
1282       groovyConsole.exit();
1283     }
1284     System.exit(0);
1285   }
1286
1287   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1288   {
1289     jalview.bin.Cache.log.debug("Storing last known dimensions for "
1290             + string + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1291             + " height:" + jc.height);
1292
1293     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1294     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1295     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1296     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1297   }
1298
1299   /**
1300    * DOCUMENT ME!
1301    *
1302    * @param e
1303    *          DOCUMENT ME!
1304    */
1305   @Override
1306   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1307   {
1308     // StringBuffer message = getAboutMessage(false);
1309     // JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1310     //
1311     // message.toString(), "About Jalview", JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1312     new Thread(new Runnable()
1313     {
1314       @Override
1315       public void run()
1316       {
1317         new SplashScreen(true);
1318       }
1319     }).start();
1320   }
1321
1322   public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
1323   {
1324     StringBuffer message = new StringBuffer();
1325     message.append("<html>");
1326     if (shortv)
1327     {
1328       message.append("<h1><strong>Version: "
1329               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1330               + "</strong></h1>");
1331       message.append("<strong>Last Updated: <em>"
1332               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
1333               + "</em></strong>");
1334
1335     }
1336     else
1337     {
1338
1339       message.append("<strong>Version "
1340               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1341               + "; last updated: "
1342               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1343     }
1344
1345     if (jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1346             .equals("Checking"))
1347     {
1348       message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1349     }
1350     else if (!jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1351             .equals(jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
1352     {
1353       boolean red = false;
1354       if (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1355               .indexOf("automated build") == -1)
1356       {
1357         red = true;
1358         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1359         // version is not a development build
1360         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1361       }
1362
1363       message.append("<br>!! Version "
1364               + jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
1365                       "..Checking..")
1366               + " is available for download from "
1367               + jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
1368                       "http://www.jalview.org")
1369               + " !!");
1370       if (red)
1371       {
1372         message.append("</div>");
1373       }
1374     }
1375     message.append("<br>Authors:  " + jalview.bin.Cache.getDefault(
1376             "AUTHORFNAMES",
1377             "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)")
1378             + "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
1379             + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
1380             + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
1381             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
1382             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
1383             + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
1384             + "</html>");
1385     return message;
1386   }
1387
1388   /**
1389    * DOCUMENT ME!
1390    *
1391    * @param e
1392    *          DOCUMENT ME!
1393    */
1394   @Override
1395   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1396   {
1397     try
1398     {
1399       Help.showHelpWindow();
1400     } catch (Exception ex)
1401     {
1402     }
1403   }
1404
1405   @Override
1406   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1407   {
1408     // TODO show a progress bar while closing?
1409     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1410     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1411     {
1412       try
1413       {
1414         frames[i].setClosed(true);
1415       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1416       {
1417       }
1418     }
1419     Jalview.setCurrentAlignFrame(null);
1420     System.out.println("ALL CLOSED");
1421     if (v_client != null)
1422     {
1423       // TODO clear binding to vamsas document objects on close_all
1424     }
1425
1426     /*
1427      * reset state of singleton objects as appropriate (clear down session state
1428      * when all windows are closed)
1429      */
1430     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
1431             .getStructureSelectionManager(this);
1432     if (ssm != null)
1433     {
1434       ssm.resetAll();
1435     }
1436   }
1437
1438   @Override
1439   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1440   {
1441     reorderAssociatedWindows(false, false);
1442   }
1443
1444   @Override
1445   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1446   {
1447     reorderAssociatedWindows(true, false);
1448   }
1449
1450   void closeAssociatedWindows()
1451   {
1452     reorderAssociatedWindows(false, true);
1453   }
1454
1455   /*
1456    * (non-Javadoc)
1457    *
1458    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1459    * ActionEvent)
1460    */
1461   @Override
1462   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1463   {
1464     // We simply collect the garbage
1465     jalview.bin.Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1466     System.gc();
1467     jalview.bin.Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1468   }
1469
1470   /*
1471    * (non-Javadoc)
1472    *
1473    * @see
1474    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1475    * )
1476    */
1477   @Override
1478   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1479   {
1480     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1481   }
1482
1483   /*
1484    * (non-Javadoc)
1485    *
1486    * @see
1487    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1488    * )
1489    */
1490   @Override
1491   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1492   {
1493     showConsole(showConsole.isSelected());
1494   }
1495
1496   Console jconsole = null;
1497
1498   /**
1499    * control whether the java console is visible or not
1500    *
1501    * @param selected
1502    */
1503   void showConsole(boolean selected)
1504   {
1505     showConsole.setSelected(selected);
1506     // TODO: decide if we should update properties file
1507     Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE",
1508             Boolean.valueOf(selected).toString());
1509     jconsole.setVisible(selected);
1510   }
1511
1512   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1513   {
1514     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1515     if (frames == null || frames.length < 1)
1516     {
1517       return;
1518     }
1519
1520     AlignmentViewport source = null, target = null;
1521     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1522     {
1523       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1524     }
1525     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1526     {
1527       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1528     }
1529     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1530     {
1531       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1532     }
1533     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1534     {
1535       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1536     }
1537
1538     if (source != null)
1539     {
1540       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1541       {
1542         target = null;
1543         if (frames[i] == null)
1544         {
1545           continue;
1546         }
1547         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1548         {
1549           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1550         }
1551         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1552         {
1553           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1554         }
1555         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1556         {
1557           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1558         }
1559         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1560         {
1561           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1562         }
1563
1564         if (source == target)
1565         {
1566           try
1567           {
1568             if (close)
1569             {
1570               frames[i].setClosed(true);
1571             }
1572             else
1573             {
1574               frames[i].setIcon(minimize);
1575               if (!minimize)
1576               {
1577                 frames[i].toFront();
1578               }
1579             }
1580
1581           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1582           {
1583           }
1584         }
1585       }
1586     }
1587   }
1588
1589   /**
1590    * DOCUMENT ME!
1591    *
1592    * @param e
1593    *          DOCUMENT ME!
1594    */
1595   @Override
1596   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1597   {
1598     new Preferences();
1599   }
1600
1601   /**
1602    * DOCUMENT ME!
1603    *
1604    * @param e
1605    *          DOCUMENT ME!
1606    */
1607   @Override
1608   public void saveState_actionPerformed(boolean asCastor)
1609   {
1610     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1611             asCastor ? "jvp" : "jvx",
1612             "Jalview Project");
1613
1614     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1615     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1616
1617     int value = chooser.showSaveDialog(this);
1618
1619     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1620     {
1621       final Desktop me = this;
1622       final java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
1623       setProjectFile(choice);
1624
1625       new Thread(new Runnable()
1626       {
1627         @Override
1628         public void run()
1629         {
1630           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
1631           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1632                   "label.saving_jalview_project", new Object[]
1633                   { choice.getName() }), choice.hashCode());
1634           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1635                   choice.getParent());
1636           // TODO catch and handle errors for savestate
1637           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1638           try
1639           {
1640             if (asCastor)
1641             {
1642               new Jalview2XML().saveState(choice);
1643             }
1644             else
1645             {
1646               new jalview.project.Jalview2XML().saveState(choice);
1647             }
1648           } catch (OutOfMemoryError oom)
1649           {
1650             new OOMWarning(
1651                     "Whilst saving current state to " + choice.getName(),
1652                     oom);
1653           } catch (Exception ex)
1654           {
1655             Cache.log.error(
1656                     "Problems whilst trying to save to " + choice.getName(),
1657                     ex);
1658             JvOptionPane.showMessageDialog(me,
1659                     MessageManager.formatMessage(
1660                             "label.error_whilst_saving_current_state_to",
1661                             new Object[]
1662                             { choice.getName() }),
1663                     MessageManager.getString("label.couldnt_save_project"),
1664                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1665           }
1666           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1667         }
1668       }).start();
1669     }
1670   }
1671
1672   private void setProjectFile(File choice)
1673   {
1674     this.projectFile = choice;
1675   }
1676
1677   public File getProjectFile()
1678   {
1679     return this.projectFile;
1680   }
1681
1682   /**
1683    * DOCUMENT ME!
