src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  28 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherI;
  29 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  30 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  31 import jalview.gui.Help.HelpId;
  32 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  33 import jalview.io.JalviewFileView;
  34 import jalview.schemes.FeatureColour;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36 import jalview.util.Platform;
  37 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel.FeatureSettingsBean;
  38 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours;
  39 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Colour;
  40 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Filter;
  41 import jalview.xml.binding.jalview.ObjectFactory;
  42
  43 import java.awt.BorderLayout;
  44 import java.awt.Color;
  45 import java.awt.Component;
  46 import java.awt.Dimension;
  47 import java.awt.Font;
  48 import java.awt.Graphics;
  49 import java.awt.GridLayout;
  50 import java.awt.Point;
  51 import java.awt.Rectangle;
  52 import java.awt.event.ActionEvent;
  53 import java.awt.event.ActionListener;
  54 import java.awt.event.ItemEvent;
  55 import java.awt.event.ItemListener;
  56 import java.awt.event.MouseAdapter;
  57 import java.awt.event.MouseEvent;
  58 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  59 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  60 import java.beans.PropertyChangeListener;
  61 import java.io.File;
  62 import java.io.FileInputStream;
  63 import java.io.FileOutputStream;
  64 import java.io.InputStreamReader;
  65 import java.io.OutputStreamWriter;
  66 import java.io.PrintWriter;
  67 import java.util.Arrays;
  68 import java.util.Comparator;
  69 import java.util.HashMap;
  70 import java.util.HashSet;
  71 import java.util.Hashtable;
  72 import java.util.Iterator;
  73 import java.util.List;
  74 import java.util.Map;
  75 import java.util.Set;
  76
  77 import javax.help.HelpSetException;
  78 import javax.swing.AbstractCellEditor;
  79 import javax.swing.BorderFactory;
  80 import javax.swing.Icon;
  81 import javax.swing.JButton;
  82 import javax.swing.JCheckBox;
  83 import javax.swing.JColorChooser;
  84 import javax.swing.JDialog;
  85 import javax.swing.JInternalFrame;
  86 import javax.swing.JLabel;
  87 import javax.swing.JLayeredPane;
  88 import javax.swing.JMenuItem;
  89 import javax.swing.JPanel;
  90 import javax.swing.JPopupMenu;
  91 import javax.swing.JScrollPane;
  92 import javax.swing.JSlider;
  93 import javax.swing.JTable;
  94 import javax.swing.ListSelectionModel;
  95 import javax.swing.SwingConstants;
  96 import javax.swing.border.Border;
  97 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  98 import javax.swing.event.ChangeListener;
  99 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
 100 import javax.swing.table.JTableHeader;
 101 import javax.swing.table.TableCellEditor;
 102 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
 103 import javax.swing.table.TableColumn;
 104 import javax.xml.bind.JAXBContext;
 105 import javax.xml.bind.JAXBElement;
 106 import javax.xml.bind.Marshaller;
 107 import javax.xml.stream.XMLInputFactory;
 108 import javax.xml.stream.XMLStreamReader;
 109
 110 public class FeatureSettings extends JPanel
 111         implements FeatureSettingsControllerI
 112 {
 113   private static final String SEQUENCE_FEATURE_COLOURS = MessageManager
 114           .getString("label.sequence_feature_colours");
 115
 116   /*
 117    * column indices of fields in Feature Settings table
 118    */
 119   static final int TYPE_COLUMN = 0;
 120
 121   static final int COLOUR_COLUMN = 1;
 122
 123   static final int FILTER_COLUMN = 2;
 124
 125   static final int SHOW_COLUMN = 3;
 126
 127   private static final int COLUMN_COUNT = 4;
 128
 129   private static final int MIN_WIDTH = 400;
 130
 131   private static final int MIN_HEIGHT = 400;
 132
 133   private final static String BASE_TOOLTIP = MessageManager.getString("label.click_to_edit");
 134
 135   final FeatureRenderer fr;
 136
 137   public final AlignFrame af;
 138
 139   /*
 140    * 'original' fields hold settings to restore on Cancel
 141    */
 142   Object[][] originalData;
 143
 144   private float originalTransparency;
 145
 146   private Map<String, FeatureMatcherSetI> originalFilters;
 147
 148   final JInternalFrame frame;
 149
 150   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 151
 152   JTable table;
 153
 154   JPanel groupPanel;
 155
 156   JSlider transparency;
 157
 158   /*
 159    * when true, constructor is still executing - so ignore UI events
 160    */
 161   protected volatile boolean inConstruction = true;
 162
 163   int selectedRow = -1;
 164
 165   boolean resettingTable = false;
 166
 167   /*
 168    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 169    */
 170   private boolean handlingUpdate = false;
 171
 172   /*
 173    * holds {featureCount, totalExtent} for each feature type
 174    */
 175   Map<String, float[]> typeWidth = null;
 176
 177   /**
 178    * Constructor
 179    *
 180    * @param af
 181    */
 182   public FeatureSettings(AlignFrame alignFrame)
 183   {
 184     this.af = alignFrame;
 185     fr = af.getFeatureRenderer();
 186
 187     // save transparency for restore on Cancel
 188     originalTransparency = fr.getTransparency();
 189     int originalTransparencyAsPercent = (int) (originalTransparency * 100);
 190     transparency = new JSlider(0, 70, 100 - originalTransparencyAsPercent);
 191
 192     originalFilters = new HashMap<>(fr.getFeatureFilters()); // shallow copy
 193
 194     try
 195     {
 196       jbInit();
 197     } catch (Exception ex)
 198     {
 199       ex.printStackTrace();
 200     }
 201
 202     table = new JTable()
 203     {
 204       @Override
 205       public String getToolTipText(MouseEvent e)
 206       {
 207         String tip = null;
 208         int column = table.columnAtPoint(e.getPoint());
 209         int row = table.rowAtPoint(e.getPoint());
 210
 211         switch (column)
 212         {
 213         case TYPE_COLUMN:
 214           tip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager
 215                   .getString("label.feature_settings_click_drag"));
 216           break;
 217         case COLOUR_COLUMN:
 218           FeatureColourI colour = (FeatureColourI) table.getValueAt(row,
 219                   column);
 220           tip = getColorTooltip(colour, true);
 221           break;
 222         case FILTER_COLUMN:
 223           FeatureMatcherSet o = (FeatureMatcherSet) table.getValueAt(row,
 224                   column);
 225           tip = o.isEmpty()
 226                   ? MessageManager
 227                           .getString("label.configure_feature_tooltip")
 228                   : o.toString();
 229           break;
 230         default:
 231           break;
 232         }
 233
 234         return tip;
 235       }
 236
 237       /**
 238        * Position the tooltip near the bottom edge of, and half way across, the
 239        * current cell
 240        */
 241       @Override
 242       public Point getToolTipLocation(MouseEvent e)
 243       {
 244         Point point = e.getPoint();
 245         int column = table.columnAtPoint(point);
 246         int row = table.rowAtPoint(point);
 247         Rectangle r = getCellRect(row, column, false);
 248         Point loc = new Point(r.x + r.width / 2, r.y + r.height - 3);
 249         return loc;
