src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25 import java.awt.geom.AffineTransform;
  26 import java.awt.image.BufferedImage;
  27 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  28 import java.beans.PropertyChangeListener;
  29
  30 import javax.swing.*;
  31 import javax.swing.event.*;
  32 import javax.swing.table.*;
  33
  34 import jalview.analysis.AlignmentSorter;
  35 import jalview.bin.Cache;
  36 import jalview.commands.OrderCommand;
  37 import jalview.datamodel.*;
  38 import jalview.io.*;
  39 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  40 import jalview.schemes.GraduatedColor;
  41
  42 public class FeatureSettings extends JPanel
  43 {
  44   DasSourceBrowser dassourceBrowser;
  45
  46   jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher dasFeatureFetcher;
  47
  48   JPanel settingsPane = new JPanel();
  49
  50   JPanel dasSettingsPane = new JPanel();
  51
  52   final FeatureRenderer fr;
  53
  54   public final AlignFrame af;
  55
  56   Object[][] originalData;
  57
  58   final JInternalFrame frame;
  59
  60   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
  61
  62   JTable table;
  63
  64   JPanel groupPanel;
  65
  66   JSlider transparency = new JSlider();
  67
  68   JPanel transPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
  69
  70   public FeatureSettings(AlignFrame af)
  71   {
  72     this.af = af;
  73     fr = af.getFeatureRenderer();
  74
  75     transparency.setMaximum(100 - (int) (fr.transparency * 100));
  76
  77     try
  78     {
  79       jbInit();
  80     } catch (Exception ex)
  81     {
  82       ex.printStackTrace();
  83     }
  84
  85     table = new JTable();
  86     table.getTableHeader().setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
  87     table.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
  88     table.setDefaultRenderer(Color.class, new ColorRenderer());
  89
  90     table.setDefaultEditor(Color.class, new ColorEditor(this));
  91
  92     table.setDefaultEditor(GraduatedColor.class, new ColorEditor(this));
  93     table.setDefaultRenderer(GraduatedColor.class, new ColorRenderer());
  94     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
  95
  96     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
  97     {
  98       public void mousePressed(MouseEvent evt)
  99       {
 100         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 101         if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 102         {
 103           popupSort(selectedRow, (String) table.getValueAt(selectedRow, 0),
 104                   table.getValueAt(selectedRow, 1), fr.minmax, evt.getX(),
 105                   evt.getY());
 106         }
 107       }
 108     });
 109
 110     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 111     {
 112       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 113       {
 114         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 115         if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
 116         {
 117           Object[] temp = new Object[3];
 118           temp[0] = table.getValueAt(selectedRow, 0);
 119           temp[1] = table.getValueAt(selectedRow, 1);
 120           temp[2] = table.getValueAt(selectedRow, 2);
 121
 122           table.setValueAt(table.getValueAt(newRow, 0), selectedRow, 0);
 123           table.setValueAt(table.getValueAt(newRow, 1), selectedRow, 1);
 124           table.setValueAt(table.getValueAt(newRow, 2), selectedRow, 2);
 125
 126           table.setValueAt(temp[0], newRow, 0);
 127           table.setValueAt(temp[1], newRow, 1);
 128           table.setValueAt(temp[2], newRow, 2);
 129
 130           selectedRow = newRow;
 131         }
 132       }
 133     });
 134
 135     scrollPane.setViewportView(table);
 136
 137     dassourceBrowser = new DasSourceBrowser(this);
 138     dasSettingsPane.add(dassourceBrowser, BorderLayout.CENTER);
 139
 140     if (af.getViewport().featuresDisplayed == null
 141             || fr.renderOrder == null)
 142     {
 143       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 144     }
 145
 146     setTableData();
 147     final PropertyChangeListener change;
 148     final FeatureSettings fs = this;
 149     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 150     {
 151       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 152       {
 153         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 154         {
 155           fs.handlingUpdate = true;
 156           fs.resetTable(null); // new groups may be added with new seuqence
 157           // feature types only
 158           fs.handlingUpdate = false;
 159         }
 160       }
 161
 162     });
 163
 164     frame = new JInternalFrame();
 165     frame.setContentPane(this);
 166     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 167     {
 168       Desktop.addInternalFrame(frame, "Sequence Feature Settings", 475, 480);
 169     }
 170     else
 171     {
 172       Desktop.addInternalFrame(frame, "Sequence Feature Settings", 400, 450);
 173     }
 174
 175     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 176     {
 177       public void internalFrameClosed(
 178               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 179       {
 180         fr.removePropertyChangeListener(change);
 181         dassourceBrowser.fs = null;
 182       };
 183     });
 184     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 185   }
 186
 187   protected void popupSort(final int selectedRow, final String type,
 188           final Object typeCol, final Hashtable minmax, int x, int y)
 189   {
 190     JPopupMenu men = new JPopupMenu("Settings for " + type);
 191     JMenuItem scr = new JMenuItem("Sort by Score");
 192     men.add(scr);
 193     final FeatureSettings me = this;
 194     scr.addActionListener(new ActionListener()
 195     {
 196
 197       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 198       {
 199         me.sortByScore(new String[]
 200         { type });
 201       }
 202
 203     });
 204     JMenuItem dens = new JMenuItem("Sort by Density");
 205     dens.addActionListener(new ActionListener()
 206     {
 207
 208       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 209       {
 210         me.sortByDens(new String[]
 211         { type });
 212       }
 213
 214     });
 215     men.add(dens);
 216     if (minmax != null)
 217     {
 218       final Object typeMinMax = minmax.get(type);
 219       /*
 220        * final JCheckBoxMenuItem chb = new JCheckBoxMenuItem("Vary Height"); //
 221        * this is broken at the moment and isn't that useful anyway!
