src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentSorter;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.commands.OrderCommand;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  28 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.gui.Help.HelpId;
  31 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  32 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  33 import jalview.schemes.GraduatedColor;
  34 import jalview.util.MessageManager;
  35 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  36 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  37
  38 import java.awt.BorderLayout;
  39 import java.awt.Color;
  40 import java.awt.Component;
  41 import java.awt.Font;
  42 import java.awt.Graphics;
  43 import java.awt.GridLayout;
  44 import java.awt.Rectangle;
  45 import java.awt.event.ActionEvent;
  46 import java.awt.event.ActionListener;
  47 import java.awt.event.ItemEvent;
  48 import java.awt.event.ItemListener;
  49 import java.awt.event.MouseAdapter;
  50 import java.awt.event.MouseEvent;
  51 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  52 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  53 import java.beans.PropertyChangeListener;
  54 import java.io.File;
  55 import java.io.FileInputStream;
  56 import java.io.FileOutputStream;
  57 import java.io.InputStreamReader;
  58 import java.io.OutputStreamWriter;
  59 import java.io.PrintWriter;
  60 import java.util.ArrayList;
  61 import java.util.Hashtable;
  62 import java.util.Iterator;
  63 import java.util.List;
  64 import java.util.Vector;
  65
  66 import javax.help.HelpSetException;
  67 import javax.swing.AbstractCellEditor;
  68 import javax.swing.BorderFactory;
  69 import javax.swing.Icon;
  70 import javax.swing.JButton;
  71 import javax.swing.JCheckBox;
  72 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  73 import javax.swing.JColorChooser;
  74 import javax.swing.JDialog;
  75 import javax.swing.JInternalFrame;
  76 import javax.swing.JLabel;
  77 import javax.swing.JLayeredPane;
  78 import javax.swing.JMenuItem;
  79 import javax.swing.JOptionPane;
  80 import javax.swing.JPanel;
  81 import javax.swing.JPopupMenu;
  82 import javax.swing.JScrollPane;
  83 import javax.swing.JSlider;
  84 import javax.swing.JTabbedPane;
  85 import javax.swing.JTable;
  86 import javax.swing.ListSelectionModel;
  87 import javax.swing.SwingConstants;
  88 import javax.swing.SwingUtilities;
  89 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  90 import javax.swing.event.ChangeListener;
  91 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  92 import javax.swing.table.TableCellEditor;
  93 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
  94
  95 public class FeatureSettings extends JPanel
  96 {
  97   DasSourceBrowser dassourceBrowser;
  98
  99   jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher dasFeatureFetcher;
 100
 101   JPanel settingsPane = new JPanel();
 102
 103   JPanel dasSettingsPane = new JPanel();
 104
 105   final FeatureRenderer fr;
 106
 107   public final AlignFrame af;
 108
 109   Object[][] originalData;
 110
 111   final JInternalFrame frame;
 112
 113   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 114
 115   JTable table;
 116
 117   JPanel groupPanel;
 118
 119   JSlider transparency = new JSlider();
 120
 121   JPanel transPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
 122
 123   public FeatureSettings(AlignFrame af)
 124   {
 125     this.af = af;
 126     fr = af.getFeatureRenderer();
 127
 128     transparency.setMaximum(100 - (int) (fr.transparency * 100));
 129
 130     try
 131     {
 132       jbInit();
 133     } catch (Exception ex)
 134     {
 135       ex.printStackTrace();
 136     }
 137
 138     table = new JTable() {
 139       @Override
 140       public String getToolTipText(MouseEvent e) {
 141         if (table.columnAtPoint(e.getPoint()) == 0) {
 142           /*
 143            * Tooltip for feature name only
 144            */
 145           return JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 146                 MessageManager.getString("label.feature_settings_click_drag"));
 147         }
 148         return null;
 149       }
 150     };
 151     table.getTableHeader().setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 152     table.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 153     table.setDefaultRenderer(Color.class, new ColorRenderer());
 154
 155     table.setDefaultEditor(Color.class, new ColorEditor(this));
 156
 157     table.setDefaultEditor(GraduatedColor.class, new ColorEditor(this));
 158     table.setDefaultRenderer(GraduatedColor.class, new ColorRenderer());
 159     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 160
 161     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
 162     {
 163       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 164       {
 165         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 166         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 167         {
 168           popupSort(selectedRow, (String) table.getValueAt(selectedRow, 0),
 169                   table.getValueAt(selectedRow, 1), fr.minmax, evt.getX(),
 170                   evt.getY());
 171         }
 172         else if (evt.getClickCount() == 2)
 173         {
 174           fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 175                   evt.isAltDown(), evt.isShiftDown() || evt.isMetaDown(),
 176                   evt.isMetaDown(),
 177                   (String) table.getValueAt(selectedRow, 0));
 178         }
 179       }
 180
 181       // isPopupTrigger fires on mouseReleased on Mac
 182       @Override
 183       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 184       {
 185         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 186         if (evt.isPopupTrigger())
 187         {
 188           popupSort(selectedRow, (String) table.getValueAt(selectedRow, 0),
 189                   table.getValueAt(selectedRow, 1), fr.minmax, evt.getX(),
 190                   evt.getY());
 191         }
 192       }
 193     });
 194
 195     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 196     {
 197       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 198       {
 199         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 200         if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
 201         {
 202           Object[] temp = new Object[3];
 203           temp[0] = table.getValueAt(selectedRow, 0);
 204           temp[1] = table.getValueAt(selectedRow, 1);
 205           temp[2] = table.getValueAt(selectedRow, 2);
 206
 207           table.setValueAt(table.getValueAt(newRow, 0), selectedRow, 0);
 208           table.setValueAt(table.getValueAt(newRow, 1), selectedRow, 1);
 209           table.setValueAt(table.getValueAt(newRow, 2), selectedRow, 2);
 210
 211           table.setValueAt(temp[0], newRow, 0);
 212           table.setValueAt(temp[1], newRow, 1);
 213           table.setValueAt(temp[2], newRow, 2);
 214
 215           selectedRow = newRow;
 216         }
 217       }
 218     });
 219 //    table.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 220 //            MessageManager.getString("label.feature_settings_click_drag")));
 221     scrollPane.setViewportView(table);
 222
 223     dassourceBrowser = new DasSourceBrowser(this);
 224     dasSettingsPane.add(dassourceBrowser, BorderLayout.CENTER);
 225
 226     if (af.getViewport().featuresDisplayed == null
 227             || fr.renderOrder == null)
 228     {
 229       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 230     }
 231
 232     setTableData();
 233     final PropertyChangeListener change;
 234     final FeatureSettings fs = this;
 235     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 236     {
 237       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 238       {
 239         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 240         {
 241           fs.handlingUpdate = true;
 242           fs.resetTable(null); // new groups may be added with new seuqence
 243           // feature types only
 244           fs.handlingUpdate = false;
 245         }
