src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Component;
  26 import java.awt.Dimension;
  27 import java.awt.FlowLayout;
  28 import java.awt.Font;
  29 import java.awt.Graphics;
  30 import java.awt.GridLayout;
  31 import java.awt.Point;
  32 import java.awt.Rectangle;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.awt.event.ActionListener;
  35 import java.awt.event.ItemEvent;
  36 import java.awt.event.ItemListener;
  37 import java.awt.event.MouseAdapter;
  38 import java.awt.event.MouseEvent;
  39 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  40 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  41 import java.beans.PropertyChangeListener;
  42 import java.io.File;
  43 import java.io.FileInputStream;
  44 import java.io.FileOutputStream;
  45 import java.io.InputStreamReader;
  46 import java.io.OutputStreamWriter;
  47 import java.io.PrintWriter;
  48 import java.util.Arrays;
  49 import java.util.Comparator;
  50 import java.util.HashMap;
  51 import java.util.HashSet;
  52 import java.util.Hashtable;
  53 import java.util.Iterator;
  54 import java.util.List;
  55 import java.util.Map;
  56 import java.util.Set;
  57
  58 import javax.help.HelpSetException;
  59 import javax.swing.AbstractCellEditor;
  60 import javax.swing.BorderFactory;
  61 import javax.swing.Icon;
  62 import javax.swing.JButton;
  63 import javax.swing.JCheckBox;
  64 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  65 import javax.swing.JInternalFrame;
  66 import javax.swing.JLabel;
  67 import javax.swing.JLayeredPane;
  68 import javax.swing.JMenuItem;
  69 import javax.swing.JPanel;
  70 import javax.swing.JPopupMenu;
  71 import javax.swing.JScrollPane;
  72 import javax.swing.JSlider;
  73 import javax.swing.JTable;
  74 import javax.swing.ListSelectionModel;
  75 import javax.swing.SwingConstants;
  76 import javax.swing.ToolTipManager;
  77 import javax.swing.border.Border;
  78 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  79 import javax.swing.event.ChangeListener;
  80 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  81 import javax.swing.table.JTableHeader;
  82 import javax.swing.table.TableCellEditor;
  83 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
  84 import javax.swing.table.TableColumn;
  85 import javax.xml.bind.JAXBContext;
  86 import javax.xml.bind.JAXBElement;
  87 import javax.xml.bind.Marshaller;
  88 import javax.xml.stream.XMLInputFactory;
  89 import javax.xml.stream.XMLStreamReader;
  90
  91 import jalview.api.AlignViewControllerGuiI;
  92 import jalview.api.AlignViewportI;
  93 import jalview.api.FeatureColourI;
  94 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  95 import jalview.api.SplitContainerI;
  96 import jalview.api.ViewStyleI;
  97 import jalview.controller.FeatureSettingsControllerGuiI;
  98 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  99 import jalview.datamodel.SequenceI;
 100 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
 101 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherI;
 102 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
 103 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
 104 import jalview.gui.Help.HelpId;
 105 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
 106 import jalview.io.JalviewFileChooser;
 107 import jalview.io.JalviewFileView;
 108 import jalview.schemes.FeatureColour;
 109 import jalview.util.MessageManager;
 110 import jalview.util.Platform;
 111 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel.FeatureSettingsBean;
 112 import jalview.viewmodel.styles.ViewStyle;
 113 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours;
 114 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Colour;
 115 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Filter;
 116 import jalview.xml.binding.jalview.ObjectFactory;
 117
 118 public class FeatureSettings extends JPanel
 119         implements FeatureSettingsControllerI, FeatureSettingsControllerGuiI
 120 {
 121   private static final String SEQUENCE_FEATURE_COLOURS = MessageManager
 122           .getString("label.sequence_feature_colours");
 123
 124   /*
 125    * column indices of fields in Feature Settings table
 126    */
 127   static final int TYPE_COLUMN = 0;
 128
 129   static final int COLOUR_COLUMN = 1;
 130
 131   static final int FILTER_COLUMN = 2;
 132
 133   static final int SHOW_COLUMN = 3;
 134
 135   private static final int COLUMN_COUNT = 4;
 136
 137   private static final int MIN_WIDTH = 400;
 138
 139   private static final int MIN_HEIGHT = 400;
 140
 141   private final static String BASE_TOOLTIP = MessageManager
 142           .getString("label.click_to_edit");
 143
 144   final FeatureRenderer fr;
 145
 146   public final AlignFrame af;
 147
 148   /*
 149    * 'original' fields hold settings to restore on Cancel
 150    */
 151   Object[][] originalData;
 152
 153   private float originalTransparency;
 154
 155   private ViewStyleI originalViewStyle;
 156
 157   private Map<String, FeatureMatcherSetI> originalFilters;
 158
 159   final JInternalFrame frame;
 160
 161   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 162
 163   JTable table;
 164
 165   JPanel groupPanel;
 166
 167   JSlider transparency = new JSlider();
 168
 169   private JCheckBox showComplementOnTop;
 170
 171   private JCheckBox showComplement;
 172
 173   /*
 174    * when true, constructor is still executing - so ignore UI events
 175    */
 176   protected volatile boolean inConstruction = true;
 177
 178   int selectedRow = -1;
 179
 180   boolean resettingTable = false;
 181
 182   /*
 183    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 184    */
 185   private boolean handlingUpdate = false;
 186
 187   /*
 188    * a change listener to ensure the dialog is updated if
 189    * FeatureRenderer discovers new features
 190    */
 191   private PropertyChangeListener change;
 192
 193   /*
 194    * holds {featureCount, totalExtent} for each feature type
 195    */
 196   Map<String, float[]> typeWidth = null;
 197
 198   private void storeOriginalSettings()
 199   {
 200     // save transparency for restore on Cancel
 201     originalTransparency = fr.getTransparency();
 202
 203     updateTransparencySliderFromFR();
 204
 205     originalFilters = new HashMap<>(fr.getFeatureFilters()); // shallow copy
 206     originalViewStyle = new ViewStyle(af.viewport.getViewStyle());
 207   }
 208
 209   private void updateTransparencySliderFromFR()
 210   {
 211     boolean incon = inConstruction;
 212     inConstruction = true;
 213
 214     int transparencyAsPercent = (int) (fr.getTransparency() * 100);
 215     transparency.setValue(100 - transparencyAsPercent);
 216     inConstruction = incon;
 217   }
 218   /**
 219    * Constructor
 220    *
 221    * @param af
 222    */
 223   public FeatureSettings(AlignFrame alignFrame)
 224   {
 225     this.af = alignFrame;
 226     fr = af.getFeatureRenderer();
 227
 228     storeOriginalSettings();
 229
 230     try
 231     {
 232       jbInit();
 233     } catch (Exception ex)
 234     {
 235       ex.printStackTrace();
 236     }
 237
 238     table = new JTable()
 239     {
 240       @Override
 241       public String getToolTipText(MouseEvent e)
 242       {
 243         String tip = null;
 244         int column = table.columnAtPoint(e.getPoint());
 245         int row = table.rowAtPoint(e.getPoint());
 246
 247         switch (column)
 248         {
 249         case TYPE_COLUMN:
 250           tip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager
 251                   .getString("label.feature_settings_click_drag"));
 252           break;
 253         case COLOUR_COLUMN:
 254           FeatureColourI colour = (FeatureColourI) table.getValueAt(row,
 255                   column);
 256           tip = getColorTooltip(colour, true);
 257           break;
 258         case FILTER_COLUMN:
 259           FeatureMatcherSet o = (FeatureMatcherSet) table.getValueAt(row,
 260                   column);
 261           tip = o.isEmpty()
 262                   ? MessageManager
 263                           .getString("label.configure_feature_tooltip")
 264                   : o.toString();
 265           break;
 266         default:
 267           break;
 268         }
 269
 270         return tip;
 271       }
 272
 273       /**
 274        * Position the tooltip near the bottom edge of, and half way across, the
 275        * current cell
 276        */
 277       @Override
 278       public Point getToolTipLocation(MouseEvent e)
 279       {
 280         Point point = e.getPoint();
 281         int column = table.columnAtPoint(point);
 282         int row = table.rowAtPoint(point);
 283         Rectangle r = getCellRect(row, column, false);
 284         Point loc = new Point(r.x + r.width / 2, r.y + r.height - 3);
 285         return loc;
 286       }
 287     };
 288     JTableHeader tableHeader = table.getTableHeader();
 289     tableHeader.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 290     tableHeader.setReorderingAllowed(false);
 291     table.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 292     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(table);
 293     table.setDefaultEditor(FeatureColour.class, new ColorEditor());
 294     table.setDefaultRenderer(FeatureColour.class, new ColorRenderer());
 295
 296     table.setDefaultEditor(FeatureMatcherSet.class, new FilterEditor());
 297     table.setDefaultRenderer(FeatureMatcherSet.class, new FilterRenderer());
 298
 299     TableColumn colourColumn = new TableColumn(COLOUR_COLUMN, 75,
 300             new ColorRenderer(), new ColorEditor());
 301     table.addColumn(colourColumn);
 302
 303     TableColumn filterColumn = new TableColumn(FILTER_COLUMN, 75,
 304             new FilterRenderer(), new FilterEditor());
 305     table.addColumn(filterColumn);
 306
 307     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 308
