src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25 import javax.swing.*;
  26 import javax.swing.event.*;
  27
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.schemes.*;
  30 import java.awt.Dimension;
  31
  32 public class FeatureColourChooser extends JPanel
  33 {
  34   JInternalFrame frame;
  35
  36   FeatureRenderer fr;
  37
  38   FeatureSettings fs;
  39
  40   GraduatedColor cs;
  41   Object oldcs;
  42
  43   Hashtable oldgroupColours;
  44
  45   AlignmentPanel ap;
  46
  47
  48   boolean adjusting = false;
  49
  50   private float min;
  51
  52   private float max;
  53   String type = null;
  54   public FeatureColourChooser(FeatureSettings fsettings, String type)
  55   {
  56     this.fs = fsettings;
  57     this.type = type;
  58     fr = fsettings.fr;
  59     ap = fr.ap;
  60     frame = new JInternalFrame();
  61     frame.setContentPane(this);
  62     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
  63     Desktop.addInternalFrame(frame, "Graduated Feature Colour for "+type, 480, 145);
  64
  65     slider.addChangeListener(new ChangeListener()
  66     {
  67       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
  68       {
  69         if (!adjusting)
  70         {
  71           thresholdValue.setText(((float) slider.getValue() / 1000f) + "");
  72           valueChanged();
  73         }
  74       }
  75     });
  76     slider.addMouseListener(new MouseAdapter()
  77     {
  78       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
  79       {
  80         if (fr.ap!=null) { fr.ap.paintAlignment(true); };
  81       }
  82     });
  83
  84     float mm[] = ((float[][]) fr.minmax.get(type))[0];
  85     min = mm[0];
  86     max = mm[1];
  87     oldcs = fr.featureColours.get(type);
  88     if (oldcs instanceof GraduatedColor)
  89     {
  90       if (((GraduatedColor)oldcs).isAutoScale())
  91       {
  92         // update the scale
  93         cs = new GraduatedColor((GraduatedColor) oldcs, min, max);
  94       } else {
  95         cs = new GraduatedColor((GraduatedColor) oldcs);
  96       }
  97     } else {
  98       // promote original color to a graduated color
  99       Color bl = Color.black;
 100       if (oldcs instanceof Color)
 101       {
 102         bl = (Color) oldcs;
 103       }
 104       // original colour becomes the maximum colour
 105       cs = new GraduatedColor(Color.white,bl,mm[0],mm[1]);
 106     }
 107     minColour.setBackground(cs.getMinColor());
 108     maxColour.setBackground(cs.getMaxColor());
 109     adjusting = true;
 110
 111     try
 112     {
 113       jbInit();
 114     } catch (Exception ex)
 115     {
 116     }
 117     // update the gui from threshold state
 118     thresholdIsMin.setSelected(!cs.isAutoScale());
 119     if (cs.getThreshType()!=AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 120     {
 121       // initialise threshold slider and selector
 122       threshold.setSelectedIndex(cs.getThreshType()==AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD ? 1 : 2);
 123             slider.setEnabled(true);
 124       thresholdValue.setEnabled(true);
 125       threshline = new jalview.datamodel.GraphLine(
 126                         (max - min) / 2f,
 127                         "Threshold", Color.black);
 128
 129     }
 130
 131     adjusting = false;
 132
 133     changeColour();
 134
 135   }
 136
 137   public FeatureColourChooser()
 138   {
 139     try
 140     {
 141       jbInit();
 142     } catch (Exception ex)
 143     {
 144       ex.printStackTrace();
 145     }
 146   }
 147
 148   private void jbInit() throws Exception
 149   {
 150     minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 151     minColour.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());
 152     minColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));
 153     minColour.setToolTipText("Minimum Colour");
 154     minColour.addMouseListener(new MouseAdapter()
 155     {
 156       public void mousePressed(MouseEvent e)
 157       {
 158         if (minColour.isEnabled())
 159         {
 160           minColour_actionPerformed();
 161         }
 162       }
 163     });
 164     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 165     maxColour.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());
 166     maxColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));
 167     maxColour.setToolTipText("Maximum Colour");
 168     maxColour.addMouseListener(new MouseAdapter()
 169     {
 170       public void mousePressed(MouseEvent e)