 250       }
 251     };
 252     JTableHeader tableHeader = table.getTableHeader();
 253     tableHeader.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 254     tableHeader.setReorderingAllowed(false);
 255     table.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 256
 257     table.setDefaultEditor(FeatureColour.class, new ColorEditor(this));
 258     table.setDefaultRenderer(FeatureColour.class, new ColorRenderer());
 259
 260     table.setDefaultEditor(FeatureMatcherSet.class, new FilterEditor(this));
 261     table.setDefaultRenderer(FeatureMatcherSet.class, new FilterRenderer());
 262
 263     TableColumn colourColumn = new TableColumn(COLOUR_COLUMN, 75,
 264             new ColorRenderer(), new ColorEditor(this));
 265     table.addColumn(colourColumn);
 266
 267     TableColumn filterColumn = new TableColumn(FILTER_COLUMN, 75,
 268             new FilterRenderer(), new FilterEditor(this));
 269     table.addColumn(filterColumn);
 270
 271     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 272
 273     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
 274     {
 275       @Override
 276       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 277       {
 278         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 279         String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 280         if (evt.isPopupTrigger())
 281         {
 282           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 283           popupSort(selectedRow, type, colour, fr.getMinMax(), evt.getX(),
 284                   evt.getY());
 285         }
 286         else if (evt.getClickCount() == 2)
 287         {
 288           boolean invertSelection = evt.isAltDown();
 289           boolean toggleSelection = Platform.isControlDown(evt);
 290           boolean extendSelection = evt.isShiftDown();
 291           fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 292                   invertSelection, extendSelection, toggleSelection, type);
 293         }
 294       }
 295
 296       // isPopupTrigger fires on mouseReleased on Windows
 297       @Override
 298       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 299       {
 300         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 301         if (evt.isPopupTrigger())
 302         {
 303           String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 304           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 305           popupSort(selectedRow, type, colour, fr.getMinMax(), evt.getX(),
 306                   evt.getY());
 307         }
 308       }
 309     });
 310
 311     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 312     {
 313       @Override
 314       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 315       {
 316         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 317         if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
 318         {
 319           /*
 320            * reposition 'selectedRow' to 'newRow' (the dragged to location)
 321            * this could be more than one row away for a very fast drag action
 322            * so just swap it with adjacent rows until we get it there
 323            */
 324           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 325                   .getData();
 326           int direction = newRow < selectedRow ? -1 : 1;
 327           for (int i = selectedRow; i != newRow; i += direction)
 328           {
 329             Object[] temp = data[i];
 330             data[i] = data[i + direction];
 331             data[i + direction] = temp;
 332           }
 333           updateFeatureRenderer(data);
 334           table.repaint();
 335           selectedRow = newRow;
 336         }
 337       }
 338     });
 339     // table.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 340     // MessageManager.getString("label.feature_settings_click_drag")));
 341     scrollPane.setViewportView(table);
 342
 343     if (af.getViewport().isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 344     {
 345       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 346     }
 347
 348     discoverAllFeatureData();
 349     final PropertyChangeListener change;
 350     final FeatureSettings fs = this;
 351     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 352     {
 353       @Override
 354       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 355       {
 356         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 357         {
 358           fs.handlingUpdate = true;
 359           fs.resetTable(null);
 360           // new groups may be added with new sequence feature types only
 361           fs.handlingUpdate = false;
 362         }
 363       }
 364
 365     });
 366
 367     frame = new JInternalFrame();
 368     frame.setContentPane(this);
 369     if (Platform.isAMac())
 370     {
 371       Desktop.addInternalFrame(frame,
 372               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 373               600, 480);
 374     }
 375     else
 376     {
 377       Desktop.addInternalFrame(frame,
 378               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 379               600, 450);
 380     }
 381     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 382
 383     frame.addInternalFrameListener(
 384             new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 385             {
 386               @Override
 387               public void internalFrameClosed(
 388                       javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 389               {
 390                 fr.removePropertyChangeListener(change);
 391               };
 392             });
 393     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 394     inConstruction = false;
 395   }
 396
 397   protected void popupSort(final int rowSelected, final String type,
 398           final Object typeCol, final Map<String, float[][]> minmax, int x,
 399           int y)
 400   {
 401     final FeatureColourI featureColour = (FeatureColourI) typeCol;
 402
 403     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager
 404             .formatMessage("label.settings_for_param", new String[]
 405             { type }));
 406     JMenuItem scr = new JMenuItem(
 407             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 408     men.add(scr);
 409     final FeatureSettings me = this;
 410     scr.addActionListener(new ActionListener()
 411     {
 412
 413       @Override
 414       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 415       {
 416         me.af.avc
 417                 .sortAlignmentByFeatureScore(Arrays.asList(new String[]
 418                 { type }));
 419       }
 420
 421     });
 422     JMenuItem dens = new JMenuItem(
 423             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 424     dens.addActionListener(new ActionListener()
 425     {
 426
 427       @Override
 428       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 429       {
 430         me.af.avc
 431                 .sortAlignmentByFeatureDensity(Arrays.asList(new String[]
 432                 { type }));
 433       }
 434
 435     });
 436     men.add(dens);
 437
 438     JMenuItem selCols = new JMenuItem(
 439             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 440     selCols.addActionListener(new ActionListener()
 441     {
 442       @Override
 443       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 444       {
 445         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 446                 false, type);
