src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.datamodel.features.FeatureAttributes;
  29 import jalview.gui.Help.HelpId;
  30 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  31 import jalview.io.JalviewFileView;
  32 import jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours;
  33 import jalview.schemes.FeatureColour;
  34 import jalview.util.Format;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36 import jalview.util.Platform;
  37 import jalview.util.QuickSort;
  38 import jalview.util.ReverseListIterator;
  39 import jalview.util.matcher.Condition;
  40 import jalview.util.matcher.KeyedMatcher;
  41 import jalview.util.matcher.KeyedMatcherI;
  42 import jalview.util.matcher.KeyedMatcherSet;
  43 import jalview.util.matcher.KeyedMatcherSetI;
  44 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  45 import jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher;
  46 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  47
  48 import java.awt.BorderLayout;
  49 import java.awt.Color;
  50 import java.awt.Component;
  51 import java.awt.Dimension;
  52 import java.awt.FlowLayout;
  53 import java.awt.Font;
  54 import java.awt.Graphics;
  55 import java.awt.GridLayout;
  56 import java.awt.LayoutManager;
  57 import java.awt.Rectangle;
  58 import java.awt.event.ActionEvent;
  59 import java.awt.event.ActionListener;
  60 import java.awt.event.FocusAdapter;
  61 import java.awt.event.FocusEvent;
  62 import java.awt.event.ItemEvent;
  63 import java.awt.event.ItemListener;
  64 import java.awt.event.MouseAdapter;
  65 import java.awt.event.MouseEvent;
  66 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  67 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  68 import java.beans.PropertyChangeListener;
  69 import java.io.File;
  70 import java.io.FileInputStream;
  71 import java.io.FileOutputStream;
  72 import java.io.InputStreamReader;
  73 import java.io.OutputStreamWriter;
  74 import java.io.PrintWriter;
  75 import java.util.ArrayList;
  76 import java.util.Arrays;
  77 import java.util.HashSet;
  78 import java.util.Hashtable;
  79 import java.util.Iterator;
  80 import java.util.List;
  81 import java.util.Map;
  82 import java.util.Set;
  83 import java.util.Vector;
  84
  85 import javax.help.HelpSetException;
  86 import javax.swing.AbstractCellEditor;
  87 import javax.swing.BorderFactory;
  88 import javax.swing.BoxLayout;
  89 import javax.swing.ButtonGroup;
  90 import javax.swing.Icon;
  91 import javax.swing.JButton;
  92 import javax.swing.JCheckBox;
  93 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  94 import javax.swing.JColorChooser;
  95 import javax.swing.JComboBox;
  96 import javax.swing.JDialog;
  97 import javax.swing.JInternalFrame;
  98 import javax.swing.JLabel;
  99 import javax.swing.JLayeredPane;
 100 import javax.swing.JMenuItem;
 101 import javax.swing.JPanel;
 102 import javax.swing.JPopupMenu;
 103 import javax.swing.JRadioButton;
 104 import javax.swing.JScrollPane;
 105 import javax.swing.JSlider;
 106 import javax.swing.JTabbedPane;
 107 import javax.swing.JTable;
 108 import javax.swing.JTextArea;
 109 import javax.swing.JTextField;
 110 import javax.swing.ListSelectionModel;
 111 import javax.swing.SwingConstants;
 112 import javax.swing.SwingUtilities;
 113 import javax.swing.event.ChangeEvent;
 114 import javax.swing.event.ChangeListener;
 115 import javax.swing.plaf.basic.BasicArrowButton;
 116 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
 117 import javax.swing.table.TableCellEditor;
 118 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
 119
 120 public class FeatureSettings extends JPanel
 121         implements FeatureSettingsControllerI
 122 {
 123   private static final int MIN_WIDTH = 400;
 124
 125   private static final int MIN_HEIGHT = 400;
 126
 127   private static final int MAX_TOOLTIP_LENGTH = 50;
 128
 129   DasSourceBrowser dassourceBrowser;
 130
 131   DasSequenceFeatureFetcher dasFeatureFetcher;
 132
 133   JPanel dasSettingsPane = new JPanel();
 134
 135   final FeatureRenderer fr;
 136
 137   public final AlignFrame af;
 138
 139   /*
 140    * 'original' fields hold settings to restore on Cancel
 141    */
 142   Object[][] originalData;
 143
 144   private float originalTransparency;
 145
 146   private Map<String, KeyedMatcherSetI> originalFilters;
 147
 148   final JInternalFrame frame;
 149
 150   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 151
 152   JTable table;
 153
 154   JPanel groupPanel;
 155
 156   JSlider transparency = new JSlider();
 157
 158   /*
 159    * when true, constructor is still executing - so ignore UI events
 160    */
 161   protected volatile boolean inConstruction = true;
 162
 163   int selectedRow = -1;
 164
 165   JButton fetchDAS = new JButton();
 166
 167   JButton saveDAS = new JButton();
 168
 169   JButton cancelDAS = new JButton();
 170
 171   boolean resettingTable = false;
 172
 173   /*
 174    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 175    */
 176   private boolean handlingUpdate = false;
 177
 178   /*
 179    * holds {featureCount, totalExtent} for each feature type
 180    */
 181   Map<String, float[]> typeWidth = null;
 182
 183   /*
 184    * fields of the feature filters tab
 185    */
 186   private JPanel filtersPane;
 187
 188   private JPanel chooseFiltersPanel;
 189
 190   private JComboBox<String> filteredFeatureChoice;
 191
 192   private JRadioButton andFilters;
 193
 194   private JRadioButton orFilters;
 195
 196   /*
 197    * filters for the currently selected feature type
 198    */
 199   private List<KeyedMatcherI> filters;
 200
 201   private JTextArea filtersAsText;
 202
 203   // set white normally, black to debug layout
 204   private Color debugBorderColour = Color.white;
 205
 206   /**
 207    * Constructor
 208    *
 209    * @param af
 210    */
 211   public FeatureSettings(AlignFrame alignFrame)
 212   {
 213     this.af = alignFrame;
 214     fr = af.getFeatureRenderer();
 215
 216     // save transparency for restore on Cancel
 217     originalTransparency = fr.getTransparency();
 218     int originalTransparencyAsPercent = (int) (originalTransparency * 100);
 219     transparency.setMaximum(100 - originalTransparencyAsPercent);
 220
 221     originalFilters = fr.getFeatureFilters();
 222
 223     try
 224     {
 225       jbInit();
 226     } catch (Exception ex)
 227     {
 228       ex.printStackTrace();
 229     }
 230
 231     table = new JTable()
 232     {
 233       @Override
 234       public String getToolTipText(MouseEvent e)
 235       {
 236         if (table.columnAtPoint(e.getPoint()) == 0)
 237         {
 238           /*
 239            * Tooltip for feature name only
 240            */
 241           return JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager
 242                   .getString("label.feature_settings_click_drag"));
 243         }
 244         return null;
 245       }
 246     };
 247     table.getTableHeader().setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 248     table.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 249     table.setDefaultRenderer(Color.class, new ColorRenderer());
 250
 251     table.setDefaultEditor(Color.class, new ColorEditor(this));
 252
 253     table.setDefaultEditor(FeatureColour.class, new ColorEditor(this));
 254     table.setDefaultRenderer(FeatureColour.class, new ColorRenderer());
 255     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 256
 257     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
 258     {
 259       @Override
 260       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 261       {
 262         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 263         if (evt.isPopupTrigger())
 264         {
 265           popupSort(selectedRow, (String) table.getValueAt(selectedRow, 0),
 266                   table.getValueAt(selectedRow, 1), fr.getMinMax(),
 267                   evt.getX(), evt.getY());
 268         }
 269         else if (evt.getClickCount() == 2)
 270         {
 271           boolean invertSelection = evt.isAltDown();
 272           boolean toggleSelection = Platform.isControlDown(evt);
 273           boolean extendSelection = evt.isShiftDown();
 274           fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 275                   invertSelection, extendSelection, toggleSelection,
 276                   (String) table.getValueAt(selectedRow, 0));
 277         }
 278       }
 279
 280       // isPopupTrigger fires on mouseReleased on Windows
 281       @Override
 282       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 283       {
 284         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 285         if (evt.isPopupTrigger())
 286         {
 287           popupSort(selectedRow, (String) table.getValueAt(selectedRow, 0),
 288                   table.getValueAt(selectedRow, 1), fr.getMinMax(),
 289                   evt.getX(), evt.getY());
 290         }
 291       }
 292     });
 293
 294     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 295     {
 296       @Override
 297       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 298       {
 299         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 300         if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
 301         {
 302           /*
 303            * reposition 'selectedRow' to 'newRow' (the dragged to location)
 304            * this could be more than one row away for a very fast drag action
 305            * so just swap it with adjacent rows until we get it there
 306            */
 307           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 308                   .getData();
 309           int direction = newRow < selectedRow ? -1 : 1;
 310           for (int i = selectedRow; i != newRow; i += direction)
 311           {
 312             Object[] temp = data[i];
 313             data[i] = data[i + direction];
 314             data[i + direction] = temp;
 315           }
 316           updateFeatureRenderer(data);
 317           table.repaint();
 318           selectedRow = newRow;
 319         }
 320       }
 321     });
 322     // table.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 323     // MessageManager.getString("label.feature_settings_click_drag")));
 324     scrollPane.setViewportView(table);
 325
 326     dassourceBrowser = new DasSourceBrowser(this);
 327     dasSettingsPane.add(dassourceBrowser, BorderLayout.CENTER);
 328
 329     if (af.getViewport().isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 330     {
 331       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 332     }
 333
 334     discoverAllFeatureData();
 335     final PropertyChangeListener change;
 336     final FeatureSettings fs = this;