 171       {
 172         if (maxColour.isEnabled())
 173         {
 174           maxColour_actionPerformed();
 175         }
 176       }
 177     });
 178     ok.setOpaque(false);
 179     ok.setText("OK");
 180     ok.addActionListener(new ActionListener()
 181     {
 182       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 183       {
 184         ok_actionPerformed(e);
 185       }
 186     });
 187     cancel.setOpaque(false);
 188     cancel.setText("Cancel");
 189     cancel.addActionListener(new ActionListener()
 190     {
 191       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 192       {
 193         cancel_actionPerformed(e);
 194       }
 195     });
 196     this.setLayout(borderLayout1);
 197     jPanel2.setLayout(flowLayout1);
 198     jPanel1.setBackground(Color.white);
 199     jPanel2.setBackground(Color.white);
 200     threshold.addActionListener(new ActionListener()
 201     {
 202       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 203       {
 204         threshold_actionPerformed(e);
 205       }
 206     });
 207     threshold.addItem("No Threshold"); // index 0
 208     threshold.addItem("Above Threshold"); // index 1
 209     threshold.addItem("Below Threshold"); // index 2
 210     jPanel3.setLayout(flowLayout2);
 211     thresholdValue.addActionListener(new ActionListener()
 212     {
 213       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 214       {
 215         thresholdValue_actionPerformed(e);
 216       }
 217     });
 218     slider.setPaintLabels(false);
 219     slider.setPaintTicks(true);
 220     slider.setBackground(Color.white);
 221     slider.setEnabled(false);
 222     slider.setOpaque(false);
 223     slider.setPreferredSize(new Dimension(100, 32));
 224     thresholdValue.setEnabled(false);
 225     thresholdValue.setColumns(7);
 226     jPanel3.setBackground(Color.white);
 227     currentColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 228     currentColours.setOpaque(false);
 229     currentColours.setText("Use Original Colours");
 230     currentColours.addActionListener(new ActionListener()
 231     {
 232       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 233       {
 234         currentColours_actionPerformed(e);
 235       }
 236     });
 237     thresholdIsMin.setBackground(Color.white);
 238     thresholdIsMin.setText("Threshold is Min/Max");
 239     thresholdIsMin.addActionListener(new ActionListener()
 240     {
 241       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 242       {
 243         thresholdIsMin_actionPerformed(actionEvent);
 244       }
 245     });
 246     jPanel1.add(ok);
 247     jPanel1.add(cancel);
 248     // jPanel2.add(currentColours);
 249     jPanel2.add(minColour);
 250     jPanel2.add(maxColour);
 251     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 252     jPanel3.add(threshold);
 253     jPanel3.add(slider);
 254     jPanel3.add(thresholdValue);
 255     jPanel3.add(thresholdIsMin);
 256     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 257     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 258   }
 259
 260
 261   JPanel minColour = new JPanel();
 262
 263   JPanel maxColour = new JPanel();
 264
 265   JButton ok = new JButton();
 266
 267   JButton cancel = new JButton();
 268
 269   JPanel jPanel1 = new JPanel();
 270
 271   JPanel jPanel2 = new JPanel();
 272
 273   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 274
 275   JComboBox threshold = new JComboBox();
 276
 277   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 278
 279   JPanel jPanel3 = new JPanel();
 280
 281   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();
 282
 283   JSlider slider = new JSlider();
 284
 285   JTextField thresholdValue = new JTextField(20);
 286   // TODO refactor to tolower flag
 287   JCheckBox currentColours = new JCheckBox();
 288
 289   JCheckBox thresholdIsMin = new JCheckBox();
 290
 291   private GraphLine threshline;
 292
 293   public void minColour_actionPerformed()
 294   {
 295     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 296             "Select Colour for Minimum Value", minColour.getBackground());
 297     if (col != null)
 298     {
 299       minColour.setBackground(col);
 300     }
 301     minColour.repaint();
 302     changeColour();
 303   }
 304
 305   public void maxColour_actionPerformed()
 306   {
 307     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 308             "Select Colour for Maximum Value", maxColour.getBackground());
 309     if (col != null)
 310     {
