src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.bin.Jalview;
  27 import jalview.io.DataSourceType;
  28 import jalview.io.FileFormat;
  29 import jalview.io.FileFormatException;
  30 import jalview.io.FileFormatI;
  31 import jalview.io.FileFormats;
  32 import jalview.io.FileLoader;
  33 import jalview.io.FormatAdapter;
  34 import jalview.io.IdentifyFile;
  35 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  36 import jalview.io.JalviewFileView;
  37 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  38 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  39 import jalview.project.Jalview2XML;
  40 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  41 import jalview.urls.IdOrgSettings;
  42 import jalview.util.ImageMaker;
  43 import jalview.util.MessageManager;
  44 import jalview.util.Platform;
  45 import jalview.util.UrlConstants;
  46 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  47 import jalview.ws.params.ParamManager;
  48 import jalview.ws.utils.UrlDownloadClient;
  49
  50 import java.awt.BorderLayout;
  51 import java.awt.Color;
  52 import java.awt.Dimension;
  53 import java.awt.FontMetrics;
  54 import java.awt.Graphics;
  55 import java.awt.GridLayout;
  56 import java.awt.Point;
  57 import java.awt.Rectangle;
  58 import java.awt.Toolkit;
  59 import java.awt.Window;
  60 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  61 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  62 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  63 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  64 import java.awt.desktop.AboutEvent;
  65 import java.awt.desktop.AboutHandler;
  66 import java.awt.desktop.PreferencesEvent;
  67 import java.awt.desktop.PreferencesHandler;
  68 import java.awt.desktop.QuitEvent;
  69 import java.awt.desktop.QuitHandler;
  70 import java.awt.desktop.QuitResponse;
  71 import java.awt.desktop.QuitStrategy;
  72 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  73 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  74 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  75 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  76 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  77 import java.awt.event.ActionEvent;
  78 import java.awt.event.ActionListener;
  79 import java.awt.event.InputEvent;
  80 import java.awt.event.KeyEvent;
  81 import java.awt.event.MouseAdapter;
  82 import java.awt.event.MouseEvent;
  83 import java.awt.event.WindowAdapter;
  84 import java.awt.event.WindowEvent;
  85 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  86 import java.beans.PropertyChangeListener;
  87 import java.io.BufferedInputStream;
  88 import java.io.File;
  89 import java.io.FileOutputStream;
  90 import java.io.FileWriter;
  91 import java.io.IOException;
  92 import java.net.URL;
  93 import java.util.ArrayList;
  94 import java.util.HashMap;
  95 import java.util.Hashtable;
  96 import java.util.List;
  97 import java.util.ListIterator;
  98 import java.util.StringTokenizer;
  99 import java.util.Vector;
 100 import java.util.concurrent.ExecutorService;
 101 import java.util.concurrent.Executors;
 102 import java.util.concurrent.Semaphore;
 103
 104 import javax.swing.AbstractAction;
 105 import javax.swing.Action;
 106 import javax.swing.ActionMap;
 107 import javax.swing.Box;
 108 import javax.swing.BoxLayout;
 109 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
 110 import javax.swing.DesktopManager;
 111 import javax.swing.InputMap;
 112 import javax.swing.JButton;
 113 import javax.swing.JCheckBox;
 114 import javax.swing.JComboBox;
 115 import javax.swing.JComponent;
 116 import javax.swing.JDesktopPane;
 117 import javax.swing.JInternalFrame;
 118 import javax.swing.JLabel;
 119 import javax.swing.JMenuItem;
 120 import javax.swing.JOptionPane;
 121 import javax.swing.JPanel;
 122 import javax.swing.JPopupMenu;
 123 import javax.swing.JProgressBar;
 124 import javax.swing.KeyStroke;
 125 import javax.swing.SwingUtilities;
 126 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
 127 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
 128 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
 129 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
 130 import javax.swing.event.MenuEvent;
 131 import javax.swing.event.MenuListener;
 132
 133 import org.stackoverflowusers.file.WindowsShortcut;
 134
 135 /**
 136  * Jalview Desktop
 137  *
 138  *
 139  * @author $author$
 140  * @version $Revision: 1.155 $
 141  */
 142 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
 143         implements DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 144         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 145 {
 146   private static int DEFAULT_MIN_WIDTH = 300;
 147
 148   private static int DEFAULT_MIN_HEIGHT = 250;
 149
 150   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH = 600;
 151
 152   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT = 70;
 153
 154   private static final String EXPERIMENTAL_FEATURES = "EXPERIMENTAL_FEATURES";
 155
 156   private static final String CONFIRM_KEYBOARD_QUIT = "CONFIRM_KEYBOARD_QUIT";
 157
 158   public static HashMap<String, FileWriter> savingFiles = new HashMap<>();
 159
 160   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 161
 162   /**
 163    * news reader - null if it was never started.
 164    */
 165   private BlogReader jvnews = null;
 166
 167   private File projectFile;
 168
 169   private static boolean setAPQHandlers = false;
 170
 171   /**
 172    * @param listener
 173    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 174    */
 175   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 176           PropertyChangeListener listener)
 177   {
 178     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 179   }
 180
 181   /**
 182    * @param propertyName
 183    * @param listener
 184    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 185    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 186    */
 187   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 188           PropertyChangeListener listener)
 189   {
 190     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 191   }
 192
 193   /**
 194    * @param propertyName
 195    * @param listener
 196    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 197    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 198    */
 199   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 200           PropertyChangeListener listener)
 201   {
 202     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 203             listener);
 204   }
 205
 206   /** Singleton Desktop instance */
 207   public static Desktop instance;
 208
 209   public static MyDesktopPane desktop;
 210
 211   static int openFrameCount = 0;
 212
 213   static final int xOffset = 30;
 214
 215   static final int yOffset = 30;
 216
 217   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 218
 219   public static Object[] jalviewClipboard;
 220
 221   public static boolean internalCopy = false;
 222
 223   static int fileLoadingCount = 0;
 224
 225   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 226   {
 227
 228     private DesktopManager delegate;
 229
 230     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 231     {
 232       this.delegate = delegate;
 233     }
 234
 235     @Override
 236     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 237     {
 238       try
 239       {
 240         delegate.activateFrame(f);
 241       } catch (NullPointerException npe)
 242       {
 243         Point p = getMousePosition();
 244         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 245       }
 246     }
 247
 248     @Override
 249     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 250     {
 251       delegate.beginDraggingFrame(f);
 252     }
 253
 254     @Override
 255     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 256     {
 257       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 258     }
 259
 260     @Override
 261     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 262     {
 263       delegate.closeFrame(f);
 264     }
 265
 266     @Override
 267     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 268     {
 269       delegate.deactivateFrame(f);
 270     }
 271
 272     @Override
 273     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 274     {
 275       delegate.deiconifyFrame(f);
 276     }
 277
 278     @Override
 279     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 280     {
 281       if (newY < 0)
 282       {
 283         newY = 0;
 284       }
 285       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 286     }
 287
 288     @Override
 289     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 290     {
 291       delegate.endDraggingFrame(f);
 292       desktop.repaint();
 293     }
 294
 295     @Override
 296     public void endResizingFrame(JComponent f)
 297     {
 298       delegate.endResizingFrame(f);
 299       desktop.repaint();
 300     }
 301
 302     @Override
 303     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 304     {
 305       delegate.iconifyFrame(f);
 306     }
 307
 308     @Override
 309     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 310     {
 311       delegate.maximizeFrame(f);
 312     }
 313
 314     @Override
 315     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 316     {
 317       delegate.minimizeFrame(f);
 318     }
 319
 320     @Override
 321     public void openFrame(JInternalFrame f)
 322     {
 323       delegate.openFrame(f);
 324     }
 325
 326     @Override
 327     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 328             int newHeight)
 329     {
 330       if (newY < 0)
 331       {
 332         newY = 0;
 333       }
 334       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 335     }
 336
 337     @Override
 338     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 339             int newWidth, int newHeight)
 340     {
 341       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 342     }
 343
 344     // All other methods, simply delegate
 345
 346   }
 347
 348   /**
 349    * Creates a new Desktop object.
 350    */
 351   public Desktop()
 352   {
 353     /**
 354      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 355      * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 356      * constructor.
 357      */
 358     instance = this;
 359     doVamsasClientCheck();
 360
 361     doConfigureStructurePrefs();
 362     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
 363     /*
 364     if (!Platform.isAMac())
 365     {
 366       // this.setDefaultCloseOperation(WindowConstants.EXIT_ON_CLOSE);
 367     }
 368     else
 369     {
 370      this.setDefaultCloseOperation(WindowConstants.DO_NOTHING_ON_CLOSE);
 371     }
 372     */
 373
 374     // flagging this test to avoid unnecessary reflection
 375     if (!setAPQHandlers)
 376     {
 377       // see if the Quit, About and Preferences handlers are available
 378       Class desktopClass = java.awt.Desktop.class;
 379       java.awt.Desktop hdesktop = java.awt.Desktop.getDesktop();
 380
 381       try
 382       {
 383
 384         if (Platform.isAMac())
 385         {
 386           if (desktopClass.getDeclaredMethod("setAboutHandler",
 387                   new Class[]
 388                   { AboutHandler.class }) != null)
 389           {
 390
 391             hdesktop.setAboutHandler(new AboutHandler()
 392             {
 393               @Override
 394               public void handleAbout(AboutEvent e)
 395               {
 396                 aboutMenuItem_actionPerformed(null);
 397               }
 398             });
 399
 400           }
 401
 402           if (desktopClass.getDeclaredMethod("setPreferencesHandler",
 403                   new Class[]
 404                   { PreferencesHandler.class }) != null)
 405           {
 406
 407             hdesktop.setPreferencesHandler(new PreferencesHandler()
 408             {
 409               @Override
 410               public void handlePreferences(PreferencesEvent e)
 411               {
 412                 preferences_actionPerformed(null);
 413               }
 414             });
 415
 416           }
 417
 418           if (desktopClass.getDeclaredMethod("setQuitHandler",
 419                   new Class[]
 420                   { QuitHandler.class }) != null)
 421           {
 422
 423             hdesktop.setQuitHandler(new QuitHandler()
 424             {
 425               @Override
 426               public void handleQuitRequestWith(QuitEvent e, QuitResponse r)
 427               {
 428                 boolean confirmQuit = jalview.bin.Cache
 429                         .getDefault(CONFIRM_KEYBOARD_QUIT, true);
 430                 int n;
 431                 if (confirmQuit)
 432                 {
 433                   n = JOptionPane.showConfirmDialog(null,
 434                           MessageManager.getString("label.quit_jalview"),
 435                           MessageManager.getString("action.quit"),
 436                           JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION,
 437                           JOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null);
 438                 }
 439                 else
 440                 {
 441                   n = JOptionPane.OK_OPTION;
 442                 }
 443                 if (n == JOptionPane.OK_OPTION)
 444                 {
 445                   System.out.println("Shortcut Quit confirmed by user");
 446                   quit();
 447                   r.performQuit(); // probably won't reach this line, but just
 448                                    // in
 449                                    // case
 450                 }
 451                 else
 452                 {
 453                   r.cancelQuit();
 454                   System.out.println("Shortcut Quit cancelled by user");
 455                 }
 456               }
 457             });
 458             hdesktop.setQuitStrategy(QuitStrategy.CLOSE_ALL_WINDOWS);
 459
 460           }
 461         }
 462
 463       } catch (NoSuchMethodException e)
 464       {
 465         System.out.println(
 466                 "NoSuchMethodException when looking for About, Preferences, Quit Handlers");
 467         e.printStackTrace();
 468       }
 469
 470       setAPQHandlers = true;
 471     }
 472
 473     addWindowListener(new WindowAdapter()
 474     {
 475
 476       @Override
 477       public void windowClosing(WindowEvent ev)
 478       {
 479         quit();
 480       }
 481     });
 482
 483     boolean selmemusage = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE",
 484             false);
 485
 486     boolean showjconsole = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_JAVA_CONSOLE",
 487             false);
 488     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 489     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 490     desktop.setBackground(Color.white);
 491
 492     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 493     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 494     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 495     // sp.getViewport().setView(desktop);
 496     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 497     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 498     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 499
 500     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 501     // if previous window was maximised
 502     desktop.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
 503             (Platform.isWindows() ? new DefaultDesktopManager()
 504                     : Platform.isAMac()
 505                             ? new AquaInternalFrameManager(
 506                                     desktop.getDesktopManager())
 507                             : desktop.getDesktopManager())));
 508
 509     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 510     if (dims != null)
 511     {
 512       setBounds(dims);
 513     }
 514     else
 515     {
 516       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 517       setBounds((screenSize.width - 900) / 2, (screenSize.height - 650) / 2,
 518               900, 650);
 519     }
 520     jconsole = new Console(this, showjconsole);
 521     // add essential build information
 522     jconsole.setHeader(
 523             "Jalview Version: " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 524                     + "\n" + "Jalview Installation: "
 525                     + jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION",
 526                             "unknown")
 527                     + "\n" + "Build Date: "
 528                     + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
 529                     + "\n" + "Java version: "
 530                     + System.getProperty("java.version") + "\n"
 531                     + System.getProperty("os.arch") + " "
 532                     + System.getProperty("os.name") + " "
 533                     + System.getProperty("os.version"));
 534
 535     showConsole(showjconsole);
 536
 537     showNews.setVisible(false);
 538
 539     experimentalFeatures.setSelected(showExperimental());
 540
 541     getIdentifiersOrgData();
 542
 543     checkURLLinks();
 544
 545     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 546     {
 547       @Override
 548       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 549       {
 550         quit();
 551       }
 552     });
 553
 554     MouseAdapter ma;
 555     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 556     {
 557       @Override
 558       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 559       {
 560         if (evt.isPopupTrigger()) // Mac
 561         {
 562           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 563         }
 564       }
 565
 566       @Override
 567       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 568       {
 569         if (evt.isPopupTrigger()) // Windows
 570         {
 571           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 572         }
 573       }
 574     });
 575     desktop.addMouseListener(ma);
 576
 577     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 578     // Spawn a thread that shows the splashscreen
 579     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 580     {
 581       @Override
 582       public void run()
 583       {
 584         new SplashScreen();
 585       }
 586     });
 587
 588     // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time it
 589     // takes to open it later on.
