src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherI;
  28 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  29 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  30 import jalview.gui.Help.HelpId;
  31 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  32 import jalview.io.JalviewFileView;
  33 import jalview.schemabinding.version2.Filter;
  34 import jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours;
  35 import jalview.schemabinding.version2.MatcherSet;
  36 import jalview.schemes.FeatureColour;
  37 import jalview.util.MessageManager;
  38 import jalview.util.Platform;
  39 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  40 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel.FeatureSettingsBean;
  41 import jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher;
  42 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  43
  44 import java.awt.BorderLayout;
  45 import java.awt.Color;
  46 import java.awt.Component;
  47 import java.awt.Dimension;
  48 import java.awt.Font;
  49 import java.awt.Graphics;
  50 import java.awt.GridLayout;
  51 import java.awt.Point;
  52 import java.awt.Rectangle;
  53 import java.awt.event.ActionEvent;
  54 import java.awt.event.ActionListener;
  55 import java.awt.event.ItemEvent;
  56 import java.awt.event.ItemListener;
  57 import java.awt.event.MouseAdapter;
  58 import java.awt.event.MouseEvent;
  59 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  60 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  61 import java.beans.PropertyChangeListener;
  62 import java.io.File;
  63 import java.io.FileInputStream;
  64 import java.io.FileOutputStream;
  65 import java.io.InputStreamReader;
  66 import java.io.OutputStreamWriter;
  67 import java.io.PrintWriter;
  68 import java.util.Arrays;
  69 import java.util.Comparator;
  70 import java.util.HashMap;
  71 import java.util.HashSet;
  72 import java.util.Hashtable;
  73 import java.util.Iterator;
  74 import java.util.List;
  75 import java.util.Map;
  76 import java.util.Set;
  77 import java.util.Vector;
  78
  79 import javax.help.HelpSetException;
  80 import javax.swing.AbstractCellEditor;
  81 import javax.swing.BorderFactory;
  82 import javax.swing.Icon;
  83 import javax.swing.JButton;
  84 import javax.swing.JCheckBox;
  85 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  86 import javax.swing.JColorChooser;
  87 import javax.swing.JDialog;
  88 import javax.swing.JInternalFrame;
  89 import javax.swing.JLabel;
  90 import javax.swing.JLayeredPane;
  91 import javax.swing.JMenuItem;
  92 import javax.swing.JPanel;
  93 import javax.swing.JPopupMenu;
  94 import javax.swing.JScrollPane;
  95 import javax.swing.JSlider;
  96 import javax.swing.JTable;
  97 import javax.swing.ListSelectionModel;
  98 import javax.swing.SwingConstants;
  99 import javax.swing.SwingUtilities;
 100 import javax.swing.event.ChangeEvent;
 101 import javax.swing.event.ChangeListener;
 102 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
 103 import javax.swing.table.TableCellEditor;
 104 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
 105 import javax.swing.table.TableColumn;
 106
 107 public class FeatureSettings extends JPanel
 108         implements FeatureSettingsControllerI
 109 {
 110   /*
 111    * column indices of fields in Feature Settings table
 112    */
 113   static final int TYPE_COLUMN = 0;
 114
 115   static final int COLOUR_COLUMN = 1;
 116
 117   static final int FILTER_COLUMN = 2;
 118
 119   static final int SHOW_COLUMN = 3;
 120
 121   private static final int COLUMN_COUNT = 4;
 122
 123   private static final int MIN_WIDTH = 400;
 124
 125   private static final int MIN_HEIGHT = 400;
 126
 127   DasSourceBrowser dassourceBrowser;
 128
 129   DasSequenceFeatureFetcher dasFeatureFetcher;
 130
 131   JPanel dasSettingsPane = new JPanel();
 132
 133   final FeatureRenderer fr;
 134
 135   public final AlignFrame af;
 136
 137   /*
 138    * 'original' fields hold settings to restore on Cancel
 139    */
 140   Object[][] originalData;
 141
 142   private float originalTransparency;
 143
 144   private Map<String, FeatureMatcherSetI> originalFilters;
 145
 146   final JInternalFrame frame;
 147
 148   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 149
 150   JTable table;
 151
 152   JPanel groupPanel;
 153
 154   JSlider transparency = new JSlider();
 155
 156   /*
 157    * when true, constructor is still executing - so ignore UI events
 158    */
 159   protected volatile boolean inConstruction = true;
 160
 161   int selectedRow = -1;
 162
 163   JButton fetchDAS = new JButton();
 164
 165   JButton saveDAS = new JButton();
 166
 167   JButton cancelDAS = new JButton();
 168
 169   boolean resettingTable = false;
 170
 171   /*
 172    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 173    */
 174   private boolean handlingUpdate = false;
 175
 176   /*
 177    * holds {featureCount, totalExtent} for each feature type
 178    */
 179   Map<String, float[]> typeWidth = null;
 180
 181   /**
 182    * Constructor
 183    *
 184    * @param af
 185    */
 186   public FeatureSettings(AlignFrame alignFrame)
 187   {
 188     this.af = alignFrame;
 189     fr = af.getFeatureRenderer();
 190
 191     // save transparency for restore on Cancel
 192     originalTransparency = fr.getTransparency();
 193     int originalTransparencyAsPercent = (int) (originalTransparency * 100);
 194     transparency.setMaximum(100 - originalTransparencyAsPercent);
 195
 196     originalFilters = new HashMap<>(fr.getFeatureFilters()); // shallow copy
 197
 198     try
 199     {
 200       jbInit();
 201     } catch (Exception ex)
 202     {
 203       ex.printStackTrace();
 204     }
 205
 206     table = new JTable()
 207     {
 208       @Override
 209       public String getToolTipText(MouseEvent e)
 210       {
 211         String tip = null;
 212         int column = table.columnAtPoint(e.getPoint());
 213         switch (column)
 214         {
 215         case TYPE_COLUMN:
 216           tip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager
 217                   .getString("label.feature_settings_click_drag"));
 218           break;
 219         case FILTER_COLUMN:
 220           int row = table.rowAtPoint(e.getPoint());
 221           FeatureMatcherSet o = (FeatureMatcherSet) table.getValueAt(row,
 222                   column);
 223           tip = o.isEmpty()
 224                   ? MessageManager.getString("label.filters_tooltip")
 225                   : o.toString();
 226           break;
 227         default:
 228           break;
 229         }
 230         return tip;
 231       }
 232     };
 233     table.getTableHeader().setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 234     table.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 235
 236     // table.setDefaultRenderer(Color.class, new ColorRenderer());
 237     // table.setDefaultEditor(Color.class, new ColorEditor(this));
 238     //
 239     table.setDefaultEditor(FeatureColour.class, new ColorEditor(this));
 240     table.setDefaultRenderer(FeatureColour.class, new ColorRenderer());
 241
 242     table.setDefaultEditor(FeatureMatcherSet.class, new FilterEditor(this));
 243     table.setDefaultRenderer(FeatureMatcherSet.class, new FilterRenderer());
 244
 245     TableColumn colourColumn = new TableColumn(COLOUR_COLUMN, 75,
 246             new ColorRenderer(), new ColorEditor(this));
 247     table.addColumn(colourColumn);
 248
 249     TableColumn filterColumn = new TableColumn(FILTER_COLUMN, 75,
 250             new FilterRenderer(), new FilterEditor(this));
 251     table.addColumn(filterColumn);
 252
 253     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 254
 255     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
 256     {
 257       @Override
 258       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 259       {
 260         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 261         String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 262         if (evt.isPopupTrigger())