 309     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
 310     {
 311       @Override
 312       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 313       {
 314         Point pt = evt.getPoint();
 315         selectedRow = table.rowAtPoint(pt);
 316         String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 317         if (evt.isPopupTrigger())
 318         {
 319           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 320           showPopupMenu(selectedRow, type, colour, evt.getPoint());
 321         }
 322         else if (evt.getClickCount() == 2
 323                 && table.columnAtPoint(pt) == TYPE_COLUMN)
 324         {
 325           boolean invertSelection = evt.isAltDown();
 326           boolean toggleSelection = Platform.isControlDown(evt);
 327           boolean extendSelection = evt.isShiftDown();
 328           fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 329                   invertSelection, extendSelection, toggleSelection, type);
 330           fr.ap.av.sendSelection();
 331         }
 332       }
 333
 334       // isPopupTrigger fires on mouseReleased on Windows
 335       @Override
 336       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 337       {
 338         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 339         if (evt.isPopupTrigger())
 340         {
 341           String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 342           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 343           showPopupMenu(selectedRow, type, colour, evt.getPoint());
 344         }
 345       }
 346     });
 347
 348     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 349     {
 350       @Override
 351       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 352       {
 353         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 354         if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
 355         {
 356           /*
 357            * reposition 'selectedRow' to 'newRow' (the dragged to location)
 358            * this could be more than one row away for a very fast drag action
 359            * so just swap it with adjacent rows until we get it there
 360            */
 361           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 362                   .getData();
 363           int direction = newRow < selectedRow ? -1 : 1;
 364           for (int i = selectedRow; i != newRow; i += direction)
 365           {
 366             Object[] temp = data[i];
 367             data[i] = data[i + direction];
 368             data[i + direction] = temp;
 369           }
 370           updateFeatureRenderer(data);
 371           table.repaint();
 372           selectedRow = newRow;
 373         }
 374       }
 375     });
 376     // table.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 377     // MessageManager.getString("label.feature_settings_click_drag")));
 378     scrollPane.setViewportView(table);
 379
 380     if (af.getViewport().isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 381     {
 382       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 383     }
 384
 385     discoverAllFeatureData();
 386     final FeatureSettings fs = this;
 387     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 388     {
 389       @Override
 390       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 391       {
 392         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 393         {
 394           fs.handlingUpdate = true;
 395           fs.resetTable(null);
 396           // new groups may be added with new sequence feature types only
 397           fs.handlingUpdate = false;
 398         }
 399       }
 400
 401     });
 402
 403     SplitContainerI splitframe = af.getSplitViewContainer();
 404     if (splitframe != null)
 405     {
 406       frame = null; // keeps eclipse happy
 407       splitframe.addFeatureSettingsUI(this);
 408     }
 409     else
 410     {
 411       frame = new JInternalFrame();
 412       frame.setContentPane(this);
 413       Rectangle bounds = af.getFeatureSettingsGeometry();
 414       String title;
 415       if (af.getAlignPanels().size() > 1 || Desktop.getAlignmentPanels(
 416               af.alignPanel.av.getSequenceSetId()).length > 1)
 417       {
 418         title = MessageManager.formatMessage(
 419                 "label.sequence_feature_settings_for_view",
 420                 af.alignPanel.getViewName());
 421       }
 422       else
 423       {
 424         title = MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings");
 425       }
 426       if (bounds == null)
 427       {
 428         if (Platform.isAMacAndNotJS())
 429         {
 430           Desktop.addInternalFrame(frame, title, 600, 480);
 431         }
 432         else
 433         {
 434           Desktop.addInternalFrame(frame, title, 600, 450);
 435         }
 436       }
 437       else
 438       {
 439         Desktop.addInternalFrame(frame, title, false, bounds.width,
 440                 bounds.height);
 441         frame.setBounds(bounds);
 442         frame.setVisible(true);
 443       }
 444       frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 445
 446       frame.addInternalFrameListener(
 447               new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 448               {
 449                 @Override
 450                 public void internalFrameClosed(
 451                         javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 452                 {
 453                   featureSettings_isClosed();
 454                 };
 455               });
 456       frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 457     }
 458                 inConstruction = false;
 459         }
 460
 461   /**
 462    * Sets the state of buttons to show complement features from viewport
 463    * settings
 464    */
 465   private void updateComplementButtons()
 466   {
 467     showComplement.setSelected(af.getViewport().isShowComplementFeatures());
 468     showComplementOnTop
 469             .setSelected(af.getViewport().isShowComplementFeaturesOnTop());
 470   }
 471
 472   @Override
 473   public AlignViewControllerGuiI getAlignframe()
 474   {
 475     return af;
 476   }
 477
 478   @Override
 479   public void featureSettings_isClosed()
 480   {
 481     fr.removePropertyChangeListener(change);
 482     change = null;
 483   }
 484
 485         /**
 486          * Constructs and shows a popup menu of possible actions on the selected row and
 487          * feature type
 488          *
 489          * @param rowSelected
 490          * @param type
 491          * @param typeCol
 492          * @param pt
 493          */
 494         protected void showPopupMenu(final int rowSelected, final String type, final Object typeCol, final Point pt)
 495   {
 496     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager
 497             .formatMessage("label.settings_for_param", new String[]
 498             { type }));
 499     final FeatureColourI featureColour = (FeatureColourI) typeCol;
 500
 501     /*
 502      * menu option to select (or deselect) variable colour
 503      */
 504     final JCheckBoxMenuItem variableColourCB = new JCheckBoxMenuItem(
 505             MessageManager.getString("label.variable_colour"));
 506     variableColourCB.setSelected(!featureColour.isSimpleColour());
 507     men.add(variableColourCB);
 508
 509     /*
 510      * checkbox action listener doubles up as listener to OK
 511      * from the variable colour / filters dialog
 512      */
 513     variableColourCB.addActionListener(new ActionListener()
 514     {
 515       @Override
 516       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 517       {
 518         if (e.getSource() == variableColourCB)
 519         {
 520                                         // BH 2018 for JavaScript because this is a checkbox
 521                                         men.setVisible(true);
 522           men.setVisible(false);
 523           if (featureColour.isSimpleColour())
 524           {
 525             /*
 526              * toggle simple colour to variable colour - show dialog
 527              */
 528             FeatureTypeSettings fc = new FeatureTypeSettings(fr, type);
 529             fc.addActionListener(this);
 530           }
 531           else
 532           {
 533             /*
 534              * toggle variable to simple colour - show colour chooser
 535              */
 536             String title = MessageManager
 537                     .formatMessage("label.select_colour_for", type);
 538             ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 539             {
 540               @Override
 541               public void colourSelected(Color c)
 542               {
 543                 table.setValueAt(new FeatureColour(c), rowSelected,
 544                         COLOUR_COLUMN);
 545                 table.validate();
 546                 updateFeatureRenderer(
 547                         ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData(),
 548                         false);
 549               }
 550             };
 551             JalviewColourChooser.showColourChooser(FeatureSettings.this,
 552                     title, featureColour.getMaxColour(), listener);
 553           }
 554         }
 555         else
 556         {
 557           if (e.getSource() instanceof FeatureTypeSettings)
 558           {
 559             /*
 560              * update after OK in feature colour dialog; the updated
 561              * colour will have already been set in the FeatureRenderer
 562              */
 563             FeatureColourI fci = fr.getFeatureColours().get(type);
 564             table.setValueAt(fci, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
 565             // BH 2018 setting a table value does not invalidate it.
