src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  25 import jalview.bin.Jalview;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  29 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherI;
  30 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  31 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  32 import jalview.gui.Help.HelpId;
  33 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  34 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  35 import jalview.io.JalviewFileView;
  36 import jalview.schemes.FeatureColour;
  37 import jalview.util.MessageManager;
  38 import jalview.util.Platform;
  39 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel.FeatureSettingsBean;
  40 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours;
  41 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Colour;
  42 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Filter;
  43 import jalview.xml.binding.jalview.ObjectFactory;
  44
  45 import java.awt.BorderLayout;
  46 import java.awt.Color;
  47 import java.awt.Component;
  48 import java.awt.Dimension;
  49 import java.awt.Font;
  50 import java.awt.Graphics;
  51 import java.awt.GridLayout;
  52 import java.awt.Point;
  53 import java.awt.Rectangle;
  54 import java.awt.event.ActionEvent;
  55 import java.awt.event.ActionListener;
  56 import java.awt.event.ItemEvent;
  57 import java.awt.event.ItemListener;
  58 import java.awt.event.MouseAdapter;
  59 import java.awt.event.MouseEvent;
  60 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  61 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  62 import java.beans.PropertyChangeListener;
  63 import java.io.File;
  64 import java.io.FileInputStream;
  65 import java.io.FileOutputStream;
  66 import java.io.InputStreamReader;
  67 import java.io.OutputStreamWriter;
  68 import java.io.PrintWriter;
  69 import java.util.Arrays;
  70 import java.util.Comparator;
  71 import java.util.HashMap;
  72 import java.util.HashSet;
  73 import java.util.Hashtable;
  74 import java.util.Iterator;
  75 import java.util.List;
  76 import java.util.Map;
  77 import java.util.Set;
  78
  79 import javax.help.HelpSetException;
  80 import javax.swing.AbstractCellEditor;
  81 import javax.swing.BorderFactory;
  82 import javax.swing.Icon;
  83 import javax.swing.JButton;
  84 import javax.swing.JCheckBox;
  85 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  86 import javax.swing.JInternalFrame;
  87 import javax.swing.JLabel;
  88 import javax.swing.JLayeredPane;
  89 import javax.swing.JMenuItem;
  90 import javax.swing.JPanel;
  91 import javax.swing.JPopupMenu;
  92 import javax.swing.JScrollPane;
  93 import javax.swing.JSlider;
  94 import javax.swing.JTable;
  95 import javax.swing.ListSelectionModel;
  96 import javax.swing.SwingConstants;
  97 import javax.swing.ToolTipManager;
  98 import javax.swing.border.Border;
  99 import javax.swing.event.ChangeEvent;
 100 import javax.swing.event.ChangeListener;
 101 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
 102 import javax.swing.table.TableCellEditor;
 103 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
 104 import javax.swing.table.TableColumn;
 105 import javax.xml.bind.JAXBContext;
 106 import javax.xml.bind.JAXBElement;
 107 import javax.xml.bind.Marshaller;
 108 import javax.xml.stream.XMLInputFactory;
 109 import javax.xml.stream.XMLStreamReader;
 110
 111 public class FeatureSettings extends JPanel
 112         implements FeatureSettingsControllerI
 113 {
 114   private static final String SEQUENCE_FEATURE_COLOURS = MessageManager
 115           .getString("label.sequence_feature_colours");
 116
 117   /*
 118    * column indices of fields in Feature Settings table
 119    */
 120   static final int TYPE_COLUMN = 0;
 121
 122   static final int COLOUR_COLUMN = 1;
 123
 124   static final int FILTER_COLUMN = 2;
 125
 126   static final int SHOW_COLUMN = 3;
 127
 128   private static final int COLUMN_COUNT = 4;
 129
 130   private static final int MIN_WIDTH = 400;
 131
 132   private static final int MIN_HEIGHT = 400;
 133
 134   private final static String BASE_TOOLTIP = MessageManager.getString("label.click_to_edit");
 135
 136   final FeatureRenderer fr;
 137
 138   public final AlignFrame af;
 139
 140   /*
 141    * 'original' fields hold settings to restore on Cancel
 142    */
 143   Object[][] originalData;
 144
 145   float originalTransparency;
 146
 147   Map<String, FeatureMatcherSetI> originalFilters;
 148
 149   final JInternalFrame frame;
 150
 151   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 152
 153   JTable table;
 154
 155   JPanel groupPanel;
 156
 157   JSlider transparency = new JSlider();
 158
 159   /*
 160    * when true, constructor is still executing - so ignore UI events
 161    */
 162   protected volatile boolean inConstruction = true;
 163
 164   int selectedRow = -1;
 165
 166   JButton fetchDAS = new JButton();
 167
 168   JButton saveDAS = new JButton();
 169
 170   JButton cancelDAS = new JButton();
 171
 172   boolean resettingTable = false;
 173
 174   /*
 175    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 176    */
 177   boolean handlingUpdate = false;
 178
 179   /*
 180    * holds {featureCount, totalExtent} for each feature type
 181    */
 182   Map<String, float[]> typeWidth = null;
 183
 184   /**
 185    * Constructor
 186    *
 187    * @param af
 188    */
 189   public FeatureSettings(AlignFrame alignFrame)
 190   {
 191     this.af = alignFrame;
 192     fr = af.getFeatureRenderer();
 193
 194     // save transparency for restore on Cancel
 195     originalTransparency = fr.getTransparency();
 196     int originalTransparencyAsPercent = (int) (originalTransparency * 100);
 197     transparency.setMaximum(100 - originalTransparencyAsPercent);
 198
 199     originalFilters = new HashMap<>(fr.getFeatureFilters()); // shallow copy
 200
 201     try
 202     {
 203       jbInit();
 204     } catch (Exception ex)
 205     {
 206       ex.printStackTrace();
 207     }
 208
 209     table = new JTable()
 210     {
 211
 212 //      @Override
 213 //      public void repaint() {
 214 //        System.out.println("FS repaint");
 215 //        super.repaint();
 216 //
 217 //      }
 218 //
 219 //      @Override
 220 //        public void repaint(long tm, int x, int y, int width, int height) {
 221 //        System.out.println("FS repaint " + x  + " " + y + " " + width + " " + height);
 222 //        super.repaint(tm, x, y, width, height);
 223 //
 224 //      }
 225 //      @Override
 226 //      public void invalidate() {
 227 //              if (isValid())
 228 //               System.out.println("FS invalidating ");
 229 //            super.invalidate();
 230 //      }
 231 //
 232 //      @Override
 233 //      public void validate() {
 234 //            System.out.println("FS validating "  + isValid());
 235 //            super.validate();
 236 //      }
 237
 238       @Override
 239       public String getToolTipText(MouseEvent e)
 240       {
 241         String tip = null;
 242         int column = table.columnAtPoint(e.getPoint());
 243         int row = table.rowAtPoint(e.getPoint());
 244
 245         switch (column)
 246         {
 247         case TYPE_COLUMN:
 248           tip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager
 249                   .getString("label.feature_settings_click_drag"));
 250           break;
 251         case COLOUR_COLUMN:
 252           FeatureColourI colour = (FeatureColourI) table.getValueAt(row,
 253                   column);
 254           tip = getColorTooltip(colour, true);
 255           break;
 256         case FILTER_COLUMN:
 257           FeatureMatcherSet o = (FeatureMatcherSet) table.getValueAt(row,
 258                   column);
 259           tip = o.isEmpty()
 260                   ? MessageManager
 261                           .getString("label.configure_feature_tooltip")
 262                   : o.toString();
 263           break;
 264         default:
 265           break;
 266         }
 267
 268         return tip;
 269       }
 270
 271
 272       /**
 273        * Position the tooltip near the bottom edge of, and half way across, the
 274        * current cell
 275        */
 276       @Override
 277       public Point getToolTipLocation(MouseEvent e)
 278       {
 279         Point point = e.getPoint();
 280         int column = table.columnAtPoint(point);
 281         int row = table.rowAtPoint(point);
 282         Rectangle r = getCellRect(row, column, false);
 283         Point loc = new Point(r.x + r.width / 2, r.y + r.height - 3);
 284         return loc;
 285       }
 286     };
 287
 288     // next line is needed to avoid (quiet) exceptions thrown
 289     // when column ordering changes so that the above constants
 290     // no longer apply.