 590     new Thread(new Runnable()
 591     {
 592       @Override
 593       public void run()
 594       {
 595         Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 596         String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
 597         JalviewFileChooser.forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 598                 fileFormat);
 599         Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 600       }
 601     }).start();
 602     // Add the service change listener
 603     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 604             new PropertyChangeListener()
 605             {
 606
 607               @Override
 608               public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 609               {
 610                 Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 611                         + evt.getNewValue());
 612                 JalviewServicesChanged(evt);
 613               }
 614
 615             });
 616   }
 617
 618   /**
 619    * Answers true if user preferences to enable experimental features is True
 620    * (on), else false
 621    *
 622    * @return
 623    */
 624   public boolean showExperimental()
 625   {
 626     String experimental = Cache.getDefault(EXPERIMENTAL_FEATURES,
 627             Boolean.FALSE.toString());
 628     return Boolean.valueOf(experimental).booleanValue();
 629   }
 630
 631   public void doConfigureStructurePrefs()
 632   {
 633     // configure services
 634     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 635             .getStructureSelectionManager(this);
 636     if (jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 637     {
 638       ssm.setAddTempFacAnnot(jalview.bin.Cache
 639               .getDefault(Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 640       ssm.setProcessSecondaryStructure(jalview.bin.Cache
 641               .getDefault(Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 642       ssm.setSecStructServices(
 643               jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.USE_RNAVIEW, true));
 644     }
 645     else
 646     {
 647       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 648       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 649       ssm.setSecStructServices(false);
 650     }
 651   }
 652
 653   public void checkForNews()
 654   {
 655     final Desktop me = this;
 656     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 657     new Thread(new Runnable()
 658     {
 659       @Override
 660       public void run()
 661       {
 662         Cache.log.debug("Starting news thread.");
 663
 664         jvnews = new BlogReader(me);
 665         showNews.setVisible(true);
 666         Cache.log.debug("Completed news thread.");
 667       }
 668     }).start();
 669   }
 670
 671   public void getIdentifiersOrgData()
 672   {
 673     // Thread off the identifiers fetcher
 674     new Thread(new Runnable()
 675     {
 676       @Override
 677       public void run()
 678       {
 679         Cache.log.debug("Downloading data from identifiers.org");
 680         UrlDownloadClient client = new UrlDownloadClient();
 681         try
 682         {
 683           client.download(IdOrgSettings.getUrl(),
 684                   IdOrgSettings.getDownloadLocation());
 685         } catch (IOException e)
 686         {
 687           Cache.log.debug("Exception downloading identifiers.org data"
 688                   + e.getMessage());
 689         }
 690       }
 691     }).start();
 692     ;
 693   }
 694
 695   @Override
 696   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 697   {
 698     showNews(showNews.isSelected());
 699   }
 700
 701   void showNews(boolean visible)
 702   {
 703     {
 704       Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 705       showNews.setSelected(visible);
 706       if (visible && !jvnews.isVisible())
 707       {
 708         new Thread(new Runnable()
 709         {
 710           @Override
 711           public void run()
 712           {
 713             long now = System.currentTimeMillis();
 714             Desktop.instance.setProgressBar(
 715                     MessageManager.getString("status.refreshing_news"),
 716                     now);
 717             jvnews.refreshNews();
 718             Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
 719             jvnews.showNews();
 720           }
 721         }).start();
 722       }
 723     }
 724   }
 725
 726   /**
 727    * recover the last known dimensions for a jalview window
 728    *
 729    * @param windowName
 730    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 731    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 732    *         window geom was known)
 733    */
 734   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 735   {
 736     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 737     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 738     String x = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 739     String y = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 740     String width = jalview.bin.Cache
 741             .getProperty(windowName + "SCREEN_WIDTH");
 742     String height = jalview.bin.Cache
 743             .getProperty(windowName + "SCREEN_HEIGHT");
 744     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 745     {
 746       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y),
 747               iw = Integer.parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 748       if (jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 749       {
 750         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 751         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 752         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 753         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer.parseInt(
 754                 jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 755         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer.parseInt(
 756                 jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 757         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 758         ix = (int) (ix * sw);
 759         iw = (int) (iw * sw);
 760         iy = (int) (iy * sh);
 761         ih = (int) (ih * sh);
 762         while (ix >= screenSize.width)
 763         {
 764           jalview.bin.Cache.log.debug(
 765                   "Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 766           ix -= screenSize.width;
 767         }
 768         while (iy >= screenSize.height)
 769         {
 770           jalview.bin.Cache.log.debug(
 771                   "Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 772           iy -= screenSize.height;
 773         }
 774         jalview.bin.Cache.log.debug(
 775                 "Got last known dimensions for " + windowName + ": x:" + ix
 776                         + " y:" + iy + " width:" + iw + " height:" + ih);
 777       }
 778       // return dimensions for new instance
 779       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 780     }
 781     return null;
 782   }
 783
 784   private void doVamsasClientCheck()
 785   {
 786     if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 787     {
 788       setupVamsasDisconnectedGui();
 789       VamsasMenu.setVisible(true);
 790       final Desktop us = this;
 791       VamsasMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 792       {
 793         // this listener remembers when the menu was first selected, and
 794         // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 795         // reselected again.
 796         boolean refresh = true;
 797
 798         @Override
 799         public void menuCanceled(MenuEvent e)
 800         {
 801           refresh = true;
 802         }
 803
 804         @Override
 805         public void menuDeselected(MenuEvent e)
 806         {
 807           refresh = true;
 808         }
 809
 810         @Override
 811         public void menuSelected(MenuEvent e)
 812         {
 813           if (refresh)
 814           {
 815             us.buildVamsasStMenu();
 816             refresh = false;
 817           }
 818         }
 819       });
 820       vamsasStart.setVisible(true);
 821     }
 822   }
 823
 824   void showPasteMenu(int x, int y)
 825   {
 826     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 827     JMenuItem item = new JMenuItem(
 828             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 829     item.addActionListener(new ActionListener()
 830     {
 831       @Override
 832       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 833       {
 834         paste();
 835       }
 836     });
 837
 838     popup.add(item);
 839     popup.show(this, x, y);
 840   }
 841
 842   public void paste()
 843   {
 844     try
 845     {
 846       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 847       Transferable contents = c.getContents(this);
 848
 849       if (contents != null)
 850       {
 851         String file = (String) contents
 852                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 853
 854         FileFormatI format = new IdentifyFile().identify(file,
 855                 DataSourceType.PASTE);
 856
 857         new FileLoader().LoadFile(file, DataSourceType.PASTE, format);
 858
 859       }
 860     } catch (Exception ex)
 861     {
 862       System.out.println(
 863               "Unable to paste alignment from system clipboard:\n" + ex);
 864     }
 865   }
 866
 867   /**
 868    * Adds and opens the given frame to the desktop
 869    *
 870    * @param frame
 871    *          Frame to show
 872    * @param title
 873    *          Visible Title
 874    * @param w
 875    *          width
 876    * @param h
 877    *          height
 878    */
 879   public static synchronized void addInternalFrame(
 880           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 881   {
 882     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, true, false);
 883   }
 884
 885   /**
 886    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 887    *
 888    * @param frame
 889    *          Frame to show
 890    * @param title
 891    *          Visible Title
 892    * @param makeVisible
 893    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 894    *          setVisible themselves.
 895    * @param w
 896    *          width
 897    * @param h
 898    *          height
 899    */
 900   public static synchronized void addInternalFrame(
 901           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 902           int w, int h)
 903   {
 904     addInternalFrame(frame, title, makeVisible, w, h, true, false);
 905   }
 906
 907   /**
 908    * Add an internal frame to the Jalview desktop and make it visible
 909    *
 910    * @param frame
 911    *          Frame to show
 912    * @param title
 913    *          Visible Title
 914    * @param w
 915    *          width
 916    * @param h
 917    *          height
 918    * @param resizable
 919    *          Allow resize
 920    */
 921   public static synchronized void addInternalFrame(
 922           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 923           boolean resizable)
 924   {
 925     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, resizable, false);
 926   }
 927
 928   /**
 929    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 930    *
 931    * @param frame
 932    *          Frame to show
 933    * @param title
 934    *          Visible Title
 935    * @param makeVisible
 936    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 937    *          setVisible themselves.
 938    * @param w
 939    *          width
 940    * @param h
 941    *          height
 942    * @param resizable
 943    *          Allow resize
 944    * @param ignoreMinSize
 945    *          Do not set the default minimum size for frame
 946    */
 947   public static synchronized void addInternalFrame(
 948           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 949           int w, int h, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 950   {
 951
 952     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 953     // bounds object).