 222        * chb.setSelected(minmax.get(type) != null); chb.addActionListener(new
 223        * ActionListener() {
 224        *
 225        * public void actionPerformed(ActionEvent e) {
 226        * chb.setState(chb.getState()); if (chb.getState()) { minmax.put(type,
 227        * null); } else { minmax.put(type, typeMinMax); } }
 228        *
 229        * });
 230        *
 231        * men.add(chb);
 232        */
 233       if (typeMinMax != null && ((float[][]) typeMinMax)[0] != null)
 234       {
 235         // if (table.getValueAt(row, column));
 236         // graduated colourschemes for those where minmax exists for the
 237         // positional features
 238         final JCheckBoxMenuItem mxcol = new JCheckBoxMenuItem(
 239                 "Graduated Colour");
 240         mxcol.setSelected(!(typeCol instanceof Color));
 241         men.add(mxcol);
 242         mxcol.addActionListener(new ActionListener()
 243         {
 244           JColorChooser colorChooser;
 245
 246           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 247           {
 248             if (e.getSource() == mxcol)
 249             {
 250               if (typeCol instanceof Color)
 251               {
 252                 FeatureColourChooser fc = new FeatureColourChooser(me.fr,
 253                         type);
 254                 fc.addActionListener(this);
 255               }
 256               else
 257               {
 258                 // bring up simple color chooser
 259                 colorChooser = new JColorChooser();
 260                 JDialog dialog = JColorChooser.createDialog(me,
 261                         "Select new Colour", true, // modal
 262                         colorChooser, this, // OK button handler
 263                         null); // no CANCEL button handler
 264                 colorChooser.setColor(((GraduatedColor) typeCol)
 265                         .getMaxColor());
 266                 dialog.setVisible(true);
 267               }
 268             }
 269             else
 270             {
 271               if (e.getSource() instanceof FeatureColourChooser)
 272               {
 273                 FeatureColourChooser fc = (FeatureColourChooser) e
 274                         .getSource();
 275                 table.setValueAt(fc.getLastColour(), selectedRow, 1);
 276                 table.validate();
 277               }
 278               else
 279               {
 280                 // probably the color chooser!
 281                 table.setValueAt(colorChooser.getColor(), selectedRow, 1);
 282                 table.validate();
 283                 me.updateFeatureRenderer(
 284                         ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData(),
 285                         false);
 286               }
 287             }
 288           }
 289
 290         });
 291       }
 292     }
 293     men.show(table, x, y);
 294   }
 295
 296   /**
 297    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 298    */
 299   private boolean handlingUpdate = false;
 300
 301   /**
 302    * contains a float[3] for each feature type string. created by setTableData
 303    */
 304   Hashtable typeWidth = null;
 305
 306   synchronized public void setTableData()
 307   {
 308     if (fr.featureGroups == null)
 309     {
 310       fr.featureGroups = new Hashtable();
 311     }
 312     Vector allFeatures = new Vector();
 313     Vector allGroups = new Vector();
 314     SequenceFeature[] tmpfeatures;
 315     String group;
 316     for (int i = 0; i < af.getViewport().alignment.getHeight(); i++)
 317     {
 318       if (af.getViewport().alignment.getSequenceAt(i).getDatasetSequence()
 319               .getSequenceFeatures() == null)
 320       {
 321         continue;
 322       }
 323
 324       tmpfeatures = af.getViewport().alignment.getSequenceAt(i)
 325               .getDatasetSequence().getSequenceFeatures();
 326
 327       int index = 0;
 328       while (index < tmpfeatures.length)
 329       {
 330         if (tmpfeatures[index].begin == 0 && tmpfeatures[index].end == 0)
 331         {
 332           index++;
 333           continue;
 334         }
 335
 336         if (tmpfeatures[index].getFeatureGroup() != null)
 337         {
 338           group = tmpfeatures[index].featureGroup;
 339           if (!allGroups.contains(group))
 340           {
 341             allGroups.addElement(group);
 342             if (group != null)
 343             {
 344               checkGroupState(group);
 345             }
 346           }
 347         }
 348
 349         if (!allFeatures.contains(tmpfeatures[index].getType()))
 350         {
 351           allFeatures.addElement(tmpfeatures[index].getType());
 352         }
 353         index++;
 354       }
 355     }
 356
 357     resetTable(null);
 358
 359     validate();
 360   }
 361
 362   /**
 363    *
 364    * @param group
 365    * @return true if group has been seen before and is already added to set.