 566             // System.out.println("FeatureSettings is valied" +
 567             // table.validate();
 568           }
 569         }
 570       }
 571     });
 572
 573     men.addSeparator();
 574
 575     JMenuItem scr = new JMenuItem(
 576             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 577     men.add(scr);
 578     scr.addActionListener(new ActionListener()
 579     {
 580       @Override
 581       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 582       {
 583         sortByScore(Arrays.asList(new String[] { type }));
 584       }
 585     });
 586     JMenuItem dens = new JMenuItem(
 587             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 588     dens.addActionListener(new ActionListener()
 589     {
 590       @Override
 591       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 592       {
 593         sortByDensity(Arrays.asList(new String[] { type }));
 594       }
 595     });
 596     men.add(dens);
 597
 598     JMenuItem selCols = new JMenuItem(
 599             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 600     selCols.addActionListener(new ActionListener()
 601     {
 602       @Override
 603       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 604       {
 605         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 606                 false, type);
 607         fr.ap.av.sendSelection();
 608       }
 609     });
 610     JMenuItem clearCols = new JMenuItem(MessageManager
 611             .getString("label.select_columns_not_containing"));
 612     clearCols.addActionListener(new ActionListener()
 613     {
 614       @Override
 615       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 616       {
 617         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 618                 false, type);
 619         fr.ap.av.sendSelection();
 620       }
 621     });
 622     JMenuItem hideCols = new JMenuItem(
 623             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 624     hideCols.addActionListener(new ActionListener()
 625     {
 626       @Override
 627       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 628       {
 629         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, true);
 630         fr.ap.av.sendSelection();
 631       }
 632     });
 633     JMenuItem hideOtherCols = new JMenuItem(
 634             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 635     hideOtherCols.addActionListener(new ActionListener()
 636     {
 637       @Override
 638       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 639       {
 640         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, false);
 641         fr.ap.av.sendSelection();
 642       }
 643     });
 644     men.add(selCols);
 645     men.add(clearCols);
 646     men.add(hideCols);
 647     men.add(hideOtherCols);
 648     men.show(table, pt.x, pt.y);
 649   }
 650
 651   /**
 652    * Sort the sequences in the alignment by the number of features for the given
 653    * feature types (or all features if null)
 654    *
 655    * @param featureTypes
 656    */
 657   protected void sortByDensity(List<String> featureTypes)
 658   {
 659     af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(featureTypes);
 660   }
 661
 662   /**
 663    * Sort the sequences in the alignment by average score for the given feature
 664    * types (or all features if null)
 665    *
 666    * @param featureTypes
 667    */
 668   protected void sortByScore(List<String> featureTypes)
 669   {
 670     af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(featureTypes);
 671   }
 672
 673   /**
 674    * Returns true if at least one feature type is visible. Else shows a warning
 675    * dialog and returns false.
 676    *
 677    * @param title
 678    * @return
 679    */
 680   private boolean canSortBy(String title)
 681   {
 682     if (fr.getDisplayedFeatureTypes().isEmpty())
 683     {
 684       JvOptionPane.showMessageDialog(this,
 685               MessageManager.getString("label.no_features_to_sort_by"),
 686               title, JvOptionPane.OK_OPTION);
 687       return false;
 688     }
 689     return true;
 690   }
 691
 692   @Override
 693   synchronized public void discoverAllFeatureData()
 694   {
 695     Set<String> allGroups = new HashSet<>();
 696     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 697
 698     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 699     {
 700       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(i);
 701       for (String group : seq.getFeatures().getFeatureGroups(true))
 702       {
 703         if (group != null && !allGroups.contains(group))
 704         {
 705           allGroups.add(group);
 706           checkGroupState(group);
 707         }
 708       }
 709     }
 710
 711     resetTable(null);
 712
 713     validate();
 714   }
 715
 716   /**
 717    * Synchronise gui group list and check visibility of group
 718    *
 719    * @param group
 720    * @return true if group is visible
 721    */
 722   private boolean checkGroupState(String group)
 723   {
 724     boolean visible = fr.checkGroupVisibility(group, true);
 725
 726     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 727     {
 728       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 729       {
 730         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 731         return visible;
 732       }
 733     }
 734
 735     final String grp = group;
 736     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 737     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 738     check.setToolTipText(group);
 739     check.addItemListener(new ItemListener()
 740     {
 741       @Override
 742       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 743       {
 744         fr.setGroupVisibility(check.getText(), check.isSelected());
 745         resetTable(new String[] { grp });
 746         refreshDisplay();
 747       }
 748     });
 749     groupPanel.add(check);
 750     return visible;
 751   }
 752
 753   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 754   {
 755     if (resettingTable)
 756     {
 757       return;
 758     }
 759     resettingTable = true;
 760     typeWidth = new Hashtable<>();
 761     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 762     // rather than float
 763
 764     Set<String> displayableTypes = new HashSet<>();
 765     Set<String> foundGroups = new HashSet<>();
 766
 767     /*
 768      * determine which feature types may be visible depending on
 769      * which groups are selected, and recompute average width data
 770      */
 771     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 772     {
 773
 774       SequenceI seq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i);
 775
 776       /*
 777        * get the sequence's groups for positional features
 778        * and keep track of which groups are visible
 779        */
 780       Set<String> groups = seq.getFeatures().getFeatureGroups(true);
 781       Set<String> visibleGroups = new HashSet<>();
 782       for (String group : groups)
 783       {
 784         if (group == null || checkGroupState(group))
 785         {
 786           visibleGroups.add(group);
 787         }
 788       }
 789       foundGroups.addAll(groups);
 790
 791       /*
 792        * get distinct feature types for visible groups
 793        * record distinct visible types, and their count and total length
 794        */
 795       Set<String> types = seq.getFeatures().getFeatureTypesForGroups(true,
 796               visibleGroups.toArray(new String[visibleGroups.size()]));
 797       for (String type : types)
 798       {
 799         displayableTypes.add(type);
 800         float[] avWidth = typeWidth.get(type);
 801         if (avWidth == null)
 802         {
 803           avWidth = new float[2];
 804           typeWidth.put(type, avWidth);
 805         }
 806         // todo this could include features with a non-visible group
 807         // - do we greatly care?
 808         // todo should we include non-displayable features here, and only
 809         // update when features are added?