1684    *
1685    * @param e
1686    *          DOCUMENT ME!
1687    */
1688   @Override
1689   public void loadState_actionPerformed(boolean asCastor)
1690   {
1691     final String[] suffix = asCastor ? new String[] { "jvp", "jar" }
1692             : new String[]
1693             { "jvx" };
1694     final String[] desc = asCastor
1695             ? new String[]
1696             { "Jalview Project", "Jalview Project (old)" }
1697             : new String[]
1698             { "Jalview Project" };
1699     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1700             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), suffix,
1701             desc,
1702             "Jalview Project");
1703     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1704     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1705
1706     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1707
1708     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1709     {
1710       final File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1711       setProjectFile(selectedFile);
1712       final String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
1713       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
1714       new Thread(new Runnable()
1715       {
1716         @Override
1717         public void run()
1718         {
1719           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1720                   "label.loading_jalview_project", new Object[]
1721                   { choice }), choice.hashCode());
1722           try
1723           {
1724             if (asCastor)
1725             {
1726               new Jalview2XML().loadJalviewAlign(choice);
1727             }
1728             else
1729             {
1730               new jalview.project.Jalview2XML().loadJalviewAlign(choice);
1731             }
1732           } catch (OutOfMemoryError oom)
1733           {
1734             new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1735           } catch (Exception ex)
1736           {
1737             Cache.log.error(
1738                     "Problems whilst loading project from " + choice, ex);
1739             JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
1740                     MessageManager.formatMessage(
1741                             "label.error_whilst_loading_project_from",
1742                             new Object[]
1743                             { choice }),
1744                     MessageManager.getString("label.couldnt_load_project"),
1745                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1746           }
1747           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1748         }
1749       }).start();
1750     }
1751   }
1752
1753   @Override
1754   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1755   {
1756     new SequenceFetcher(this);
1757   }
1758
1759   JPanel progressPanel;
1760
1761   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<>();
1762
1763   public void startLoading(final String fileName)
1764   {
1765     if (fileLoadingCount == 0)
1766     {
1767       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager
1768               .formatMessage("label.loading_file", new Object[]
1769               { fileName })));
1770     }
1771     fileLoadingCount++;
1772   }
1773
1774   private JPanel addProgressPanel(String string)
1775   {
1776     if (progressPanel == null)
1777     {
1778       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1779       totalProgressCount = 0;
1780       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1781     }
1782     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1783     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1784     progressBar.setIndeterminate(true);
1785
1786     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1787
1788     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1789     progressPanel.add(thisprogress);
1790     ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).setRows(
1791             ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1792     ++totalProgressCount;
1793     instance.validate();
1794     return thisprogress;
1795   }
1796
1797   int totalProgressCount = 0;
1798
1799   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1800   {
1801     if (progressPanel != null)
1802     {
1803       synchronized (progressPanel)
1804       {
1805         progressPanel.remove(progbar);
1806         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1807         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1808         if (--totalProgressCount < 1)
1809         {
1810           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1811           progressPanel = null;
1812         }
1813       }
1814     }
1815     validate();
1816   }
1817
1818   public void stopLoading()
1819   {
1820     fileLoadingCount--;
1821     if (fileLoadingCount < 1)
1822     {
1823       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1824       {
1825         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1826       }
1827       fileLoadingPanels.clear();
1828       fileLoadingCount = 0;
1829     }
1830     validate();
1831   }
1832
1833   public static int getViewCount(String alignmentId)
1834   {
1835     AlignmentViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1836     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1837   }
1838
1839   /**
1840    *
1841    * @param alignmentId
1842    *          - if null, all sets are returned
1843    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1844    */
1845   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1846   {
1847     if (Desktop.desktop == null)
1848     {
1849       // no frames created and in headless mode
1850       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1851       return null;
1852     }
1853     List<AlignmentPanel> aps = new ArrayList<>();
1854     AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
1855     if (frames == null)
1856     {
1857       return null;
1858     }
1859     for (AlignFrame af : frames)
1860     {
1861       for (AlignmentPanel ap : af.alignPanels)
1862       {
1863         if (alignmentId == null
1864                 || alignmentId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1865         {
1866           aps.add(ap);
1867         }
1868       }
1869     }
1870     if (aps.size() == 0)
1871     {
1872       return null;
1873     }
1874     AlignmentPanel[] vap = aps.toArray(new AlignmentPanel[aps.size()]);
1875     return vap;
1876   }
1877
1878   /**
1879    * get all the viewports on an alignment.
1880    *
1881    * @param sequenceSetId
1882    *          unique alignment id (may be null - all viewports returned in that
1883    *          case)
1884    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1885    */
1886   public static AlignmentViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1887   {
1888     List<AlignmentViewport> viewp = new ArrayList<>();
1889     if (desktop != null)
1890     {
1891       AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1892
1893       for (AlignFrame afr : frames)
1894       {
1895         if (sequenceSetId == null || afr.getViewport().getSequenceSetId()
1896                 .equals(sequenceSetId))
1897         {
1898           if (afr.alignPanels != null)
1899           {
1900             for (AlignmentPanel ap : afr.alignPanels)
1901             {
1902               if (sequenceSetId == null
1903                       || sequenceSetId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1904               {
1905                 viewp.add(ap.av);
1906               }
1907             }
1908           }
1909           else
1910           {
1911             viewp.add(afr.getViewport());
1912           }
1913         }
1914       }
1915       if (viewp.size() > 0)
1916       {
1917         return viewp.toArray(new AlignmentViewport[viewp.size()]);
1918       }
1919     }
1920     return null;
1921   }
1922
1923   /**
1924    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame
1925    *
1926    * @param af
1927    */
1928   public static void explodeViews(AlignFrame af)
1929   {
1930     int size = af.alignPanels.size();
1931     if (size < 2)
1932     {
1933       return;
1934     }
1935
1936     for (int i = 0; i < size; i++)
1937     {
1938       AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(i);
1939       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
1940
1941       /*
1942        * Restore the view's last exploded frame geometry if known. Multiple
1943        * views from one exploded frame share and restore the same (frame)
1944        * position and size.
1945        */
1946       Rectangle geometry = ap.av.getExplodedGeometry();
1947       if (geometry != null)
1948       {
1949         newaf.setBounds(geometry);
1950       }
1951
1952       ap.av.setGatherViewsHere(false);
1953
1954       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
1955               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
1956     }
1957
1958     af.alignPanels.clear();
1959     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1960
1961   }
1962
1963   /**
1964    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
1965    * identifier back in to this frame as additional views, and close the
1966    * expanded views. Note the expanded frames may themselves have multiple
1967    * views. We take the lot.