 366    */
 367   private boolean checkGroupState(String group)
 368   {
 369     boolean visible;
 370     if (fr.featureGroups.containsKey(group))
 371     {
 372       visible = ((Boolean) fr.featureGroups.get(group)).booleanValue();
 373     }
 374     else
 375     {
 376       visible = true; // new group is always made visible
 377     }
 378
 379     if (groupPanel == null)
 380     {
 381       groupPanel = new JPanel();
 382     }
 383
 384     boolean alreadyAdded = false;
 385     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 386     {
 387       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 388       {
 389         alreadyAdded = true;
 390         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 391         break;
 392       }
 393     }
 394
 395     if (alreadyAdded)
 396     {
 397
 398       return true;
 399     }
 400
 401     fr.featureGroups.put(group, new Boolean(visible));
 402     final String grp = group;
 403     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 404     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 405     check.addItemListener(new ItemListener()
 406     {
 407       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 408       {
 409         fr.featureGroups.put(check.getText(),
 410                 new Boolean(check.isSelected()));
 411         af.alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 412         if (af.alignPanel.overviewPanel != null)
 413         {
 414           af.alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
 415         }
 416
 417         resetTable(new String[]
 418         { grp });
 419       }
 420     });
 421     groupPanel.add(check);
 422     return false;
 423   }
 424
 425   boolean resettingTable = false;
 426
 427   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 428   {
 429     if (resettingTable == true)
 430     {
 431       return;
 432     }
 433     resettingTable = true;
 434     typeWidth = new Hashtable();
 435     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 436     // rather than float
 437     float[] avWidth = null;
 438     SequenceFeature[] tmpfeatures;
 439     String group = null, type;
 440     Vector visibleChecks = new Vector();
 441
 442     // Find out which features should be visible depending on which groups
 443     // are selected / deselected
 444     // and recompute average width ordering
 445     for (int i = 0; i < af.getViewport().alignment.getHeight(); i++)
 446     {
 447
 448       tmpfeatures = af.getViewport().alignment.getSequenceAt(i)
 449               .getDatasetSequence().getSequenceFeatures();
 450       if (tmpfeatures == null)
 451       {
 452         continue;
 453       }
 454
 455       int index = 0;
 456       while (index < tmpfeatures.length)
 457       {
 458         group = tmpfeatures[index].featureGroup;
 459
 460         if (tmpfeatures[index].begin == 0 && tmpfeatures[index].end == 0)
 461         {
 462           index++;
 463           continue;
 464         }
 465
 466         if (group == null || fr.featureGroups.get(group) == null
 467                 || ((Boolean) fr.featureGroups.get(group)).booleanValue())
 468         {
 469           if (group != null)
 470             checkGroupState(group);
 471           type = tmpfeatures[index].getType();
 472           if (!visibleChecks.contains(type))
 473           {
 474             visibleChecks.addElement(type);
 475           }
 476         }
 477         if (!typeWidth.containsKey(tmpfeatures[index].getType()))
 478         {
 479           typeWidth.put(tmpfeatures[index].getType(),
 480                   avWidth = new float[3]);
 481         }
 482         else
 483         {
 484           avWidth = (float[]) typeWidth.get(tmpfeatures[index].getType());
 485         }
 486         avWidth[0]++;
 487         if (tmpfeatures[index].getBegin() > tmpfeatures[index].getEnd())
 488         {
 489           avWidth[1] += 1 + tmpfeatures[index].getBegin()
 490                   - tmpfeatures[index].getEnd();
 491         }
 492         else
 493         {
 494           avWidth[1] += 1 + tmpfeatures[index].getEnd()
 495                   - tmpfeatures[index].getBegin();
 496         }
 497         index++;
 498       }
 499     }
 500
 501     int fSize = visibleChecks.size();
 502     Object[][] data = new Object[fSize][3];
 503     int dataIndex = 0;
 504
 505     if (fr.renderOrder != null)
 506     {
 507       if (!handlingUpdate)
 508         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 509       // colourschemes. but don't
 510       // affect display
 511       // First add the checks in the previous render order,
 512       // in case the window has been closed and reopened
 513       for (int ro = fr.renderOrder.length - 1; ro > -1; ro--)
 514       {
 515         type = fr.renderOrder[ro];
 516
 517         if (!visibleChecks.contains(type))
 518         {
 519           continue;
 520         }
 521
 522         data[dataIndex][0] = type;
 523         data[dataIndex][1] = fr.getFeatureStyle(type);
 524         data[dataIndex][2] = new Boolean(
 525                 af.getViewport().featuresDisplayed.containsKey(type));
 526         dataIndex++;
 527         visibleChecks.removeElement(type);
 528       }
 529     }
 530
 531     fSize = visibleChecks.size();
 532     for (int i = 0; i < fSize; i++)
 533     {
 534       // These must be extra features belonging to the group
 535       // which was just selected
 536       type = visibleChecks.elementAt(i).toString();
 537       data[dataIndex][0] = type;
 538
 539       data[dataIndex][1] = fr.getFeatureStyle(type);
 540       if (data[dataIndex][1] == null)
 541       {
 542         // "Colour has been updated in another view!!"
 543         fr.renderOrder = null;
 544         return;
 545       }
 546
 547       data[dataIndex][2] = new Boolean(true);
 548       dataIndex++;
 549     }
 550
 551     if (originalData == null)
 552     {
 553       originalData = new Object[data.length][3];
 554       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 555       {
 556         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, 3);
 557       }
 558     }
 559
 560     table.setModel(new FeatureTableModel(data));
 561     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 562
 563     if (groupPanel != null)
 564     {
 565       groupPanel.setLayout(new GridLayout(fr.featureGroups.size() / 4 + 1,
 566               4));
 567
 568       groupPanel.validate();
 569       bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
 570     }
 571
 572     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 573     resettingTable = false;
 574   }
 575
 576   /**
 577    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 578    *
 579    * @param data
 580    */
 581   private void ensureOrder(Object[][] data)
 582   {
 583     boolean sort = false;
 584     float[] order = new float[data.length];
 585     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 586     {
 587       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 588       if (order[i] < 0)
 589         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 590       if (i > 1)
 591         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 592     }
 593     if (sort)
 594       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 595   }
 596
 597   void load()
 598   {
 599     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 600             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 601             { "fc" }, new String[]