 263         {
 264           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 265           popupSort(selectedRow, type, colour, fr.getMinMax(), evt.getX(),
 266                   evt.getY());
 267         }
 268         else if (evt.getClickCount() == 2)
 269         {
 270           boolean invertSelection = evt.isAltDown();
 271           boolean toggleSelection = Platform.isControlDown(evt);
 272           boolean extendSelection = evt.isShiftDown();
 273           fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 274                   invertSelection, extendSelection, toggleSelection, type);
 275         }
 276       }
 277
 278       // isPopupTrigger fires on mouseReleased on Windows
 279       @Override
 280       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 281       {
 282         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 283         if (evt.isPopupTrigger())
 284         {
 285           String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 286           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 287           popupSort(selectedRow, type, colour, fr.getMinMax(), evt.getX(),
 288                   evt.getY());
 289         }
 290       }
 291     });
 292
 293     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 294     {
 295       @Override
 296       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 297       {
 298         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 299         if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
 300         {
 301           /*
 302            * reposition 'selectedRow' to 'newRow' (the dragged to location)
 303            * this could be more than one row away for a very fast drag action
 304            * so just swap it with adjacent rows until we get it there
 305            */
 306           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 307                   .getData();
 308           int direction = newRow < selectedRow ? -1 : 1;
 309           for (int i = selectedRow; i != newRow; i += direction)
 310           {
 311             Object[] temp = data[i];
 312             data[i] = data[i + direction];
 313             data[i + direction] = temp;
 314           }
 315           updateFeatureRenderer(data);
 316           table.repaint();
 317           selectedRow = newRow;
 318         }
 319       }
 320     });
 321     // table.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 322     // MessageManager.getString("label.feature_settings_click_drag")));
 323     scrollPane.setViewportView(table);
 324
 325     dassourceBrowser = new DasSourceBrowser(this);
 326     dasSettingsPane.add(dassourceBrowser, BorderLayout.CENTER);
 327
 328     if (af.getViewport().isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 329     {
 330       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 331     }
 332
 333     discoverAllFeatureData();
 334     final PropertyChangeListener change;
 335     final FeatureSettings fs = this;
 336     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 337     {
 338       @Override
 339       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 340       {
 341         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 342         {
 343           fs.handlingUpdate = true;
 344           fs.resetTable(null);
 345           // new groups may be added with new sequence feature types only
 346           fs.handlingUpdate = false;
 347         }
 348       }
 349
 350     });
 351
 352     frame = new JInternalFrame();
 353     frame.setContentPane(this);
 354     if (Platform.isAMac())
 355     {
 356       Desktop.addInternalFrame(frame,
 357               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 358               600, 480);
 359     }
 360     else
 361     {
 362       Desktop.addInternalFrame(frame,
 363               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 364               600, 450);
 365     }
 366     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 367
 368     frame.addInternalFrameListener(
 369             new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 370             {
 371               @Override
 372               public void internalFrameClosed(
 373                       javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 374               {
 375                 fr.removePropertyChangeListener(change);
 376                 dassourceBrowser.fs = null;
 377               };
 378             });
 379     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 380     inConstruction = false;
 381   }
 382
 383   protected void popupSort(final int rowSelected, final String type,
 384           final Object typeCol, final Map<String, float[][]> minmax, int x,
 385           int y)
 386   {
 387     final FeatureColourI featureColour = (FeatureColourI) typeCol;
 388
 389     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager
 390             .formatMessage("label.settings_for_param", new String[]
 391             { type }));
 392     JMenuItem scr = new JMenuItem(
 393             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 394     men.add(scr);
 395     final FeatureSettings me = this;
 396     scr.addActionListener(new ActionListener()
 397     {
 398
 399       @Override
 400       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 401       {
 402         me.af.avc
 403                 .sortAlignmentByFeatureScore(Arrays.asList(new String[]
 404                 { type }));
 405       }
 406
 407     });
 408     JMenuItem dens = new JMenuItem(
 409             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 410     dens.addActionListener(new ActionListener()
 411     {
 412
 413       @Override
 414       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 415       {
 416         me.af.avc
 417                 .sortAlignmentByFeatureDensity(Arrays.asList(new String[]
 418                 { type }));
 419       }
 420
 421     });
 422     men.add(dens);
 423
 424     /*
 425      * variable colour options include colour by label, by score,
 426      * by selected attribute text, or attribute value
 427      */
 428     final JCheckBoxMenuItem mxcol = new JCheckBoxMenuItem(
 429             MessageManager.getString("label.variable_colour"));
 430     mxcol.setSelected(!featureColour.isSimpleColour());
 431     men.add(mxcol);
 432     mxcol.addActionListener(new ActionListener()
 433     {
 434       JColorChooser colorChooser;
 435
 436       @Override
 437       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 438       {
 439         if (e.getSource() == mxcol)
 440         {
 441           if (featureColour.isSimpleColour())
 442           {
 443             FeatureTypeSettings fc = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
 444             fc.addActionListener(this);
 445           }
 446           else
 447           {
 448             // bring up simple color chooser
 449             colorChooser = new JColorChooser();
 450             String title = MessageManager
 451                     .getString("label.select_colour");
 452             JDialog dialog = JColorChooser.createDialog(me,
 453                     title, true, // modal
 454                     colorChooser, this, // OK button handler
 455                     null); // no CANCEL button handler
 456             colorChooser.setColor(featureColour.getMaxColour());
 457             dialog.setVisible(true);
 458           }
 459         }
 460         else
 461         {
 462           if (e.getSource() instanceof FeatureTypeSettings)
 463           {
 464             /*
 465              * update after OK in feature colour dialog; the updated
 466              * colour will have already been set in the FeatureRenderer
 467              */
 468             FeatureColourI fci = fr.getFeatureColours().get(type);
 469             table.setValueAt(fci, rowSelected, 1);
 470             table.validate();
 471           }
 472           else
 473           {
 474             // probably the color chooser!