 810         avWidth[0] += seq.getFeatures().getFeatureCount(true, type);
 811         avWidth[1] += seq.getFeatures().getTotalFeatureLength(type);
 812       }
 813     }
 814
 815     Object[][] data = new Object[displayableTypes.size()][COLUMN_COUNT];
 816     int dataIndex = 0;
 817
 818     if (fr.hasRenderOrder())
 819     {
 820       if (!handlingUpdate)
 821       {
 822         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 823         // colourschemes. but don't
 824         // affect display
 825         // First add the checks in the previous render order,
 826         // in case the window has been closed and reopened
 827       }
 828       List<String> frl = fr.getRenderOrder();
 829       for (int ro = frl.size() - 1; ro > -1; ro--)
 830       {
 831         String type = frl.get(ro);
 832
 833         if (!displayableTypes.contains(type))
 834         {
 835           continue;
 836         }
 837
 838         data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 839         data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 840         FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 841         data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 842                 ? new FeatureMatcherSet()
 843                 : featureFilter;
 844         data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = Boolean.valueOf(
 845                 af.getViewport().getFeaturesDisplayed().isVisible(type));
 846         dataIndex++;
 847         displayableTypes.remove(type);
 848       }
 849     }
 850
 851     /*
 852      * process any extra features belonging only to
 853      * a group which was just selected
 854      */
 855     while (!displayableTypes.isEmpty())
 856     {
 857       String type = displayableTypes.iterator().next();
 858       data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 859
 860       data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 861       if (data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] == null)
 862       {
 863         // "Colour has been updated in another view!!"
 864         fr.clearRenderOrder();
 865         return;
 866       }
 867       FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 868       data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 869               ? new FeatureMatcherSet()
 870               : featureFilter;
 871       data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = Boolean.valueOf(true);
 872       dataIndex++;
 873       displayableTypes.remove(type);
 874     }
 875
 876     if (originalData == null)
 877     {
 878       originalData = new Object[data.length][COLUMN_COUNT];
 879       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 880       {
 881         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, COLUMN_COUNT);
 882       }
 883     }
 884     else
 885     {
 886       updateOriginalData(data);
 887     }
 888
 889     table.setModel(new FeatureTableModel(data));
 890     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 891
 892     groupPanel.setLayout(
 893             new GridLayout(fr.getFeatureGroupsSize() / 4 + 1, 4));
 894     pruneGroups(foundGroups);
 895     groupPanel.validate();
 896
 897     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 898     resettingTable = false;
 899   }
 900
 901   /**
 902    * Updates 'originalData' (used for restore on Cancel) if we detect that
 903    * changes have been made outwith this dialog
 904    * <ul>
 905    * <li>a new feature type added (and made visible)</li>
 906    * <li>a feature colour changed (in the Amend Features dialog)</li>
 907    * </ul>
 908    *
 909    * @param foundData
 910    */
 911   protected void updateOriginalData(Object[][] foundData)
 912   {
 913     // todo LinkedHashMap instead of Object[][] would be nice
 914
 915     Object[][] currentData = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 916             .getData();
 917     for (Object[] row : foundData)
 918     {
 919       String type = (String) row[TYPE_COLUMN];
 920       boolean found = false;
 921       for (Object[] current : currentData)
 922       {
 923         if (type.equals(current[TYPE_COLUMN]))
 924         {
 925           found = true;
 926           /*
 927            * currently dependent on object equality here;
 928            * really need an equals method on FeatureColour
 929            */
 930           if (!row[COLOUR_COLUMN].equals(current[COLOUR_COLUMN]))
 931           {
 932             /*
 933              * feature colour has changed externally - update originalData
 934              */
 935             for (Object[] original : originalData)
 936             {
 937               if (type.equals(original[TYPE_COLUMN]))
 938               {
 939                 original[COLOUR_COLUMN] = row[COLOUR_COLUMN];
 940                 break;
 941               }
 942             }
 943           }
 944           break;
 945         }
 946       }
 947       if (!found)
 948       {
 949         /*
 950          * new feature detected - add to original data (on top)
 951          */
 952         Object[][] newData = new Object[originalData.length
 953                 + 1][COLUMN_COUNT];
 954         for (int i = 0; i < originalData.length; i++)
 955         {
 956           System.arraycopy(originalData[i], 0, newData[i + 1], 0,
 957                   COLUMN_COUNT);
 958         }
 959         newData[0] = row;
 960         originalData = newData;
 961       }
 962     }
 963   }
 964
 965   /**
 966    * Remove from the groups panel any checkboxes for groups that are not in the
 967    * foundGroups set. This enables removing a group from the display when the
 968    * last feature in that group is deleted.
 969    *
 970    * @param foundGroups
 971    */
 972   protected void pruneGroups(Set<String> foundGroups)
 973   {
 974     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 975     {
 976       JCheckBox checkbox = (JCheckBox) groupPanel.getComponent(g);
 977       if (!foundGroups.contains(checkbox.getText()))
 978       {
 979         groupPanel.remove(checkbox);
 980       }
 981     }
 982   }
 983
 984   /**
 985    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 986    *
 987    * @param data
 988    */
 989   private void ensureOrder(Object[][] data)
 990   {
 991     boolean sort = false;
 992     float[] order = new float[data.length];
 993     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 994     {
 995       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 996       if (order[i] < 0)
 997       {
 998         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 999       }
1000       if (i > 1)
1001       {
1002         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
1003       }
1004     }
1005     if (sort)
1006     {
1007       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
1008     }
1009   }
1010
1011   /**
1012    * Offers a file chooser dialog, and then loads the feature colours and
1013    * filters from file in XML format and unmarshals to Jalview feature settings
1014    */
1015   void load()
1016   {
1017     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
1018             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
1019     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1020     chooser.setDialogTitle(
1021             MessageManager.getString("label.load_feature_colours"));
1022     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
1023     chooser.setResponseHandler(0, new Runnable()
1024     {
1025       @Override
1026       public void run()
1027       {
1028         File file = chooser.getSelectedFile();
1029         load(file);
1030       }
1031     });
1032     chooser.showOpenDialog(this);
1033   }
1034
1035   /**
1036    * Loads feature colours and filters from XML stored in the given file
1037    *
1038    * @param file
1039    */
1040   void load(File file)
1041   {
1042     try
1043     {
1044       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
1045               new FileInputStream(file), "UTF-8");
1046
1047       JAXBContext jc = JAXBContext
1048               .newInstance("jalview.xml.binding.jalview");
1049       javax.xml.bind.Unmarshaller um = jc.createUnmarshaller();
1050       XMLStreamReader streamReader = XMLInputFactory.newInstance()
1051               .createXMLStreamReader(in);
1052       JAXBElement<JalviewUserColours> jbe = um.unmarshal(streamReader,
1053               JalviewUserColours.class);
1054       JalviewUserColours jucs = jbe.getValue();
1055
1056       // JalviewUserColours jucs = JalviewUserColours.unmarshal(in);
1057
1058       /*
1059        * load feature colours
1060        */
1061       for (int i = jucs.getColour().size() - 1; i >= 0; i--)
1062       {
1063         Colour newcol = jucs.getColour().get(i);
1064         FeatureColourI colour = jalview.project.Jalview2XML
1065                 .parseColour(newcol);
1066         fr.setColour(newcol.getName(), colour);
1067         fr.setOrder(newcol.getName(), i / (float) jucs.getColour().size());
1068       }
1069
1070       /*
1071        * load feature filters; loaded filters will replace any that are
1072        * currently defined, other defined filters are left unchanged
1073        */
1074       for (int i = 0; i < jucs.getFilter().size(); i++)
1075       {
1076         Filter filterModel = jucs.getFilter().get(i);
1077         String featureType = filterModel.getFeatureType();
1078         FeatureMatcherSetI filter = jalview.project.Jalview2XML
1079                 .parseFilter(featureType, filterModel.getMatcherSet());
1080         if (!filter.isEmpty())
1081         {
1082           fr.setFeatureFilter(featureType, filter);
1083         }
1084       }
1085
1086       /*
1087        * update feature settings table
1088        */
1089       if (table != null)
1090       {
1091         resetTable(null);
1092         Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1093         ensureOrder(data);
1094         updateFeatureRenderer(data, false);
1095         table.repaint();
1096       }
1097     } catch (Exception ex)
1098     {
1099       System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
1100     }
1101   }
1102
1103   /**
1104    * Offers a file chooser dialog, and then saves the current feature colours
1105    * and any filters to the selected file in XML format
1106    */
1107   void save()
1108   {
1109     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
1110             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
1111     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1112     chooser.setDialogTitle(
1113             MessageManager.getString("label.save_feature_colours"));
1114     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