 602             { "Sequence Feature Colours" }, "Sequence Feature Colours");
 603     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 604     chooser.setDialogTitle("Load Feature Colours");
 605     chooser.setToolTipText("Load");
 606
 607     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 608
 609     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 610     {
 611       File file = chooser.getSelectedFile();
 612
 613       try
 614       {
 615         InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(
 616                 file), "UTF-8");
 617
 618         jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours jucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 619         jucs = (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) jucs
 620                 .unmarshal(in);
 621
 622         for (int i = jucs.getColourCount() - 1; i >= 0; i--)
 623         {
 624           String name;
 625           jalview.schemabinding.version2.Colour newcol = jucs.getColour(i);
 626           if (newcol.hasMax())
 627           {
 628             Color mincol = null, maxcol = null;
 629             try
 630             {
 631               mincol = new Color(Integer.parseInt(newcol.getMinRGB(), 16));
 632               maxcol = new Color(Integer.parseInt(newcol.getRGB(), 16));
 633
 634             } catch (Exception e)
 635             {
 636               Cache.log.warn("Couldn't parse out graduated feature color.",
 637                       e);
 638             }
 639             GraduatedColor gcol = new GraduatedColor(mincol, maxcol,
 640                     newcol.getMin(), newcol.getMax());
 641             if (newcol.hasAutoScale())
 642             {
 643               gcol.setAutoScaled(newcol.getAutoScale());
 644             }
 645             if (newcol.hasColourByLabel())
 646             {
 647               gcol.setColourByLabel(newcol.getColourByLabel());
 648             }
 649             if (newcol.hasThreshold())
 650             {
 651               gcol.setThresh(newcol.getThreshold());
 652               gcol.setThreshType(AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD); // default
 653             }
 654             if (newcol.getThreshType().length() > 0)
 655             {
 656               String ttyp = newcol.getThreshType();
 657               if (ttyp.equalsIgnoreCase("NONE"))
 658               {
 659                 gcol.setThreshType(AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD);
 660               }
 661               if (ttyp.equalsIgnoreCase("ABOVE"))
 662               {
 663                 gcol.setThreshType(AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 664               }
 665               if (ttyp.equalsIgnoreCase("BELOW"))
 666               {
 667                 gcol.setThreshType(AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 668               }
 669             }
 670             fr.setColour(name = newcol.getName(), gcol);
 671           }
 672           else
 673           {
 674             fr.setColour(name = jucs.getColour(i).getName(), new Color(
 675                     Integer.parseInt(jucs.getColour(i).getRGB(), 16)));
 676           }
 677           fr.setOrder(name, (i == 0) ? 0 : i / jucs.getColourCount());
 678         }
 679         if (table != null)
 680         {
 681           resetTable(null);
 682           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 683                   .getData();
 684           ensureOrder(data);
 685           updateFeatureRenderer(data, false);
 686           table.repaint();
 687         }
 688       } catch (Exception ex)
 689       {
 690         System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
 691       }
 692     }
 693   }
 694
 695   void save()
 696   {
 697     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 698             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 699             { "fc" }, new String[]
 700             { "Sequence Feature Colours" }, "Sequence Feature Colours");
 701     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 702     chooser.setDialogTitle("Save Feature Colour Scheme");
 703     chooser.setToolTipText("Save");
 704
 705     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 706
 707     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 708     {
 709       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 710       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours ucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 711       ucs.setSchemeName("Sequence Features");
 712       try
 713       {
 714         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 715                 new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));
 716
 717         Enumeration e = fr.featureColours.keys();
 718         float[] sortOrder = new float[fr.featureColours.size()];
 719         String[] sortTypes = new String[fr.featureColours.size()];
 720         int i = 0;
 721         while (e.hasMoreElements())
 722         {
 723           sortTypes[i] = e.nextElement().toString();
 724           sortOrder[i] = fr.getOrder(sortTypes[i]);
 725           i++;
 726         }
 727         jalview.util.QuickSort.sort(sortOrder, sortTypes);
 728         sortOrder = null;
 729         Object fcol;
 730         GraduatedColor gcol;
 731         for (i = 0; i < sortTypes.length; i++)
 732         {
 733           jalview.schemabinding.version2.Colour col = new jalview.schemabinding.version2.Colour();
 734           col.setName(sortTypes[i]);
 735           col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(fr.getColour(col
 736                   .getName())));
 737           fcol = fr.getFeatureStyle(sortTypes[i]);
 738           if (fcol instanceof GraduatedColor)
 739           {
 740             gcol = (GraduatedColor) fcol;
 741             col.setMin(gcol.getMin());
 742             col.setMax(gcol.getMax());
 743             col.setMinRGB(jalview.util.Format.getHexString(gcol
 744                     .getMinColor()));
 745             col.setAutoScale(gcol.isAutoScale());
 746             col.setThreshold(gcol.getThresh());
 747             col.setColourByLabel(gcol.isColourByLabel());
 748             switch (gcol.getThreshType())
 749             {
 750             case AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD:
 751               col.setThreshType("NONE");
 752               break;
 753             case AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD:
 754               col.setThreshType("ABOVE");
 755               break;
 756             case AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD:
 757               col.setThreshType("BELOW");
 758               break;
 759             }
 760           }
 761           ucs.addColour(col);
 762         }
 763         ucs.marshal(out);
 764         out.close();
 765       } catch (Exception ex)
 766       {
 767         ex.printStackTrace();
 768       }
 769     }
 770   }
 771
 772   public void invertSelection()
 773   {
 774     for (int i = 0; i < table.getRowCount(); i++)
 775     {
 776       Boolean value = (Boolean) table.getValueAt(i, 2);
 777
 778       table.setValueAt(new Boolean(!value.booleanValue()), i, 2);
 779     }
 780   }
 781
 782   public void orderByAvWidth()
 783   {
 784     if (table == null || table.getModel() == null)
 785       return;
 786     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
 787     float[] width = new float[data.length];
 788     float[] awidth;
 789     float max = 0;
 790     int num = 0;