 337     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 338     {
 339       @Override
 340       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 341       {
 342         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 343         {
 344           fs.handlingUpdate = true;
 345           fs.resetTable(null); // new groups may be added with new seuqence
 346           // feature types only
 347           fs.handlingUpdate = false;
 348         }
 349       }
 350
 351     });
 352
 353     frame = new JInternalFrame();
 354     frame.setContentPane(this);
 355     if (Platform.isAMac())
 356     {
 357       Desktop.addInternalFrame(frame,
 358               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 359               600, 480);
 360     }
 361     else
 362     {
 363       Desktop.addInternalFrame(frame,
 364               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 365               600, 450);
 366     }
 367     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 368
 369     frame.addInternalFrameListener(
 370             new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 371             {
 372               @Override
 373               public void internalFrameClosed(
 374                       javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 375               {
 376                 fr.removePropertyChangeListener(change);
 377                 dassourceBrowser.fs = null;
 378               };
 379             });
 380     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 381     inConstruction = false;
 382   }
 383
 384   protected void popupSort(final int selectedRow, final String type,
 385           final Object typeCol, final Map<String, float[][]> minmax, int x,
 386           int y)
 387   {
 388     final FeatureColourI featureColour = (FeatureColourI) typeCol;
 389
 390     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager
 391             .formatMessage("label.settings_for_param", new String[]
 392             { type }));
 393     JMenuItem scr = new JMenuItem(
 394             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 395     men.add(scr);
 396     final FeatureSettings me = this;
 397     scr.addActionListener(new ActionListener()
 398     {
 399
 400       @Override
 401       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 402       {
 403         me.af.avc
 404                 .sortAlignmentByFeatureScore(Arrays.asList(new String[]
 405                 { type }));
 406       }
 407
 408     });
 409     JMenuItem dens = new JMenuItem(
 410             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 411     dens.addActionListener(new ActionListener()
 412     {
 413
 414       @Override
 415       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 416       {
 417         me.af.avc
 418                 .sortAlignmentByFeatureDensity(Arrays.asList(new String[]
 419                 { type }));
 420       }
 421
 422     });
 423     men.add(dens);
 424
 425     /*
 426      * variable colour options include colour by label, by score,
 427      * by selected attribute text, or attribute value
 428      */
 429     final JCheckBoxMenuItem mxcol = new JCheckBoxMenuItem(
 430             MessageManager.getString("label.variable_colour"));
 431     mxcol.setSelected(!featureColour.isSimpleColour());
 432     men.add(mxcol);
 433     mxcol.addActionListener(new ActionListener()
 434     {
 435       JColorChooser colorChooser;
 436
 437       @Override
 438       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 439       {
 440         if (e.getSource() == mxcol)
 441         {
 442           if (featureColour.isSimpleColour())
 443           {
 444             FeatureColourChooser fc = new FeatureColourChooser(me.fr, type);
 445             fc.addActionListener(this);
 446           }
 447           else
 448           {
 449             // bring up simple color chooser
 450             colorChooser = new JColorChooser();
 451             JDialog dialog = JColorChooser.createDialog(me,
 452                     "Select new Colour", true, // modal
 453                     colorChooser, this, // OK button handler
 454                     null); // no CANCEL button handler
 455             colorChooser.setColor(featureColour.getMaxColour());
 456             dialog.setVisible(true);
 457           }
 458         }
 459         else
 460         {
 461           if (e.getSource() instanceof FeatureColourChooser)
 462           {
 463             FeatureColourChooser fc = (FeatureColourChooser) e.getSource();
 464             table.setValueAt(fc.getLastColour(), selectedRow, 1);
 465             table.validate();
 466           }
 467           else
 468           {
 469             // probably the color chooser!
 470             table.setValueAt(new FeatureColour(colorChooser.getColor()),
 471                     selectedRow, 1);
 472             table.validate();
 473             me.updateFeatureRenderer(
 474                     ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData(), false);
 475           }
 476         }
 477       }
 478
 479     });
 480
 481     JMenuItem selCols = new JMenuItem(
 482             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 483     selCols.addActionListener(new ActionListener()
 484     {
 485       @Override
 486       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 487       {
 488         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 489                 false, type);
 490       }
 491     });
 492     JMenuItem clearCols = new JMenuItem(MessageManager
 493             .getString("label.select_columns_not_containing"));
 494     clearCols.addActionListener(new ActionListener()
 495     {
 496       @Override
 497       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 498       {
 499         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 500                 false, type);
 501       }
 502     });
 503     JMenuItem hideCols = new JMenuItem(
 504             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 505     hideCols.addActionListener(new ActionListener()
 506     {
 507       @Override
 508       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 509       {
 510         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, true);
 511       }
 512     });
 513     JMenuItem hideOtherCols = new JMenuItem(
 514             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 515     hideOtherCols.addActionListener(new ActionListener()
 516     {
 517       @Override
 518       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 519       {
 520         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, false);
 521       }
 522     });
 523     men.add(selCols);
 524     men.add(clearCols);
 525     men.add(hideCols);
 526     men.add(hideOtherCols);
 527     men.show(table, x, y);
 528   }
 529
 530   @Override
 531   synchronized public void discoverAllFeatureData()
 532   {
 533     Set<String> allGroups = new HashSet<>();
 534     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 535
 536     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 537     {
 538       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(i);
 539       for (String group : seq.getFeatures().getFeatureGroups(true))
 540       {
 541         if (group != null && !allGroups.contains(group))
 542         {
 543           allGroups.add(group);
 544           checkGroupState(group);
 545         }
 546       }
 547     }
 548
 549     populateFilterableFeatures();
 550
 551     resetTable(null);
 552
 553     validate();
 554   }
 555
 556   /**
 557    * Synchronise gui group list and check visibility of group
 558    *
 559    * @param group
 560    * @return true if group is visible
 561    */
 562   private boolean checkGroupState(String group)
 563   {
 564     boolean visible = fr.checkGroupVisibility(group, true);
 565
 566     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 567     {
 568       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 569       {
 570         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 571         return visible;
 572       }
 573     }
 574
 575     final String grp = group;
 576     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 577     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 578     check.setToolTipText(group);
 579     check.addItemListener(new ItemListener()
 580     {
 581       @Override
 582       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 583       {
 584         fr.setGroupVisibility(check.getText(), check.isSelected());
 585         resetTable(new String[] { grp });
 586         af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
 587       }
 588     });
 589     groupPanel.add(check);
 590     return visible;
 591   }
 592
 593   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 594   {
 595     if (resettingTable)
 596     {
 597       return;
 598     }
 599     resettingTable = true;
 600     typeWidth = new Hashtable<>();
 601     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 602     // rather than float
 603
 604     Set<String> displayableTypes = new HashSet<>();
 605     Set<String> foundGroups = new HashSet<>();
 606
 607     /*
 608      * determine which feature types may be visible depending on
 609      * which groups are selected, and recompute average width data
 610      */
 611     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 612     {
 613
 614       SequenceI seq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i);
 615
 616       /*
 617        * get the sequence's groups for positional features
 618        * and keep track of which groups are visible
 619        */
 620       Set<String> groups = seq.getFeatures().getFeatureGroups(true);
 621       Set<String> visibleGroups = new HashSet<>();
 622       for (String group : groups)
 623       {
 624         if (group == null || checkGroupState(group))
 625         {
 626           visibleGroups.add(group);
 627         }
 628       }
 629       foundGroups.addAll(groups);
 630
 631       /*
 632        * get distinct feature types for visible groups
 633        * record distinct visible types, and their count and total length
 634        */
 635       Set<String> types = seq.getFeatures().getFeatureTypesForGroups(true,
 636               visibleGroups.toArray(new String[visibleGroups.size()]));
 637       for (String type : types)
 638       {
 639         displayableTypes.add(type);
 640         float[] avWidth = typeWidth.get(type);
 641         if (avWidth == null)
 642         {
 643           avWidth = new float[2];
 644           typeWidth.put(type, avWidth);
 645         }
 646         // todo this could include features with a non-visible group
 647         // - do we greatly care?
