src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.FeatureColourI;
  25 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherI;
  29 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  30 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  31 import jalview.gui.Help.HelpId;
  32 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  33 import jalview.io.JalviewFileView;
  34 import jalview.schemes.FeatureColour;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36 import jalview.util.Platform;
  37 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel.FeatureSettingsBean;
  38 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours;
  39 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Colour;
  40 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Filter;
  41 import jalview.xml.binding.jalview.ObjectFactory;
  42
  43 import java.awt.BorderLayout;
  44 import java.awt.Color;
  45 import java.awt.Component;
  46 import java.awt.Dimension;
  47 import java.awt.FlowLayout;
  48 import java.awt.Font;
  49 import java.awt.Graphics;
  50 import java.awt.GridLayout;
  51 import java.awt.Point;
  52 import java.awt.Rectangle;
  53 import java.awt.event.ActionEvent;
  54 import java.awt.event.ActionListener;
  55 import java.awt.event.ItemEvent;
  56 import java.awt.event.ItemListener;
  57 import java.awt.event.MouseAdapter;
  58 import java.awt.event.MouseEvent;
  59 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  60 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  61 import java.beans.PropertyChangeListener;
  62 import java.io.File;
  63 import java.io.FileInputStream;
  64 import java.io.FileOutputStream;
  65 import java.io.InputStreamReader;
  66 import java.io.OutputStreamWriter;
  67 import java.io.PrintWriter;
  68 import java.util.Arrays;
  69 import java.util.Comparator;
  70 import java.util.HashMap;
  71 import java.util.HashSet;
  72 import java.util.Hashtable;
  73 import java.util.Iterator;
  74 import java.util.List;
  75 import java.util.Map;
  76 import java.util.Set;
  77
  78 import javax.help.HelpSetException;
  79 import javax.swing.AbstractCellEditor;
  80 import javax.swing.BorderFactory;
  81 import javax.swing.Icon;
  82 import javax.swing.JButton;
  83 import javax.swing.JCheckBox;
  84 import javax.swing.JColorChooser;
  85 import javax.swing.JDialog;
  86 import javax.swing.JInternalFrame;
  87 import javax.swing.JLabel;
  88 import javax.swing.JLayeredPane;
  89 import javax.swing.JMenuItem;
  90 import javax.swing.JPanel;
  91 import javax.swing.JPopupMenu;
  92 import javax.swing.JScrollPane;
  93 import javax.swing.JSlider;
  94 import javax.swing.JTable;
  95 import javax.swing.ListSelectionModel;
  96 import javax.swing.SwingConstants;
  97 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  98 import javax.swing.event.ChangeListener;
  99 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
 100 import javax.swing.table.TableCellEditor;
 101 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
 102 import javax.swing.table.TableColumn;
 103 import javax.xml.bind.JAXBContext;
 104 import javax.xml.bind.JAXBElement;
 105 import javax.xml.bind.Marshaller;
 106 import javax.xml.stream.XMLInputFactory;
 107 import javax.xml.stream.XMLStreamReader;
 108
 109 public class FeatureSettings extends JPanel
 110         implements FeatureSettingsControllerI
 111 {
 112   private static final String SEQUENCE_FEATURE_COLOURS = MessageManager
 113           .getString("label.sequence_feature_colours");
 114
 115   /*
 116    * column indices of fields in Feature Settings table
 117    */
 118   static final int TYPE_COLUMN = 0;
 119
 120   static final int COLOUR_COLUMN = 1;
 121
 122   static final int FILTER_COLUMN = 2;
 123
 124   static final int SHOW_COLUMN = 3;
 125
 126   private static final int COLUMN_COUNT = 4;
 127
 128   private static final int MIN_WIDTH = 400;
 129
 130   private static final int MIN_HEIGHT = 400;
 131
 132   final FeatureRenderer fr;
 133
 134   public final AlignFrame af;
 135
 136   /*
 137    * 'original' fields hold settings to restore on Cancel
 138    */
 139   Object[][] originalData;
 140
 141   private float originalTransparency;
 142
 143   private Map<String, FeatureMatcherSetI> originalFilters;
 144
 145   final JInternalFrame frame;
 146
 147   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 148
 149   JTable table;
 150
 151   JPanel groupPanel;
 152
 153   JSlider transparency = new JSlider();
 154
 155   JCheckBox showComplement;
 156
 157   JCheckBox showComplementOnTop;
 158
 159   /*
 160    * when true, constructor is still executing - so ignore UI events
 161    */
 162   protected volatile boolean inConstruction = true;
 163
 164   int selectedRow = -1;
 165
 166   JButton fetchDAS = new JButton();
 167
 168   JButton saveDAS = new JButton();
 169
 170   JButton cancelDAS = new JButton();
 171
 172   boolean resettingTable = false;
 173
 174   /*
 175    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 176    */
 177   private boolean handlingUpdate = false;
 178
 179   /*
 180    * holds {featureCount, totalExtent} for each feature type
 181    */
 182   Map<String, float[]> typeWidth = null;
 183
 184   /**
 185    * Constructor
 186    *
 187    * @param af
 188    */
 189   public FeatureSettings(AlignFrame alignFrame)
 190   {
 191     this.af = alignFrame;
 192     fr = af.getFeatureRenderer();
 193
 194     // save transparency for restore on Cancel
 195     originalTransparency = fr.getTransparency();
 196     int originalTransparencyAsPercent = (int) (originalTransparency * 100);
 197     transparency.setMaximum(100 - originalTransparencyAsPercent);
 198
 199     originalFilters = new HashMap<>(fr.getFeatureFilters()); // shallow copy
 200
 201     try
 202     {
 203       jbInit();
 204     } catch (Exception ex)
 205     {
 206       ex.printStackTrace();
 207     }
 208
 209     table = new JTable()
 210     {
 211       @Override
 212       public String getToolTipText(MouseEvent e)
 213       {
 214         String tip = null;
 215         int column = table.columnAtPoint(e.getPoint());
 216         switch (column)
 217         {
 218         case TYPE_COLUMN:
 219           tip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager
 220                   .getString("label.feature_settings_click_drag"));
 221           break;
 222         case FILTER_COLUMN:
 223           int row = table.rowAtPoint(e.getPoint());
 224           FeatureMatcherSet o = (FeatureMatcherSet) table.getValueAt(row,
 225                   column);
 226           tip = o.isEmpty()
 227                   ? MessageManager
 228                           .getString("label.configure_feature_tooltip")
 229                   : o.toString();
 230           break;
 231         default:
 232           break;
 233         }
 234         return tip;
 235       }
 236     };
 237     table.getTableHeader().setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 238     table.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 239
 240     // table.setDefaultRenderer(Color.class, new ColorRenderer());
 241     // table.setDefaultEditor(Color.class, new ColorEditor(this));
 242     //
 243     table.setDefaultEditor(FeatureColour.class, new ColorEditor(this));
 244     table.setDefaultRenderer(FeatureColour.class, new ColorRenderer());
 245
 246     table.setDefaultEditor(FeatureMatcherSet.class, new FilterEditor(this));
 247     table.setDefaultRenderer(FeatureMatcherSet.class, new FilterRenderer());
 248
 249     TableColumn colourColumn = new TableColumn(COLOUR_COLUMN, 75,
 250             new ColorRenderer(), new ColorEditor(this));
 251     table.addColumn(colourColumn);
 252
 253     TableColumn filterColumn = new TableColumn(FILTER_COLUMN, 75,
 254             new FilterRenderer(), new FilterEditor(this));
 255     table.addColumn(filterColumn);
 256
 257     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 258
 259     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
 260     {
 261       @Override
 262       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 263       {
 264         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 265         String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 266         if (evt.isPopupTrigger())
 267         {
 268           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 269           popupSort(selectedRow, type, colour, fr.getMinMax(), evt.getX(),
 270                   evt.getY());
 271         }