 791     for (int i = 0; i < data.length; i++)
 792     {
 793       awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
 794       if (awidth[0] > 0)
 795       {
 796         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
 797         // weight - but have to make per
 798         // sequence, too (awidth[2])
 799         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
 800         num++;
 801       }
 802       else
 803       {
 804         width[i] = 0;
 805       }
 806       if (max < width[i])
 807         max = width[i];
 808     }
 809     boolean sort = false;
 810     for (int i = 0; i < width.length; i++)
 811     {
 812       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
 813       if (width[i] == 0)
 814       {
 815         width[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 816         if (width[i] < 0)
 817         {
 818           width[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / data.length);
 819         }
 820       }
 821       else
 822       {
 823         width[i] /= max; // normalize
 824         fr.setOrder(data[i][0].toString(), width[i]); // store for later
 825       }
 826       if (i > 0)
 827         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
 828     }
 829     if (sort)
 830       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
 831     // update global priority order
 832
 833     updateFeatureRenderer(data, false);
 834     table.repaint();
 835   }
 836
 837   public void close()
 838   {
 839     try
 840     {
 841       frame.setClosed(true);
 842     } catch (Exception exe)
 843     {
 844     }
 845
 846   }
 847
 848   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
 849   {
 850     updateFeatureRenderer(data, true);
 851   }
 852
 853   private void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
 854   {
 855     fr.setFeaturePriority(data, visibleNew);
 856     af.alignPanel.paintAlignment(true);
 857   }
 858
 859   int selectedRow = -1;
 860
 861   JTabbedPane tabbedPane = new JTabbedPane();
 862
 863   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 864
 865   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 866
 867   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
 868
 869   JPanel bigPanel = new JPanel();
 870
 871   BorderLayout borderLayout4 = new BorderLayout();
 872
 873   JButton invert = new JButton();
 874
 875   JPanel buttonPanel = new JPanel();
 876
 877   JButton cancel = new JButton();
 878
 879   JButton ok = new JButton();
 880
 881   JButton loadColours = new JButton();
 882
 883   JButton saveColours = new JButton();
 884
 885   JPanel dasButtonPanel = new JPanel();
 886
 887   JButton fetchDAS = new JButton();
 888
 889   JButton saveDAS = new JButton();
 890
 891   JButton cancelDAS = new JButton();
 892
 893   JButton optimizeOrder = new JButton();
 894
 895   JButton sortByScore = new JButton();
 896
 897   JButton sortByDens = new JButton();
 898
 899   JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(4, 1));
 900
 901   private void jbInit() throws Exception
 902   {
 903     this.setLayout(borderLayout1);
 904     settingsPane.setLayout(borderLayout2);
 905     dasSettingsPane.setLayout(borderLayout3);
 906     bigPanel.setLayout(borderLayout4);
 907     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 908     invert.setText("Invert Selection");
 909     invert.addActionListener(new ActionListener()
 910     {
 911       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 912       {
 913         invertSelection();
 914       }
 915     });
 916     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 917     optimizeOrder.setText("Optimise Order");
 918     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
 919     {
 920       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 921       {
 922         orderByAvWidth();
 923       }
 924     });
 925     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 926     sortByScore.setText("Seq sort by Score");
 927     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
 928     {
 929       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 930       {
 931         sortByScore(null);
 932       }
 933     });
 934     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 935     sortByDens.setText("Seq Sort by density");
 936     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
 937     {
 938       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 939       {
 940         sortByDens(null);
 941       }
 942     });
 943     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 944     cancel.setText("Cancel");
 945     cancel.addActionListener(new ActionListener()
 946     {
 947       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 948       {
 949         updateFeatureRenderer(originalData);
 950         close();
 951       }
 952     });
 953     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 954     ok.setText("OK");
 955     ok.addActionListener(new ActionListener()
 956     {
 957       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 958       {
 959         close();
 960       }
 961     });
 962     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 963     loadColours.setText("Load Colours");
 964     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
 965     {
 966       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 967       {
 968         load();
 969       }
 970     });
 971     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 972     saveColours.setText("Save Colours");
 973     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
 974     {
 975       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 976       {
 977         save();
 978       }
 979     });
 980     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
 981     {
 982       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 983       {
 984         fr.setTransparency((float) (100 - transparency.getValue()) / 100f);
 985         af.alignPanel.paintAlignment(true);
 986       }
 987     });
 988
 989     transparency.setMaximum(70);
 990     fetchDAS.setText("Fetch DAS Features");
 991     fetchDAS.addActionListener(new ActionListener()
 992     {
 993       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 994       {
 995         fetchDAS_actionPerformed(e);
 996       }
 997     });
 998     saveDAS.setText("Save as default");
 999     saveDAS.addActionListener(new ActionListener()
1000     {
1001       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1002       {
1003         saveDAS_actionPerformed(e);
1004       }
1005     });
1006     dasButtonPanel.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());
1007     dasSettingsPane.setBorder(null);
1008     cancelDAS.setEnabled(false);
1009     cancelDAS.setText("Cancel Fetch");
1010     cancelDAS.addActionListener(new ActionListener()
1011     {
1012       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1013       {
1014         cancelDAS_actionPerformed(e);
1015       }
1016     });
1017     this.add(tabbedPane, java.awt.BorderLayout.CENTER);
1018     tabbedPane.addTab("Feature Settings", settingsPane);
1019     tabbedPane.addTab("DAS Settings", dasSettingsPane);
1020     bigPanel.add(transPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
1021     transbuttons.add(optimizeOrder);
1022     transbuttons.add(invert);
1023     transbuttons.add(sortByScore);
1024     transbuttons.add(sortByDens);
1025     transPanel.add(transparency);
1026     transPanel.add(transbuttons);
1027     buttonPanel.add(ok);