 475             table.setValueAt(new FeatureColour(colorChooser.getColor()),
 476                     rowSelected, 1);
 477             table.validate();
 478             me.updateFeatureRenderer(
 479                     ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData(),
 480                     false);
 481           }
 482         }
 483       }
 484
 485     });
 486
 487     JMenuItem selCols = new JMenuItem(
 488             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 489     selCols.addActionListener(new ActionListener()
 490     {
 491       @Override
 492       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 493       {
 494         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 495                 false, type);
 496       }
 497     });
 498     JMenuItem clearCols = new JMenuItem(MessageManager
 499             .getString("label.select_columns_not_containing"));
 500     clearCols.addActionListener(new ActionListener()
 501     {
 502       @Override
 503       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 504       {
 505         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 506                 false, type);
 507       }
 508     });
 509     JMenuItem hideCols = new JMenuItem(
 510             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 511     hideCols.addActionListener(new ActionListener()
 512     {
 513       @Override
 514       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 515       {
 516         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, true);
 517       }
 518     });
 519     JMenuItem hideOtherCols = new JMenuItem(
 520             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 521     hideOtherCols.addActionListener(new ActionListener()
 522     {
 523       @Override
 524       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 525       {
 526         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, false);
 527       }
 528     });
 529     men.add(selCols);
 530     men.add(clearCols);
 531     men.add(hideCols);
 532     men.add(hideOtherCols);
 533     men.show(table, x, y);
 534   }
 535
 536   @Override
 537   synchronized public void discoverAllFeatureData()
 538   {
 539     Set<String> allGroups = new HashSet<>();
 540     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 541
 542     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 543     {
 544       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(i);
 545       for (String group : seq.getFeatures().getFeatureGroups(true))
 546       {
 547         if (group != null && !allGroups.contains(group))
 548         {
 549           allGroups.add(group);
 550           checkGroupState(group);
 551         }
 552       }
 553     }
 554
 555     resetTable(null);
 556
 557     validate();
 558   }
 559
 560   /**
 561    * Synchronise gui group list and check visibility of group
 562    *
 563    * @param group
 564    * @return true if group is visible
 565    */
 566   private boolean checkGroupState(String group)
 567   {
 568     boolean visible = fr.checkGroupVisibility(group, true);
 569
 570     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 571     {
 572       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 573       {
 574         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 575         return visible;
 576       }
 577     }
 578
 579     final String grp = group;
 580     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 581     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 582     check.setToolTipText(group);
 583     check.addItemListener(new ItemListener()
 584     {
 585       @Override
 586       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 587       {
 588         fr.setGroupVisibility(check.getText(), check.isSelected());
 589         resetTable(new String[] { grp });
 590         af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
 591       }
 592     });
 593     groupPanel.add(check);
 594     return visible;
 595   }
 596
 597   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 598   {
 599     if (resettingTable)
 600     {
 601       return;
 602     }
 603     resettingTable = true;
 604     typeWidth = new Hashtable<>();
 605     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 606     // rather than float
 607
 608     Set<String> displayableTypes = new HashSet<>();
 609     Set<String> foundGroups = new HashSet<>();
 610
 611     /*
 612      * determine which feature types may be visible depending on
 613      * which groups are selected, and recompute average width data
 614      */
 615     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 616     {
 617
 618       SequenceI seq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i);
 619
 620       /*
 621        * get the sequence's groups for positional features
 622        * and keep track of which groups are visible
 623        */
 624       Set<String> groups = seq.getFeatures().getFeatureGroups(true);
 625       Set<String> visibleGroups = new HashSet<>();
 626       for (String group : groups)
 627       {
 628         if (group == null || checkGroupState(group))
 629         {
 630           visibleGroups.add(group);
 631         }
 632       }
 633       foundGroups.addAll(groups);
 634
 635       /*
 636        * get distinct feature types for visible groups
 637        * record distinct visible types, and their count and total length
 638        */
 639       Set<String> types = seq.getFeatures().getFeatureTypesForGroups(true,
 640               visibleGroups.toArray(new String[visibleGroups.size()]));
 641       for (String type : types)
 642       {
 643         displayableTypes.add(type);
 644         float[] avWidth = typeWidth.get(type);
 645         if (avWidth == null)
 646         {
 647           avWidth = new float[2];
 648           typeWidth.put(type, avWidth);
 649         }
 650         // todo this could include features with a non-visible group
 651         // - do we greatly care?
 652         // todo should we include non-displayable features here, and only
 653         // update when features are added?
 654         avWidth[0] += seq.getFeatures().getFeatureCount(true, type);
 655         avWidth[1] += seq.getFeatures().getTotalFeatureLength(type);
 656       }
 657     }
 658
 659     Object[][] data = new Object[displayableTypes.size()][COLUMN_COUNT];
 660     int dataIndex = 0;
 661
 662     if (fr.hasRenderOrder())
 663     {
 664       if (!handlingUpdate)
 665       {
 666         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 667         // colourschemes. but don't
 668         // affect display
 669         // First add the checks in the previous render order,
 670         // in case the window has been closed and reopened
 671       }
 672       List<String> frl = fr.getRenderOrder();
 673       for (int ro = frl.size() - 1; ro > -1; ro--)
 674       {
 675         String type = frl.get(ro);
 676
 677         if (!displayableTypes.contains(type))
 678         {
 679           continue;
 680         }
 681
 682         data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 683         data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 684         FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 685         data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 686                 ? new FeatureMatcherSet()
 687                 : featureFilter;
 688         data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(
 689                 af.getViewport().getFeaturesDisplayed().isVisible(type));
 690         dataIndex++;
 691         displayableTypes.remove(type);
 692       }
 693     }
 694
 695     /*
 696      * process any extra features belonging only to
 697      * a group which was just selected
 698      */
 699     while (!displayableTypes.isEmpty())
 700     {
 701       String type = displayableTypes.iterator().next();
 702       data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 703
 704       data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 705       if (data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] == null)
 706       {
 707         // "Colour has been updated in another view!!"
