src/jalview/gui/FeatureEditor.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Dimension;
  26 import java.awt.Font;
  27 import java.awt.GridLayout;
  28 import java.awt.event.ActionEvent;
  29 import java.awt.event.ActionListener;
  30 import java.awt.event.ItemEvent;
  31 import java.awt.event.ItemListener;
  32 import java.awt.event.MouseAdapter;
  33 import java.awt.event.MouseEvent;
  34 import java.util.ArrayList;
  35 import java.util.List;
  36
  37 import javax.swing.JComboBox;
  38 import javax.swing.JLabel;
  39 import javax.swing.JPanel;
  40 import javax.swing.JScrollPane;
  41 import javax.swing.JSpinner;
  42 import javax.swing.JTextArea;
  43 import javax.swing.JTextField;
  44 import javax.swing.SpinnerNumberModel;
  45 import javax.swing.SwingConstants;
  46 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  47 import javax.swing.event.ChangeListener;
  48 import javax.swing.event.DocumentEvent;
  49 import javax.swing.event.DocumentListener;
  50
  51 import jalview.api.FeatureColourI;
  52 import jalview.datamodel.SearchResults;
  53 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  54 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  55 import jalview.datamodel.SequenceI;
  56 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  57 import jalview.io.FeaturesFile;
  58 import jalview.schemes.FeatureColour;
  59 import jalview.util.ColorUtils;
  60 import jalview.util.MessageManager;
  61
  62 /**
  63  * Provides a dialog allowing the user to add new features, or amend or delete
  64  * existing features
  65  */
  66 public class FeatureEditor
  67 {
  68   /*
  69    * defaults for creating a new feature are the last created
  70    * feature type and group
  71    */
  72   static String lastFeatureAdded = "feature_1";
  73
  74   static String lastFeatureGroupAdded = "Jalview";
  75
  76   /*
  77    * the sequence(s) with features to be created / amended
  78    */
  79   final List<SequenceI> sequences;
  80
  81   /*
  82    * the features (or template features) to be created / amended
  83    */
  84   final List<SequenceFeature> features;
  85
  86   /*
  87    * true if the dialog is to create a new feature, false if
  88    * for amend or delete of existing feature(s)
  89    */
  90   final boolean forCreate;
  91
  92   /*
  93    * index into the list of features
  94    */
  95   int featureIndex;
  96
  97   FeatureColourI oldColour;
  98
  99   FeatureColourI featureColour;
 100
 101   FeatureRenderer fr;
 102
 103   AlignmentPanel ap;
 104
 105   JTextField name;
 106
 107   JTextField group;
 108
 109   JTextArea description;
 110
 111   JSpinner start;
 112
 113   JSpinner end;
 114
 115   JPanel mainPanel;
 116
 117   /**
 118    * Constructor
 119    *
 120    * @param alignPanel
 121    * @param seqs
 122    * @param feats
 123    * @param create
 124    *          if true create a new feature, else amend or delete an existing
 125    *          feature
 126    */
 127   public FeatureEditor(AlignmentPanel alignPanel, List<SequenceI> seqs,
 128           List<SequenceFeature> feats, boolean create)
 129   {
 130     ap = alignPanel;
 131     fr = alignPanel.getSeqPanel().seqCanvas.fr;
 132     sequences = seqs;
 133     features = feats;
 134     this.forCreate = create;
 135
 136     init();
 137   }
 138
 139   /**
 140    * Initialise the layout and controls
 141    */
 142   protected void init()
 143   {
 144     featureIndex = 0;
 145
 146     mainPanel = new JPanel(new BorderLayout());
 147
 148     name = new JTextField(25);
 149     name.getDocument().addDocumentListener(new DocumentListener()
 150     {
 151       @Override
 152       public void insertUpdate(DocumentEvent e)
 153       {
 154         warnIfTypeHidden(mainPanel, name.getText());
 155       }
 156
 157       @Override
 158       public void removeUpdate(DocumentEvent e)
 159       {
 160         warnIfTypeHidden(mainPanel, name.getText());
 161       }
 162
 163       @Override
 164       public void changedUpdate(DocumentEvent e)
 165       {
 166         warnIfTypeHidden(mainPanel, name.getText());
 167       }
 168     });
 169
 170     group = new JTextField(25);
 171     group.getDocument().addDocumentListener(new DocumentListener()
 172     {
 173       @Override