1028     buttonPanel.add(cancel);
1029     buttonPanel.add(loadColours);
1030     buttonPanel.add(saveColours);
1031     bigPanel.add(scrollPane, java.awt.BorderLayout.CENTER);
1032     dasSettingsPane.add(dasButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
1033     dasButtonPanel.add(fetchDAS);
1034     dasButtonPanel.add(cancelDAS);
1035     dasButtonPanel.add(saveDAS);
1036     settingsPane.add(bigPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
1037     settingsPane.add(buttonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
1038   }
1039
1040   protected void sortByDens(String[] typ)
1041   {
1042     sortBy(typ, "Sort by Density", AlignmentSorter.FEATURE_DENSITY);
1043   }
1044
1045   protected void sortBy(String[] typ, String methodText, final String method)
1046   {
1047     if (typ == null)
1048     {
1049       typ = getDisplayedFeatureTypes();
1050     }
1051     String gps[] = null;
1052     gps = getDisplayedFeatureGroups();
1053     if (typ != null)
1054     {
1055       ArrayList types = new ArrayList();
1056       for (int i = 0; i < typ.length; i++)
1057       {
1058         if (typ[i] != null)
1059         {
1060           types.add(typ[i]);
1061         }
1062         typ = new String[types.size()];
1063         types.toArray(typ);
1064       }
1065     }
1066     if (gps != null)
1067     {
1068       ArrayList grps = new ArrayList();
1069
1070       for (int i = 0; i < gps.length; i++)
1071       {
1072         if (gps[i] != null)
1073         {
1074           grps.add(gps[i]);
1075         }
1076       }
1077       gps = new String[grps.size()];
1078       grps.toArray(gps);
1079     }
1080     AlignmentPanel alignPanel = af.alignPanel;
1081     AlignmentI al = alignPanel.av.getAlignment();
1082
1083     int start, stop;
1084     SequenceGroup sg = alignPanel.av.getSelectionGroup();
1085     if (sg != null)
1086     {
1087       start = sg.getStartRes();
1088       stop = sg.getEndRes();
1089     }
1090     else
1091     {
1092       start = 0;
1093       stop = al.getWidth();
1094     }
1095     SequenceI[] oldOrder = al.getSequencesArray();
1096     AlignmentSorter.sortByFeature(typ, gps, start, stop, al, method);
1097     af.addHistoryItem(new OrderCommand(methodText, oldOrder, alignPanel.av
1098             .getAlignment()));
1099     alignPanel.paintAlignment(true);
1100
1101   }
1102
1103   protected void sortByScore(String[] typ)
1104   {
1105     sortBy(typ, "Sort by Feature Score", AlignmentSorter.FEATURE_SCORE);
1106   }
1107
1108   private String[] getDisplayedFeatureTypes()
1109   {
1110     String[] typ = null;
1111     if (fr != null)
1112     {
1113       synchronized (fr.renderOrder)
1114       {
1115         typ = new String[fr.renderOrder.length];
1116         System.arraycopy(fr.renderOrder, 0, typ, 0, typ.length);
1117         for (int i = 0; i < typ.length; i++)
1118         {
1119           if (af.viewport.featuresDisplayed.get(typ[i]) == null)
1120           {
1121             typ[i] = null;
1122           }
1123         }
1124       }
1125     }
1126     return typ;
1127   }
1128
1129   private String[] getDisplayedFeatureGroups()
1130   {
1131     String[] gps = null;
1132     if (fr != null)
1133     {
1134
1135       if (fr.featureGroups != null)
1136       {
1137         Enumeration en = fr.featureGroups.keys();
1138         gps = new String[fr.featureColours.size()];
1139         int g = 0;
1140         boolean valid = false;
1141         while (en.hasMoreElements())
1142         {
1143           String gp = (String) en.nextElement();
1144           Boolean on = (Boolean) fr.featureGroups.get(gp);
1145           if (on != null && on.booleanValue())
1146           {
1147             valid = true;
1148             gps[g++] = gp;
1149           }
1150         }
1151         while (g < gps.length)
1152         {
1153           gps[g++] = null;
1154         }
1155         if (!valid)
1156         {
1157           return null;
1158         }
1159       }
1160     }
1161     return gps;
1162   }
1163
1164   public void fetchDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1165   {
1166     fetchDAS.setEnabled(false);
1167     cancelDAS.setEnabled(true);
1168     dassourceBrowser.setGuiEnabled(false);
1169     Vector selectedSources = dassourceBrowser.getSelectedSources();
1170     doDasFeatureFetch(selectedSources, true, true);
1171   }
1172
1173   /**
1174    * get the features from selectedSources for all or the current selection
1175    *
1176    * @param selectedSources
1177    * @param checkDbRefs
1178    * @param promptFetchDbRefs
1179    */
1180   private void doDasFeatureFetch(Vector selectedSources,
1181           boolean checkDbRefs, boolean promptFetchDbRefs)
1182   {
1183     SequenceI[] dataset, seqs;
1184     int iSize;
1185     AlignViewport vp = af.getViewport();
1186     if (vp.getSelectionGroup() != null
1187             && vp.getSelectionGroup().getSize() > 0)
1188     {
1189       iSize = vp.getSelectionGroup().getSize();
1190       dataset = new SequenceI[iSize];
1191       seqs = vp.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(vp.getAlignment());
1192     }
1193     else
1194     {
1195       iSize = vp.getAlignment().getHeight();
1196       seqs = vp.getAlignment().getSequencesArray();
1197     }
1198
1199     dataset = new SequenceI[iSize];
1200     for (int i = 0; i < iSize; i++)
1201     {
1202       dataset[i] = seqs[i].getDatasetSequence();
1203     }
1204
1205     cancelDAS.setEnabled(true);
1206     dasFeatureFetcher = new jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher(dataset,
1207             this, selectedSources, checkDbRefs, promptFetchDbRefs);
1208     af.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);
1209     af.showSeqFeatures.setSelected(true);
1210   }
1211
1212   /**
1213    * blocking call to initialise the das source browser
1214    */
1215   public void initDasSources()
1216   {
1217     dassourceBrowser.initDasSources();
1218   }
1219
1220   /**
1221    * examine the current list of das sources and return any matching the given
1222    * nicknames in sources
1223    *
1224    * @param sources
1225    *          Vector of Strings to resolve to DAS source nicknames.
1226    * @return sources that are present in source list.
1227    */
1228   public Vector resolveSourceNicknames(Vector sources)
1229   {
1230     return dassourceBrowser.resolveSourceNicknames(sources);
1231   }
1232
1233   /**
1234    * get currently selected das sources. ensure you have called initDasSources
1235    * before calling this.
1236    *
1237    * @return vector of selected das source nicknames
1238    */
1239   public Vector getSelectedSources()
1240   {
1241     return dassourceBrowser.getSelectedSources();
1242   }
1243
1244   /**
1245    * properly initialise DAS fetcher and then initiate a new thread to fetch
1246    * features from the named sources (rather than any turned on by default)
1247    *
1248    * @param sources
1249    * @param block
1250    *          if true then runs in same thread, otherwise passes to the Swing
1251    *          executor
1252    */
1253   public void fetchDasFeatures(Vector sources, boolean block)
1254   {
1255     initDasSources();
1256     Vector resolved = resolveSourceNicknames(sources);
1257     if (resolved.size() == 0)
1258     {
1259       resolved = dassourceBrowser.getSelectedSources();
1260     }
1261     if (resolved.size() > 0)
1262     {
1263       final Vector dassources = resolved;
1264       fetchDAS.setEnabled(false);
1265       // cancelDAS.setEnabled(true); doDasFetch does this.