 246       }
 247
 248     });
 249
 250     frame = new JInternalFrame();
 251     frame.setContentPane(this);
 252     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 253     {
 254       Desktop.addInternalFrame(frame,
 255               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 256               475, 480);
 257     }
 258     else
 259     {
 260       Desktop.addInternalFrame(frame,
 261               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 262               400, 450);
 263     }
 264
 265     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 266     {
 267       public void internalFrameClosed(
 268               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 269       {
 270         fr.removePropertyChangeListener(change);
 271         dassourceBrowser.fs = null;
 272       };
 273     });
 274     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 275   }
 276
 277   protected void popupSort(final int selectedRow, final String type,
 278           final Object typeCol, final Hashtable minmax, int x, int y)
 279   {
 280     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager.formatMessage(
 281             "label.settings_for_param", new String[]
 282             { type }));
 283     JMenuItem scr = new JMenuItem(
 284             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 285     men.add(scr);
 286     final FeatureSettings me = this;
 287     scr.addActionListener(new ActionListener()
 288     {
 289
 290       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 291       {
 292         me.sortByScore(new String[]
 293         { type });
 294       }
 295
 296     });
 297     JMenuItem dens = new JMenuItem(
 298             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 299     dens.addActionListener(new ActionListener()
 300     {
 301
 302       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 303       {
 304         me.sortByDens(new String[]
 305         { type });
 306       }
 307
 308     });
 309     men.add(dens);
 310     if (minmax != null)
 311     {
 312       final Object typeMinMax = minmax.get(type);
 313       /*
 314        * final JCheckBoxMenuItem chb = new JCheckBoxMenuItem("Vary Height"); //
 315        * this is broken at the moment and isn't that useful anyway!
 316        * chb.setSelected(minmax.get(type) != null); chb.addActionListener(new
 317        * ActionListener() {
 318        *
 319        * public void actionPerformed(ActionEvent e) {
 320        * chb.setState(chb.getState()); if (chb.getState()) { minmax.put(type,
 321        * null); } else { minmax.put(type, typeMinMax); } }
 322        *
 323        * });
 324        *
 325        * men.add(chb);
 326        */
 327       if (typeMinMax != null && ((float[][]) typeMinMax)[0] != null)
 328       {
 329         // if (table.getValueAt(row, column));
 330         // graduated colourschemes for those where minmax exists for the
 331         // positional features
 332         final JCheckBoxMenuItem mxcol = new JCheckBoxMenuItem(
 333                 "Graduated Colour");
 334         mxcol.setSelected(!(typeCol instanceof Color));
 335         men.add(mxcol);
 336         mxcol.addActionListener(new ActionListener()
 337         {
 338           JColorChooser colorChooser;
 339
 340           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 341           {
 342             if (e.getSource() == mxcol)
 343             {
 344               if (typeCol instanceof Color)
 345               {
 346                 FeatureColourChooser fc = new FeatureColourChooser(me.fr,
 347                         type);
 348                 fc.addActionListener(this);
 349               }
 350               else
 351               {
 352                 // bring up simple color chooser
 353                 colorChooser = new JColorChooser();
 354                 JDialog dialog = JColorChooser.createDialog(me,
 355                         "Select new Colour", true, // modal
 356                         colorChooser, this, // OK button handler
 357                         null); // no CANCEL button handler
 358                 colorChooser.setColor(((GraduatedColor) typeCol)
 359                         .getMaxColor());
 360                 dialog.setVisible(true);
 361               }
 362             }
 363             else
 364             {
 365               if (e.getSource() instanceof FeatureColourChooser)
 366               {
 367                 FeatureColourChooser fc = (FeatureColourChooser) e
 368                         .getSource();
 369                 table.setValueAt(fc.getLastColour(), selectedRow, 1);
 370                 table.validate();
 371               }
 372               else
 373               {
 374                 // probably the color chooser!
 375                 table.setValueAt(colorChooser.getColor(), selectedRow, 1);
 376                 table.validate();
 377                 me.updateFeatureRenderer(
 378                         ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData(),
 379                         false);
 380               }
 381             }
 382           }
 383
 384         });
 385       }
 386     }
 387     JMenuItem selCols = new JMenuItem(
 388             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 389     selCols.addActionListener(new ActionListener()
 390     {
 391
 392       @Override
 393       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 394       {
 395         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 396                 false, type);
 397       }
 398     });
 399     JMenuItem clearCols = new JMenuItem(
 400             MessageManager.getString("label.select_columns_not_containing"));
 401     clearCols.addActionListener(new ActionListener()
 402     {
 403
 404       @Override
 405       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 406       {
 407         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 408                 false, type);
 409       }
 410     });
 411     men.add(selCols);
 412     men.add(clearCols);
 413     men.show(table, x, y);
 414   }
 415
 416   /**
 417    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 418    */
 419   private boolean handlingUpdate = false;
 420
 421   /**
 422    * contains a float[3] for each feature type string. created by setTableData
 423    */
 424   Hashtable typeWidth = null;
 425
 426   synchronized public void setTableData()
 427   {
 428     if (fr.featureGroups == null)
 429     {
 430       fr.featureGroups = new Hashtable();
 431     }
 432     Vector allFeatures = new Vector();
 433     Vector allGroups = new Vector();
 434     SequenceFeature[] tmpfeatures;
 435     String group;
 436     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 437     {
 438       if (af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i)
 439               .getDatasetSequence().getSequenceFeatures() == null)
 440       {
 441         continue;
 442       }
 443
 444       tmpfeatures = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i)
 445               .getDatasetSequence().getSequenceFeatures();
 446
 447       int index = 0;
 448       while (index < tmpfeatures.length)
 449       {
 450         if (tmpfeatures[index].begin == 0 && tmpfeatures[index].end == 0)
 451         {
 452           index++;
 453           continue;
 454         }
 455
 456         if (tmpfeatures[index].getFeatureGroup() != null)
 457         {
 458           group = tmpfeatures[index].featureGroup;
 459           if (!allGroups.contains(group))
 460           {
 461             allGroups.addElement(group);
 462             if (group != null)
 463             {
 464               checkGroupState(group);
 465             }
 466           }
 467         }
 468
 469         if (!allFeatures.contains(tmpfeatures[index].getType()))
 470         {
 471           allFeatures.addElement(tmpfeatures[index].getType());
 472         }
 473         index++;
 474       }
 475     }
 476
 477     resetTable(null);
 478
 479     validate();
 480   }
 481
 482   /**
 483    *
 484    * @param group
 485    * @return true if group has been seen before and is already added to set.