 174       public void insertUpdate(DocumentEvent e)
 175       {
 176         warnIfGroupHidden(mainPanel, group.getText());
 177       }
 178
 179       @Override
 180       public void removeUpdate(DocumentEvent e)
 181       {
 182         warnIfGroupHidden(mainPanel, group.getText());
 183       }
 184
 185       @Override
 186       public void changedUpdate(DocumentEvent e)
 187       {
 188         warnIfGroupHidden(mainPanel, group.getText());
 189       }
 190     });
 191
 192     description = new JTextArea(3, 25);
 193
 194     start = new JSpinner();
 195     end = new JSpinner();
 196     start.setPreferredSize(new Dimension(80, 20));
 197     end.setPreferredSize(new Dimension(80, 20));
 198
 199     /*
 200      * ensure that start can never be more than end
 201      */
 202     start.addChangeListener(new ChangeListener()
 203     {
 204       @Override
 205       public void stateChanged(ChangeEvent e)
 206       {
 207         Integer startVal = (Integer) start.getValue();
 208         ((SpinnerNumberModel) end.getModel()).setMinimum(startVal);
 209       }
 210     });
 211     end.addChangeListener(new ChangeListener()
 212     {
 213       @Override
 214       public void stateChanged(ChangeEvent e)
 215       {
 216         Integer endVal = (Integer) end.getValue();
 217         ((SpinnerNumberModel) start.getModel()).setMaximum(endVal);
 218       }
 219     });
 220
 221     final JLabel colour = new JLabel();
 222     colour.setOpaque(true);
 223     colour.setMaximumSize(new Dimension(30, 16));
 224     colour.addMouseListener(new MouseAdapter()
 225     {
 226       @Override
 227       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 228       {
 229         if (featureColour.isSimpleColour())
 230         {
 231           /*
 232            * open colour chooser on click in colour panel
 233            */
 234           String title = MessageManager
 235                   .getString("label.select_feature_colour");
 236           ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 237           {
 238             @Override
 239             public void colourSelected(Color c)
 240             {
 241               featureColour = new FeatureColour(c);
 242               updateColourButton(mainPanel, colour, featureColour);
 243             };
 244           };
 245           JalviewColourChooser.showColourChooser(Desktop.getDesktop(),
 246                   title, featureColour.getColour(), listener);
 247         }
 248         else
 249         {
 250           /*
 251            * variable colour dialog - on OK, refetch the updated
 252            * feature colour and update this display
 253            */
 254           final String ft = features.get(featureIndex).getType();
 255           final String type = ft == null ? lastFeatureAdded : ft;
 256           FeatureTypeSettings fcc = new FeatureTypeSettings(fr, type);
 257           fcc.setRequestFocusEnabled(true);
 258           fcc.requestFocus();
 259           fcc.addActionListener(new ActionListener()
 260           {
 261             @Override
 262             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 263             {
 264               featureColour = fr.getFeatureStyle(ft);
 265               fr.setColour(type, featureColour);
 266               updateColourButton(mainPanel, colour, featureColour);
 267             }
 268           });
 269         }
 270       }
 271     });
 272     JPanel gridPanel = new JPanel(new GridLayout(3, 1));
 273
 274     if (!forCreate && features.size() > 1)
 275     {
 276       /*
 277        * more than one feature at selected position -
 278        * add a drop-down to choose the feature to amend
 279        * space pad text if necessary to make entries distinct
 280        */
 281       gridPanel = new JPanel(new GridLayout(4, 1));
 282       JPanel choosePanel = new JPanel();
 283       choosePanel.add(new JLabel(
 284               MessageManager.getString("label.select_feature") + ":"));
 285       final JComboBox<String> overlaps = new JComboBox<>();
 286       List<String> added = new ArrayList<>();
 287       for (SequenceFeature sf : features)
 288       {
 289         String text = String.format("%s/%d-%d (%s)", sf.getType(),
 290                 sf.getBegin(), sf.getEnd(), sf.getFeatureGroup());
