src/jalview/gui/IdCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class IdCanvas extends JPanel\r
  36 {\r
  37     protected AlignViewport av;\r
  38     protected boolean showScores = true;\r
  39     protected int maxIdLength = -1;\r
  40     protected String maxIdStr = null;\r
  41     BufferedImage image;\r
  42     Graphics2D gg;\r
  43     int imgHeight = 0;\r
  44     boolean fastPaint = false;\r
  45     java.util.Vector searchResults;\r
  46 \r
  47     /**\r
  48      * Creates a new IdCanvas object.\r
  49      *\r
  50      * @param av DOCUMENT ME!\r
  51      */\r
  52     public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  53     {\r
  54         setLayout(new BorderLayout());\r
  55         this.av = av;\r
  56         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  57     }\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * DOCUMENT ME!\r
  61      *\r
  62      * @param gg DOCUMENT ME!\r
  63      * @param s DOCUMENT ME!\r
  64      * @param i DOCUMENT ME!\r
  65      * @param starty DOCUMENT ME!\r
  66      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  67      */\r
  68     public void drawIdString(Graphics2D gg, SequenceI s, int i, int starty,\r
  69         int ypos)\r
  70     {\r
  71         int charHeight = av.charHeight;\r
  72 \r
  73         if ((searchResults != null) && searchResults.contains(s))\r
  74         {\r
  75             gg.setColor(Color.black);\r
  76             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  77                 charHeight);\r
  78             gg.setColor(Color.white);\r
  79         }\r
  80         else if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
  81                 av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(s))\r
  82         {\r
  83             gg.setColor(Color.lightGray);\r
  84             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  85                 charHeight);\r
  86             gg.setColor(Color.white);\r
  87         }\r
  88         else\r
  89         {\r
  90             gg.setColor(s.getColor());\r
  91             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  92                 charHeight);\r
  93             gg.setColor(Color.black);\r
  94         }\r
  95 \r
  96 \r
  97         gg.drawString( s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()),\r
  98                       0, (((i - starty + 1) * charHeight) + ypos) - (charHeight / 5));\r
  99     }\r
 100 \r
 101     /**\r
 102      * DOCUMENT ME!\r
 103      *\r
 104      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 105      */\r
 106     public void fastPaint(int vertical)\r
 107     {\r
 108         if (gg == null)\r
 109         {\r
 110             repaint();\r
 111 \r
 112             return;\r
 113         }\r
 114 \r
 115         gg.copyArea(0, 0, getWidth(), imgHeight, 0, -vertical * av.charHeight);\r
 116 \r
 117         int ss = av.startSeq;\r
 118         int es = av.endSeq;\r
 119         int transY = 0;\r
 120 \r
 121         if (vertical > 0) // scroll down\r
 122         {\r
 123             ss = es - vertical;\r
 124 \r
 125             if (ss < av.startSeq)\r
 126             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 127                 ss = av.startSeq;\r
 128             }\r
 129             else\r
 130             {\r
 131                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 132             }\r
 133         }\r
 134         else if (vertical < 0)\r
 135         {\r
 136             es = ss - vertical;\r
 137 \r
 138             if (es > av.endSeq)\r
 139             {\r
 140                 es = av.endSeq;\r
 141             }\r
 142         }\r
 143 \r
 144         gg.translate(0, transY);\r
 145 \r
 146         drawIds(ss, es);\r
 147 \r
 148         gg.translate(0, -transY);\r
 149 \r
 150         fastPaint = true;\r
 151         repaint();\r
 152     }\r
 153 \r
 154     /**\r
 155      * DOCUMENT ME!\r
 156      *\r
 157      * @param g DOCUMENT ME!\r
 158      */\r
 159     public void paintComponent(Graphics g)\r
 160     {\r
 161         g.setColor(Color.white);\r
 162         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 163 \r
 164         if (fastPaint)\r
 165         {\r
 166             fastPaint = false;\r
 167             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 168 \r
 169             return;\r
 170         }\r
 171 \r
 172         imgHeight = getHeight();\r
 173         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 174 \r
 175         if (imgHeight < 1)\r
 176         {\r
 177             return;\r
 178         }\r
 179 \r
 180         image = new BufferedImage(getWidth(), imgHeight,\r
 181                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 182         gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 183 \r
 184         //Fill in the background\r
 185         gg.setColor(Color.white);\r
 186         gg.fillRect(0, 0, getWidth(), imgHeight);\r
 187 \r
 188 \r
 189         drawIds(av.getStartSeq(), av.endSeq);\r
 190 \r
 191         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 192     }\r
 193 \r
 194     /**\r
 195      * DOCUMENT ME!\r
 196      *\r
 197      * @param starty DOCUMENT ME!\r
 198      * @param endy DOCUMENT ME!\r
 199      */\r
 200     void drawIds(int starty, int endy)\r
 201     {\r
 202       Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 203                              av.getFont().getSize());\r
 204 \r
 205       gg.setFont(italic);\r
 206 \r
 207       if (av.antiAlias)\r