 291     table.getTableHeader().setReorderingAllowed(false); // BH 2018
 292
 293     table.getTableHeader().setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 294     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(table);
 295
 296     table.setDefaultEditor(FeatureColour.class, new ColorEditor());
 297     table.setDefaultRenderer(FeatureColour.class, new ColorRenderer());
 298
 299     table.setDefaultEditor(FeatureMatcherSet.class, new FilterEditor());
 300     table.setDefaultRenderer(FeatureMatcherSet.class, new FilterRenderer());
 301
 302     TableColumn colourColumn = new TableColumn(COLOUR_COLUMN, 75,
 303             new ColorRenderer(), new ColorEditor());
 304     table.addColumn(colourColumn);
 305
 306     TableColumn filterColumn = new TableColumn(FILTER_COLUMN, 75,
 307             new FilterRenderer(), new FilterEditor());
 308     table.addColumn(filterColumn);
 309
 310     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 311
 312     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
 313     {
 314       @Override
 315       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 316       {
 317         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 318         String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 319         if (evt.isPopupTrigger())
 320         {
 321           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 322           showPopupMenu(selectedRow, type, colour, evt.getPoint());
 323         }
 324         else if (evt.getClickCount() == 2)
 325         {
 326           boolean invertSelection = evt.isAltDown();
 327           boolean toggleSelection = Platform.isControlDown(evt);
 328           boolean extendSelection = evt.isShiftDown();
 329           fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 330                   invertSelection, extendSelection, toggleSelection, type);
 331         }
 332       }
 333
 334       // isPopupTrigger fires on mouseReleased on Windows
 335       @Override
 336       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 337       {
 338         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 339         if (evt.isPopupTrigger())
 340         {
 341           String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 342           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 343           showPopupMenu(selectedRow, type, colour, evt.getPoint());
 344         }
 345       }
 346     });
 347
 348     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 349     {
 350       @Override
 351       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 352       {
 353         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 354         if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
 355         {
 356           /*
 357            * reposition 'selectedRow' to 'newRow' (the dragged to location)
 358            * this could be more than one row away for a very fast drag action
 359            * so just swap it with adjacent rows until we get it there
 360            */
 361           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 362                   .getData();
 363           int direction = newRow < selectedRow ? -1 : 1;
 364           for (int i = selectedRow; i != newRow; i += direction)
 365           {
 366             Object[] temp = data[i];
 367             data[i] = data[i + direction];
 368             data[i + direction] = temp;
 369           }
 370           updateFeatureRenderer(data);
 371           table.repaint();
 372           selectedRow = newRow;
 373         }
 374       }
 375     });
 376     // table.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 377     // MessageManager.getString("label.feature_settings_click_drag")));
 378     scrollPane.setViewportView(table);
 379
 380     if (af.getViewport().isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 381     {
 382       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 383     }
 384
 385     discoverAllFeatureData();
 386     final PropertyChangeListener change;
 387     final FeatureSettings fs = this;
 388     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 389     {
 390       @Override
 391       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 392       {
 393         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 394         {
 395           fs.handlingUpdate = true;
 396           fs.resetTable(null);
 397           // new groups may be added with new sequence feature types only
 398           fs.handlingUpdate = false;
 399         }
 400       }
 401
 402     });
 403
 404     frame = new JInternalFrame();
 405     frame.setContentPane(this);
 406     Desktop.addInternalFrame(frame,
 407             MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 408             600, Platform.isAMacAndNotJS() ? 480 : 450);
 409     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 410
 411     frame.addInternalFrameListener(
 412             new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 413             {
 414               @Override
 415               public void internalFrameClosed(
 416                       javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 417               {
 418                 fr.removePropertyChangeListener(change);
 419               };
 420             });
 421     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 422     inConstruction = false;
 423   }
 424
 425         /**
 426          * Constructs and shows a popup menu of possible actions on the selected row and
 427          * feature type
 428          *
 429          * @param rowSelected
 430          * @param type
 431          * @param typeCol
 432          * @param pt
 433          */
 434   protected void showPopupMenu(final int rowSelected, final String type,
 435           final Object typeCol, final Point pt)
 436   {
 437     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager
 438             .formatMessage("label.settings_for_param", new String[]
 439             { type }));
 440     final FeatureColourI featureColour = (FeatureColourI) typeCol;
 441
 442     /*
 443      * menu option to select (or deselect) variable colour
 444      */
 445     final JCheckBoxMenuItem variableColourCB = new JCheckBoxMenuItem(
 446             MessageManager.getString("label.variable_colour"));
 447     variableColourCB.setSelected(!featureColour.isSimpleColour());
 448     men.add(variableColourCB);
 449
 450     /*
 451      * checkbox action listener doubles up as listener to OK
 452      * from the variable colour / filters dialog
 453      */
 454     variableColourCB.addActionListener(new ActionListener()
 455     {
 456       @Override
 457       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 458       {
 459         if (e.getSource() == variableColourCB)
 460         {
 461           men.setVisible(true); // BH 2018 for JavaScript because this is a checkbox
 462           men.setVisible(false); // BH 2018 for JavaScript because this is a checkbox
 463           if (featureColour.isSimpleColour())
 464           {
 465             /*
 466              * toggle simple colour to variable colour - show dialog
 467              */
 468             FeatureTypeSettings fc = new FeatureTypeSettings(fr, type);
 469             fc.addActionListener(this);
 470           }
 471           else
 472           {
 473             /*
 474              * toggle variable to simple colour - show colour chooser
 475              */
 476             String title = MessageManager.formatMessage("label.select_colour_for", type);
 477             ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 478             {
 479               @Override
 480               public void colourSelected(Color c)
 481               {
 482                 table.setValueAt(new FeatureColour(c), rowSelected,
 483                         COLOUR_COLUMN);
 484                 table.validate();
 485                 updateFeatureRenderer(
 486                         ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData(),
 487                         false);
 488               }
 489             };
 490             JalviewColourChooser.showColourChooser(FeatureSettings.this, title,
 491                 featureColour.getMaxColour(), listener);
 492           }
 493         }
 494         else
 495         {
 496           if (e.getSource() instanceof FeatureTypeSettings)
 497           {
 498             /*
 499              * update after OK in feature colour dialog; the updated
 500              * colour will have already been set in the FeatureRenderer
 501              */
 502             FeatureColourI fci = fr.getFeatureColours().get(type);
 503             table.setValueAt(fci, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
 504             // BH 2018 setting a table value does not invalidate it.