 291         while (added.contains(text))
 292         {
 293           text += " ";
 294         }
 295         overlaps.addItem(text);
 296         added.add(text);
 297       }
 298       choosePanel.add(overlaps);
 299
 300       overlaps.addItemListener(new ItemListener()
 301       {
 302         @Override
 303         public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 304         {
 305           int index = overlaps.getSelectedIndex();
 306           if (index != -1)
 307           {
 308             featureIndex = index;
 309             SequenceFeature sf = features.get(index);
 310             name.setText(sf.getType());
 311             description.setText(sf.getDescription());
 312             group.setText(sf.getFeatureGroup());
 313             start.setValue(new Integer(sf.getBegin()));
 314             end.setValue(new Integer(sf.getEnd()));
 315             ((SpinnerNumberModel) start.getModel()).setMaximum(sf.getEnd());
 316             ((SpinnerNumberModel) end.getModel()).setMinimum(sf.getBegin());
 317
 318             SearchResultsI highlight = new SearchResults();
 319             highlight.addResult(sequences.get(0), sf.getBegin(),
 320                     sf.getEnd());
 321
 322             ap.getSeqPanel().seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 323           }
 324           FeatureColourI col = fr.getFeatureStyle(name.getText());
 325           if (col == null)
 326           {
 327             col = new FeatureColour(
 328                     ColorUtils.createColourFromName(name.getText()));
 329           }
 330           oldColour = featureColour = col;
 331           updateColourButton(mainPanel, colour, col);
 332         }
 333       });
 334
 335       gridPanel.add(choosePanel);
 336     }
 337
 338     JPanel namePanel = new JPanel();
 339     gridPanel.add(namePanel);
 340     namePanel.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.name:"),
 341             JLabel.RIGHT));
 342     namePanel.add(name);
 343
 344     JPanel groupPanel = new JPanel();
 345     gridPanel.add(groupPanel);
 346     groupPanel.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.group:"),
 347             JLabel.RIGHT));
 348     groupPanel.add(group);
 349
 350     JPanel colourPanel = new JPanel();
 351     gridPanel.add(colourPanel);
 352     colourPanel.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.colour"),
 353             JLabel.RIGHT));
 354     colourPanel.add(colour);
 355     colour.setPreferredSize(new Dimension(150, 15));
 356     colour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
 357     colour.setForeground(Color.black);
 358     colour.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 359     colour.setVerticalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 360     colour.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
 361     colour.setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
 362     mainPanel.add(gridPanel, BorderLayout.NORTH);
 363
 364     JPanel descriptionPanel = new JPanel();
 365     descriptionPanel.add(new JLabel(
 366             MessageManager.getString("label.description:"), JLabel.RIGHT));
 367     description.setFont(JvSwingUtils.getTextAreaFont());
 368     description.setLineWrap(true);
 369     descriptionPanel.add(new JScrollPane(description));
 370
 371     if (!forCreate)
 372     {
 373       mainPanel.add(descriptionPanel, BorderLayout.SOUTH);
 374
 375       JPanel startEndPanel = new JPanel();
 376       startEndPanel.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.start"),
 377               JLabel.RIGHT));
 378       startEndPanel.add(start);
 379       startEndPanel.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.end"),
 380               JLabel.RIGHT));
 381       startEndPanel.add(end);
 382       mainPanel.add(startEndPanel, BorderLayout.CENTER);
 383     }
 384     else
 385     {
 386       mainPanel.add(descriptionPanel, BorderLayout.CENTER);
 387     }
 388
 389     /*
 390      * default feature type and group to that of the first feature supplied,
 391      * or to the last feature created if not supplied (null value)
 392      */
 393     SequenceFeature firstFeature = features.get(0);
 394     boolean useLastDefaults = firstFeature.getType() == null;