 954     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 955     // the current window title
 956
 957     frame.setTitle(title);
 958     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 959     {
 960       frame.setSize(w, h);
 961     }
 962     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 963     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 964     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 965     // ///////////////////////////////////////////////
 966     if (instance == null || (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 967             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 968     {
 969       return;
 970     }
 971
 972     openFrameCount++;
 973
 974     if (!ignoreMinSize)
 975     {
 976       frame.setMinimumSize(
 977               new Dimension(DEFAULT_MIN_WIDTH, DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 978
 979       // Set default dimension for Alignment Frame window.
 980       // The Alignment Frame window could be added from a number of places,
 981       // hence,
 982       // I did this here in order not to miss out on any Alignment frame.
 983       if (frame instanceof AlignFrame)
 984       {
 985         frame.setMinimumSize(new Dimension(ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH,
 986                 ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 987       }
 988     }
 989
 990     frame.setVisible(makeVisible);
 991     frame.setClosable(true);
 992     frame.setResizable(resizable);
 993     frame.setMaximizable(resizable);
 994     frame.setIconifiable(resizable);
 995     frame.setOpaque(false);
 996
 997     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 998     {
 999       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount,
1000               yOffset * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
1001     }
1002
1003     /*
1004      * add an entry for the new frame in the Window menu
1005      * (and remove it when the frame is closed)
1006      */
1007     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
1008     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
1009     {
1010       @Override
1011       public void internalFrameActivated(InternalFrameEvent evt)
1012       {
1013         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
1014         if (itf != null)
1015         {
1016           if (itf instanceof AlignFrame)
1017           {
1018             Jalview.setCurrentAlignFrame((AlignFrame) itf);
1019           }
1020           itf.requestFocus();
1021         }
1022       }
1023
1024       @Override
1025       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
1026       {
1027         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
1028
1029         /*
1030          * defensive check to prevent frames being
1031          * added half off the window
1032          */
1033         if (openFrameCount > 0)
1034         {
1035           openFrameCount--;
1036         }
1037
1038         /*
1039          * ensure no reference to alignFrame retained by menu item listener
1040          */
1041         if (menuItem.getActionListeners().length > 0)
1042         {
1043           menuItem.removeActionListener(menuItem.getActionListeners()[0]);
1044         }
1045         windowMenu.remove(menuItem);
1046       };
1047     });
1048
1049     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
1050     {
1051       @Override
1052       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1053       {
1054         try
1055         {
1056           frame.setSelected(true);
1057           frame.setIcon(false);
1058         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1059         {
1060
1061         }
1062       }
1063     });
1064
1065     setKeyBindings(frame);
1066
1067     desktop.add(frame);
1068
1069     windowMenu.add(menuItem);
1070
1071     frame.toFront();
1072     try
1073     {
1074       frame.setSelected(true);
1075       frame.requestFocus();
1076     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
1077     {
1078     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
1079     {
1080       Cache.log.warn(
1081               "Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
1082               cex);
1083     }
1084   }
1085
1086   /**
1087    * Add key bindings to a JInternalFrame so that Ctrl-W and Cmd-W will close
1088    * the window
1089    *
1090    * @param frame
1091    */
1092   private static void setKeyBindings(JInternalFrame frame)
1093   {
1094     @SuppressWarnings("serial")
1095     final Action closeAction = new AbstractAction()
1096     {
1097       @Override
1098       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1099       {
1100         frame.dispose();
1101       }
1102     };
1103
1104     /*
1105      * set up key bindings for Ctrl-W and Cmd-W, with the same (Close) action
1106      */
1107     KeyStroke ctrlWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
1108             InputEvent.CTRL_DOWN_MASK);
1109     KeyStroke cmdWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
1110             Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask());
1111
1112     InputMap inputMap = frame
1113             .getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW);
1114     String ctrlW = ctrlWKey.toString();
1115     inputMap.put(ctrlWKey, ctrlW);
1116     inputMap.put(cmdWKey, ctrlW);
1117
1118     ActionMap actionMap = frame.getActionMap();
1119     actionMap.put(ctrlW, closeAction);
1120   }
1121
1122   @Override
1123   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
1124   {
1125     if (!internalCopy)
1126     {
1127       Desktop.jalviewClipboard = null;
1128     }
1129
1130     internalCopy = false;
1131   }
1132
1133   @Override
1134   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
1135   {
1136   }
1137
1138   @Override
1139   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
1140   {
1141   }
1142
1143   @Override
1144   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
1145   {
1146   }
1147
1148   @Override
1149   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
1150   {
1151   }
1152
1153   /**
1154    * DOCUMENT ME!
1155    *
1156    * @param evt
1157    *          DOCUMENT ME!
1158    */
1159   @Override
1160   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
1161   {
1162     boolean success = true;
1163     // JAL-1552 - acceptDrop required before getTransferable call for
1164     // Java's Transferable for native dnd
1165     evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
1166     Transferable t = evt.getTransferable();
1167     List<String> files = new ArrayList<>();
1168     List<DataSourceType> protocols = new ArrayList<>();
1169
1170     try
1171     {
1172       Desktop.transferFromDropTarget(files, protocols, evt, t);
1173     } catch (Exception e)
1174     {
1175       e.printStackTrace();
1176       success = false;
1177     }
1178
1179     if (files != null)
1180     {
1181       try
1182       {
1183         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
1184         {
1185           String file = files.get(i).toString();
1186           DataSourceType protocol = (protocols == null)
1187                   ? DataSourceType.FILE
1188                   : protocols.get(i);
1189           FileFormatI format = null;
1190
1191           if (file.endsWith(".jar"))
1192           {
1193             format = FileFormat.Jalview;
1194
1195           }
1196           else
1197           {
1198             format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
1199           }
1200
1201           new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
1202
1203         }
1204       } catch (Exception ex)
1205       {
1206         success = false;
1207       }
1208     }
1209     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
1210                                // transfered to any new windows created
1211   }
1212
1213   /**
1214    * DOCUMENT ME!
1215    *
1216    * @param e
1217    *          DOCUMENT ME!
1218    */
1219   @Override
1220   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1221   {
1222     String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
1223     JalviewFileChooser chooser = JalviewFileChooser
1224             .forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), fileFormat);
1225
1226     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1227     chooser.setDialogTitle(
1228             MessageManager.getString("label.open_local_file"));
1229     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
1230
1231     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1232
1233     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1234     {
1235       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
1236       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1237               chooser.getSelectedFile().getParent());
1238
1239       FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
1240
1241       /*
1242        * Call IdentifyFile to verify the file contains what its extension implies.
1243        * Skip this step for dynamically added file formats, because
1244        * IdentifyFile does not know how to recognise them.
1245        */
1246       if (FileFormats.getInstance().isIdentifiable(format))
1247       {
1248         try
1249         {
1250           format = new IdentifyFile().identify(choice, DataSourceType.FILE);
1251         } catch (FileFormatException e)
1252         {
1253           // format = null; //??
1254         }
1255       }
1256
1257       if (viewport != null)
1258       {
1259         new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, DataSourceType.FILE,
1260                 format);
1261       }
1262       else
1263       {
1264         new FileLoader().LoadFile(choice, DataSourceType.FILE, format);
1265       }
1266     }
1267   }
1268
1269   /**
1270    * DOCUMENT ME!
1271    *
1272    * @param e
1273    *          DOCUMENT ME!
1274    */
1275   @Override
1276   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1277   {
1278     // This construct allows us to have a wider textfield
1279     // for viewing
1280     JLabel label = new JLabel(
1281             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
1282     final JComboBox history = new JComboBox();
1283
1284     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
1285     panel.add(label);
1286     panel.add(history);
1287     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
1288     history.setEditable(true);
1289     history.addItem("http://www.");
1290
1291     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
1292
1293     StringTokenizer st;
1294
1295     if (historyItems != null)
1296     {
1297       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
1298
1299       while (st.hasMoreTokens())
1300       {
1301         history.addItem(st.nextElement());
1302       }
1303     }
1304
1305     int reply = JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
1306             MessageManager.getString("label.input_alignment_from_url"),
1307             JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
1308
1309     if (reply != JvOptionPane.OK_OPTION)
1310     {
1311       return;
1312     }
1313
1314     String url = history.getSelectedItem().toString();
1315
1316     if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
1317     {
1318       if (viewport != null)
1319       {
1320         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1321                 FileFormat.Jalview);
1322       }
1323       else
1324       {
1325         new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL,
1326                 FileFormat.Jalview);
1327       }
1328     }
1329     else
1330     {
1331       FileFormatI format = null;
1332       try
1333       {
1334         format = new IdentifyFile().identify(url, DataSourceType.URL);
1335       } catch (FileFormatException e)
1336       {
1337         // TODO revise error handling, distinguish between
1338         // URL not found and response not valid
1339       }
1340
1341       if (format == null)
1342       {
1343         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1344                 MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate",
1345                         new Object[]
1346                         { url }),
1347                 MessageManager.getString("label.url_not_found"),
1348                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1349
1350         return;
1351       }
1352
1353       if (viewport != null)
1354       {
1355         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1356                 format);
1357       }
1358       else
1359       {
1360         new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL, format);
1361       }
1362     }
1363   }
1364
1365   /**
1366    * Opens the CutAndPaste window for the user to paste an alignment in to
1367    *
1368    * @param viewPanel
1369    *          - if not null, the pasted alignment is added to the current
1370    *          alignment; if null, to a new alignment window
1371    */
1372   @Override
1373   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
1374           AlignmentViewPanel viewPanel)
1375   {
1376     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1377     cap.setForInput(viewPanel);
1378     Desktop.addInternalFrame(cap,
1379             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"), true,
1380             600, 500);
1381   }
1382
1383   /*
1384    * Exit the program
1385    */
1386   @Override
1387   public void quit()
1388   {
1389     System.out.println("********** Desktop.quit()");
1390     System.out.println(savingFiles.toString());
1391     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1392     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH",
1393             screen.width + "");
1394     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT",
1395             screen.height + "");
1396     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x, getBounds().y,
1397             getWidth(), getHeight()));
1398
1399     if (jconsole != null)
1400     {
1401       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1402       jconsole.stopConsole();
1403     }
1404     if (jvnews != null)
1405     {
1406       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1407
1408     }
1409     if (dialogExecutor != null)
1410     {
1411       dialogExecutor.shutdownNow();
1412     }
1413     closeAll_actionPerformed(null);
1414
1415     if (groovyConsole != null)
1416     {
1417       // suppress a possible repeat prompt to save script
1418       groovyConsole.setDirty(false);
1419       groovyConsole.exit();
1420     }
1421     System.exit(0);
1422   }
1423
1424   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1425   {
1426     jalview.bin.Cache.log.debug("Storing last known dimensions for "
1427             + string + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1428             + " height:" + jc.height);
1429
1430     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1431     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1432     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1433     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1434   }
1435
1436   /**
1437    * DOCUMENT ME!
1438    *
1439    * @param e
1440    *          DOCUMENT ME!