 486    */
 487   private boolean checkGroupState(String group)
 488   {
 489     boolean visible;
 490     if (fr.featureGroups.containsKey(group))
 491     {
 492       visible = ((Boolean) fr.featureGroups.get(group)).booleanValue();
 493     }
 494     else
 495     {
 496       visible = true; // new group is always made visible
 497     }
 498
 499     if (groupPanel == null)
 500     {
 501       groupPanel = new JPanel();
 502     }
 503
 504     boolean alreadyAdded = false;
 505     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 506     {
 507       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 508       {
 509         alreadyAdded = true;
 510         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 511         break;
 512       }
 513     }
 514
 515     if (alreadyAdded)
 516     {
 517
 518       return true;
 519     }
 520
 521     fr.featureGroups.put(group, new Boolean(visible));
 522     final String grp = group;
 523     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 524     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 525     check.addItemListener(new ItemListener()
 526     {
 527       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 528       {
 529         fr.featureGroups.put(check.getText(),
 530                 new Boolean(check.isSelected()));
 531         af.alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 532         if (af.alignPanel.overviewPanel != null)
 533         {
 534           af.alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
 535         }
 536
 537         resetTable(new String[]
 538         { grp });
 539       }
 540     });
 541     groupPanel.add(check);
 542     return false;
 543   }
 544
 545   boolean resettingTable = false;
 546
 547   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 548   {
 549     if (resettingTable == true)
 550     {
 551       return;
 552     }
 553     resettingTable = true;
 554     typeWidth = new Hashtable();
 555     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 556     // rather than float
 557     float[] avWidth = null;
 558     SequenceFeature[] tmpfeatures;
 559     String group = null, type;
 560     Vector visibleChecks = new Vector();
 561
 562     // Find out which features should be visible depending on which groups
 563     // are selected / deselected
 564     // and recompute average width ordering
 565     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 566     {
 567
 568       tmpfeatures = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i)
 569               .getDatasetSequence().getSequenceFeatures();
 570       if (tmpfeatures == null)
 571       {
 572         continue;
 573       }
 574
 575       int index = 0;
 576       while (index < tmpfeatures.length)
 577       {
 578         group = tmpfeatures[index].featureGroup;
 579
 580         if (tmpfeatures[index].begin == 0 && tmpfeatures[index].end == 0)
 581         {
 582           index++;
 583           continue;
 584         }
 585
 586         if (group == null || fr.featureGroups.get(group) == null
 587                 || ((Boolean) fr.featureGroups.get(group)).booleanValue())
 588         {
 589           if (group != null)
 590           {
 591             checkGroupState(group);
 592           }
 593           type = tmpfeatures[index].getType();
 594           if (!visibleChecks.contains(type))
 595           {
 596             visibleChecks.addElement(type);
 597           }
 598         }
 599         if (!typeWidth.containsKey(tmpfeatures[index].getType()))
 600         {
 601           typeWidth.put(tmpfeatures[index].getType(),
 602                   avWidth = new float[3]);
 603         }
 604         else
 605         {
 606           avWidth = (float[]) typeWidth.get(tmpfeatures[index].getType());
 607         }
 608         avWidth[0]++;
 609         if (tmpfeatures[index].getBegin() > tmpfeatures[index].getEnd())
 610         {
 611           avWidth[1] += 1 + tmpfeatures[index].getBegin()
 612                   - tmpfeatures[index].getEnd();
 613         }
 614         else
 615         {
 616           avWidth[1] += 1 + tmpfeatures[index].getEnd()
 617                   - tmpfeatures[index].getBegin();
 618         }
 619         index++;
 620       }
 621     }
 622
 623     int fSize = visibleChecks.size();
 624     Object[][] data = new Object[fSize][3];
 625     int dataIndex = 0;
 626
 627     if (fr.renderOrder != null)
 628     {
 629       if (!handlingUpdate)
 630        {
 631         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 632       }
 633       // colourschemes. but don't
 634       // affect display
 635       // First add the checks in the previous render order,
 636       // in case the window has been closed and reopened
 637       for (int ro = fr.renderOrder.length - 1; ro > -1; ro--)
 638       {
 639         type = fr.renderOrder[ro];
 640
 641         if (!visibleChecks.contains(type))
 642         {
 643           continue;
 644         }
 645
 646         data[dataIndex][0] = type;
 647         data[dataIndex][1] = fr.getFeatureStyle(type);
 648         data[dataIndex][2] = new Boolean(
 649                 af.getViewport().featuresDisplayed.containsKey(type));
 650         dataIndex++;
 651         visibleChecks.removeElement(type);
 652       }
 653     }
 654
 655     fSize = visibleChecks.size();
 656     for (int i = 0; i < fSize; i++)
 657     {
 658       // These must be extra features belonging to the group
 659       // which was just selected
 660       type = visibleChecks.elementAt(i).toString();
 661       data[dataIndex][0] = type;
 662
 663       data[dataIndex][1] = fr.getFeatureStyle(type);
 664       if (data[dataIndex][1] == null)
 665       {
 666         // "Colour has been updated in another view!!"