 272         else if (evt.getClickCount() == 2)
 273         {
 274           boolean invertSelection = evt.isAltDown();
 275           boolean toggleSelection = Platform.isControlDown(evt);
 276           boolean extendSelection = evt.isShiftDown();
 277           fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 278                   invertSelection, extendSelection, toggleSelection, type);
 279         }
 280       }
 281
 282       // isPopupTrigger fires on mouseReleased on Windows
 283       @Override
 284       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 285       {
 286         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 287         if (evt.isPopupTrigger())
 288         {
 289           String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 290           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 291           popupSort(selectedRow, type, colour, fr.getMinMax(), evt.getX(),
 292                   evt.getY());
 293         }
 294       }
 295     });
 296
 297     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 298     {
 299       @Override
 300       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 301       {
 302         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 303         if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
 304         {
 305           /*
 306            * reposition 'selectedRow' to 'newRow' (the dragged to location)
 307            * this could be more than one row away for a very fast drag action
 308            * so just swap it with adjacent rows until we get it there
 309            */
 310           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 311                   .getData();
 312           int direction = newRow < selectedRow ? -1 : 1;
 313           for (int i = selectedRow; i != newRow; i += direction)
 314           {
 315             Object[] temp = data[i];
 316             data[i] = data[i + direction];
 317             data[i + direction] = temp;
 318           }
 319           updateFeatureRenderer(data);
 320           table.repaint();
 321           selectedRow = newRow;
 322         }
 323       }
 324     });
 325     // table.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 326     // MessageManager.getString("label.feature_settings_click_drag")));
 327     scrollPane.setViewportView(table);
 328
 329     if (af.getViewport().isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 330     {
 331       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 332     }
 333
 334     discoverAllFeatureData();
 335     final PropertyChangeListener change;
 336     final FeatureSettings fs = this;
 337     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 338     {
 339       @Override
 340       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 341       {
 342         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 343         {
 344           fs.handlingUpdate = true;
 345           fs.resetTable(null);
 346           // new groups may be added with new sequence feature types only
 347           fs.handlingUpdate = false;
 348         }
 349       }
 350
 351     });
 352
 353     frame = new JInternalFrame();
 354     frame.setContentPane(this);
 355     if (Platform.isAMac())
 356     {
 357       Desktop.addInternalFrame(frame,
 358               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 359               600, 480);
 360     }
 361     else
 362     {
 363       Desktop.addInternalFrame(frame,
 364               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 365               600, 450);
 366     }
 367     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 368
 369     frame.addInternalFrameListener(
 370             new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 371             {
 372               @Override
 373               public void internalFrameClosed(
 374                       javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 375               {
 376                 fr.removePropertyChangeListener(change);
 377               };
 378             });
 379     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 380     inConstruction = false;
 381   }
 382
 383   protected void popupSort(final int rowSelected, final String type,
 384           final Object typeCol, final Map<String, float[][]> minmax, int x,
 385           int y)
 386   {
 387     final FeatureColourI featureColour = (FeatureColourI) typeCol;
 388
 389     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager
 390             .formatMessage("label.settings_for_param", new String[]
 391             { type }));
 392     JMenuItem scr = new JMenuItem(
 393             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 394     men.add(scr);
 395     final FeatureSettings me = this;
 396     scr.addActionListener(new ActionListener()
 397     {
 398
 399       @Override
 400       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 401       {
 402         me.af.avc
 403                 .sortAlignmentByFeatureScore(Arrays.asList(new String[]
 404                 { type }));
 405       }
 406
 407     });
 408     JMenuItem dens = new JMenuItem(
 409             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 410     dens.addActionListener(new ActionListener()
 411     {
 412
 413       @Override
 414       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 415       {
 416         me.af.avc
 417                 .sortAlignmentByFeatureDensity(Arrays.asList(new String[]
 418                 { type }));
 419       }
 420
 421     });
 422     men.add(dens);
 423
 424     JMenuItem selCols = new JMenuItem(
 425             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 426     selCols.addActionListener(new ActionListener()
 427     {
 428       @Override
 429       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 430       {
 431         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 432                 false, type);
 433       }
 434     });
 435     JMenuItem clearCols = new JMenuItem(MessageManager
 436             .getString("label.select_columns_not_containing"));
 437     clearCols.addActionListener(new ActionListener()
 438     {
 439       @Override
 440       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 441       {
 442         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 443                 false, type);
 444       }
 445     });
 446     JMenuItem hideCols = new JMenuItem(
 447             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 448     hideCols.addActionListener(new ActionListener()
 449     {
 450       @Override
 451       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 452       {
 453         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, true);
 454       }
 455     });
 456     JMenuItem hideOtherCols = new JMenuItem(
 457             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 458     hideOtherCols.addActionListener(new ActionListener()
 459     {
 460       @Override
 461       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 462       {
 463         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, false);
 464       }
 465     });
 466     men.add(selCols);
 467     men.add(clearCols);
 468     men.add(hideCols);
 469     men.add(hideOtherCols);
 470     men.show(table, x, y);
 471   }
 472
 473   @Override
 474   synchronized public void discoverAllFeatureData()
 475   {
 476     Set<String> allGroups = new HashSet<>();
 477     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 478
 479     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 480     {
 481       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(i);
 482       for (String group : seq.getFeatures().getFeatureGroups(true))
 483       {
 484         if (group != null && !allGroups.contains(group))
 485         {
 486           allGroups.add(group);
 487           checkGroupState(group);
 488         }
 489       }
 490     }
 491
 492     resetTable(null);
 493
 494     validate();
 495   }
 496
 497   /**
 498    * Synchronise gui group list and check visibility of group
 499    *
 500    * @param group
 501    * @return true if group is visible
 502    */
 503   private boolean checkGroupState(String group)
 504   {
 505     boolean visible = fr.checkGroupVisibility(group, true);
 506
 507     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 508     {
 509       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 510       {