 648         // todo should we include non-displayable features here, and only
 649         // update when features are added?
 650         avWidth[0] += seq.getFeatures().getFeatureCount(true, type);
 651         avWidth[1] += seq.getFeatures().getTotalFeatureLength(type);
 652       }
 653     }
 654
 655     Object[][] data = new Object[displayableTypes.size()][3];
 656     int dataIndex = 0;
 657
 658     if (fr.hasRenderOrder())
 659     {
 660       if (!handlingUpdate)
 661       {
 662         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 663         // colourschemes. but don't
 664         // affect display
 665         // First add the checks in the previous render order,
 666         // in case the window has been closed and reopened
 667       }
 668       List<String> frl = fr.getRenderOrder();
 669       for (int ro = frl.size() - 1; ro > -1; ro--)
 670       {
 671         String type = frl.get(ro);
 672
 673         if (!displayableTypes.contains(type))
 674         {
 675           continue;
 676         }
 677
 678         data[dataIndex][0] = type;
 679         data[dataIndex][1] = fr.getFeatureStyle(type);
 680         data[dataIndex][2] = new Boolean(
 681                 af.getViewport().getFeaturesDisplayed().isVisible(type));
 682         dataIndex++;
 683         displayableTypes.remove(type);
 684       }
 685     }
 686
 687     /*
 688      * process any extra features belonging only to
 689      * a group which was just selected
 690      */
 691     while (!displayableTypes.isEmpty())
 692     {
 693       String type = displayableTypes.iterator().next();
 694       data[dataIndex][0] = type;
 695
 696       data[dataIndex][1] = fr.getFeatureStyle(type);
 697       if (data[dataIndex][1] == null)
 698       {
 699         // "Colour has been updated in another view!!"
 700         fr.clearRenderOrder();
 701         return;
 702       }
 703
 704       data[dataIndex][2] = new Boolean(true);
 705       dataIndex++;
 706       displayableTypes.remove(type);
 707     }
 708
 709     if (originalData == null)
 710     {
 711       originalData = new Object[data.length][3];
 712       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 713       {
 714         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, 3);
 715       }
 716     }
 717     else
 718     {
 719       updateOriginalData(data);
 720     }
 721
 722     table.setModel(new FeatureTableModel(data));
 723     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 724
 725     groupPanel.setLayout(
 726             new GridLayout(fr.getFeatureGroupsSize() / 4 + 1, 4));
 727     pruneGroups(foundGroups);
 728     groupPanel.validate();
 729
 730     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 731     resettingTable = false;
 732   }
 733
 734   /**
 735    * Updates 'originalData' (used for restore on Cancel) if we detect that
 736    * changes have been made outwith this dialog
 737    * <ul>
 738    * <li>a new feature type added (and made visible)</li>
 739    * <li>a feature colour changed (in the Amend Features dialog)</li>
 740    * </ul>
 741    *
 742    * @param foundData
 743    */
 744   protected void updateOriginalData(Object[][] foundData)
 745   {
 746     // todo LinkedHashMap instead of Object[][] would be nice
 747
 748     Object[][] currentData = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 749             .getData();
 750     for (Object[] row : foundData)
 751     {
 752       String type = (String) row[0];
 753       boolean found = false;
 754       for (Object[] current : currentData)
 755       {
 756         if (type.equals(current[0]))
 757         {
 758           found = true;
 759           /*
 760            * currently dependent on object equality here;
 761            * really need an equals method on FeatureColour
 762            */
 763           if (!row[1].equals(current[1]))
 764           {
 765             /*
 766              * feature colour has changed externally - update originalData
 767              */
 768             for (Object[] original : originalData)
 769             {
 770               if (type.equals(original[0]))
 771               {
 772                 original[1] = row[1];
 773                 break;
 774               }
 775             }
 776           }
 777           break;
 778         }
 779       }
 780       if (!found)
 781       {
 782         /*
 783          * new feature detected - add to original data (on top)
 784          */
 785         Object[][] newData = new Object[originalData.length + 1][3];
 786         for (int i = 0; i < originalData.length; i++)
 787         {
 788           System.arraycopy(originalData[i], 0, newData[i + 1], 0, 3);
 789         }
 790         newData[0] = row;
 791         originalData = newData;
 792       }
 793     }
 794   }
 795
 796   /**
 797    * Remove from the groups panel any checkboxes for groups that are not in the
 798    * foundGroups set. This enables removing a group from the display when the
 799    * last feature in that group is deleted.
 800    *
 801    * @param foundGroups
 802    */
 803   protected void pruneGroups(Set<String> foundGroups)
 804   {
 805     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 806     {
 807       JCheckBox checkbox = (JCheckBox) groupPanel.getComponent(g);
 808       if (!foundGroups.contains(checkbox.getText()))
 809       {
 810         groupPanel.remove(checkbox);
 811       }
 812     }
 813   }
 814
 815   /**
 816    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 817    *
 818    * @param data
 819    */
 820   private void ensureOrder(Object[][] data)
 821   {
 822     boolean sort = false;
 823     float[] order = new float[data.length];
 824     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 825     {
 826       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 827       if (order[i] < 0)
 828       {
 829         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 830       }
 831       if (i > 1)
 832       {
 833         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 834       }
 835     }
 836     if (sort)
 837     {
 838       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 839     }
 840   }
 841
 842   void load()
 843   {
 844     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 845             "Sequence Feature Colours");
 846     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 847     chooser.setDialogTitle(
 848             MessageManager.getString("label.load_feature_colours"));
 849     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 850
 851     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 852
 853     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 854     {
 855       File file = chooser.getSelectedFile();
 856
 857       try
 858       {
 859         InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 860                 new FileInputStream(file), "UTF-8");
 861
 862         JalviewUserColours jucs = JalviewUserColours.unmarshal(in);
 863
 864         for (int i = jucs.getColourCount() - 1; i >= 0; i--)
 865         {
 866           String name;
 867           jalview.schemabinding.version2.Colour newcol = jucs.getColour(i);
 868           if (newcol.hasMax())
 869           {
 870             Color mincol = null, maxcol = null;
 871             try
 872             {
 873               mincol = new Color(Integer.parseInt(newcol.getMinRGB(), 16));
 874               maxcol = new Color(Integer.parseInt(newcol.getRGB(), 16));
 875
 876             } catch (Exception e)
 877             {
 878               Cache.log.warn("Couldn't parse out graduated feature color.",
 879                       e);
 880             }
 881             FeatureColourI gcol = new FeatureColour(mincol, maxcol,
 882                     newcol.getMin(), newcol.getMax());
 883             if (newcol.hasAutoScale())
 884             {
 885               gcol.setAutoScaled(newcol.getAutoScale());
 886             }
 887             if (newcol.hasColourByLabel())
 888             {
 889               gcol.setColourByLabel(newcol.getColourByLabel());
 890             }
 891             if (newcol.hasThreshold())
 892             {
 893               gcol.setThreshold(newcol.getThreshold());
 894             }
 895             if (newcol.getThreshType().length() > 0)
 896             {
 897               String ttyp = newcol.getThreshType();
 898               if (ttyp.equalsIgnoreCase("ABOVE"))
 899               {
 900                 gcol.setAboveThreshold(true);
 901               }
 902               if (ttyp.equalsIgnoreCase("BELOW"))
 903               {
 904                 gcol.setBelowThreshold(true);
 905               }
 906             }
 907             fr.setColour(name = newcol.getName(), gcol);
 908           }
 909           else
 910           {
 911             Color color = new Color(
 912                     Integer.parseInt(jucs.getColour(i).getRGB(), 16));
 913             fr.setColour(name = jucs.getColour(i).getName(),
 914                     new FeatureColour(color));
 915           }
 916           fr.setOrder(name, (i == 0) ? 0 : i / jucs.getColourCount());
 917         }
 918         if (table != null)
 919         {
 920           resetTable(null);
 921           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 922                   .getData();
 923           ensureOrder(data);
 924           updateFeatureRenderer(data, false);
 925           table.repaint();
 926         }
 927       } catch (Exception ex)
 928       {
 929         System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