 667         fr.renderOrder = null;
 668         return;
 669       }
 670
 671       data[dataIndex][2] = new Boolean(true);
 672       dataIndex++;
 673     }
 674
 675     if (originalData == null)
 676     {
 677       originalData = new Object[data.length][3];
 678       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 679       {
 680         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, 3);
 681       }
 682     }
 683
 684     table.setModel(new FeatureTableModel(data));
 685     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 686
 687     if (groupPanel != null)
 688     {
 689       groupPanel.setLayout(new GridLayout(fr.featureGroups.size() / 4 + 1,
 690               4));
 691
 692       groupPanel.validate();
 693       bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
 694     }
 695
 696     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 697     resettingTable = false;
 698   }
 699
 700   /**
 701    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 702    *
 703    * @param data
 704    */
 705   private void ensureOrder(Object[][] data)
 706   {
 707     boolean sort = false;
 708     float[] order = new float[data.length];
 709     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 710     {
 711       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 712       if (order[i] < 0)
 713       {
 714         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 715       }
 716       if (i > 1)
 717       {
 718         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 719       }
 720     }
 721     if (sort)
 722     {
 723       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 724     }
 725   }
 726
 727   void load()
 728   {
 729     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 730             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 731             { "fc" }, new String[]
 732             { "Sequence Feature Colours" }, "Sequence Feature Colours");
 733     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 734     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.load_feature_colours"));
 735     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 736
 737     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 738
 739     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 740     {
 741       File file = chooser.getSelectedFile();
 742
 743       try
 744       {
 745         InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(
 746                 file), "UTF-8");
 747
 748         jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours jucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 749         jucs = jucs
 750                 .unmarshal(in);
 751
 752         for (int i = jucs.getColourCount() - 1; i >= 0; i--)
 753         {
 754           String name;
 755           jalview.schemabinding.version2.Colour newcol = jucs.getColour(i);
 756           if (newcol.hasMax())
 757           {
 758             Color mincol = null, maxcol = null;
 759             try
 760             {
 761               mincol = new Color(Integer.parseInt(newcol.getMinRGB(), 16));
 762               maxcol = new Color(Integer.parseInt(newcol.getRGB(), 16));
 763
 764             } catch (Exception e)
 765             {
 766               Cache.log.warn("Couldn't parse out graduated feature color.",
 767                       e);
 768             }
 769             GraduatedColor gcol = new GraduatedColor(mincol, maxcol,
 770                     newcol.getMin(), newcol.getMax());
 771             if (newcol.hasAutoScale())
 772             {
 773               gcol.setAutoScaled(newcol.getAutoScale());
 774             }
 775             if (newcol.hasColourByLabel())
 776             {
 777               gcol.setColourByLabel(newcol.getColourByLabel());
 778             }
 779             if (newcol.hasThreshold())
 780             {
 781               gcol.setThresh(newcol.getThreshold());
 782               gcol.setThreshType(AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD); // default
 783             }
 784             if (newcol.getThreshType().length() > 0)
 785             {
 786               String ttyp = newcol.getThreshType();
 787               if (ttyp.equalsIgnoreCase("NONE"))
 788               {
 789                 gcol.setThreshType(AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD);
 790               }
 791               if (ttyp.equalsIgnoreCase("ABOVE"))
 792               {
 793                 gcol.setThreshType(AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 794               }
 795               if (ttyp.equalsIgnoreCase("BELOW"))
 796               {
 797                 gcol.setThreshType(AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 798               }
 799             }
 800             fr.setColour(name = newcol.getName(), gcol);
 801           }
 802           else
 803           {
 804             fr.setColour(name = jucs.getColour(i).getName(), new Color(
 805                     Integer.parseInt(jucs.getColour(i).getRGB(), 16)));
 806           }
 807           fr.setOrder(name, (i == 0) ? 0 : i / jucs.getColourCount());
 808         }
 809         if (table != null)
 810         {
 811           resetTable(null);
 812           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 813                   .getData();
 814           ensureOrder(data);
 815           updateFeatureRenderer(data, false);
 816           table.repaint();
 817         }
 818       } catch (Exception ex)
 819       {
 820         System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
 821       }
 822     }
 823   }
 824
 825   void save()
 826   {
 827     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 828             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 829             { "fc" }, new String[]
 830             { "Sequence Feature Colours" }, "Sequence Feature Colours");
 831     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 832     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_feature_colours"));
 833     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 834
 835     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 836
 837     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 838     {
 839       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 840       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours ucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 841       ucs.setSchemeName("Sequence Features");
 842       try
 843       {
 844         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 845                 new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));
 846
 847         Iterator e = fr.featureColours.keySet().iterator();
 848         float[] sortOrder = new float[fr.featureColours.size()];
 849         String[] sortTypes = new String[fr.featureColours.size()];
 850         int i = 0;
 851         while (e.hasNext())
 852         {
 853           sortTypes[i] = e.next().toString();
 854           sortOrder[i] = fr.getOrder(sortTypes[i]);
 855           i++;
 856         }
 857         jalview.util.QuickSort.sort(sortOrder, sortTypes);
 858         sortOrder = null;
 859         Object fcol;
 860         GraduatedColor gcol;
 861         for (i = 0; i < sortTypes.length; i++)
 862         {
 863           jalview.schemabinding.version2.Colour col = new jalview.schemabinding.version2.Colour();
 864           col.setName(sortTypes[i]);
 865           col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(fr.getColour(col
 866                   .getName())));
 867           fcol = fr.getFeatureStyle(sortTypes[i]);
 868           if (fcol instanceof GraduatedColor)
 869           {
 870             gcol = (GraduatedColor) fcol;
 871             col.setMin(gcol.getMin());
 872             col.setMax(gcol.getMax());
 873             col.setMinRGB(jalview.util.Format.getHexString(gcol
 874                     .getMinColor()));
 875             col.setAutoScale(gcol.isAutoScale());
 876             col.setThreshold(gcol.getThresh());
 877             col.setColourByLabel(gcol.isColourByLabel());
 878             switch (gcol.getThreshType())
 879             {
 880             case AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD:
 881               col.setThreshType("NONE");