1266       Runnable fetcher = new Runnable()
1267       {
1268
1269         public void run()
1270         {
1271           doDasFeatureFetch(dassources, true, false);
1272
1273         }
1274       };
1275       if (block)
1276       {
1277         fetcher.run();
1278       }
1279       else
1280       {
1281         SwingUtilities.invokeLater(fetcher);
1282       }
1283     }
1284   }
1285
1286   public void saveDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1287   {
1288     dassourceBrowser
1289             .saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);
1290   }
1291
1292   public void complete()
1293   {
1294     fetchDAS.setEnabled(true);
1295     cancelDAS.setEnabled(false);
1296     dassourceBrowser.setGuiEnabled(true);
1297
1298   }
1299
1300   public void cancelDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1301   {
1302     if (dasFeatureFetcher != null)
1303     {
1304       dasFeatureFetcher.cancel();
1305     }
1306     complete();
1307   }
1308
1309   public void noDasSourceActive()
1310   {
1311     complete();
1312     JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
1313             "No das sources were selected.\n"
1314                     + "Please select some sources and\n" + " try again.",
1315             "No Sources Selected", JOptionPane.DEFAULT_OPTION,
1316             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1317   }
1318
1319   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1320   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1321   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1322   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1323   {
1324     FeatureTableModel(Object[][] data)
1325     {
1326       this.data = data;
1327     }
1328
1329     private String[] columnNames =
1330     { "Feature Type", "Colour", "Display" };
1331
1332     private Object[][] data;
1333
1334     public Object[][] getData()
1335     {
1336       return data;
1337     }
1338
1339     public void setData(Object[][] data)
1340     {
1341       this.data = data;
1342     }
1343
1344     public int getColumnCount()
1345     {
1346       return columnNames.length;
1347     }
1348
1349     public Object[] getRow(int row)
1350     {
1351       return data[row];
1352     }
1353
1354     public int getRowCount()
1355     {
1356       return data.length;
1357     }
1358
1359     public String getColumnName(int col)
1360     {
1361       return columnNames[col];
1362     }
1363
1364     public Object getValueAt(int row, int col)
1365     {
1366       return data[row][col];
1367     }
1368
1369     public Class getColumnClass(int c)
1370     {
1371       return getValueAt(0, c).getClass();
1372     }
1373
1374     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1375     {
1376       return col == 0 ? false : true;
1377     }
1378
1379     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1380     {
1381       data[row][col] = value;
1382       fireTableCellUpdated(row, col);
1383       updateFeatureRenderer(data);
1384     }
1385
1386   }
1387
1388   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1389   {
1390     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1391
1392     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1393
1394     final String baseTT = "Click to edit, right/apple click for menu.";
1395
1396     public ColorRenderer()
1397     {
1398       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1399       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1400       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1401     }
1402
1403     public Component getTableCellRendererComponent(JTable table,
1404             Object color, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1405             int column)
1406     {
1407       // JLabel comp = new JLabel();
1408       // comp.
1409       setOpaque(true);
1410       // comp.
1411       // setBounds(getBounds());
1412       Color newColor;
1413       setToolTipText(baseTT);
1414       setBackground(table.getBackground());
1415       if (color instanceof GraduatedColor)
1416       {
1417         Rectangle cr = table.getCellRect(row, column, false);
1418         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, (GraduatedColor) color,
1419                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1420
1421       }
1422       else
1423       {
1424         this.setText("");
1425         this.setIcon(null);
1426         newColor = (Color) color;
1427         // comp.
1428         setBackground(newColor);
1429         // comp.setToolTipText("RGB value: " + newColor.getRed() + ", "
1430         // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue());
1431       }
1432       if (isSelected)
1433       {
1434         if (selectedBorder == null)
1435         {
1436           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1437                   table.getSelectionBackground());
1438         }
1439         // comp.
1440         setBorder(selectedBorder);
1441       }
1442       else
1443       {
1444         if (unselectedBorder == null)
1445         {
1446           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1447                   table.getBackground());
1448         }
1449         // comp.
1450         setBorder(unselectedBorder);
1451       }
1452
1453       return this;
1454     }
1455   }
1456
1457   /**
1458    * update comp using rendering settings from gcol
1459    *
1460    * @param comp
1461    * @param gcol
1462    */
1463   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, GraduatedColor gcol)
1464   {
1465     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1466     if (w < 20)
1467     {
1468       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1469       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1470       if (w < 20)
1471       {
1472         w = 80;
1473         h = 12;
1474       }
1475     }
1476     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1477   }
1478
1479   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, GraduatedColor gcol,
1480           int w, int h)
1481   {
1482     boolean thr = false;
1483     String tt = "";
1484     String tx = "";
1485     if (gcol.getThreshType() == AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD)
1486     {
1487       thr = true;
1488       tx += ">";
1489       tt += "Thresholded (Above " + gcol.getThresh() + ") ";
1490     }
1491     if (gcol.getThreshType() == AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD)
1492     {
1493       thr = true;
1494       tx += "<";
1495       tt += "Thresholded (Below " + gcol.getThresh() + ") ";
1496     }
1497     if (gcol.isColourByLabel())
1498     {
1499       tt = "Coloured by label text. " + tt;
1500       if (thr)
1501       {
1502         tx += " ";
1503       }
1504       tx += "Label";
1505       comp.setIcon(null);
1506     }
1507     else
1508     {
1509       Color newColor = gcol.getMaxColor();
1510       comp.setBackground(newColor);
1511       // System.err.println("Width is " + w / 2);
1512       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
1513       comp.setIcon(ficon);
1514       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1515       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1516       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1517       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1518     }
1519     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
1520     comp.setText(tx);
1521     if (tt.length() > 0)
1522     {
1523       if (comp.getToolTipText() == null)
1524       {
1525         comp.setToolTipText(tt);
1526       }
1527       else
1528       {
1529         comp.setToolTipText(tt + " " + comp.getToolTipText());
1530       }
1531     }
1532   }
1533 }
1534
1535 class FeatureIcon implements Icon
1536 {
1537   GraduatedColor gcol;
1538
1539   Color backg;
1540
1541   boolean midspace = false;
1542
1543   int width = 50, height = 20;
1544
1545   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
1546
1547   Color mpcolour = Color.white;
1548
1549   FeatureIcon(GraduatedColor gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
1550   {
1551     gcol = gfc;
1552     backg = bg;
1553     width = w;
1554     height = h;
1555     midspace = mspace;
1556     if (midspace)
1557     {
1558       s1 = width / 3;
1559       e1 = s1 * 2;
1560     }
1561     else
1562     {
1563       s1 = width / 2;
1564       e1 = s1;
1565     }
1566   }
1567
1568   public int getIconWidth()
1569   {
1570     return width;
1571   }
1572
1573   public int getIconHeight()
1574   {
1575     return height;
1576   }
1577
1578   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
1579   {
1580
1581     if (gcol.isColourByLabel())
1582     {
1583       g.setColor(backg);
1584       g.fillRect(0, 0, width, height);
1585       // need an icon here.