 511         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 512         return visible;
 513       }
 514     }
 515
 516     final String grp = group;
 517     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 518     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 519     check.setToolTipText(group);
 520     check.addItemListener(new ItemListener()
 521     {
 522       @Override
 523       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 524       {
 525         fr.setGroupVisibility(check.getText(), check.isSelected());
 526         resetTable(new String[] { grp });
 527         refreshDisplay();
 528       }
 529     });
 530     groupPanel.add(check);
 531     return visible;
 532   }
 533
 534   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 535   {
 536     if (resettingTable)
 537     {
 538       return;
 539     }
 540     resettingTable = true;
 541     typeWidth = new Hashtable<>();
 542     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 543     // rather than float
 544
 545     Set<String> displayableTypes = new HashSet<>();
 546     Set<String> foundGroups = new HashSet<>();
 547
 548     /*
 549      * determine which feature types may be visible depending on
 550      * which groups are selected, and recompute average width data
 551      */
 552     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 553     {
 554
 555       SequenceI seq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i);
 556
 557       /*
 558        * get the sequence's groups for positional features
 559        * and keep track of which groups are visible
 560        */
 561       Set<String> groups = seq.getFeatures().getFeatureGroups(true);
 562       Set<String> visibleGroups = new HashSet<>();
 563       for (String group : groups)
 564       {
 565         if (group == null || checkGroupState(group))
 566         {
 567           visibleGroups.add(group);
 568         }
 569       }
 570       foundGroups.addAll(groups);
 571
 572       /*
 573        * get distinct feature types for visible groups
 574        * record distinct visible types, and their count and total length
 575        */
 576       Set<String> types = seq.getFeatures().getFeatureTypesForGroups(true,
 577               visibleGroups.toArray(new String[visibleGroups.size()]));
 578       for (String type : types)
 579       {
 580         displayableTypes.add(type);
 581         float[] avWidth = typeWidth.get(type);
 582         if (avWidth == null)
 583         {
 584           avWidth = new float[2];
 585           typeWidth.put(type, avWidth);
 586         }
 587         // todo this could include features with a non-visible group
 588         // - do we greatly care?
 589         // todo should we include non-displayable features here, and only
 590         // update when features are added?
 591         avWidth[0] += seq.getFeatures().getFeatureCount(true, type);
 592         avWidth[1] += seq.getFeatures().getTotalFeatureLength(type);
 593       }
 594     }
 595
 596     Object[][] data = new Object[displayableTypes.size()][COLUMN_COUNT];
 597     int dataIndex = 0;
 598
 599     if (fr.hasRenderOrder())
 600     {
 601       if (!handlingUpdate)
 602       {
 603         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 604         // colourschemes. but don't
 605         // affect display
 606         // First add the checks in the previous render order,
 607         // in case the window has been closed and reopened
 608       }
 609       List<String> frl = fr.getRenderOrder();
 610       for (int ro = frl.size() - 1; ro > -1; ro--)
 611       {
 612         String type = frl.get(ro);
 613
 614         if (!displayableTypes.contains(type))
 615         {
 616           continue;
 617         }
 618
 619         data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 620         data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 621         FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 622         data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 623                 ? new FeatureMatcherSet()
 624                 : featureFilter;
 625         data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(
 626                 af.getViewport().getFeaturesDisplayed().isVisible(type));
 627         dataIndex++;
 628         displayableTypes.remove(type);
 629       }
 630     }
 631
 632     /*
 633      * process any extra features belonging only to
 634      * a group which was just selected
 635      */
 636     while (!displayableTypes.isEmpty())
 637     {
 638       String type = displayableTypes.iterator().next();
 639       data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 640
 641       data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 642       if (data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] == null)
 643       {
 644         // "Colour has been updated in another view!!"
 645         fr.clearRenderOrder();
 646         return;
 647       }
 648       FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 649       data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 650               ? new FeatureMatcherSet()
 651               : featureFilter;
 652       data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(true);
 653       dataIndex++;
 654       displayableTypes.remove(type);
 655     }
 656
 657     if (originalData == null)
 658     {
 659       originalData = new Object[data.length][COLUMN_COUNT];
 660       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 661       {
 662         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, COLUMN_COUNT);
 663       }
 664     }
 665     else
 666     {
 667       updateOriginalData(data);
 668     }
 669
 670     table.setModel(new FeatureTableModel(data));
 671     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 672
 673     groupPanel.setLayout(
 674             new GridLayout(fr.getFeatureGroupsSize() / 4 + 1, 4));
 675     pruneGroups(foundGroups);
 676     groupPanel.validate();
 677
 678     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 679     resettingTable = false;
 680   }
 681
 682   /**
 683    * Updates 'originalData' (used for restore on Cancel) if we detect that changes
 684    * have been made outwith this dialog
 685    * <ul>
 686    * <li>a new feature type added (and made visible)</li>
 687    * <li>a feature colour changed (in the Amend Features dialog)</li>
 688    * </ul>
 689    *
 690    * @param foundData
 691    */
 692   protected void updateOriginalData(Object[][] foundData)
 693   {
 694     // todo LinkedHashMap instead of Object[][] would be nice
 695
 696     Object[][] currentData = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 697             .getData();
 698     for (Object[] row : foundData)
 699     {
 700       String type = (String) row[TYPE_COLUMN];
 701       boolean found = false;
 702       for (Object[] current : currentData)
 703       {
 704         if (type.equals(current[TYPE_COLUMN]))
 705         {
 706           found = true;
 707           /*
 708            * currently dependent on object equality here;
 709            * really need an equals method on FeatureColour
 710            */
 711           if (!row[COLOUR_COLUMN].equals(current[COLOUR_COLUMN]))
 712           {
 713             /*
 714              * feature colour has changed externally - update originalData
 715              */
 716             for (Object[] original : originalData)
 717             {
 718               if (type.equals(original[TYPE_COLUMN]))
 719               {
 720                 original[COLOUR_COLUMN] = row[COLOUR_COLUMN];
 721                 break;
 722               }
 723             }
 724           }
 725           break;
 726         }
 727       }
 728       if (!found)
 729       {
 730         /*
 731          * new feature detected - add to original data (on top)
 732          */
 733         Object[][] newData = new Object[originalData.length
 734                 + 1][COLUMN_COUNT];
 735         for (int i = 0; i < originalData.length; i++)
 736         {
 737           System.arraycopy(originalData[i], 0, newData[i + 1], 0,
 738                   COLUMN_COUNT);
 739         }
 740         newData[0] = row;
 741         originalData = newData;
 742       }
 743     }
 744   }
 745
 746   /**
 747    * Remove from the groups panel any checkboxes for groups that are not in the
 748    * foundGroups set. This enables removing a group from the display when the last
 749    * feature in that group is deleted.