1115     int option = chooser.showSaveDialog(this);
1116     if (option == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1117     {
1118       File file = chooser.getSelectedFile();
1119       save(file);
1120     }
1121   }
1122
1123   /**
1124    * Saves feature colours and filters to the given file
1125    *
1126    * @param file
1127    */
1128   void save(File file)
1129   {
1130     JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
1131     ucs.setSchemeName("Sequence Features");
1132     try
1133     {
1134       PrintWriter out = new PrintWriter(
1135               new OutputStreamWriter(new FileOutputStream(file), "UTF-8"));
1136
1137       /*
1138        * sort feature types by colour order, from 0 (highest)
1139        * to 1 (lowest)
1140        */
1141       Set<String> fr_colours = fr.getAllFeatureColours();
1142       String[] sortedTypes = fr_colours
1143               .toArray(new String[fr_colours.size()]);
1144       Arrays.sort(sortedTypes, new Comparator<String>()
1145       {
1146         @Override
1147         public int compare(String type1, String type2)
1148         {
1149           return Float.compare(fr.getOrder(type1), fr.getOrder(type2));
1150         }
1151       });
1152
1153       /*
1154        * save feature colours
1155        */
1156       for (String featureType : sortedTypes)
1157       {
1158         FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(featureType);
1159         Colour col = jalview.project.Jalview2XML.marshalColour(featureType,
1160                 fcol);
1161         ucs.getColour().add(col);
1162       }
1163
1164       /*
1165        * save any feature filters
1166        */
1167       for (String featureType : sortedTypes)
1168       {
1169         FeatureMatcherSetI filter = fr.getFeatureFilter(featureType);
1170         if (filter != null && !filter.isEmpty())
1171         {
1172           Iterator<FeatureMatcherI> iterator = filter.getMatchers()
1173                   .iterator();
1174           FeatureMatcherI firstMatcher = iterator.next();
1175           jalview.xml.binding.jalview.FeatureMatcherSet ms = jalview.project.Jalview2XML
1176                   .marshalFilter(firstMatcher, iterator, filter.isAnded());
1177           Filter filterModel = new Filter();
1178           filterModel.setFeatureType(featureType);
1179           filterModel.setMatcherSet(ms);
1180           ucs.getFilter().add(filterModel);
1181         }
1182       }
1183       JAXBContext jaxbContext = JAXBContext
1184               .newInstance(JalviewUserColours.class);
1185       Marshaller jaxbMarshaller = jaxbContext.createMarshaller();
1186       jaxbMarshaller.marshal(
1187               new ObjectFactory().createJalviewUserColours(ucs), out);
1188
1189       // jaxbMarshaller.marshal(object, pout);
1190       // marshaller.marshal(object);
1191       out.flush();
1192
1193       // ucs.marshal(out);
1194       out.close();
1195     } catch (Exception ex)
1196     {
1197       ex.printStackTrace();
1198     }
1199   }
1200
1201   public void invertSelection()
1202   {
1203     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1204     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1205     {
1206       data[i][SHOW_COLUMN] = !(Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1207     }
1208     updateFeatureRenderer(data, true);
1209     table.repaint();
1210   }
1211
1212   public void orderByAvWidth()
1213   {
1214     if (table == null || table.getModel() == null)
1215     {
1216       return;
1217     }
1218     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1219     float[] width = new float[data.length];
1220     float[] awidth;
1221     float max = 0;
1222
1223     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1224     {
1225       awidth = typeWidth.get(data[i][TYPE_COLUMN]);
1226       if (awidth[0] > 0)
1227       {
1228         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
1229         // weight - but have to make per
1230         // sequence, too (awidth[2])
1231         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
1232       }
1233       else
1234       {
1235         width[i] = 0;
1236       }
1237       if (max < width[i])
1238       {
1239         max = width[i];
1240       }
1241     }
1242     boolean sort = false;
1243     for (int i = 0; i < width.length; i++)
1244     {
1245       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
1246       if (width[i] == 0)
1247       {
1248         width[i] = fr.getOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString());
1249         if (width[i] < 0)
1250         {
1251           width[i] = fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(),
1252                   i / data.length);
1253         }
1254       }
1255       else
1256       {
1257         width[i] /= max; // normalize
1258         fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(), width[i]); // store for
1259                                                                 // later
1260       }
1261       if (i > 0)
1262       {
1263         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
1264       }
1265     }
1266     if (sort)
1267     {
1268       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
1269       // update global priority order
1270     }
1271
1272     updateFeatureRenderer(data, false);
1273     table.repaint();
1274   }
1275
1276   /**
1277    * close ourselves but leave any existing UI handlers (e.g a CDS/Protein tabbed
1278    * feature settings dialog) intact
1279    */
1280   public void closeOldSettings()
1281   {
1282     closeDialog(false);
1283   }
1284
1285   /**
1286    * close the feature settings dialog (and any containing frame)
1287    */
1288   public void close()
1289   {
1290     closeDialog(true);
1291   }
1292
1293   private void closeDialog(boolean closeContainingFrame)
1294   {
1295     try
1296     {
1297       if (frame != null)
1298       {
1299         af.setFeatureSettingsGeometry(frame.getBounds());
1300         frame.setClosed(true);
1301       }
1302       else
1303       {
1304         SplitContainerI sc = af.getSplitViewContainer();
1305         sc.closeFeatureSettings(this, closeContainingFrame);
1306         af.featureSettings = null;
1307       }
1308     } catch (Exception exe)
1309     {
1310     }
1311
1312   }
1313
1314   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
1315   {
1316     updateFeatureRenderer(data, true);
1317   }
1318
1319   /**
1320    * Update the priority order of features; only repaint if this changed the
1321    * order of visible features
1322    *
1323    * @param data
1324    * @param visibleNew
1325    */
1326   void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
1327   {
1328     FeatureSettingsBean[] rowData = getTableAsBeans(data);
1329
1330     if (fr.setFeaturePriority(rowData, visibleNew))
1331     {
1332       refreshDisplay();
1333     }
1334   }
1335
1336   /**
1337    * Converts table data into an array of data beans
1338    */
1339   private FeatureSettingsBean[] getTableAsBeans(Object[][] data)
1340   {
1341     FeatureSettingsBean[] rowData = new FeatureSettingsBean[data.length];
1342     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1343     {
1344       String type = (String) data[i][TYPE_COLUMN];
1345       FeatureColourI colour = (FeatureColourI) data[i][COLOUR_COLUMN];
1346       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) data[i][FILTER_COLUMN];
1347       Boolean isShown = (Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1348       rowData[i] = new FeatureSettingsBean(type, colour, theFilter,
1349               isShown);
1350     }
1351     return rowData;
1352   }
1353
1354   private void jbInit() throws Exception
1355   {
1356     this.setLayout(new BorderLayout());
1357
1358     final boolean hasComplement = af.getViewport()
1359             .getCodingComplement() != null;
1360
1361     JPanel settingsPane = new JPanel();
1362     settingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1363
1364     JPanel bigPanel = new JPanel();
1365     bigPanel.setLayout(new BorderLayout());
1366
1367     groupPanel = new JPanel();
1368     bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
1369
1370     JButton invert = new JButton(
1371             MessageManager.getString("label.invert_selection"));
1372     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1373     invert.addActionListener(new ActionListener()
1374     {
1375       @Override
1376       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1377       {
1378         invertSelection();
1379       }
1380     });
1381
1382     JButton optimizeOrder = new JButton(
1383             MessageManager.getString("label.optimise_order"));
1384     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1385     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
1386     {
1387       @Override
1388       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1389       {
1390         orderByAvWidth();
1391       }
1392     });
1393
1394     final String byScoreLabel = MessageManager.getString("label.seq_sort_by_score");
1395     JButton sortByScore = new JButton(byScoreLabel);
1396     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1397     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
1398     {
1399       @Override
1400       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1401       {
1402         if (canSortBy(byScoreLabel))
1403         {
1404           sortByScore(null);
1405         }
1406       }
1407     });
1408     final String byDensityLabel = MessageManager.getString("label.sequence_sort_by_density");
1409     JButton sortByDens = new JButton(byDensityLabel);
1410     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1411     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
1412     {
1413       @Override
1414       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1415       {
1416         if (canSortBy(byDensityLabel))
1417         {
1418           sortByDensity(null);
1419         }
1420       }
1421     });
1422
1423     JButton help = new JButton(MessageManager.getString("action.help"));
1424     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1425     help.addActionListener(new ActionListener()
1426     {
1427       @Override
1428       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1429       {
1430         try
1431         {
1432           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1433         } catch (HelpSetException e1)
1434         {
1435           e1.printStackTrace();
1436         }
1437       }
1438     });
1439     // Cancel for a SplitFrame should just revert changes to the currently displayed
1440     // settings. May want to do this for either or both - so need a splitview
1441     // feature settings cancel/OK.