1586       g.setColor(gcol.getMaxColor());
1587
1588       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
1589
1590       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
1591       // AffineTransform.getScaleInstance(
1592       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
1593       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
1594
1595       g.drawString("Label", 0, 0);
1596
1597     }
1598     else
1599     {
1600       Color minCol = gcol.getMinColor();
1601       g.setColor(minCol);
1602       g.fillRect(0, 0, s1, height);
1603       if (midspace)
1604       {
1605         g.setColor(Color.white);
1606         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
1607       }
1608       g.setColor(gcol.getMaxColor());
1609       g.fillRect(0, e1, width - e1, height);
1610     }
1611   }
1612 }
1613
1614 class ColorEditor extends AbstractCellEditor implements TableCellEditor,
1615         ActionListener
1616 {
1617   FeatureSettings me;
1618
1619   GraduatedColor currentGColor;
1620
1621   FeatureColourChooser chooser;
1622
1623   String type;
1624
1625   Color currentColor;
1626
1627   JButton button;
1628
1629   JColorChooser colorChooser;
1630
1631   JDialog dialog;
1632
1633   protected static final String EDIT = "edit";
1634
1635   int selectedRow = 0;
1636
1637   public ColorEditor(FeatureSettings me)
1638   {
1639     this.me = me;
1640     // Set up the editor (from the table's point of view),
1641     // which is a button.
1642     // This button brings up the color chooser dialog,
1643     // which is the editor from the user's point of view.
1644     button = new JButton();
1645     button.setActionCommand(EDIT);
1646     button.addActionListener(this);
1647     button.setBorderPainted(false);
1648     // Set up the dialog that the button brings up.
1649     colorChooser = new JColorChooser();
1650     dialog = JColorChooser.createDialog(button, "Select new Colour", true, // modal
1651             colorChooser, this, // OK button handler
1652             null); // no CANCEL button handler
1653   }
1654
1655   /**
1656    * Handles events from the editor button and from the dialog's OK button.
1657    */
1658   public void actionPerformed(ActionEvent e)
1659   {
1660
1661     if (EDIT.equals(e.getActionCommand()))
1662     {
1663       // The user has clicked the cell, so
1664       // bring up the dialog.
1665       if (currentColor != null)
1666       {
1667         // bring up simple color chooser
1668         button.setBackground(currentColor);
1669         colorChooser.setColor(currentColor);
1670         dialog.setVisible(true);
1671       }
1672       else
1673       {
1674         // bring up graduated chooser.
1675         chooser = new FeatureColourChooser(me.fr, type);
1676         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1677         chooser.requestFocus();
1678         chooser.addActionListener(this);
1679       }
1680       // Make the renderer reappear.
1681       fireEditingStopped();
1682
1683     }
1684     else
1685     { // User pressed dialog's "OK" button.
1686       if (currentColor != null)
1687       {
1688         currentColor = colorChooser.getColor();
1689       }
1690       else
1691       {
1692         // class cast exceptions may be raised if the chooser created on a
1693         // non-graduated color
1694         currentGColor = (GraduatedColor) chooser.getLastColour();
1695       }
1696       me.table.setValueAt(getCellEditorValue(), selectedRow, 1);
1697       fireEditingStopped();
1698       me.table.validate();
1699     }
1700   }
1701
1702   // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
1703   public Object getCellEditorValue()
1704   {
1705     if (currentColor == null)
1706     {
1707       return currentGColor;
1708     }
1709     return currentColor;
1710   }
1711
1712   // Implement the one method defined by TableCellEditor.
1713   public Component getTableCellEditorComponent(JTable table, Object value,
1714           boolean isSelected, int row, int column)
1715   {
1716     currentGColor = null;
1717     currentColor = null;
1718     this.selectedRow = row;
1719     type = me.table.getValueAt(row, 0).toString();
1720     button.setOpaque(true);
1721     button.setBackground(me.getBackground());
1722     if (value instanceof GraduatedColor)
1723     {
1724       currentGColor = (GraduatedColor) value;
1725       JLabel btn = new JLabel();
1726       btn.setSize(button.getSize());
1727       FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentGColor);
1728       button.setBackground(btn.getBackground());
1729       button.setIcon(btn.getIcon());
1730       button.setText(btn.getText());
1731     }
1732     else
1733     {
1734       button.setText("");
1735       button.setIcon(null);
1736       currentColor = (Color) value;
1737       button.setBackground(currentColor);
1738     }
1739     return button;
1740   }
1741 }