 505 //                  System.out.println("FeatureSettings is valied" + table.isValid());
 506 //                  table.validate();
 507           }
 508         }
 509       }
 510     });
 511
 512     men.addSeparator();
 513
 514     JMenuItem scr = new JMenuItem(
 515             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 516     men.add(scr);
 517     scr.addActionListener(new ActionListener()
 518     {
 519
 520       @Override
 521       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 522       {
 523         af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(Arrays.asList(new String[]
 524                 { type }));
 525       }
 526     });
 527     JMenuItem dens = new JMenuItem(
 528             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 529     dens.addActionListener(new ActionListener()
 530     {
 531
 532       @Override
 533       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 534       {
 535         af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(Arrays.asList(new String[]
 536                 { type }));
 537       }
 538     });
 539     men.add(dens);
 540
 541     JMenuItem selCols = new JMenuItem(
 542             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 543     selCols.addActionListener(new ActionListener()
 544     {
 545       @Override
 546       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 547       {
 548         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 549                 false, type);
 550       }
 551     });
 552     JMenuItem clearCols = new JMenuItem(MessageManager
 553             .getString("label.select_columns_not_containing"));
 554     clearCols.addActionListener(new ActionListener()
 555     {
 556       @Override
 557       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 558       {
 559         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 560                 false, type);
 561       }
 562     });
 563     JMenuItem hideCols = new JMenuItem(
 564             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 565     hideCols.addActionListener(new ActionListener()
 566     {
 567       @Override
 568       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 569       {
 570         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, true);
 571       }
 572     });
 573     JMenuItem hideOtherCols = new JMenuItem(
 574             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 575     hideOtherCols.addActionListener(new ActionListener()
 576     {
 577       @Override
 578       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 579       {
 580         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, false);
 581       }
 582     });
 583     men.add(selCols);
 584     men.add(clearCols);
 585     men.add(hideCols);
 586     men.add(hideOtherCols);
 587     men.show(table, pt.x, pt.y);
 588   }
 589
 590   @Override
 591   synchronized public void discoverAllFeatureData()
 592   {
 593     Set<String> allGroups = new HashSet<>();
 594     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 595
 596     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 597     {
 598       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(i);
 599       for (String group : seq.getFeatures().getFeatureGroups(true))
 600       {
 601         if (group != null && !allGroups.contains(group))
 602         {
 603           allGroups.add(group);
 604           checkGroupState(group);
 605         }
 606       }
 607     }
 608
 609     resetTable(null);
 610
 611     validate();
 612   }
 613
 614   /**
 615    * Synchronise gui group list and check visibility of group
 616    *
 617    * @param group
 618    * @return true if group is visible
 619    */
 620   private boolean checkGroupState(String group)
 621   {
 622     boolean visible = fr.checkGroupVisibility(group, true);
 623
 624     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 625     {
 626       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 627       {
 628         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 629         return visible;
 630       }
 631     }
 632
 633     final String grp = group;
 634     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 635     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 636     check.setToolTipText(group);
 637     check.addItemListener(new ItemListener()
 638     {
 639       @Override
 640       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 641       {
 642         fr.setGroupVisibility(check.getText(), check.isSelected());
 643         resetTable(new String[] { grp });
 644         af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
 645       }
 646     });
 647     groupPanel.add(check);
 648     return visible;
 649   }
 650
 651   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 652   {
 653     if (resettingTable)
 654     {
 655       return;
 656     }
 657     resettingTable = true;
 658     typeWidth = new Hashtable<>();
 659     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 660     // rather than float
 661
 662     Set<String> displayableTypes = new HashSet<>();
 663     Set<String> foundGroups = new HashSet<>();
 664
 665     /*
 666      * determine which feature types may be visible depending on
 667      * which groups are selected, and recompute average width data
 668      */
 669     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 670     {
 671
 672       SequenceI seq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i);
 673
 674       /*
 675        * get the sequence's groups for positional features
 676        * and keep track of which groups are visible
 677        */
 678       Set<String> groups = seq.getFeatures().getFeatureGroups(true);
 679       Set<String> visibleGroups = new HashSet<>();
 680       for (String group : groups)
 681       {
 682         if (group == null || checkGroupState(group))
 683         {
 684           visibleGroups.add(group);
 685         }
 686       }
 687       foundGroups.addAll(groups);
 688
 689       /*
 690        * get distinct feature types for visible groups
 691        * record distinct visible types, and their count and total length
 692        */
 693       Set<String> types = seq.getFeatures().getFeatureTypesForGroups(true,
 694               visibleGroups.toArray(new String[visibleGroups.size()]));
 695       for (String type : types)
 696       {
 697         displayableTypes.add(type);
 698         float[] avWidth = typeWidth.get(type);
 699         if (avWidth == null)
 700         {
 701           avWidth = new float[2];
 702           typeWidth.put(type, avWidth);
 703         }
 704         // todo this could include features with a non-visible group
 705         // - do we greatly care?
 706         // todo should we include non-displayable features here, and only
 707         // update when features are added?