 447       }
 448     });
 449     JMenuItem clearCols = new JMenuItem(MessageManager
 450             .getString("label.select_columns_not_containing"));
 451     clearCols.addActionListener(new ActionListener()
 452     {
 453       @Override
 454       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 455       {
 456         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 457                 false, type);
 458       }
 459     });
 460     JMenuItem hideCols = new JMenuItem(
 461             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 462     hideCols.addActionListener(new ActionListener()
 463     {
 464       @Override
 465       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 466       {
 467         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, true);
 468       }
 469     });
 470     JMenuItem hideOtherCols = new JMenuItem(
 471             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 472     hideOtherCols.addActionListener(new ActionListener()
 473     {
 474       @Override
 475       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 476       {
 477         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, false);
 478       }
 479     });
 480     men.add(selCols);
 481     men.add(clearCols);
 482     men.add(hideCols);
 483     men.add(hideOtherCols);
 484     men.show(table, x, y);
 485   }
 486
 487   @Override
 488   synchronized public void discoverAllFeatureData()
 489   {
 490     Set<String> allGroups = new HashSet<>();
 491     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 492
 493     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 494     {
 495       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(i);
 496       for (String group : seq.getFeatures().getFeatureGroups(true))
 497       {
 498         if (group != null && !allGroups.contains(group))
 499         {
 500           allGroups.add(group);
 501           checkGroupState(group);
 502         }
 503       }
 504     }
 505
 506     resetTable(null);
 507
 508     validate();
 509   }
 510
 511   /**
 512    * Synchronise gui group list and check visibility of group
 513    *
 514    * @param group
 515    * @return true if group is visible
 516    */
 517   private boolean checkGroupState(String group)
 518   {
 519     boolean visible = fr.checkGroupVisibility(group, true);
 520
 521     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 522     {
 523       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 524       {
 525         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 526         return visible;
 527       }
 528     }
 529
 530     final String grp = group;
 531     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 532     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 533     check.setToolTipText(group);
 534     check.addItemListener(new ItemListener()
 535     {
 536       @Override
 537       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 538       {
 539         fr.setGroupVisibility(check.getText(), check.isSelected());
 540         resetTable(new String[] { grp });
 541         af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
 542       }
 543     });
 544     groupPanel.add(check);
 545     return visible;
 546   }
 547
 548   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 549   {
 550     if (resettingTable)
 551     {
 552       return;
 553     }
 554     resettingTable = true;
 555     typeWidth = new Hashtable<>();
 556     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 557     // rather than float
 558
 559     Set<String> displayableTypes = new HashSet<>();
 560     Set<String> foundGroups = new HashSet<>();
 561
 562     /*
 563      * determine which feature types may be visible depending on
 564      * which groups are selected, and recompute average width data
 565      */
 566     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 567     {
 568
 569       SequenceI seq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i);
 570
 571       /*
 572        * get the sequence's groups for positional features
 573        * and keep track of which groups are visible
 574        */
 575       Set<String> groups = seq.getFeatures().getFeatureGroups(true);
 576       Set<String> visibleGroups = new HashSet<>();
 577       for (String group : groups)
 578       {
 579         if (group == null || checkGroupState(group))
 580         {
 581           visibleGroups.add(group);
 582         }
 583       }
 584       foundGroups.addAll(groups);
 585
 586       /*
 587        * get distinct feature types for visible groups
 588        * record distinct visible types, and their count and total length
 589        */
 590       Set<String> types = seq.getFeatures().getFeatureTypesForGroups(true,
 591               visibleGroups.toArray(new String[visibleGroups.size()]));
 592       for (String type : types)
 593       {
 594         displayableTypes.add(type);
 595         float[] avWidth = typeWidth.get(type);
 596         if (avWidth == null)
 597         {
 598           avWidth = new float[2];
 599           typeWidth.put(type, avWidth);
 600         }
 601         // todo this could include features with a non-visible group
 602         // - do we greatly care?
 603         // todo should we include non-displayable features here, and only
 604         // update when features are added?
 605         avWidth[0] += seq.getFeatures().getFeatureCount(true, type);
 606         avWidth[1] += seq.getFeatures().getTotalFeatureLength(type);
 607       }
 608     }
 609
 610     Object[][] data = new Object[displayableTypes.size()][COLUMN_COUNT];
 611     int dataIndex = 0;
 612
 613     if (fr.hasRenderOrder())
 614     {
 615       if (!handlingUpdate)
 616       {
 617         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 618         // colourschemes. but don't
 619         // affect display
 620         // First add the checks in the previous render order,
 621         // in case the window has been closed and reopened
 622       }
 623       List<String> frl = fr.getRenderOrder();
 624       for (int ro = frl.size() - 1; ro > -1; ro--)
 625       {
 626         String type = frl.get(ro);
 627
 628         if (!displayableTypes.contains(type))
 629         {
 630           continue;
 631         }
 632
 633         data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 634         data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 635         FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 636         data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 637                 ? new FeatureMatcherSet()
 638                 : featureFilter;
 639         data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = Boolean.valueOf(
 640                 af.getViewport().getFeaturesDisplayed().isVisible(type));
 641         dataIndex++;
 642         displayableTypes.remove(type);
 643       }
 644     }
 645
 646     /*
 647      * process any extra features belonging only to
 648      * a group which was just selected
 649      */
 650     while (!displayableTypes.isEmpty())
 651     {
 652       String type = displayableTypes.iterator().next();
 653       data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 654
 655       data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 656       if (data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] == null)
 657       {
 658         // "Colour has been updated in another view!!"
