src/jalview/gui/IdCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class IdCanvas extends JPanel\r
  36 {\r
  37     protected AlignViewport av;\r
  38     protected boolean showScores = true;\r
  39     protected int maxIdLength = -1;\r
  40     protected String maxIdStr = null;\r
  41     BufferedImage image;\r
  42     Graphics2D gg;\r
  43     int imgHeight = 0;\r
  44     boolean fastPaint = false;\r
  45     java.util.Vector searchResults;\r
  46 \r
  47     /**\r
  48      * Creates a new IdCanvas object.\r
  49      *\r
  50      * @param av DOCUMENT ME!\r
  51      */\r
  52     public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  53     {\r
  54         setLayout(new BorderLayout());\r
  55         this.av = av;\r
  56         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  57     }\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * DOCUMENT ME!\r
  61      *\r
  62      * @param gg DOCUMENT ME!\r
  63      * @param s DOCUMENT ME!\r
  64      * @param i DOCUMENT ME!\r
  65      * @param starty DOCUMENT ME!\r
  66      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  67      */\r
  68     public void drawIdString(Graphics2D gg, SequenceI s, int i, int starty,\r
  69         int ypos)\r
  70     {\r
  71         int charHeight = av.charHeight;\r
  72 \r
  73         if ((searchResults != null) && searchResults.contains(s))\r
  74         {\r
  75             gg.setColor(Color.black);\r
  76             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  77                 charHeight);\r
  78             gg.setColor(Color.white);\r
  79         }\r
  80         else if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
  81                 av.getSelectionGroup().sequences.contains(s))\r
  82         {\r
  83             gg.setColor(Color.lightGray);\r
  84             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  85                 charHeight);\r
  86             gg.setColor(Color.white);\r
  87         }\r
  88         else\r
  89         {\r
  90             gg.setColor(s.getColor());\r
  91             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  92                 charHeight);\r
  93             gg.setColor(Color.black);\r
  94         }\r
  95 \r
  96         String string = s.getName();\r
  97 \r
  98         if (av.getShowFullId())\r
  99         {\r
 100             string = s.getDisplayId();\r
 101         }\r
 102 \r
 103         gg.drawString(string, 0,\r
 104             (((i - starty + 1) * charHeight) + ypos) - (charHeight / 5));\r
 105     }\r
 106 \r
 107     /**\r
 108      * DOCUMENT ME!\r
 109      *\r
 110      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 111      */\r
 112     public void fastPaint(int vertical)\r
 113     {\r
 114         if (gg == null)\r
 115         {\r
 116             repaint();\r
 117 \r
 118             return;\r
 119         }\r
 120 \r
 121         gg.copyArea(0, 0, getWidth(), imgHeight, 0, -vertical * av.charHeight);\r
 122 \r
 123         int ss = av.startSeq;\r
 124         int es = av.endSeq;\r
 125         int transY = 0;\r
 126 \r
 127         if (vertical > 0) // scroll down\r
 128         {\r
 129             ss = es - vertical;\r
 130 \r
 131             if (ss < av.startSeq)\r
 132             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 133                 ss = av.startSeq;\r
 134             }\r
 135             else\r
 136             {\r
 137                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 138             }\r
 139         }\r
 140         else if (vertical < 0)\r
 141         {\r
 142             es = ss - vertical;\r
 143 \r
 144             if (es > av.endSeq)\r
 145             {\r
 146                 es = av.endSeq;\r
 147             }\r
 148         }\r
 149 \r
 150         gg.translate(0, transY);\r
 151 \r
 152         drawIds(ss, es);\r
 153 \r
 154         gg.translate(0, -transY);\r
 155 \r
 156         fastPaint = true;\r
 157         repaint();\r
 158     }\r
 159 \r
 160     /**\r
 161      * DOCUMENT ME!\r
 162      *\r
 163      * @param g DOCUMENT ME!\r
 164      */\r
 165     public void paintComponent(Graphics g)\r
 166     {\r
 167         g.setColor(Color.white);\r
 168         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 169 \r
 170         if (fastPaint)\r
 171         {\r
 172             fastPaint = false;\r
 173             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 174 \r
 175             return;\r
 176         }\r
 177 \r
 178         imgHeight = getHeight();\r
 179         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 180 \r
 181         if (imgHeight < 1)\r
 182         {\r
 183             return;\r
 184         }\r
 185 \r
 186         image = new BufferedImage(getWidth(), imgHeight,\r
 187                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 188         gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 189 \r
 190         //Fill in the background\r
 191         gg.setColor(Color.white);\r
 192         gg.fillRect(0, 0, getWidth(), imgHeight);\r
 193 \r
 194 \r