1968    *
1969    * @param source
1970    */
1971   public void gatherViews(AlignFrame source)
1972   {
1973     source.viewport.setGatherViewsHere(true);
1974     source.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
1975     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1976     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
1977
1978     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1979     {
1980       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
1981       {
1982         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
1983         boolean gatherThis = false;
1984         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
1985         {
1986           AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(a);
1987           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1988           {
1989             gatherThis = true;
1990             ap.av.setGatherViewsHere(false);
1991             ap.av.setExplodedGeometry(af.getBounds());
1992             source.addAlignmentPanel(ap, false);
1993           }
1994         }
1995
1996         if (gatherThis)
1997         {
1998           af.alignPanels.clear();
1999           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
2000         }
2001       }
2002     }
2003
2004   }
2005
2006   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
2007
2008   @Override
2009   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
2010   {
2011     if (v_client == null)
2012     {
2013       // Load and try to start a session.
2014       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
2015               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2016
2017       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2018       chooser.setDialogTitle(
2019               MessageManager.getString("label.open_saved_vamsas_session"));
2020       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString(
2021               "label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session"));
2022
2023       int value = chooser.showOpenDialog(this);
2024
2025       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2026       {
2027         String fle = chooser.getSelectedFile().toString();
2028         if (!vamsasImport(chooser.getSelectedFile()))
2029         {
2030           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2031                   MessageManager.formatMessage(
2032                           "label.couldnt_import_as_vamsas_session",
2033                           new Object[]
2034                           { fle }),
2035                   MessageManager
2036                           .getString("label.vamsas_document_import_failed"),
2037                   JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2038         }
2039       }
2040     }
2041     else
2042     {
2043       jalview.bin.Cache.log.error(
2044               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2045     }
2046   }
2047
2048   /**
2049    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
2050    *
2051    * @param file
2052    * @return true if import was a success and a session was started.
2053    */
2054   public boolean vamsasImport(URL url)
2055   {
2056     // TODO: create progress bar
2057     if (v_client != null)
2058     {
2059
2060       jalview.bin.Cache.log.error(
2061               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2062       return false;
2063     }
2064
2065     try
2066     {
2067       // copy the URL content to a temporary local file
2068       // TODO: be a bit cleverer here with nio (?!)
2069       File file = File.createTempFile("vdocfromurl", ".vdj");
2070       FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file);
2071       BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(url.openStream());
2072       byte[] buffer = new byte[2048];
2073       int ln;
2074       while ((ln = bis.read(buffer)) > -1)
2075       {
2076         fos.write(buffer, 0, ln);
2077       }
2078       bis.close();
2079       fos.close();
2080       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file,
2081               url.toExternalForm());
2082     } catch (Exception ex)
2083     {
2084       jalview.bin.Cache.log.error(
2085               "Failed to create new vamsas session from contents of URL "
2086                       + url,
2087               ex);
2088       return false;
2089     }
2090     setupVamsasConnectedGui();
2091     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2092     return v_client.inSession();
2093   }
2094
2095   /**
2096    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
2097    *
2098    * @param file
2099    * @return true if import was a success and a session was started.
2100    */
2101   public boolean vamsasImport(File file)
2102   {
2103     if (v_client != null)
2104     {
2105
2106       jalview.bin.Cache.log.error(
2107               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2108       return false;
2109     }
2110
2111     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2112             "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2113             { file.getName() }), file.hashCode());
2114     try
2115     {
2116       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file, null);
2117     } catch (Exception ex)
2118     {
2119       setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2120               "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2121               { file.getName() }), file.hashCode());
2122       jalview.bin.Cache.log.error(
2123               "New vamsas session from existing session file failed:", ex);
2124       return false;
2125     }
2126     setupVamsasConnectedGui();
2127     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2128     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2129             "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2130             { file.getName() }), file.hashCode());
2131     return v_client.inSession();
2132   }
2133
2134   public boolean joinVamsasSession(String mysesid)
2135   {
2136     if (v_client != null)
2137     {
2138       throw new Error(MessageManager
2139               .getString("error.try_join_vamsas_session_another"));
2140     }
2141     if (mysesid == null)
2142     {
2143       throw new Error(
2144               MessageManager.getString("error.invalid_vamsas_session_id"));
2145     }
2146     v_client = new VamsasApplication(this, mysesid);
2147     setupVamsasConnectedGui();
2148     v_client.initial_update();
2149     return (v_client.inSession());
2150   }
2151
2152   @Override
2153   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
2154   {
2155     if (v_client == null)
2156     {
2157       // Start a session.
2158       // we just start a default session for moment.
2159       /*
2160        * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
2161        * getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2162        *
2163        * chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2164        * chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
2165        * chooser.setToolTipText("Import");
2166        *
2167        * int value = chooser.showOpenDialog(this);
2168        *
2169        * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { v_client = new
2170        * jalview.gui.VamsasApplication(this, chooser.getSelectedFile());
2171        */
2172       v_client = new VamsasApplication(this);
2173       setupVamsasConnectedGui();
2174       v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2175     }
2176     else
2177     {
2178       // store current data in session.
2179       v_client.push_update(); // TODO: thread
2180     }
2181   }
2182
2183   protected void setupVamsasConnectedGui()
2184   {
2185     vamsasStart.setText(MessageManager.getString("label.session_update"));
2186     vamsasSave.setVisible(true);
2187     vamsasStop.setVisible(true);
2188     vamsasImport.setVisible(false); // Document import to existing session is
2189     // not possible for vamsas-client-1.0.
2190   }
2191
2192   protected void setupVamsasDisconnectedGui()
2193   {
2194     vamsasSave.setVisible(false);
2195     vamsasStop.setVisible(false);
2196     vamsasImport.setVisible(true);
2197     vamsasStart
2198             .setText(MessageManager.getString("label.new_vamsas_session"));
2199   }
2200
2201   @Override
2202   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
2203   {
2204     if (v_client != null)
2205     {
2206       v_client.end_session();
2207       v_client = null;
2208       setupVamsasDisconnectedGui();
2209     }
2210   }
2211
2212   protected void buildVamsasStMenu()
2213   {
2214     if (v_client == null)
2215     {
2216       String[] sess = null;
2217       try
2218       {
2219         sess = VamsasApplication.getSessionList();
2220       } catch (Exception e)
2221       {
2222         jalview.bin.Cache.log.warn("Problem getting current sessions list.",
2223                 e);
2224         sess = null;
2225       }
2226       if (sess != null)
2227       {
2228         jalview.bin.Cache.log.debug(
2229                 "Got current sessions list: " + sess.length + " entries.");
2230         VamsasStMenu.removeAll();
2231         for (int i = 0; i < sess.length; i++)
2232         {
2233           JMenuItem sessit = new JMenuItem();
2234           sessit.setText(sess[i]);
2235           sessit.setToolTipText(MessageManager
2236                   .formatMessage("label.connect_to_session", new Object[]
2237                   { sess[i] }));
2238           final Desktop dsktp = this;
2239           final String mysesid = sess[i];
2240           sessit.addActionListener(new ActionListener()
2241           {
2242
2243             @Override
2244             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2245             {
2246               if (dsktp.v_client == null)
2247               {
2248                 Thread rthr = new Thread(new Runnable()
2249                 {
2250
2251                   @Override
2252                   public void run()
2253                   {
2254                     dsktp.v_client = new VamsasApplication(dsktp, mysesid);
2255                     dsktp.setupVamsasConnectedGui();
2256                     dsktp.v_client.initial_update();
2257                   }
2258
2259                 });
2260                 rthr.start();
2261               }
2262             };
2263           });
2264           VamsasStMenu.add(sessit);
2265         }
2266         // don't show an empty menu.