 930       }
 931     }
 932   }
 933
 934   void save()
 935   {
 936     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 937             "Sequence Feature Colours");
 938     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 939     chooser.setDialogTitle(
 940             MessageManager.getString("label.save_feature_colours"));
 941     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 942
 943     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 944
 945     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 946     {
 947       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 948       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours ucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 949       ucs.setSchemeName("Sequence Features");
 950       try
 951       {
 952         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 953                 new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));
 954
 955         Set<String> fr_colours = fr.getAllFeatureColours();
 956         Iterator<String> e = fr_colours.iterator();
 957         float[] sortOrder = new float[fr_colours.size()];
 958         String[] sortTypes = new String[fr_colours.size()];
 959         int i = 0;
 960         while (e.hasNext())
 961         {
 962           sortTypes[i] = e.next();
 963           sortOrder[i] = fr.getOrder(sortTypes[i]);
 964           i++;
 965         }
 966         QuickSort.sort(sortOrder, sortTypes);
 967         sortOrder = null;
 968         for (i = 0; i < sortTypes.length; i++)
 969         {
 970           jalview.schemabinding.version2.Colour col = new jalview.schemabinding.version2.Colour();
 971           col.setName(sortTypes[i]);
 972           FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(sortTypes[i]);
 973           if (fcol.isSimpleColour())
 974           {
 975             col.setRGB(Format.getHexString(fcol.getColour()));
 976           }
 977           else
 978           {
 979             col.setRGB(Format.getHexString(fcol.getMaxColour()));
 980             col.setMin(fcol.getMin());
 981             col.setMax(fcol.getMax());
 982             col.setMinRGB(
 983                     jalview.util.Format.getHexString(fcol.getMinColour()));
 984             col.setAutoScale(fcol.isAutoScaled());
 985             col.setThreshold(fcol.getThreshold());
 986             col.setColourByLabel(fcol.isColourByLabel());
 987             col.setThreshType(fcol.isAboveThreshold() ? "ABOVE"
 988                     : (fcol.isBelowThreshold() ? "BELOW" : "NONE"));
 989           }
 990           ucs.addColour(col);
 991         }
 992         ucs.marshal(out);
 993         out.close();
 994       } catch (Exception ex)
 995       {
 996         ex.printStackTrace();
 997       }
 998     }
 999   }
1000
1001   public void invertSelection()
1002   {
1003     for (int i = 0; i < table.getRowCount(); i++)
1004     {
1005       Boolean value = (Boolean) table.getValueAt(i, 2);
1006
1007       table.setValueAt(new Boolean(!value.booleanValue()), i, 2);
1008     }
1009   }
1010
1011   public void orderByAvWidth()
1012   {
1013     if (table == null || table.getModel() == null)
1014     {
1015       return;
1016     }
1017     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1018     float[] width = new float[data.length];
1019     float[] awidth;
1020     float max = 0;
1021     int num = 0;
1022     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1023     {
1024       awidth = typeWidth.get(data[i][0]);
1025       if (awidth[0] > 0)
1026       {
1027         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
1028         // weight - but have to make per
1029         // sequence, too (awidth[2])
1030         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
1031         num++;
1032       }
1033       else
1034       {
1035         width[i] = 0;
1036       }
1037       if (max < width[i])
1038       {
1039         max = width[i];
1040       }
1041     }
1042     boolean sort = false;
1043     for (int i = 0; i < width.length; i++)
1044     {
1045       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
1046       if (width[i] == 0)
1047       {
1048         width[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
1049         if (width[i] < 0)
1050         {
1051           width[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / data.length);
1052         }
1053       }
1054       else
1055       {
1056         width[i] /= max; // normalize
1057         fr.setOrder(data[i][0].toString(), width[i]); // store for later
1058       }
1059       if (i > 0)
1060       {
1061         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
1062       }
1063     }
1064     if (sort)
1065     {
1066       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
1067       // update global priority order
1068     }
1069
1070     updateFeatureRenderer(data, false);
1071     table.repaint();
1072   }
1073
1074   public void close()
1075   {
1076     try
1077     {
1078       frame.setClosed(true);
1079     } catch (Exception exe)
1080     {
1081     }
1082
1083   }
1084
1085   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
1086   {
1087     updateFeatureRenderer(data, true);
1088   }
1089
1090   /**
1091    * Update the priority order of features; only repaint if this changed the
1092    * order of visible features
1093    *
1094    * @param data
1095    * @param visibleNew
1096    */
1097   private void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
1098   {
1099     if (fr.setFeaturePriority(data, visibleNew))
1100     {
1101       af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1102     }
1103   }
1104
1105   private void jbInit() throws Exception
1106   {
1107     this.setLayout(new BorderLayout());
1108
1109     JPanel settingsPane = new JPanel();
1110     settingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1111
1112     filtersPane = new JPanel();
1113
1114     dasSettingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1115
1116     JPanel bigPanel = new JPanel();
1117     bigPanel.setLayout(new BorderLayout());
1118
1119     groupPanel = new JPanel();
1120     bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
1121
1122     JButton invert = new JButton(
1123             MessageManager.getString("label.invert_selection"));
1124     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1125     invert.addActionListener(new ActionListener()
1126     {
1127       @Override
1128       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1129       {
1130         invertSelection();
1131       }
1132     });
1133
1134     JButton optimizeOrder = new JButton(
1135             MessageManager.getString("label.optimise_order"));
1136     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1137     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
1138     {
1139       @Override
1140       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1141       {
1142         orderByAvWidth();
1143       }
1144     });
1145
1146     JButton sortByScore = new JButton(
1147             MessageManager.getString("label.seq_sort_by_score"));
1148     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1149     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
1150     {
1151       @Override
1152       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1153       {
1154         af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(null);
1155       }
1156     });
1157     JButton sortByDens = new JButton(
1158             MessageManager.getString("label.sequence_sort_by_density"));
1159     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1160     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
1161     {
1162       @Override
1163       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1164       {
1165         af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(null);
1166       }
1167     });
1168
1169     JButton help = new JButton(MessageManager.getString("action.help"));
1170     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1171     help.addActionListener(new ActionListener()
1172     {
1173       @Override
1174       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1175       {
1176         try
1177         {
1178           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1179         } catch (HelpSetException e1)
1180         {
1181           e1.printStackTrace();
1182         }
1183       }
1184     });
1185     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1186     help.setText(MessageManager.getString("action.help"));
1187     help.addActionListener(new ActionListener()
1188     {
1189       @Override
1190       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1191       {
1192         try
1193         {
1194           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1195         } catch (HelpSetException e1)
1196         {
1197           e1.printStackTrace();
1198         }
1199       }
1200     });
1201
1202     JButton cancel = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
1203     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1204     cancel.addActionListener(new ActionListener()
1205     {
1206       @Override
1207       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1208       {
1209         fr.setTransparency(originalTransparency);
1210         fr.setFeatureFilters(originalFilters);
1211         updateFeatureRenderer(originalData);
1212         close();
1213       }
1214     });
1215
1216     JButton ok = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