 395     final String featureType = useLastDefaults ? lastFeatureAdded
 396             : firstFeature.getType();
 397     final String featureGroup = useLastDefaults ? lastFeatureGroupAdded
 398             : firstFeature.getFeatureGroup();
 399     name.setText(featureType);
 400     group.setText(featureGroup);
 401
 402     start.setValue(new Integer(firstFeature.getBegin()));
 403     end.setValue(new Integer(firstFeature.getEnd()));
 404     ((SpinnerNumberModel) start.getModel())
 405             .setMaximum(firstFeature.getEnd());
 406     ((SpinnerNumberModel) end.getModel())
 407             .setMinimum(firstFeature.getBegin());
 408
 409     description.setText(firstFeature.getDescription());
 410     featureColour = fr.getFeatureStyle(featureType);
 411     oldColour = featureColour;
 412     updateColourButton(mainPanel, colour, oldColour);
 413   }
 414
 415   /**
 416    * Presents a dialog allowing the user to add new features, or amend or delete
 417    * an existing feature. Currently this can be on
 418    * <ul>
 419    * <li>double-click on a sequence - Amend/Delete a selected feature at the
 420    * position</li>
 421    * <li>Create sequence feature(s) from pop-up menu on selected region</li>
 422    * <li>Create features for pattern matches from Find</li>
 423    * </ul>
 424    * If the supplied feature type is null, show (and update on confirm) the type
 425    * and group of the last new feature created (with initial defaults of
 426    * "feature_1" and "Jalview").
 427    */
 428   public void showDialog()
 429   {
 430     Runnable okAction = forCreate ? getCreateAction() : getAmendAction();
 431     Runnable cancelAction = getCancelAction();
 432
 433     /*
 434      * set dialog action handlers for OK (create/Amend) and Cancel options
 435      * also for Delete if applicable (when amending features)
 436      */
 437     JvOptionPane dialog = JvOptionPane.newOptionDialog(ap.alignFrame)
 438             .setResponseHandler(0, okAction)
 439             .setResponseHandler(2, cancelAction);
 440     if (!forCreate)
 441     {
 442       dialog.setResponseHandler(1, getDeleteAction());
 443     }
 444
 445     String title = null;
 446     Object[] options = null;
 447     if (forCreate)
 448     {
 449       title = MessageManager
 450               .getString("label.create_new_sequence_features");
 451       options = new Object[] { MessageManager.getString("action.ok"),
 452           MessageManager.getString("action.cancel") };
 453     }
 454     else
 455     {
 456       title = MessageManager.formatMessage("label.amend_delete_features",
 457               new String[]
 458               { sequences.get(0).getName() });
 459       options = new Object[] { MessageManager.getString("label.amend"),
 460           MessageManager.getString("action.delete"),
 461           MessageManager.getString("action.cancel") };
 462     }
 463
 464     dialog.showInternalDialog(mainPanel, title,
 465             JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION, JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE,
 466             null, options, MessageManager.getString("action.ok"));
 467   }
 468
 469   /**
 470    * Answers an action to run on Cancel in the dialog. This is just to remove
 471    * any feature highlighting from the display. Changes in the dialog are not
 472    * applied until it is dismissed with OK, Amend or Delete, so there are no
 473    * updates to reset on Cancel.
 474    *
 475    * @return
 476    */
 477   protected Runnable getCancelAction()
 478   {
 479     Runnable okAction = new Runnable()
 480     {
 481       @Override
 482       public void run()
 483       {
 484         ap.highlightSearchResults(null);
 485         ap.paintAlignment(false, false);
 486       }
 487     };
 488     return okAction;
 489   }
 490
 491   /**
 492    * Returns the action to be run on OK in the dialog when creating one or more
 493    * sequence features. Note these may have a pre-supplied feature type (such as
 494    * a Find pattern), or none, in which case the feature type and group default
 495    * to those last added through this dialog. The action includes refreshing the
 496    * Feature Settings panel (if it is open), to show any new feature type, or
 497    * amended colour for an existing type.