 708         avWidth[0] += seq.getFeatures().getFeatureCount(true, type);
 709         avWidth[1] += seq.getFeatures().getTotalFeatureLength(type);
 710       }
 711     }
 712
 713     Object[][] data = new Object[displayableTypes.size()][COLUMN_COUNT];
 714     int dataIndex = 0;
 715
 716     if (fr.hasRenderOrder())
 717     {
 718       if (!handlingUpdate)
 719       {
 720         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 721         // colourschemes. but don't
 722         // affect display
 723         // First add the checks in the previous render order,
 724         // in case the window has been closed and reopened
 725       }
 726       List<String> frl = fr.getRenderOrder();
 727       for (int ro = frl.size() - 1; ro > -1; ro--)
 728       {
 729         String type = frl.get(ro);
 730
 731         if (!displayableTypes.contains(type))
 732         {
 733           continue;
 734         }
 735
 736         data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 737         data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 738         FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 739         data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 740                 ? new FeatureMatcherSet()
 741                 : featureFilter;
 742         data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(
 743                 af.getViewport().getFeaturesDisplayed().isVisible(type));
 744         dataIndex++;
 745         displayableTypes.remove(type);
 746       }
 747     }
 748
 749     /*
 750      * process any extra features belonging only to
 751      * a group which was just selected
 752      */
 753     while (!displayableTypes.isEmpty())
 754     {
 755       String type = displayableTypes.iterator().next();
 756       data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 757
 758       data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 759       if (data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] == null)
 760       {
 761         // "Colour has been updated in another view!!"
 762         fr.clearRenderOrder();
 763         return;
 764       }
 765       FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 766       data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 767               ? new FeatureMatcherSet()
 768               : featureFilter;
 769       data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(true);
 770       dataIndex++;
 771       displayableTypes.remove(type);
 772     }
 773
 774     if (originalData == null)
 775     {
 776       originalData = new Object[data.length][COLUMN_COUNT];
 777       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 778       {
 779         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, COLUMN_COUNT);
 780       }
 781     }
 782     else
 783     {
 784       updateOriginalData(data);
 785     }
 786
 787     table.setModel(new FeatureTableModel(data));
 788     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 789
 790     groupPanel.setLayout(
 791             new GridLayout(fr.getFeatureGroupsSize() / 4 + 1, 4));
 792     pruneGroups(foundGroups);
 793     groupPanel.validate();
 794
 795     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 796     resettingTable = false;
 797   }
 798
 799   /**
 800    * Updates 'originalData' (used for restore on Cancel) if we detect that changes
 801    * have been made outwith this dialog
 802    * <ul>
 803    * <li>a new feature type added (and made visible)</li>
 804    * <li>a feature colour changed (in the Amend Features dialog)</li>
 805    * </ul>
 806    *
 807    * @param foundData
 808    */
 809   protected void updateOriginalData(Object[][] foundData)
 810   {
 811     // todo LinkedHashMap instead of Object[][] would be nice
 812
 813     Object[][] currentData = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 814             .getData();
 815     for (Object[] row : foundData)
 816     {
 817       String type = (String) row[TYPE_COLUMN];
 818       boolean found = false;
 819       for (Object[] current : currentData)
 820       {
 821         if (type.equals(current[TYPE_COLUMN]))
 822         {
 823           found = true;
 824           /*
 825            * currently dependent on object equality here;
 826            * really need an equals method on FeatureColour
 827            */
 828           if (!row[COLOUR_COLUMN].equals(current[COLOUR_COLUMN]))
 829           {
 830             /*
 831              * feature colour has changed externally - update originalData
 832              */
 833             for (Object[] original : originalData)
 834             {
 835               if (type.equals(original[TYPE_COLUMN]))
 836               {
 837                 original[COLOUR_COLUMN] = row[COLOUR_COLUMN];
 838                 break;
 839               }
 840             }
 841           }
 842           break;
 843         }
 844       }
 845       if (!found)
 846       {
 847         /*
 848          * new feature detected - add to original data (on top)
 849          */
 850         Object[][] newData = new Object[originalData.length
 851                 + 1][COLUMN_COUNT];
 852         for (int i = 0; i < originalData.length; i++)
 853         {
 854           System.arraycopy(originalData[i], 0, newData[i + 1], 0,
 855                   COLUMN_COUNT);
 856         }
 857         newData[0] = row;
 858         originalData = newData;
 859       }
 860     }
 861   }
 862
 863   /**
 864    * Remove from the groups panel any checkboxes for groups that are not in the
 865    * foundGroups set. This enables removing a group from the display when the last
 866    * feature in that group is deleted.
 867    *
 868    * @param foundGroups
 869    */
 870   protected void pruneGroups(Set<String> foundGroups)
 871   {
 872     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 873     {
 874       JCheckBox checkbox = (JCheckBox) groupPanel.getComponent(g);
 875       if (!foundGroups.contains(checkbox.getText()))
 876       {
 877         groupPanel.remove(checkbox);
 878       }
 879     }
 880   }
 881
 882   /**
 883    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 884    *
 885    * @param data
 886    */
 887   private void ensureOrder(Object[][] data)
 888   {
 889     boolean sort = false;
 890     float[] order = new float[data.length];
 891     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 892     {
 893       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 894       if (order[i] < 0)
 895       {
 896         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 897       }
 898       if (i > 1)
 899       {
 900         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 901       }
 902     }
 903     if (sort)
 904     {
 905       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 906     }
 907   }
 908
 909   /**
 910    * Offers a file chooser dialog, and then loads the feature colours and
 911    * filters from file in XML format and unmarshals to Jalview feature settings
 912    */
 913   void load()
 914   {
 915     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 916             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 917     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 918     chooser.setDialogTitle(
 919             MessageManager.getString("label.load_feature_colours"));
 920     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 921     chooser.setResponseHandler(0, new Runnable()
 922     {
 923           @Override
 924           public void run()
 925           {
 926             File file = chooser.getSelectedFile();
 927                 load(file);
 928           }
 929         });
 930     chooser.showOpenDialog(this);
 931   }
 932
 933   /**
 934    * Loads feature colours and filters from XML stored in the given file
 935    *
 936    * @param file
 937    */
 938   void load(File file)
 939   {
 940     try
 941     {
 942       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 943               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 944
 945       JAXBContext jc = JAXBContext
 946               .newInstance("jalview.xml.binding.jalview");
 947       javax.xml.bind.Unmarshaller um = jc.createUnmarshaller();
 948       XMLStreamReader streamReader = XMLInputFactory.newInstance()
 949               .createXMLStreamReader(in);
 950       JAXBElement<JalviewUserColours> jbe = um.unmarshal(streamReader,
 951               JalviewUserColours.class);
 952       JalviewUserColours jucs = jbe.getValue();
 953
 954       // JalviewUserColours jucs = JalviewUserColours.unmarshal(in);
 955
 956       /*
 957        * load feature colours
 958        */
 959       for (int i = jucs.getColour().size() - 1; i >= 0; i--)
 960       {
 961         Colour newcol = jucs.getColour().get(i);
 962         FeatureColourI colour = jalview.project.Jalview2XML
 963                 .parseColour(newcol);
 964         fr.setColour(newcol.getName(), colour);
 965         fr.setOrder(newcol.getName(), i / (float) jucs.getColour().size());
 966       }
 967
 968       /*