2267         VamsasStMenu.setVisible(sess.length > 0);
2268
2269       }
2270       else
2271       {
2272         jalview.bin.Cache.log.debug("No current vamsas sessions.");
2273         VamsasStMenu.removeAll();
2274         VamsasStMenu.setVisible(false);
2275       }
2276     }
2277     else
2278     {
2279       // Not interested in the content. Just hide ourselves.
2280       VamsasStMenu.setVisible(false);
2281     }
2282   }
2283
2284   @Override
2285   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
2286   {
2287     if (v_client != null)
2288     {
2289       // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
2290       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("vdj",
2291               "Vamsas Document");
2292
2293       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2294       chooser.setDialogTitle(MessageManager
2295               .getString("label.save_vamsas_document_archive"));
2296
2297       int value = chooser.showSaveDialog(this);
2298
2299       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2300       {
2301         java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
2302         JPanel progpanel = addProgressPanel(MessageManager
2303                 .formatMessage("label.saving_vamsas_doc", new Object[]
2304                 { choice.getName() }));
2305         Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
2306         String warnmsg = null;
2307         String warnttl = null;
2308         try
2309         {
2310           v_client.vclient.storeDocument(choice);
2311         } catch (Error ex)
2312         {
2313           warnttl = "Serious Problem saving Vamsas Document";
2314           warnmsg = ex.toString();
2315           jalview.bin.Cache.log
2316                   .error("Error Whilst saving document to " + choice, ex);
2317
2318         } catch (Exception ex)
2319         {
2320           warnttl = "Problem saving Vamsas Document.";
2321           warnmsg = ex.toString();
2322           jalview.bin.Cache.log.warn(
2323                   "Exception Whilst saving document to " + choice, ex);
2324
2325         }
2326         removeProgressPanel(progpanel);
2327         if (warnmsg != null)
2328         {
2329           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2330
2331                   warnmsg, warnttl, JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2332         }
2333       }
2334     }
2335   }
2336
2337   JPanel vamUpdate = null;
2338
2339   /**
2340    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
2341    *
2342    * @param b
2343    *          true to hide gui, false to reveal gui
2344    */
2345   public void setVamsasUpdate(boolean b)
2346   {
2347     Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "
2348             + (b ? "in progress" : "finished"));
2349
2350     if (vamUpdate != null)
2351     {
2352       this.removeProgressPanel(vamUpdate);
2353     }
2354     if (b)
2355     {
2356       vamUpdate = this.addProgressPanel(
2357               MessageManager.getString("label.updating_vamsas_session"));
2358     }
2359     vamsasStart.setVisible(!b);
2360     vamsasStop.setVisible(!b);
2361     vamsasSave.setVisible(!b);
2362   }
2363
2364   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2365   {
2366     return desktop.getAllFrames();
2367   }
2368
2369   /**
2370    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2371    * should be informed of a new questionnaire.
2372    *
2373    * @param url
2374    */
2375   public void checkForQuestionnaire(String url)
2376   {
2377     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2378     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2379     new Thread(jvq).start();
2380   }
2381
2382   public void checkURLLinks()
2383   {
2384     // Thread off the URL link checker
2385     addDialogThread(new Runnable()
2386     {
2387       @Override
2388       public void run()
2389       {
2390         if (Cache.getDefault("CHECKURLLINKS", true))
2391         {
2392           // check what the actual links are - if it's just the default don't
2393           // bother with the warning
2394           List<String> links = Preferences.sequenceUrlLinks
2395                   .getLinksForMenu();
2396
2397           // only need to check links if there is one with a
2398           // SEQUENCE_ID which is not the default EMBL_EBI link
2399           ListIterator<String> li = links.listIterator();
2400           boolean check = false;
2401           List<JLabel> urls = new ArrayList<>();
2402           while (li.hasNext())
2403           {
2404             String link = li.next();
2405             if (link.contains(SEQUENCE_ID)
2406                     && !UrlConstants.isDefaultString(link))
2407             {
2408               check = true;
2409               int barPos = link.indexOf("|");
2410               String urlMsg = barPos == -1 ? link
2411                       : link.substring(0, barPos) + ": "
2412                               + link.substring(barPos + 1);
2413               urls.add(new JLabel(urlMsg));
2414             }
2415           }
2416           if (!check)
2417           {
2418             return;
2419           }
2420
2421           // ask user to check in case URL links use old style tokens
2422           // ($SEQUENCE_ID$ for sequence id _or_ accession id)
2423           JPanel msgPanel = new JPanel();
2424           msgPanel.setLayout(new BoxLayout(msgPanel, BoxLayout.PAGE_AXIS));
2425           msgPanel.add(Box.createVerticalGlue());
2426           JLabel msg = new JLabel(MessageManager
2427                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1"));
2428           JLabel msg2 = new JLabel(MessageManager
2429                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2"));
2430           msgPanel.add(msg);
2431           for (JLabel url : urls)
2432           {
2433             msgPanel.add(url);
2434           }
2435           msgPanel.add(msg2);
2436
2437           final JCheckBox jcb = new JCheckBox(
2438                   MessageManager.getString("label.do_not_display_again"));
2439           jcb.addActionListener(new ActionListener()
2440           {
2441             @Override
2442             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2443             {
2444               // update Cache settings for "don't show this again"
2445               boolean showWarningAgain = !jcb.isSelected();
2446               Cache.setProperty("CHECKURLLINKS",
2447                       Boolean.valueOf(showWarningAgain).toString());
2448             }
2449           });
2450           msgPanel.add(jcb);
2451
2452           JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, msgPanel,
2453                   MessageManager
2454                           .getString("label.SEQUENCE_ID_no_longer_used"),
2455                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2456         }
2457       }
2458     });
2459   }
2460
2461   /**
2462    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2463    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs
2464    * low.