1442     JButton cancel = new JButton(MessageManager
1443             .getString(hasComplement ? "action.revert" : "action.cancel"));
1444     cancel.setToolTipText(MessageManager.getString(hasComplement
1445             ? "action.undo_changes_to_feature_settings"
1446             : "action.undo_changes_to_feature_settings_and_close_the_dialog"));
1447     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1448     // TODO: disable cancel (and apply!) until current settings are different
1449     cancel.addActionListener(new ActionListener()
1450     {
1451       @Override
1452       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1453       {
1454         revert();
1455         refreshDisplay();
1456         if (!hasComplement)
1457         {
1458           close();
1459         }
1460       }
1461     });
1462     // Cancel for the whole dialog should cancel both CDS and Protein.
1463     // OK for an individual feature settings just applies changes, but dialog
1464     // remains open
1465     JButton ok = new JButton(MessageManager
1466             .getString(hasComplement ? "action.apply" : "action.ok"));
1467     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1468     ok.addActionListener(new ActionListener()
1469     {
1470       @Override
1471       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1472       {
1473         if (!hasComplement)
1474         {
1475           close();
1476         }
1477         else
1478         {
1479           storeOriginalSettings();
1480         }
1481       }
1482     });
1483
1484     JButton loadColours = new JButton(
1485             MessageManager.getString("label.load_colours"));
1486     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1487     loadColours.setToolTipText(
1488             MessageManager.getString("label.load_colours_tooltip"));
1489     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
1490     {
1491       @Override
1492       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1493       {
1494         load();
1495       }
1496     });
1497
1498     JButton saveColours = new JButton(
1499             MessageManager.getString("label.save_colours"));
1500     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1501     saveColours.setToolTipText(
1502             MessageManager.getString("label.save_colours_tooltip"));
1503     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
1504     {
1505       @Override
1506       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1507       {
1508         save();
1509       }
1510     });
1511     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
1512     {
1513       @Override
1514       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
1515       {
1516         if (!inConstruction)
1517         {
1518           fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
1519           refreshDisplay();
1520         }
1521       }
1522     });
1523
1524     transparency.setMaximum(70);
1525     transparency.setToolTipText(
1526             MessageManager.getString("label.transparency_tip"));
1527
1528     boolean nucleotide = af.getViewport().getAlignment().isNucleotide();
1529     String text = MessageManager.formatMessage("label.show_linked_features",
1530             nucleotide
1531                     ? MessageManager.getString("label.protein")
1532                             .toLowerCase()
1533                     : "CDS");
1534     showComplement = new JCheckBox(text);
1535     showComplement.addActionListener(new ActionListener()
1536     {
1537       @Override
1538       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1539       {
1540         af.getViewport()
1541                 .setShowComplementFeatures(showComplement.isSelected());
1542         refreshDisplay();
1543       }
1544     });
1545
1546     showComplementOnTop = new JCheckBox(
1547             MessageManager.getString("label.on_top"));
1548     showComplementOnTop.addActionListener(new ActionListener()
1549     {
1550       @Override
1551       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1552       {
1553         af.getViewport().setShowComplementFeaturesOnTop(
1554                 showComplementOnTop.isSelected());
1555         refreshDisplay();
1556       }
1557     });
1558
1559     updateComplementButtons();
1560
1561     JPanel lowerPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
1562     bigPanel.add(lowerPanel, BorderLayout.SOUTH);
1563
1564     JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
1565     transbuttons.add(optimizeOrder);
1566     transbuttons.add(invert);
1567     transbuttons.add(sortByScore);
1568     transbuttons.add(sortByDens);
1569     transbuttons.add(help);
1570
1571     JPanel transPanelLeft = new JPanel(
1572             new GridLayout(hasComplement ? 4 : 2, 1));
1573     transPanelLeft.add(new JLabel(" Colour transparency" + ":"));
1574     transPanelLeft.add(transparency);
1575     if (hasComplement)
1576     {
1577       JPanel cp = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
1578       cp.add(showComplement);
1579       cp.add(showComplementOnTop);
1580       transPanelLeft.add(cp);
1581     }
1582     lowerPanel.add(transPanelLeft);
1583     lowerPanel.add(transbuttons);
1584
1585     JPanel buttonPanel = new JPanel();
1586     buttonPanel.add(ok);
1587     buttonPanel.add(cancel);
1588     buttonPanel.add(loadColours);
1589     buttonPanel.add(saveColours);
1590     bigPanel.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
1591     settingsPane.add(bigPanel, BorderLayout.CENTER);
1592     settingsPane.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1593     this.add(settingsPane);
1594   }
1595
1596   /**
1597    * Repaints alignment, structure and overview (if shown). If there is a
1598    * complementary view which is showing this view's features, then also
1599    * repaints that.