 659         fr.clearRenderOrder();
 660         return;
 661       }
 662       FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 663       data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 664               ? new FeatureMatcherSet()
 665               : featureFilter;
 666       data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = Boolean.valueOf(true);
 667       dataIndex++;
 668       displayableTypes.remove(type);
 669     }
 670
 671     if (originalData == null)
 672     {
 673       originalData = new Object[data.length][COLUMN_COUNT];
 674       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 675       {
 676         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, COLUMN_COUNT);
 677       }
 678     }
 679     else
 680     {
 681       updateOriginalData(data);
 682     }
 683
 684     table.setModel(new FeatureTableModel(data));
 685     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 686
 687     groupPanel.setLayout(
 688             new GridLayout(fr.getFeatureGroupsSize() / 4 + 1, 4));
 689     pruneGroups(foundGroups);
 690     groupPanel.validate();
 691
 692     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 693     resettingTable = false;
 694   }
 695
 696   /**
 697    * Updates 'originalData' (used for restore on Cancel) if we detect that changes
 698    * have been made outwith this dialog
 699    * <ul>
 700    * <li>a new feature type added (and made visible)</li>
 701    * <li>a feature colour changed (in the Amend Features dialog)</li>
 702    * </ul>
 703    *
 704    * @param foundData
 705    */
 706   protected void updateOriginalData(Object[][] foundData)
 707   {
 708     // todo LinkedHashMap instead of Object[][] would be nice
 709
 710     Object[][] currentData = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 711             .getData();
 712     for (Object[] row : foundData)
 713     {
 714       String type = (String) row[TYPE_COLUMN];
 715       boolean found = false;
 716       for (Object[] current : currentData)
 717       {
 718         if (type.equals(current[TYPE_COLUMN]))
 719         {
 720           found = true;
 721           /*
 722            * currently dependent on object equality here;
 723            * really need an equals method on FeatureColour
 724            */
 725           if (!row[COLOUR_COLUMN].equals(current[COLOUR_COLUMN]))
 726           {
 727             /*
 728              * feature colour has changed externally - update originalData
 729              */
 730             for (Object[] original : originalData)
 731             {
 732               if (type.equals(original[TYPE_COLUMN]))
 733               {
 734                 original[COLOUR_COLUMN] = row[COLOUR_COLUMN];
 735                 break;
 736               }
 737             }
 738           }
 739           break;
 740         }
 741       }
 742       if (!found)
 743       {
 744         /*
 745          * new feature detected - add to original data (on top)
 746          */
 747         Object[][] newData = new Object[originalData.length
 748                 + 1][COLUMN_COUNT];
 749         for (int i = 0; i < originalData.length; i++)
 750         {
 751           System.arraycopy(originalData[i], 0, newData[i + 1], 0,
 752                   COLUMN_COUNT);
 753         }
 754         newData[0] = row;
 755         originalData = newData;
 756       }
 757     }
 758   }
 759
 760   /**
 761    * Remove from the groups panel any checkboxes for groups that are not in the
 762    * foundGroups set. This enables removing a group from the display when the last
 763    * feature in that group is deleted.
 764    *
 765    * @param foundGroups
 766    */
 767   protected void pruneGroups(Set<String> foundGroups)
 768   {
 769     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 770     {
 771       JCheckBox checkbox = (JCheckBox) groupPanel.getComponent(g);
 772       if (!foundGroups.contains(checkbox.getText()))
 773       {
 774         groupPanel.remove(checkbox);
 775       }
 776     }
 777   }
 778
 779   /**
 780    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 781    *
 782    * @param data
 783    */
 784   private void ensureOrder(Object[][] data)
 785   {
 786     boolean sort = false;
 787     float[] order = new float[data.length];
 788     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 789     {
 790       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 791       if (order[i] < 0)
 792       {
 793         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 794       }
 795       if (i > 1)
 796       {
 797         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 798       }
 799     }
 800     if (sort)
 801     {
 802       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 803     }
 804   }
 805
 806   /**
 807    * Offers a file chooser dialog, and then loads the feature colours and
 808    * filters from file in XML format and unmarshals to Jalview feature settings
 809    */
 810   void load()
 811   {
 812     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 813             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 814     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 815     chooser.setDialogTitle(
 816             MessageManager.getString("label.load_feature_colours"));
 817     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 818
 819     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 820
 821     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 822     {
 823       File file = chooser.getSelectedFile();
 824       load(file);
 825     }
 826   }
 827
 828   /**
 829    * Loads feature colours and filters from XML stored in the given file
 830    *
 831    * @param file
 832    */
 833   void load(File file)
 834   {
 835     try
 836     {
 837       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 838               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 839
 840       JAXBContext jc = JAXBContext
 841               .newInstance("jalview.xml.binding.jalview");
 842       javax.xml.bind.Unmarshaller um = jc.createUnmarshaller();
 843       XMLStreamReader streamReader = XMLInputFactory.newInstance()
 844               .createXMLStreamReader(in);
 845       JAXBElement<JalviewUserColours> jbe = um.unmarshal(streamReader,
 846               JalviewUserColours.class);
 847       JalviewUserColours jucs = jbe.getValue();
 848
 849       // JalviewUserColours jucs = JalviewUserColours.unmarshal(in);
 850
 851       /*
 852        * load feature colours
 853        */
 854       for (int i = jucs.getColour().size() - 1; i >= 0; i--)
 855       {
 856         Colour newcol = jucs.getColour().get(i);
 857         FeatureColourI colour = jalview.project.Jalview2XML
 858                 .parseColour(newcol);
 859         fr.setColour(newcol.getName(), colour);
 860         fr.setOrder(newcol.getName(), i / (float) jucs.getColour().size());
 861       }
 862
 863       /*
 864        * load feature filters; loaded filters will replace any that are
 865        * currently defined, other defined filters are left unchanged
 866        */
 867       for (int i = 0; i < jucs.getFilter().size(); i++)
 868       {
 869         Filter filterModel = jucs.getFilter().get(i);
 870         String featureType = filterModel.getFeatureType();
 871         FeatureMatcherSetI filter = jalview.project.Jalview2XML
 872                 .parseFilter(featureType, filterModel.getMatcherSet());
 873         if (!filter.isEmpty())
 874         {
 875           fr.setFeatureFilter(featureType, filter);
 876         }
 877       }
 878
 879       /*
 880        * update feature settings table
 881        */
 882       if (table != null)
 883       {
 884         resetTable(null);
 885         Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 886                 .getData();
 887         ensureOrder(data);
 888         updateFeatureRenderer(data, false);
 889         table.repaint();
 890       }
 891     } catch (Exception ex)
 892     {
 893       System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
 894     }
 895   }
 896
 897   /**