 708         fr.clearRenderOrder();
 709         return;
 710       }
 711       FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 712       data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 713               ? new FeatureMatcherSet()
 714               : featureFilter;
 715       data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(true);
 716       dataIndex++;
 717       displayableTypes.remove(type);
 718     }
 719
 720     if (originalData == null)
 721     {
 722       originalData = new Object[data.length][COLUMN_COUNT];
 723       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 724       {
 725         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, COLUMN_COUNT);
 726       }
 727     }
 728     else
 729     {
 730       updateOriginalData(data);
 731     }
 732
 733     table.setModel(new FeatureTableModel(data));
 734     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 735
 736     groupPanel.setLayout(
 737             new GridLayout(fr.getFeatureGroupsSize() / 4 + 1, 4));
 738     pruneGroups(foundGroups);
 739     groupPanel.validate();
 740
 741     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 742     resettingTable = false;
 743   }
 744
 745   /**
 746    * Updates 'originalData' (used for restore on Cancel) if we detect that changes
 747    * have been made outwith this dialog
 748    * <ul>
 749    * <li>a new feature type added (and made visible)</li>
 750    * <li>a feature colour changed (in the Amend Features dialog)</li>
 751    * </ul>
 752    *
 753    * @param foundData
 754    */
 755   protected void updateOriginalData(Object[][] foundData)
 756   {
 757     // todo LinkedHashMap instead of Object[][] would be nice
 758
 759     Object[][] currentData = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 760             .getData();
 761     for (Object[] row : foundData)
 762     {
 763       String type = (String) row[TYPE_COLUMN];
 764       boolean found = false;
 765       for (Object[] current : currentData)
 766       {
 767         if (type.equals(current[TYPE_COLUMN]))
 768         {
 769           found = true;
 770           /*
 771            * currently dependent on object equality here;
 772            * really need an equals method on FeatureColour
 773            */
 774           if (!row[COLOUR_COLUMN].equals(current[COLOUR_COLUMN]))
 775           {
 776             /*
 777              * feature colour has changed externally - update originalData
 778              */
 779             for (Object[] original : originalData)
 780             {
 781               if (type.equals(original[TYPE_COLUMN]))
 782               {
 783                 original[COLOUR_COLUMN] = row[COLOUR_COLUMN];
 784                 break;
 785               }
 786             }
 787           }
 788           break;
 789         }
 790       }
 791       if (!found)
 792       {
 793         /*
 794          * new feature detected - add to original data (on top)
 795          */
 796         Object[][] newData = new Object[originalData.length
 797                 + 1][COLUMN_COUNT];
 798         for (int i = 0; i < originalData.length; i++)
 799         {
 800           System.arraycopy(originalData[i], 0, newData[i + 1], 0,
 801                   COLUMN_COUNT);
 802         }
 803         newData[0] = row;
 804         originalData = newData;
 805       }
 806     }
 807   }
 808
 809   /**
 810    * Remove from the groups panel any checkboxes for groups that are not in the
 811    * foundGroups set. This enables removing a group from the display when the last
 812    * feature in that group is deleted.
 813    *
 814    * @param foundGroups
 815    */
 816   protected void pruneGroups(Set<String> foundGroups)
 817   {
 818     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 819     {
 820       JCheckBox checkbox = (JCheckBox) groupPanel.getComponent(g);
 821       if (!foundGroups.contains(checkbox.getText()))
 822       {
 823         groupPanel.remove(checkbox);
 824       }
 825     }
 826   }
 827
 828   /**
 829    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 830    *
 831    * @param data
 832    */
 833   private void ensureOrder(Object[][] data)
 834   {
 835     boolean sort = false;
 836     float[] order = new float[data.length];
 837     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 838     {
 839       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 840       if (order[i] < 0)
 841       {
 842         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 843       }
 844       if (i > 1)
 845       {
 846         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 847       }
 848     }
 849     if (sort)
 850     {
 851       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 852     }
 853   }
 854
 855   /**
 856    * Offers a file chooser dialog, and then loads the feature colours and
 857    * filters from file in XML format and unmarshals to Jalview feature settings
 858    */
 859   void load()
 860   {
 861     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 862             "Sequence Feature Colours");
 863     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 864     chooser.setDialogTitle(
 865             MessageManager.getString("label.load_feature_colours"));
 866     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 867
 868     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 869
 870     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 871     {
 872       File file = chooser.getSelectedFile();
 873
 874       try
 875       {
 876         InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 877                 new FileInputStream(file), "UTF-8");
 878
 879         JalviewUserColours jucs = JalviewUserColours.unmarshal(in);
 880
 881         /*
 882          * load feature colours
 883          */
 884         for (int i = jucs.getColourCount() - 1; i >= 0; i--)
 885         {
 886           jalview.schemabinding.version2.Colour newcol = jucs.getColour(i);
 887           FeatureColourI colour = Jalview2XML.unmarshalColour(newcol);
 888           fr.setColour(newcol.getName(), colour);
 889           fr.setOrder(newcol.getName(), i / (float) jucs.getColourCount());
 890         }
 891
 892         /*
 893          * load feature filters; loaded filters will replace any that are
 894          * currently defined, other defined filters are left unchanged
 895          */
 896         for (int i = 0; i < jucs.getFilterCount(); i++)
 897         {
 898           jalview.schemabinding.version2.Filter filterModel = jucs
 899                   .getFilter(i);
 900           String featureType = filterModel.getFeatureType();
 901           FeatureMatcherSetI filter = Jalview2XML.unmarshalFilter(featureType,
 902                   filterModel.getMatcherSet());
 903           if (!filter.isEmpty())
 904           {
 905             fr.setFeatureFilter(featureType, filter);
 906           }
 907         }
 908
 909         /*
 910          * update feature settings table
 911          */
 912         if (table != null)
 913         {
 914           resetTable(null);
 915           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 916                   .getData();
 917           ensureOrder(data);
 918           updateFeatureRenderer(data, false);
 919           table.repaint();
 920         }
 921       } catch (Exception ex)
 922       {
 923         System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
 924       }
 925     }
 926   }
 927
 928   /**
 929    * Offers a file chooser dialog, and then saves the current feature colours
 930    * and any filters to the selected file in XML format
 931    */
 932   void save()
 933   {
 934     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 935             "Sequence Feature Colours");
 936     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 937     chooser.setDialogTitle(
 938             MessageManager.getString("label.save_feature_colours"));
 939     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 940
 941     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 942
 943     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 944     {
 945       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 946       JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
 947       ucs.setSchemeName("Sequence Features");
 948       try
 949       {
 950         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 951                 new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));
 952
 953         /*