2465    *
2466    * @author AMW
2467    */
2468   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
2469   {
2470
2471     private static final float ONE_MB = 1048576f;
2472
2473     boolean showMemoryUsage = false;
2474
2475     Runtime runtime;
2476
2477     java.text.NumberFormat df;
2478
2479     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2480             percentUsage;
2481
2482     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2483     {
2484       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2485     }
2486
2487     public void showMemoryUsage(boolean showMemory)
2488     {
2489       this.showMemoryUsage = showMemory;
2490       if (showMemory)
2491       {
2492         Thread worker = new Thread(this);
2493         worker.start();
2494       }
2495       repaint();
2496     }
2497
2498     public boolean isShowMemoryUsage()
2499     {
2500       return showMemoryUsage;
2501     }
2502
2503     @Override
2504     public void run()
2505     {
2506       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2507       df.setMaximumFractionDigits(2);
2508       runtime = Runtime.getRuntime();
2509
2510       while (showMemoryUsage)
2511       {
2512         try
2513         {
2514           maxMemory = runtime.maxMemory() / ONE_MB;
2515           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / ONE_MB;
2516           freeMemory = runtime.freeMemory() / ONE_MB;
2517           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2518
2519           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2520
2521           // if (percentUsage < 20)
2522           {
2523             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2524             // Color.red);
2525             // instance.set.setBorder(border1);
2526           }
2527           repaint();
2528           // sleep after showing usage
2529           Thread.sleep(3000);
2530         } catch (Exception ex)
2531         {
2532           ex.printStackTrace();
2533         }
2534       }
2535     }
2536
2537     @Override
2538     public void paintComponent(Graphics g)
2539     {
2540       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2541       {
2542         if (percentUsage < 20)
2543         {
2544           g.setColor(Color.red);
2545         }
2546         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2547         if (fm != null)
2548         {
2549           g.drawString(MessageManager.formatMessage("label.memory_stats",
2550                   new Object[]
2551                   { df.format(totalFreeMemory), df.format(maxMemory),
2552                       df.format(percentUsage) }),
2553                   10, getHeight() - fm.getHeight());
2554         }
2555       }
2556     }
2557   }
2558
2559
2560   /**
2561    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2562    *
2563    * @return an array of AlignFrame, or null if none found
2564    */
2565   public static AlignFrame[] getAlignFrames()
2566   {
2567     if (Jalview.isHeadlessMode())
2568     {
2569       // Desktop.desktop is null in headless mode
2570       return new AlignFrame[] { Jalview.currentAlignFrame };
2571     }
2572
2573     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2574
2575     if (frames == null)
2576     {
2577       return null;
2578     }
2579     List<AlignFrame> avp = new ArrayList<>();
2580     // REVERSE ORDER
2581     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2582     {
2583       if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2584       {
2585         avp.add((AlignFrame) frames[i]);
2586       }
2587       else if (frames[i] instanceof SplitFrame)
2588       {
2589         /*
2590          * Also check for a split frame containing an AlignFrame
2591          */
2592         GSplitFrame sf = (GSplitFrame) frames[i];
2593         if (sf.getTopFrame() instanceof AlignFrame)
2594         {
2595           avp.add((AlignFrame) sf.getTopFrame());
2596         }
2597         if (sf.getBottomFrame() instanceof AlignFrame)
2598         {
2599           avp.add((AlignFrame) sf.getBottomFrame());
2600         }
2601       }
2602     }
2603     if (avp.size() == 0)
2604     {
2605       return null;
2606     }
2607     AlignFrame afs[] = avp.toArray(new AlignFrame[avp.size()]);
2608     return afs;
2609   }
2610
2611   /**
2612    * Returns an array of any AppJmol frames in the Desktop (or null if none).
2613    *
2614    * @return
2615    */
2616   public GStructureViewer[] getJmols()
2617   {
2618     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2619
2620     if (frames == null)
2621     {
2622       return null;
2623     }
2624     List<GStructureViewer> avp = new ArrayList<>();
2625     // REVERSE ORDER
2626     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2627     {
2628       if (frames[i] instanceof AppJmol)
2629       {
2630         GStructureViewer af = (GStructureViewer) frames[i];
2631         avp.add(af);
2632       }
2633     }
2634     if (avp.size() == 0)
2635     {
2636       return null;
2637     }
2638     GStructureViewer afs[] = avp.toArray(new GStructureViewer[avp.size()]);
2639     return afs;
2640   }
2641
2642   /**
2643    * Add Groovy Support to Jalview
2644    */
2645   @Override
2646   public void groovyShell_actionPerformed()
2647   {
2648     try
2649     {
2650       openGroovyConsole();
2651     } catch (Exception ex)
2652     {
2653       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2654       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2655
2656               MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2657               MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2658               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2659     }
2660   }
2661
2662   /**
2663    * Open the Groovy console
2664    */
2665   void openGroovyConsole()
2666   {
2667     if (groovyConsole == null)
2668     {
2669       groovyConsole = new groovy.ui.Console();
2670       groovyConsole.setVariable("Jalview", this);
2671       groovyConsole.run();
2672
2673       /*
2674        * We allow only one console at a time, so that AlignFrame menu option
2675        * 'Calculate | Run Groovy script' is unambiguous.
2676        * Disable 'Groovy Console', and enable 'Run script', when the console is
2677        * opened, and the reverse when it is closed
2678        */
2679       Window window = (Window) groovyConsole.getFrame();
2680       window.addWindowListener(new WindowAdapter()
2681       {
2682         @Override
2683         public void windowClosed(WindowEvent e)
2684         {
2685           /*
2686            * rebind CMD-Q from Groovy Console to Jalview Quit
2687            */
2688           addQuitHandler();
2689           enableExecuteGroovy(false);
2690         }
2691       });
2692     }
2693
2694     /*
2695      * show Groovy console window (after close and reopen)
2696      */
2697     ((Window) groovyConsole.getFrame()).setVisible(true);
2698
2699     /*
2700      * if we got this far, enable 'Run Groovy' in AlignFrame menus
2701      * and disable opening a second console
2702      */
2703     enableExecuteGroovy(true);
2704   }
2705
2706   /**
2707    * Bind Ctrl/Cmd-Q to Quit - for reset as Groovy Console takes over this
2708    * binding when opened
2709    */
2710   protected void addQuitHandler()
2711   {
2712     getRootPane().getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW)
2713             .put(KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_Q,
2714                     Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask()),
2715                     "Quit");
2716     getRootPane().getActionMap().put("Quit", new AbstractAction()
2717     {
2718       @Override
2719       public void actionPerformed(ActionEvent e)
2720       {
2721         quit();
2722       }
2723     });
2724   }
2725
2726   /**
2727    * Enable or disable 'Run Groovy script' in AlignFrame calculate menus
2728    *
2729    * @param enabled
2730    *          true if Groovy console is open
2731    */
2732   public void enableExecuteGroovy(boolean enabled)
2733   {
2734     /*
2735      * disable opening a second Groovy console
2736      * (or re-enable when the console is closed)
2737      */
2738     groovyShell.setEnabled(!enabled);
2739
2740     AlignFrame[] alignFrames = getAlignFrames();
2741     if (alignFrames != null)
2742     {
2743       for (AlignFrame af : alignFrames)
2744       {
2745         af.setGroovyEnabled(enabled);
2746       }
2747     }
2748   }
2749
2750   /**
2751    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2752    */
2753   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2754
2755   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2756
2757   /*
2758    * (non-Javadoc)
2759    *
2760    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2761    */
2762   @Override
2763   public void setProgressBar(String message, long id)
2764   {
2765     if (progressBars == null)
2766     {
2767       progressBars = new Hashtable<>();
2768       progressBarHandlers = new Hashtable<>();
2769     }
2770
2771     if (progressBars.get(new Long(id)) != null)
2772     {
2773       JPanel panel = progressBars.remove(new Long(id));
2774       if (progressBarHandlers.contains(new Long(id)))
2775       {
2776         progressBarHandlers.remove(new Long(id));
2777       }
2778       removeProgressPanel(panel);
2779     }
2780     else
2781     {
2782       progressBars.put(new Long(id), addProgressPanel(message));
2783     }
2784   }
2785
2786   /*
2787    * (non-Javadoc)
2788    *
2789    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2790    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2791    */
2792   @Override
2793   public void registerHandler(final long id,
2794           final IProgressIndicatorHandler handler)
2795   {
2796     if (progressBarHandlers == null
2797             || !progressBars.containsKey(new Long(id)))
2798     {
2799       throw new Error(MessageManager.getString(
2800               "error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2801     }
2802     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
2803     final JPanel progressPanel = progressBars.get(new Long(id));
2804     if (handler.canCancel())
2805     {
2806       JButton cancel = new JButton(
2807               MessageManager.getString("action.cancel"));
2808       final IProgressIndicator us = this;
2809       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2810       {
2811
2812         @Override
2813         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2814         {
2815           handler.cancelActivity(id);
2816           us.setProgressBar(MessageManager
2817                   .formatMessage("label.cancelled_params", new Object[]
2818                   { ((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText() }),
2819                   id);
2820         }
2821       });
2822       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2823     }
2824   }
2825
2826   /**
2827    *
2828    * @return true if any progress bars are still active
2829    */
2830   @Override
2831   public boolean operationInProgress()
2832   {
2833     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2834     {
2835       return true;
2836     }
2837     return false;
2838   }
2839
2840   /**
2841    * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance.
