src/jalview/gui/FeatureRenderer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 \r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * DOCUMENT ME!\r
  30  *\r
  31  * @author $author$\r
  32  * @version $Revision$\r
  33  */\r
  34 public class FeatureRenderer\r
  35 {\r
  36     AlignViewport av;\r
  37     SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  38     SequenceGroup[] allGroups = null;\r
  39     Color resBoxColour;\r
  40     Graphics graphics;\r
  41 \r
  42     /**\r
  43      * Creates a new FeatureRenderer object.\r
  44      *\r
  45      * @param av DOCUMENT ME!\r
  46      */\r
  47     public FeatureRenderer(AlignViewport av)\r
  48     {\r
  49         this.av = av;\r
  50     }\r
  51 \r
  52     /**\r
  53      * DOCUMENT ME!\r
  54      *\r
  55      * @param g DOCUMENT ME!\r
  56      * @param seq DOCUMENT ME!\r
  57      * @param sg DOCUMENT ME!\r
  58      * @param start DOCUMENT ME!\r
  59      * @param end DOCUMENT ME!\r
  60      * @param x1 DOCUMENT ME!\r
  61      * @param y1 DOCUMENT ME!\r
  62      * @param width DOCUMENT ME!\r
  63      * @param height DOCUMENT ME!\r
  64      */\r
  65     public void drawSequence(Graphics g, SequenceI seq, SequenceGroup[] sg,\r
  66         int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
  67     {\r
  68         Vector features = seq.getSequenceFeatures();\r
  69         Enumeration e = features.elements();\r
  70 \r
  71         while (e.hasMoreElements())\r
  72         {\r
  73             SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
  74 \r
  75             if (sf.getStart() > seq.getEnd())\r
  76             {\r
  77                 continue;\r
  78             }\r
  79 \r
  80             int fstart = seq.findIndex(sf.getStart()) - 1;\r
  81             int fend = seq.findIndex(sf.getEnd()) - 1;\r
  82 \r
  83             if (((fstart <= end) && (fend >= start)))\r
  84             {\r
  85                 if (fstart < start)\r
  86                 { // fix for if the feature we have starts before the sequence start,\r
  87                     fstart = start; // but the feature end is still valid!!\r
  88                 }\r
  89 \r
  90                 if (fend >= end)\r
  91                 {\r
  92                     fend = end;\r
  93                 }\r
  94 \r
  95                 if (fstart == fend)\r
  96                 {\r
  97                     g.setColor(Color.red);\r
  98                     g.fillRoundRect((fstart - start) * width, y1, width,\r
  99                         height, 4, 4);\r
 100                     g.setColor(Color.white);\r
 101 \r
 102                     char s = seq.getSequence().charAt(fstart);\r
 103                     FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
 104                     int charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 105                     int pady = height / 5;\r
 106                     g.drawString(String.valueOf(s),\r
 107                         charOffset + x1 + (width * (fstart - start)),\r
 108                         (y1 + height) - pady);\r
 109                 }\r
 110                 else\r
 111                 {\r
 112                     for (int i = fstart; i <= fend; i++)\r
 113                     {\r
 114                         char s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 115 \r
 116                         if (jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 117                         {\r
 118                             continue;\r
 119                         }\r
 120 \r
 121                         g.setColor(Color.blue);\r
 122                         g.fillRect((i - start) * width, y1, width, height);\r
 123 \r
 124                         g.setColor(Color.white);\r
 125 \r
 126                         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
 127                         int charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 128                         int pady = height / 5;\r
 129                         g.drawString(String.valueOf(s),\r
 130                             charOffset + x1 + (width * (i - start)),\r
 131                             (y1 + height) - pady);\r
 132                     }\r
 133                 }\r
 134             }\r
 135         }\r
 136     }\r
 137 }\r