 954          * sort feature types by colour order, from 0 (highest)
 955          * to 1 (lowest)
 956          */
 957         Set<String> fr_colours = fr.getAllFeatureColours();
 958         String[] sortedTypes = fr_colours
 959                 .toArray(new String[fr_colours.size()]);
 960         Arrays.sort(sortedTypes, new Comparator<String>()
 961         {
 962           @Override
 963           public int compare(String type1, String type2)
 964           {
 965             return Float.compare(fr.getOrder(type1), fr.getOrder(type2));
 966           }
 967         });
 968
 969         /*
 970          * save feature colours
 971          */
 972         for (String featureType : sortedTypes)
 973         {
 974           FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(featureType);
 975           jalview.schemabinding.version2.Colour col = Jalview2XML.marshalColour(
 976                   featureType, fcol);
 977           ucs.addColour(col);
 978         }
 979
 980         /*
 981          * save any feature filters
 982          */
 983         for (String featureType : sortedTypes)
 984         {
 985           FeatureMatcherSetI filter = fr.getFeatureFilter(featureType);
 986           if (filter != null && !filter.isEmpty())
 987           {
 988             Iterator<FeatureMatcherI> iterator = filter.getMatchers().iterator();
 989             FeatureMatcherI firstMatcher = iterator.next();
 990             MatcherSet ms = Jalview2XML.marshalFilter(firstMatcher, iterator,
 991                     filter.isAnded());
 992             Filter filterModel = new Filter();
 993             filterModel.setFeatureType(featureType);
 994             filterModel.setMatcherSet(ms);
 995             ucs.addFilter(filterModel);
 996           }
 997         }
 998
 999         ucs.marshal(out);
1000         out.close();
1001       } catch (Exception ex)
1002       {
1003         ex.printStackTrace();
1004       }
1005     }
1006   }
1007
1008   public void invertSelection()
1009   {
1010     for (int i = 0; i < table.getRowCount(); i++)
1011     {
1012       Boolean value = (Boolean) table.getValueAt(i, SHOW_COLUMN);
1013
1014       table.setValueAt(new Boolean(!value.booleanValue()), i, SHOW_COLUMN);
1015     }
1016   }
1017
1018   public void orderByAvWidth()
1019   {
1020     if (table == null || table.getModel() == null)
1021     {
1022       return;
1023     }
1024     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1025     float[] width = new float[data.length];
1026     float[] awidth;
1027     float max = 0;
1028
1029     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1030     {
1031       awidth = typeWidth.get(data[i][TYPE_COLUMN]);
1032       if (awidth[0] > 0)
1033       {
1034         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
1035         // weight - but have to make per
1036         // sequence, too (awidth[2])
1037         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
1038       }
1039       else
1040       {
1041         width[i] = 0;
1042       }
1043       if (max < width[i])
1044       {
1045         max = width[i];
1046       }
1047     }
1048     boolean sort = false;
1049     for (int i = 0; i < width.length; i++)
1050     {
1051       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
1052       if (width[i] == 0)
1053       {
1054         width[i] = fr.getOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString());
1055         if (width[i] < 0)
1056         {
1057           width[i] = fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(),
1058                   i / data.length);
1059         }
1060       }
1061       else
1062       {
1063         width[i] /= max; // normalize
1064         fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(), width[i]); // store for later
1065       }
1066       if (i > 0)
1067       {
1068         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
1069       }
1070     }
1071     if (sort)
1072     {
1073       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
1074       // update global priority order
1075     }
1076
1077     updateFeatureRenderer(data, false);
1078     table.repaint();
1079   }
1080
1081   public void close()
1082   {
1083     try
1084     {
1085       frame.setClosed(true);
1086     } catch (Exception exe)
1087     {
1088     }
1089
1090   }
1091
1092   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
1093   {
1094     updateFeatureRenderer(data, true);
1095   }
1096
1097   /**
1098    * Update the priority order of features; only repaint if this changed the order
1099    * of visible features
1100    *
1101    * @param data
1102    * @param visibleNew
1103    */
1104   private void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
1105   {
1106     FeatureSettingsBean[] rowData = getTableAsBeans(data);
1107
1108     if (fr.setFeaturePriority(rowData, visibleNew))
1109     {
1110       af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1111     }
1112   }
1113
1114   /**
1115    * Converts table data into an array of data beans
1116    */
1117   private FeatureSettingsBean[] getTableAsBeans(Object[][] data)
1118   {
1119     FeatureSettingsBean[] rowData = new FeatureSettingsBean[data.length];
1120     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1121     {
1122       String type = (String) data[i][TYPE_COLUMN];
1123       FeatureColourI colour = (FeatureColourI) data[i][COLOUR_COLUMN];
1124       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) data[i][FILTER_COLUMN];
1125       Boolean isShown = (Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1126       rowData[i] = new FeatureSettingsBean(type, colour, theFilter,
1127               isShown);
1128     }
1129     return rowData;
1130   }
1131
1132   private void jbInit() throws Exception
1133   {
1134     this.setLayout(new BorderLayout());
1135
1136     JPanel settingsPane = new JPanel();
1137     settingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1138
1139     dasSettingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1140
1141     JPanel bigPanel = new JPanel();
1142     bigPanel.setLayout(new BorderLayout());
1143
1144     groupPanel = new JPanel();
1145     bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
1146
1147     JButton invert = new JButton(
1148             MessageManager.getString("label.invert_selection"));
1149     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1150     invert.addActionListener(new ActionListener()
1151     {
1152       @Override
1153       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1154       {
1155         invertSelection();
1156       }
1157     });
1158
1159     JButton optimizeOrder = new JButton(
1160             MessageManager.getString("label.optimise_order"));
1161     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1162     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
1163     {
1164       @Override
1165       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1166       {
1167         orderByAvWidth();
1168       }
1169     });
1170
1171     JButton sortByScore = new JButton(
1172             MessageManager.getString("label.seq_sort_by_score"));
1173     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1174     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
1175     {
1176       @Override
1177       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1178       {
1179         af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(null);
1180       }
1181     });
1182     JButton sortByDens = new JButton(
1183             MessageManager.getString("label.sequence_sort_by_density"));
1184     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1185     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
1186     {
1187       @Override
1188       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1189       {
1190         af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(null);
1191       }
1192     });
1193
1194     JButton help = new JButton(MessageManager.getString("action.help"));
1195     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1196     help.addActionListener(new ActionListener()
1197     {
1198       @Override
1199       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1200       {
1201         try
1202         {
1203           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1204         } catch (HelpSetException e1)
1205         {
1206           e1.printStackTrace();
1207         }
1208       }
1209     });
1210     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1211     help.setText(MessageManager.getString("action.help"));