1217     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1218     ok.addActionListener(new ActionListener()
1219     {
1220       @Override
1221       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1222       {
1223         close();
1224       }
1225     });
1226
1227     JButton loadColours = new JButton(
1228             MessageManager.getString("label.load_colours"));
1229     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1230     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
1231     {
1232       @Override
1233       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1234       {
1235         load();
1236       }
1237     });
1238
1239     JButton saveColours = new JButton(
1240             MessageManager.getString("label.save_colours"));
1241     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1242     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
1243     {
1244       @Override
1245       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1246       {
1247         save();
1248       }
1249     });
1250     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
1251     {
1252       @Override
1253       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
1254       {
1255         if (!inConstruction)
1256         {
1257           fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
1258           af.alignPanel.paintAlignment(true,true);
1259         }
1260       }
1261     });
1262
1263     transparency.setMaximum(70);
1264     transparency.setToolTipText(
1265             MessageManager.getString("label.transparency_tip"));
1266     fetchDAS.setText(MessageManager.getString("label.fetch_das_features"));
1267     fetchDAS.addActionListener(new ActionListener()
1268     {
1269       @Override
1270       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1271       {
1272         fetchDAS_actionPerformed(e);
1273       }
1274     });
1275     saveDAS.setText(MessageManager.getString("action.save_as_default"));
1276     saveDAS.addActionListener(new ActionListener()
1277     {
1278       @Override
1279       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1280       {
1281         saveDAS_actionPerformed(e);
1282       }
1283     });
1284
1285     JPanel dasButtonPanel = new JPanel();
1286     dasButtonPanel.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());
1287     dasSettingsPane.setBorder(null);
1288     cancelDAS.setEnabled(false);
1289     cancelDAS.setText(MessageManager.getString("action.cancel_fetch"));
1290     cancelDAS.addActionListener(new ActionListener()
1291     {
1292       @Override
1293       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1294       {
1295         cancelDAS_actionPerformed(e);
1296       }
1297     });
1298
1299     JTabbedPane tabbedPane = new JTabbedPane();
1300     this.add(tabbedPane, BorderLayout.CENTER);
1301     tabbedPane.addTab(MessageManager.getString("label.feature_settings"),
1302             settingsPane);
1303     tabbedPane.addTab(MessageManager.getString("label.filters"),
1304             filtersPane);
1305     // tabbedPane.addTab(MessageManager.getString("label.das_settings"),
1306     // dasSettingsPane);
1307
1308     JPanel transPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
1309     bigPanel.add(transPanel, BorderLayout.SOUTH);
1310
1311     JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
1312     transbuttons.add(optimizeOrder);
1313     transbuttons.add(invert);
1314     transbuttons.add(sortByScore);
1315     transbuttons.add(sortByDens);
1316     transbuttons.add(help);
1317     transPanel.add(transparency);
1318     transPanel.add(transbuttons);
1319
1320     JPanel buttonPanel = new JPanel();
1321     buttonPanel.add(ok);
1322     buttonPanel.add(cancel);
1323     buttonPanel.add(loadColours);
1324     buttonPanel.add(saveColours);
1325     bigPanel.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
1326     dasSettingsPane.add(dasButtonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1327     dasButtonPanel.add(fetchDAS);
1328     dasButtonPanel.add(cancelDAS);
1329     dasButtonPanel.add(saveDAS);
1330     settingsPane.add(bigPanel, BorderLayout.CENTER);
1331     settingsPane.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1332
1333     initFiltersTab();
1334   }
1335
1336   /**
1337    * Populates initial layout of the feature attribute filters panel
1338    */
1339   protected void initFiltersTab()
1340   {
1341     filters = new ArrayList<>();
1342
1343     /*
1344      * choose feature type
1345      */
1346     JPanel chooseTypePanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
1347     chooseTypePanel.setBackground(Color.white);
1348     JvSwingUtils.createItalicTitledBorder(chooseTypePanel,
1349             MessageManager.getString("label.feature_type"), true);
1350     filteredFeatureChoice = new JComboBox<>();
1351     filteredFeatureChoice.addItemListener(new ItemListener()
1352     {
1353       @Override
1354       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
1355       {
1356         refreshFiltersDisplay();
1357       }
1358     });
1359     chooseTypePanel.add(new JLabel(MessageManager
1360             .getString("label.feature_to_filter")));
1361     chooseTypePanel.add(filteredFeatureChoice);
1362     populateFilterableFeatures();
1363
1364     /*
1365      * the panel with the filters for the selected feature type
1366      */
1367     JPanel filtersPanel = new JPanel();
1368     filtersPanel.setLayout(new BoxLayout(filtersPanel, BoxLayout.Y_AXIS));
1369     filtersPanel.setBackground(Color.white);
1370     JvSwingUtils.createItalicTitledBorder(filtersPanel,
1371             MessageManager.getString("label.filters"), true);
1372
1373     /*
1374      * add AND or OR radio buttons
1375      */
1376     JPanel andOrPanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
1377     andOrPanel.setBackground(Color.white);
1378     andOrPanel.setBorder(BorderFactory.createLineBorder(debugBorderColour));
1379     andFilters = new JRadioButton("And");
1380     orFilters = new JRadioButton("Or");
1381     ActionListener actionListener = new ActionListener()
1382     {
1383       @Override
1384       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1385       {
1386         filtersChanged();
1387       }
1388     };
1389     andFilters.addActionListener(actionListener);
1390     orFilters.addActionListener(actionListener);
1391     ButtonGroup andOr = new ButtonGroup();
1392     andOr.add(andFilters);
1393     andOr.add(orFilters);
1394     andFilters.setSelected(true);
1395     andOrPanel.add(new JLabel(MessageManager
1396             .getString("label.join_conditions")));
1397     andOrPanel.add(andFilters);
1398     andOrPanel.add(orFilters);
1399     filtersPanel.add(andOrPanel);
1400
1401     /*
1402      * panel with filters - populated by refreshFiltersDisplay
1403      */
1404     chooseFiltersPanel = new JPanel();
1405     LayoutManager box = new BoxLayout(chooseFiltersPanel,
1406             BoxLayout.Y_AXIS);
1407     chooseFiltersPanel.setLayout(box);
1408     filtersPanel.add(chooseFiltersPanel);
1409
1410     /*
1411      * a read-only text view of the current filters
1412      */
1413     JPanel showFiltersPanel = new JPanel(new BorderLayout(5, 5));
1414     showFiltersPanel.setBackground(Color.white);
1415     JvSwingUtils.createItalicTitledBorder(showFiltersPanel,
1416             MessageManager.getString("label.match_condition"), true);
1417     filtersAsText = new JTextArea();
1418     filtersAsText.setLineWrap(true);
1419     filtersAsText.setWrapStyleWord(true);
1420     showFiltersPanel.add(filtersAsText);
1421
1422     filtersPane.setLayout(new BorderLayout());
1423     filtersPane.add(chooseTypePanel, BorderLayout.NORTH);
1424     filtersPane.add(filtersPanel, BorderLayout.CENTER);
1425     filtersPane.add(showFiltersPanel, BorderLayout.SOUTH);
1426
1427     /*
1428      * update display for initial feature type selection
1429      */
1430     refreshFiltersDisplay();
1431   }
1432
1433   /**
1434    * Adds entries to the 'choose feature to filter' drop-down choice. Only
1435    * feature types which have known attributes (so can be filtered) are
1436    * included, so recall this method to update the list (check for newly added
1437    * attributes).
1438    */
1439   protected void populateFilterableFeatures()
1440   {
1441     /*
1442      * suppress action handler while updating the list
1443      */
1444     ItemListener listener = filteredFeatureChoice.getItemListeners()[0];
1445     filteredFeatureChoice.removeItemListener(listener);
1446
1447     filteredFeatureChoice.removeAllItems();
1448     ReverseListIterator<String> types = new ReverseListIterator<>(
1449             fr.getRenderOrder());
1450
1451     boolean found = false;
1452     while (types.hasNext())
1453     {
1454       String type = types.next();
1455       if (FeatureAttributes.getInstance().hasAttributes(type))
1456       {
1457         filteredFeatureChoice.addItem(type);
1458         found = true;
1459       }
1460     }
1461     if (!found)
1462     {
1463       filteredFeatureChoice.addItem(MessageManager
1464               .getString("label.no_feature_attributes"));
1465       filteredFeatureChoice.setEnabled(false);
1466     }
1467
1468     filteredFeatureChoice.addItemListener(listener);
1469   }
1470
1471   /**
1472    * Refreshes the display to show any filters currently configured for the
1473    * selected feature type (editable, with 'remove' option), plus one extra row
1474    * for adding a condition. This should be called on change of selected feature
1475    * type, or after a filter has been removed, added or amended.