 750    *
 751    * @param foundGroups
 752    */
 753   protected void pruneGroups(Set<String> foundGroups)
 754   {
 755     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 756     {
 757       JCheckBox checkbox = (JCheckBox) groupPanel.getComponent(g);
 758       if (!foundGroups.contains(checkbox.getText()))
 759       {
 760         groupPanel.remove(checkbox);
 761       }
 762     }
 763   }
 764
 765   /**
 766    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 767    *
 768    * @param data
 769    */
 770   private void ensureOrder(Object[][] data)
 771   {
 772     boolean sort = false;
 773     float[] order = new float[data.length];
 774     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 775     {
 776       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 777       if (order[i] < 0)
 778       {
 779         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 780       }
 781       if (i > 1)
 782       {
 783         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 784       }
 785     }
 786     if (sort)
 787     {
 788       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 789     }
 790   }
 791
 792   /**
 793    * Offers a file chooser dialog, and then loads the feature colours and
 794    * filters from file in XML format and unmarshals to Jalview feature settings
 795    */
 796   void load()
 797   {
 798     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 799             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 800     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 801     chooser.setDialogTitle(
 802             MessageManager.getString("label.load_feature_colours"));
 803     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 804
 805     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 806
 807     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 808     {
 809       File file = chooser.getSelectedFile();
 810       load(file);
 811     }
 812   }
 813
 814   /**
 815    * Loads feature colours and filters from XML stored in the given file
 816    *
 817    * @param file
 818    */
 819   void load(File file)
 820   {
 821     try
 822     {
 823       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 824               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 825
 826       JAXBContext jc = JAXBContext
 827               .newInstance("jalview.xml.binding.jalview");
 828       javax.xml.bind.Unmarshaller um = jc.createUnmarshaller();
 829       XMLStreamReader streamReader = XMLInputFactory.newInstance()
 830               .createXMLStreamReader(in);
 831       JAXBElement<JalviewUserColours> jbe = um.unmarshal(streamReader,
 832               JalviewUserColours.class);
 833       JalviewUserColours jucs = jbe.getValue();
 834
 835       // JalviewUserColours jucs = JalviewUserColours.unmarshal(in);
 836
 837       /*
 838        * load feature colours
 839        */
 840       for (int i = jucs.getColour().size() - 1; i >= 0; i--)
 841       {
 842         Colour newcol = jucs.getColour().get(i);
 843         FeatureColourI colour = jalview.project.Jalview2XML
 844                 .parseColour(newcol);
 845         fr.setColour(newcol.getName(), colour);
 846         fr.setOrder(newcol.getName(), i / (float) jucs.getColour().size());
 847       }
 848
 849       /*
 850        * load feature filters; loaded filters will replace any that are
 851        * currently defined, other defined filters are left unchanged
 852        */
 853       for (int i = 0; i < jucs.getFilter().size(); i++)
 854       {
 855         Filter filterModel = jucs.getFilter().get(i);
 856         String featureType = filterModel.getFeatureType();
 857         FeatureMatcherSetI filter = jalview.project.Jalview2XML
 858                 .parseFilter(featureType, filterModel.getMatcherSet());
 859         if (!filter.isEmpty())
 860         {
 861           fr.setFeatureFilter(featureType, filter);
 862         }
 863       }
 864
 865       /*
 866        * update feature settings table
 867        */
 868       if (table != null)
 869       {
 870         resetTable(null);
 871         Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 872                 .getData();
 873         ensureOrder(data);
 874         updateFeatureRenderer(data, false);
 875         table.repaint();
 876       }
 877     } catch (Exception ex)
 878     {
 879       System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
 880     }
 881   }
 882
 883   /**
 884    * Offers a file chooser dialog, and then saves the current feature colours
 885    * and any filters to the selected file in XML format
 886    */
 887   void save()
 888   {
 889     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 890             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 891     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 892     chooser.setDialogTitle(
 893             MessageManager.getString("label.save_feature_colours"));
 894     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 895
 896     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 897
 898     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 899     {
 900       save(chooser.getSelectedFile());
 901     }
 902   }
 903
 904   /**
 905    * Saves feature colours and filters to the given file
 906    *
 907    * @param file
 908    */
 909   void save(File file)
 910   {
 911     JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
 912     ucs.setSchemeName("Sequence Features");
 913     try
 914     {
 915       PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 916               new FileOutputStream(file), "UTF-8"));
 917
 918       /*
 919        * sort feature types by colour order, from 0 (highest)
 920        * to 1 (lowest)
 921        */
 922       Set<String> fr_colours = fr.getAllFeatureColours();
 923       String[] sortedTypes = fr_colours
 924               .toArray(new String[fr_colours.size()]);
 925       Arrays.sort(sortedTypes, new Comparator<String>()
 926       {
 927         @Override
 928         public int compare(String type1, String type2)
 929         {
 930           return Float.compare(fr.getOrder(type1), fr.getOrder(type2));
 931         }
 932       });
 933
 934       /*
 935        * save feature colours
 936        */
 937       for (String featureType : sortedTypes)
 938       {
 939         FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(featureType);
 940         Colour col = jalview.project.Jalview2XML.marshalColour(featureType,
 941                 fcol);
 942         ucs.getColour().add(col);
 943       }
 944
 945       /*
 946        * save any feature filters
 947        */
 948       for (String featureType : sortedTypes)
 949       {
 950         FeatureMatcherSetI filter = fr.getFeatureFilter(featureType);
 951         if (filter != null && !filter.isEmpty())
 952         {
 953           Iterator<FeatureMatcherI> iterator = filter.getMatchers().iterator();
 954           FeatureMatcherI firstMatcher = iterator.next();
 955           jalview.xml.binding.jalview.FeatureMatcherSet ms = jalview.project.Jalview2XML
 956                   .marshalFilter(firstMatcher, iterator,
 957                   filter.isAnded());
 958           Filter filterModel = new Filter();
 959           filterModel.setFeatureType(featureType);
 960           filterModel.setMatcherSet(ms);
 961           ucs.getFilter().add(filterModel);
 962         }
 963       }
 964       JAXBContext jaxbContext = JAXBContext
 965               .newInstance(JalviewUserColours.class);
 966       Marshaller jaxbMarshaller = jaxbContext.createMarshaller();
 967       jaxbMarshaller.marshal(
 968               new ObjectFactory().createJalviewUserColours(ucs), out);
 969
 970       // jaxbMarshaller.marshal(object, pout);
 971       // marshaller.marshal(object);