2842    * It will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular
2843    * av.
2844    *
2845    * @param viewport
2846    * @return alignFrame for viewport
2847    */
2848   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewportI viewport)
2849   {
2850     if (desktop != null)
2851     {
2852       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(
2853               viewport.getSequenceSetId());
2854       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2855       {
2856         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == viewport)
2857         {
2858           return aps[panel].alignFrame;
2859         }
2860       }
2861     }
2862     return null;
2863   }
2864
2865   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2866   {
2867     return v_client;
2868
2869   }
2870
2871   /**
2872    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
2873    */
2874   private boolean inBatchMode = false;
2875
2876   /**
2877    * check if jalview GUI is being operated programmatically
2878    *
2879    * @return inBatchMode
2880    */
2881   public boolean isInBatchMode()
2882   {
2883     return inBatchMode;
2884   }
2885
2886   /**
2887    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
2888    *
2889    * @param inBatchMode
2890    */
2891   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
2892   {
2893     this.inBatchMode = inBatchMode;
2894   }
2895
2896   public void startServiceDiscovery()
2897   {
2898     startServiceDiscovery(false);
2899   }
2900
2901   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
2902   {
2903     boolean alive = true;
2904     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
2905     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
2906     if (true)
2907     {
2908       // todo: changesupport handlers need to be transferred
2909       if (discoverer == null)
2910       {
2911         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
2912         // register PCS handler for desktop.
2913         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
2914       }
2915       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
2916       // until we phase out completely
2917       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
2918     }
2919
2920     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
2921     {
2922       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2923               .startDiscoverer(changeSupport);
2924     }
2925     Thread t3 = null;
2926     {
2927       // TODO: do rest service discovery
2928     }
2929     if (blocking)
2930     {
2931       while (alive)
2932       {
2933         try
2934         {
2935           Thread.sleep(15);
2936         } catch (Exception e)
2937         {
2938         }
2939         alive = (t1 != null && t1.isAlive()) || (t2 != null && t2.isAlive())
2940                 || (t3 != null && t3.isAlive())
2941                 || (t0 != null && t0.isAlive());
2942       }
2943     }
2944   }
2945
2946   /**
2947    * called to check if the service discovery process completed successfully.
2948    *
2949    * @param evt
2950    */
2951   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
2952   {
2953     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
2954     {
2955       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2956               .getErrorMessages();
2957       if (ermsg != null)
2958       {
2959         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
2960         {
2961           if (serviceChangedDialog == null)
2962           {
2963             // only run if we aren't already displaying one of these.
2964             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
2965             {
2966               @Override
2967               public void run()
2968               {
2969
2970                 /*
2971                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
2972                  *
2973                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
2974                  * Auto-generated method stub
2975                  *
2976                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
2977                  * Auto-generated method stub
2978                  *
2979                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
2980                  * Auto-generated method stub
2981                  *
2982                  * } }; jd.initDialogFrame(new
2983                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
2984                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
2985                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
2986                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
2987                  * +
2988                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
2989                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
2990                  * 400);
2991                  *
2992                  * jd.waitForInput();
2993                  */
2994                 JvOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.desktop,
2995                         new JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>"
2996                                 + ermsg + "</td></tr></table>"
2997                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
2998                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
2999                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
3000                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
3001                         "Web Service Configuration Problem",
3002                         JvOptionPane.DEFAULT_OPTION,
3003                         JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
3004                 serviceChangedDialog = null;
3005
3006               }
3007             });
3008           }
3009         }
3010         else
3011         {
3012           Cache.log.error(
3013                   "Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
3014                           + ermsg);
3015         }
3016       }
3017     }
3018   }
3019
3020   private Runnable serviceChangedDialog = null;
3021
3022   /**
3023    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
3024    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
3025    * to open the URL.
3026    *
3027    * @param url
3028    */
3029   public static void showUrl(final String url)
3030   {
3031     showUrl(url, Desktop.instance);
3032   }
3033
3034   /**
3035    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
3036    *
3037    * @param url
3038    * @param progress
3039    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
3040    */
3041   public static void showUrl(final String url,
3042           final IProgressIndicator progress)
3043   {
3044     new Thread(new Runnable()
3045     {
3046       @Override
3047       public void run()
3048       {
3049         try
3050         {
3051           if (progress != null)
3052           {
3053             progress.setProgressBar(MessageManager
3054                     .formatMessage("status.opening_params", new Object[]
3055                     { url }), this.hashCode());
3056           }
3057           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
3058         } catch (Exception ex)
3059         {
3060           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
3061                   MessageManager
3062                           .getString("label.web_browser_not_found_unix"),
3063                   MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
3064                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
3065
3066           ex.printStackTrace();
3067         }
3068         if (progress != null)
3069         {
3070           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
3071         }
3072       }
3073     }).start();
3074   }
3075
3076   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
3077
3078   public static ParamManager getUserParameterStore()
3079   {
3080     if (wsparamManager == null)
3081     {
3082       wsparamManager = new WsParamSetManager();
3083     }
3084     return wsparamManager;
3085   }
3086
3087   /**
3088    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
3089    *
3090    * @param e
3091    */
3092   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
3093   {
3094     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
3095     {
3096       String url = null;
3097       try
3098       {
3099         url = e.getURL().toString();
3100         Desktop.showUrl(url);
3101       } catch (Exception x)
3102       {
3103         if (url != null)
3104         {
3105           if (Cache.log != null)
3106           {
3107             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
3108           }
3109           else
3110           {
3111             System.err.println(
3112                     "Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
3113           }
3114         }
3115         // ignore any exceptions due to dud links.
3116       }
3117
3118     }
3119   }
3120
3121   /**
3122    * single thread that handles display of dialogs to user.