1212     help.addActionListener(new ActionListener()
1213     {
1214       @Override
1215       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1216       {
1217         try
1218         {
1219           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1220         } catch (HelpSetException e1)
1221         {
1222           e1.printStackTrace();
1223         }
1224       }
1225     });
1226
1227     JButton cancel = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
1228     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1229     cancel.addActionListener(new ActionListener()
1230     {
1231       @Override
1232       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1233       {
1234         fr.setTransparency(originalTransparency);
1235         fr.setFeatureFilters(originalFilters);
1236         updateFeatureRenderer(originalData);
1237         close();
1238       }
1239     });
1240
1241     JButton ok = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
1242     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1243     ok.addActionListener(new ActionListener()
1244     {
1245       @Override
1246       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1247       {
1248         close();
1249       }
1250     });
1251
1252     JButton loadColours = new JButton(
1253             MessageManager.getString("label.load_colours"));
1254     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1255     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
1256     {
1257       @Override
1258       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1259       {
1260         load();
1261       }
1262     });
1263
1264     JButton saveColours = new JButton(
1265             MessageManager.getString("label.save_colours"));
1266     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1267     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
1268     {
1269       @Override
1270       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1271       {
1272         save();
1273       }
1274     });
1275     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
1276     {
1277       @Override
1278       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
1279       {
1280         if (!inConstruction)
1281         {
1282           fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
1283           af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1284         }
1285       }
1286     });
1287
1288     transparency.setMaximum(70);
1289     transparency.setToolTipText(
1290             MessageManager.getString("label.transparency_tip"));
1291     fetchDAS.setText(MessageManager.getString("label.fetch_das_features"));
1292     fetchDAS.addActionListener(new ActionListener()
1293     {
1294       @Override
1295       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1296       {
1297         fetchDAS_actionPerformed(e);
1298       }
1299     });
1300     saveDAS.setText(MessageManager.getString("action.save_as_default"));
1301     saveDAS.addActionListener(new ActionListener()
1302     {
1303       @Override
1304       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1305       {
1306         saveDAS_actionPerformed(e);
1307       }
1308     });
1309
1310     JPanel dasButtonPanel = new JPanel();
1311     dasButtonPanel.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());
1312     dasSettingsPane.setBorder(null);
1313     cancelDAS.setEnabled(false);
1314     cancelDAS.setText(MessageManager.getString("action.cancel_fetch"));
1315     cancelDAS.addActionListener(new ActionListener()
1316     {
1317       @Override
1318       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1319       {
1320         cancelDAS_actionPerformed(e);
1321       }
1322     });
1323
1324     JPanel transPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
1325     bigPanel.add(transPanel, BorderLayout.SOUTH);
1326
1327     JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
1328     transbuttons.add(optimizeOrder);
1329     transbuttons.add(invert);
1330     transbuttons.add(sortByScore);
1331     transbuttons.add(sortByDens);
1332     transbuttons.add(help);
1333     transPanel.add(transparency);
1334     transPanel.add(transbuttons);
1335
1336     JPanel buttonPanel = new JPanel();
1337     buttonPanel.add(ok);
1338     buttonPanel.add(cancel);
1339     buttonPanel.add(loadColours);
1340     buttonPanel.add(saveColours);
1341     bigPanel.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
1342     dasSettingsPane.add(dasButtonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1343     dasButtonPanel.add(fetchDAS);
1344     dasButtonPanel.add(cancelDAS);
1345     dasButtonPanel.add(saveDAS);
1346     settingsPane.add(bigPanel, BorderLayout.CENTER);
1347     settingsPane.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1348     this.add(settingsPane);
1349   }
1350
1351   public void fetchDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1352   {
1353     fetchDAS.setEnabled(false);
1354     cancelDAS.setEnabled(true);
1355     dassourceBrowser.setGuiEnabled(false);
1356     Vector<jalviewSourceI> selectedSources = dassourceBrowser
1357             .getSelectedSources();
1358     doDasFeatureFetch(selectedSources, true, true);
1359   }
1360
1361   /**
1362    * get the features from selectedSources for all or the current selection
1363    *
1364    * @param selectedSources
1365    * @param checkDbRefs
1366    * @param promptFetchDbRefs
1367    */
1368   private void doDasFeatureFetch(List<jalviewSourceI> selectedSources,
1369           boolean checkDbRefs, boolean promptFetchDbRefs)
1370   {
1371     SequenceI[] dataset, seqs;
1372     int iSize;
1373     AlignmentViewport vp = af.getViewport();
1374     if (vp.getSelectionGroup() != null
1375             && vp.getSelectionGroup().getSize() > 0)
1376     {
1377       iSize = vp.getSelectionGroup().getSize();
1378       dataset = new SequenceI[iSize];
1379       seqs = vp.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(vp.getAlignment());
1380     }
1381     else
1382     {
1383       iSize = vp.getAlignment().getHeight();
1384       seqs = vp.getAlignment().getSequencesArray();
1385     }
1386
1387     dataset = new SequenceI[iSize];
1388     for (int i = 0; i < iSize; i++)
1389     {
1390       dataset[i] = seqs[i].getDatasetSequence();
1391     }
1392
1393     cancelDAS.setEnabled(true);
1394     dasFeatureFetcher = new jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher(dataset,
1395             this, selectedSources, checkDbRefs, promptFetchDbRefs);
1396     af.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);
1397     af.showSeqFeatures.setSelected(true);
1398   }
1399
1400   /**
1401    * blocking call to initialise the das source browser
1402    */
1403   public void initDasSources()
1404   {
1405     dassourceBrowser.initDasSources();
1406   }
1407
1408   /**
1409    * examine the current list of das sources and return any matching the given
1410    * nicknames in sources
1411    *
1412    * @param sources
1413    *          Vector of Strings to resolve to DAS source nicknames.
1414    * @return sources that are present in source list.
1415    */
1416   public List<jalviewSourceI> resolveSourceNicknames(Vector<String> sources)
1417   {
1418     return dassourceBrowser.sourceRegistry.resolveSourceNicknames(sources);
1419   }
1420
1421   /**
1422    * get currently selected das sources. ensure you have called initDasSources
1423    * before calling this.
1424    *
1425    * @return vector of selected das source nicknames
1426    */
1427   public Vector<jalviewSourceI> getSelectedSources()
1428   {
1429     return dassourceBrowser.getSelectedSources();
1430   }
1431
1432   /**
1433    * properly initialise DAS fetcher and then initiate a new thread to fetch
1434    * features from the named sources (rather than any turned on by default)
1435    *
1436    * @param sources
1437    * @param block
1438    *          if true then runs in same thread, otherwise passes to the Swing
1439    *          executor
1440    */
1441   public void fetchDasFeatures(Vector<String> sources, boolean block)
1442   {
1443     initDasSources();
1444     List<jalviewSourceI> resolved = dassourceBrowser.sourceRegistry
1445             .resolveSourceNicknames(sources);
1446     if (resolved.size() == 0)
1447     {
1448       resolved = dassourceBrowser.getSelectedSources();
1449     }
1450     if (resolved.size() > 0)
1451     {
1452       final List<jalviewSourceI> dassources = resolved;
1453       fetchDAS.setEnabled(false);
1454       // cancelDAS.setEnabled(true); doDasFetch does this.