1441    */
1442   @Override
1443   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1444   {
1445     // StringBuffer message = getAboutMessage(false);
1446     // JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1447     //
1448     // message.toString(), "About Jalview", JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1449     new Thread(new Runnable()
1450     {
1451       @Override
1452       public void run()
1453       {
1454         new SplashScreen(true);
1455       }
1456     }).start();
1457   }
1458
1459   public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
1460   {
1461     StringBuffer message = new StringBuffer();
1462     message.append("<html>");
1463     if (shortv)
1464     {
1465       message.append("<h1><strong>Version: "
1466               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1467               + "</strong></h1>");
1468       message.append("<strong>Last Updated: <em>"
1469               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
1470               + "</em></strong>");
1471
1472     }
1473     else
1474     {
1475
1476       message.append("<strong>Version "
1477               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1478               + "; last updated: "
1479               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1480     }
1481
1482     if (jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1483             .equals("Checking"))
1484     {
1485       message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1486     }
1487     else if (!jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1488             .equals(jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
1489     {
1490       boolean red = false;
1491       if (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1492               .indexOf("automated build") == -1)
1493       {
1494         red = true;
1495         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1496         // version is not a development build
1497         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1498       }
1499
1500       message.append("<br>!! Version "
1501               + jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
1502                       "..Checking..")
1503               + " is available for download from "
1504               + jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
1505                       "http://www.jalview.org")
1506               + " !!");
1507       if (red)
1508       {
1509         message.append("</div>");
1510       }
1511     }
1512     message.append("<br>Authors:  " + jalview.bin.Cache.getDefault(
1513             "AUTHORFNAMES",
1514             "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)")
1515             + "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
1516             + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
1517             + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
1518             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
1519             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
1520             + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
1521             + "</html>");
1522     return message;
1523   }
1524
1525   /**
1526    * DOCUMENT ME!
1527    *
1528    * @param e
1529    *          DOCUMENT ME!
1530    */
1531   @Override
1532   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1533   {
1534     try
1535     {
1536       Help.showHelpWindow();
1537     } catch (Exception ex)
1538     {
1539     }
1540   }
1541
1542   @Override
1543   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1544   {
1545     // TODO show a progress bar while closing?
1546     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1547     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1548     {
1549       try
1550       {
1551         frames[i].setClosed(true);
1552       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1553       {
1554       }
1555     }
1556     Jalview.setCurrentAlignFrame(null);
1557     System.out.println("ALL CLOSED");
1558     if (v_client != null)
1559     {
1560       // TODO clear binding to vamsas document objects on close_all
1561     }
1562
1563     /*
1564      * reset state of singleton objects as appropriate (clear down session state
1565      * when all windows are closed)
1566      */
1567     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
1568             .getStructureSelectionManager(this);
1569     if (ssm != null)
1570     {
1571       ssm.resetAll();
1572     }
1573   }
1574
1575   @Override
1576   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1577   {
1578     reorderAssociatedWindows(false, false);
1579   }
1580
1581   @Override
1582   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1583   {
1584     reorderAssociatedWindows(true, false);
1585   }
1586
1587   void closeAssociatedWindows()
1588   {
1589     reorderAssociatedWindows(false, true);
1590   }
1591
1592   /*
1593    * (non-Javadoc)
1594    *
1595    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1596    * ActionEvent)
1597    */
1598   @Override
1599   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1600   {
1601     // We simply collect the garbage
1602     jalview.bin.Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1603     System.gc();
1604     jalview.bin.Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1605   }
1606
1607   /*
1608    * (non-Javadoc)
1609    *
1610    * @see
1611    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1612    * )
1613    */
1614   @Override
1615   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1616   {
1617     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1618   }
1619
1620   /*
1621    * (non-Javadoc)
1622    *
1623    * @see
1624    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1625    * )
1626    */
1627   @Override
1628   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1629   {
1630     showConsole(showConsole.isSelected());
1631   }
1632
1633   Console jconsole = null;
1634
1635   /**
1636    * control whether the java console is visible or not
1637    *
1638    * @param selected
1639    */
1640   void showConsole(boolean selected)
1641   {
1642     showConsole.setSelected(selected);
1643     // TODO: decide if we should update properties file
1644     Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE",
1645             Boolean.valueOf(selected).toString());
1646     jconsole.setVisible(selected);
1647   }
1648
1649   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1650   {
1651     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1652     if (frames == null || frames.length < 1)
1653     {
1654       return;
1655     }
1656
1657     AlignmentViewport source = null, target = null;
1658     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1659     {
1660       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1661     }
1662     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1663     {
1664       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1665     }
1666     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1667     {
1668       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1669     }
1670     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1671     {
1672       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1673     }
1674
1675     if (source != null)
1676     {
1677       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1678       {
1679         target = null;
1680         if (frames[i] == null)
1681         {
1682           continue;
1683         }
1684         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1685         {
1686           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1687         }
1688         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1689         {
1690           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1691         }
1692         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1693         {
1694           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1695         }
1696         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1697         {
1698           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1699         }
1700
1701         if (source == target)
1702         {
1703           try
1704           {
1705             if (close)
1706             {
1707               frames[i].setClosed(true);
1708             }
1709             else
1710             {
1711               frames[i].setIcon(minimize);
1712               if (!minimize)
1713               {
1714                 frames[i].toFront();
1715               }
1716             }
1717
1718           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1719           {
1720           }
1721         }
1722       }
1723     }
1724   }
1725
1726   /**
1727    * DOCUMENT ME!
1728    *
1729    * @param e
1730    *          DOCUMENT ME!
1731    */
1732   @Override
1733   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1734   {
1735     new Preferences();
1736   }
1737
1738   /**
1739    * Shows a file chooser dialog and writes out the current session as a Jalview
1740    * project file
1741    */
1742   @Override
1743   public void saveState_actionPerformed()
1744   {
1745     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("jvp",
1746             "Jalview Project");
1747
1748     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1749     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1750
1751     int value = chooser.showSaveDialog(this);
1752
1753     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1754     {
1755       final Desktop me = this;
1756       final java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
1757       setProjectFile(choice);
1758
1759       new Thread(new Runnable()
1760       {
1761         @Override
1762         public void run()
1763         {
1764           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
1765           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1766                   "label.saving_jalview_project", new Object[]
1767                   { choice.getName() }), choice.hashCode());
1768           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1769                   choice.getParent());
1770           // TODO catch and handle errors for savestate
1771           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1772           try
1773           {
1774             new Jalview2XML().saveState(choice);
1775           } catch (OutOfMemoryError oom)
1776           {
1777             new OOMWarning(
1778                     "Whilst saving current state to " + choice.getName(),
1779                     oom);
1780           } catch (Exception ex)
1781           {
1782             Cache.log.error(
1783                     "Problems whilst trying to save to " + choice.getName(),
1784                     ex);
1785             JvOptionPane.showMessageDialog(me,
1786                     MessageManager.formatMessage(
1787                             "label.error_whilst_saving_current_state_to",
1788                             new Object[]
1789                             { choice.getName() }),
1790                     MessageManager.getString("label.couldnt_save_project"),
1791                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1792           }
1793           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1794         }
1795       }).start();
1796     }
1797   }
1798
1799   private void setProjectFile(File choice)
1800   {
1801     this.projectFile = choice;
1802   }
1803
1804   public File getProjectFile()
1805   {
1806     return this.projectFile;
1807   }
1808
1809   /**
1810    * Shows a file chooser dialog and tries to read in the selected file as a
1811    * Jalview project
1812    */
1813   @Override
1814   public void loadState_actionPerformed()
1815   {
1816     final String[] suffix = new String[] { "jvp", "jar" };
1817     final String[] desc = new String[] { "Jalview Project",
1818         "Jalview Project (old)" };
1819     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1820             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), suffix, desc,
1821             "Jalview Project");
1822     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1823     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1824
1825     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1826
1827     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1828     {
1829       final File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1830       setProjectFile(selectedFile);
1831       final String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
1832       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
1833       new Thread(new Runnable()
1834       {
1835         @Override
1836         public void run()
1837         {
1838           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1839                   "label.loading_jalview_project", new Object[]
1840                   { choice }), choice.hashCode());
1841           try
1842           {
1843             new Jalview2XML().loadJalviewAlign(choice);
1844           } catch (OutOfMemoryError oom)
1845           {
1846             new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1847           } catch (Exception ex)
1848           {
1849             Cache.log.error(
1850                     "Problems whilst loading project from " + choice, ex);
1851             JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
1852                     MessageManager.formatMessage(
1853                             "label.error_whilst_loading_project_from",
1854                             new Object[]
1855                             { choice }),
1856                     MessageManager.getString("label.couldnt_load_project"),
1857                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1858           }
1859           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1860         }
1861       }).start();
1862     }
1863   }
1864
1865   @Override
1866   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1867   {
1868     new SequenceFetcher(this);
1869   }
1870
1871   JPanel progressPanel;
1872
1873   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<>();
1874
1875   public void startLoading(final String fileName)
1876   {
1877     if (fileLoadingCount == 0)
1878     {
1879       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager
1880               .formatMessage("label.loading_file", new Object[]
1881               { fileName })));
1882     }
1883     fileLoadingCount++;
1884   }
1885
1886   private JPanel addProgressPanel(String string)
1887   {
1888     if (progressPanel == null)
1889     {
1890       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1891       totalProgressCount = 0;
1892       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1893     }
1894     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1895     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1896     progressBar.setIndeterminate(true);
1897
1898     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1899
1900     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1901     progressPanel.add(thisprogress);
1902     ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).setRows(
1903             ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1904     ++totalProgressCount;
1905     instance.validate();
1906     return thisprogress;
1907   }
1908
1909   int totalProgressCount = 0;
1910
1911   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1912   {
1913     if (progressPanel != null)
1914     {
1915       synchronized (progressPanel)
1916       {
1917         progressPanel.remove(progbar);
1918         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1919         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1920         if (--totalProgressCount < 1)
1921         {
1922           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1923           progressPanel = null;
1924         }
1925       }
1926     }
1927     validate();
1928   }
1929
1930   public void stopLoading()
1931   {
1932     fileLoadingCount--;
1933     if (fileLoadingCount < 1)
1934     {
1935       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1936       {
1937         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1938       }
1939       fileLoadingPanels.clear();
1940       fileLoadingCount = 0;
1941     }
1942     validate();
1943   }
1944
1945   public static int getViewCount(String alignmentId)
1946   {
1947     AlignmentViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1948     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1949   }
1950
1951   /**
1952    *
1953    * @param alignmentId
1954    *          - if null, all sets are returned
1955    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1956    */
1957   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1958   {
1959     if (Desktop.desktop == null)
1960     {
1961       // no frames created and in headless mode
1962       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1963       return null;
1964     }
1965     List<AlignmentPanel> aps = new ArrayList<>();
1966     AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
1967     if (frames == null)
1968     {
1969       return null;
1970     }
1971     for (AlignFrame af : frames)
1972     {
1973       for (AlignmentPanel ap : af.alignPanels)
1974       {
1975         if (alignmentId == null
1976                 || alignmentId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1977         {
1978           aps.add(ap);
1979         }
1980       }
1981     }
1982     if (aps.size() == 0)
1983     {
1984       return null;
1985     }
1986     AlignmentPanel[] vap = aps.toArray(new AlignmentPanel[aps.size()]);
1987     return vap;
1988   }
1989
1990   /**
1991    * get all the viewports on an alignment.