1600    */
1601   void refreshDisplay()
1602   {
1603     af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1604     AlignViewportI complement = af.getViewport().getCodingComplement();
1605     if (complement != null && complement.isShowComplementFeatures())
1606     {
1607       AlignFrame af2 = Desktop.getAlignFrameFor(complement);
1608       af2.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1609     }
1610   }
1611
1612   /**
1613    * Answers a suitable tooltip to show on the colour cell of the table
1614    *
1615    * @param fcol
1616    * @param withHint
1617    *                   if true include 'click to edit' and similar text
1618    * @return
1619    */
1620   public static String getColorTooltip(FeatureColourI fcol,
1621           boolean withHint)
1622   {
1623     if (fcol == null)
1624     {
1625       return null;
1626     }
1627     if (fcol.isSimpleColour())
1628     {
1629       return withHint ? BASE_TOOLTIP : null;
1630     }
1631     String description = fcol.getDescription();
1632     description = description.replaceAll("<", "&lt;");
1633     description = description.replaceAll(">", "&gt;");
1634     StringBuilder tt = new StringBuilder(description);
1635     if (withHint)
1636     {
1637       tt.append("<br>").append(BASE_TOOLTIP).append("</br>");
1638     }
1639     return JvSwingUtils.wrapTooltip(true, tt.toString());
1640   }
1641
1642   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol,
1643           int w, int h)
1644   {
1645     boolean thr = false;
1646     StringBuilder tx = new StringBuilder();
1647
1648     if (gcol.isColourByAttribute())
1649     {
1650       tx.append(FeatureMatcher
1651               .toAttributeDisplayName(gcol.getAttributeName()));
1652     }
1653     else if (!gcol.isColourByLabel())
1654     {
1655       tx.append(MessageManager.getString("label.score"));
1656     }
1657     tx.append(" ");
1658     if (gcol.isAboveThreshold())
1659     {
1660       thr = true;
1661       tx.append(">");
1662     }
1663     if (gcol.isBelowThreshold())
1664     {
1665       thr = true;
1666       tx.append("<");
1667     }
1668     if (gcol.isColourByLabel())
1669     {
1670       if (thr)
1671       {
1672         tx.append(" ");
1673       }
1674       if (!gcol.isColourByAttribute())
1675       {
1676         tx.append("Label");
1677       }
1678       comp.setIcon(null);
1679     }
1680     else
1681     {
1682       Color newColor = gcol.getMaxColour();
1683       comp.setBackground(newColor);
1684       // System.err.println("Width is " + w / 2);
1685       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
1686       comp.setIcon(ficon);
1687       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1688       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1689       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1690       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1691     }
1692     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
1693     comp.setText(tx.toString());
1694   }
1695
1696   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1697   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1698   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1699   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1700   {
1701     private String[] columnNames = {
1702         MessageManager.getString("label.feature_type"),
1703         MessageManager.getString("action.colour"),
1704         MessageManager.getString("label.configuration"),
1705         MessageManager.getString("label.show") };
1706
1707     private Object[][] data;
1708
1709     FeatureTableModel(Object[][] data)
1710     {
1711       this.data = data;
1712     }
1713
1714     public Object[][] getData()
1715     {
1716       return data;
1717     }
1718
1719     public void setData(Object[][] data)
1720     {
1721       this.data = data;
1722     }
1723
1724     @Override
1725     public int getColumnCount()
1726     {
1727       return columnNames.length;
1728     }
1729
1730     public Object[] getRow(int row)
1731     {
1732       return data[row];
1733     }
1734
1735     @Override
1736     public int getRowCount()
1737     {
1738       return data.length;
1739     }
1740
1741     @Override
1742     public String getColumnName(int col)
1743     {
1744       return columnNames[col];
1745     }
1746
1747     @Override
1748     public Object getValueAt(int row, int col)
1749     {
1750       return data[row][col];
1751     }
1752
1753     /**
1754      * Answers the class of column c of the table
1755      */
1756     @Override
1757     public Class<?> getColumnClass(int c)
1758     {
1759       switch (c)
1760       {
1761       case TYPE_COLUMN:
1762         return String.class;
1763       case COLOUR_COLUMN:
1764         return FeatureColour.class;
1765       case FILTER_COLUMN:
1766         return FeatureMatcherSet.class;
1767       default:
1768         return Boolean.class;
1769       }
1770     }
1771
1772     @Override
1773     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1774     {
1775       return col == 0 ? false : true;
1776     }
1777
1778     @Override
1779     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1780     {
1781       data[row][col] = value;
1782       fireTableCellUpdated(row, col);
1783       updateFeatureRenderer(data);
1784     }
1785
1786   }
1787
1788   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1789   {
1790     Border unselectedBorder = null;
1791
1792     Border selectedBorder = null;
1793
1794     public ColorRenderer()
1795     {
1796       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1797       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1798       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1799     }
1800
1801     @Override
1802     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl, Object color,
1803             boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column)
1804     {
1805       FeatureColourI cellColour = (FeatureColourI) color;
1806       setOpaque(true);
1807       setBackground(tbl.getBackground());
1808       if (!cellColour.isSimpleColour())
1809       {
1810         Rectangle cr = tbl.getCellRect(row, column, false);
1811         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, cellColour,
1812                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1813       }
1814       else
1815       {
1816         this.setText("");
1817         this.setIcon(null);
1818         setBackground(cellColour.getColour());
1819       }
1820       if (isSelected)
1821       {
1822         if (selectedBorder == null)
1823         {
1824           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1825                   tbl.getSelectionBackground());
1826         }
1827         setBorder(selectedBorder);
1828       }
1829       else
1830       {
1831         if (unselectedBorder == null)
1832         {
1833           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1834                   tbl.getBackground());
1835         }
1836         setBorder(unselectedBorder);
1837       }
1838
1839       return this;
1840     }
1841   }
1842
1843   class FilterRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1844   {
1845     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1846
1847     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1848
1849     public FilterRenderer()
1850     {
1851       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1852       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1853       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1854     }
1855
1856     @Override
1857     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl,
1858             Object filter, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1859             int column)
1860     {
1861       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) filter;
1862       setOpaque(true);
1863       String asText = theFilter.toString();
1864       setBackground(tbl.getBackground());
1865       this.setText(asText);
1866       this.setIcon(null);
1867
1868       if (isSelected)
1869       {
1870         if (selectedBorder == null)
1871         {
1872           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1873                   tbl.getSelectionBackground());
1874         }
1875         setBorder(selectedBorder);
1876       }
1877       else
1878       {
1879         if (unselectedBorder == null)
1880         {
1881           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1882                   tbl.getBackground());
1883         }
1884         setBorder(unselectedBorder);
1885       }
1886
1887       return this;
1888     }
1889   }
1890
1891   /**
1892    * update comp using rendering settings from gcol
1893    *
1894    * @param comp
1895    * @param gcol
1896    */
1897   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol)
1898   {
1899     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1900     if (w < 20)
1901     {
1902       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1903       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1904       if (w < 20)
1905       {
1906         w = 80;
1907         h = 12;
1908       }
1909     }
1910     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1911   }
1912
1913   @SuppressWarnings("serial")
1914   class ColorEditor extends AbstractCellEditor
1915           implements TableCellEditor, ActionListener
1916   {
1917     FeatureColourI currentColor;
1918
1919     FeatureTypeSettings chooser;
1920
1921     String type;
1922
1923     JButton button;
1924
1925     protected static final String EDIT = "edit";
1926
1927     int rowSelected = 0;
1928
1929     public ColorEditor()
1930     {
1931       // Set up the editor (from the table's point of view),
1932       // which is a button.
1933       // This button brings up the color chooser dialog,
1934       // which is the editor from the user's point of view.
1935       button = new JButton();
1936       button.setActionCommand(EDIT);
1937       button.addActionListener(this);
1938       button.setBorderPainted(false);
1939     }
1940
1941     /**
1942      * Handles events from the editor button, and from the colour/filters
1943      * dialog's OK button
1944      */
1945     @Override
1946     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1947     {
1948       if (button == e.getSource())
1949       {
1950         if (currentColor.isSimpleColour())
1951         {
1952           /*
1953            * simple colour chooser
1954            */
1955           String ttl = MessageManager
1956                   .formatMessage("label.select_colour_for", type);
1957           ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
1958           {
1959             @Override
1960             public void colourSelected(Color c)
1961             {
1962               currentColor = new FeatureColour(c);
1963               table.setValueAt(currentColor, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
1964               fireEditingStopped();
1965             }
1966
1967             @Override
1968             public void cancel()
1969             {
1970               fireEditingStopped();
1971             }
1972           };
1973           JalviewColourChooser.showColourChooser(button, ttl,
1974                   currentColor.getColour(), listener);
1975         }
1976         else
1977         {
1978           /*
1979            * variable colour and filters dialog
1980            */
1981           chooser = new FeatureTypeSettings(fr, type);
1982           if (!Platform.isJS())
1983           /**
1984            * Java only
1985            *
1986            * @j2sIgnore
1987            */
1988           {
1989             chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1990             chooser.requestFocus();
1991           }
1992           chooser.addActionListener(this);
1993           fireEditingStopped();
1994         }
1995       }
1996       else
1997       {
1998         /*
1999          * after OK in variable colour dialog, any changes to colour
2000          * (or filters!) are already set in FeatureRenderer, so just
2001          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
2002          */
2003         currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
2004         FeatureMatcherSetI currentFilter = fr.getFeatureFilter(type);
2005         if (currentFilter == null)
2006         {
2007           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
2008         }
2009         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
2010                 .getData()[rowSelected];
2011         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
2012         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
2013         fireEditingStopped();
2014         // SwingJS needs an explicit repaint() here,
2015         // rather than relying upon no validation having
2016         // occurred since the stopEditing call was made.