1455       Runnable fetcher = new Runnable()
1456       {
1457
1458         @Override
1459         public void run()
1460         {
1461           doDasFeatureFetch(dassources, true, false);
1462
1463         }
1464       };
1465       if (block)
1466       {
1467         fetcher.run();
1468       }
1469       else
1470       {
1471         SwingUtilities.invokeLater(fetcher);
1472       }
1473     }
1474   }
1475
1476   public void saveDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1477   {
1478     dassourceBrowser
1479             .saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);
1480   }
1481
1482   public void complete()
1483   {
1484     fetchDAS.setEnabled(true);
1485     cancelDAS.setEnabled(false);
1486     dassourceBrowser.setGuiEnabled(true);
1487
1488   }
1489
1490   public void cancelDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1491   {
1492     if (dasFeatureFetcher != null)
1493     {
1494       dasFeatureFetcher.cancel();
1495     }
1496     complete();
1497   }
1498
1499   public void noDasSourceActive()
1500   {
1501     complete();
1502     JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
1503             MessageManager.getString("label.no_das_sources_selected_warn"),
1504             MessageManager.getString("label.no_das_sources_selected_title"),
1505             JvOptionPane.DEFAULT_OPTION, JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1506   }
1507
1508   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1509   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1510   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1511   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1512   {
1513     private String[] columnNames = {
1514         MessageManager.getString("label.feature_type"),
1515         MessageManager.getString("action.colour"),
1516         MessageManager.getString("label.filter"),
1517         MessageManager.getString("label.show") };
1518
1519     private Object[][] data;
1520
1521     FeatureTableModel(Object[][] data)
1522     {
1523       this.data = data;
1524     }
1525
1526     public Object[][] getData()
1527     {
1528       return data;
1529     }
1530
1531     public void setData(Object[][] data)
1532     {
1533       this.data = data;
1534     }
1535
1536     @Override
1537     public int getColumnCount()
1538     {
1539       return columnNames.length;
1540     }
1541
1542     public Object[] getRow(int row)
1543     {
1544       return data[row];
1545     }
1546
1547     @Override
1548     public int getRowCount()
1549     {
1550       return data.length;
1551     }
1552
1553     @Override
1554     public String getColumnName(int col)
1555     {
1556       return columnNames[col];
1557     }
1558
1559     @Override
1560     public Object getValueAt(int row, int col)
1561     {
1562       return data[row][col];
1563     }
1564
1565     /**
1566      * Answers the class of the object in column c of the first row of the table
1567      */
1568     @Override
1569     public Class<?> getColumnClass(int c)
1570     {
1571       Object v = getValueAt(0, c);
1572       return v == null ? null : v.getClass();
1573     }
1574
1575     @Override
1576     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1577     {
1578       return col == 0 ? false : true;
1579     }
1580
1581     @Override
1582     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1583     {
1584       data[row][col] = value;
1585       fireTableCellUpdated(row, col);
1586       updateFeatureRenderer(data);
1587     }
1588
1589   }
1590
1591   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1592   {
1593     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1594
1595     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1596
1597     final String baseTT = "Click to edit, right/apple click for menu.";
1598
1599     public ColorRenderer()
1600     {
1601       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1602       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1603       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1604     }
1605
1606     @Override
1607     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl, Object color,
1608             boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column)
1609     {
1610       FeatureColourI cellColour = (FeatureColourI) color;
1611       setOpaque(true);
1612       setToolTipText(baseTT);
1613       setBackground(tbl.getBackground());
1614       if (!cellColour.isSimpleColour())
1615       {
1616         Rectangle cr = tbl.getCellRect(row, column, false);
1617         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, cellColour,
1618                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1619       }
1620       else
1621       {
1622         this.setText("");
1623         this.setIcon(null);
1624         setBackground(cellColour.getColour());
1625       }
1626       if (isSelected)
1627       {
1628         if (selectedBorder == null)
1629         {
1630           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1631                   tbl.getSelectionBackground());
1632         }
1633         setBorder(selectedBorder);
1634       }
1635       else
1636       {
1637         if (unselectedBorder == null)
1638         {
1639           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1640                   tbl.getBackground());
1641         }
1642         setBorder(unselectedBorder);
1643       }
1644
1645       return this;
1646     }
1647   }
1648
1649   class FilterRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1650   {
1651     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1652
1653     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1654
1655     public FilterRenderer()
1656     {
1657       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1658       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1659       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1660     }
1661
1662     @Override
1663     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl,
1664             Object filter, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1665             int column)
1666     {
1667       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) filter;
1668       setOpaque(true);
1669       String asText = theFilter.toString();
1670       setBackground(tbl.getBackground());
1671       this.setText(asText);
1672       this.setIcon(null);
1673
1674       if (isSelected)
1675       {
1676         if (selectedBorder == null)
1677         {
1678           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1679                   tbl.getSelectionBackground());
1680         }
1681         setBorder(selectedBorder);
1682       }
1683       else
1684       {
1685         if (unselectedBorder == null)
1686         {
1687           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1688                   tbl.getBackground());
1689         }
1690         setBorder(unselectedBorder);
1691       }
1692
1693       return this;
1694     }
1695   }
1696
1697   /**
1698    * update comp using rendering settings from gcol
1699    *
1700    * @param comp
1701    * @param gcol
1702    */
1703   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol)
1704   {
1705     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1706     if (w < 20)
1707     {
1708       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1709       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1710       if (w < 20)
1711       {
1712         w = 80;
1713         h = 12;
1714       }
1715     }
1716     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1717   }
1718
1719   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol,
1720           int w, int h)
1721   {
1722     boolean thr = false;
1723     StringBuilder tt = new StringBuilder();
1724     StringBuilder tx = new StringBuilder();
1725
1726     if (gcol.isColourByAttribute())
1727     {
1728       tx.append(String.join(":", gcol.getAttributeName()));
1729     }
1730     else if (!gcol.isColourByLabel())
1731     {
1732       tx.append(MessageManager.getString("label.score"));
1733     }
1734     tx.append(" ");
1735     if (gcol.isAboveThreshold())
1736     {
1737       thr = true;
1738       tx.append(">");
1739       tt.append("Thresholded (Above ").append(gcol.getThreshold())
1740               .append(") ");
1741     }
1742     if (gcol.isBelowThreshold())
1743     {
1744       thr = true;
1745       tx.append("<");
1746       tt.append("Thresholded (Below ").append(gcol.getThreshold())
1747               .append(") ");
1748     }
1749     if (gcol.isColourByLabel())
1750     {
1751       tt.append("Coloured by label text. ").append(tt);
1752       if (thr)
1753       {
1754         tx.append(" ");
1755       }
1756       if (!gcol.isColourByAttribute())
1757       {
1758         tx.append("Label");
1759       }
1760       comp.setIcon(null);
1761     }
1762     else
1763     {
1764       Color newColor = gcol.getMaxColour();
1765       comp.setBackground(newColor);
1766       // System.err.println("Width is " + w / 2);
1767       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
1768       comp.setIcon(ficon);
1769       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1770       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1771       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1772       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1773     }
1774     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
1775     comp.setText(tx.toString());
1776     if (tt.length() > 0)
1777     {
1778       if (comp.getToolTipText() == null)
1779       {
1780         comp.setToolTipText(tt.toString());
1781       }
1782       else
1783       {
1784         comp.setToolTipText(
1785                 tt.append(" ").append(comp.getToolTipText()).toString());
1786       }
1787     }
1788   }
1789
1790   class ColorEditor extends AbstractCellEditor
1791           implements TableCellEditor, ActionListener
1792   {
1793     FeatureSettings me;
1794
1795     FeatureColourI currentColor;
1796
1797     FeatureTypeSettings chooser;
1798
1799     String type;
1800
1801     JButton button;
1802
1803     JColorChooser colorChooser;
1804
1805     JDialog dialog;
1806
1807     protected static final String EDIT = "edit";
1808
1809     int rowSelected = 0;
1810
1811     public ColorEditor(FeatureSettings me)
1812     {
1813       this.me = me;
1814       // Set up the editor (from the table's point of view),
1815       // which is a button.
1816       // This button brings up the color chooser dialog,
1817       // which is the editor from the user's point of view.
1818       button = new JButton();
1819       button.setActionCommand(EDIT);
1820       button.addActionListener(this);
1821       button.setBorderPainted(false);
1822       // Set up the dialog that the button brings up.
1823       colorChooser = new JColorChooser();
1824       dialog = JColorChooser.createDialog(button,
1825               MessageManager.getString("label.select_colour"), true, // modal
1826               colorChooser, this, // OK button handler
1827               null); // no CANCEL button handler
1828     }
1829
1830     /**
1831      * Handles events from the editor button and from the dialog's OK button.
