src/jalview/gui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25 import javax.swing.*;
  26
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.jbgui.*;
  29
  30 /**
  31  * DOCUMENT ME!
  32  *
  33  * @author $author$
  34  * @version $Revision$
  35  */
  36 public class Finder
  37     extends GFinder
  38 {
  39   AlignViewport av;
  40   AlignmentPanel ap;
  41   JInternalFrame frame;
  42   int seqIndex = 0;
  43   int resIndex = 0;
  44
  45   SearchResults searchResults;
  46
  47   /**
  48    * Creates a new Finder object.
  49    *
  50    * @param av DOCUMENT ME!
  51    * @param ap DOCUMENT ME!
  52    * @param f DOCUMENT ME!
  53    */
  54   public Finder()
  55   {
  56     frame = new JInternalFrame();
  57     frame.setContentPane(this);
  58     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
  59     Desktop.addInternalFrame(frame, "Find", 340, 110);
  60
  61     textfield.requestFocus();
  62   }
  63
  64   /**
  65    * DOCUMENT ME!
  66    *
  67    * @param e DOCUMENT ME!
  68    */
  69   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)
  70   {
  71     if (getFocusedViewport())
  72     {
  73       doSearch(false);
  74     }
  75   }
  76
  77   /**
  78    * DOCUMENT ME!
  79    *
  80    * @param e DOCUMENT ME!
  81    */
  82   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)
  83   {
  84     if (getFocusedViewport())
  85     {
  86       resIndex = 0;
  87       seqIndex = 0;
  88       doSearch(true);
  89     }
  90   }
  91
  92   boolean getFocusedViewport()
  93   {
  94     JInternalFrame frame = Desktop.desktop.getAllFrames()[1];
  95
  96     if (frame != null && frame instanceof AlignFrame)
  97     {
  98       av = ( (AlignFrame) frame).viewport;
  99       ap = ( (AlignFrame) frame).alignPanel;
 100       return true;
 101     }
 102     return false;
 103   }
 104
 105   /**
 106    * DOCUMENT ME!
 107    *
 108    * @param e DOCUMENT ME!
 109    */
 110   public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)
 111   {
 112     JLabel label = new JLabel("Enter name of new sequence feature");
 113     JTextField textinput = new JTextField(textfield.getText());
 114     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 115     panel.add(label, BorderLayout.NORTH);
 116     panel.add(textinput, BorderLayout.SOUTH);
 117
 118     SequenceI[] seqs = new SequenceI[searchResults.getSize()];
 119     SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[searchResults.getSize()];
 120
 121     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i++)
 122     {
 123       seqs[i] = searchResults.getResultSequence(i).getDatasetSequence();
 124
 125       features[i] = new SequenceFeature(textinput.getText(),
 126                                         "Search Results", null,
 127                                         searchResults.getResultStart(i),
 128                                         searchResults.getResultEnd(i),
 129                                         "Search Results");
 130     }
 131
 132     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer()
 133         .createNewFeatures(seqs, features))
 134     {
 135       ap.alignFrame.showSeqFeatures.setSelected(true);
 136       av.setShowSequenceFeatures(true);
 137       ap.highlightSearchResults(null);
 138     }
 139   }
 140
 141   /**
 142    * DOCUMENT ME!
 143    *
 144    * @param findAll DOCUMENT ME!
 145    */
 146   void doSearch(boolean findAll)
 147   {
 148     createNewGroup.setEnabled(false);
 149
 150     String searchString = textfield.getText().trim();
 151
 152     if (searchString.length() < 1)
 153     {
 154       return;
 155     }
 156     // TODO: extend finder to match descriptions, features and annotation, and other stuff
 157     // TODO: add switches to control what is searched - sequences, IDS, descriptions, features
 158     jalview.analysis.Finder finder = new jalview.analysis.Finder(av.alignment,
 159         av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
 160     finder.setCaseSensitive(caseSensitive.isSelected());
 161     finder.setFindAll(findAll);
 162
 163     finder.find(searchString); // returns true if anything was actually found
 164
 165     seqIndex = finder.getSeqIndex();
 166     resIndex = finder.getResIndex();
 167
 168     searchResults = finder.getSearchResults(); // find(regex, caseSensitive.isSelected(), )
 169     Vector idMatch = finder.getIdMatch();
 170     // set or reset the GUI
 171     if ( (searchResults.getSize() == 0) && (idMatch.size() > 0))
 172     {
 173       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);
 174     }
 175
 176     int resultSize = searchResults.getSize();
 177
 178     if (searchResults.getSize() > 0)
 179     {
 180       createNewGroup.setEnabled(true);
 181     }
 182     else
 183     {
 184       searchResults = null;
 185     }
 186
 187     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas
 188     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 189     // TODO: add enablers for 'SelectSequences' or 'SelectColumns' or 'SelectRegion' selection
 190     if (!findAll && resultSize == 0)
 191     {
 192       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, "Finished searching",
 193                                             null,
 194                                             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 195       resIndex = 0;
 196       seqIndex = 0;
 197     }
 198
 199     if (findAll)
 200     {
 201       String message = resultSize + " matches found.";
 202       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, message, null,
 203                                             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 204     }
 205
 206   }
 207 }