3123    */
3124   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
3125
3126   /**
3127    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
3128    */
3129   private volatile boolean dialogPause = true;
3130
3131   /**
3132    * pause the queue
3133    */
3134   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
3135
3136   private static groovy.ui.Console groovyConsole;
3137
3138   /**
3139    * add another dialog thread to the queue
3140    *
3141    * @param prompter
3142    */
3143   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
3144   {
3145     dialogExecutor.submit(new Runnable()
3146     {
3147       @Override
3148       public void run()
3149       {
3150         if (dialogPause)
3151         {
3152           try
3153           {
3154             block.acquire();
3155           } catch (InterruptedException x)
3156           {
3157           }
3158           ;
3159         }
3160         if (instance == null)
3161         {
3162           return;
3163         }
3164         try
3165         {
3166           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
3167         } catch (Exception q)
3168         {
3169           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
3170         }
3171       }
3172     });
3173   }
3174
3175   public void startDialogQueue()
3176   {
3177     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
3178     // the current task to begin
3179     dialogPause = false;
3180     block.release();
3181   }
3182
3183   @Override
3184   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
3185   {
3186     invalidate();
3187     File of;
3188     ImageMaker im = new jalview.util.ImageMaker(
3189             this, ImageMaker.TYPE.EPS, "View of Desktop", getWidth(),
3190             getHeight(), of = new File("Jalview_snapshot"
3191                     + System.currentTimeMillis() + ".eps"),
3192             "View of desktop", null, 0, false);
3193     try
3194     {
3195       paintAll(im.getGraphics());
3196       im.writeImage();
3197     } catch (Exception q)
3198     {
3199       Cache.log.error("Couldn't write snapshot to " + of.getAbsolutePath(),
3200               q);
3201       return;
3202     }
3203     Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
3204             + of.getAbsolutePath());
3205   }
3206
3207   /**
3208    * Explode the views in the given SplitFrame into separate SplitFrame windows.
3209    * This respects (remembers) any previous 'exploded geometry' i.e. the size
3210    * and location last time the view was expanded (if any). However it does not
3211    * remember the split pane divider location - this is set to match the
3212    * 'exploding' frame.
3213    *
3214    * @param sf
3215    */
3216   public void explodeViews(SplitFrame sf)
3217   {
3218     AlignFrame oldTopFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3219     AlignFrame oldBottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3220     List<? extends AlignmentViewPanel> topPanels = oldTopFrame
3221             .getAlignPanels();
3222     List<? extends AlignmentViewPanel> bottomPanels = oldBottomFrame
3223             .getAlignPanels();
3224     int viewCount = topPanels.size();
3225     if (viewCount < 2)
3226     {
3227       return;
3228     }
3229
3230     /*
3231      * Processing in reverse order works, forwards order leaves the first panels
3232      * not visible. I don't know why!
3233      */
3234     for (int i = viewCount - 1; i >= 0; i--)
3235     {
3236       /*
3237        * Make new top and bottom frames. These take over the respective
3238        * AlignmentPanel objects, including their AlignmentViewports, so the
3239        * cdna/protein relationships between the viewports is carried over to the
3240        * new split frames.
3241        *
3242        * explodedGeometry holds the (x, y) position of the previously exploded
3243        * SplitFrame, and the (width, height) of the AlignFrame component
3244        */
3245       AlignmentPanel topPanel = (AlignmentPanel) topPanels.get(i);
3246       AlignFrame newTopFrame = new AlignFrame(topPanel);
3247       newTopFrame.setSize(oldTopFrame.getSize());
3248       newTopFrame.setVisible(true);
3249       Rectangle geometry = ((AlignViewport) topPanel.getAlignViewport())
3250               .getExplodedGeometry();
3251       if (geometry != null)
3252       {
3253         newTopFrame.setSize(geometry.getSize());
3254       }
3255
3256       AlignmentPanel bottomPanel = (AlignmentPanel) bottomPanels.get(i);
3257       AlignFrame newBottomFrame = new AlignFrame(bottomPanel);
3258       newBottomFrame.setSize(oldBottomFrame.getSize());
3259       newBottomFrame.setVisible(true);
3260       geometry = ((AlignViewport) bottomPanel.getAlignViewport())
3261               .getExplodedGeometry();
3262       if (geometry != null)
3263       {
3264         newBottomFrame.setSize(geometry.getSize());
3265       }
3266
3267       topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3268       bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3269       JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(newTopFrame,
3270               newBottomFrame);
3271       if (geometry != null)
3272       {
3273         splitFrame.setLocation(geometry.getLocation());
3274       }
3275       Desktop.addInternalFrame(splitFrame, sf.getTitle(), -1, -1);
3276     }
3277
3278     /*
3279      * Clear references to the panels (now relocated in the new SplitFrames)
3280      * before closing the old SplitFrame.
3281      */
3282     topPanels.clear();
3283     bottomPanels.clear();
3284     sf.close();
3285   }
3286
3287   /**
3288    * Gather expanded split frames, sharing the same pairs of sequence set ids,
3289    * back into the given SplitFrame as additional views. Note that the gathered
3290    * frames may themselves have multiple views.
3291    *
3292    * @param source
3293    */
3294   public void gatherViews(GSplitFrame source)
3295   {
3296     /*
3297      * special handling of explodedGeometry for a view within a SplitFrame: - it
3298      * holds the (x, y) position of the enclosing SplitFrame, and the (width,
3299      * height) of the AlignFrame component
3300      */
3301     AlignFrame myTopFrame = (AlignFrame) source.getTopFrame();
3302     AlignFrame myBottomFrame = (AlignFrame) source.getBottomFrame();
3303     myTopFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3304             source.getY(), myTopFrame.getWidth(), myTopFrame.getHeight()));
3305     myBottomFrame.viewport
3306             .setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(), source.getY(),
3307                     myBottomFrame.getWidth(), myBottomFrame.getHeight()));
3308     myTopFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3309     myBottomFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3310     String topViewId = myTopFrame.viewport.getSequenceSetId();
3311     String bottomViewId = myBottomFrame.viewport.getSequenceSetId();
3312
3313     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
3314     for (JInternalFrame frame : frames)
3315     {
3316       if (frame instanceof SplitFrame && frame != source)
3317       {
3318         SplitFrame sf = (SplitFrame) frame;
3319         AlignFrame topFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3320         AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3321         boolean gatherThis = false;
3322         for (int a = 0; a < topFrame.alignPanels.size(); a++)
3323         {
3324           AlignmentPanel topPanel = topFrame.alignPanels.get(a);
3325           AlignmentPanel bottomPanel = bottomFrame.alignPanels.get(a);
3326           if (topViewId.equals(topPanel.av.getSequenceSetId())
3327                   && bottomViewId.equals(bottomPanel.av.getSequenceSetId()))
3328           {
3329             gatherThis = true;
3330             topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3331             bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3332             topPanel.av.setExplodedGeometry(
3333                     new Rectangle(sf.getLocation(), topFrame.getSize()));
3334             bottomPanel.av.setExplodedGeometry(
3335                     new Rectangle(sf.getLocation(), bottomFrame.getSize()));
3336             myTopFrame.addAlignmentPanel(topPanel, false);
3337             myBottomFrame.addAlignmentPanel(bottomPanel, false);
3338           }
3339         }
3340
3341         if (gatherThis)
3342         {
3343           topFrame.getAlignPanels().clear();
3344           bottomFrame.getAlignPanels().clear();
3345           sf.close();
3346         }
3347       }
3348     }
3349
3350     /*
3351      * The dust settles...give focus to the tab we did this from.
3352      */
3353     myTopFrame.setDisplayedView(myTopFrame.alignPanel);
3354   }
3355
3356   public static groovy.ui.Console getGroovyConsole()
3357   {
3358     return groovyConsole;
3359   }
3360
3361   /**
3362    * handles the payload of a drag and drop event.