 972       out.flush();
 973
 974       // ucs.marshal(out);
 975       out.close();
 976     } catch (Exception ex)
 977     {
 978       ex.printStackTrace();
 979     }
 980   }
 981
 982   public void invertSelection()
 983   {
 984     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
 985     for (int i = 0; i < data.length; i++)
 986     {
 987       data[i][SHOW_COLUMN] = !(Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
 988     }
 989     updateFeatureRenderer(data, true);
 990     table.repaint();
 991   }
 992
 993   public void orderByAvWidth()
 994   {
 995     if (table == null || table.getModel() == null)
 996     {
 997       return;
 998     }
 999     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1000     float[] width = new float[data.length];
1001     float[] awidth;
1002     float max = 0;
1003
1004     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1005     {
1006       awidth = typeWidth.get(data[i][TYPE_COLUMN]);
1007       if (awidth[0] > 0)
1008       {
1009         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
1010         // weight - but have to make per
1011         // sequence, too (awidth[2])
1012         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
1013       }
1014       else
1015       {
1016         width[i] = 0;
1017       }
1018       if (max < width[i])
1019       {
1020         max = width[i];
1021       }
1022     }
1023     boolean sort = false;
1024     for (int i = 0; i < width.length; i++)
1025     {
1026       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
1027       if (width[i] == 0)
1028       {
1029         width[i] = fr.getOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString());
1030         if (width[i] < 0)
1031         {
1032           width[i] = fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(),
1033                   i / data.length);
1034         }
1035       }
1036       else
1037       {
1038         width[i] /= max; // normalize
1039         fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(), width[i]); // store for later
1040       }
1041       if (i > 0)
1042       {
1043         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
1044       }
1045     }
1046     if (sort)
1047     {
1048       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
1049       // update global priority order
1050     }
1051
1052     updateFeatureRenderer(data, false);
1053     table.repaint();
1054   }
1055
1056   public void close()
1057   {
1058     try
1059     {
1060       frame.setClosed(true);
1061     } catch (Exception exe)
1062     {
1063     }
1064
1065   }
1066
1067   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
1068   {
1069     updateFeatureRenderer(data, true);
1070   }
1071
1072   /**
1073    * Update the priority order of features; only repaint if this changed the order
1074    * of visible features
1075    *
1076    * @param data
1077    * @param visibleNew
1078    */
1079   private void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
1080   {
1081     FeatureSettingsBean[] rowData = getTableAsBeans(data);
1082
1083     if (fr.setFeaturePriority(rowData, visibleNew))
1084     {
1085       refreshDisplay();
1086     }
1087   }
1088
1089   /**
1090    * Converts table data into an array of data beans
1091    */
1092   private FeatureSettingsBean[] getTableAsBeans(Object[][] data)
1093   {
1094     FeatureSettingsBean[] rowData = new FeatureSettingsBean[data.length];
1095     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1096     {
1097       String type = (String) data[i][TYPE_COLUMN];
1098       FeatureColourI colour = (FeatureColourI) data[i][COLOUR_COLUMN];
1099       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) data[i][FILTER_COLUMN];
1100       Boolean isShown = (Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1101       rowData[i] = new FeatureSettingsBean(type, colour, theFilter,
1102               isShown);
1103     }
1104     return rowData;
1105   }
1106
1107   private void jbInit() throws Exception
1108   {
1109     this.setLayout(new BorderLayout());
1110
1111     JPanel settingsPane = new JPanel();
1112     settingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1113
1114     JPanel bigPanel = new JPanel();
1115     bigPanel.setLayout(new BorderLayout());
1116
1117     groupPanel = new JPanel();
1118     bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
1119
1120     JButton invert = new JButton(
1121             MessageManager.getString("label.invert_selection"));
1122     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1123     invert.addActionListener(new ActionListener()
1124     {
1125       @Override
1126       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1127       {
1128         invertSelection();
1129       }
1130     });
1131
1132     JButton optimizeOrder = new JButton(
1133             MessageManager.getString("label.optimise_order"));
1134     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1135     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
1136     {
1137       @Override
1138       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1139       {
1140         orderByAvWidth();
1141       }
1142     });
1143
1144     JButton sortByScore = new JButton(
1145             MessageManager.getString("label.seq_sort_by_score"));
1146     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1147     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
1148     {
1149       @Override
1150       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1151       {
1152         af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(null);
1153       }
1154     });
1155     JButton sortByDens = new JButton(
1156             MessageManager.getString("label.sequence_sort_by_density"));
1157     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1158     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
1159     {
1160       @Override
1161       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1162       {
1163         af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(null);
1164       }
1165     });
1166
1167     JButton help = new JButton(MessageManager.getString("action.help"));
1168     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1169     help.addActionListener(new ActionListener()
1170     {
1171       @Override
1172       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1173       {
1174         try
1175         {
1176           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1177         } catch (HelpSetException e1)
1178         {
1179           e1.printStackTrace();
1180         }
1181       }
1182     });
1183     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1184     help.setText(MessageManager.getString("action.help"));
1185     help.addActionListener(new ActionListener()
1186     {
1187       @Override
1188       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1189       {
1190         try
1191         {
1192           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1193         } catch (HelpSetException e1)
1194         {
1195           e1.printStackTrace();
1196         }
1197       }
1198     });
1199
1200     JButton cancel = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
1201     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1202     cancel.addActionListener(new ActionListener()
1203     {
1204       @Override
1205       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1206       {
1207         fr.setTransparency(originalTransparency);
1208         fr.setFeatureFilters(originalFilters);
1209         updateFeatureRenderer(originalData);
1210         close();
1211       }
1212     });
1213
1214     JButton ok = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
1215     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1216     ok.addActionListener(new ActionListener()