 969        * load feature filters; loaded filters will replace any that are
 970        * currently defined, other defined filters are left unchanged
 971        */
 972       for (int i = 0; i < jucs.getFilter().size(); i++)
 973       {
 974         Filter filterModel = jucs.getFilter().get(i);
 975         String featureType = filterModel.getFeatureType();
 976         FeatureMatcherSetI filter = jalview.project.Jalview2XML
 977                 .parseFilter(featureType, filterModel.getMatcherSet());
 978         if (!filter.isEmpty())
 979         {
 980           fr.setFeatureFilter(featureType, filter);
 981         }
 982       }
 983
 984       /*
 985        * update feature settings table
 986        */
 987       if (table != null)
 988       {
 989         resetTable(null);
 990         Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 991                 .getData();
 992         ensureOrder(data);
 993         updateFeatureRenderer(data, false);
 994         table.repaint();
 995       }
 996     } catch (Exception ex)
 997     {
 998       System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
 999     }
1000   }
1001
1002   /**
1003    * Offers a file chooser dialog, and then saves the current feature colours
1004    * and any filters to the selected file in XML format
1005    */
1006   void save()
1007   {
1008     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
1009             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
1010     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1011     chooser.setDialogTitle(
1012             MessageManager.getString("label.save_feature_colours"));
1013     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
1014     int option = chooser.showSaveDialog(this);
1015         if (option == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1016         {
1017           File file = chooser.getSelectedFile();
1018           save(file);
1019         }
1020   }
1021
1022   /**
1023    * Saves feature colours and filters to the given file
1024    *
1025    * @param file
1026    */
1027   void save(File file)
1028   {
1029     JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
1030     ucs.setSchemeName("Sequence Features");
1031     try
1032     {
1033       PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
1034               new FileOutputStream(file), "UTF-8"));
1035
1036       /*
1037        * sort feature types by colour order, from 0 (highest)
1038        * to 1 (lowest)
1039        */
1040       Set<String> fr_colours = fr.getAllFeatureColours();
1041       String[] sortedTypes = fr_colours
1042               .toArray(new String[fr_colours.size()]);
1043       Arrays.sort(sortedTypes, new Comparator<String>()
1044       {
1045         @Override
1046         public int compare(String type1, String type2)
1047         {
1048           return Float.compare(fr.getOrder(type1), fr.getOrder(type2));
1049         }
1050       });
1051
1052       /*
1053        * save feature colours
1054        */
1055       for (String featureType : sortedTypes)
1056       {
1057         FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(featureType);
1058         Colour col = jalview.project.Jalview2XML.marshalColour(featureType,
1059                 fcol);
1060         ucs.getColour().add(col);
1061       }
1062
1063       /*
1064        * save any feature filters
1065        */
1066       for (String featureType : sortedTypes)
1067       {
1068         FeatureMatcherSetI filter = fr.getFeatureFilter(featureType);
1069         if (filter != null && !filter.isEmpty())
1070         {
1071           Iterator<FeatureMatcherI> iterator = filter.getMatchers().iterator();
1072           FeatureMatcherI firstMatcher = iterator.next();
1073           jalview.xml.binding.jalview.FeatureMatcherSet ms = jalview.project.Jalview2XML
1074                   .marshalFilter(firstMatcher, iterator,
1075                   filter.isAnded());
1076           Filter filterModel = new Filter();
1077           filterModel.setFeatureType(featureType);
1078           filterModel.setMatcherSet(ms);
1079           ucs.getFilter().add(filterModel);
1080         }
1081       }
1082       JAXBContext jaxbContext = JAXBContext
1083               .newInstance(JalviewUserColours.class);
1084       Marshaller jaxbMarshaller = jaxbContext.createMarshaller();
1085       jaxbMarshaller.marshal(
1086               new ObjectFactory().createJalviewUserColours(ucs), out);
1087
1088       // jaxbMarshaller.marshal(object, pout);
1089       // marshaller.marshal(object);
1090       out.flush();
1091
1092       // ucs.marshal(out);
1093       out.close();
1094     } catch (Exception ex)
1095     {
1096       ex.printStackTrace();
1097     }
1098   }
1099
1100   public void invertSelection()
1101   {
1102     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1103     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1104     {
1105       data[i][SHOW_COLUMN] = !(Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1106     }
1107     updateFeatureRenderer(data, true);
1108     table.repaint();
1109   }
1110
1111   public void orderByAvWidth()
1112   {
1113     if (table == null || table.getModel() == null)
1114     {
1115       return;
1116     }
1117     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1118     float[] width = new float[data.length];
1119     float[] awidth;
1120     float max = 0;
1121
1122     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1123     {
1124       awidth = typeWidth.get(data[i][TYPE_COLUMN]);
1125       if (awidth[0] > 0)
1126       {
1127         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
1128         // weight - but have to make per
1129         // sequence, too (awidth[2])
1130         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
1131       }
1132       else
1133       {
1134         width[i] = 0;
1135       }
1136       if (max < width[i])
1137       {
1138         max = width[i];
1139       }
1140     }
1141     boolean sort = false;
1142     for (int i = 0; i < width.length; i++)
1143     {
1144       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
1145       if (width[i] == 0)
1146       {
1147         width[i] = fr.getOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString());
1148         if (width[i] < 0)
1149         {
1150           width[i] = fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(),
1151                   i / data.length);
1152         }
1153       }
1154       else
1155       {
1156         width[i] /= max; // normalize
1157         fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(), width[i]); // store for later
1158       }
1159       if (i > 0)
1160       {
1161         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
1162       }
1163     }
1164     if (sort)
1165     {
1166       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
1167       // update global priority order
1168     }
1169
1170     updateFeatureRenderer(data, false);
1171     table.repaint();
1172   }
1173
1174   public void close()
1175   {
1176     try
1177     {
1178       frame.setClosed(true);
1179     } catch (Exception exe)
1180     {
1181     }
1182
1183   }
1184
1185   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
1186   {
1187     updateFeatureRenderer(data, true);
1188   }
1189
1190   /**
1191    * Update the priority order of features; only repaint if this changed the order
1192    * of visible features
1193    *
1194    * @param data
1195    * @param visibleNew
1196    */
1197   void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
1198   {
1199     FeatureSettingsBean[] rowData = getTableAsBeans(data);
1200
1201     if (fr.setFeaturePriority(rowData, visibleNew))
1202     {
1203       af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1204     }
1205   }
1206
1207   /**
1208    * Converts table data into an array of data beans
1209    */
1210   private FeatureSettingsBean[] getTableAsBeans(Object[][] data)
1211   {
1212     FeatureSettingsBean[] rowData = new FeatureSettingsBean[data.length];
1213     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1214     {
1215       String type = (String) data[i][TYPE_COLUMN];
1216       FeatureColourI colour = (FeatureColourI) data[i][COLOUR_COLUMN];
1217       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) data[i][FILTER_COLUMN];
1218       Boolean isShown = (Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1219       rowData[i] = new FeatureSettingsBean(type, colour, theFilter,
1220               isShown);
1221     }
1222     return rowData;
1223   }
1224
1225   private void jbInit() throws Exception
1226   {
1227     this.setLayout(new BorderLayout());
1228
1229     JPanel settingsPane = new JPanel();
1230     settingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1231
1232     JPanel bigPanel = new JPanel();
1233     bigPanel.setLayout(new BorderLayout());
1234
1235     groupPanel = new JPanel();
1236     bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
1237
1238     JButton invert = new JButton(
1239             MessageManager.getString("label.invert_selection"));