2017         // Its laying out has not been stopped by the modal frame
2018         table.validate();
2019         table.repaint();
2020       }
2021     }
2022
2023     /**
2024      * Override allows access to this method from anonymous inner classes
2025      */
2026     @Override
2027     protected void fireEditingStopped()
2028     {
2029       super.fireEditingStopped();
2030     }
2031
2032     // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
2033     @Override
2034     public Object getCellEditorValue()
2035     {
2036       return currentColor;
2037     }
2038
2039     // Implement the one method defined by TableCellEditor.
2040     @Override
2041     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable,
2042             Object value, boolean isSelected, int row, int column)
2043     {
2044       currentColor = (FeatureColourI) value;
2045       this.rowSelected = row;
2046       type = table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
2047       button.setOpaque(true);
2048       button.setBackground(FeatureSettings.this.getBackground());
2049       if (!currentColor.isSimpleColour())
2050       {
2051         JLabel btn = new JLabel();
2052         btn.setSize(button.getSize());
2053         FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentColor);
2054         button.setBackground(btn.getBackground());
2055         button.setIcon(btn.getIcon());
2056         button.setText(btn.getText());
2057       }
2058       else
2059       {
2060         button.setText("");
2061         button.setIcon(null);
2062         button.setBackground(currentColor.getColour());
2063       }
2064       return button;
2065     }
2066   }
2067
2068   /**
2069    * The cell editor for the Filter column. It displays the text of any filters
2070    * for the feature type in that row (in full as a tooltip, possible
2071    * abbreviated as display text). On click in the cell, opens the Feature
2072    * Display Settings dialog at the Filters tab.
2073    */
2074   @SuppressWarnings("serial")
2075   class FilterEditor extends AbstractCellEditor
2076           implements TableCellEditor, ActionListener
2077   {
2078
2079     FeatureMatcherSetI currentFilter;
2080
2081     Point lastLocation;
2082
2083     String type;
2084
2085     JButton button;
2086
2087     protected static final String EDIT = "edit";
2088
2089     int rowSelected = 0;
2090
2091     public FilterEditor()
2092     {
2093       button = new JButton();
2094       button.setActionCommand(EDIT);
2095       button.addActionListener(this);
2096       button.setBorderPainted(false);
2097     }
2098
2099     /**
2100      * Handles events from the editor button
2101      */
2102     @Override
2103     public void actionPerformed(ActionEvent e)
2104     {
2105       if (button == e.getSource())
2106       {
2107         FeatureTypeSettings chooser = new FeatureTypeSettings(fr, type);
2108         chooser.addActionListener(this);
2109         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
2110         chooser.requestFocus();
2111         if (lastLocation != null)
2112         {
2113           // todo open at its last position on screen
2114           chooser.setBounds(lastLocation.x, lastLocation.y,
2115                   chooser.getWidth(), chooser.getHeight());
2116           chooser.validate();
2117         }
2118         fireEditingStopped();
2119       }
2120       else if (e.getSource() instanceof Component)
2121       {
2122
2123         /*
2124          * after OK in variable colour dialog, any changes to filter
2125          * (or colours!) are already set in FeatureRenderer, so just
2126          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
2127          */
2128         FeatureColourI currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
2129         currentFilter = fr.getFeatureFilter(type);
2130         if (currentFilter == null)
2131         {
2132           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
2133         }
2134
2135         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
2136                 .getData()[rowSelected];
2137         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
2138         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
2139         fireEditingStopped();
2140         // SwingJS needs an explicit repaint() here,
2141         // rather than relying upon no validation having
2142         // occurred since the stopEditing call was made.
2143         // Its laying out has not been stopped by the modal frame
2144         table.validate();
2145         table.repaint();
2146       }
2147     }
2148
2149     @Override
2150     public Object getCellEditorValue()
2151     {
2152       return currentFilter;
2153     }
2154
2155     @Override
2156     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable,
2157             Object value, boolean isSelected, int row, int column)
2158     {
2159       currentFilter = (FeatureMatcherSetI) value;
2160       this.rowSelected = row;
2161       type = table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
2162       button.setOpaque(true);
2163       button.setBackground(FeatureSettings.this.getBackground());
2164       button.setText(currentFilter.toString());
2165       button.setIcon(null);
2166       return button;
2167     }
2168   }
2169
2170   public boolean isOpen()
2171   {
2172     if (af.getSplitViewContainer() != null)
2173     {
2174       return af.getSplitViewContainer().isFeatureSettingsOpen();
2175     }
2176     return frame != null && !frame.isClosed();
2177   }
2178
2179   @Override
2180   public void revert()
2181   {
2182     fr.setTransparency(originalTransparency);
2183     fr.setFeatureFilters(originalFilters);
2184     updateFeatureRenderer(originalData);
2185     af.getViewport().setViewStyle(originalViewStyle);
2186     updateTransparencySliderFromFR();
2187     updateComplementButtons();
2188     refreshDisplay();
2189   }
2190 }
2191
2192 class FeatureIcon implements Icon
2193 {
2194   FeatureColourI gcol;
2195
2196   Color backg;
2197
2198   boolean midspace = false;
2199
2200   int width = 50, height = 20;
2201
2202   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
2203
2204   Color mpcolour = Color.white;
2205
2206   FeatureIcon(FeatureColourI gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
2207   {
2208     gcol = gfc;
2209     backg = bg;
2210     width = w;
2211     height = h;
2212     midspace = mspace;
2213     if (midspace)
2214     {
2215       s1 = width / 3;
2216       e1 = s1 * 2;
2217     }
2218     else
2219     {
2220       s1 = width / 2;
2221       e1 = s1;
2222     }
2223   }
2224
2225   @Override
2226   public int getIconWidth()
2227   {
2228     return width;
2229   }
2230
2231   @Override
2232   public int getIconHeight()
2233   {
2234     return height;
2235   }
2236
2237   @Override
2238   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
2239   {
2240
2241     if (gcol.isColourByLabel())
2242     {
2243       g.setColor(backg);
2244       g.fillRect(0, 0, width, height);
2245       // need an icon here.
2246       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2247
2248       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
2249
2250       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
2251       // AffineTransform.getScaleInstance(
2252       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
2253       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
2254
2255       g.drawString(MessageManager.getString("label.label"), 0, 0);
2256
2257     }
2258     else
2259     {
2260       Color minCol = gcol.getMinColour();
2261       g.setColor(minCol);
2262       g.fillRect(0, 0, s1, height);
2263       if (midspace)
2264       {
2265         g.setColor(Color.white);
2266         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
2267       }
2268       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2269       // g.fillRect(0, e1, width - e1, height); // BH 2018
2270       g.fillRect(e1, 0, width - e1, height);
2271     }
2272   }
2273 }