 208         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 209                             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 210 \r
 211         Color currentColor = Color.white;\r
 212         Color currentTextColor = Color.black;\r
 213 \r
 214         if (av.getWrapAlignment())\r
 215         {\r
 216           int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 217           int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 218 \r
 219           if (av.hasHiddenColumns)\r
 220             maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 221 \r
 222           int annotationHeight = 0;\r
 223           AnnotationLabels labels = null;\r
 224 \r
 225           if(av.showAnnotation)\r
 226           {\r
 227             AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);\r
 228             annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();\r
 229             labels = new AnnotationLabels(av);\r
 230           }\r
 231 \r
 232           int hgap = av.charHeight;\r
 233           if (av.scaleAboveWrapped)\r
 234             hgap += av.charHeight;\r
 235 \r
 236           int cHeight = alheight * av.charHeight\r
 237               + hgap\r
 238               + annotationHeight;\r
 239 \r
 240           int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 241 \r
 242 \r
 243             // Draw the rest of the panels\r
 244             for (int ypos = hgap, row = av.startRes;\r
 245                     (ypos <= getHeight()) && (row < maxwidth);\r
 246                     ypos += cHeight, row += rowSize)\r
 247             {\r
 248               for (int i = starty; i < alheight; i++)\r
 249               {\r
 250                 if (av.hasHiddenRows)\r
 251                 {\r
 252                   setHiddenFont(i, starty);\r
 253                 }\r
 254                 else\r
 255                   gg.setFont(italic);\r
 256 \r
 257                 SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 258                 drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
 259               }\r
 260 \r
 261                 if(labels!=null)\r
 262                 {\r
 263                   gg.translate(0, ypos+(alheight * av.charHeight));\r
 264                   labels.drawComponent(gg, getWidth());\r
 265                   gg.translate(0, -ypos-(alheight * av.charHeight));\r
 266                 }\r
 267             }\r
 268         }\r
 269         else\r
 270         {\r
 271             //Now draw the id strings\r
 272             for (int i = starty; i < endy; i++)\r
 273             {\r
 274               if (av.hasHiddenRows)\r
 275               {\r
 276                 setHiddenFont(i, starty);\r
 277               }\r
 278 \r
 279                 // Selected sequence colours\r
 280                 if ( (searchResults != null) &&\r
 281                     searchResults.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 282                 {\r
 283                   currentColor = Color.black;\r
 284                   currentTextColor = Color.white;\r
 285                 }\r
 286                 else if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 287                          av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(\r
 288                              av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 289                 {\r
 290                   currentColor = Color.lightGray;\r
 291                   currentTextColor = Color.black;\r
 292                 }\r
 293                 else\r
 294                 {\r
 295                   currentColor = av.alignment.getSequenceAt(i).getColor();\r
 296                   currentTextColor = Color.black;\r
 297                 }\r
 298 \r
 299                 gg.setColor(currentColor);\r
 300 \r
 301                 gg.fillRect(0, (i - starty) * av.charHeight, getWidth(),\r
 302                             av.charHeight);\r
 303 \r
 304                 gg.setColor(currentTextColor);\r
 305 \r
 306                 String string = av.alignment.getSequenceAt(i).getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
 307 \r
 308                 gg.drawString(string, 0,\r
 309                     (((i - starty) * av.charHeight) + av.charHeight) -\r
 310                     (av.charHeight / 5));\r
 311             }\r
 312 \r
 313         }\r
 314     }\r
 315 \r
 316     void setHiddenFont(int i, int starty)\r
 317     {\r
 318       Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 319                              av.getFont().getSize());\r
 320       Font bold = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD,\r
 321                            av.getFont().getSize());\r
 322 \r
 323       int tmp, hiddenIndex = starty;\r
 324       tmp = av.adjustForHiddenSeqs(i);\r
 325 \r
 326       if (av.adjustForHiddenSeqs(i - 1) == tmp - 1)\r
 327       {\r
 328         hiddenIndex = tmp;\r
 329       }\r
 330 \r
 331       if (hiddenIndex != tmp)\r
 332       {\r
 333         hiddenIndex = tmp;\r
 334       }\r
 335 \r
 336       hiddenIndex++;\r
 337 \r
 338       if (av.alignment.getSequenceAt(i).getHiddenSequences() != null)\r
 339         gg.setFont(bold);\r
 340       else\r
 341         gg.setFont(italic);\r
 342     }\r
 343 \r
 344     /**\r
 345      * DOCUMENT ME!\r
 346      *\r
 347      * @param found DOCUMENT ME!\r
 348      */\r
 349     public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
 350     {\r
 351         searchResults = found;\r
 352         repaint();\r
 353     }\r
 354 }\r