 898    * Offers a file chooser dialog, and then saves the current feature colours
 899    * and any filters to the selected file in XML format
 900    */
 901   void save()
 902   {
 903     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 904             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 905     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 906     chooser.setDialogTitle(
 907             MessageManager.getString("label.save_feature_colours"));
 908     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 909
 910     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 911
 912     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 913     {
 914       save(chooser.getSelectedFile());
 915     }
 916   }
 917
 918   /**
 919    * Saves feature colours and filters to the given file
 920    *
 921    * @param file
 922    */
 923   void save(File file)
 924   {
 925     JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
 926     ucs.setSchemeName("Sequence Features");
 927     try
 928     {
 929       PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 930               new FileOutputStream(file), "UTF-8"));
 931
 932       /*
 933        * sort feature types by colour order, from 0 (highest)
 934        * to 1 (lowest)
 935        */
 936       Set<String> fr_colours = fr.getAllFeatureColours();
 937       String[] sortedTypes = fr_colours
 938               .toArray(new String[fr_colours.size()]);
 939       Arrays.sort(sortedTypes, new Comparator<String>()
 940       {
 941         @Override
 942         public int compare(String type1, String type2)
 943         {
 944           return Float.compare(fr.getOrder(type1), fr.getOrder(type2));
 945         }
 946       });
 947
 948       /*
 949        * save feature colours
 950        */
 951       for (String featureType : sortedTypes)
 952       {
 953         FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(featureType);
 954         Colour col = jalview.project.Jalview2XML.marshalColour(featureType,
 955                 fcol);
 956         ucs.getColour().add(col);
 957       }
 958
 959       /*
 960        * save any feature filters
 961        */
 962       for (String featureType : sortedTypes)
 963       {
 964         FeatureMatcherSetI filter = fr.getFeatureFilter(featureType);
 965         if (filter != null && !filter.isEmpty())
 966         {
 967           Iterator<FeatureMatcherI> iterator = filter.getMatchers().iterator();
 968           FeatureMatcherI firstMatcher = iterator.next();
 969           jalview.xml.binding.jalview.FeatureMatcherSet ms = jalview.project.Jalview2XML
 970                   .marshalFilter(firstMatcher, iterator,
 971                   filter.isAnded());
 972           Filter filterModel = new Filter();
 973           filterModel.setFeatureType(featureType);
 974           filterModel.setMatcherSet(ms);
 975           ucs.getFilter().add(filterModel);
 976         }
 977       }
 978       JAXBContext jaxbContext = JAXBContext
 979               .newInstance(JalviewUserColours.class);
 980       Marshaller jaxbMarshaller = jaxbContext.createMarshaller();
 981       jaxbMarshaller.marshal(
 982               new ObjectFactory().createJalviewUserColours(ucs), out);
 983
 984       // jaxbMarshaller.marshal(object, pout);
 985       // marshaller.marshal(object);
 986       out.flush();
 987
 988       // ucs.marshal(out);
 989       out.close();
 990     } catch (Exception ex)
 991     {
 992       ex.printStackTrace();
 993     }
 994   }
 995
 996   public void invertSelection()
 997   {
 998     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
 999     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1000     {
1001       data[i][SHOW_COLUMN] = !(Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1002     }
1003     updateFeatureRenderer(data, true);
1004     table.repaint();
1005   }
1006
1007   public void orderByAvWidth()
1008   {
1009     if (table == null || table.getModel() == null)
1010     {
1011       return;
1012     }
1013     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1014     float[] width = new float[data.length];
1015     float[] awidth;
1016     float max = 0;
1017
1018     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1019     {
1020       awidth = typeWidth.get(data[i][TYPE_COLUMN]);
1021       if (awidth[0] > 0)
1022       {
1023         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
1024         // weight - but have to make per
1025         // sequence, too (awidth[2])
1026         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
1027       }
1028       else
1029       {
1030         width[i] = 0;
1031       }
1032       if (max < width[i])
1033       {
1034         max = width[i];
1035       }
1036     }
1037     boolean sort = false;
1038     for (int i = 0; i < width.length; i++)
1039     {
1040       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
1041       if (width[i] == 0)
1042       {
1043         width[i] = fr.getOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString());
1044         if (width[i] < 0)
1045         {
1046           width[i] = fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(),
1047                   i / data.length);
1048         }
1049       }
1050       else
1051       {
1052         width[i] /= max; // normalize
1053         fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(), width[i]); // store for later
1054       }
1055       if (i > 0)
1056       {
1057         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
1058       }
1059     }
1060     if (sort)
1061     {
1062       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
1063       // update global priority order
1064     }
1065
1066     updateFeatureRenderer(data, false);
1067     table.repaint();
1068   }
1069
1070   public void close()
1071   {
1072     try
1073     {
1074       frame.setClosed(true);
1075     } catch (Exception exe)
1076     {
1077     }
1078
1079   }
1080
1081   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
1082   {
1083     updateFeatureRenderer(data, true);
1084   }
1085
1086   /**
1087    * Update the priority order of features; only repaint if this changed the order
1088    * of visible features
1089    *
1090    * @param data
1091    * @param visibleNew
1092    */
1093   private void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
1094   {
1095     FeatureSettingsBean[] rowData = getTableAsBeans(data);
1096
1097     if (fr.setFeaturePriority(rowData, visibleNew))
1098     {
1099       af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1100     }
1101   }
1102
1103   /**
1104    * Converts table data into an array of data beans
1105    */
1106   private FeatureSettingsBean[] getTableAsBeans(Object[][] data)
1107   {
1108     FeatureSettingsBean[] rowData = new FeatureSettingsBean[data.length];
1109     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1110     {
1111       String type = (String) data[i][TYPE_COLUMN];
1112       FeatureColourI colour = (FeatureColourI) data[i][COLOUR_COLUMN];
1113       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) data[i][FILTER_COLUMN];
1114       Boolean isShown = (Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1115       rowData[i] = new FeatureSettingsBean(type, colour, theFilter,
1116               isShown);
1117     }
1118     return rowData;
1119   }
1120
1121   private void jbInit() throws Exception
1122   {
1123     this.setLayout(new BorderLayout());
1124
1125     JPanel settingsPane = new JPanel();
1126     settingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1127
1128     JPanel bigPanel = new JPanel();
1129     bigPanel.setLayout(new BorderLayout());
1130
1131     groupPanel = new JPanel();
1132     bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
1133
1134     JButton invert = new JButton(
1135             MessageManager.getString("label.invert_selection"));
1136     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1137     invert.addActionListener(new ActionListener()
1138     {
1139       @Override
1140       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1141       {
1142         invertSelection();