1217     {
1218       @Override
1219       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1220       {
1221         close();
1222       }
1223     });
1224
1225     JButton loadColours = new JButton(
1226             MessageManager.getString("label.load_colours"));
1227     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1228     loadColours.setToolTipText(
1229             MessageManager.getString("label.load_colours_tooltip"));
1230     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
1231     {
1232       @Override
1233       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1234       {
1235         load();
1236       }
1237     });
1238
1239     JButton saveColours = new JButton(
1240             MessageManager.getString("label.save_colours"));
1241     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1242     saveColours.setToolTipText(
1243             MessageManager.getString("label.save_colours_tooltip"));
1244     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
1245     {
1246       @Override
1247       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1248       {
1249         save();
1250       }
1251     });
1252     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
1253     {
1254       @Override
1255       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
1256       {
1257         if (!inConstruction)
1258         {
1259           fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
1260           refreshDisplay();
1261         }
1262       }
1263     });
1264
1265     transparency.setMaximum(70);
1266     transparency.setToolTipText(
1267             MessageManager.getString("label.transparency_tip"));
1268
1269     boolean nucleotide = af.getViewport().getAlignment().isNucleotide();
1270     showComplement = new JCheckBox(
1271             "Show " + (nucleotide ? "protein" : "CDS") + " features");
1272     showComplement.setSelected(af.getViewport().isShowComplementFeatures());
1273     showComplement.addActionListener(new ActionListener()
1274     {
1275       @Override
1276       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1277       {
1278         af.getViewport()
1279                 .setShowComplementFeatures(showComplement.isSelected());
1280         refreshDisplay();
1281       }
1282     });
1283
1284     showComplementOnTop = new JCheckBox("on top");
1285     showComplementOnTop
1286             .setSelected(af.getViewport().isShowComplementFeaturesOnTop());
1287     showComplementOnTop.addActionListener(new ActionListener()
1288     {
1289       @Override
1290       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1291       {
1292         af.getViewport().setShowComplementFeaturesOnTop(
1293                 showComplementOnTop.isSelected());
1294         refreshDisplay();
1295       }
1296     });
1297
1298     JPanel lowerPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
1299     bigPanel.add(lowerPanel, BorderLayout.SOUTH);
1300
1301     JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
1302     transbuttons.add(optimizeOrder);
1303     transbuttons.add(invert);
1304     transbuttons.add(sortByScore);
1305     transbuttons.add(sortByDens);
1306     transbuttons.add(help);
1307
1308     boolean hasComplement = af.getViewport().getCodingComplement() != null;
1309     JPanel transPanelLeft = new JPanel(
1310             new GridLayout(hasComplement ? 3 : 2, 1));
1311     transPanelLeft.add(new JLabel(" Colour transparency" + ":"));
1312     transPanelLeft.add(transparency);
1313     if (hasComplement)
1314     {
1315       JPanel cp = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
1316       cp.add(showComplement);
1317       cp.add(showComplementOnTop);
1318       transPanelLeft.add(cp);
1319     }
1320     lowerPanel.add(transPanelLeft);
1321     lowerPanel.add(transbuttons);
1322
1323     JPanel buttonPanel = new JPanel();
1324     buttonPanel.add(ok);
1325     buttonPanel.add(cancel);
1326     buttonPanel.add(loadColours);
1327     buttonPanel.add(saveColours);
1328     bigPanel.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
1329     settingsPane.add(bigPanel, BorderLayout.CENTER);
1330     settingsPane.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1331     this.add(settingsPane);
1332   }
1333
1334   /**
1335    * Repaints alignment, structure and overview (if shown). If there is a
1336    * complementary view which is showing this view's features, then also
1337    * repaints that.
1338    */
1339   void refreshDisplay()
1340   {
1341     af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1342     AlignViewportI complement = af.getViewport().getCodingComplement();
1343     if (complement != null && complement.isShowComplementFeatures())
1344     {
1345       AlignFrame af2 = Desktop.getAlignFrameFor(complement);
1346       af2.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1347     }
1348   }
1349
1350   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1351   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1352   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1353   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1354   {
1355     private String[] columnNames = {
1356         MessageManager.getString("label.feature_type"),
1357         MessageManager.getString("action.colour"),
1358         MessageManager.getString("label.configuration"),
1359         MessageManager.getString("label.show") };
1360
1361     private Object[][] data;
1362
1363     FeatureTableModel(Object[][] data)
1364     {
1365       this.data = data;
1366     }
1367
1368     public Object[][] getData()
1369     {
1370       return data;
1371     }
1372
1373     public void setData(Object[][] data)
1374     {
1375       this.data = data;
1376     }
1377
1378     @Override
1379     public int getColumnCount()
1380     {
1381       return columnNames.length;
1382     }
1383
1384     public Object[] getRow(int row)
1385     {
1386       return data[row];
1387     }
1388
1389     @Override
1390     public int getRowCount()
1391     {
1392       return data.length;
1393     }
1394
1395     @Override
1396     public String getColumnName(int col)
1397     {
1398       return columnNames[col];
1399     }
1400
1401     @Override
1402     public Object getValueAt(int row, int col)
1403     {
1404       return data[row][col];
1405     }
1406
1407     /**
1408      * Answers the class of column c of the table
1409      */
1410     @Override
1411     public Class<?> getColumnClass(int c)
1412     {
1413       switch (c)
1414       {
1415       case TYPE_COLUMN:
1416         return String.class;
1417       case COLOUR_COLUMN:
1418         return FeatureColour.class;
1419       case FILTER_COLUMN:
1420         return FeatureMatcherSet.class;
1421       default:
1422         return Boolean.class;
1423       }
1424     }
1425
1426     @Override
1427     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1428     {
1429       return col == 0 ? false : true;
1430     }
1431
1432     @Override
1433     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1434     {
1435       data[row][col] = value;
1436       fireTableCellUpdated(row, col);
1437       updateFeatureRenderer(data);
1438     }
1439
1440   }
1441
1442   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1443   {
1444     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1445
1446     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1447
1448     final String baseTT = "Click to edit, right/apple click for menu.";
1449
1450     public ColorRenderer()
1451     {
1452       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1453       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1454       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1455     }
1456
1457     @Override