 882               break;
 883             case AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD:
 884               col.setThreshType("ABOVE");
 885               break;
 886             case AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD:
 887               col.setThreshType("BELOW");
 888               break;
 889             }
 890           }
 891           ucs.addColour(col);
 892         }
 893         ucs.marshal(out);
 894         out.close();
 895       } catch (Exception ex)
 896       {
 897         ex.printStackTrace();
 898       }
 899     }
 900   }
 901
 902   public void invertSelection()
 903   {
 904     for (int i = 0; i < table.getRowCount(); i++)
 905     {
 906       Boolean value = (Boolean) table.getValueAt(i, 2);
 907
 908       table.setValueAt(new Boolean(!value.booleanValue()), i, 2);
 909     }
 910   }
 911
 912   public void orderByAvWidth()
 913   {
 914     if (table == null || table.getModel() == null)
 915     {
 916       return;
 917     }
 918     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
 919     float[] width = new float[data.length];
 920     float[] awidth;
 921     float max = 0;
 922     int num = 0;
 923     for (int i = 0; i < data.length; i++)
 924     {
 925       awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
 926       if (awidth[0] > 0)
 927       {
 928         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
 929         // weight - but have to make per
 930         // sequence, too (awidth[2])
 931         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
 932         num++;
 933       }
 934       else
 935       {
 936         width[i] = 0;
 937       }
 938       if (max < width[i])
 939       {
 940         max = width[i];
 941       }
 942     }
 943     boolean sort = false;
 944     for (int i = 0; i < width.length; i++)
 945     {
 946       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
 947       if (width[i] == 0)
 948       {
 949         width[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 950         if (width[i] < 0)
 951         {
 952           width[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / data.length);
 953         }
 954       }
 955       else
 956       {
 957         width[i] /= max; // normalize
 958         fr.setOrder(data[i][0].toString(), width[i]); // store for later
 959       }
 960       if (i > 0)
 961       {
 962         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
 963       }
 964     }
 965     if (sort)
 966      {
 967       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
 968     // update global priority order
 969     }
 970
 971     updateFeatureRenderer(data, false);
 972     table.repaint();
 973   }
 974
 975   public void close()
 976   {
 977     try
 978     {
 979       frame.setClosed(true);
 980     } catch (Exception exe)
 981     {
 982     }
 983
 984   }
 985
 986   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
 987   {
 988     updateFeatureRenderer(data, true);
 989   }
 990
 991   private void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
 992   {
 993     fr.setFeaturePriority(data, visibleNew);
 994     af.alignPanel.paintAlignment(true);
 995   }
 996
 997   int selectedRow = -1;
 998
 999   JTabbedPane tabbedPane = new JTabbedPane();
1000
1001   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
1002
1003   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
1004
1005   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
1006
1007   JPanel bigPanel = new JPanel();
1008
1009   BorderLayout borderLayout4 = new BorderLayout();
1010
1011   JButton invert = new JButton();
1012
1013   JPanel buttonPanel = new JPanel();
1014
1015   JButton cancel = new JButton();
1016
1017   JButton ok = new JButton();
1018
1019   JButton loadColours = new JButton();
1020
1021   JButton saveColours = new JButton();
1022
1023   JPanel dasButtonPanel = new JPanel();
1024
1025   JButton fetchDAS = new JButton();
1026
1027   JButton saveDAS = new JButton();
1028
1029   JButton cancelDAS = new JButton();
1030
1031   JButton optimizeOrder = new JButton();
1032
1033   JButton sortByScore = new JButton();
1034
1035   JButton sortByDens = new JButton();
1036
1037   JButton help = new JButton();
1038
1039   JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
1040
1041   private void jbInit() throws Exception
1042   {
1043     this.setLayout(borderLayout1);
1044     settingsPane.setLayout(borderLayout2);
1045     dasSettingsPane.setLayout(borderLayout3);
1046     bigPanel.setLayout(borderLayout4);
1047     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1048     invert.setText(MessageManager.getString("label.invert_selection"));
1049     invert.addActionListener(new ActionListener()
1050     {
1051       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1052       {
1053         invertSelection();
1054       }
1055     });
1056     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1057     optimizeOrder.setText(MessageManager.getString("label.optimise_order"));
1058     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
1059     {
1060       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1061       {
1062         orderByAvWidth();
1063       }
1064     });
1065     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1066     sortByScore
1067             .setText(MessageManager.getString("label.seq_sort_by_score"));
1068     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
1069     {
1070       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1071       {
1072         sortByScore(null);
1073       }
1074     });
1075     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1076     sortByDens.setText(MessageManager
1077             .getString("label.sequence_sort_by_density"));
1078     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
1079     {
1080       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1081       {
1082         sortByDens(null);
1083       }
1084     });
1085     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1086     help.setText(MessageManager.getString("action.help"));
1087     help.addActionListener(new ActionListener()
1088     {
1089       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1090       {
1091         try
1092         {
1093           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1094         } catch (HelpSetException e1)
1095         {
1096           e1.printStackTrace();
1097         }
1098       }
1099     });
1100     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1101     cancel.setText(MessageManager.getString("action.cancel"));
1102     cancel.addActionListener(new ActionListener()
1103     {
1104       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1105       {
1106         updateFeatureRenderer(originalData);
1107         close();
1108       }
1109     });
1110     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1111     ok.setText(MessageManager.getString("action.ok"));
1112     ok.addActionListener(new ActionListener()
1113     {
1114       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1115       {
1116         close();
1117       }
1118     });
1119     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1120     loadColours.setText(MessageManager.getString("label.load_colours"));
1121     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
1122     {
1123       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1124       {
1125         load();
1126       }
1127     });
1128     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1129     saveColours.setText(MessageManager.getString("label.save_colours"));
1130     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
1131     {
1132       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1133       {
1134         save();
1135       }
1136     });
1137     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
1138     {
1139       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
1140       {
1141         fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
1142         af.alignPanel.paintAlignment(true);
1143       }
1144     });
1145
1146     transparency.setMaximum(70);
1147     transparency.setToolTipText(MessageManager
1148             .getString("label.transparency_tip"));