1992    *
1993    * @param sequenceSetId
1994    *          unique alignment id (may be null - all viewports returned in that
1995    *          case)
1996    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1997    */
1998   public static AlignmentViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1999   {
2000     List<AlignmentViewport> viewp = new ArrayList<>();
2001     if (desktop != null)
2002     {
2003       AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
2004
2005       for (AlignFrame afr : frames)
2006       {
2007         if (sequenceSetId == null || afr.getViewport().getSequenceSetId()
2008                 .equals(sequenceSetId))
2009         {
2010           if (afr.alignPanels != null)
2011           {
2012             for (AlignmentPanel ap : afr.alignPanels)
2013             {
2014               if (sequenceSetId == null
2015                       || sequenceSetId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
2016               {
2017                 viewp.add(ap.av);
2018               }
2019             }
2020           }
2021           else
2022           {
2023             viewp.add(afr.getViewport());
2024           }
2025         }
2026       }
2027       if (viewp.size() > 0)
2028       {
2029         return viewp.toArray(new AlignmentViewport[viewp.size()]);
2030       }
2031     }
2032     return null;
2033   }
2034
2035   /**
2036    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame
2037    *
2038    * @param af
2039    */
2040   public static void explodeViews(AlignFrame af)
2041   {
2042     int size = af.alignPanels.size();
2043     if (size < 2)
2044     {
2045       return;
2046     }
2047
2048     for (int i = 0; i < size; i++)
2049     {
2050       AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(i);
2051       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
2052
2053       /*
2054        * Restore the view's last exploded frame geometry if known. Multiple
2055        * views from one exploded frame share and restore the same (frame)
2056        * position and size.
2057        */
2058       Rectangle geometry = ap.av.getExplodedGeometry();
2059       if (geometry != null)
2060       {
2061         newaf.setBounds(geometry);
2062       }
2063
2064       ap.av.setGatherViewsHere(false);
2065
2066       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
2067               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
2068     }
2069
2070     af.alignPanels.clear();
2071     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
2072
2073   }
2074
2075   /**
2076    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
2077    * identifier back in to this frame as additional views, and close the
2078    * expanded views. Note the expanded frames may themselves have multiple
2079    * views. We take the lot.
2080    *
2081    * @param source
2082    */
2083   public void gatherViews(AlignFrame source)
2084   {
2085     source.viewport.setGatherViewsHere(true);
2086     source.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
2087     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
2088     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
2089
2090     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
2091     {
2092       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
2093       {
2094         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
2095         boolean gatherThis = false;
2096         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
2097         {
2098           AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(a);
2099           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
2100           {
2101             gatherThis = true;
2102             ap.av.setGatherViewsHere(false);
2103             ap.av.setExplodedGeometry(af.getBounds());
2104             source.addAlignmentPanel(ap, false);
2105           }
2106         }
2107
2108         if (gatherThis)
2109         {
2110           af.alignPanels.clear();
2111           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
2112         }
2113       }
2114     }
2115
2116   }
2117
2118   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
2119
2120   @Override
2121   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
2122   {
2123     if (v_client == null)
2124     {
2125       // Load and try to start a session.
2126       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
2127               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2128
2129       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2130       chooser.setDialogTitle(
2131               MessageManager.getString("label.open_saved_vamsas_session"));
2132       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString(
2133               "label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session"));
2134
2135       int value = chooser.showOpenDialog(this);
2136
2137       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2138       {
2139         String fle = chooser.getSelectedFile().toString();
2140         if (!vamsasImport(chooser.getSelectedFile()))
2141         {
2142           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2143                   MessageManager.formatMessage(
2144                           "label.couldnt_import_as_vamsas_session",
2145                           new Object[]
2146                           { fle }),
2147                   MessageManager
2148                           .getString("label.vamsas_document_import_failed"),
2149                   JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2150         }
2151       }
2152     }
2153     else
2154     {
2155       jalview.bin.Cache.log.error(
2156               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2157     }
2158   }
2159
2160   /**
2161    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
2162    *
2163    * @param file
2164    * @return true if import was a success and a session was started.
2165    */
2166   public boolean vamsasImport(URL url)
2167   {
2168     // TODO: create progress bar
2169     if (v_client != null)
2170     {
2171
2172       jalview.bin.Cache.log.error(
2173               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2174       return false;
2175     }
2176
2177     try
2178     {
2179       // copy the URL content to a temporary local file
2180       // TODO: be a bit cleverer here with nio (?!)
2181       File file = File.createTempFile("vdocfromurl", ".vdj");
2182       FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file);
2183       BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(url.openStream());
2184       byte[] buffer = new byte[2048];
2185       int ln;
2186       while ((ln = bis.read(buffer)) > -1)
2187       {
2188         fos.write(buffer, 0, ln);
2189       }
2190       bis.close();
2191       fos.close();
2192       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file,
2193               url.toExternalForm());
2194     } catch (Exception ex)
2195     {
2196       jalview.bin.Cache.log.error(
2197               "Failed to create new vamsas session from contents of URL "
2198                       + url,
2199               ex);
2200       return false;
2201     }
2202     setupVamsasConnectedGui();
2203     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2204     return v_client.inSession();
2205   }
2206
2207   /**
2208    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
2209    *
2210    * @param file
2211    * @return true if import was a success and a session was started.
2212    */
2213   public boolean vamsasImport(File file)
2214   {
2215     if (v_client != null)
2216     {
2217
2218       jalview.bin.Cache.log.error(
2219               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2220       return false;
2221     }
2222
2223     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2224             "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2225             { file.getName() }), file.hashCode());
2226     try
2227     {
2228       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file, null);
2229     } catch (Exception ex)
2230     {
2231       setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2232               "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2233               { file.getName() }), file.hashCode());
2234       jalview.bin.Cache.log.error(
2235               "New vamsas session from existing session file failed:", ex);
2236       return false;
2237     }
2238     setupVamsasConnectedGui();
2239     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2240     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2241             "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2242             { file.getName() }), file.hashCode());
2243     return v_client.inSession();
2244   }
2245
2246   public boolean joinVamsasSession(String mysesid)
2247   {
2248     if (v_client != null)
2249     {
2250       throw new Error(MessageManager
2251               .getString("error.try_join_vamsas_session_another"));
2252     }
2253     if (mysesid == null)
2254     {
2255       throw new Error(
2256               MessageManager.getString("error.invalid_vamsas_session_id"));
2257     }
2258     v_client = new VamsasApplication(this, mysesid);
2259     setupVamsasConnectedGui();
2260     v_client.initial_update();
2261     return (v_client.inSession());
2262   }
2263
2264   @Override
2265   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
2266   {
2267     if (v_client == null)
2268     {
2269       // Start a session.
2270       // we just start a default session for moment.
2271       /*
2272        * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
2273        * getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2274        *
2275        * chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2276        * chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
2277        * chooser.setToolTipText("Import");
2278        *
2279        * int value = chooser.showOpenDialog(this);
2280        *
2281        * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { v_client = new
2282        * jalview.gui.VamsasApplication(this, chooser.getSelectedFile());
2283        */
2284       v_client = new VamsasApplication(this);
2285       setupVamsasConnectedGui();
2286       v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2287     }
2288     else
2289     {
2290       // store current data in session.
2291       v_client.push_update(); // TODO: thread
2292     }
2293   }
2294
2295   protected void setupVamsasConnectedGui()
2296   {
2297     vamsasStart.setText(MessageManager.getString("label.session_update"));
2298     vamsasSave.setVisible(true);
2299     vamsasStop.setVisible(true);
2300     vamsasImport.setVisible(false); // Document import to existing session is
2301     // not possible for vamsas-client-1.0.
2302   }
2303
2304   protected void setupVamsasDisconnectedGui()
2305   {
2306     vamsasSave.setVisible(false);
2307     vamsasStop.setVisible(false);
2308     vamsasImport.setVisible(true);
2309     vamsasStart
2310             .setText(MessageManager.getString("label.new_vamsas_session"));
2311   }
2312
2313   @Override
2314   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
2315   {
2316     if (v_client != null)
2317     {
2318       v_client.end_session();
2319       v_client = null;
2320       setupVamsasDisconnectedGui();
2321     }
2322   }
2323
2324   protected void buildVamsasStMenu()
2325   {
2326     if (v_client == null)
2327     {
2328       String[] sess = null;
2329       try
2330       {
2331         sess = VamsasApplication.getSessionList();
2332       } catch (Exception e)
2333       {
2334         jalview.bin.Cache.log.warn("Problem getting current sessions list.",
2335                 e);
2336         sess = null;
2337       }
2338       if (sess != null)
2339       {
2340         jalview.bin.Cache.log.debug(
2341                 "Got current sessions list: " + sess.length + " entries.");
2342         VamsasStMenu.removeAll();
2343         for (int i = 0; i < sess.length; i++)
2344         {
2345           JMenuItem sessit = new JMenuItem();
2346           sessit.setText(sess[i]);
2347           sessit.setToolTipText(MessageManager
2348                   .formatMessage("label.connect_to_session", new Object[]
2349                   { sess[i] }));
2350           final Desktop dsktp = this;
2351           final String mysesid = sess[i];
2352           sessit.addActionListener(new ActionListener()
2353           {
2354
2355             @Override
2356             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2357             {
2358               if (dsktp.v_client == null)
2359               {
2360                 Thread rthr = new Thread(new Runnable()
2361                 {
2362
2363                   @Override
2364                   public void run()
2365                   {
2366                     dsktp.v_client = new VamsasApplication(dsktp, mysesid);
2367                     dsktp.setupVamsasConnectedGui();
2368                     dsktp.v_client.initial_update();
2369                   }
2370
2371                 });
2372                 rthr.start();
2373               }
2374             };
2375           });
2376           VamsasStMenu.add(sessit);
2377         }
2378         // don't show an empty menu.
2379         VamsasStMenu.setVisible(sess.length > 0);
2380
2381       }
2382       else
2383       {
2384         jalview.bin.Cache.log.debug("No current vamsas sessions.");
2385         VamsasStMenu.removeAll();
2386         VamsasStMenu.setVisible(false);
2387       }
2388     }
2389     else
2390     {
2391       // Not interested in the content. Just hide ourselves.
2392       VamsasStMenu.setVisible(false);
2393     }
2394   }
2395
2396   @Override
2397   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
2398   {
2399     if (v_client != null)
2400     {
2401       // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
2402       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("vdj",
2403               "Vamsas Document");
2404
2405       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2406       chooser.setDialogTitle(MessageManager
2407               .getString("label.save_vamsas_document_archive"));
2408
2409       int value = chooser.showSaveDialog(this);
2410
2411       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2412       {
2413         java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
2414         JPanel progpanel = addProgressPanel(MessageManager
2415                 .formatMessage("label.saving_vamsas_doc", new Object[]
2416                 { choice.getName() }));
2417         Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
2418         String warnmsg = null;
2419         String warnttl = null;
2420         try
2421         {
2422           v_client.vclient.storeDocument(choice);
2423         } catch (Error ex)
2424         {
2425           warnttl = "Serious Problem saving Vamsas Document";
2426           warnmsg = ex.toString();
2427           jalview.bin.Cache.log
2428                   .error("Error Whilst saving document to " + choice, ex);
2429
2430         } catch (Exception ex)
2431         {
2432           warnttl = "Problem saving Vamsas Document.";
2433           warnmsg = ex.toString();
2434           jalview.bin.Cache.log.warn(
2435                   "Exception Whilst saving document to " + choice, ex);
2436
2437         }
2438         removeProgressPanel(progpanel);
2439         if (warnmsg != null)
2440         {
2441           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2442
2443                   warnmsg, warnttl, JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2444         }
2445       }
2446     }
2447   }
2448
2449   JPanel vamUpdate = null;
2450
2451   /**
2452    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
2453    *
2454    * @param b
2455    *          true to hide gui, false to reveal gui
2456    */
2457   public void setVamsasUpdate(boolean b)
2458   {
2459     Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "
2460             + (b ? "in progress" : "finished"));
2461
2462     if (vamUpdate != null)
2463     {
2464       this.removeProgressPanel(vamUpdate);
2465     }
2466     if (b)
2467     {
2468       vamUpdate = this.addProgressPanel(
2469               MessageManager.getString("label.updating_vamsas_session"));
2470     }
2471     vamsasStart.setVisible(!b);
2472     vamsasStop.setVisible(!b);
2473     vamsasSave.setVisible(!b);
2474   }
2475
2476   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2477   {
2478     return desktop.getAllFrames();
2479   }
2480
2481   /**
2482    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2483    * should be informed of a new questionnaire.