 311       maxColour.setBackground(col);
 312     }
 313     maxColour.repaint();
 314     changeColour();
 315   }
 316
 317   void changeColour()
 318   {
 319     // Check if combobox is still adjusting
 320     if (adjusting)
 321     {
 322       return;
 323     }
 324
 325
 326     int aboveThreshold = AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD;
 327     if (threshold.getSelectedItem().equals("Above Threshold"))
 328     {
 329       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;
 330     }
 331     else if (threshold.getSelectedItem().equals("Below Threshold"))
 332     {
 333       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;
 334     }
 335
 336     slider.setEnabled(true);
 337     thresholdValue.setEnabled(true);
 338     GraduatedColor acg = new GraduatedColor(minColour.getBackground(), maxColour.getBackground(), min, max);
 339
 340     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 341     {
 342       slider.setEnabled(false);
 343       thresholdValue.setEnabled(false);
 344       thresholdValue.setText("");
 345     }
 346     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD
 347             && threshline == null)
 348     {
 349       // todo visual indication of feature threshold
 350       threshline = new jalview.datamodel.GraphLine(
 351                       (max - min) / 2f,
 352                       "Threshold", Color.black);
 353     }
 354
 355     if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 356     {
 357       adjusting = true;
 358       acg.setThresh(threshline.value);
 359
 360       float range = max * 1000f
 361               - min * 1000f;
 362
 363       slider.setMinimum((int) (min * 1000));
 364       slider.setMaximum((int) (max * 1000));
 365       slider.setValue((int) (threshline.value * 1000));
 366       thresholdValue.setText(threshline.value + "");
 367       slider.setMajorTickSpacing((int) (range / 10f));
 368       slider.setEnabled(true);
 369       thresholdValue.setEnabled(true);
 370       adjusting = false;
 371     }
 372
 373     acg.setThreshType(aboveThreshold);
 374     if (thresholdIsMin.isSelected() && aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 375     {
 376       acg.setAutoScaled(false);
 377       if (aboveThreshold==AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD)
 378       {
 379         acg = new GraduatedColor(acg, threshline.value, max);
 380       } else {
 381         acg = new GraduatedColor(acg, min,threshline.value);
 382       }
 383     } else {
 384       acg.setAutoScaled(true);
 385     }
 386
 387     fr.featureColours.put(type,acg);
 388     cs = acg;
 389     ap.paintAlignment(false);
 390   }
 391
 392   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 393   {
 394     changeColour();
 395     try
 396     {
 397       frame.setClosed(true);
 398     } catch (Exception ex)
 399     {
 400     }
 401   }
 402
 403   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 404   {
 405     reset();
 406     try
 407     {
 408       frame.setClosed(true);
 409     } catch (Exception ex)
 410     {
 411     }
 412   }
 413
 414   void reset()
 415   {
 416     fr.featureColours.put(type, oldcs);
 417   }
 418
 419   public void thresholdCheck_actionPerformed(ActionEvent e)
 420   {
 421     changeColour();
 422   }
 423
 424   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 425   {
 426     changeColour();
 427   }
 428
 429   public void threshold_actionPerformed(ActionEvent e)
 430   {
 431     changeColour();
 432   }
 433
 434   public void thresholdValue_actionPerformed(ActionEvent e)
 435   {
 436     try
 437     {
 438       float f = Float.parseFloat(thresholdValue.getText());
 439       slider.setValue((int) (f * 1000));
 440       threshline.value = f;
 441     } catch (NumberFormatException ex)
 442     {
 443     }
 444   }
 445
 446   public void valueChanged()
 447   {
 448     threshline.value = (float) slider.getValue() / 1000f;
 449     cs.setThresh(threshline.value);
 450     changeColour();
 451     ap.paintAlignment(false);
 452   }
 453
 454   public void currentColours_actionPerformed(ActionEvent e)
 455   {
 456     if (currentColours.isSelected())
 457     {
 458       reset();
 459     }
 460
 461     maxColour.setEnabled(!currentColours.isSelected());
 462     minColour.setEnabled(!currentColours.isSelected());
 463
 464     changeColour();
 465   }
 466
 467   public void thresholdIsMin_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 468   {
 469     changeColour();
 470   }
 471
 472 }