1149     fetchDAS.setText(MessageManager.getString("label.fetch_das_features"));
1150     fetchDAS.addActionListener(new ActionListener()
1151     {
1152       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1153       {
1154         fetchDAS_actionPerformed(e);
1155       }
1156     });
1157     saveDAS.setText(MessageManager.getString("action.save_as_default"));
1158     saveDAS.addActionListener(new ActionListener()
1159     {
1160       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1161       {
1162         saveDAS_actionPerformed(e);
1163       }
1164     });
1165     dasButtonPanel.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());
1166     dasSettingsPane.setBorder(null);
1167     cancelDAS.setEnabled(false);
1168     cancelDAS.setText(MessageManager.getString("action.cancel_fetch"));
1169     cancelDAS.addActionListener(new ActionListener()
1170     {
1171       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1172       {
1173         cancelDAS_actionPerformed(e);
1174       }
1175     });
1176     this.add(tabbedPane, java.awt.BorderLayout.CENTER);
1177     tabbedPane.addTab(MessageManager.getString("label.feature_settings"), settingsPane);
1178     tabbedPane.addTab(MessageManager.getString("label.das_settings"), dasSettingsPane);
1179     bigPanel.add(transPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
1180     transbuttons.add(optimizeOrder);
1181     transbuttons.add(invert);
1182     transbuttons.add(sortByScore);
1183     transbuttons.add(sortByDens);
1184     transbuttons.add(help);
1185     JPanel sliderPanel = new JPanel();
1186     sliderPanel.add(transparency);
1187     transPanel.add(transparency);
1188     transPanel.add(transbuttons);
1189     buttonPanel.add(ok);
1190     buttonPanel.add(cancel);
1191     buttonPanel.add(loadColours);
1192     buttonPanel.add(saveColours);
1193     bigPanel.add(scrollPane, java.awt.BorderLayout.CENTER);
1194     dasSettingsPane.add(dasButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
1195     dasButtonPanel.add(fetchDAS);
1196     dasButtonPanel.add(cancelDAS);
1197     dasButtonPanel.add(saveDAS);
1198     settingsPane.add(bigPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
1199     settingsPane.add(buttonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
1200   }
1201
1202   protected void sortByDens(String[] typ)
1203   {
1204     sortBy(typ, "Sort by Density", AlignmentSorter.FEATURE_DENSITY);
1205   }
1206
1207   protected void sortBy(String[] typ, String methodText, final String method)
1208   {
1209     if (typ == null)
1210     {
1211       typ = getDisplayedFeatureTypes();
1212     }
1213     String gps[] = null;
1214     gps = getDisplayedFeatureGroups();
1215     if (typ != null)
1216     {
1217       ArrayList types = new ArrayList();
1218       for (int i = 0; i < typ.length; i++)
1219       {
1220         if (typ[i] != null)
1221         {
1222           types.add(typ[i]);
1223         }
1224         typ = new String[types.size()];
1225         types.toArray(typ);
1226       }
1227     }
1228     if (gps != null)
1229     {
1230       ArrayList grps = new ArrayList();
1231
1232       for (int i = 0; i < gps.length; i++)
1233       {
1234         if (gps[i] != null)
1235         {
1236           grps.add(gps[i]);
1237         }
1238       }
1239       gps = new String[grps.size()];
1240       grps.toArray(gps);
1241     }
1242     AlignmentPanel alignPanel = af.alignPanel;
1243     AlignmentI al = alignPanel.av.getAlignment();
1244
1245     int start, stop;
1246     SequenceGroup sg = alignPanel.av.getSelectionGroup();
1247     if (sg != null)
1248     {
1249       start = sg.getStartRes();
1250       stop = sg.getEndRes();
1251     }
1252     else
1253     {
1254       start = 0;
1255       stop = al.getWidth();
1256     }
1257     SequenceI[] oldOrder = al.getSequencesArray();
1258     AlignmentSorter.sortByFeature(typ, gps, start, stop, al, method);
1259     af.addHistoryItem(new OrderCommand(methodText, oldOrder, alignPanel.av
1260             .getAlignment()));
1261     alignPanel.paintAlignment(true);
1262
1263   }
1264
1265   protected void sortByScore(String[] typ)
1266   {
1267     sortBy(typ, "Sort by Feature Score", AlignmentSorter.FEATURE_SCORE);
1268   }
1269
1270   private String[] getDisplayedFeatureTypes()
1271   {
1272     String[] typ = null;
1273     if (fr != null)
1274     {
1275       synchronized (fr.renderOrder)
1276       {
1277         typ = new String[fr.renderOrder.length];
1278         System.arraycopy(fr.renderOrder, 0, typ, 0, typ.length);
1279         for (int i = 0; i < typ.length; i++)
1280         {
1281           if (af.viewport.featuresDisplayed.get(typ[i]) == null)
1282           {
1283             typ[i] = null;
1284           }
1285         }
1286       }
1287     }
1288     return typ;
1289   }
1290
1291   private String[] getDisplayedFeatureGroups()
1292   {
1293     String[] gps = null;
1294     ArrayList<String> _gps = new ArrayList<String>();
1295     if (fr != null)
1296     {
1297
1298       if (fr.featureGroups != null)
1299       {
1300         Iterator en = fr.featureGroups.keySet().iterator();
1301         int g = 0;
1302         boolean valid = false;
1303         while (en.hasNext())
1304         {
1305           String gp = (String) en.next();
1306           Boolean on = (Boolean) fr.featureGroups.get(gp);
1307           if (on != null && on.booleanValue())
1308           {
1309             valid = true;
1310             _gps.add(gp);
1311           }
1312         }
1313         if (!valid)
1314         {
1315           return null;
1316         }
1317         else
1318         {
1319           gps = new String[_gps.size()];
1320           _gps.toArray(gps);
1321         }
1322       }
1323     }
1324     return gps;
1325   }
1326
1327   public void fetchDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1328   {
1329     fetchDAS.setEnabled(false);
1330     cancelDAS.setEnabled(true);
1331     dassourceBrowser.setGuiEnabled(false);
1332     Vector selectedSources = dassourceBrowser.getSelectedSources();
1333     doDasFeatureFetch(selectedSources, true, true);
1334   }
1335
1336   /**
1337    * get the features from selectedSources for all or the current selection
1338    *
1339    * @param selectedSources
1340    * @param checkDbRefs
1341    * @param promptFetchDbRefs
1342    */
1343   private void doDasFeatureFetch(List<jalviewSourceI> selectedSources,
1344           boolean checkDbRefs, boolean promptFetchDbRefs)
1345   {
1346     SequenceI[] dataset, seqs;
1347     int iSize;
1348     AlignmentViewport vp = af.getViewport();
1349     if (vp.getSelectionGroup() != null
1350             && vp.getSelectionGroup().getSize() > 0)
1351     {
1352       iSize = vp.getSelectionGroup().getSize();
1353       dataset = new SequenceI[iSize];
1354       seqs = vp.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(vp.getAlignment());
1355     }
1356     else
1357     {
1358       iSize = vp.getAlignment().getHeight();
1359       seqs = vp.getAlignment().getSequencesArray();
1360     }
1361
1362     dataset = new SequenceI[iSize];
1363     for (int i = 0; i < iSize; i++)
1364     {
1365       dataset[i] = seqs[i].getDatasetSequence();
1366     }
1367
1368     cancelDAS.setEnabled(true);
1369     dasFeatureFetcher = new jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher(dataset,
1370             this, selectedSources, checkDbRefs, promptFetchDbRefs);
1371     af.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);
1372     af.showSeqFeatures.setSelected(true);
1373   }
1374
1375   /**
1376    * blocking call to initialise the das source browser
1377    */
1378   public void initDasSources()
1379   {
1380     dassourceBrowser.initDasSources();
1381   }
1382
1383   /**
1384    * examine the current list of das sources and return any matching the given
1385    * nicknames in sources
1386    *
1387    * @param sources
1388    *          Vector of Strings to resolve to DAS source nicknames.
1389    * @return sources that are present in source list.
1390    */
1391   public List<jalviewSourceI> resolveSourceNicknames(Vector sources)
1392   {
1393     return dassourceBrowser.sourceRegistry.resolveSourceNicknames(sources);
1394   }
1395
1396   /**
1397    * get currently selected das sources. ensure you have called initDasSources
1398    * before calling this.
