src/jalview/gui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.util.Locale;
  24
  25 import java.awt.Dimension;
  26 import java.awt.event.ActionEvent;
  27 import java.awt.event.FocusAdapter;
  28 import java.awt.event.FocusEvent;
  29 import java.awt.event.KeyEvent;
  30 import java.util.ArrayList;
  31 import java.util.HashMap;
  32 import java.util.List;
  33 import java.util.Map;
  34 import java.util.regex.Pattern;
  35 import java.util.regex.PatternSyntaxException;
  36
  37 import javax.swing.AbstractAction;
  38 import javax.swing.JComponent;
  39 import javax.swing.JInternalFrame;
  40 import javax.swing.JLayeredPane;
  41 import javax.swing.KeyStroke;
  42 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  43 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  44
  45 import jalview.api.AlignViewportI;
  46 import jalview.api.FinderI;
  47 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  48 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  49 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  50 import jalview.datamodel.SequenceI;
  51 import jalview.jbgui.GFinder;
  52 import jalview.util.MessageManager;
  53
  54 /**
  55  * Performs the menu option for searching the alignment, for the next or all
  56  * matches. If matches are found, they are highlighted, and the user has the
  57  * option to create a new feature on the alignment for the matched positions.
  58  *
  59  * Searches can be for a simple base sequence, or may use a regular expression.
  60  * Any gaps are ignored.
  61  *
  62  * @author $author$
  63  * @version $Revision$
  64  */
  65 public class Finder extends GFinder
  66 {
  67   private static final int MIN_WIDTH = 350;
  68
  69   private static final int MIN_HEIGHT = 120;
  70
  71   private static final int MY_HEIGHT = 150;
  72
  73   private static final int MY_WIDTH = 400;
  74
  75   private AlignViewportI av;
  76
  77   private AlignmentPanel ap;
  78
  79   private JInternalFrame frame;
  80
  81   /*
  82    * Finder agent per viewport searched
  83    */
  84   private Map<AlignViewportI, FinderI> finders;
  85
  86   private SearchResultsI searchResults;
  87
  88   /*
  89    * true if Finder always acts on the same alignment,
  90    * false if it acts on the alignment with focus
  91    */
  92   private boolean focusFixed;
  93
  94   /**
  95    * Constructor given an associated alignment panel. Constructs and displays an
  96    * internal frame where the user can enter a search string. The Finder may
  97    * have 'fixed focus' (always act the panel for which it is constructed), or
  98    * not (acts on the alignment that has focus). An optional 'scope' may be
  99    * added to be shown in the title of the Finder frame.
 100    *
 101    * @param alignPanel
 102    * @param fixedFocus
 103    * @param scope
 104    */
 105   public Finder(AlignmentPanel alignPanel, boolean fixedFocus, String scope)
 106   {
 107     av = alignPanel.getAlignViewport();
 108     ap = alignPanel;
 109     focusFixed = fixedFocus;
 110     finders = new HashMap<>();
 111     frame = new JInternalFrame();
 112     frame.setContentPane(this);
 113     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 114     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 115     {
 116       @Override
 117       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent e)
 118       {
 119         closeAction();
 120       }
 121     });
 122     frame.addFocusListener(new FocusAdapter()
 123     {
 124       @Override
 125       public void focusGained(FocusEvent e)
 126       {
 127         /*
 128          * ensure 'ignore hidden columns' is only enabled
 129          * if the alignment with focus has hidden columns
 130          */
 131         getFocusedViewport();
 132       }
 133     });
 134
 135     addEscapeHandler();
 136
 137     String title = MessageManager.getString("label.find");
 138     if (scope != null)
 139     {
 140       title += " " + scope;
 141     }
 142     Desktop.addInternalFrame(frame, title, MY_WIDTH, MY_HEIGHT);
 143     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 144     searchBox.getComponent().requestFocus();
 145   }
 146
 147   /**
 148    * Add a handler for the Escape key when the window has focus
 149    */
 150   private void addEscapeHandler()
 151   {
 152     getRootPane().getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW)
 153             .put(KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_ESCAPE, 0), "Cancel");
 154     getRootPane().getActionMap().put("Cancel", new AbstractAction()
 155     {
 156       @Override
 157       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 158       {
 159         closeAction();
 160       }
 161     });
 162   }
 163
 164   /**
 165    * Performs the 'Find Next' action on the alignment panel with focus
 166    */
 167   @Override
 168   public void findNext_actionPerformed()
 169   {
 170     if (getFocusedViewport())
 171     {
 172       doSearch(false);
 173     }
 174   }
 175
 176   /**
 177    * Performs the 'Find All' action on the alignment panel with focus
 178    */
 179   @Override
 180   public void findAll_actionPerformed()
 181   {
 182     if (getFocusedViewport())
 183     {
 184       doSearch(true);
 185     }
 186   }
 187
 188   /**
 189    * if !focusfixed and not in a desktop environment, checks that av and ap are
 190    * valid. Otherwise, gets the topmost alignment window and sets av and ap
 191    * accordingly. Also sets the 'ignore hidden' checkbox disabled if the
 192    * viewport has no hidden columns.