 498    *
 499    * @return
 500    */
 501   protected Runnable getCreateAction()
 502   {
 503     Runnable okAction = new Runnable()
 504     {
 505       boolean useLastDefaults = features.get(0).getType() == null;
 506
 507       @Override
 508       public void run()
 509       {
 510         final String enteredType = name.getText().trim();
 511         final String enteredGroup = group.getText().trim();
 512         final String enteredDescription = description.getText()
 513                 .replaceAll("\n", " ");
 514         if (enteredType.length() > 0)
 515         {
 516           /*
 517            * update default values only if creating using default values
 518            */
 519           if (useLastDefaults)
 520           {
 521             lastFeatureAdded = enteredType;
 522             lastFeatureGroupAdded = enteredGroup;
 523             // TODO: determine if the null feature group is valid
 524             if (lastFeatureGroupAdded.length() < 1)
 525             {
 526               lastFeatureGroupAdded = null;
 527             }
 528           }
 529         }
 530
 531         if (enteredType.length() > 0)
 532         {
 533           for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 534           {
 535             SequenceFeature sf = features.get(i);
 536             SequenceFeature sf2 = new SequenceFeature(enteredType,
 537                     enteredDescription, sf.getBegin(), sf.getEnd(),
 538                     enteredGroup);
 539             new FeaturesFile().parseDescriptionHTML(sf2, false);
 540             sequences.get(i).addSequenceFeature(sf2);
 541           }
 542
 543           fr.setColour(enteredType, featureColour);
 544           fr.featuresAdded();
 545
 546           repaintPanel();
 547         }
 548       }
 549     };
 550     return okAction;
 551   }
 552
 553   /**
 554    * Answers the action to run on Delete in the dialog. Note this includes
 555    * refreshing the Feature Settings (if open) in case the only instance of a
 556    * feature type or group has been deleted.
 557    *
 558    * @return
 559    */
 560   protected Runnable getDeleteAction()
 561   {
 562     Runnable deleteAction = new Runnable()
 563     {
 564       @Override
 565       public void run()
 566       {
 567         SequenceFeature sf = features.get(featureIndex);
 568         sequences.get(0).getDatasetSequence().deleteFeature(sf);
 569         fr.featuresAdded();
 570         ap.getSeqPanel().seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 571         ap.paintAlignment(true, true);
 572       }
 573     };
 574     return deleteAction;
 575   }
 576
 577   /**
 578    * update the amend feature button dependent on the given style
 579    *
 580    * @param bigPanel
 581    * @param col
 582    * @param col
 583    */
 584   protected void updateColourButton(JPanel bigPanel, JLabel colour,
 585           FeatureColourI col)
 586   {
 587     colour.removeAll();
 588     colour.setIcon(null);
 589     colour.setText("");
 590
 591     if (col.isSimpleColour())
 592     {
 593       colour.setToolTipText(null);
 594       colour.setBackground(col.getColour());
 595     }
 596     else
 597     {
 598       colour.setBackground(bigPanel.getBackground());
 599       colour.setForeground(Color.black);
 600       colour.setToolTipText(FeatureSettings.getColorTooltip(col, false));
 601       FeatureSettings.renderGraduatedColor(colour, col);
 602     }
 603   }
 604
 605   /**
 606    * Show a warning message if the entered group is one that is currently hidden
 607    *
 608    * @param panel
 609    * @param group
 610    */
 611   protected void warnIfGroupHidden(JPanel panel, String group)
 612   {
 613     if (!fr.isGroupVisible(group))
 614     {
 615       String msg = MessageManager.formatMessage("label.warning_hidden",
 616               MessageManager.getString("label.group"), group);
 617       JvOptionPane.showMessageDialog(panel, msg, "",
 618               JvOptionPane.OK_OPTION);
 619     }
 620   }
 621
 622   /**
 623    * Show a warning message if the entered type is one that is currently hidden
 624    *
 625    * @param panel
 626    * @param type
 627    */
 628   protected void warnIfTypeHidden(JPanel panel, String type)
 629   {
 630     if (fr.getRenderOrder().contains(type))
 631     {
 632       if (!fr.showFeatureOfType(type))
 633       {
 634         String msg = MessageManager.formatMessage("label.warning_hidden",
 635                 MessageManager.getString("label.feature_type"), type);
 636         JvOptionPane.showMessageDialog(panel, msg, "",
 637                 JvOptionPane.OK_OPTION);
 638       }
 639     }
 640   }
 641
 642   /**
 643    * On closing the dialog - ensure feature display is turned on, to show any
 644    * new features - remove highlighting of the last selected feature - repaint
 645    * the panel to show any changes
 646    */
 647   protected void repaintPanel()
 648   {
 649     ap.alignFrame.showSeqFeatures.setSelected(true);
 650     ap.av.setShowSequenceFeatures(true);
 651     ap.av.setSearchResults(null);
 652     ap.paintAlignment(true, true);
 653   }
 654
 655   /**
 656    * Returns the action to be run on OK in the dialog when amending a feature.