1476    */
1477   protected void refreshFiltersDisplay()
1478   {
1479     /*
1480      * clear the panel and list of filter conditions
1481      */
1482     chooseFiltersPanel.removeAll();
1483     filters.clear();
1484
1485     /*
1486      * look up attributes known for feature type
1487      */
1488     String selectedType = (String) filteredFeatureChoice.getSelectedItem();
1489     List<String> attNames = FeatureAttributes.getInstance().getAttributes(
1490             selectedType);
1491
1492     /*
1493      * if this feature type has filters set, load them first
1494      */
1495     KeyedMatcherSetI featureFilters = fr.getFeatureFilter(selectedType);
1496     filtersAsText.setText("");
1497     if (featureFilters != null)
1498     {
1499       filtersAsText.setText(featureFilters.toString());
1500       if (!featureFilters.isAnded())
1501       {
1502         orFilters.setSelected(true);
1503       }
1504       featureFilters.getMatchers().forEach(matcher -> filters.add(matcher));
1505     }
1506
1507     /*
1508      * and an empty filter for the user to populate (add)
1509      */
1510     KeyedMatcherI noFilter = new KeyedMatcher("", Condition.values()[0], "");
1511     filters.add(noFilter);
1512
1513     /*
1514      * render the conditions in rows, each in its own JPanel
1515      */
1516     int filterIndex = 0;
1517     for (KeyedMatcherI filter : filters)
1518     {
1519       String key = filter.getKey();
1520       Condition condition = filter.getMatcher()
1521               .getCondition();
1522       String pattern = filter.getMatcher().getPattern();
1523       JPanel row = addFilter(key, attNames, condition, pattern, filterIndex);
1524       row.setBorder(BorderFactory.createLineBorder(debugBorderColour));
1525       chooseFiltersPanel.add(row);
1526       filterIndex++;
1527     }
1528     // chooseFiltersPanel.add(Box.createVerticalGlue());
1529
1530     filtersPane.validate();
1531     filtersPane.repaint();
1532   }
1533
1534   /**
1535    * A helper method that constructs a panel with one filter condition:
1536    * <ul>
1537    * <li>a drop-down list of attribute names to choose from</li>
1538    * <li>a drop-down list of conditions to choose from</li>
1539    * <li>a text field for input of a match pattern</li>
1540    * <li>optionally, a 'remove' button</li>
1541    * </ul>
1542    * If attribute, condition or pattern are not null, they are set as defaults
1543    * for the input fields. The 'remove' button is added unless the pattern is
1544    * null or empty (incomplete filter condition).
1545    *
1546    * @param attribute
1547    * @param attNames
1548    * @param cond
1549    * @param pattern
1550    * @param filterIndex
1551    * @return
1552    */
1553   protected JPanel addFilter(String attribute, List<String> attNames,
1554           Condition cond, String pattern, int filterIndex)
1555   {
1556     JPanel filterRow = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
1557     filterRow.setBackground(Color.white);
1558
1559     /*
1560      * drop-down choice of attribute, with description as a tooltip
1561      * if we can obtain it
1562      */
1563     String featureType = (String) filteredFeatureChoice.getSelectedItem();
1564     final JComboBox<String> attCombo = populateAttributesDropdown(
1565             featureType, attNames);
1566     JComboBox<Condition> condCombo = new JComboBox<>();
1567     JTextField patternField = new JTextField(8);
1568
1569     /*
1570      * action handlers that validate and (if valid) apply changes
1571      */
1572     ActionListener actionListener = new ActionListener()
1573     {
1574       @Override
1575       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1576       {
1577         if (attCombo.getSelectedItem() != null)
1578         {
1579           if (validateFilter(patternField, condCombo))
1580           {
1581             updateFilter(attCombo, condCombo, patternField, filterIndex);
1582             filtersChanged();
1583           }
1584         }
1585       }
1586     };
1587     ItemListener itemListener = new ItemListener()
1588     {
1589       @Override
1590       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
1591       {
1592         actionListener.actionPerformed(null);
1593       }
1594     };
1595
1596     if ("".equals(attribute))
1597     {
1598       attCombo.setSelectedItem(null);
1599     }
1600     else
1601     {
1602       attCombo.setSelectedItem(attribute);
1603     }
1604     attCombo.addItemListener(itemListener);
1605
1606     filterRow.add(attCombo);
1607
1608     /*
1609      * drop-down choice of test condition
1610      */
1611     for (Condition c : Condition.values())
1612     {
1613       condCombo.addItem(c);
1614     }
1615     if (cond != null)
1616     {
1617       condCombo.setSelectedItem(cond);
1618     }
1619     condCombo.addItemListener(itemListener);
1620     filterRow.add(condCombo);
1621
1622     /*
1623      * pattern to match against
1624      */
1625     patternField.setText(pattern);
1626     patternField.addActionListener(actionListener);
1627     patternField.addFocusListener(new FocusAdapter()
1628     {
1629       @Override
1630       public void focusLost(FocusEvent e)
1631       {
1632         actionListener.actionPerformed(null);
1633       }
1634     });
1635     filterRow.add(patternField);
1636
1637     /*
1638      * add remove button if filter is populated (non-empty pattern)
1639      */
1640     if (pattern != null && pattern.trim().length() > 0)
1641     {
1642       // todo: gif for button drawing '-' or 'x'
1643       JButton removeCondition = new BasicArrowButton(SwingConstants.WEST);
1644       removeCondition.setToolTipText(MessageManager
1645               .getString("label.delete_row"));
1646       removeCondition.addActionListener(new ActionListener()
1647       {
1648         @Override
1649         public void actionPerformed(ActionEvent e)
1650         {
1651           filters.remove(filterIndex);
1652           filtersChanged();
1653         }
1654       });
1655       filterRow.add(removeCondition);
1656     }
1657
1658     return filterRow;
1659   }
1660
1661   /**
1662    * A helper method to build the drop-down choice of attributes for a feature.
1663    * Where metadata is available with a description for an attribute, that is
1664    * added as a tooltip.
1665    *
1666    * @param featureType
1667    * @param attNames
1668    */
1669   protected JComboBox<String> populateAttributesDropdown(
1670           String featureType, List<String> attNames)
1671   {
1672     List<String> tooltips = new ArrayList<>();
1673     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
1674     for (String attName : attNames)
1675     {
1676       String desc = fa.getDescription(featureType, attName);
1677       if (desc != null && desc.length() > MAX_TOOLTIP_LENGTH)
1678       {
1679         desc = desc.substring(0, MAX_TOOLTIP_LENGTH) + "...";
1680       }
1681       tooltips.add(desc == null ? "" : desc);
1682     }
1683
1684     JComboBox<String> attCombo = JvSwingUtils.buildComboWithTooltips(
1685             attNames, tooltips);
1686     if (attNames.isEmpty())
1687     {
1688       attCombo.setToolTipText(MessageManager
1689               .getString("label.no_attributes"));
1690     }
1691     return attCombo;
1692   }
1693
1694   /**
1695    * Action on any change to feature filtering, namely
1696    * <ul>
1697    * <li>change of selected attribute</li>
1698    * <li>change of selected condition</li>
1699    * <li>change of match pattern</li>
1700    * <li>removal of a condition</li>
1701    * </ul>
1702    * The action should be to
1703    * <ul>
1704    * <li>parse and validate the filters</li>
1705    * <li>if valid, update the filter text box</li>
1706    * <li>and apply the filters to the viewport</li>
1707    * </ul>
1708    */
1709   protected void filtersChanged()
1710   {
1711     /*
1712      * update the filter conditions for the feature type
1713      */
1714     String featureType = (String) filteredFeatureChoice.getSelectedItem();
1715     boolean anded = andFilters.isSelected();
1716     KeyedMatcherSetI combined = new KeyedMatcherSet();
1717
1718     for (KeyedMatcherI filter : filters)
1719     {
1720       String pattern = filter.getMatcher().getPattern();
1721       if (pattern.trim().length() > 0)
1722       {
1723         if (anded)
1724         {
1725           combined.and(filter);
1726         }
1727         else
1728         {
1729           combined.or(filter);
1730         }
1731       }
1732     }
1733
1734     /*
1735      * save the filter conditions in the FeatureRenderer
1736      * (note this might now be an empty filter with no conditions)
1737      */
1738     fr.setFeatureFilter(featureType, combined);
1739
1740     filtersAsText.setText(combined.toString());
1741
1742     refreshFiltersDisplay();
1743
1744     af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1745   }
1746
1747   /**
1748    * Constructs a filter condition from the given input fields, and replaces the
1749    * condition at filterIndex with the new one
1750    *
1751    * @param attCombo
1752    * @param condCombo
1753    * @param valueField
1754    * @param filterIndex
1755    */
1756   protected void updateFilter(JComboBox<String> attCombo,
1757           JComboBox<Condition> condCombo, JTextField valueField,
1758           int filterIndex)
1759   {
1760     String attName = (String) attCombo.getSelectedItem();
1761     Condition cond = (Condition) condCombo.getSelectedItem();
1762     String pattern = valueField.getText();
1763     KeyedMatcherI km = new KeyedMatcher(attName, cond, pattern);
1764
1765     filters.set(filterIndex, km);
1766   }
1767
1768   public void fetchDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1769   {
1770     fetchDAS.setEnabled(false);
1771     cancelDAS.setEnabled(true);
1772     dassourceBrowser.setGuiEnabled(false);
1773     Vector<jalviewSourceI> selectedSources = dassourceBrowser
1774             .getSelectedSources();
1775     doDasFeatureFetch(selectedSources, true, true);
1776   }
1777
1778   /**
1779    * get the features from selectedSources for all or the current selection
1780    *
1781    * @param selectedSources
1782    * @param checkDbRefs
1783    * @param promptFetchDbRefs
1784    */
1785   private void doDasFeatureFetch(List<jalviewSourceI> selectedSources,
1786           boolean checkDbRefs, boolean promptFetchDbRefs)
1787   {
1788     SequenceI[] dataset, seqs;
1789     int iSize;
1790     AlignmentViewport vp = af.getViewport();
1791     if (vp.getSelectionGroup() != null
1792             && vp.getSelectionGroup().getSize() > 0)
1793     {
1794       iSize = vp.getSelectionGroup().getSize();
1795       dataset = new SequenceI[iSize];
1796       seqs = vp.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(vp.getAlignment());
1797     }
1798     else
1799     {
1800       iSize = vp.getAlignment().getHeight();
1801       seqs = vp.getAlignment().getSequencesArray();
1802     }
1803
1804     dataset = new SequenceI[iSize];
1805     for (int i = 0; i < iSize; i++)
1806     {
1807       dataset[i] = seqs[i].getDatasetSequence();
1808     }
1809
1810     cancelDAS.setEnabled(true);
1811     dasFeatureFetcher = new jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher(dataset,
1812             this, selectedSources, checkDbRefs, promptFetchDbRefs);
1813     af.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);
1814     af.showSeqFeatures.setSelected(true);
1815   }
1816
1817   /**
1818    * blocking call to initialise the das source browser
1819    */
1820   public void initDasSources()
1821   {
1822     dassourceBrowser.initDasSources();
1823   }
1824
1825   /**
1826    * examine the current list of das sources and return any matching the given
1827    * nicknames in sources
1828    *
1829    * @param sources
1830    *          Vector of Strings to resolve to DAS source nicknames.