1399    *
1400    * @return vector of selected das source nicknames
1401    */
1402   public Vector getSelectedSources()
1403   {
1404     return dassourceBrowser.getSelectedSources();
1405   }
1406
1407   /**
1408    * properly initialise DAS fetcher and then initiate a new thread to fetch
1409    * features from the named sources (rather than any turned on by default)
1410    *
1411    * @param sources
1412    * @param block
1413    *          if true then runs in same thread, otherwise passes to the Swing
1414    *          executor
1415    */
1416   public void fetchDasFeatures(Vector sources, boolean block)
1417   {
1418     initDasSources();
1419     List<jalviewSourceI> resolved = dassourceBrowser.sourceRegistry
1420             .resolveSourceNicknames(sources);
1421     if (resolved.size() == 0)
1422     {
1423       resolved = dassourceBrowser.getSelectedSources();
1424     }
1425     if (resolved.size() > 0)
1426     {
1427       final List<jalviewSourceI> dassources = resolved;
1428       fetchDAS.setEnabled(false);
1429       // cancelDAS.setEnabled(true); doDasFetch does this.
1430       Runnable fetcher = new Runnable()
1431       {
1432
1433         public void run()
1434         {
1435           doDasFeatureFetch(dassources, true, false);
1436
1437         }
1438       };
1439       if (block)
1440       {
1441         fetcher.run();
1442       }
1443       else
1444       {
1445         SwingUtilities.invokeLater(fetcher);
1446       }
1447     }
1448   }
1449
1450   public void saveDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1451   {
1452     dassourceBrowser
1453             .saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);
1454   }
1455
1456   public void complete()
1457   {
1458     fetchDAS.setEnabled(true);
1459     cancelDAS.setEnabled(false);
1460     dassourceBrowser.setGuiEnabled(true);
1461
1462   }
1463
1464   public void cancelDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1465   {
1466     if (dasFeatureFetcher != null)
1467     {
1468       dasFeatureFetcher.cancel();
1469     }
1470     complete();
1471   }
1472
1473   public void noDasSourceActive()
1474   {
1475     complete();
1476     JOptionPane
1477             .showInternalConfirmDialog(
1478                     Desktop.desktop,
1479                     MessageManager
1480                             .getString("label.no_das_sources_selected_warn"),
1481                     MessageManager
1482                             .getString("label.no_das_sources_selected_title"),
1483                     JOptionPane.DEFAULT_OPTION,
1484                     JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1485   }
1486
1487   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1488   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1489   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1490   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1491   {
1492     FeatureTableModel(Object[][] data)
1493     {
1494       this.data = data;
1495     }
1496
1497     private String[] columnNames =
1498     { MessageManager.getString("label.feature_type"), MessageManager.getString("action.colour"), MessageManager.getString("label.display") };
1499
1500     private Object[][] data;
1501
1502     public Object[][] getData()
1503     {
1504       return data;
1505     }
1506
1507     public void setData(Object[][] data)
1508     {
1509       this.data = data;
1510     }
1511
1512     public int getColumnCount()
1513     {
1514       return columnNames.length;
1515     }
1516
1517     public Object[] getRow(int row)
1518     {
1519       return data[row];
1520     }
1521
1522     public int getRowCount()
1523     {
1524       return data.length;
1525     }
1526
1527     public String getColumnName(int col)
1528     {
1529       return columnNames[col];
1530     }
1531
1532     public Object getValueAt(int row, int col)
1533     {
1534       return data[row][col];
1535     }
1536
1537     public Class getColumnClass(int c)
1538     {
1539       return getValueAt(0, c).getClass();
1540     }
1541
1542     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1543     {
1544       return col == 0 ? false : true;
1545     }
1546
1547     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1548     {
1549       data[row][col] = value;
1550       fireTableCellUpdated(row, col);
1551       updateFeatureRenderer(data);
1552     }
1553
1554   }
1555
1556   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1557   {
1558     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1559
1560     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1561
1562     final String baseTT = "Click to edit, right/apple click for menu.";
1563
1564     public ColorRenderer()
1565     {
1566       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1567       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1568       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1569     }
1570
1571     public Component getTableCellRendererComponent(JTable table,
1572             Object color, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1573             int column)
1574     {
1575       // JLabel comp = new JLabel();
1576       // comp.
1577       setOpaque(true);
1578       // comp.
1579       // setBounds(getBounds());
1580       Color newColor;
1581       setToolTipText(baseTT);
1582       setBackground(table.getBackground());
1583       if (color instanceof GraduatedColor)
1584       {
1585         Rectangle cr = table.getCellRect(row, column, false);
1586         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, (GraduatedColor) color,
1587                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1588
1589       }
1590       else
1591       {
1592         this.setText("");
1593         this.setIcon(null);
1594         newColor = (Color) color;
1595         // comp.
1596         setBackground(newColor);
1597         // comp.setToolTipText("RGB value: " + newColor.getRed() + ", "
1598         // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue());
1599       }
1600       if (isSelected)
1601       {
1602         if (selectedBorder == null)
1603         {
1604           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1605                   table.getSelectionBackground());
1606         }
1607         // comp.
1608         setBorder(selectedBorder);
1609       }
1610       else
1611       {
1612         if (unselectedBorder == null)
1613         {
1614           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1615                   table.getBackground());
1616         }
1617         // comp.