3363    *
3364    * TODO refactor to desktop utilities class
3365    *
3366    * @param files
3367    *          - Data source strings extracted from the drop event
3368    * @param protocols
3369    *          - protocol for each data source extracted from the drop event
3370    * @param evt
3371    *          - the drop event
3372    * @param t
3373    *          - the payload from the drop event
3374    * @throws Exception
3375    */
3376   public static void transferFromDropTarget(List<String> files,
3377           List<DataSourceType> protocols, DropTargetDropEvent evt,
3378           Transferable t) throws Exception
3379   {
3380
3381     DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
3382             "text/uri-list;class=java.lang.String"), urlFlavour = null;
3383     try
3384     {
3385       urlFlavour = new DataFlavor(
3386               "application/x-java-url; class=java.net.URL");
3387     } catch (ClassNotFoundException cfe)
3388     {
3389       Cache.log.debug("Couldn't instantiate the URL dataflavor.", cfe);
3390     }
3391
3392     if (urlFlavour != null && t.isDataFlavorSupported(urlFlavour))
3393     {
3394
3395       try
3396       {
3397       java.net.URL url = (URL) t.getTransferData(urlFlavour);
3398         // nb: java 8 osx bug https://bugs.openjdk.java.net/browse/JDK-8156099
3399         // means url may be null.
3400       if (url != null)
3401       {
3402         protocols.add(DataSourceType.URL);
3403         files.add(url.toString());
3404         Cache.log.debug("Drop handled as URL dataflavor "
3405                 + files.get(files.size() - 1));
3406           return;
3407         }
3408         else
3409         {
3410           if (Platform.isAMac())
3411           {
3412             System.err.println(
3413                     "Please ignore plist error - occurs due to problem with java 8 on OSX");
3414           }
3415           ;
3416       }
3417       } catch (Throwable ex)
3418       {
3419         Cache.log.debug("URL drop handler failed.", ex);
3420       }
3421     }
3422     if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3423     {
3424       // Works on Windows and MacOSX
3425       Cache.log.debug("Drop handled as javaFileListFlavor");
3426       for (Object file : (List) t
3427               .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3428       {
3429         files.add(((File) file).toString());
3430         protocols.add(DataSourceType.FILE);
3431       }
3432     }
3433     else
3434     {
3435       // Unix like behaviour
3436       boolean added = false;
3437       String data = null;
3438       if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
3439       {
3440         Cache.log.debug("Drop handled as uriListFlavor");
3441         // This is used by Unix drag system
3442         data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
3443       }
3444       if (data == null)
3445       {
3446         // fallback to text: workaround - on OSX where there's a JVM bug
3447         Cache.log.debug("standard URIListFlavor failed. Trying text");
3448         // try text fallback
3449         DataFlavor textDf = new DataFlavor(
3450                 "text/plain;class=java.lang.String");
3451         if (t.isDataFlavorSupported(textDf))
3452         {
3453           data = (String) t.getTransferData(textDf);
3454         }
3455
3456         Cache.log.debug("Plain text drop content returned "
3457                 + (data == null ? "Null - failed" : data));
3458
3459       }
3460       if (data != null)
3461       {
3462         while (protocols.size() < files.size())
3463         {
3464           Cache.log.debug("Adding missing FILE protocol for "
3465                   + files.get(protocols.size()));
3466           protocols.add(DataSourceType.FILE);
3467         }
3468         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
3469                 data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
3470         {
3471           added = true;
3472           String s = st.nextToken();
3473           if (s.startsWith("#"))
3474           {
3475             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
3476             continue;
3477           }
3478           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
3479           if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
3480           {
3481             protocols.add(DataSourceType.URL);
3482             files.add(uri.toString());
3483           }
3484           else
3485           {
3486             // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
3487             java.io.File file = new java.io.File(uri);
3488             protocols.add(DataSourceType.FILE);
3489             files.add(file.toString());
3490           }
3491         }
3492       }
3493
3494       if (Cache.log.isDebugEnabled())
3495       {
3496         if (data == null || !added)
3497         {
3498
3499           if (t.getTransferDataFlavors() != null
3500                   && t.getTransferDataFlavors().length > 0)
3501           {
3502             Cache.log.debug(
3503                     "Couldn't resolve drop data. Here are the supported flavors:");
3504             for (DataFlavor fl : t.getTransferDataFlavors())
3505             {
3506               Cache.log.debug(
3507                       "Supported transfer dataflavor: " + fl.toString());
3508               Object df = t.getTransferData(fl);
3509               if (df != null)
3510               {
3511                 Cache.log.debug("Retrieves: " + df);
3512               }
3513               else
3514               {
3515                 Cache.log.debug("Retrieved nothing");
3516               }
3517             }
3518           }
3519           else
3520           {
3521             Cache.log.debug("Couldn't resolve dataflavor for drop: "
3522                     + t.toString());
3523           }
3524         }
3525       }
3526     }
3527     if (Platform.isWindows())
3528
3529     {
3530       Cache.log.debug("Scanning dropped content for Windows Link Files");
3531
3532       // resolve any .lnk files in the file drop
3533       for (int f = 0; f < files.size(); f++)
3534       {
3535         String source = files.get(f).toLowerCase();
3536         if (protocols.get(f).equals(DataSourceType.FILE)
3537                 && (source.endsWith(".lnk") || source.endsWith(".url")
3538                         || source.endsWith(".site")))
3539         {
3540           try {
3541             File lf = new File(files.get(f));
3542             // process link file to get a URL
3543             Cache.log.debug("Found potential link file: " + lf);
3544             WindowsShortcut wscfile = new WindowsShortcut(lf);
3545             String fullname = wscfile.getRealFilename();
3546             protocols.set(f, FormatAdapter.checkProtocol(fullname));
3547             files.set(f, fullname);
3548             Cache.log.debug("Parsed real filename " + fullname
3549                     + " to extract protocol: " + protocols.get(f));
3550           }
3551           catch (Exception ex)
3552           {
3553             Cache.log.error("Couldn't parse "+files.get(f)+" as a link file.",ex);
3554           }
3555         }
3556       }
3557     }
3558   }
3559
3560   /**
3561    * Sets the Preferences property for experimental features to True or False
3562    * depending on the state of the controlling menu item
3563    */
3564   @Override
3565   protected void showExperimental_actionPerformed(boolean selected)
3566   {
3567     Cache.setProperty(EXPERIMENTAL_FEATURES, Boolean.toString(selected));
3568   }
3569
3570   /**
3571    * Answers a (possibly empty) list of any structure viewer frames (currently
3572    * for either Jmol or Chimera) which are currently open. This may optionally
3573    * be restricted to viewers of a specified class, or viewers linked to a
3574    * specified alignment panel.
3575    *
3576    * @param apanel
3577    *          if not null, only return viewers linked to this panel
3578    * @param structureViewerClass
3579    *          if not null, only return viewers of this class
3580    * @return
3581    */
3582   public List<StructureViewerBase> getStructureViewers(
3583           AlignmentPanel apanel,
3584           Class<? extends StructureViewerBase> structureViewerClass)
3585   {
3586     List<StructureViewerBase> result = new ArrayList<>();
3587     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
3588
3589     for (JInternalFrame frame : frames)
3590     {
3591       if (frame instanceof StructureViewerBase)
3592       {
3593         if (structureViewerClass == null
3594                 || structureViewerClass.isInstance(frame))
3595         {
3596           if (apanel == null
3597                   || ((StructureViewerBase) frame).isLinkedWith(apanel))
3598           {
3599             result.add((StructureViewerBase) frame);
3600           }
3601         }
3602       }
3603     }
3604     return result;
3605   }
3606 }