1143       }
1144     });
1145
1146     JButton optimizeOrder = new JButton(
1147             MessageManager.getString("label.optimise_order"));
1148     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1149     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
1150     {
1151       @Override
1152       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1153       {
1154         orderByAvWidth();
1155       }
1156     });
1157
1158     JButton sortByScore = new JButton(
1159             MessageManager.getString("label.seq_sort_by_score"));
1160     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1161     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
1162     {
1163       @Override
1164       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1165       {
1166         af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(null);
1167       }
1168     });
1169     JButton sortByDens = new JButton(
1170             MessageManager.getString("label.sequence_sort_by_density"));
1171     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1172     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
1173     {
1174       @Override
1175       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1176       {
1177         af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(null);
1178       }
1179     });
1180
1181     JButton help = new JButton(MessageManager.getString("action.help"));
1182     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1183     help.addActionListener(new ActionListener()
1184     {
1185       @Override
1186       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1187       {
1188         try
1189         {
1190           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1191         } catch (HelpSetException e1)
1192         {
1193           e1.printStackTrace();
1194         }
1195       }
1196     });
1197
1198     JButton cancel = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
1199     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1200     cancel.addActionListener(new ActionListener()
1201     {
1202       @Override
1203       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1204       {
1205         fr.setTransparency(originalTransparency);
1206         fr.setFeatureFilters(originalFilters);
1207         updateFeatureRenderer(originalData);
1208         close();
1209       }
1210     });
1211
1212     JButton ok = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
1213     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1214     ok.addActionListener(new ActionListener()
1215     {
1216       @Override
1217       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1218       {
1219         close();
1220       }
1221     });
1222
1223     JButton loadColours = new JButton(
1224             MessageManager.getString("label.load_colours"));
1225     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1226     loadColours.setToolTipText(
1227             MessageManager.getString("label.load_colours_tooltip"));
1228     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
1229     {
1230       @Override
1231       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1232       {
1233         load();
1234       }
1235     });
1236
1237     JButton saveColours = new JButton(
1238             MessageManager.getString("label.save_colours"));
1239     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1240     saveColours.setToolTipText(
1241             MessageManager.getString("label.save_colours_tooltip"));
1242     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
1243     {
1244       @Override
1245       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1246       {
1247         save();
1248       }
1249     });
1250     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
1251     {
1252       @Override
1253       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
1254       {
1255         if (!inConstruction)
1256         {
1257           fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
1258           af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1259         }
1260       }
1261     });
1262
1263     transparency.setToolTipText(
1264             MessageManager.getString("label.transparency_tip"));
1265
1266     JPanel transPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
1267     bigPanel.add(transPanel, BorderLayout.SOUTH);
1268
1269     JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
1270     transbuttons.add(optimizeOrder);
1271     transbuttons.add(invert);
1272     transbuttons.add(sortByScore);
1273     transbuttons.add(sortByDens);
1274     transbuttons.add(help);
1275     transPanel.add(transparency);
1276     transPanel.add(transbuttons);
1277
1278     JPanel buttonPanel = new JPanel();
1279     buttonPanel.add(ok);
1280     buttonPanel.add(cancel);
1281     buttonPanel.add(loadColours);
1282     buttonPanel.add(saveColours);
1283     bigPanel.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
1284     settingsPane.add(bigPanel, BorderLayout.CENTER);
1285     settingsPane.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1286     this.add(settingsPane);
1287   }
1288
1289   /**
1290    * Answers a suitable tooltip to show on the colour cell of the table
1291    *
1292    * @param fcol
1293    * @param withHint
1294    *          if true include 'click to edit' and similar text
1295    * @return
1296    */
1297   public static String getColorTooltip(FeatureColourI fcol,
1298           boolean withHint)
1299   {
1300     if (fcol == null)
1301     {
1302       return null;
1303     }
1304     if (fcol.isSimpleColour())
1305     {
1306       return withHint ? BASE_TOOLTIP : null;
1307     }
1308     String description = fcol.getDescription();
1309     description = description.replaceAll("<", "&lt;");
1310     description = description.replaceAll(">", "&gt;");
1311     StringBuilder tt = new StringBuilder(description);
1312     if (withHint)
1313     {
1314       tt.append("<br>").append(BASE_TOOLTIP).append("</br>");
1315     }
1316     return JvSwingUtils.wrapTooltip(true, tt.toString());
1317   }
1318
1319   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol,
1320           int w, int h)
1321   {
1322     boolean thr = false;
1323     StringBuilder tx = new StringBuilder();
1324
1325     if (gcol.isColourByAttribute())
1326     {
1327       tx.append(FeatureMatcher
1328               .toAttributeDisplayName(gcol.getAttributeName()));
1329     }
1330     else if (!gcol.isColourByLabel())
1331     {
1332       tx.append(MessageManager.getString("label.score"));
1333     }
1334     tx.append(" ");
1335     if (gcol.isAboveThreshold())
1336     {
1337       thr = true;
1338       tx.append(">");
1339     }
1340     if (gcol.isBelowThreshold())
1341     {
1342       thr = true;
1343       tx.append("<");
1344     }
1345     if (gcol.isColourByLabel())
1346     {
1347       if (thr)
1348       {
1349         tx.append(" ");
1350       }
1351       if (!gcol.isColourByAttribute())
1352       {
1353         tx.append("Label");
1354       }
1355       comp.setIcon(null);
1356     }
1357     else
1358     {
1359       Color newColor = gcol.getMaxColour();
1360       comp.setBackground(newColor);
1361       // System.err.println("Width is " + w / 2);
1362       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
1363       comp.setIcon(ficon);
1364       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1365       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1366       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1367       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1368     }
1369     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
1370     comp.setText(tx.toString());
1371   }
1372
1373   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1374   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1375   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1376   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1377   {
1378     private String[] columnNames = {
1379         MessageManager.getString("label.feature_type"),