 657    * Note this may include refreshing the Feature Settings panel (if it is
 658    * open), if feature type, group or colour has changed (but not for
 659    * description or extent).
 660    *
 661    * @return
 662    */
 663   protected Runnable getAmendAction()
 664   {
 665     Runnable okAction = new Runnable()
 666     {
 667       boolean useLastDefaults = features.get(0).getType() == null;
 668
 669       String featureType = name.getText();
 670
 671       String featureGroup = group.getText();
 672
 673       @Override
 674       public void run()
 675       {
 676         final String enteredType = name.getText().trim();
 677         final String enteredGroup = group.getText().trim();
 678         final String enteredDescription = description.getText()
 679                 .replaceAll("\n", " ");
 680         if (enteredType.length() > 0)
 681
 682         {
 683           /*
 684            * update default values only if creating using default values
 685            */
 686           if (useLastDefaults)
 687           {
 688             lastFeatureAdded = enteredType;
 689             lastFeatureGroupAdded = enteredGroup;
 690             // TODO: determine if the null feature group is valid
 691             if (lastFeatureGroupAdded.length() < 1)
 692             {
 693               lastFeatureGroupAdded = null;
 694             }
 695           }
 696         }
 697
 698         SequenceFeature sf = features.get(featureIndex);
 699
 700         /*
 701          * Need to refresh Feature Settings if type, group or colour changed;
 702          * note we don't force the feature to be visible - the user has been
 703          * warned if a hidden feature type or group was entered
 704          */
 705         boolean refreshSettings = (!featureType.equals(enteredType)
 706                 || !featureGroup.equals(enteredGroup));
 707         refreshSettings |= (featureColour != oldColour);
 708         fr.setColour(enteredType, featureColour);
 709         int newBegin = sf.begin;
 710         int newEnd = sf.end;
 711         try
 712         {
 713           newBegin = ((Integer) start.getValue()).intValue();
 714           newEnd = ((Integer) end.getValue()).intValue();
 715         } catch (NumberFormatException ex)
 716         {
 717           // JSpinner doesn't accept invalid format data :-)
 718         }
 719
 720         /*
 721          * 'amend' the feature by deleting it and adding a new one
 722          * (to ensure integrity of SequenceFeatures data store)
 723          * note this dialog only updates one sequence at a time
 724          */
 725         sequences.get(0).deleteFeature(sf);
 726         SequenceFeature newSf = new SequenceFeature(sf, enteredType,
 727                 newBegin, newEnd, enteredGroup, sf.getScore());
 728         newSf.setDescription(enteredDescription);
 729         new FeaturesFile().parseDescriptionHTML(newSf, false);
 730         sequences.get(0).addSequenceFeature(newSf);
 731
 732         if (refreshSettings)
 733         {
 734           fr.featuresAdded();
 735         }
 736         repaintPanel();
 737       }
 738     };
 739     return okAction;
 740   }
 741
 742 }