1831    * @return sources that are present in source list.
1832    */
1833   public List<jalviewSourceI> resolveSourceNicknames(Vector<String> sources)
1834   {
1835     return dassourceBrowser.sourceRegistry.resolveSourceNicknames(sources);
1836   }
1837
1838   /**
1839    * get currently selected das sources. ensure you have called initDasSources
1840    * before calling this.
1841    *
1842    * @return vector of selected das source nicknames
1843    */
1844   public Vector<jalviewSourceI> getSelectedSources()
1845   {
1846     return dassourceBrowser.getSelectedSources();
1847   }
1848
1849   /**
1850    * properly initialise DAS fetcher and then initiate a new thread to fetch
1851    * features from the named sources (rather than any turned on by default)
1852    *
1853    * @param sources
1854    * @param block
1855    *          if true then runs in same thread, otherwise passes to the Swing
1856    *          executor
1857    */
1858   public void fetchDasFeatures(Vector<String> sources, boolean block)
1859   {
1860     initDasSources();
1861     List<jalviewSourceI> resolved = dassourceBrowser.sourceRegistry
1862             .resolveSourceNicknames(sources);
1863     if (resolved.size() == 0)
1864     {
1865       resolved = dassourceBrowser.getSelectedSources();
1866     }
1867     if (resolved.size() > 0)
1868     {
1869       final List<jalviewSourceI> dassources = resolved;
1870       fetchDAS.setEnabled(false);
1871       // cancelDAS.setEnabled(true); doDasFetch does this.
1872       Runnable fetcher = new Runnable()
1873       {
1874
1875         @Override
1876         public void run()
1877         {
1878           doDasFeatureFetch(dassources, true, false);
1879
1880         }
1881       };
1882       if (block)
1883       {
1884         fetcher.run();
1885       }
1886       else
1887       {
1888         SwingUtilities.invokeLater(fetcher);
1889       }
1890     }
1891   }
1892
1893   public void saveDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1894   {
1895     dassourceBrowser
1896             .saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);
1897   }
1898
1899   public void complete()
1900   {
1901     fetchDAS.setEnabled(true);
1902     cancelDAS.setEnabled(false);
1903     dassourceBrowser.setGuiEnabled(true);
1904
1905   }
1906
1907   public void cancelDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1908   {
1909     if (dasFeatureFetcher != null)
1910     {
1911       dasFeatureFetcher.cancel();
1912     }
1913     complete();
1914   }
1915
1916   public void noDasSourceActive()
1917   {
1918     complete();
1919     JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
1920             MessageManager.getString("label.no_das_sources_selected_warn"),
1921             MessageManager.getString("label.no_das_sources_selected_title"),
1922             JvOptionPane.DEFAULT_OPTION, JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1923   }
1924
1925   /**
1926    * Answers true unless a numeric condition has been selected with a
1927    * non-numeric value. Sets the value field to RED with a tooltip if in error.
1928    * <p>
1929    * If the pattern entered is empty, this method returns false, but does not
1930    * mark the field as invalid. This supports selecting an attribute for a new
1931    * condition before a match pattern has been entered.
1932    *
1933    * @param value
1934    * @param condCombo
1935    */
1936   protected boolean validateFilter(JTextField value,
1937           JComboBox<Condition> condCombo)
1938   {
1939     if (value == null || condCombo == null)
1940     {
1941       return true; // fields not populated
1942     }
1943
1944     Condition cond = (Condition) condCombo.getSelectedItem();
1945     value.setBackground(Color.white);
1946     value.setToolTipText("");
1947     String v1 = value.getText().trim();
1948     if (v1.length() == 0)
1949     {
1950       return false;
1951     }
1952
1953     if (cond.isNumeric())
1954     {
1955       try
1956       {
1957         Float.valueOf(v1);
1958       } catch (NumberFormatException e)
1959       {
1960         value.setBackground(Color.red);
1961         value.setToolTipText(MessageManager
1962                 .getString("label.numeric_required"));
1963         return false;
1964       }
1965     }
1966
1967     return true;
1968   }
1969
1970   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1971   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1972   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1973   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1974   {
1975     FeatureTableModel(Object[][] data)
1976     {
1977       this.data = data;
1978     }
1979
1980     private String[] columnNames = {
1981         MessageManager.getString("label.feature_type"),
1982         MessageManager.getString("action.colour"),
1983         MessageManager.getString("label.display") };
1984
1985     private Object[][] data;
1986
1987     public Object[][] getData()
1988     {
1989       return data;
1990     }
1991
1992     public void setData(Object[][] data)
1993     {
1994       this.data = data;
1995     }
1996
1997     @Override
1998     public int getColumnCount()
1999     {
2000       return columnNames.length;
2001     }
2002
2003     public Object[] getRow(int row)
2004     {
2005       return data[row];
2006     }
2007
2008     @Override
2009     public int getRowCount()
2010     {
2011       return data.length;
2012     }
2013
2014     @Override
2015     public String getColumnName(int col)
2016     {
2017       return columnNames[col];
2018     }
2019
2020     @Override
2021     public Object getValueAt(int row, int col)
2022     {
2023       return data[row][col];
2024     }
2025
2026     @Override
2027     public Class getColumnClass(int c)
2028     {
2029       return getValueAt(0, c).getClass();
2030     }
2031
2032     @Override
2033     public boolean isCellEditable(int row, int col)
2034     {
2035       return col == 0 ? false : true;
2036     }
2037
2038     @Override
2039     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
2040     {
2041       data[row][col] = value;
2042       fireTableCellUpdated(row, col);
2043       updateFeatureRenderer(data);
2044     }
2045
2046   }
2047
2048   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
2049   {
2050     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
2051
2052     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
2053
2054     final String baseTT = "Click to edit, right/apple click for menu.";
2055
2056     public ColorRenderer()
2057     {
2058       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
2059       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
2060       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
2061     }
2062
2063     @Override
2064     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl, Object color,
2065             boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column)
2066     {
2067       FeatureColourI cellColour = (FeatureColourI) color;
2068       setOpaque(true);
2069       setToolTipText(baseTT);
2070       setBackground(tbl.getBackground());
2071       if (!cellColour.isSimpleColour())
2072       {
2073         Rectangle cr = tbl.getCellRect(row, column, false);
2074         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, cellColour,
2075                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
2076       }
2077       else
2078       {
2079         this.setText("");
2080         this.setIcon(null);
2081         setBackground(cellColour.getColour());
2082       }
2083       if (isSelected)
2084       {
2085         if (selectedBorder == null)
2086         {
2087           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
2088                   tbl.getSelectionBackground());
2089         }
2090         setBorder(selectedBorder);
2091       }
2092       else
2093       {
2094         if (unselectedBorder == null)
2095         {
2096           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
2097                   tbl.getBackground());
2098         }
2099         setBorder(unselectedBorder);
2100       }
2101
2102       return this;
2103     }
2104   }
2105
2106   /**
2107    * update comp using rendering settings from gcol
2108    *
2109    * @param comp
2110    * @param gcol
2111    */
2112   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol)
2113   {
2114     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
2115     if (w < 20)