1380         MessageManager.getString("action.colour"),
1381         MessageManager.getString("label.configuration"),
1382         MessageManager.getString("label.show") };
1383
1384     private Object[][] data;
1385
1386     FeatureTableModel(Object[][] data)
1387     {
1388       this.data = data;
1389     }
1390
1391     public Object[][] getData()
1392     {
1393       return data;
1394     }
1395
1396     public void setData(Object[][] data)
1397     {
1398       this.data = data;
1399     }
1400
1401     @Override
1402     public int getColumnCount()
1403     {
1404       return columnNames.length;
1405     }
1406
1407     public Object[] getRow(int row)
1408     {
1409       return data[row];
1410     }
1411
1412     @Override
1413     public int getRowCount()
1414     {
1415       return data.length;
1416     }
1417
1418     @Override
1419     public String getColumnName(int col)
1420     {
1421       return columnNames[col];
1422     }
1423
1424     @Override
1425     public Object getValueAt(int row, int col)
1426     {
1427       return data[row][col];
1428     }
1429
1430     /**
1431      * Answers the class of the object in column c of the first row of the table
1432      */
1433     @Override
1434     public Class<?> getColumnClass(int c)
1435     {
1436       Object v = getValueAt(0, c);
1437       return v == null ? null : v.getClass();
1438     }
1439
1440     @Override
1441     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1442     {
1443       return col == 0 ? false : true;
1444     }
1445
1446     @Override
1447     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1448     {
1449       data[row][col] = value;
1450       fireTableCellUpdated(row, col);
1451       updateFeatureRenderer(data);
1452     }
1453
1454   }
1455
1456   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1457   {
1458     Border unselectedBorder = null;
1459
1460     Border selectedBorder = null;
1461
1462     public ColorRenderer()
1463     {
1464       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1465       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1466       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1467     }
1468
1469     @Override
1470     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl, Object color,
1471             boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column)
1472     {
1473       FeatureColourI cellColour = (FeatureColourI) color;
1474       setOpaque(true);
1475       setBackground(tbl.getBackground());
1476       if (!cellColour.isSimpleColour())
1477       {
1478         Rectangle cr = tbl.getCellRect(row, column, false);
1479         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, cellColour,
1480                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1481       }
1482       else
1483       {
1484         this.setText("");
1485         this.setIcon(null);
1486         setBackground(cellColour.getColour());
1487       }
1488       if (isSelected)
1489       {
1490         if (selectedBorder == null)
1491         {
1492           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1493                   tbl.getSelectionBackground());
1494         }
1495         setBorder(selectedBorder);
1496       }
1497       else
1498       {
1499         if (unselectedBorder == null)
1500         {
1501           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1502                   tbl.getBackground());
1503         }
1504         setBorder(unselectedBorder);
1505       }
1506
1507       return this;
1508     }
1509   }
1510
1511   class FilterRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1512   {
1513     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1514
1515     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1516
1517     public FilterRenderer()
1518     {
1519       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1520       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1521       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1522     }
1523
1524     @Override
1525     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl,
1526             Object filter, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1527             int column)
1528     {
1529       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) filter;
1530       setOpaque(true);
1531       String asText = theFilter.toString();
1532       setBackground(tbl.getBackground());
1533       this.setText(asText);
1534       this.setIcon(null);
1535
1536       if (isSelected)
1537       {
1538         if (selectedBorder == null)
1539         {
1540           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1541                   tbl.getSelectionBackground());
1542         }
1543         setBorder(selectedBorder);
1544       }
1545       else
1546       {
1547         if (unselectedBorder == null)
1548         {
1549           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1550                   tbl.getBackground());
1551         }
1552         setBorder(unselectedBorder);
1553       }
1554
1555       return this;
1556     }
1557   }
1558
1559   /**
1560    * update comp using rendering settings from gcol
1561    *
1562    * @param comp
1563    * @param gcol
1564    */
1565   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol)
1566   {
1567     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1568     if (w < 20)
1569     {
1570       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1571       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1572       if (w < 20)
1573       {
1574         w = 80;
1575         h = 12;
1576       }
1577     }
1578     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1579   }
1580
1581   class ColorEditor extends AbstractCellEditor
1582           implements TableCellEditor, ActionListener
1583   {
1584     FeatureSettings me;
1585
1586     FeatureColourI currentColor;
1587
1588     FeatureTypeSettings chooser;
1589
1590     String type;
1591
1592     JButton button;
1593
1594     JColorChooser colorChooser;
1595
1596     JDialog dialog;
1597
1598     protected static final String EDIT = "edit";
1599
1600     int rowSelected = 0;
1601
1602     public ColorEditor(FeatureSettings me)
1603     {
1604       this.me = me;
1605       // Set up the editor (from the table's point of view),
1606       // which is a button.
1607       // This button brings up the color chooser dialog,
1608       // which is the editor from the user's point of view.
1609       button = new JButton();
1610       button.setActionCommand(EDIT);
1611       button.addActionListener(this);
1612       button.setBorderPainted(false);
1613       // Set up the dialog that the button brings up.
1614       colorChooser = new JColorChooser();
1615       dialog = JColorChooser.createDialog(button,
1616               MessageManager.getString("label.select_colour"), true, // modal
1617               colorChooser, this, // OK button handler
1618               null); // no CANCEL button handler
1619     }
1620
1621     /**
1622      * Handles events from the editor button and from the dialog's OK button.
1623      */
1624     @Override
1625     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1626     {
1627       // todo test e.getSource() instead here
1628       if (EDIT.equals(e.getActionCommand()))
1629       {
1630         // The user has clicked the cell, so
1631         // bring up the dialog.
1632         if (currentColor.isSimpleColour())
1633         {
1634           // bring up simple color chooser
1635           button.setBackground(currentColor.getColour());
1636           colorChooser.setColor(currentColor.getColour());
1637           dialog.setVisible(true);
1638         }
1639         else
1640         {
1641           // bring up graduated chooser.
1642           chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
1643           /**
1644            * @j2sNative
1645            */
1646           {
1647             chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1648             chooser.requestFocus();
1649           }
1650           chooser.addActionListener(this);
1651           // Make the renderer reappear.