1240     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1241     invert.addActionListener(new ActionListener()
1242     {
1243       @Override
1244       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1245       {
1246         invertSelection();
1247       }
1248     });
1249
1250     JButton optimizeOrder = new JButton(
1251             MessageManager.getString("label.optimise_order"));
1252     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1253     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
1254     {
1255       @Override
1256       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1257       {
1258         orderByAvWidth();
1259       }
1260     });
1261
1262     JButton sortByScore = new JButton(
1263             MessageManager.getString("label.seq_sort_by_score"));
1264     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1265     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
1266     {
1267       @Override
1268       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1269       {
1270         af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(null);
1271       }
1272     });
1273     JButton sortByDens = new JButton(
1274             MessageManager.getString("label.sequence_sort_by_density"));
1275     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1276     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
1277     {
1278       @Override
1279       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1280       {
1281         af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(null);
1282       }
1283     });
1284
1285     JButton help = new JButton(MessageManager.getString("action.help"));
1286     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1287     help.addActionListener(new ActionListener()
1288     {
1289       @Override
1290       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1291       {
1292         try
1293         {
1294           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1295         } catch (HelpSetException e1)
1296         {
1297           e1.printStackTrace();
1298         }
1299       }
1300     });
1301     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1302     help.setText(MessageManager.getString("action.help"));
1303     help.addActionListener(new ActionListener()
1304     {
1305       @Override
1306       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1307       {
1308         try
1309         {
1310           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1311         } catch (HelpSetException e1)
1312         {
1313           e1.printStackTrace();
1314         }
1315       }
1316     });
1317
1318     JButton cancel = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
1319     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1320     cancel.addActionListener(new ActionListener()
1321     {
1322       @Override
1323       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1324       {
1325         fr.setTransparency(originalTransparency);
1326         fr.setFeatureFilters(originalFilters);
1327         updateFeatureRenderer(originalData);
1328         close();
1329       }
1330     });
1331
1332     JButton ok = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
1333     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1334     ok.addActionListener(new ActionListener()
1335     {
1336       @Override
1337       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1338       {
1339         close();
1340       }
1341     });
1342
1343     JButton loadColours = new JButton(
1344             MessageManager.getString("label.load_colours"));
1345     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1346     loadColours.setToolTipText(
1347             MessageManager.getString("label.load_colours_tooltip"));
1348     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
1349     {
1350       @Override
1351       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1352       {
1353         load();
1354       }
1355     });
1356
1357     JButton saveColours = new JButton(
1358             MessageManager.getString("label.save_colours"));
1359     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1360     saveColours.setToolTipText(
1361             MessageManager.getString("label.save_colours_tooltip"));
1362     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
1363     {
1364       @Override
1365       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1366       {
1367         save();
1368       }
1369     });
1370     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
1371     {
1372       @Override
1373       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
1374       {
1375         if (!inConstruction)
1376         {
1377           fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
1378           af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1379         }
1380       }
1381     });
1382
1383     transparency.setMaximum(70);
1384     transparency.setToolTipText(
1385             MessageManager.getString("label.transparency_tip"));
1386
1387     JPanel transPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
1388     bigPanel.add(transPanel, BorderLayout.SOUTH);
1389
1390     JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
1391     transbuttons.add(optimizeOrder);
1392     transbuttons.add(invert);
1393     transbuttons.add(sortByScore);
1394     transbuttons.add(sortByDens);
1395     transbuttons.add(help);
1396     transPanel.add(transparency);
1397     transPanel.add(transbuttons);
1398
1399     JPanel buttonPanel = new JPanel();
1400     buttonPanel.add(ok);
1401     buttonPanel.add(cancel);
1402     buttonPanel.add(loadColours);
1403     buttonPanel.add(saveColours);
1404     bigPanel.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
1405     settingsPane.add(bigPanel, BorderLayout.CENTER);
1406     settingsPane.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1407     this.add(settingsPane);
1408   }
1409
1410   /**
1411    * Answers a suitable tooltip to show on the colour cell of the table
1412    *
1413    * @param fcol
1414    * @param withHint
1415    *          if true include 'click to edit' and similar text
1416    * @return
1417    */
1418   public static String getColorTooltip(FeatureColourI fcol,
1419           boolean withHint)
1420   {
1421     if (fcol == null)
1422     {
1423       return null;
1424     }
1425     if (fcol.isSimpleColour())
1426     {
1427       return withHint ? BASE_TOOLTIP : null;
1428     }
1429     String description = fcol.getDescription();
1430     description = description.replaceAll("<", "&lt;");
1431     description = description.replaceAll(">", "&gt;");
1432     StringBuilder tt = new StringBuilder(description);
1433     if (withHint)
1434     {
1435       tt.append("<br>").append(BASE_TOOLTIP).append("</br>");
1436     }
1437     return JvSwingUtils.wrapTooltip(true, tt.toString());
1438   }
1439
1440   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol,
1441           int w, int h)
1442   {
1443     boolean thr = false;
1444     StringBuilder tx = new StringBuilder();
1445
1446     if (gcol.isColourByAttribute())
1447     {
1448       tx.append(FeatureMatcher
1449               .toAttributeDisplayName(gcol.getAttributeName()));
1450     }
1451     else if (!gcol.isColourByLabel())
1452     {
1453       tx.append(MessageManager.getString("label.score"));
1454     }
1455     tx.append(" ");
1456     if (gcol.isAboveThreshold())
1457     {
1458       thr = true;
1459       tx.append(">");
1460     }
1461     if (gcol.isBelowThreshold())
1462     {
1463       thr = true;
1464       tx.append("<");
1465     }
1466     if (gcol.isColourByLabel())
1467     {
1468       if (thr)
1469       {
1470         tx.append(" ");
1471       }
1472       if (!gcol.isColourByAttribute())
1473       {
1474         tx.append("Label");
1475       }
1476       comp.setIcon(null);
1477     }
1478     else
1479     {
1480       Color newColor = gcol.getMaxColour();
1481       comp.setBackground(newColor);
1482       // System.err.println("Width is " + w / 2);
1483       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
1484       comp.setIcon(ficon);
1485       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1486       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1487       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1488       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1489     }
1490     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
1491     comp.setText(tx.toString());
1492   }
1493
1494   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1495   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1496   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1497   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1498   {
1499     private String[] columnNames = {
1500         MessageManager.getString("label.feature_type"),
1501         MessageManager.getString("action.colour"),
1502         MessageManager.getString("label.configuration"),
1503         MessageManager.getString("label.show") };