2116     {
2117       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
2118       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
2119       if (w < 20)
2120       {
2121         w = 80;
2122         h = 12;
2123       }
2124     }
2125     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
2126   }
2127
2128   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol,
2129           int w, int h)
2130   {
2131     boolean thr = false;
2132     StringBuilder tt = new StringBuilder();
2133     StringBuilder tx = new StringBuilder();
2134
2135     if (gcol.isColourByAttribute())
2136     {
2137       tx.append(gcol.getAttributeName());
2138     }
2139     else if (!gcol.isColourByLabel())
2140     {
2141       tx.append(MessageManager.getString("label.score"));
2142     }
2143     tx.append(" ");
2144     if (gcol.isAboveThreshold())
2145     {
2146       thr = true;
2147       tx.append(">");
2148       tt.append("Thresholded (Above ").append(gcol.getThreshold())
2149               .append(") ");
2150     }
2151     if (gcol.isBelowThreshold())
2152     {
2153       thr = true;
2154       tx.append("<");
2155       tt.append("Thresholded (Below ").append(gcol.getThreshold())
2156               .append(") ");
2157     }
2158     if (gcol.isColourByLabel())
2159     {
2160       tt.append("Coloured by label text. ").append(tt);
2161       if (thr)
2162       {
2163         tx.append(" ");
2164       }
2165       if (!gcol.isColourByAttribute())
2166       {
2167         tx.append("Label");
2168       }
2169       comp.setIcon(null);
2170     }
2171     else
2172     {
2173       Color newColor = gcol.getMaxColour();
2174       comp.setBackground(newColor);
2175       // System.err.println("Width is " + w / 2);
2176       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
2177       comp.setIcon(ficon);
2178       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
2179       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
2180       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
2181       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
2182     }
2183     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
2184     comp.setText(tx.toString());
2185     if (tt.length() > 0)
2186     {
2187       if (comp.getToolTipText() == null)
2188       {
2189         comp.setToolTipText(tt.toString());
2190       }
2191       else
2192       {
2193         comp.setToolTipText(tt.append(" ").append(comp.getToolTipText())
2194                 .toString());
2195       }
2196     }
2197   }
2198 }
2199
2200 class FeatureIcon implements Icon
2201 {
2202   FeatureColourI gcol;
2203
2204   Color backg;
2205
2206   boolean midspace = false;
2207
2208   int width = 50, height = 20;
2209
2210   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
2211
2212   Color mpcolour = Color.white;
2213
2214   FeatureIcon(FeatureColourI gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
2215   {
2216     gcol = gfc;
2217     backg = bg;
2218     width = w;
2219     height = h;
2220     midspace = mspace;
2221     if (midspace)
2222     {
2223       s1 = width / 3;
2224       e1 = s1 * 2;
2225     }
2226     else
2227     {
2228       s1 = width / 2;
2229       e1 = s1;
2230     }
2231   }
2232
2233   @Override
2234   public int getIconWidth()
2235   {
2236     return width;
2237   }
2238
2239   @Override
2240   public int getIconHeight()
2241   {
2242     return height;
2243   }
2244
2245   @Override
2246   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
2247   {
2248
2249     if (gcol.isColourByLabel())
2250     {
2251       g.setColor(backg);
2252       g.fillRect(0, 0, width, height);
2253       // need an icon here.
2254       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2255
2256       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
2257
2258       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
2259       // AffineTransform.getScaleInstance(
2260       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
2261       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
2262
2263       g.drawString(MessageManager.getString("label.label"), 0, 0);
2264
2265     }
2266     else
2267     {
2268       Color minCol = gcol.getMinColour();
2269       g.setColor(minCol);
2270       g.fillRect(0, 0, s1, height);
2271       if (midspace)
2272       {
2273         g.setColor(Color.white);
2274         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
2275       }
2276       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2277       g.fillRect(0, e1, width - e1, height);
2278     }
2279   }
2280 }
2281
2282 class ColorEditor extends AbstractCellEditor
2283         implements TableCellEditor, ActionListener
2284 {
2285   FeatureSettings me;
2286
2287   FeatureColourI currentColor;
2288
2289   FeatureColourChooser chooser;
2290
2291   String type;
2292
2293   JButton button;
2294
2295   JColorChooser colorChooser;
2296
2297   JDialog dialog;
2298
2299   protected static final String EDIT = "edit";
2300
2301   int selectedRow = 0;
2302
2303   public ColorEditor(FeatureSettings me)
2304   {
2305     this.me = me;
2306     // Set up the editor (from the table's point of view),
2307     // which is a button.
2308     // This button brings up the color chooser dialog,
2309     // which is the editor from the user's point of view.
2310     button = new JButton();
2311     button.setActionCommand(EDIT);
2312     button.addActionListener(this);
2313     button.setBorderPainted(false);
2314     // Set up the dialog that the button brings up.
2315     colorChooser = new JColorChooser();
2316     dialog = JColorChooser.createDialog(button,
2317             MessageManager.getString("label.select_new_colour"), true, // modal
2318             colorChooser, this, // OK button handler
2319             null); // no CANCEL button handler
2320   }
2321
2322   /**
2323    * Handles events from the editor button and from the dialog's OK button.
2324    */
2325   @Override
2326   public void actionPerformed(ActionEvent e)
2327   {
2328
2329     if (EDIT.equals(e.getActionCommand()))
2330     {
2331       // The user has clicked the cell, so
2332       // bring up the dialog.
2333       if (currentColor.isSimpleColour())
2334       {
2335         // bring up simple color chooser
2336         button.setBackground(currentColor.getColour());
2337         colorChooser.setColor(currentColor.getColour());
2338         dialog.setVisible(true);
2339       }
2340       else
2341       {
2342         // bring up graduated chooser.
2343         chooser = new FeatureColourChooser(me.fr, type);
2344         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
2345         chooser.requestFocus();
2346         chooser.addActionListener(this);
2347       }
2348       // Make the renderer reappear.
2349       fireEditingStopped();
2350
2351     }
2352     else
2353     { // User pressed dialog's "OK" button.
2354       if (currentColor.isSimpleColour())
2355       {
2356         currentColor = new FeatureColour(colorChooser.getColor());
2357       }
2358       else
2359       {
2360         currentColor = chooser.getLastColour();
2361       }
2362       me.table.setValueAt(getCellEditorValue(), selectedRow, 1);
2363       fireEditingStopped();
2364       me.table.validate();
2365     }
2366   }
2367
2368   // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
2369   @Override
2370   public Object getCellEditorValue()
2371   {
2372     return currentColor;
2373   }
2374
2375   // Implement the one method defined by TableCellEditor.
2376   @Override
2377   public Component getTableCellEditorComponent(JTable table, Object value,
2378           boolean isSelected, int row, int column)
2379   {
2380     currentColor = (FeatureColourI) value;
2381     this.selectedRow = row;
2382     type = me.table.getValueAt(row, 0).toString();
2383     button.setOpaque(true);
2384     button.setBackground(me.getBackground());
2385     if (!currentColor.isSimpleColour())
2386     {
2387       JLabel btn = new JLabel();
2388       btn.setSize(button.getSize());
2389       FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentColor);
2390       button.setBackground(btn.getBackground());
2391       button.setIcon(btn.getIcon());
2392       button.setText(btn.getText());
2393     }
2394     else
2395     {
2396       button.setText("");
2397       button.setIcon(null);
2398       button.setBackground(currentColor.getColour());
2399     }
2400     return button;
2401   }
2402 }