2484    *
2485    * @param url
2486    */
2487   public void checkForQuestionnaire(String url)
2488   {
2489     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2490     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2491     new Thread(jvq).start();
2492   }
2493
2494   public void checkURLLinks()
2495   {
2496     // Thread off the URL link checker
2497     addDialogThread(new Runnable()
2498     {
2499       @Override
2500       public void run()
2501       {
2502         if (Cache.getDefault("CHECKURLLINKS", true))
2503         {
2504           // check what the actual links are - if it's just the default don't
2505           // bother with the warning
2506           List<String> links = Preferences.sequenceUrlLinks
2507                   .getLinksForMenu();
2508
2509           // only need to check links if there is one with a
2510           // SEQUENCE_ID which is not the default EMBL_EBI link
2511           ListIterator<String> li = links.listIterator();
2512           boolean check = false;
2513           List<JLabel> urls = new ArrayList<>();
2514           while (li.hasNext())
2515           {
2516             String link = li.next();
2517             if (link.contains(jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_ID)
2518                     && !UrlConstants.isDefaultString(link))
2519             {
2520               check = true;
2521               int barPos = link.indexOf("|");
2522               String urlMsg = barPos == -1 ? link
2523                       : link.substring(0, barPos) + ": "
2524                               + link.substring(barPos + 1);
2525               urls.add(new JLabel(urlMsg));
2526             }
2527           }
2528           if (!check)
2529           {
2530             return;
2531           }
2532
2533           // ask user to check in case URL links use old style tokens
2534           // ($SEQUENCE_ID$ for sequence id _or_ accession id)
2535           JPanel msgPanel = new JPanel();
2536           msgPanel.setLayout(new BoxLayout(msgPanel, BoxLayout.PAGE_AXIS));
2537           msgPanel.add(Box.createVerticalGlue());
2538           JLabel msg = new JLabel(MessageManager
2539                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1"));
2540           JLabel msg2 = new JLabel(MessageManager
2541                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2"));
2542           msgPanel.add(msg);
2543           for (JLabel url : urls)
2544           {
2545             msgPanel.add(url);
2546           }
2547           msgPanel.add(msg2);
2548
2549           final JCheckBox jcb = new JCheckBox(
2550                   MessageManager.getString("label.do_not_display_again"));
2551           jcb.addActionListener(new ActionListener()
2552           {
2553             @Override
2554             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2555             {
2556               // update Cache settings for "don't show this again"
2557               boolean showWarningAgain = !jcb.isSelected();
2558               Cache.setProperty("CHECKURLLINKS",
2559                       Boolean.valueOf(showWarningAgain).toString());
2560             }
2561           });
2562           msgPanel.add(jcb);
2563
2564           JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, msgPanel,
2565                   MessageManager
2566                           .getString("label.SEQUENCE_ID_no_longer_used"),
2567                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2568         }
2569       }
2570     });
2571   }
2572
2573   /**
2574    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2575    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs
2576    * low.
2577    *
2578    * @author AMW
2579    */
2580   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
2581   {
2582
2583     private static final float ONE_MB = 1048576f;
2584
2585     boolean showMemoryUsage = false;
2586
2587     Runtime runtime;
2588
2589     java.text.NumberFormat df;
2590
2591     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2592             percentUsage;
2593
2594     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2595     {
2596       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2597     }
2598
2599     public void showMemoryUsage(boolean showMemory)
2600     {
2601       this.showMemoryUsage = showMemory;
2602       if (showMemory)
2603       {
2604         Thread worker = new Thread(this);
2605         worker.start();
2606       }
2607       repaint();
2608     }
2609
2610     public boolean isShowMemoryUsage()
2611     {
2612       return showMemoryUsage;
2613     }
2614
2615     @Override
2616     public void run()
2617     {
2618       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2619       df.setMaximumFractionDigits(2);
2620       runtime = Runtime.getRuntime();
2621
2622       while (showMemoryUsage)
2623       {
2624         try
2625         {
2626           maxMemory = runtime.maxMemory() / ONE_MB;
2627           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / ONE_MB;
2628           freeMemory = runtime.freeMemory() / ONE_MB;
2629           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2630
2631           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2632
2633           // if (percentUsage < 20)
2634           {
2635             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2636             // Color.red);
2637             // instance.set.setBorder(border1);
2638           }
2639           repaint();
2640           // sleep after showing usage
2641           Thread.sleep(3000);
2642         } catch (Exception ex)
2643         {
2644           ex.printStackTrace();
2645         }
2646       }
2647     }
2648
2649     @Override
2650     public void paintComponent(Graphics g)
2651     {
2652       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2653       {
2654         if (percentUsage < 20)
2655         {
2656           g.setColor(Color.red);
2657         }
2658         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2659         if (fm != null)
2660         {
2661           g.drawString(MessageManager.formatMessage("label.memory_stats",
2662                   new Object[]
2663                   { df.format(totalFreeMemory), df.format(maxMemory),
2664                       df.format(percentUsage) }),
2665                   10, getHeight() - fm.getHeight());
2666         }
2667       }
2668     }
2669   }
2670
2671   /**
2672    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2673    *
2674    * @return an array of AlignFrame, or null if none found
2675    */
2676   public static AlignFrame[] getAlignFrames()
2677   {
2678     if (Jalview.isHeadlessMode())
2679     {
2680       // Desktop.desktop is null in headless mode
2681       return new AlignFrame[] { Jalview.currentAlignFrame };
2682     }
2683
2684     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2685
2686     if (frames == null)
2687     {
2688       return null;
2689     }
2690     List<AlignFrame> avp = new ArrayList<>();
2691     // REVERSE ORDER
2692     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2693     {
2694       if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2695       {
2696         avp.add((AlignFrame) frames[i]);
2697       }
2698       else if (frames[i] instanceof SplitFrame)
2699       {
2700         /*
2701          * Also check for a split frame containing an AlignFrame
2702          */
2703         GSplitFrame sf = (GSplitFrame) frames[i];
2704         if (sf.getTopFrame() instanceof AlignFrame)
2705         {
2706           avp.add((AlignFrame) sf.getTopFrame());
2707         }
2708         if (sf.getBottomFrame() instanceof AlignFrame)
2709         {
2710           avp.add((AlignFrame) sf.getBottomFrame());
2711         }
2712       }
2713     }
2714     if (avp.size() == 0)
2715     {
2716       return null;
2717     }
2718     AlignFrame afs[] = avp.toArray(new AlignFrame[avp.size()]);
2719     return afs;
2720   }
2721
2722   /**
2723    * Returns an array of any AppJmol frames in the Desktop (or null if none).
2724    *
2725    * @return
2726    */
2727   public GStructureViewer[] getJmols()
2728   {
2729     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2730
2731     if (frames == null)
2732     {
2733       return null;
2734     }
2735     List<GStructureViewer> avp = new ArrayList<>();
2736     // REVERSE ORDER
2737     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2738     {
2739       if (frames[i] instanceof AppJmol)
2740       {
2741         GStructureViewer af = (GStructureViewer) frames[i];
2742         avp.add(af);
2743       }
2744     }
2745     if (avp.size() == 0)
2746     {
2747       return null;
2748     }
2749     GStructureViewer afs[] = avp.toArray(new GStructureViewer[avp.size()]);
2750     return afs;
2751   }
2752
2753   /**
2754    * Add Groovy Support to Jalview
2755    */
2756   @Override
2757   public void groovyShell_actionPerformed()
2758   {
2759     try
2760     {
2761       openGroovyConsole();
2762     } catch (Exception ex)
2763     {
2764       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2765       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2766
2767               MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2768               MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2769               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2770     }
2771   }
2772
2773   /**
2774    * Open the Groovy console
2775    */
2776   void openGroovyConsole()
2777   {
2778     if (groovyConsole == null)
2779     {
2780       groovyConsole = new groovy.ui.Console();
2781       groovyConsole.setVariable("Jalview", this);
2782       groovyConsole.run();
2783
2784       /*
2785        * We allow only one console at a time, so that AlignFrame menu option
2786        * 'Calculate | Run Groovy script' is unambiguous.
2787        * Disable 'Groovy Console', and enable 'Run script', when the console is
2788        * opened, and the reverse when it is closed
2789        */
2790       Window window = (Window) groovyConsole.getFrame();
2791       window.addWindowListener(new WindowAdapter()
2792       {
2793         @Override
2794         public void windowClosed(WindowEvent e)
2795         {
2796           /*
2797            * rebind CMD-Q from Groovy Console to Jalview Quit
2798            */
2799           addQuitHandler();
2800           enableExecuteGroovy(false);
2801         }
2802       });
2803     }
2804
2805     /*
2806      * show Groovy console window (after close and reopen)
2807      */
2808     ((Window) groovyConsole.getFrame()).setVisible(true);
2809
2810     /*
2811      * if we got this far, enable 'Run Groovy' in AlignFrame menus
2812      * and disable opening a second console
2813      */
2814     enableExecuteGroovy(true);
2815   }
2816
2817   /**
2818    * Bind Ctrl/Cmd-Q to Quit - for reset as Groovy Console takes over this
2819    * binding when opened
2820    */
2821   protected void addQuitHandler()
2822   {
2823     getRootPane().getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW)
2824             .put(KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_Q,
2825                     Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask()),
2826                     "Quit");
2827     getRootPane().getActionMap().put("Quit", new AbstractAction()
2828     {
2829       @Override
2830       public void actionPerformed(ActionEvent e)
2831       {
2832         quit();
2833       }
2834     });
2835   }
2836
2837   /**
2838    * Enable or disable 'Run Groovy script' in AlignFrame calculate menus
2839    *
2840    * @param enabled
2841    *          true if Groovy console is open
2842    */
2843   public void enableExecuteGroovy(boolean enabled)
2844   {
2845     /*
2846      * disable opening a second Groovy console
2847      * (or re-enable when the console is closed)
2848      */
2849     groovyShell.setEnabled(!enabled);
2850
2851     AlignFrame[] alignFrames = getAlignFrames();
2852     if (alignFrames != null)
2853     {
2854       for (AlignFrame af : alignFrames)
2855       {
2856         af.setGroovyEnabled(enabled);
2857       }
2858     }
2859   }
2860
2861   /**
2862    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2863    */
2864   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2865
2866   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2867
2868   /*
2869    * (non-Javadoc)
2870    *
2871    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2872    */
2873   @Override
2874   public void setProgressBar(String message, long id)
2875   {
2876     if (progressBars == null)
2877     {
2878       progressBars = new Hashtable<>();
2879       progressBarHandlers = new Hashtable<>();
2880     }
2881
2882     if (progressBars.get(new Long(id)) != null)
2883     {
2884       JPanel panel = progressBars.remove(new Long(id));
2885       if (progressBarHandlers.contains(new Long(id)))
2886       {
2887         progressBarHandlers.remove(new Long(id));
2888       }
2889       removeProgressPanel(panel);
2890     }
2891     else
2892     {
2893       progressBars.put(new Long(id), addProgressPanel(message));
2894     }
2895   }
2896
2897   /*
2898    * (non-Javadoc)
2899    *
2900    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2901    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2902    */
2903   @Override
2904   public void registerHandler(final long id,
2905           final IProgressIndicatorHandler handler)
2906   {
2907     if (progressBarHandlers == null
2908             || !progressBars.containsKey(new Long(id)))
2909     {
2910       throw new Error(MessageManager.getString(
2911               "error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2912     }
2913     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
2914     final JPanel progressPanel = progressBars.get(new Long(id));
2915     if (handler.canCancel())
2916     {
2917       JButton cancel = new JButton(
2918               MessageManager.getString("action.cancel"));
2919       final IProgressIndicator us = this;
2920       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2921       {
2922
2923         @Override
2924         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2925         {
2926           handler.cancelActivity(id);
2927           us.setProgressBar(MessageManager
2928                   .formatMessage("label.cancelled_params", new Object[]
2929                   { ((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText() }),
2930                   id);
2931         }
2932       });
2933       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2934     }
2935   }
2936
2937   /**
2938    *
2939    * @return true if any progress bars are still active
2940    */
2941   @Override
2942   public boolean operationInProgress()
2943   {
2944     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2945     {
2946       return true;
2947     }
2948     return false;
2949   }
2950
2951   /**
2952    * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance.