1504
1505     private Object[][] data;
1506
1507     FeatureTableModel(Object[][] data)
1508     {
1509       this.data = data;
1510     }
1511
1512     public Object[][] getData()
1513     {
1514       return data;
1515     }
1516
1517     public void setData(Object[][] data)
1518     {
1519       this.data = data;
1520     }
1521
1522     @Override
1523     public int getColumnCount()
1524     {
1525       return columnNames.length;
1526     }
1527
1528     public Object[] getRow(int row)
1529     {
1530       return data[row];
1531     }
1532
1533     @Override
1534     public int getRowCount()
1535     {
1536       return data.length;
1537     }
1538
1539     @Override
1540     public String getColumnName(int col)
1541     {
1542       return columnNames[col];
1543     }
1544
1545     @Override
1546     public Object getValueAt(int row, int col)
1547     {
1548       return data[row][col];
1549     }
1550
1551     /**
1552      * Answers the class of the object in column c of the first row of the table
1553      */
1554     @Override
1555     public Class<?> getColumnClass(int c)
1556     {
1557       Object v = getValueAt(0, c);
1558       return v == null ? null : v.getClass();
1559     }
1560
1561     @Override
1562     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1563     {
1564       return col == 0 ? false : true;
1565     }
1566
1567     @Override
1568     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1569     {
1570       data[row][col] = value;
1571       fireTableCellUpdated(row, col);
1572       updateFeatureRenderer(data);
1573     }
1574
1575   }
1576
1577   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1578   {
1579     Border unselectedBorder = null;
1580
1581     Border selectedBorder = null;
1582
1583     public ColorRenderer()
1584     {
1585       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1586       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1587       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1588     }
1589
1590     @Override
1591     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl, Object color,
1592             boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column)
1593     {
1594       FeatureColourI cellColour = (FeatureColourI) color;
1595       setOpaque(true);
1596       setBackground(tbl.getBackground());
1597       if (!cellColour.isSimpleColour())
1598       {
1599         Rectangle cr = tbl.getCellRect(row, column, false);
1600         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, cellColour,
1601                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1602       }
1603       else
1604       {
1605         this.setText("");
1606         this.setIcon(null);
1607         setBackground(cellColour.getColour());
1608       }
1609       if (isSelected)
1610       {
1611         if (selectedBorder == null)
1612         {
1613           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1614                   tbl.getSelectionBackground());
1615         }
1616         setBorder(selectedBorder);
1617       }
1618       else
1619       {
1620         if (unselectedBorder == null)
1621         {
1622           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1623                   tbl.getBackground());
1624         }
1625         setBorder(unselectedBorder);
1626       }
1627
1628       return this;
1629     }
1630   }
1631
1632   class FilterRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1633   {
1634     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1635
1636     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1637
1638     public FilterRenderer()
1639     {
1640       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1641       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1642       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1643     }
1644
1645     @Override
1646     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl,
1647             Object filter, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1648             int column)
1649     {
1650       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) filter;
1651       setOpaque(true);
1652       String asText = theFilter.toString();
1653       setBackground(tbl.getBackground());
1654       this.setText(asText);
1655       this.setIcon(null);
1656
1657       if (isSelected)
1658       {
1659         if (selectedBorder == null)
1660         {
1661           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1662                   tbl.getSelectionBackground());
1663         }
1664         setBorder(selectedBorder);
1665       }
1666       else
1667       {
1668         if (unselectedBorder == null)
1669         {
1670           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1671                   tbl.getBackground());
1672         }
1673         setBorder(unselectedBorder);
1674       }
1675
1676       return this;
1677     }
1678   }
1679
1680   /**
1681    * update comp using rendering settings from gcol
1682    *
1683    * @param comp
1684    * @param gcol
1685    */
1686   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol)
1687   {
1688     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1689     if (w < 20)
1690     {
1691       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1692       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1693       if (w < 20)
1694       {
1695         w = 80;
1696         h = 12;
1697       }
1698     }
1699     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1700   }
1701
1702   @SuppressWarnings("serial")
1703 class ColorEditor extends AbstractCellEditor
1704           implements TableCellEditor, ActionListener
1705   {
1706     FeatureColourI currentColor;
1707
1708     FeatureTypeSettings chooser;
1709
1710     String type;
1711
1712     JButton button;
1713
1714     protected static final String EDIT = "edit";
1715
1716     int rowSelected = 0;
1717
1718     public ColorEditor()
1719     {
1720       // Set up the editor (from the table's point of view),
1721       // which is a button.
1722       // This button brings up the color chooser dialog,
1723       // which is the editor from the user's point of view.
1724       button = new JButton();
1725       button.setActionCommand(EDIT);
1726       button.addActionListener(this);
1727       button.setBorderPainted(false);
1728     }
1729
1730     /**
1731      * Handles events from the editor button, and from the colour/filters
1732      * dialog's OK button
1733      */
1734     @Override
1735     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1736     {
1737       if (button == e.getSource())
1738       {
1739         if (currentColor.isSimpleColour())
1740         {
1741           /*
1742            * simple colour chooser
1743            */
1744           String ttl = MessageManager.formatMessage("label.select_colour_for", type);
1745           ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
1746           {
1747             @Override
1748             public void colourSelected(Color c)
1749             {
1750               currentColor = new FeatureColour(c);
1751               table.setValueAt(currentColor, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
1752               fireEditingStopped();
1753             }
1754                         @Override
1755                         public void cancel()
1756                         {
1757                   fireEditingStopped();
1758                         }
1759           };
1760           JalviewColourChooser.showColourChooser(button,  ttl,  currentColor.getColour(), listener);
1761         }
1762         else
1763         {
1764           /*
1765            * variable colour and filters dialog
1766            */
1767           chooser = new FeatureTypeSettings(fr, type);
1768           if (!Jalview.isJS())
1769           {
1770             chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1771             chooser.requestFocus();
1772           }
1773           chooser.addActionListener(this);
1774           fireEditingStopped();
1775         }
1776       }
1777       else
1778       {
1779         /*
1780          * after OK in variable colour dialog, any changes to colour
1781          * (or filters!) are already set in FeatureRenderer, so just
1782          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1783          */
1784         currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1785         FeatureMatcherSetI currentFilter = fr.getFeatureFilter(type);
1786         if (currentFilter == null)
1787         {
1788           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1789         }
1790         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1791                 .getData()[rowSelected];
1792         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1793         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1794         fireEditingStopped();
1795         // SwingJS needs an explicit repaint() here,
1796         // rather than relying upon no validation having
1797         // occurred since the stopEditing call was made.