 195         drawIds(av.getStartSeq(), av.endSeq);\r
 196 \r
 197         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 198     }\r
 199 \r
 200     /**\r
 201      * DOCUMENT ME!\r
 202      *\r
 203      * @param starty DOCUMENT ME!\r
 204      * @param endy DOCUMENT ME!\r
 205      */\r
 206     void drawIds(int starty, int endy)\r
 207     {\r
 208       Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 209                              av.getFont().getSize());\r
 210       gg.setFont(italic);\r
 211       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 212             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 213 \r
 214         Color currentColor = Color.white;\r
 215         Color currentTextColor = Color.black;\r
 216 \r
 217         if (av.getWrapAlignment())\r
 218         {\r
 219           int annotationHeight = 0;\r
 220           AnnotationLabels labels = null;\r
 221 \r
 222           if(av.showAnnotation)\r
 223           {\r
 224             AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);\r
 225             annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();\r
 226             labels = new AnnotationLabels(av);\r
 227           }\r
 228 \r
 229           int hgap = av.charHeight;\r
 230           if (av.scaleAboveWrapped)\r
 231             hgap += av.charHeight;\r
 232 \r
 233           int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 234               + hgap\r
 235               + annotationHeight;\r
 236 \r
 237             int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 238 \r
 239             // Draw the rest of the panels\r
 240             for (int ypos = hgap, row = av.startRes;\r
 241                     (ypos <= getHeight()) && (row < av.alignment.getWidth());\r
 242                     ypos += cHeight, row += rowSize)\r
 243             {\r
 244                 for (int i = starty; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 245                 {\r
 246                     SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 247                     drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
 248                 }\r
 249 \r
 250                 if(labels!=null)\r
 251                 {\r
 252                   gg.setFont(av.getFont());\r
 253                   gg.translate(0, ypos+(av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 254                   labels.drawComponent(gg, getWidth());\r
 255                   gg.translate(0, -ypos-(av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 256                   gg.setFont(italic);\r
 257                 }\r
 258             }\r
 259         }\r
 260         else\r
 261         {\r
 262             //Now draw the id strings\r
 263             for (int i = starty; i < endy; i++)\r
 264             {\r
 265                 // Selected sequence colours\r
 266                 if ((searchResults != null) &&\r
 267                         searchResults.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 268                 {\r
 269                     gg.setColor(Color.black);\r
 270                     currentColor = Color.black;\r
 271                     currentTextColor = Color.white;\r
 272                 }\r
 273                 else if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 274                         av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 275                             av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 276                 {\r
 277                     currentColor = Color.lightGray;\r
 278                     currentTextColor = Color.black;\r
 279                 }\r
 280                 else\r
 281                 {\r
 282                     currentColor = av.alignment.getSequenceAt(i).getColor();\r
 283                     currentTextColor = Color.black;\r
 284                 }\r
 285 \r
 286                 gg.setColor(currentColor);\r
 287 \r
 288                 gg.fillRect(0, (i - starty) * av.charHeight, getWidth(),\r
 289                     av.charHeight);\r
 290 \r
 291                 gg.setColor(currentTextColor);\r
 292 \r
 293                 String string = av.alignment.getSequenceAt(i).getName();\r
 294 \r
 295                 if (av.getShowFullId())\r
 296                 {\r
 297                     string = av.alignment.getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 298                 }\r
 299 \r
 300                 gg.drawString(string, 0,\r
 301                     (((i - starty) * av.charHeight) + av.charHeight) -\r
 302                     (av.charHeight / 5));\r
 303             }\r
 304 \r
 305             // add a border\r
 306             gg.setColor(Color.white);\r
 307             gg.fillRect(getWidth() - 4, 0, 4, getHeight());\r
 308         }\r
 309     }\r
 310 \r
 311     /**\r
 312      * DOCUMENT ME!\r
 313      *\r
 314      * @param found DOCUMENT ME!\r
 315      */\r
 316     public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
 317     {\r
 318         searchResults = found;\r
 319         repaint();\r
 320     }\r
 321 }\r