2953    * It will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular
2954    * av.
2955    *
2956    * @param viewport
2957    * @return alignFrame for viewport
2958    */
2959   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewportI viewport)
2960   {
2961     if (desktop != null)
2962     {
2963       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(
2964               viewport.getSequenceSetId());
2965       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2966       {
2967         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == viewport)
2968         {
2969           return aps[panel].alignFrame;
2970         }
2971       }
2972     }
2973     return null;
2974   }
2975
2976   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2977   {
2978     return v_client;
2979
2980   }
2981
2982   /**
2983    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
2984    */
2985   private boolean inBatchMode = false;
2986
2987   /**
2988    * check if jalview GUI is being operated programmatically
2989    *
2990    * @return inBatchMode
2991    */
2992   public boolean isInBatchMode()
2993   {
2994     return inBatchMode;
2995   }
2996
2997   /**
2998    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
2999    *
3000    * @param inBatchMode
3001    */
3002   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
3003   {
3004     this.inBatchMode = inBatchMode;
3005   }
3006
3007   public void startServiceDiscovery()
3008   {
3009     startServiceDiscovery(false);
3010   }
3011
3012   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
3013   {
3014     boolean alive = true;
3015     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
3016     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
3017     if (true)
3018     {
3019       // todo: changesupport handlers need to be transferred
3020       if (discoverer == null)
3021       {
3022         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
3023         // register PCS handler for desktop.
3024         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
3025       }
3026       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
3027       // until we phase out completely
3028       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
3029     }
3030
3031     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
3032     {
3033       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
3034               .startDiscoverer(changeSupport);
3035     }
3036     Thread t3 = null;
3037     {
3038       // TODO: do rest service discovery
3039     }
3040     if (blocking)
3041     {
3042       while (alive)
3043       {
3044         try
3045         {
3046           Thread.sleep(15);
3047         } catch (Exception e)
3048         {
3049         }
3050         alive = (t1 != null && t1.isAlive()) || (t2 != null && t2.isAlive())
3051                 || (t3 != null && t3.isAlive())
3052                 || (t0 != null && t0.isAlive());
3053       }
3054     }
3055   }
3056
3057   /**
3058    * called to check if the service discovery process completed successfully.
3059    *
3060    * @param evt
3061    */
3062   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
3063   {
3064     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
3065     {
3066       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
3067               .getErrorMessages();
3068       if (ermsg != null)
3069       {
3070         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
3071         {
3072           if (serviceChangedDialog == null)
3073           {
3074             // only run if we aren't already displaying one of these.
3075             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
3076             {
3077               @Override
3078               public void run()
3079               {
3080
3081                 /*
3082                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
3083                  *
3084                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
3085                  * Auto-generated method stub
3086                  *
3087                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
3088                  * Auto-generated method stub
3089                  *
3090                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
3091                  * Auto-generated method stub
3092                  *
3093                  * } }; jd.initDialogFrame(new
3094                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
3095                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
3096                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
3097                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
3098                  * +
3099                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
3100                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
3101                  * 400);
3102                  *
3103                  * jd.waitForInput();
3104                  */
3105                 JvOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.desktop,
3106                         new JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>"
3107                                 + ermsg + "</td></tr></table>"
3108                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
3109                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
3110                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
3111                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
3112                         "Web Service Configuration Problem",
3113                         JvOptionPane.DEFAULT_OPTION,
3114                         JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
3115                 serviceChangedDialog = null;
3116
3117               }
3118             });
3119           }
3120         }
3121         else
3122         {
3123           Cache.log.error(
3124                   "Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
3125                           + ermsg);
3126         }
3127       }
3128     }
3129   }
3130
3131   private Runnable serviceChangedDialog = null;
3132
3133   /**
3134    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
3135    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
3136    * to open the URL.
3137    *
3138    * @param url
3139    */
3140   public static void showUrl(final String url)
3141   {
3142     showUrl(url, Desktop.instance);
3143   }
3144
3145   /**
3146    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
3147    *
3148    * @param url
3149    * @param progress
3150    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
3151    */
3152   public static void showUrl(final String url,
3153           final IProgressIndicator progress)
3154   {
3155     new Thread(new Runnable()
3156     {
3157       @Override
3158       public void run()
3159       {
3160         try
3161         {
3162           if (progress != null)
3163           {
3164             progress.setProgressBar(MessageManager
3165                     .formatMessage("status.opening_params", new Object[]
3166                     { url }), this.hashCode());
3167           }
3168           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
3169         } catch (Exception ex)
3170         {
3171           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
3172                   MessageManager
3173                           .getString("label.web_browser_not_found_unix"),
3174                   MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
3175                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
3176
3177           ex.printStackTrace();
3178         }
3179         if (progress != null)
3180         {
3181           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
3182         }
3183       }
3184     }).start();
3185   }
3186
3187   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
3188
3189   public static ParamManager getUserParameterStore()
3190   {
3191     if (wsparamManager == null)
3192     {
3193       wsparamManager = new WsParamSetManager();
3194     }
3195     return wsparamManager;
3196   }
3197
3198   /**
3199    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
3200    *
3201    * @param e
3202    */
3203   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
3204   {
3205     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
3206     {
3207       String url = null;
3208       try
3209       {
3210         url = e.getURL().toString();
3211         Desktop.showUrl(url);
3212       } catch (Exception x)
3213       {
3214         if (url != null)
3215         {
3216           if (Cache.log != null)
3217           {
3218             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
3219           }
3220           else
3221           {
3222             System.err.println(
3223                     "Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
3224           }
3225         }
3226         // ignore any exceptions due to dud links.
3227       }
3228
3229     }
3230   }
3231
3232   /**
3233    * single thread that handles display of dialogs to user.
3234    */
3235   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
3236
3237   /**
3238    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
3239    */
3240   private volatile boolean dialogPause = true;
3241
3242   /**
3243    * pause the queue
3244    */
3245   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
3246
3247   private static groovy.ui.Console groovyConsole;
3248
3249   /**
3250    * add another dialog thread to the queue
3251    *
3252    * @param prompter
3253    */
3254   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
3255   {
3256     dialogExecutor.submit(new Runnable()
3257     {
3258       @Override
3259       public void run()
3260       {
3261         if (dialogPause)
3262         {
3263           try
3264           {
3265             block.acquire();
3266           } catch (InterruptedException x)
3267           {
3268           }
3269           ;
3270         }
3271         if (instance == null)
3272         {
3273           return;
3274         }
3275         try
3276         {
3277           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
3278         } catch (Exception q)
3279         {
3280           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
3281         }
3282       }
3283     });
3284   }
3285
3286   public void startDialogQueue()
3287   {
3288     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
3289     // the current task to begin
3290     dialogPause = false;
3291     block.release();
3292   }
3293
3294   @Override
3295   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
3296   {
3297     invalidate();
3298     File of;
3299     ImageMaker im = new jalview.util.ImageMaker(
3300             this, ImageMaker.TYPE.EPS, "View of Desktop", getWidth(),
3301             getHeight(), of = new File("Jalview_snapshot"
3302                     + System.currentTimeMillis() + ".eps"),
3303             "View of desktop", null, 0, false);
3304     try
3305     {
3306       paintAll(im.getGraphics());
3307       im.writeImage();
3308     } catch (Exception q)
3309     {
3310       Cache.log.error("Couldn't write snapshot to " + of.getAbsolutePath(),
3311               q);
3312       return;
3313     }
3314     Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
3315             + of.getAbsolutePath());
3316   }
3317
3318   /**
3319    * Explode the views in the given SplitFrame into separate SplitFrame windows.
3320    * This respects (remembers) any previous 'exploded geometry' i.e. the size
3321    * and location last time the view was expanded (if any). However it does not
3322    * remember the split pane divider location - this is set to match the
3323    * 'exploding' frame.
3324    *
3325    * @param sf
3326    */
3327   public void explodeViews(SplitFrame sf)
3328   {
3329     AlignFrame oldTopFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3330     AlignFrame oldBottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3331     List<? extends AlignmentViewPanel> topPanels = oldTopFrame
3332             .getAlignPanels();
3333     List<? extends AlignmentViewPanel> bottomPanels = oldBottomFrame
3334             .getAlignPanels();
3335     int viewCount = topPanels.size();
3336     if (viewCount < 2)
3337     {
3338       return;
3339     }
3340
3341     /*
3342      * Processing in reverse order works, forwards order leaves the first panels
3343      * not visible. I don't know why!
3344      */
3345     for (int i = viewCount - 1; i >= 0; i--)
3346     {
3347       /*
3348        * Make new top and bottom frames. These take over the respective
3349        * AlignmentPanel objects, including their AlignmentViewports, so the
3350        * cdna/protein relationships between the viewports is carried over to the
3351        * new split frames.
3352        *
3353        * explodedGeometry holds the (x, y) position of the previously exploded
3354        * SplitFrame, and the (width, height) of the AlignFrame component
3355        */
3356       AlignmentPanel topPanel = (AlignmentPanel) topPanels.get(i);
3357       AlignFrame newTopFrame = new AlignFrame(topPanel);
3358       newTopFrame.setSize(oldTopFrame.getSize());
3359       newTopFrame.setVisible(true);
3360       Rectangle geometry = ((AlignViewport) topPanel.getAlignViewport())
3361               .getExplodedGeometry();
3362       if (geometry != null)
3363       {
3364         newTopFrame.setSize(geometry.getSize());
3365       }
3366
3367       AlignmentPanel bottomPanel = (AlignmentPanel) bottomPanels.get(i);
3368       AlignFrame newBottomFrame = new AlignFrame(bottomPanel);
3369       newBottomFrame.setSize(oldBottomFrame.getSize());
3370       newBottomFrame.setVisible(true);
3371       geometry = ((AlignViewport) bottomPanel.getAlignViewport())
3372               .getExplodedGeometry();
3373       if (geometry != null)
3374       {
3375         newBottomFrame.setSize(geometry.getSize());
3376       }
3377
3378       topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3379       bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3380       JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(newTopFrame,
3381               newBottomFrame);
3382       if (geometry != null)
3383       {
3384         splitFrame.setLocation(geometry.getLocation());
3385       }
3386       Desktop.addInternalFrame(splitFrame, sf.getTitle(), -1, -1);
3387     }
3388
3389     /*
3390      * Clear references to the panels (now relocated in the new SplitFrames)
3391      * before closing the old SplitFrame.