 193    *
 194    * @return false if no alignment window was found
 195    */
 196   boolean getFocusedViewport()
 197   {
 198     if (focusFixed || Desktop.desktop == null)
 199     {
 200       if (ap != null && av != null)
 201       {
 202         ignoreHidden.setEnabled(av.hasHiddenColumns());
 203         return true;
 204       }
 205       // we aren't in a desktop environment, so give up now.
 206       return false;
 207     }
 208     // now checks further down the window stack to fix bug
 209     // https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=36008
 210     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
 211     for (int f = 0; f < frames.length; f++)
 212     {
 213       JInternalFrame alignFrame = frames[f];
 214       if (alignFrame != null && alignFrame instanceof AlignFrame
 215               && !alignFrame.isIcon())
 216       {
 217         av = ((AlignFrame) alignFrame).viewport;
 218         ap = ((AlignFrame) alignFrame).alignPanel;
 219         ignoreHidden.setEnabled(av.hasHiddenColumns());
 220         return true;
 221       }
 222     }
 223     return false;
 224   }
 225
 226   /**
 227    * Opens a dialog that allows the user to create sequence features for the
 228    * find match results
 229    */
 230   @Override
 231   public void createFeatures_actionPerformed()
 232   {
 233     if (searchResults.isEmpty())
 234     {
 235       return; // shouldn't happen
 236     }
 237     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
 238     List<SequenceFeature> features = new ArrayList<>();
 239
 240     String searchString = searchBox.getUserInput();
 241     String desc = "Search Results";
 242
 243     /*
 244      * assemble dataset sequences, and template new sequence features,
 245      * for the amend features dialog
 246      */
 247     for (SearchResultMatchI match : searchResults.getResults())
 248     {
 249       seqs.add(match.getSequence().getDatasetSequence());
 250       features.add(new SequenceFeature(searchString, desc, match.getStart(),
 251               match.getEnd(), desc));
 252     }
 253
 254     new FeatureEditor(ap, seqs, features, true).showDialog();
 255   }
 256
 257   /**
 258    * Search the alignment for the next or all matches. If 'all matches', a
 259    * dialog is shown with the number of sequence ids and subsequences matched.