1798         // Its laying out has not been stopped by the modal frame
1799         table.validate();
1800         table.repaint();
1801       }
1802     }
1803
1804     /**
1805      * Override allows access to this method from anonymous inner classes
1806      */
1807     @Override
1808         protected void fireEditingStopped()
1809     {
1810             super.fireEditingStopped();
1811         }
1812
1813         // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
1814     @Override
1815     public Object getCellEditorValue()
1816     {
1817       return currentColor;
1818     }
1819
1820     // Implement the one method defined by TableCellEditor.
1821     @Override
1822     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
1823             boolean isSelected, int row, int column)
1824     {
1825       currentColor = (FeatureColourI) value;
1826       this.rowSelected = row;
1827       type = table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1828       button.setOpaque(true);
1829       button.setBackground(FeatureSettings.this.getBackground());
1830       if (!currentColor.isSimpleColour())
1831       {
1832         JLabel btn = new JLabel();
1833         btn.setSize(button.getSize());
1834         FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentColor);
1835         button.setBackground(btn.getBackground());
1836         button.setIcon(btn.getIcon());
1837         button.setText(btn.getText());
1838       }
1839       else
1840       {
1841         button.setText("");
1842         button.setIcon(null);
1843         button.setBackground(currentColor.getColour());
1844       }
1845       return button;
1846     }
1847   }
1848
1849   /**
1850    * The cell editor for the Filter column. It displays the text of any filters
1851    * for the feature type in that row (in full as a tooltip, possible abbreviated
1852    * as display text). On click in the cell, opens the Feature Display Settings
1853    * dialog at the Filters tab.
1854    */
1855   @SuppressWarnings("serial")
1856 class FilterEditor extends AbstractCellEditor
1857           implements TableCellEditor, ActionListener
1858   {
1859
1860     FeatureMatcherSetI currentFilter;
1861
1862     Point lastLocation;
1863
1864     String type;
1865
1866     JButton button;
1867
1868     protected static final String EDIT = "edit";
1869
1870     int rowSelected = 0;
1871
1872     public FilterEditor()
1873     {
1874       button = new JButton();
1875       button.setActionCommand(EDIT);
1876       button.addActionListener(this);
1877       button.setBorderPainted(false);
1878     }
1879
1880     /**
1881      * Handles events from the editor button
1882      */
1883     @Override
1884     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1885     {
1886       if (button == e.getSource())
1887       {
1888         FeatureTypeSettings chooser = new FeatureTypeSettings(fr, type);
1889         chooser.addActionListener(this);
1890         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1891         chooser.requestFocus();
1892         if (lastLocation != null)
1893         {
1894           // todo open at its last position on screen
1895           chooser.setBounds(lastLocation.x, lastLocation.y,
1896                   chooser.getWidth(), chooser.getHeight());
1897           chooser.validate();
1898         }
1899         fireEditingStopped();
1900       }
1901       else if (e.getSource() instanceof Component)
1902       {
1903
1904         /*
1905          * after OK in variable colour dialog, any changes to filter
1906          * (or colours!) are already set in FeatureRenderer, so just
1907          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1908          */
1909         FeatureColourI currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1910         currentFilter = fr.getFeatureFilter(type);
1911         if (currentFilter == null)
1912         {
1913           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1914         }
1915
1916         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1917                 .getData()[rowSelected];
1918         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1919         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1920         fireEditingStopped();
1921         // SwingJS needs an explicit repaint() here,
1922         // rather than relying upon no validation having
1923         // occurred since the stopEditing call was made.
1924         // Its laying out has not been stopped by the modal frame
1925         table.validate();
1926         table.repaint();
1927       }
1928     }
1929
1930     @Override
1931     public Object getCellEditorValue()
1932     {
1933       return currentFilter;
1934     }
1935
1936     @Override
1937     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
1938             boolean isSelected, int row, int column)
1939     {
1940       currentFilter = (FeatureMatcherSetI) value;
1941       this.rowSelected = row;
1942       type = table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1943       button.setOpaque(true);
1944       button.setBackground(FeatureSettings.this.getBackground());
1945       button.setText(currentFilter.toString());
1946       button.setIcon(null);
1947       return button;
1948     }
1949   }
1950 }
1951
1952 class FeatureIcon implements Icon
1953 {
1954   FeatureColourI gcol;
1955
1956   Color backg;
1957
1958   boolean midspace = false;
1959
1960   int width = 50, height = 20;
1961
1962   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
1963
1964   Color mpcolour = Color.white;
1965
1966   FeatureIcon(FeatureColourI gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
1967   {
1968     gcol = gfc;
1969     backg = bg;
1970     width = w;
1971     height = h;
1972     midspace = mspace;
1973     if (midspace)
1974     {
1975       s1 = width / 3;
1976       e1 = s1 * 2;
1977     }
1978     else
1979     {
1980       s1 = width / 2;
1981       e1 = s1;
1982     }
1983   }
1984
1985   @Override
1986   public int getIconWidth()
1987   {
1988     return width;
1989   }
1990
1991   @Override
1992   public int getIconHeight()
1993   {
1994     return height;
1995   }
1996
1997   @Override
1998   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
1999   {
2000
2001     if (gcol.isColourByLabel())
2002     {
2003       g.setColor(backg);
2004       g.fillRect(0, 0, width, height);
2005       // need an icon here.
2006       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2007
2008       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
2009
2010       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
2011       // AffineTransform.getScaleInstance(
2012       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
2013       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
2014
2015       g.drawString(MessageManager.getString("label.label"), 0, 0);
2016
2017     }
2018     else
2019     {
2020       Color minCol = gcol.getMinColour();
2021       g.setColor(minCol);
2022       g.fillRect(0, 0, s1, height);
2023       if (midspace)
2024       {
2025         g.setColor(Color.white);
2026         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
2027       }
2028       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2029 //      g.fillRect(0, e1, width - e1, height);  // BH 2018
2030       g.fillRect(e1, 0, width - e1, height);
2031     }
2032   }
2033 }