src/jalview/gui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.jbgui.GFinder;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  30
  31 import java.awt.Dimension;
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.awt.event.KeyEvent;
  34 import java.util.ArrayList;
  35 import java.util.List;
  36 import java.util.Vector;
  37 import java.util.regex.Pattern;
  38 import java.util.regex.PatternSyntaxException;
  39
  40 import javax.swing.AbstractAction;
  41 import javax.swing.JComponent;
  42 import javax.swing.JInternalFrame;
  43 import javax.swing.JLayeredPane;
  44 import javax.swing.KeyStroke;
  45 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  46
  47 /**
  48  * Performs the menu option for searching the alignment, for the next or all
  49  * matches. If matches are found, they are highlighted, and the user has the
  50  * option to create a new feature on the alignment for the matched positions.
  51  *
  52  * Searches can be for a simple base sequence, or may use a regular expression.
  53  * Any gaps are ignored.
  54  *
  55  * @author $author$
  56  * @version $Revision$
  57  */
  58 public class Finder extends GFinder
  59 {
  60   private static final int MY_HEIGHT = 120;
  61
  62   private static final int MY_WIDTH = 400;
  63
  64   AlignmentViewport av;
  65
  66   AlignmentPanel ap;
  67
  68   private static final int MIN_WIDTH = 350;
  69
  70   private static final int MIN_HEIGHT = 120;
  71
  72   JInternalFrame frame;
  73
  74   int seqIndex = 0;
  75
  76   int resIndex = -1;
  77
  78   SearchResultsI searchResults;
  79
  80   /**
  81    * Creates a new Finder object with no associated viewport or panel.
  82    */
  83   public Finder()
  84   {
  85     this(null, null);
  86     focusfixed = false;
  87   }
  88
  89   /**
  90    * Constructor given an associated viewport and alignment panel. Constructs
  91    * and displays an internal frame where the user can enter a search string.
  92    *
  93    * @param viewport
  94    * @param alignPanel
  95    */
  96   public Finder(AlignmentViewport viewport, AlignmentPanel alignPanel)
  97   {
  98     av = viewport;
  99     ap = alignPanel;
 100     focusfixed = true;
 101     frame = new JInternalFrame();
 102     frame.setContentPane(this);
 103     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 104     frame.addInternalFrameListener(
 105             new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 106             {
 107               @Override
 108               public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent e)
 109               {
 110                 closeAction();
 111               }
 112             });
 113     addEscapeHandler();
 114     Desktop.addInternalFrame(frame, MessageManager.getString("label.find"),
 115             MY_WIDTH, MY_HEIGHT);
 116     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 117     searchBox.requestFocus();
 118   }
 119
 120   /**
 121    * Add a handler for the Escape key when the window has focus
 122    */
 123   private void addEscapeHandler()
 124   {
 125     getRootPane().getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW)
 126             .put(KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_ESCAPE, 0), "Cancel");
 127     getRootPane().getActionMap().put("Cancel", new AbstractAction()
 128     {
 129       @Override
 130       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 131       {
 132         closeAction();
 133       }
 134     });
 135   }
 136
 137   /**
 138    * Performs the 'Find Next' action.
 139    *
 140    * @param e
 141    */
 142   @Override
 143   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)
 144   {
 145     if (getFocusedViewport())
 146     {
 147       doSearch(false);
 148     }
 149   }
 150
 151   /**
 152    * Performs the 'Find All' action.
 153    *
 154    * @param e
 155    */
 156   @Override
 157   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)
 158   {
 159     if (getFocusedViewport())
 160     {
 161       resIndex = -1;
 162       seqIndex = 0;
 163       doSearch(true);
 164     }
 165   }
 166
 167   /**
 168    * do we only search a given alignment view ?
 169    */
 170   private boolean focusfixed;
 171
 172   /**
 173    * if !focusfixed and not in a desktop environment, checks that av and ap are
 174    * valid. Otherwise, gets the topmost alignment window and sets av and ap
 175    * accordingly
 176    *
 177    * @return false if no alignment window was found
 178    */
 179   boolean getFocusedViewport()
 180   {
 181     if (focusfixed || Desktop.desktop == null)
 182     {
 183       if (ap != null && av != null)
 184       {
 185         return true;
 186       }
 187       // we aren't in a desktop environment, so give up now.
 188       return false;
 189     }
 190     // now checks further down the window stack to fix bug
 191     // https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=36008
 192     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
 193     for (int f = 0; f < frames.length; f++)
 194     {
 195       JInternalFrame alignFrame = frames[f];
 196       if (alignFrame != null && alignFrame instanceof AlignFrame)
 197       {
 198         av = ((AlignFrame) alignFrame).viewport;
 199         ap = ((AlignFrame) alignFrame).alignPanel;
 200         return true;
 201       }
 202     }
 203     return false;
 204   }
 205
 206   /**
 207    * Opens a dialog that allows the user to create sequence features for the
 208    * find match results.