3392      */
3393     topPanels.clear();
3394     bottomPanels.clear();
3395     sf.close();
3396   }
3397
3398   /**
3399    * Gather expanded split frames, sharing the same pairs of sequence set ids,
3400    * back into the given SplitFrame as additional views. Note that the gathered
3401    * frames may themselves have multiple views.
3402    *
3403    * @param source
3404    */
3405   public void gatherViews(GSplitFrame source)
3406   {
3407     /*
3408      * special handling of explodedGeometry for a view within a SplitFrame: - it
3409      * holds the (x, y) position of the enclosing SplitFrame, and the (width,
3410      * height) of the AlignFrame component
3411      */
3412     AlignFrame myTopFrame = (AlignFrame) source.getTopFrame();
3413     AlignFrame myBottomFrame = (AlignFrame) source.getBottomFrame();
3414     myTopFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3415             source.getY(), myTopFrame.getWidth(), myTopFrame.getHeight()));
3416     myBottomFrame.viewport
3417             .setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(), source.getY(),
3418                     myBottomFrame.getWidth(), myBottomFrame.getHeight()));
3419     myTopFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3420     myBottomFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3421     String topViewId = myTopFrame.viewport.getSequenceSetId();
3422     String bottomViewId = myBottomFrame.viewport.getSequenceSetId();
3423
3424     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
3425     for (JInternalFrame frame : frames)
3426     {
3427       if (frame instanceof SplitFrame && frame != source)
3428       {
3429         SplitFrame sf = (SplitFrame) frame;
3430         AlignFrame topFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3431         AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3432         boolean gatherThis = false;
3433         for (int a = 0; a < topFrame.alignPanels.size(); a++)
3434         {
3435           AlignmentPanel topPanel = topFrame.alignPanels.get(a);
3436           AlignmentPanel bottomPanel = bottomFrame.alignPanels.get(a);
3437           if (topViewId.equals(topPanel.av.getSequenceSetId())
3438                   && bottomViewId.equals(bottomPanel.av.getSequenceSetId()))
3439           {
3440             gatherThis = true;
3441             topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3442             bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3443             topPanel.av.setExplodedGeometry(
3444                     new Rectangle(sf.getLocation(), topFrame.getSize()));
3445             bottomPanel.av.setExplodedGeometry(
3446                     new Rectangle(sf.getLocation(), bottomFrame.getSize()));
3447             myTopFrame.addAlignmentPanel(topPanel, false);
3448             myBottomFrame.addAlignmentPanel(bottomPanel, false);
3449           }
3450         }
3451
3452         if (gatherThis)
3453         {
3454           topFrame.getAlignPanels().clear();
3455           bottomFrame.getAlignPanels().clear();
3456           sf.close();
3457         }
3458       }
3459     }
3460
3461     /*
3462      * The dust settles...give focus to the tab we did this from.
3463      */
3464     myTopFrame.setDisplayedView(myTopFrame.alignPanel);
3465   }
3466
3467   public static groovy.ui.Console getGroovyConsole()
3468   {
3469     return groovyConsole;
3470   }
3471
3472   /**
3473    * handles the payload of a drag and drop event.
3474    *
3475    * TODO refactor to desktop utilities class
3476    *
3477    * @param files
3478    *          - Data source strings extracted from the drop event
3479    * @param protocols
3480    *          - protocol for each data source extracted from the drop event
3481    * @param evt
3482    *          - the drop event
3483    * @param t
3484    *          - the payload from the drop event
3485    * @throws Exception
3486    */
3487   public static void transferFromDropTarget(List<String> files,
3488           List<DataSourceType> protocols, DropTargetDropEvent evt,
3489           Transferable t) throws Exception
3490   {
3491
3492     DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
3493             "text/uri-list;class=java.lang.String"), urlFlavour = null;
3494     try
3495     {
3496       urlFlavour = new DataFlavor(
3497               "application/x-java-url; class=java.net.URL");
3498     } catch (ClassNotFoundException cfe)
3499     {
3500       Cache.log.debug("Couldn't instantiate the URL dataflavor.", cfe);
3501     }
3502
3503     if (urlFlavour != null && t.isDataFlavorSupported(urlFlavour))
3504     {
3505
3506       try
3507       {
3508         java.net.URL url = (URL) t.getTransferData(urlFlavour);
3509         // nb: java 8 osx bug https://bugs.openjdk.java.net/browse/JDK-8156099
3510         // means url may be null.
3511         if (url != null)
3512         {
3513           protocols.add(DataSourceType.URL);
3514           files.add(url.toString());
3515           Cache.log.debug("Drop handled as URL dataflavor "
3516                   + files.get(files.size() - 1));
3517           return;
3518         }
3519         else
3520         {
3521           if (Platform.isAMac())
3522           {
3523             System.err.println(
3524                     "Please ignore plist error - occurs due to problem with java 8 on OSX");
3525           }
3526           ;
3527         }
3528       } catch (Throwable ex)
3529       {
3530         Cache.log.debug("URL drop handler failed.", ex);
3531       }
3532     }
3533     if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3534     {
3535       // Works on Windows and MacOSX
3536       Cache.log.debug("Drop handled as javaFileListFlavor");
3537       for (Object file : (List) t
3538               .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3539       {
3540         files.add(((File) file).toString());
3541         protocols.add(DataSourceType.FILE);
3542       }
3543     }
3544     else
3545     {
3546       // Unix like behaviour
3547       boolean added = false;
3548       String data = null;
3549       if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
3550       {
3551         Cache.log.debug("Drop handled as uriListFlavor");
3552         // This is used by Unix drag system
3553         data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
3554       }
3555       if (data == null)
3556       {
3557         // fallback to text: workaround - on OSX where there's a JVM bug
3558         Cache.log.debug("standard URIListFlavor failed. Trying text");
3559         // try text fallback
3560         DataFlavor textDf = new DataFlavor(
3561                 "text/plain;class=java.lang.String");
3562         if (t.isDataFlavorSupported(textDf))
3563         {
3564           data = (String) t.getTransferData(textDf);
3565         }
3566
3567         Cache.log.debug("Plain text drop content returned "
3568                 + (data == null ? "Null - failed" : data));
3569
3570       }
3571       if (data != null)
3572       {
3573         while (protocols.size() < files.size())
3574         {
3575           Cache.log.debug("Adding missing FILE protocol for "
3576                   + files.get(protocols.size()));
3577           protocols.add(DataSourceType.FILE);
3578         }
3579         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
3580                 data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
3581         {
3582           added = true;
3583           String s = st.nextToken();
3584           if (s.startsWith("#"))
3585           {
3586             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
3587             continue;
3588           }
3589           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
3590           if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
3591           {
3592             protocols.add(DataSourceType.URL);
3593             files.add(uri.toString());
3594           }
3595           else
3596           {
3597             // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
3598             java.io.File file = new java.io.File(uri);
3599             protocols.add(DataSourceType.FILE);
3600             files.add(file.toString());
3601           }
3602         }
3603       }
3604
3605       if (Cache.log.isDebugEnabled())
3606       {
3607         if (data == null || !added)
3608         {
3609
3610           if (t.getTransferDataFlavors() != null
3611                   && t.getTransferDataFlavors().length > 0)
3612           {
3613             Cache.log.debug(
3614                     "Couldn't resolve drop data. Here are the supported flavors:");
3615             for (DataFlavor fl : t.getTransferDataFlavors())
3616             {
3617               Cache.log.debug(
3618                       "Supported transfer dataflavor: " + fl.toString());
3619               Object df = t.getTransferData(fl);
3620               if (df != null)
3621               {
3622                 Cache.log.debug("Retrieves: " + df);
3623               }
3624               else
3625               {
3626                 Cache.log.debug("Retrieved nothing");
3627               }
3628             }
3629           }
3630           else
3631           {
3632             Cache.log.debug("Couldn't resolve dataflavor for drop: "
3633                     + t.toString());
3634           }
3635         }
3636       }
3637     }
3638     if (Platform.isWindows())
3639
3640     {
3641       Cache.log.debug("Scanning dropped content for Windows Link Files");
3642
3643       // resolve any .lnk files in the file drop
3644       for (int f = 0; f < files.size(); f++)
3645       {
3646         String source = files.get(f).toLowerCase();
3647         if (protocols.get(f).equals(DataSourceType.FILE)
3648                 && (source.endsWith(".lnk") || source.endsWith(".url")
3649                         || source.endsWith(".site")))
3650         {
3651           try
3652           {
3653             File lf = new File(files.get(f));
3654             // process link file to get a URL
3655             Cache.log.debug("Found potential link file: " + lf);
3656             WindowsShortcut wscfile = new WindowsShortcut(lf);
3657             String fullname = wscfile.getRealFilename();
3658             protocols.set(f, FormatAdapter.checkProtocol(fullname));
3659             files.set(f, fullname);
3660             Cache.log.debug("Parsed real filename " + fullname
3661                     + " to extract protocol: " + protocols.get(f));
3662           } catch (Exception ex)
3663           {
3664             Cache.log.error(
3665                     "Couldn't parse " + files.get(f) + " as a link file.",
3666                     ex);
3667           }
3668         }
3669       }
3670     }
3671   }
3672
3673   /**
3674    * Sets the Preferences property for experimental features to True or False
3675    * depending on the state of the controlling menu item
3676    */
3677   @Override
3678   protected void showExperimental_actionPerformed(boolean selected)
3679   {
3680     Cache.setProperty(EXPERIMENTAL_FEATURES, Boolean.toString(selected));
3681   }
3682
3683   /**
3684    * Answers a (possibly empty) list of any structure viewer frames (currently
3685    * for either Jmol or Chimera) which are currently open. This may optionally
3686    * be restricted to viewers of a specified class, or viewers linked to a
3687    * specified alignment panel.
3688    *
3689    * @param apanel
3690    *          if not null, only return viewers linked to this panel
3691    * @param structureViewerClass
3692    *          if not null, only return viewers of this class
3693    * @return
3694    */
3695   public List<StructureViewerBase> getStructureViewers(
3696           AlignmentPanel apanel,
3697           Class<? extends StructureViewerBase> structureViewerClass)
3698   {
3699     List<StructureViewerBase> result = new ArrayList<>();
3700     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
3701
3702     for (JInternalFrame frame : frames)
3703     {
3704       if (frame instanceof StructureViewerBase)
3705       {
3706         if (structureViewerClass == null
3707                 || structureViewerClass.isInstance(frame))
3708         {
3709           if (apanel == null
3710                   || ((StructureViewerBase) frame).isLinkedWith(apanel))
3711           {
3712             result.add((StructureViewerBase) frame);
3713           }
3714         }
3715       }
3716     }
3717     return result;
3718   }
3719 }