 260    *
 261    * @param doFindAll
 262    */
 263   void doSearch(boolean doFindAll)
 264   {
 265     createFeatures.setEnabled(false);
 266
 267     String searchString = searchBox.getUserInput();
 268
 269     if (isInvalidSearchString(searchString))
 270     {
 271       return;
 272     }
 273     // TODO: extend finder to match descriptions, features and annotation, and
 274     // other stuff
 275     // TODO: add switches to control what is searched - sequences, IDS,
 276     // descriptions, features
 277     FinderI finder = finders.get(av);
 278     if (finder == null)
 279     {
 280       /*
 281        * first time we've searched this viewport
 282        */
 283       finder = new jalview.analysis.Finder(av);
 284       finders.put(av, finder);
 285     }
 286
 287     boolean isCaseSensitive = caseSensitive.isSelected();
 288     boolean doSearchDescription = searchDescription.isSelected();
 289     boolean skipHidden = ignoreHidden.isSelected();
 290     if (doFindAll)
 291     {
 292       finder.findAll(searchString, isCaseSensitive, doSearchDescription,
 293               skipHidden);
 294     }
 295     else
 296     {
 297       finder.findNext(searchString, isCaseSensitive, doSearchDescription,
 298               skipHidden);
 299     }
 300
 301     searchResults = finder.getSearchResults();
 302     List<SequenceI> idMatch = finder.getIdMatches();
 303     ap.getIdPanel().highlightSearchResults(idMatch);
 304
 305     if (searchResults.isEmpty())
 306     {
 307       searchResults = null;
 308     }
 309     else
 310     {
 311       createFeatures.setEnabled(true);
 312     }
 313
 314     searchBox.updateCache();
 315
 316     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 317     // TODO: add enablers for 'SelectSequences' or 'SelectColumns' or
 318     // 'SelectRegion' selection
 319     if (idMatch.isEmpty() && searchResults == null)
 320     {
 321       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(this,
 322               MessageManager.getString("label.finished_searching"), null,
 323               JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE);
 324     }
 325     else
 326     {
 327       if (doFindAll)
 328       {
 329         // then we report the matches that were found
 330         StringBuilder message = new StringBuilder();
 331         if (idMatch.size() > 0)
 332         {
 333           message.append(idMatch.size()).append(" IDs");
 334         }
 335         if (searchResults != null)
 336         {
 337           if (idMatch.size() > 0 && searchResults.getCount() > 0)
 338           {
 339             message.append(" ").append(
 340                     MessageManager.getString("label.and").toLowerCase(Locale.ROOT))
 341                     .append(" ");
 342           }
 343           message.append(MessageManager.formatMessage(
 344                   "label.subsequence_matches_found",
 345                   searchResults.getCount()));
 346         }
 347         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(this, message.toString(),
 348                 null, JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 349       }
 350     }
 351   }
 352
 353   /**
 354    * Displays an error dialog, and answers false, if the search string is
 355    * invalid, else answers true.
 356    *
 357    * @param searchString
 358    * @return
 359    */
 360   protected boolean isInvalidSearchString(String searchString)
 361   {
 362     String error = getSearchValidationError(searchString);
 363     if (error == null)
 364     {
 365       return false;
 366     }
 367     JvOptionPane.showInternalMessageDialog(this, error,
 368             MessageManager.getString("label.invalid_search"), // $NON-NLS-1$
 369             JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 370     return true;
 371   }
 372
 373   /**
 374    * Returns an error message string if the search string is invalid, else
 375    * returns null.
 376    *
 377    * Currently validation is limited to checking the string is not empty, and is
 378    * a valid regular expression (simple searches for base sub-sequences will
 379    * pass this test). Additional validations may be added in future if the
 380    * search syntax is expanded.
 381    *
 382    * @param searchString
 383    * @return
 384    */
 385   protected String getSearchValidationError(String searchString)
 386   {
 387     String error = null;
 388     if (searchString == null || searchString.length() == 0)
 389     {
 390       error = MessageManager.getString("label.invalid_search");
 391     }
 392     try
 393     {
 394       Pattern.compile(searchString);
 395     } catch (PatternSyntaxException e)
 396     {
 397       error = MessageManager.getString("error.invalid_regex") + ": "
 398               + e.getDescription();
 399     }
 400     return error;
 401   }
 402
 403   protected void closeAction()
 404   {
 405     frame.setVisible(false);
 406     frame.dispose();
 407     searchBox.persistCache();
 408     if (getFocusedViewport())
 409     {
 410       ap.alignFrame.requestFocus();
 411     }
 412   }
 413 }