1652           fireEditingStopped();
1653         }
1654       }
1655       else
1656       {
1657         if (currentColor.isSimpleColour())
1658         {
1659           /*
1660            * read off colour picked in colour chooser after OK pressed
1661            */
1662           currentColor = new FeatureColour(colorChooser.getColor());
1663           me.table.setValueAt(currentColor, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
1664         }
1665         else
1666         {
1667           /*
1668            * after OK in variable colour dialog, any changes to colour
1669            * (or filters!) are already set in FeatureRenderer, so just
1670            * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1671            */
1672           currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1673           FeatureMatcherSetI currentFilter = me.fr.getFeatureFilter(type);
1674           if (currentFilter == null)
1675           {
1676             currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1677           }
1678           Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1679                   .getData()[rowSelected];
1680           data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1681           data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1682         }
1683         fireEditingStopped();
1684         me.table.validate();
1685       }
1686     }
1687
1688     // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
1689     @Override
1690     public Object getCellEditorValue()
1691     {
1692       return currentColor;
1693     }
1694
1695     // Implement the one method defined by TableCellEditor.
1696     @Override
1697     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
1698             boolean isSelected, int row, int column)
1699     {
1700       currentColor = (FeatureColourI) value;
1701       this.rowSelected = row;
1702       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1703       button.setOpaque(true);
1704       button.setBackground(me.getBackground());
1705       if (!currentColor.isSimpleColour())
1706       {
1707         JLabel btn = new JLabel();
1708         btn.setSize(button.getSize());
1709         FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentColor);
1710         button.setBackground(btn.getBackground());
1711         button.setIcon(btn.getIcon());
1712         button.setText(btn.getText());
1713       }
1714       else
1715       {
1716         button.setText("");
1717         button.setIcon(null);
1718         button.setBackground(currentColor.getColour());
1719       }
1720       return button;
1721     }
1722   }
1723
1724   /**
1725    * The cell editor for the Filter column. It displays the text of any filters
1726    * for the feature type in that row (in full as a tooltip, possible abbreviated
1727    * as display text). On click in the cell, opens the Feature Display Settings
1728    * dialog at the Filters tab.
1729    */
1730   class FilterEditor extends AbstractCellEditor
1731           implements TableCellEditor, ActionListener
1732   {
1733     FeatureSettings me;
1734
1735     FeatureMatcherSetI currentFilter;
1736
1737     Point lastLocation;
1738
1739     String type;
1740
1741     JButton button;
1742
1743     protected static final String EDIT = "edit";
1744
1745     int rowSelected = 0;
1746
1747     public FilterEditor(FeatureSettings me)
1748     {
1749       this.me = me;
1750       button = new JButton();
1751       button.setActionCommand(EDIT);
1752       button.addActionListener(this);
1753       button.setBorderPainted(false);
1754     }
1755
1756     /**
1757      * Handles events from the editor button
1758      */
1759     @Override
1760     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1761     {
1762       if (button == e.getSource())
1763       {
1764         FeatureTypeSettings chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
1765         chooser.addActionListener(this);
1766         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1767         chooser.requestFocus();
1768         if (lastLocation != null)
1769         {
1770           // todo open at its last position on screen
1771           chooser.setBounds(lastLocation.x, lastLocation.y,
1772                   chooser.getWidth(), chooser.getHeight());
1773           chooser.validate();
1774         }
1775         fireEditingStopped();
1776       }
1777       else if (e.getSource() instanceof Component)
1778       {
1779
1780         /*
1781          * after OK in variable colour dialog, any changes to filter
1782          * (or colours!) are already set in FeatureRenderer, so just
1783          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1784          */
1785         FeatureColourI currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1786         currentFilter = me.fr.getFeatureFilter(type);
1787         if (currentFilter == null)
1788         {
1789           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1790         }
1791         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1792                 .getData()[rowSelected];
1793         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1794         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1795         fireEditingStopped();
1796         me.table.validate();
1797       }
1798     }
1799
1800     @Override
1801     public Object getCellEditorValue()
1802     {
1803       return currentFilter;
1804     }
1805
1806     @Override
1807     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
1808             boolean isSelected, int row, int column)
1809     {
1810       currentFilter = (FeatureMatcherSetI) value;
1811       this.rowSelected = row;
1812       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1813       button.setOpaque(true);
1814       button.setBackground(me.getBackground());
1815       button.setText(currentFilter.toString());
1816       button.setIcon(null);
1817       return button;
1818     }
1819   }
1820 }
1821
1822 class FeatureIcon implements Icon
1823 {
1824   FeatureColourI gcol;
1825
1826   Color backg;
1827
1828   boolean midspace = false;
1829
1830   int width = 50, height = 20;
1831
1832   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
1833
1834   Color mpcolour = Color.white;
1835
1836   FeatureIcon(FeatureColourI gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
1837   {
1838     gcol = gfc;
1839     backg = bg;
1840     width = w;
1841     height = h;
1842     midspace = mspace;
1843     if (midspace)
1844     {
1845       s1 = width / 3;
1846       e1 = s1 * 2;
1847     }
1848     else
1849     {
1850       s1 = width / 2;
1851       e1 = s1;
1852     }
1853   }
1854
1855   @Override
1856   public int getIconWidth()
1857   {
1858     return width;
1859   }
1860
1861   @Override
1862   public int getIconHeight()
1863   {
1864     return height;
1865   }
1866
1867   @Override
1868   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
1869   {
1870
1871     if (gcol.isColourByLabel())
1872     {
1873       g.setColor(backg);
1874       g.fillRect(0, 0, width, height);
1875       // need an icon here.
1876       g.setColor(gcol.getMaxColour());
1877
1878       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
1879
1880       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
1881       // AffineTransform.getScaleInstance(
1882       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
1883       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
1884
1885       g.drawString(MessageManager.getString("label.label"), 0, 0);
1886
1887     }
1888     else
1889     {
1890       Color minCol = gcol.getMinColour();
1891       g.setColor(minCol);
1892       g.fillRect(0, 0, s1, height);
1893       if (midspace)
1894       {
1895         g.setColor(Color.white);
1896         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
1897       }
1898       g.setColor(gcol.getMaxColour());
1899       g.fillRect(0, e1, width - e1, height);
1900     }
1901   }
1902 }