1458     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl, Object color,
1459             boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column)
1460     {
1461       FeatureColourI cellColour = (FeatureColourI) color;
1462       setOpaque(true);
1463       setToolTipText(baseTT);
1464       setBackground(tbl.getBackground());
1465       if (!cellColour.isSimpleColour())
1466       {
1467         Rectangle cr = tbl.getCellRect(row, column, false);
1468         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, cellColour,
1469                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1470       }
1471       else
1472       {
1473         this.setText("");
1474         this.setIcon(null);
1475         setBackground(cellColour.getColour());
1476       }
1477       if (isSelected)
1478       {
1479         if (selectedBorder == null)
1480         {
1481           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1482                   tbl.getSelectionBackground());
1483         }
1484         setBorder(selectedBorder);
1485       }
1486       else
1487       {
1488         if (unselectedBorder == null)
1489         {
1490           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1491                   tbl.getBackground());
1492         }
1493         setBorder(unselectedBorder);
1494       }
1495
1496       return this;
1497     }
1498   }
1499
1500   class FilterRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1501   {
1502     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1503
1504     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1505
1506     public FilterRenderer()
1507     {
1508       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1509       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1510       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1511     }
1512
1513     @Override
1514     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl,
1515             Object filter, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1516             int column)
1517     {
1518       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) filter;
1519       setOpaque(true);
1520       String asText = theFilter.toString();
1521       setBackground(tbl.getBackground());
1522       this.setText(asText);
1523       this.setIcon(null);
1524
1525       if (isSelected)
1526       {
1527         if (selectedBorder == null)
1528         {
1529           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1530                   tbl.getSelectionBackground());
1531         }
1532         setBorder(selectedBorder);
1533       }
1534       else
1535       {
1536         if (unselectedBorder == null)
1537         {
1538           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1539                   tbl.getBackground());
1540         }
1541         setBorder(unselectedBorder);
1542       }
1543
1544       return this;
1545     }
1546   }
1547
1548   /**
1549    * update comp using rendering settings from gcol
1550    *
1551    * @param comp
1552    * @param gcol
1553    */
1554   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol)
1555   {
1556     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1557     if (w < 20)
1558     {
1559       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1560       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1561       if (w < 20)
1562       {
1563         w = 80;
1564         h = 12;
1565       }
1566     }
1567     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1568   }
1569
1570   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol,
1571           int w, int h)
1572   {
1573     boolean thr = false;
1574     StringBuilder tt = new StringBuilder();
1575     StringBuilder tx = new StringBuilder();
1576
1577     if (gcol.isColourByAttribute())
1578     {
1579       tx.append(String.join(":", gcol.getAttributeName()));
1580     }
1581     else if (!gcol.isColourByLabel())
1582     {
1583       tx.append(MessageManager.getString("label.score"));
1584     }
1585     tx.append(" ");
1586     if (gcol.isAboveThreshold())
1587     {
1588       thr = true;
1589       tx.append(">");
1590       tt.append("Thresholded (Above ").append(gcol.getThreshold())
1591               .append(") ");
1592     }
1593     if (gcol.isBelowThreshold())
1594     {
1595       thr = true;
1596       tx.append("<");
1597       tt.append("Thresholded (Below ").append(gcol.getThreshold())
1598               .append(") ");
1599     }
1600     if (gcol.isColourByLabel())
1601     {
1602       tt.append("Coloured by label text. ").append(tt);
1603       if (thr)
1604       {
1605         tx.append(" ");
1606       }
1607       if (!gcol.isColourByAttribute())
1608       {
1609         tx.append("Label");
1610       }
1611       comp.setIcon(null);
1612     }
1613     else
1614     {
1615       Color newColor = gcol.getMaxColour();
1616       comp.setBackground(newColor);
1617       // System.err.println("Width is " + w / 2);
1618       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
1619       comp.setIcon(ficon);
1620       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1621       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1622       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1623       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1624     }
1625     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
1626     comp.setText(tx.toString());
1627     if (tt.length() > 0)
1628     {
1629       if (comp.getToolTipText() == null)
1630       {
1631         comp.setToolTipText(tt.toString());
1632       }
1633       else
1634       {
1635         comp.setToolTipText(
1636                 tt.append(" ").append(comp.getToolTipText()).toString());
1637       }
1638     }
1639   }
1640
1641   class ColorEditor extends AbstractCellEditor
1642           implements TableCellEditor, ActionListener
1643   {
1644     FeatureSettings me;
1645
1646     FeatureColourI currentColor;
1647
1648     FeatureTypeSettings chooser;
1649
1650     String type;
1651
1652     JButton button;
1653
1654     JColorChooser colorChooser;
1655
1656     JDialog dialog;
1657
1658     protected static final String EDIT = "edit";
1659
1660     int rowSelected = 0;
1661
1662     public ColorEditor(FeatureSettings me)
1663     {
1664       this.me = me;
1665       // Set up the editor (from the table's point of view),
1666       // which is a button.
1667       // This button brings up the color chooser dialog,
1668       // which is the editor from the user's point of view.
1669       button = new JButton();
1670       button.setActionCommand(EDIT);
1671       button.addActionListener(this);
1672       button.setBorderPainted(false);
1673       // Set up the dialog that the button brings up.
1674       colorChooser = new JColorChooser();
1675       dialog = JColorChooser.createDialog(button,
1676               MessageManager.getString("label.select_colour"), true, // modal
1677               colorChooser, this, // OK button handler
1678               null); // no CANCEL button handler
1679     }
1680
1681     /**
1682      * Handles events from the editor button and from the dialog's OK button.
1683      */
1684     @Override
1685     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1686     {
1687       // todo test e.getSource() instead here
1688       if (EDIT.equals(e.getActionCommand()))
1689       {
1690         // The user has clicked the cell, so
1691         // bring up the dialog.
1692         if (currentColor.isSimpleColour())
1693         {
1694           // bring up simple color chooser
1695           button.setBackground(currentColor.getColour());
1696           colorChooser.setColor(currentColor.getColour());
1697           dialog.setVisible(true);
1698         }
1699         else
1700         {
1701           // bring up graduated chooser.