1832      */
1833     @Override
1834     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1835     {
1836       // todo test e.getSource() instead here
1837       if (EDIT.equals(e.getActionCommand()))
1838       {
1839         // The user has clicked the cell, so
1840         // bring up the dialog.
1841         if (currentColor.isSimpleColour())
1842         {
1843           // bring up simple color chooser
1844           button.setBackground(currentColor.getColour());
1845           colorChooser.setColor(currentColor.getColour());
1846           dialog.setVisible(true);
1847         }
1848         else
1849         {
1850           // bring up graduated chooser.
1851           chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
1852           chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1853           chooser.requestFocus();
1854           chooser.addActionListener(this);
1855           chooser.showTab(true);
1856         }
1857         // Make the renderer reappear.
1858         fireEditingStopped();
1859
1860       }
1861       else
1862       {
1863         if (currentColor.isSimpleColour())
1864         {
1865           /*
1866            * read off colour picked in colour chooser after OK pressed
1867            */
1868           currentColor = new FeatureColour(colorChooser.getColor());
1869           me.table.setValueAt(currentColor, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
1870         }
1871         else
1872         {
1873           /*
1874            * after OK in variable colour dialog, any changes to colour
1875            * (or filters!) are already set in FeatureRenderer, so just
1876            * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1877            */
1878           currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1879           FeatureMatcherSetI currentFilter = me.fr.getFeatureFilter(type);
1880           if (currentFilter == null)
1881           {
1882             currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1883           }
1884           Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1885                   .getData()[rowSelected];
1886           data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1887           data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1888         }
1889         fireEditingStopped();
1890         me.table.validate();
1891       }
1892     }
1893
1894     // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
1895     @Override
1896     public Object getCellEditorValue()
1897     {
1898       return currentColor;
1899     }
1900
1901     // Implement the one method defined by TableCellEditor.
1902     @Override
1903     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
1904             boolean isSelected, int row, int column)
1905     {
1906       currentColor = (FeatureColourI) value;
1907       this.rowSelected = row;
1908       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1909       button.setOpaque(true);
1910       button.setBackground(me.getBackground());
1911       if (!currentColor.isSimpleColour())
1912       {
1913         JLabel btn = new JLabel();
1914         btn.setSize(button.getSize());
1915         FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentColor);
1916         button.setBackground(btn.getBackground());
1917         button.setIcon(btn.getIcon());
1918         button.setText(btn.getText());
1919       }
1920       else
1921       {
1922         button.setText("");
1923         button.setIcon(null);
1924         button.setBackground(currentColor.getColour());
1925       }
1926       return button;
1927     }
1928   }
1929
1930   /**
1931    * The cell editor for the Filter column. It displays the text of any filters
1932    * for the feature type in that row (in full as a tooltip, possible abbreviated
1933    * as display text). On click in the cell, opens the Feature Display Settings
1934    * dialog at the Filters tab.
1935    */
1936   class FilterEditor extends AbstractCellEditor
1937           implements TableCellEditor, ActionListener
1938   {
1939     FeatureSettings me;
1940
1941     FeatureMatcherSetI currentFilter;
1942
1943     Point lastLocation;
1944
1945     String type;
1946
1947     JButton button;
1948
1949     protected static final String EDIT = "edit";
1950
1951     int rowSelected = 0;
1952
1953     public FilterEditor(FeatureSettings me)
1954     {
1955       this.me = me;
1956       button = new JButton();
1957       button.setActionCommand(EDIT);
1958       button.addActionListener(this);
1959       button.setBorderPainted(false);
1960     }
1961
1962     /**
1963      * Handles events from the editor button
1964      */
1965     @Override
1966     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1967     {
1968       if (button == e.getSource())
1969       {
1970         FeatureTypeSettings chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
1971         chooser.addActionListener(this);
1972         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1973         chooser.requestFocus();
1974         if (lastLocation != null)
1975         {
1976           // todo open at its last position on screen
1977           chooser.setBounds(lastLocation.x, lastLocation.y,
1978                   chooser.getWidth(), chooser.getHeight());
1979           chooser.validate();
1980         }
1981         chooser.showTab(false);
1982         fireEditingStopped();
1983       }
1984       else if (e.getSource() instanceof Component)
1985       {
1986
1987         /*
1988          * after OK in variable colour dialog, any changes to filter
1989          * (or colours!) are already set in FeatureRenderer, so just
1990          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1991          */
1992         FeatureColourI currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1993         currentFilter = me.fr.getFeatureFilter(type);
1994         if (currentFilter == null)
1995         {
1996           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1997         }
1998         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1999                 .getData()[rowSelected];
2000         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
2001         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
2002         fireEditingStopped();
2003         me.table.validate();
2004       }
2005     }
2006
2007     @Override
2008     public Object getCellEditorValue()
2009     {
2010       return currentFilter;
2011     }
2012
2013     @Override
2014     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
2015             boolean isSelected, int row, int column)
2016     {
2017       currentFilter = (FeatureMatcherSetI) value;
2018       this.rowSelected = row;
2019       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
2020       button.setOpaque(true);
2021       button.setBackground(me.getBackground());
2022       button.setText(currentFilter.toString());
2023       button.setToolTipText(currentFilter.toString());
2024       button.setIcon(null);
2025       return button;
2026     }
2027   }
2028 }
2029
2030 class FeatureIcon implements Icon
2031 {
2032   FeatureColourI gcol;
2033
2034   Color backg;
2035
2036   boolean midspace = false;
2037
2038   int width = 50, height = 20;
2039
2040   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
2041
2042   Color mpcolour = Color.white;
2043
2044   FeatureIcon(FeatureColourI gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
2045   {
2046     gcol = gfc;
2047     backg = bg;
2048     width = w;
2049     height = h;
2050     midspace = mspace;
2051     if (midspace)
2052     {
2053       s1 = width / 3;
2054       e1 = s1 * 2;
2055     }
2056     else
2057     {
2058       s1 = width / 2;
2059       e1 = s1;
2060     }
2061   }
2062
2063   @Override
2064   public int getIconWidth()
2065   {
2066     return width;
2067   }
2068
2069   @Override
2070   public int getIconHeight()
2071   {
2072     return height;
2073   }
2074
2075   @Override
2076   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
2077   {
2078
2079     if (gcol.isColourByLabel())
2080     {
2081       g.setColor(backg);
2082       g.fillRect(0, 0, width, height);
2083       // need an icon here.
2084       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2085
2086       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
2087
2088       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
2089       // AffineTransform.getScaleInstance(
2090       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
2091       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
2092
2093       g.drawString(MessageManager.getString("label.label"), 0, 0);
2094
2095     }
2096     else
2097     {
2098       Color minCol = gcol.getMinColour();
2099       g.setColor(minCol);
2100       g.fillRect(0, 0, s1, height);
2101       if (midspace)
2102       {
2103         g.setColor(Color.white);
2104         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
2105       }
2106       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2107       g.fillRect(0, e1, width - e1, height);
2108     }
2109   }
2110 }