 209    */
 210   @Override
 211   public void createFeatures_actionPerformed()
 212   {
 213     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<SequenceI>();
 214     List<SequenceFeature> features = new ArrayList<SequenceFeature>();
 215
 216     String searchString = searchBox.getEditor().getItem().toString().trim();
 217     String desc = "Search Results";
 218
 219     /*
 220      * assemble dataset sequences, and template new sequence features,
 221      * for the amend features dialog
 222      */
 223     for (SearchResultMatchI match : searchResults.getResults())
 224     {
 225       seqs.add(match.getSequence().getDatasetSequence());
 226       features.add(new SequenceFeature(searchString, desc, null,
 227               match.getStart(), match.getEnd(), desc));
 228     }
 229
 230     if (ap.getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 231             features, true, ap))
 232     {
 233       /*
 234        * ensure feature display is turned on to show the new features,
 235        * and remove them as highlighted regions
 236        */
 237       ap.alignFrame.showSeqFeatures.setSelected(true);
 238       av.setShowSequenceFeatures(true);
 239       ap.highlightSearchResults(null);
 240     }
 241   }
 242
 243   /**
 244    * Search the alignment for the next or all matches. If 'all matches', a
 245    * dialog is shown with the number of sequence ids and subsequences matched.
 246    *
 247    * @param doFindAll
 248    */
 249   void doSearch(boolean doFindAll)
 250   {
 251     createFeatures.setEnabled(false);
 252
 253     String searchString = searchBox.getUserInput().trim();
 254
 255     if (isInvalidSearchString(searchString))
 256     {
 257       return;
 258     }
 259     // TODO: extend finder to match descriptions, features and annotation, and
 260     // other stuff
 261     // TODO: add switches to control what is searched - sequences, IDS,
 262     // descriptions, features
 263     jalview.analysis.Finder finder = new jalview.analysis.Finder(
 264             av.getAlignment(), av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
 265     finder.setCaseSensitive(caseSensitive.isSelected());
 266     finder.setIncludeDescription(searchDescription.isSelected());
 267
 268     finder.setFindAll(doFindAll);
 269
 270     finder.find(searchString); // returns true if anything was actually found
 271
 272     seqIndex = finder.getSeqIndex();
 273     resIndex = finder.getResIndex();
 274
 275     searchResults = finder.getSearchResults(); // find(regex,
 276     // caseSensitive.isSelected(), )
 277     Vector<SequenceI> idMatch = finder.getIdMatch();
 278     boolean haveResults = false;
 279     // set or reset the GUI
 280     if ((idMatch.size() > 0))
 281     {
 282       haveResults = true;
 283       ap.getIdPanel().highlightSearchResults(idMatch);
 284     }
 285     else
 286     {
 287       ap.getIdPanel().highlightSearchResults(null);
 288     }
 289
 290     if (searchResults.getSize() > 0)
 291     {
 292       haveResults = true;
 293       createFeatures.setEnabled(true);
 294     }
 295     else
 296     {
 297       searchResults = null;
 298     }
 299
 300     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in
 301     // seqCanvas
 302     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 303     // TODO: add enablers for 'SelectSequences' or 'SelectColumns' or
 304     // 'SelectRegion' selection
 305     if (!haveResults)
 306     {
 307       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(this,
 308               MessageManager.getString("label.finished_searching"), null,
 309               JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 310       resIndex = -1;
 311       seqIndex = 0;
 312     }
 313     else
 314     {
 315       if (doFindAll)
 316       {
 317         // then we report the matches that were found
 318         String message = (idMatch.size() > 0) ? "" + idMatch.size() + " IDs"
 319                 : "";
 320         if (searchResults != null)
 321         {
 322           if (idMatch.size() > 0 && searchResults.getSize() > 0)
 323           {
 324             message += " and ";
 325           }
 326           message += searchResults.getSize()
 327                   + " subsequence matches found.";
 328         }
 329         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(this, message, null,
 330                 JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 331         resIndex = -1;
 332         seqIndex = 0;
 333       }
 334     }
 335     searchBox.updateCache();
 336   }
 337
 338   /**
 339    * Displays an error dialog, and answers false, if the search string is
 340    * invalid, else answers true.
 341    *
 342    * @param searchString
 343    * @return
 344    */
 345   protected boolean isInvalidSearchString(String searchString)
 346   {
 347     String error = getSearchValidationError(searchString);
 348     if (error == null)
 349     {
 350       return false;
 351     }
 352     JvOptionPane.showInternalMessageDialog(this, error,
 353             MessageManager.getString("label.invalid_search"), // $NON-NLS-1$
 354             JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 355     return true;
 356   }
 357
 358   /**
 359    * Returns an error message string if the search string is invalid, else
 360    * returns null.
 361    *
 362    * Currently validation is limited to checking the string is not empty, and is
 363    * a valid regular expression (simple searches for base sub-sequences will
 364    * pass this test). Additional validations may be added in future if the
 365    * search syntax is expanded.
 366    *
 367    * @param searchString
 368    * @return
 369    */
 370   protected String getSearchValidationError(String searchString)
 371   {
 372     String error = null;
 373     if (searchString == null || searchString.length() == 0)
 374     {
 375       error = MessageManager.getString("label.invalid_search");
 376     }
 377     try
 378     {
 379       Pattern.compile(searchString);
 380     } catch (PatternSyntaxException e)
 381     {
 382       error = MessageManager.getString("error.invalid_regex") + ": "
 383               + e.getDescription();
 384     }
 385     return error;
 386   }
 387
 388   protected void closeAction()
 389   {
 390     frame.setVisible(false);
 391     frame.dispose();
 392     searchBox.persistCache();
 393     if (getFocusedViewport())
 394     {
 395       ap.alignFrame.requestFocus();
 396     }
 397   }
 398 }