1618         setBorder(unselectedBorder);
1619       }
1620
1621       return this;
1622     }
1623   }
1624
1625   /**
1626    * update comp using rendering settings from gcol
1627    *
1628    * @param comp
1629    * @param gcol
1630    */
1631   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, GraduatedColor gcol)
1632   {
1633     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1634     if (w < 20)
1635     {
1636       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1637       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1638       if (w < 20)
1639       {
1640         w = 80;
1641         h = 12;
1642       }
1643     }
1644     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1645   }
1646
1647   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, GraduatedColor gcol,
1648           int w, int h)
1649   {
1650     boolean thr = false;
1651     String tt = "";
1652     String tx = "";
1653     if (gcol.getThreshType() == AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD)
1654     {
1655       thr = true;
1656       tx += ">";
1657       tt += "Thresholded (Above " + gcol.getThresh() + ") ";
1658     }
1659     if (gcol.getThreshType() == AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD)
1660     {
1661       thr = true;
1662       tx += "<";
1663       tt += "Thresholded (Below " + gcol.getThresh() + ") ";
1664     }
1665     if (gcol.isColourByLabel())
1666     {
1667       tt = "Coloured by label text. " + tt;
1668       if (thr)
1669       {
1670         tx += " ";
1671       }
1672       tx += "Label";
1673       comp.setIcon(null);
1674     }
1675     else
1676     {
1677       Color newColor = gcol.getMaxColor();
1678       comp.setBackground(newColor);
1679       // System.err.println("Width is " + w / 2);
1680       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
1681       comp.setIcon(ficon);
1682       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1683       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1684       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1685       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1686     }
1687     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
1688     comp.setText(tx);
1689     if (tt.length() > 0)
1690     {
1691       if (comp.getToolTipText() == null)
1692       {
1693         comp.setToolTipText(tt);
1694       }
1695       else
1696       {
1697         comp.setToolTipText(tt + " " + comp.getToolTipText());
1698       }
1699     }
1700   }
1701 }
1702
1703 class FeatureIcon implements Icon
1704 {
1705   GraduatedColor gcol;
1706
1707   Color backg;
1708
1709   boolean midspace = false;
1710
1711   int width = 50, height = 20;
1712
1713   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
1714
1715   Color mpcolour = Color.white;
1716
1717   FeatureIcon(GraduatedColor gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
1718   {
1719     gcol = gfc;
1720     backg = bg;
1721     width = w;
1722     height = h;
1723     midspace = mspace;
1724     if (midspace)
1725     {
1726       s1 = width / 3;
1727       e1 = s1 * 2;
1728     }
1729     else
1730     {
1731       s1 = width / 2;
1732       e1 = s1;
1733     }
1734   }
1735
1736   public int getIconWidth()
1737   {
1738     return width;
1739   }
1740
1741   public int getIconHeight()
1742   {
1743     return height;
1744   }
1745
1746   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
1747   {
1748
1749     if (gcol.isColourByLabel())
1750     {
1751       g.setColor(backg);
1752       g.fillRect(0, 0, width, height);
1753       // need an icon here.
1754       g.setColor(gcol.getMaxColor());
1755
1756       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
1757
1758       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
1759       // AffineTransform.getScaleInstance(
1760       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
1761       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
1762
1763       g.drawString(MessageManager.getString("label.label"), 0, 0);
1764
1765     }
1766     else
1767     {
1768       Color minCol = gcol.getMinColor();
1769       g.setColor(minCol);
1770       g.fillRect(0, 0, s1, height);
1771       if (midspace)
1772       {
1773         g.setColor(Color.white);
1774         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
1775       }
1776       g.setColor(gcol.getMaxColor());
1777       g.fillRect(0, e1, width - e1, height);
1778     }
1779   }
1780 }
1781
1782 class ColorEditor extends AbstractCellEditor implements TableCellEditor,
1783         ActionListener
1784 {
1785   FeatureSettings me;
1786
1787   GraduatedColor currentGColor;
1788
1789   FeatureColourChooser chooser;
1790
1791   String type;
1792
1793   Color currentColor;
1794
1795   JButton button;
1796
1797   JColorChooser colorChooser;
1798
1799   JDialog dialog;
1800
1801   protected static final String EDIT = "edit";
1802
1803   int selectedRow = 0;
1804
1805   public ColorEditor(FeatureSettings me)
1806   {
1807     this.me = me;
1808     // Set up the editor (from the table's point of view),
1809     // which is a button.
1810     // This button brings up the color chooser dialog,
1811     // which is the editor from the user's point of view.
1812     button = new JButton();
1813     button.setActionCommand(EDIT);
1814     button.addActionListener(this);
1815     button.setBorderPainted(false);
1816     // Set up the dialog that the button brings up.
1817     colorChooser = new JColorChooser();
1818     dialog = JColorChooser.createDialog(button, "Select new Colour", true, // modal
1819             colorChooser, this, // OK button handler
1820             null); // no CANCEL button handler
1821   }
1822
1823   /**
1824    * Handles events from the editor button and from the dialog's OK button.
1825    */
1826   public void actionPerformed(ActionEvent e)
1827   {
1828
1829     if (EDIT.equals(e.getActionCommand()))
1830     {
1831       // The user has clicked the cell, so
1832       // bring up the dialog.
1833       if (currentColor != null)
1834       {
1835         // bring up simple color chooser
1836         button.setBackground(currentColor);
1837         colorChooser.setColor(currentColor);
1838         dialog.setVisible(true);
1839       }
1840       else
1841       {
1842         // bring up graduated chooser.
1843         chooser = new FeatureColourChooser(me.fr, type);
1844         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1845         chooser.requestFocus();
1846         chooser.addActionListener(this);
1847       }
1848       // Make the renderer reappear.
1849       fireEditingStopped();
1850
1851     }
1852     else
1853     { // User pressed dialog's "OK" button.
1854       if (currentColor != null)
1855       {
1856         currentColor = colorChooser.getColor();
1857       }
1858       else
1859       {
1860         // class cast exceptions may be raised if the chooser created on a
1861         // non-graduated color
1862         currentGColor = (GraduatedColor) chooser.getLastColour();
1863       }
1864       me.table.setValueAt(getCellEditorValue(), selectedRow, 1);
1865       fireEditingStopped();
1866       me.table.validate();
1867     }
1868   }
1869
1870   // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
1871   public Object getCellEditorValue()
1872   {
1873     if (currentColor == null)
1874     {
1875       return currentGColor;
1876     }
1877     return currentColor;
1878   }
1879
1880   // Implement the one method defined by TableCellEditor.
1881   public Component getTableCellEditorComponent(JTable table, Object value,
1882           boolean isSelected, int row, int column)
1883   {
1884     currentGColor = null;
1885     currentColor = null;
1886     this.selectedRow = row;
1887     type = me.table.getValueAt(row, 0).toString();
1888     button.setOpaque(true);
1889     button.setBackground(me.getBackground());
1890     if (value instanceof GraduatedColor)
1891     {
1892       currentGColor = (GraduatedColor) value;
1893       JLabel btn = new JLabel();
1894       btn.setSize(button.getSize());
1895       FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentGColor);
1896       button.setBackground(btn.getBackground());
1897       button.setIcon(btn.getIcon());
1898       button.setText(btn.getText());
1899     }
1900     else
1901     {
1902       button.setText("");
1903       button.setIcon(null);
1904       currentColor = (Color) value;
1905       button.setBackground(currentColor);
1906     }
1907     return button;
1908   }
1909 }