1702           chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
1703           /**
1704            * @j2sNative
1705            */
1706           {
1707             chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1708             chooser.requestFocus();
1709           }
1710           chooser.addActionListener(this);
1711           // Make the renderer reappear.
1712           fireEditingStopped();
1713         }
1714       }
1715       else
1716       {
1717         if (currentColor.isSimpleColour())
1718         {
1719           /*
1720            * read off colour picked in colour chooser after OK pressed
1721            */
1722           currentColor = new FeatureColour(colorChooser.getColor());
1723           me.table.setValueAt(currentColor, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
1724         }
1725         else
1726         {
1727           /*
1728            * after OK in variable colour dialog, any changes to colour
1729            * (or filters!) are already set in FeatureRenderer, so just
1730            * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1731            */
1732           currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1733           FeatureMatcherSetI currentFilter = me.fr.getFeatureFilter(type);
1734           if (currentFilter == null)
1735           {
1736             currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1737           }
1738           Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1739                   .getData()[rowSelected];
1740           data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1741           data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1742         }
1743         fireEditingStopped();
1744         me.table.validate();
1745       }
1746     }
1747
1748     // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
1749     @Override
1750     public Object getCellEditorValue()
1751     {
1752       return currentColor;
1753     }
1754
1755     // Implement the one method defined by TableCellEditor.
1756     @Override
1757     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
1758             boolean isSelected, int row, int column)
1759     {
1760       currentColor = (FeatureColourI) value;
1761       this.rowSelected = row;
1762       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1763       button.setOpaque(true);
1764       button.setBackground(me.getBackground());
1765       if (!currentColor.isSimpleColour())
1766       {
1767         JLabel btn = new JLabel();
1768         btn.setSize(button.getSize());
1769         FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentColor);
1770         button.setBackground(btn.getBackground());
1771         button.setIcon(btn.getIcon());
1772         button.setText(btn.getText());
1773       }
1774       else
1775       {
1776         button.setText("");
1777         button.setIcon(null);
1778         button.setBackground(currentColor.getColour());
1779       }
1780       return button;
1781     }
1782   }
1783
1784   /**
1785    * The cell editor for the Filter column. It displays the text of any filters
1786    * for the feature type in that row (in full as a tooltip, possible abbreviated
1787    * as display text). On click in the cell, opens the Feature Display Settings
1788    * dialog at the Filters tab.
1789    */
1790   class FilterEditor extends AbstractCellEditor
1791           implements TableCellEditor, ActionListener
1792   {
1793     FeatureSettings me;
1794
1795     FeatureMatcherSetI currentFilter;
1796
1797     Point lastLocation;
1798
1799     String type;
1800
1801     JButton button;
1802
1803     protected static final String EDIT = "edit";
1804
1805     int rowSelected = 0;
1806
1807     public FilterEditor(FeatureSettings me)
1808     {
1809       this.me = me;
1810       button = new JButton();
1811       button.setActionCommand(EDIT);
1812       button.addActionListener(this);
1813       button.setBorderPainted(false);
1814     }
1815
1816     /**
1817      * Handles events from the editor button
1818      */
1819     @Override
1820     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1821     {
1822       if (button == e.getSource())
1823       {
1824         FeatureTypeSettings chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
1825         chooser.addActionListener(this);
1826         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1827         chooser.requestFocus();
1828         if (lastLocation != null)
1829         {
1830           // todo open at its last position on screen
1831           chooser.setBounds(lastLocation.x, lastLocation.y,
1832                   chooser.getWidth(), chooser.getHeight());
1833           chooser.validate();
1834         }
1835         fireEditingStopped();
1836       }
1837       else if (e.getSource() instanceof Component)
1838       {
1839
1840         /*
1841          * after OK in variable colour dialog, any changes to filter
1842          * (or colours!) are already set in FeatureRenderer, so just
1843          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1844          */
1845         FeatureColourI currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1846         currentFilter = me.fr.getFeatureFilter(type);
1847         if (currentFilter == null)
1848         {
1849           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1850         }
1851         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1852                 .getData()[rowSelected];
1853         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1854         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1855         fireEditingStopped();
1856         me.table.validate();
1857       }
1858     }
1859
1860     @Override
1861     public Object getCellEditorValue()
1862     {
1863       return currentFilter;
1864     }
1865
1866     @Override
1867     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
1868             boolean isSelected, int row, int column)
1869     {
1870       currentFilter = (FeatureMatcherSetI) value;
1871       this.rowSelected = row;
1872       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1873       button.setOpaque(true);
1874       button.setBackground(me.getBackground());
1875       button.setText(currentFilter.toString());
1876       button.setToolTipText(currentFilter.toString());
1877       button.setIcon(null);
1878       return button;
1879     }
1880   }
1881 }
1882
1883 class FeatureIcon implements Icon
1884 {
1885   FeatureColourI gcol;
1886
1887   Color backg;
1888
1889   boolean midspace = false;
1890
1891   int width = 50, height = 20;
1892
1893   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
1894
1895   Color mpcolour = Color.white;
1896
1897   FeatureIcon(FeatureColourI gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
1898   {
1899     gcol = gfc;
1900     backg = bg;
1901     width = w;
1902     height = h;
1903     midspace = mspace;
1904     if (midspace)
1905     {
1906       s1 = width / 3;
1907       e1 = s1 * 2;
1908     }
1909     else
1910     {
1911       s1 = width / 2;
1912       e1 = s1;
1913     }
1914   }
1915
1916   @Override
1917   public int getIconWidth()
1918   {
1919     return width;
1920   }
1921
1922   @Override
1923   public int getIconHeight()
1924   {
1925     return height;
1926   }
1927
1928   @Override
1929   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
1930   {
1931
1932     if (gcol.isColourByLabel())
1933     {
1934       g.setColor(backg);
1935       g.fillRect(0, 0, width, height);
1936       // need an icon here.
1937       g.setColor(gcol.getMaxColour());
1938
1939       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
1940
1941       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
1942       // AffineTransform.getScaleInstance(
1943       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
1944       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
1945
1946       g.drawString(MessageManager.getString("label.label"), 0, 0);
1947
1948     }
1949     else
1950     {
1951       Color minCol = gcol.getMinColour();
1952       g.setColor(minCol);
1953       g.fillRect(0, 0, s1, height);
1954       if (midspace)
1955       {
1956         g.setColor(Color.white);
1957         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
1958       }
1959       g.setColor(gcol.getMaxColour());
1960       g.fillRect(0, e1, width - e1, height);
1961     }
1962   }
1963 }